Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4978.pdf: 3466477 bytes, checksum: 2b3ba63eb367d0c2dabca6bde6c0337e (MD5) Previous issue date: 2013-02-04 / Universidade Federal de Minas Gerais / The neotropical freshwater fish fauna is the most diverse in the world, with more than 4.000 descrbed spcecies. In Brazil, about 2.500 species of freshwater fishes are considered valid, and the most formallyand a small portion under description, however, it is believed that this number can be significantly higher. Auchenipteridae, which is restricted to the Neotropical region, comprise 20 genus and about 90 species, of which 74 have been recorded for the Brazilian territory. Genetic studies, both chromosomic or moleculars, in Auchenipteridae, are few since the great diversity of species in this family and their wide geographic distribution. Thus, this thesis was developed with the goal of advance the knowledge in this family, specifically with regard to chromosomal studies classical and moleculars in the genus Ageneiosus, Parauchenipterus, Glanidium, Tatia and Trachelyopterus, and in the application of analysis of the DNA mitochondrial sequences to help in taxonomic problem involving the genus Parauchenipterus and Trachelyopterus. Ageneiosus is the genus most widely distributed among river basins of South America. Although chromosomal studies in the family are still few, this genus is the most studied in number of species, ranging from 54 to 56, differing from the rest of the family which present 58. Chromosomal analysis was performed in A. inermis of Araguaia river basin. Ageneiosus presents a slightly different genomic organization compared to the other species of Auchenipteridae. Evidences indicate that a chromosomal fusion that originated the first metacentric pair of A. inermis, can be a rearrangement basal for the genus. Regarding the B chromosomes, in this study, was described the second case of B chromosomes in Auchenipteridae (Trachelyopterus sp.), and it has been hypothesized that the B chromosomes this species may have a common origin in relation to the B chromosomes of P. galeatus. As expected, the results confirmed the great phylogenetic proximity between the genus Parauchenipterus and Trachelyopterus, moreover, indicated that the B chromosomes of the two species may present a common origin, prior to the diversification these genus. With regard to Tatia, this genus belongs to the subfamily Centromochlinae and has 13 valid species. Of these, T. viii jaracatia and T. neivai represent the only two species of the Paraná-Paraguay drainages. Chromosomal analysis was performed these two species, and thus, the first chromosomal data were generated for the genus. The two species of Tatia showed large chromosomal similarity, however, when compared with the others of Auchenipteridae, was possible to identify some differences in the karyotype formula, in the pattern of heterochromatin and in the distribution of 5S rDNA, which appear to be intrinsic of Tatia. Regarding to Glanidium ribeiroi, this species was collected at the Iguazu river, being that its fauna is characterized by high endemism, which is due to two factors: its rugged topography and their old insulation provided by formation of Iguazu falls. Chromosomal analysis was performed in a population of G. ribeiroi collected in a region in the final stretch of this basin, and the results revealed populational differences when compared with previous studies in others populations of the Iguazu river, which must be related to the rugged topography of this basin. In this thesis, was also presented an adaptation of the banding C technique, with respect to the use of a fluorescent dye (propidium iodide), rather than of non-fluorescent dye (Giemsa). This adaptation produces greater contrast of the heterochromatin bands in metaphase chromosomes and can be especially valuable when the organisms studied possess heterochromatin that is pale and difficult to visualize. Finally, the data obtained concerning the genus Parauchenipterus and Trachelyopterus, both by chromosome analysis as by analysis of two mitochondrial genes, will be used in the discussion of a paper still in preparation, that involves the validation or not of Parauchenipterus, genus that has been subject of debate in the taxonomic . / A ictiofauna de água doce neotropical é a mais diversa do mundo, com mais de 4.000 espécies descritas. Em território brasileiro, cerca de 2500 espécies de peixes de água doce são consideradas válidas, sendo a maioria formalmente descrita e uma pequena parcela em fase de descrição, entretanto, acredita-se que esse número possa ser significantemente maior. Auchenipteridae, que é restrita a região Neotropical, compreende 20 gêneros e cerca de 90 espécies das quais 74 já foram registradas para o território brasileiro. Esse grupo é dividido em duas subfamílias, Centromochlinae e Auchenipterinae. Os estudos genéticos, tanto cromossômicos quanto moleculares, em Auchenipteridae, são escassos visto a grande diversidade de espécies dessa família e sua ampla distribuição geográfica. Assim este trabalho objetivou progredir o conhecimento nesta família, no que se refere aos estudos cromossômicos clássicos e moleculares nos gêneros Ageneiosus, Parauchenipterus, Glanidium, Tatia e Trachelyopterus, e na aplicação da análise de sequências do DNA mitocondrial para auxiliar na problemática taxonômica que envolve os gêneros Parauchenipterus e Trachelyopterus. Ageneiosus é gênero mais amplamente distribuído entre as bacias hidrográficas sul-americanas. Apesar dos estudos cromossômicos na família ainda serem poucos, este gênero é o mais estudado em número de espécies, com variação do 2n de 54 a 56, diferindo do restante da família que apresenta 58. Foi realizada análise cromossômica de A. inermis da bacia do rio Araguaia. Ageneiosus apresenta uma organização genômica um pouco diferente quando comparada com as outras espécies de Auchenipteridae. Evidências indicam que uma fusão cromossômica originou o primeiro par metacêntrico, rearranjo que pode ser um evento basal para o gênero. Em relação aos cromossomos B, neste trabalho foi descrito o segundo caso de cromossomos B em Auchenipteridae (Trachelyopterus sp.), e levantada a hipótese de que os cromossomos B de Trachelyopterus sp. possam ter uma origem comum em relação aos cromossomos B de P. galeatus. Conforme esperado, os resultados confirmaram a grande proximidade filogenética entre os gêneros Parauchenipterus e Trachelyopterus, além de indicarem que os cromossomos B vi das duas espécies possam apresentar origem comum, anterior à diversificação desses gêneros. No que se refere à Tatia, este gênero pertence à subfamília Centromochlinae e possui 13 espécies válidas. Destas, T. jaracatia e T. neivai representam as únicas duas espécies da drenagem Paraná-Paraguai. Foi realizada análise cromossômica dessas duas espécies, sendo estes os primeiros dados cromossômicos para o gênero. As duas espécies de Tatia apresentaram grande semelhança cromossômica, entretanto, quando comparadas com as outras de Auchenipteridae, foi possível identificar algumas diferenças na fórmula cariotípica, no padrão de heterocromatina e na distribuição do rDNA 5S, que parecem ser intrínsecas de Tatia. No tocante a Glanidium ribeiroi, esta espécie foi coletada no rio Iguaçu, sendo que sua fauna é caracterizada por elevado endemismo, o que se deve a dois fatores: sua acidentada topografia e ao antigo isolamento proporcionado pela formação das cataratas do Iguaçu. Foi realizada análise cromossômica de uma população de G. ribeiroi coletada em uma região no trecho final dessa bacia, e os resultados revelaram diferenças populacionais quando comparados com estudos prévios em outras populações do rio Iguaçu, o que deve estar relacionado com a acidentada topografia dessa bacia. Nesta tese, também foi apresentada uma adaptação da técnica de bandamento C, no que se refere à utilização de um corante fluorescente (iodeto de propídeo), em vez do corante não-fluorescente (Giemsa). Esta modificação gera maior contraste das bandas heterocromáticas de cromossomos metafásicos, podendo ser valiosa principalmente quando os organismos apresentarem heterocromatinas pálidas e de difícil visualização. Por fim, os dados referentes aos gêneros Parauchenipterus e Trachelyopterus, tanto por análise cromossômica quanto pela análise de dois genes mitocondriais, serão utilizados na discussão de um trabalho ainda em preparação, que envolve a validação ou não de Parauchenipterus, gênero que vem sendo assunto de debate no âmbito taxonômico.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-12Bitstream added on 2014-06-13T19:25:07Z : No. of bitstreams: 1 ferreiraneto_m_dr_botib.pdf: 962499 bytes, checksum: 9be614144aaf9c5c40be6a9ceca1908b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Neste estudo, espécimens de Astyanax fasciatus capturados no ribeirão Água de Madalena (bacia do alto rio Paraná) foram analisados citogeneticamente, revelando diferentes números diplóides em indivíduos convivendo em simpatria e sintopia, com números cromossômicos de 46, 48 e 50 cromossomos, sendo identificado ainda um cromossomo B acessório em todos os exemplares portadores da fórmula cariotípica com 46 cromossomos. Os exemplares analisados desta espécie foram submetidos às técnicas citogenéticas básicas de coloração com Giemsa, bandamento C e impregnação por nitrato de Prata e técnicas de citogenética molecular, com marcação por fluorocromos base-específicos, hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S, 5S e As51, com sondas teloméricas (TTAGGG)n e também com a microdissecção cromossômica, que resultou da hibridação in situ fluorescente (FISH) utilizando sondas produzidas a partir dos cromossomos B. A região organizadora de nucléolo (NOR) e os sítios de rDNA 18S e 5S mostraram uma distribuição conservada entre os citótipos 2n=46 e 2n=48 cromossomos, sendo que o citótipo de 2n=50 cromossomos apresentou-se de forma diferente com relação aos sítios de rDNA 18S, os quais se apresentaram localizados em cromossomos diferentes. A distribuição da heterocromatina foi pouco variável entre os três citótipos e a região da NOR mostrou-se CG rica quando submetida ao tratamento com Cromomicina A3. Os resultados obtidos com os marcadores moleculares e de citogenética básica mostraram que parece não ocorrer intercruzamentos envolvendo os exemplares dos diferentes citótipos, uma vez que não foram encontradas fórmulas cromossômicas híbridas entre estes citótipos até o presente. Porém, se estes citótipos compartilham uma série de homologias, como evidenciado na análise dos marcadores cromossômicos, também são encontradas diferenças... / In this study, specimens of Astyanax fasciatus were collected at Água da Madalena stream (Botucatu, São Paulo, Brazil) and analyzed cytogenetically, revealing different diploid numbers of individuals living in sympatry and sintopy with chromosome numbers of 46, 48 and 50 chromosomes, still being identified a chromosome B accessory on all copies bearing the karyotype formula with 46 chromosomes. The specimens of this species analyzed were submitted to cytogenetic techniques basic of Giemsa staining, C-banding and Silver nitrate impregnation and molecular cytogenetic techniques, marked by base-specific fluorochromes, fluorescence in situ hybridization with probes 18S rDNA and 5S As51, telomeric probe (TTAGGG)n and also with the chromosome microdissection, resulting in fluorescence in situ hybridization (FISH) using probes generated from chromosome B. The nucleolus organizer regions (NOR) and sites of 5S and 18S rDNA showed a distribution conserved between cytotypes 2n = 46 and 2n = 48 chromosomes, and the cytotype of 2n = 50 chromosomes presented differently with respect to 18S rDNA sites, which are located on different chromosomes presented. The distribution of heterochromatin was somewhat variable among the three cytotypes and NOR region proved CG rich when subjected to treatment with chromomycin A3. The results obtained with the markers and molecular cytogenetics basic showed that appears not to occur intercrosses involving specimens of different cytotypes since it was not found among these formulas chromosomal hybrid cytotypes to the present. However, if these cytotypes share a number of homologies, as evidenced in the analysis of chromosomal markers are also differences that could be a consequence of chromosomal rearrangements complementary, providing new locations of rDNA sites and causing a consequent differentiation and speciation among copies of different cytotypes... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-07-13T12:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-05. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-13T12:25:45Z : No. of bitstreams: 1 000713593_20180405.pdf: 198811 bytes, checksum: eaf94ef46997b781fa3b3479aceb1ae4 (MD5) Bitstreams deleted on 2018-04-13T13:57:54Z: 000713593_20180405.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-04-13T13:58:43Z : No. of bitstreams: 1 000713593.pdf: 1178380 bytes, checksum: f215313b8b0406c66bc0f621eff3a7ea (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Buthidae possui cerca de 900 espécies descritas taxonomicamente; porém, menos de 5% destas espécies foram analisadas sob o ponto de vista citogenético. O número diploide nos butídeos varia entre 2n=5 a 2n=56, e a presença de cromossomos holocêntricos com comportamento sináptico e aquiasmático durante a meiose I é uma característica comum a todas as espécies previamente estudadas. Neste trabalho, os cromossomos mitóticos e meióticos de 11 espécies de escorpiões Buthidae (Ananteris balzanii, Rhopalurus agamemnon, Rhopalurus rochai, Tityus bahiensis, Tityus confluens, Tityus costatus, Tityus fasciolatus, Tityus maranhensis, Tityus martinpaechi, Tityus paraguayensis e Tityus stigmurus) foram estudados através de técnicas de citogenética clássica, molecular e ultraestrutural, com o objetivo de estabelecer os mecanismos responsáveis pela diversidade inter e intraespecífica de número cromossômico e/ou origem das complexas associações multivalentes observadas durante a meiose I, bem como, a evolução dos cromossomos holocêntricos. Nas 11 espécies examinadas, o número diploide variou de 2n=6 a 2n=28 e, em representantes dos três gêneros, associações cromossômicas multivalentes foram observadas em células paquitênicas e pós-paquitênicas. Além disso, uma variabilidade intraespecífica quanto à presença ou ausência de cadeias cromossômicas e ao número de cromossomos envolvidos nas complexas associações multivalentes foi observada em A. balzanii, R. agamemnon, R. rochai, T. bahiensis, T. maranhensis e T. paraguayensis. Células impregnadas pelo íon prata e submetidas à técnica de FISH revelaram certa constância quanto ao número e localização das RONs ativas e sítios de rDNA 45S, apesar da grande variação cromossômica verificada entre as espécies, visto que, RONs localizadas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / The family Buthidae has about 900 species taxonomically described; however, less than 5% of these species were analyzed from the cytogenetic point of view. The diploid number in buthid ranges from 2n=5 to 2n=56, and the presence of holocentric chromosomes with synaptic and achiasmatic behavior during the meiosis I is a common feature for all previously studied species. In this work, the mitotic and meiotic chromosomes of 11 species of Buthidae scorpions (Ananteris balzanii, Rhopalurus agamemnon, Rhopalurus rochai, Tityus bahiensis, Tityus confluens, Tityus costatus, Tityus fasciolatus, Tityus maranhensis, Tityus martinpaechi, Tityus paraguayensis and Tityus stigmurus) were studied through classical, molecular and ultrastructural cytogenetic techniques, aiming to establish the responsible mechanisms for inter and intraspecific diversity of chromosomal number and/or origin of the multivalent complex associations observed during the meiosis I, as well as, the holocentric chromosome evolution. In the 11 species examined, the diploid number ranged from 2n=6 to 2n=28; multivalent chromosomal associations were observed in pachytene and postpachytene cells of species of the three genera. Moreover, an intraspecific variability regarding to the presence or absence of chromosome chains and the number of chromosomes involved in multivalent complex associations was observed in A. balzanii, R. agamemnon, R. rochai, T. bahiensis, T. maranhensis and T. paraguayensis. Silver-impregnated cells and nuclei submitted to the FISH technique revealed constancy in relation to the number and localization of the active NORs and rDNA 45S sites, respectively, despite of the high chromosomal variation verified among species, i.e., NORs located on terminal and subterminal region of two chromosomes were the common pattern for buthids... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2014-11-10T11:58:40Z : No. of bitstreams: 1 000789670.pdf: 5329509 bytes, checksum: a3824c4502c72a77d4e53b53fdea327f (MD5) / Dentre os peixes da região Neotropical, temos a família Characidae, cujo gênero Astyanax é o mais comum e diversificado, contando com 141 espécies validadas. Estudos com diversas espécies do grupo têm demonstrado um dinamismo populacional particular, que leva à formação de populações geneticamente muito variáveis, além da ocorrência de cromossomos B, que neste gênero apresentam intensos polimorfismos. Estes cromossomos são classificados como elementos adicionais e dispensáveis, e estão presentes em plantas, fungos e animais, de diferentes morfologias e frequência variada. Frente a isso, foram analisadas seis populações distintas de Astyanax bockmanni coletadas nas bacias do rio Tietê e Paranapanema, além de exemplares das espécies A. fasciatus e A. paranae portadores de cromossomos supranumerários. Os estudos se basearam em técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, impregnação com nitrato de Prata, e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente e Zoo-FISH, por meio de sondas de DNAr 5S e 18S; genes para as histonas H1, H3; e elementos transponíveis Rex1, Rex3 e Rex6). Também realizamos a microdissecção, amplificação, marcação e hibridação de uma sonda B-específica do cromossomo B acrocêntrico de A. bockmanni, nomeada Babock. Os resultados indicaram que todos os exemplares de A. bockmanni e A. paranae apresentaram de 2n=50 cromossomos. Já A. fasciatus evidenciou 2n=46 cromossomos padrão. Todos os cariótipos das três espécies foram constituídos de cromossomos dos tipos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos. Na espécie A. bockmanni (população Alambari), foram observados microcromossomos B acro e metacêntricos. Supranumerários meta, acro e subtelocêntricos observados na espécie A. fasciatus, e cromossomos B do tipo metacêntricos em A. paranae. As seis populações de A. bockmanni apresentaram divergências da heterocromatina ... / Among the fish of the Neotropical region, we have the Characidae family whose genus Astyanax is the most common and diverse, with 141 species validated. Studies with several species of the group have shown a particular population dynamics, leading to the formation of genetically variable populations, besides the occurrence of B chromosomes, which in this genus exhibit intense polymorphisms. These chromosomes are classified as additional elements dispensable, and are present in plants, fungi and animals of varying frequencies and morphologies. So, six distinct populations of Astyanax bockmanni collected in the basins of the Tietê and Paranapanema were analyzed, beyond samples of the species A. fasciatus and A. paranae carriers of supernumerary chromosomes. The studies were based on classical cytogenetic techniques (Giemsa staining, impregnation with silver nitrate, and C-banding), and molecular (fluorescence in situ hybridization FISH and animal by means of 18S and 5S rRNA probes; genes for histones H1, H3, and transposable elements Rex1, Rex3 and Rex6). We also performed microdissection, amplification, marking and hybridization of a B-specific probe acrocentric B chromosome of A. bockmanni, named Babock. The results indicated that all specimens of A. bockmanni and A. paranae presented 2n=50 chromosomes. A. fasciatus showed 2n=46 chromosomes default. All karyotypes of the three species were made up of chromosomes metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric types. The species A. bockmanni (Alambari population) were observed B microchromosomes metacentric and acro Supernumerary, were acro and subtelocentric observed in the species A. fasciatus, and the metacentric B chromosomes in type A. paranae. The six populations of A. bockmanni showed differences in the constitutive heterochromatin and multiple NOR except the population Capivara river, which indicated a simple NOR system. Additionally, the 18S rRNA gene revealed ...

Uma estratégia bem reconhecida para aumentar o pool gênico do trigo consiste na introdução de genes de espécies selvagens afins. Aegilops tauschii Coss. possui muitas características agronomicamente desejáveis, não facilmente encontradas em trigo (Triticum aestivum L. em Thell), tal como a resistência a patógenos. Com o objetivo de aumentar a resistência do trigo cultivado à ferrugem da folha, quatro hexaplóides sintéticos (PF844005, PF964001, PF964004 e PF964009), desenvolvidos a partir do cruzamento de T. durum L. (AABB) X Ae. tauschii (DD), foram cruzados com quatro cultivares brasileiras de trigo (AABBDD - BRSAngico, RS120, BRS209 e CD104). Foram realizadas análises citogenéticas visando avaliar a estabilidade meiótica dos hexaplóides sintéticos, cultivares e suas progênies F1, F2 e RC1F1. Nas cultivares, os índices meióticos variaram de 85,1 a 94,1 indicando uma estabilidade citológica relativamente alta. Três formas sintéticas apresentaram índices meióticos variando de 78,2 a 80,6, o que indica um comportamento meiótico razoavelmente regular. A quarta forma sintética apresentou um índice meiótico estatisticamente mais baixo (40,4). A meiose foi estudada em algumas plantas, mostrando que univalentes e retardatários são as causas da formação de micronúcleos. A freqüência de grãos de pólen viáveis variou de 90,4 a 94,0% para as cultivares, enquanto as formas sintéticas exibiram viabilidade polínica variando de 79,9 a 92,0%. Assim como para o índice meiótico, a comparação das médias gerais mostrou que as freqüências de grãos de pólen viáveis das cultivares são estatisticamente superiores às das formas sintéticas. O efeito da combinação de cruzamento bem como das gerações no índice meiótico e na viabilidade do pólen foi estatisticamente significante. Entretanto, na viabilidade do pólen, houve uma interação significativa entre combinação de cruzamento X geração. Embora a análise estatística não tenha discriminado claramente as combinações genotípicas, uma tendência foi evidenciada nos dados de viabilidade do pólen e índice meiótico, sendo que os cruzamentos envolvendo a cultivar CD104 apresentaram repetidamente médias mais elevadas. Por outro lado, as combinações incluindo a cultivar BRS120 apareceram com as médias mais baixas. A resposta à raça SPJ-RS de Puccinia triticina foi avaliada ao longo das gerações. Oito combinações genotípicas exibiram resistência à ferrugem da folha em todas as gerações. Estes resultados confirmam que Ae. tauschii pode ser usado como fonte de recursos genéticos para aumentar a resistência à ferrugem da folha em cultivares comerciais, usando linhas hexaplóides sintéticas como ponte. O tamanho do grão de pólen foi avaliado nos níveis diplóide (2n=2X=14, Ae. tauschii = T. tauschii, um acesso), tetraplóide (2n=4X=28, T. durum, quatro cultivares) e hexaplóide (2n=6X=42, T. aestivum, quatro cultivares brasileiras e quatro formas sintéticas). Grãos de pólen com o menor diâmetro (39,14 μm) foram encontrados na espécie diplóide Ae. tauschii. Os grãos maiores (55,82 a 59,87 μm) foram observados nas cultivares e sintéticos hexaplóides. Valores intermediários foram apresentados pelas cultivares tetraplóides de T. durum (46,57 a 47,64 μm). Além da associação entre tamanho de pólen e nível de ploidia, foi verificado em todos os genótipos que o diâmetro dos grãos de pólen viáveis foi significativamente maior do que aquele observado para os grãos inviáveis. A detecção de diferenças significativas no diâmetro dos grãos de pólen permitiria o uso de citômetro de fluxo para obter uma estimativa rápida tanto do nível de ploidia como da viabilidade do pólen em Triticum. / One well-recognized means to increase the wheat gene pool is to introduce genes from wild relatives. Aegilops tauschii Coss. posses many agronomically identified desirable characteristics not readily found in wheat (Triticum aestivum L. em Thell), such as resistance to pathogens. Aiming to improve the resistance of cultivated wheat to leaf rust, four synthetic hexaploids (PF844005, PF964001, PF964004 and PF964009), developed from T. durum L. (AABB) and Ae. tauschii (DD), were crossed with four Brazilian commercial wheat cultivars (AABBDD - BRSAngico, RS120, BRS209 and CD104). Cytogenetical analyses were performed aiming to evaluate the meiotic stability of the synthetic hexaploids, cultivars and their F1, F2 and BC1F1 progenies. Meiotic indices varied from 85.1 to 94.1, indicating a relatively high cytological stability of the cultivars. Three synthetic forms presented meiotic indices that varied from 78.2 to 80.6, indicating a quite regular meiotic behavior. The fourth synthetic form presented a statistically lower meiotic index (40.4). Meiosis was studied in some plants, showing that univalents and laggards were the causes of micronuclei formation. The frequency of viable pollen grains varied from 90.4 to 94.0% for T. aestivum cultivars and from 79.9 to 92.0% for synthetic forms. As well as for meiotic index, the comparison between general means showed that the frequencies of viable pollen grains are statistically higher in cultivars than in synthetic forms. The effect of cross combinations as well as generations on the meiotic index and pollen viability was highly significant. However, in pollen viability, statistical analysis showed that interaction between cross combinations and generations, as well as their simple effects were significant. Although the statistical analysis had not clearly discriminated the genotype combinations, there was a clear tendency in pollen viability and meiotic index data, with crosses involving CD104 cultivar showing up repeatedly with higher means. On the other hand, combinations including BRS120 cultivar appeared with the lowest means. The responses to the Puccinia triticina SPJ-RS race were evaluated over generations. Eight genotype combinations exhibited leaf rust resistance in all generations. These results confirm that Ae. tauschii can be used as a good genetic source for improving leaf rust resistance in commercial cultivars, using synthetic hexaploid lines as a bridge. Pollen grain size was evaluated in diploid (2n=2X=14, Aegilops tauschii = T. tauschii, one accession), tetraploid (2n=4X=28, T. durum, four commercial cultivars), and hexaploid (2n=6X=42, T. aestivum, four Brazilian cultivars, and four synthetic forms) levels. The pollen grains with the smallest diameter (39.14 μm) were found in Ae. tauschii, the diploid species. The largest pollen grains (55.82 to 59.87 μm) were observed in the hexaploids T. aestivum and synthetic forms. Intermediate values were presented by tetraploid cultivars of T. durum (46.57 to 47.64 μm). In addition to an association between pollen size and ploidy level, it was found that the mean diameter of viable grains was significantly larger than that of inviable grains for all the genotypes studied. The significant differences detected in pollen diameter could allow the use of particle counters to obtain a rapid estimation of ploidy level as well as pollen viability in Triticum.

A progressão das neoplasias sólidas é um processo complexo, não segue uma seqüência universal e é caracterizada pela marcada heterogeneidade tumoral na ocasião do diagnóstico. Anormalidades cromossômicas, mutações somáticas e alterações epigenéticas estão entre as principais alterações celulares decorrentes da instabilidade do genoma destas neoplasias. Essa instabilidade tem importantes implicações clínicas, pois impõe dificuldades ao desenvolvimento de novos biomarcadores tumorais, tais como a baixa recorrência de mutações somáticas causalmente relacionadas ao desenvolvimento do câncer e a grande diversidade amostral. Neste trabalho estudamos alterações citogenéticos e moleculares com objetivo de caracterizar padrões de diversidade tumoral. Os resultados demonstraram que a diversidade cariotípica é específica para cada tipo de tumor e que os tumores de menor diversidade apresentam estatísticas populacionais com melhor sobrevida (79 tipos de tumores; n=12787). Além disso, desenvolvemos novos métodos computacionais baseados na teoria da informação com objetivo de mapear a diversidade de expressão gênica dos mecanismos de estabilização do genoma. Os resultados obtidos sugerem que redes de genes de apoptose e do sistema de reparo por excisão de nucleotídeos estão funcionalmente alteradas em neoplasias sólidas, com aumento da diversidade de expressão gênica e diminuição da abundância de transcritos (14 tipos de tumores; n=492). A implicação deste achado é que ele fornece evidências em favor da instabilidade genômica ao nível dos nucleotídeos, um tipo de disfunção que causa aumento da taxa de mutação somática e que está caracterizada apenas em modelos teóricos e experimentais ou em raros casos de desordens hereditárias. Por fim, a padronização dos métodos computacionais desenvolvidos resultou em duas patentes de invenção (aplicadas ao diagnóstico/prognóstico de neoplasias sólidas) e em dois produtos tecnológicos na forma de programas de computador distribuídos com licença de código aberto (aplicados ao estudo da diversidade citogenética e molecular). Endereço de acesso: http://lief.if.ufrgs.br/pub/biosoftwares/ / The progression of solid tumors does not follow a universal sequence and it is characterized by marked tumor heterogeneity. Chromosomal abnormalities, somatic mutations and epigenetic alterations are among the major cellular changes associated to genome stability impairments, which contribute substantially to this heterogeneity. The cancer genome instability has important clinical implications, since it imposes technical problems for tumor biomarker development, such as the low recurrence of somatic mutations causally related to cancer and the great sample diversity. Here, we considered different types of cytogenetic and molecular changes in order to characterize different patterns of tumor diversity. The results showed that the karyotypic diversity is specific to each tumor type and that tumors with lower diversity present better population statistics – five-year survival rates (79 types of tumors, n = 12787). Furthermore, we developed new computational methods based on information theory concepts in order to map the diversity of gene expression networks of genome maintenance mechanisms. The results suggest that two gene expression networks - apoptosis and nucleotide excision repair (NER) - are functionally altered in solid tumors, with increased gene expression diversity and decreased transcript abundance (14 types of tumors; n=492). The implication of this finding is that it provides evidence in favor of genomic instability at nucleotide level, a type of dysfunction that can increase the somatic mutation rate, which is soundly characterized only in theoretical and experimental models, or in rare inherited disorders. Finally, the standardization of the computational methods developed here gave rise to two patents (applied to the diagnosis / prognosis of solid tumors) and two bioinformatics applications released under open source license (designed for cytogenetic and molecular diversity studies). Availability: http://lief.if.ufrgs.br/pub/biosoftwares/

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-03-30Bitstream added on 2014-06-13T19:28:26Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_hb_me_botib.pdf: 818945 bytes, checksum: 0dcdc893d82479fdd59b8e9e10c78d34 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os ciclídeos são considerados peixes secundários adaptados à água doce e distribuídos principalmente pela África, América Central e América do sul. Nesse trabalho foram realizados estudos citogenéticos em 24 espécies representantes das principais subfamílias de ciclídeos sul-americanos com o objetivo de fornecer contribuições ao entendimento das tendências que governam a evolução cromossômica no grupo. Para isto foram realizadas análises da macroestrutura cariotípica através de coloração convencionais com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs) através de coloração com Nitrato de Prata e identificação de regiões heterocromáticas através de bandamento C. A análise da macroestrutura cariotípica revelou que, embora eventos de rearranjos cromossômicos ocorreram no grupo, os ciclídeos mantém ainda as características basais do cariótipo dos Perciformes composto por 48 cromossomos subtelo-acrocêntricos. As RONs estiveram presentes em um único par cromossômico, porém em posições variáveis, caracterizando a ocorrência de rearranjos envolvendo estes cromossomos. Embora blocos de heterocromatina tenham sido identificados principalmente no centrômero de todas as espécies analisadas, algumas espécies apresentaram grandes segmentos heterocromáticos intersticiais caracterizando eventos de ganhos de heterocromatina que levaram a diferenciação de cariótipos específicos. As análises citogenéticas realizadas mostram que, embora aparentemente conservada, a estrutura cariotípica dos ciclídeos tem sofrido inúmeros rearranjos ao longo da sua história evolutiva. / Cichlids are considered secondary fish adapted to the freshwater and distributed mainly in Africa, Central America and South America. Cytogenetic studies in 24 representative species of the main subfamilies of South American cichlids were conducted with the objective to supply informations about the chromosome evolution in the group. The karyotype macrostructure was analized through Giemsa stainning an localization of the nucleolar organizer regions (NORs) through silver staining technique and the identification of heterochromatic regions through C-banding. The analysis of the karyotype macrostructure showed that although events of chromosome rearrangements occurred in the group, the cichlids still mantain the basic karyotype structure of Perciformes with 48 subtelocentric and acrocentric chromosomes. The NORs were observed in only one chromosome pair, however in different positions, characterizing the occurrence of rearrangements involving the NOR-bearing chromosomes. Although heterochromatic blocks have been mainly identified in centromeres of all analyzed species, some species presented large interstitial heterochromatin segments characterizing events of heterochromatin accumulation that had lead to the differentiation of specific karyotypes. Although the cytogenetic data obtained showed an apparently conserved chromosome structure, the cichlid karyotipes have suffered rearrangements throughout its evolutionary history.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-04-12Bitstream added on 2014-06-13T19:28:27Z : No. of bitstreams: 1 scatena_mp_me_sjrp.pdf: 361046 bytes, checksum: 070147acd31974b26757d6f198b0f1d5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho analisou a viabilidade da extração de DNA de tecidos fixados em formalina e sua aplicabilidade em experimentos de PCR e sequenciamento. Um total de 123 amostras de tecidos de 54 espécimes depositados em coleção científica (DZBSJRP) foram utilizados para a extração de DNA. Os tecidos passaram por pré-tratamentos antes da extração de DNA em diferentes temperaturas e pHs, na tentativa de minimizar os efeitos da fixação sobre os ácidos nucléicos. Os resultados demonstraram que o tratamento em soluções neutras à 37oC, por no mínimo quatro dias melhora a qualidade do DNA extraído e seu desempenho nas reações de amplificação e de sequenciamento. As seqüências geradas foram utilizadas em uma análise filogenética de parcimônia das espécies brasileiras de grandes Artibeus. Os alinhamentos das seqüências e as árvores produzidas apresentaram altos valores de bootstrap para a maioria dos clados, evidenciando que as seqüências obtidas de tecidos fixados também podem gerar dados confiáveis e que podem contribuir para o esclarecimento de aspectos evolutivos de muitos grupos animais que encontram-se bem representados em coleções científicas. / The present work analyzed the viability of the extraction of DNA of formalin fixed tissues and the applicability in PCR and sequencing experiments. A totality of 123 samples of tissues representing 54 specimens deposited in scientific collection (DZBSJRP) were used for the extraction of DNA. The tissues were exposed to different treatments before extraction of DNA involving different temperatures and pHs, in the attempt of minimizing the effects of the fixation on the nucleic acids. The results demonstrated that the treatment in neutral solutions at 37oC during at least four days improve the quality of extracted DNA and the conditions of amplification reactions and sequencing. The sequences obtained after amplifications were used in a phylogenetic analysis of parsimony involving Brazilian species of great Artibeus. The alignments of the sequences and the trees produced evidenced that the sequences of amplified of formalin-fixed tissue can also generate reliable data and than contribute to the explanation of evolutionary aspects of many animal groups that are archived in scientific collections.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-23Bitstream added on 2014-06-13T19:08:32Z : No. of bitstreams: 1 silva_tl_me_sjrp.pdf: 1177452 bytes, checksum: 4e65cd703e3bf0672c8211bea11db9d7 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os répteis sofreram redução do número de espécies desde a época em que dominavam a Terra até os dias atuais. Os quelônios são pouco estudados, principalmente quanto à sua caracterização citogenética e morfológica. O presente projeto teve por objetivo estabelecer a análise das características morfológicas e citogenéticas, efetivas para a diferenciação das espécies Chelonoidis carbonaria e Chelonoidis denticulata, quelônios terrestres representativos de dois biomas brasileiros (Cerrado e Amazônia); avaliar a existência de um morfotipo de Chelonoidis carbonaria, além de descrever o cariótipo das espécies em estudo. Os animais foram coletados no criatório “Reginaldo Uvo Leone”, localizado na cidade de Tabapuã- SP. O presente trabalho possui licença do IBAMA/RAN e aprovação da Comissão de Ética em Experimentação Animal (CEEA) UNESP/IBILCE. Foram realizadas aferições da morfologia externa, avaliando-se as características morfológicas efetivas para a diferenciação das duas espécies de jabutis brasileiras, Chelonoidis carbonaria e Chelonoidis denticulata, dando ênfase à comparação com um grupo de Chelonoidis carbonaria*, que apresenta tamanho e coloração diferenciada do padrão estabelecido para a espécie. As características morfológicas foram avaliadas no intuito de caracterizar as diferenças entre as espécies, além de verificar quais são as características sexualmente dimórficas entre os grupos avaliados. Os dados obtidos permitiram o reconhecimento de um morfotipo de C. carbonaria, que apresentou características morfológicas intermediárias entre as duas espécies clássicas. Os estudos citogenéticos permitiram o reconhecimento do número cromossômico 2n= 52 para os três grupos avaliados. O bandamento G não mostrou boa reprodutibilidade e constância... / The reptiles were reduced in number of species since the time that they ruled the earth until nowadays. The tortoises are poorly studied, particularly regarding its morphological and cytogenetics features. This project aimed to establish the analysis of morphology and cytogenetics, effective to differentiate the species Chelonoidis carbonaria and Chelonoidis denticulata, terrestrial tortoises representative of two biomes (Cerrado and Amazonia), to evaluate the existence of a possible Chelonoidis carbonaria morphotype, and describe the karyotype of the studied species. The animals were collected in the Reginaldo Uvo Leone breeding farm, located in Tabapuã-SP. This work is licensed by IBAMA/RAN and approval by the Ethics Committee on Animal Experiments (ECAE) UNESP/IBILCE. We conducted measurements of external morphology, in order to evaluate the morphological characteristics effective for the differentiation of two species of Brazilian tortoises Chelonoidis carbonaria and Chelonoidis denticulata, emphasizing the comparison with a Chelonoidis carbonaria* group, which differ in color and size patterns established for the species. The morphological characteristics were evaluated in order to characterize differences between species, and check which characteristics are sexually dimorphic between the groups. The data obtained allowed the recognition of a C. carbonaria morphotype, which showed morphological characteristics intermediate between the two classic species. Cytogenetic studies led to the recognition of the chromosome number 2n= 52 for all three groups. The G-banding did not show good reproducibility and consistency in the banding patterns. In Chelonoidis carbonaria males, the C banding technique revealed the presence of constitutive heterochromatin in two microchromosomes and in two centromeric region of macrochromosomes, in females only two microchromosomes showed... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-05Bitstream added on 2014-06-13T18:50:06Z : No. of bitstreams: 1 mattos_vf_me_rcla_parcial.pdf: 211845 bytes, checksum: 7ec1dc6e246bc7d6d11ec60c16ad9201 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-02-04T11:39:29Z: 000713593_20180405.pdf,Bitstream added on 2015-02-04T11:40:14Z : No. of bitstreams: 1 000713593_20180405.pdf: 211410 bytes, checksum: b49448754b9a2e19ae5d9ae5aa91fa43 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-04-13T18:26:29Z: 000713593_20180405.pdf,Bitstream added on 2015-04-13T18:27:07Z : No. of bitstreams: 1 000713593_20180405.pdf: 211410 bytes, checksum: b49448754b9a2e19ae5d9ae5aa91fa43 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Buthidae possui cerca de 900 espécies descritas taxonomicamente; porém, menos de 5% destas espécies foram analisadas sob o ponto de vista citogenético. O número diploide nos butídeos varia entre 2n=5 a 2n=56, e a presença de cromossomos holocêntricos com comportamento sináptico e aquiasmático durante a meiose I é uma característica comum a todas as espécies previamente estudadas. Neste trabalho, os cromossomos mitóticos e meióticos de 11 espécies de escorpiões Buthidae (Ananteris balzanii, Rhopalurus agamemnon, Rhopalurus rochai, Tityus bahiensis, Tityus confluens, Tityus costatus, Tityus fasciolatus, Tityus maranhensis, Tityus martinpaechi, Tityus paraguayensis e Tityus stigmurus) foram estudados através de técnicas de citogenética clássica, molecular e ultraestrutural, com o objetivo de estabelecer os mecanismos responsáveis pela diversidade inter e intraespecífica de número cromossômico e/ou origem das complexas associações multivalentes observadas durante a meiose I, bem como, a evolução dos cromossomos holocêntricos. Nas 11 espécies examinadas, o número diploide variou de 2n=6 a 2n=28 e, em representantes dos três gêneros, associações cromossômicas multivalentes foram observadas em células paquitênicas e pós-paquitênicas. Além disso, uma variabilidade intraespecífica quanto à presença ou ausência de cadeias cromossômicas e ao número de cromossomos envolvidos nas complexas associações multivalentes foi observada em A. balzanii, R. agamemnon, R. rochai, T. bahiensis, T. maranhensis e T. paraguayensis. Células impregnadas pelo íon prata e submetidas à técnica de FISH revelaram certa constância quanto ao número e localização das RONs ativas e sítios de rDNA 45S, apesar da grande variação cromossômica verificada entre as espécies, visto que, RONs localizadas... / The family Buthidae has about 900 species taxonomically described; however, less than 5% of these species were analyzed from the cytogenetic point of view. The diploid number in buthid ranges from 2n=5 to 2n=56, and the presence of holocentric chromosomes with synaptic and achiasmatic behavior during the meiosis I is a common feature for all previously studied species. In this work, the mitotic and meiotic chromosomes of 11 species of Buthidae scorpions (Ananteris balzanii, Rhopalurus agamemnon, Rhopalurus rochai, Tityus bahiensis, Tityus confluens, Tityus costatus, Tityus fasciolatus, Tityus maranhensis, Tityus martinpaechi, Tityus paraguayensis and Tityus stigmurus) were studied through classical, molecular and ultrastructural cytogenetic techniques, aiming to establish the responsible mechanisms for inter and intraspecific diversity of chromosomal number and/or origin of the multivalent complex associations observed during the meiosis I, as well as, the holocentric chromosome evolution. In the 11 species examined, the diploid number ranged from 2n=6 to 2n=28; multivalent chromosomal associations were observed in pachytene and postpachytene cells of species of the three genera. Moreover, an intraspecific variability regarding to the presence or absence of chromosome chains and the number of chromosomes involved in multivalent complex associations was observed in A. balzanii, R. agamemnon, R. rochai, T. bahiensis, T. maranhensis and T. paraguayensis. Silver-impregnated cells and nuclei submitted to the FISH technique revealed constancy in relation to the number and localization of the active NORs and rDNA 45S sites, respectively, despite of the high chromosomal variation verified among species, i.e., NORs located on terminal and subterminal region of two chromosomes were the common pattern for buthids... (Complete abstract click electronic access below)