Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-11-01T14:34:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 617169 bytes, checksum: 752b24770c8cc32ece50f177e2beb191 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-01T14:34:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 617169 bytes, checksum: 752b24770c8cc32ece50f177e2beb191 (MD5) Previous issue date: 2004-07-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na década de 1990, o setor agrícola brasileiro passou por importantes transformações devido à menor intervenção governamental e maior inserção do capital privado na atividade. Nessa década, o setor soja expandiu sua produção e suas exportações. Entretanto, no mercado internacional de farelo e óleo de soja o Brasil perdeu participação. Considerando a importância da agroindústria da soja para a economia brasileira, buscou-se nesta pesquisa analisar o comportamento das exportações de soja e derivados do Brasil em relação aos seus principais concorrentes – EUA e Argentina – no período de 1990 a 2002. Para isso, procurou-se identificar os principais fatores condicionantes do desempenho competitivo desses países nos segmentos de soja em grão, farelo e óleo. Visto que fatores internos e externos podem influenciar a competitividade das exportações brasileiras, procedeu-se a uma descrição das conjunturas interna e externa da produção e comercialização de soja e derivados. Na análise empírica foram aplicados os modelos constant- market-share e de elasticidade de substituição; calcularam-se ainda indicadores de vantagem comparativa revelada e índices de concentração geográfica de exportações e importações. A análise de market-share identificou que o crescimento do comércio internacional foi fundamental para a expansão das exportações de Brasil, EUA e Argentina. Detectou-se também que o Brasil concentrou esforços de comercialização com países importadores, cuja demanda se reduziu ou cresceu abaixo da média mundial. Enquanto isso, aumento das exportações via incremento na competitividade foi detectado somente para o Brasil, nas exportações de soja em grão, e para a argentina, nas exportações de farelo. A análise de vantagem comparativa revelada mostrou que o Brasil possui vantagem nas exportações de grão e de farelo de soja, mas não nas exportações de óleo. Os EUA apresentaram vantagem comparativa apenas nas exportações de grão, e a Argentina, nas exportações de farelo e óleo. Do subperíodo 1990/96 para 1997/02, houve aumento da concentração geográfica nas importações de soja em grão, basicamente em todos os países importadores analisados. No mercado de farelo, houve diversificação geográfica nas importações , e no segmento de óleo ocorreu concentração somente nas importações dos Países Baixos, de México e do Paquistão. As exportações não se mostraram concentradas geograficamente, sinalizando que o aumento da competitividade entre os países exportadores estimula a conquista de novos mercados. Os valores estimados para a elasticidade de substituição mostraram que, apesar de serem tratadas como commodities , não há substitutibilidade perfeita entre as exportações de soja em grão, farelo e óleo de Brasil, EUA e Argentina. Os resultados permitem inferir que a concorrência entre esses países aumentou e que o incremento da participação brasileira no mercado mundial de soja foi proporcionado pela competitividade nas exportações de soja em grão. Nos segmentos de processados, o Brasil perdeu competitividade, principalmente em relação à Argentina, tornando-se necessária a adoção de políticas que reduzam os custos das empresas esmagadoras nacionais e que aumentem a competitividade nas exportações desses segmentos. / In the 1990s the Brazilian agricultural sector underwent important transformations due to reduced government intervention and greater private capital involvement. During this decade, soybean production and export were expanded. However, Brazil lost participation in the international soybean meal and oil market. Considering the importance of the soybean agro-industry for the Brazilian economy, this research aimed to analyze the behavior of soybean and soybean by-product exports in relation to Brazil ́s major competitors – the US and Argentina – from 1990 through 2002, to identify the main conditioning factors underlying the competitive performance of these countries in the segments soybeans, soybean meal and soybean oil. Since internal and external factors may affect Brazilian export competitivity, a description was made of the internal and external situations of production and commercialization of soybean and its by-products in Brazil. For the empirical analysis, the models constant- market-share and elasticity of substitution were applied; and indicators of revealed comparative advantage and of geographic export and import concentration indices were calculated. Market-share analysis showed that international market growth was crucial for export expansion in Brazil, the US and Argentina. It was also detected that Brazil concentrated its trade efforts on importing countries whose demand had reduced or increased below world average. On the other hand, export increase due to increased competitivity was detected only in Brazil for soybeans and in Argentina, for soybean meal. Comparative advantage analysis showed that Brazil has an advantage in soybeans and soybean meal exports but not in soybean oil export. The US was found to have a comparative advantage only in soybean export and Argentina in both soybean meal and soybean oil exports. From 1990/1996 to 1997/2002, there was an increase in the geographic concentration of soybean imports, basically in all the importing countries analyzed. The soybean meal import market presented geographic diversification and the soybean oil import was concentrated only in the Low Countries, Mexico and Pakistan. Exports were not geographically concentrated, indicating that increased competitivity among the exporting countries stimulates the search for new markets. The estimated values for elasticity of substitution showed that in spite of the fact that these products are treated as commodities , there is no perfect substitubility between the soybean meal and soybean oil exports from Brazil, US and Argentina. The results obtained allowed to infer that competition between these countries increased and that soybean export competitivity led to increased Brazilian participation in the soybean world market. In the processed segments, Brazil lost competitivity, especially in relation to Argentina, with the need of adopting policies to reduce the costs of the national processing companies and to increase export competitivity. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-11-09T11:28:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1180668 bytes, checksum: 4d2508f31830153387fcee0e523093f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-09T11:28:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1180668 bytes, checksum: 4d2508f31830153387fcee0e523093f6 (MD5) Previous issue date: 2005-04-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O objetivo central deste trabalho é analisar o desempenho da pauta de exportações mineiras de produtos agropecuários. Para tanto, foi escolhida uma metodologia que permitisse, simultaneamente, avaliar o referido desempenho e separar seus efeitos determinantes (efeitos comércio mundial, composição da pauta, destino das exportações e competitividade). Assim sendo, foi realizada a construção de dois indicadores ex post: o primeiro deles é obtido a partir do método Constant Market Share – CMS, que permite decompor o crescimento (decrescimento) das exportações em diferentes efeitos; o segundo indicador escolhido foi o de Vantagem Comparativa Revelada – VCR. Ambos os indicadores são tradicionalmente utilizados em pesquisas que buscam averiguar o desempenho exportador de um país e, ou, região, seja para o agregado de suas exportações, seja através de segmentação de sua pauta. Os produtos selecionados para esse estudo foram: café, soja em grão, celulose, açúcar em bruto, carne de frango e carne suína. A escolha deveu-se ao fato de esses constituírem os principais produtos agroindustriais da pauta exportadora de Minas Gerais. Os mercados de destino selecionados foram os Estados Unidos, União Européia, Mercosul, Japão, China, Oriente Médio, Ásia, Europa Oriental e África. Como resultado, percebeu-se que, de modo geral, as exportações mineiras cresceram para todos os produtos analisados no período considerado – 1990 a 2003. Todavia, em uma análise desagregada, observaram-se especificidades importantes. No caso das exportações mineiras de café, houve queda no período mais recente, explicada pelo desaquecimento do comércio mundial do produto. As vendas externas de soja, por sua vez, apresentaram sinal negativo para o efeito competitividade em todos os períodos, embora esse efeito não tenha sido determinante do desempenho das suas exportações. O efeito competitividade garantiu taxa positiva de crescimento das exportações mineiras de celulose no segundo período analisado, quando o mercado mundial para a mercadoria encontrava-se em retração. Por seu turno, os resultados obtidos para as vendas externas de açúcar por Minas Gerais indicaram um dinamismo interessante em períodos de desaquecimento mundial, justificado pelo efeito destino das exportações. Em relação às carnes de frango e suína, cabe destacar o crescimento expressivo das exportações mineiras no período recente, explicado pelo efeito competitividade. Na análise agregada pôde-se observar a importância da influência do efeito comércio mundial nas exportações mineiras para o período analisado. Em relação aos índices de Vantagem Comparativa Revelada, estes mostram um quadro evolutivo crescente para todos os produtos considerados, destacando-se o café, a soja e a celulose, que apresentaram valores maiores que um para todos os períodos, e a carne suína, a única a não apresentar VCR no último período analisado. / The main objective of this work is to analyze the performance of the exportation list of farming products of the State of Minas Gerais. For this, it was choosen a methodology that allowed to evaluate simultaneously the above metioned performance and separate its determinative effects (world-wide commerce effect, composition of the list, destination of the exportations, competitiveness). In this way, it was performed the creation of two ex post pointers: the first one of them is obtained from the Constant Market Share method - CMS, that allows to decompose the growth (decreasing) of the exportations in different effects; the second chosen pointer was the Revealed Comparative Advantage - RCA. Both pointers are used in researches in order to investigate the exporting performance of a country and/or a region, either for the aggregate of its exportations, either through the segmentation of its list. The products selected for this study were: coffee, soy bean, cellulose, raw sugar, pork and chicken meat. The choice was made because these products constitute the main agri industrial products of the exporting list of Minas Gerais. The selected consumer markets of destination were the United States, the European Union, Mercosul, Japan, China, the Middle East, Asia, Oriental Europe and Africa. As a result, it was realized that, in a general way, the exportations of the State of Minas Gerais had grown for all the analyzed products in the considered period - from 1990 to 2003. However, in a disaggregated analysis, important especifications were observed. In the case of Minas Gerais exportations of coffee there was a decrease in the most recent period, explained by the reduction of the world-wide trade of this product. External commerce of soy, for its turn, presented a negative signal for all the presented periods, though this effect was not determinative in the performance of its exportations. The competitiveness effect guaranteed a positive rate of growth of Minas Gerais exportations of cellulose in the second period analyzed, when the world-wide market for the product was in retraction. For its turn, the obtained results for external commerce of sugar of Minas Gerais had indicated an interesting dynamism in periods of world-wide economic decreasing, explained by the destination effect of the exportations. In relation to pork and chicken meats, it is good to mention the expressive growth of Minas Gerais exportations in this recent period, because of the competitiveness effect. In the aggregate analysis, it could be observed the importance of the influence of the world-wide commerce in the State of Minas Gerais exportations for the analyzed period. In relation to the rates of Revealed Comparative Advantage, they show a developing picture for all the considered products, distinguishing coffee, soy and cellulose, wich present values bigger than one for all the periods, and pork meat, the only one not to present RCA in the last period analyzed. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2016-03-18T12:15:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 marcia_bezerra_ioc_dout_2012.pdf: 3641805 bytes, checksum: 551d726828aba255caeef4c323eae9ee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Esta tese descreve o projeto conceitual do sistema de banco de dados ProteinWorldDB (PWDB). Um ponto importante da proposta do PWDB é permitir a construção de consultas e procedimentos no domínio da genômica comparativa sem a necessidade de comparação de sequências. Além disso, o PCG comparou milhões de sequências de proteína, incluindo o conjunto proteico total de centenas de genomas completos, utilizando programação dinâmica, e não um método heurístico, para os cálculos de similaridade. A estratégia do PCG, assim como a genômica, está fundamentada no conhecimento de que sequências biológicas por si só são pouco informativas; elas precisam ser analisadas a partir de um enfoque comparativo para a inferência de homologia. A comparação de sequências de diferentes organismos introduz uma perspectiva evolutiva ao processo, e o estudo comparativo de genomas completos pode ampliar a escala do conhecimento de um único processo biológico para o de sistemas biológicos complexos em células e organismos. Para responder eficientemente questões dessa natureza, o esquema conceitual apresentado associa bases de dados biológicos de referência aos índices de similaridade já pré-calculados e armazenados pelo PCG Utilizando um formato gráfico de fácil compreensão para representar conceitos e relacionamentos (diagrama ER), o esquema foi proposto para facilitar o planejamento de consultas e procedimentos por pesquisadores da área de genômica (sem conhecimento de linguagens de bancos de dados), assim como guiar o desenvolvimento e a implementação física do PWDB por profissionais da área de computação. Alguns exemplos são apresentados com o objetivo de demonstrar a utilização do esquema conceitual para a especificação de consultas e procedimentos, mesmo antes da existência de um esquema lógico. O esquema pode ser facilmente estendido. Módulos anexos podem ser inseridos/removidos para incluir outros projetos, baseados em comparação de sequências de proteína, que se beneficiem das informações fornecidas pelo módulo central do esquema e novas bases de dados, específicas de diferentes áreas (-ômicas, por exemplo), podem ser integradas ao esquema / This thesis describes the conceptua l design of the database system ProteinWorldDB (PWDB) . An important point of the PWDB p roposal is to allow the construction of queries and procedures in the field of comparative genomics without the need for sequence comparison . Moreover , the PCG compared millions of protein sequences, including the entire set of proteins from hundreds of complete genomes using dynamic programming , rather than a heuristic method , for calculating similarity PCG‘s strategy, like that of genomic studies in general, is grounded in the knowledge that biological sequences alone are uninformative. They need to be analyzed from a comparative approach to infer homology. The comparison of sequences from different organisms introduces an evolutionary perspective to the process and the comparative study of complete genomes can expand our knowledge from a single biological process all the way to complex biological systems in cells and organisms. To efficiently answer questions of this nature, the conceptual schema links selected internati onal reference biological databases to similarity indexes already precomputed and stored by the PCG . By using an easily understandable graphic format to represent concepts and relationships (ER diagram), the schema was proposed to help the design of querie s and procedures by genomic researchers (who may not have knowledge of database languages) as well as to guide the development and physical implementation of the system by developers. Some e xamples are presented to demonstrate the use of the conceptual sch ema for specifying queries and procedures, even before the existence of a logical schema. The schema can be easily extended. Additional modules can be inserted/removed to include other protein sequences comparisons projects that may benefit from the inform ation provided by the schema ́s central module. Likewise, new databases specific to different areas ( - omics, for example) can be cross - referenced to the schema / This thesis describes the conceptua l design of the database system ProteinWorldDB (PWDB) . An important point of the PWDB p roposal is to allow the construction of queries and procedures in the field of comparative genomics without the need for sequence comparison . Moreover , the PCG compared millions of protein sequences, including the entire set of proteins from hundreds of complete genomes using dynamic programming , rather than a heuristic method , for calculating similarity PCG‘s strategy, like that of genomic studies in general, is grounded in the knowledge that biological sequences alone are uninformative. They need to be analyzed from a comparative approach to infer homology. The comparison of sequences from different organisms introduces an evolutionary perspective to the process and the comparative study of complete genomes can expand our knowledge from a single biological process all the way to complex biological systems in cells and organisms. To efficiently answer questions of this nature, the conceptual schema links selected internati onal reference biological databases to similarity indexes already precomputed and stored by the PCG . By using an easily understandable graphic format to represent concepts and relationships (ER diagram), the schema was proposed to help the design of querie s and procedures by genomic researchers (who may not have knowledge of database languages) as well as to guide the development and physical implementation of the system by developers. Some e xamples are presented to demonstrate the use of the conceptual sch ema for specifying queries and procedures, even before the existence of a logical schema. The schema can be easily extended. Additional modules can be inserted/removed to include other protein sequences comparisons projects that may benefit from the inform ation provided by the schema ́s central module. Likewise, new databases specific to different areas ( - omics, for example) can be cross - referenced to the schema

Introdução: Durante as últimas décadas, a utilização de métodos moleculares como Hibridizacão in situ por fluorescência (FISH) e Hibridização Genômica Comparativa (array-CGH) mudou dramaticamente a perspectiva em relação à detecção de rearranjos genômicos submicroscópicos. O número de doenças identificadas como causada por microdeleções/microduplicações cromossômicas aumentou rapidamente, trazendo um papel crucial para a citogenética no diagnóstico destas condições. Objetivo: O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar microdeleções cromossômicas associadas a síndromes de malformações em um laboratório de citogenética de referência de um hospital público do sul do Brasil. Métodos: Estudo retrospectivo e prospectivo, em uma série consecutiva de amostras. O estudo foi baseado em registros hospitalares e laboratoriais de amostras de uma coorte de pacientes com suspeita clínica de microdeleção cromossômica. Foram selecionadas amostras de indivíduos em que o diagnóstico clínico proposto incluia uma suspeita de rearranjo nos cromossomos 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11. 2,2 e 22q11 que foram analisados por hibridização in situ por fluorescência (FISH). Em 11 amostras com microdeleções, hibridização genômica comparativa (array-CGH) foi realizada. Resultados: Um total de 504 amostras foram avaliadas, sendo as suspeitas mais comuns a deleção 22q11.2 (29,5%), a síndrome de Prader-Willi (21,6%), a síndrome de Williams-Beuren (15%) e da síndrome de Angelman (13 %). Em 120 deles (23,8%) desequilíbrios cromossómicas relacionadas com o diagnóstico clínico foram encontrados. A del7q11.23 foi a alteração mais frequente (8,5%) detectada, seguida por del22q11.2 (5,3%) e del15q11-q12 (4,5%). Conclusões: Nossos achados reforçam à estratégia de que um teste de citogenética molecular sensível associada com uma avaliação clínico qualificado são cruciais para a detecção e caracterização precisa de deleções cromossômicas submicroscópicas. Além disso, nosso estudo enfatiza a necessidade de educação continuada para o desenvolvimento e utilização de novas tecnologias para o diagnóstico citogenético, as quais, em nossa experiência, puderam ser introduzidas com sucesso em um hospital público do sul do Brasil. / Background: During the past decades, the widespread use of FISH and microarray-based technologies dramatically changed our perspective regarding detection of submicroscopic genomic rearrangements. The number of diseases identified as caused by chromosomal microdeletions/microduplications increased quickly, bringing a new and crucial role for cytogenetics in the diagnosis of these conditions. Objective: The purpose of this study was to identify and chraracterize chromosomal microdeletions associated with malformation syndromes in a reference cytogenetics laboratory from a public hospital of Southern Brazil. Methods: Using retrospective and prospective approaches, we evaluated a consecutive series of samples. The study was based in hospital and laboratorial records of samples from a cohort of subjects with clinical suspicion of a chromosomal microdeletion. We selected samples from subjects in whom a clinical diagnosis was proposed, which included deletion of chromosomes 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11.2,2 and 22q11 identified by fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis. In 11 samples with microdeletions, array-based comparative genomic hybridization (array-CGH) was performed. Results: A total of 504 samples were evaluated, being the most common suspicions the 22q11.2 deletion (29.5%), the Prader-Willi syndrome (21.6%), the Williams-Beuren syndrome (15%) and the Angelman syndrome (13%). In 120 of them (23.8%) chromosomal imbalances related to the clinical diagnosis were found. The deletion 7q11.23 was the most frequently finding (8.5%), followed by del22q11.2 (5.3%) and del15q11-q12 (4.5%). Conclusions: Our findings provide support to the idea that a sensitive molecular cytogenetic test associated with a qualified clinical evaluation are crucial for the detection and precise characterization of submiscroscopic chromosome deletions. Additionally, our study emphasizes the need of continuing 6 education for the improvement of the cytogenetic diagnosis technology, which was successfully introduced in a public hospital of Southern Brazil.

Quase 100 anos após a descoberta do Trypanosoma cruzi, agente etiológico da doença de Chagas, não existem tratamentos efetivos para esta doença tanto em sua fase aguda quanto crônica. Neste trabalho é apresentado um estudo em grande escala das proteínas preditas a partir de seqüências genômicas de T. cruzi, através de técnicas de bioinformática e modelagem comparativa, visando investigar e discutir os seguintes aspectos: (i) quais seqüências podem ter suas estruturas tridimensionais (3D) geradas e qualificadas por técnicas de modelagem comparativa, usando o workflow MHOLline; (ii) associar a estes modelos protéicos uma classificação enzimática (EC), através da ferramenta ECNGet (desenvolvida neste trabalho); (iii) através desta associação enzimática aos modelos, usá-los para inferir possíveis funções biológicas às suas seqüências alvos originalmente anotadas como hipotéticas, e/ou sugerir uma possível reanotação de seqüências; (iv) investigar dentre as enzimas com estruturas 3D geradas quais possuem similaridades (ortologias) com enzimas humanas (genoma de Homo sapiens); (v) determinar quais das enzimas identificadas fazem parte de alguma via metabólica representativa depositada em bancos de dados específicos. Dentre as enzimas de T. cruzi consideradas como alvos moleculares para o tratamento da doença de Chagas, as cisteíno proteases têm sido extensivamente estudadas experimentalmente. Neste presente estudo, as isoformas 1 e 2 da cruzipaína foram investigadas por simulações de dinâmica molecular (DM), nas temperaturas de 25C e 37C, tendo como controle a papaína, enzima representativa da família C1 de cisteíno proteases. Analisando 20.679 seqüências protéicas preditas a partir de CDS (Seqüência Codificante) não redundantes do genoma de T. cruzi (cepa CL Brener), 4.719 seqüências foram associadas a proteínas de membrana e foram gerados 2.786 modelos estruturais protéicos. Destes modelos, 1.888 foram associados a um EC, dos quais aproximadamente 79,5% foram classificados como tendo uma qualidade suficientemente boa para serem usados em estudos de desenho racional de fármacos baseado em estrutura, através de métodos de modelagem molecular. Dos 1.876 modelos enzimáticos com, pelo menos, uma sub-subclasse enzimática, foram identificadas 99 seqüências possivelmente análogas a enzimas humanas, 1.776 como similares e 1 bifuncional como análoga/similar. Também foi possível detectar um subgrupo de 10 modelos considerados como prováveis enzimas específicas de T. cruzi em relação a H. sapiens, não descartando possíveis relações destas seqüências com outros organismos. Nos estudos de DM realizados, o principal resultado obtido indica que a presença de resíduos ácidos na posição 158 (numeração da papaína) no sítio catalítico, pode induzir uma reorganização estrutural, suscetível a variações de temperatura, dos resíduos catalíticos em cisteíno proteases da família da papaína. Esta reorganização estrutural gera uma conformação semelhante à apresentada pela tríade catalítica (ASP/HIS/SER) em serino proteases.

Simbiose é a associação permanente entre dois ou mais organismos de espécies distintas, pelo menos durante uma parte do ciclo de vida. Existe uma grande diversidade de casos de simbiose, os quais são frequentemente classificados de acordo com os benefícios ou deficits no valor adaptativo do hospedeiro, i.e., mutualismo, comensalismo ou parasitismo. Outras características importantes são a localização, a dependência e o modo de transmissão dos simbiontes. O conjunto de organismos selecionado para este trabalho consiste de 58 bactérias que foram agrupadas segundo características das associações simbióticas que elas estabelecem. A análise comparativa das redes metabólicas foi realizada de forma sistêmica, analisando toda a rede sem fazer a partição em vias metabólicas selecionadas a priori. Duas maneiras de comparação foram utilizadas: (i) análise dos conjuntos de compostos e de reações, e (ii) análise da topologia das redes metabólicas modeladas como grafos de compostos. Como fruto dessas análises foi possível observar o contraste entre a conservação de um núcleo metabólico nas bactérias extracelulares, de vida livre e associadas à célula, e a ausência de partes comuns da rede metabólica nas intracelulares estritas. Nota-se que o grupo das mutualistas (MIV) foi o que especialmente contribuiu para os valores baixos de interseção para os conjuntos de compostos e de reações. Esses endocitobiontes apresentam uma proporção maior dos seus genomas dedicada ao metabolismo. Além disso, partes distintas do metabolismo foram conservadas em diferentes subconjuntos dessas bactérias intracelulares mutualistas. / Symbiosis is the permanent association between two or more organisms that are distinct, at least during a part of the life cycle. Cases of symbiosis are widely diverse and are often classified based on the benefits or the deficits on the host fitness, e.g., mutualism, commensalism or parasitism. Location, type of dependency and transmission of the symbionts are also important features. The data set is composed of 58 bacteria which were grouped according to the features of the symbiotic associations established by them. The metabolic network comparison was carried out in a systematic way, taking into account the whole network without previously selecting metabolic pathways. The comparison was performed by analysing: (i) the sets of compounds and reactions, and (ii) the topology of the metabolic networks modelled as compound graphs. A conserved metabolic core inside the groups of extracellular, free-living and cell-associated bacteria was observed, contrasting with the absence of common parts in the metabolic networks of the obligate intracellular bacteria. The group of mutualists (MIV) specially contributed to the low values of the intersections of sets of compounds and reactions. The portion of the genome dedicated to metabolism is higher in these endocytobionts and distinct parts of the metabolism were conserved in different subsets of the intracellular mutualist bacteria.

Submitted by Carolina Peres null (carol_peres88@hotmail.com) on 2017-10-20T13:48:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertação completa mestrado.pdf: 3043086 bytes, checksum: 409a3054d7b6e44ea30ba5eca7aac1bf (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-10-23T19:13:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 peres_c_me_bot.pdf: 3043086 bytes, checksum: 409a3054d7b6e44ea30ba5eca7aac1bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-23T19:13:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 peres_c_me_bot.pdf: 3043086 bytes, checksum: 409a3054d7b6e44ea30ba5eca7aac1bf (MD5) Previous issue date: 2017-08-31 / A doença de Chagas é uma enfermidade que afeta milhões de pessoas no mundo, principalmente em países em desenvolvimento. No Brasil, o único fármaco disponível para tratamento desta doença é o benzonidazol (BNZ). Atualmente o regime posológico para adultos consiste na administração deste fármaco na forma de comprimidos de liberação imediata de 100 mg em duas ou três tomadas diárias, durante 60 dias. Apesar da elevada eficácia desse fármaco na fase aguda da doença (aproximadamente 70%), os eventos adversos são frequentes e muitas vezes causam a interrupção do tratamento. Diante desse cenário, o Laboratório de Tecnologia de Medicamentos (LTM) da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) desenvolveu comprimidos de liberação prolongada, visando a redução da frequência de administrações do fármaco e a melhoria do tratamento com doses mais precisas. Em estudos pré-clínicos foram observadas vantagens da administração do comprimido de liberação prolongada na cinética do fármaco benzonidazol quando comparada a administração do comprimido de liberação imediata (formulação convencional). Entretanto, a continuidade do desenvolvimento do produto farmacêutico para aplicação terapêutica exige a avaliação em humanos. Logo, o objetivo deste trabalho foi reunir todas as informações e documentos necessários para a elaboração do protocolo de estudo clínico da nova formulação de liberação prolongada para futura submissão ao CEP e à ANVISA. Estabeleceu-se o protocolo para estudo Clínico de fase I – biodisponibilidade comparativa, aberto, aleatorizado, cruzado e monocêntrico. A administração foi estabelecida em dois tratamentos, duas sequências, dois períodos, nos quais os participantes recebem, em cada período, a formulação teste ou a formulação referência. Serão realizados dois estudos independentes, no qual o primeiro estudo, os participantes estarão em jejum (Estudo I) e no segundo estudo, estarão alimentados (Estudo II). Serão 24 participantes para cada estudo, sendo 12 participantes de cada sexo. Os resultados deste estudo proporcionarão informações para avaliar se a administração da formulação Teste, benzonidazol 200mg, determina níveis plasmáticos semelhantes aos da formulação Referência, benzonidazol 100mg e se os mantém por período suficiente para a assunção de uma administração diária. Esta avaliação culminará com a decisão sobre a substituição da apresentação atualmente utilizada no tratamento da tripanossomíase pela nova formulação de liberação prolongada. / Chagas disease affects millions of people worldwide, especially in developing countries. In Brazil, the only drug available for treatment of this disease is benzonidazole (BNZ). Currently, the dosage regimen for adults consists of administration of this drug in the form of 100 mg immediaterelease tablets in twice or three times a day for 60 days. Despite the high efficacy of this drug in the acute phase of the disease (approximately 70%), adverse effects are common and often cause discontinuation of treatment. In this scenario, the Laboratory of Drug Technology (LTM) of the Federal University of Pernambuco (UFPE) has developed extended-release tablets aimed at reducing the frequency of drug administration and improving treatment at more precise doses. In preclinical studies, advantages of extended-release tablet administration have been observed in the kinetics of the drug benzonidazole when compared to the administration of the immediate release tablet (conventional formulation). However, the continued development of the pharmaceutical product for therapeutic application requires evaluation in humans. Therefore, the objective of this study was to gather all the information and documents necessary for the elaboration of the clinical study protocol of the new extended release formulation for future submission to the IRB (Institutional Review Board) and Brazillian Health Regulatory Agency (ANVISA). The protocol for Phase I clinical study - comparative, open, randomized, cross-over and monocentric was established. The administration was established in two treatments, two sequences, two periods, in which the participants receive, in each period, the test formulation or the reference formulation. Two independent studies will be performed, in which the first study, participants will be fasted (study I) and in the second study, they will be fed (study II). There will be 24 participants for each study, 12 participants of each sex. The results of this study will provide information to assess whether administration of the Test formulation, benzonidazole 200mg, determines plasma levels similar to those of the Reference formulation, benzonidazole 100mg, and if these levels are maintained for a sufficient time for daily administration. This evaluation will culminate with the decision on the replacement of the present presentation used in the treatment of trypanosomiasis by the new extendedrelease formulation.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:36:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BrunoJRC.pdf: 626236 bytes, checksum: fd4d631df050e2568c96cf38fd170017 (MD5) Previous issue date: 2008-12-15 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The analysis of the index of hierarchy and structural models of the formation of groups allowed to establish the hierarchical position of members of two groups of the genus Cebus. By the analyses of the hierarchical positions and the application of tests to obtain a food resource (TORA), we know the difference between these groups and groups in the wild. The results show a high ranking for both Cebus apella, as well as Cebus libidinosus. The results have enabled us to establish that the hierarchical structure in groups of Cebus in captivity: a) can be fixed and rigid different from highly flexible hierarchical structure studied in groups of wild b) even which similar hierarchy indices, there are differences in the hierarchical structure presents between C. apella and C. libidinosus in captivity c) hierarchy directly influence the behavioral patterns of obtaining food in Cebus / A an?lise do ?ndice de hierarquia e modelos estruturais de forma??o de grupos possibilitou estabelecer a posi??o hier?rquica dos membros de dois grupos do g?nero Cebus. Atrav?s da an?lise das posi??es hier?rquicas e tamb?m da aplica??o de testes de obten??o de recurso alimentar (TORA), pudemos perceber a diferen?a existente entre estes grupos e grupos estudados em vida livre. Os resultados mostram linearidade tanto para Cebus apella, quanto para Cebus libidinosus. Os resultados nos permitiram estabelecer que a estrutura hier?rquica em grupos de Cebus em cativeiro: a) pode ser r?gida e fixa diferente da estrutura hier?rquica altamente flex?vel estudada em grupos de vida livre; b) mesmo com ?ndices similares de hierarquia, existem diferen?as na estrutura hier?rquica apresenta entre C. apella e C. libidinosus em cativeiro; c) hierarquia influencia diretamente os padr?es comportamentais de obten??o de alimentos em Cebus

Introdução: Durante as últimas décadas, a utilização de métodos moleculares como Hibridizacão in situ por fluorescência (FISH) e Hibridização Genômica Comparativa (array-CGH) mudou dramaticamente a perspectiva em relação à detecção de rearranjos genômicos submicroscópicos. O número de doenças identificadas como causada por microdeleções/microduplicações cromossômicas aumentou rapidamente, trazendo um papel crucial para a citogenética no diagnóstico destas condições. Objetivo: O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar microdeleções cromossômicas associadas a síndromes de malformações em um laboratório de citogenética de referência de um hospital público do sul do Brasil. Métodos: Estudo retrospectivo e prospectivo, em uma série consecutiva de amostras. O estudo foi baseado em registros hospitalares e laboratoriais de amostras de uma coorte de pacientes com suspeita clínica de microdeleção cromossômica. Foram selecionadas amostras de indivíduos em que o diagnóstico clínico proposto incluia uma suspeita de rearranjo nos cromossomos 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11. 2,2 e 22q11 que foram analisados por hibridização in situ por fluorescência (FISH). Em 11 amostras com microdeleções, hibridização genômica comparativa (array-CGH) foi realizada. Resultados: Um total de 504 amostras foram avaliadas, sendo as suspeitas mais comuns a deleção 22q11.2 (29,5%), a síndrome de Prader-Willi (21,6%), a síndrome de Williams-Beuren (15%) e da síndrome de Angelman (13 %). Em 120 deles (23,8%) desequilíbrios cromossómicas relacionadas com o diagnóstico clínico foram encontrados. A del7q11.23 foi a alteração mais frequente (8,5%) detectada, seguida por del22q11.2 (5,3%) e del15q11-q12 (4,5%). Conclusões: Nossos achados reforçam à estratégia de que um teste de citogenética molecular sensível associada com uma avaliação clínico qualificado são cruciais para a detecção e caracterização precisa de deleções cromossômicas submicroscópicas. Além disso, nosso estudo enfatiza a necessidade de educação continuada para o desenvolvimento e utilização de novas tecnologias para o diagnóstico citogenético, as quais, em nossa experiência, puderam ser introduzidas com sucesso em um hospital público do sul do Brasil. / Background: During the past decades, the widespread use of FISH and microarray-based technologies dramatically changed our perspective regarding detection of submicroscopic genomic rearrangements. The number of diseases identified as caused by chromosomal microdeletions/microduplications increased quickly, bringing a new and crucial role for cytogenetics in the diagnosis of these conditions. Objective: The purpose of this study was to identify and chraracterize chromosomal microdeletions associated with malformation syndromes in a reference cytogenetics laboratory from a public hospital of Southern Brazil. Methods: Using retrospective and prospective approaches, we evaluated a consecutive series of samples. The study was based in hospital and laboratorial records of samples from a cohort of subjects with clinical suspicion of a chromosomal microdeletion. We selected samples from subjects in whom a clinical diagnosis was proposed, which included deletion of chromosomes 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11.2,2 and 22q11 identified by fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis. In 11 samples with microdeletions, array-based comparative genomic hybridization (array-CGH) was performed. Results: A total of 504 samples were evaluated, being the most common suspicions the 22q11.2 deletion (29.5%), the Prader-Willi syndrome (21.6%), the Williams-Beuren syndrome (15%) and the Angelman syndrome (13%). In 120 of them (23.8%) chromosomal imbalances related to the clinical diagnosis were found. The deletion 7q11.23 was the most frequently finding (8.5%), followed by del22q11.2 (5.3%) and del15q11-q12 (4.5%). Conclusions: Our findings provide support to the idea that a sensitive molecular cytogenetic test associated with a qualified clinical evaluation are crucial for the detection and precise characterization of submiscroscopic chromosome deletions. Additionally, our study emphasizes the need of continuing 6 education for the improvement of the cytogenetic diagnosis technology, which was successfully introduced in a public hospital of Southern Brazil.

Este trabalho tem como objetivo analisar a competitividade das exportações brasileiras de manga e de uva no mercado internacional no período de 1989 a 2005. Para tanto, utilizou-se o modelo de Constant Market Share (CMS) e o modelo de Vantagem Comparativa Revelada (VCR) para evidenciar os principais fatores responsáveis pela rápida expansão das exportações nacionais para esses dois produtos, além de realizar uma análise comparativa entre as duas culturas selecionadas. O primeiro modelo busca analisar as causas de variação da quantidade (ou valor) exportada de um produto pelo país em questão em relação ao tempo, gerando três dimensões explicativas para a variação das exportações: o efeito dimensão, o efeito distribuição e o efeito competitividade. O efeito dimensão mostra como o crescimento das exportações mundiais afetou o crescimento das exportações do país analisado. O efeito distribuição refere-se às exportações para países de maior ou menor dinamismo. Por resíduo, descontando-se os demais efeitos temos o termo competitividade.Para a geração dos resultados foi necessária a sub-divisão do período de análise em três grupos trienais: 1989/1990/1991, 1994/1995/1996 e 2003/2004/2005.O modelo de Vantagem Comparativa Revelada parte do pressuposto de que o país em questão tende a se especializar nas exportações de produtos que ofereçam vantagens competitivas. Para tanto, o indicador deve apresentar um valor superior a 1 para os produtos competitivos, evidenciando que a participação do produto em questão na pauta do país analisado é superior à participação do país no mercado global geral. Diferentemente do CMS, os indicadores de Vantagem Comparativa Revelada (VCR) nas exportações de um produto podem ser calculados com freqüência anual. O resultado do modelo de Constant Market Share para manga, referente ao primeiro sub-período de análise, mostra que o significativo aumento das exportações brasileiras de manga foi fortemente influenciado pelo crescimento do mercado mundial, seguido pelo efeito competitividade e destino das exportações. Para o segundo subperíodo, o efeito de maior significância foi a competitividade, seguido pelo efeito crescimento do mercado mundial e destino das exportações. Para a uva, o resultado referente ao primeiro sub-período de análise mostra que o significativo aumento das exportações brasileiras dessa fruta foi fortemente influenciado pelo efeito destino das exportações, seguido pelo efeito competitividade e crescimento do mercado mundial. Para o segundo sub-período, os resultados apontam a competitividade como principal fator responsável pelo aumento das exportações brasileiras, seguido pelo efeito crescimento do mercado mundial. O efeito destino das exportações apresentou valor negativo. Para o caso da manga, foram observados altos valores para o indicador de Vantagem Comparativa Revelada, especialmente para o período após 1993. Diferentemente dos resultados apresentados para a manga, as exportações de uva revelam vantagem comparativa apenas no final do período analisado (depois de 2002). / This paper has the main purpose of analyzing competitiveness of Brazilian exports of mangoes and grapes in the international market between 1989 and 2005. Constant Market Share and Revealed Comparative Advantage were used to obtain the main factors that could explain the fast growth of Brazilian exports of the chosen fruits, doing a comparative analysis between these fruits. The first model tries to analyze the reasons of variation in the quantity (or value) of a product exported by the current country related to the time, generating three dimensions: the effect dimension, the effect distribution and the effect competitiveness. The effect dimension shows how the growth of the world exports affected the growth of the current country\'s exports. The effect distribution relates to exports to countries of bigger or smaller dynamism. As a result, discounting the other effects we have the term competitiveness. To generate the results it was necessary to have the sub-division of the analyzed period into three triennial groups: 1989/1990/1991, 1994/1995/1996 and 2003/2004/2005.The Revealed Comparative Advantage model considers that a country tends to specialize itself in exporting products that offer competitive advantages. Thus, the indicator must submit a value higher than 1 for competitive products, showing that the product participation in a country is superior to the country participation in the global market. Different from Constant Market Share (CMS), Revealed Comparative Advantage indicators of exports can be calculated with annual frequency. The Constant Market Share model result for mangoes, referring to the first sub-period analysis shows that the significant increase in Brazilian exports of mangoes was strongly influenced by the growth of the world market, followed by the competitiveness effect, and the destination of exports. For the second sub-period, the most significant effect was the competitiveness, followed by the growth of the world market and the destination of exports. Considering grapes, the result referring to the first sub-period analysis shows that the significant increase in Brazilian grapes exports was strongly influenced by the effect \"exports destination\", followed by the effect competitiveness and the world market\'s growth. For the second sub-period, the results indicate competitiveness as the main factor responsible for the increase of the Brazilian exports, followed by the growth of the world market. The effect \"exports destination\" showed a negative value. For the Revealed Comparative Advantage (RCA) model, the mango case results showed a high revealed comparative advantage, especially after 1993. The grapes´ results show a comparative advantage only at the end of the period, when, from 2002 on there was a trend of grape consolidation as a competitive product in the international market, though on a distant level from mangoes.