Os experimentos multiambientes são um tipo especial dos experimentos bifatoriais, muito usados em melhoramento genético de plantas, nos quais algumas cultivares são avaliadas em diferentes locais. Geralmente nesses estudos se encontra uma resposta diferencial das cultivares em cada local que é chamada de interação genótipo x ambiente ou G x E, que é bem explicada por modelos de efeitos aditivos e interação multiplicativa (AMMI). Frequentemente os experimentos G x E podem ser desbalanceados e um ou vários genótipos não serem testados em alguns locais. Às vezes para o pesquisador recomendar os ambientes pode ser de interesse obter estimativas daquelas combinações genótipo ambiente que não foram testadas e tais estimativas podem ser calculadas explorando a informação inerente a aquelas combinações que foram atualmente obtidas. Além do interesse do pesquisador por essas estimativas, os da- dos ausentes podem causar alguma modificação na estimação tradicional dos parâmetros nos modelos AMMI, pois para estimar os parâmetros é necessário um processo sequencial fazendo uma análise de variância com uma posterior decomposição por valor singular da matriz de residuais, a qual não pode ser calculada se existir uma matriz de interação com dados faltantes. Para resolver esses problemas Bergamo (2007) e Bergamo et al. (2008) propuseram uma nova técnica através do uso de imputação múltipla livre de distribuição (IMLD) e é por essa razão que se decidiu avaliar o recente desenvolvimento comparando-o com algumas metodologias de imputação que têm sido usadas com sucesso nos experimentos G x E com dados ausentes como os mínimos quadrados alternados ALS(0), ALS(1) (CALINSKI et al., 1992) e estimativas robustas r-AMMI1 e r-AMMI2 (DENIS; BARIL, 1992). Assim, foi de- senvolvido um estudo de simulação baseado em uma matriz de dados reais genótipos (15) ambientes (27) do ensaio estadual de algodoeiro herbáceo 2000/01 (FARIAS, 2005), fazendo retiradas aleatórias de 10%, 20% e 30%, imputando os dados e comparando os métodos através da raiz quadrada da diferença preditiva média (RMSPD), a estatística de similari- dade de Procrustes e o coe…ciente de correlação não paramétrico de Spearman. Também foi feita uma análise sobre a escolha de componentes multiplicativos de um modelo AMMI quando se têm matrizes completadas (observados + imputados). Os resultados do estudo de simulação mostraram que segundo a distribuição da RMSPD padronizada, o método r- AMMI1 é o melhor, superando o IMLD. Entretanto, utilizando a estatística de Procrustes se encontrou que completando matrizes com ALS(0) se obtém a maior similaridade com relação à matriz de dados originais, também foi mostrado que os cinco métodos considerados têm uma alta correlação entre as imputações e os correspondentes dados reais. Finalmente, recomenda-se utilizar a imputação de dados para a estimação dos parâmetros de um modelo AMMI sob ocorrência de dados ausentes, mas para determinar o número de componentes multiplicativos é preferível tomar a decisão somente sobre a informação observada. / The multienvironment trials are a special type of the two-factor experiments, widely used in genetic improvement of plants, where some cultivars are assessed in diferent locations. Generally, in these studies there is a di¤erential response of cultivars in each location that is called genotype environment interaction, or G x E, which is well explained by the additive main e¤ects and multiplicative interaction models (AMMI). Often the experiments GE may be unbalanced and one or several genotypes were not tested in some locations. Sometimes for the environments recommendations, the researcher may be interested in obtain estimates of those combinations G x E that were not tested and such estimates can be calcu- lated using the information of those combinations that were actually obtained. Additionally to the interest of the researchers in these estimates, the missing data may cause some pro- blems in the classical estimation of parameters in the AMMI models, because the parameter estimation need of a sequential process doing an analysis of variance followed by a singular value decomposition, which can not be calculated if there is a matrix of interaction with missing data. To solve these problems Bergamo (2007) and Bergamo et al. (2008) proposed a new technique using the distribution free multiple imputation (IMLD), and for this reason was decided to evaluate the recent development through the comparison with some methods of imputation that have been used successfully in experiments GE with missing data like the AMMI estimates based on alternating least squares ALS(0), ALS(1) (CALINSKI et al. 1992) and AMMI estimates with robust sub-model r-AMMI1 and r-AMMI2 (DENIS; BARIL, 1992). Thus, was developed a simulation study based on a matrix of true data genotypes (15) environments (27) of the upland cotton variety trials (ensaio estadual de algodoeiro her- báceo) 2000/01 (FARIAS, 2005), doing missed random (10%, 20%, 30%), imputing the data and comparing the methods through the root mean square predictive di¤erence (RMSPD) of the true value, the Procrustes statistic and the Spearman´s ranks correlation coe¢ cient. Also was made an analysis on the choice of the multiplicative components of an AMMI model after imputation on the complete data sets (observed + imputed). The results of the simulation study has shown that according to the distribution of RMSPD standardized, the r-AMMI1 method is better than the IMLD. However, using the Procrustes statistic was found that imputing data matrix with ALS(0), is obtained the greatest similarity related to the true data matrix. The …ve methods considered show high correlation between the true and the imputed missing values. Finally, is recommended using the imputation data for the estimation of the parameters of an AMMI model under the presence of missing data, but for choosing the number of multiplicative terms is preferable take the decision only on the observed information.

Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2017-09-13T13:51:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Moreira, Raphael Patrick.pdf: 1363040 bytes, checksum: 74bca5c71c7cd6e6549ae07aa1b28433 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T13:51:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Moreira, Raphael Patrick.pdf: 1363040 bytes, checksum: 74bca5c71c7cd6e6549ae07aa1b28433 (MD5) Previous issue date: 2017-07-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A larga utilização da inseminação artificial favoreceu que diferentes genótipos fossem distribuídos em distintas regiões ao redor do mundo. A falta de adaptação a algumas condições ambientais pode causar um efeito denominado interação genótipo x ambiente, principalmente em características poligênicas, ocorrendo alterações nos parâmetros genéticos. Deste modo, objetivou-se avaliar a interação genótipo x ambiente através das correlações genéticas para produção de leite (PL), produção de gordura no leite (PG) e produção de proteína no leite (PP). Foram utilizadas 57.967 vacas primíparas, com lactações entre os anos 1990 e 2015 e matriz de parentesco de 106.417 animais para estimar a correlação genética entre três regiões de climas distintos. O banco de dados utilizado pertence a Associação Paranaense de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa – APCBRH e foi dividido por região de acordo com a classificação climática em, R1) Clima mesotérmico úmido e super úmido; R2) Clima mesotérmico sem estação seca e R3) Clima mesotérmico com estação seca. Os efeitos inclusos no modelo foram efeitos fixos do grupo de contemporâneo (rebanho e ano de nascimento), como covariável a idade ao parto e o efeito genético aditivo como efeito aleatório. Os parâmetros genéticos foram estimados pelo método REML, utilizando o programa VCE 6.0. Para obtenção dos valores genéticos utilizou-se o programa PEST2, e posteriormente, os touros foram classificados e submetidos às correlações de Pearson e Spearman, respectivamente. Foram verificados os animais coincidentes entre as regiões, considerando os touros 10% melhores classificados em cada região para realização da comparação estatística. A herdabilidade variou entre as regiões de 0,16 a 0,21 para PL, de 0,17 a 0,25 para PG e de 0,10 a 0,17 para PP. As correlações genéticas, correlações de Pearson, correlações de Spearman e porcentagem de animais coincidentes para as três características entre as regiões foram todas maiores que 0,90 e, portanto, próximas de um. Os resultados obtidos demonstram não haver interação genótipo x ambiente para as três características avaliadas dentro das distintas classificações climáticas no Paraná. Ou seja, a estimativa do valor gênico de um animal em determinada região poderá também ser utilizado para outra região, sem significativo viés no progresso genético da característica. Além do mais, como não houve alteração significativa da predição genética entre regiões do Paraná, apenas um programa de seleção pode ser adotado, o qual incluiria todos os rebanhos da raça Holandesa do estado, reduzindo seu custo e tempo. / The wide use of artificial insemination has favored that different genotypes be distributed in different regions around the world. The lack of adaptation to some environmental conditions can cause an effect called genotype x environment interaction, mainly in polygenic characteristics, with changes in genetic parameters. The objective of this study was to evaluate the genotype x environment interaction through genetic correlations for milk yield (MY), milk fat yield (FY) and milk protein yield (PY). A total of 57,967 primiparous cows with lactations between 1990 and 2015 and a relationship matrix of 106,848 animals were used to estimate the genetic correlation between three regions of different climates. The database used belongs to the Associação Paranaense de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa- APCBRH and was divided by region according to the climatic classification in, R1) mesothermic climate moist and super humid, R2) mesothermic climate without dry season, R3) mesothermic climate with dry season. The effects included in the model were fixed effects of the contemporary group (herd and year of birth), as covariate the age at birth and the additive genetic effect as random effect. The genetic parameters were estimated by the REML method, using the VCE 6.0 program. To obtain the genetic values, the PEST2 program was used, in which the bulls were later classified and submitted to the Pearson and Spearman correlations, respectively. The coincident animals between the regions were verified, considering the bulls 10% better classified of each region for the accomplishment of the statistical comparison. The heritability between the regions ranged from 0.16 to 0.21 for MY, from 0.17 to 0.25 for FY and from 0.10 to 0.17 for PY. Genetic correlations, Pearson correlations, Spearman correlations and percentage of coincident animals for the three characteristics between regions were all higher than 0.90 and therefore close to one. The results obtained demonstrate that there is no interaction genotype x environment for the three characteristics evaluated within the distinct climatic classifications in Paraná. That is, the estimation of the genetic value of an animal in one region may also be used for another region, without significant bias in the genetic progress of the trait. Moreover, since there was no significant change in genetic prediction between regions of Paraná, only one selection program could be adopted, which would include all the herds of the state of Holstein, reducing their cost and time.

O elevado valor sócioeconômico da soja é atribuído, em grande parte, à combinação muito favorável de altos teores de proteína e óleo, juntamente com níveis adequados de produtividade de grãos. Porém, existe uma alta correlação negativa entre os teores de proteína e óleo, fato que dificulta o melhoramento simultâneo destes caracteres. Além disso, também existe tendência de correlação negativa e moderada entre o teor de proteína e a produtividade de grãos. Existem evidências de que a seleção para densidade da semente pode promover ganhos indiretos simultâneos no teor de proteína e na produtividade de grãos. Assim, os principais objetivos deste trabalho foram: a) estimar parâmetros genéticos relacionados com a herança da densidade da semente; b) avaliar a eficiência da seleção para densidade da semente no melhoramento do teor de proteína e da produtividade de grãos. Para o estudo de herança foram utilizados quatro cruzamentos diferentes: USP98-06.011.10 x Abura, MSOY 8001 x Abura, USP98-06.027.03 x Biloxi e USP98-06.009.01 x PI 239.235, sendo que os parentais e as plantas F2 foram avaliados durante a safra 2006/07. Já para avaliar as respostas correlacionadas à seleção para densidade da semente foram delineados três experimentos distintos: Experimento Inicial, no qual foram avaliadas 520 progênies F7:6, durante a safra 2005/06; Experimento Densidade, em que foram avaliadas 100 progênies F8:6 selecionadas para densidade da semente; Experimento Alimentos, em que foram avaliadas 100 progênies F8:6 selecionadas para soja tipo alimento. Os dois últimos experimentos foram realizados durante a safra 2006/07, e as progênies avaliadas neles foram selecionadas dentre as 520 progênies F7:6 do Experimento Inicial. Os resultados permitiram chegar as seguintes conclusões: a) existe ampla variabilidade genética para densidade da semente; b) a herdabilidade no sentido amplo para este caráter é baixa quando estimada na geração F2, mas em geração avançada de endogamia atinge valor alto; c) a herança genética é aditiva e, assim, o caráter não manifesta heterose; d) existe correlação moderada e positiva da densidade da semente com a produtividade de grãos e o teor de proteína e, por outro lado, a correlação entre a densidade da semente e o teor de óleo é negativa; e) é possível identificar genótipos tipo alimento com médias altas de produtividade de grãos e teor de proteína; f) a seleção para aumentar a densidade da semente é eficiente no melhoramento simultâneo do teor de proteína e da produtividade de grãos, permitindo a obtenção de genótipos com alta produtividade de proteína; g) a seleção para reduzir a densidade da semente não promove aumentos significativos do teor de óleo. / The high socioeconomic importance of soybean is mainly attributed to its much favorable combination of high protein and oil contents, together with appropriate levels of seed yield. However, there is a high negative correlation between protein and oil contents, fact that difficult the simultaneous breeding of these traits. Besides, also there is tendency of negative and moderate correlation between protein content and seed yield. There are evidences that the selection for seed density can promote indirect responses in protein content and seed yield, simultaneously. The main objectives of this work were: a) to estimate genetic parameters related to inheritance of seed density; b) to evaluate the efficiency of selection for seed density in breeding protein content and seed yield. In the inheritance study, four different crosses were used: USP98-06.011.10 x Abura, M-SOY 8001 x Abura, USP98-06.027.03 x Biloxi e USP98-06.009.01 x PI 239.235. The parents and F2 plants were evaluated during the 2006/07 season. For evaluating the correlated responses to selection for seed density three different experiments were designed: the Initial Experiment, in which were evaluated 520 F7:6 progenies, during the 2005/06 season; the Seed Density Experiment, in that were evaluated 100 F8:6 progenies selected for seed density; and the Food Soybean Experiment, in that were evaluated 100 F8:6 progenies selected for food type soybean. The last two experiments were accomplished during the 2006/07 season, and the progenies were selected among the 520 F7:6 progenies of the Initial Experiment. The results allowed the following conclusions: a) there is genetic variability for seed density; b) the broad sense heritability for seed density is low in F2 and high in advanced generations; c) the genetic inheritance is additive, because this, there is no heterosis for seed density; d) there is moderate and positive correlation of seed density with seed yield and protein content, but the correlation between seed density and oil content is negative; e) is possible to identify food type genotypes with high means of seed yield and protein content; f) the selection to increase seed density is efficient in breeding protein content and seed yield simultaneously, obtaining genotypes with high protein yield; g) the selection to reduce seed density promote no significant increases of oil content.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-07-22Bitstream added on 2014-06-13T18:29:30Z : No. of bitstreams: 1 yokoo_mji_me_jabo.pdf: 499776 bytes, checksum: 3d550dd485aed2d91aac747fee888b70 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo do presente trabalho foi estudar os fatores genéticos e ambientais que afetam as características de carcaça, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EG), e espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), quantificadas por meio do ultra-som em bovinos da raça Nelore. Além disso, verificar as possíveis associações genéticas entre as características de carcaça, e dessas com peso, circunferência escrotal, padronizados aos 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365 e CE365), 450 (P450 e CE450) e 550 (P550 e CE550) dias de idade e altura do posterior (ALT). O banco de dados foi composto por cerca de 22.778 animais machos e fêmeas, dos quais, aproximadamente 2.590 continham medidas de características de carcaça e ALT coletadas entre os anos de 2002 e 2004, com idades entre 450 e 599 dias, provenientes de dez fazendas de seis estados brasileiros. Para o estudo dos efeitos de ambiente sobre as características de carcaça, foi utilizada a metodologia dos quadrados mínimos, empregando-se modelos fixos, considerando os efeitos de fazenda, ano (AN) e estação de nascimento, sexo, manejo alimentar, e as covariáveis idade da vaca ao parto (IVP - efeitos linear e quadrático) e idade do animal (efeitos linear e quadrático para a AOL e linear para a EG e EGP8). Os parâmetros genéticos foram estimados em análises uni, bi e tri-caracteres utilizando máxima verossimilhança restrita. Todos os fatores de ambiente afetaram significativamente as características de carcaça, com exceção do AN que não influenciou EG e EGP8 e da IVP que não afetou AOL, de forma significativa. As estimativas de herdabilidade para AOL, EG e EGP8 foram de 0,29 ± 0,07, 0,50 ± 0,09 e 0,39 ± 0,08, respectivamente. Esses resultados indicam que as características de carcaça possuem alta variabilidade genética, podendo ser incluídas em programas de melhoramento genético... / The objective of this work was to study the genetic and environmental factors that affect carcass traits, longissimus muscle area (ULMA) backfat thickness (UBF) and rump fat thickness (URF) quantified using real-time ultrasound in Nellore cattle. Besides verifying the possible genetic associations among those traits and of those with weight and scrotal circumference standardized to 102 (W120), 210 (W210), 365 (W365 and SC365), 450 (W450 and SC450), and 550 (W550 and SC550) days of age and hip height (HH) on scan date. The data set was composed close to 22,778 male and female animals, of which, approximately 2,590 contained measures of carcass traits and HH collected between 2002 and 2004, with ages between 450 and 599 days and distributed on ten farms across six Brazilian states. The Least Squares methods was used to study the effect of environment on carcass traits, using a fixed model, considering farm, year and season of birth (YB and SB), sex and type of feed, besides the covariates, age of dam (AOD - linear and quadratic effects) and age of animal at measurement (linear and quadratic effects for ULMA and linear for UBF and URF). The genetic parameters were estimated in one, two and three-traits analyses, using restricted maximum likelihood. All environmental factors significantly affected carcass traits, with the exception of YB for UBF and URF and AOD for ULMA. The heritability estimates for ULMA, UBF and URF were respectively 0.29 ± 0.07, 0.50 ± 0.09 and 0.39 ± 0.08. These estimates indicate that carcass traits have high genetic variability, might be include beef improvement programs and should respond on individual selection quickly. The genetic correlations suggest that genetic progress may be achieved without producing antagonistic effects on weight and scrotal circumference. The selection for HH would likely produce animals that are late-maturing, in terms of carcass fat deposition.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-23Bitstream added on 2014-06-13T18:29:30Z : No. of bitstreams: 1 gordo_dgm_me_jabo.pdf: 391188 bytes, checksum: ef5498968a5088b2fd921ea04eb139eb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo deste trabalho foi estudar a variabilidade genética das características de carcaça obtidas por ultrassom e de escores visuais, bem como suas associações genéticas em bovinos da raça Nelore. Foram utilizados registros de 13.285, 13.061, 12.811, 3.484, 3.484, 3.483 e 3.303 animais, para área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EG), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), estrutura (E), precocidade (P), musculosidade (M) e umbigo (U), respectivamente. Considerou-se nas análises como o efeito fixo o grupo de contemporâneos, o efeito aleatório genético aditivo direto, além das covariáveis idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático) e idade do animal (efeitos linear e quadrático), dependendo da característica. Foi utilizado como âncora nas análises 46.157 observações de peso padronizado aos 120 dias (P120). As estimativas dos componentes de (co)variâncias foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita aplicando um modelo animal em análise multicaracterística. As estimativas de herdabilidade para as características AOL, EG, EGP8, E, P, M e U foram de 0,33 ± 0,028, 0,24 ± 0,024, 0,28 ± 0,027, 0,24 ± 0,039, 0,38 ± 0,054, 0,29 ± 0,048 e 0,38 ± 0,063, respectivamente. As correlações genéticas entre os escores visuais e a área de olho de lombo foram positivas e moderadas, variando de 0,37 a 0,44. Estes valores indicam que a utilização da AOL como critério de seleção poderá produzir animais com maiores escores para essas características. As correlações entre P e M com as espessuras de gordura (EG e EGP8) apresentaram resultado semelhante. Entretanto, as correlações genéticas entre as espessuras de gordura e E variaram de -0,02 a 0,12. As correlações genéticas entre umbigo e estrutura, e umbigo e as características de carcaça indicam que as mesmas não são geneticamente associadas... / The objective of this work was to study the genetic variability for carcass traits obtained by ultrasound and visual scores traits, and their genetic relationship in Nelore cattle. A total of 13,285; 13,061; 12,811; 3,484; 3,484; 3,483 and 3,303 records of longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), obtained between the 12th and 13th ribs, rump fat thickness (RF), body structure score (E), precocity score (P), muscle score (M) and navel score (U) were utilized. The model included the fixed effect of contemporary group, the age of dam at calving and age of animal as covariable (linear and quadratic effects). The direct additive genetic effect was included as random effect in the model. The (co)variance components and genetic parameters estimates were obtained by the restricted maximum likelihood method, applying an animal model in multi-trait analyses. The heritability estimates for LMA, BF, RF, E, P, M and U were 0.33 ± 0.028, 0.24 ± 0.024, 0.28 ± 0.027, 0.24 ± 0.039, 0.38 ± 0.054, 0.29 ± 0.048 and 0.38 ± 0.063, respectively. The genetic correlation estimates between LMA with visual scores were positive and moderate, varying from 0.37 to 0.44. The genetic correlation estimates between backfat and rump fat with visual scores shown the same trend. However, the genetic correlation estimates between E with BF and RF were low, -0.02 to 0.12, respectively. These results shown that applying LMA as selection criteria will increase the visual scores. The genetic correlation estimates between U and E, and between U and carcass traits pointed out a weak relationship between these traits. Selection to improved carcass traits and E would not affect the navel score. Visual scores would not replace the carcass traits as selection criteria to improve the meat and carcass quality

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-09-26Bitstream added on 2014-06-13T20:03:29Z : No. of bitstreams: 1 baldirey_fs_dr_jabo.pdf: 751142 bytes, checksum: 4a3bdaf84424f12abb37e90cff761fdc (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foram estimados parâmetros genéticos para pesos do nascimento à idade adulta de animais da raça Canchim por meio de análises uni, bi e multicaracterística, e por modelos de regressão aleatória. Os dados analisados são provenientes do rebanho da raça Canchim da Embrapa Pecuária Sudeste, localizada no município de São Carlos, São Paulo. Os pesos foram obtidos do nascimento até os nove anos e meio de idade. Nas análises uni, bi e multicaracterística foram utilizados pesos em ao nascimento, desmama, 12, 18, 24 e 30 meses de idade e, na idade adulta. Na análise unicaracterística foram utilizados quatro modelos, em que, diferentes efeitos aleatórios (efeito genético materno e de ambiente permanente materno) foram adicionados em seqüência. Nas análises de regressão aleatória, foram utilizados pesos de fêmeas do nascimento até os nove anos e meio de idade, considerando como funções base polinômios de Legendre e funções “b-splines”. A variância residual foi modelada utilizando 1, 4, 11 e 19 classes. Foram utilizados 12 modelos de regressão aleatória sobre polinômios de Legendre de segunda à sétima ordem para modelar a trajetória da variância dos efeitos genético aditivo direto e aditivo materno e de ambiente permanente direto e materno. Vinte modelos de regressão aleatória sobre funções “bsplines” foram considerados, empregando polinômios linear, quadrático e cúbico para cada segmento individual. Polinômios do mesmo grau foram considerados no modelo para todos os efeitos aleatórios. Até sete segmentos foram utilizados para os efeitos genético direto e de ambiente permanente do animal. Para os efeitos genético aditivo materno e de ambiente permanente materno foi utilizado um único segmento com dois nós nos extremos da curva Os efeitos maternos influenciam os pesos do nascimento aos dois anos de idade sendo o peso à desmama... / Genetic parameters were estimated for weights taken from birth to mature age in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) cattle of breed by one, two and multitrait analyses and by random regression models. The data analyzed were from a herd of Canchim beef cattle belonging to Embrapa’s Southeast Cattle Research Center, located in São Carlos county, state of São Paulo. Weights were taken from birth to nine and half years of age. Weights at birth, weaning, 12, 18, 24 and 30 months of age and at mature age were analyzed using one, two and multitrait models. In onetrait analyses, four models were tested, in which different random effects (genetic and environment permanent maternal effects) were added. For random regression models age of cow varied from birth to 3.542 days of age. Legendre polynomials and b-splines functions of age at recording were used as basis functions in random regression models. Residual variances were modeled by a step function with 1, 4, 11 and 19 classes. A total of 12 random regression models using Legendre polynomials as basis functions, from second to seventh order, were used to model direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects. A total of twenty analyses, considering linear, quadratic and cubic b-splines functions and up to nine knots, were carried out. Spline functions of the same order were considered for all random effects. Maternal effects influenced weights from birth until two years of age, being weaning weight the most affected by maternal effects. Direct heritabilities obtained by twotrait and multitrait analyses were higher than estimates obtained from onetrait analyses. In order to estimate genetic parameters for weights after selection it is important to consider weights before selection and the multitrait analyses is the most adequate. The model with direct and maternal genetic effects, animal and maternal... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseSPM.pdf: 427428 bytes, checksum: 2d8a973a6fe346d539a557589437a9d2 (MD5) Previous issue date: 2004-06-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / Genetic parameters for body weight at weaning (PD), at twelve months of age (P12), at first calving (PPP) and at adult age (PAD), condition score at calving (ECP) and at first calving (EPP), growth curve parameters A (asymptotic weight) and k (maturation rate), age at first calving (IPP), culling age (TPR, days in herd), number (ND10) and kilograms (QD10) of calves weaned up to ten years of age, total number (NDT) and total kilograms (QDT) of calves weaned during herd life, kilograms of calves weaned per year in herd (QTPR), and the ratios weaning weight of calf/weight of cow at calving (RPP) and weaning weight of calf/weight of cow at first calving (RPPP) of females of a Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) beef cattle herd were estimated by Bayesian inference. The average values of heritability were 0.38 (PD), 0.40 (P12), 0.51 (PPP), 0.54 (PAD), 0.18 (ECP), 0.36 (EPP), 0.60 (A), 0.54 (k), 0.12 (IPP), 0.22 (TPR), 0.22 (ND10), 0.24 (QD10), 0.23 (NDT), 0.23 (QDT), 0.32 (QTPR), 0.16 (RPP) and 0.40 (RPPP), indicating that these traits have enough genetic variability to show response to mass selection, with the exception of IPP. The genetic correlations of TPR, ND10, QD10, NDT, QDT and QTPR with the body weights (PD, P12 and PD) suggest that selection of females based on weaning and 12-month body weights should not reduce the produtivity traits studied; however, increasing females adult body weight would reduce the number of calves weaned by the cow up to ten years of age. The genetic correlations of TPR, ND10, QD10, NDT, QDT, QTPR, PAD, A and k with IPP, PPP and EPP suggest that selection to reduce age at first calving, in general, should improve longevity and productivity traits of females, but the increase in body weight at first calving would reduce some of the productivity traits. The genetic correlations of IPP, EPP, PD and P12 with RPPP suggest that selection to reduce age at first calving should improve the productivity trait of the females. / Estimaram-se, pela inferência Bayesiana, parâmetros genéticos dos pesos à desmama (PD), aos doze meses de idade (P12), ao primeiro parto (PPP) e à idade adulta (PAD), dos escores da condição corporal ao parto (ECP) e ao primeiro parto (EPP), dos parâmetros A (peso assintótico) e k (taxa de maturação) da curva de crescimento, da idade ao primeiro parto (IPP), da idade de descarte (TPR), do número (ND10) e quilogramas (QD10) de bezerros desmamados em até dez anos de idade, do número total (NDT) e quilogramas total (QDT) de bezerros desmamados durante todo o tempo de permanência no rebanho, do quilogramas de bezerros desmamados por ano de permanência no rebanho (QTPR), e das relações de peso do bezerro à desmama pelo peso da vaca ao parto (RPP) e ao primeiro parto (RPPP), de fêmeas de um rebanho da raça Canchim. As médias das estimativas de herdabilidade, obtidas de análises unicaráter, foram iguais a 0,38 (PD); 0,40 (P12); 0,51 (PPP); 0,54 (PAD); 0,18 (ECP); 0,36 (EPP); 0,60 (A); 0,54 (k); 0,12 (IPP); 0,22 (TPR); 0,22 (ND10); 0,24 (QD10); 0,23 (NDT); 0,23 (QDT); 0,32 (QTPR); 0,16 (RPP) e 0,40 (RPPP) indicando que as características possuem variação genética aditiva suficiente para apresentar boa resposta à seleção massal, com exceção de IPP. As correlações genéticas de TPR, ND10, QD10, NDT, QDT e QTPR com os pesos (PD, P12 e PAD) sugerem que a seleção de fêmeas com base nos pesos à desmama e aos 12 meses de idade não deve prejudicar as características de longevidade e de produtividade estudadas; porém, o aumento do peso adulto poderá resultar em menos bezerros desmamados pela vaca em até os dez anos de idade. As correlações genéticas de TPR, ND10, QD10, NDT, QDT, QTPR, PAD, A e k com IPP, PPP e EPP, sugerem que a seleção para reduzir a idade ao primeiro parto deve, em geral, melhorar a longevidade e as características de produtividade das fêmeas, porém, o aumento do peso ao primeiro parto poderá prejudicar algumas das características de produtividade. As correlações genéticas de IPP, EPP, PD e P12 com RPPP sugerem que a seleção para reduzir IPP deve melhorar RPPP.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-01-29Bitstream added on 2014-06-13T20:45:14Z : No. of bitstreams: 1 mattar_m_dr_jabo.pdf: 774079 bytes, checksum: e4ea08026e9baf911917d3abb0837e5a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A presença de interação genótipo-ambiente é caracterizada pela resposta diferente de genótipos às variações ambientais, e pode ocasionar alteração na classificação de desempenho dos genótipos em diferentes ambientes. Assim é de fundamental importância sua investigação para se obter maior precisão na seleção dos animais. O objetivo deste estudo foi investigar a presença de interação genótipo−ambiente para peso ao sobreano em bovinos da raça Canchim criados no Brasil no período de 1989 a 2000. As metodologias utilizadas foram: 1-comparação de dois modelos: com e sem o efeito não correlacionado touro−ambiente; 2-correlação genética entre o peso ao sobreano em diferentes ambientes; 3-correlação de Pearson e de Spearman entre os valores genéticos dos animais obtidos nos diferentes ambientes, em análises uni e multicaráter; e 4-normas de reação dos animais sobre um gradiente ambiental, obtidas por regressão aleatória. Os ambientes estudados nas metodologias 1, 2 e 3 foram quatro regiões do Brasil (1-Paraná, 2-São Paulo, 3-Minas Gerais e 4- Mato Grosso e Mato Grosso do Sul) e três grupos de municípios do Estado de São Paulo, formados por técnica estatística multivariada para definir grupos de ambientes por meio de variáveis climáticas. Para a metodologia 4, o gradiente ambiental foi obtido por meio das soluções de grupo de contemporâneos. Os modelos utilizados nos métodos 1, 2 e 3 incluíram efeitos fixos de grupo de contemporâneos e de idade ao sobreano como covariável, e os efeitos aleatórios aditivos diretos e residuais. Para o método 4, o modelo incluiu o efeito fixo de idade ao sobreano como covariável, os efeitos aleatórios de grupo de contemporâneos e efeitos genéticos aditivo do intercepto e da inclinação da norma de reação. Os resultados indicaram diferenças nos modelos comparados (com e sem o efeito touro−ambiente)... / The genotype-environment interaction presence is characterized by different answers of genotypes to ambient variations, and can cause changes in the classification of the genotypes performances in different environments. The objective in this study was to investigate the presence of genotype – environment interaction for post-yearling weight of Canchim cattle raised in Brazil in the period of 1989 to 2000. The methodologies used were: 1-comparison of two models: with and without the uncorrelated sire−environment effect; 2-genetic correlation between postyearling weight in different environments; 3- Pearson’s and Spearman’s correlations between animal’s breeding values in different environments in one and multitrait analyses; and 4- reaction norms of animals on environmental gradient obtained by random regression. The environments investigated in methods 1, 2 and 3 were four regions of Brazil (1-State of Paraná, 2- State of São Paulo, 3- State of Minas Gerais, and 4- States of Mato Grosso and Mato Grosso do Sul) and three city clusters of the State of São Paulo, formed by multivariate methods to define homogeneous environments of production through climatic variables. For method 4 the environmental gradient was obtained through solutions of contemporary groups. The models used in methods 1, 2 and 3 included fixed effects and random additive direct and residual effects. The model for method 4 included the fixed effect of post-yearling age as covariate, the random effect of contemporary group, and the random additive genetic effecs of intercept and inclination of the reaction norms. The results indicated that differences in the models compared (with and without sire−environment effect), low genetic correlations (0.07 to 0.51) among post-yearling weight in different environments, reclassification of the animals in environments, a scale effect in reaction norms... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-18Bitstream added on 2014-06-13T20:25:12Z : No. of bitstreams: 1 silva_mr_dr_jabo.pdf: 414659 bytes, checksum: 6652a4427059f17af722c81fb586a4e3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Diante do grande impacto da fertilidade dos touros sobre as eficiências reprodutiva e produtiva em rebanhos comerciais, o presente trabalho foi realizado visando avaliar as características testiculares e seminais como critérios de seleção de touros jovens da raça Nelore. As correlações fenotípicas foram, de modo geral, baixas ou nulas (P<0,01) entre as características testiculares, seminais e de crescimento. Todas as características testiculares ou seminais deverão ser contempladas no exame andrológico, visto a independência existente entre as mesmas e a importância destas na comprovação da fertilidade de touros. Os componentes de (co)variância e os valores genéticos foram estimados pelo método da amostragem de Gibbs pelo programa GIBBS2F90, sob modelo animal, o qual incluiu como efeitos fixos, os grupos de contemporâneos e a idade do animal e como aleatório o efeito genético aditivo direto. As estimativas de herdabilidade para perímetro escrotal aos 18 meses, perímetro escrotal no andrológico, volume testicular, formato testicular, aptidão andrológica, defeitos espermáticos maiores, menores e totais foram: 0,42; 0,41; 0,23; 0,22; 0,10; 0,16; 0,04 e 0,15. As correlações genéticas entre perímetro escrotal aos 18 meses com as demais características testiculares e aptidão andrológica foram baixas a altas, de 0,20 a 0,84 e, baixas com as seminais, de -0,16 a -0,24. A circunferência escrotal como critério de seleção deverá promover ganho genético rápido por seleção individual e, por resposta correlacionada, aumento do volume testicular, mudança para formas mais esféricas dos testículos, melhoria da qualidade seminal e aumento do número de animais aptos à reprodução nas condições extensivas de criação no Brasil. / Considering the great impact of fertility of bulls on reproductive and productive efficiency in commercial herds, the objective of this study was to evaluate the testicular and seminal traits as selection criteria of Nellore young bulls. The residual correlations between the traits were analyzed and, in general, the phenotypic associations were small (P<0.01) or null between the testicular, seminal and growth traits. The testicular or seminal traits should be considered in breeding soundness examination, due to their independence of each other and the importance to fertility of bulls. The genetic (co)variance components and genetic values were estimated by the Gibbs sampling method, using the program GIBBS2F90, under an animal model, which included, as fixed effects, the contemporary groups and animal age and, as random effect, the additive genetic effect. The heritability estimates for scrotal circumference at 18 months, scrotal circumference, testicular volume, testicular format, breeding soundness classification, major sperm defects, minor and total sperm defects were: 0.42, 0.41, 0.23, 0.22, 0.10., 0.16, 0.04 and 0.15. Genetic correlations between scrotal circumference at 18 months and others testicular traits and breeding soundness classification were low to high (0.20 to 0.84) and, with seminal traits was low (-0.16 to - 0.24). The scrotal circumference as a selection criterion should result in rapid genetic gain by individual selection, and as correlated response, should result in testicular volume, changes to more spherical shapes of the testicles, improved sperm quality and increased number of satisfactory bulls for breeding under extensive conditions in Brazil.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This study aimed in the Article 01, to compare the magnitude of the coefficients of heritability and genetic correlations estimated by two different methodologies, and to estimate the genetic and phenotypic trends for the characteristics of height at the withers (AC24) and weight at 24 months of age (P24). In Article 02 the objective was to identify among the various mathematical functions mentioned in the literature, which of them best describes the growth curve for the Brasileiro de Hipismo equine breed Brazilian Equestrian (BH) and for animals without definite breed (SRD) for a population of horses belonging to the Brazilian Army. The estimation of variance components to estimate genetic parameters and predict breeding values, was performed by the Derivative-Free Restricted Maximum Likelihood Method (REML) and by Bayesian Inference Method (BIM). The average heritability estimates obtained by BIM for AC24 (0.54) and P24 (0.41) presented higher values than those obtained by REML (0.37 and 0.52, respectively). The regression of average additive genetic merit on the year of birth, showed that the average breeding values for AC24 presented a slight downward trend over the years, with virtually no genetic tendency, the average breeding values for P24 animals showed oscillatory behavior, with negative genetic trend of -0.38 kg. The genetic correlation between traits, high and positive, suggest that selection for AC24 will increase P24 at the same age. Estimated genetic trends indicate that the selection, which aims to reduce P24 and increase AC24 in this population, has been relatively successful in reducing the P24, however, it is not being efficient to increase AC24. In Article 02 the values obtained for Absolute Mean Deviation were low, ranging from 0.01 to 0.18 for the BH breed animals and from 0.02 to 0.17 for SRD horses, revealing the occurrence of small variations, being lower for the Brody (1924) and Bianchini Sobrinho and higher for the Papajcsik & Bodero (1988) model. The values obtained for the Residual Mean Square were low, ranging from 0.002 to 0.089 for BH breed animals and from 0.002 to 0.042 for SRD animals. Nonlinear models of Brody (1924) and Bianchini Sobrinho were the ones that provided the best fit for the wither height characteristic for BH breed and for SRD animals in a Brazilian Army population. / Este trabalho teve por objetivo no Artigo 01, comparar a magnitude coeficientes de herdabilidade e de correlação genética estimados pelo Método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML) e por Inferência Bayesiana (IB), além de estimar as tendências genéticas e fenotípicas para as características de altura na cernelha (AC24) e peso aos 24 meses de idade (P24); no Artigo 02 o objetivo foi identificar entre as diversas funções matemáticas citadas na literatura, as que melhor descrevem a curva de crescimento de equinos da raça Brasileiro de Hipismo (BH) e de animais sem raça definida (SRD) para uma população de equinos do Exército Brasileiro. As estimativas de herdabilidade médias obtidas por IB para AC24 (0,54) e P24 (0,41) foram superiores àquelas obtidas por análise bicaracterística pelo REML (0,37 e 0,52, respectivamente). A partir da regressão do mérito genético aditivo sobre o ano de nascimento, observou-se que a média dos valores genéticos dos animais para AC24 apresentou tendência genética praticamente nula, a média dos valores genéticos dos animais para P24 apresentou tendência genética negativa de -0,38 kg. A correlação genética entre as características, alta e positiva, sugere que a seleção para AC24 deve promover aumento do P24 a esta mesma idade. As tendências genéticas obtidas para as características avaliadas, próximas de zero, indicam que a seleção realizada vem promovendo pequena redução no P24; porém não está promovendo aumento para AC24 a esta mesma idade, nesta população. Nos dez modelos avaliados no Artigo 02 os valores obtidos para o Desvio Médio Absoluto foram baixos, variando de 0,01 a 0,18 para animais da raça BH e de 0,02 a 0,17 para animais SRD, revelando a ocorrência de pequenas variações, sendo as menores para os modelos Brody (1924) e Bianchini Sobrinho e as maiores para o modelo Papajcsik & Bodero (1988). Os valores obtidos para o Quadrado Médio do Resíduo foram baixos, variando de 0,002 a 0,089 para animais da raça BH e 0,002 a 0,042 para animais SRD. Os modelos não lineares de Brody (1924) e Bianchini foram os que forneceram melhor ajuste para a característica altura na cernelha, para a raça BH e para animais SRD do Exército Brasileiro.