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Metaheurísticas de busca local para o problema de sequenciamento de tarefas em máquinas paralelas não relacionadas com tempo de preparação dependente da sequência.Silva, Cristiano Luís Turbino de França e January 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014 / Este trabalho apresenta uma proposta e a avaliação computacional de quatro métodos
de busca local estocástica para o problema de sequenciamento de tarefas em máquinas paralelas não relacionadas com tempo de preparação dependente da sequência (UPMSP - unrelated parallel machine scheduling problem with sequence dependent setup times). As quatro abordagens metaheurísticas que são analisadas para o UPMSP baseam-se em: Simulated Annealing (SA), Iterated Local Search (ILS),
Late Acceptance Hill Climbing (LAHC) e Step Counting Hill Climbing (SCHC). A estrutura das vizinhancas, bem como os parâmetros dos algoritmos, foram amplamente testados e analisados, sendo possível verificar como os parâmetros afetam o comportamento de cada algoritmo implementado e pesquisar os melhores parâmetros. As comparações dos resultados obtidos foram realizadas com os resultados apresentados por Vallada e Ruiz (2011), proponentes do conjunto de 50 instâncias consideradas e, mais recentemente, por Haddad (2012). O método que obteve o melhor resultado nessas 50 instâncias foi testado para todas as 1.000 instâncias grandes, apresentadas por Vallada e Ruiz (2011), melhorando em 96,6% (966 instâncias) a melhor solução conhecida encontrada por esses últimos autores.
__________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: This paper presents a proposal and a computational review of four methods of stochastic local search to the unrelated parallel machine scheduling problem with sequence dependent setup times (UPMSP). The four metaheuristics approaches that are analyzed for the UPMSP are based in: Simulated Annealing (SA), Iterated Local Search (ILS), Late Acceptance Hill Climbing (LAHC) and Step Counting Hill Climbing (SCHC). The structure of neighborhoods, as well as the parameters of the algorithms, were widely tested and analyzed, being possible verify how the parameters affect the behavior of each algorithm implemented and search the best parameters. The comparisons of the results were accomplished with the results presented by Vallada and Ruiz (2011), who proposed the set of 50 instances considered, and, more recently, by Haddad (2012). The method that got the best result in these 50 instances was tested for every 1.000 large instances, presented by Vallada and Ruiz (2011), improving in 96.6% (966 instances) the best known solution found by this last authors
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Algoritmos de otimização multiobjetivo para o problema de sequenciamento de atividades em projetos de construção metálica.Gomes, Helton Cristiano January 2012 (has links)
Programa de Pós Graduação em Engenharia Civil. Departamento de Engenharia Civil, Escola de Minas, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2013-10-21T12:37:07Z
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Previous issue date: 2012 / Outro fato importante é a crescente utilização do aço na construção civil, substituindo materiais convencionais como o concreto. Esse fato se deve às vantagens estéticas e de qualidade que esse tipo de construção vem apresentando em diversos tipos de projetos. Porém, além dessas vantagens proporcionadas pela utilização de sistemas construtivos em aço, a redução do tempo e do custo de construção e o aumento da produtividade são fatores-chave para o seu sucesso. No entanto, para se alcançar esses fatores, as obras precisam ser muito mais controladas, o que significa projetos mais bem elaborados onde a tecnologia está sendo um diferencial para as empresas que investem nela. A falta e/ou mau planejamento e orientação no gerenciamento de projetos têm sido os principais responsáveis por problemas que ocorrem na construção civil. Um correto gerenciamento de projetos é capaz de propiciar a redução de prazos e custos, a melhor utilização dos recursos produtivos, a minimização de riscos e a redução de erros no processo produtivo. Diversas ferramentas podem ser utilizadas pela engenharia no auxilio à tomada de decisões relativas ao gerenciamento de projetos, dentre elas destaca-se a otimização, ainda pouco aplicada na construção civil. Vários problemas de otimização relacionados a projetos, que se enquadram em diversas aplicações reais, podem ser encontrados na literatura. Um importante exemplo é o problema de sequenciamento de atividades em projetos com restrições de recursos e de precedência (PSAPRRP), uma vez que o correto sequenciamento das atividades de um projeto resulta em um melhor aproveitamento dos recursos disponíveis e, consequentemente, ganho de produtividade e tempo. Neste trabalho, o PSAPRRP é abordado como um problema de otimização multiobjetivo, tendo como meta a minimização de dois critérios: a data de finalização do projeto e o somatório dos custos associados às datas de início de execução das atividades. Para a resolução do problema, são propostos cinco algoritmos multiobjetivos, baseados nos métodos Multi-objective GRASP (GMO), Multi-objective Variable Neighborhood Search (MOVNS) e Pareto Iterated Local Search (PILS). Os algoritmos propostos utilizam estratégias baseadas no conceito de dominância de Pareto para realizar a busca de soluções e determinar um conjunto de soluções não-dominadas próximo ao conjunto Pareto-ótimo, permitindo aos projetistas a escolha de uma solução que satisfaça seus interesses, tornando o projeto mais planejado e controlado. Os conjuntos de soluções não-dominadas obtidos pelos algoritmos, para um conjunto de instâncias adaptadas da literatura, são comparados utilizando quatro métricas de avaliação de desempenho: medidas de distância, diferença de hipervolume, epsilon e taxa de erro. Foram realizados, também, experimentos estatísticos para comprovar a existência de diferença significativa entre os algoritmos propostos com relação às métricas utilizadas. Por fim, com o intuito de exemplificar a aplicação dos cinco algoritmos, é proposto um exemplo fictício e simplificado de um projeto de construção civil utilizando estruturas metálicas. Com base nos resultados obtidos pelos algoritmos para dois cenários do exemplo, é apresentada uma análise acerca da influência da disponibilidade de recursos com relação aos objetivos adotados. _______________________________________________________________________________ / ABSTRACT: With the current real estate market growth, the productive resources tend to become scarce and expensive in civil construction. Due to this fact, the best use of productive resources has become extremely important for the success of this type of enterprise. Another important fact that has been observed is the increasing use of steel in civil construction, replacing conventional materials like concrete. This fact is due to the aesthetic and quality advantages that this type of construction has been showing in various types of projects. However, besides these advantages provided by the use of steel construction systems, the reduction of the duration and cost of construction and the increased productivity are key factors for its success. However, to achieve these factors, the works need to be much more controlled, which means projects better elaborate where technology is a differential for companies that invest in it. The lack of planning and/or bad planning and guidance on project management have been the main responsible for problems that happen on civil construction. Correct project management is capable of providing reduction of duration and costs, better utilization of productive resource, minimization of risks, and error reduction on the production process. Several tools can be used by engineering aiding the decision making related to project management, within which optimization is emphasized; this is seldom applied in civil construction. Several optimization problems related to projects, which has a wide diversity of real applications, can be found in literature. An important example is the resource-constrained project scheduling problem with precedence relation (RCPSPRP), considering that the correct project activities sequencing results in a better use of the available resources, and consequently, a gain in productivity and time. In this work the RCPSPRP is addressed as a multi-objective optimization problem and aims at minimizing two criteria: the makespan and the total weighted start time of the activities. To solve the problem, five multi-objective algorithms are analyzed, based on Multi-objective GRASP (MOG), Multi-objective Variable Neighborhood Search (MOVNS) and Pareto Iterated Local Search (PILS) methods. The proposed algorithms use strategies based on the concept of Pareto Dominance to search for solutions and determine the set of non-dominated solutions close to the Pareto-optimal front, allowing the project manager to choose a solution that fulfills his interests by making the project better planned and controlled. The set of non-dominated solutions attained by the algorithms for a set of instances adapted from literature are compared using four multi-objective performance measures: distance metrics, hypervolume indicator, epsilon metric and error ratio. Statistical experiments were also conducted to prove the existence of a significant difference between the proposed algorithms regarding the used metrics. Finally, in order to illustrate the application of the five algorithms, a fictitious and simplified example of a civil construction project, using steel structures, is proposed. Based on the results obtained by the algorithms for two scenarios of the proposed example, an analysis about the influence of resource availability with respect to adopted objectives is presented.
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Um algoritmo baseado na metaheurística late acceptance hill-climbing para o planejamento operacional de lavra.Silva, Arthur de Assis January 2014 (has links)
Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. Departamento de Ciência da Computação, Instituto de Ciências Exatas e Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2014-11-07T16:35:24Z
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Previous issue date: 2014 / Este trabalho trata um problema particular de planejamento de lavra de uma mineradora localizada no quadrilátero ferrífero do Estado de Minas Gerais, Brasil. Neste problema há um conjunto de frentes de lavra, um conjunto de equipamentos de carga de diferentes produtividades, um conjunto de caminhões de diferentes capacidades e um conjunto de pontos de descarga para o material lavrado. Cada frente de lavra é subdividida em blocos, os quais, por sua vez, são subdivididos em sub-blocos. Cada sub-bloco pode conter um dentre quatro tipos de material: hematita, canga, itabirito e estéril. Além disso, cada sub-bloco somente pode ser lavrado se os sub-blocos precedentes tiverem sido totalmente lavrados. A cada ponto de descarga está associada uma meta de produção e uma qualidade de material a ser atendida. O objetivo é determinar a alocação das carregadeiras aos blocos e o número de viagens que cada caminhão deve fazer a cada sub-bloco, saindo de um determinado ponto de descarga, de forma a atender as metas de produção e qualidade estabelecidas para cada descarga. Para resolvê-lo foi desenvolvido um algoritmo heurístico baseado nas metaheurísticas Greedy Randomized Adaptive Search Procedures (GRASP) e Late Acceptance Hill-Climbing (LAHC). O algoritmo explora o espaço de soluções usando busca locais autoadaptativas. Experimentos computacionais comparam os resultados do algoritmo proposto com aqueles do otimizador LINGO aplicado a um modelo de programação linear inteira mista e mostram a efetividade da proposta. ________________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: This work deals with a particular problem of mine planning at a mining company located in the Iron Quadrangle of Minas Gerais, Brazil. In this problem there is a set of pit mining, a set of loader equipment of different yields, a set of trucks of different capacities and a set of delivery points for the discharge of materials. Each pit is subdivided into blocks, which, in turn, are subdivided into sub-blocks. Each sub-block can contain one of four types of material: hematite, canga, itabirito and waste. Furthermore, each sub-block can only be drawn up if the preceding sub-blocks have been fully drawn up. Every point of discharge is associated with a production and quality targets of material to be answered. The objective is to determine the allocation of loaders to blocks and the number of trips that each truck must do for each sub-block, leaving a certain point of discharge in order to meet production and quality targets requirements for each discharge. A heuristic algorithm, based on the metaheuristics Greedy Randomized Adaptive Search Procedures and Late Acceptance Hill-Climbing, was developed in order to solve this problem. The algorithm explores the solution space using self-adaptive local search. Computational experiments compare the results of the proposed algorithm with those of the optimizer LINGO model applied to a mixed integer linear programming and show its effectiveness.
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Argumentos combinatórios para identidades envolvendo números binomiais, de Fibonacci e de LucasCóres, Fernando Cunha 07 July 2014 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-06-24T16:31:02Z
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2014_FernandoCunhaCores.pdf: 2642081 bytes, checksum: 54b5ec3452b974fcd5dd77cea0ee37fe (MD5) / Considere os números de Fibonacci (Fn), os números de Lucas (Ln) e os números binomiais (C(n; k)), os fenômenos que por eles são enumerados e as principais identidades envolvendo esses números. Seguindo o trabalho de Arthur Benjamin e Jennifer Quinn [1], vamos demonstrar tais identidades mostrando que podemos contar o mesmo fenômeno de duas formas diferentes. Inicialmente vamos estudar os números binomiais, mais comuns no Ensino Médio e que estão no contexto da Combinatória, considerada pela maioria dos alunos e professores como o assunto mais difícil de entender e ensinar naquele segmento de ensino. Em seguida faremos uma abordagem combinatória de algumas identidades envolvendo números de Fibonacci e de Lucas através de um estudo das coberturas de um tabuleiro 1 x n, das palavras binárias e das composições de um inteiro positivo n. Sobre as composições, basearemos nosso trabalho no estudo feito por Hoggatt [7] para fazer as demonstrações de algumas das identidades propostas. Apresentaremos novas identidades de Fibonacci e Lucas. Finalmente faremos uma proposta de sequência didática para ser aplicada na educação básica como motivadora para o estudo da Combinatória e dos números de Fibonacci. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Consider Fibonacci numbers (Fn), Lucas numbers (Ln) and binomial numbers (C(n, k)) and the several identities involving these numbers. Following the work of Arthur Benjamin and Jennifer Quinn [1], we will demonstrate some identities by showing that it is possible to count the same situation in two different ways. Firstly, we will study binomial numbers (which are more common in high school) which belongs to the context of Combinatorics, considered by most students and teachers as the most dificult subject to understand and teach. Then we will work on combinatorial approaches of some identities involving Fibonacci and Lucas numbers by studying coverings of a 1 x n board, binary words, and compositions of a positive integer. About compositions, our work will be based on the study by Hoggatt [7] to demonstrate some of the proposed identities. Also, shall present new identities for Fibonacci and Lucas numbers. Finally, we shall make a proposal for a teaching sequence to be applied in basic education as a motivator for the study of Combinatorics and Fibonacci numbers.
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Estudo de membranas elásticas quadradas suportadas pelos vérticesOtoni Neto, Augusto Benedito 01 1900 (has links)
Submitted by Fatima Fonseca (fatima.fonseca@sibi.ufrj.br) on 2017-07-28T15:20:28Z
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Previous issue date: 1973-01 / Estuda o comportamento de uma membrana quadrada elástica suportada pelos vértices quando sob a ação de carregamentos uniformemente distribuídos. É apresentada a formulação matemática do problema, seguida da descrição do ensaio realizado em um modelo experimental, construído no laboratório da COPPE. São indicados os resultados das reflexões e das tensões em vários pontos da membrana, sendo esses analisados sob o ponto de vista da Teoria Matemática da Elasticidade. É apresentada a obtenção do módulo de elasticidade longitudinal do material da membrana através de ensaios em laboratório e o diagrama tensão-deformação do mesmo. / Study the behaviour of an elastic square membrane supported by the vertex, under the action of uniform loads. The mathematical formulation of the problem is set down, followed by the description of the experiment with a model built in one of COPPE'S laboratory. The results of deflection and stresses on several points of the membrane are shown and analysed through the Theory of Elasticity. It is also presented an easy way to find the longitudinal modulus of elasticity of the membrane material through laboratory experiments and it is plotted a strain-stress curve of this material.
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Otimização geométrica de treliçasMoura, Vinicius Freire 08 1900 (has links)
Submitted by Fatima Fonseca (fatima.fonseca@sibi.ufrj.br) on 2017-09-22T18:48:10Z
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Previous issue date: 1977-08 / É apresentado um sistema computacional visando obter a otimização geométrica automática de treliças espaciais, baseado em um algoritmo desenvolvido por Fletcher e Reeves. O sistema considera treliças espaciais submetidas a carregamentos externos múltiplos e restrições dos seguintes tipos: - Geométricas: valores mínimos e máximos de coordenadas nodais, simetria de nós e retas pré-fixadas, sobre as quais sempre se situarão determinados nós. - Comportamento: valores admissíveis para as tensões nas barras (incluindo a flambagem) e deslocamentos nodais. São discutidos o método de análise estrutural utilizado, o algoritmo de otimização e apresentada a organização geral do sistema, através de um fluxograma. Finalmente, comprovando a eficiência do sistema, são resolvidos exemplos, alguns dos quais baseados em projetos já executados. / A computer system for automatic optimization of truss geometry is proposed, based upon Fletcher and Reeves algorithm. The system applies to space trusses, with multiple loading conditions and the following constraint types: - Geometric constraints: minimum and maximum values of joint coordinates, joint symmetry and variation of joint positions along fixed lines. - Behavior constraints: allowable member stresses (including buckling) and maximum joint displacements. Methods of structural analysis and the optimizatio algorithm are thoroughly discussed. A flowchart displays the general system organization. ln addition, examples - some of them of structures already built - are included so that the system efficiency can be verified.
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Geometria espacial: motivação para Olimpíadas de Matemática / Space geometry: motivation for Mathematics OlympicsPontes, Rogério de Carvalho [UNESP] 31 August 2016 (has links)
Submitted by ROGERIO DE CARVALHO PONTES null (rogerpon@ig.com.br) on 2016-10-04T22:52:31Z
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GEOMETRIA ESPACIAL IV 04 10 16.pdf: 3098297 bytes, checksum: f91c0e155e9fdf8baf6a38607354bd44 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-10-05T14:26:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2016-08-31 / Neste trabalho,exploramos as definições mais usuais de Geometria Espacial, apresentamos um resultado sobre o volume de um icosaedro regular e um resultado envolvendo as bimedianas de um poliedro de n vértices,como objetivo de contribuir para preparação de alunos do 9° ano do ensino fundamental ao 3° do ensino médio para olimpíadas de matemática. / In this work , we explore the most common definitions of spatial geometry , we present a result for the volume of a regular icosahedron and a result involving bimedianas of a polyhedron with n vertices result in order to contribute to the preparation of students in the 9th year elementary school to 3th high school for mathematics Olympiads.
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Jogos em uma sequência didática para o ensino de análise combinatóriaAmbrozi, Luiz 13 December 2017 (has links)
Neste trabalho desenvolve-se uma proposta de ensino para aprimorar o raciocínio combinatório, através da utilização de jogos no planejamento, na aplicação e avaliação de uma sequência didática inspirada nas orientações de Zabala, para subsidiar a prática docente no ensino de Análise Combinatória. A dissertação relata uma pesquisa que teve o intuito de explorar conceitos combinatórios por meio de atividades diversificadas, envolvendo recursos digitais, jogos e estudos orientados, a fim de fortalecer e diversificar o ensino e a aprendizagem deste conteúdo, procurando tornar as aulas mais atrativas e dinâmicas. Alguns dos jogos utilizados para a criação da sequência didática não são originais, outros já foram aplicados por pesquisadores ou professores, porém, aqui, foram reorganizados, ajustados ou adaptados de modo a adequar e potencializar a sua utilização, no contexto da prática elaborada. As várias atividades, promovidas para a realização dos jogos ou as de etapa posterior, foram planejadas de modo a explorar o raciocínio combinatório. A pesquisa é fundamentada na visão construtivista do fazer e compreender, de Piaget, e resultou como produto deste trabalho uma sequência didática denominada Dinâmica Combinatória, que integra as atividades dinamizadas numa sequência de ensino que envolve ações, direcionadas para a compreensão dos conceitos combinatórios. Juntamente com este processo de compreensão, construiu-se um espaço para os alunos explorarem, com orientação do professor, toda a simbologia que contempla o conteúdo de Análise Combinatória, a fim de que conhecessem as fórmulas que integram as técnicas de contagem. Por fim, faz-se uma avaliação da aprendizagem, com a utilização do Jogo Trilha Combinatória, criado especialmente para a aplicação dos conhecimentos construídos, por meio das ações que constituem as jogadas, verificando se ocorreu aprendizagem. A análise dos dados obtidos com a pesquisa foi qualitativa, e avaliou formulários, diários de anotações, registros fotográficos, entre outros e revelou aprendizagens e envolvimento dos estudantes para além das expectativas do pesquisador. Conclui-se que a Dinâmica Combinatória tornou-se um recurso didático potencial para a aprendizagem e o desenvolvimento do raciocínio combinatório, propiciando um processo de ensino e aprendizagem de Análise Combinatória dinâmico e atrativo. / Submitted by cmquadros@ucs.br (cmquadros@ucs.br) on 2018-02-15T13:28:13Z
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Previous issue date: 2018-02-15 / In this paper, a teaching proposal is developed to improve the combinatorial reasoning through the use of games in the planning, application and assessment of a didactic sequence, inspired by Zabala guidelines, to subsidize the teaching practice in Combinatorial Analysis teaching. The dissertation reports a research that aims to explore combinatorial concepts through diversified activities, involving digital resources, games and guided studies, in order to strengthen and diversify the teaching- learning process of this content, trying to make classes more attractive and dynamic. Some of the games used to create the didactic sequence are not original and some of them have already been applied by other researchers or teachers, but in this paper they have been reorganized, adapted and tailored to make them suitable and enhance their use in the practice context. The several activities, promoted for the accomplishment of the games or those of a later stage, were planned aiming to explore the combinatorial reasoning. The research is based on Piaget 's constructivist view of ” the doing and the understanding “ and resulted in a didactic sequence called Combinatorial Dynamics, which integrates the energized activities in a teaching sequence involving actions directed towards the understanding of the combinatorial concepts. Together with this process of comprehension, a space was built for students to explore, with the teacher's guidance, all the symbology that contemplates the content of Combinatorial Analysis, getting them to know the formulas which integrate the counting techniques. Finally, an evaluation of learning is made, using the Combination Track Game, created specially for the application of the constructed knowledge through games, verifying if the learning process was achieved. The research results are from a qualitative analysis that evaluated forms, journals, photographic records, among others and revealed students' learning and involvement beyond the researcher's expectations. It is concluded that Combinatorial Dynamics has become a potential didactic resource for the learning process and for the development of combinatorial reasoning, providing a dynamic and attractive Combinatorial Analysis Teaching and Learning process.
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Aplicação do algoritmo de otimização por colônia de formigas aos problemas de reconstrução de árvores filogenéticas e dobramento de proteínasPerretto, Maurício 2010 October 1914 (has links)
O ser humano tem uma grande estima pelo processo de raciocínio que desenvolveu durante a sua evolução. Uma das áreas da computação foi desenvolvida com o objetivo inicial de simular a inteligência humana dentro de programas computacionais. Esta área ficou conhecida como inteligência artificial. Nas últimas décadas a inteligência artificial tem se baseado nas mais diversas formas de organização que tenham padrões. Um desses métodos é o algoritmo de otimização por colônias de formigas, apresentado no início da década de 90, e que apresentou bons resultados para vários problemas que tiveram modelos implementados.
A biologia molecular visa analisar as estruturas moleculares contidas nos seres vivos, dentre elas as seqüências de DNA, RNA e os aminoácidos das proteínas. Devido o grande número de informações envolvidas nessa análise torna-se inviável em termos de tempo de processamento uma busca em todo o espaço de soluções possíveis, o que torna interessante o uso de algoritmos que percorram este espaço de busca de forma eficiente.
Um dos problemas da biologia molecular é a reconstrução de árvores filogenéticas. Ele visa relacionar de forma hereditária as diversas espécies através das informações contidas em suas seqüências. Desta forma é possível saber quais espécies são mais próximas em termos evolutivos.
Outro problema é o dobramento de proteínas. Uma proteína é um polímero que pode desempenhar as mais diversas funções em um ser vivo. A função que uma proteína desempenha esta diretamente relaciona a sua forma tridimensional. Uma proteína é codificada no DNA, e sintetizada no ribossomo de uma forma linear, a partir desta forma ela se dobra sobre a sua estrutura obtendo a sua forma final. Com a compreensão deste processo, seria possível a identificação de proteínas mal formadas e até mesmo o desenvolvimento de novas proteínas com funções específicas.
O presente trabalho visa descrever dos modelos, baseados na otimização por colônia de formigas, desenvolvidos para os problemas. Além disso, foram desenvolvidos recursos especiais que permitem percorrer o espaço de busca de forma mais efetiva obtendo melhores soluções.
Os resultados obtidos com as metodologias propostas apresentaram resultados similares ou até melhores que métodos já conhecidos que utilizaram o algoritmo de otimização por colônia de formigas para os mesmos problemas. / The human being has great esteem for the reasoning process developed during its evolution. One of the areas of the computation was developed with the initial objective to simulate human intelligence inside computational programs. This area is known as artificial intelligence. In the last decades artificial intelligence has been basing on the most diverse forms of organization that have standards. One of these methods is the ant colony optimization algorithm, presented in the beginning of nineties, and that achieved good results for some problems that had had implemented models.
Molecular biology aims to analyze the molecular structures present in living creatures, amongst them the sequences of DNA, RNA and protein aminoacids. Due to great number of information being confronted in this analysis it is impracticable in terms of processing time a search in the whole space of possible solutions, what makes interesting the use of algorithms that cover the search space efficiently.
One of the problems of molecular biology is phylogenetic trees reconstruction. It aims to relate hereditarily the several species through information present in its sequences. In that manner, it is possible to know which species are more closely related to one another and which are more distantly related.
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Otimização e análise de algoritmos de ordenamento de redes proteicasKuentzer, Felipe Augusto January 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014 / Analysis by Transcriptogram was developed as a solution to noise reduction, usually present in the microarray measuring technique of the Transcriptome, and has demonstrated potential to be applied as a method of disease diagnostics. The noise reduction in the measure is achived by the protein interaction network ordering, allowing gene expression analysis in whole genome scale. The Transcriptogram's efficiency to noise reduction was analyzed, however, it still lacks an analisys of the ordering quality, so that the best parameter setting for the ordering algorithm is used by the Transcriptogram. So far, this analysis is hindered by the high runtime of the ordering algorithm. In this work, an analysis of the ordering algorithm stages allows some optimizations, and consequent reduction in execution time, also allowing further analysis on which parameters settings have the greatest influence on the ordering quality. Applying the Transcriptogram to a diagnostic problem, the diagnostic measure is used to characterize the influence of the parameters of the ordering algorithm to achive better diagnoses. The results show that the protein network used in previous works doesn't produce the best diagnostics. Moreover, the ordering minimization, achieved by executing the ordering algorithm for longer periods, does not necessarily increase the probability to find better diagnosis compared to random ordering. Eventhough the experimental diagnostic results could not statistically difFerentiate random ordering from optimized ordering, these results cannot be considered conclusive since a single disease has been evaluated. / A análise por Transcriptograma foi desenvolvida como uma solução para a redução de ruído, comum nas medidas do Transcriptoma provenientes da técnica de microarranjo, e tem demonstrando potencial se aplicada como método para diagnósticos de doenças. A redução do ruído existente nas medidas se dá pelo ordenamento da rede de interações proteicas do organismo, permitindo a análise da expressão gênica em escala de genoma completo. A eficiência do Transcriptograma para a redução do ruído já foi analisada, entretanto, ainda carece a avaliação da qualidade do ordenamento, definindo para isso, amelhor configuração de parâmetros para o algoritmo de ordenamento utilizado pelo Transcriptograma. Até o momento, essa análise é dificultada pelo elevado tempo de execução do algoritmo de ordenamento. Neste trabalho, uma análise das etapas do algoritmo de ordenamento possibilita a realização de otimizações, e consequente redução no tempo de execução, além de permitir a análise mais aprofundadadas configurações dos parâmetros que tem maior influência na qualidade do ordenamento. Aplicando o Transcriptograma a um problema de diagnóstico, utiliza-se a medida do diagnóstico para caracterizar a influência dos parâmetros do algoritmo de ordenamento na obtenção de melhores diagnósticos. Observa-se nos resultados, que a rede proteica utilizada em trabalhos anteriores não apresenta os melhores diagnósticos. Além disso, a minimização do ordenamento, alcançada por meio da execução prolongada do algoritmo de ordenamento, não necessariamente aumenta a probabilidade de encontrar um melhor diagnóstico comparado com o ordenamento aleatório. Mesmo que os resultados experimentais com o diagnóstico não diferenciem estatisticamente o ordenamento aleatória do ordenamento otimizado, estes resultados não podem ser considerados conclusivos pois uma única doença foi avaliada.
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