Class of 2006 Abstract / Background: The processes’ underlying a recent rise in the rate of Clostridium difficile associated diarrhea (CDAD) at the Southern Arizona Veterans Administration Health Care System (SAVAHS) is unclear. Past changes to formulary in workhorse oral flouroquinolone from levofloxacin to gatifloxacin are under scrutiny. An infection-control component was also possible. Methods: 142 patients suspected of having CDAD had stool specimens submitted for toxin assay from late July to late Oct of 2004. A retrospective chart review was performed using the Veterans Administration Computerized Patient Record System (CPRS) to examine total antibiotic use in the three months prior to having specimens submitted for laboratory toxin analysis. A subset-analysis was performed on 100 specimens submitted for toxin analysis. Parallel culture was performed and 9 isolates of C. difficile were obtained for molecular analysis and fingerprinting. Results: Of the 142 patients sampled, 20 tested positive for C. difficile toxin with the remaining 122 patients testing negative. Antibiotic usage was categorized by total antibiotic use and gatifloxacin use. 98 patients received at least 1 antibiotic within the preceding 3 months with 44 patients receiving no antibiotic therapy of any kind. Of the 98 patients that received antibiotic therapy, 44 received gatifloxacin, however, all of these patients also received at least one other antibiotic. Of the nine isolates fingerprinted, two distinct genetic clusters were identified.

Clostridium difficile (CD) est l’entéropathogène le plus fréquemment responsable d'infections nosocomiales intestinales post-antibiotiques. L'apparition de cas graves liés à l'émergence de souches hypervirulentes ces dernières années a contribué à accroître la morbidité et la mortalité. Les toxines TcdA et TcdB contribuent directement aux lésions intestinales associées aux infections à CD (ICD), mais d'autres facteurs bactériens sont nécessaires à l’adhésion et la colonisation intestinale. Les flagelles de CD, qui confèrent la mobilité et la chimiotaxie, pourraient jouer un rôle dans la pathogenèse en contribuant à la réponse inflammatoire de l’hôte et aux lésions de la muqueuse. En effet, en activant le récepteur TLR5, les flagelles peuvent provoquer l'activation des cascades de signalisation cellulaire des MAPK et de NF-κB conduisant à la sécrétion de cytokines pro-inflammatoires. Notre objectif était d’étudier ce rôle potentiel des flagelles de CD in vitro et in vivo. Nous avons montré que l'interaction de la flagelline de CD avec le TLR5 active principalement la voie de NF-κB, et, dans une moindre mesure, la voie des MAPK, conduisant ainsi à la régulation de l'expression de gènes pro-inflammatoires et à la synthèse de médiateurs pro-inflammatoires. De plus, en utilisant un modèle murin d’ICD, nous avons démontré un effet synergique des flagelles et des toxines dans l’induction d’une réponse inflammatoire de la muqueuse caecale. Dans ce modèle, l'absence de flagelles diminue considérablement le degré d'inflammation de la muqueuse caecale et la seule présence de toxines, sans flagelles, ne suffit pas à provoquer d’importantes lésions épithéliales. Ces résultats mettent en évidence le rôle des flagelles de CD dans l’induction d’une réponse inflammatoire intestinale en synergie avec l’action des toxines bactériennes sur l'épithélium. / Clostridium difficile (CD) is the most common enteropathogen responsible for intestinal nosocomial post-antibiotic infections. The appearance of severe cases related to the emergence of hypervirulent strains these last years has contributed to increased mortality and morbidity. The CD TcdA and TcdB toxins contribute directly to CD infection (CDI)-associated lesions of the gut, but other bacterial factors are needed for the bacteria to adhere and colonize the gut. The CD flagella, which confer motility and chemotaxis for successful intestinal colonization, could play an additional role in bacterial pathogenesis by contributing to the inflammatory response of the host and mucosal injury. Indeed, by activating the TLR5, flagella can elicit activation of the MAPK and NF-κB cascades of cell signaling, leading to the secretion of pro-inflammatory cytokines. Our objective was to study the potential role of CD flagella in vitro and in vivo. We reported that the interaction of CD flagellin-TLR5 predominantly activates the NF-κB, and, in a lesser degree, the MAPKs pathways, thus leading to up-regulation of pro-inflammatory gene expression and subsequent synthesis of pro-inflammatory mediators. Moreover, by using a mouse model of CDI, we demonstrated a synergic effect of flagella and toxins in eliciting an inflammatory mucosal response. In this model, the absence of flagella dramatically decreased the degree of mucosal inflammation in mice and the sole presence of toxins without flagella was not enough to elicit epithelial lesions. These results highlight the important role of CD flagella in eliciting mucosal lesions as long as the toxins exert their action on the epithelium.

Clostridium difficile est une bactérie enteropathogène responsable d'infections intestinales dont les manifestations cliniques varient d’une simple diarrhée à une colite pseudomembraneuse parfois mortelle. L’une des problématiques majeures rencontrées dans la prise en charge des infections à C. difficile (ICD) est la survenue de récidives. Chez de nombreuses espèces bactériennes, la formation de biofilm est associée à la chronicité de l’infection. Le biofilm est un mode de vie dans lequel les bactéries sont engluées dans une substance polymérique qu'elles secrètent elles-mêmes. L’aptitude de C. difficile à former un biofilm in vitro a été clairement établie depuis 2012. Cependant aucune étude n’a montré jusqu’ici s’il est capable de former un biofilm in vivo. L’objectif de cette thèse était d’une part d’étudier différents paramètres impliqués dans la formation du biofilm in vitro et d’autre part de déterminer si C. difficile est capable de former un biofilm in vivo. Dans un premier temps, nous avons analysé la capacité de différentes souches de C. difficile (souches cliniques et souches de laboratoires modifiées génétiquement) à former un biofilm in vitro. Parmi ces dernières, la souche mutée pour le gène cwp84, codant une protéase de surface responsable de la maturation de la couche S de C. difficile, présente un biofilm particulièrement robuste et épais comparé à la souche parentale 630∆erm. L’activité protéolytique de Cwp84 est donc impliquée dans la formation du biofilm et module certaines propriétés de surface de la bactérie telles que l’hydrophobicité. Nous avons également étudié la composition en sucre de la matrice du biofilm, après une étape de mise au point qui a permis de déterminer les conditions permettant d’obtenir suffisamment de matériel. Les conditions retenues ont été les suivantes : formation de biofilm sur un support en verre, en présence de glucose et en milieu renouvelé. La présence d’un sucre qui possède un profil proche du PSII (polysaccharide associé à la surface des cellules planctoniques de C. difficile) dans la matrice du biofilm a été détecté par spectroscopie infrarouge. Dans un second temps, afin d’étudier l’aptitude de C. difficile à former un biofilm in vivo, différents modèles animaux ont été utilisés : un modèle de souris monoxéniques dans lequel plusieurs souches de C. difficile ont été testées (souches 630∆erm, mutant cwp84, R20291, P30) et un modèle de souris dixénique pour étudier la formation de biofilm mixte (C. difficile/Finegoldia magna et C. difficile/Clostridium scindens). Dans le modèle monoxénique, quelles que soient les souches testées, C. difficile est distribué de manière hétérogène tout au long de la surface du tissu intestinal. Les bactéries sont majoritairement retrouvées isolées sauf pour la souche R20291 qui forme le plus souvent des petits agrégats. Pour cette souche, différents marquages immunohistochimiques réalisés sur des coupes de cecum et de colon ont montré que la majorité des bactéries sont enchâssées dans de petites structures en 3 dimensions adhérentes à la couche du mucus. Le polysaccharide PSII est détecté en grande quantité à l'intérieur de cette structure. Ce composé étant présent dans la matrice de biofilm de C. difficile formé in vitro, ces résultats suggèrent que la souche R20291 pourrait s’organiser en biofilm dans le modèle de souris monoxénique. En modèle de souris dixéniques, nous avons montré que la présence de F. magna n’influe pas sur le niveau de colonisation de C. difficile, alors que l'association avec C. scindens semble être bénéfique aux deux bactéries puisqu'une augmentation de la population globale de deux espèces est observée comparé à la population présente dans chaque modèle mono-espèce. En conclusion, une souche productrice de biofilm in vitro semble être capable de s’organiser en une structure biofilm in vivo. Le rôle du biofilm dans l'étape de colonisation du colon par C. difficile et les rechutes des ICD devra être analysé. / Clostridium difficile is an enteropathogenic bacterium responsible for intestinal infections, the clinical symptoms vary from moderate diarrhea to pseudomembranous colitis, sometimes fatal. One of the major problems encountered in the management of C. difficile infections (DCI) is the occurrence of recurrences. In many bacterial species, biofilm formation is associated with the chronicity of infection. Biofilm is a way of life in which bacteria are entrapped in a polymeric substance secreted by the bacteria themselves. The ability of C. difficile to form an in vitro biofilm has been clearly established since 2012. However, no study has so far shown whether it is capable of forming a biofilm in vivo. The objective of this thesis was to analyze different parameters involved in the formation of biofilm in vitro and to determine whether C. difficile is able to form a biofilm in vivo.We first analyzed the ability of different strains of C. difficile to form a biofilm in vitro (clinical strains and strains genetically modified laboratories). Among the latter, the mutant strain for the cwp84 gene, encoding a surface-associated protease responsible for the maturation of the S layer of C. difficile, forms a particularly robust and thick biofilm compared to the 630Δerm parental strain. The proteolytic activity of Cwp84 is involved in the formation of biofilm and modulates certain surface properties of the bacterium such as hydrophobicity. We have also studied the polysaccharide composition of the biofilm matrix, after a development stage that allowed us to determine the optimal conditions for obtaining sufficient material. The conditions retained were the following: formation of biofilm on a glass support in the presence of glucose and in a renewed medium. We were able to determine by infrared spectroscopy the presence of a sugar which has a similar profile than the PSII (polysaccharide associated with the surface of C. difficile planktonic cells) in the matrix of the biofilm.Second, in order to study the ability of C. difficile to form a biofilm in vivo, different animal models were used: a monoxenic mouse model in which we tested several strains of C. difficile (strains 630Δerm, mutant cwp84, R20291, P30) and a dixenic mouse model to study the formation of mixed biofilm (C .difficile/Finegoldia magna and C. difficile/Clostridium scindens). In the monoxenic model, regardless of the strains tested, C. difficile is distributed heterogeneously throughout the intestinal tissue surface. The bacteria are mostly found isolated except for C. difficile R20291 which usually forms small aggregates. For this strain we have shown, thanks to various immunohistochemical labeling performed on cecum and colon sections, that the majority of the bacteria are embedded in a small 3-dimensional structures overlaying the mucus layer. The PSII polysaccharide is present in a large amount in this structure. As this compound has been detected in the in vitro C. difficile biofilm matrix, these results suggest strongly that the R20291 strain could be organized into biofilm structures in the monoxenic mouse model. In the dixenic mouse model, we have shown that the presence of F. magna does not influence the level of colonization of C. difficile, whereas the association with C. scindens seems to be beneficial to both bacteria since an increase of the global population is observed in this model compared to the population present in each single-species model.To conclude, an in vitro biofilm producing strain appears to be able to organize in a biofilm structure in vivo. The role of biofilm in the colonization step of the intestinal tract by C. difficile and in the occurrence of recurrences should be further analyzed.

Clostridium difficile (CD) représente la première cause d'infections digestives nosocomiales dans les pays développés. Les infections à CD (ICD) induisent une inflammation intestinale importante qui se manifeste principalement par des colites pseudomembraneuses ainsi que par un taux de mortalité élevé. Les facteurs majeurs de virulence sont les toxines TcdA et TcdB. Dans la première partie des travaux de cette thèse, nous avons validé le rôle in vivo d'un autre facteur bactérien, les flagelles, dans un modèle murin d'ICD, en montrant que les flagelles induisent une réponse inflammatoire au niveau de la muqueuse caecale en synergie avec les toxines. Nous avons ensuite montré une régulation de de cette réponse par un microARN (miARN) exerçant un rôle anti-inflammatoire en modulant l'activation de la voie de signalisation de NF-KB. Le traitement des souris infectées par ce miARN réduit l'inflammation intestinale apportant la preuve du concept pour une nouvelle approche thérapeutique. / Clostridium difficile (CD) is the leading cause of nosocomial digestive infections in developed countries. CD infections (CDI) induce significant intestinal inflammation that is manifested primarily by pseudomembranous colitis and a high mortality rate. The major virulence factors are TcdA and TcdB toxins. In the first part of the work of this thesis, we validated the in vivo role of another bacterial factor, the flagella, in a mouse model of CDI, showing that the flagella induce an inflammatory response in ceacal mucosa in synergy with toxins. We then showed a regulation of this response by a microRNA (miRNA) exerting an anti-inflammatory role by modulating the activation of the NF-KB signaling pathway. The treatment of mice infected with this miRNA reduces intestinal inflammation providing proof of concept for a new therapeutic approach.

Clostridium difficile est une bactérie anaérobie stricte responsable de diarrhées consécutives à une antibiothérapie et de colites pseudomembraneuses. La destruction du microbiote intestinal de barrière favorise l’implantation de C. difficile, qui se multiplie, adhère aux cellules épithéliales et produit les toxines TcdA et TcdB. Les infections à C. difficile sont devenues un problème majeur de santé publique. En particulier les nombreuses rechutes posent un problème thérapeutique. L’immunisation active est une des approches permettant de prévenir les rechutes et réduire l’incidence des infections. Plusieurs essais de vaccination ciblant les toxines sont en cours de développement mais sont sans action sur la première étape de l'infection à C. difficile, la colonisation intestinale. Notre objectif a été de développer une stratégie vaccinale par voie muqueuse pour lutter contre la colonisation intestinale. Des protéines de surface de C. difficile ainsi que la toxine TcdB ayant un rôle dans la pathogénicité ont été sélectionnées et utilisées comme cibles vaccinales. Certains candidats vaccinaux ont été encapsulés afin de pouvoir délivrer les antigènes au niveau de la muqueuse intestinale par voie orale. De plus, pour induire une réponse immunitaire localisée au niveau de la muqueuse intestinale, différents adjuvants ont été testés. Nous avons analysé après vaccination la réponse immunitaire induite au niveau local et systémique. Pour identifier de nouveaux candidats vaccin, le rôle de différentes protéines de surface dans la colonisation intestinale de C. difficile a été caractérisé. L'ensemble des essais in vivo a été mené dans deux modèles animaux de référence pour les infections à C. difficile : la souris et le hamster, pour suivre respectivement la colonisation intestinale par C. difficile et le taux de survie après infection. / Clostridium difficile is an anaerobic bacterium that is responsible for post-antibiotic diarrhea and pseudomembranous colitis. The disruption of the intestinal microbiota barrier effect promotes the establishment of C. difficile, which multiplies, adheres to epithelial cells, and produces the toxins TcdA and TcdB. C. difficile infections are considered as a major public threat. In particular, the multiple recurrences are difficult to treat. Active immunization is one of the new approaches to reduce recurrences and the incidence of these infections. Several vaccine targeting toxins are in development. However, these vaccines have no effect on the first step of C. difficile infection, the host colonization. The objective was to develop a mucosal vaccine strategy to act on intestinal colonization. Surface proteins of C. difficile and TcdB involved in the pathogenicity process were selected and used as vaccine targets. These antigens were produced and encapsulated to deliver them to the intestinal mucosa. Furthermore, to induce a gut mucosal immunity, different adjuvants were tested. After vaccination, we analyzed the local and systemic immune response by immunoassays. Finally, in order to characterize new vaccine candidates, the role of different surface proteins in C. difficile colonization was evaluated. These vaccine trials were conducted in two animal models of reference for C. difficile infections: the mouse and the hamster models, which permit to follow the colonization and the survival rate after infection, respectively.

Clostridium difficile infection (CDI) continues to possess a significant disease burden in the United States (US) as well as all over the world. Given the increase in severity and recurrence rate, the decrease in cure rate, and the fact that the virulent ribotype 027 strain remains one of the most commonly identified strains in the US, the Infectious Diseases Society of America (IDSA) published a clinical practice guideline in February 2018 moving away from metronidazole as the first-line treatment for initial CDI and recommending either oral vancomycin or fidaxomicin. The aim of this study is to evaluate the clinical data available comparing the efficacy of primary treatment of CDI between those two antibiotics. We performed a PubMed, PubMed Central, and ScienceDirect database search without restriction to regions, publication types, or languages. A comprehensive literature search was performed from January 1, 1980 up to March 20, 2018. We used the following keywords in different combinations: Clostridium difficile, Clostridium difficile infection, CDI, C. diff, C. difficile, fidaxomicin, vancomycin, pseudomembranous colitis, and antibiotic-associated colitis. The search was limited to human studies. Data were independently extracted by two reviewers with disagreements resolved by a third author. We pooled an odds ratio (OR) on two primary outcomes: Clinical cure rate and rate of recurrence during the follow-up period. The computer search was also supplemented with manual searches by the authors of the retrieved review articles and primary studies. The search phrase "((Clostridium difficile) AND vancomycin) AND fidaxomicin" had the highest yield results. We identified four observational studies with a total of 2,303 patients with CDI that met our inclusion criteria. Compared with vancomycin, fidaxomicin use was associated with a significantly lower recurrence of CDI with a pooled OR of 0.47 (95% confidence interval (CI), 0.37 - 0.60, I2 = 0). On the other hand, there was no significant association of fidaxomicin use with CDI cure rate compared to vancomycin with a pooled OR of 1.22 (95% CI, 0.93 - 1.60, I2 = 0). In light of the recently updated clinical practice guidelines by the IDSA, our review suggests that fidaxomicin has a more sustained clinical response with a statistically significant lower recurrence rate. Although fidaxomicin appears to be the better drug with statistical significance, its cost-effectiveness continues to be an ongoing controversy. More randomized clinical trials are needed to shed light on this matter to assess if there is any clinical significance in fidaxomicin superiority.

A review of literature related to community-acquired Clostridium difficile- associated disease (CA-CDAD) was conducted. Information was collected from Cumulative Index to Nursing and Allied Health (CINAHL) and MEDLINE-EBSCOhost databases. Clinical practice recommendations were obtained from the CDC. Studies were examined for epidemiology of infection due to C. difficile in the community and interventions to reduce transmission. Findings demonstrated a mirroring of to CA-CDAD to community-acquired Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Multiple studies found underlying gastrointestinal disorders and use of cephalosporin antibiotics to be a risk factor. Another identified risk factor was use of gastric acid suppressive drugs. Also, no particular C. difficile strain was more likely to cause recurrence. Many positive cases for CA-CDAD lacked traditional risk factors such as recent antibiotic exposure. To reduce transmission of community-acquired MRSA the CDC recommends MRSA should be considered in the differential diagnosis of soft skin tissue infections. Clinicians should also collect specimens for culture and antimicrobial susceptibility testing from all patients with abscesses. The CDC recommends clinicians should teach their patients to limit transmission and ask about similar cases in household members and close contacts. Therefore, to reduce transmission of CA-COAD, Clostridium difficile- associated disease should be considered in the differential diagnosis of diarrhea. Clinicians should collect specimens for culture based on patient history & current clinical presentation for patients with diarrhea. It is important that patients be taught the proper hygiene and cleaning protocols to reduce transmission

Clostridium difficile est une bactérie Gram positive anaérobique responsable de plusieurs perturbations intestinales suite à la prise d’antibiotiques et est également reconnue comme une cause majeure de la colite pseudomembraneuse. La pathogenèse des infections à C. difficile est principalement associée aux toxines A et B, qui ont été largement étudiées dans les dernières années. Cependant, plusieurs autres aspects de la virulence de ce pathogène sont encore bien mal compris. Un bon nombre de protéines font partie de l’arsenal de facteurs de virulence qui jouent un rôle au niveau de l’adhésion de la bactérie ou qui dégradent certaines composantes de la paroi intestinale afin de permettre à la bactérie de coloniser son hôte. La régulation de l’expression de telles protéines nous permettrait d’en connaître davantage sur la colonisation de l’hôte par C. difficile. Chez plusieurs espèces bactériennes, le 3’5’ diguanosine monophosphate cyclique (c-di-GMP) est un second messager important qui régule plusieurs phénotypes. La formation de biofilm ainsi que la régulation de la transition de cellules motiles à un mode de persistance sont parmi les fonctions connues du c-di-GMP. Toutefois, la diversité des processus physiologiques bactériens régulés par le c-di-GMP reste encore pour la plupart peu expliquée chez les bactéries à Gram positif. Chez certaines bactéries, le c-di-GMP est impliqué dans le contrôle de la régulation de l’expression de gènes, via la liaison à des récepteurs à ARN, les riborégulateurs. Les riborégulateurs sont des séquences d’ARN non codants localisés dans la partie 5’UTR d’un ARNm et régulant l’expression de gènes par la liaison d’un ligand à son aptamère comme le c-di-GMP. Cette étude s’intéresse à la régulation et à la fonction des gènes CD2831 et CD2830 qui sont regroupés en un seul locus. L’expression de ces gènes est contrôlée par les niveaux de c-di-GMP intracellulaire via deux riborégulateurs en amont de ces gènes. Chez C. difficile, deux classes de riborégulateurs à c-di-GMP, de fonction similaire, mais qui diffèrent structurellement, ont été rapportées; c-di-GMP-I et c-di-GMP-II. L’expression relative du gène CD2830 en aval du riborégulateur à c-di-GMP de type I diminue de 23 à 29 fois lorsque le niveau de c-di-GMP intracellulaire augmente, tandis que pour les mêmes conditions, le gène CD2831 en aval du riborégulateur à c-di-GMP II était de 72 à 96 fois plus exprimé. Des essais β-galactosidase avec des fusions des riborégulateurs et lacZ, ont démontrés que l’expression des gènes CD2830 et CD2831 semble être contrôlée de façon opposée par leurs riborégulateurs transcriptionnels respectifs, selon les concentrations de c-di-GMP intracellulaire. La protéine CD2830 a été décrite comme une métalloprotéase zinc-dépendante ayant une activité sur la fibronectine, le fibrinogène de plasma humain et la protéine CD2831, qui code pour une adhésine putative. La fonction de cette dernière protéine reste encore mal connue. Cette étude n’a pas permis de démontrer que les protéines CD2830 et CD2831 jouent un rôle dans l’agrégation ou dans l’adhésion à la fibronectine et au fibrinogène lorsque la concentration de c-di-GMP intracellulaire varie. Cette étude suggère que chez C. difficile, la zinc-métalloprotéase CD2830 est impliquée dans un mécanisme de clivage de protéines d’adhésion, comme décrit chez plusieurs pathogènes, afin de contrôler l’adhésion cellulaire lors de processus biologique important. Ce mécanisme serait régulé par le c-di-GMP.

Contexte : Dans la foulée d'une éclosion multicentrique de cas de diarrhée associée au Clostridium difficile (DACD) au Québec, la surveillance s'est accrue, mais les facteurs de risque de cette maladie sont encore mal connus. Les données provenant de la littérature sont en effet multiples et parfois contradictoires. L'objectif de cette étude est de départager l'importance relative des facteurs de risque dans la survenue de la DACD. Méthodologie. Il s'agit d'une étude cas-témoins rétrospective avec revue des dossiers des cas de DACD identifiés à l'Hôpital Charles LeMoyne en 2004 ainsi que de témoins appariés selon la période administrative, le service médical et la durée de séjour. Pour, être éligibles, les témoins devaient avoir reçu au moins un antibiotique. Les facteurs de risque recueillis incluaient les caractéristiques du patient, la médication et les interventions médico-chirurgicales. Les analyses statistiques ont été effectuées par régression logistique conditionnelle. Résultats. Parmi les 189 cas et les 378 témoins appariés, l'âge médian est de 70 ans et la durée de séjour moyenne est de 21 jours. Dans les analyses univariées, la DACD est significativement associée aux quinolones, à la céfoxitine, à la céfépime, à la vancomycine intraveineuse, au nombre total d'antibiotiques reçus et à la durée totale de l'antibiothérapie. La chimiothérapie, la malnutrition, la neutropénie, l'insuffisance rénale sévère et l'alimentation entérale montrent également une association significative avec la DACD. Dans une première analyse multivariée excluant le nombre d'antibiotiques et la durée de l'antibiothérapie, l'alimentation entérale (RC = 2,4; IC 95 % = 1,2-4,8), la céfoxitine (RC = 2,7; IC 95% = 1,4-5,3), la chimiothérapie (RC = 2,6; IC 95% = 1,5-4,6), la vancomycine intraveineuse (RC = 2,3; IC 95% = 1,3-4,0) et les quinolones (RC = 2,2; IC 95% = 1,5-3,3) sont associées à un risque accru de DACD. Dans une seconde analyse incluant le nombre d'antibiotiques et la durée de l'antibiothérapie, ces dernières variables sont associées à la DACD (RC = 1,3; IC 95% =1,1-1,5 pour chaque antibiotique additionnel et RC = 1,03; IC 95% = 1,001-1,06 pour chaque jour additionnel de traitement). La chimiothérapie (RC = 2,8; IC 95% = 1,6-4,9), l'alimentation entérale (RC = 2,2; IC 95% = 1,1-4,6), la céfoxitine (RC = 2,3; IC 95% = 1,1-4,6) et les quinolones (RC = 1,6; IC 95% = 1,1-2,4) demeurent également significatives dans ce deuxième modèle. Les aminoglycosides se révèlent protecteurs dans les deux modèles (RC = 0,6; IC 95% = 0,3-0,98 et RC = 0,4; IC 95% = 0,2-0,7). Conclusion. Notre étude soulève l'importance de considérer le nombre total d'antibiotiques et la durée totale de l'antibiothérapie lorsque l'on s'intéresse aux facteurs de risque de la DACD.

Clostridium difficile, un bacille à Gram positif anaérobie strict qui forme des spores, est un pathogène opportuniste responsable de simples diarrhées ou de colites pseudomembraneuses qui peuvent provoquer la mort. Le traitement de base réside en l'arrêt des antibiotiques qui ont détruit la flore de l'hôte et provoqué les symptômes, ou en la prescription de vancomycine et/ou de métronidazole. Malheureusement, l'efficacité de ces antibiotiques est variable et le nombre de rechutes est élevé. En outre, de plus en plus de souches deviennent résistantes aux antibiotiques. C'est pour cette raison qu'un besoin d'alternatives thérapeutiques s'est fait ressentir. Une des approches prometteuses est l'utilisation des endolysines, qui sont des enzymes hydrolytiques encodées par les bactériophages et qui se sont déjà révélées être efficaces contre plusieurs bactéries à Gram positif. Dans cette étude, nous avons démontré l'activité lytique d'endolysines encodées par des phages de Clostridium difficile sur des cellules vivantes. Différentes endolysines ont été clonées dans E. coli, exprimées et purifiées, puis leur activité a été vérifiée de plusieurs manières. Certains facteurs biochimiques propres à ces enzymes ont été étudiés, tels que les cofacteurs nécessaires pour une meilleure activité lytique, le pH optimal et le spectre d'efficacité sur différentes souches bactériennes. Finalement, l'étude de ces enzymes comme outil de diagnostic ou de biologie moléculaire est abordée. Les résultats de nos travaux indiquent que les endolysines PlyCD52 et PlyCD38-2 de C. difficile possèdent une faible activité lytique. L'activité des endolysines n'est pas influencée par les cofacteurs Tween 0,5%, Triton 0,1%, MgCl[indice inférieur 2] contrairement à l'EDTA qui inhibe celle-ci. Le pH optimum semble être compris entre 7 et 8,5 et ces enzymes agissent sur différentes souches de C. difficile à l'exception de la souche CD630. Malgré ces résultats encourageants, des travaux supplémentaires seront nécessaires afin de stabiliser les enzymes qui ont une forte tendance à précipiter et d'obtenir une meilleure activité.