Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-05-07T12:02:46Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AquisicaoRelacoesCondicionais.pdf: 704068 bytes, checksum: 8d4172fb3d0663166de5049ea3047ce9 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-07-23T13:03:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AquisicaoRelacoesCondicionais.pdf: 704068 bytes, checksum: 8d4172fb3d0663166de5049ea3047ce9 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-23T13:03:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AquisicaoRelacoesCondicionais.pdf: 704068 bytes, checksum: 8d4172fb3d0663166de5049ea3047ce9 (MD5) Previous issue date: 2010 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / A dificuldade em documentar a formação de classes em não-humanos pode ser devida ao uso de procedimentos de treino e teste desenvolvidos no contexto da pesquisa com participantes humanos. Diferenças entre as situações de treino e de teste podem produzir a deterioração do desempenho nos testes. Este estudo teve como objetivo comparar, em macacos-prego (Cebus spp.), a curva de aquisição de relações condicionais simétricas com a curva de aquisição de relações condicionais não simétricas, a partir de linhas de base condicionais diferentes para cada tipo de treino. Essa comparação pode fornecer indícios de formação de classes sem a necessidade de testes formais previstos no modelo descritivo de equivalência de estímulos. Foram utilizados, como participantes, dois macacos prego machos Cebus spp. um jovem-adulto (M09) e um adulto (M12), ambos com história de treino de discriminações simples e condicionais. Foram utilizados seis pares de estímulos bidimensionais (A1-B1, A2-B2, A3-B3, A4-B4, A5-B5 e A6-B6). O procedimento foi composto por três fases: Fase 1, “preparatória”, de treino das discriminações condicionais A1-B1 e A2-B2 utilizando o procedimento de emparelhamento ao modelo arbitrário com atraso zero; Fase 2, “consistente” ou “simétrica”, de treino da discriminação condicional A3-B3 e A4-B4 seguida do treino da discriminação condicional consistente com o padrão de resposta bidirecional (B3-A3 e B4-A4); Fase 3, “inconsistente” ou “assimétrica”, de treino da discriminação condicional A5-B5 e A6-B6 seguido do treino da discriminação condicional inconsistente com o padrão bidirecional (B5-A6 e B6-A5). O Sujeito M12 concluiu todas as etapas do experimento. A análise comparativa das curvas de desempenho do sujeito M12 indica uma aquisição mais rápida quando as relações treinadas são simétricas, sugerindo que os eventos arbitrariamente relacionados compõem uma mesma classe. Tal resultado sugere que a análise comparativa entre as curvas de desempenho é um procedimento promissor para avaliar formação de classes em sujeitos não-humanos. O sujeito M09 foi retirado do experimento na Subfase 3.1, pois seu desempenho não alcançou o critério de aquisição. Os dados do sujeito M09 sugerem a necessidade de uma análise detalhada das relações de controle durante a tarefa de MTS possibilitando assim o refinamento do procedimento de treino de emparelhamento ao modelo arbitrário. / Difficulty in documenting class formation in non-human participants may be due to the use of standard training and testing procedures developed in the context of research with human participants. Differences among testing and training situation may produce a decrease in performance during test. Using capuchin monkeys (Cebus spp.) as subject, this study intended to compare acquisition curve of a symmetrical with non-symmetrical conditional relation tasks, with different baselines for each conditional relation trained. This comparative analysis may provide us with some evidence of class formation without the need of the stimulus equivalence standard test protocols. Two male capuchin monkeys (Cebus spp.) participated: a young-adult (M09) and an adult (M12), both with history of simple and conditional discrimination training. Six pairs of bi-dimensional stimuli were used (A1-B1, A2-B2, A3-B3, A4-B4, A5-B5, and A6-B6). The procedure comprised three phases. In Phase 1, a “preparatory” 0-delay arbitrary matching to sample training was carried out (A1-B1 and A2-B2). In Phase 2, a "consistent" or “symmetrical” arbitrary matching to sample training was carried out (A3-B3, A4-B4, B3-A3, and B4-A4). In Phase 3, a "inconsistent" or “non-symmetrical” arbitrary matching to sample training was carried out (A5-B5, A6-B6, B5-A6, and B6-A5). Subject M12 finished all phases of the experiment. The comparative analysis between symmetrical and non-symmetrical acquisition curves (subject M12) shows easier acquisition of symmetrical task than non-symmetrical relations, suggesting that the arbitrary related events are members of class. This data suggest that the comparison between acquisition curves, such as it is described here, is a promising way to evaluate class formation in non-human participants. Subject M09 was removed from experiment because his performance did not reach the criterion in phase 3.1. M09 results pointed the need of a refined control relations analysis during the MTS task, making possible to improve the training procedure.

The rapid spread of carbapenem-resistant lineages of Klebsiella pneumoniae, clustered within the clonal group CG258, is a growing public health problem associated with healthcareassociated infections. The objective of this study was to perform a genomic analysis of KPC-2 and/or CTX-M β-lactamase-producing strains of K. pneumoniae belonging to CG258 (ST11, ST258, ST340, ST437) circulating at the human-animal-environment interface, in Brazil and South America. The analysis was conducted to characterize the antimicrobial resistome, virulome, genetic elements of transfer and mobilization associated with the dissemination of the blaKPC-2 gene, and to perform a detailed comparative genomic analysis of the CG258; with subsequent pathogenicity evaluation in an invertebrate (Galleria mellonella) model of infection, aiming to identify biomarkers of virulence. The main results are presented in the format of six manuscripts. Manuscript I: New draft genome sequence of a Klebsiella pneumoniae strain 1194/11, belonging to ST340, showing a wide resisto-me. Manuscript II: The first draft genome sequence of a Klebsiella pneumoniae 606B ST340 carrying blaCTX-M-15 in food-producing animal isolated in Brazil. Manuscript III: The first draft genome sequence of a Klebsiella pneumoniae strain Kp171, recovered from a water sample collected in an urban river in Brazil, demonstrating that anthropogenic activities, including the release of wastewater and sewage from hospitals, may have contributed to the contamination of aquatic environments, raising a concern to public health. Manuscript IV: Identification and complete sequence analysis of an IncX3 plasmid carrying a non-Tn4401 genetic element (NTEKPC-Ic), originating from a hospital associated lineage of K. pneumoniae ST340, showing the spread of blaKPC-2 in new Incompatibility group. Manuscript V: Dissemination of blaKPC-2 in novel non-Tn4401 Element (NTEKPC-IId) carry by new small IncQ1 and Col-Like plasmids in lineages of Klebsiella pneumoniae ST11 and ST340. Manuscript VI: Yersiniabactin, colibactin and wider resistome contribute to enhanced virulence and persistence of KPC-2-producing K. pneumoniae CG258 in South America. The results obtained in the present study allow us to obtain a first genomic landscape of K. pneumoniae lineages of the CG258, circulating at the human-animal-environment interface, in Brazil and South America. In this regard, most likely the interplay of yersiniabactin and/or colibactin, and resistance to clinically significant antibiotics (as carbapenems and polymyxins) are contributing to the emergence of highly virulent and MDR lineages that pose great risk to human health. On the other hand, the wide antimicrobial resistome (antibiotics, disinfectants and heavy metals) could be contributing to adaptation of KPC-2- and/or CTX-M-producing K. pneumoniae CG258 in the human-animal-environment interface, highlighting the urgent need for enhanced control efforts. In conclusion, these findings could contribute to the development of strategies for prevention, diagnosis and treatment of K. pneumoniae infections. / A rápida disseminação de linhagens de Klebsiella pneumoniae resistentes aos carbapenêmicos, agrupadas dentro do grupo clonal GC258, e um crescente problema de saúde pública associado com infecções relacionadas a assistência a saúde. O objetivo deste estudo foi realizar uma análise genômica de cepas de K. pneumoniae produtoras de β-lactamases KPC-2 e/ou CTX-M, pertencentes ao GC258 (ST11, ST258, ST340, ST437), circulando na interface humana-ambiente-animal, no Brasil e na América do Sul. A análise foi direcionada para caracterizar o resistoma e viruloma, elementos genéticos de transferência e mobilização associados com a disseminação de genes blaKPC-2, e realizar uma análise de genômica comparativa detalhada do GC258, com posterior avaliação da patogenicidade em modelo invertebrado (Galleria mellonella) de infecção, visando identificar biomarcadores de virulência. Os principais resultados são apresentados na forma de seis manuscritos. Manuscrito I: Nova sequência \"draft\" do genoma de K. pneumoniae 1194/11isolado de amostra clínica, pertencente ao ST340, mostrando um amplo resistoma. Manuscrito II: O reporte da primeira sequência \"draft\" do genoma de K. pneumoniae 606B (ST340), contendo blaCTX-M-15 em animais de produção isolados no Brasil. Manuscrito III: O primeiro esboço da sequência do genoma de K. pneumoniae Kp171, recuperado de uma amostra de água coletada em um rio urbano no Brasil, demonstrando que atividades antrópicas, incluindo a liberação de esgoto e esgoto de hospitais, podem ter contribuído para a contaminação ambientes aquáticos, levantando uma preocupação para a saúde pública. Manuscripto IV: Identificação e análise de sequencia completa de um plasmídeo IncX3 portador de um elemento genético não Tn4401 (NTEKPC-Ic), originado de uma linhagem hospitalar associada a K. pneumoniae ST340, mostrando a disseminação de blaKPC-2 no novo grupo Incompatibilidade. Manuscrito V: Disseminação de blaKPC-2 no novo elemento non-Tn4401 (NTEKPC-IId) portado por novos pequenos plasmídeos IncQ1 e Col-Like em linhagens de K. pneumoniae ST11 e ST340. Manuscrito VI: Os resultados obtidos no presente estudo permitem gerar um panorama genômico das linhagens de K. pneumoniae do GC258, circulando na interface humana-animal-ambiente, no Brasil e na América do Sul. De principal interesse, a convergência da virulência associada com genes codificando yersiniabactina e/ou a colibactina e a resistência a antibióticos clinicamente significativos (como carbapenemicos e polimixinas), estão contribuindo para o aparecimento de linhagens altamente virulentas e multirresistentes que apresentam um grande risco a saúde humana. Por outro lado, a ampla resistência aos antimicrobiana (antibióticos, desinfetantes e metais pesados) poderia estar contribuindo para a adaptação de estirpes de K. pneumoniae do GC258, produtoras de KPC-2- e/ou CTX-M, na interface humana-ambiente-animal, destacando a necessidade urgente de medidas para o controle de disseminação. Em conclusão, esses achados poderiam contribuir para o desenvolvimento de estratégias de prevenção, diagnóstico e tratamento das infecções por K. pneumoniae.

O estudo analisa a orientação das exportações brasileiras de seis produtos de base agrícola (açúcar, café, frango, fumo, soja e o suco de laranja), procurando observar se ela vem ocorrendo em direção da futura Área de Livre Comércio das Américas (ALCA), valendo-se do Índice de Orientação Regional. Busca também avaliar a importância destes produtos na pauta de exportações brasileiras, através do índice de Vantagens Comparativas Reveladas (VCR). Descreve as tarifas de importação de alguns países que irão compor a ALCA juntamente com o Brasil, no intuito de concluir o benefício da eliminação das mesmas para cada um dos produtos. Constata-se que os produtos brasileiros deverão beneficiar-se da abertura comercial promovida através da ALCA, salvo no caso da carne de frango que deve ser considerado como um produto sensível para que não sofra concorrência dos EUA num primeiro momento.

Submitted by Rafael Ornelas (rafael.amaral.ornelas@gmail.com) on 2014-10-13T14:42:40Z No. of bitstreams: 1 Comparative Advantage, Heterogeneous Firms and Variable Mark-ups.pdf: 719604 bytes, checksum: a740a6997be4cfdd2be9d1a7f48aad00 (MD5) / Approved for entry into archive by BRUNA BARROS (bruna.barros@fgv.br) on 2014-10-13T17:17:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Comparative Advantage, Heterogeneous Firms and Variable Mark-ups.pdf: 719604 bytes, checksum: a740a6997be4cfdd2be9d1a7f48aad00 (MD5) / Approved for entry into archive by Marcia Bacha (marcia.bacha@fgv.br) on 2014-10-14T11:58:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Comparative Advantage, Heterogeneous Firms and Variable Mark-ups.pdf: 719604 bytes, checksum: a740a6997be4cfdd2be9d1a7f48aad00 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-14T11:59:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Comparative Advantage, Heterogeneous Firms and Variable Mark-ups.pdf: 719604 bytes, checksum: a740a6997be4cfdd2be9d1a7f48aad00 (MD5) Previous issue date: 2014-06-27 / We develop a model of comparative advantage with monopolistic competition, that incorporates heterogeneous firms and endogenous mark-ups. We analyse how these features vary across countries with different factor endowments, and across markets of different size. In this model we can obtain trade gains via two channels. First, when we open the economy, most productive firms start to export their product, then, they demand more producing factors and wages rises, thus, those firms that are less productive will be forced to stop to produce. Second channel is via endogenous mark-ups, when we open the economy, the competition gets ``tougher'', then, mark-ups falls, thus, those firms that are less productive will stop to produce. We also show that comparative advantage works as a ``third channel'' of trade gains, because, all trade gains results are magnified in comparative advantage industry of both countries. We also make a numerical exercise to see how endogenous variables of the model vary when trade costs fall.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A presente pesquisa comparativa mostra por que ao longo do século XX se consolidou o sindicalismo docente de base na Argentina, no Brasil e no México e explica as particularidades nacionais desse processo. A categoria sindicalismo docente de base, desenvolvida no contexto da presente investigação, pretende captar um fenômeno que aparece com clareza na segunda metade do século XX: as organizações de professores tem reivindicações fundamentalmente trabalhistas, legitimidade para organizar medidas coletivas de pressão sobre os governos (particularmente greves) e, além disso, a base da categoria tem uma importante gravitação sobre as entidades que pretendem representá-la. A comparação histórica e sociológica permite identificar três processos sucessivos que foram fundamentais para a afirmação do sindicalismo docente de base: a propagação das associações da categoria, a implantação das organizações na base docente e, finalmente, a consolidação do sindicalismo docente de base. Esses processos constituem conjunturas críticas e as características particulares que as práticas sindicais adquiriram nesses contextos tendem a se reproduzir basicamente por dois mecanismos: a tradição sindical e a regulamentação estatal da atividade sindical e do trabalho docente. As práticas sindicais docentes são estruturadas pelas características dos professores e das suas condições de existência. Também são mediadas pelas particularidades das organizações docentes, pela tradição sindical e pela ação governamental perante a atividade reivindicativa e associativa dos trabalhadores. A reconstrução desses elementos estruturantes e dessas mediações contribui para explicar quando as conjunturas críticas aconteceram e quais características particulares apresentaram. No México, a situação política geral e a relação que estabeleceram os quadros docentes com os governos pós-revolucionários em particular, permitiram uma rápida consolidação das associações docentes e uma implantação na base através do Estado na primeira metade do século. Também nesse período, no México, o professorado perdeu parcialmente as suas características femininas e o confronto com as autoridades como forma de pressão coletiva legitimou-se. Isso contrasta com os outros países, nos quais a organização da categoria se generalizou sem apoio estatal decisivo. A concentração da categoria em escolas e cidades fortaleceu a afirmação do sindicalismo docente de base cujas consequências já podem ser vistas nos três países em finais da década de 1950. Nesse contexto, as organizações docentes argentinas se implantaram na base (depois de que falisse a tentativa do governo de implantar o sindicalismo docente através do Estado), mas as brasileiras não. As organizações brasileiras só se implantariam na base após 1978. Processos que na década de 1950 já estavam em desenvolvimento (como a consolidação do professor como trabalhador de base de sistemas burocráticos dirigidos por especialistas, a regulamentação e burocratização da carreira, a perda de importância das recompensas simbólicas como incentivo para exercer o professorado) e outros que apareceriam nas décadas seguintes (como a incorporação crescente da mulher no mercado de trabalho, a radicalização do movimento estudantil e o recrutamento do professorado entre as camadas mais pobres da população) explicam a consolidação do sindicalismo docente de base entre as décadas de 1970 e 1980 / This comparative research shows why grassroots teacher unionism consolidated in Argentina, Brazil and Mexico during the 20th century, and explains the national characteristics of this process. The category grassroots teacher unionism describes a phenomenon in which teachers have the legitimacy to pressure government, particularly through strikes, to meet their labor demands; labor demands become the principal concern of teacher associations, and school teachers assume a position of greater influence within teacher associations. Historical and sociological comparison facilitates the identification of three consecutive processes by which grassroots teacher unionism establishes itself: the proliferation of teacher organizations, the expansion of the presence of these organizations within schools, and finally the entrenchment of unionism of the teacher base within the teacher workforce. These processes constitute critical junctures and the particular characteristics which union practices acquire within these processes tend to reproduce themselves through two mechanisms: union tradition and the state regulation of union activity and of teachers careers. Teacher union practices are structured by who teachers are and how they live. These practices are also mediated by the particularities of teacher organizations, union tradition, and government action responding to teacher demands. These structuring elements and mediations explain both the timing and the particular characteristics of the critical junctures in Argentina, Brazil, and Mexico. In México, the political climate in the beginning of the 20th century and most importantly, the relationship that teacher leadership established with the post-revolutionary governments, allowed for rapid proliferation and expansion of teacher associations presence within schools. Concomitantly, in México, more males entered the teaching profession, the teaching profession partially lost some of its feminine characteristics, and more aggressive forms of collective action became legitimate. This contrasts with Brazil and Argentina, where state support was not crucial for the proliferation of teacher organizations. The increased concentration of teachers in schools and cities strengthened grassroots teacher unionism. The consequences of this phenomenon can be identified in the three countries in the late 1950s. In Argentina teacher organizations succeeded in expanding their presence in schools, but Brazilian organizations did not. Teacher organizations in Brazil only expanded their presence within schools after 1978. The entrenchment of grassroots teacher unionism is a result of processes already at work in the 1950s in Argentina, Brazil, and Mexico, such as the bureaucratization of the teacher workforce, and later processes, such as the increased incorporation of women into the labor market, the radicalization of the student movement, and the recruitment of teachers from lower economic classes

O estudo analisa a orientação das exportações brasileiras de seis produtos de base agrícola (açúcar, café, frango, fumo, soja e o suco de laranja), procurando observar se ela vem ocorrendo em direção da futura Área de Livre Comércio das Américas (ALCA), valendo-se do Índice de Orientação Regional. Busca também avaliar a importância destes produtos na pauta de exportações brasileiras, através do índice de Vantagens Comparativas Reveladas (VCR). Descreve as tarifas de importação de alguns países que irão compor a ALCA juntamente com o Brasil, no intuito de concluir o benefício da eliminação das mesmas para cada um dos produtos. Constata-se que os produtos brasileiros deverão beneficiar-se da abertura comercial promovida através da ALCA, salvo no caso da carne de frango que deve ser considerado como um produto sensível para que não sofra concorrência dos EUA num primeiro momento.

Esta dissertação resultou de um sistema computacional voltado para a visualização gráfica de análises comparativas entre genomas de procariotos. O sistema denominado de GINGA Graphical Interface for comparative Genome Analysis foi desenvolvido basicamente para analisar genomas parcialmente seqüenciados por meio da comparação com genomas completos. O sistema mostra a representação do alinhamento entre seqüências de reads, contigs e scaffolds do genoma parcial com a seqüência completa do outro genoma, permitindo a identificação de blocos comuns, regiões específicas e rearranjos. GINGA é um sistema web-based que foi desenvolvido em linguagem PERL para acessar um banco de dados MySQL, onde estão armazenadas as informações obtidas nas análises comparativas. O módulo de interface da biblioteca gráfica GD da linguagem PERL foi utilizado para a construção da ferramenta de visualização. A representação gráfica criada permite a navegação com opções de zoom in/out, disponibilizando as informações de montagem, anotação das seqüências codificadoras e da organização das seqüências entre os genomas. Relatórios são ainda disponibilizados como fonte complementar da apresentação dos resultados. O sistema GINGA foi utilizado para analisar de maneira comparativa o genoma das bactérias Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc genoma parcialmente seqüenciado) e Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx genoma completamente seqüenciado). Lxx provoca o raquitismo da soqueria em cana-de-açúcar, enquanto Lxc é capaz de colonizar cana-de-açúcar sem provocar sintomas de doença. O objetivo foi revelar, ainda durante o processo de seqüenciamento do genoma de Lxc, diferenças genéticas existentes entre os genomas dessas duas bactérias. Fizeram parte das análises comparativas um total de 9.754 reads do genoma de Lxc que formaram 1.064 contigs e 317 scaffolds, totalizando 1.470.731 de bases não redundantes. GINGA permitiu a identificação de 206.320 bases (~19%) em seqüências de contigs específicos (contigs que não apresentaram alinhamento algum com o genoma completo de Lxx) e 19 scaffolds (5,9%) que totalizaram 56.884 bases específicas ao genoma de Lxc, além de aproximadamente 1 milhão de nucleotídeos alinhados ao genoma de Lxx e pelo menos 6 grandes rearranjos. Estes resultados foram disponibilizados em uma interface gráfica e relatórios, permitindo orientar o andamento do projeto de seqüenciamento do genoma de Lxc quanto à seleção das regiões a serem seqüenciadas e, simultaneamente, oferecendo informações para a formalização de hipóteses relevantes à biologia destes microorganismos. / This study aimed to develop a computational system applied to the comparative analysis of prokaryotic genomes in a graphical view. The system named GINGA Graphical Interface for comparative Genome Analysis was developed to analyse a draft genome sequence in comparison to a complete genome. The system shows the alignment between sequence of reads, contigs and scaffolds from partial sequenced genomes and the complete sequence of another genome and allows the identification shared and unique regions as well as rearrangements. GINGA is a web-based system developed using the PERL language to access a MySQL database where all the information regard to the comparative analysis is stored. The module of the interface to GD (Graphics Library) was used to help the construction of the graphical tool. The graphical view allows zoom in/out on the information on assembly, annotation and the organization of the sequences. Supplementary information can be accessed in the form of reports. GINGA system was used to compare the genomes of Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc draft genome sequence) and Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx complete genome sequence). The mail goal was to identify genetic differences that may help to understand the pathogeniciy of Lxx towards sugarcane. A total of 9.754 reads assembled in 1.064 contigs and 317 scaffolds produced 1.470.731 of no redundant bases of Lxc genome and were used in the analysis. GINGA allowed the identification of 206.320 bp (~20%) of Lxc specific sequences organized in contigs and 56.884 bp organized in 19 scaffolds (5,9%), around 1 milion bp aligned to Lxx genome and at least 6 large scale genomic rearrangements. These results were presented in a graphical interface and allowed to guide the partial genome sequencing, helping to decide which regions should be further sequenced and at the same time allowing the formulation of hypothesis related to important biological aspects of these microorganisms

O advento de novas tecnologias de sequenciamento e o desenvolvimento de ferramentas computacionais que facilitam a análise dos genomas gerou o aumento exponencial dos bancos de dados genômicos. As abordagens in-silico da genômica comparativa usam esse tipo de dados nas suas comparações. Trabalhos recentes desenvolvidos sobre o genoma de Escherichia coli indicam que o estado atual das sequências codificantes (CoDing Sequences CDS) de genomas anotados nos bancos de dados contêm erros nas sequências que precisam ser verificados (Ochman e Davalos 2006). Portanto a correta descrição de uma CDS é importante para permitir futuras comparações genômicas. Atualmente existe uma nova proposta da comunidade científica de bancos de dados biológicos para estabelecer padrões para a submissão de sequências dos projetos de genoma na nova era de sequenciamento. Dentro desse contexto, destaca-se a identificação e/ou correção de frameshifts durante o processo de montagem de sequências genômicas. A finalidade deste trabalho foi desenvolver uma ferramenta com dois métodos comparativos para identificar CDSs com atributos conflitantes. Usa-se a descrição de conflito para descrever atributos como frameshifts, grandes inserções ou deleções, truncamentos, que são detectados a partir de uma CDS ou várias CDSs usadas como referência, dependendo do modelo. Finalmente, a ferramenta proposta permite visualizar os resultados graficamente e fornecer acesso a outras ferramentas, dando suporte para futuras análises genômicas de maneira amigável e rápida. Foi realizada a busca de CDSs com atributos conflitantes no genoma de E. coli estirpe CFT073 (NCBI) versão AE014075.1, (última data de atualização: 20 de abril do 2006), como referência foi usado o genoma da E.coli estirpe O157:H7 EDL933 versão AE005174.2 ( última data de atualização : 6 de junho do 2008). Através dessa análise foram identificadas e armazenadas 1.865 CDSs (incluem-se possíveis parálogos), por apresentarem alinhamentos únicos com cobertura superior a 30% da CDS de referência. Em uma análise mais fina destes resultados, sobressaltam 144 CDSs no genoma alvo que provavelmente apresentam frameshifts, dos quais 21 acontecem em regiões intergênicas. A ferramenta desenvolvida neste trabalho foi também aplicada para o caso de estudo de uma região genômica da bactéria Klebsiella pneumoniae estirpe KP13. O genoma dessa bactéria foi sequenciado na Unidade Genômica Computacional (UGC) Darcy Fontoura de Almeida do LNCC (dados ainda não publicados). A partir das análises destes genomas, pode se concluir a importância do uso da ferramenta nas fases de identificação, verificação e correção de erros de anotação e, portanto a necessidade da sua inclusão em projetos de sequenciamento que desejam atingir altos padrões na submissão de dados genômicos. / The advent of new sequencing technologies and the development of computational tools that facilitate the analysis of genomes, generated the exponential growth of genome databases. New approaches in-silico of the comparative genomics use such data in its comparisons. Nevertheless, recent work on the genome of Escherichia coli indicate that the current state of coding sequences (Coding Sequences - CDS) from annotated genomes contain several errors, which need to be verified (Ochman e Davalos 2006). Therefore the correct description of a CDS is important to allow future genomic comparisons. Currently, there is an innovated proposal of the scientific community of biological databases to establish standards for the submission of the draft genome sequences in the new era of sequencing. Within this context, it is highlighted the identification and/or correction of frameshifts during the assembly of genomic sequences. The goal of this work was developing a tool with two comparative methods to identify CDSs with conflicting attributes. It uses the description of conflict to describe attributes such as frameshifts, large insertions or deletions, truncations, etc.. that are detected from a CDS or several CDSs used as references, depending on model. Also, the proposed tool allows to user to view of the results graphically and provide access to other tools, providing support for future friendly and faster genomic analysis. As a model of study, it was used the analysis of CDSs with conflicting attributes of the genome of E. coli strain CFT073 (NCBI) version AE014075.1, (last update date: April 20 of 2006), with this purpose was used as a reference genome of E.coli strain O157: H7 EDL933 version AE005174.2 (last update date: 6 June of 2008). Through this analysis were identified and stored 1865 CDSs (Included possible paralogs) because they present only alignments with coverage exceeding 30% of the CSD of reference. In a more detailed analysis of these results, 144 CDSs startle in the target genome by probably present frameshifts, of which 21 occur in intergenic regions. The tool developed in this work, also was applied to the case study of a genomic region of the bacterium Klebsiella pneumoniae strain KP13. The genome of this bacterium was sequenced in Computational Genomics Unit (UGC) Darcy Fontoura de Almeida LNCC (unpublished data). From the analysis of these genomes, one can conclude the importance of using the tool in the stages of identification, verification and correction of errors in annotation,and thus the need for its inclusion in the sequencing projects that want to reach high standards in the submission of genomic data.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:36:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LuisaHPS.pdf: 820088 bytes, checksum: 537c4e8af24d7306e530e9593e9ad34a (MD5) Previous issue date: 2008-12-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / In this thesis we tested evolutionary hypotheses, with empirically collected data, in a sample composed of pregnant Brazilian women. We consider that during pregnancy and soon after the baby's birth fundamental reproductive decisions take place, given the complete feminine involvement with the reproduction phenomenon. The results are presented in four empirical articles related to the history of female reproduction. The topics approached were mate selection, the life-history theory, the strategies of parental investment and postpartum depression. Data collection was accomplished through interviews with pregnant women and after the baby s birth, with a sample composed of women from two income classes (low income and middle class), in Natal, Brazil. With respect to mate selection, the results suggest that a real situation of reproductive mate selection shows significant differences when compared to the results obtained in studies involving potential mate selection (Article I). Considering the life-history theory, we have partially confirmed the hypothesis of the father`s absence influencing the development of the young female syndrome (Article II). In regard to parental investment strategies and the decrease of fatherhood uncertainty, we identified a larger attribution of the baby's resemblance after birth with the father, confirming our hypothesis (Article III). The results related to postpartum depression occurrence partially support the hypothesis that it is an evolutionary adaptation (Article IV). This thesis is part of a consolidation movement of Evolutionary Psychology in Brazil and it presents results on female reproductive history hitherto unpublished. / Durante a gravidez e logo ap?s o nascimento do beb? ocorrem decis?es reprodutivas fundamentais, dado o completo envolvimento feminino com o fen?meno da reprodu??o. Nesta tese, realizamos o teste de hip?teses evolucionistas, com dados coletados empiricamente, numa amostra de mulheres gr?vidas brasileiras. Os resultados s?o apresentados em quatro artigos emp?ricos relacionados ? hist?ria reprodutiva feminina, sendo os temas abordados a sele??o de parceiros, a teoria da hist?ria de vida, as estrat?gias de investimento parental e a depress?o p?s-parto. A coleta de dados foi realizada por meio de entrevistas com mulheres gr?vidas e ap?s o nascimento do beb?, numa amostra de mulheres de duas faixas de renda (baixa renda e classe m?dia), na cidade de Natal, RN, Brasil. Sobre a sele??o de parceiros, os resultados obtidos sugerem que uma situa??o real de sele??o de parceiros reprodutivos apresenta diferen?as significativas se comparada ? sele??o de parceiros em potencial (Artigo I). Considerando a teoria da hist?ria da vida, confirmamos parcialmente a hip?tese de que a aus?ncia paterna influencia o desenvolvimento da s?ndrome da f?mea jovem, com maior ocorr?ncia de gravidez na adolesc?ncia e precocidade no in?cio da vida sexual (Artigo II). No que se refere ?s estrat?gias de investimento parental e diminui??o de incerteza da paternidade, identificamos em nossa amostra que as mulheres realizam uma maior atribui??o de semelhan?a do beb? com o pai ap?s o nascimento, confirmando nossa hip?tese (Artigo III). Os resultados obtidos sobre a ocorr?ncia da depress?o p?s-parto suportam parcialmente a hip?tese de que ela seja uma adapta??o evolu?da (Artigo IV). Essa tese se insere num movimento de consolida??o da Psicologia Evolucionista no Brasil e traz resultados in?ditos sobre a hist?ria reprodutiva feminina, baseados numa perspectiva evolucionista

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A presente pesquisa comparativa mostra por que ao longo do século XX se consolidou o sindicalismo docente de base na Argentina, no Brasil e no México e explica as particularidades nacionais desse processo. A categoria sindicalismo docente de base, desenvolvida no contexto da presente investigação, pretende captar um fenômeno que aparece com clareza na segunda metade do século XX: as organizações de professores tem reivindicações fundamentalmente trabalhistas, legitimidade para organizar medidas coletivas de pressão sobre os governos (particularmente greves) e, além disso, a base da categoria tem uma importante gravitação sobre as entidades que pretendem representá-la. A comparação histórica e sociológica permite identificar três processos sucessivos que foram fundamentais para a afirmação do sindicalismo docente de base: a propagação das associações da categoria, a implantação das organizações na base docente e, finalmente, a consolidação do sindicalismo docente de base. Esses processos constituem conjunturas críticas e as características particulares que as práticas sindicais adquiriram nesses contextos tendem a se reproduzir basicamente por dois mecanismos: a tradição sindical e a regulamentação estatal da atividade sindical e do trabalho docente. As práticas sindicais docentes são estruturadas pelas características dos professores e das suas condições de existência. Também são mediadas pelas particularidades das organizações docentes, pela tradição sindical e pela ação governamental perante a atividade reivindicativa e associativa dos trabalhadores. A reconstrução desses elementos estruturantes e dessas mediações contribui para explicar quando as conjunturas críticas aconteceram e quais características particulares apresentaram. No México, a situação política geral e a relação que estabeleceram os quadros docentes com os governos pós-revolucionários em particular, permitiram uma rápida consolidação das associações docentes e uma implantação na base através do Estado na primeira metade do século. Também nesse período, no México, o professorado perdeu parcialmente as suas características femininas e o confronto com as autoridades como forma de pressão coletiva legitimou-se. Isso contrasta com os outros países, nos quais a organização da categoria se generalizou sem apoio estatal decisivo. A concentração da categoria em escolas e cidades fortaleceu a afirmação do sindicalismo docente de base cujas consequências já podem ser vistas nos três países em finais da década de 1950. Nesse contexto, as organizações docentes argentinas se implantaram na base (depois de que falisse a tentativa do governo de implantar o sindicalismo docente através do Estado), mas as brasileiras não. As organizações brasileiras só se implantariam na base após 1978. Processos que na década de 1950 já estavam em desenvolvimento (como a consolidação do professor como trabalhador de base de sistemas burocráticos dirigidos por especialistas, a regulamentação e burocratização da carreira, a perda de importância das recompensas simbólicas como incentivo para exercer o professorado) e outros que apareceriam nas décadas seguintes (como a incorporação crescente da mulher no mercado de trabalho, a radicalização do movimento estudantil e o recrutamento do professorado entre as camadas mais pobres da população) explicam a consolidação do sindicalismo docente de base entre as décadas de 1970 e 1980 / This comparative research shows why grassroots teacher unionism consolidated in Argentina, Brazil and Mexico during the 20th century, and explains the national characteristics of this process. The category grassroots teacher unionism describes a phenomenon in which teachers have the legitimacy to pressure government, particularly through strikes, to meet their labor demands; labor demands become the principal concern of teacher associations, and school teachers assume a position of greater influence within teacher associations. Historical and sociological comparison facilitates the identification of three consecutive processes by which grassroots teacher unionism establishes itself: the proliferation of teacher organizations, the expansion of the presence of these organizations within schools, and finally the entrenchment of unionism of the teacher base within the teacher workforce. These processes constitute critical junctures and the particular characteristics which union practices acquire within these processes tend to reproduce themselves through two mechanisms: union tradition and the state regulation of union activity and of teachers careers. Teacher union practices are structured by who teachers are and how they live. These practices are also mediated by the particularities of teacher organizations, union tradition, and government action responding to teacher demands. These structuring elements and mediations explain both the timing and the particular characteristics of the critical junctures in Argentina, Brazil, and Mexico. In México, the political climate in the beginning of the 20th century and most importantly, the relationship that teacher leadership established with the post-revolutionary governments, allowed for rapid proliferation and expansion of teacher associations presence within schools. Concomitantly, in México, more males entered the teaching profession, the teaching profession partially lost some of its feminine characteristics, and more aggressive forms of collective action became legitimate. This contrasts with Brazil and Argentina, where state support was not crucial for the proliferation of teacher organizations. The increased concentration of teachers in schools and cities strengthened grassroots teacher unionism. The consequences of this phenomenon can be identified in the three countries in the late 1950s. In Argentina teacher organizations succeeded in expanding their presence in schools, but Brazilian organizations did not. Teacher organizations in Brazil only expanded their presence within schools after 1978. The entrenchment of grassroots teacher unionism is a result of processes already at work in the 1950s in Argentina, Brazil, and Mexico, such as the bureaucratization of the teacher workforce, and later processes, such as the increased incorporation of women into the labor market, the radicalization of the student movement, and the recruitment of teachers from lower economic classes