In recent years, the mortality gap between Eastern and Western European countries is increasing. For this reason, several studies have recently been applied to analyze the differences in European mortality. In order to detect similar mortality groups, there is an urgent need to extend the current studies with spatial studies, which take into account the geographical location of countries, time and their interaction. This doctoral thesis aims to help public policies so that they can efficiently distribute resources, as well as actuaries, who develop life insurance and design pension plans. In this context, three main objectives are proposed. The first one focuses on how to standardize the crude mortality rate for comparisons between countries. The second is based on the presentation and application of a spatio-temporal methodology based on panel data to carry out the identification of significant groups of European countries with similar mortality over time. The third one deals with the proposal and adaptation of a spatio-temporal methodology to select the best spatial panel data model in order to correctly model spatial and temporal effects. The final model was validated using two measures of goodness of fit: the residual variance and the coefficient of determination. Finally, the routines to section the best spatial model were implemented in R. The detailed statistical methodology at the theoretical level is applied to mortality data from 26 European countries for a range between 0 to 110+ and a time range of more than 15 years. It is in our interest to apply and display this methodology in a free statistical software R and, therefore, within the reach of all. The work of this doctoral thesis is part of the research supported by the Ministry of Economy and Competitiveness in the project MTM2013-45381-P, "Longevity differences in the European Union: application of new methods for evaluation and analysis". / En los últimos años, la brecha de mortalidad entre los países del este y del oeste de Europa está aumentando. Por ello, recientemente se han aplicado diversos estudios para analizar las diferencias de la mortalidad europea. Para detectar agrupaciones de mortalidad similar, urge la necesidad de extender los estudios actuales con estudios espaciales, los cuales tienen en cuenta la ubicación geográfica de los países, el tiempo y su interacción. La presente tesis doctoral pretende servir de ayuda tanto a las políticas públicas para que éstas puedan realizar una distribución eficiente de recursos como a los actuarios, los cuales elaboran seguros de vida y diseñan los planes pensiones. En este contexto, se proponen tres objetivos principales. El primero, se centra en mostrar cómo estandarizar la tasa bruta de mortalidad para poder realizar comparaciones entre países. El segundo, se basa en la presentación y aplicación de una metodología espacio-temporal basada en datos de panel para llevar a cabo la identificación de agrupaciones significativas de países europeos con mortalidad similar a lo largo del tiempo. El tercero, versa en la propuesta y adaptación de una metodología espacio-temporal para seleccionar el mejor modelo espacial de datos de panel con el fin de modelizar de forma correcta el efecto espacial y el temporal. El modelo final se validó utilizando dos medidas de bondad de ajuste: la varianza residual y el coeficiente de determinación. Finalmente, las rutinas para seccionar el mejor modelo espacial se implementaron en R. La metodología estadística detallada a nivel teórico se aplica a datos de mortalidad de 26 países europeos para un rango de edad comprendido entre 0 a 110+ y un horizonte temporal de más de 15 años. Es de nuestro interés aplicar y mostrar esta metodología en un software estadístico libre R y, por tanto, al alcance de todos. El trabajo realizado en la presente tesis doctoral se enmarca dentro de la línea de investigación financiada por el Ministerio de Economía y Competitividad en el proyecto MTM2013-45381-P, "Diferencias de longevidad en la Unión Europea: aplicación de nuevos métodos para su evaluación y análisis". / En els últims anys, la bretxa de mortalitat entre els països de l'est i de l'oest d'Europa està augmentant. Per això, recentment s'han aplicat diversos estudis per analitzar les diferències de la mortalitat europea. Per detectar agrupacions de mortalitat similar, urgeix la necessitat d'estendre els estudis actuals amb estudis espacials, els quals tenen en compte la ubicació geogràfica dels països, el temps i la seua interacció. La present tesi doctoral pretén servir d'ajuda tant a les polítiques públiques perquè aquestes puguen realitzar una distribució eficient de recursos com als actuaris, els quals elaboren assegurances de vida i dissenyen els plans pensions. En aquest context, es proposen tres objectius principals. El primer, se centra a mostrar com estandarditzar la taxa bruta de mortalitat per poder realitzar comparacions entre països. El segon, es basa en la presentació i aplicació d'una metodologia espai-temporal basada en dades de panell per dur a terme la identificació d'agrupacions significatives de països europeus amb mortalitat similar al llarg del temps. El tercer, versa en la proposta i adaptació d'una metodologia espai-temporal per seleccionar el millor model espacial de dades de panell per tal de modelitzar de forma correcta l'efecte espacial i el temporal. El model final es va validar utilitzant dues mesures de bondat d'ajust: la variància residual i el coeficient de determinació. Finalment, les rutines per seccionar el millor model espacial es van implementar en R. La metodologia estadística detallada a nivell teòric s'aplica a dades de mortalitat de 26 països europeus per a un rang d'edat comprès entre 0 a 110+ i un horitzó temporal de més de 15 anys. És del nostre interès aplicar i mostrar aquesta metodologia en un software estadístic lliure R i, per tant, a l'abast de tots. El treball realitzat en la present tesi doctoral s'emmarca dins de la línia d'investigació finançada pel Ministeri d'Economia i Competitivitat en el projecte MTM2013-45381-P, "Diferencias de longevidad en la Unión Europea: aplicación de nuevos métodos para su evaluación y análisis". / Carracedo Garnateo, P. (2017). Metodología espacio-temporal con datos de panel. Estudio de la mortalidad europea [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/89080 / TESIS

La gestión de proyectos es un área de gran desarrollo e interés para las empresas y organizaciones, tanto si basan su estrategia empresarial en los beneficios que se obtienen con ellos, como si, simplemente, los necesitan para seguir con sus actividades. En cualquier caso, es una herramienta de cambio que permite adaptarse a las necesidades de sus clientes. Es importante resaltar, que un proyecto es algo único que se realiza por un grupo o equipo en un momento dado, por que la propia organización del proyecto es un ente temporal que se creará y se disolverá una vez éste haya finalizado. Esto significa que por su propia naturaleza es una organización no estable, donde el conocimiento no se retiene, de forma que en cada proyecto se puede volver a reinventar la rueda. Para evitar repetir los errores y aprovechar las experiencias y el conocimiento generado en cada uno de ellos, varias organizaciones y asociaciones han recopilado las buenas prácticas en gestión de proyectos, siendo muy recomendable su consideración. De hecho, en 1.969 se creó PMI® ‐Project Management Institute‐, con el objetivo de agrupar este conocimiento y fomentar la profesión del director de proyectos. Este instituto edita la guía para la gestión de proyectos más influyente y reconocida a nivel mundial, a saber, el PMBOK® o Project Management Body of Knowledge, cuerpo de conocimiento de esta área en el que se indican los procesos a implantar en un proyecto según el consenso alcanzado por un grupo de expertos. Este documento tan solo es una guía y, por tanto, no resulta ser de obligatorio cumplimiento. Expone la manera en la que un proyecto debería ser gestionado desde el punto de vista de su director. En el Reino Unido a través de la Oficina Gubernamental de Comercio, y a partir de las experiencias en el desarrollo de proyectos, puso en marcha un método que denominó PRINCE® –Projects in Cotrolled Environments‐ (en este momento se denomina PRINCE2®), que sí establecía de modo prescriptivo los principios, los temas y los procesos a implementar para gestionar un proyecto, de forma que las buenas prácticas generales descritas en los diferentes cuerpos de conocimiento se materializasen en un modelo concreto de gestión de proyectos. En estos momentos, PRINCE2® es de facto el estándar más utilizado, sobre todo, por las grandes organizaciones a nivel mundial. Finalmente, a nivel internacional, cabe señalar que se han generado varias iniciativas para crear un estándar de gestión de proyectos que sea reconocido en este nivel, lo que ayudaría a las relaciones comerciales entre diferentes países, así como, a facilitar el entendimiento a la hora de desarrollar proyectos entre diferentes, sectores, empresas y/o países. En esta línea, en 2.012, ISO publicó la norma básica ISO 21.500:2.012 que ‐basada fundamentalmente en el PMBOK®‐ pretende ser en un futuro la herramienta para que las empresas puedan certificarse, y por consiguiente, ser reconocidas como cumplidoras de la misma. En este entorno es en el que se ha gestado y basado la justificación de esta tesis, ya que en estos momentos se pueden encontrar empresas que han adoptado PRINCE2® y lo han hecho ajustándolo a sus necesidades, otras que están creando o adaptando sus procesos a la norma ISO 21.500:2.012, mientras que otras muchas basan sus procesos en las buenas prácticas descritas en el PMBOK®. Esta divergencia en la estrategia utilizada a la hora de gestionar los proyectos puede hacer que éstos sean ineficientes, sobre todo cuando la organización tiene que desarrollar proyectos con organizaciones o clientes que usen diferentes enfoques. Lo que obligaría a un esfuerzo extra tanto del equipo del proyecto como de la propia organización, y, en muchos casos, daría lugar a errores al no conocer con exactitud cómo proceder en cada caso, generándose por ello una falta de predictibilidad. De ahí que, en esta tesis, se haya abordado la posibilidad de diseñar un modelo o método que sea capaz de aunar ‐basándose en los procesos del PMBOK® y en las buenas prácticas de PRINCE2®‐ los tres diferentes enfoques, lo que sin duda facilitaría la interacción entre organizaciones. En esta tesis se han analizado y reformulado los principios a seguir de forma obligatoria a la hora de gestionar un proyecto, las áreas de conocimiento a analizar a lo largo del mismo y, sobre todo, los procesos que se deben utilizar, indicando tanto sus entradas como las salidas y los productos de gestión que se producen en cada uno de ellos, definiendo con detalle cómo se debería actuar para cumplir con las directrices de los tres enfoques. Todo este conocimiento se ha materializado en el MGIP o modelo de gestión integrada de proyectos y que pretende ser la base para que paulatinamente se vayan incorporando y homologando otros enfoques en gestión de proyectos que lo complementen. Así, se han generado 72 procesos, estructurados en 11 áreas de conocimiento y en 6 fases de gestión, que abarcan desde el origen de la necesidad de la dedicación de recursos para obtener un producto o servicio que pueda cubrir una necesidad, hasta el paso a operaciones de dicho resultado, pasando por las fases de inicio, planificación, ejecución y control y cierre. Finalmente, indicar que la investigación desarrollada en esta tesis, confirma que es factible la consecución del objetivo principal de la misma, a saber, la creación del MGIP, y en base al mismo, alcanzar los beneficios generados al aunar los diferentes enfoques integrados en el mismo. Ello se ha demostrado a partir del resultado del análisis comparativo realizado sobre un caso práctico en el que una empresa que basa su estrategia de negocio en el desarrollo de proyectos bajo una metodología y unos procesos creados por ella y para ella, es comparada frente al enfoque descrito en el MGIP. Concluyéndose que la estrategia de gestión de la empresa analizada puede ser integrada completamente y mejorada en la metodología del MGIP.

La regulación de la publicidad comparativa ha sufrido cambios muy severos en los últimos años. Específicamente lo relativo a la licitud de los enunciados subjetivos dentro de un contexto comparativo. Y es que, tras distintos precedentes de observancia obligatoria consagrando criterios disímiles, la vigente Ley de Represión de la Competencia Desleal optó por considerar ilícita toda afirmación publicitaria que no sea veraz, objetiva y pertinente; trayendo como consecuencia la limitación en el uso de esta herramienta comercial. Es así que la presente investigación, empleando un enfoque cualitativo, y de índole documental o bibliográficas, busca determinar los supuestos en los cuales debería permitirse el uso de publicidad comparativa subjetiva en nuestro país; para ello, se ha procedido al análisis de diversos pronunciamientos del INDECOPI referidos a la publicidad comparativa, evidenciándose que los argumentos sobre los cuales se ha basado esta prohibición no resultan aplicables a todo tipo de bienes. Así también, tras el análisis referido, se propone la inclusión de los bienes de conveniencia como supuesto en el cual debería permitirse el uso de enunciados subjetivos dentro de la publicidad comparativa; dado que ello supondría un mayor caudal de información para el consumidor respecto a nuevas opciones de bienes en el mercado que se adapten a su propia experiencia, gusto o parecer.

A observação recorrente que alguns pianistas, professores de piano e compositores fazem sobre a presença da escrita de Domenico Scarlatti em alguns movimentos das Sonatas de Beethoven, sugere que há alguma relação estética entre estes compositores até então não devidamente esclarecida. A primeira questão que aparece é como Domenico Scarlatti pôde chamar a atenção de Beethoven, considerando que Scarlatti foi um compositor italiano que saiu de Nápoles para Lisboa e finalmente Madrid, onde compôs as suas 555 Sonatas para o teclado, dedicadas à sua empregadora, rainha Maria Bárbara da Espanha. Beethoven, nascido em 1770, um século após Scarlatti, de outro lado, permaneceu em Viena e arredores por praticamente toda a sua vida profissional. Este trabalho busca investigar proximidades estéticas entre a composição para teclado de Domenico Scarlatti contidas na edição de Carl Czerny e as 32 Sonatas para piano de Beethoven. Busca também esclarecer aspectos da biografia de Domenico Scarlatti e a trajetória das cópias manuscritas de suas 555 Sonatas pela Europa, uma vez que trazem inovações formais e estéticas para sua época. Parte destas Sonatas chegou à Viena através de duas coleções de cópias manuscritas, chamadas de coleção Viena I e Viena II. Através destes manuscritos e das cópias que foram feitas a partir deles, Carl Czerny realizou sua edição. Admite-se que Beethoven tenha tido alguma familiaridade com esta edição das Sonatas de Scarlatti, uma vez que Czerny foi, durante muitos anos, seu aluno e amigo próximo. A metodologia utilizada para aferir semelhanças entre Scarlatti e Beethoven se baseia em duas abordagens. A primeira fundamenta-se na análise comparativa tradicional - não automatizada - sobre procedimentos composicionais de ambos os compositores. A segunda utiliza-se de recursos computacionais para identificar e quantificar a presença de fragmentos melódicos extraídos das Sonatas de Scarlatti da edição de Czerny nas Sonatas de Beethoven, com auxílio da tecnologia do toolkit music21, software desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology a partir de 2010 e disponível através da página de internet http://web.mit.edu/music21/. Seu uso, neste trabalho, aponta para novas possibilidades de abordagem na análise musical cujos resultados e conclusões são obtidos a partir de parâmetros distintos da análise musical tradicional. As análises comparativas tradicionais evidenciaram semelhanças importantes entre os procedimentos composicionais de Scarlatti e Beethoven como, por exemplo, o uso dos silêncios, das mudanças inesperadas de andamento e de caráter. A partir do software construído com a utilização do toolkit music21 para a busca dos fragmentos scarlattianos nas Sonatas de Beethoven, obteve-se resultados de grande relevância, identificando sequencias intervalares idênticas, encontradas nas Sonatas de Beethoven e não verificadas em Mozart, cujas Sonatas foram submetidas ao mesmo método. / A recurrent observation that some pianists, piano teachers and composers make about the presence of Domenico Scarlatti\'s writing in some movements of Beethoven Sonatas, suggests that there is some aesthetic relationship between these composers that was not properly clarified. The first question that appears is how Domenico Scarlatti music could draw the attention of Beethoven, considering that Scarlatti was an Italian composer who left Naples to Lisbon and finally Madrid, where he composed his 555 keyboard sonatas, dedicated to his employer, Queen Maria Barbara of Spain. Beethoven, born in 1770, a century after Scarlatti, on the other hand, remained in and around Vienna virtually his entire professional life. This research investigates aesthetic similiarities between Domenico Scarlatti keyboard Sonatas contained in Carl Czerny edition and the 32 piano Sonatas of Beethoven. It also intends to clarify aspects of Domenico Scarlatti\'s biography and the trajectory of his 555 keyboard Sonatas that bring formal and aesthetics innovations for his time. Part of these Sonatas has come to Vienna in two manuscript copy collections called Vienna I and Vienna II. Through these two manuscript collections and the copies made out of them, Carl Czerny organized his own edition of the Scarlatti Sonatas. It has been admitted that Beethoven was familiar with these Sonatas, considering his long friendship with Czerny. The methodology used to establish similarities between Scarlatti and Beethoven composition is based on two approaches. The first is founded on the traditional comparative analysis - not automated - on compositional procedures of both composers. The second approach makes use of computational resources to identify and quantify the presence of melodic fragments, extracted from Scarlatti Sonatas of Czerny edition, on Beethoven sonatas, with the aid of the toolkit music21, technology developed by MIT in 2010 and available on the internet page http://web.mit.edu/music21/. Its use in this work points to new possibilities for musical analysis whose results and conclusions are obtained from different parameters of traditional musical analysis. The traditional comparative analyzes has revealed important similarities between the compositional procedures of Scarlatti and Beethoven, for example, the use of silences, unexpected changes of timing and character. From the software built using the toolkit music21 to search for melodic fragments of Scarlatti Sonatas on Beethoven piano Sonatas, it has yielded results of great relevance, as the indentification of identical musical intervallic sequences, found in Beethoven Sonatas and not verified on Mozart, whose Sonatas were submitted to the same method

O crescimento do consumo das classes de renda mais baixas, um fenômeno que se verifica, em maior ou menor grau, nos países em desenvolvimento como o Brasil, deve ser saudado com satisfação. Afinal, dar acesso a um enorme contingente de pessoas a uma variedade de produtos e serviços - antes inteiramente fora do seu alcance - pode se traduzir em um enorme benefício econômico e social. Ocorre que este acesso não se dá sem conseqüências. A história recente, especialmente a do desenvolvimento global ao longo do século XX, já trouxe uma série de efeitos preocupantes quando se pensa na sustentabilidade dos modelos de produção e consumo até hoje adotados. É enorme, portanto, o desafio de incorporar este enorme contingente de consumidores parciais ou praticamente nulos ao padrão de bem-estar já alcançado pelos de melhor condição de renda. Nossos processos e conceitos terão, certamente, de ser revistos radicalmente. O objetivo primordial deste trabalho é contribuir para a discussão acerca das práticas e modelos de produção, distribuição e consumo, de produtos e serviços, em face das novas necessidades que trazem estes muitos novos consumidores. A este novo modelo este trabalho chama de massificação sustentável. O estudo se divide em três partes: na primeira, foi feita uma pesquisa bibliográfica abrangente, com o intuito de descrever quais são os aspectos mais relevantes a serem considerados na busca pela massificação sustentável, de acordo com a literatura; na segunda - com base nos dados obtidos na etapa anterior - foi aplicada uma pesquisa quantitativa exploratória a um grupo de executivos, de forma a obter indícios a respeito das práticas empresariais em uso corrente no Brasil, e seu alinhamento com a massificação sustentável; na terceira parte, foi desenvolvido um estudo de caso que traz estreita relação com os temas de sustentabilidade: a fibra Alya Eco, feita a partir de PET reciclado, descrevendo sua trajetória mercadológica desde o lançamento, em 2001. Os resultados indicam que os imensos desafios na busca da massificação sustentável ainda estão por serem mais apropriada e eficientemente enfrentados. / The growth on the consumption of the lower income classes, a phenomenon that is verified, in greater or minor degree, in the developing countries like Brazil, must be greeted with great satisfaction. After all, to give access to an enormous contingent of people to a variety of products and services - entirely out of its reach until the last years - can be expressed as an enormous economic and social benefit. This access, however, does not come without consequences. The recent history shows that, especially considering the global development throughout the 20th. Century, we have already brought a series of preoccupying effect when regarding the utilization of production and consumption models adopted until today. It is an enormous challenge, therefore, to incorporate this huge contingent of partial or practically null consumers to the standard of well-being status already reached by the ones of better income conditions. Our processes and concepts will certainly have to be reviewed radically. The primordial objective of this work is to contribute for the discussions concerning the models of production, distribution and consumption, of products and services, in face of the new necessities that comes with these many new consumers. This new model is called sustainable massification in this work. This study is divided in three parts: in the first one an including bibliographical research was made, with the intention to describe which are the most compelling aspects to be considered in the search for the sustainable massification, in accordance with the literature; in the second and regarding the themes researched in the previous stage - an exploratory quantitative research was conducted with a group of Brazilian executives, in order to get indications regarding the most popular practices in current use in Brazil, and its alignment with the sustainable massification; in the third part, a case study was developed regarding the fiber Alya Eco, made from recycled PET, describing its market trajectory since its launching, in 2001. The results indicate that the immense challenges in the search of the sustainable massification are yet to be more appropriately and efficiently faced.

A tuberculose é uma doença infectocontagiosa causada por bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) que afeta humanos e/ou animais. Membros desse complexo evoluíram clonalmente e possuem grande similaridade genômica, diferenciando-se por polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e regiões de diferença (RDs). Dentre os patógenos da tuberculose em animais, Mycobacterium bovis, causador da tuberculose bovina, é o membro do MTBC de maior importância global. Desta maneira, o presente estudo tem por objetivo o sequenciamento, a anotação e a análise da estirpe brasileira SP38 de M. bovis, seguido da genômica comparativa desse com outros genomas de M. bovis depositados no GenBank. Mycobacterium bovis SP38 apresenta um genoma tradicional de micobactéria tuberculosa, sendo esse único, circular com 4.347.646 pb, alto conteúdo de GC (65,6%) e 4.216 genes, incluindo 154 pseudogenes, 3 genes de rRNA (RNA ribossomal), 45 de tRNA (RNA transportador), 2 de ncRNA (RNA não codificante), 1 tmRNA (RNA transferência-mensageiro) e 4.011 sequências de DNA codificante (CDSs) (NZ_CP015773.1). Dentre as CDSs, a maioria (2.805 - 69,93%) foi anotado com função e 1.206 (30,07%) como hipotéticos. Para a genômica comparativa, os 31 genomas completos ou em drafts de M. bovis depositados no GenBank, 32 genomas de Mycobacterium bovis BCG e 23 genomas de Mycobacterium tuberculosis foram selecionados. Análises in silico dos padrões de RD resultaram na exclusão de três genomas anotados equivocadamente como M. bovis virulentos. A análise de genes ortólogos sugere que M. bovis está sob processo de decay genômico. A quantificação de sítios polimórficos indica uma maior variabilidade genética em números totais (8.335 em M. tuberculosis, 3.448 em M. bovis virulentos, e 1.088 em M. bovis BCGs) e comparações par-a-par (p ≤0,05) de M. tuberculosis em relação a M. bovis virulentos e BCGs, indicando uma maior pressão evolutiva sob M. tuberculosis, contrastando com o fato de que M. bovis é capaz de infectar um maior número de espécies hospedeiras que M. tuberculosis. A maioria desses sítios polimórficos estão localizados em CDSs hipotéticos (31,7% - 51,3%), sendo associados a família gênica PE/PPE, e apresentam uma proporção de mutações não sinônimas crescentes pela ordem M. bovis BCG, M. bovis virulentos e M. tuberculosis (48,90%, 51,92% e 59,52%, respectivamente). Essa menor proporção de mutações não sinônimas e a categorização funcional dissimilar entre CDSs contendo sítios polimórficos, indica que M. bovis BCG está sujeito a diferentes pressões seletivas quando comparado a M. bovis virulentos e M. tuberculosis. Por fim, a análise filogenética baseada em sítios polimórficos indica agrupamentos filogenéticos de M. bovis suportados pela classificação dos Complexos Clonais (CCs) e não por hospedeiros de origem dos isolados, confirmando que sítios polimórficos podem ser utilizados para classificação filogenética de linhagens genéticas desta espécie bacteriana. Além do mais, 2/28 (7,14%) genomas de M. bovis não puderam ser classificados nos CCs atualmente descritos, sugerindo a existência de complexos ainda não determinados. Este estudo representa o primeiro genoma de uma estirpe nacional de M. bovis a ser completamente sequenciado e a primeira análise de genômica comparativa de genomas desta espécie bacteriana. / Tuberculosis is an infectious disease caused by bacteria of the Mycobacterium tuberculosisComplex (MTBC) that affects human beings and/or animals. Members of this complex clonally evolved and have high genomic similarity, differentiated by single nucleotide polymorphisms (SNPs) and regions of difference (RDs). Among the animal tuberculosis pathogens, Mycobacterium bovis, the causative agent of bovine tuberculosis, is the MTBC member of greatest global importance. Therefore, the aim of the present study is to sequence, assemble and annotate the genome of the Brazilian strain SP38 of M. bovis, followed by the comparative genomics with other M. bovis genomes available in GenBank. Mycobacterium bovis SP38 has a traditional mycobacteria genome. It has a single and circular chromosome with 4,347,646 bp, high GC content (65.6%), and 4,216 genes, including 154 pseudogenes, 3 rRNA genes (ribosomal RNA), 45 tRNA (transfer RNA), 2 ncRNA (non-coding RNA), 1 tmRNA (transfer-messenger RNA), and 4,011 coding DNA sequences (CDSs) (NZ_CP015773.1). The majority of CDSs (2,805 - 69,93%) was annotated with function and 1,206 (30,07%) are hypothetical. For the comparative genomics analyses, the 31 genomes (complete and drafts) of M. bovis available in GenBank, 32 Mycobacterium bovis BCG and, 23 of Mycobacterium tuberculosis were chosen. In silico analysis of the RDs patterns resulted in the exclusion of three genomes, mistakenly annotated as virulent M. bovis. Orthologous gene analysis suggests that strains of M. bovis are under genomic decay. The quantification of polymorphic sites indicates the greater variability in absolute numbers (8,335 in M. tuberculosis, 3,448 in virulent M. bovis, and 1,088 in M. bovis BCG) and in pairwise comparisons (p≤0,05) of M. tuberculosis compared to virulent M. bovis and M. bovis BCG, suggesting that M. tuberculosis is under high evolutionary pressure. This is in contrast to the fact that M. bovis is capable of infecting a higher number of host species than M. tuberculosis. Most of these polymorphic sites are located in hypothetical CDSs (31.7% - 52.3%), being associated with PE/PPE family, and demonstrating a nonsynonymous mutations proportion of the following increasing order: M. bovis BCG, virulent M. bovis and M. tuberculosis (48.90%, 51.92% and 59.52%, respectively). This lower proportion of nonsynonymous mutations and the dissimilar functional categorization of CDSs with polymorphic sites indicates that M. bovis BCG is subjected to different selective pressure when compared to virulent M. bovis and M. tuberculosis. Finally, the phylogenetic analysis based on polymorphic sites indicates that the phylogenetic grouping of M. bovis is supported by Clonal Complexes (CCs), and not by the host of M. bovis isolates, confirming that polymorphic sites can be used for phylogenetic classification of genetic lineages of this bacterial species. Furthermore, 2/28 (7.14%) genomes of M. bovis could not be classified in the currently described CCs, suggesting the existence of complexes yet to be determined. This study represents the first genome of a Brazilian strain of M. bovis to be completely sequenced and the first comparative genomic analysis of the genomes of this bacterial species.

Dermatófitos são um grupo de fungos intimamente relacionados, que tem a capacidade de invadir tecidos queratinizados como pele, cabelos e unhas de homens e outros animais causando dermatofitoses. Os agentes envolvidos nessas infecções pertencem aos gêneros Trichophyton, Microsporum ou Epidermophyton e, de acordo com seu habitat natural, são classificados em espécies geofílicas, zoofílicas ou antropofílicas. A maior incidência de dermatofitoses é causada pelo gênero Trichophyton, sendo T. rubrum a espécie mais prevalente em infecções de pele e unhas em humanos. Devido à severidade e longevidade destas infecções, e à resistência ao tratamento, o estudo de fatores envolvidos na interação patógeno-hospedeiro, na resistência dos dermatófitos a agentes antifúngicos e na manutenção do processo infeccioso são de grande relevância. Por análises morfológicas, fisiológicas e de expressão gênica, comparamos cinco dermatófitos cujos genomas foram sequenciados por iniciativa do Broad Institute, Microsporum canis, Trichophyton equinum, Trichophyton interdigitale, Trichophyton rubrum e Trichophyton tonsurans. Cultivos em queratina, mimetizando o processo infeccioso, foram utilizados para analisar o envolvimento dos dermatófitos na interação patógeno-hospedeiro e manutenção do processo infeccioso. Também expusemos as espécies a concentrações subinibitórias de agentes terapêuticos, de modo a verificar a resposta destes fungos a diferentes drogas. Observamos que o acúmulo de transcritos dos genes relacionados à virulência em dermatófitos avaliados durante o crescimento em queratina sugere que a maquinaria metabólica com atividade de formação da parede celular do fungo, metabolização do substrato e adesão ao hospedeiro ativa nos períodos iniciais de infecção. Contudo, um padrão de expressão correlacionado à similaridade das sequências genômicas não foi observado nas condições testadas. Também não se observa correlação direta entre o nicho preferencial dos dermatófitos e os níveis transcricionais em resposta à queratina de origem animal. Analisamos três genes envolvidos na resistência a múltiplas drogas (MDR) durante crescimento na presença de drogas com atividade antifúngica. Nossos dados sugerem que os genes MDR atuam sinergicamente em dermatófitos, e podem atuar de forma compensatória quando em presença de drogas antifúngicas, o que pode ser uma importante causa de falhas no tratamento. Nossos resultados fornecem evidências de que a expressão dos genes analisados não se correlaciona com as relações filogenéticas entre estes dermatófitos, visto que apesar da íntima relação entre o conteúdo genético e organização do genoma, os níveis transcricionais destes genes são diferentes entre as espécies. Assim, diferenças na adaptação a nichos específicos e a progressão da doença entre os dermatófitos podem ser explicadas por diferentes perfis de transcrição do gene. / Dermatophytes are a group of closely related fungi, which have the ability to invade keratinized tissues, such as skin, hair, and nails of both human and animal hosts causing dermatophytosis. The agents involved in these infections belong to the genera Trichophyton, Microsporum or Epidermophyton and, according to their natural habitat, are classified as geophilic, zoophilic or anthropophilic species. The higher incidence of dermatophytosis is caused by the genera Trichophyton, being the specie T. rubrum the most prevalent causative of human skin and nail infections. Because of the severity and longevity of these infections and their resistance to treatment, the study of the factors involved in host-pathogen interaction, in resistance of dermatophytes to antifungal agents, and in maintenance of the infection is relevant. Through morphological, physiological and gene expression analysis we compared five dermatophytes, whose genomes were sequenced by initiative of the Broad Institute: Microsporum canis, Trichophyton equinum, Trichophyton interdigitale, T. rubrum and Trichophyton tonsurans. Growth in keratin, which mimetize the infectious process, was used to analyze the involvement of dermatophytes in host-pathogen interaction and maintenance of the infectious process. We also exposed the species to subinibitory concentrations of therapeutic agents to verify the response of these fungi to different drugs. We observed that the accumulation of transcripts of genes related to virulence in dermatophytes evaluated during growth in keratin, suggest that the metabolic machinery with activity on fungal cell wall formation, substrate metabolization, and host adhesion is activated in early stages of infection. However, an expression pattern correlating to genomic sequence similarity was not observed in the conditions tested. We also did not observe a direct correlation between the preferential niche of these dermatophytes and the transcriptional levels in response to the keratin from animal origin. We analyze three genes involved in multidrug resistance (MDR) during growth in the presence of drugs with antifungal activity. Our data suggest that MDR genes act synergistically in dermatophytes, and they may compensate for one another when challenged with antifungal drugs, which can be an important cause of therapeutic failure. We provide evidence that the expression of the analyzed genes does not correlate with the phylogeny of these dermatophytes since, in spite of the different species being highly related in gene content and genome organization, the transcription level of these genes is different among these species. Thus, differences in adaptation to a specific niche and disease progression among dermatophytes would be explained by different gene transcription profiles.

O cancro cítrico é uma doença que afeta diversas espécies de Citrus, cujo agente causal é Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC). O genoma desta fitobactéria consiste de um cromossomo de ~5 Mpb e dois plasmídeos, que juntos codificam 4313 CDS (seqüências codificadoras), das quais 2710 apresentam similaridade com proteínas conhecidas. Neste trabalho realizamos uma análise comparativa detalhada do genoma de XAC com genomas de três fitopatógenos, Xanthomonas campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c e Xylella fastidiosa temecula. Com esta análise identificamos genes espécie e gênero-específicos, potencialmente relevantes para adaptação aos seus respectivos nichos ou hospedeiros, além de ilhas de inserção e deleção genômica putativas. Também identificamos vias metabólicas relacionadas com osmoproteção/osmorregulação e com degradação de compostos aromáticos em XAC, que possivelmente são determinantes na eficácia de sua interação com o hospedeiro. Analisamos o nível de expressão de 9 CDS após crescimento de XAC em diferentes concentrações de glicose e verificamos que este açúcar modula positivamente a expressão de CDS relacionadas à síntese de goma e ao sistema de osmoproteção. Além disso, descrevemos a construção de microarranjos de DNA representando 2760 CDS de XAC, constituindo-se uma nova ferramenta para estudos de genômica comparativa e expressão gênica deste fitopatógeno. / Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC) is the bacterial pathogen that causes citrus canker disease in several species of Citrus plants. XAC genome consists of a main cromosome of ~5 Mpb and two plasmids that together encode 4313 CDS (coding sequences). Approximately 63% of the CDS have assigned biological functions. In this work, we present a detailed genomic comparison between the genomes of XAC and of three other phytopathogens, X. campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c and X. fastidiosa Temecula. Based on this analysis, we identified species and genus-specific genes that might be relevant for adaptation to their niches and hosts. We mapped putative insertion/deletion regions in the XAC genome possibly related to gene gains and losses during the divergence of the four bacterial lineages. We have identified the metabolic pathways related to osmoprotection/osmoregulation and aromatic compound degradation important for XAC efficient host colonization and interaction. Expression levels of 9 CDS were analyzed after XAC growth under different glucose concentrations revealing that this sugar upregulates the expression of CDS related to gum synthesis and to osmoregulation. In addition, we describe here the construction of a DNA microarray representing 2760 CDS of XAC as a new tool for comparative genomic and gene expression studies in this phytopathogen.

Este trabalho tem como objetivo analisar a competitividade das exportações brasileiras de manga e de uva no mercado internacional no período de 1989 a 2005. Para tanto, utilizou-se o modelo de Constant Market Share (CMS) e o modelo de Vantagem Comparativa Revelada (VCR) para evidenciar os principais fatores responsáveis pela rápida expansão das exportações nacionais para esses dois produtos, além de realizar uma análise comparativa entre as duas culturas selecionadas. O primeiro modelo busca analisar as causas de variação da quantidade (ou valor) exportada de um produto pelo país em questão em relação ao tempo, gerando três dimensões explicativas para a variação das exportações: o efeito dimensão, o efeito distribuição e o efeito competitividade. O efeito dimensão mostra como o crescimento das exportações mundiais afetou o crescimento das exportações do país analisado. O efeito distribuição refere-se às exportações para países de maior ou menor dinamismo. Por resíduo, descontando-se os demais efeitos temos o termo competitividade.Para a geração dos resultados foi necessária a sub-divisão do período de análise em três grupos trienais: 1989/1990/1991, 1994/1995/1996 e 2003/2004/2005.O modelo de Vantagem Comparativa Revelada parte do pressuposto de que o país em questão tende a se especializar nas exportações de produtos que ofereçam vantagens competitivas. Para tanto, o indicador deve apresentar um valor superior a 1 para os produtos competitivos, evidenciando que a participação do produto em questão na pauta do país analisado é superior à participação do país no mercado global geral. Diferentemente do CMS, os indicadores de Vantagem Comparativa Revelada (VCR) nas exportações de um produto podem ser calculados com freqüência anual. O resultado do modelo de Constant Market Share para manga, referente ao primeiro sub-período de análise, mostra que o significativo aumento das exportações brasileiras de manga foi fortemente influenciado pelo crescimento do mercado mundial, seguido pelo efeito competitividade e destino das exportações. Para o segundo subperíodo, o efeito de maior significância foi a competitividade, seguido pelo efeito crescimento do mercado mundial e destino das exportações. Para a uva, o resultado referente ao primeiro sub-período de análise mostra que o significativo aumento das exportações brasileiras dessa fruta foi fortemente influenciado pelo efeito destino das exportações, seguido pelo efeito competitividade e crescimento do mercado mundial. Para o segundo sub-período, os resultados apontam a competitividade como principal fator responsável pelo aumento das exportações brasileiras, seguido pelo efeito crescimento do mercado mundial. O efeito destino das exportações apresentou valor negativo. Para o caso da manga, foram observados altos valores para o indicador de Vantagem Comparativa Revelada, especialmente para o período após 1993. Diferentemente dos resultados apresentados para a manga, as exportações de uva revelam vantagem comparativa apenas no final do período analisado (depois de 2002). / This paper has the main purpose of analyzing competitiveness of Brazilian exports of mangoes and grapes in the international market between 1989 and 2005. Constant Market Share and Revealed Comparative Advantage were used to obtain the main factors that could explain the fast growth of Brazilian exports of the chosen fruits, doing a comparative analysis between these fruits. The first model tries to analyze the reasons of variation in the quantity (or value) of a product exported by the current country related to the time, generating three dimensions: the effect dimension, the effect distribution and the effect competitiveness. The effect dimension shows how the growth of the world exports affected the growth of the current country\'s exports. The effect distribution relates to exports to countries of bigger or smaller dynamism. As a result, discounting the other effects we have the term competitiveness. To generate the results it was necessary to have the sub-division of the analyzed period into three triennial groups: 1989/1990/1991, 1994/1995/1996 and 2003/2004/2005.The Revealed Comparative Advantage model considers that a country tends to specialize itself in exporting products that offer competitive advantages. Thus, the indicator must submit a value higher than 1 for competitive products, showing that the product participation in a country is superior to the country participation in the global market. Different from Constant Market Share (CMS), Revealed Comparative Advantage indicators of exports can be calculated with annual frequency. The Constant Market Share model result for mangoes, referring to the first sub-period analysis shows that the significant increase in Brazilian exports of mangoes was strongly influenced by the growth of the world market, followed by the competitiveness effect, and the destination of exports. For the second sub-period, the most significant effect was the competitiveness, followed by the growth of the world market and the destination of exports. Considering grapes, the result referring to the first sub-period analysis shows that the significant increase in Brazilian grapes exports was strongly influenced by the effect \"exports destination\", followed by the effect competitiveness and the world market\'s growth. For the second sub-period, the results indicate competitiveness as the main factor responsible for the increase of the Brazilian exports, followed by the growth of the world market. The effect \"exports destination\" showed a negative value. For the Revealed Comparative Advantage (RCA) model, the mango case results showed a high revealed comparative advantage, especially after 1993. The grapes´ results show a comparative advantage only at the end of the period, when, from 2002 on there was a trend of grape consolidation as a competitive product in the international market, though on a distant level from mangoes.

Bacillus thuringiensis subsp. israelensis é uma bactéria gram positiva, amplamente utilizada no controle de insetos Diptera, família Culicidae, tais como Aedes aegypti e Culex quinquefasciatus. O sequenciamento de genomas completos de estirpes de B. thuringiensis tem permitido a identificação e caracterização de proteínas inseticidas, assim como a realização de estudos de genômica comparativa, permitindo evidenciar diferenças funcionais e filogenéticas. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo realizar análises genômicas de quatro isolados de B. thuringiensis subsp. israelensis que apresentam diferentes toxicidades para larvas de A. aegypti e C. quinquefasciatus. O sequenciamento dos genomas dos isolados T0124, T0131, T0137 e T0139 foi realizado a partir da plataforma MiSeq-Ilumina, e a montagem e anotação foram feitas utilizando ferramentas do programa de bioinformática Geneious. As análises resultaram em cromossomos com tamanhos aproximados de 5.414 Kb, conteúdo G+C de 35,2% e 5.358 regiões codificantes. Com relação ao conteúdo extracromossomal, foram montados três plasmídeos menores de 5,4; 6,8 e 7,6 Kb, e três plasmídeos maiores de 127, 235 e 359 Kb para todos os isolados, e estes foram enumerados de 1 a 6. A anotação revelou que apenas os plasmídeos de número 4, que correspondem ao pBtoxis, possuem proteínas inseticidas, sendo elas Cry4Aa, Cry4Ba, Cry11Aa, Cry10Aa, Cyt1Aa, Cyt2Ba e Cyt1Ca. A análise comparativa entre os genomas demonstra que os cromossomos T0124, T0131, T0137 e T0139 apresentam sequências colineares e com 99% de identidade, e seus respectivos plasmídeos 1, 2, 3, 4, 5 e 6 compartilham todas as suas regiões codificantes, incluindo aquelas relacionadas a δ-endotoxinas. A comparação de sequências de enterotoxinas, metaloproteases e fosfolipases demonstra que estes também são conservados entre os genomas. Na análise filogenética, os cromossomos T0124, T0131, T0137 eT0139 agruparam-se juntamente com os genomas dos isolados AM65-52 e HD-789 disponíveis no GenBank, sugerindo uma estreita relação genética entre estirpes de B. thuringiensis subsp. israelensis. Os isolados T0124, T0131, T0137 e T0139 apresentam diferentes concentrações letais para larvas de A. aegypti e C. quinquefasciatus, e a adição de dados proteômicos aos dados genômicos, aqui obtidos, poderão auxiliar na compreensão destas diferenças de toxicidade. Contudo as análises comparativas entre os genomas dos isolados T0124, T0131, T0137 e T0139 mostram alto grau de conservação genética a nível de nucleotídeos de B. thuringiensis subsp. israelensis. / Bacillus thuringiensis subsp. israelensis is a gram-positive bacterium widely used to control insects of the order Diptera, such as Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) and Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae). The sequencing of complete genomes of B. thuringiensis strains has allowed the identification and characterization of insecticidal proteins, as well as the comparative genomic studies, allowing the identification of functional and phylogenetic differences. In this context, the present study aimed to perform genomic analysis of four isolates of B. thuringiensis subsp. israelensis having different toxicities for larvae of A. aegypti and C. quinquefasciatus larvae. Sequencing of genomes of the isolates T0124, T0131, T0137 and T0139 was performed from the MiSeq-Ilumina platform, and assembly and annotation were done using tools from the Geneious bioinformatics program. The analyzes resulted in chromosomes with approximate sizes of 5,414 Kb, G + C content of 35.2% and 5,358 coding regions. Regarding extrachromosomal content, three smaller plasmids of 5.4, 6.8 and 7.6 Kb, and three larger plasmids of 127, 235 and 359 Kb were assembled for all the isolates, and these were enumerated from 1 to 6. The annotation revealed that only the plasmids of number 4, corresponding to pBtoxis, possess insecticidal proteins, being Cry4Aa, Cry4Ba, Cry11Aa, Cry10Aa, Cyt1Aa, Cyt2Ba and Cyt1Ca. Comparative analysis between the genomes demonstrates that chromosomes T0124, T0131, T0137 and T0139 have collinear sequences and 99% identity, and their respective plasmids 1, 2, 3, 4, 5 and 6 share all of their coding regions, including those related to δ-endotoxins. Comparison of enterotoxin, metalloprotease and phospholipase sequences shows that these are conserved among the genomes. In the phylogenetic analysis, chromosomes T0124, T0131, T0137 and T0139 were grouped together with the genomes of the isolates AM65-52 and HD-789 available in GenBank, suggesting a close genetic relation between strains of B. thuringiensis subsp. israelensis. The isolates T0124, T0131, T0137 and T0139 present different lethal concentrations to larvae of A. aegypti and C. quinquefasciatus, and the addition of proteomic data to the genomic data obtained here may help to understand these differences in toxicity. However, the comparative analyzes between the genomes of isolates T0124, T0131, T0137 and T0139 show a high degree of genetic conservation at the nucleotide level of B. thuringiensis subsp. israelensis.