Es wurden zwei Feldstudien durchgeführt, um zu ermitteln, ob der Verlauf von Eimeria spp.-Infektionen bei Zicklein bei natürlicher Exposition durch die Beimischung von Zusätzen mit ätherischen Ölen (EIMERICOX®= EO1, NEXT Enhance® 200 = EO2) in den Milchaustauscher (MAT) oder das Einbringen eines kommerziellen Pulvers (Stalosan® F = STA) in die Einstreu beeinflusst werden kann. Als Kriterien zur Bewertung der Wirksamkeit dienten die Ausscheidung von Eimeria-Oozysten, die Kotkonsistenz und die klinische Symptomatik sowie die Gewichtsentwicklung. Des Weiteren wurde das Spektrum der caprinen Eimeria-Spezies in der untersuchten Population erfasst. In Studie 1 wurden in einem niederländischen Aufzuchtbetrieb 45 Zicklein verschiedener Herkunft zu je 15 Studientieren auf die Gruppen A1 (Kontrolle), B1 (EO1) und C1 (STA) aufgeteilt. In Studie 2 wurden in einem deutschen Milchziegenbetrieb 45 Zicklein aus betriebseigener Nachzucht in analoger Weise auf die Gruppen A2 (Kontrolle), B2 (EO1) und C2 (EO2) randomisiert. Die Zusätze auf Basis ätherischer Öle wurden während des Studienzeitraums kontinuierlich dem MAT beigemischt (EO1: 4 g/kg MAT; EO2: 125 g/t MAT) und über die MAT-Tränke ad libitum angeboten. Das Einstreupulver wurde zweimal wöchentlich in die Einstreu eingebracht. Insgesamt wurden in Studie 1 (53 Studientage) 484 Kotproben und in Studie 2 (56 Studientage) 847 Kotproben gesammelt, hinsichtlich ihrer Konsistenz bewertet und parasitologisch sowie teilweise differentialdiagnostisch untersucht. Die koproskopischen Untersuchungen umfassten die quantitative Bestimmung der ausgeschiedenen Oozysten pro Gramm Kot (OpG) und die Speziesdifferenzierung. Ferner wurden die Zicklein in Studie 1 am Studientag (ST) 0 und ST 35 und in Studie 2 am ST 0, ST 14, ST 35 und ST 56 gewogen und es erfolgte eine tägliche Kontrolle des Allgemeinbefindens. In beiden Studien wurden natürliche Infektionen der Zicklein mit Eimeria spp. beobachtet. In Studie 1 konnte bei 20 (44,4 %) und in Studie 2 bei 37 (82,2 %) der 45 Studientiere eine Oozystenausscheidung nachgewiesen werden. Die Befallsraten in den Kontrollgruppen (A1 und A2) lagen bei 73,3%in Studie 1 und 93,3%in Studie 2, was einen hohen bis sehr hohen Infektionsdruck anzeigt. Klinisch manifeste Eimeriosen mit Diarrhoe konnten während beider Studien nicht beobachtet werden. In Studie 2 wurde zwar bei 8,1 bis 8,5% der Kotproben in den drei Gruppen Durchfall festgestellt, dieser stand aber in keinem Zusammenhang mit einer Oozystenausscheidung von Eimeria spp. im Allgemeinen oder der pathogenen Spezies E. ninakohlyakimovae im Besonderen. Die Infektionen verliefen also ausnahmslos subklinisch, dennoch ist angesichts der hohen Befallsraten und der Präsenz pathogener Arten das Risiko eines Ausbruchs klinischer Kokzidiosen gegeben. Insgesamt handelte es sich im Falle von Oozystenausscheidung mehrheitlich um Polyinfektionen (Studie 1: 90,0 %; Studie 2: 94,4 %). In beiden Beständen wurde die Präsenz folgender neun Eimeria (E.) spp. nachgewiesen: E. alijevi, E. ninakohlyakimovae, E. hirci, E. arloingi, E. jolchijevi, E. christenseni, E. caprina, E. caprovina. Die höchste Prävalenz in den positiven Proben zeigten (in beiden Studien) E. arlongi (Studie 1: 52,5 %; Studie 2: 78,1 %) und E. ninakohlyakimovae (Studie 1: 55,9 %; Studie 2: 47,8 %). Am seltensten traten E. caprovina (5,1 %) und E. apsheronica (3,4 %) in Studie 1 sowie E. caprina (3,9 %) und E. caprovina (1,7 %) in Studie 2 auf. Die Intensität der Oozystenausscheidung bewegte sich bei 78,0% der positiven Proben in Studie 1 und 88,9% der positiven Proben in Studie 2 im niedrigen bis moderaten Bereich von 50 bis 10 000 OpG. Eine Oozystenausscheidung von mehr als 100 000 OpG (sehr hoher Bereich) trat in Studie 2 bei 1,1% der positiven Proben auf. Die Maxima in Einzelkotproben lagen in Studie 1 bei 67 000 OpG und in Studie 2 bei 157 000 OpG. Anlässlich der Prüfung möglicher Auswirkungen von STA fiel auf, dass gegen Ende des Studienzeitraums in der Gruppe C1 weniger (Re-) Infektionen im Vergleich zur Kontrolle auftraten. Auch die OpG-Werte erwiesen sich bei Auswertung der kumulierten Daten für den gesamten Studienzeitraum und den Zeitraum ab ST 47 sowie am ST 51 in Gruppe C1 als signifikant geringer als in Gruppe A1. Hinsichtlich der Untersuchung von Effekten durch den Einsatz von EO1 und EO2 wurden bei der Analyse von Befallsextensität und Ausscheidungsintensität in Studie 1 in Gruppe B1 niedrigere Befallsraten festgestellt und bei der Auswertung der über den Studienzeitraum kumulierten Daten und gegen Ende der Studie am ST 47, ST 49, ST 51 und ST 52 signifikant weniger positive Kotproben und geringere OpG- Werte als in Gruppe A1 ermittelt. Bei den Befallsraten und der kumulierten Anzahl positiver Proben konnten solche Effekte in Studie 2 nicht reproduziert werden. Gleichwohl zeigte sich am ST 35 und ST 37 in Gruppe B2 eine signifikant niedrigere Eimeria-Prävalenz als in Gruppe A2 und die Intensität der Oozystenausscheidung war in Gruppe B2 am ST 37 und in Gruppe C2 für den Zeitraum ab ST 26 sowie am ST 35, ST 37 und ST 42 signifikant geringer als in Gruppe A2. Bei den mittleren Zunahmen der Körpergewichte fielen stets leichte Gruppenunterschiede zu Gunsten der behandelten Gruppen auf (Gruppe A1: 4,33 kg, Gruppe B1: 5,58 kg, Gruppe C1: 4,55 kg und Gruppe A2: 9,70 kg, Gruppe B2: 10,39 kg, Gruppe C2: 10,74 kg) sie waren jedoch nicht statistisch signifikant. Der subjektive Eindruck einer besseren körperlichen Kondition und Gesamtentwicklung der EO1-behandelten Zicklein wurde dagegen in beiden Studien für einige Parameter und Studientage als signifikant bestätigt. Am Ende der Studien fielen zwölf der 14 Studientiere in Gruppe B1 (Studie 1) und zehn der 14 Studientiere in Gruppe B2 (Studie 2) durch einen exzellenten Entwicklungszustand auf, während dies in den Kontrollgruppen auf drei von zwölf Zicklein in Gruppe A1 (Studie 1) und fünf von 15 Zicklein in Gruppe A2 (Studie 2) zutraf. Der Einsatz von Stalosan® F in Studie 1 schien sich günstig auf den Verlauf der Kokzidiose auszuwirken. Der Eindruck einer kokzidioziden Wirkung sollte jedoch mittels weiterer Studien überprüft werden. Durch die Anwendung der Zusätze auf Basis ätherischer Öle, EIMERICOX® und NEXT Enhance® 200, konnte die Oozystenausscheidung unter subklinischen Bedingungen zwar begrenzt beeinflusst werden, bei einer massiven Exposition ist allerdings kaum davon auszugehen, dass eine Behandlung mit diesen untersuchten ätherischen Ölen eine ausreichend protektive Wirkung hätte, um Eimeriosen effektiv kontrollieren zu können. Bei einer geringen bis moderaten Expositionssituation könnten die geprüften alternativen Maßnahmen ergänzend zu weiteren prophylaktischen Maßnahmen (insbesondere im Haltungs- und Hygienemanagement) dem Aufbau eines kritischen Infektionsdrucks entgegen wirken und somit ein opportunes Anwendungsgebiet finden.

Der Einzeller Eimeria tenella zählt zu den hochpathogenen Parasiten des Haushuhns und ist Verursacher der Blinddarm-Kokzidiose, eine Erkrankung, die zu hohen ökonomischen Belastungen in der Geflügelindustrie führt. Zur Zeit existiert noch kein Impfstoff, der auf Basis von einzelnen Antigenen wirksam ist. Insbesondere die Identifizierung und Charakterisierung von sekretorischen Proteinen, welche an der Parasit-Wirtszell-Interaktion beteiligt sind, könnte einen Beitrag zur Entwicklung einer Immunprophylaxe darstellen. Ziel dieser Arbeit war es, sekretorische E. tenella-Proteine zu identifizieren und ausgewählte cDNA-Sequenzen in DNA-Immunisierungsstudien zu überprüfen. Um ein DNA-Immunisierungsprotokoll für Hühner zu erarbeiten, wurden die cDNAs von drei schon bekannten E. tenella-Antigenen alleine oder in Fusion zur cDNA des stabilisierenden enhanced green fluorescence protein (EGFP) in zwei unterschiedliche DNA-Immunisierungsvektoren (pCDNA3, pVR1012) kloniert. Die Überprüfung der Serokonversion zeigte, dass nach DNA-Immunisierung von Hühnern mit beiden Vektoren bzw. mit und ohne EGFP-Fusion vergleichbare Immunantworten induziert wurden. D.h. mit dem etablierten DNA-Immunisierungsprotokoll konnte eine Expression heterologer (Eimerien) Gene im Huhn erzielt werden. Um neue sekretorische E. tenella-Proteine zu identifizieren wurden bioinformatische und experimentelle Methoden eingesetzt. Über die bioinformatischen Analysen wurden aus E. tenella-expressed sequence tag (EST)-Datenbanken 54 putativ sekretierte E. tenella-Sequenzen extrahiert für die aufgrund ihrer beschriebenen Funktion und Lokalisierung eine Beteiligung an der Wirts-Parasit-Interaktion abgeleitet wurde. Mittels funktioneller Komplementierung in Hefen konnten aus einer E. tenella-Sporozoiten-cDNA-Bank 25 sekretorische Sequenzen identifiziert werden. Die cDNA-Sequenzen von 13 neu identifizierten sekretorischen Proteinen wurden in DNA-Immunisierungsstudien überprüft. Die Ergebnisse zeigten, dass beide Methoden geeignet sind, um sekretorische Proteine von E. tenella zu identifizieren. Aufgrund der Erkenntnisse dieser Arbeit, sollten jedoch weitere verbesserte Immunisierungsprotokolle erarbeitet werden, um die immunprotektive Wirkung der isolierten Kandidaten-Antigene von E. tenella in Hühnern zu überprüfen. Wie die vorliegende Arbeit bestätigt, eignet sich die Methode der DNA-Immunisierung vermutlich als Grundlage solcher Verfahren, wobei zukünftig die Induktion der essentiellen intestinalen Immunantwort im Vordergrund stehen sollte. / The protozoan parasite Eimeria tenella is highly pathogenic in chickens and causes caecal coccidosis that contribute to high economic losses in poultry farming. At the moment no vaccine based on a single antigen is available. The identification and characterization of proteins that are involved in host parasite interaction could particularly contribute to the development of immunoprophylactic control strategies. In order to establish a DNA immunisation protocol, cDNA of three already known E. tenella antigens were subcloned alone or in fusion to the stabilising fusion partner enhanced green flurescence protein (EGFP) into two different DNA immunisation vectors (pCDNA3, pVR1012). Following DNA immunisation of chickens using both vectors with or without EGFP fusion, respectively, the induction of comparable immune responses were shown by serum conversion. This implies it was possible to achieve heterologous (Eimeria) gene expression in chickens with the established immunisation protocol. In order to identify new E. tenella secretory proteins bioinformatic and experimental approaches were used. Following bioinformatic analysis 54 putatively secretory E. tenella sequences were identified for which roles in host parasite interaction were surmised, due to their localisation and function. The identification of secreted proteins from a E. tenella sporozoite cDNA library using a functional complementation assay in yeast resulted in 25 unique sequences. The cDNA of 13 newly identified secretory proteins were tested in DNA immunisation studies. The results showed that both methods are capable of identifying secretory proteins of E. tenella. Owing to the results presented here, new immunisation protocols should be established to test the immune protective capacity of candidate antigens of E. tenella in chickens. The present study confirmed the method of DNA immunisation as a basic tool for such new protocols. In future, however, DNA immunisation protocols should focus on the induction of essential intestinal immune responses.

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Es wurden zwei Feldstudien durchgeführt, um zu ermitteln, ob der Verlauf von Eimeria spp.-Infektionen bei Zicklein bei natürlicher Exposition durch die Beimischung von Zusätzen mit ätherischen Ölen (EIMERICOX®= EO1, NEXT Enhance® 200 = EO2) in den Milchaustauscher (MAT) oder das Einbringen eines kommerziellen Pulvers (Stalosan® F = STA) in die Einstreu beeinflusst werden kann. Als Kriterien zur Bewertung der Wirksamkeit dienten die Ausscheidung von Eimeria-Oozysten, die Kotkonsistenz und die klinische Symptomatik sowie die Gewichtsentwicklung. Des Weiteren wurde das Spektrum der caprinen Eimeria-Spezies in der untersuchten Population erfasst. In Studie 1 wurden in einem niederländischen Aufzuchtbetrieb 45 Zicklein verschiedener Herkunft zu je 15 Studientieren auf die Gruppen A1 (Kontrolle), B1 (EO1) und C1 (STA) aufgeteilt. In Studie 2 wurden in einem deutschen Milchziegenbetrieb 45 Zicklein aus betriebseigener Nachzucht in analoger Weise auf die Gruppen A2 (Kontrolle), B2 (EO1) und C2 (EO2) randomisiert. Die Zusätze auf Basis ätherischer Öle wurden während des Studienzeitraums kontinuierlich dem MAT beigemischt (EO1: 4 g/kg MAT; EO2: 125 g/t MAT) und über die MAT-Tränke ad libitum angeboten. Das Einstreupulver wurde zweimal wöchentlich in die Einstreu eingebracht. Insgesamt wurden in Studie 1 (53 Studientage) 484 Kotproben und in Studie 2 (56 Studientage) 847 Kotproben gesammelt, hinsichtlich ihrer Konsistenz bewertet und parasitologisch sowie teilweise differentialdiagnostisch untersucht. Die koproskopischen Untersuchungen umfassten die quantitative Bestimmung der ausgeschiedenen Oozysten pro Gramm Kot (OpG) und die Speziesdifferenzierung. Ferner wurden die Zicklein in Studie 1 am Studientag (ST) 0 und ST 35 und in Studie 2 am ST 0, ST 14, ST 35 und ST 56 gewogen und es erfolgte eine tägliche Kontrolle des Allgemeinbefindens. In beiden Studien wurden natürliche Infektionen der Zicklein mit Eimeria spp. beobachtet. In Studie 1 konnte bei 20 (44,4 %) und in Studie 2 bei 37 (82,2 %) der 45 Studientiere eine Oozystenausscheidung nachgewiesen werden. Die Befallsraten in den Kontrollgruppen (A1 und A2) lagen bei 73,3%in Studie 1 und 93,3%in Studie 2, was einen hohen bis sehr hohen Infektionsdruck anzeigt. Klinisch manifeste Eimeriosen mit Diarrhoe konnten während beider Studien nicht beobachtet werden. In Studie 2 wurde zwar bei 8,1 bis 8,5% der Kotproben in den drei Gruppen Durchfall festgestellt, dieser stand aber in keinem Zusammenhang mit einer Oozystenausscheidung von Eimeria spp. im Allgemeinen oder der pathogenen Spezies E. ninakohlyakimovae im Besonderen. Die Infektionen verliefen also ausnahmslos subklinisch, dennoch ist angesichts der hohen Befallsraten und der Präsenz pathogener Arten das Risiko eines Ausbruchs klinischer Kokzidiosen gegeben. Insgesamt handelte es sich im Falle von Oozystenausscheidung mehrheitlich um Polyinfektionen (Studie 1: 90,0 %; Studie 2: 94,4 %). In beiden Beständen wurde die Präsenz folgender neun Eimeria (E.) spp. nachgewiesen: E. alijevi, E. ninakohlyakimovae, E. hirci, E. arloingi, E. jolchijevi, E. christenseni, E. caprina, E. caprovina. Die höchste Prävalenz in den positiven Proben zeigten (in beiden Studien) E. arlongi (Studie 1: 52,5 %; Studie 2: 78,1 %) und E. ninakohlyakimovae (Studie 1: 55,9 %; Studie 2: 47,8 %). Am seltensten traten E. caprovina (5,1 %) und E. apsheronica (3,4 %) in Studie 1 sowie E. caprina (3,9 %) und E. caprovina (1,7 %) in Studie 2 auf. Die Intensität der Oozystenausscheidung bewegte sich bei 78,0% der positiven Proben in Studie 1 und 88,9% der positiven Proben in Studie 2 im niedrigen bis moderaten Bereich von 50 bis 10 000 OpG. Eine Oozystenausscheidung von mehr als 100 000 OpG (sehr hoher Bereich) trat in Studie 2 bei 1,1% der positiven Proben auf. Die Maxima in Einzelkotproben lagen in Studie 1 bei 67 000 OpG und in Studie 2 bei 157 000 OpG. Anlässlich der Prüfung möglicher Auswirkungen von STA fiel auf, dass gegen Ende des Studienzeitraums in der Gruppe C1 weniger (Re-) Infektionen im Vergleich zur Kontrolle auftraten. Auch die OpG-Werte erwiesen sich bei Auswertung der kumulierten Daten für den gesamten Studienzeitraum und den Zeitraum ab ST 47 sowie am ST 51 in Gruppe C1 als signifikant geringer als in Gruppe A1. Hinsichtlich der Untersuchung von Effekten durch den Einsatz von EO1 und EO2 wurden bei der Analyse von Befallsextensität und Ausscheidungsintensität in Studie 1 in Gruppe B1 niedrigere Befallsraten festgestellt und bei der Auswertung der über den Studienzeitraum kumulierten Daten und gegen Ende der Studie am ST 47, ST 49, ST 51 und ST 52 signifikant weniger positive Kotproben und geringere OpG- Werte als in Gruppe A1 ermittelt. Bei den Befallsraten und der kumulierten Anzahl positiver Proben konnten solche Effekte in Studie 2 nicht reproduziert werden. Gleichwohl zeigte sich am ST 35 und ST 37 in Gruppe B2 eine signifikant niedrigere Eimeria-Prävalenz als in Gruppe A2 und die Intensität der Oozystenausscheidung war in Gruppe B2 am ST 37 und in Gruppe C2 für den Zeitraum ab ST 26 sowie am ST 35, ST 37 und ST 42 signifikant geringer als in Gruppe A2. Bei den mittleren Zunahmen der Körpergewichte fielen stets leichte Gruppenunterschiede zu Gunsten der behandelten Gruppen auf (Gruppe A1: 4,33 kg, Gruppe B1: 5,58 kg, Gruppe C1: 4,55 kg und Gruppe A2: 9,70 kg, Gruppe B2: 10,39 kg, Gruppe C2: 10,74 kg) sie waren jedoch nicht statistisch signifikant. Der subjektive Eindruck einer besseren körperlichen Kondition und Gesamtentwicklung der EO1-behandelten Zicklein wurde dagegen in beiden Studien für einige Parameter und Studientage als signifikant bestätigt. Am Ende der Studien fielen zwölf der 14 Studientiere in Gruppe B1 (Studie 1) und zehn der 14 Studientiere in Gruppe B2 (Studie 2) durch einen exzellenten Entwicklungszustand auf, während dies in den Kontrollgruppen auf drei von zwölf Zicklein in Gruppe A1 (Studie 1) und fünf von 15 Zicklein in Gruppe A2 (Studie 2) zutraf. Der Einsatz von Stalosan® F in Studie 1 schien sich günstig auf den Verlauf der Kokzidiose auszuwirken. Der Eindruck einer kokzidioziden Wirkung sollte jedoch mittels weiterer Studien überprüft werden. Durch die Anwendung der Zusätze auf Basis ätherischer Öle, EIMERICOX® und NEXT Enhance® 200, konnte die Oozystenausscheidung unter subklinischen Bedingungen zwar begrenzt beeinflusst werden, bei einer massiven Exposition ist allerdings kaum davon auszugehen, dass eine Behandlung mit diesen untersuchten ätherischen Ölen eine ausreichend protektive Wirkung hätte, um Eimeriosen effektiv kontrollieren zu können. Bei einer geringen bis moderaten Expositionssituation könnten die geprüften alternativen Maßnahmen ergänzend zu weiteren prophylaktischen Maßnahmen (insbesondere im Haltungs- und Hygienemanagement) dem Aufbau eines kritischen Infektionsdrucks entgegen wirken und somit ein opportunes Anwendungsgebiet finden.

Il y a actuellement une pression mondiale pour revoir les pratiques d'utilisation des antimicrobiens (UAM) en production animale afin de limiter la propagation de bactéries résistantes aux antibiotiques. Conséquemment, les Producteurs de Poulet du Canada examinent la possibilité de réduire leur UAM en supprimant les antibiotiques médicalement importants en médecine humaine (AIM) des programmes préventifs avec la mise en place de leur stratégie de réduction de l’UAM. Cependant, les informations sont rares sur les conséquences de telles approches dans un contexte canadien. L'objectif de cette thèse était d'étudier les impacts sur les performances zootechniques, le contrôle des maladies intestinales et le microbiote cécal de deux stratégies de réduction de l'UAM dans des troupeaux commerciaux de poulets de chair par rapport à une UAM conventionnelle. Sur sept fermes commerciales de poulets de chair, un poulailler a été attribué aux traitements de réduction des antibiotiques pour six troupeaux consécutifs, tandis qu'un poulailler similaire sur le même site a été alloué à l'UAM conventionnelle (CONV) pour six troupeaux consécutifs (n = 84). Les stratégies de réduction des antibiotiques consistaient en l'utilisation continue d'ionophores dans l'alimentation sans (TX1) ou avec de l'acide butyrique (TX2). Aucune différence statistique (p > 0.05) n’a été notée entre TX1, TX2 et CONV sur les performances zootechniques et la santé intestinale. Les comptes d’oocystes d’Eimeria spp. étaient significativement (p < 0.05) inférieurs entre 22 et 34 jours d'âge dans les troupeaux CONV comparé aux TX1 et TX2. Le type de programme antibiotique a eu un impact relativement mineur (valeur R = 0.039), mais statistiquement significatif (p = 0.002), sur le microbiote cécal, tandis que les facteurs environnementaux ont montré les corrélations significatives (p = 0.001) les plus fortes avec le microbiote. Parmi les composantes du microbiote cécal associées à la croissance, le gain quotidien moyen (GMQ) était significativement associé à la Richesse bactérienne (p < 0.05). L’abondance relative de la famille bactérienne Lachnospiraceae fut la mesure la plus fortement corrélée à un GMQ augmenté, tandis que l’abondance relative de nombreuses familles bactériennes, incluant les Porphyromonadaceae, les Planococcaceae et les Veillonellaceae, fut corrélée à un faible GMQ. Ces taxons défavorables formaient un vaste réseau de corrélations positives entre elles, et négativement corrélées aux Lachnospiraceae. En conclusion, ces travaux ont contribué à améliorer la résilience de l'industrie avicole en fournissant des stratégies alternatives aux AIM pour prévenir les maladies intestinales. Des connaissances importantes sur le microbiote cécal des poulets de chair furent générées et pourront considérablement influencer les directions futures de la manipulation du microbiote pour favoriser la croissance. Par exemple, un paradigme important a été remis en question en illustrant que les additifs médicamenteux dans l'alimentation n’influencent que marginalement le microbiote cécal et que ce sont plutôt des facteurs environnementaux qui sont fortement impliqués dans la formation des communautés bactériennes cécales. La clé pour développer un microbiote cécal idéal chez les poulets de chair pourrait résider dans la capacité d'influencer ces facteurs, plus particulièrement l'exposition précoce à des communautés bactériennes bénéfiques et le contrôle de la flore résidente spécifique à la ferme. / There is a global pressure to review current antimicrobial use (AMU) practices in animal production and limit large-scale propagation of antibiotic resistant microorganisms. Consequently, the Chicken Farmers of Canada are examining the possibility to responsibly reduce AMU by discontinuing medically important antibiotics (MIAs) for humans from disease prevention programs of broiler chicken flocks through the implementation of their Antimicrobial Use Reduction Strategy. However, information is sparse on the consequences of such approaches in a Canadian commercial poultry production context. The general objective of this thesis was to investigate the impacts of two strategies reducing AMU in commercial broiler chicken flocks on zootechnical performance, control of intestinal diseases and the cecal microbiota compared to conventional AMU. On seven commercial broiler chicken farms, a house was allocated to the antibiotic reduction treatments for six consecutive flocks, while a similar house on the same premises was assigned to the conventional AMU (CONV) for six consecutive flocks (n = 84). The antibiotic reduction strategies consisted of continuous in-feed ionophores without (TX1) or with butyric acid (TX2). There were no statistical differences (p > 0.05) between TX1, TX2 and CONV for zootechnical performance and intestinal health. Predicted Eimeria spp. oocysts were significantly lower (p < 0.05) between 22 to 34 days of age in CONV flocks compared to TX1 and TX2. The type of antibiotic program had a relatively minor impact (R-value = 0.039), but statistically significant (p = 0.002), on the cecal microbiota composition, while environmental factors such as the farm and flock cycle showed the strongest statistically significant (p = 0.001) correlations with the microbiota composition (R-values of 0.239 and 0.374, respectively). Amongst the cecal microbiota components associated with weight gain, the average daily gain (ADG) was significantly associated with bacterial Richness (p < 0.05). The relative abundance of the bacterial family Lachnospiraceae was the most important measure correlated with ADG, while the relative abundance of numerous bacterial families, including Porphyromonadaceae, Planococcaceae and Veillonellaceae, were correlated with decreased growth rate. These unfavourable taxa formed a large network of positive correlations, indicating potential co-occurring synergies between these undesirable taxa. This network was also negatively correlated to Lachnospiraceae. In conclusion, the findings in this work contributed to improve the sustainability of the modern poultry industry by providing feasible alternatives to the practice of using MIAs for the prevention of intestinal diseases in broiler chickens. This project also generated important knowledge on the cecal microbiota of broiler chickens that could considerably influence future directions of microbiota manipulation in a perspective of improving zootechnical performance. For instance, an important paradigm was challenged by the indication that in-feed antibiotics and prebiotics may only influence marginally the microbiota during grow-out. Rather, this work suggests environmental factors are strongly involved in shaping the bacterial communities residing in the ceca of broiler chickens. Hence, the key to successfully develop an ideal cecal microbiota in broiler chickens may reside in the ability to influence such factors, more specifically the early exposure to beneficial bacterial communities and the control of farm-specific resident flora.