Gastrenterites virais em cães são doenças transmissíveis infecciosas com importância para a saúde animal, como as causadas por Parvovírus canino e Coronavírus canino (CCoV) e saúde pública, como no caso dos rotavírus. Rotavírus em cães são encontrados com baixa freqüência, tanto em cães com diarréia quanto sadios, mas sua importância como reservatório para a rotavirose humana já é conhecido. O CCoV, pertencente ao grupo 1 do gênero Coronavirus, ocorre sob a forma dos genótipos I e II, amplamente distribuídos mundialmente e implicados em diarréia moderada, mas podendo levar a elevada letalidade no caso de patótipos altamente patogênicos. No Brasil, a ocorrência de rotavírus do sorogrupo A em cães é um fato conhecido, mas, no caso do CCoV, existe, até o momento, apenas uma investigação relatando sua ocorrência, sem dados de diversidade molecular. A presente investigação teve por objetivos avaliar o papel de cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, como reservatórios de rotavírus, estudar a freqüência de ocorrência de Coronavírus canino (CCoV) em amostras fecais destes animais e estudar a diversidade molecular das amostras de CCoV encontradas. Para tato foram colhidas 100 amostras fecais de cães não vacinados, entre 1 e 180 dias de idade entre 2007 e 2008, sendo 50 com diarréia e 50 sem diarréia no momento da colheita, nos Municípios de São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra e uma aldeia indígena em Parelheiros. Às amostras foi aplicada a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) para a detecção de rotavírus e uma RT-PCR dirigida ao gene da proteína de membrana M do CCoV (nucleotídeos 337 a 746) para a detecção deste vírus, sendo os fragmentos detectados submetidos a seqüenciamento de DNA. As seqüencias obtidas, traduzidas em aminoácidos, foram utilizadas para a construção de uma árvore genealógica enraizada de distância com o algoritmo Neighbor-Joning e modelo de Poisson com 100 repetições de bootstrap. Nenhuma das amostras resultou positiva para rotavirus, enquanto que 47 foram positivas para CCoV, com freqüência significativamente superior nos animais com diarréia. Vinte e dois dos 47 fragmentos de DNA obtidos resultaram em seqüências viáveis de DNA, sendo 12 classificadas como CCoV Tipo I e 10 como Tipo II, tendo sido encontrada uma sublinhagem exclusivamente brasileira para o Tipo II. Em relação à amostra vacinal de CCoV submetida ao seqüenciamento de DNA, a maior identidade ocorreu com o grupo Tipo II sublinhagem 01, com um valor de 100%, seguido de 97,2% para o Tipo II sublinhagem 02 (a linhagem brasileira) e 93,2% para o Tipo I. Sugere-se que a diversidade de CCoV encontrada seja derivada da elevada freqüência de ocorrência deste vírus, o que pode aumentar a probabilidade de divergências e de possíveis falhas vacinais por diferenças entre a amostra vacinal (Tipo II) e as amostras de campo (Tipos I e II), e, dessa forma, a vacina não diminuiria a transmissão e novas linhagens de CCoV emergiriam. Conclui-se que cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, não tiveram papel como reservatório para rotavírus, considerando-se a região geográfica e o período de colheita de amostras. O CCoV ocorreu com uma freqüência de 47% na população canina estudada, com freqüência estatisticamente significativamente superior naqueles com diarréia do que naqueles sem diarréia. Finalmente, amostras brasileiras de CCoV, com base em seqüenciamento parcial do gene codificador da proteína de membrana M, ocorrem tanto como tipo I quanto II, sendo que, para o tipo II, há uma lihangem tipicamente brasileira. / Viral canine gastroenteritis is infectious transmissible diseases with importance for animal health, as those caused by Canine parvovirus and Canine coronavirus (CCoV) and public health, as in the case of rotavirus. Canine rotavirus occurs at low frequencies, both in diarrheic and health dogs, but the importance of dog as reservoirs for human rotaviruses is known. CCoV belongs to group 1 of the genus Coronavirus and occurs as genotypes I and II, worldwide distributed and implicated in mild diarrhea, but high pathogenic types might lead to high lethality. In Brazil, the occurrence of serogroup A rotavirus in dogs is already known but, in the case of CCoV, theres a single report on the occurrence of this virus, with no data on its molecular diversity. The aims of the present investigation were to evaluate the roles of diarrheic and health young dogs as reservoirs of rotavirus, to study the occurrence of CCoV in these animals and to assess the molecular diversity of the strains found. One hundred fecal samples were collected from unvaccinated dogs between 2007 and 2008 (50 with diarrhea and 50 health dogs) in the Municipalities of São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra and in an indian community in Parelheiros. The samples were submitted to polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) for rotavirus detection and to an RT-PCR targeted to the membrane M protein gene (nucleotides 337 to 746) of CCoV for the detection of this virus; amplicons were then submitted to DNA sequencing and the putative amino acids sequences were used to build a rooted distance genealogic tree with the Neighbor-Joinng algorithm and he Poisson correction with 1,000 bootstrap replicates. No sample was positive to rotavirus, while 47 out of the 100 samples were positive for CCoV, with a statistically significative higher frequency for the dogs with diarrhea. Twenty-two out of the 47 ampicons resulted in viable sequences, being 12 classified as CCoV Type II and 10 as Type I; besides, and exclusively Brazilian sub lineage was found for Type II. Regarding the vaccine strain, the highest identity was found to Type II sub linage 02 (10%), followed by 97.2% for Type II sub linage II (the Brazilian sub linage) and 93.2% for Type I. Its suggested that the high diversity for CCoV detected is a consequence of the high frequency of occurrence of this virus, what might increase the probability of the emergence of divergence and possible vaccine failures due to differences amongst the vaccine strain (Type II) and field strains (Types I and II) and thus vaccination would not decrease the transmission and new lineages would emerge. It can be concluded that both health and diarrheic young dogs have played no role as reservoirs for rotavirus taking into account the geographic area and the time of samples collection. CCoV ocurred at a frequecy of 47%, with a higher frequency in the diarreic animals. Finally, Brazilian strains of CCoV, based on partial M gene sequences, occur as both type I and II, while, for Type II, a typical Brazilian lineage was described.

O coronavírus bovino (BCoV) e rotavírus (RV) são importantes agentes da diarréia neonatal bovina, causando grandes perdas econômicas. O BCoV é também responsável pela disenteria de inverno em vacas adultas e por desordens respiratórias e o RV possui um aspecto zoonótico de importância na saúde pública. Este estudo teve o objetivo de desenvolver uma multiplex hemi-nested RT-PCR para detecção simultânea de BCoV e RV do grupo A com a utilização de um controle interno. Para tanto, foram desenhados três primers dirigidos ao gene N de BCoV (306pb) e três primers dirigidos ao gene VP1 do RV do grupo A (228pb); para o controle interno, foram utilizados dois primers dirigidos ao mRNA do gene mitocondrial bovino ND5 (191pb). Foram utilizados como controles positivos a amostra Kakegawa de BCoV (título HA de 256), a amostra 8209 de rotavírus do grupo A (título viral de 101.66TCID50%/200µL) e suspensão de células MDBK para o controle interno. A extração de RNA foi realizada com o reagente comercial TRIzol, de acordo com as recomendações do fabricante. Foram realizados gradientes de temperatura para a determinação da temperatura ótima de hibridação para cada par de primers, resultando em 50ºC para PCR e 55ºC para a hemi-nested. Doze protocolos com diferentes concentrações de Taq DNA polymerase, MgCl2, primers e DNA-alvo foram testados. Para determinação do limiar de detecção, o protocolo final foi utilizado em diluições dos dois vírus em suspensão de amostras fecais negativas para BCoV e RV adicionadas de 10% de suspensão de células MDBK, obtendo o limiar de detecção de 10-8 para os dois vírus e aplicado em amostras fecais de bezerros (53) e vacas adultas (22). Todas as amostras foram previamente testadas para BCoV por uma nested RT-PCR dirigida ao gene RdPd, sendo 15 positivas, e para rotavírus pela PAGE, sendo 3 positivas. Para a multiplex, 15 amostras foram positivas para BCoV e 6 para rotavírus. O seqüenciamento de DNA das amostras positivas para multiplex demonstrou a especificidade do teste. Uma concordância ótima foi encontrada para BCoV (0,833) e substancial para rotavírus (0,648) calculada pela estatística kappa, comparando-se com os testes de referência. Estes resultados demonstram que a padronização da multiplex foi eficiente para a detecção de BCoV e RV, com elevadas sensibilidade e especificidade. Além disso, o diagnóstico simultâneo dos dois agentes permite um diagnóstico rápido e a um menor custo devido à utilização de reduzidas quantidades de reagentes e mão de obra, fornecendo uma importante ferramenta para o diagnóstico e estudo da etiologia da diarréia em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) and rotavirus (RV) are important agents of neonatal diarrhea in cattle, causing large economic losses. BCoV is also responsible for winter dysentery in adult cattle and respiratory disorders and RV has a zoonotic aspect of importance in public health. This study aimed to develop a multiplex hemi-nested RT-PCR for simultaneous detection of BCoV and RV of group A with an internal control. For this purpose, three primers were designed targeting the N gene of BCoV (306pb) and three primers targeting to the VP1 gene of group A RV (228pb); for internal control, two primers targeting to the mRNA of ND5 bovine mitochondrial gene (191pb) were used. Positive controls were BCoV Kakegawa strain (HA titer 256), group A bovine rotavirus strain 8209 (viral titer of 101.66TCID50%/200µL), and MDBK cells suspension for internal control. The RNA extraction was performed with the commercial reagent TRIzol. Temperature gradients were carried out for each primers pair for the determination of the optimal hybridization temperatures, resulting in 50°C for PCR and 55°C for the hemi-nested. Twelve protocols were tested with different concentrations of Taq DNA polymerase, MgCl2, primers and target DNA. The final protocol was used in 10-fold dilutions of the two viruses in suspension of fecal sample negative for BCoV and RV added to 10% of MDBK cells suspension, obtaining the detection limit of 10-8 for the two viruses, and applied to 75 fecal samples from calves (53) and cows (22). All samples were previously tested for BCoV by a nested RT-PCR to RdPd gene, being 15 positive; and for rotavirus by PAGE, being 3 positive. For multiplex, 15 samples were positive for BCoV and 6 for RV. The DNA sequencing of multiplex-positive samples substantiates the specificity of the test. A great agreement was found for BCoV (0.833) and substantial for RV (0.648) by calculating the kappa statistic in comparison to the reference tests. These results demonstrate that the multiplex standard was effective in the detection of BCoV and RV, with high sensitivity and specificity. In addition, simultaneous diagnosis of both agents allows a faster and at lower cost diagnosis due to use of smaller quantities of reagents and labor, providing an important tool for the diagnosis and study on the etiology of diarrhea in cattle.

Gastrenterites virais em cães são doenças transmissíveis infecciosas com importância para a saúde animal, como as causadas por Parvovírus canino e Coronavírus canino (CCoV) e saúde pública, como no caso dos rotavírus. Rotavírus em cães são encontrados com baixa freqüência, tanto em cães com diarréia quanto sadios, mas sua importância como reservatório para a rotavirose humana já é conhecido. O CCoV, pertencente ao grupo 1 do gênero Coronavirus, ocorre sob a forma dos genótipos I e II, amplamente distribuídos mundialmente e implicados em diarréia moderada, mas podendo levar a elevada letalidade no caso de patótipos altamente patogênicos. No Brasil, a ocorrência de rotavírus do sorogrupo A em cães é um fato conhecido, mas, no caso do CCoV, existe, até o momento, apenas uma investigação relatando sua ocorrência, sem dados de diversidade molecular. A presente investigação teve por objetivos avaliar o papel de cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, como reservatórios de rotavírus, estudar a freqüência de ocorrência de Coronavírus canino (CCoV) em amostras fecais destes animais e estudar a diversidade molecular das amostras de CCoV encontradas. Para tato foram colhidas 100 amostras fecais de cães não vacinados, entre 1 e 180 dias de idade entre 2007 e 2008, sendo 50 com diarréia e 50 sem diarréia no momento da colheita, nos Municípios de São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra e uma aldeia indígena em Parelheiros. Às amostras foi aplicada a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) para a detecção de rotavírus e uma RT-PCR dirigida ao gene da proteína de membrana M do CCoV (nucleotídeos 337 a 746) para a detecção deste vírus, sendo os fragmentos detectados submetidos a seqüenciamento de DNA. As seqüencias obtidas, traduzidas em aminoácidos, foram utilizadas para a construção de uma árvore genealógica enraizada de distância com o algoritmo Neighbor-Joning e modelo de Poisson com 100 repetições de bootstrap. Nenhuma das amostras resultou positiva para rotavirus, enquanto que 47 foram positivas para CCoV, com freqüência significativamente superior nos animais com diarréia. Vinte e dois dos 47 fragmentos de DNA obtidos resultaram em seqüências viáveis de DNA, sendo 12 classificadas como CCoV Tipo I e 10 como Tipo II, tendo sido encontrada uma sublinhagem exclusivamente brasileira para o Tipo II. Em relação à amostra vacinal de CCoV submetida ao seqüenciamento de DNA, a maior identidade ocorreu com o grupo Tipo II sublinhagem 01, com um valor de 100%, seguido de 97,2% para o Tipo II sublinhagem 02 (a linhagem brasileira) e 93,2% para o Tipo I. Sugere-se que a diversidade de CCoV encontrada seja derivada da elevada freqüência de ocorrência deste vírus, o que pode aumentar a probabilidade de divergências e de possíveis falhas vacinais por diferenças entre a amostra vacinal (Tipo II) e as amostras de campo (Tipos I e II), e, dessa forma, a vacina não diminuiria a transmissão e novas linhagens de CCoV emergiriam. Conclui-se que cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, não tiveram papel como reservatório para rotavírus, considerando-se a região geográfica e o período de colheita de amostras. O CCoV ocorreu com uma freqüência de 47% na população canina estudada, com freqüência estatisticamente significativamente superior naqueles com diarréia do que naqueles sem diarréia. Finalmente, amostras brasileiras de CCoV, com base em seqüenciamento parcial do gene codificador da proteína de membrana M, ocorrem tanto como tipo I quanto II, sendo que, para o tipo II, há uma lihangem tipicamente brasileira. / Viral canine gastroenteritis is infectious transmissible diseases with importance for animal health, as those caused by Canine parvovirus and Canine coronavirus (CCoV) and public health, as in the case of rotavirus. Canine rotavirus occurs at low frequencies, both in diarrheic and health dogs, but the importance of dog as reservoirs for human rotaviruses is known. CCoV belongs to group 1 of the genus Coronavirus and occurs as genotypes I and II, worldwide distributed and implicated in mild diarrhea, but high pathogenic types might lead to high lethality. In Brazil, the occurrence of serogroup A rotavirus in dogs is already known but, in the case of CCoV, theres a single report on the occurrence of this virus, with no data on its molecular diversity. The aims of the present investigation were to evaluate the roles of diarrheic and health young dogs as reservoirs of rotavirus, to study the occurrence of CCoV in these animals and to assess the molecular diversity of the strains found. One hundred fecal samples were collected from unvaccinated dogs between 2007 and 2008 (50 with diarrhea and 50 health dogs) in the Municipalities of São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra and in an indian community in Parelheiros. The samples were submitted to polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) for rotavirus detection and to an RT-PCR targeted to the membrane M protein gene (nucleotides 337 to 746) of CCoV for the detection of this virus; amplicons were then submitted to DNA sequencing and the putative amino acids sequences were used to build a rooted distance genealogic tree with the Neighbor-Joinng algorithm and he Poisson correction with 1,000 bootstrap replicates. No sample was positive to rotavirus, while 47 out of the 100 samples were positive for CCoV, with a statistically significative higher frequency for the dogs with diarrhea. Twenty-two out of the 47 ampicons resulted in viable sequences, being 12 classified as CCoV Type II and 10 as Type I; besides, and exclusively Brazilian sub lineage was found for Type II. Regarding the vaccine strain, the highest identity was found to Type II sub linage 02 (10%), followed by 97.2% for Type II sub linage II (the Brazilian sub linage) and 93.2% for Type I. Its suggested that the high diversity for CCoV detected is a consequence of the high frequency of occurrence of this virus, what might increase the probability of the emergence of divergence and possible vaccine failures due to differences amongst the vaccine strain (Type II) and field strains (Types I and II) and thus vaccination would not decrease the transmission and new lineages would emerge. It can be concluded that both health and diarrheic young dogs have played no role as reservoirs for rotavirus taking into account the geographic area and the time of samples collection. CCoV ocurred at a frequecy of 47%, with a higher frequency in the diarreic animals. Finally, Brazilian strains of CCoV, based on partial M gene sequences, occur as both type I and II, while, for Type II, a typical Brazilian lineage was described.

O coronavírus bovino (BCoV) e rotavírus (RV) são importantes agentes da diarréia neonatal bovina, causando grandes perdas econômicas. O BCoV é também responsável pela disenteria de inverno em vacas adultas e por desordens respiratórias e o RV possui um aspecto zoonótico de importância na saúde pública. Este estudo teve o objetivo de desenvolver uma multiplex hemi-nested RT-PCR para detecção simultânea de BCoV e RV do grupo A com a utilização de um controle interno. Para tanto, foram desenhados três primers dirigidos ao gene N de BCoV (306pb) e três primers dirigidos ao gene VP1 do RV do grupo A (228pb); para o controle interno, foram utilizados dois primers dirigidos ao mRNA do gene mitocondrial bovino ND5 (191pb). Foram utilizados como controles positivos a amostra Kakegawa de BCoV (título HA de 256), a amostra 8209 de rotavírus do grupo A (título viral de 101.66TCID50%/200µL) e suspensão de células MDBK para o controle interno. A extração de RNA foi realizada com o reagente comercial TRIzol, de acordo com as recomendações do fabricante. Foram realizados gradientes de temperatura para a determinação da temperatura ótima de hibridação para cada par de primers, resultando em 50ºC para PCR e 55ºC para a hemi-nested. Doze protocolos com diferentes concentrações de Taq DNA polymerase, MgCl2, primers e DNA-alvo foram testados. Para determinação do limiar de detecção, o protocolo final foi utilizado em diluições dos dois vírus em suspensão de amostras fecais negativas para BCoV e RV adicionadas de 10% de suspensão de células MDBK, obtendo o limiar de detecção de 10-8 para os dois vírus e aplicado em amostras fecais de bezerros (53) e vacas adultas (22). Todas as amostras foram previamente testadas para BCoV por uma nested RT-PCR dirigida ao gene RdPd, sendo 15 positivas, e para rotavírus pela PAGE, sendo 3 positivas. Para a multiplex, 15 amostras foram positivas para BCoV e 6 para rotavírus. O seqüenciamento de DNA das amostras positivas para multiplex demonstrou a especificidade do teste. Uma concordância ótima foi encontrada para BCoV (0,833) e substancial para rotavírus (0,648) calculada pela estatística kappa, comparando-se com os testes de referência. Estes resultados demonstram que a padronização da multiplex foi eficiente para a detecção de BCoV e RV, com elevadas sensibilidade e especificidade. Além disso, o diagnóstico simultâneo dos dois agentes permite um diagnóstico rápido e a um menor custo devido à utilização de reduzidas quantidades de reagentes e mão de obra, fornecendo uma importante ferramenta para o diagnóstico e estudo da etiologia da diarréia em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) and rotavirus (RV) are important agents of neonatal diarrhea in cattle, causing large economic losses. BCoV is also responsible for winter dysentery in adult cattle and respiratory disorders and RV has a zoonotic aspect of importance in public health. This study aimed to develop a multiplex hemi-nested RT-PCR for simultaneous detection of BCoV and RV of group A with an internal control. For this purpose, three primers were designed targeting the N gene of BCoV (306pb) and three primers targeting to the VP1 gene of group A RV (228pb); for internal control, two primers targeting to the mRNA of ND5 bovine mitochondrial gene (191pb) were used. Positive controls were BCoV Kakegawa strain (HA titer 256), group A bovine rotavirus strain 8209 (viral titer of 101.66TCID50%/200µL), and MDBK cells suspension for internal control. The RNA extraction was performed with the commercial reagent TRIzol. Temperature gradients were carried out for each primers pair for the determination of the optimal hybridization temperatures, resulting in 50°C for PCR and 55°C for the hemi-nested. Twelve protocols were tested with different concentrations of Taq DNA polymerase, MgCl2, primers and target DNA. The final protocol was used in 10-fold dilutions of the two viruses in suspension of fecal sample negative for BCoV and RV added to 10% of MDBK cells suspension, obtaining the detection limit of 10-8 for the two viruses, and applied to 75 fecal samples from calves (53) and cows (22). All samples were previously tested for BCoV by a nested RT-PCR to RdPd gene, being 15 positive; and for rotavirus by PAGE, being 3 positive. For multiplex, 15 samples were positive for BCoV and 6 for RV. The DNA sequencing of multiplex-positive samples substantiates the specificity of the test. A great agreement was found for BCoV (0.833) and substantial for RV (0.648) by calculating the kappa statistic in comparison to the reference tests. These results demonstrate that the multiplex standard was effective in the detection of BCoV and RV, with high sensitivity and specificity. In addition, simultaneous diagnosis of both agents allows a faster and at lower cost diagnosis due to use of smaller quantities of reagents and labor, providing an important tool for the diagnosis and study on the etiology of diarrhea in cattle.

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no Grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando disenteria (disenteria de inverno) em bovinos adultos, diarréia em bezerros neonatos e processos respiratórios em bovinos adultos e jovens. No presente estudo, 21 amostras fecais de vacas leiteiras colhidas durante um surto de disenteria em uma propriedade de Paranapanema no Estado de São Paulo positivas para BCoV foram submetidas a reações de PCR para amplificação parcial dos genes codificadores das proteínas S (448pb) e HE (441pb) do BCoV. Destas amostras, 14 foram positivas para cada PCR (não simultaneamente), sendo os fragmentos amplificados submetidos a seqüenciamento de DNA para reconstrução genealógica por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico em conjunto com seqüências homólogas recuperadas do GenBank. Considerando-se o gene S, a identidade de nucleotídeos entre as 14 amostras aqui estudadas foi de 100%, tendo as mesmas segregado em um grupo exclusivo; além disso, demais amostras brasileiras incluídas no estudo segregam em outros dois grupos. Em relação ao gene HE, as 14 amostras estudadas apresentaram identidade de nucleotídeos de 100%, mas a árvore genealógica apresentou topologia pouco resolvida, tendo estas amostras, segregado em grupo politômico com as seqüências homólogas incluídas. Comparações entre os diversos grupos nas árvores do gene S em termos de aminoácidos revelaram marcadores grupo-específicos, com substituições exclusivas para as amostras de BCoV aqui estudadas. Com base nestes resultados, conclui-se que, durante o transcorrer do surto de disenteria de inverno, uma única linhagem de BCoV estava presente, baseado no seqüenciamento parcial dos genes S e HE e que há pelo menos três genótipos de BCoV presentes no Brasil em relação ao gene S e ao menos um em relação ao gene HE, considerando-se as regiões gênicas e as seqüências incluídas no presente estudo. / Bovine coronavirus (BCoV) is classified in group 2 of the genus Coronavirus, family Coronaviridae, order Nidovirales, and causes winter dysentery in adult bovine, neonatal calf diarrhea, and respiratory disorders in both adult and young bovine. In this investigation, 21 fecal samples from dairy cows collected during an outbreak of dysentery in a farm located at Paranapanema, São Paulo State, all positive to BCoV, were submitted to PCRs to partial amplification of genes S (448bp) and HE (441bp ) of BCoV. Fourteen out of these samples were positive for each PCR (not simultaneously) and the amplicons were submitted to DNA sequencing for genealogic reconstruction with maximum parsimony and heuristic algorithm with homologous sequences retrieved from the GenBank. Regarding S gene, the nucleotide identity among the 14 strains was 100% and these segregated in an exclusive cluster; furthermore, the other Brazilian strains included in the analysis segregated in other two clusters. Taking into account the HE gene, the 14 strains analyzed presented a nucleotide identity of 100%, but the genealogic tree showed a low-resolved topology, having these samples segregated in a polytomic cluster with the homologous sequences included. Amino acid comparisons among the different clusters in the trees of gene S revealed cluster-specific markers, with exclusive substitutions for the BCoV strains studied herein. Based on these results, one can conclude that, during the winter dysentery outbreak, a single BCoV lineage was involved based on partial S and HE genes sequences and that there are at least three genotypes of BCoV in Brazil regarding S gene and at least one regarding HE gene, taking into account the gene regions and the sequences included in this investigation.

Orientador: Helio José Montassier / Banca: Ricardo luiz Moro de Sousa / Banca: Rafael Antonio Casarin Penha Filho / Banca: Cintia Hiromi Okino / Banca: Marcos Rogério André / Resumo: A bronquite infecciosa (BI) é uma doença altamente contagiosa que acomete o trato respiratório e urogenital de aves comerciais e que é causada pelo vírus da bronquite infecciosa (VBI) resultando em grandes perdas econômicas para a indústria avícola em todo o mundo. No presente estudo, foram obtidos três isolados de VBI de um lote matrizes de produção rotineiramente vacinado contra BI, em três diferentes idades, sendo que essas aves revelaram-se persistentemente infectadas com o VBI pelo período de 65 semanas em que foram avaliadas. Para tanto, foi realizada para esses três isolados do VBI uma análise molecular e filogenética da região S1 do gene que codifica a glicoproteína da espícula (S) e também foram caracterizadas a antigenicidade, a virulência e o tropismo tecidual através da infecção experimental em pintos livres de patógenos específicos (SPF) e de aves sentinelas, que foram colocadas em contato com as aves experimentalmente infectadas para avaliar o potencial de disseminação destes isolados de VBI. Os resultados revelaram que os três isolados do VBI são geneticamente próximos e sorologicamente relacionados, sendo classificados após a análise filogenética na linhagem 11 do genótipo I (GI-11), anteriormente denominada de genótipo BR-I, além de que esses vírus demonstraram maior tropismo e lesões renais. Foram observadas poucas diferenças em relação à patogenicidade para a traquéia e rins, que podem estar associadas a mutações que ocorreram no gene S1 destes isolados du... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease that affects the respiratory and urogenital tract of commercial birds and is caused by infectious bronchitis virus (IBV), resulting in major economic losses to the poultry industry worldwide. In the present study, three isolates of VBI were obtained at three different ages from one set of broiler breeders that were vaccinated against IBV according to a routine protocol, and was persistently infected with IBV for the 65 weeks. A molecular and phylogenetic analysis of the S1 region of the gene coding for the spike glycoprotein (S) was performed for these three isolates. In addition, antigenicity, virulence and tissue tropism were also characterized by experimental infection of specific pathogen free chicks (SPF) and sentinel birds, which were used to assess the potential for dissemination of these IBV isolates. The results showed that the three IBV isolates are genetically and serologically close related, and after phylogenetic analysis they were classified in the BR-I genotype. In addition, these viruses demonstrated greater tropism and lesions for kidneys. There were few differences in pathogenicity for tracheal and renal tissues of experimental infected birds, and these differences may be associated with mutations that occurred in the S1 gene of these isolates during persistent infection. The three IBV isolates from persistently infected broiler breeders retained their ability to infect sentinel birds by contact and caused similar clinical and pathological changes in these birds. In conclusion, IBV isolates of BR genotype I are continuously evolving during the productive cycle of persistent infected broiler breeders, causing outbreaks that are not impeded by the current vaccination program with Massachusetts vaccine strains. In addition, the genetic alteratio... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-21Bitstream added on 2014-08-13T18:00:45Z : No. of bitstreams: 1 000754075.pdf: 1053902 bytes, checksum: bc9c8bcad96f2ac9a99f7275a15b0258 (MD5) / O vírus da peritonite infecciosa felina (FIPV) causa uma doença fatal, sistêmica e imunomediada. O FIPV contem mutações do coronavírus entérico felino (FECoV) e o diagnóstico antemortem da PIF é desafiador pois a maioria dos gatos são positivos para FCoV nos testes sorológicos e de amplificação de DNA. A diferenciação entre a infecção pelo FIPV e pelo FECoV é difícil, sendo conclusivo post-mortem pelo exame histopatológico. A RT-PCR para detecção do RNAm de coronavírus felino em sangue periférico é um teste diagnóstico que evidencia a infecção e replicação do vírus. Entretanto, esses ensaios não conseguem distinguir entre cepas produtoras de PIF e do FECoV. Na patogenia da infecção, as células imunes infectadas induzem uma produção exacerbada de citocinas. Assim, nosso objetivo foi o de verificar se gatos com PIF expressam RNAM codificante de citocinas de forma alterada quando comparadas com animais saudáveis. Para tanto, amostras de sangue de 44 gatos provenientes de gatis de SP e RJ foram coletadas em 4 momentos, num intervalo de 4 meses. A partir do RNA total extraído, foi realizada a RT-qPCR para RNAm codificante de citocinas felinas (IL-1, IL-2, IL-6, IL-10, IL-12, TNF-α, IFN-γ) normalizadas pelo GAPDH. Observou-se que, para as citocinas IL-1, IL-2, IL-6 e IL-10, foram obtidos resultados elevados na maioria dos animais. Entretanto, IL-12, TNF-α e IFN-γ estavam aumentadas em apenas alguns grupos, que pode estar associado à infecção por FIPV. Os animais que apresentaram valores elevados para essas citocinas, tinham sinais clínicos compatíveis com a doença e contato com animais que desenvolveram a PIF / The feline infectious peritonitis virus (FIPV) causes a fatal disease, and systemic immune mediated. The FIPV contains mutations of feline enteric coronavirus (FECoV) and antemortem diagnosis of FIP is challenging because most cats are positive for FCoV in serological and DNA amplification. The differentiation between infection the FIPV and FECoV is hard being conclusive post-mortem by histopathological examination. RT-PCR for detection of feline coronavirus mRNA in peripheral blood is a diagnostic test which shows the infection and replication of the virus. However, these tests can’t distinguish between strains producing FIP and FECoV. In the pathogenesis of infection, the infected cells induce an immune exacerbated production of cytokines. Thus, our goal was to determine whether cats with FIP express mRNA encoding cytokines altered form compared to healthy animals. Therefore, blood samples from 44 cats from catteries of SP and RJ were collected at 4 times within 4 months. From the total RNA, we performed RT-qPCR mRNA coding for feline cytokine (IL-1, IL-2, IL-6, IL-10, IL-12, TNF-α, IFN-γ) normalized by GAPDH. It was observed that, for the cytokines IL-1, IL-2, IL-6 and IL-10 high scores were obtained in most animals. However, IL-12, TNF-α and IFN-γ were increased only in some groups, which may be associated with FIPV infection. The animals with high values for these cytokines had clinical signs consistent with the disease and contact with animals that developed FIP

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no Grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando disenteria (disenteria de inverno) em bovinos adultos, diarréia em bezerros neonatos e processos respiratórios em bovinos adultos e jovens. No presente estudo, 21 amostras fecais de vacas leiteiras colhidas durante um surto de disenteria em uma propriedade de Paranapanema no Estado de São Paulo positivas para BCoV foram submetidas a reações de PCR para amplificação parcial dos genes codificadores das proteínas S (448pb) e HE (441pb) do BCoV. Destas amostras, 14 foram positivas para cada PCR (não simultaneamente), sendo os fragmentos amplificados submetidos a seqüenciamento de DNA para reconstrução genealógica por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico em conjunto com seqüências homólogas recuperadas do GenBank. Considerando-se o gene S, a identidade de nucleotídeos entre as 14 amostras aqui estudadas foi de 100%, tendo as mesmas segregado em um grupo exclusivo; além disso, demais amostras brasileiras incluídas no estudo segregam em outros dois grupos. Em relação ao gene HE, as 14 amostras estudadas apresentaram identidade de nucleotídeos de 100%, mas a árvore genealógica apresentou topologia pouco resolvida, tendo estas amostras, segregado em grupo politômico com as seqüências homólogas incluídas. Comparações entre os diversos grupos nas árvores do gene S em termos de aminoácidos revelaram marcadores grupo-específicos, com substituições exclusivas para as amostras de BCoV aqui estudadas. Com base nestes resultados, conclui-se que, durante o transcorrer do surto de disenteria de inverno, uma única linhagem de BCoV estava presente, baseado no seqüenciamento parcial dos genes S e HE e que há pelo menos três genótipos de BCoV presentes no Brasil em relação ao gene S e ao menos um em relação ao gene HE, considerando-se as regiões gênicas e as seqüências incluídas no presente estudo. / Bovine coronavirus (BCoV) is classified in group 2 of the genus Coronavirus, family Coronaviridae, order Nidovirales, and causes winter dysentery in adult bovine, neonatal calf diarrhea, and respiratory disorders in both adult and young bovine. In this investigation, 21 fecal samples from dairy cows collected during an outbreak of dysentery in a farm located at Paranapanema, São Paulo State, all positive to BCoV, were submitted to PCRs to partial amplification of genes S (448bp) and HE (441bp ) of BCoV. Fourteen out of these samples were positive for each PCR (not simultaneously) and the amplicons were submitted to DNA sequencing for genealogic reconstruction with maximum parsimony and heuristic algorithm with homologous sequences retrieved from the GenBank. Regarding S gene, the nucleotide identity among the 14 strains was 100% and these segregated in an exclusive cluster; furthermore, the other Brazilian strains included in the analysis segregated in other two clusters. Taking into account the HE gene, the 14 strains analyzed presented a nucleotide identity of 100%, but the genealogic tree showed a low-resolved topology, having these samples segregated in a polytomic cluster with the homologous sequences included. Amino acid comparisons among the different clusters in the trees of gene S revealed cluster-specific markers, with exclusive substitutions for the BCoV strains studied herein. Based on these results, one can conclude that, during the winter dysentery outbreak, a single BCoV lineage was involved based on partial S and HE genes sequences and that there are at least three genotypes of BCoV in Brazil regarding S gene and at least one regarding HE gene, taking into account the gene regions and the sequences included in this investigation.

Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus aviários em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e determinar o papel epidemiológico das codornas na bronquite infecciosa das galinhas (BIG). Para isso, foram coletados em granjas localizadas no estado de São Paulo e Espírito Santo pools de aparelho reprodutivo, pulmões, rins, traquéia e conteúdo entérico de codornas e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com BIG. Estas amostras foram testadas para coronavírus aviário mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR) e as amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCR, incluindo uma tipo multiplex dirigidas a proteína de espícula S do vírus da BIG, para genotipagem. Amplicons ou fragmentos amplificados da 3\'UTR (a partir de amostras de codorna) foram clonados e sequenciados. Outras duas RT-PCR foram utilizadas para detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV). Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em galinhas e codornas criadas nas mesmas propriedades, sendo que aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Todos os coronavírus aviários encontrados, foram classificados como variantes pela multiplex RT-PCR, não sendo entretanto, obtidas sequências de DNA para o gene S. Com base em sequências de DNA para os genes codificadores da proteína RdRp e da região 3´UTR pode-se demonstrar que as codornas estudadas apresentaram o coronavírus aviário identificados como próximo àqueles relacionados à bronquite infecciosa das galinhas, havendo diversidade molecular filogeográfica para os vírus de codornas. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários onde haja criações em proximidade com outras espécies aviárias. / This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of avian coronavirus in quails and laying hens, raised on the same farms and determine the role of quails in the epidemiology of avian infectious bronchitis (IB). To this end, pools of lungs, trachea, female reproductive tracts, kidneys and enteric contents were collected from quails and laying hens flocks with IB-like symptoms, co-housed in farms located in Sao Paulo and Espírito Santo states, Brazil, during 2009-2010. Chickens and quails samples were screened for IBV with an RT-PCR to the 3UTR and positive samples were submitted to RT-PCRs to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Amplicons of 3UTR (from quails samples) were cloned and sequenced. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in chickens and quails raised on the same farms, aMPV subtype B was found in chickens and the NDV was not observed in any samples. All avian coronavirus found were classified as variants by multiplex RT-PCR, however, DNA sequences for gene S were not obtained. Based on the DNA sequences for genes encoding the protein RdRp and the 3\'UTR region can be show that avian coronavirus in quails are closely related to avian infectious bronchitis virus, with a molecular phylogeographic diversity for quails viruses; thus, quails might act as reservoirs for avian coronaviroses when in close contact with other avian species.

Gastroenterites são uma das causas mais comuns e importantes de morbidade e mortalidade entre animais neonatos e juvenis, em muitos casos, ocasionadas por uma infecção intestinal múltipla, sendo os principais agentes virais entéricos em bovinos o rotavírus e o coronavírus bovino (BCoV). O BCoV tem distribuição mundial e causa gastroenterites em bezerros, disenteria de inverno em bovinos adultos e processos patológicos respiratórios, enquanto que nos equinos os coronavírus causam enterocolite neonatal em potros. Considerando-se que o coronavírus bovino é mais estudado do que os coronavírus equinos, havendo possibilidade de transmissão interespécies, o presente trabalho teve por objetivo a comparação multigênica do coronavírus em bovinos adultos com disenteria de inverno e bezerros com diarréia neonatal e em equinos do Brasil, com base em sequências parciais dos genes codificadores das proteínas hemagluninina-esterase (HE), espícula (S) e nucleoproteína (N). Foram utilizadas amostras fecais de 11 vacas leiteiras de um surto de disenteria de inverno e de 27 equinos testadas quanto a presença de Betacoronavirus com uma RT-PCR dirigida ao gene RdRp; em seguida, as amostras positivas foram submetidas as reações parciais de PCR para os genes N, HE e S, e posterior sequenciamento e análise genealógica. Além destas amostras, foram utilizadas 15 amostras fecais de bezerros, já estudadas parcialmente quanto ao gene S, submetidas as reações de RT-PCR para N e HE, e posterior sequenciamento e análise genealógica. Sequências representativas da população em estudo foram obtidas para todos os genes. Pode-se concluir que a genealogia de amostras entéricas de BCoV detectadas em bovinos jovens e adultos é diretamente associada a padrões geográficos quando se consideram os genes S e HE, sendo a genealogia de menor resolução para os genes HE e nucleoproteína N, para a qual há uma tendência a segregação por faixa etária do hospedeiro e que equinos podem apresentar Betacoronavirus indistinguíveis daqueles encontrados em bovinos. / Gastroenteritis is one of the leading causes of morbidity and mortality amongst young and newborn animals, often caused by multiple intestinal infections, being rotavirus and Bovine coronavirus (BCoV) the main viral causes in cattle. BCoV has a worldwide distribution and caused diarrhea in calves, winter dysentery in adult cattle and respiratory disease, while in horses coronaviruses lead to neonatal enterocolitis in foals. Taking into account that BCoV is more largely studied than equine coronaviruses and the possibility of interspecies transmission of these viruses, this research aimed to assess a multigenic comparison of coronaviruses from adult cattle with winter dysentery and calves with neonatal diarrhea as well as from equines, all from Brazil, based on partial sequences of the hemagglutinin-esterase (HE), spike (S) and nucleoprotein (N) genes. To this end, 11 samples from dairy cows with winter dysentery and 27 from horses were tested for Betacoronavirus using an RT-PCR targeted to the RdRp gene and the positive samples were next submitted to RT-PCRs to the partial amplification and sequencing of N, HE and S genes for genealogic analysis. Besides, 15 calves samples previously studied for the same S gene region were also submitted to the N and HE genes RT-PCRs and sequencing for genealogic analysis. Sequences representative of the population under study were obtained for all genes. It could be concluded that enteric BCoV genealogy from newborn and adult cattle is directly associated to geographic patterns when S and HE genes are taken into account, with a less-resolved genealogy for the HE and N genes, with a trend for an age-related segregation pattern for the last and also that horses might present Betacoronavirus undistinguishable from those found in cattle, a fact previously unknown.