Submitted by Tatiana Oliveira (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-06-06T15:04:56Z No. of bitstreams: 1 nilza_n_felizardo_ioc_bp_0024_2010.pdf: 9661682 bytes, checksum: 0ef453a7727a9375eaad508caf8a0e0f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-06T15:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nilza_n_felizardo_ioc_bp_0024_2010.pdf: 9661682 bytes, checksum: 0ef453a7727a9375eaad508caf8a0e0f (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / Com o objetivo de estudar os helmintos parasitos de linguados, foram necropsiados 60 espécimes de Paralichthys isósceles Jordan, 1890 e 25 de P. patagonicus Jordan, 1889 coletados no litoral do Estado do Rio de Janeiro, Brasil, no período de outubro de 2006 a março de 2008. Em P. isósceles foram coletados 1820 espécimes de Hysterothylacium sp. em terceiro e quarto estágios larvares, com prevalência de 100%, intensidade média de infecção de 30,3, abundância média de 32 e amplitude de variação da intensidade de infecção de 1 a 596. Macroscopicamente foram observados nódulos na mucosa do estômago e serosa do intestino. No exame histopatológico desses nódulos foram observadas seções de larvas inseridas dna musculatura abdominal, nas camadas submucosa, muscular e serosa do estômago e do intestino, sempre associadas a granulomas, constituídos por tecidos conjuntivo fibroso, macrófago e linfócitos, que centralizavam além das larvas, material necrótico e túneis revestidos por material acidófilo. As alterações patológicas e ocorrências de Hysterothylacium sp. foram pela primeira vez reportadas nesse hospedeiro. Outras quatro larvas de relevância zoonótica foram identificadas e reportadas considerando as suas prevalências (P). Para as espécies de Raphidascaris sp. (P=36,7%), Terranova sp. (P=5%), Anisakis simplex (P=5%) e de Contracaecum sp. (P=3,3%). Paralichthys isósceles é um novo hospedeiro para as larvas de Anisakis simplex e Hysterothylacium sp. Em P. isósceles e P. patagonicus foram coletadas 169 larvas de trematodeos dogenéticos pertencentes à família Didymozoidae, identificadas como tipos Torticaecum e Neotorticaecum com prevalência de 80% para o primeiro hospedeiro e 40% para o segundo, sendo o primeiro registro na América do Sul, Oceano Atlântico, Brasil. Em P. isósceles foram realizados a identificação taxonômica dos cestóides encontrados, tendo em conta a importância higiênico-sanitária deste pescado nos mercados brasileiros e estrangeiros, onde em 56 (93,3%) dos peixes coletados infectados, encontrou-se pelo menos um exemplar de metacestoides, incluídos em três ordens diferentes: Diphyllobotriidea, Trypanorhyncha e Tetraphyllidae. A ordem Diphyllobotriidea estava representa por plerocercóides de duas espécies: Diphyllobothrium sp. 1 (similar a Diphyllobothrium latum) localizadas no estômago, na mucosa do estômago e no mesentério e Dyphyllobothrium sp. 2 (similar a D. dendriticum) no intestino, fígado, ovário e a cavidade abdominal. As duas espécies apresentam prevalência de 6% e 10% respectivamente. A ordem Trypanorhyncha estava representada por Grillotia carvajalregorum (Carvajal & Rego, 1993) Menoret & Ivanoc, 2009 (P=73%), Nybelinia lingualis (Cuvier, 1817) Dollfus, 1927 (P=57%), Heteronybelinia nipponica (Yamaguti, 1952) (P=35%), Otobothium sp. (P=15%) / In order to study the helminth parasites of pigs were necropsied 60 specimens of Paralichthys isosceles Jordan, 1890 and 25 P. patagonicus Jordan, in 1889 the State collected on the coast of Rio de Janeiro, Brazil, from October 2006 to March 2008. In P. Isosceles 1820 specimens were collected Hysterothylacium sp. third and fourth larval stages, with a prevalence of 100%, mean intensity of infection was 30.3, mean abundance of 32 and range of variation of intensity of infection of 1-596. Macroscopically nodules were observed in the stomach mucosa and serosa of the intestine. The histopathological sections of the nodules were observed in larvae inserted DNA abdominal musculature, in the submucosal layers, muscle and serosa of the stomach and intestine, where associated with granulomas, consisting of fibrous tissues, macrophages and lymphocytes, also centered larvae, material necrotic material and tunnels coated acidophilus. Pathological changes and occurrences of Hysterothylacium sp. were first reported in this host. Four other important zoonotic larvae were identified and reported considering their prevalence (P). The following species of Raphidascaris sp. (P = 36.7%), Terranova sp. (P = 5%), Anisakis simplex (P = 5%) and Contracaecum sp. (P = 3.3%). Paralichthys isosceles is a new host for the larvae of Anisakis simplex and Hysterothylacium sp. In P. isosceles and P. patagonicus were collected 169 larval trematodes belonging to the family dogenéticos Didymozoidae, identified as types and Torticaecum Neotorticaecum with a prevalence of 80% for the first host and 40% for the second, being the first record in South America, Atlantic Ocean, Brazil. In P. isosceles were carried out taxonomic identification of the cestodes found, taking into account the importance of sanitary conditions in fish markets from Brazil and abroad, where in 56 (93.3%) of infected fish collected, met at least one copy of metacestodes, included in three different orders: Diphyllobotriidea, and Trypanorhyncha Tetraphyllidae. The order was represented by Diphyllobotriidea plerocercoids of two kinds: Diphyllobothrium sp. 1 (similar to Diphyllobothrium latum) located in the stomach, the gastric mucosa and the mesenterium and Dyphyllobothrium sp. 2 (similar to D. dendriticum) in the intestine, liver, ovary and abdominal cavity. Both species have a prevalence of 6% and 10% respectively. The order was represented by Trypanorhyncha Grillotia carvajalregorum (Carvajal & Rego, 1993) Menoret & Ivanoc, 2009 (P = 73%), Nybelinia lingualis (Cuvier, 1817) Dollfus, 1927 (P = 57%), Heteronybelinia nipponica (Yamaguti, 1952 ) (P = 35%), Otobothium sp. (P = 15%)

Made available in DSpace on 2014-12-22T16:37:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 manoel_oliveira_ipec_mest_2009.pdf: 1307995 bytes, checksum: 3640ed583b88d4d2abacbd6bfad36521 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A esporotricose, micose subcutânea causada pelo complexo Sporothrix schenckii, é cosmopolita e a mais freqüente na América Latina. Nos últimos anos tem aumentado significativamente o número de casos no Brasil, com destaque para o aumento no Estado do Rio de Janeiro na última década. Recentemente, foram consideradas quatro novas espécies dentro do gênero Sporothrix, sendo essas: Sporothrix brasiliensis, S. globosa, S. mexicana e S. luriei. Entretanto somente 25 isolados de área endêmica no Rio de Janeiro foram incluídos nos estudos prévios. A caracterização destas foi realizada por meio da utilização de provas fenotípicas: morfologia de conídios, teste de crescimento à 30ºC, teste de termotolerância e auxonograma. No presente trabalho realizamos a caracterização de 248 isolados oriundos de pacientes atendidos no ambulatório de Dermatologia do IPEC, os quais tiveram diagnóstico de esporotricose durante a epidemia de esporotricose, no período de 1998 e 2008. De acordo com as características fenotípicas, 206 isolados (83,1%) foram caracterizados como S. brasiliensis, um isolado (0,4%) como S. mexicana, 15 (6,0%) como S. schenckii e em 26 isolados (10,5%) não foi possível realizar a caracterização da espécie sendo classificadas como Sporothrix spp Dentre esse isolados foi realizada a análise molecular de 8 (31%) isolados que apresentaram resultados inconclusivos nos estudos fenotípicos através do sequenciamento de um locus do gene calmodulina possibilitou a formação de um grande grupo constituído por 7 isolados todos caracterizados genotipicamente como pertencentes à espécie S. brasiliensis. A análise em nível de genótipo deve ser utilizada como ferramenta complementar na identificação de espécies do complexo Sporothrix. A correlação entre dados moleculares e características fenotípicas é fundamental na identificação de espécies complexo Sporothrix, possibilitando a implementação da taxonomia polifásica / Sporothrix schenckii is the species responsible for sporotrichosis, an important subcutaneous mycosis with a worldwide distri bution, and very frequent in Latin America, and it has been reported as endemic in Rio de Janeiro, Brazil. Recent molecular studies have demonstrated that this species constitutes a complex of numerous phylogenetic species, which were phenotipically characteri zed using different culture media, growth rates at different temperatur es, and nutritional tests as we ll comparison calmodulin genes and it was proposed four new species Sporothrix brasiliensis , Sporothrix globosa , Sporothrix mexicana and Sporothrix luriei . And just 25 isolates from the endemic occurring in Rio de Janeiro were included in this previous stu dy. We have studied a total of 248 Sporothrix isolates from this endemic obtaine d during the period of 1998 and 2008. The phenotypic characterization was based on th e morphology of conidia, growth rates at 30ºC and 37 ºC, ability to grow at 37 ºC, and auxonographic method. A ccording to the key features for species differentiation, 206 isolates (83.1%) were characterized as S. brasiliensis , one as S. mexicana (0.4%), 15 (6.0%) as S. schenckii and in 26 isolates (10.5%) the species was not differe ntiated being classified as Sporothrix spp. Among 8 (31%) of these unidentified isolates, molecular methodology, by sequence analysis of on protein coding locus (calmodulin) was perfor med, revealing the presence of one major clade, grouping 7 of these isolates with S. brasiliensis, representing this phylogenetic species. The analysis in genotype level should be used as complemental tool in the identification of species of the Sporothrix complex. The correlation among molecular data and phenotipe is fundamental in the identification of species Sporothrix complex , making possible the implementation of the polyphasic taxonomy

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:42:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carla_ribeiro_ioc_mest_2014.pdf: 1991393 bytes, checksum: 9d95a62cabcb098791835cb30218c6b4 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Triatoma sordida é um triatomíneo nativo de regiões de clima tipicamente seco e de altas temperaturas. Apresenta ampla distribuição, ocorrendo no Brasil, Argentina, Paraguai e Bolívia. É um importante vetor secundário da doença de Chagas sendo frequentemente capturado em ecótopos artificiais próximos a habitações humanas, como galinheiros, currais e estábulos. Por ser uma espécie autóctone e apresentar populações silvestres e peridomésticas que podem ocasionalmente recolonizar áreas previamente tratadas, principalmente após a eliminação dos vetores de maior importância epidemiológica, estratégias tradicionais de controle vetorial, como o uso de inseticidas residuais, podem ser ineficazes para eliminação de T. sordida. Por estas razões, torna-se necessário o desenvolvimento de novas medidas de vigilância e controle destinadas especificamente a este vetor. Estudos moleculares têm demonstrado alta diversidade genética entre populações de T. sordida, sugerindo que esta espécie representa na verdade um complexo de espécies crípticas que podem apresentar diferenças quanto à relevância epidemiológica. Deste modo, para a elaboração e aplicação de melhores estratégias de controle contra esse vetor é fundamental que uma correta identificação taxonômica de T. sordida seja realizada, além da delimitação precisa de sua distribuição geográfica. Um estudo filogeográfico de espécimes de T. sordida coletados em nove localidades no Brasil e uma na Argentina foi realizado utilizando um fragmento de 510 pb do gene mitocondrial citocromo b (cyt b) As análises filogenéticas revelaram que as populações de T. sordida amostradas nesse estudo formam um grupo monofilético, filogeneticamente distinto de populações de T. sordida da Bolívia (T. sordida grupos 1 e 2). Interessantemente, análise das amostras de Rochedo em Mato Grosso do Sul sugerem a ocorrência de um processo recente de especiação. Resultados das análises populacionais revelaram baixos níveis de fluxo gênico entre as populações estudadas (valores de Fst entre 0,22 e 1,00). As sequências de cyt b das populações de T. sordida apresentaram baixa diversidade nucleotídica (valores de \03C0 entre 0,0000 e 0,0077) e 23 haplótipos foram detectados (três deles compartilhados entre diferentes localidades). A população identificada como Poxoréu/Formosa/Lontra apresentou valores negativos e significativos nos testes de neutralidade (ressaltando que o teste de Fu apresentou valor-p limítrofe) o que juntamente com os resultados obtidos a partir das análises de mismatch distribution e da rede de haplótipos, indicam expansão súbita e recente dessa população. Isto sugere que, possivelmente, a ecorregião do cerrado brasileiro seja o centro de origem e dispersão de T. sordida / Triatoma sordida is a triatomine species native to regions of typically dry weather and high temperatures. It presents a wide distribution, occurring in Brazil, Argentina, Paraguay and Bolivia. It is an important secondary vector for Chagas disease being often captured in artificial ecotopes close to human dwellings, such as chicken coops, corrals and stables. Because it is an autochthonous species with sylvatic and peridomestic populations that can occasionally recolonize previously treated areas (mainly after the elimina tion of vectors of greater epidemiological importance) traditional vector control strategies, such as the use of residual insecticides, may be ineffective against T. sordida . For these reasons, the development of new measures of surveillance and control in tended specifically for this vector are required. Molecular studies have shown high genetic diversity among T. sordida populations, suggesting that this species represents, actually, a cryptic species complex that may conceal units with differences in epid emiological relevance. Thereby, to elaborate better control strategies against this vector it is important to determine the taxonomic status of T. sordida populations and the limits of their geographic distribution. A phylogeographic study of T. sordida sp ecimens collected from nine locations in Brazil and one in Argentina was carried out using a fragment of 510pb of the mitochondrial gene cytochrome b (cyt b ). The phylogenetic analyses revealed that the T. sordida populations sampled consist in a monophyle tic group distinct of T. sordida populations of Bolivia ( T. sordida groups 1 and 2). Interestingly, the analysis of Mato Grosso do Sul samples suggests the occurrence of a recent speciation process. Results of population analyses revealed low levels of gen ic flow among the studied populations ( F st values between 0.22 and 1.00). Nucleotide diversity was low (π values between 0 and 0.0077) and twenty three haplotypes were detected (three of them shared among different locations). The population identified as Poxoréu/Formosa/Lontra showed negative and significant values in tests of neutrality (the Fu test gave borderline p - values), which along with the obtained results from mismatch distribution analysis and from the haplotype network, indicate a sudden and rec ent expansion of this population. This indicates that, possibly, the Brazilian cerrado ecoregion is the center of origin and dispersion of T. sordida .

Made available in DSpace on 2016-04-12T12:41:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 diogo_tschoeke_ioc_dout_2013.pdf: 6504204 bytes, checksum: 8ee03e5b054b7754e81ce9d1e278efee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os protozoários são definidos como organismos eucariotos unicelulares, e apresentam grande diversidade e variedade. Cerca de 200 mil espécies são descritas e quase 10.000 são parasitas. As espécies patogênicas causam doenças como a malária, doença do sono, doença de Chagas, leishmaniose, amebíase e giardíase. Portanto, estudos comparativos entre os protozoários são importantes porque estes podem mostrar semelhanças e diferenças entre essas espécies. A identificação de ortólogos é importante para a categorização funcional de genomas, porque ortólogos tipicamente ocupam o mesmo nicho funcional nos diferentes organismos, enquanto a identificação de parálogos é importante porque eles são submetidos a uma diversificação funcional via duplicação, através dos processos de neofuncionalização e subfuncionalização. A fim de realizar uma análise comparativa de 22 protozoários, 204.624 proteínas não redundantes de Plasmodium, Entamoeba, Trypanosoma, Leishmania, Giardia, Theileria, Toxoplasma, Trichomonas e Cryptosporidium, foram submetidos ao programa OrthoMCL, resultando em 26.101 grupos homólogos. Entre eles, 21.119 grupos são ortólogos, incluindo 7.679 co-ortólogos (grupos que contêm parálogos recentes), e 4982 são parálogos internos. Entre os ortólogos, 348 são compartilhados por todas as 22 espécies e representam o núcleo proteômico de Protozoa Com este núcleo realizamos uma análise filogenômica, usando os 348 ortólogos concatenados, resultando em uma supermatriz de 328.228 posições, que geraram uma árvore de espécies para os 22 protozoários. Quando inferimos os diferentes Núcleos Proteômicos, Kinetoplastida tem 5.000 grupos ortólogos e 67,92 % (3396/5000) são Kinetoplastida específicos, além disso, 46,29% (1592/3396) destes ortólogos são anotados como "hipotéticos". O núcleo proteômico de Apicomplexa tem 986 grupos ortólogos e 27,82% (224/986) são específicos, enquanto que 40,63% (92 /224) destes são classificados como hipotéticos. O núcleo proteômico de Entamoeba tem 5.915 grupos ortólogos e 75,08% (4441/5915) destes grupos são específicos, sendo que 65,41% (2905/4441) são anotados como hipotéticos. Analisando os parálogos, Trichomonas vaginalis foi a espécie que apresentou o maior número de grupos parálogos internos, 2933, e também mostrou 948 co-ortólogos totalizando 3.881 parálogos. Um aprofundamento da análise na ordem Kinetoplastida mostrou que Trypanosoma cruzi apresenta o número mais elevado de duplicações, totalizando 5.777 parálogos, sendo 4963 co-ortólogos e 814 parálogos internos Os resultados da montagem e análise de L. amazonensis resultaram 29.670.588 bases e 8802 CDS identificadas. A análise comparativa do gênero Leishmania mostrou que as seis espécies estudadas compartilham 7016 ortólogos, enquanto L. amazonensis e L. mexicana têm o maior número de ortólogos-específicos e L. braziliensis o maior número de paralogos internos. A análise filogenômica mostrou a posição taxonômica esperada de L. amazonensis e juntamente com L. mexicana formando o "complexo Mexicana", além da separação esperada do subgênero Leishmania. Encontramos potenciais proteínas análogas entre L. amazonensis e Homo sapiens e dentro do genoma de L. amazonensis, denominados análogos intragenômicos. Finalmente, a mineração por genes de RNAi mostrou que L. amazonensis , provavelmente não apresenta esta via funcional / Protozoa are defined as single celled eukaryotic organisms showing an extremely diversity and variety. Approximately 200,000 species are described and nearly 10,000 are parasitic. The pathogenic species cause diseases such as malaria, sleeping sickness, Ch agas disease, leishmaniasis, amoebiasis and giardiasis. Therefore, comparative studies among Protozoa are important because they may identify similarities and differences in these species. Orthologs identification is central to functional characterization of genomes because orthologs typically occupy the same functional niche in different organisms, while paralogs identification is important because they undergo a functional diversification by duplication, via the processes of neofunctionalization and subfu nctionalization. In order to perform comparative protozoa analysis, 204,624 non - redundant proteins from Plasmodium , Entamoeba , Trypanosoma , Leishmania , Giardia , Theileria , Toxoplasma , Trichomonas and Cryptosporidium , totalizing 22 species, were submitted t o OrthoMCL resulting in 26,101 homologs groups. Among them, 21,119 groups are orthologs including 7,679 co - orthologs (groups that contain recent paralogs) and 4,982 are inparalogs. Among the orthologs, 348 are shared by all 22 species, representing the Pro tozoa core proteome, with this core we perform ed a phylogenomic analysis with the 348 concatenated orthologs, resulting in a global supermatrix of 328,228 positions that generate a species tree for the 22 protozoa. When we inferred Core Proteome, the Kinet oplastida core has 5,000 orthologous groups and 67.92% (3,396/5000) are Kinetoplastida Specific, besides 46.29% (1,592/3,396) of these orthologs are annotated as “hypothetical”. Apicomplexa Core Proteome has 986 orthologous groups and 27.82% (224/986) are Apicomplexa Specific whereas 40.63% (92/224) were classified as hypothetical proteins. Entamoeba Core Proteome has 5,915 orthologous groups and 75.08% (4,441/5,915) of these groups are Entamoeba Specific and 65.41% (2,905/4441) were annotated as hypothetic al. Analyzing the paralogs, Trichomonas vaginalis was the specie s that presented the highest number of inparalogs groups, 2,933 and also showed 948 co - orthologs totalizing 3881 paralogs. A deep look into the Kinetoplastida order showed that Trypanosoma cruzi has the highest duplication number, totalizing 5777 paralogs, 4963 co - orthologs and 814 inparalogs groups . The L. amazonensis analysis resulted in 29,670,588 bases assembled, and 8802 CDS identified. Comparative analysis into the Leishman ia genus showed that these 6 species share 7016 ortologs, whilst L. amazonensis and L. mexicana has the biggest number of specific orthologs and L. braziliensis biggest number of inparalogs. Phylogenomic analysis showed the expected L. amazonensis taxonomi c position together with L. mexicana forming the “Mexicana complex” and the New and Old Leishmania (L . ). spp. separation. Potential analagous proteins were found between L. amazonensis and H omo sapiens , and also into the L. amazonensis proteome. Finally, R NAi analysis showed that L. amazonensis , probably, do not have functional RNAi pathway

Made available in DSpace on 2016-04-27T12:30:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 lucas_cortinhas_ioc_mest_2015.pdf: 2473095 bytes, checksum: 18bbae8b8cc32a1b323c12ec12f7c830 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / As moscas são capazes de chegar a corpos e carcaças em alguns minutos e são importantes no processo de decomposição. O gênero Ophyra (Muscidae) apresenta preferência por períodos mais avançados de decomposição, e no Brasil, espécies deste gênero são de grande importância para a entomologia forense. Cada vez mais se torna necessário o desenvolvimento de métodos que auxiliem os peritos na correta identificação das espécies de maneira precisa e rápida, uma vez que os imaturos, principalmente em seus estágios iniciais apresentam poucos caracteres diagnósticos. Deste modo, este trabalho tem como objetivos caracterizar os estágios imaturos (ovos, larvas de primeiro, segundo e terceiro instares e pupários) de Ophyra aenescens através da técnica de microscopia eletrônica de varredura (MEV), bem como caracterizar os perfis de hidrocarbonetos cuticulares das larvas de terceiro instar, pupas, pupários e adultos (machos e fêmeas) por meio da CG-EM. Poucos estudos utilizam o MEV para a descrição de ovos de espécies da família Muscidae. Na análise dos ovos, foi observado que as células hexagonais apresentam bordas mais delineadas ao se aproximar de ambas as extremidades. Sua micrópila é adornada, apresentando depressões e projeções no entorno de sua abertura. Nas larvas de primeiro instar, o colar cefálico e os espinhos intersegmentais se apresentam em fileiras irregulares e o espiráculo posterior apresenta uma interrupção ao longo da abertura No último instar os espinhos do colar cefálico e intersegmentais apresentam-se em fileiras regulares e com um maior número de fileiras. Os espiráculos anteriores apresentam ramificações variando de quatro a sete. Os pupários apresentam tubérculos respiratórios. Através da análise por CG-EM, foram identificados um total de 106 hidrocarbonetos. Em todos os estágios de desenvolvimento foram encontrados alcanos metil ramificados em maior quantidade. Ao longo das fases de desenvolvimento foi possível observar que os alcanos de cadeia linear par tiveram sua abundância relativa diminuída em oposição aos de cadeia ímpar, que apresentaram abundâncias maiores. Os pupários foram os únicos que apresentaram dienos em seu perfil. Como compostos majoritários foram encontrados pentacoseno, pentacosano, heptacoseno, heptacosano, 10-, 11-, 12- e 13-metilheptacosano, nonacoseno, nonacosano, hentriaconteno e hentriacontano e a partir destes foi possível identificar separadamente cada estágio de desenvolvimento utilizando a análise de componente principal (PCA). Com a utilização de ambas as técnicas aplicadas foi possível obter resultados consistentes para a identificação da espécie utilizada neste estudo / Flies are capable of arrive in corpses and carcasses soon after death (a few minutes) and are important players in the decomposition process. The genus Ophyra (Muscidae) presents a preference for more advanced periods of decomposition, and in Brazil, species of this genus have great importance for forensic entomology. Increasingly it becomes necessary to develop methods that help experts in the correct identification of the species in an accurate and quick manner, since immatures especially in their early stages have few diagnostic characters. Therefore, this study aims to characterize immature stages (eggs, first, second and third instar larvae and puparia) of the species Ophyra aenescens through scanning electron microscopy (SEM), as well as characterize the cuticular hydrocarbon profiles of third instar larvae, pupae, puparia and adults (males and females) using gas chromatography coupled to mass spectrometry. There are only few studies using SEM for the description of eggs of the Muscidae. The analysis of the eggs demonstrated that the hexagonal cells exhibit more delineated edges approaching both ends. The micropyle is ornamented by depressions and projections around the opening. In first instar larvae, the cephalic collar and intersegmental spines are in irregular rows and the posterior spiracle has a discontinuation along the opening. The last instar has a larger number of regular rows of spines. The anterior spiracles present four to seven ramifications. The pupariae present respiratory tubercles. One hundred and six cuticular hydrocarbons were identified using the GC-MS analysis. In all stages of development, methyl branched alkanes were found in larger amounts. During the development from third instar larvae to adults, the relative abundance of the n-alkanes with even linear chain decreased in contrast to the odd chain n-alkanes, which presented increasing relative abundances. The puparial cases were the only that presented dienes. Pentacosene, pentacosane, heptacosene, heptacosane, 10-, 11-, 12- and 13-methylheptacosane, nonacosene, nonacosane, hentriacontene and hentriacontane were the major compounds. Principal Component Analysis (PCA) separated each stage using the relative abundance of these compounds. Both techniques used for the identification of the species from the present study yielded consistent results. / 2085-07-06

VASCONCELOS, Régis Fernandes. Variabilidade da região ITS do Cluster Ribossõnico Nuclear em populações de ostras de três estuários da costa cearense. 2009. 58 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Debora Oliveira (deby_borboletinha@hotmail.com) on 2011-12-21T15:12:48Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_rfvasconcelos.pdf: 3464396 bytes, checksum: c7a345da34a7daddfad5ae41068015c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2012-01-23T16:54:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_rfvasconcelos.pdf: 3464396 bytes, checksum: c7a345da34a7daddfad5ae41068015c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-01-23T16:54:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_rfvasconcelos.pdf: 3464396 bytes, checksum: c7a345da34a7daddfad5ae41068015c1 (MD5) Previous issue date: 2009 / Oyster taxonomic classifications are problematic, because these organisms have few informative morphological characteristics. The oyster C.brasiliana was, for decades, confused with C. rhizophorae. However, recent studies indicate that the two species are biologically distinct. In order to help solving systematic issues among mollusks the nuclear ribosomal ITS region has been often used in phylogenetic and taxonomic studies. ITS presents high variability and relatively easy amplification by thermocycling. The present study aimed at examining the variability of the ITS-1 region of oyster populations of C.rhizophorae in three estuaries from Ceará State, as well as investigating the presence of a second Crassostrea species in the region. Individuals of the native oyster C.cf.rhizophorae were collected in the estuaries of Ceará for analysis of population variability. We also collected individuals of C.cf.brasiliana for study of phylogeny and evaluation of taxonomic status. After DNA extraction and ITS-1 amplification, sequences were obtained for phylogenetic and population analysis. In addition to these sequences, 35 ITS-1 sequences were retrieved from GenBank, representing 12 species of Crassostrea oysters. Two additional sequences of Saccostrea glomerata were used as outgroup. Phylogenetic trees were inferred through neighbor-joining and maximum parsimony methods. Intraspecific variability in C.cf.rhizophorae was studied through a nested clade maximum parsimony method. Complete ITS-1 sequences were obtained for C.brasiliana and C.rhizophorae with 427 and 439 bp, respectively. The neighbor-joining tree showed a clear separation between C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae branches (100% bootstrap support), confirming the occurrence of at least two species of Crassostrea in Ceará. Although C. brasiliana has been considered synonymous with C.virginica, the results presented here indicate that C.virginica is much closer to C.rhizophorae The same basic topology was observed in the maximum parsimony tree. That tree also showed a clear separation between C.cf.brasiliana and C.cf.rhizophorae branches (100% bootstrap support). Maximum parsimony analysis of intraspecific variability of C.cf.rhizophorae for the three estuaries studied showed 7 different sequences for C.cf.rhizophorae. The network between these sequences suggests the presence of limited gene flow between populations. ITS-1 seems to be ideal for studies of phylogeny of oysters and has shown to be informative for population studies as well. The confirmation of the presence of a second species of oysters belonging to the genus Crassostrea in Ceará will have direct consequences in the management of these resources, which have marked ecological, economic and social importance to our state. / Classificações taxonômicas de ostras são problemáticas, pois estes organismos possuem características morfológicas pouco informativas. A variabilidade da região ITS do cluster ribossômico tem sido bastante utilizada em estudos filogenéticos e taxonômicos, visto que esta região apresenta uma variabilidade relativamente elevada e fácil amplificação por termociclagem. A ostra Crassostrea brasiliana foi, por décadas, confundida com C. rhizophorae, entretanto, estudos recentes indicam que são duas espécies biologicamente distintas. Esta pesquisa objetivou analisar a variabilidade da região ITS-1 de populações de ostras C. rhizophorae em três estuários da costa do Estado do Ceará e investigar a presença de uma segunda espécie de ostra pertencente ao gênero Crassostrea. Exemplares da ostra nativa C. cf. rhizophorae foram coletados nos estuários da costa cearense para análise de variabilidade populacional. Foram coletados também espécimes de C. cf. brasiliana para estudo de filogenia e comparação com o primeiro grupo de ostras. Após extração de DNA e amplificação por PCR da região ITS-1, seqüências desta região foram obtidas para análise filogenética realizada através dos métodos de neighbour-joining e máxima parcimônia. Sequências de ITS-1 descritas no GenBank para 35 indivíduos, representando 12 espécies de ostras do gênero Crassostrea, e mais duas seqüências de Saccostrea glomerata (grupo externo), foram utilizadas para os alinhamentos com as sequências obtidas na presente pesquisa. A variabilidade intraespecífica de C.cf.rhizophorae foi estudada pelo método da máxima parcimônia. Seqüências inéditas de ITS-1 completo foram obtidas para C.brasiliana e C.rhizophorae, com 427 e 439 pb, respectivamente. A árvore de neighbour-joining evidenciou a clara separação de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae em ramos distintos (100%), confirmando a ocorrência de, pelo menos, duas espécies de Crassostrea no local de estudo. O estudo sugere a ocorrência de C.brasiliana no Estado do Ceará. Embora alguns autores tenham considerado C.brasiliana sinônimo de C.virginica, em nosso estudo, C.virginica mostrou-se muito mais próxima de C.rhizophorae, com forte agrupamento (100%). A árvore de máxima parcimônia mostrou que as seqüências de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae formaram um grupo monofilético com as demais espécies de Crassostrea em 100% das repetições. C.cf.brasiliana apresentou-se na base do ramo monofilético de Crassostrea e, portanto, foi o grupo mais próximo de S.glomerata. Esta árvore também mostrou a separação dos exemplares de C.cf.brasiliana e C.cf.rhizophorae em ramos distintos (100%), evidenciando o forte sinal filogenético observado na análise. Novamente, C.cf.rhizophorae mostrou-se próxima de C.virginica. A análise de máxima parcimônia para variabilidade intraespecífica de C.cf.rhizophorae nos três estuários estudados mostrou a formação de 7 diferentes sequências para C.cf.rhizophorae. A ligação entre as sequências encontradas sugere a presença de fluxo gênico entre as populações estudadas e a ocorrência de sequências exclusivas pode indicar a formação de populações residentes em cada um dos estuários analisados. A região ITS-1 mostrouse ideal para estudos de filogenia de ostras e estudos de variabilidade gênica populacional. A confirmação de uma segunda espécie de ostra pertencente ao gênero Crassostrea na costa cearense é relevante para uma melhor gestão destes recursos, que possuem grande importância ecológica, econômica e social para nosso Estado.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2017 / Made available in DSpace on 2017-09-19T04:11:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 347953.pdf: 6614028 bytes, checksum: dbe6fad108589175837f6a746eebca78 (MD5) Previous issue date: 2017 / Cyperaceae é uma grande família cosmopolita de monocotiledôneas. No Brasil é a terceira família mais representativa do domínio fitogeográfico Pampa, sendo também representativa no Pantanal, Caatinga e Floresta Amazônica. Cyperus é o segundo maior gênero da família, com cerca de 950 espécies amplamente distribuídas. Cyperus subg. Pycreus possui cerca de 120 espécies com distribuição Pantropical. As espécies deste subgênero são caracterizadas pela combinação de ovário bicarpelar, estilete bífido, aquênios lateralmente achatados e espiguetas plurifloras. O presente trabalho teve como objetivo realizar um estudo taxonômico de Cyperus subg. Pycreus como forma de contribuir ao conhecimento da diversidade do subgênero no Brasil. O trabalho foi desenvolvido com base em levantamento bibliográfico, coletas, revisão de herbários e análises morfológicas. Foi reconhecida a ocorrência de 14 espécies (C. barrosianus, C. capillifolius, C. flavescens, C. fugax, C. jaeggii, C. lanceolatus, C. lorentzianus, C. macrostachyos, C. megapotamicus, C. mundii, C. niederleinianus, C. polystachyos, C. pumilus e C. unioloides) e três novas espécies foram descritas (C. tuckerianus, Cyperus sp. 1 e Cyperus sp. 2). Para todas as espécies são fornecidas descrições, ilustrações, dados da distribuição, habitat, informações sobre floração e frutificação, além de características macro e micromorfológicas dos frutos. / Abstract: Cyperaceae is a large cosmopolitan family of monocotyledons. In Brazil, this is the third most representative family of the Pampa phytogeographic domain, being also representative in the Pantanal, Caatinga and Amazon Rainforest. Cyperus is the second largest genus of Cyperaceae, with about 950 species widely distributed. Cyperus subg. Pycreus has about 120 species with Pantropical distribution. The species of this subgenus are characterized by the combination of ovary bicarpelar, style bifid, achene laterally flattened, and by spikelets pluriflowered. The present work aimed to carry out a taxonomic study of Cyperus subg. Pycreus as a way to contribute to the knowledge of the subgenus diversity in Brazil. The work was developed based on bibliographical survey, collections in field, herbarium review and morphological analyzes. It was confirmed the occurrence of 14 species (C. barrosianus, C. capillifolius, C. flavescens, C. fugax, C. jaeggii, C. lanceolatus, C. lorentzianus, C. macrostachyos, C. megapotamicus, C. mundii, C. niederleinianus, C. polystachyos, C. pumilus and C. unioloides) and the description of three new species (C. tuckerianus, Cyperus sp. 1 and Cyperus sp. 2). For all species we provide descriptions, illustrations, distribution data, habitat, information on flowering and fruiting, and macro and micromorphological characteristics of the achenes.

Apesar de ser uma bactéria que compõe a microbiota respiratória, sob algumas circunstâncias pode manifestar-se como um agente patogênico primário ou secundário, causando doença em aves e outros animais. Como agente primário, P. multocida leva a grandes perdas econômicas, causando cólera em aves, rinite atrófica em suínos e septicemia hemorrágica em bovinos e bubalinos. P. multocida é uma espécie heterogênea e a patogenicidade dos isolados pode ser amplamente variável. A suscetibilidade do hospedeiro a essas cepas varia consideravelmente entre espécies. Inoculações experimentais em camundongos e aves são comumente usadas para avaliar a patogenicidade de diferentes cepas, mas os resultados são geralmente subjetivos e pouco mensuráveis. O objetivo deste trabalho foi estabelecer uma nova metodologia para classificar a patogenicidade de cepas de P. multocida, através da formulação de um índice padrão. Para determinar esse índice, foram selecionadas 97 amostras de P. multocida, isoladas de cólera em aves e rinite em suínos. Cem microlitros de uma cultura bacteriana contendo 103 UFC/mL de cada isolado de P. multocida, foram inoculados pela cavidade córioalantoide, em 3 ovos embrionados. Além da mortalidade causada pela infecção, o tempo de morte e as lesões macroscópicas foram avaliados. Diferenças significativas foram observadas entre isolados de aves e suínos em relação aos índices de patogenicidade. O número de lesões e o percentual de bactérias recuperadas dos embriões inoculados também variaram de acordo com a origem do isolado. A partir dos índices observados, os isolados foram distribuídos em três classes de patogenicidade: alta, média e baixa. A avaliação dos diferentes índices de patogenicidade, estudados neste trabalho, permitem o estabelecimento de novos modelos de avaliação de patogenicidade de isolados de P. multocida e podem ser uma alternativa aos modelos subjetivos até então utilizados. A comparação dos índices de patogenicidade obtidos nos diferentes modelos analisados nos permite afirmar que a variação esperada para os diferentes modelos não pode ser observada. A análise dos diferentes perfis genéticos obtidos para as cepas de origem aviária, a partir da clivagem do gene ompH e da técnica de PCR-RFLP também não revelou diferença estatística entre os perfis obtidos e suas respectivas patogenicidades obtidas no modelo experimental de camundongos. / Although it is a bacterium that makes up the respiratory microbiota, under some circumstances it may manifest itself as a primary or secondary pathogen, causing disease in birds and other animals. As a primary agent, P. multocida leads to severe economic losses, causing cholera in birds, atrophic rhinitis in pigs and hemorrhagic septicemia in cattle and buffaloes. P. multocida is a heterogeneous species and the pathogenicity of the isolates can be widely variable. The susceptibility of the host to these strains varies considerably between species. Experimental inoculations in mice and birds are commonly used to evaluate the pathogenicity of different strains, but the results are generally subjective and poorly measurable. The objective of this work was to establish a new methodology to classify the pathogenicity of P. multocida strains by formulating a standard index. To determine this index, 97 samples of P. multocida, isolated from cholera in birds and rhinitis in swine, were selected. One hundred microliters of a bacterial culture containing 103 CFU / mL of each P. multocida isolate were inoculated by the chorioallantoic cavity in 3 embryonated eggs. In addition to infection mortality, time of death and macroscopic lesions were assessed. Significant differences were observed between isolates of birds and pigs in relation to pathogenicity indexes. The number of lesions and the percentage of bacteria recovered from the inoculated embryos also varied according to the origin of the isolate. From the observed indices, the isolates were distributed in three pathogenicity classes: high, medium and low. The evaluation of the different pathogenicity indexes, studied in this work, allows the establishment of new pathogenicity evaluation models of P. multocida isolates and may be an alternative to the subjective models previously used. The comparison of the pathogenicity indices obtained in the different models analyzed allows us to state that the variation expected for the different models can not be observed. The analysis of the different genetic profiles obtained for the strains of avian origin, from the cleavage of the ompH gene and the PCR-RFLP technique also did not reveal statistical difference between the profiles obtained and their respective pathogenicities obtained in the experimental model of mice. Key words: Pasteurella multocida, pathogenicity index, embryonated eggs, mice, chicks.

Submitted by Mayara Nascimento (mayara.nascimento@ufba.br) on 2016-05-31T14:31:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Mestrado_Fagner_Pimentel.pdf: 7227078 bytes, checksum: 14eb5907d1ce3fdc7a4812cbbcbfe75e (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva (sivalda@ufba.br) on 2016-06-03T23:20:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Mestrado_Fagner_Pimentel.pdf: 7227078 bytes, checksum: 14eb5907d1ce3fdc7a4812cbbcbfe75e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-03T23:20:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Mestrado_Fagner_Pimentel.pdf: 7227078 bytes, checksum: 14eb5907d1ce3fdc7a4812cbbcbfe75e (MD5) / Este trabalho apresenta uma pesquisa e o estudo de técnicas de visão computacional voltadas para a segmentação de embarcações utilizando câmeras Pan-Tilt-Zoom de modo a auxiliar a automação e otimização do processo de eclusagem nas represas do rio Tietê no estado de São Paulo, Brasil. São apresentadas e comparadas técnicas de Subtração de Fundo e Classificação utilizando SVM (Support Vector Machine) como classificador. Com este estudo foi possível definir um conjunto de técnicas que melhor se adequam a segmentação de embarcações em ambientes fluviais. Foram realizados testes extensivos para selecionar as melhores técnicas e parâmetros para cada fase e descrever um estudo comparativo das técnicas utilizadas. A metodologia utilizada neste trabalho se divide em coleta e classificação de dados (vídeos), criação de datasets, avaliação de métodos de detecção de movimento da câmera PTZ, avaliação de métodos para segmentação de região de água e avaliação de métodos de detecção de objetos móveis por subtração de fundo. Para a detecção de movimento de câmera visando a reinicialização do método de subtração de fundo usado neste trabalho, foi realizada a comparação de 8 métodos variando seus thresholds. O método BorderTracer (BT) desenvolvido neste trabalho, apresentou os melhores resultados com accuracy (ACC) médio = 99,71% (threshold = 8). Para a segmentação da região de água, usada como informação de contexto para a etapa seguinte, foram realizadas variações de pré-processamento e espaço de cor das imagens selecionadas, além da otimização dos parâmetros para os kernels do classificador SVM em um total de 140 combinações. O espaço de cor YCbCr sem pré-processamento e com o uso do kernel com Função de Base Radial (RBF) apresentou os melhores resultados com Balanced Acurracy (BAC) médio = 94,53%. Para a segmentação das embarcações foi realizada uma otimização de parâmetros dos dois melhores algoritmos pré-selecionados da BGSlibrary em um total de 175 combinações. O algoritmo StaticFrameDifferenceBGS, juntamente com a técnica de histerese (baixo limiar = 15 e e alto limiar = 100) apresentou um Balanced Acurracy (BAC) médio = 88,77% enquanto o DPEigenbackgroundBGS com historySize = 10 e embeddedDim = 20 juntamente com a técnica de histerese (baixo limiar = 15 e e alto limiar = 100) apresentou um melhor Balanced Acurracy (BAC) médio = 91,25%, e portanto foi selecionado para esta etapa. Entre os resultados deste projeto, encontra-se também o desenvolvimento de uma ferramenta semi-automática de anotação de vídeos em máscara binária, a criação de um novo dataset, inédito, de embarcações em ambientes fluviais anotados em máscara binária e o desenvolvimento de uma rotina de detecção de movimento da câmera, o BT apresentado anteriormente.

Submitted by LIVIA FREITAS (livia.freitas@ufba.br) on 2016-06-08T17:03:41Z No. of bitstreams: 1 Metodo de classificacao especialista para areas de cabruca.pdf: 5412607 bytes, checksum: fcfbeff097350b2f6665de35131166be (MD5) / Approved for entry into archive by LIVIA FREITAS (livia.freitas@ufba.br) on 2016-06-20T19:05:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Metodo de classificacao especialista para areas de cabruca.pdf: 5412607 bytes, checksum: fcfbeff097350b2f6665de35131166be (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T19:05:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Metodo de classificacao especialista para areas de cabruca.pdf: 5412607 bytes, checksum: fcfbeff097350b2f6665de35131166be (MD5) / A Floresta Ombrófila Densa uma das formações florestais do bioma Mata Atlântica, dentre os seis biomas brasileiros, é o mais mapeado, por causa da sua relevância ambiental e descaracterização sofrida ao longo dos anos. Trata-se do bioma brasileiro com menor porcentagem de cobertura vegetal natural. Apesar disso, a Mata Atlântica ainda possui uma importante parcela da diversidade biológica do país. Programas nacionais de monitoramento por satélites revelam em seus relatórios a dificuldade na determinação de classes próximas a da Floresta Ombrófila Densa como é o caso da distinção das áreas de plantio em sub-bosque. No estado da Bahia este tipo de plantio é utilizado para o cultivo do cacau na chamada formação cacau-cabruca. A cabruca é um sistema agroflorestal baseado no plantio de sub-bosque para aproveitamento da sombra de cobertura florestal original, para o crescimento do cacaueiro. Deste modo, ficam presente na cabruca remanescentes arbóreos de grande porte da floresta original. Uma parte da cobertura original é preservada por isso existe grande confusão no processo de classificação baseado no pixel que tenta diferir cabruca de floresta ombrófila densa, principalmente por técnicas de sensoriamento remoto por imagens de média resolução, pois as áreas de cultivo de cacau-cabruca acabam herdando características espectrais da Floresta Ombrófila Densa. O objetivo desta pesquisa foi elaborar um método de classificação especialista de imagens de sensoriamento remoto para o mapeamento das áreas de cabruca. O método consiste na utilização de dados de diferentes fontes: altimetria, relação de proximidade com elementos da paisagem e no seu relacionamento com filtragens de co-ocorrencia e reamostragem estatística. Da análise exploratória empregada sobre os resultados das filtragens obteve-se dados que melhoraram o resultado da classificação estatística tradicionalmente adotada em diferentes fontes. E esses resultados foram concatenados em um modelo único gerando um classificador hibrido. Os resultados indicam um aumento no índice Kappa maior que 20%, utilizando os filtros de co-ocorrencia, informações e bandas adicionais. Por fim, os resultados dos experimentos mostram que a inclusão da base de regras elaborada pelo especialista e sendo ajustada por um procedimento de treinamento automático são capazes de fornecer ganhos sensíveis nas taxas globais de acerto, tanto de métodos estatísticos de classificação quanto métodos geométricos como o de fatiamento