L’épizootie de fièvre aphteuse de 2001 telle qu’elle s’est déroulée en Grande-Bretagne a montré les limites de certains des systèmes de surveillance, d’intervention, d’anticipation et d’aide à la décision actuellement en place. Parallèlement, l’assouplissement des modalités d’utilisation de la vaccination a enrichi la palette des outils utilisables par le gestionnaire de risque. Une réévaluation pour la France a semblé ainsi opportune. Pour cela, le projet de recherche s’est proposé tout d’abord d’étudier l’organisation des différentes filières d’animaux de rente en France. L’analyse du réseau d’élevages français par la méthode d’analyse des réseaux sociaux a permis de caractériser les relations entre établissements et d’estimer une vulnérabilité structurale constante face à la diffusion de maladies apportées essentiellement par le réseau d’échanges bovins.Dans une deuxième partie, la diffusion de la maladie dans ce réseau d’élevages a été étudiée en s’appuyant sur des simulations générées par un modèle spécifiquement construit. L’efficacité et les coûts de différentes stratégies de lutte envisageables (combinaisons d’abattage sanitaire, abattage préventif et vaccination) ont été ensuite comparés. Les résultats obtenus ont montré l’absence d’une stratégie unique optimale à la fois sur le plan épidémiologique et économique et la nécessité de s’adapter au contexte local. En effet, la nature de la stratégie optimale varie selon la région concernée et l’acteur considéré. Ces travaux ont permis de créer un outil de réflexion pour aider à la décision, mais également un outil d’entraînement et de formation collective pour se préparer à une telle gestion de crise. / The 2001 Foot-and-mouth disease epizootic in the United Kingdom has illustrated limits in some established surveillance, control, anticipation and decision-making systems. At the same time, the relaxation of vaccination procedures has enhanced the set of usable tools by risk managers. A reassessment in France seemed needed.For this purpose, the research project firstly proposed to study the organization of the different livestock industries in France. The analysis of French holding network by using the method of social network analysis has led to characterize the relationships between holdings and to determine a constant structural vulnerability to diseases spread especially due to bovine trade network.Secondly, the disease spread in the holding network has been studied with simulations generated by a specifically built model. The cost-effectiveness of different control strategies (combining infected herd depopulation, pre-emptive culling and vaccination) were then compared. Results showed that no single epidemiological and economical optimal strategy existed and local context must be taken into account. Indeed, the cost-effective strategy changed according to the concerned area and the considered players.This research work allowed creating a thinking tool for decision-making but also a training tool for crisis management preparation.

La Bretagne, région agricole française est confrontée a un problème de soutenabilité. Du fait d'une croissance forte de l'agriculture à la fin du XXième siècle, de fortes pressions se sont exercée sur le milieu naturel, en particulier sur l'eau. La dégradation de la qualité de l'environnement a engendré de fortes répercussions tant aux niveaux écologique, économique que social. La préservation de la qualité de l'eau est devenue un enjeu majeur pour le développement économique, social et culturel de la Bretagne. La qualité de l'eau y est considérée comme un capital naturel critique au sens où de son maintien dépend le processus de soutenabilité. Notre analyse repose sur une évaluation des modes de production agricole compatibles avec une optique forte de la soutenabilité. Conceptualisée à partir d'une approche en termes de production jointe élargie au domaine écologique et appliquée au cas le la Bretagne à travers le modèle M3ED-AGRI, notre démarche vise en une analyse structurelle des systèmes de production agricole. Le modèle M3ED-AGRI constitue le support à une analyse coût-efficacité permettant de caractériser et de classer diverses alternatives d'évolution de l'agriculture. Insérer dans les contextes local, régional, national et international, les scénarios d'évolution permettent la mise en évidence des implications et les justifications quant au choix des alternatives. Traduite au niveau local, la démarche repose sur l'utilisation d'indicateurs insérés dans un outil informatique interactif afin de favoriser l'insertion des acteurs sociaux dans le processus d'évaluation. De la sorte, il est possible de délimiter les marges de manoeuvre et les motivations de chacun ainsi que de favoriser l'apprentissage social.

Les études observationnelles (non-randomisées) sont principalement constituées de données ayant des particularités qui sont en fait contraignantes dans un cadre statistique classique. En effet, dans ce type d'études, les données sont rarement continues, complètes et indépendantes du bras thérapeutique dans lequel les observations se situent. Cette thèse aborde l'utilisation d'un outil statistique paramétrique fondé sur la dépendance entre les données à travers plusieurs scénarios liés aux études observationnelles. En effet, grâce au théorème de Sklar (1959), les copules paramétriques sont devenues un sujet d'actualité en biostatistique. Pour commencer, nous présentons les concepts de base relatifs aux copules et aux principales mesures d'association basées sur la concordance retrouvées dans la littérature. Ensuite, nous donnons trois exemples d'application des modèles de copules paramétriques pour autant de cas de données particulières retrouvées dans des études observationnelles. Nous proposons d’abord une stratégie de modélisation de l'analyse coût-efficacité basée uniquement sur une réécriture des fonctions de distribution jointes et évitant les modèles de régression linéaire. Nous étudions ensuite, les contraintes relatives aux données discrètes, particulièrement dans un contexte de non-unicité de la fonction copule, nous réécrivons le score de propension grâce à une approche novatrice basée sur l'extension d'une sous-copule. Enfin, nous évoquons un type particulier de données manquantes : les données censurées à droite, dans un contexte de régression, grâce à l'utilisation de copules semi-paramétriques. / Observational studies (non-randomized) consist primarily of data with features that are in fact constraining within a classical statistical framework. Indeed, in this type of study, data are rarely continuous, complete, and independent of the therapeutic arm the observations are belonging to. This thesis deals with the use of a parametric statistical tool based on the dependence between the data, using several scenarios related to observational studies. Indeed, thanks to the theorem of Sklar (1959), parametric copulas have become a topic of interest in biostatistics. To begin with, we present the basic concepts of copulas, as well as the main measures of association based on the concordance founded on an analysis of the literature. Then, we give three examples of application of models of parametric copulas for as many cases of specific data found in observational studies. We first propose a strategy of modeling cost-effectiveness analysis based essentially on rewriting the joint distribution functions, while discarding the use of linear regression models. We then study the constraints relative to discrete data, particularly in a context of non-unicity of the copula function. We rewrite the propensity score, thanks to an innovative approach based on the extension of a sub-copula. Finally, we introduce a particular type of missing data: right censored data, in a regression context, through the use of semi-parametric copulas.

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Les maladies animales émergentes, les maladies zoonotiques et le développement du commerce international ont conduit à une augmentation des besoins en systèmes de surveillance en santé animale performants. Toutefois, le contexte économique actuel conduit à des restrictions budgétaires importantes, induisant une diminution des ressources allouées à la surveillance. Dans ce contexte, l’évaluation régulière des dispositifs de surveillance, sur lesquels sont fondées les décisions sanitaires, est indispensable afin de vérifier leur bon fonctionnement, la qualité des données collectées, et permettre leur amélioration.Notre travail a porté sur l’évaluation d’un dispositif de surveillance complexe, Sylvatub, le dispositif de surveillance de l’infection à Mycobacterium bovis dans la faune sauvage, constitué de plusieurs composantes de surveillance et ciblant plusieurs espèces sauvages. Nous avons appliqué quatre méthodes d’évaluation : (i) une méthode quantitative d’estimation de la sensibilité de la surveillance par arbres de scénarios, (ii) une méthode quantitative d’estimation des coûts de la surveillance, permettant le calcul d’un ratio coût-efficacité, (iii) une méthode semi-quantitative permettant l’étude du fonctionnement général du dispositif et (iv) une méthode qualitative permettant d’investiguer l’acceptabilité de la surveillance. Ces travaux ont permis d’évaluer le dispositif Sylvatub dans son contexte environnemental et économique, en intégrant des facteurs comportementaux et sociaux, et ont permis la formulation de recommandations pour l’évolution du dispositif et son amélioration.Ces travaux ont également permis de souligner les avantages méthodologiques et opérationnels de l’utilisation complémentaire de plusieurs méthodes pour l’évaluation de dispositifs de surveillance complexes et proposent des perspectives méthodologiques pour favoriser l’intégration des méthodes d’évaluation. L’évaluation du dispositif Sylvatub devra être poursuivie et complétée par celle du dispositif de surveillance en élevage bovin afin d’étudier les interconnexions entre les populations domestiques et sauvages dans ce système multi-hôtes particulier. / Emerging animal diseases, zoonotic diseases and the development of international trade have led to an increase in the need for efficient animal health surveillance systems. However, the current economic environment led to significant budget cuts, resulting in a reallocation of resources dedicated to surveillance. In this context, regular evaluation of surveillance systems, on which are based the health decisions, is essential to ensure their operation, the quality of the collected data and to allow their improvement.This study focused on the evaluation of a complex surveillance system, the Sylvatub network for the surveillance of Mycobacterium bovis infection in wildlife, which consists of several surveillance components focusing on several wild species. We have used four evaluation methods: (i) a quantitative method to estimate the surveillance sensitivity by scenario trees modelling, (ii) a quantitative method to estimate the surveillance costs, enabling the estimation of a cost-effectiveness ratio, (iii) a semi-quantitative method to estimate the global operation of the system, and (iv) a qualitative method to investigate the acceptability of the surveillance. This study allowed to assess the Sylvatub network in its environmental and economical context, with the integration of behavioral and social factors; and allowed the development of recommendations for the evolution of the surveillance system and its improvement.This study has highlighted the methodological and operational advantages of the complementary use of several methods for the evaluation of complex surveillance systems. It provides methodological perspectives to support the integration of evaluation methods. The assessment of the Sylvatub system should be deepened and complemented by the evaluation of the surveillance system in cattle to explore interconnections between domestic and wild populations in this particular multi-host system.

Dans la littérature économique, il y a peu d’exemples illustrant la rentabilité sociale d’une décision gouvernementale visant à soutenir l’ajout de capacité dans une industrie de première transformation de ressources naturelles. Ces industries sont notamment celles de l’acier, de l’aluminium, du ciment et de la production d’électricité. Un des meilleurs outils pour répondre à ce type de questionnement est l’analyse coût-bénéfice. Ce mémoire a pour objectif de faire l’analyse coût-bénéfice de la cimenterie de Port-Daniel-Gascon. Le projet de la cimenterie de Port-Daniel-Gascon est un exemple pertinent dans ce contexte compte tenu du soutien du gouvernement du Québec. Pour faire un portrait de l’impact de ce projet dans la province de Québec, nous procédons en quatre étapes. Premièrement, nous regardons les caractéristiques de l’industrie du ciment tel que vu par les économistes. Deuxièmement, nous regardons si le marché du ciment québécois est intégré avec celui des provinces canadiennes et des états américains l’entourant. Les résultats de trois différents tests de délimitation de marché montrent que les cimentiers québécois opèrent dans un marché québécois séparé des cimenteries des états avoisinant le Québec. Troisièmement, nous estimons les élasticités de la demande et de l’offre pour être en mesure de déterminer l’impact de cet ajout de capacité dans les différents marchés où le ciment de la nouvelle usine sera vendu. Les principaux résultats des estimations effectuées sont de -0,95 pour l’élasticité-prix de la demande et de 12,5 pour l’élasticité de l’offre. L’analyse coût-bénéfice présentée dans ce mémoire montre que la valeur actualisée nette du projet est négative pour la société québécoise même si l’utilisation de la capacité est de 100% pour les prochaines années et que d’autres hypothèses soient respectées.

Titre de l'écran-titre (visionné le 10 janvier 2024) / L'objectif de cette étude est d'identifier les pratiques agroenvironnementales optimales - parmi les cultures de couverture, l'ajout de prairies ou de céréales dans la rotation et l'élargissement de bandes riveraines - afin de maximiser les bénéfices des acteurs du bassin versant du ruisseau Castor tout en améliorant la qualité de l'eau. Pour atteindre cet objectif, trois questions de recherche sont posées : quels sont les impacts des pratiques agroenvironnementales sur (1) la qualité de l'eau, (2) les producteurs agricoles et (3) à l'échelle du bassin versant. Le Delphi a été utilisé pour quantifier les impacts des pratiques agroenvironnementales sur la qualité de l'eau. Ce sont l'ajout de prairies dans la rotation et l'élargissement des bandes riveraines qui ont les plus grands impacts sur la qualité de l'eau. Quant aux impacts pour les producteurs agricoles, la budgétisation partielle a été retenue. Les cultures de couverture incluant une légumineuse permettent de dégager des marges bénéficiaires supérieures à l'occupation du territoire actuelle. Enfin, la programmation mathématique a été utilisée pour quantifier les pratiques optimales et leurs impacts à l'échelle du bassin versant. Les pratiques agroenvironnementales mises en place pour une amélioration de la qualité de l'eau à court terme entraînent des baisses importantes des bénéfices globaux des producteurs agricoles et une baisse des bénéfices totaux du bassin versant. À moyen et long terme, les pratiques agroenvironnementales privilégiées sont les cultures de couverture, permettant d'améliorer la profitabilité des entreprises agricoles et ayant des bénéfices globaux similaires à l'occupation actuelle du bassin versant du ruisseau Castor. / The goal of this study is to identify the optimal best management practices - among cover corps, crop diversification by adding meadows or cereals in rotations and widening of riparian buffer strips - to maximise the benefits of economic agents in the ruisseau Castor Watershed while improving water quality. To achieve this goal, three questions are addressed: what are the impacts of these best management practices (1) on water quality, (2) on farmers and (3) at the watershed scale. The Delphi method was used to quantify the impacts of the best management practices on water quality. Crop diversification by adding meadows and widening of riparian buffer strips were found to have the biggest impact on water quality. The impacts on farmers were evaluated through partial budgeting. Legume cover crops increases the profit margins of the farmers compared to the current land use. Lastly, mathematics programming was used to quantify the optimal best management practices and their impacts on a watershed level. Short term water quality improvement causes an important decrease on the profitability of farmers et a decrease on general benefits in the watershed. Mid to long term water quality improvement increases the global benefits of the economic agents in the watershed, where cover crops are prioritised because they allow an increase in profitability for the farmers.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009 / Chacun des trois essais de cette thèse présente une analyse d'un programme de prime au travail : le Projet d'autosuffisance (PAS), la Prime au travail et la mesure Action emploi. La conclusion générale que l'on peut tirer est que ces trois programmes ont eu des effets positifs pour les participants. Les résultats du premier essai montrent que la participation au PAS a eu des effets positifs de court et de long terme sur la participation au marché du travail et sur les salaires des participants qui ont reçu la subvention. Les simulations du second essai montrent que l'introduction de la Prime au travail a eu des effets positifs en termes de participation au marché du travail à la marge extensive. En revanche, les simulations à la marge intensive montrent que les travailleurs à faibles revenus ont très peu d'incitation à augmenter leur effort de travail suite à l'introduction de la Prime au travail. Enfin, la participation à la mesure Action emploi a des effets de long terme négatifs sur la dépendance à l'aide sociale. Les prestataires qui ont reçu la subvention au cours d'un mois ou plus sont plus susceptibles de quitter l'aide sociale et moins susceptibles d'effectuer une transition vers l'aide sociale après leur participation.

Face aux problématiques d'accès, de désertification médicale et de qualité des soins, la loi " Hôpital, Patients, Santé, Territoires " (HPST), votée en 2009, représente un socle pour la réorganisation des soins primaires en France. L'accent est mis sur la collaboration entre les professionnels de santé et l'optimisation des compétences de chacun. Le pharmacien d'officine se trouve au coeur de cette loi. Grâce à son accessibilité, sa formation et sa proximité avec les patients sains comme malades, il voit l'opportunité d'étendre ses pratiques au-delà de la simple dispensation des médicaments en fournissant directement des soins au patient. Cette proposition n'est pas une exception française mais s'inspire des expériences internationales et du concept de " soins pharmaceutiques ". Le pharmacien écossais peut désormais être payé à la capitation pour délivrer des consultations pharmaceutiques lors du renouvellement d'ordonnance au patient atteint de maladie chronique; le pharmacien anglais peut prescrire des médicaments dans le cadre d'un plan de gestion clinique et recevoir un honoraire de dispensation; le pharmacien suisse peut organiser des réunions de discussion avec les médecins; et le pharmacien portugais peut vacciner son patient au sein de l'officine. Les illustrations de la diversification des pratiques du pharmacien d'officine sont donc variées et se replacent dans leur contexte national. L'enjeu est aujourd'hui de comprendre les conditions et les effets d'un ensemble d'innovations techniques, organisationnelles et sociales qui pourraient être en faveur du développement des soins pharmaceutiques en France. Ce travail de thèse a pour objectif de nourrir les débats autour de cette problématique. Un état des lieux de la profession en France et une enquête d'opinion auprès des futurs pharmaciens montrent que le contexte sanitaire, professionnel, économique est propice au développement des pratiques du pharmacien et que l'avenir des soins pharmaceutiques trouve un écho favorable auprès des pharmaciens de demain. Cependant, nombreux sont les facteurs qui peuvent constituer des obstacles à leur diffusion (Chapitres 1 et 2). D'un point de vue économique, d'après une revue de littérature systématique sur l'efficience des soins pharmaceutiques en Europe, les services de surveillance médicamenteuse, de médication officinale, de collaboration entre les professionnels de santé et de promotion de la santé pourraient être, dans certaines conditions, des interventions coût-efficaces d'un point de vue collectif (Chapitre 3). Mais qu'en est-il en France ? On ne dispose pas de travaux sur le sujet. Deux travaux originaux - une étude de cohorte (exposés/non exposés) et une analyse coût-efficacité -, que nous avons menés, se focalisant sur l'implication du pharmacien d'officine dans le dépistage d'une maladie chronique (le syndrome d'apnées du sommeil) montrent que les coûts engendrés par la mise en place d'une telle intervention sont sous certaines conditions compensés par les gains générés, et les résultats sont en faveur de l'implantation du service en pratique de routine (Chapitre 4).

Face aux problématiques d’accès, de désertification médicale et de qualité des soins, la loi « Hôpital, Patients, Santé, Territoires » (HPST), votée en 2009, représente un socle pour la réorganisation des soins primaires en France. L’accent est mis sur la collaboration entre les professionnels de santé et l’optimisation des compétences de chacun. Le pharmacien d’officine se trouve au coeur de cette loi. Grâce à son accessibilité, sa formation et sa proximité avec les patients sains comme malades, il voit l’opportunité d’étendre ses pratiques au-delà de la simple dispensation des médicaments en fournissant directement des soins au patient. Cette proposition n’est pas une exception française mais s’inspire des expériences internationales et du concept de « soins pharmaceutiques ». Le pharmacien écossais peut désormais être payé à la capitation pour délivrer des consultations pharmaceutiques lors du renouvellement d’ordonnance au patient atteint de maladie chronique; le pharmacien anglais peut prescrire des médicaments dans le cadre d’un plan de gestion clinique et recevoir un honoraire de dispensation; le pharmacien suisse peut organiser des réunions de discussion avec les médecins; et le pharmacien portugais peut vacciner son patient au sein de l’officine. Les illustrations de la diversification des pratiques du pharmacien d’officine sont donc variées et se replacent dans leur contexte national. L’enjeu est aujourd’hui de comprendre les conditions et les effets d’un ensemble d’innovations techniques, organisationnelles et sociales qui pourraient être en faveur du développement des soins pharmaceutiques en France. Ce travail de thèse a pour objectif de nourrir les débats autour de cette problématique. Un état des lieux de la profession en France et une enquête d’opinion auprès des futurs pharmaciens montrent que le contexte sanitaire, professionnel, économique est propice au développement des pratiques du pharmacien et que l’avenir des soins pharmaceutiques trouve un écho favorable auprès des pharmaciens de demain. Cependant, nombreux sont les facteurs qui peuvent constituer des obstacles à leur diffusion (Chapitres 1 et 2). D’un point de vue économique, d’après une revue de littérature systématique sur l’efficience des soins pharmaceutiques en Europe, les services de surveillance médicamenteuse, de médication officinale, de collaboration entre les professionnels de santé et de promotion de la santé pourraient être, dans certaines conditions, des interventions coût-efficaces d’un point de vue collectif (Chapitre 3). Mais qu’en est-il en France ? On ne dispose pas de travaux sur le sujet. Deux travaux originaux - une étude de cohorte (exposés/non exposés) et une analyse coût-efficacité -, que nous avons menés, se focalisant sur l’implication du pharmacien d’officine dans le dépistage d’une maladie chronique (le syndrome d’apnées du sommeil) montrent que les coûts engendrés par la mise en place d’une telle intervention sont sous certaines conditions compensés par les gains générés, et les résultats sont en faveur de l’implantation du service en pratique de routine (Chapitre 4). / Facing the issues of access, quality and proximity, the "Hospital, Patients, Health and Territories" (HPST) law, passed in 2009, constitutes a basis for the reorganization of primary care in France. The healthcare reform emphasizes on the collaboration between healthcare professionals and the optimization of their skills. The community pharmacist is on the forefront of this reform. Through its accessibility, its training and its proximity with healthy and sick patients, community pharmacists have the opportunity to broaden the scope of their practices beyond the merely dispensing of medication by delivering patient care. This proposal is not a French exception but takes inspiration from international experiences and the concept of "pharmaceutical care." The Scottish pharmacist can now be paid by capitation to renew a prescription for a patient with chronic illness; the English pharmacist can prescribe medication as part of a clinical management plan and receive a dispensing fee, the Swiss pharmacist can organize meetings with general practitioners and in Portugal, pharmacists can vaccinate a patient in the pharmacy. Pharmaceutical care practices are diversified and depend on national context. The challenge today is to understand the conditions and consequences of technical, organizational and social innovations that could be in favor of the development of pharmaceutical care in France. The objective of the thesis is to feed into the debates around this problematic. An overview of profession in France and an original opinion survey of future pharmacists show that the healthcare, professional and economic contexts are suitable to develop pharmaceutical care and future pharmacists are in favor of it. However, there are many barriers to their spread in routine practice (Chapters 1 and 2). From an economical perspective, a systematic review of the literature on the efficiency of pharmaceutical care in Europe show that drug monitoring services, prescription for minor ailments, collaboration between health professionals and health promotion interventions could be cost-effective from a collective point of view under certain conditions (Chapter 3). What about France? There is no study on this topic. We conducted two original studies - a cohort study (exposed / unexposed), and a cost-effectiveness analysis which focused on the involvement of the pharmacist in screening for chronic disease (sleep apnea syndrome). We show that the costs of implementing such an intervention are offset by the gains under certain conditions, and the results are in favor of the implementation of the service in routine practice (Chapter 4).