Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GINGA_Final_arp.pdf: 2617259 bytes, checksum: c988d46e191f2e44e3ce926beaa06fb0 (MD5) Previous issue date: 2007-03-23 / This study aimed to develop a computational system applied to the comparative analysis of prokaryotic genomes in a graphical view. The system named GINGA Graphical Interface for comparative Genome Analysis was developed to analyse a draft genome sequence in comparison to a complete genome. The system shows the alignment between sequence of reads, contigs and scaffolds from partial sequenced genomes and the complete sequence of another genome and allows the identification shared and unique regions as well as rearrangements. GINGA is a web-based system developed using the PERL language to access a MySQL database where all the information regard to the comparative analysis is stored. The module of the interface to GD (Graphics Library) was used to help the construction of the graphical tool. The graphical view allows zoom in/out on the information on assembly, annotation and the organization of the sequences. Supplementary information can be accessed in the form of reports. GINGA system was used to compare the genomes of Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc draft genome sequence) and Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx complete genome sequence). The mail goal was to identify genetic differences that may help to understand the pathogeniciy of Lxx towards sugarcane. A total of 9.754 reads assembled in 1.064 contigs and 317 scaffolds produced 1.470.731 of no redundant bases of Lxc genome and were used in the analysis. GINGA allowed the identification of 206.320 bp (~20%) of Lxc specific sequences organized in contigs and 56.884 bp organized in 19 scaffolds (5,9%), around 1 milion bp aligned to Lxx genome and at least 6 large scale genomic rearrangements. These results were presented in a graphical interface and allowed to guide the partial genome sequencing, helping to decide which regions should be further sequenced and at the same time allowing the formulation of hypothesis related to important biological aspects of these microorganisms / Esta dissertação resultou de um sistema computacional voltado para a visualização gráfica de análises comparativas entre genomas de procariotos. O sistema denominado de GINGA Graphical Interface for comparative Genome Analysis foi desenvolvido basicamente para analisar genomas parcialmente seqüenciados por meio da comparação com genomas completos. O sistema mostra a representação do alinhamento entre seqüências de reads, contigs e scaffolds do genoma parcial com a seqüência completa do outro genoma, permitindo a identificação de blocos comuns, regiões específicas e rearranjos. GINGA é um sistema web-based que foi desenvolvido em linguagem PERL para acessar um banco de dados MySQL, onde estão armazenadas as informações obtidas nas análises comparativas. O módulo de interface da biblioteca gráfica GD da linguagem PERL foi utilizado para a construção da ferramenta de visualização. A representação gráfica criada permite a navegação com opções de zoom in/out, disponibilizando as informações de montagem, anotação das seqüências codificadoras e da organização das seqüências entre os genomas. Relatórios são ainda disponibilizados como fonte complementar da apresentação dos resultados. O sistema GINGA foi utilizado para analisar de maneira comparativa o genoma das bactérias Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc genoma parcialmente seqüenciado) e Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx genoma completamente seqüenciado). Lxx provoca o raquitismo da soqueria em cana-de-açúcar, enquanto Lxc é capaz de colonizar cana-de-açúcar sem provocar sintomas de doença. O objetivo foi revelar, ainda durante o processo de seqüenciamento do genoma de Lxc, diferenças genéticas existentes entre os genomas dessas duas bactérias. Fizeram parte das análises comparativas um total de 9.754 reads do genoma de Lxc que formaram 1.064 contigs e 317 scaffolds, totalizando 1.470.731 de bases não redundantes. GINGA permitiu a identificação de 206.320 bases (~19%) em seqüências de contigs específicos (contigs que não apresentaram alinhamento algum com o genoma completo de Lxx) e 19 scaffolds (5,9%) que totalizaram 56.884 bases específicas ao genoma de Lxc, além de aproximadamente 1 milhão de nucleotídeos alinhados ao genoma de Lxx e pelo menos 6 grandes rearranjos. Estes resultados foram disponibilizados em uma interface gráfica e relatórios, permitindo orientar o andamento do projeto de seqüenciamento do genoma de Lxc quanto à seleção das regiões a serem seqüenciadas e, simultaneamente, oferecendo informações para a formalização de hipóteses relevantes à biologia destes microorganismos.

Este trabalho se dedica a estudar e comparar os métodos de controle robusto H? Loop Shaping e LQG/LTR a partir de um exemplo de aplicação aeronáutica. Por motivos que serão apresentados adiante o uso de controladores robustos é extremamente interessante no ramo aeronáutico por apresentar uma segurança a mais de projeto levando-se em consideração diversos fatores. O estudo aqui apresentado consiste em um projeto de sistema de Aumento de Controle (Control Augmentation System - CAS) latero-direcional para o caça F-16 objetivando evitar uma derrapagem durante um comando de rolagem da aeronave. Por se tratar de uma aeronave de alto desempenho e instável, as limitações que atrapalham o desempenho de um controlador se tornam mais visíveis facilitando assim a análise do caso.

Dentro do contexto de aquisição dos dados de testes, de preparação para lançamento e de vôo, para a verificação de funcionamento dos equipamentos e a validação de modelos matemáticos utilizados no projeto do Veículo Lançador de Satélites (VLS-1), este trabalho apresenta uma técnica para processamento de dados das medidas de sensores embarcados, a ser implementada em uma estação de solo. Nessa técnica, é verificado o desempenho de vários métodos utilizados na geração das curvas de ajustes. A avaliação do desempenho de um método é prejudicada em medidas com incertezas, devido ao valor verdadeiro ser desconhecido. Para tal, são realizadas simulações com medidas teóricas acrescidas de incertezas, considerando média nula e desvios padrões de sensores reais, obtidos através dos dados de calibração de laboratório. Desse modo, pode-se selecionar o método que apresenta melhor desempenho para os dados simulados. O desempenho é avaliado através do desvio padrão e do coeficiente de correlação, entre as medidas estimadas pelos métodos aplicados e as medidas verdadeiras teóricas. Os resultados são apresentados através de um benchmark. O método selecionado varia em função da configuração de monitoramento empregada e da característica do elemento sensor, denominadas padrão de monitoramento. Diante de inúmeros padrões de monitoramentos, este trabalho apresenta a aplicação dessa técnica em dois padrões de monitoramentos, sendo utilizados em casos reais para a avaliação dos resultados.

O grande crescimento da quantidade de aplicações de soluções computacionais nos mais diversos segmentos da sociedade levaram a atenção de pesquisadores e desenvolvedores também para a área de ensino. Contudo, o foco tem sido mais dirigido para aplicações de software e hardware paradidáticos, de apoio ao ensino propriamente. Pouco tem sido feito para melhorar a gestão do ensino, mais especificamente na montagem de cursos, no apoio à construção de sua grade horária, o qual é objeto de interesse deste trabalho. Recentemente, o problema de Montagem de Grade Horária tem ganhado um status mais importante, com segmentos de congressos especialmente dedicados ao tema dada sua complexidade, uma vez que o número de soluções passíveis de serem consideradas na busca de uma solução pelo menos satisfatória é muito grande. Sendo assim, a implementação de soluções eficientes emerge como um desafio potencial assim como a comparação entre as mesmas, dada a diversidade surgida ao longo dos anos. Este trabalho apresenta dois protótipos de software para a solução do problema utilizando como base métodos, ou ferramentas, de Inteligência Artificial, Algoritmo Genético e Simulated Annealing, que têm se demonstrado promissores e de comprovada eficiência. Os protótipos oferecem duas propostas de implementação dos algoritmos, representação de conhecimento e avaliação de soluções candidatas, assim como sua avaliação de desempenho. O trabalho também apresenta uma análise comparativa do desempenho das duas implementações, sob a ótica de métricas importantes para a análise dos referidos algoritmos aplicados à solução do problema em estudo, comparando-as e estabelecendo ponderações para futuros estudos similares e implementações.

Sabemos da literatura que Calibração Comparativa está ligada à comparação de eficiência de instrumentos de medição. Neste trabalho discutimos estimação e testes de hipóteses em modelos de calibração comparativa. Para a estimação dos parâmetros do modelo, consideramos os algoritmos EM e o algoritmo BFGS do programa Ox. Testes para algumas hipóteses de interesse são implementados usando as estatísticas da razão de verossimilhanças e de Wald. Estudos de simulação são utilizados na comparação dos procedimentos. Uma aplicação é apresentada a um conjunto de dados constituído de medições de alturas de árvores com três, quatro e cinco hipsômetros. / We know about the literature that Comparative Calibration it is linked the efficiency comparison of measurement instruments. In this work we discuss estimates and tests of hypotheses in comparative calibration models. For the estimate of the parameters of the model, we consider the EM algorithm and the algorithm BFGS in the program Ox. Testings for some hypotheses of interest are implemented using the likelihood ratio and Wald statistics. Simulation studies are used in the comparison of the procedures. An application is presented to a data set, constituted of measurements of heights of trees with three, four and five hipsometers.

O principal objetivo deste estudo foi investigar os processos responsáveis pela evolução morfológica craniana de primatas da subordem Strepsirrhini, com maior ênfase ao clado endêmico à ilha de Madagascar. Sistemas multidimensionais morfológicos como o crânio descrevem a quantidade de variação disponível para atuação de processos evolutivos. A partir de 27 marcos anatômicos cranianos e 39 distâncias euclidianas estimei matrizes de variância e covariância fenotípicas (Matrizes P) para 40 espécies das sete famílias viventes de Strepsirrhini e duas espécies do gênero Tarsius. Utilizei a abordagem da genética quantitativa para investigar o padrão de variação nas matrizes P dessa linhagem de primatas, conjuntamente com um par de matrizes fenotípica e genética de Saguinus fuscicolis. Para investigar a estabilidade e conservção do padrão da estrutura de variação ao longo da diversidade deste clado de primatas compararei estas matrizes através de dois métodos complementares que me permitiram avaliar a distribuição da variação no morfoespaço (Random Skewers) e o compartilhamento de direções de variação (Krzanowski) das matrizes. Os resultados obtidos sugerem uma estabilidade das matrizes, possivelmente mantida por seleção estabilizadora interna comum ao clado, aos demais primatas e mamíferos em geral. Esses resultados de comparação de matrizes são apresentados no Capítulo 1 e corroboram a conjectura de Cheverud, indicando que as matrizes cumprem o pressuposto de similaridade estrutural entre as matrizes P e a matriz G. Além disso o padrão de variação apresentou um sinal filogenético e algumas das diferenças observadas nas matrizes parecem estar relacionadas com fatores de dieta. No Capítulo 2 investiguei a evolução da divergência morfológica craniana em um conjunto de 70 espécies, onde testei a hipótese nula de deriva genética como explicação suficiente para a divergencia entre as médias das espécies. Esta hipótese foi avaliada dentro das expectativas de modelos da genética quantitativa através de duas metodologias. Tais testes avaliam a proporcionalidade de variação dentro (W) e entre grupos (B) sob perspectivas complementares. Com o teste de regressão investiguei a manutenção da quantidade de variação associada a cada eixo de variação, e com o teste de correlação avaliei o alinhamento entre estes eixos. Rejeitamos a H_0 em diversos pontos da árvore que representam eventos de cladogenese a nível de família e gênero. Nestes casos aceitamos a H_1 de seleção natural e vemos que a maior parte da diversificação da linhagem de primatas de Madagascar foi influenciada por seleção direcional envolvendo tamanho e alterações anatômicas relacionadas a dieta / The main goal of this study was to investigate the evolutionary processes responsible for Strepsirrhini cranial morphological evolution. Multidimensional morphological structures like the cranium can describe the amount of variance available to evolution. We used 27 landmarks and 39 euclidean distances between them to describe the variation in the cranium. We used a broad phylogenetic scaled comparison of cranial P matrices representing 40 species of Strepsirrhini primates combined to a pair of Saguinus fuscicolis G and P to investigate the stability of variance structure along this lineage. Our results show a relative stability in the patterns of variance and covariance of the clade and that P matrices can be considered as surrogates to its underling G. We also report a high association between matrix similarity and phylogenetic distance. We investigated particular contributions of each trait to matrix dissimilarity through a evolutionary perspective considering the main dietary shifts observed in the clade. Our results suggest that differences in observed patterns of variation can be attributed to characters with heterogeneity in the degree of stabilizing selection in the adult cranium and to differences in directional selection involved in chewing of specialized feeding behavior. Under the quantitative genetics theory lies an expectation for the evolution of average phenotypes that if populations have diverged by random processes, patterns of within and between-taxon morphological variation should be proportional. In chapter 2 we tested the null hypothesis that genetic drift is a sufficient explanation to observed divergence in cranial multivariate means of 70 Strepsirrhini primates. We detected deviations from neutrality along the whole clade of Strepsirrhini and specially in more inclusive nodes. We argue that this deviations reflect important historical shifts in the evolution of the clade associated with directional selection for size and in anatomical features related with diet

O pior dos dois mundos traduz a hipótese de que atualmente adolescentes seriam tratados com a informalidade histórica associada à justiça juvenil, isto é, com poucas garantias processuais, ao mesmo tempo em que receberiam sanções mais duras, como é a atual tendência na justiça criminal adulta. Este trabalho investiga o que o Superior Tribunal de Justiça (STJ) decide em 53 casos paradigmáticos acerca dessas duas questões: proteção processual e controle penal de adolescentes. Verifica-se também como o tribunal decide em relação à gravidade dos casos, à possibilidade de privação de liberdade e à solução que o Estatuto da Criança e do Adolescente (ECA) confere a cada caso. Igualmente, pesquisa-se como o tribunal justifica suas decisões. A partir de elementos da sociologia de Pierre Bourdieu, constrói-se a decisão judicial punitiva como ato de Estado, que detém o monopólio da violência física e simbólica legítima. Essa construção sublinha a importância de se observar que a decisão judicial não acarreta apenas a imposição física de um castigo, mas também contribui para a instituição das formas legítimas de se pensar sobre o fenômeno. Igualmente, utiliza-se a noção de vocabulários de motivos de Wright Mills, que permite pensar as justificativas dos magistrados não como explicações de por que agiram de determinada forma, nem como mera justificação para encobrir suas reais intenções, mas como construções linguísticas cujo uso se estabiliza em certas ações socialmente situadas, tornando-se, portanto, os vocabulários socialmente aceitos nessas situações. Assim, padrão decisório e padrão de justificação são estudados em conjunto, dada sua contribuição para a legitimação de práticas e de discursos sobre a punição no campo jurídico e no restante do espaço social. Para apreender o padrão decisório do tribunal, utiliza-se a qualitative comparative analysis, que permite a verificação da associação entre os atributos das decisões e seu resultado. Infere-se que o tribunal institui como legítimos dois modelos distintos de justiça juvenil. Nos casos graves, amplia o controle penal e a possibilidade de aplicação de internação e restringe a proteção processual (mesmo em contrariedade ao ECA). Nos leves, restringe o controle penal e a possibilidade de internação e amplia a proteção processual (mesmo em contrariedade ao ECA). Há ainda os casos que são indiferentes à gravidade, pois se aplicam tanto a situações graves como leves. Nestes o STJ impõe o controle penal previsto no ECA (não costuma contrariá-lo para ampliar ou restringir o controle) e restringe a proteção processual (mesmo em contrariedade ao ECA). A ampliação do controle penal é sustentada pela afirmação do caráter punitivo da sanção e pela importância de se tomarem decisões de acordo com a gravidade da situação e com o caso concreto. Já a informalidade do procedimento é sustentada a partir de uma aproximação à justiça penal adulta, e não pela afirmação da finalidade reabilitadora da intervenção, como ocorreu historicamente na justiça de jovens. A restrição do controle penal é sustentada pela afirmação de que o ato sob julgamento não é grave. Já a ampliação de proteção processual é justificada pela ideia de que o procedimento da justiça juvenil deve respeitar a Constituição. Outros vocabulários não foram associados de modo unívoco a um resultado, mas revelam que o STJ realiza uma justaposição de modelos ideais de justiça, cuja relação é aditiva: é legítimo punir e educar; afastar a lei adulta e aproximá-la, focalizar a gravidade do ato e as características pessoais do adolescente, proteger o jovem e a sociedade. Se por um lado esses vocabulários não são construídos como contraditórios, tampouco há um esforço em mostrar sua ligação. / According to the worst of both worlds hypothesis, youth offenders are being treated with the informality (and consequent lack of procedural protection) that has historically guided juvenile justice, while simultaneously being punished in a harsher fashion (especially with incarceration), as is the tendency in adult justice. This dissertation investigates how the Superior Court of Justice (SCJ) rules in 53 landmark cases regarding penal control and procedural protection in juvenile justice, and how the court motivates its rulings. Three other elements of the courts attitudes toward cases are considered: seriousness of offenses, use of incarceration and the literal solution the Statute of the Child and the Adolescent provides to each case. Employing elements of Pierre Bourdieus theory, punitive judicial decisions are construed as acts of state, which carry the monopoly of physical and symbolic violence. According to this perspective, criminal courts rulings not only impose suffering, but also communicate the legitimate ways of conceiving crime and its appropriate reactions to it. Also, this dissertation relies on Wright Mills concept of vocabularies of motive to construe judicial motivation theoretically. This concept avoids framing motives as real explanations for why courts decide and as mere rationalizations that covers courts real intentions. Instead, courts motivations are interpreted as linguistic constructions whose use become stable in certain social situations, hence becoming the legitimate motives accepted in such situations. An adaptation of qualitative comparative analysis is used to account for the SCJ decision-making pattern. In sum, the SCJ institutes two legitimate juvenile justice models. In serious cases, the SCJ expands penal control and the use of incarceration, and restricts procedural protection (even against statutory provisions). In non-serious cases, the SCJ restricts penal control and the use of incarceration, and expands procedural protection (even against statutory provisions). Some cases apply to all youths, regardless of the crime committed. In these cases, the SCJ shows an intermediary stance regarding penal control (it simply follows statutory positions), and restricts procedural protection (even against statutory provisions). As to its reasoning, the SCJ expands penal control on the following grounds: i. state response has a punitive character; ii. seriousness of the offense is an important criterion to make decisions in youth justice, iii. as is the need to make individualized decisions. Procedural protection restriction, on the other hand, is justified by an embracement of criminal justice principles, which contrasts with the historical tendency of the juvenile justice system that had rejected these same principles. Penal control restriction is justified by the idea that some acts are not serious. Procedural protection expansion is justified by the idea that juvenile justice procedures should follow Constitutional principles. Other vocabularies employed by the SCJ have not been clearly associated with specific outcomes. However, they reveal that the court promotes a juxtaposition of different ideal models of justice. According to the SCJ, it is legitimate both to punish and to rehabilitate, to accept adult criminal law rules and to reject them, to focus on cases seriousness and on offenders characteristics, to protect offenders and society. Though these pairs are not presented as contradictory, their connection is not made explicit.

Introdução: Durante as últimas décadas, a utilização de métodos moleculares como Hibridizacão in situ por fluorescência (FISH) e Hibridização Genômica Comparativa (array-CGH) mudou dramaticamente a perspectiva em relação à detecção de rearranjos genômicos submicroscópicos. O número de doenças identificadas como causada por microdeleções/microduplicações cromossômicas aumentou rapidamente, trazendo um papel crucial para a citogenética no diagnóstico destas condições. Objetivo: O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar microdeleções cromossômicas associadas a síndromes de malformações em um laboratório de citogenética de referência de um hospital público do sul do Brasil. Métodos: Estudo retrospectivo e prospectivo, em uma série consecutiva de amostras. O estudo foi baseado em registros hospitalares e laboratoriais de amostras de uma coorte de pacientes com suspeita clínica de microdeleção cromossômica. Foram selecionadas amostras de indivíduos em que o diagnóstico clínico proposto incluia uma suspeita de rearranjo nos cromossomos 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11. 2,2 e 22q11 que foram analisados por hibridização in situ por fluorescência (FISH). Em 11 amostras com microdeleções, hibridização genômica comparativa (array-CGH) foi realizada. Resultados: Um total de 504 amostras foram avaliadas, sendo as suspeitas mais comuns a deleção 22q11.2 (29,5%), a síndrome de Prader-Willi (21,6%), a síndrome de Williams-Beuren (15%) e da síndrome de Angelman (13 %). Em 120 deles (23,8%) desequilíbrios cromossómicas relacionadas com o diagnóstico clínico foram encontrados. A del7q11.23 foi a alteração mais frequente (8,5%) detectada, seguida por del22q11.2 (5,3%) e del15q11-q12 (4,5%). Conclusões: Nossos achados reforçam à estratégia de que um teste de citogenética molecular sensível associada com uma avaliação clínico qualificado são cruciais para a detecção e caracterização precisa de deleções cromossômicas submicroscópicas. Além disso, nosso estudo enfatiza a necessidade de educação continuada para o desenvolvimento e utilização de novas tecnologias para o diagnóstico citogenético, as quais, em nossa experiência, puderam ser introduzidas com sucesso em um hospital público do sul do Brasil. / Background: During the past decades, the widespread use of FISH and microarray-based technologies dramatically changed our perspective regarding detection of submicroscopic genomic rearrangements. The number of diseases identified as caused by chromosomal microdeletions/microduplications increased quickly, bringing a new and crucial role for cytogenetics in the diagnosis of these conditions. Objective: The purpose of this study was to identify and chraracterize chromosomal microdeletions associated with malformation syndromes in a reference cytogenetics laboratory from a public hospital of Southern Brazil. Methods: Using retrospective and prospective approaches, we evaluated a consecutive series of samples. The study was based in hospital and laboratorial records of samples from a cohort of subjects with clinical suspicion of a chromosomal microdeletion. We selected samples from subjects in whom a clinical diagnosis was proposed, which included deletion of chromosomes 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11.2,2 and 22q11 identified by fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis. In 11 samples with microdeletions, array-based comparative genomic hybridization (array-CGH) was performed. Results: A total of 504 samples were evaluated, being the most common suspicions the 22q11.2 deletion (29.5%), the Prader-Willi syndrome (21.6%), the Williams-Beuren syndrome (15%) and the Angelman syndrome (13%). In 120 of them (23.8%) chromosomal imbalances related to the clinical diagnosis were found. The deletion 7q11.23 was the most frequently finding (8.5%), followed by del22q11.2 (5.3%) and del15q11-q12 (4.5%). Conclusions: Our findings provide support to the idea that a sensitive molecular cytogenetic test associated with a qualified clinical evaluation are crucial for the detection and precise characterization of submiscroscopic chromosome deletions. Additionally, our study emphasizes the need of continuing 6 education for the improvement of the cytogenetic diagnosis technology, which was successfully introduced in a public hospital of Southern Brazil.

Cana-de-açúcar é uma planta agrícola com grande importância econômica para o Brasil. Os cultivares modernos de cana-de-açúcar apresentam uma alta complexidade genômica, devido ao seu genoma ser poliploide e com número cromossômico variando entre 100-120. As plantas de cana-de-açúcar estão sujeitas ao ataque de diversos tipos de patógenos, e sua tolerância depende da ação de genes de resistência. Estes podem desencadear uma cascata de reações ou interagir diretamente com uma molécula efetora, resultando em tolerância por parte da planta à presença do patógeno. O genoma dos cultivares moderno apresentam inúmeros elementos de transposição posicionados em diferentes regiões do genoma. Devido a essa abundância, os elementos de transposição estão sendo usados como marcadores moleculares, por exemplo, RBIP (Retrotransposon-Based Insertion Polymorphism), que identifica polimorfismos baseado na inserção de elementos do tipo retrotransposons. Esta técnica é capaz de diferenciar a presença e a ausência de um elemento de transposição em uma determinada região do genoma. Para a aplicação em organismos poliploides foi desenvolvida a técnica RBIP-qPCR, permitindo dosar a presença e ausência de um elemento de transposição em um organismo poliploide. Sendo assim este trabalho tem como objetivo aplicar a técnica de RBIP-qPCR em elementos de transposição alocados adjacentes a genes de resistência a fim de, posteriormente, verificar a existência de associação entre genes de resistência e elementos de transposição. Para isso foram analisadas três famílias de genes de resistência, I2C-2, Xa21 e Pti1. Foram realizadas análises de composição genômica de cada uma das regiões, genômica comparativa entre as variedades de R570 e SP80-3280 para a região genômica que contém o gene I2C-2, além de uma análise de expressão de genes e elementos de transposição vizinhos neste loco. A partir destes estudos foi possível selecionar um elemento de transposição, scDEL 5.1, para aplicar a técnica de RBIP-qPCR. Os resultados das análises de reconhecimento do ambiente genômico determinou a escolha de um elemento para aplicação da técnica. Verificamos que na ausência de scDEL 5.1 a metodologia RBIPqPCR foi eficaz em todos os genomas testados. As análises de presença de scDEL 5.1 no loco revelaram que elementos com elevado número de cópias no genoma não são adequados para a aplicação da metodologia. / Sugarcane is an agricultural plant with great economic importance for Brazil. The modern cultivars of sugarcane present a high genomic complexity, due to their genome being polyploid and with chromosome number varying between 100-120. Sugarcane plants are targets of several types of pathogens, and their tolerance depends on the action of resistance genes. These can trigger a cascade of reactions or interact directly with an effector molecule, resulting in tolerance by the plant to the presence of the pathogen. The genome of modern cultivars presents several transposable elements allocated in different regions of the genome. Due to this abundance, transposable elements are being used as molecular markers, such as RBIP (Retrotransposon-Based Insertion Polymorphism), which identifies polymorphisms based on the insertion of retrotransposon. This technique is able to differentiate the presence and absence of a transposable element in a particular region of the genome. For the application in polyploid organisms the RBIP-qPCR technique was developed, allowing measuring the presence and absence of a transposable element in a polyploid organism. Therefore, the objective of this work is to apply the RBIP-qPCR technique to on a transposable element localized adjacent to resistance genes in order to, latterly, verify the existence of association between resistance genes and transposable elements. For this, three families of resistance genes, I2C-2, Xa21 and Pti1 were analyzed. Genomic composition analyzes of each region, comparative genomics between the R570 and SP80-3280 varieties for the genomic region containing the I2C-2 gene, as well as an analysis of genes and elements expression neighbors at this locus were performed. From these studies it was possible to select a transposition element, scDEL 5.1, to apply the RBIP-qPCR technique. The results of the genomic environment recognition analysis determined the choice the transposable element for the application of the technique. We verified that in the absence of scDEL 5.1 the RBIP-qPCR methodology was effective in all genomes tested. Analysis of the presence of scDEL 5.1 in the locus revealed that elements with high copy number in the genome are not suitable for the application of the methodology.

Made available in DSpace on 2011-03-23T21:19:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Item created via OAI harvest from source: http://www.bdtd.ufpa.br/tde_oai/oai2.php on 2011-03-23T21:19:29Z (GMT). Item's OAI Record identifier: oai:bdtd.ufpa.br:213 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bearded sakis are frugivores specialised for seed predation. The black bearded saki (Chiropotes satanas) is endemic to a densely populated and deforested area in eastern Amazonia in Brazil and is threatened with extinction. The principal objective of this study was to research the behaviour and ecology of two groups of black bearded sakis living under different degrees of habitat fragmentation, to understand how ecological parameters in these different settings influence behavioural strategies. In addition, the study aimed to identify factors that may limit the long-term viability of the black bearded saki and identify information that may contribute to conservation and management plans. The study took place on the right bank of the Tocantins River in the Tucuruí Reservoir, Pará State, Brazil (415'S, 4931'W). Two groups of bearded sakis were studied: one (denominated T4) in a large mainland fragment (1,300 ha - 39 members), and one on a small (19.4 ha - eight members) forested island. Twelve months behavioural sampling (1,153 observation hours) was undertaken using both scan and behaviour-sampling methodologies for 4 to 5 consecutive days per month per group. In addition to collecting activity budget data, all food resources were documented, daily routes plotted and intraspecies and interspecies social interactions recorded. Botanical transects (10 x 100 ha) covering one hectare at the T4 site and 0.5 hectare on the island were established, and a subsample of trees (≥ DAP 10cm) and lianas (≥ DAP 5 cm) marked and measured for a floristic inventory and phenological data collection which took place at 30-day intervals over 14 months. The two groups differed in all aspects of their behaviour and ecology. Time spent in different activities varied significantly between the groups. Moving (35.4%) comprised the largest proportion of annual budget in the T4 group, while the Island group devoted more time to feeding (30.0%). Social interactions accounted for a relatively large proportion of activity budget for both groups (T4 8.5%; Island 15.2%). Over the study, the two groups consumed a large number of different plant species (T4 173; Island 132; both groups 240) and their diets varied significantly in terms of items consumed and taxonomic composition. Both groups spent most of their time consuming seeds (T4 54.0%; Island 59.9%), however other items, including fruit pulp (T4 25.0%; Island 13.7%), flowers (T4 12.3%; Island 17.4%) and to a lesser extent pith and arthropods were also included in their diets. Members of the T4 group used an area of 98.6 ha and the island group, 17.2 ha. Use of space and daily path length (T4 4025 m 994 m; Island 2807 m 289 m) varied between groups and was linked in T4 group to the variation in group size throughout the year as a result of their complex fission-fusion sociality, the island group on the other hand was more cohesive. Variations in ecology and behaviour of the two groups were linked to differences in their respective habitats. The size of the sites was important but so too was the variation in the availability of food. Results from the floristic inventory revealed a greater diversity of different species on the T4 site, however important food species were either missing or available in varying amounts at both site. In addition to the intrinsic value of the knowledge of ecological characteristics of the bearded saki the detailed knowledge accumulated this study will help in the formulation of conservation action and management plans and in the identification of the factors which limit the long term viability of remaining populations in the fragmented landscapes of eastern Amazonia. / Cuxiús são primatas frugívoros especializados na predação de sementes. O cuxiú-preto (Chiropotes satanas), atualmente ameaçado de extinção, é endêmico de uma área da Amazônia oriental brasileira bastante povoada e desmatada. O principal objetivo deste estudo foi pesquisar o comportamento e a ecologia de dois grupos de cuxiús-pretos vivendo sob diferentes graus de fragmentação de hábitat, de maneira a entender como parâmetros ecológicos nestes diferentes contextos influenciam estratégias comportamentais. Além disso, o estudo procurou identificar fatores que limitam a viabilidade a longo prazo do cuxiú-preto e coletar informações que possam contribuir com planos de manejo e conservação. O estudo foi realizado na margem direita do rio Tocantins, no reservatório de Tucuruí, Estado do Pará, Brasil (415'S, 4931'W). Dois grupos de cuxiús-pretos foram estudados: um (denominado T4) em um grande fragmento de floresta situado na margem do reservatório (1.300 ha, 39 indivíduos) e outro numa pequena ilha (19,4 ha, oito indivíduos) coberta por floresta. O comportamento dos dois grupos foi monitorado durante 12 meses (1.153 horas de observação) utilizando metodologias de amostragem por varredura e de todas as ocorrências por 4 a 5 dias consecutivos por mês por grupo. Além de coletar dados sobre seus orçamentos de atividades, todos os recursos alimentares utilizados foram documentados, os percursos diários anotados e as interações sociais intra e interespécies registradas. Transecções botânicas (10 x 100 ha) cobrindo um hectare no sítio T4 e 0,5 ha no sítio Ilha foram estabelecidas e uma subamostra de árvores (DAP ≥ 10 cm) e cipós (DAP ≥ 5 cm) foi marcada e medida para um inventário florístico e para a coleta de dados fenológicos que ocorreu em intervalos de 30 dias durante 14 meses. Os dois grupos diferiram em todos os aspectos de seu comportamento e ecologia. O tempo empregado em diferentes atividades variou significativamente entre eles. O deslocamento (35,4%) foi responsável pela maior proporção do orçamento de atividades anual do grupo T4, enquanto o grupo Ilha dedicou mais tempo para a alimentação (30,0%). Interações sociais foram responsáveis por uma proporção relativamente grande do orçamento de atividades dos dois grupos (T4 8,5%; Ilha 15,2%). Ao longo do periodo do estudo ambos os grupos consumiram um grande número de diferentes espécies vegetais (173 grupo T4; 132 grupo Ilha; 240 ambos) e suas dietas variaram significantemente tanto em termos de itens consumidos quanto em composição taxonômica, sendo que a dieta do grupo T4 foi mais diversa. Ambos os grupos despenderam a maior parte de seu tempo consumindo sementes (T4 54,0%; Ilha 59,9%), apesar de sua dieta também incluir outros itens tais como polpa de frutos (T4 25,0%; Ilha 13,7%), flores (T4 12,3%; Ilha 17,4%) e, em menor grau, medula de galhos e artrópodes. O grupo T4 utilizou uma área de 98,6 ha, enquanto os membros do grupo Ilha utilizaram 17,2 ha. O uso do espaço e o tamanho do percurso diário (T4 4025 m 994 m; Island 2807 m 289 m) variaram entre os grupos e estiveram ligados, no grupo T4, à variação no tamanho do grupo ao longo do ano resultante de seu sistema de organização social de fissão-fusão. Ao contrário, o grupo Ilha foi mais coeso. As diferenças na ecologia e comportamento dos dois grupos estiveram ligadas ás diferenças em seus respectivos hábitats. O tamanho dos sítios foi importante mas também o foi a variação na disponibilidade de alimentos determinada pela composição taxonômica da vegetação dos mesmos. Resultados do inventário florístico revelaram uma maior diversidade de espécies no sítio T4. No entanto importantes espécies alimentares estavam ausentes ou disponíveis em quantidades variáveis em ambos os sítios. Além do valor intrínseco do conhecimento sobre as características ecológicas do cuxiú-preto, o conhecimento detalhado acumulado neste estudo pode contribuir para a formulação de ações de conservação e planos de manejo, assim como para a identificação de fatores que limitam a viabilidade a longo prazo das populações remanescentes nas paisagens fragmentadas da Amazônia oriental.