Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-26Bitstream added on 2014-06-13T18:08:58Z : No. of bitstreams: 1 paulaneto_e_me_rcla_parcial.pdf: 206350 bytes, checksum: 4505078c3e37ec297a07ed1a09d87f0c (MD5) Bitstreams deleted on 2015-07-02T12:36:01Z: paulaneto_e_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-02T12:37:27Z : No. of bitstreams: 1 000729058_20180426.pdf: 194257 bytes, checksum: 4b6f31b29087522caf4c24313e42f03e (MD5) Bitstreams deleted on 2018-04-27T11:52:00Z: 000729058_20180426.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-04-27T11:52:48Z : No. of bitstreams: 1 000729058.pdf: 4032244 bytes, checksum: 1b465da302b2a4f077078d1969acca73 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies de aranhas pertencentes aos grupos Mygalomorphae e Haplogynae (Araneomorphae) exibem uma grande diversidade cariotípica, isto é, 2n=14 a 2n=110 e sistemas cromossômicos sexuais (SCS) dos tipos X0, XY, X1X20 e X1X2X3X40, nas 19 espécies de migalomorfas analisadas; e 2n=7 a 2n=40, e SCS dos tipos X0, X1X2Y, XY e X1X20, nas 51 espécies de aranhas haploginas estudadas. Nestes grupos, a morfologia meta e submetacêntrica dos cromossomos é predominante. Contudo, os dados citogenéticos em aranhas correspondem a menos de 2% do total de espécies taxonomicamente descritas. Considerando as particularidades cromossômicas encontradas nestes dois grupos, bem como a escassez de informações citogenéticas em representantes que ocorrem no Brasil, o objetivo deste trabalho é caracterizar citogeneticamente, utilizando técnicas de coloração convencional e diferencial (impregnação pelo íon prata, bandamento C e coloração com fluorocromos base-específicos), quatro espécies de aranhas caranguejeiras (Mygalomorphae, Theraphosidae) e duas espécies de Haplogynae basais (Araneomorphae, Filistatidae), visando estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica que podem ter ocorrido nestes grupos. A análise das espécies de Mygalomorphae revelou 2n=63, XY1Y2 para Guyruita cerrado e 2n=22, X1Y1+X2Y2 em Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga e Oligoxystre rufoniger. O uso de colorações diferenciais no estudo de células mitóticas e meióticas foi imprescindível para identificar estes SCS, os quais são inéditos para o grupo bem como para todas as aranhas. Além disso, os números diploides encontrados nestas quatro espécies, nunca haviam sido descritos para as migalomorfas, e o 2n=22 representa o segundo menor número diploide já descrito para Theraphosidae. A comparação dos dados obtidos, com aqueles de espécies filogeneticamente... / The spider species belonging to the Mygalomorphae and Haplogynae (Araneomorphae) groups exhibit a great karyotype diversity, that is, 2n=14 to 2n=110 and sex chromosome systems (SCS) of the X0, XY, X1X20 and X1X2X3X40 types in the 19 species of mygalomorph analyzed, and 2n=7 to 2n=40 and SCS of the X0, X1X2Y, XY and X1X20 types in the 51 haplogyne spiders studied. In these groups, the meta and submetacentric chromosome morphology is predominant. However, the cytogenetic data correspond to less than 2% of the total of species taxonomically described. Considering the chromosomal particularities recorded for these two groups as well as the scarcity of cytogenetic information in representatives from Brazilian fauna, the aim of this work is to characterize cytogenetically, using conventional and differential techniques (silver nitrate impregnation, C-banding and base-specific fluorochrome staining) four species of tarantula spiders (Araneomorphae, Theraphosidae) and two species of basal Haplogynae spiders (Araneomorphae, Filistatidae), with the purpose of establishing the mechanisms of chromosomal evolution that have occurred in these groups. The analyses of Mygalomorphae species revealed 2n=63, XY1Y2 for Guyruita cerrado and 2n=22, X1Y1+X2Y2 in Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga and Oligoxystre rufoniger. In the study of mitotic and meiotic cells, the use of differential staining was indispensable for identifying these SCS, which are original for this group and spiders as a whole. Moreover, the diploid numbers observed in the four species studied here had never been described for the mygalomorphs, and the 2n=22 corresponds to the second lowest diploid number described for Theraphosidae until now. The comparison of the obtained data with those of phylogenetically related species allowed us to infer that these SCS were probably originated from... (Complete abstract click electronic access below) / FAPESP: 10/14193-7

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:47Z : No. of bitstreams: 1 000864281.pdf: 2841286 bytes, checksum: e1b59c63f77c2d49bd85b14c3d63dde2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, foram analisadas dezoito espécies de peixes do gênero Characidium, C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, DNA telomérico (TTAGGG)n e 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10), e pintura cromossômica através da microdissecção e amplificação do cromossomo sexual W de C. gomesi (sonda chamada de CgW). Além disso, foi realizado o sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição pela enzima SbfI (RAD-tags) através do sistema Illumina Genome Analyzer em machos e fêmeas de C. gomesi. Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em Characidium sp. aff. C. vidali e um par cromossômico acrocêntrico exclusivo detectado em C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ/ZW de cromossomos sexuais em distintos estágios de diferenciação em todas as espécies, com exceção de Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. A análise da heterocromatina constitutiva por bandamento C revelou a presença de heterocromatina nos cromossomos sexuais, principalmente no cromossomo W e em blocos intersticiais e/ou teloméricos nos braços longos do cromossomo Z e nos cromossomos Bs de Characidium sp. aff. C. vidali. Sequências de DNAr 5S foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies,... / In the present study, eighteen species from the genus Characidium collected at different river basins were analyzed, including C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, telomeric, microsatellite motifs and U2 snDNA probes, whole chromosome painting using W-specific probe obtained from C. gomesi-CgW). Besides that, DNA sequencing of restriction-associated DNA (RAD) was carried out in males and females of C. gomesi. All species showed diploid chromosome numbers of 2n=50, with karyotypes mainly composed of meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supernumerary chromosomes in Characidium sp. aff. C. vidali and one acrocentric pair in C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Also, almost all the analyzed species showed a ZZ/ZW sex chromosome system in distinct evolutionary stages, except Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. The constitutive heterochromatin was located differentially on the W chromosomes and in interstitial and telomeric position on the Z chromosomes, as well as in the B chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali. 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with variations on the number of clusters per genome and position in the karyotype, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. Conversely, the U2 snDNA distribution was conserved in a single homologous chromosome pair in all species, except in Characidium sp. aff. C. vidali and Characidium sp2. Telomeric probes revealed species with several interstitial... / FAPESP: 10/19971-8

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:13:45Z : No. of bitstreams: 1 000866048.pdf: 1772468 bytes, checksum: a3e7a4ffd79b2967e014506e0bde4ccb (MD5) / Comisión Nacional de Investigación Ciencia y Técnologia (CONICYT) / No presente trabalho, foram analisadas seis espécies/citótipos de peixes do gênero Eigenmannia, sendo E. microstoma, E. limbata, E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1 e Eigenmannia sp2, de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas envolvendo a coloração com Giemsa e bandamento C e também técnicas de citogenética molecular, com a aplicação de hibridação in situ fluorescente (FISH) envolvendo o uso de sondas de DNAr 18S e 5S, DNA histônico H3/H4 e de RNAsn U2. Também foi estudado o comportamento meiótico e o nível de diferenciação do sistema múltiplo de cromossomos sexuais de Eigenmannia sp2 por imunodetecção de proteínas do complexo sinaptonêmico (SYCP3), proteínas relacionadas com a atividade da cromatina (H3K9me) e marcadores do tipo proteína γH2AX envolvida no reparo das quebras do DNA e associadas ao nível de pareamento dos bivalentes nos cromossomos meióticos. Finalmente, os dados da caracterização citogenética foram comparados com análises de DNA barcode para permitir uma melhor delimitação das espécies/citótipos analisados neste estudo. Os representantes analisados deste grupo confirmara a apresentação de expressiva variação no número diplóide, tendo sido observados deste cariótipos compostos por 28 cromossomos em Eigenmannia sp1 até o número diplóide de 38 cromossomos em E. microstoma, E. limbata e E. virescens. Em E. aff trilineata foi descrita pela primeira vez a ocorrência de um polimorfismo cromossômico do tipo ZZ/Z0 associado ao sexo, em que os machos apresentam cariótipos compostos por 32 cromossomos enquanto as fêmeas possuem cariótipos constituídos por 31 cromossomos. Sequências de DNAr 5S e RNAsn U2 foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies, enquanto o DNAr 18S apresentou-se conservado em relação ao número de cromossomos portadores, porém variando na... / In the present study, six species/cytotypes from de genus Eigenmannia collected at different Brazilian hydrographic basins were analyzed, including E. microstoma, E. limbata and E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1, and Eigenmannia sp2 using classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3/H4 histone genes and U2 snDNA probes). Besides that, it was studied the meiotic behavior and the differentiation level of multiple sex chromosome system in Eigenmannia sp2 by immunodetection for synaptonemal complex proteins (SYCP3), proteins related to chromatin activity (H3K9me) and associated markers with the bivalent level pairing of the meiotic chromosomes (γH2AX). Finally, the cytogenetics results were analyzed in conjunction with the barcode DNA analysis for a better delineation of species/cytotypes studied. The analyzed species/cytotypes showed diploid number variation, with diploid numbers ranging from 28 chromosomes in Eigenmannia sp1 to 38 chromosomes in E. microstoma, E. limbata and E. virescens. In E. aff trilineata, for the first time, showed a ZZ/Z0 sex chromosome system, where males have karyotypes with 32 chromosomes to 31 chromosomes to females. 5S rDNA and U2 snDNA were located on different chromosomes, with variations on the number of clusters in the different species, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. The meiotic analysis in the sex chromosomes of Eigenmannia sp2 showed a completely synaptic sexual trivalent X1X2Y formation without unsynaptics presence and inactive chromatin regions throughout its structure. These results suggest that this sex chromosomes system would be a recent rearrangement or simply it is a sex-linked character in this population. All the six species/cytotypes of Eigenmannia analyzed were easily ...

Orientador: Patrícia Pasquali Parise-Maltempi / Banca: Edson Lourenço da Silva / Banca: Karen Ventura / Resumo: A família Anostomidae é um interessante modelo para estudos de elementos repetitivos, principalmente devido à presença de elevado número de segmentos heterocromáticos relacionados a um sistema peculiar de heterogametia feminina, que é restrita a algumas espécies pertencentes ao gênero Leporinus. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo realizar um mapeamento cromossômico dos elementos retrotransponíveis Rex1, Rex3 e Rex6 nos cromossomos de seis espécies do gênero Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, as quais possuem sistema de cromossomos sexuais, e L. friderici, L. lacustris e L. striatus, a fim de aumentar o conhecimento a respeito da organização do genoma do gênero, observar a relação desses elementos com regiões heterocromáticas importantes e se a distribuição é compatível com a hipótese de uma macroestrutura cariotípica estável para o gênero. A amplificação e o sequenciamento dos elementos Rex1 e Rex3, mostraram diferentes composições referentes ao número de pares de bases destes elementos para as diferentes espécies analisadas, já o elemento Rex6 não foi identificado no genoma das espécies estudadas. A técnica de FISH utilizando o elemento Rex1 como sonda resultou em diferentes padrões de distribuição: Leporinus elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens apresentaram clusters isolados na região terminal e as outras espécies apresentaram sinais dispersos em todos os cromossomos e pequenos sinais na posição terminal de alguns cromossomos. O elemento Rex3 se apresentou acumulado principalmente na posição terminal, em todos os cromossomos de todas as espécies. O cromossomo W de L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, apresenta um sinal positivo de Rex1 e Rex3 na posição intersticial do braço longo. Algumas variações de sinais de hibridação foram observadas entre as diferentes espécies. Estes resultados sugerem a ocorrência de diferentes graus de... / Abstract: The Anostomidae family is an interesting model for repetitive elements studies, mainly due the presence of high number of heterochromatic segments related to a peculiar system of female heterogamety, which is restricted to a few species belonging to the Leporinus genus. In this way we performed a cytogenetic mapping of retrotransposable elements Rex1, Rex3 and Rex6 in chromosomes of Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, which have sex chromosomes system, and L. friderici, L. lacustris and L. striatus, in order to increase the knowledge of the genomic organization of the genus, observe if these elements are related to heterochromatic regions and whether its distribution is compatible with the hypothesis of a stable macrostructure kept in the karyotype of the genus. Amplification and sequencing of the elements Rex1 and Rex3 showed different compositions regarding the number of base pairs of these elements for these species, but the Rex6 element has not been identified in genome of the species studied. The FISH technique using Rex1 element as probe resulted different distribution pattern: Leporinus elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens presented clusters isolated in the terminal region and the others species present signals disperse in all chromosomes and some signals on terminal position. The Rex3 signals are accumulated mainly in terminal position in all chromosomes for all species. The W chromosome of L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, presents Rex3 signal on interstitial position. Some variations were observed regarding the hybridization signals among species. These results suggest the occurrence of different levels of activity of these elements during the evolutive process of the species analyzed. Despite the quite conserved karyotypic macrostructure of Leporinus species, through our results was possible to observe some variation on hybridization signals pattern, specially among the group... / Mestre

Orientador: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Vladimir Trifonov / Banca: Liano Centofante / Resumo: A família Anostomidae compreende um grupo com 12 gêneros que apresenta ampla distribuição pela América do Sul e Central. Estudos citogenéticos de várias espécies da família mostram uma estrutura cariotípica bastante conservada, com o número diplóide igual a 54 cromossomos, dos tipos meta e submetacêntricos e apenas um par de cromossomos portador de regiões organizadoras de nucléolos (NOR) localizadas em posições e pares distintos nas diferentes espécies do grupo. Através de estudos envolvendo técnicas de citogenética molecular têm se conseguido uma caracterização mais resolutiva dos cromossomos de algumas espécies da família. Estas metodologias forneceram evidências de polimorfismos de NOR, diferentes padrões de distribuição da heterocromatina constitutiva, presença de seqüências repetitivas sexo-específicas e novos sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos do tipo ZZ/ZW bem como a diferenciação de híbridos interespecíficos. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo acrescentar novos dados que auxiliem no estabelecimento de padrões para esclarecer a história evolutiva dos cromossomos sexuais em espécies de Anostomidae, baseado no estudo da organização de seqüências repetitivas isoladas do genoma de Leporinus elongatus em diferentes espécies de Anostomidae. Para tanto, novos elementos repetitivos do genoma de Leporinus elongatus foram isolados através de restrição enzimática e usados em experimentos de hibridação fluorescente in situ (FISH) tanto em L. elongatus quanto nas espécies L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Além disso, sondas de cromossomos inteiros obtidos por microdissecção também foram usadas nesses experimentos, a fim de buscar identificar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Anostomidae family comprises a group with 12 genera widely distributed throughout Central and South American Rivers. Cytogenetic studies carried out in several anostomids shows a karyotypic structure very conserved, with a diploid number equals to 54 chromosomes, metacentric and submetacentric, and only one chromosome pair carrier of nucleolar organizing regions (NOR), localized at distinct chromosome positions in the species of the family. The studies using molecular cytogenetic techniques have been providing a more accurate characterization of some species. These methods highlighted NOR polymorphisms, differential pattern of heterochromatin distribution, the presence of sex specific repetitive sequences, as well as new heteromorphic sex chromosomes and interspecific hybrids differentiation. Thus, the present study aimed to add new data to assist in to establish patterns to clarify the evolutionary history of sex chromosomes in Anostomidae species, based on the study of the organization of repetitive sequences isolated from Leporinus elongatus genome in different species of Anostomidae. For this, new repetitive elements were isolated from L. elongatus and used in Fluorescent in situ hybridisations experiments (FISH) in L. elongatus as well in the species L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Indeed, probes of whole sex chromosomes obtained through microdissection were also used in order to identify similarities among the anostomids chromosomes and the presence of sex chromosomes in differentiation stages. The LeSmaI repetitive element has 378 bp and is exclusive to L. elongatus individuals. This is a satellite DNA localized near to the NOR in a highly heterochromatic region. The presence of this satellite DNA reinforces... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Doralice Maria Cella / Coorientador: Marielle Cristina Schneider / Banca: Adilson Ariza Zacaro / Banca: Douglas de Araujo / Resumo: As espécies de aranhas pertencentes aos grupos Mygalomorphae e Haplogynae (Araneomorphae) exibem uma grande diversidade cariotípica, isto é, 2n=14 a 2n=110 e sistemas cromossômicos sexuais (SCS) dos tipos X0, XY, X1X20 e X1X2X3X40, nas 19 espécies de migalomorfas analisadas; e 2n=7 a 2n=40, e SCS dos tipos X0, X1X2Y, XY e X1X20, nas 51 espécies de aranhas haploginas estudadas. Nestes grupos, a morfologia meta e submetacêntrica dos cromossomos é predominante. Contudo, os dados citogenéticos em aranhas correspondem a menos de 2% do total de espécies taxonomicamente descritas. Considerando as particularidades cromossômicas encontradas nestes dois grupos, bem como a escassez de informações citogenéticas em representantes que ocorrem no Brasil, o objetivo deste trabalho é caracterizar citogeneticamente, utilizando técnicas de coloração convencional e diferencial (impregnação pelo íon prata, bandamento C e coloração com fluorocromos base-específicos), quatro espécies de aranhas caranguejeiras (Mygalomorphae, Theraphosidae) e duas espécies de Haplogynae basais (Araneomorphae, Filistatidae), visando estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica que podem ter ocorrido nestes grupos. A análise das espécies de Mygalomorphae revelou 2n=63, XY1Y2 para Guyruita cerrado e 2n=22, X1Y1+X2Y2 em Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga e Oligoxystre rufoniger. O uso de colorações diferenciais no estudo de células mitóticas e meióticas foi imprescindível para identificar estes SCS, os quais são inéditos para o grupo bem como para todas as aranhas. Além disso, os números diploides encontrados nestas quatro espécies, nunca haviam sido descritos para as migalomorfas, e o 2n=22 representa o segundo menor número diploide já descrito para Theraphosidae. A comparação dos dados obtidos, com aqueles de espécies filogeneticamente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The spider species belonging to the Mygalomorphae and Haplogynae (Araneomorphae) groups exhibit a great karyotype diversity, that is, 2n=14 to 2n=110 and sex chromosome systems (SCS) of the X0, XY, X1X20 and X1X2X3X40 types in the 19 species of mygalomorph analyzed, and 2n=7 to 2n=40 and SCS of the X0, X1X2Y, XY and X1X20 types in the 51 haplogyne spiders studied. In these groups, the meta and submetacentric chromosome morphology is predominant. However, the cytogenetic data correspond to less than 2% of the total of species taxonomically described. Considering the chromosomal particularities recorded for these two groups as well as the scarcity of cytogenetic information in representatives from Brazilian fauna, the aim of this work is to characterize cytogenetically, using conventional and differential techniques (silver nitrate impregnation, C-banding and base-specific fluorochrome staining) four species of tarantula spiders (Araneomorphae, Theraphosidae) and two species of basal Haplogynae spiders (Araneomorphae, Filistatidae), with the purpose of establishing the mechanisms of chromosomal evolution that have occurred in these groups. The analyses of Mygalomorphae species revealed 2n=63, XY1Y2 for Guyruita cerrado and 2n=22, X1Y1+X2Y2 in Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga and Oligoxystre rufoniger. In the study of mitotic and meiotic cells, the use of differential staining was indispensable for identifying these SCS, which are original for this group and spiders as a whole. Moreover, the diploid numbers observed in the four species studied here had never been described for the mygalomorphs, and the 2n=22 corresponds to the second lowest diploid number described for Theraphosidae until now. The comparison of the obtained data with those of phylogenetically related species allowed us to infer that these SCS were probably originated from... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: André Luís Laforga Vanzela / Banca: César Martins / Banca: Marielle Cristina Schneider / Banca: Mary Massumi Itoyama / Banca: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Resumo: As espécies da subordem Heteroptera possuem cromossomos holocinéticos, variação do número cromossômico, meiose invertida e aquiasmática nos cromossomos sexuais e acúmulo de heterocromatina predominantemente nas extremidades cromossômicas. Das 30 espécies analisadas das infraordens Pentatomomorpha e Cimicomorpha, foram observadas variações nos números cromossômicos e cariótipos assimétricos, sobretudo em Reduviidae. O bandamento C-CMA3/DAPI também mostrou que há variabilidade na distribuição de bandas heterocromáticas entre autossomos e alossomos, contudo, a localização da heterocromatina predominou nos terminais cromossômicos. Os sítios de DNAr 18S foram localizados principalmente nas regiões terminais, com tendência à distribuição entre os autossomos nos Pentatomomorpha, enquanto que nas espécies de Cimicomorpha houve uma maior variação entre autossomos e alossomos. Para um estudo mais aprofundado sobre a origem e a organização de famílias de DNA repetitivo, foi escolhida Triatoma infestans como modelo. Este estudo mostrou as duas sequências de DNA satélite ricas em AT que predominam nas regiões terminais dos cromossomos, são compostas por motivos curtos com 79 bp e 33 bp de comprimento, que foram originadas possivelmente de elementos transponíveis gigantes conhecidos como Polintons. As comparações citogenéticas de todas as amostras estudadas neste trabalho mostraram algumas tendências, tais como a predominância do sistema sexual XY/XX, a localização preferencial da heterocromatina e dos sítios de DNAr 18S nas regiões terminais dos cromossomos e a ocorrência de cromossomos holocinéticos. Contudo, as variações na organização e assimetria dos cariótipos observadas de cada grupo mostram uma relativa dinâmica nos genomas desses heterópteros / Abstract: The species of the suborder Heteroptera have holokinetic chromosomes, variation in chromosome number, inverted/achiasmatic meiosis in the sex chromosomes and accumulation of heterochromatin predominantly in chromosome ends. In the 30 species analyzed of the infraorders Pentatomomorpha and Cimicomorpha, variations in chromosome numbers and asymmetrical karyotypes were observed, especially in Reduviidae. The C-CMA3/DAPI banding also showed that there is variability in the distribution of heterochromatic bands between autosomes and alossomos, however, the predominant location of heterochromatin were in the chromosome terminals. The 18S rDNA sites were located mainly in the terminal regions, with a tendency to distributed among the autosomes in Pentatomomorpha, whereas in species Cimicomorpha there was greater variation between autosomes and alossomos. To a more detailed study of the origin and organization of families of repetitive DNA, Triatoma infestans was chosen as a model. This study showed the two sequences of AT-rich satellite DNA that predominate on the ends of chromosomes, are composed of short motifs with 79 bp and 33 bp, which were possibly originated from transposable elements known as giant Polintons. Cytogenetic comparisons of all samples studied in this work showed some trends, such as the predominance of the sexual system XY/XX, the preferred location of heterochromatin and 18S rDNA sites on the ends of chromosomes and the occurrence of holokinetic chromosomes. However, changes in the organization and asymmetry of karyotypes observed in each group show a relative dynamic in the genomes of these heteropteran / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Orlando Moreira-Filho / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scudeler / Resumo: No presente trabalho, foram analisadas seis espécies/citótipos de peixes do gênero Eigenmannia, sendo E. microstoma, E. limbata, E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1 e Eigenmannia sp2, de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas envolvendo a coloração com Giemsa e bandamento C e também técnicas de citogenética molecular, com a aplicação de hibridação in situ fluorescente (FISH) envolvendo o uso de sondas de DNAr 18S e 5S, DNA histônico H3/H4 e de RNAsn U2. Também foi estudado o comportamento meiótico e o nível de diferenciação do sistema múltiplo de cromossomos sexuais de Eigenmannia sp2 por imunodetecção de proteínas do complexo sinaptonêmico (SYCP3), proteínas relacionadas com a atividade da cromatina (H3K9me) e marcadores do tipo proteína γH2AX envolvida no reparo das quebras do DNA e associadas ao nível de pareamento dos bivalentes nos cromossomos meióticos. Finalmente, os dados da caracterização citogenética foram comparados com análises de DNA barcode para permitir uma melhor delimitação das espécies/citótipos analisados neste estudo. Os representantes analisados deste grupo confirmara a apresentação de expressiva variação no número diplóide, tendo sido observados deste cariótipos compostos por 28 cromossomos em Eigenmannia sp1 até o número diplóide de 38 cromossomos em E. microstoma, E. limbata e E. virescens. Em E. aff trilineata foi descrita pela primeira vez a ocorrência de um polimorfismo cromossômico do tipo ZZ/Z0 associado ao sexo, em que os machos apresentam cariótipos compostos por 32 cromossomos enquanto as fêmeas possuem cariótipos constituídos por 31 cromossomos. Sequências de DNAr 5S e RNAsn U2 foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies, enquanto o DNAr 18S apresentou-se conservado em relação ao número de cromossomos portadores, porém variando na... / Abstract: In the present study, six species/cytotypes from de genus Eigenmannia collected at different Brazilian hydrographic basins were analyzed, including E. microstoma, E. limbata and E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1, and Eigenmannia sp2 using classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3/H4 histone genes and U2 snDNA probes). Besides that, it was studied the meiotic behavior and the differentiation level of multiple sex chromosome system in Eigenmannia sp2 by immunodetection for synaptonemal complex proteins (SYCP3), proteins related to chromatin activity (H3K9me) and associated markers with the bivalent level pairing of the meiotic chromosomes (γH2AX). Finally, the cytogenetics results were analyzed in conjunction with the barcode DNA analysis for a better delineation of species/cytotypes studied. The analyzed species/cytotypes showed diploid number variation, with diploid numbers ranging from 28 chromosomes in Eigenmannia sp1 to 38 chromosomes in E. microstoma, E. limbata and E. virescens. In E. aff trilineata, for the first time, showed a ZZ/Z0 sex chromosome system, where males have karyotypes with 32 chromosomes to 31 chromosomes to females. 5S rDNA and U2 snDNA were located on different chromosomes, with variations on the number of clusters in the different species, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. The meiotic analysis in the sex chromosomes of Eigenmannia sp2 showed a completely synaptic sexual trivalent X1X2Y formation without unsynaptics presence and inactive chromatin regions throughout its structure. These results suggest that this sex chromosomes system would be a recent rearrangement or simply it is a sex-linked character in this population. All the six species/cytotypes of Eigenmannia analyzed were easily ... / Doutor

Orientador: Shirlei Maria Recco-Pimentel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T12:50:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Busin_CarmenSilvia_D.pdf: 6669737 bytes, checksum: 7a1f9be2cc98550bffd4b6b919b57406 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A posição taxonômica, as relações filogenéticas, a sinonimização de espécies consideradas distintas, a existência de subespécies e as propostas de agrupamentos intragenéricos dos gêneros Pseudis e Lysapsus sempre foram bastante discutidas entre os herpetólogos. Os gêneros Pseudis e Lysapsus já foram considerados membros da família Pseudidae e também da subfamília de Hylidae. Recentemente, foram alocados na subfamília Hylinae como gêneros distintos. Pseudis paradoxa, P. minuta e Lysapsus limellus, já analisados citogeneticamente por outros autores, apresentam 2n=24 cromossomos e Pseudis sp. (aff. minuta), hoje confirmada citogeneticamente como a recentemente descrita P. cardosoi, apresenta 2n=28 cromossomos, com quatro pares adicionais de cromossomos telocêntricos. No presente trabalho foram analisadas, através de coloração convencional dos cromossomos, padrão de distribuição de heterocromatina, número e localização das regiões organizadoras de nucléolo (NOR), espécies do gênero Pseudis e do gênero Lysapsus, exceto L. laevis, com o objetivo de contribuir com caracteres citogenéticos para a sistemática e para os estudos de filogenia dos dois gêneros, além de buscar evidências para a compreensão dos processos envolvidos na evolução cromossômica nesses grupos. As análises citogenéticas revelaram que o complemento 2n=24 cromossomos é a condição plesiomórfica tanto no gênero Pseudis quanto no gênero Lysapsus e corroboraram a hipótese de que o cariótipo 2n=28 cromossomos tenha uma origem comum ao cariótipo 2n=24 de P. minuta, pois as bandas heterocromáticas marcadoras dos dois cariótipos não foram detectadas em nenhuma das espécies analisadas no presente trabalho. As análises da morfologia cromossômica e do padrão de distribuição de heterocromatina permitiram a separação inter- e intragenérica nos dois gêneros, exceção feita entre as subespécies Pseudis paradoxa paradoxa e P. p. platensis que apresentaram os dados citogenéticos comuns. As diferenças detectadas no padrão de distribuição de heterocromatina além de permitir a separação das espécies de Lysapsus e de Pseudis permitiu, também, sugerir uma reavaliação do status taxonômico das subespécies L. limellus limellus e L. ,. bolivianus, especialmente da população de L. I. bolivianus de Guajará-Mirim, que apresentaram diferenças na morfologia e padrão de bandamento dos cromossomos 7 e 8, também em relação às outras populações da mesma subespécie. A presença da região organizadora de nucléolo (NOR) nos braços longos dos cromossomos do par 7 é o caráter plesiomórfico tanto no gênero Pseudis como no gênero Lysapsus e a posição que a mesma ocupa ao longo do braço é um dado citogenético importante na separação das espécies de Pseudis. A morfometria cromossômica, padrão de bandamento e posição da NOR nos cromossomos 7 permitiram também verificar a presença de cromossomos sexuais heteromórficos no sistema ZZIZW em P. tocantins, com evidências de que mecanismos de inversão e de ganho de heterocromatina tenham ocasionado a diferenciação dos cromossomos Z e W / Abstract: The taxonomic position, phylogenetic relationships, synonymization of species considered to be distinct, existence of subspecies, and the proposals of intrageneric groups of the genera Pseudis and Lysapsus have always been a matter of discussion among herpetologists. The genera Pseudis and Lysapsus have already been included in the family Pseudidae and also in the subfamily Hylidae. Recently, these two genera have been allocated to the subfamily Hylinae as distinct genera. Pseudis paradoxa, P. minuta and Lysapsus limellus, cytogenetically analyzed by other investigators, show a chromosome number of 2n=24, and Pseudis sp. (aff. minuta), now cytogenetically confirmed as the recently described P. cardosoi, has 2n=28 chromosomes, including four additional pairs of telocentric chromosomes. In the present study, we analyzed the pattem of heterochromatin distribution and the number and location of the nucleolar organizer region (NOR) by conventional chromosome staining in species of the genera Pseudis and Lysapsus, except for L. laevis, in order to add cytogenetic traits to the systematics and to the study of the phylogeny of the two genera, in addition to providing evidence for the understanding of the processes involved in the chromosome evolution of these groups. Cytogenetic analysis revealed that the complement of 2n=24 chromosomes is a plesiomorphic condition both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and confirmed the hypothesis that the origin of the 2n=28 karyotype is the same as that of the 2n=24 karyotype of P. minuta since the heterochromatic marker bands in the two karyotypes were not detected in any of the species analyzed in the present study. Analysis of the chromosome morphology and the pattem of heterochromatin distribution permitted the inter- and intrageneric separation of the two genera, except for the subspecies Pseudis paradoxa paradoxa and P. p. platensis which presented common cytogenetic data. In addition to permitting the separation of Lysapsus and Pseudis species, the differences detected in the pattem of heterochromatin distribution also suggested the reassessment of the taxonomic status of the subspecies L. limellus limellus and L. I. bolivianus, especially of the L. I. bolivianus population from Guajará-Mirim, which differed in the morphology and banding pattem of chromosomes 7 and 8 in relation to the other populations of the same subspecies. The presence of the NOR on the long arms of the chromosomes of pair 7 was a plesiomorphic trait both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and the position the NOR occupies on the long arm is an important cytogenetic characteristic for the separation of Pseudis species. Chromosome morphometry, banding pattern and NOR position on chromosomes 7 also permitted the detection of heteromorphic sex chromosomes in the ZZlZW system of P. tocantins, with evidence that mechanisms of inversion and heterochromatinization caused the differentiation of the Z and W chromosomes / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Luciana Bolsoni Lourenço Morandini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T00:03:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_Juliana_M.pdf: 2159511 bytes, checksum: 592ca4a405512c2a06472a0c276eb206 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Os primeiros resultados citogenéticos obtidos para a espécie Physalaemus ephippifer, atualmente alocada no grupo P. cuvieri, mostraram um interessante heteromorfismo cromossômico ligado ao sexo. As 14 fêmeas analisadas presentaram um par cromossômico 8 heteromórfico, enquanto nos 7 machos analisados esse par era homomórfico. A diferença entre os cromossomos das fêmeas era devida à presença de um segmento adicional, composto por uma NOR e uma banda heterocromática a ela adjacente, localizado na região terminal do braço curto de apenas um desses homólogos, denominado de morfo 8b. Apesar desse importante achado, o uso de técnicas citogenéticas convencionais nessa e em outras espécies do grupo P. cuvieri não foram suficientes para esclarecer os mecanismos envolvidos na evolução cromossômica, já que poucos caracteres citogenéticos informativos foram evidenciados e também uma grande variação em relação às NORs foi encontrada. Com a intenção de buscar novos marcadores citogenéticos que auxiliem no estudo dos cromossomos sexuais de P. ephippifer e que colaborem na análise citogenética desse grupo de Physalaemus, foram estudadas sequências de DNA repetitivo isoladas desta espécie. Para tanto, o DNA genômico extraído de duas fêmeas de P. ephippifer, provenientes de Belém (Pará), foi digerido com a enzima de restrição BamHI e os fragmentos gerados foram separados por eletroforese em gel de agarose. Fragmentos posteriormente denominados de Pep194, Pep165 e Pep320 isolados a partir desse gel, foram clonados, sequenciados e localizados in situ no cariótipo de P. ephippifer. A seqüência Pep320 mostrou correspondência parcial com o fragmento EU343727.1 isolado de P. cuvieri, cuja sequência está disponível no GenBank. Apesar desses fragmentos não apresentarem similaridade entre si, as sequências Pep165 e Pep320 foram mapeadas no mesmo sítio cromossômico, correspondente à banda pericentromérica do braço curto do cromossomo 3. Esse resultado levanta um questionamento, ainda não respondido, acerca da organização molecular dessas sequências, que podem estar arranjadas em clusters independentes ou representar partes de uma mesma unidade repetitiva. A sequência Pep194 foi mapeada em regiões coincidentes com as NORs, localizadas no braço longo dos cromossomos identificados como Z e W, e no braço curto do cromossomo W. Apesar deste resultado, a análise da sequência Pep194 não apresentou nenhuma similaridade com regiões codificadoras do DNAr nucleolar, nem mesmo com regiões intergênicas associadas a elas já descritas. Tal sequência apresentou interessante arranjo interno, sendo composta de duas repetições diretas terminais, cada uma com 63 pb, sendo ambas flanqueadoras deuma região interna de 68 pb. Para melhor investigar a organização desta sequência no genoma de P. ephippifer, foram analisados produtos resultantes da amplificação por PCR de segmentos do DNA genômico, efetuada com o auxílio de primers construídos especificamente para se anelarem em regiões internas do segmento isolado. Os resultados obtidos por essa análise evidenciaram a presença de uma unidade repetitiva de 131 pb, que representa parte do fragmento Pep194, diferindo desse por não apresentar uma das regiões de 63 pb. No entanto, não é possível descartar a co-existência de uma unidade repetitiva de 194 pb, não detectada nessas análises. Em paralelo a esses experimentos, sequências pertencentes a elementos retrotransponíveis Rex1 foram isoladas do genoma de P. ephippifer por PCR, clonadas, sequenciadas e mapeadas por FISH em uma região heterocromática pericentromérica do braço curto do cromossomo 3. A análise das sequências desses fragmentos comprovou serem correspondentes a parte da sequência codificadora da enzima transcriptase reversa do elemento Rex1. A fim de verificar a presença desse elemento em outras espécies de Physalaemus, os mesmos primers utilizados nos experimentos com P. ephippifer, foram usados para a amplificação de sequências a partir de amostras do DNA genômico de P. albifrons, P. albonotatus, P. henselli e P. spiniger. A sequência isolada de P. albonotatus apresentou uma deleção interna de cerca de 220 pb quando comparada com as sequências correspondentes, aqui descritas ou disponíveis no GenBank. Isso permite sugerir que, embora derivado de um elemento Rex1, esse segmento provavelmente deixou de ser um elemento de transposição ativo. Embora esse seja o primeiro trabalho que descreve a ocorrência de Rex1 em anuros, a presença desse elemento parece comum, pelo menos no gênero Physalaemus. Além de apresentar similaridade com o segmento de Rex1 e com os fragmentos Pep165 e Pep320, a banda heterocromática pericentromérica de 3p é também o sítio de ocorrência de DNAr 5S. Tal região, reconhecida como DAPI-positiva na presente análise, permite clara distinção entre os cromossomos 3 e 4 de P. ephippifer, frequentemente confundidos se analisados apenas em relação à sua morfologia. As quatro sequências repetitivas aqui isoladas apresentaram-se eficientes marcadores citogenéticos e poderão ser utilizadas para futuros estudos comparativos entre espécies do gênero Physalaemus. / Abstract: Previous cytogenetic studies of Physalaemus ephippifer, a species currently allocated to the group P. cuvieri, showed an interesting female-specific chromosome heteromorphism. In 14 females of P. ephippifer, chromosome pair 8 was heteromorphic with regard to the occurrence of an NOR anda terminal C-band. Such heteromorphism was not found in the seven analyzed male specimens. These findings suggest that the chromosomes of pair 8 may be sex chromosomes in P. ephippifer, characterizing a ZZ ?/ ZW ? sex-determination system in this species. Despite these important data, conventional cytogenetic techniques performed in this and other species of the Physalaemus group were not sufficient to clarify the processes involved in the karyological divergence in this anuran group. Aiming to look for new cytogenetic markers that may help in the study of P. ephippifer sex chromosomes and in the cytogenetic analysis of this group of Physalaemus, we studied repetitive DNA sequences isolated from P. ephippifer. Genomic DNA extracted from two females of P. ephippifer from Belém (Pará) was digested with the restriction enzyme BamHI. The restriction fragments were separated by electrophoresis in agarose gel. DNA fragments, which were ultimately named Pep194, Pep165, and Pep320, were isolated from the gel, cloned, sequenced, and localized in situ in the karyotype of P. ephippifer. The sequence Pep320 was very similar to the fragment EU343727.1 isolated from P. cuvieri. Although Pep320 and Pep165 were totally different in nucleotide sequence, they were mapped on the same chromosome site, which corresponded to the pericentromeric C-band in the short arm of chromosome 3. This raises doubts about the molecular organization of these sequences, which can be arranged in independent clusters, but can also represent partial regions of the same repeat unit. The sequence Pep194 was mapped in regions that coincided with the NORs, located in the long arm of Z and W chromosomes and in the short arm of the W chromosome. However, the Pep194 sequence had no similarity with the coding regions of the nucleolar rDNA or with intergenic spacers associated to them. The restriction fragment Pep194 had an interesting internal arrangement, being composed of two terminal direct repeats, each with 63 bp, flanking an internal region of 68 bp. To further investigate the organization of this sequence in the genome of P. ephippifer, we amplified some Pep194 segments from genomic DNA by PCR using specific primers designed to anneal in inner / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural