Tese de mestrado integrado. Engenharia Informática e Computação. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2009

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-graduação em Biologia Vegetal, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T08:29:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 292006.pdf: 8517509 bytes, checksum: 6371d59c9502ef1978f7afb768283d78 (MD5) / A família Podostemaceae se distribui amplamente pelas áreas tropicais do globo. É a maior família de angiospermas estritamente aquáticas. O centro de riqueza da família é a região equatorial da América do Sul. Os estudos taxonômicos ainda são escassos para o Brasil. Os objetivos deste estudo foram realizar um tratamento taxonômico e analisar a distribuição geográfica das espécies Sulinas de Podostemaceae. São reconhecidos 6 gêneros e 10 espécies. São apresentadas chaves dicotômicas para todos os níveis taxonômicos. O gênero mais representativo em número de espécies é Podostemum. A riqueza de espécies se dilui no sentido Norte-Sul e a maior parte das espécies se distribuem amplamente pelos três estados sulinos. Existem espécies de distribuição restrita como Apinagia yguazuensis, Wettsteiniola pinnata, Marathrum azarensis e P. irgangii sendo, esta última, a única espécie endêmica do Sul do Brasil. A falta de representatividade de coleções em herbários é uma característica marcante para esse grupo. / The family Podostemaceae is distributed widely by the tropical areas of the globe. It is the largest angiosperms of strictly aquatic family. The center of family wealth is the equatorial region of South America. The taxonomic studies are still scarce in Brazil. The aims of this study were to produce a taxonomic treatment and analyze the geographic distribution of species of Podostemaceae from south region of Brazil. Were recognized six genera and ten species. Keys are presented for all taxa. The most representative genus in number of species is Podostemum. Species richness decreases in the North-Southerr direction and most of the species are widely distributed for the three southern states. There are range restricted species as Apinagia yguazuensis, Wettsteiniola pinnata and Marathrum azarensis. P. irgangii is the only endemic species of southern Brazil. The lack of representation in herbarium collections is a hallmark for this group.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Vegetal, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T02:43:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 293002.pdf: 1217384 bytes, checksum: 6d8835077b7f274cd999a49d15cb016b (MD5) / As algas calcárias do Filo Rhodophyta, apresentam como principal característica a impregnação de carbonato nas paredes celulares, e por este motivo são necessárias técnicas diferenciadas para estudos anatômicos destas algas. Apesar do aprimoramento recente na caracterização do referido grupo, a ausência de um padrão metodológico que se observa nos estudos realizados para este grupo, demonstra que ainda existe demanda por metodologias alternativas que subsidiem a taxonomia do grupo. O uso de ferramentas moleculares é uma alternativa informativa dentro deste contexto, e vem sendo cada vez mais utilizada, aliada a características morfoanatômicas, para determinar a posição sistemática de gêneros, espécies e subespécies. Este trabalho teve por objetivo principal descrever os representantes do gênero Lithophyllum no meso e infralitoral do Sul do Brasil, com base em dados morfoanatômicos aliados a dados moleculares. As análises foram realizadas a partir de espécimes coletados em 5 pontos do litoral do Sul do Brasil. O estudo morfoanatômico foi realizado em microscópio óptico e microscópio eletrônico de varredura. Os estudos moleculares se basearam em sequências de DNA dos marcadores UPA, cox1 e SSU rDNA, sendo que para cada marcador foram geradas análises de Distância e Máxima Parcimônia, e para o último foram realizadas além destas, a análise bayesiana. Através de estudo morfoanatômico comparativo, foram identificadas duas entidades taxonômicas, Lithophyllum margaritae (Hariot) Heydrich, e Lithophyllum sp.1, e os dados moleculares corroboraram com a identificação dos referidos táxons. Os marcadores moleculares UPA e cox1 se mostraram eficientes na separação de entidades taxonômicas de um mesmo gênero, demonstrando serem estes marcadores adequados para utilização como "DNA barcoding". Os dados obtidos neste estudo representam um avanço na taxonomia das algas calcárias não articuladas no Brasil, que pela primeira vez baseou-se em características moleculares aliadas a características morfoanatômicas.

Tese (doutorado) - Universidade de Brasília. Programa de Pós-graduação em Ciência da Informação / Made available in DSpace on 2012-10-24T03:54:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0

Orientadora: Derlene Attili de Angelis / Coorientador: Fernando Carlos Pagnocca / Banca: Vania Aparecida Vicente / Banca: Lara Durães Sette / Resumo: A introdução de xenobióticos no ambiente por ações antrópicas é um quadro que se tornou comum principalmente desde a revolução industrial. O petróleo e seus derivados são os principais poluidores da atualidade. Associada às contaminações, uma séria devastação dos ecossistemas atingidos aconteceu e permanece até os dias de hoje sendo incontáveis os prejuízos já causados à natureza. Na busca da recuperação da homeostase de locais afetados, alternativas para a remoção física, química e biológica de contaminantes foram desenvolvidas. Ao conjunto de técnicas voltadas à remoção biológica de poluentes denominamos biorremediação, atualmente melhor aceito pela comunidade cientifica, pois a utilização do metabolismo microbiano resulta em baixo ou nenhum impacto negativo para os ecossistemas. O uso de fungos na biorremediação é crescente, dentre estes os fungos melanizados compõem um grupo de interesse particular. Caracterizados pela coloração negra de suas colônias devido à deposição de melanina em sua parede celular, estudos recentes comprovaram seu envolvimento em processos de biodegradação de hidrocarbonetos, incluindo os BTEX (Benzeno, Tolueno, Etilbenzeno e Xilenos). As características extremofílicas e o caráter oligotrófico destes fungos são aspectos importantes que corroboram seu potencial de utilização em processos de biorremediação, bem como para estudos que envolvam a bioprospecção de novos produtos naturais, como enzimas. Após anos de estudo nosso grupo preservou um número significativo de fungos filamentosos e leveduras melanizados isolados a partir de diferentes substratos ambientais associados a hidrocarbonetos. A partir deste acervo, dentre 200 isolados selecionados buscou-se aqueles com maior potencial para biodegradação de tolueno. Os dados já publicados sobre o tema embasaram o estabelecimento de uma nova proposta para triagem de microfungos assimiladores de BTEX e para a... / Abstract: The introduction of xenobiotics compounds in the environment by human activities has become a common situation since the industrial revolution. Oil and its derivatives are the main polluters nowadays. Associated with the contaminations, a grave devastation of affected ecosystems happened and remains to these days causing unmeasured damage to nature. Searching for recovery of the homeostasis of affected local, alternatives to physical, chemical and biological removal of the contaminants have been developed. The set of techniques that aim the biological removal of organic pollutants is called bioremediation, currently accepted as the best by the scientific community, because the use of microbial metabolism results in low or no negative impact on ecosystems. The use of fungi in bioremediation is growing, among them melanized fungi form a group of particular interest. Characterized by black pigmentation of their colonies due the deposition of melanin in their cell wall, recent studies have shown its involvement in processes of hydrocarbon biodegradation, including BTEX (Benzene, Toluene, Ethylbenzene and Xylenes). Extremophilic and oligotrophic characteristics of these fungi are important aspects that corroborate with their potential use in bioremediation processes, as well as studies involving bioprospecting of new natural products, such as enzymes. After years of study our group has preserved a significant number of melanized yeasts and filamentous fungi isolated from different environmental substrates associated with hydrocarbons. From 200 selected isolates of this collection, it was sought those with the greatest potential for toluene biodegradation. The already published data on the subject based the establishment of a new proposal for screening BTEX-assimilating microfungi and to elaborate adapted bottles for chromatographic analysis of headspace. In addition, morphological and molecular identification of the 200 isolates resulted in... / Mestre

Orientador: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Orlando Necchi Júnior / Banca: Camila Francieli da Silva Malone / Resumo: Crostas biológicas consistem de uma comunidade composta por cianobactérias, algas verdes, microfungos, bactérias, líquens e musgos. Estas ocorrem em uma variedade de solos e regiões climáticas ao redor do globo, exercendo funções importantes como a de conferir estabilidade e proteger o solo contra forças erosivas, acumular e aumentar o tempo de residência da água no solo, além de, favorecer a germinação e permitir a fixação de nitrogênio e carbono. Em crostas biológicas de regiões quentes e temperadas há o predomínio de líquens e cianobactérias, sendo que as cianobactérias são consideradas os primeiros organismos a estruturarem a crosta, sendo seguidas por outros grupos de organismos. A partir da investigação de cianobactérias em crostas biológicas, muitos novos gêneros e espécies têm sido descritos, o que também enfatiza a grande necessidade da investigação sobre tais comunidades. Devido às condições propícias do ambiente, em termos de exposição do solo e fitofisionomia, o bioma Cerrado (Savana) foi escolhido para ser o local de estudo de assembleias de cianobactérias de crostas. Além disso, devido a estudos prévios que relatam o potencial de produção de enzimas celulolíticas e hemicelulolíticas por cianobactérias heterocitadas e a presença comum deste tipo de organismos em crostas biológicas, também foram feitas análises para avaliar a produção de tais substâncias. Desse modo, os estudos objetivaram contribuir com conhecimento da biodiversidade de cianobactérias de crostas... / Abstract: Biological soil crusts (BSCs) are communities potentially composed of cyanobacteria, green algae, micro fungi, bacteria, lichens and mosses. They occur in a variety of soils and climatic regions around the world, playing important roles as giving soil stability protecting against erosive forces, accumulating and increasing residence time for water in soil, besides promoting germination and performing nitrogen and carbon fixation. Biological soil crusts from hot deserts are frequently composed of cyanobacteria and lichens, and the cyanobacteria are considered the first colonizers in structuring the crust, being followed by other groups of organisms. A lot of new genera and species have been described based on crusts investigations and this fact also emphasizes the necessity of works on those communities. Due to environmental conditions, as soil exposition and phytophysiognomy, the biome Cerrado (Savannah) was chosen to be the place for studies on cyanobacterial assemblages of biological soil crusts. Besides, due to previous studies that indicate the production capability of celulolitic and hemicelulolitic enzymes by heterocytous cyanobacteria and the common presence of this kind of cyanobacteria in biological soil crusts, analyses of such production were also conducted. In this way, the studies aimed to contribute with knowledge about cyanobacterial biodiversity in biocrusts and evaluate the bioprospection capability of cyanobacterial from these biocrusts. Therefore, BSCs were ... / Mestre

Orientador: Pitágoras da Conceição Bispo / Banca: Sérgio Nascimento Stampar / Banca: Lucas Silveira Lecci / Resumo: Plecoptera compreende uma ordem de insetos aquáticos com aproximadamente 3500 espécies conhecidas, sendo distribuídas em 16 famílias. No Brasil são registradas apenas duas famílias, sendo Gripopterygidae e Perlidae. Neste trabalho foram estudadas as espécies de Perlidae da Serra de Paranapiacaba, incluindo os Parques Estaduais Carlos Botelho (PECB), Intervales (PEI) e Turístico do Alto Ribeira (PETAR), Estado de São Paulo. Com o objetivo de integrar o conhecimento taxonômico ao molecular, obtendo identificações de adultos e a associação adulto-ninfa utilizando DNA Barcode. Foram registradas 14 espécies, sendo Anacroneuria representado por nove espécies: A. boraceiensis, A. debilis, A. fiorentini, A. flintorum, A. iporanga, A. itajaimirim, A. polita, A. subcostalis e A. tupi. Kempnyia por quatro espécies: K. auberti, K. colossica, K. flava e K. neotropica. Macrogynoplax por apenas uma espécie: M. veneranda. Foram realizados dois novos registros (Anacroneuria debilis e A. fiorentini), duas descrições de imaturos (A. flintorum e A. tupi) e uma sinonimização (Kempnyia petersorum). Adicionalmente, é fornecida uma chave de identificação de adultos da região / Abstract: Plecoptera comprises an order of aquatic insects with aproximately 3500 species, distributed in 16 families. In Brazil, only two families are recorded, being Gripopterygidae and Perlidae. In this work, were studied the species of Perlidae from Paranapiacaba mountains, including the Carlos Botelho State Park (PECB), Intervales State Park (PEI), and Alto Ribeira Tourist State Park (PETAR), São Paulo State. With the objective of integrating the taxonomic knowledge to the molecular, obtaining identifications of adults and the adult-nymph association using the DNA Barcode. Were recorded fourteen species, being Anacroneuria represented by nine species: A. boraceiensis, A. debilis, A. fiorentini, A. flintorum, A. iporanga, A. itajaimirim, A. polita, A. subcostalis and A. tupi. Kempnyia by four species: K. auberti, K. colossica, K. flava and K. neotropica. Macrogynoplax by only one species: M. veneranda. Were made two new records (Anacroneuria debilis and A. fiorentini), two descriptions of nymphs (A. flintorum and A. tupi), and one synonymization (Kempnyia petersorum). In addition, a key is provided for the identification of adults from the region / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Humanas, Departamento de Geografia, 2008. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-09-09T18:23:12Z No. of bitstreams: 1 2008_DanielGomesSWLoebmann_reduzida.pdf: 5191802 bytes, checksum: 31c6c77b069f61f9a412466835701ad0 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2009-10-02T14:09:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_DanielGomesSWLoebmann_reduzida.pdf: 5191802 bytes, checksum: 31c6c77b069f61f9a412466835701ad0 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-10-02T14:09:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_DanielGomesSWLoebmann_reduzida.pdf: 5191802 bytes, checksum: 31c6c77b069f61f9a412466835701ad0 (MD5) Previous issue date: 2008-07-30 / Fatores como fertilidade do solo e disponibilidade de água estão entre os condicionantes da vegetação do bioma Cerrado responsáveis por uma diversidade de fitofisionomias que englobam as formaçoes campestres, florestais ou savânicas. A quantidade de biomassa e distribuida de acordo com a formação vegetal, exercendo efeitos sobre a assinatura espectral do bioma. Este trabalho apresenta uma classificação das fitofisionomias de cerrado no Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros, em Goiás, obtida com a aplicação de uma análise combinatória com filtro adaptativo em uma serie temporal de imagens TM Landsat. A metodologia foi dividida nas etapas: (a) pre-processamento das imagens TM; (b) elaboração de um indice de vegetação por meio das possiveis combinaçoes de aumento ou diminuição dos valores de reflectância banda por banda em todo o espectro; (c) avaliação das combinaçoes que formam os grupos que caracterizam os alvos; (d) análise de cada grupo separadamente, de acordo com as caracteristicas mais relevantes que diferenciam os membros do grupo; (e) mapeamento das unidades de vegetação aplicando os indices elaborados de acordo com as caracteristicas encontradas, com auxilio de uma imagem de alta resolução espacial; (f) comparação entre as classes geradas em imagens de diferentes datas. Como resultado, foi gerado um mapa com seis classes de vegetação, elaborado a partir da variação dos indices obtidos nas imagens da estação seca com os apresentados na imagem da estação umida. A partir dos resultados obtidos neste trabalho, percebemos que a metodologia proposta e aplicável para o mapeamento de fitofisionomias do cerrado. As restriçoes mais intensas estão relacionadas a diferenciação entre as classes de formaçoes florestais mais abertas e as veredas. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The soil fertility and water availability are some of the many factors which controls the Cerrado biome vegetation and are in charge of a great diversity of phytophysiognomies that encompass fields, savanna or forest formations. The vegetal mass amount variation occurs according to the vegetation formations and takes its effects over the spectral signatures of the biome. This paper presents a Cerrado vegetation phytophysiognomic classification in the Chapada dos Veadeiros National Park, using combinatorics and adaptive indices applied in TM Landsat scenes. The methodology consists in: (a) pre-processing TM imagery; (b) elaborating a vegetation index via the possible up-and-down combinations band to band all along the reflectance spectral profile; (c) evaluating these combinations in order to form groups which characterize the targets; (d) analyzing each group separately, according to the most relevant characteristics that differentiate the group members; (e) mapping the vegetation unities applying the indices created according to the characteristics found, using high spatial resolution imagery to be compared with the ongoing classification; (f) Comparing the classes obtained in images acquired in different dates with each other. The result of the research was a map produced with six different vegetation classes. This map was developed using the wet – dry seasons index variation obtained in the imaging time series. The proposed methodology has been proved to be suitable to the Cerrado’s phyto-physiognomies mapping. The greater constraints are those related to the differentiation between open woodlands or open riparian forests and the veredas.

Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2008. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2009-09-08T18:41:51Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Gabriela Santos Silva_noPW.pdf: 12746555 bytes, checksum: 813cb21ba471c2641a5554ee5ea441ad (MD5) / Rejected by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br), reason: Suelen, você esqueceu de acrescentar o título em inglês; está junto ao Abstract. E também, troque o arquivo, pois este é o desprotegido. Obrigada! Luanna on 2009-09-21T13:55:08Z (GMT) / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2009-09-21T17:11:59Z No. of bitstreams: 1 2008_GabrielaSantosSilva.pdf: 2227992 bytes, checksum: db42af7a8135fe4d983b1d52f7215835 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-10-27T13:50:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_GabrielaSantosSilva.pdf: 2227992 bytes, checksum: db42af7a8135fe4d983b1d52f7215835 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-27T13:50:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_GabrielaSantosSilva.pdf: 2227992 bytes, checksum: db42af7a8135fe4d983b1d52f7215835 (MD5) Previous issue date: 2008 / Arachis é um dos gêneros mais importantes do Brasil, quando se trata da conservação da diversidade de espécies. O estudo taxonômico do gênero, com base em dados citológicos, morfológicos e, em parte, apoiados por marcadores moleculares, pode ser beneficiado por abordagens anatômicas descritivas. Arachis hypogaea, o anfidiplóide A. ipaënsis x A. duranensis, sua forma diplóide e seus genitores, foram os táxons abordados no presente trabalho, além de A. gregoryi, A. hoehnei, A. magna, A. valida, A. vallsii e A. williamsii, e seus híbridos diplóides representativos de variadas combinações. Dentre os dezoito táxons estudados, a distinção dos híbridos diplóides entre A. ipaënsis e A. magna, foi realizada via marcadores microssatélites. A utilização de descritores morfológicos, a germinação de sementes, as análises anatômicas e meióticas seguiram protocolos convencionais. No estudo anatômico comparativo de A. hypogaea e das espécies a ela relacionadas notou-se grandes semelhanças anatômicas. As peculiaridades vistas nem sempre apareceram de forma esperada para o anfidiplóide mencionado e para sua forma híbrida diplóide. Além disso, é possível destacar A. hoehnei das demais espécies estudadas, uma vez que estas apresentaram diferenças pouco marcantes entre si. Este estudo também apontou semelhanças evidentes entre A. vallsii e A. williamsii, tal como um alto índice meiótico de seu híbrido diplóide. Isto corrobora o indício de que A. vallsii, embora não associado ao genoma de A. hypogaea, pertence, em realidade, à secção Arachis. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Arachis is of great importance to the conservation of species diversity in Brazil. Its taxonomic study, based on cytological, morphological data, and partly supported by molecular markers, can take benefit from descriptive anatomical approaches. Arachis hypogaea, the synthetic amphidiploid A. ipaënsis x A. duranensis, its diploid form, A. ipaënsis and A. duranensis, were studied in this work, in addition to A. gregoryi, A. hoehnei, A. magna, A. valida, A. vallsii and A. williamsii, and their diploid hybrids representative of various combinations. Among the eighteen materials studied, diploid hybrids between A. ipaënsis and A. magna, were distinguished using molecular markers. The use of morphological descriptors, the germination of seeds and the anatomical and cytological analyses followed conventional protocols. In the comparative anatomical study of A. hypogaea and its related species, a great number of anatomical similarities were found. Some of the peculiarities were not observed as expected in the synthetic amphidiploid A. ipaënsis x A. duranensis and its related diploid hybrid. Moreover, it is possible to distinguish A. hoehnei from the other studied species, which showed little significant differences among them. This study also pointed clear similarities between A. vallsii and A. williamsii, such as its diploid hybrid high meiotic rate. This fact emphasizes the evidence that A. vallsii, despite not being associated with the genomes of A. hypogaea, in fact, belongs to the section Arachis.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Estatística, 2015. / Submitted by Guimaraes Jacqueline (jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-11-24T12:03:15Z No. of bitstreams: 1 2015_Augusto de Araujo Maia.pdf: 1007754 bytes, checksum: 3a3856c6d37f380aa371684a8aba396b (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2016-01-25T15:37:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_Augusto de Araujo Maia.pdf: 1007754 bytes, checksum: 3a3856c6d37f380aa371684a8aba396b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T15:37:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_Augusto de Araujo Maia.pdf: 1007754 bytes, checksum: 3a3856c6d37f380aa371684a8aba396b (MD5) / Neste estudo, avaliamos o desempenho de um método para correção do estimador não paramétrico de máxima verossimilhança da distribuição do tempo de falha para dados de status corrente com erros de classificação. Tais erros são devidos à sensibilidade e à especificidade do teste clínico utilizado para determinação da presença da doença de interesse no instante de observação. O método estudado reduz substancialmente o vício quando comparado com o estimador não corrigido. O mesmo se observou para a versão suavizada do estimador corrigido via núcleo-estimador. / We studied the performance of a method proposed to correct the nonparametric maximum likelihood estimator of the distribution function of failure time for current status data with misclassifications caused by sensitivity and specificity of the clinical test. The corrected estimator reduced substantially the bias compared to the original estimator. The same was observed for the smoothed version of the corrected estimator.