En el capítulo 1, se presenta una introducción general sobre el uso de nanomateriales en sistemas de biosensores electroquímicos, centrada principalmente en nanopartículas de oro y de Azul de Prusia así como en nanocanales. En este capítulo se detallan también en profundidad las aplicaciones de los sistemas basados en nanocanales de estado sólido (membranas nanoporosas). En el capítulo 2 se detallan los objetivos generales y específicos de esta tesis. En el capítulo 3 se muestran los resultados obtenidos sobre la síntesis y caracterización de nanopartículas de oro (20 nm) modificadas con péptidos derivados de k-caseina para su uso en el reconocimiento y cuantificación de bacterias patógenas, aprovechando sus propiedades como inhibidores de la adhesión bacteriana. En este trabajo se aprovecha la capacidad que tienen las AuNPs para actuar tanto como portadores del péptido como de marcadores electroactivos, permitiendo la evaluación de la interacción bacteria patógena-péptido de un modo simple y rápido gracias a la medición cronoamperométrica de la reacción de evolución de hidrógeno sobre electrodos serigrafiados de carbono. En el capítulo 4 se describe el estudio de una nueva plataforma nanoporosa basada en el ensamblaje de nanoesferas, para el desarrollo de inmunosensores electroquímicos que no requieren el uso de marcadores. El sistema sensor se prepara mediante la deposición recubrimiento por inmersión, sobre la superficie de electrodos serigrafiados ITO/PET, formando una monocapa homogénea de nanoesferas de poliestireno carboxiladas. Los espacios entre las nanopartículas generan nanocanales bien ordenados, que se bloquean a través de la formación de inmunocomplejos. Las proteínas se detectan midiendo el descenso en la señal electroquímica de un indicador red-ox convencional (Fe2/3), debido al bloqueo de los nanocanales. El sistema desarrollado es simple, rápido y altamente integrado, permitiendo superar las limitaciones de sistemas basados en nanocanales propuestos anteriormente. En el capítulo 5 se presenta un biosensor novedoso basado en el uso de nanocanales en combinación con nanopartículas de azul de Prusia como indicadores redox para la detección de proteínas biomarcadoras de cáncer, sin necesidad del uso de marcadores. La suspensión estable y homogénea de nanopartículas de azul de Prusia (4 nm) obtenidas, protegidas por polivinilpirrolidona, muestran un par de picos re-dox bien definidos y reproducibles, por lo que estas nanopartículas se aplican con éxito para la evaluación voltamperométrica del bloqueo de los nanocanales (20 nm de diámetro de poro) debido a la formación del immunocomplejo. Esta novedosa tecnología permite la captura de proteínas de bajo peso molecular dentro de los canales y su posterior detección a niveles de ng/mL, como es el caso del biomarcador de cáncer PTHrP, por sus siglas en ingles, (proteína vinculada a la hormona paratiroidea). En el capítulo 6 se discuten las conclusiones generales de la tesis y las perspectivas futuras. Finalmente, en el contexto del desarrollo de sistemas biosensores integrados basados en nanocanales de estado sólido, en el anexo 1 se muestran los resultados preliminares relacionados con la detección in-situ de proteínas biomarcadoras secretadas por células cultivadas sobre la superficie de membranas nanoporosas. Por otro lado, en el anexo 2 se muestran los resultados preliminares relacionados con el uso de litografía de nanoimpresión para la creación de nanocanales en electrodos de ITO/PET. / A general overview about the use of nanomaterials in electrochemical biosensing, focusing on gold nanoparticles (AuNPs), Prussian blue nanoparticles (PBNPs) and nanochannels is given in Chapter 1. A special emphasis is given to the approaches based on solid-state nanochannel array devices (nanoporous membranes) including the state-of-the-art of their applications in biosensing. The general and detailed objectives of this thesis are described in Chapter 2. Chapter 3 presents the results obtained for the synthesis and characterization of gold nanoparticles (AuNPs 20 nm sized) modified with k-casein derived peptides for the fimbriae bacteria recognition and quantification, taking advantage of the peptide effect as bacterial adhesion inhibitor. This peptide-based nanoparticle assay takes advantage of the dual character of the AuNPs: as carrier of the biorecognition molecule and as electrocatalytic label, allowing the evaluation of the pathogen bacteria-peptide interaction in a simple and rapid way through the chronoamperometric monitoring of the hydrogen evolution reaction (HER) on screen-printed carbon electrodes. Chapter 4 describes the study of a novel, cheap, disposable and single-use assembled nanoparticles-based nanochannel platform for label-free immunosensing. This sensing device is based on the deposition of a homogeneous monolayer of carboxylated polystyrene nanospheres onto the working area of homemade screen-printed ITO/PET electrodes by dip-coating. The spaces between the self-assembled nanospheres generate well-ordered nanochannels, which are blocked upon the immunocomplex formation. Proteins are detected through the monitoring of the blockage in the channels, which is evaluated by the decrease in the voltammetric signal of a typical red-ox indicator. The developed device represents an integrated and simple biodetection system which overcomes many of the limitations of previously reported nanochannels-based approaches representing a really disposable biosensing device for a one-step sensing application. The work described in this chapter is done in collaboration with EMPA (Swiss Federal Laboratories for Materials Science and Technology). The development and study of a novel nanochannel array device, that operates through Prussian blue nanoparticles (PBNPs) as red-ox indicator for sensitive label free immunodetection of a cancer biomarker is presented in Chapter 5. Stable and narrow-sized (around 4 nm) PBNPs, protected by polyvinylpyrrolidone, exhibit a well-defined and reproducible red-ox behavior and are successfully applied for the voltammetric evaluation of the nanochannels (20 nm pore sized) blockage due to the immunocomplex formation. This novel and effective technology for the detection of small proteins captured inside the nanochannels is successfully applied for the quantification of a cancer biomarker (parathyroid hormone-related protein, PTHrP). In Chapter 6 the general conclusions and the future perspectives are discussed Finally, in the context of the development of nanochannel array-based integrated systems, Annex 1 describes the preliminary results related to the use of nanoimprint lithography (NIL) for the nanochannels creation onto ITO/PET electrodes. In addition, Annex 2 describes preliminary studies related to the in-situ detection of protein biomarkers secreted by cells cultured onto nanoporous membranes.

Orientador: Sanae Kasahara / Banca: Guaracy Tadeu Rocha / Banca: Ives José Sbalqueiro. / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Alejo Mesa Larrambebere. / A data da defesa é 20/02/2006, sendo a entrega do original em dezembro de 2000 / Resumo: Foram coletados exemplares roedores de pequenos porte em diversas localidades do estado do Tocantins, distribuídas em 3 tipos de região de acordo a vegetação predominante: Norte sob a influência da Floresta Amazônica, Centro-Sul e Leste sob influência do Cerrado e Médio Araguaia constituído pelo complexo da Ilha do Bananal. As preparações cromossômicas foram submetidas à coloração convencional, assim como às técnicas de bandas G, C e RON. Diferenciação cromossômica foi produzida nos cromossomos de alguns indivíduos, após tratamento das células com brometo de etídio. Foram cariotipados um total de 102 exemplares distribuídos em 9 gêneros e 12 espécies: Bolomys lasiurus (2n=34 e NA=34), Calomys tener (2n=66 e NA=66), Calomys sp.n. (2n=46 e NA=66), Nectomys rattus (2n=52, 53 e NA=52, 54), Oligoryzomys flavescens (2n=64 e NA=66), Oligoryzomys sp.n. (2n=70 e NA=76), Oryzomys megacephalus (Cariótipo A com 2n=54 e NA=62; Cariótipo B com 2n=52/53 e NA=58/60), Oryzomys gr. subflavus (2n=46 e NA=56), Rhipidomys macrurus (2n=44 e NA=48), pertencentes à família Cricetidae; Proechimys roberti (2n=30 e NA=54), Trichomys apereoides (2n=30 e NA=54), pertencentes à família Echimyidae; e Rattus rattus (2n=38 e NA=58), pertencente a família Muridae. Da espécie Oecomys gr. concolor, não obtivemos preparações cromossômicas. A grande maioria das espécies tem ocorrência relatada para as regiões Norte e Centro-Oeste do Brasil e a respectiva cariologia já é conhecida. Observa-se que os cariótipos encontrados são, de maneira geral, similares ou idênticos àqueles descritos na literatura, com raros casos de polimorfismos cromossômicos. Alguns exemplares da (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Small rodents were collected at different sites in the state of Tocantins, distributed into three types of region according to the predominant vegetation: North, under the influence of the Amazon Forest, Mid-South and East under the influence of the Cerrado, and Middle Araguaia consisting of the complex of Bananal Island. The chromosomal preparations were submitted to conventional staining, as well as to G, C and NOR banding techniques. Chromosome differentiation was produced in the chromosomes of some individuals, after cell treatment with ethidium bromide. A total of 102 specimens were karyotyped, and they were distributed into 9 genera and 12 species: Bolomys lasiurus (2n=34 and NA=34), Calomys tener (2n=66 and NA=66), Calomys sp.n. (2n=46 and NA=66), Nectomys rattus (2n=52, 53 and NA=52, 54), Oligoryzomys flavescens (2n=64 and NA=66), Oligoryzomys sp.n. (2n=70 and NA=76), Oryzomys megacephalus (Karyotype A with 2n=54 and NA=62; Karyotype B with 2n=52/53 and NA=58/60), Oryzomys gr subflavus (2n=46 and NA=56), and Rhipidomys macrurus (2n=44 and NA=48), belonging to the family Cricetidae; Proechimys roberti (2n=30 and NA=54) and Trichomys apereoides (2n=30 and NA=54), belonging to the family Echimyidae, and Rattus rattus (2n=38 and NA=58), belonging to the family Muridae. Chromosome preparation from Oecomys gr. concolor were not obtained. The majority of the species have been reported to occur in the Northern and Mid-Western regions of Brazil and their karyology is already known. The...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Doralice Maria Cella / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Resumo: Os Heteroptera constituem um dos mais importantes grupos de insetos do ponto de vista econômico, pois a maioria, durante os estádios de ninfa e adulto, alimenta-se de plantações ou grãos armazenados para o consumo humano. As análises citogenéticas permitiram verificar que Antiteuchus tripterus possui um lobo composto (5/6), o qual pode estar envolvido na nutrição do lobo harlequin, evidência que pressões evolutivas ocorreram para a manutenção deste lobo, nesta espécie, o que demonstra a importância, desse lobo, para algumas espécies. Permitiram, ainda, verificar que todas as espécies apresentam sistema cromossômico do sexo XY e complemento cromossômico de 2n= 14 cromossomos. Além disso, as análises do comportamento nucleolar evidenciaram que há atividade metabólica diferenciada para os lobos 4, 5 e 6 em Antiteuchus tripterus e também em espécies não possuidoras do lobo harlequin, como Platycarenus umbractulatus, que apresentou marcações diferenciadas no lobo 5, a qual pode indicar a formação de espermatozóides não fecundantes. A espécie Euschistus heros não apresenta lobo harlequin, porém as análises da espermatogênese demonstraram que há diferenças significativas no tamanho das células dos lobos 4 e 6, os quais podem estar relacionados com a formação de espermátides não-fecundantes. Foi verificada a presença de corpos nucleolares na forma de "mushroom" nas espécies do gênero Oebalus, característica, ainda não descrita na literatura, além disso, foi observada, em P. umbractulatus, a presença de dois corpos escuros e dois mais claros, que podem demonstrar a participação dos cromossomos sexuais na formação e organização do nucléolo desta espécie. Assim, verifica-se a importância dessas análises para compreensão do cenário evolutivo da família Pentatomidae. / Abstract: The Heteroptera are the most important group of insect related with economic importance, because the most of them, during ninfal stage and adult stage, feed in plantations or stored grains to the human consumption. The cytogenetical analyses permitted verify that Antiteuchus tripterus has a compound lobe (5/6), which should be involved in the nutrition of harlequin lobe, evidences that evolutionary pressures occurred for the maintenance of this lobe in this species, which shows the importance of this lobe for some species. The analyses also permitted to evidence that all species analyzed have XY sexual chromossomic systems and a chromossomic complement 2n= 14 chromosomes. Furthermore, the analyses of the nucleolar behavior showed there are different metabolic activities in the lobes 4, 5 and 6 in Antiteuchus tripterus and in the species without the harlequin lobe, as Platycarenus umbractulatus, also had different marcation in lobe 5, which can indicate the formation of non-fertilizing sperm. The species Euschistus heros do not have harlequin lobe, but the analyses of spermatogenesis showed that there are significant differences in cell size in the lobes 4 and 6, which may be related to the formation of non-fertilizing spermatids. It was verified the presence of nucleolar bodies with morphology like "mushroom" in the species of the genus Oebalus, feature not yet observed. Moreover was observed in P. umbractulatus, the presence of two dark bodies and two lighter, which may demonstrate the participation of sex chromosomes in the formation and organization of the nucleolus in these species. Thus, this present work shows the importance of such analyses for understanding the evolutionary scenario of the family Pentatomidae. / Mestre

Orientador: Jose Mauricio Barbanti Duarte / Banca: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Banca: Estevam Guilherme lux Hoppe / Resumo: The species M. nemorivaga corresponds to the grey brocket deer that occupies the Amazon region. Based on previous studies, the current taxonomic classification of the species presents inconsistencies, which suggest the presence of more than one species within what is now classified as M. nemorivaga. In this way, the present research project aims to contribute with the taxonomy of the Mazama genus, by collecting a specimen in its type locality (Cayenne, French Guiana). Characterizing the morphological specimen, Cytogenetic and molecular, allowing the comparison of the species under study with other specimens used in publications, in order to know the differences between them and to review the taxonomy of the species. For this, a specimen was collected in the locality of the species (French Guiana), characterized by traditional morphology techniques. (craniomandibular measurements, biometric measurements, skin coloration), geometric morphology, as well as by cytogenetic analyzes (Band G, C-band, conventional Giemsa staining and Ag-NOR staining, telomeric FISH) and molecular (phylogenetic analyzes of mitochondrial genes Cyt b of 920 bp, IOC I of 658 bp, D-loop 610 bp). The results of the cytogenetic and molecular characterization showed a clear grouping of M. nemorivaga topotype along with specimens from the Amapá region, constituting the northern clade (French Guiana and Amapá). In addition, it is suggested the existence of three distinct species, based on differences in relati... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The species M. nemorivaga corresponds to the grey brocket deer that occupies the Amazon region. Based on previous studies, the current taxonomic classification of the species presents inconsistencies, which suggest the presence of more than one species within what is now classified as M. nemorivaga. In this way, the present research project aims to contribute with the taxonomy of the Mazama genus, by collecting a specimen in its type locality (Cayenne, French Guiana). Characterizing the morphological specimen, Cytogenetic and molecular, allowing the comparison of the species under study with other specimens used in publications, in order to know the differences between them and to review the taxonomy of the species. For this, a specimen was collected in the locality of the species (French Guiana), characterized by traditional morphology techniques. (craniomandibular measurements, biometric measurements, skin coloration), geometric morphology, as well as by cytogenetic analyzes (Band G, C-band, conventional Giemsa staining and Ag-NOR staining, telomeric FISH) and molecular (phylogenetic analyzes of mitochondrial genes Cyt b of 920 bp, IOC I of 658 bp, D-loop 610 bp). The results of the cytogenetic and molecular characterization showed a clear grouping of M. nemorivaga topotype along with specimens from the Amapá region, constituting the northern clade (French Guiana and Amapá). In addition, it is suggested the existence of three distinct species, based on differences in relation to the topotype of the species. One occurred in the eastern Amazon, above the Amazon River (Amapá and French Guiana), another in central Amazonia (Mato Grosso, Pará and Maranhão) and another one in western Amazonia (Acre and Rondônia). The presence of hairs in the tarsal region was identified as one of the morphological characters that can be used to diagnose the species in relation to other members of the genus. / Mestre

O osteossarcoma (OS) é o tumor ósseo maligno mais freqüente da infância e adolescência com uma taxa de sobrevida livre de eventos de 50 70% após 3 anos.. O pico de incidência ocorre na segunda década da vida, característica que sugere uma relação entre o rápido crescimento ósseo da adolescência e o desenvolvimento da neoplasia. Ainda, o conhecimento das bases genéticas é insuficiente. Estudos de citogenética clássica têm demonstrado que o OS caracteriza-se por exibir alta heterogeneidade cariotípica, incluindo altos graus de aneuploidia e rearranjos estruturais complexos. A técnica de CGH constitui uma ferramenta valiosa na analise do perfil genômico de tumores sólidos, e tem confirmado a complexidade das alterações cariotípicas em OS, descrita pela citogenética convencional. Não obstante, os estudos existentes são divergentes, e poucos têm estudado as informações obtidas por CGH em relação com a progressão tumoral. O objetivo do presente estudo foi identificar a presença de desequilíbrios cromossômicos em amostras de OS por meio da técnica de CGH. Os experimentos de CGH foram realizados de acordo com o descrito por Kallioniemi et al (1994). Foram analisadas nove amostras (3 biópsias, 5 ixressecções após quimioterapia e 1 metástase). O CGH detectou desequilíbrios cromossômicos em todas as amostras. Os ganhos foram mais freqüentes que as perdas. Muitas alterações cromossômicas foram observadas, especialmente ganhos nos cromossomos 1q, 2, 3p, 4, 5p, 6, 7, 8, 11p, 14q, 16, 21q e X; e perdas nos cromossomos 1p, 2q, 3q, 5q, 9q, 11q e 17q. As regiões mínimas de sobreposição mais freqüentes foram ganhos de 2p13-p14, 2q36-q37, 4q21 e 8p22, e perdas de 1p34.2, 3q22-q23 e 3q24. Três pacientes apresentaram amostras pareadas, e as alterações cromossômicas detectadas foram muito variadas, refletindo a heterogeneidade cromossômica intratumoral em cada caso. A mais alta divergência clonal entre as amostras pareadas foi observada entre a amostra de ressecção e a amostra metastática correspondente, mostrando a complexidade cromossômica adquirida durante a progressão e metastatização no caso descrito. Ainda são necessárias investigações adicionais, que contribuíam para a caracterização completa dos genes localizados nessas regiões. / Osteosarcoma (OS) is the most frequent aggressive bone malignancy affecting children and young adults with an event-free survival of 50-70% after 3 years. The incidence peak occurs during the second decade of life, suggesting a relationship between rapid bone growth and the development of this tumor. The knowledge of the genetic basis behind tumor progression is still limited. Conventional cytogenetic studies have demonstrated that OS exhibits high cariotipic heterogeneity, with different degrees of aneuploidy and complex structural rearrangements. The CGH is an important tool for studying the genomic profiles of solid tumors, and has confirmed the complexity of cariotipic alterations in OS. However, previous studies have shown divergent results and few have correlated them with tumor progression. The objective of present study was to identify chromosome unbalances in nine samples of OS by CGH. 3 biopsies, 5 resections before quimioterapy and 1 metastasis were analyzed. The experiments were performed accordingly with Kallioniemi et al (1994). CGH detected chromosomal imbalances in all samples. Gains were more frequent than losses. Many chromosomal alterations were observed, especially gains at 1q, xi2, 3p, 4, 5p, 6, 7, 8, 11p, 14q, 16, 21q and X; and losses at 1p, 2q, 3q, 5q, 9q, 11q and 17q. The minimal regions of superposition were gains of 2p13-p14, 2q36-q37, 4q21 and 8p22, and losses of 1p43.2, 3q22-q23 and 3q24. Three patients had consecutive samples, and the chromosomal alterations varied, reflecting the chromosomal heterogeneity for each case. The highest clonal divergence among the consecutive samples was observed between resection and the corresponding metastatic sample, showing the chromosomal complexity acquired during the progression and dissemination in this case. Additional investigations for the characterization of genes at these regions are necessary.

O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas. / O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T14:13:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Heidi Luz Bonifácio.pdf: 2748471 bytes, checksum: d35bdebaffb46b8cf7b61afbfbb6340f (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T14:13:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Heidi Luz Bonifácio.pdf: 2748471 bytes, checksum: d35bdebaffb46b8cf7b61afbfbb6340f (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-05-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Amazon river dolphin or boto or (Iniidae, Inia geoffrensis) is a fluvial dolphin endemic to the Amazon and Orinoco basins. In order to understand the genomic organization of this species and to produce markers to investigate the evolutional relationship of this dolphin with others cetaceans, classical and molecular cytogenetic (fluorescence in situ hybridization with probes for 5S rDNA, 18S rDNA and telomeric sequence retrotransposon LINE-L1) studies were carried out. Twenty four specimens were analyzed (11♀ e 13♂) which presented 2n=44 chromosomes (12m+14sm+6st+10t) e FN= 76. The nucleolar organizer region was situated at single site on pair 21t. The heterochromatin was terminally distributed on metacentric, submetacentric and subtelocentric pairs and on the pericentromeric region of telocentric. Interstitial blocks were observed in some submetacentric pairs and subtelocentric as well, with presence of polymorphism on pair 9sm. Chromosomal homeologies has been settled throughout the G-band pattern between the boto and Atlantic bottlenose dolphin Tursiops truncatus. Interstitial telomeric sequences were not observed. Location of retrotransposon L1 was not random on the boto karyotype. At the autosomes L1 had been preferably situated on G-positive-band regions, and the largest accumulation of this sequence was on chromosome X. The 5S rDNA and L1 are colocalized in the centromeric region of pair 5m. Beyond this, it is possible that the L1 retrotransposon could be involved on band C polymorphism found in four dolphins at Mamiraua Sustainable Development Reserve in Amazonas-Brazil. Although karyotype structure is being considered as conserved in cetaceans, karyotype characteristics of the boto indicate that variations may exist in relation to karyotype formula, heterochromatin distribution and nucleolar organizer compared to other cetacean species. / O golfinho da Amazônia ou boto-vermelho (Iniidae, Inia geoffrensis) é um golfinho fluvial endêmico das bacias Amazônica e do Orinoco. Para compreender a organização genômica desta espécie e gerar marcadores para investigar as relações evolutivas deste golfinho em relação a outros cetáceos, foram realizadas análises de citogenética clássica e molecular (hibridização fluorescente in situ com sondas de DNAr 5S, DNAr 18S, sequência telomérica e retrotransposon LINE-L1). Foram analisados 24 espécimes (11♀ e 13♂) que apresentaram 2n=44 cromossomos (12m+14sm+6st+10t+XX/XY) e NF= 72. A região organizadora do nucléolo está localizada em único sítio, no par 21t. A heterocromatina distribuiu-se terminalmente nos pares metacêntricos, submetacêntricos e subtelocêntricos e na região pericentromérica dos telocêntricos. Blocos intersticiais foram observados em alguns pares submetacêntricos e subtelocêntricos, com a presença de polimorfismo no par 9sm. Homeologias cromossômicas foram estabelecidas através do padrão de banda G entre o boto- vermelho e o golfinho-nariz-de-garrafa-comum Tursiops truncatus. Sequências teloméricas intersticiais não foram observadas. Localização do retrotransposon L1 não foi aleatória no cariótipo do boto-vermelho. Nos autossomos o L1 esteve preferencialmente localizado em regiões de banda G positiva e o maior acúmulo desta sequência esteve no cromossomo X. O DNAr 5S e L1 estão colocalizados na região centromérica do par 5m. Além disso, é possível que o retrotransposon L1 esteja envolvido no polimorfismo de banda C encontrado para quatro indivíduos da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá, Amazonas-Brasil. Embora a estrutura cariotípica seja considerada conservada em cetáceos, características cariotípicas do boto-vermelho mostram que variações existem em relação à fórmula cariotípica, distribuição da heterocromatina e do organizador nucleolar comparativamente a outras espécies de cetáceos.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-12T15:09:48Z No. of bitstreams: 2 Vanessa Susan da Silva Pinheiro.pdf: 1828798 bytes, checksum: 6e45576840094a7dc29acf7fa1137b40 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-12T15:09:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Vanessa Susan da Silva Pinheiro.pdf: 1828798 bytes, checksum: 6e45576840094a7dc29acf7fa1137b40 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-06-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Curimatidae family, order Characiformes, have a wide geographic distribution in Central and South America, being found in greater abundance in the Amazon River basin. Classical cytogenetic approaches to elucidate evolutionary aspects have been taken to the genus Potamorhina that occur in the Amazon region (Potamorhina latior, P. altamazonica and P. pristigaster) and have shown large interspecific variation with respect to the diploid number, bucking the trend of chromosomal stability in the macrostructure of Curimatidae species (2n = 54 chromosomes) family. Furthermore, the distribution of heterochromatin also appears to be involved in the process of diversification in the genre. However, chromosomal physical mapping and comparative analysis of repetitive DNA sequences are essential for understanding the genomic organization of the group. Thus, this study aimed to characterize through cytogenetics technics the three species of the genus Potamorhina found near Manaus, and understand the evolutionary mechanisms involved in the karyotype differentiation of these species. For this we sampled 19 P. latior, 17 P. altamazonica and 12 P. pristigaster from Iranduba and Manacapuru, in the Amazonas state of Brazil. The technics applied in theses samples were the conventional Giemsa staining, C-banding, silver nitrate impregnation and fluorescent in situ hybridization with DNA probes (5S rDNA, 18S rDNA, Rex 1,Rex 3, tropomyosin 1 and telomeric sequences). Analysis showed variations for both classical cytogenetic markers as for molecular markers. Diploid number of 54, 56 and 102 chromosomes were shown for P. pristigaster, P. latior and P. altamazonica, respectively. Heterochromatic regions were present in the centromeric regions of chromosomes and also in the terminal regions. However P. latior provided further interstitial markings. The 5S rDNA and 18S were the simple type, not syntenic in Amazonian species of Potamorhina. retroelement Rex 1 and 3 were present in the centromeric region of all chromosomes for the three species as well as tropomyosin 1, except for some chromosomes in P. altamazonica. Given this, comparing the information obtained herein to previously proposed phylogenetic data, that the terminals and centromeric regions rich in heterochromatin seem to be the most dynamic regions in the genome and involved in the evolution process of the genus Potamorhina. / Os peixes da família Curimatidae, ordem Characiformes, possuem uma ampla distribuição geográfica na América Central e na América do Sul, sendo encontrados em maior abundância na bacia do rio Amazonas. Abordagens de citogenética clássica têm sido realizadas para as espécies do gênero Potamorhina que ocorrem na região amazônica (Potamorhina latior, P. altamazonica e P. pristigaster) e têm demonstrado grandes variações interespecíficas com relação ao número diploide, contrariando a tendência da estabilidade na macroestrutura cromossômica das espécies da família Curimatidae (2n = 54 cromossomos). Além disso, a distribuição da heterocromatina também parece estar envolvida no processo de diversificação no gênero. Entretanto, mapeamentos físicos cromossômicos e análises comparativas de sequências de DNA repetitivo são imprescindíveis para o entendimento da organização genômica do grupo. Diante disso, este estudo buscou caracterizar citogenomicamente as três espécies do gênero Potamorhina encontradas nas proximidades de Manaus - AM e compreender os mecanismos evolutivos envolvidos na diferenciação cariotípica das mesmas. Para isso foram amostradas 19 Potamorhina latior, 17 P. altamazonica e 12 P. pristigaster nos municípios de Iranduba - AM e Manacapuru - AM, as quais foram submetidas à coloração convencional com Giemsa, bandeamento C, impregnação com nitrato de prata e hibridização fluorescente in situ com sondas de DNAr 5S e 18S, Rex 1 e 3, tropomiosina 1 e sequências teloméricas. As análises demonstraram variações tanto para marcadores da citogenética clássica quanto para os marcadores moleculares. Número diploide igual a 54, 56 e 102 cromossomos foram evidenciados para P. pristigaster, P. latior e P. altamazonica, respectivamente. Blocos heterocromáticos estiveram presentes nas regiões centromérica e terminal dos cromossomos das três espécies, contudo P. latior apresentou marcações intersticiais adicionais. As marcações de DNAr 5S e 18S foram do tipo simples, não sintênico nas espécies amazônicas de Potamorhina. Os retroelementos Rex 1 e 3 estiveram presentes na região centromérica de todos os cromossomos para as três espécies, bem como o gene tropomiosina 1, com exceção de alguns pares cromossômicos em P. altamazonica. Diante disso, ao relacionar os dados aqui obtidos aos dados filogenéticos anteriormente propostos infere-se que as regiões terminais e, principalmente, centroméricas ricas em heterocromatina, parecem ser as mais dinâmicas do genoma e envolvidas na carioevolução de Potamorhina.

Oligoryzomys é o gênero mais especioso da tribo Oryzomyini e está amplamente distribuído na região Neotropical. O objetivo deste trabalho é contribuir para a citotaxonomia e investigar a evolução cromossômica no gênero. Foram analisados 117 exemplares pertencentes às espécies: O. flavescens (2n=64-66, NF=66), O. fornesi (2n=62, NF=64), O. microtis (2n=64, NF=64), O. moojeni (2n=70, NF=72), O. nigripes (2n=62, NF=78-82), O. stramineus (2n=52, NF=68) e Oligoryzomys sp. A (2n=70, NF=72). As seis primeiras possuem cariótipos espécie-específicos e, dessa forma, reiteramos a importância da informação citogenética para a citotaxonomia. A pintura cromossômica comparativa (Zoo-FISH) com sondas de O. moojeni revelou hibridação em 29 segmentos autossômicos em O. fornesi; 30 em O. microtis; 31 em O. nigripes; e 32 em O. rupestris e Oligoryzomys sp. 2. Os resultados mostraram uma extensa reorganização genômica na evolução cromossômica do gênero, decorrente de fissões, fusões em tandem, rearranjos Robertsonianos e perda/inativação, surgimento ou reposicionamento de centrômero. / Oligoryzomys is the most specious genus within the tribe Oryzomyini and it is distributed throughout Neotropical region. This work aims to contribute to citotaxonomy and to investigate the chromosomal evolution of the genus. A total of 117 individuals were cytogenetically analysed, and they belong to the species: O. flavescens (2n=64-66, FN=66), O. fornesi (2n=62, FN=64), O. microtis (2n=64, FN=64), O. moojeni (2n=70, FN=72), O. nigripes (2n=62, FN=78-82), O. stramineus (2n=52, FN=68), and Oligoryzomys sp. A (2n=70, FN=72). The first six species possess species-specific karyotypes, and therefore we emphasize the importance of cytogenetic studies for citotaxonomy. Comparative chromosome painting (Zoo-FISH) with O. moojeni probes hybridized to 29 segments on metaphases of O. fornesi, 30 on O. microtis, 31 on O. nigripes, and 32 on O. rupestris and Oligoryzomys sp. 2. The results showed an extensive genomic reshuffling, due to fissions, tandem and Robertsonian fusions, loss/inactivation or repositioning of centromeres.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-20T18:08:38Z No. of bitstreams: 1 Maria Isabel Gomes Martins.pdf: 909875 bytes, checksum: 9a09e0cba454d77aa80b64325afc8841 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T18:08:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Isabel Gomes Martins.pdf: 909875 bytes, checksum: 9a09e0cba454d77aa80b64325afc8841 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Arachis genus has been the target of several studies due to its importance in human and animal food and because its seeds are recognized as source of protein and oil of vegetal origin, besides its use as ornamental plants. Arachis breeding programs have as main objective the introduction of new varieties and increase of genetic variability through crosses and selection to obtain important agronomic characters. Cytogenetic techniques such as conventional staining, chromosome banding with fluorochromes and FISH were used to analyze four species of Heteranthae: Arachis pusilla, A. giacomettii, A. dardani and A. sylvestris. All species had a diploid chromosome number 2n = 20, A. pusilla and A. dardani presented a karyotypic formula 18m + 2sm and satellite type 2, while A. giacomettii and A. sylvestris had 16m + 4sm and satellite type 10. Flumachromes CMA and DAPI revealed in A. pusilla a large number of blocks rich in Guanine and Cytosine, located in eight chromosomal pairs in the pericentromeric position. DAPI + blocks were observed in the proximal region in most chromosomes of the analyzed accesses of this species after the FISH technique. Arachis dardani presented two large subterranean CMA + blocks. A. giacomettii and A. dardani presented only two CMA + blocks, in the terminal region of the satelite chromosome pair. In situ hybridization demonstrated in A. giacomettii two hybridization signals in the terminal region of a chromosomal pair and in A. pusilla four 45S rDNA sites in two chromosomal pairs and two adjacent 5S rDNA sites. In A. giacomettii, two hybridization signals were visualized in the terminal region of a chromosomal pair, coinciding with the CMA + blocks, but not visualized, but 5S rDNA sites. For the molecular technique, 35 oligonucleotide primers from legume expression libraries were used, which were applied in two contrasting peanut lines, "BR1" and "LVIPE-06" accessions, commonly used in the formation of segregating populations. Objective of obtaining a panel of endonucleases recommended to generate polymorphic markers useful for the genetic improvement of peanuts or for genetic mapping purposes. From the total of oligonucleotide primers, three generated polymorphisms directly from PCR between the accesses investigated. Of the monomorphic amplicons, ten were purified, sequenced and aligned for the identification of candidate SNPs for the generation of restriction and conversion maps in molecular tags. / O gênero Arachis tem sido alvo de diversos estudos devido à sua importância na alimentação humana e animal e por suas sementes serem reconhecidas como fonte de proteína e óleo de origem vegetal, além do seu uso como plantas ornamentais. Os programas de melhoramento genético de Arachis têm por objetivo principal a introdução de novas variedades e aumento da variabilidade genética via cruzamentos e seleção para obtenção de caracteres agronômicos importantes. Técnicas citogenéticas como coloração convencional, bandeamento cromossômico com fluorocromos e FISH foram empregadas para analisar quatro espécies da seção Heteranthae: Arachis pusilla, A. giacomettii, A. dardani e A. sylvestris. Todas as espécies apresentaram número cromossômico diplóide 2n=20, A. pusilla e A. dardani apresentaram fórmula cariotípica 18m+2sm e satélite tipo 2, enquanto que A. giacomettii e A. sylvestris possuem 16m+4sm e satélite tipo 10. A coloração com fluorocromos CMA e DAPI revelou em A. pusilla um grande número de blocos ricos em Guanina e Citosina, localizados em oito pares cromossômicos na posição pericentromérica. Blocos DAPI+ foram observados na região proximal na maioria dos cromossomos dos acessos analisados dessa espécie após a técnica de FISH. Arachis dardani apresentou dois grandes blocos subterminais CMA+. A. giacomettii e A. dardani apresentaram apenas dois blocos CMA+, na região terminal do par cromossômico satelitato. A técnica de Hibridização in situ evidenciou em A. giacomettii dois sinais de hibridização na região terminal de um par cromossômico e em A. pusilla quatro sítios de DNAr 45S em dois pares cromossômicos e dois sítios de DNAr 5S adjacentes. Já em A. giacomettii foram visualizados dois sinais de hibridização na região terminal de um par cromossômico, coincidindo com os blocos CMA+, não sendo visualizados, porém sítios DNAr 5S. Para a técnica de molecular foram utilizados 35 oligonucleotídeos iniciadores, provenientes de bibliotecas de expressão de leguminosas, estes foram aplicados em duas linhagens contrastantes de amendoim, acessos „BR1‟ e „LVIPE-06‟, comumente utilizados na formação de populações segregantes, com o objetivo de obter um painel de endonucleases recomendadas para gerar marcas polimórficas úteis ao melhoramento genético de amendoim ou para fins de mapeamento genético. Do total de oligonucleotídeos iniciadores, três geraram polimorfismos diretamente da PCR entre os acessos investigados. Dos amplicons monomórficos, dez foram purificados, sequenciados e alinhados para a identificação dos SNPs candidatos a geração dos mapas de restrição e conversão em marcas moleculares.