Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-04-17T16:24:41Z No. of bitstreams: 1 2016_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 6580504 bytes, checksum: 0c7709089799b4ed79474e6fb445f5ee (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-17T20:15:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 6580504 bytes, checksum: 0c7709089799b4ed79474e6fb445f5ee (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-17T20:15:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AndréRodolfodeOliveiraRibeiro.pdf: 6580504 bytes, checksum: 0c7709089799b4ed79474e6fb445f5ee (MD5) / Em Poaceae, a subfamília Panicoideae possui cerca de 3500 espécies e é a mais diversa nas regiões tropicais. Os números cromossômicos básicos x = 5, x = 9 e x = 10 e genomas pequenos (2C/2n = 0,1 pg) predominam entre as espécies de Panicoideae. Os diploides têm meiose estável e alta viabilidade polínica, enquanto os poliploides apresentam viabilididade polínica variável e diretamente relacionada ao índice meiótico. Mesosetum Steud. possui 25 espécies e é o único gênero neotropical de Panicoideae com registro do número cromossômico 2n = 8 (x = 4), cuja origem a partir de x = 10, também encontrado no gênero, ainda não foi elucidada. O objetivo da presente tese de doutorado foi obter dados sobre número e morfologia cromossômica, tamanho do genoma e fertilidade do pólen e relacioná-los à árvore filogenética molecular de Mesosetum. Os dados sobre número cromossômico e tamanho do genoma foram obtidos em 20 acessos e 13 espécies de Paspaleae, sendo uma espécie de Arthropogon Nees, 10 espécies de Mesosetum, uma espécie de Spheneria Kuhlm. e uma espécie de Tatianyx Zuloaga & Soderstr. O número cromossômico 2n = 26 (x = 13) observado em M. exaratum (Trin.) Chase é aqui registrado pela primeira vez na subfamília Panicoideae. Em Mesosetum, é possível reconhecer pelo menos três linhagens relacionadas a distintos números cromossômicos. O clado com número cromossômico básico x = 10 é provavelmente o mais basal em Mesosetum e, a partir do qual, se derivaram o clado com x = 4 e a linhagem monoespecífica com x = 13. O clado com x = 4 provavelmente se derivou por fusão ou rearranjos cromossômicos. Os cromossomos das espécies com 2n = 8, 2n = 16 e 2n = 24 mostraram sinais de DNAr 5S e 45S que confirmaram a ocorrência de poliploidia no clado x = 4. Os dados de citometria de fluxo sugerem que o clado com x = 10 manteve genoma pequeno (2C/2n = 0,04 a 0,1 pg) com cromossomos menores (1,8-4,0 μm). No clado com x = 4 e na linhagem monoespecífica com x = 13 provavelmente ocorreu uma expansão do tamanho do genoma após os eventos de disploidia descendente. Foi verificada uma redução do genoma dos poliploides naturais, sugerindo que já houve algum grau de diploidização após o evento de poliploidização. Esta diploidização também suporta a estabilidade meiótica e alta fertilidade do pólen observadas na maioria dos poliploides de Mesosetum. / In Poaceae, the subfamily Panicoideae contains approximately 3500 species and is the most diverse grass subfamily of tropical regions. The basic chromosome numbers of x = 5, x = 9, x = 10, and small genomes (2C/2n = 0.1 pg) are predominant among Panicoideae species. Diploids have stable meiosis and high pollen viability, while polyploids have variable pollen viability, which is directly related to the meiotic index. Mesosetum Steud. is composed of 25 species and is the only neotropical genus of Panicoideae with a registered chromosome number of 2n = 8 (x = 4). The origin of x = 4 basic chromosome number from x = 10, which also found within the genus, is still unknown. The aim of the present doctoral thesis was to obtain data about chromosome number and morphology, genome size, pollen fertility, and to relate to the molecular phylogenetic tree of Mesosetum. The data concerning chromosome number and genome size were obtained from 20 accessions and 13 species, including one species of Arthropogon Nees, 10 species of Mesosetum, one species of Spheneria Kuhlm., and one species of Tatianyx Zuloaga & Soderstr. The chromosome number of 2n = 26 (x = 13), found in M. exaratum (Trin.) Chase, is registered here for the first time for the subfamily Panicoideae. In Mesosetum, at least three lineages can be possible related through distinct basic chromosome numbers. The clade with the basic chromosome number of x = 10 is probably the most basal in Mesosetum, from which x = 4 clade and x = 13 monospecific lineage were derived. The x = 4 clade was probably derived via fusion or chromosomal rearrangements. The chromosomes of the species with 2n = 8, 16, and 24 showed signals of 5S and 45S rDNA that confirmed the occurrence of polyploidy in the x = 4 clade. The flow cytometry data suggest that a small genome size (2C/2n = 0.04 a 0.1 pg) and the smallest chromosomes of the genus (1.8-4.0 μm) were conserved in the x = 10 clade. In the x = 4 clade and x = 13 lineage, a genome size expansion probably occurred after events of descending disploidy. A decrease in the genome size was verified in natural polyploids, suggesting that some level of diploidization occurred after the polyploidization event. This diploidization also supports the meiotic stability and high pollen fertility observed in the majority of Mesosetum polyploids.

O comportamento meiótico e viabilidade do pólen foram estudados em 23 acessos de sete taxa de Lupinus ocorrentes no Rio Grande do Sul. Para as espécies L. lanatus, L. rubriflorus, L. multiflorus, L. paranensis, L. bracteolaris, L. guaraniticus e Lupinus sp., o pareamento cromossômico foi regular com preferencial formação de bivalentes, mas a ocorrência de alguns poucos quadrivalentes foi observado em um acesso de Lupinus sp e presença de quadrivalentes, associações múltiplas e aderência cromossômica foi evidenciada em um acesso de.L. guaraniticus. O índice meiótico e a estimativa da viabilidade do pólen foram superiores a 90% em todos os acessos e espécies analisadas, como reflexo da regularidade meiótica, indicando serem plantas meióticamente estáveis. Números cromossômicos de (2n=36) foram determinados pela primeira vez para L. guaraniticus e L. paraguariensis e confirmados números de 2n=36 para L. lanatus, L. rubriflorus e 2n=34 para L. bracteolaris ocorrentes no Rio Grande do Sul. Em 13 acessos analisados de Lupinus sp provenientes do Peru e Bolívia foi observado 2n=48 cromossomos, e 2n=36 em dois acessos de Lupinus cf. bandelierae da Bolívia. No híbrido ornamental Lupinus Russel foi observado 2n=48 cromossomos. As duas espécies unifolioladas norte americanas L. cumulicula e L. villosus exibiram número cromossômico de 2n=52, diferindo dos demais números conhecidos para as Américas. Os dados cromossômico obtidos neste trabalho aliados aos da literatura reforçam a idéia de que os lupinos andinos formam um grupo citológico diferenciado dentro do gênero, que os lupinos do sudeste da América do Sul são também um grupo citologicamente diferente da maioria dos demais taxa americanos, e que os lupinos unifoliolados norte americanos e os brasileiros não são diretamente relacionados.

Resumo: O gênero Astyanax é um dos maiores, mais complexo e bem distribuído entre os gêneros de peixes de água doce da região Neotropical. Sua amplitude ocorrendo desde o sul da América do Norte até a região central da Argentina, faz com que ele se encontre em uma grande quantidade de ambientes diferenciados impossibilitando, muitas vezes, o fluxo genético, isolando populações e espécies. Dados morfológicos, citogenéticos e moleculares estão sendo levantados, entretanto a taxonomia do gênero continua confusa e incerta, reforçando a necessidade de um amplo estudo de sistemática molecular. Nesse sentido caracterizamos parte das espécies de Astyanax existentes para estabelecer as relações filogenéticas entre os grupos, utilizando os genes mitocondriais Citocromo B (CitB) e ATP sintetase 6 e 8 (ATPase 6/8), completamente seqüenciados apresentando 1090bp e 846pb respectivamente. Foram analisados 57 indivíduos pertencentes a 30 espécies de Astyanax, sendo oito provenientes da América Central e 22 da América do Sul, mais 7 indivíduos de 5 gêneros utilizados como grupo externo, para os genes ATPase 6/8. Obteve-se um numero menor de indivíduos para o gene CitB, 47 pertencentes a 25 espécies de Astyanax, mais 6 gêneros próximos representados cada por 1 individuo. Utilizamos os métodos de Parcimônia, Distancia, Verossimilhança e Analise Bayesiana para inferir as relações filogenéticas entre as espécies. Encontramos uma profunda diferenciação entre as da América Central e do Sul, assim como das espécies costeiras com as demais, sendo que essas são basais para todo o grupo. O alto valor de divergência das seqüências das espécies costeiras com as demais (acima de 30%) é similar a encontrada entre diferentes gêneros de Characidae, utilizando a taxa de evolução de 1,3%/ma para os genes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Astyanax is one of the largest and well distributed among the freshwater fishes from the Neotropical region. It's found since south of North America until the central region of Argentina, being founded in a lot of different environments, many times, which difficulties in maintaining the gene flux, isolating populations and species. Morphological, cytogenetically and molecular data has been arise, but the taxonomy of the genus is still confuse and uncertain, reinforcing the necessity of a broad molecular systematic study. As so, we characterized part of the existent species of Astyanax with the proposal of establish the phylogenetic relationship among the groups; we utilize the mitochondrial genes Cytocromo B (CitB) and ATP synthetase 6 and 8 (ATPase6/8), completely sequenced presenting 1090 pb and 846 pb respectively. Has been analyzed 57 individuals belonging to 30 Astyanax species, being eight from Central America and 22 from South America; plus seven individuals from five genera utilized as out-groups, this for the ATPase6/8 genes. We have a small number of individuals for the CitB gene, 47 individuals belonging to 25 Astyanax species, plus six close genera, each one witch one individual. The methods of Parcimony, Distance, Likelihood and Baysiaen analyses have been conducted to infer the phylogenetic relationship among the species. We found a significant differentiation between Central and South America species, as so between costal species and the others, being those one's basils for the all group. The high divergence found between sequences of costal species and the others (above 30%) is close to the one's founded among different genus of Characidae, utilizing the mutation rate of 1,3%/ma for the ATPase6/8 and 0,8%/ma for CitB, we reach a value around 25 ma for the separation of costal species of the... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Anderson Luis Alves / Coorientador: Patrícia P. Parise-Maltempi / Banca: Maria Rita de Cascia Barreto Netto / Banca: Marcio Cesar Chiachio / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Banca: Antonio Carlos Bertollo / Banca: Claudio Oliveira / Resumo: Os ciclídeos são considerados peixes secundários adaptados à água doce e distribuídos principalmente pela África, América Central e América do sul. Nesse trabalho foram realizados estudos citogenéticos em 24 espécies representantes das principais subfamílias de ciclídeos sul-americanos com o objetivo de fornecer contribuições ao entendimento das tendências que governam a evolução cromossômica no grupo. Para isto foram realizadas análises da macroestrutura cariotípica através de coloração convencionais com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs) através de coloração com Nitrato de Prata e identificação de regiões heterocromáticas através de bandamento C. A análise da macroestrutura cariotípica revelou que, embora eventos de rearranjos cromossômicos ocorreram no grupo, os ciclídeos mantém ainda as características basais do cariótipo dos Perciformes composto por 48 cromossomos subtelo-acrocêntricos. As RONs estiveram presentes em um único par cromossômico, porém em posições variáveis, caracterizando a ocorrência de rearranjos envolvendo estes cromossomos. Embora blocos de heterocromatina tenham sido identificados principalmente no centrômero de todas as espécies analisadas, algumas espécies apresentaram grandes segmentos heterocromáticos intersticiais caracterizando eventos de ganhos de heterocromatina que levaram a diferenciação de cariótipos específicos. As análises citogenéticas realizadas mostram que, embora aparentemente conservada, a estrutura cariotípica dos ciclídeos tem sofrido inúmeros rearranjos ao longo da sua história evolutiva. / Abstract: Cichlids are considered secondary fish adapted to the freshwater and distributed mainly in Africa, Central America and South America. Cytogenetic studies in 24 representative species of the main subfamilies of South American cichlids were conducted with the objective to supply informations about the chromosome evolution in the group. The karyotype macrostructure was analized through Giemsa stainning an localization of the nucleolar organizer regions (NORs) through silver staining technique and the identification of heterochromatic regions through C-banding. The analysis of the karyotype macrostructure showed that although events of chromosome rearrangements occurred in the group, the cichlids still mantain the basic karyotype structure of Perciformes with 48 subtelocentric and acrocentric chromosomes. The NORs were observed in only one chromosome pair, however in different positions, characterizing the occurrence of rearrangements involving the NOR-bearing chromosomes. Although heterochromatic blocks have been mainly identified in centromeres of all analyzed species, some species presented large interstitial heterochromatin segments characterizing events of heterochromatin accumulation that had lead to the differentiation of specific karyotypes. Although the cytogenetic data obtained showed an apparently conserved chromosome structure, the cichlid karyotipes have suffered rearrangements throughout its evolutionary history. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T20:10:17Z : No. of bitstreams: 1 pozzobon_apb_me_rcla_parcial.pdf: 119339 bytes, checksum: fe941057be22a48506e9aadf4e29a203 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-25T13:01:01Z: pozzobon_apb_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-25T13:03:22Z : No. of bitstreams: 1 000696223_20151201.pdf: 110718 bytes, checksum: b3b89d8dbba0c78747e056094b37dc3b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:29Z: 000696223_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:23Z : No. of bitstreams: 1 000696223.pdf: 670357 bytes, checksum: 9fe4afa1ab1e4b8d59d3963a7f677962 (MD5) / Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP) / O gênero Astyanax é um dos maiores, mais complexo e bem distribuído entre os gêneros de peixes de água doce da região Neotropical. Sua amplitude ocorrendo desde o sul da América do Norte até a região central da Argentina, faz com que ele se encontre em uma grande quantidade de ambientes diferenciados impossibilitando, muitas vezes, o fluxo genético, isolando populações e espécies. Dados morfológicos, citogenéticos e moleculares estão sendo levantados, entretanto a taxonomia do gênero continua confusa e incerta, reforçando a necessidade de um amplo estudo de sistemática molecular. Nesse sentido caracterizamos parte das espécies de Astyanax existentes para estabelecer as relações filogenéticas entre os grupos, utilizando os genes mitocondriais Citocromo B (CitB) e ATP sintetase 6 e 8 (ATPase 6/8), completamente seqüenciados apresentando 1090bp e 846pb respectivamente. Foram analisados 57 indivíduos pertencentes a 30 espécies de Astyanax, sendo oito provenientes da América Central e 22 da América do Sul, mais 7 indivíduos de 5 gêneros utilizados como grupo externo, para os genes ATPase 6/8. Obteve-se um numero menor de indivíduos para o gene CitB, 47 pertencentes a 25 espécies de Astyanax, mais 6 gêneros próximos representados cada por 1 individuo. Utilizamos os métodos de Parcimônia, Distancia, Verossimilhança e Analise Bayesiana para inferir as relações filogenéticas entre as espécies. Encontramos uma profunda diferenciação entre as da América Central e do Sul, assim como das espécies costeiras com as demais, sendo que essas são basais para todo o grupo. O alto valor de divergência das seqüências das espécies costeiras com as demais (acima de 30%) é similar a encontrada entre diferentes gêneros de Characidae, utilizando a taxa de evolução de 1,3%/ma para os genes... / The genus Astyanax is one of the largest and well distributed among the freshwater fishes from the Neotropical region. It’s found since south of North America until the central region of Argentina, being founded in a lot of different environments, many times, which difficulties in maintaining the gene flux, isolating populations and species. Morphological, cytogenetically and molecular data has been arise, but the taxonomy of the genus is still confuse and uncertain, reinforcing the necessity of a broad molecular systematic study. As so, we characterized part of the existent species of Astyanax with the proposal of establish the phylogenetic relationship among the groups; we utilize the mitochondrial genes Cytocromo B (CitB) and ATP synthetase 6 and 8 (ATPase6/8), completely sequenced presenting 1090 pb and 846 pb respectively. Has been analyzed 57 individuals belonging to 30 Astyanax species, being eight from Central America and 22 from South America; plus seven individuals from five genera utilized as out-groups, this for the ATPase6/8 genes. We have a small number of individuals for the CitB gene, 47 individuals belonging to 25 Astyanax species, plus six close genera, each one witch one individual. The methods of Parcimony, Distance, Likelihood and Baysiaen analyses have been conducted to infer the phylogenetic relationship among the species. We found a significant differentiation between Central and South America species, as so between costal species and the others, being those one’s basils for the all group. The high divergence found between sequences of costal species and the others (above 30%) is close to the one’s founded among different genus of Characidae, utilizing the mutation rate of 1,3%/ma for the ATPase6/8 and 0,8%/ma for CitB, we reach a value around 25 ma for the separation of costal species of the... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-03T13:20:05Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3707475 bytes, checksum: ee35f581119aa666158d63338a246b7d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T13:20:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3707475 bytes, checksum: ee35f581119aa666158d63338a246b7d (MD5) Previous issue date: 2015-07-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família de peixes migratórios Prochilodontidae é constituída de 21 espécies distribuídas em três gêneros, sendo o gênero Prochilodus o mais diverso, com 13 espécies de ampla distribuição na América do Sul. Os estudos citogenéticos indicam que o gênero Prochilodus apresenta alta uniformidade cromossômica; todas as espécies partilham o mesmo número diploide e a mesma fórmula cariotípica. Este estudo teve como objetivo o estudo populacional para verificar o grau de variação cromossômica entre populações de P. costatus isoladas pela barragem de Três Marias construída no final da década de 1950, utilizando técnicas de citogenética clássica: coloração convencional (Giemsa), Banda C para evidenciar regiões ricas em heterocromatina, Cromomicina A3 (CMA3) para realçar regiões ricas em GC e Ag-NOR para revelar regiões organizadoras de nucléolo. As técnicas de citogenética molecular incluíram fluorescência in Situ (FISH) com sondas de rDNA SS e 18S, de DNA repetitivo (GA)15, (CA)15, (CAA)10, (CAT)10. Sondas obtidas do cromossomo supranumerário ou B de P. costatus, foram hibridizadas no material cromossômico. Trinta e cinco indivíduos de P. costatus foram coletados, 17 amostras a montante e 18 a jusante da barragem. Aproximadamente 620 metáfases foram analisadas. As amostras analisadas apresentaram um número diploide de 54 cromossomos, com fórmula cariotípica 4om+14sm. Doze indivíduos a montante e seis a jusante apresentaram cromossomos Bs. A técnica de bandamento C revelou marcações pericentroméricas em todos os cromossomos e um bloco adicional na região intersticial do braço maior do segundo par de cromossomos metacêntricos; o cromossomo E se mostrou inteiramente heterocromático. O fluorocromo CMA3 revelou que o braço maior do segundo par cromossômico é rico em GC, além disso foi detectada outra marcação no décimo sexto par cromossômico, localizada na região intersticial do braço menor. Através da técnica de impregnação por prata foi possível detectar regiões ativas de NOR no segundo par cromossômico, porém, um indivíduo coletado a montante apresentou uma marcação adicional na região terminal no braço maior de um homólogo do oitavo par de cromossomos. As sondas de rDNA SS e 188 marcaram em sintenia no braço maior do segundo par de cromossomos. Através da sonda 18S, confirmou-se a variação na NOR no indivíduo localizado a montante da barragem, além de uma marcação na região terminal do braço menor de um dos homólogos do par cromossômico 4. As sondas de DNA repetitivo se apresentaram predominantemente como marcações subteloméricas em todos os cromossomos, com algumas variações de padrão da sonda (CA)15 em um individuo localizado a montante. O cromossomo supranumerário de amostras a montante e jusante apresentou também marcações com a sonda (CA) 15. A sonda do cromossomo B revelou marcação apenas no cromossomo supranumerário de P. costatus, evidenciando que este cromossomo não se originou do complemento A ou que se originou a partir deste complemento, mas sofreu evolução independente, acumulando regiões heterocromáticas para a estabilização. O padrão obtido para o SS e 188 é o mesmo encontrado em estudos anteriores indicados no gênero, porém o polimorfismo encontrado apenas no indivíduo a montante é inédita e indica que existem diferenças estruturais entre as amostras analisadas. Concluiu-se que os padrões espaciais dos polimorfismos cromossômicos sugerem que as populações encontradas a montante e a jusante da UHE não são citogeneticamente homogêneas. / The migratory family of fish Prochilodontidae consists of 21 species distributed in three genera, with genus Prochilodus as the most diverse, with 13 species widely distributed in South America. Cytogenetic studies indicate that Prochilodus genus presents high chromosome uniformity; all species share the same diploid number and the same karyotype formula. This study aimed to realize a populations study to determine the degree of chromosomal variation between samples of P. costatus isolated by the Três Marias dam, built in the late l95os, using techniques of classical cytogenetics: convencional staining (Giemsa), C-Banding to show regions rich in heterochromatin, Chromomycin A3 (CMA3) to highlight regions rich in GC and Ag-NOR to reveal nucleolar organizer regions. Molecular cytogenetic techniques include fluorescent in situ (FISH) with rDNA probes SS and 188, and probes of repetitive DNA (GA)15, (CA)15, (CAA)10, (CAT)10. Probes obtained from supemumerary chromosome, or B, of P. costatus was hybridized in chromosomal material. Thirty-five individuals of P. costatus were collected, l7 samples upstream and 18 downstream of the dam. Approximately 620 metaphases were analyzed. The samples analyzed showed a diploid number of 54 chromosomes with karyotype formula 4om+l4sm. Twelve individuals upstream and six downstream presented B chromosomes. C-Banding technique proved pericentromeric markings on all chromosomes and an additional block in the interstitial region of the bigger arm of the second pair of metacentric chromosomes; the B chromosome proved entirely heterochromatic. The iluorochrome CMA3 revealed that the largest arm of the second chromosome pair is rich in GC, also was detected other marking on the sixteenth chromosome pair, located in the interstitial region of the lower arm. Silver impregnation technique was able to detect active regions of NOR in the second chromosome pair, however, an upstream collected individual presented an additional marking in the terminal region in the largest arm of the eighth chromosome pair. Probes of rDNA l8S SS showed synteny markings in the bigger arm of the second chromosome pair. Through l8S rDNA probe, was confirmed the variation in the individual Ag-NOR located upstream of the dam, in addition with markings on the lower arm of the terminal region of the chromosome pair 4. The microsatellites repetitive DNA probes were predominantly present as subtelomeric markings in all chromosomes, with some pattern of variations of the probe (CA)15 in an individual located upstream. The supernumerary chromosome samples upstream and downstream also showed markings with the probe (CA)15. The probe of the B chromosome revealed markings only in the supernumerary chromosome of P. costatus, showing that this chromosome did not originate from the standard complement or that originated from this complement, but suffered independent evolution, accumulating heterochromatic regions for stabilization. The pattern obtained for SS and 188 is the same as found in previous studies indicated in the genus, but the polymorphism found only in an upstream individual is unprecedented and indicates that there are structural differences between the samples analyzed. It was concluded that spatial patterns of chromosomal polymorphisms suggests that populations found upstream and downstream of the UHE Três Marias are not cytogenetically homogeneous.

Submitted by RICARDO UTSUNOMIA (utricardo@ibb.unesp.br) on 2016-09-21T19:55:11Z No. of bitstreams: 1 Tese Ricardo Utsunomia.pdf: 3423315 bytes, checksum: 526ac1e1d49d5b6df6ec0602e8c6f842 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T16:36:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 utsunomia_r_dr_bot.pdf: 3423315 bytes, checksum: 526ac1e1d49d5b6df6ec0602e8c6f842 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T16:36:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 utsunomia_r_dr_bot.pdf: 3423315 bytes, checksum: 526ac1e1d49d5b6df6ec0602e8c6f842 (MD5) Previous issue date: 2016-02-19 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, duas populações da espécie de peixe Moenkhausia sanctaefilomenae, uma coletada no rio Batalha, Bauru-SP (bacia do rio Tietê) e outra coletada no rio Novo, Ocauçu-SP (bacia do rio Paranapanema), foram analisadas através de técnicas citogenéticas básicas e moleculares. Além disso, o sequenciamento na plataforma Illumina HiSeq2000 de ambos os genomas e de uma variante do cromossomo B microdissecado também foram realizados. Os resultados obtidos revelaram que todos os indivíduos da população do rio Batalha apresentam de 0 a 6 cromossomos B por célula, enquanto os indivíduos da população do rio Novo não mostram elementos supranumerários. Deve-se destacar que os cromossomos B encontrados nos indivíduos do rio Batalha podem ser divididos em 2 variantes, sendo uma eucromática (B1) e altamente frequente na população, e outra heterocromática (B2) e com uma baixa prevalência. A hibridação in situ fluorescente (FISH) de DNAs repetitivos evidenciou que ambas as variantes apresentam clusters de DNAr 18S, histona H3 e satDNAs MS3 e MS7, com diferenças apenas na abundância do DNAr 18S. A análise das sequências presentes nos cromossomos B revelam que a variante B1 é mais antiga que a variante B2, embora ambas pareçam ter derivado de um mesmo cromossomo. Além disso, a seleção parece estar relaxada em ambas as variantes para o gene de histona H3. Para um melhor conhecimento do conteúdo genômico do cromossomo B, uma biblioteca microdissecada da variante B1 foi sequenciada e os dados obtidos revelam um intenso acúmulo de elementos transponíveis neste cromossomo supranumerário, além de possíveis genes de cópia única, que estão presentes em diferentes grupos de ligação no genoma de Astyanax mexicanus. Estes resultados serão utilizados como base para estudos evolutivos e funcionais deste sistema de cromossomo B. A integralização de abordagens cromossômicas e moleculares foi utilizada na tentativa de melhor compreender questões relacionadas à biologia evolutiva de cromossomos supranumerários em peixes Neotropicais. / In the present study, two populations of the fish species Moenkhausia sanctaefilomenae, one collected at the Batalha river, Bauru-SP (Tietê river basin) and the other collected at the Novo river, Ocauçu-SP (Paranapanema river basin), were analyzed through classical and molecular cytogenetic techniques. Besides, Illumina HiSeq2000 sequencing was performed for both genomes and for one microdissected B-variant. Results obtained revealed that all the individuals from the Batalha river show from 0 to 6 B chromosomes per cell, while the specimens from Novo river did not show any supernumerary chromosomes. One must note that the B chromosomes found in the Batalha river might be classified into 2 variants, one euchromatic (B1) and present in all the population, and another heterochromatic (B2) with lower prevalence. Fluorescence in situ hybridization (FISH) using repetitive DNA probes revealed that both B-types showed 18S rDNA, H3 histone and MS3 and MS7 satDNAs. Interestingly, the only between-variant difference was the abundance of 18S rDNA. Sequence analysis revealed that the B1 variant is older than B2, although both variants seem to be derived from the same autosomal pair. Notably, selection seems to be relaxed for H3.3 histone genes located on the B chromosomes. For a better knowledge about the genomic content of B chromosomes, a microdissected library of B1 variant was sequenced and data obtained revealed an intense accumulation of transposable elements in this supernumerary, in addition to single copy genes, that are present in different linkage groups of Astyanax mexicanus genome. These results will be used for future evolutionary and functional studies about B chromosomes. The combined approach of chromosomal and molecular methods was used to better understand evolutionary issues of supernumerary chromosomes in Neotropical fish. / FAPESP: 2013/00953-8

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Cláudio de Oliveira / Banca: Luis Antonio Carlos Bertollo / Banca: Artur Antonio Andreata / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Resumo: Foram analisadas onze espécies de peixes do gênero Characidium, Characidium cf. zebra, Characidium cf. gomesi, Characidium lauroi, Characidium oiticicai, Characidium lanei, Characidium pterostictum, Characidium schubarti, Characidium alipioi, Characidium sp1, Characidium sp2 e Characidium sp3 de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e moleculares (marcação por fluorocromos base-específicos, hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, com sondas teloméricas (TTAGGG)n e com sondas para histona H1 e também microdissecção, amplificação e hibridação in situ fluorescente com sondas produzidas a partir do cromossomo sexual W e dos cromossomos B). Todas as espécies apresentaram número diplóide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em C. pterostictum, C. oiticicai, C. cf. gomesi e Characidium sp3. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ-ZW de cromossomos sexuais representado pelo par heteromórfico número 2 em todas as espécies, com exceção apenas de Characidium cf. zebra, que não apresentou cromossomos sexuais diferenciados. O DNAr 5S foi localizado em diferentes cromossomos entre estas espécies, mas sempre em posição intersticial dos cromossomos, reforçando a idéia de que esta localização cromossômica poderia representar alguma vantagem relacionada à organização destes genes no genoma. As RONs, identificadas pela prata, pela CMA3 e pela sonda de DNAr 18S, foram sempre localizadas em compartimentos cromossômicos distintos do DNAr 5S e estão diretamente relacionadas ao processo de diferenciação dos cromossomos Z e W,... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Eleven species of fish of the genus Characidium comprised by Characidium cf. zebra, Characidium cf. gomesi, Characidium lauroi, Characidium oiticicai, Characidium lanei, Characidium pterostictum, Characidium schubarti, Characidium alipioi, Characidium sp1, Characidium sp2, and Characidium sp3 from different Brazilian hydrographic basins were analyzed using basic cytogenetic (coloration with Giemsa, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular techniques (for base-specific fluorochrome markings, fluorescent in situ hybridization with 18S and 5S rDNA probes, telomere probes (TTAGGG)n, and H1 histone, as well as microdissection, amplification and in situ fluorescent hybridization using probes prepared from both sex W and B chromosome). All the species presented a diploid number of 2n=50 chromosomes, with a predominance of the meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supranumerary chromosomes in C. pterostictum, C. oiticicai, C. cf. gomesi, and Characidium sp3. The occurrence of a ZZ-ZW sex chromosome system represented by the heteromorphic pair number 2 in all species was observed, with the exception of Characidium cf. zebra, which did not presented differentiated sex chromosomes. The 5S rDNA marks were observed in different chromosomes among these species, but always located in an interstitial position, strengthening the idea that this chromosome location might represent some advantage related to the organization of these genes in the genome. NORs identified using Silver and CMA3, staining and 18S rDNA probe have always been located in distinct chromosome compartments when compared to 5S rDNA, showed to be directly related to the Z and W chromosome differentiation process, and is considered to play an important role in their evolution, considering that they could... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:20:30Z : No. of bitstreams: 1 scacchetti_pc_me_botib.pdf: 611456 bytes, checksum: 9da86fc13407eb38ca4617dc47ac3e9d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Foram analisadas citogeneticamente quatro espécies de peixes do gênero Gymnotus, G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus e G. cf. carapo de componentes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e citomoleculares (coloração com os fluorocromos base-específicos CMA3 e DAPI, hibridação in fluorescente situ (FISH) com sondas de DNAr 18S e 5S, sonda teloméricas (TTAGGG)n e sonda obtida do cromossomo portador das RONs de G. carapo da bacia Amazônica por Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) e caracterização e organização genômica do DNAr 5S). G. sylvius apresentou número diplóide de 40 cromossomos (22m+12sm+6st); G. pantherinus apresentou número diplóide de 52 cromossomos (32m+18sm+2st) e G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) e G. cf. carapo (38m+12sm+4st) apresentaram 54 cromossomos. O bandamento C evidenciou a marcação de pequenos blocos centroméricos em todos os cromossomos de todas as espécies, sendo, porém, detectadas algumas marcações intersticiais em G. sylvius e grandes blocos intersticiais nos cromossomos de G. inaequilabiatus, G. cf. carapo e G. pantherinus. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico nas quatro espécies e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S e a coloração com o fluorocromo CMA3. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou marcações em até dezessete pares de cromossomos em G. inaequilabiatus e em até quinze pares em G. cf. carapo; dois pares cromossômicos em G. pantherinus e um par em G. sylvius. A hibridação com a sonda para a sequência telomérica (TTAGGG)n revelou marcações nos telômeros de todos os cromossomos dos representantes destas quatro espécies, além de blocos intersticiais no primeiro... / Four fish species of the genus Gymnotus comprised by G. sylvius, G. pantherinus, G. inaequilabiatus and G. cf. carapo from different Brazilian hydrographic basins were analyzed using classic cytogenetic (coloration with Giemsa, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques with base-specific fluorochrome DAPI and CMA3, fluorescence in situ hybridization (FISH) with probes consisting of 18S and 5S rDNA, telomeric sequences (TTAGGG)n and whole chromosome prepared by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of the NOR chromosome, obtained of G. carapo from Amazon basin, as well as a characterization and genomic organization of 5S rDNA. G. sylvius presented a diploid number of 40 chromosomes (22m+12sm+6st); G. pantherinus presented a karyotype with 52 chromosomes (32m+18sm+2st) and G. inaequilabiatus (42m+10sm+2a) and G. cf. carapo (38m+12sm+4st) presented 54 chromosomes. All the species presented the constitutive heterochromatin located in the centromeric region of all chromosomes. Besides that, some interstitial marks were detected in G. sylvius and large interstitial blocks were identified at the chromosomes of G. inaequilabiatus, G. cf. carapo and G. pantherinus. NORs were identified in only one chromosome pair in all species and were coincident with the in situ hybridization using probes of 18S rDNA and the fluorochrome CMA3. FISH using the probes of 5S rDNA revealed marks up to seventeen chromosome pairs in G. inaequilabiatus and up to fifteen pairs in G. cf. carapo, two chromosome pairs in G. pantherinus and one pair in G. sylvius. The telomeric probes were localized at the telomeres of all chromosomes in the four species, as well as interstitial telomeric sequence in the first metacentric pair in G. sylvius and along the NORs in G. inaequilabiatus and G. cf. carapo. The amplification, cloning, sequencing and in situ hybridization... (Complete abstract click electronic access below)

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-01-23T11:02:16Z No. of bitstreams: 1 2013_DanielleYasminHashimotoFreitas.pdf: 8634592 bytes, checksum: 2887222762e9830ac38cc62f77ac6e47 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-02-13T12:09:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_DanielleYasminHashimotoFreitas.pdf: 8634592 bytes, checksum: 2887222762e9830ac38cc62f77ac6e47 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-13T12:09:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_DanielleYasminHashimotoFreitas.pdf: 8634592 bytes, checksum: 2887222762e9830ac38cc62f77ac6e47 (MD5) / A cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz) e a mais importante nos tropicos e subtropicos. Um das abordagens botanicas para seu melhoramento e a poliploidizacao. A introducao artificial de poliploidia pode gerar tanto poliploides totais quanto citoquimeras. Estudos citogeneticos e anatomicos nesses dois tipos foram realizados neste trabalho, com o intuito de caracterizar e selecionar individuos mais vantajosos para uso no melhoramento. Para tanto, apices meristematicos caulinares, graos de polen, ovulos, raizes, estomatos e periodos de florescimento foram analisados. A natureza citoquimeral foi comprovada pelo tamanho aumentado de estomatos e estruturas gameticas, alem do incremento na frequencia de poliembrioes. As associacoes e numeros cromossomicos obtidos em meiose indicaram a natureza tetraploide da camada subepidermica da quimera. A formacao da citoquimera foi acompanhada por total inibicao de florescimento em um dos genotipos, e por aumento no tamanho de raizes quando comparado a planta diploide. A combinacao de dados sobre viabilidade de polen e tamanho do grao revelou-se como marcador confiavel para se determinar a ploidia de individuos. O delineamento ontogenetico do saco embrionario da mandioca nos tipos diploide e citoquimeral mostrou similaridades com o desenvolvimento do saco sexual do tipo Polygonum. A apomixia em mandioca parece necessitar de dosagens geneticas maiores que as fornecidas por citoquimeras para ser expressa. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cassava (Manihot esculenta Crantz) is the most important crop in tropics and subtropics. One botanic approach for its improvement is polyploidization. Artificial introduction of polyploidy can generate total polyploids or cytochimeras. Cytogenetics and anatomic studies on both types were conducted in this work, in order to characterize and select superior individuals for breeding use. Then, apical shoots, pollen grains, ovules, roots, stomata and flowering periods were analysed. Cytochimeral nature was proved by stomatal and gametic size increase, beside a rise in frequency of polyembryo sacs. Chromosomal associations and numbers obtained by meiosis indicated tetraploid nature of cytochimera sub epidermis layer. Cytochimera formation was accompanied by complete inhibition of flowering in one genotype, and increase in root size when compared to diploid plant. Pollen viability and grain diameter showed reliable markers to determine ploidy level in cassava individuals. Embryo sac ontogeny in diploid and chimeric type revealed similarities with Polygonum development of sexual sacs. Apomixis in cassava seems to need bigger genetic dosages than cytochimeras offer to be expressed.