Orientadores: Shirlei Maria Recco Pimentel, Ana Cristina Prado Veiga Menocello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T03:22:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Duarte_ThiagoCellin_M.pdf: 1944479 bytes, checksum: 814f8a0a8bd0078b0f432679c3115819 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O gênero Pseudopaludicola, atualmente pertencente à família Leiuperidae, é formado por 12 espécies amplamente distribuídas pela América do Sul, com nove delas relatadas para o Brasil. Com base em dados morfológicos, as espécies do gênero foram alocadas em dois grupos: "pusilla" e "falcipes". Mudanças taxonômicas freqüentes foram relatadas para o gênero e análises recentes com base em dados moleculares mostraram que as relações intergenéricas de Pseudopaludicola também permanecem pouco esclarecidas. Devido à grande semelhança morfológica dos exemplares de Pseudopaludicola, há suspeita de confusões na identificação das espécies para algumas localidades e da existência de espécies novas. De modo geral, existem poucas informações citogenéticas para o gênero que, em sua maioria, se restringem à determinação do número de cromossomos e análise do cariótipo por método de coloração convencional. Considerando que a análise citogenética mais detalhada constitui uma ferramenta importante que pode contribuir para a diferenciação de espécies de Pseudopaludicola e para o entendimento da sistemática do gênero, no presente trabalho foram estudadas as espécies Pseudopaludicola mineira, P. canga e P. saltica, provenientes de suas localidades-tipo (Serra do Cipó, MG; Serra dos Carajás, PA; e Chapada dos Guimarães, MT, respectivamente), P. saltica de Uberlândia, MG, Pseudopaludicola aff. saltica de Rio Claro (SP), Pseudopaludicola aff. falcipes de Icém (SP), e outras três amostras de Pseudopaludicola sp. (1, 2 e 3) provenientes, respectivamente, de Andaraí (BA), Barreirinhas (MA) e Uberlândia (MG). As metáfases foram obtidas de suspensões de células de epitélio intestinal e de testículo, e coradas com Giemsa ou submetidas às técnicas impregnação por prata (Ag-NOR) para detecção de região organizadora de nucléolo (NOR) e de bandamento C, para a localização de heterocromatina. As espécies estudadas dividem-se em dois grupos quanto ao número de cromossomos, 2n=18 e 2n=22. As espécies P. mineira, Pseudopaludicola sp.1, P. saltica e Pseudopaludicola aff. saltica apresentam 2n=22 cromossomos. Pseudopaludicola mineira diferiu de Pseudopaludicola sp.1 pela morfologia dos pares 7, 8 e 11, posição da NOR no par 8 e pela distribuição de blocos heterocromáticos. As duas populações de P. saltica e a população de Pseudopaludicola aff. saltica apresentaram cromossomos com a mesma morfologia, exceto o par 8 que em P. saltica caracteriza cromossomos sexuais do tipo XX/XY, sendo o X telocêntrico e o Y submetacêntrico, ambos portadores da NOR, enquanto em Psedopaludicola aff. saltica o par 8 é telocêntrico, heteromórfico em tamanho, e apresenta marcação da NOR e banda heterocromática apenas no cromossomo maior do par. Os cariótipos de P. canga, Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes apresentaram cariótipos idênticos com 2n=18 cromossomos. Esses cariótipos diferem, no entanto, quanto à localização da NOR pericentromérica no braço curto do par 3 em P. canga e Pseudopaludicola sp.2 e telomérica no braço longo do par 9 em Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes. O padrão de bandamento C destas espécies mostrou-se bastante similar diferindo apenas pela presença de uma banda no braço longo do par 2 em P. canga e Pseudopaludicola sp.2 e ausente em Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes. Os dados citogenéticos permitiram diferenciar Pseudopaludicola sp.1 das demais espécies de 22 cromossomos já cariotipadas, sugerindo que possa se tratar de uma nova espécie. O sistema de determinação do sexo do tipo XX?/XY? detectado em P. saltica não foi relatado anteriormente para o gênero Pseudopaludicola, sendo esse o primeiro caso. A hipótese de fissão seguida de perda do braço menor em um dos homólogos de um par de cromossomos submetacêntricos é sugerida para explicar a origem do cromossomo X. O heteromorfismo do par 8 observado em Pseudopaludicola aff. saltica, pode ter ocorrido por mecanismo de crossing-over desigual. As espécies Pseudopaludicola canga e Pseudopaludicola sp.2 não puderam ser citogeneticamente diferenciadas, no entanto, não descartamos a possibilidade de serem táxons distintos. A grande similaridade dos cariótipos 2n=18 sugere que Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes possam também pertencer ao mesmo grupo em que se encontra P. canga, atualmente grupo "pusilla". Os dados sugerem ainda que Pseudopaludicola aff. falcipes (2n=18) seja proximamente relacionada à P. canga (2n=18) e não a P. falcipes (2n=22), apesar das semelhanças morfológicas entre seus exemplares. Os resultados obtidos no presente estudo reforçam a necessidade de uma extensa revisão taxonômica no gênero Pseudopaludicola. / Abstract: The genus Pseudopaludicola, of the family Leiuperidae, comprises 12 frog species and is widely distributed in South America. In Brazil, nine species have been described within this genus. As based on morphological data, the Pseudopaludicola species were classified in two groups named "pusilla" and "falcipes". Although this genus has undergone several taxonomic changes, recent molecular analyses revealed still unclear intergeneric relationships. The high morphological similarities among diverse species of Pseudopaludicola, associated to their sympatry in several localities, suggest taxonomic misidentification which had been based only in morphological characteristics. Besides, recent studies seem to indicate the existence of cryptic Pseudopaludicola species in several Brazilian localities. Cytogenetics of Pseudopaludicola has been scarce and restricted to the determination of chromosome number and morphology. Further cytogenetic analysis can contribute to differentiate the Pseudopaludicola species and, therefore, improve the sistematics of this genus. The objective of this work was to analyze the karyotypes of several Brazilian Pseudopaludicola species aiming at providing their characterization and further understanding of their systematic relationships. The analyzed species were the P. mineira, P. canga and P. saltica, from their type-localities (Serra do Cipó, MG; Serra dos Carajás, PA, and Chapada dos Guimarães, MT, respectively), P. saltica from Uberlândia, MG, Pseudopaludicola aff. saltica from Rio Claro (SP), Pseudopaludicola aff. falcipes from Icém (SP), and specimens of Pseudopaludicola sp. 1, 2 and 3, respectively from Andaraí (BA), Barreirinhas (MA) and Uberlândia (MG). Metaphases were obtained from intestinal epithelium and testicular cell suspensions, and stained with Giemsa or submitted to silver staining, in order to detect the nucleolus organizing regions (Ag-NOR), and to C-banding technique for heterochromatin localization. As based on chromosome number, there were two groups of karyotypes, with 2n=22 and 2n=18. The species P. mineira, Pseudopaludicola sp.1, P. saltica and Pseudopaludicola aff. saltica had a diploid number of 2n=22. Pseudopaludicola mineira and Pseudopaludicola sp.1 differed in the morphology of pairs 7, 8 and 11, in the NOR location in the pair 8 and in the heterochromatin distribution. The P. saltica and Pseudopaludicola aff. saltica populations showed very similar chromosomal morphology and identical heterochromatin pattern, except for the pair 8. In P. saltica, the pair 8 was characterized as sex chromosomes XX?/XY?, being the X classified as telocentric and Y submetacentric, whereas in Psedopaludicola aff. saltica, in both male and female specimens, the homologues of pair 8 are telocentrics, heteromorphic in size with the heterochromatin block present only in the longer homologue. The pair 8 is the NOR-bearing chromosome in both P. saltica and Psedopaludicola aff. saltica. High similarity was observed among the karyotypes of P. canga, Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 and Pseudopaludicola aff. falcipes, all of them with 2n=18 chromosomes. However, these karyotypes differed in the NOR location, which was on pair 3 in P. canga and Pseudopaludicola sp.2, and on pair 9 in Pseudopaludicola sp.3 and Pseudopaludicola aff. falcipes. These species had similar heterochromatic blocks, except for one C-band on the long arm of pair 2 in P. canga and Pseudopaludicola sp.2, which was not observed in Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes). The cytogenetic data clearly distinguished Pseudopaludicola sp.1 from the other known species of this genus with 22 chromosomes, and suggested that this could be a not yet described species. The identification of sex chromosomes XX?/XY? in P. saltica, is the first case of sex chromosomes reported in the genus Pseudopaludicola. A mechanism of fission followed by loss of the short arm in one of homologues of a submetacentric pair could explain the origin of the X chromosome in P. saltica. The size heteromorphism in the homologues of the pair 8 of Pseudopaludicola aff. saltica, with the NOR site and heterochromatin present only in one of the homologues, could be explained by unequal crossing-over. The species Pseudopaludicola canga and Pseudopaludicola sp.2 could not be cytogenetically distinguished, suggesting that they belong to the same taxon. Since all the analyzed karyotypes of 2n=18 were very similar, we may suggest that Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes should be included in the same group of P. canga, which is currently allocated in the "pusilla" group. In addition, the results indicated that Pseudopaludicola aff. falcipes (2n=18) is more closely related to P. canga (2n=18) than to P. falcipes (2n=22), although the specimens are morphologically very similar and their identification is not unequivocal. Ultimately, the data presented herein reinforce the necessity of a taxonomic revision of the genus Pseudopaludicola. / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

Orientadores: Luciana Bolsoni Lourenço, Carmen Silvia Busin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T12:08:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gatto_KalebPretto_M.pdf: 33988822 bytes, checksum: 7e3f3565dac9a540ea7c353f51068d4f (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full electronic document / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

Cromossomos sexuais evoluíram repetidas vezes independentemente nos grandes grupos de vertebrados. Sistemas sexuais altamente diferenciados e antigos são caracterizados por grandes diferenças morfológicas e de conteúdo gênico entre os dois cromossomos homólogos onde a recombinação é restrita a uma pequena região homóloga. Os sistemas recentes característicos de peixes caracterizam-se pela similaridade entre os cromossomos X e Y (ou Z e W), nos quais as diferenças observadas freqüentemente envolvem a presença de heterocromatina, translocações e inversões. A recombinação ocorre entre o par sexual na maior parte de sua extensão, sendo inibida apenas na região diretamente relacionada com a determinação sexual. Notavelmente, sistemas diferentes de determinação podem ser encontrados em espécies, ou mesmo populações. O gênero Eigenmannia compreende grupos de espécies crípticas do ponto de vista morfológico que exibem variação no número cromossômico e podem apresentar sistemas sexuais XY ou ZW, incluindo sistemas múltiplos (com translocação Y-autossomo). Estes sistemas estão entre os mais recentes descritos (<16ma) e estão dispostos de forma desordenada em árvores de relações filogenéticas, sugerindo origens múltiplas. No presente estudo, a técnicas de pintura cromossômica usando sondas obtidas por microdissecção de cromossomos sexuais foram empregadas para testar a homologia de dois sistemas XY encontrados nos citótipos (ou espécies) E. virescens e E. sp.2. Os resultados mostram que, de fato, ambos são não homólogos. A fusão Y-autossomo provavelmente ocorreu após a separação de E. sp.2 com sua espécie irmã, E. sp.1 uma vez que um evento de fusão independente, envolvendo um dos cromossomos homólogos ao Y, foi detectado em E. sp.1. A hibridação in sit&#956; do cromossomo X de E. virescens em sua população mais próxima (também com 38 cromossomos, mas sem cromossomos sexuais heteromórficos) mostrou que o cromossomo X é homólogo a um par de acrocêntricos, condizente com o modelo proposto de diferenciação por acúmulo de heterocromatina. Essa heterocromatina foi caracterizada e mostrou um padrão complexo de seqüências CG-ricas. Dois fragmentos de DNA repetitivo GC-ricos presentes no cromossomo X foram isolados e seqüenciados. Não foram detectadas similaridades em comparações com bases de dados e entre os fragmentos obtidos. Estes mostraram-se concentrados nas regiões cromomicina-positivas de E. virescens, incluindo regiões periteloméricas de sete pares e os dois maiores blocos heterocromáticos (nos cromossomos X e par n. 8), além de um cromossomo acrocêntrico, possivelmente o Y. Curiosamente, essas seqüências foram detectadas em apenas três pares cromossômicos na população mais próxima, incluindo um par acrocêntrico de morfologia semelhante à condição ancestral do X, sugerindo que processos dinâmicos de expansão e homogenização genômica ocorreram após a separação dessas populações / Sex chromosomes have evolved independently several times in all major groups of vertebrates. Highly differentiated sex chromosomes are characterized by extensive differences in morphology and gene content, whereas recombination is restricted to a small homologous region. Recent sex chromosomes are characteristic of fish, and display a high level of homology between X and Y (or Z and W) chromosomes, recombination is restricted only in a small sex determining region. Notably, different sex chromosome systems can be found in closely related groups, such as species or even populations. The genus Eigenmannia comprises a group of morphologically cryptic species that display a variety of diploid numbers and different sex chromosome systems, including XY, ZW and a multiple XY system (with a Y-autosome fusion). These systems are among the most recent known (<16ma) and occur with a lack of phylogenetic pattern, whereas frequently populations bearing heteromorphic sex chromosomes are closest related to populations displaying no sex chromosomes. In the present study, chromosome painting using probes derived from the microdissection of two different sex chromosomes where used to investigate the homology of both systems. Results show that, in fact, they are non-homologous and evolved independently. The Y-autosome hypothesis gained further support from the observation that a chromosome homologous to the Y in a close population is involved in yet a different fusion event. The X chromosome present in the E. virescens karyotype was found to be homologous to acrocentric chromosomes in all populations analyzed, thus supporting the notion that its differentiations is mainly due to the accumulation of heterochromatin. The X heterochromatic block was shown to form a complex pattern of GC-rich sequences, different from what was previously described. Two GC-rich fragments were isolated and sequenced; both showed no similarities to known sequences and to one another. These sequences were shown to be concentrated viii on the two largest heterochromatic blocks, those of the X and n.8 chromosomes besides peri-telomeric regions of seven additional pairs and the putative Y. Curiously, these sequences were detected in only three pairs in the closest population, including an acrocentric pair morphologically similar to undifferentiated sex pair. This suggests that dynamic evolutionary processes of expansion and genomic homogenization have occurred after the separation of these populations.

Cromossomos sexuais evoluíram repetidas vezes independentemente nos grandes grupos de vertebrados. Sistemas sexuais altamente diferenciados e antigos são caracterizados por grandes diferenças morfológicas e de conteúdo gênico entre os dois cromossomos homólogos onde a recombinação é restrita a uma pequena região homóloga. Os sistemas recentes característicos de peixes caracterizam-se pela similaridade entre os cromossomos X e Y (ou Z e W), nos quais as diferenças observadas freqüentemente envolvem a presença de heterocromatina, translocações e inversões. A recombinação ocorre entre o par sexual na maior parte de sua extensão, sendo inibida apenas na região diretamente relacionada com a determinação sexual. Notavelmente, sistemas diferentes de determinação podem ser encontrados em espécies, ou mesmo populações. O gênero Eigenmannia compreende grupos de espécies crípticas do ponto de vista morfológico que exibem variação no número cromossômico e podem apresentar sistemas sexuais XY ou ZW, incluindo sistemas múltiplos (com translocação Y-autossomo). Estes sistemas estão entre os mais recentes descritos (<16ma) e estão dispostos de forma desordenada em árvores de relações filogenéticas, sugerindo origens múltiplas. No presente estudo, a técnicas de pintura cromossômica usando sondas obtidas por microdissecção de cromossomos sexuais foram empregadas para testar a homologia de dois sistemas XY encontrados nos citótipos (ou espécies) E. virescens e E. sp.2. Os resultados mostram que, de fato, ambos são não homólogos. A fusão Y-autossomo provavelmente ocorreu após a separação de E. sp.2 com sua espécie irmã, E. sp.1 uma vez que um evento de fusão independente, envolvendo um dos cromossomos homólogos ao Y, foi detectado em E. sp.1. A hibridação in sit&#956; do cromossomo X de E. virescens em sua população mais próxima (também com 38 cromossomos, mas sem cromossomos sexuais heteromórficos) mostrou que o cromossomo X é homólogo a um par de acrocêntricos, condizente com o modelo proposto de diferenciação por acúmulo de heterocromatina. Essa heterocromatina foi caracterizada e mostrou um padrão complexo de seqüências CG-ricas. Dois fragmentos de DNA repetitivo GC-ricos presentes no cromossomo X foram isolados e seqüenciados. Não foram detectadas similaridades em comparações com bases de dados e entre os fragmentos obtidos. Estes mostraram-se concentrados nas regiões cromomicina-positivas de E. virescens, incluindo regiões periteloméricas de sete pares e os dois maiores blocos heterocromáticos (nos cromossomos X e par n. 8), além de um cromossomo acrocêntrico, possivelmente o Y. Curiosamente, essas seqüências foram detectadas em apenas três pares cromossômicos na população mais próxima, incluindo um par acrocêntrico de morfologia semelhante à condição ancestral do X, sugerindo que processos dinâmicos de expansão e homogenização genômica ocorreram após a separação dessas populações / Sex chromosomes have evolved independently several times in all major groups of vertebrates. Highly differentiated sex chromosomes are characterized by extensive differences in morphology and gene content, whereas recombination is restricted to a small homologous region. Recent sex chromosomes are characteristic of fish, and display a high level of homology between X and Y (or Z and W) chromosomes, recombination is restricted only in a small sex determining region. Notably, different sex chromosome systems can be found in closely related groups, such as species or even populations. The genus Eigenmannia comprises a group of morphologically cryptic species that display a variety of diploid numbers and different sex chromosome systems, including XY, ZW and a multiple XY system (with a Y-autosome fusion). These systems are among the most recent known (<16ma) and occur with a lack of phylogenetic pattern, whereas frequently populations bearing heteromorphic sex chromosomes are closest related to populations displaying no sex chromosomes. In the present study, chromosome painting using probes derived from the microdissection of two different sex chromosomes where used to investigate the homology of both systems. Results show that, in fact, they are non-homologous and evolved independently. The Y-autosome hypothesis gained further support from the observation that a chromosome homologous to the Y in a close population is involved in yet a different fusion event. The X chromosome present in the E. virescens karyotype was found to be homologous to acrocentric chromosomes in all populations analyzed, thus supporting the notion that its differentiations is mainly due to the accumulation of heterochromatin. The X heterochromatic block was shown to form a complex pattern of GC-rich sequences, different from what was previously described. Two GC-rich fragments were isolated and sequenced; both showed no similarities to known sequences and to one another. These sequences were shown to be concentrated viii on the two largest heterochromatic blocks, those of the X and n.8 chromosomes besides peri-telomeric regions of seven additional pairs and the putative Y. Curiously, these sequences were detected in only three pairs in the closest population, including an acrocentric pair morphologically similar to undifferentiated sex pair. This suggests that dynamic evolutionary processes of expansion and genomic homogenization have occurred after the separation of these populations.

Orientadores: Andréa Trevas Maciel-Guerra, Vera Lúcia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T23:41:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Latuf_JulianadePaulo_M.pdf: 2398402 bytes, checksum: cbd1c5c98ab12541607b0be2b5ca8120 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Quadros de ambiguidade genital e esterilidade com cariótipo 46,XY podem ser devidos a mosaico com linhagem 45,X não detectável no cariótipo em linfócitos de sangue periférico. Quando essa linhagem não é detectada, esses indivíduos deixam de ser investigados em relação a uma série de problemas clínicos. Este trabalho teve como objetivo verificar se a hibridação in situ com fluorescência (FISH) em células de mucosa oral poderia ser empregada para detectar criptomosaicismo com linhagem 45,X em indivíduos com cariótipo 46,XY. A casuística foi composta por 19 homens saudáveis com idades entre 20 e 30 anos e cinco pacientes com distúrbios da diferenciação do sexo (DDS) com idades entre 5 e 23 anos, quatro com mosaico 45,X/46,XY e um com disgenesia testicular 46,XY associada a déficit de crescimento. Após confirmar que os jovens saudáveis tinham cariótipo 46,XY em 50 metáfases de linfócitos de sangue periférico, foi realizada análise por FISH com sondas específicas para os cromossomos X e Y em 1.000 núcleos interfásicos de linfócitos de sangue periférico e 1.000 de mucosa oral, seguida de comparação da proporção de núcleos contendo apenas o sinal do cromossomo X nos dois tecidos. A mesma análise foi feita nos cinco pacientes com DDS. A distribuição da proporção dos núcleos interfásicos de linfócitos e mucosa oral contendo apenas o sinal do X nos jovens saudáveis foi compatível com a distribuição normal, e número superior a 12:1.000 em linfócitos e 13:1.000 em mucosa oral devem ser considerados indicativos de mosaicismo em nosso laboratório. A frequência desses núcleos nos dois tecidos não diferiu significativamente (p=0,6855). Nos cinco pacientes com DDS a frequência de núcleos contendo apenas o sinal do X diferiu significativamente da observada em indivíduos normais em linfócitos (p=0,0008) e mucosa oral (p=0,0008). No paciente com cariótipo prévio 46,XY a linhagem 45,X foi confirmada por FISH em metáfases, e em um dos casos de mosaicismo foram detectadas linhagens celulares adicionais. Também não houve diferença significativa entre a frequência de núcleos contendo apenas o sinal do X nos dois tecidos desses pacientes (p=0,3750). Estes resultados indicam que a pesquisa de mosaicismo com linhagem 45,X em indivíduos com DDS ou esterilidade e cariótipo 46,XY pode ser feita por meio de FISH em mucosa oral, com vantagens evidentes em termos de custo e rapidez, além de ser feita a partir de tecido obtido de modo não invasivo / Abstract: Ambiguous genitalia and sterility with a 46,XY karyotype may be due to mosaicism with a 45, X karyotype not detectable in peripheral blood lymphocytes. When this cell line is not detected, these individuals fail to be investigated over a range of clinical problems. This study aimed to verify whether fluorescence in situ hybridization (FISH) in cells from buccal smear could be employed to detect cryptomosaicism with a 45,X cell line in individuals with a 46,XY karyotype. The sample consisted of 19 healthy men aged 20 to 30 years and five patients with disorders of sex development (DSD) aged 5 to 23 years, four with mosaicism 45,X/46,XY and one with testicular dysgenesis 46, XY associated with growth deficiency. After confirming that the healthy young men had a 46,XY karyotype in 50 metaphases from peripheral blood lymphocytes, FISH analysis with probes specific for chromosomes X and Y was done in 1,000 nuclei from peripheral blood lymphocytes and 1,000 from buccal smear, followed by comparison of the proportion of nuclei containing only the signal of the X chromosome in these tissues. The same analysis was performed in five patients with DDS. The distribution of the proportion of interphase nuclei of lymphocytes and buccal smear containing only the X signal in healthy young was consistent with normal distribution; a number greater than 12:1,000 in lymphocytes and 13:1,000 in buccal smear should be considered indicative of mosaicism in our laboratory. The frequency of these nuclei in both tissues did not differ significantly (p = 0.6855). In patients with DDS the frequency of nuclei containing only the X signal differed significantly from that observed in normal individuals both in lymphocytes (p = 0.0008) and buccal smear (p = 0.0008). In the patient with a prior 46,XY karyotype, a 45,X cell line was confirmed by FISH in metaphases, and in one case of mosaicism additional cell lines were detected. There was also no significant difference between the frequency of nuclei containing only the X signal in the two tissues of these patients (p = 0.3750). These results indicate that investigation of mosaicism with 45,X cell line in individuals with 46,XY DSD or sterility can be done by FISH in cells from buccal smear, with obvious advantages in terms of cost and speed, using a tissue obtained noninvasively / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestra em Ciências Médicas

Submitted by OCTAVIO MANUEL PALACIOS GIMÉNEZ null (opalacios7@gmail.com) on 2018-01-10T10:10:20Z No. of bitstreams: 1 Tesis_completa.pdf: 26112515 bytes, checksum: 3ddefcdf63a47077ccb1b62c384cae1b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-01-10T18:40:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gimenez_omp_dr_rcla.pdf: 25788766 bytes, checksum: da0e0599de64bcf81bfb8ddceda0c8e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-10T18:40:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gimenez_omp_dr_rcla.pdf: 25788766 bytes, checksum: da0e0599de64bcf81bfb8ddceda0c8e7 (MD5) Previous issue date: 2017-12-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os cromossomos sexuais se originam independentemente de um par de homólogos autossômicos e em várias linhagens apresentam características comuns, tais como acúmulo de vários tipos de DNA repetitivo, restrição da recombinação e perda ou ganho de genes devido á diferenciação morfológica e genética entre os cromossomos sexuais X e Y ou Z e W. Estas características representam um exemplo fascinante de convergência evolutiva. Em Orthoptera, o sistema cromossômico sexual comumente encontrado na maioria das espécies estudadas é do tipo X0♂/XX♀. Entretanto, sistemas cromossômicos sexuais derivados dos tipos neo-XY♂/XX♀ e neo- X1X2Y♂/X1X1X2X2♀ são também observados, surgindo repetidamente por fusões cêntricas e em tandem, inversões e dissociações envolvendo cromossomos sexuais ancestrais e autossomos. O presente trabalho teve três objetivos. Primeiro, entender o possível papel dos DNAs repetitivos na estrutura/diversificação dos cromossomos sexuais simples e derivados, a partir do isolamento e mapeamento físico de sequências, tais como, famílias multigênicas, DNA satélite (DNAsat) e microssatélites, nas espécies Gryllus assimilis, Cycloptiloides americanus e Eneoptera surinamensis. Segundo, testar e comparar transcrição diferencial de DNAsat entre diferentes tecidos, sexos e espécies a partir de transcriptomas de Gryllus assimilis, G. bimaculatus, G. firmus e G. rubens, com o objetivo de entender os possíveis papéis funcionais destas sequências na regulação gênica, modulação da cromatina e como componentes funcionais de importantes estruturas como telômeros, centrômeros e cromossomos sexuais. Terceiro, a partir de transcriptomas de espécies de grilos (Gryllus assimilis, G. bimaculatus e G. firmus) prospectar genes codificadores de proteínas relacionados com a determinação sexual, envolvidos com o fitness reprodutivo e genes enviesados do sexo, responsáveis pelas diferenças fenotípicas entre machos e fêmeas, e tentar elucidar de uma maneira comparativa os fatores evolutivos atuando nestes loci. Origem de novo de cromossomos sexuais mediante rearranjos cromossômicos, assim como acúmulo de DNA repetitivo que levaram a diferenciação entre cromossomos sexuais são relatados em C. americanus (X1X20) e E. surianmensis (neo-X1X2Y). Estas características observadas em grilos representam outro caso notável de convergência evolutiva devido os cromossomos sexuais não relacionados compartilharem muitas propriedades entre táxons distantes. Acúmulo surpreendente de loci de DNAsat foi encontrado no neo-Y altamente diferenciado de E. surinamensis, incluindo 39 DNAsat representados em excesso neste cromossomo, que é a maior diversidade de DNAsat até agora relatada para cromossomos sexuais. Foi documentado que, particularmente os DNAsat, contribuíram grandemente para o aumento de tamanho genômico entre G. assimilis e E. surinamensis. Um achado interessante foi a identificação de DNAsat conservados entre espécies de grilos (Gryllus assimilis, G. bimaculatus e G. firmus), mas transcritos diferencialmente. Os dados relativos à presença de DNAsat no genoma de G. assimilis foram discutidos em um contexto evolutivo, com dados transcricionais permitindo comparações entre os sexos e entre os tecidos quando possível. Foram discutidas hipóteses para a conservação e transcrição de DNAsat em Gryllus, que podem resultar do seu papel na diferenciação sexual no nível da cromatina, na formação da heterocromatina e na função centromérica. Outra descoberta foi a identificação de genes determinantes do sexo e outros genes relacionados ao fitness reprodutivo, como a biossíntese de hormônios de insetos e ritmo circadiano entre espécies de Gryllus. Os efetores e os alvos downstream das vias de determinação do sexo foram previamente identificados em outros insetos, mas nunca em Orthoptera. Usando G. assimilis como modelo para estudar genes enviesados do sexo foi possível identificar um conjunto de genes altamente expressos que podem explicar diferenças fenotípicas entre os sexos. Estimou-se que os genes codificadores de proteínas relacionadas com a diferenciação sexual e com o fitness reprodutivo evoluem mais rapidamente do que os genes não reprodutivos (genes housekeeping) como resultado de uma forte seleção positiva nos primeiros. Além disso, foi encontrado que as espécies estudadas apresentam níveis excepcionalmente elevados de duplicações gênicas. As descobertas sugerem que as duplicações gênicas podem desempenhar um papel na expressão de genes enviesados do sexo no grilo de campo G. assimilis, uma espécie que no futuro provavelmente irá fornecer informações sobre genômica funcional e epigenética da determinação do sexo. / Sex chromosomes have arisen independently from an ordinary autosomal pair and in several lineages they present common characteristics, such as accumulation of distinct classes of repetitive DNAs, restriction of the recombination and loss or gain of genes due to the morphological and genetic differentiation between the sexual chromosomes X and Y or Z and W. These characteristics represent a fascinating example of evolutionary convergence. In Orthoptera, the X0♂/XX♀ sex-determining system is considered modal but eventually, diverse sex chromosome systems evolved several times, such as neo-XY♂/XX♀, X1X20♂/X1X1X2X2♀ and even neo- X1X2Y♂/X1X1X2X2♀. It was found that particularly centric fusions (i.e., Robertsonian translocations) and tandem fusions with autosomes, dissociations and inversions contributed to the formation of neo-sex chromosomes in Orthoptera. The present work had three objectives. First, get insights of the role of repetitive DNAs in the structure/diversification of simple and derivative sex-chromosomes by isolation and physical mapping of repetitive DNA sequences, such as multigene families, satellite DNA (satDNA) and microsatellites using Gryllus assimilis, Cycloptiloides americanus e Eneoptera surinamensis, as models. Second, looking at differential satDNA transcription between different tissues, sexes, and species from transcriptomes of Gryllus assimilis, G. bimaculatus, G. firmus and G. rubens, I tried to understand the possible functional roles of these sequences in gene regulation, chromatin modulation and as functional components of important structures such as telomeres, centromeres and sex chromosomes. Third, using transcriptomes from cricket species (Gryllus assimilis, G. bimaculatus and G. firmus), I searched for genes encoding proteins related to sexual determination, reproductive fitness and sex-biased genes which are responsible for the phenotypic differences between males and females. I also tried to elucidate in a comparative way the evolutionary factors acting at these loci. De novo origin of sex chromosomes by chromosomal rearrangements, as well as repetitive DNA accumulation that led to the differentiation between sex chromosomes are reported for C. americanus (X1X20) e E. surianmensis (neo-X1X2Y). These features observed in crickets represent another remarkable case of evolutionary convergence because unrelated sex chromosomes share many common properties among distant taxa. Especially astonishing accumulation of satDNAs loci was found in the highly differentiated neo-Y, including 39 satDNAs over-represented in this chromosome, which is the greatest satDNAs diversity yet reported for sex chromosomes. It has been documented that, particularly the satDNA, contributed greatly to the increase in genomic size between G. assimilis and E. surinamensis. An interesting finding was the identification of satDNA conserved among species of crickets (Gryllus assimilis, G. bimaculatus and G. firmus), but differentially transcribed. The data regarding satDNA presence in G. assimilis genome was discussed in an evolutionary context, with transcriptional data enabling comparisons between sexes and across tissues when possible. I discussed hypotheses for the conservation and transcription of satDNAs in Gryllus, which might result from their role in sexual differentiation at the chromatin level, heterochromatin formation, and centromeric function. Another finding was the identification of sex-determining genes and other genes related to reproductive fitness, such as biosynthesis of insect hormones and circadian rhythm among Gryllus species. The effectors as well as downstream targets of sex-determination pathways have been previously identified in other insects but never in Orthoptera. Using G. assimilis to study sex-biased genes I identified a set of highly expressed genes that might account for phenotypic differences between sexes. Furthermore, I estimated that proteinencoding reproductive genes evolve faster than non-reproductive genes as result of strong positive selection at those loci. It was documented that the species studied harbor exceptionally high levels of gene duplications. The findings suggest that gene duplications may play a role in sex-biased genes expression in the field cricket G. assimilis, a species likely to yield insights into the functional genomics and epigenetics of sex determination. / FAPESP: 2014/02038-8

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-23T13:20:14Z No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-14T19:51:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-14T19:52:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T20:02:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) Previous issue date: 2016-10-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Triportheus genus (Characiformes, Triportheidae) presents a particular scenario 1 in fishes, with a ZZ/ZW sex chromosomes system for all species until now investigated. The Z chromosome is metacentric and the largest one of the karyotype, remaining morphologically conserved in all species. In contrast, the W chromosome differs in shape and size among species, from almost identical to markedly reduced in size in relation to the Z, with a clear heterochromatin accumulation associated with its differentiation process. This scenario in Triportheus, along with a well defined phylogeny for this group, provided an excellent opportunity to investigate the evolutionary events associated with the sex chromosomes differentiation, a matter of increasing interest to evolutionary biology in recent years. Therefore, the purpose of this study was to investigate the origin and differentiation of sex chromosomes in eight Triportheus species, using diverse conventional and molecular cytogenetics tools, such as C-banding, chromosomal mapping of rDNAs and several other repetitive DNA sequences, comparat ive genomic hybridization (CGH), microdissection of Z and W chromosomes and whole chromosome painting (WCP). The preferential accumulation of repetitive DNAs on the W chromosome highlighted the predominant participation of these sequences in the differentiation of this chromosome. Notably, the differential accumulation of microsatellites, and a hybridization pattern with no direct correlation to the ancestry of the W chromosome, put in evidence the particular evolutionary processes that shaped the sex-specific chromosome among species. The chromosomal mapping of 5S and 18S rDNAs and U2 DNAsn highlighted a very particular scenario in the distribution of these multigene families in Triportheus. Indeed, the variability in number of the rDNA sites on the autosomes, as well as the syntenic "status" of these three multigene families, showed their intense dynamism in the karyotype evolution, revealing a much more complex organization of these genes than previously supposed for closely related species. In addition, the occurrence of U2 DNAsn on the W chromosome of T. albus appears as an evolutionary novelty, while the occurrence of 18S rDNA in the Wq terminal region of all species pointed to a conserved condition for the genus, as well as a peculiarity in the evolutionary process of the W chromosome. Noteworthy, the use of WCP, and especially CGH experiments, put in evidence sequences which are shared by both Z and W chromosomes and sequences that are unique to each one. Thus, the Wq terminal region stood out with a high concentration of female specific sequences, in coincidence with the location of the 18S rDNA genes, allowing inferences about the origin of these cistrons on the sex-specific chromosome. Our data also showed that the ZZ/ZW system had, in fact, a common origin in Triportheus, considering the homologies found in chromosomal paintings using the Z and W probes. Triportheus auritus is the direct representative of the first lineage to differentiate in the genus and WCP experiments, using the Z chromosome probe of this species, have showed how this chromosome is notably conserved in all investigated species. On the other hand, the W chromosome showed variable patterns of homology among species, highlighting the molecular divergence emerged along its evolutionary history. In conclusion, the results obtained in this study allowed to certify the common origin of the ZZ/ZW sex system in Triportheus and to evaluate the intra- and inter-specific genomic homologies and differences between the sex pair, resulting in significant advances in the knowledge of the origin and differentiation of the sex chromosomes among lower vertebrates. / O gênero Triportheus (Characiformes, Triportheidae) apresenta um cenário 1 incomum entre os peixes, com a ocorrência de um sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW para todas as espécies já investigadas. O cromossomo Z é metacêntrico e o maior do cariótipo, permanecendo morfologicamente conservado em todas as espécies. Contrariamente, o cromossomo W apresenta formas variáveis e tamanhos distintos entre as espécies, podendo apresentar tamanho quase idêntico ao do cromossomo Z até acentuadamente reduzido em relação a ele, com um nítido acúmulo de heterocromatina associado ao processo de diferenciação desse cromossomo. Este cenário em Triportheus, juntamente com a filogenia já bem definida para este grupo, possibilitou uma oportunidade excelente para a investigação de eventos evolutivos associados aos cromossomos sexuais, aspecto este que vem despertando interesse crescente na biologia evolutiva nos últimos anos. Assim sendo, a proposta deste estudo foi investigar a origem e a diferenciação dos cromossomos sexuais em oito espécies de Triportheus, usando ferramentas diversificadas da citogenética convencional e molecular, como o bandamento-C, mapeamento cromossômico de DNAr e diversas outras classes de DNAs repetitivos, hibridização genômica comparativa (CGH), microdissecção dos cromossomos Z e W e pintura cromossômica total (WCP). O acúmulo preferencial de várias sequências de DNAs repetitivos no cromossomo W possibilitou destacar a participação preponderante deste componente do genoma na diferenciação do cromossomo sexo18 específico. Notadamente, o acúmulo diferencial de microssatélites colocou em evidência processos evolut ivos específicos do cromossomo W entre as espécies, bem como um padrão acumulativo que não apresenta correlação direta com a ancestralidade deste cromossomo. O mapeamento cromossômico do DNAr 5S e 18S e do DNAsn U2 evidenciou um cenário bastante particular na distribuição dessas famílias multigênicas em Triportheus. A variabilidade em relação ao número de sítios de DNAr nos autossomos, assim como o “status” sintênico dessas três famílias, evidenciaram o dinamismo evolutivo desses genes mesmo entre espécies proximamente relacionadas. Além disso, a ocorrência de DNAsn U2 no cromossomo W de T. albus evidenciou uma novidade evolutiva, enquanto a ocorrência de DNAr 18S na região Wq terminal confirmou uma condição conservada no gênero, assim como uma peculiaridade do processo evolut ivo do cromossomo W, visto que todas as espécies analisadas até o momento são portadoras dessas sequências. O emprego de WCP, e principalmente de CGH, possibilitou demonstrar a localização de sequências que são compartilhadas pelos cromossomos Z e W, bem como de sequências que são exclusivas de cada um deles. Assim, a região Wq terminal se destacou por apresentar uma grande concentração de sequências específicas de fêmeas, em coincidência com a localização do cluster de DNAr 18S, possibilitando inferências sobre a origem destes cístrons no cromossomo sexo-específico. Nossos dados também demonstraram que o sistema ZZ/ZW teve, de fato, uma origem comum em Triportheus, considerando as homologias encontradas nos mapeamentos cromossômicos com sondas dos cromossomos sexuais Z e W. Triportheus auritus é a espécie representante direta da primeira linhagem a se diferenciar no gênero e experimentos de WCP, utilizando a sonda do cromossomo Z desta espécie, mostrou que este cromossomo se encontra notavelmente conservado em todas as espécies investigadas. Por outro lado, o cromossomo W apresentou padrões variáveis de homologia entre as espécies, destacando divergências moleculares diferencialmente moldadas ao longo da sua história evolutiva. Em conclusão, os resultados obtidos no presente estudo possibilitaram atestar a origem comum do sistema ZZ/ZW em Triportheus, bem como avaliar divergências e similaridades genômicas intra- e interespecíficas quanto ao par sexual, obtendo-se avanços significativos no conhecimento da origem e diferenciação dos cromossomos sexuais entre os vertebrados inferiores. / CAPES: 11744/13–8

Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-04-07T19:01:49Z No. of bitstreams: 1 TeseKZ.pdf: 6268573 bytes, checksum: 3d50abb73f159705b9efa45eb5cc20cf (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-04-19T17:57:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseKZ.pdf: 6268573 bytes, checksum: 3d50abb73f159705b9efa45eb5cc20cf (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-04-19T17:57:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseKZ.pdf: 6268573 bytes, checksum: 3d50abb73f159705b9efa45eb5cc20cf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-19T18:05:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseKZ.pdf: 6268573 bytes, checksum: 3d50abb73f159705b9efa45eb5cc20cf (MD5) Previous issue date: 2016-07-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Parodontidae is organized in three genera according to their morphological characteristics: Parodon, Saccodon and Apareiodon. The diploid number is conserved in this group with 2n=54 chromosomes, with species without heteromorphic sex chromosomes systems and other with sex chromosomes system, with female heterogamety, ZZ/ZW or ZZ/ZW1W2. Studies of chromosome localization using repetitive DNAs chromosomes of species show possible origin, differentiation and evolution of sex chromosomes in Parodontidae. However, further studies using repeats DNAs are fundamental for a better comprehension of its pathway genomic structural or functional. In this study were described the chromosome location of the (GATA)n and (TTAGGG)n sequences in eight species of Parodontidae, with aim to evaluate the probable mechanisms of chromosomal diversification, especially those related to molecular differentiation of W chromosome. Also were mapped 16 microsatellites sequences in five species of the family to check the accumulation of the repetitive DNAs in the chromosomes and verify its performance in the karyotype and sex chromosomes differentiation. Yet, partial sequences of the histone H1, H3 and H4 were determined and had chromosomal localization in six species of Parodontidae. The data show two H1 sequences in Parodontidae genomes, herein called H1 partial and H1+ ERV, in addition to partial sequences for the genes H3 and H4. The chromosomal localization of histone genes show H1, H3 and H4 in main cluster and the presence of the orphans genes for H1 + ERV. Hence, this study provide some advances in the understanding of the repetitive DNA mechanism in the karyotypic differentiation and evolution in the family Parodontidae. / Parodontidae é organizada em três gêneros agrupados de acordo com suas características morfológicas: Parodon, Saccodon e Apareiodon. O número diploide é conservado nesse grupo com 2n=54 cromossomos, com espécies sem sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos e outras com sistemas de cromossomos sexuais do tipo ZZ/ZW ou ZZ/ZW1W2. Estudos com mapeamento de DNAs repetitivos por hibridação in situ fluorescente nos cromossomos de algumas espécies demonstraram possível origem, diferenciação e evolução dos sistemas de cromossomos sexuais desta família. No entanto, estudos mais aprofundados são fundamentais para um maior esclarecimento do papel genômico das sequências repetitivas. Neste estudo foram descritas a localização das sequências (GATA)n e (TTAGGG)n em oito espécies de Parodontidae, com o objetivo de avaliar os prováveis mecanismos de diversificação cromossômica, especialmente aqueles relacionados à diferenciação molecular do cromossomo W. Também foram mapeadas 16 sequências de microssatélites em cinco espécies da família, com objetivo de verificar o acúmulo de DNA repetitivo nos cromossomos e sua atuação na diferenciação cariotípica dos cromossomos sexuais heteromórficos. Por fim, sequências parciais das histonas H1, H3 e H4 e também dos DNAr 5S e 18S foram determinadas e tiveram sua localização cromossômica em seis espécies desta família. Com os resultados, foi possível determinar duas sequências de H1 para Parodontidae, H1 parcial e H1+ERV, além das sequências parciais para os genes H3 e H4. Todas essas análises propiciam uma melhor compreensão dos processos de diferenciação e evolução cariotípica na família Parodontidae.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:33:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RodrigoXS_DISSERT.pdf: 1797294 bytes, checksum: f032295b5b46cf49baf85e9aff88c766 (MD5) Previous issue date: 2012-04-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Cytogenetic studies in fish have been contributed significantly to a better understanding of the marine biodiversity, presenting information related to characterization, evolution and conservation of species e fisheries stocks. Among the marine species which cytogenetic data are less well known pelagic forms are detached, that despite the economic importance and conservation efforts have been suffering great pressure from the artisanal and industrial fisheries. The present work characterized cytogenetically six species of large pelagic fish in the Atlantic, belonging to the Order Perciformes, among them, four species of Scombridae, Thunnus albacares, T. obesus, Scomberomorus brasiliensis and Acanthocybium solandri and two Coryphaenidae, Coryphaena equiselis and C. hippurus using Classical cytogenetic methods as conventional staining, C-banding and Ag-NORs and molecular through staining fluorochromes AT and GC-specific and mapping of ribosomal multigene families, 18S and 5S. The identification of phylogenetic patterns and cytotaxonomic markers between the species and the presence of sex chromosomes in at least one species of Coryphaenidae, are particularly useful in the formulating of phylogenetic hypotheses, as well as comparisons between groups and populations / Os estudos citogen?ticos em peixes v?m contribuindo significantemente para um melhor conhecimento sobre a biodiversidade marinha, apresentando informa??es voltadas ? caracteriza??o, evolu??o e conserva??o de esp?cies e estoques pesqueiros. Entre as esp?cies marinhas cujos dados citogen?ticos s?o menos conhecidos se destacam as formas pel?gicas, que apesar da import?ncia econ?mica e de esfor?os conservacionistas v?m sofrendo grande press?o da pesca artesanal e industrial. O presente trabalho caracterizou citogeneticamente seis esp?cies de grandes peixes pel?gicos no Atl?ntico, pertencentes ? Ordem Perciformes, dentre elas, quatro esp?cies de Scombridae, Thunnus albacares, T. obesus, Scomberomorus brasiliensis e Acanthocybium solandri e duas de Coryphaenidae, Coryphaena equiselis e C. hippurus utilizando m?todos citogen?ticos cl?ssicos, como colora??o convencional, bandamento C e Ag-RONs, e moleculares, atrav?s da colora??o com fluorocromos AT e GC-espec?ficos e mapeamento de fam?lias multig?nicas ribossomais 18S e 5S. A identifica??o de padr?es filogen?ticos e marcadores citotaxon?micos entre as esp?cies e a presen?a de cromossomos sexuais em pelo menos uma esp?cie de Coryphaenidae, s?o particularmente ?teis na formula??o de hip?teses filogen?ticas, bem como em compara??es entre grupos e popula??es