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O comércio dos estados do nordeste do Brasil com a China na 1ª década do século XXI : desempenho, problemas e oportunidades

Oliveira, Adônis 27 March 2012 (has links)
Submitted by Israel Vieira Neto (israel.vieiraneto@ufpe.br) on 2015-03-04T12:02:57Z No. of bitstreams: 2 monografia adonis - Versão Final publicada.pdf: 5873944 bytes, checksum: e848d80105422e48a73b22e3e340f7e2 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-04T12:02:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 monografia adonis - Versão Final publicada.pdf: 5873944 bytes, checksum: e848d80105422e48a73b22e3e340f7e2 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-03-27 / Esta dissertação de mestrado apresenta, estado por estado da região nordeste do Brasil, quais os produtos que apresentaram melhor inserção internacional ao longo dos primeiros anos do século XXI (2001 a 2010). Para isso, apresenta os Índices de Vantagem Comparativa Revelada – VCR, de Balassa , calculados por grupos de produtos desagregados a 2 dígitos do Sistema Harmonizado 2007, e discute as fontes destas vantagens. Em seguida, faz análise comparativa da complementaridade destas Vantagens Comparativas apresentadas por cada estado nordestino, com as Vantagens Comparativas apresentadas pela China, no seu comércio exterior, ao longo deste mesmo período e nesses mesmos grupos de produtos analisados. Esta comparação busca encontrar possíveis áreas de oportunidade para as exportações dos estados nordestinos através da complementaridade das exportações das duas economias. A partir desta análise das áreas de complementaridade, faz-se uma análise das exportações efetivamente realizadas pelos estados nordestinos para a China ao longo do período analisado, ou seja: O quanto estas áreas de oportunidade estão sendo aproveitadas pelos agentes econômicos dos estados nordestinos e o quanto resta de espaço para avançar na exportação para a China dos grupos de produtos nos quais estes já são detentores de vantagem comparativa. O estudo concluiu pela existência de inúmeras áreas complementares nos dois países e que podem ser oportunidades para o crescimento do intercâmbio comercial entre eles. Quanto ao seu delineamento, trata-se de uma pesquisa documental: O material pesquisado foi principalmente as estatísticas sobre Comércio Exterior publicadas pelo MDIC em sua página na internet. Feita esta compilação e análise, aprofundamos o estudo através do estudo dos dados sobre comércio exterior divulgados por órgãos internacionais como a WTO e UNCTAD, juntamente com estudo referente à Vantagem Comparativa Revelada dos países, pesquisa esta realizada pelo Departamento de Economia da Universidade de Utrecht - Holanda. O arcabouço teórico subjacente a toda a pesquisa foram os Teoremas de Heckscher e Ohlin, e de Stolper e Samuelson, baseados nos conceitos de Dotação de Fatores e de Vantagens Comparativas, acrescidos de algumas considerações de teorias mais modernas, tais como Krugman e outros.
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Relações comerciais entre Pernambuco e o resto do mundo (2003-2010) : evolução, caracterização e potencial

MACIEL, Tathyanna Figueiredo 23 March 2012 (has links)
Submitted by Israel Vieira Neto (israel.vieiraneto@ufpe.br) on 2015-03-04T14:21:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTACAO Tathuyanna Maciel -2012-pimes.pdf: 614713 bytes, checksum: acea19a53d76e4e69a63570cd46cefec (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-04T14:21:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTACAO Tathuyanna Maciel -2012-pimes.pdf: 614713 bytes, checksum: acea19a53d76e4e69a63570cd46cefec (MD5) Previous issue date: 2012-03-23 / Esta dissertação objetivou analisar as relações comerciais entre Pernambuco e o resto do mundo, durante o período de 2003 a 2010; ressaltando a evolução, caracterização e potencial do comércio do estado; com base na Teoria da Vantagem Comparativa, na Teoria da Vantagem Competitiva, assim como seus indicadores de competitividade. Nessa perspectiva, verificou-se que Pernambuco possui vantagens comparativas e uma pauta de exportação concentrada em produtos primários, além de ter seu comércio caracterizado como interindustrial. Referente aos destinos das exportações mencionou-se a influência da China no mundo e os reflexos dessa relação na economia mundial, mais profundamente, entre Brasil e China, e consequentemente Pernambuco e China. Mesmo, Pernambuco importando, em sua maioria, produtos com alto valor agregado e exportando produtos, de baixo valor agregado. Contudo, identificou-se que Pernambuco é uma economia com grande potencial de crescimento e os investimentos do governo na construção dos novos polos como Farmacoquímico, estrutura logística com o Complexo de Suape e a abertura de grandes empresas no Estado contribuirão positivamente para acelerar o crescimento, gerando mais renda e qualidade de vida para a população.
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Vergleichende Werbung in der Schweiz, den USA und der EG in Zivilrecht, Werbe- und Medienkodizes /

Wirth, Sibylle M. January 1993 (has links) (PDF)
Univ., Diss--Zürich.
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Exportações do Rio Grande do Norte: análise por vantagem comparativa revelada.

Barca, Isis Maria Martins de Lima Varela 28 September 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2015-05-08T14:44:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1530382 bytes, checksum: 8476172e38f8dc478eefc42bed46f210 (MD5) Previous issue date: 2012-09-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Dado que el comercio de una región está directamente relacionada con su crecimiento económico, este estudio tiene como objetivo general identificar el comportamiento comercial de Rio Grande do Norte a través de la ventajas comparativas reveladas en el período de 2000 a 2011 y como objetivos específicos estimar los indices de estas ventajas comparativas, además de estudiar los sectores de exportación clasificando el tipo de comercio que prevalece en el Estado, destacando los sectores más fuertes de la economía potiguar e identificando el grado de concentración de los productos en las exportaciones. En el procedimiento metodológico, ha sido utilizada la estadística descriptiva para la exportación de datos de Brasil y Rio Grande do Norte, obtenidos a través del Sistema Aliceweb, del Ministerio de Desarrollo, Industria y Comercio y para medir el flujo del comercio ha sido calculado el índice de ventaja comparativa revelada de Rio Grande do Norte y Brasil sobre la base de las exportaciones (Balassa y Laursen) y la balanza comercial (Lafay); Fueron identificadas las fortalezas de la economía de Rio Grande do Norte a través de la asociación entre la tasa de cobertura y el índice de ventaja comparativa revelada; por último, que se ha caracterizado el flujo de comercio de Rio Grande do Norte por el método de Grubel-Lloyd (1975). Los resultados mostraron que los productos presentaron ventajas comparativas para el Estado en este período fueron: peces, crustáceos, moluscos, etc; frutas, cortezas de agrios y melones; el azúcar y artículos de confitería; sal, azufre, tierras y piedras, de yeso y cal. Estos productos también se consideraron los puntos fuertes de la economía porque tenían tasa de cobertura mayor que la unidad. Finalmente, se encontró que la economía de Rio Grande do Norte presentó flujo predominantemente de tipo inter-industrial o de Hechsher-Ohlin, en el período estudiado, com base en la abundancia relativa de los factores. / Visto que o Comércio Exterior de uma região está diretamente relacionado com o seu crescimento econômico, este trabalho tem como objetivo geral identificar o comportamento do comércio do Rio Grande do Norte através das vantagens comparativas reveladas no período de 2000 a 2011 e como objetivos específicos estimar os índices dessas vantagens comparativas, além de estudar os setores da pauta de exportações, classificando o tipo de comércio predominante no Estado, apontando os setores fortes da economia potiguar e identificando o grau de concentração de produtos nas exportações. No procedimento metodológico, foi utilizada a estatística descritiva para os dados das exportações do Brasil e do Rio Grande do Norte, obtidos através do Sistema Aliceweb, do Ministério do Desenvolvimento da Indústria e Comércio e para medir o fluxo comercial calculou-se o índice de vantagens comparativas reveladas entre o Rio Grande do Norte e o Brasil baseado nas exportações (Balassa e Laursen) e no saldo comercial (Lafay); Identificaram-se os pontos fortes da economia potiguar através da associação da taxa de cobertura e o índice de vantagem comparativa revelada; Por fim, caracterizou-se o fluxo comercial do Rio Grande do Norte, pelo método de Grubel-Lloyd (1975). Os resultados demonstraram que os produtos que apresentaram vantagem comparativa revelada para o Estado neste período foram: peixes, crustáceos, moluscos, etc; frutas, cascas de cítricos e melões; açúcares e produtos de confeitaria; sal, enxofre, terras e pedras, gesso e cal. Estes produtos também foram considerados os pontos fortes da economia norte-rio-grandense porque apresentaram taxa de cobertura superior à unidade. Por fim, concluiu-se que a economia potiguar apresentou fluxo comercial predominantemente do tipo interindustrial, ou de Hecksher-Ohlin, no período estudado, baseado na abundância relativa de fatores.
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Livros didáticos de Matemática do Brasil e Canadá: um enfoque em construção geométrica nos anos finais do ensino fundamental / Mathematics textbooks in Brazil and Canada: an approach in geometric construction in the final years of elementary school

Souza, Leonardo Cascio de 15 May 2019 (has links)
A dissertação discute a abordagem de conceitos de construção geométrica nos livros didáticos dos anos finais do ensino fundamental do Brasil e Canadá. Para isso, pesquisamos o papel da construção geométrica na educação, da utilização dos livros didáticos e a relevância da análise comparativa na área. As fontes utilizadas foram os documentos oficiais: orientações curriculares brasileiras (PCN) e canadenses (the Ontario Curriculum); quatro coleções de livros: Projeto Teláris, Matemática na Medida Certa, Nelson Mathematics e Math Makes Sense; guia do livro didático (Brasil e Canadá). Usando a análise documental como modalidade de pesquisa, buscamos responder à pergunta: como os saberes relacionados ao desenho geométrico são representados em cada coleção e quais as principais diferenças e semelhanças entre os livros didáticos brasileiros e canadenses? Concluímos que algumas obras se destacam, como Projeto Teláris e Math Makes Sense, pois se aproximam das orientações de seus respectivos currículos. Encontramos, também, poucas construções comuns a todas as obras, apenas circunferência e triângulo, e que o conteúdo de construção geométrica por muitas vezes encontra-se incompleto nas coleções. / The dissertation discusses the approach of geometric construction concepts in both Brazilian and Canadian mathematics textbooks in the final years of elementary school. A study was conduct on the role of geometric construction and the use of textbooks, as well as the relevance of comparative analysis within the discipline. The research primary sources were based on official documents, including the Brazilian curricular orientation (PCN) and the Canadian one (the Ontario Curriculum); four textbook collections: Projeto Teláris, Matemática na Medida Certa, Nelson Mathematics and Math Makes Sense; and the guide of textbooks (Brazil and Canada).The method used to carry out the research is documental analysis, and the goal of the study is to identify and explain how the content of geometric shapes are represented on each book collection and which are the main differences and similarities between Brazilian and Canadian textbooks. The findings showed that the book Projeto Teláris and Math Makes Sense stand out for following their respective curricular orientations. It was also concluded that only a small amount of shapes were common to all textbooks, specifically circle and triangle, and that the geometric construction content is, in great majority, incomplete in all colections.
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Efectos de la reducción de aranceles de la partida de cemento (2523.29.00.00) en la competitividad de la industria cementera del Perú entre los años 2001 y 2017 tras la apertura del mercado a competidores internacionales / Effects of the cement tariff reduction on the peruvian cement industry competitiveness between 2001 and 2017 after market opening for international competitors

Arellanos Santos, Dann André, Quijano Calmet, Rodrigo Martin 20 January 2019 (has links)
El objetivo de este trabajo es analizar los efectos de la reducción arancelaria del cemento en la competitividad de la industria cementera entre los años 2001 y 2017 tras la apertura de mercado a competidores internacionales. Para ello, se evaluarán estos efectos en dos pilares fundamentales, la Ventaja Comparativa Revelada (VCR) y el precio nacional del cemento. Para el primer pilar, se analizó el índice del VCR, el cual evidenció que el nivel de competitividad de la industria disminuyó significativamente a partir de la desgravación del arancel. Para el segundo pilar, se utilizó un análisis de series de tiempo con el objetivo de identificar si existe diferencia significativa entre el precio proyectado en un escenario en el que nunca existió reducción de aranceles y el precio real del cemento, evidenciando que la desgravación generó efectos negativos en el precio, ya que este fue mucho mayor al precio proyectado sin intervención. Mediante ambos análisis se concluye que la desgravación arancelaria del cemento generó efectos negativos en la competitividad de la industria cementera, tanto en el índice del VCR como en el precio al consumidor. / The aim of this investigation is to analyze the effects of the cement tariff reduction on the cement industry competitiveness between 2001 and 2017. To that end, the effects will be assessed on two pillars: Revealed Comparative Advantage (RCA) and the domestic cement price. For the first pillar, the indicator of RCA was analyzed and showed that the industry competitiveness fell significantly since the tariff reduction. For the second pillar, in order to identify if there is significant difference between the projected domestic price (no tariff reduction scenario) and the real domestic cement price, a time series analysis was used and showed that the tariff reduction created negative effects in the domestic cement price. It is concluded by both analyses that the tariff reduction of the cement created negative effects on the cement industry competitiveness, both on RCA indicator and domestic cement price. / Tesis
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Reconstrução filogenética de procariotos com base em famílias de genes homólogos / Phylogenetic reconstruction of prokaryotes based on homologous gene families

Pereira, Vivian Mayumi Yamassaki 03 April 2017 (has links)
A comparação de genomas é uma importante tarefa na qual a bioinformática pode ser aplicada, uma vez que ela permite a identificação de genes patogênicos, o que, por sua vez, pode auxiliar a combater ou a prevenir o surgimento de doenças. A partir da comparação de genomas, também é possível realizar a análise filogenética, que permite entender as relações evolutivas entre diferentes organismos. Em genomas de bactérias, essa análise geralmente é realizada com base no gene 16S rRNA. Entretanto, apesar de ser amplamente utilizado, filogenias com base nesse gene podem ter dificuldades para diferenciar organismos muito próximos evolutivamente. Essa importância da comparação de genomas e a necessidade de uma metodologia que permita distinguir organismos evolutivamente próximos na análise filogenética motivaram este trabalho, que teve como objetivo implementar ferramentas computacionais para identificar genes homólogos em genomas e, com base nesses genes, gerar filogenias e analisar se é possível distinguir os organismos evolutivamente próximos nessas filogenias. Para tanto, as ferramentas desenvolvidas para identificação de genes homólogos recebem resultados de alinhamentos e os filtram, de modo que dois genes são considerados homólogos se o alinhamento entre eles satisfizer os limiares definidos. Após a identificação das famílias de genes homólogos, tabelas são geradas com informações a respeito dos genes homólogos em cada genoma e, com base nessas tabelas, é possível gerar matrizes de distância e utilizar métodos de agrupamento hierárquico para a geração da filogenia ou realizar alinhamentos múltiplos com os genes identificados para posterior reconstrução filogenética. Além disso, também é possível representar os genes e famílias de genes homólogos por meio de um grafo, que pode auxiliar na escolha dos limiares para filtrar os alinhamentos. Para demonstrar e analisar a aplicabilidade das ferramentas desenvolvidas e das abordagens adotadas, experimentos foram realizados utilizando genomas de bactérias do gênero Xanthomonas, que contém um grande grupo de bactérias que causam doenças em plantas. Os resultados obtidos foram então comparados com filogenias de referência e com resultados de outros experimentos realizados. Essas comparações demonstraram que as famílias de genes homólogos podem ser úteis para distinguir genomas de organismos muito próximos evolutivamente, apesar de que essa abordagem apresentou dificuldades para separar os grupos de genomas mais distantes. Em contrapartida, na filogenia gerada a partir da região 16S rRNA, foi possível diferenciar esses organismos mais distantes, mas não foi possível distinguir os organismos muito próximos. Por fim, os experimentos realizados fornecem indícios de que as ferramentas desenvolvidas e as abordagens adotadas podem ser úteis para diferenciar genomas muito próximos evolutivamente de outros procariotos além das bactérias estudadas neste trabalho / Genome comparison is an important task on which bioinformatics can be used because it allows the identification of pathogen genes which can aid the combat of diseases and to avoid the emerging of new ones. Genome comparison also allows the phylogenetic analysis which provides the understanding of evolutional relations of different organisms. In bacterial genomes, this analysis is commonly based on 16S rRNA gene. Unfortunately, it can present some difficulties to distinguish closely related organisms. This importance of genome comparison and the necessity of a methodology to distinguish organisms that are closely related motivated this study, which aimed the development of computational tools to identify homologous genes in genomes, to use these genes to reconstruct phylogenies and to analyze if it is possible to distinguish closely related organisms on these phylogenies. To achieve this purpose, the developed tools to identify homologous genes receive the alignments results and filter it, such that two genes are homologous if their alignment satisfies the thresholds. After the identification of homologous gene families, the tools generates tables with information about the homologous genes presents in each genome and with these tables it is possible to create distance matrix to be used by hierarchical clustering methods to generate phylogenies or it is possible to perform multiple alignments with the identified genes to accomplish a phylogenetic reconstruction. Besides that, it is possible to represent the genes and homologous gene families in a graph, which can aid the choice of the thresholds to filter the alignments. To demonstrate and analyze the applicability of the developed tools and the approaches chosen in this study, experiments were performed using genomes of the bacterial genus Xanthomonas, which include a group of phytopathogenic bacteria. The results obtained were compared with reference phylogenies and with results of other experiments. These comparisons showed that homologous gene families can be used to differentiate closely related organisms, despite the fact that it presented difficulties to distinguish the groups of genomes that were evolutionarily far from each other. On the other hand, the phylogeny based on 16S rRNA region allows to distinguish the groups of genomes that were distant, but it was not possible to differentiate closely related organisms. As a conclusion, the experiments performed give pieces of evidence that the developed tools and the approaches adopted can be useful to distinguish genomes of closely related organisms of other prokaryotes besides the bacterias considered in this study
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Hibridação Genômica Comparativa em Endometriose / Comparative Genomic Hybridization in Endometriosis

Castelli, Luciana Caricati Veiga 31 March 2008 (has links)
A endometriose é uma doença ginecológica benigna comum, mas agressiva, caracterizada pela presença de tecido endometrial ectópico. A teoria mais aceita para explicá-la é a teoria de Sampson, na qual o tecido endometrial descamado durante a menstruação sofre refluxo através das tubas uterinas, adere e se prolifera em sítios ectópicos da cavidade peritoneal. Por outro lado, apenas o refluxo tubário não é capaz de estabelecer a doença e vários estudos sugerem uma etiologia multidimensional incluindo fatores hereditários, hormonais e imunológicos. Várias metodologias têm sido propostas com o objetivo de identificar genes candidatos para a endometriose. A hibridação genômica comparativa (CGH) é uma técnica que permite que o genoma inteiro seja analisado em um só experimento, sem a necessidade de cromossomos metafásicos obtidos por cultura celular. Nossa proposta foi avaliar, por CGH, amostras de endometriomas ovarianos e de tecido endometrial eutópico de dez pacientes com diagnóstico firmado de endometriose, para screening do genoma. No grupo eutópico, 6/10 amostras apresentaram alterações caracterizadas por perdas ou ganhos de regiões cromossômicas e no grupo ectópico foram encontradas alterações em 7/10 casos. A presença de perdas e ganhos de regiões cromossômicas no endométrio eutópico, histologicamente normal, de mulheres com endometriose ovariana, pode ser considerada como alteração primária ao desenvolvimento da doença. A metodologia de CGH permitiu a detecção das regiões cromossômicas 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 e 17q25.3-qter como regiões críticas, direcionando investigações futuras para identificação de genes associados à endometriose. / Endometriosis is a common benign gynecological disease, very aggressive, characterized by the presence of ectopic endometrial tissue. The most accepted theory to explain it is Sampson\'s implantation theory, which says that the endometrial tissue exfoliated during menstruation undergoes reflux through the uterine tubes, adheres and proliferates in ectopic sites of the peritoneal cavity. On the other hand, only reflux is not enough to the establishment of the disease and a number of studies suggest a multidimensional etiology including hereditary, hormonal and immunological factors. Several methodologies have been proposed for the identification of candidate genes for endometriosis. The comparative genomic hybridization (CGH) is a versatile technique that allows the entire genome to be analyzed in only one experiment without the necessity of metaphasic chromosomes from the sample, excluding the cell culture. We aimed to evaluate, by CGH, ovarian endometriomas and eutopic endometrial tissue samples from 10 patients with confirmed diagnosis of endometriosis, for a genomic screening. In the eutopic group, 6/10 samples presented genomic imbalances and 7/10 cases showed alterations in the ectopic group. The presence of losses and gains of chromosomic regions in the histologically normal eutopic endometrium from women with ovarian endometriosis can be considered as a primary alteration in the development of the disease. The CGH methodology allowed the detection of chromosomic regions 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 and 17q25.3-qter as critical regions, leading to future investigations for the identification of genes associated to endometriosis.
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Análise genômica e funcional da Nodularia spumigena CENA596 formadora de florações em tanques de produção de camarões / Genomic and functional analysis of the bloom-forming Nodularia spumigena CENA596 in shrimp production ponds

Popin, Rafael Vicentini 12 September 2017 (has links)
Nodularia spumigena é uma espécie cianobacteriana conhecida como produtora da hepatotoxina nodularina. Essa cianotoxina é uma potente e irreversível inibidora de proteínas fosfatases da família serina/treonina (PP1 e PP2A) de células eucarióticas e é uma promotora tumoral e suspeita carcinogéna. Além da nodularina, a N. spumigena também é produtora de outros peptídeos não ribossômicos, tais como espumiginas, aeruginosinas e anabaenopeptinas. O primeiro relato de N. spumigena formadora de florações no Brasil ocorreu em 2011 em tanques de produção de camarões no Rio Grande, RS, e estimulou o interesse na obtenção de informações sobre o seu genoma e potencial biossíntético. Dessa forma, a objetivo deste estudo foi avaliar os aspectos genômicos e funcionais da linhagem Nodularia spumigena CENA596 isolada de um tanque de produção de camarões de Rio Grande. Para isso, uma cultura da linhagem N. spumigena CENA596 foi submetida a um tratamento com hipoclorito de sódio (2%) para eliminação de contaminantes e o DNA extraído das células tratadas foi sequenciado na plataforma MiSeq e analisado com ferramentas genômicas. O sequenciamento e a montagem do seu genoma originaram 291 sequências contíguas com percentual GC de 41,19 e tamanho total de 5.189.679 pb. A análise filogenética baseada na sequência do gene que codifica o 16S rRNA agrupou a linhagem CENA596 com outras de N. spumigena da Austrália e América do Norte. Na árvore filogenômica construída com as sequências concatenadas de 31 proteínas, a linhagem brasileira CENA596 agrupou-se com valor de reamostragem de 100% com a N. spumigena CCY9414 originária do mar Báltico. As análises comparativas entre os genomas dessas duas linhagens indicaram um grande número de genes compartilhados, os quais estão relacionados principalmente ao metabolismo primário das células. Por outro lado, foram encontrados genes específicos para cada uma delas que estão envolvidos em respostas celulares a estresses oxidativos, patógenos e antibióticos. A mineração do genoma da N. spumigena CENA596 revelou 13 agrupamentos gênicos hipoteticamente relacionados à síntese de metabólitos secundários, a maioria dos quais mostrou similaridade significativa com agrupamentos conhecidos. As análises químicas confirmaram a produção de duas variantes de nodularina, espumigina, namalida, aeruginosina e aminoácidos tipo micosporina, e uma variante de geosmina. A linhagem brasileira N. spumigena CENA596 mostrou-se capaz de produzir uma variedade significante de moléculas bioativas e seu genoma revelou-se ser consideravelmente conservado em relação ao genoma da linhagem CCY9414, a qual é conhecida por causar grandes florações tóxicas no Mar Báltico / Nodularia spumigena is a cyanobacterial species known as a producer of the hepatotoxin nodularin. This cyanotoxin is a potent and irreversible inhibitor of eukaryotic cell serine/threonine protein phosphatases (PP1 and PP2A) and is a tumor promoter and suspected carcinogen. In addition to nodularin, N. spumigena is also produces other non-ribosomal peptides, such as spumigins, aeruginosines and anabaenopeptins. The first report of bloom-forming N. spumigena in Brazil occurred in 2011 in shrimp production ponds, Rio Grande, RS, and stimulated interest in obtaining information on its genome and biosynthetic potential. Thus, the objective of this study was to evaluate the genomic and functional aspects of the strain N. spumigena CENA596 isolated from a shrimp production pond of the Rio Grande. For this, a culture of the strain N. spumigena CENA596 was submitted to a treatment with sodium hypochlorite (2%) to eliminate contaminants and the DNA extracted from treated cells was sequenced in a platform MiSeq and analyzed with genomic tools. Genome sequencing and assembly resulted in 291 contiguous sequences with GC percentage of 41.19 and total size of 5,187,679 bp. Phylogenetic analysis based on the gene sequence encoding the 16S rRNA grouped the strain CENA596 with other N. spumigena from Australia and North America. In the phylogenomic tree constructed with the concatenated sequences of 31 proteins, the Brazilian strain CENA596 grouped with a bootstrap value of 100% with the N. spumigena CCY9414 originating from the Baltic sea. Comparative analyses between the genomes of these two strains indicated a large number of shared genes, which are mainly related to the primary metabolism of the cells. Otherwise, genes specific for each of the two strains were identified as involved in cellular responses to oxidative stress, pathogens and antibiotics. Genome mining revealed 13 gene clusters hypothetically related to the synthesis of secondary metabolites, most of which showed significant similarity to known clusters. Chemical analyses confirmed the production of two variants of nodularin, spumigin, namalide, aeruginosin and mycosporine-like amino acid, and one variant of geosmin. The Brazilian strain N. spumigena CENA596 was able to produce a significant variety of bioactive molecules and its genome revealed to be considerably conserved in relation to the genome of the strain CCY9414, which is known to cause large toxic blooms in the Baltic Sea
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Genômica comparativa de Microcystis aeruginosa (Cyanobacteria: Chroococcales), com ênfase em genes envolvidos com síntese de produtos naturais / Comparative genomics of Microcystis aeruginosa (Cyanobacteria: Chroococales), with emphasis on genes related to natural product synthesis

Weiss, Bruno 04 April 2017 (has links)
A ampla diversidade metabólica das cianobactérias é associada não somente a sua importância nos ciclos biogeoquímicos, mas também a sua distribuição global. Tal característica também é responsável pela capacidade destes organismos em produzir uma ampla variedade de substâncias de estruturas incomuns e atividades de interesse para o homem. Microcystis é um gênero cianobacteriano reconhecido como produtor de mais de duas centenas de produtos naturais, incluindo cianotoxinas. Microcystis aeruginosa é uma espécie frequentemente encontrada em florações, portanto causando preocupações sobre sua influência ecológica, especialmente em corpos d\'água doce utilizados para consumo humano. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi o levantamento da diversidade e quantidade de metabólitos secundários que podem ser produzidos pela espécie, através de análises genômicas, além de variáveis que podem potencialmente interferir nas análises computacionais, procurando-se por padrões na espécie, e comparando-se 18 linhagens de todos os continentes. Foi encontrado o total de 235 agrupamentos relacionados ao metabolismo secundário, categorizados em 12 classes segundo as estruturas de seus produtos, nas 18 linhagens, evidenciando a riqueza de agrupamentos relacionados ao metabolismo secundário encontrados nesta espécie. Destes agrupamentos, os mais abundantes pertencem às categorias dos Terpenos, Híbridos, Bacteriocinas e NRPS. Entre as NRPS, nenhuma foi comum a todas as linhagens. Ainda, a quantidade de agrupamentos variou entre 6 e 21, e a quantidade de categorias de produtos variou entre 4 e 10, mostrando uma distribuição heterogênea de agrupamentos e tipos de metabólitos preditos. Esta distribuição heterogênea foi detalhada para melhor compreensão deste padrão encontrado na espécie. Dos agrupamentos de NRPS, os três mais frequentes foram selecionados para uma análise pormenorizada de sua estrutura e sequência: aeruginosina (15 linhagens), microcistina (11 linhagens), e micropeptina (15 linhagens). O agrupamento de micropeptina encontrado nas linhagens SPC777, TAIHU98 e PCC 9806 se mostrou amplamente dissimilar com relação à referência utilizada, potencialmente indicando um erro de identificação causado pela plataforma antiSMASH utilizada para a localização dos agrupamentos. Análises de colinearidade genômica mostram uma baixíssima sintenia entre os genomas das linhagens em análise, sugerindo frequentes eventos de reorganização genômica. Ainda, análises de pangenoma mostram um cenário em que mais genomas desta espécie são necessários para a estimativa da quantidade total de genes diferentes que a espécie pode possuir, o que é interessante para futuros estudos de procura de metabólitos secundários. Análises do genoma cerne apontam para uma estimativa segura de 1.944 genes comuns a todos os genomas desta espécie, o que corresponde entre 35% e 50% dos genes em cada linhagem. Análises estatísticas apontam para diferentes graus de interferência não linear da quantidade de sequências contíguas na observação de diferentes padrões de outras características genômicas, sugerindo precaução nas expectativas com relação ao metabolismo secundário em caso de linhagens em que a montagem gênica ultrapasse o limite superior aproximado de 100 sequências contíguas. / The wide metabolic diversity of cyanobacteria is associated not only with their importance in biogeochemical cycles, but also with their global distribution. Such a feature is also responsible for the ability of these organisms to produce a wide variety of substances with unusual structures and activities of interest to man. Microcystis is a cyanobacterial genus recognized as a producer of more than two hundred natural products, including cyanotoxins. Microcystis aeruginosa is a species frequently found in cyanobacterial blooms, thus causing concerns about its ecological influence, especially in freshwater bodies used for human consumption. In this way, the objective of this work was the survey of the diversity and quantity of secondary metabolites that can be produced by the species, through genomic analyzes, besides variables that can potentially interfere in the computational analyzes, searching for patterns in the species, and comparing 18 strains from all the continents. A total of 235 clusters, categorized in 12 classes according to the structure of their products, were found in the 18 strains, evidencing the richness of clusters related to the secondary metabolism found in this species. Of these clusters, the most abundant belong to the categories of Terpenes, Hybrids, Bacteriocins and NRPS. Among NRPS, none were common to all strains. Also, the number of groups ranged from 6 to 21, and the number of product categories ranged from 4 to 10, showing a heterogeneous distribution of predicted groupings and types of metabolites. Such a heterogeneous distribution was detailed for a better understanding of this pattern found in the species. Of the NRPS clusters, the three most frequent were selected for a detailed analysis of their structure and sequence: aeruginosin (15 strains), microcystin (11 strains), and micropeptin (15 strains). The micropeptide cluster found in the SPC777, TAIHU98 and PCC 9806 strains was widely dissimilar to the reference, só potentially indicating an identification error caused by the antiSMASH platform used to locate the clusters. Genomic collinearity analyzes showed a very low synteny among the genomes of the strains under analysis, suggesting frequent events of genomic reorganization. Also, pangenome analyzes show a scenario in which more genomes of this species are needed for the estimation of the total amount of different genes the species may possess, which is interesting for future studies conserning secondary metabolites. Coregenome analyzes point to a reliable estimate of 1,944 genes common to all genomes of this species, which corresponds to 30% up to 50% of the genes in each strain. Statistical analyzes point to different degrees of non-linear interference of the number of contiguous sequences on the observation of different patterns of other genomic characteristics, suggesting necessary caution about expectations regarding the secondary metabolism in case of strains in which the gene assembly exceeds the approximate upper limit of 100 contiguous sequences.

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