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Relações filogenéticas entre espécies do gênero Lycalopex (Mammalia, Canidae) inferidas com o uso de marcadores do DNA mitocondrial

Favarini, Marina Ochoa January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000433349-Texto+Completo-0.pdf: 359550 bytes, checksum: e052ef7e8f6b6b30cecbb1a1eee1112e (MD5) Previous issue date: 2011 / South America harbors the greatest diversity of canids (Mammalia, Carnivora, Canidae) worldwide, containing representatives of six genera and a total of 10 species. The fossil record indicates that canid representatives have colonized South America from North America during the Great American Biotic Interchange, ca. 2. 5 million years ago (Mya). Current hypotheses postulate between one and four independent canid invasions to South America, with the exact number being a recurrent topic for controversy. Several morphological and molecular studies have attempted to unravel the phylogenetic relationships among canids, but many uncertainties remain. This is particularly the case of the South American fox clade corresponding to genus Lycalopex, which comprises six extant species. Recent studies have indicated that this genus has undergone a very rapid radiation ca. one million years ago, which underlies the historical difficulty in resolving the phylogeny of these canids. In this context, the present study aimed to reconstruct the phylogenetic relationships among the species comprised in this genus, as well as to date their divergences. We used multiple segments of the mitochondrial DNA (mtDNA), encompassing a total of 6000 bp. Several different phylogenetic methods were employed, with all trees converging on the same inter-specific topology. We included multiple individuals from each species, allowing us the evaluation of the monophyly of each of them (including L. sechurae, tested here for the first time). All species formed well-supported monophyletic clusters, corroborating their recognition as taxonomic entities. The single exception to this pattern was the identification of two L. vetulus individuals sampled in São Paulo state, Brazil, which bore mtDNA sequences that clustered within the L. gymnocercus clade. This result could indicate that L. gymnocercus is expanding its range in to São Paulo state, or else that these two species may by hybridizing in the wild. Molecular dating analyses indicated that the genus began its radiation ca. 1 Mya, corroborating earlier studies which reported a very recent origin for this canid group. The most basal species was L. vetulus, followed by L. sechurae. The most internal cluster contains L. culpaeus and L. fulvipes, with our results indicating that they diverged from each other ca. 390,000 years ago. On the basis of the reconstructed phylogenetic patterns, we discuss hypotheses regarding the biogeography of this genus, aiming to understand the history of its rapid diversification process in the Neotropics. / A América do Sul possui a maior diversidade de canídeos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis gêneros e um total de 10 espécies. O registro fóssil indica que representantes da família Canidae teriam saído da América do Norte e conquistado a América do Sul durante o Grande Intercâmbio Americano, há cerca de 2,5 milhões de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma única até quatro invasões independentes do continente sul-americano, sendo que o número exato é ainda motivo de controvérsias. Diversos estudos morfológicos e moleculares buscaram compreender as relações filogenéticas entre os canídeos, porém ainda há muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da América do Sul formado pelo gênero Lycalopex, que conta com seis espécies atuais. Estudos recentes indicam que este gênero sofreu uma radiação muito rápida há aproximadamente um milhão de anos, o que explica a dificuldade histórica em resolver a filogenia destes canídeos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as relações filogenéticas e datar a divergência entre as espécies componentes deste gênero, através do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb. Foram utilizados diferentes métodos de reconstrução filogenética, e todas as análises apoiaram a mesma árvore. Múltiplos indivíduos de cada espécie foram incluídos, viabilizando a avaliação da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as espécies formaram grupos monofiléticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxonômicas. Uma única exceção a este padrão foi a presença de dois indivíduos de L. vetulus provenientes de São Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expansão na distribuição desta última, ou hibridação entre estas espécies. As análises de datação molecular indicaram que o gênero iniciou sua radiação evolutiva há cerca de 1 milhão de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de canídeos. A espécie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno contém L. culpaeus e L. fulvipes, cuja divergência ocorreu há apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padrões filogenéticos inferidos, discutimos hipóteses sobre a biogeografia histórica do gênero, buscando compreender este rápido processo de diversificação endêmico da região neotropical.
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Diversidade Genética e Padrões Filogeográficos da Lontra Neotropical (Lontra longicaudis [Olfers, 1818]); (Mammalia: Mustelidae)

Trinca, Cristine Silveira January 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000391707-Texto+Completo-0.pdf: 2971609 bytes, checksum: a9216aeb1ce4d126df03778a30c8c0a6 (MD5) Previous issue date: 2007 / O conhecimento sobre a estruturação geográfica da diversidade genética em populações naturais permite inferir os processos históricos atuantes sobre as espécies e é fundamental para o planejamento de estratégias eficazes de conservação biológica. Neste contexto, o presente estudo é o primeiro a identificar e caracterizar a variabilidade genética, padrões de estruturação populacional e história demográfica de Lontra longicaudis. Para tanto, foram utilizados três segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA; porção hipervariável I da região controladora, gene ATP8 e gene ND5), bem como 12 locos de microssatélite, em indivíduos amostrados em diferentes regiões de sua distribuição geográfica. Ambos os marcadores revelaram moderados a altos níveis de variabilidade genética e padrões filogeográficos claros, os quais sugerem que as populações brasileiras desta espécie encontram-se geneticamente diferenciadas das outras regiões amostradas a Noroeste da América do Sul. As análises de mtDNA indicam a provável existência de quatro entidades filogeográficas: Colômbia, Bolívia, Guiana Francesa/Peru e Brasil. Colômbia e Bolívia foram representadas por apenas um indivíduo cada, os quais revelaram grande divergência genética dos outros indivíduos amostrados, sugerindo profunda subdivisão filogeográfica envolvendo estas regiões. A alopatria entre Guiana Francesa e Brasil é quase completa, sugerindo que a incongruência entre filogenia e geografia possa ser decorrente de um processo de colonização ancestral no sentido Norte-Sul. A inferência de diferenciação genética entre Brasil e as outras áreas amostradas na América do Sul são apoiadas pelas análises de microssatélite. Os resultados obtidos a partir das análises de mtDNA indicam ausência de estruturação genética no Brasil e são indicativos de um cenário de expansão populacional recente nesta região. Os padrões observados neste estudo têm implicações para a conservação de populações naturais de Lontra longicaudis. As quatro entidades filogeográficas reconhecidas demonstram-se suficientemente diferenciadas e deveriam, portanto, ser conservadas e manejadas independentemente. Estudos adicionais são necessários para melhorar o conhecimento sobre estas populações, bem como para investigar a existência de outras unidades demográficas ao longo da distribuição da lontra Neotropical.
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História evolutiva de Conepatus (Carnivora: Mephitidae): padrões biogeográficos de diversificação, investigação filogenética e revisão taxonômica do gênero

Rodrigues, Manoel Ludwig da Fontoura January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2013-10-11T13:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000451414-Texto+Completo-0.pdf: 10722032 bytes, checksum: b8263340ed1091c069ea4b99a9f81848 (MD5) Previous issue date: 2013 / Conepatus (Mammalia: Carnivora) comprises one of the least known groups of Neotropical mammals. Despite its broad distribution, ranging from southern North America to southernmost South America, few studies have been conducted on this genus. The lack of knowledge regarding the ecology, morphology and distribution of different populations hampers comparative studies, resulting in much of the group’s diversity remaining unknown. The most basic problem, however, seems to be the lack of studies regarding the evolutionary history and phylogenetic relationships among its populations, which are the main grounds for modern taxonomic classifications. A solid taxonomic arrangement is critical, since it is the principle that guides the description of all other aspects of a given population. Finally, understanding the evolutionary history of a taxon is important not only due to taxonomic concerns, but also because it is the cumulative knowledge on the diversification of different groups that allows the description of major biogeographic patterns. Attempting to shed light on several of these aspects, this study investigated phylogenetic patterns, evolutionary history, population structure, morphological variation and general distribution of Conepatus, which altogether led to a taxonomic revision. To accomplish this, molecular analyses were performed, based on 1,902 base pairs of the mitochondrial DNA and eight microsatellite loci. We also conducted two types of morphological surveys. The first one was based on a panel of 29 craniodental measurements, while the second one investigated the differentiation of external body features among previously identified populations. Finally, we performed an extensive search for geographic records in original publications and scientific collection databases. Overall, the results indicated that Conepatus is a highly structured genus, encompassing at least 10 distinct geographic groups. In addition, at least some of these groups presented a noticeable level of morphological differentiation in terms of general body aspects, which reinforces the identified population structure. With respect to distributional aspects, Conepatus seems to inhabit almost exclusively open habitats and dry forests, rarely being found in moist dense forests. Some distributional discontinuities could be identified, which may be directly linked to the complete or partial isolation between groups. The evolution of the genus is complex, and appears to be linked to broad biogeographic patterns. The coalescence of Central and South American groups was estimated in ca. 3. 2 million years ago (MYA), supporting the hypothesis that this genus colonized South America right after the complete closure of the Panama Isthmus, ca. 2. 8 MYA, during the Great American Biotic Interchange. The coalescence of the South American populations, however, is far more recent (ca. 0. 85 MYA), suggesting a complex evolutionary history, possibly linked to the peculiar vegetation dynamics that took place in South America during the cycles of Pleistocene ice ages. Finally, a new taxonomic arrangement is proposed, suggesting that all 10 identified groups could be elevated to the rank of species, due to the observed pattern of differentiation among these lineages. / Conepatus (Mammalia: Carnivora) compreende um dos grupos de mamíferos neotropicais menos conhecidos. Apesar de apresentar uma extensa área de distribuição, indo do sul da América do Norte ao extremo sul da América do Sul, poucos estudos foram conduzidos até o momento sobre o gênero. A falta de conhecimento envolvendo ecologia, morfologia e distribuição das diferentes populações dificulta estudos comparativos, fazendo com que grande parte da diversidade do grupo permaneça desconhecida. O problema mais básico, contudo, parece ser a falta de estudos envolvendo sua história evolutiva e relações filogenéticas, disciplinas balizadoras da taxonomia moderna. Uma classificação taxonômica sólida é primordial para o estudo de qualquer grupo, já que é o princípio que norteia a descrição dos demais aspectos de uma determinada população. Além das contribuições taxonômicas, conhecer a história evolutiva de um táxon é importante também por que é a partir do entendimento cumulativo da estrutura da diversidade de vários grupos que se pode entender grandes padrões históricos. Assim, para contribuir com o conhecimento relativo a essas questões fundamentais, este estudo procurou revisar vários aspectos deste gênero. Entre eles estão padrões filogenéticos, evolutivos, morfológicos, de distribuição e de estrutura populacional, culminando assim em uma revisão taxonômica. Para tanto, foram realizadas análises moleculares baseadas em 1. 902 pares de base pertencentes a três fragmentos do DNA mitocondrial, além de oito locos de microssatélites nucleares. Também foram conduzidos dois tipos de análise morfológica.A primeira baseou-se em um painel de 29 medidas de crânio e dentes para identificar padrões de estrutura populacional, enquanto a segunda procurou por diferenças no padrão corporal geral entre algumas das populações identificadas. Finalmente, realizou-se uma extensa busca por registros de ocorrência geográfica do gênero em publicações originais e bases de dados de coleções científicas. Os resultados obtidos indicam que Conepatus é um gênero bastante estruturado geograficamente, apresentando, no mínimo, 10 grupos distintos. Também é possível afirmar que ao menos alguns dos grupos identificados apresentam um nível perceptível de diferenciação morfológica em termos de aspectos corporais gerais, o que reforça a idéia de estruturação neste grupo. A respeito dos padrões de distribuição, fica claro que o gênero habita quase que exclusivamente áreas de campo e florestas secas, sendo raramente encontrado em florestas densas. Algumas descontinuidades de distribuição podem ser percebidas, podendo estar diretamente ligadas ao isolamento total ou parcial dos grupos. A história evolutiva do gênero é complexa, e parece estar ligada a padrões biogeográficos amplos. A coalescência dos grupos da América do Sul e Central é de cerca de 3,2 milhões de anos atrás (MAA), apoiando a hipótese de que o gênero invadiu o continente sul-americano logo após o fechamento do Istmo do Panamá, há 2. 8 MAA. A coalescência das amostras sul-americanas, contudo, é bem mais recente (cerca de 0. 85 MAA), sugerindo uma evolução complexa, possivelmente ligada à dinâmica vegetacional intrincada da América do Sul ao longo das eras glaciais do Pleistoceno. Finalmente, a revisão taxonômica proposta sugere que os 10 grupos identificados sejam elevados à categoria de espécie, devido ao padrão observado de diferenciação entre estas linhagens.
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Identificaçao microscópica de pelos de mamíferos brasileiros e sua aplicaçao no estudo da dieta de carnívoros

Quadros, Juliana January 2002 (has links)
Orientadora : Emygdio L. A. Monteiro-Filho / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias Biológicas
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Avaliação de genes nucleares como marcadores filogenéticos em duas linhagens recentes de carnívoros neotropicais

Simão, Taiz Leonor Lopes January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000432629-Texto+Completo-0.pdf: 1205132 bytes, checksum: 285a03123ae11a282e2fd8cb75c42095 (MD5) Previous issue date: 2011 / The Neotropical region holds approximately 30% of the current species diversity in the carnivoran families Felidae (subordem Feliformia) and Canidae (subordem Caniformia), which migrated to South America after the closure of the Panamanian Isthmus, ca. 3 million years ago. Due to the recent speciation process that characterizes each of these groups, some aspects of their phylogenetic structure remain controversial, especially those related to the evolutionary relationships among species belonging to two lineages, the genus Leopardus (Felidae) and the genus Lycalopex (Canidae). The objective of the present study was to perform a comparative characterization of the evolutionary history of these genera, using sequences of multiple independent nuclear gene loci and multiple individuals per species to investigate the occurrence of genealogical discordance, as well as to infer a ‘species tree’ for each lineage using the program *BEAST. We observed both intra-specific and interspecific variation for all the surveyed segments. Genealogical discordance was identified among segments, highlighting the complexity of the task of reconstructing the phylogeny of such groups by employing nuclear markers. The estimated genealogies demonstrated that species were often not monophyletic, while there were several cases of inter-specific haplotype sharing. Nevertheless, the species tree reconstructed for Leopardus was highly resolved and supported, indicating that our data set contained sufficient genealogical information to retrieve this phylogeny. However, in the case of Lycalopex, most of the internal nodes received low support, indicating that a larger number of genes will likely be necessary to consistently resolve its phylogenetic structure using this type of approach. Overall, our results have empirically demonstrated the occurrence of genealogical discordance in both lineages, and illustrated the potential of multi-locus analyses to resolve phylogenies underlying recent diversification processes. / A região Neotropical abriga aproximadamente 30% da diversidade de espécies das famílias Felidae (subordem Feliformia) e Canidae (subordem Caniformia) (Eisenberg & Redford 1999), as quais migraram para a América do Sul após a formação do istmo do Panamá, há cerca de 3 milhões de anos. Devido ao recente processo de especiação que caracteriza estes grupos, alguns aspectos de sua estrutura filogenética permanecem controversos, especialmente no que tange às relações evolutivas entre espécies pertencentes a duas linhagens, o gênero Leopardus (Feliformia, Felidae) e o gênero Lycalopex (Caniformia, Canidae). O objetivo do presente estudo é caracterizar de forma comparativa a história evolutiva dos gêneros Leopardus e Lycalopex, empregando seqüências de múltiplos segmentos nucleares e múltiplos indivíduos por espécie, avaliando a eficácia deste tipo abordagem para a resolução de processos recentes de diversificação através do programa *BEAST. Para cada um dos genes analisados, observamos a ocorrência de variação interespecífica e intra-específica em ambas as linhagens. Discrepâncias genealógicas consideráveis foram constatadas entre os segmentos, evidenciando a complexidade da tarefa de reconstruir a filogenia destes grupos com marcadores nucleares. As genealogias estimadas demonstraram que em muitos casos as espécies não se apresentam monofiléticas, o que ocorre em paralelo com o compartilhamento de haplótipos entre espécies. Não obstante, para Leopardus, obtivemos uma species tree com alta resolução. Para Lycalopex, entretanto, a maior parte dos nós internos permaneceu com baixo suporte, indicando que um número maior de genes será provavelmente necessário para que se busque uma resolução consistente da filogenia deste grupo empregando estratégias multi-locus. De forma geral, nossos resultados demonstraram de forma empírica a ocorrência de discordância genealógica em ambas as linhagens, e ilustraram o potencial de análises multi-locus na resolução de filogenias que envolvam processos recentes de diversificação.
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Revisão do gênero Galictis (Mammalia, Carnivora, Mustelidae) utilizando métodos morfológicos e moleculares

Bornholdt, Renata January 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438122-Texto+Completo-0.pdf: 3145728 bytes, checksum: b418ed52b6536be2e9efb41f6b7dc59b (MD5) Previous issue date: 2012 / Taxonomy forms the basis for all biological sciences, since it is through this discipline that natural units are recognized and described. Without the correct delimitation, researches from other disciplines would be unable to report their results because they would not be sure about the identity of their study units. The current estimate that millions of species are still to be described reinforces the centrality of taxonomy, because is through its use that species are found, delimited and described. Carnivores are usually thought to be well-known mammals, but some of these taxa have not been described yet, while others have received little biogeographic and taxonomic attention, preventing a correct assessment of their richness and conservation status. The genus Galictis (Carnivora, Mustelidae) is an example of a little-studied mustelid from the Neotropics, one of the richest and most endangered regions of the world. Basic information, such as number of species, delimitation between them, diagnosis and geographic distribution, have never been thoroughly tested before, leading to uncertainties regarding the taxonomy of this genus. In order to perform a comprehensive revision of Galictis, morphological and molecular approaches were applied on the basis of records encompassing all the distribution of the genus. For the former approach, we analyzed skulls and skins from 22 zoological collections and the statistical tests showed the presence of two clusters of Galictis specimens, representing G. cuja and G. vittata. Phylogenetic analyses of mitochondrial and nuclear segments supported morphological results showing two monophyletic groups, corresponding again to G. cuja and G. vittata. No other morphological grouping or evidence of a third clade was recognized with our data.All these results corroborate the existence of only two species and indicate morphological characters that effectively diagnose them. These are very useful to identify museum specimens and should also help field-based work in some situations. The correct delimitation between these units allowed the investigation of some long-standing issues about the geographic distribution of Galictis species. For example, we demonstrate the exclusive presence of G. cuja in the northeastern region of Brazil, and established the southernmost limits of G. vittata in the Amazon basin. Finally, as species were well identified and characterized, it was possible to conduct phylogeographic inferences as well as analyses of intra-specific morphological variation in G. cuja. This species contains moderate to high levels of variability and some interesting geographic patterns. These included the morphological distinction of southern Chile and Argentina, the significant genetic structuring among three broad geographic domains, and the evidence of recent demographic expansion in the Brazilian southeast. The results presented here contribute to substantially enhance our knowledge on the genus Galictis, and should help enable further studies focusing on the evolutionary history of these carnivores in the Neotropics. / A taxonomia forma a base para todas as demais ciências da Biologia, uma vez que é através dessa disciplina que as unidades de vida na natureza são reconhecidas e descritas. Sem a correta delimitação das espécies, pesquisas de outras áreas não poderiam reportar seus resultados, pois não teriam a certeza da identificação das unidades de estudo. A estimativa de que existem milhões de espécies ainda para serem descritas reforça a importância da taxonomia, pois é utilizando as ferramentas dessa disciplina que as espécies são descobertas, delineadas e descritas. Mamíferos carnívoros são animais tidos como bem conhecidos; contudo, alguns táxons desse grupo ainda não foram descritos e tantos outros receberam pouca atenção biogeográfica e taxonômica, impedindo estimativas corretas de riqueza, abundância e status de conservação. O gênero Galictis (Mustelidae, Carnivora) é um exemplo de táxon ainda pouco estudado na região Neotropical, justamente uma das mais ricas e mais ameaçadas regiões do mundo. Informações básicas sobre esses mustelídeos, tais como número exato de espécies, delimitação entre elas, diagnose e distribuição geográfica das mesmas, não foram ainda investigadas com rigor, o que acarreta incertezas sobre alguns tópicos e compromete a sua taxonomia. Para realizar uma revisão taxonômica ampla de Galictis, foram realizadas análises morfológicas e moleculares com base em registros provenientes de toda a distribuição geográfica do gênero. Para a primeira técnica, foram analisados crânios e peles tombados em 22 instituições científicas, e os testes morfológicos assim como a visualização das peles evidenciaram a presença de dois conjuntos de espécimes de Galictis, representando as duas espécies usualmente reconhecidas, G. cuja e G. vittata.Análises filogenéticas com base em segmentos mitocondriais e nucleares corroboraram os resultados morfológicos, com a presença de dois clados bem apoiados que correspondem também a G. cuja e G. vittata. Nenhum outro agrupamento morfológico ou mesmo indícios de um terceiro clado no gênero foi identificado. Esses resultados confirmam a existência de duas espécies e possibilitam o reconhecimento de caracteres morfológicos diagnósticos para elas. Esses caracteres são de utilidade para a identificação de espécimes de museu e podem também auxiliar a identificação de indivíduos na natureza. Com o correto delineamento das espécies, foi possível definir a distribuição geográfica das mesmas e resolver algumas questões atualmente controversas, como a definição da ocorrência exclusiva de G. cuja na região Nordeste do Brasil e o limite austral de G. vittata para a Bacia Amazônia. Por fim, a partir da definição confiável e robusta das espécies, obtida na primeira etapa desta tese, foi possível realizar um estudo intra-específico mais detalhado com foco em G. cuja, englobando análises filogeográficas de marcadores moleculares, bem como variação morfológica ao longo de sua distribuição. Essa espécie se caracteriza de forma geral por considerável variabilidade genética e morfológica, em que se observam alguns padrões geográficos interessantes. Entre estes, pode-se destacar a diferenciação morfológica de populações do Sul do Chile e Argentina, bem como, uma estruturação genética significativa entre três grandes domínios geográficos, e evidência de uma expansão demográfica relativamente recente no sudeste brasileiro. Todos esses resultados embasam o conhecimento sobre o gênero e propiciam ferramentas para estudos futuros que visem a entender a história evolutiva de Galictis na região Neotropical.
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Hepatozoon spp. em carnívoros neotropicais presentes em vida livre no Parque Nacional das Emas, em Goiás, Brasil

Metzger, Betina [UNESP] 02 August 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-02Bitstream added on 2014-08-13T18:01:12Z : No. of bitstreams: 1 000735058_20140816.pdf: 115330 bytes, checksum: c7e25fd67eb0c46c76b07e5426255ce6 (MD5) / O trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência de Hepatozoon spp. em carnívoros neotropicais de vida livre no Brasil. Foram analisadas 158 amostras sanguíneas de Canidae, Procyonidae e Mephitidae presentes no Parque Nacional das Emas, em Goiás. Do total amostral, 75 foram obtidas de Chrysocyon brachyurus (lobo-guará), 65 de Cerdocyon thous (cachorro do mato), 10 de Conepatus semistriatus (jaratataca), 06 de Lycalopex vetulus (raposinha do campo) e dois de Nasua nasua (quati). O diagnóstico de Hepatozoon spp. foi feito através da Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) após a extração de DNA. Do total analisado, 63,92% das amostras estavam parasitadas por Hepatozoon, sendo que deste total, 41,14% eram provenientes de C. brachyurus, 18,35% de C. thous, 3,79% de L. vetulus e 0,63% de N. nasua. A maioria da população de C. brachyurus (86,66%) apresentou-se infectada, assim como 44,61% dos exemplares de C. thous e 100% dos L. vetulus estudados. A caracterização molecular dos isolados obtidos foi feita após o sequenciamento e a análise filogenética. Essa última demonstrou que isolados sequenciados de C. thous e a maioria dos de C. Brachyurus apresentaram alta similaridade com Hepatozoon sp. isolado de C. thous no Espirito Santo e também com Hepatozoon americanum. O isolado de N. nasua apresentou similaridade com H. felis e os de L. vetulus com Hepatozoon canis em cão doméstico. A identificação molecular de Hepatozoon sp. em N. nasua e os relatos das infecções por este hematozoário em C. brachyurus e em L. vetulus de vida livre são inéditos no mundo / The aim of this study was to investigate the occurrence of Hepatozoon spp. in free ranging neotropical carnivores from Brazil. 158 blood samples were analyzed from Canidae, Procyonidae and Mephitidae from Emas National Park, in the State of Goias, Brazil. From the sampling total, 75 were obtained from Chrysocyon brachyurus (maned wolf), 65 from Cerdocyon thous (crab-eating dog), 10 from Conepatus semistriatus (striped hog-nosed skunk), 06 from Lycalopex vetulus (hoary fox) and two from Nasua nasua (South American coati). Hepatozoon spp. were diagnosed by Polymerase Chain Reaction (PCR) after DNA was extracted. From the total analyzed, 63.92% samples were parasitized by Hepatozoon; and from the positive samples 41.14% were collected from C. brachyurus, 18.35% from C. thous, 3.79% from L. vetulus and 0.63% from N. nasua. The majority of C. brachyurus population (86.66%) was infected and also 44.61% of C. thous and 100% of L. vetulus studied. Molecular characterization of the isolates was performed after sequencing and phylogenetic analyses. These demonstrated that the isolates from C. thous and the majority of the ones from C. Brachyurus showed high similarity with Hepatozoon sp. from C. thous from the State of Espirito Santo and also with Hepatozoon americanum. The isolate of N. nasua showed similarity with H. felis; and the ones from L. vetulus with H. canis from domestic dog. The molecular identification of Hepatozoon sp. from N. nasua as well as the infection by this hematozoa in free ranging C. brachyurus and L. vetulus are novelties in the world
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Análise filogenética comportamental : o caso dos mustelídeos /

Bueno, Flávia Regina. January 2014 (has links)
Orientador: Carlos Camargo Alberts / Banca: Sérgio Nascimento Stampar / Banca: Gelson Genaro / Resumo: As relações evolutivas da Ordem Carnivora são extensivamente estudadas e contraditórias, principalmente entre os caniformes. Embora as filogenias baseadas em dados moleculares tenham feito uma contribuição importante, elas também podem ser comparadas a reconstruções usando outros tipos de caracteres, como comportamentais. O comportamento vem conquistando espaço no cenário da biologia evolutiva, e entre os comportamentos exibidos pelos animais, a autolimpeza se apresenta como uma boa fonte de caracteres filogenéticos. Este estudo teve como objetivo reconstruir uma filogenia das principais Famílias de carnívoros caniformes usando o comportamento de autolimpeza como caractere. Foi criada uma reconstrução filogenética por meio de caracteres moleculares como forma de comparação e evidência adicional. Nas análises comportamentais, excetuando-se os representantes dos grupos externos, uma grande politomia é o resultado para os demais terminais analisados. Os terminais dentro dessa politomia, no entanto, apresentam algumas relações interessantes e com grande sustentação em verificações de bootstrap e jackknife. Os resultados com dados moleculares, nos quais foram empregados setores específicos do gene citocromo b mostraram uma filogenia clássica da Subordem, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae, mas com baixo suporte em verificação bootstrap em alguns ramos, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae. A rápida radiação adaptativa, bem como especiação recente e grande diversidade ecológica dos grupos do estudo representam dificuldades ao se tentar estabelecer o exato relacionamento entre as espécies, independente dos dados biológicos utilizados para reconstrução filogenética. / Abstract: The evolutionary relationships inside the Order Carnivora are extensively studied and sometimes contradictory, especially among caniforms. Although phylogenies based on molecular data have made a significant contribution, they can also be compared to reconstructions using other types of characters, such as the behavioral ones. Behavior has aided space on the current state of evolutionary biology, and among the various possible behaviors exhibited by animals, grooming is a very good source of phylogenetic characters. Grooming has stereotyped patterns and it has been shown that differences in patterns of grooming are observable between closely related species, which makes it a good source of phylogenetic characters. Thus this study aimed to reconstruct a phylogeny of the major families of caniforms carnivores using the grooming behavior as character. A molecular phylogenetic reconstruction was created for comparison and also as further evidence. In the behavioral reconstruction, except for the representatives of the external groups, it resulted a large polytomy. Terminals within this polytomy, however, present some interesting and highly bootstrap and jackknife supported associations. The results with molecular data, in which specific sectors of the cytochrome b gene were employed, showed a classical phylogeny of the suborder, except for the position of the Canidae‟s representative, but with low bootstrap support in most branches. Rapid adaptive radiation, recent speciation and great ecological diversity of the studied group turn difficult to establish the exact relationship between the terminals, independent of the biological data used. / Mestre
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Genética de populações de onça-pintada (Panthera onca) em biomas brasileiros

Valdez, Fernanda Pedone January 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000426215-Texto+Completo-0.pdf: 1203023 bytes, checksum: a4c95024eb4a04a350ac7a3aeb621944 (MD5) Previous issue date: 2010 / Population size reduction currently constitutes a real problem for several natural populations, and many studies have focused on the identification and management of adequate protected areas for threatened species. The conservation of natural areas aims to guarantee good-quality habitats to keep populations at a viable size, which includes an avoidance of potentially deleterious effects of inbreeding. Additionally, conservation plans aim to keep dispersal corridors and consequently to maintain gene flow among populations that were originally connected. Large carnivores, due to their need for large home ranges and frequent persecution by hunters, are extremely vulnerable to habitat fragmentation. Since they are top-predators, their local elimination may cause the alteration of the whole ecosystem, while their protection might impact the persistence and demography of several co-occurring species. Carnivores usually cause major challenges to conservation managers, since considerably large areas are necessary to encompass the home range of a single individual and even larger regions are required to comprise an entire population. The jaguar is the largest predator in the Americas, and currently persists in less than 50% of its original distribution. Also, many remnant areas do not contain sufficient habitat and prey base to hold viable populations in the long term. In Brazil, the Amazon Basin and the Pantanal are the largest areas of the current distribution of the species, and where populations with high probability of long-term survival are still found. However, little is known about the dynamics of jaguar populations in these biomes, and thus population-genetic analyses are extremely necessary. The present study aimed to analyze 52 individuals sampled in the southern Pantanal from 2001 and 2008 to make genetic inferences on jaguar populations, as well as to compare them to previously investigated fragments in the Atlantic Forest biome, where high levels of structuring had been found. We estimated genetic differentiation among populations using an AMOVA approach to generate Fst and Rst indices. Population structuring analyses were also performed with the Bayesian approach implemented in the software STRUCTURE. Variability indices were quite high, and comparable to those found for the species when analyzed under on a phylogeographic scale. When Pantanal populations were assessed separately, a single genetic cluster was inferred, supporting the expectation of demographic connectivity throughout this area. However, when Atlantic Forest jaguars were also included in the analysis, the Pantanal population was divided into two groups, probably due to relatedness among some of the sampled individuals, combined with complex historical admixture with respect to transitional areas between the two biomes. One such area was likely the region adjacent to Porto Primavera dam, on the bank of the upper Paraná river, whose population has already been extirpated due to human activities. Results obtained in the present study support the idea that, in the past, there was genetic connectivity between populations from the Pantanal and the Upper Paraná region, which helps provide baseline data to aid in the design of adequate management actions that may reconnect these biomes. Moreover, the data shown here represent the first jaguar sampling of a genetically healthy local population, and may be used as a comparative reference for the evaluation and monitoring of the observed variability in fragmented regions. / Atualmente, a redução do tamanho populacional constitui um problema real para muitas populações selvagens e cativas, e muitos estudos têm sido realizados nesse contexto com o intuito de identificar áreas de manejo e proteção de espécies ameaçadas. O manejo de populações naturais tem como objetivo assegurar hábitats adequados para manter populações em tamanhos viáveis evitando assim que os efeitos do endocruzamento se pronunciem, além de manter corredores para facilitar a dispersão dos organismos e consequentemente o fluxo gênico entre populações. Os grandes carnívoros, por necessitarem de grandes áreas de vida e serem usualmente perseguidos por caçadores, são bastante vulneráveis à fragmentação de hábitats Devido ao fato de serem predadores-topo, sua extinção local geralmente leva à alteração de todo o ecossistema. Desta forma, sua conservação afeta, de maneira direta e indireta, muitos outros organismos. Os carnívoros estão entre os organismos que causam maiores desafios e preocupações às autoridades referentes à conservação. Áreas consideravelmente grandes são necessárias para englobar a área de vida de um único individuo, e territórios ainda maiores são necessários para abranger uma comunidade inteira deste grupo. A onça-pintada, o maior felídeo das Américas, encontra-se atualmente em menos de 50% da sua distribuição original e muitas áreas remanescentes não apresentam tamanho e disponibilidade suficiente de presas para manter uma população saudável em longo prazo. No Brasil, a Bacia Amazônica e o Pantanal são as maiores áreas de distribuição da espécie onde ainda se encontra populações grandes o suficiente para uma viabilidade por um longo período de tempo. No entanto, pouco se sabe sobre a dinâmica das populações de onça-pintada nesses biomas, havendo assim uma extrema necessidade de análises em nível genético-populacional da espécie. O presente trabalho teve como objetivo analisar 52 indivíduos provenientes do Pantanal brasileiro amostrados no período de 2001 a 2008, e fazer inferências genéticas sobre esta população, bem como compará-la com uma área previamente estudada na Mata Atlântica, onde altos níveis de estruturação foram encontrados. Foram analisados índices de diversidade genética intra-populacional e calculados índices de estruturação (Fst e Rst) assim como análise Bayesiana de estruturação no programa STRUCTURE. Os níveis de variabilidade foram bastante altos e comparáveis com aqueles encontrados para a espécie quando analisada de uma forma mais ampla (em escala filogeográfica). Quando as amostras do Pantanal foram analisadas em relação à sua estruturação, os dados indicaram a presença de apenas uma população, sugerindo que a região amostrada (Pantanal sul) consiste de uma só unidade genética. No entanto, quando as populações da Mata Atlântica foram incluídas na análise, as amostras do Pantanal foram alocadas em duas unidades genéticas incompletamente diferenciadas, devido provavelmente à influência de parentesco entre alguns dos indivíduos desta região, em combinação à provável miscigenação histórica com áreas transicionais entre os dois biomas. Este parece ter sido o caso da população amostrada na área de influência da UHE Porto Primavera (MS/SP), situada no limite interior do bioma Mata Atlântica e que atualmente encontra-se extinta por ação humana. Os resultados obtidos apóiam a inferência de que, no passado, havia conectividade genética entre populações do Pantanal e da Mata Atlântica de Interior, embasando o delineamento de possíveis ações de manejo a fim de retomar a conexão entre estes dois biomas. Além disso, os dados do Pantanal representam a primeira amostragem de uma população geneticamente saudável de onças-pintadas, podendo servir como base para a avaliação e monitoramento da variabilidade observada nesta espécie em regiões fragmentadas.
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Filogeografia, história demográfica e diversidade molecular de duas espécies neotropicais da família procyonidae (mammalia, carnivora): Nasua nasua e Procyon cancrivorus

Jerep, Mirian Tieko Nunes Tsuchiya January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000422673-Texto+Completo-0.pdf: 2300017 bytes, checksum: 2442a220c237880099c56943e10dbc17 (MD5) Previous issue date: 2009 / Comparative phylogeographic analyses are useful to shed light on common historical processes affecting regional faunas, as well as to identify species-specific life history features that may influence their genetic legacy. Here we performed phylogeographic analysis of two medium-sized Neotropical carnivores, the brown-nosed coati (Nasua nasua) and the crab-eating raccoon (Procyon cancrivorus), using mitochondrial DNA and microsatellite markers, in order to characterize and compare their patterns of genetic diversity and underlying evolutionary history. We also describe the isolation and characterization of eight polymorphic microsatellite loci for brown-nosed coatis (N. nasua). Both species are farily common in the wild and present in a wide variety of habitats, being sympatric throughout most of their ranges. However, different phylogeographic and diversity patterns were found for both markers: mitochondrial DNA analyses showed levels of diversity that were up to ten-fold higher for N. nasua relative to P. cancrivorus. Six reciprocally monophyletic mtDNA phylogroups were recognized for N. nasua, which were also supported as distinct populations by the microsatellite analyses. In contrast, the mtDNA data set for P. cancrivorus indicated the existence of three recognizable population units, but the magnitude of their differentiation was much less pronounced than that observed in N. nasua. Moreover, the microsatellite data did not support any genetic subdivision in this species, suggesting that full connectivity is maintain throughout all sampled areas. These results demonstrate that these species have very distinct evolutionary histories, which may at least in part be a consequence of differences in social structure and dispersal patterns. These results highlight the evolutionary complexity of the Neotropical biota, and underscore the need for multi-species analyses employing comparable data sets so that common and contrasting patterns can be adequately investigated. / Estudos filogeográficos comparados são úteis na compreensão de processos históricos compartilhados que afetam faunas regionais, bem como na identificação de padrões espécie-específicos que podem influenciar suas atuais características genéticas. Neste estudo, foram realizadas análises filogeográficas de dois carnívoros Neotropicais de médio porte, o quati de focinho marrom (Nasua nasua) e o mão pelada (Procyon cancrivorus), usando marcadores mitocondriais e microssatélites, afim de caracterizar e comparar seus padrões de diversidade genética e compreender sua história evolutiva. Adicionalmente, descreve-se o isolamento e a caracterização de oito loci polimórficos de microssatélites para Nasua nasua. Ambas as espécies são bastante comuns na natureza e estão presentes em uma ampla variedade de habitats, sendo simpátricas ao longo da maior parte de sua distribuição. No entanto, diferentes padrões filogeográficos e de diversidade genética foram encontrados para N. nasua e P. cancrivorus: análises de DNA mitocondrial mostraram níveis de diversidade até dez vezes superiores para N. nasua com relação a P. cancrivorus. Adicionalmente, os mesmos marcadores revelaram a existência de 6 filogrupos reciprocamente monofiléticos para N. nasua, os quais também são suportados como populações distintas pelas análises de microssatélites. De maneira distinta, as análises de DNA mitocondrial para P. cancrivorus indicam a existência de três unidades populacionais; no entanto, a magnitude desta diferenciação foi muito menos evidente do que a observada em N. nasua. Além disso, os dados de microssatélites não suportaram a existência de qualquer subdivisão genética para P. cancrivorus, sugerindo que persiste uma completa conectividade entre todas as áreas amostradas. Estes resultados demonstram que estas espécies apresentam uma historia evolutiva bastante distinta, a qual pelo menos em parte pode ser atribuída a diferenças na estrutura social e no padrão de dispersão das mesmas. Tais resultados destacam a complexidade evolutiva da biota Neotropical e ressaltam a necessidade de análises multi-espécies empregando conjuntos de dados comparáveis, de forma que padrões comuns e contrastantes possam ser adequadamente investigados.

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