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1	Analytische Untersuchungen zur Aggregation von Cetrorelix und weiteren GnRH-Antagonisten Hempelt, Daniela 19 November 2012 (has links) (PDF) In der vorliegenden Arbeit werden Beiträge zur Entwicklung neuer qualitativer und quantitativer analytischer Methoden für die Untersuchung von Cetrorelix und anderen GnRH-Antagonisten während des Aggregationsprozesses vorgestellt. Für die qualitative Untersuchung von GnRH-Antagonisten wurden am Modellpeptid Cetrorelix massenspektrometrische Methoden entwickelt und auf weitere GnRH-Antagonisten übertragen. Eingesetzt wurde sowohl die ESI-TOF-MS als auch die MALDI-TOF-MS. Beide massenspektrometrische Verfahren zeigten für die untersuchten GnRH-Antagonisten polydisperse Verteilungen oberhalb der fluoreszenzspektroskopisch bestimmten kritischen Aggregatbildungskonzentration (cac). Bei den ESI-TOF-MS-Messungen konnte ein stark von Cetrorelix abweichendes Aggregationsverhalten für Ozarelix beobachtet werden. Für die Quantifizierung des Aggregatanteils in Cetrorelix- bzw. Ozarelixproben wurde eine Methode mit der MALDI-TOF-MS etabliert, die Untersuchungen an pharmazeutisch relevanten Peptidhormon-Formulierungen ermöglicht. Systematische Untersuchungen zum Einfluss verschiedener An- und Kationen sowie deren Konzentrationen auf die Cetrorelixaggregation erfolgten mit der Fluoreszenzspektroskopie. Die erhaltenen Ergebnisse ermöglichen eine bessere Charakterisierung der Aggregation und lassen Abschätzungen über das Aggregationsverhalten von Cetrorelix in verschiedenen Medien mit unterschiedlichen Elektrolyten zu. Mit dem Einsatz der Transmissionselektronenmikroskopie war es erstmals möglich, Aggregate von GnRH-Antagonisten visuell darzustellen. GnRH-Antagonist Cetrorelix Aggregation Cetrorelix GnRH-antagonist aggregation ddc:540 rvk:VG 9807
2	Analytische Untersuchungen zur Aggregation von Cetrorelix und weiteren GnRH-Antagonisten Hempelt, Daniela 10 July 2012 (has links) In der vorliegenden Arbeit werden Beiträge zur Entwicklung neuer qualitativer und quantitativer analytischer Methoden für die Untersuchung von Cetrorelix und anderen GnRH-Antagonisten während des Aggregationsprozesses vorgestellt. Für die qualitative Untersuchung von GnRH-Antagonisten wurden am Modellpeptid Cetrorelix massenspektrometrische Methoden entwickelt und auf weitere GnRH-Antagonisten übertragen. Eingesetzt wurde sowohl die ESI-TOF-MS als auch die MALDI-TOF-MS. Beide massenspektrometrische Verfahren zeigten für die untersuchten GnRH-Antagonisten polydisperse Verteilungen oberhalb der fluoreszenzspektroskopisch bestimmten kritischen Aggregatbildungskonzentration (cac). Bei den ESI-TOF-MS-Messungen konnte ein stark von Cetrorelix abweichendes Aggregationsverhalten für Ozarelix beobachtet werden. Für die Quantifizierung des Aggregatanteils in Cetrorelix- bzw. Ozarelixproben wurde eine Methode mit der MALDI-TOF-MS etabliert, die Untersuchungen an pharmazeutisch relevanten Peptidhormon-Formulierungen ermöglicht. Systematische Untersuchungen zum Einfluss verschiedener An- und Kationen sowie deren Konzentrationen auf die Cetrorelixaggregation erfolgten mit der Fluoreszenzspektroskopie. Die erhaltenen Ergebnisse ermöglichen eine bessere Charakterisierung der Aggregation und lassen Abschätzungen über das Aggregationsverhalten von Cetrorelix in verschiedenen Medien mit unterschiedlichen Elektrolyten zu. Mit dem Einsatz der Transmissionselektronenmikroskopie war es erstmals möglich, Aggregate von GnRH-Antagonisten visuell darzustellen. info:eu-repo/classification/ddc/540 ddc:540 GnRH-Antagonist, Cetrorelix, Aggregation Cetrorelix, GnRH-antagonist, aggregation
3	Entwicklung und Charakterisierung von Komplexen aus Cetrorelix und biophilen Trägermaterialien Rattei, Thomas 20 July 2002 (has links) (PDF) Die Dissertation beschreibt Arbeiten zur Herstellung neuer Cetrorelixkomplexe, zur Kinetik der dynamischen Liberation, zur Struktur von Aggregaten und Komplexen von Cetrorelix und zur Berechnung von Komplexeigenschaften mit Molecular Modeling. / Presented are results about new complexes of cetrorelix, the kinetics of dynamical liberations, the structure of Cetrorelix aggregates and complexes and the computation of properties of complexes by molecular modeling. Biochemie Dissertation Peptiddocking Peptidkomplex Biochemistry Peptide complex Peptide docking PhD-Thesis ddc:30 rvk:VX 8557 Bioverfügbarkeit Cetrorelix Depotpräparat Komplexbildungsreaktion Molekulardesign Pharmakokinetik Wirkstofffreisetzung
4	Entwicklung und Charakterisierung von Komplexen aus Cetrorelix und biophilen Trägermaterialien Rattei, Thomas 12 August 2002 (has links) Die Dissertation beschreibt Arbeiten zur Herstellung neuer Cetrorelixkomplexe, zur Kinetik der dynamischen Liberation, zur Struktur von Aggregaten und Komplexen von Cetrorelix und zur Berechnung von Komplexeigenschaften mit Molecular Modeling. / Presented are results about new complexes of cetrorelix, the kinetics of dynamical liberations, the structure of Cetrorelix aggregates and complexes and the computation of properties of complexes by molecular modeling. info:eu-repo/classification/ddc/30 ddc:30
5	Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden Schneider, Alexander 11 November 2014 (has links) (PDF) Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Untersuchung und Beschreibung der Eigenschaften der synthetischen Dekapeptide Cetrorelix und Ozarelix durch analytische Methoden und computergestützte Modellierung. Diese Moleküle sind hydrophobe, aggregierende Antagonisten des Gonadotropin-Releasing-Hormons (GnRH). Zusätzlich wurden amyloidbildende Peptidstrukturen als Modelle für die Assoziationsprozesse in hydrophoben Peptiden untersucht und visualisiert. Die intrinsische Fluoreszenz der GnRH-Antagonisten und zusätzlich der Peptide Teverelix und D-Phe6-GnRH sowie von verkürzten Fragmenten des Cetrorelix wurde untersucht. Ein Strukturmodell für die Beschreibung der Aggregation der Dekapeptide wurde erarbeitet. Der Aufbau eines Rechenclusters durch das Einbinden der Computer am Lehrstuhl in ein Linux-System zur Verteilung von Rechenprozessen über das Netzwerk ermöglichte die Bereitstellung der notwendigen Leistung zur Realisierung der Berechnungen. Es wurden Werkzeuge zur Modellierung der solvatisierten Aggregate von Peptiden ohne eindeutige Vorzugsstruktur programmiert und in ein Docking-System für beliebige Moleküle eingebunden. Verwendet wurde das Kraftfeld MMFF94 mit einer Erweiterung durch ein Verfahren zur dynamischen Berechnung von Partialladungen in Molekülstrukturen. Solvatisierte Aggregate der Dekapeptide und von bekannten amyloidbildenden Strukturen wurden modelliert (Docking). Berechnet wurden als aggregierend beschriebene Sequenzen und entsprechende Vergleichsstrukturen des Calcitonins, des Insel-Amyloid-Polypeptides, des beta2-Mikroglobulins, des Amyloid-beta-Proteins, des Lactoferrins und weitere Modellpeptide. Die wesentlichen Wechselwirkungen während der Aggregation konnten schließlich anhand von Dynamik-Simulationen der faltblattartigen Dimere des Cetrorelix und Ozarelix beschrieben werden. So wurden die Prozesse der hydrophoben Assoziation und Stabilisierung durch Wasserstoffbrücken von Peptiden veranschaulicht und auf molekularer Ebene erfolgreich analysiert. Die Visualisierung der erhaltenen Modellierungsergebnisse erfolgt durch die Darstellung der Strukturen und Dynamik-Simulationen als interaktive 3D-Modelle in einem für diese Arbeit aufgebauten Internetauftritt. / This work discusses the analysis of the aggregation properties of the gonadotropin releasing hormone antagonists Cetrorelix, Teverelix, Ozarelix and of small amyloid forming model peptides by analytical fluorescence spectroscopy and molecular modelling. A high performance linux compute cluster was developed for calculation of molecular structures. Solvated aggregate clusters of peptides without defined secondary structure were modelled by molecular mechanics methods (forcefield mmff94) in combination with an advanced charge equilibration and docking technique. Molecular dynamics of solvated peptide dimers were implemented and the role of hydrophic association and hydrogen bond formation in hydrophobic peptide aggregates was explained. Finally, an aggregation model for the directed association of hydrophobic peptides is presented. The modelling results, 3d structures and dynamic simulations are visualized in an interactive web material. Aggregation GnRH-Antagonist Peptidaggregation Gonadotropin-Releasinghormon-Analoga Cetrorelix Ozarelix Teverelix Fluoreszenzspektroskopie LINUX-Rechencluster Molekulardynamik Molekülmechanik Docking Solvatation Kraftfeldberechnung MMFF94 Naphthylalanin Tyrosin Tyrosinat Hydropathie Wasserstoffbrücken aggregation peptide aggregation peptide docking fluorescence spectroscopy amyloid molecular modelling molecular dynamics force field hydrogen bonds hydropathy hydrophobicity hydrophobic effect secondary structure beta sheet compute cluster ddc:540 rvk:WD 5250 Aggregation Aggregat <Chemie> Assoziation <Chemie> Gonadotropin-Releasinghormon-Analoga Cetrorelix Fluoreszenzspektroskopie Amyloid Gel Aminosäuren Nichtproteinogene Aminosäuren Peptide Strukturanalyse Faltblatt Sekundärstruktur Wasserstoffbrückenbindung Hydrophobe Wechselwirkung Hydrophobie Van-der-Waals-Kraft Aromaten LINUX Cluster <Rechnernetz> Hochleistungsrechnen Kraftfeld Kraftfeld-Rechnung Modellierung Molekulardesign Molekulardynamik Docking <Chemie> Solvatation Tyrosin Calcitonin Amylin Mikroglobulin <beta-2-> Amyloid <beta-> Amyloid-Peptid <beta-> Lactoferrin Visualisierung VRML Virtualisierung Visuelle Wahrnehmung
6	Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden Schneider, Alexander 08 October 2014 (has links) Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Untersuchung und Beschreibung der Eigenschaften der synthetischen Dekapeptide Cetrorelix und Ozarelix durch analytische Methoden und computergestützte Modellierung. Diese Moleküle sind hydrophobe, aggregierende Antagonisten des Gonadotropin-Releasing-Hormons (GnRH). Zusätzlich wurden amyloidbildende Peptidstrukturen als Modelle für die Assoziationsprozesse in hydrophoben Peptiden untersucht und visualisiert. Die intrinsische Fluoreszenz der GnRH-Antagonisten und zusätzlich der Peptide Teverelix und D-Phe6-GnRH sowie von verkürzten Fragmenten des Cetrorelix wurde untersucht. Ein Strukturmodell für die Beschreibung der Aggregation der Dekapeptide wurde erarbeitet. Der Aufbau eines Rechenclusters durch das Einbinden der Computer am Lehrstuhl in ein Linux-System zur Verteilung von Rechenprozessen über das Netzwerk ermöglichte die Bereitstellung der notwendigen Leistung zur Realisierung der Berechnungen. Es wurden Werkzeuge zur Modellierung der solvatisierten Aggregate von Peptiden ohne eindeutige Vorzugsstruktur programmiert und in ein Docking-System für beliebige Moleküle eingebunden. Verwendet wurde das Kraftfeld MMFF94 mit einer Erweiterung durch ein Verfahren zur dynamischen Berechnung von Partialladungen in Molekülstrukturen. Solvatisierte Aggregate der Dekapeptide und von bekannten amyloidbildenden Strukturen wurden modelliert (Docking). Berechnet wurden als aggregierend beschriebene Sequenzen und entsprechende Vergleichsstrukturen des Calcitonins, des Insel-Amyloid-Polypeptides, des beta2-Mikroglobulins, des Amyloid-beta-Proteins, des Lactoferrins und weitere Modellpeptide. Die wesentlichen Wechselwirkungen während der Aggregation konnten schließlich anhand von Dynamik-Simulationen der faltblattartigen Dimere des Cetrorelix und Ozarelix beschrieben werden. So wurden die Prozesse der hydrophoben Assoziation und Stabilisierung durch Wasserstoffbrücken von Peptiden veranschaulicht und auf molekularer Ebene erfolgreich analysiert. Die Visualisierung der erhaltenen Modellierungsergebnisse erfolgt durch die Darstellung der Strukturen und Dynamik-Simulationen als interaktive 3D-Modelle in einem für diese Arbeit aufgebauten Internetauftritt. / This work discusses the analysis of the aggregation properties of the gonadotropin releasing hormone antagonists Cetrorelix, Teverelix, Ozarelix and of small amyloid forming model peptides by analytical fluorescence spectroscopy and molecular modelling. A high performance linux compute cluster was developed for calculation of molecular structures. Solvated aggregate clusters of peptides without defined secondary structure were modelled by molecular mechanics methods (forcefield mmff94) in combination with an advanced charge equilibration and docking technique. Molecular dynamics of solvated peptide dimers were implemented and the role of hydrophic association and hydrogen bond formation in hydrophobic peptide aggregates was explained. Finally, an aggregation model for the directed association of hydrophobic peptides is presented. The modelling results, 3d structures and dynamic simulations are visualized in an interactive web material. info:eu-repo/classification/ddc/540 ddc:540

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