Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-07T14:40:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T14:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) Previous issue date: 2015-07-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho foi realizado com os objetivos de quantificar a diversidade genética entre acessos de Capim-elefante do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa (BAGCE), por meio de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, e avaliar a aptidão dos grupos Cameroon e Napier, visando pré-melhoramento genético do capim- elefante para a produção de bioenergia via combustão direta da biomassa. Utilizou-se da metodologia de modelos mistos para estimar os valores genotípicos de 100 acessos do BAGCE com base em caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, bem como avaliar a aptidão dos grupos Napier e Cameroon. Os grupos de dissimilaridade genética foram obtidos pelo método de Tocher a partir da matriz de dissimilaridade genética, obtida pela distância euclidiana média padronizada. Para quantificar a importância relativa dos caracteres para a diversidade genética, utilizou-se o método de Singh. Para a visualização da diversidade genética dentro dos grupos de dissimilaridade, utilizou-se o método hierárquico do vizinho mais próximo. Análises de correlações canônicas foram realizadas entre os grupos de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa para os grupos Napier e Cameroon. Complementarmente, utilizou-se a análise de trilha tendo-se como variável principal o poder calorífico (POC). Verificou-se que os acessos do BAGCE apresentaram maior variabilidade genética quanto aos caracteres de qualidade da biomassa em relação aos morfo-agronômicos. Os 100 acessos do BAGCE foram divididos em seis grupos de dissimilaridade genética, com potencial de uso na produção de etanol de segunda geração e combustão direta da biomassa. O grupo Cameroon apresenta em média aproveitamento térmico pela combustão da biomassa superior ao grupo Napier e, portanto, possui maior aptidão para a cogeração de energia. Para o grupo Napier o primeiro par canônico indicou que acréscimo no diâmetro do colmo (DC) resulta em redução da porcentagem de biomassa seca (%BS) e do teor de cinzas (CZ) e proporcionam incrementos no caractere POC. O segundo par canônico indica que os acessos do grupo Napier com florescimento (FLOR) mais tardio e com maior altura de plantas (ALT) são os que apresentam vimenores teores de lignina (LIG) e nitrogênio (NIT). Enquanto o terceiro par canônico sugere que plantas com o FLOR mais tardio são as que proporcionam maiores teores de CZ e menores POC. Quanto à interpretação do primeiro par canônico para os acessos do grupo Cameroon pode-se afirmar que plantas com maior ALT e maior DC apresentam menores teores de CZ e maiores valores de POC, assim como menores conteúdos de celulose/lignina (C/L). No grupo Napier, destacaram-se os caracteres DC, LIG e CZ, enquanto, no grupo Cameroon, as características ALT, DC, C/L LIG, fibra em detergente neutro (FDN) e CZ foram as principais determinantes do POC. Este trabalho é pioneiro na quantificação da diversidade genética, visando utilização do capim- elefante como insumo bioenergético e reforça a importância de ações de pré- melhoramento para elevar a cultura do capim-elefante a um patamar de destaque na diversificação sustentável da matriz energética brasileira. / This work was carried out to quantify the genetic diversity of Embrapa’s Active Germplasm Bank of Elephant grass (BAGCE), through morphoagronomic and biomass quality traits and assess the suitability of Cameroon and Napier groups, aiming pre- breeding of elephant grass for bioenergy production. For this, 100 BAGCE accessions were evaluated by morphoagronomic and biomass quality traits, in two cuts. We used the mixed model methodology to estimate the genotypic values of 100 BAGCE accessions, using morphoagronomic and biomass quality traits, and to evaluate the suitability of Napier and Cameroon groups. The genetic dissimilarity groups were obtained from Tocher method using dissimilarity matrix, obtained by standardized average Euclidean distance. To quantify the relative importance of traits to genetic diversity it was used the method proposed by Singh. To display the genetic diversity within the dissimilarity groups, we used hierarchical neighbor joining method. Canonical correlations analyses were carried out between groups of morphoagronomic and biomass quality traits, for elephant grass groups, Napier and Cameroon. In addition, we used the path analysis using as the main variable calorific value (POC). We found that the BAGCE accessions showed genetic variability superior to quality biomass than morphoagronomic traits. The 100 BAGCE accessions were distributed into six groups of genetic dissimilarity, with potential for second generation ethanol production and direct combustion of biomass. The Cameroon group has an average thermal recovery from combustion of the biomass superior than Napier group, and therefore, exhibit greater suitability to energy cogeneration. In Napier group, the first canonical pair indicates that the increase in average stalk diameter (DC) results in reduction of the percentage of dry biomass (% BS) and ash content (CZ) and increase calorific value (POC). The second canonical pair, reports that plants with late flowering (FLOR) and greater height average (ALT) are those with lower lignin content (LIG) and nitrogen (NIT). The third one, indicate that latter flowering accessions present higher values for CZ, lower POC and higher in vitro digestibility of dry biomass (DIBS). For Cameroon viiigroup, plants with higher ALT and DC have lower CZ and cellulose/lignin reason (C/L) and higher POC. Based on path analysis, we observed as main determinants of POC, in Napier group, the traits DC, LIG and CZ and ALT, DC, C/L LIG, FDN e CZ for Cameroon group. This work is pioneer in genetic diversity quantification, aimed the use of elephant grass as a bioenergy feedstock and reinforces the importance of pre- breeding to raise the elephant grass culture to a prominent level in the sustainable diversification of the Brazilian energy matrix.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-17T08:16:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 450456 bytes, checksum: 7908ee0c11628a893a9ef8b97ec1d3fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T08:16:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 450456 bytes, checksum: 7908ee0c11628a893a9ef8b97ec1d3fc (MD5) Previous issue date: 2015-08-13 / O objetivo deste trabalho foi avaliar os parâmetros genéticos e diversidade genética de Coffea canephora (grupo Robusta e Conilon) genotipados com marcadores moleculares SNPs. Os dados fenotípicos foram analisados utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP) por meio do programa Selegen. Os resultados mostraram uma baixa variabilidade genética entre os clones de Robusta e Conilon para todas as características avaliadas. Por outro lado, coeficiente de variação relativamente elevado foi observado para a maioria das características, o que implica que estas características parecem ser altamente influenciadas pela variação ambiental. A repetibilidade estimada para a maioria das características foi menor, indicando a irregularidade da superioridade dos indivíduos entre as medições para esses caracteres no caso de ambos os clones com elevada irregularidade do desempenho por meio de medição, o que demonstra que a seleção do genótipo com base nessas características é uma estratégia não confiável. Em geral, para ambos os grupos, houve baixa interação com ano, como foi observado por meio da correlação entre genótipos de medição (rgmed) para a maioria dos caracteres avaliados. Esse resultado demonstrou que a seleção pode ser realizada em qualquer fase de desenvolvimento usada para a medição. Para estudo de diversidade genética foi utilizado 46074 marcadores SNP polimórficos que cobrem todo o genoma de 50 clones de C. canephora (24 Conilon e 26 Robusta). A estimativa de similaridade genética entre cada par de indivíduos foi calculada pelo coeficiente de Jaccard e diversidade entre clones foi obtida pela construção do dendrograma pelo método UPGMA (Unweighted Pair- Group Method with Arithmetic Mean) usando o programa NTSYS pc2.1. Por meio do dendograma, os clones form dividos em seis grupos. A análise mostrou que os genótipos de C. canephora foram divididos em grupos de diversidade que podem ser usados para outros programas de melhoramento genético. / The objective of this work was to assess the genetic parameters in Coffea canephora (Robusta and Conilon groups) and to analyze the genetic diversity of C. canephora accessions, which were genotyped with SNPs molecular markers. The phenotypic data were analyzed using the mixed model methodology (REML/BLUP) through the Selegen software for estimation of genetic parameters. The results showed a low genetic variability (CVg%) among the clones of Robusta and Conilon for all the evaluated traits. On the other hand, relatively high residual coefficients of variation (CV%) for most of the traits were recorded implying that these traits seem to be highly influenced by the environmental variation. The estimated repeatability for most of the traits was lowest indicating the irregularity of the superiority of the individuals among the measurements for these characters in the case of both clones showing high irregularity of the performance across measurement, which demonstrate that genotype selection based on those traits is not reliable strategy. Generally, for both groups of clones, there was low interaction with year, as observed by the genotypic correlation across measurement (rgmed) for most of the characters evaluated demonstrating that selection can be performed at any of the development stages used for measurement. Genetic diversity was investigated using 46074 polymorphic SNP markers covering the entire genome of 50 C. canephora clones (24 Conilon and 26 Robusta). The genetic similarity between each pair of clones was calculated by the Jaccard coefficient and information about diversity among clones was inferred by means of the dendrogram built using UPGMA method (Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Mean) with the program NTSYS pc2.1. Hence, the dendrogram divided the clones into six groups. Generally, the analysis showed that the C. canephora genotypes were clearly divided into diversity groups that can be used for breeding programs.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-18T12:29:40Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 608666 bytes, checksum: bd7f054f179a70fe06a30c814a4f10d1 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T12:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 608666 bytes, checksum: bd7f054f179a70fe06a30c814a4f10d1 (MD5) Previous issue date: 2015-07-31 / Fundação de Apoio à Pesquisa / A cana-de-açúcar é uma das culturas mais importantes para a produção de açúcar e etanol e, recentemente, para a produção de biomassa. Como forma de explorar ainda mais o potencial energético da cultura, o programa de melhoramento genético da Rede Interuniversitária para o Desenvolvimento do Setor Sucroenergético (RIDESA) vem realizando novas hibridações envolvendo diferentes espécies do complexo Saccharum. Este trabalho foi desenvolvido em três partes, de acordo com as fases de seleção do programa de melhoramento da cana-de-açúcar da Universidade Federal de Viçosa (PMGCA/UFV). Na primeira objetivou-se identificar famílias superiores para a seleção visando a obtenção de clones de cana energia. Para isso foram utilizadas duas populações, uma com 15 famílias de meio-irmãos (FMI) e outra com 50 famílias de irmãos completos (FIC). Foi possível identificar quatro grupos distintos entre os clones selecionados nas FIC. A segunda parte objetivou caracterizar uma população constituída por 124 clones de cana energia com relação aos caracteres componentes da produção e de qualidade da fibra, visando identificar clones superiores para obtenção de cultivares de cana energia. Foi possível identificar clones com elevada tonelada de cana por hectare (TCH) e tonelada de fibra por hectare (TFH). Na terceira parte, foi avaliado o teor dos componentes químicos da fibra (celulose, hemicelulose e lignina) em três segmentos do colmo (terço superior, terço médio e terço inferior) e no colmo inteiro. A correlação entre teor de fibra no colmo inteiro e nas três partes do mesmo foi elevada (> 0,7) sendo superior comparada com a baixa correlação obtida (0,12 a 0,46) entre os teores de celulose, hemicelulose e lignina na cana inteira e nos três segmentos do colmo. / Sugarcane is one of the most important crops for production of sugar and ethanol, and recently, for production of biomass. As a way to explore further the energy potential of sugarcane, the Brazilian Interuniversity Network for the Development of Sugarcane Industry (RIDESA) has been carrying out new hybridizations involving different species of Saccharum complex. This study was conducted in three parts. The first purpose was to identify superior parents for selection to obtain energy cane clones. For this, we used two populations, one with 15 half-sibs families (FMI) and the other with 50 full-sib families (FIC). It was possible to identify four distinct groups among clones selected in the FIC, and the group of clones that showed high average for fiber and sucrose stood out. The second part represents the selection of clones (T2) and aimed at characterizing of a population consisting of 124 clones sugarcane components with respect to the character and quality of the production of biomass in order to identify clones to obtain superior varieties cane energy. It was possible to identify clones (UFV09251 and UFV09911) with high values for TCH (tons of cane per hectare) and TFH (tons of fiber per hectare). In the third chapter it were studied the chemical fiber components (cellulose, hemicellulose and lignin) into three segments of the stalk (superior, middle and inferior segment) and in the whole stalk. The correlation between fiber content in the entire stalk and the three segments was high (> 0.7). It was superior when is compare with the correlation (0.12 to 0.46) between the entire stalk and the three segments for cellulose, hemicellulose and lignin content.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-22T14:00:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 442843 bytes, checksum: 214b021a6cbd81302f374a561f9712ca (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T14:00:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 442843 bytes, checksum: 214b021a6cbd81302f374a561f9712ca (MD5) Previous issue date: 2015-07-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Jatropha curcas L. é a oleaginosa perene mais promissora para produção de biodiesel e bioquerosene. Contudo, pesquisas recentes revelam estreita variabilidade genética na espécie e novos estudos nesse tema são necessários para fundamentar o seu melhoramento. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre 93 famílias, cada qual representada por uma planta, por meio de cinco pares de marcadores SSR. Estas 93 famílias compõem o Banco Ativo de Germoplasma (BAG) da Universidade Federal de Viçosa (UFV). No total foram avaliados 60 pares de primers SSR, mas apenas os cinco mais polimórficos foram selecionados. Observou-se a constituição de nove grupos de diversidade pelo método UPGMA, com destaque para as famílias UFVJC 19, UFVJC 36 e UFVJC 98 que apresentaram a maior divergência genética. Pelo método de Tocher ocorreu a formação de 13 grupos, evidenciando a divergência das famílias UFVJC 18, UFVJC 36 e UFVJC 71 por suas singularidades. A variabilidade presente entre as famílias coletadas no norte de Minas Gerais suporta a hipótese da região como possível centro secundário de diversidade da espécie. Ainda que exploratória, a presente pesquisa evidenciou expressiva variabilidade genética no BAG. Este fato corrobora o acerto da estratégia de coleta das famílias do BAG-UFV, praticada com muitas plantas por família (mínimo de 16). Na implantação de outros BAGs a ênfase foi coletar maior número de acessos, porém com poucas plantas por acesso. Essa é talvez a principal razão de os estudos anteriores apontarem baixa variabilidade genética na espécie. A obtenção de novos marcadores SSR polimórficos e o processamento de análises de variabilidade dentro das famílias será a etapa seguinte da pesquisa. / Jatropha curcas L. is the most promising perennial oilseed for biodiesel and biokerosene. However, recent research reveals narrow genetic variability in the species and further studies on this topic are needed to support its genetic improvement. We evaluated the genetic variability among 93 families, each one represented by a single plant, through five primers of SSR markers. These 93 families make up the genebank of the Universidade Federal de Viçosa (UFV). In total 60 SSR primer pairs were evaluated, but only the five most polymorphic were selected. There was the establishment of nine clusters of diversity by using UPGMA method. Families UFVJC 19, UFVJC 36 and 98 had the highest genetic diversity. A total of 13 clusters were formed by using Tocher method, with the families UFVJC 18, UFVJC 36 and UFVJC 71 as the most divergent. This variability among families collected in northern Minas Gerais state supported the hypothesis of the region as putative secondary center of diversity of the species. Although exploratory, the present research showed significant genetic variability in UFV genebank. This fact confirms the correctness of the collection strategy of UFV genebank families, practiced with many plants per family (minimum of 16). In the implementation of other genebanks the emphasis was to collect more accessions, but with few plants for accession. Perhaps this is the main reason previous studies suggest low genetic variability in species. Obtaining new polymorphic SSR markers and processing variability analysis within families are the next step of the research.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-13T18:55:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 296742 bytes, checksum: 7ef3064cf1913f8cbb90efeeca8c6daa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T18:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 296742 bytes, checksum: 7ef3064cf1913f8cbb90efeeca8c6daa (MD5) Previous issue date: 2004-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da UFV mantém cerca de 870 acessos do gênero Lycopersicon, muitos deles ainda não caracterizados. Este trabalho teve como objetivo realizar a análise morfológica e molecular de acessos de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) do BGH, visando melhor caracterizá-los e também identificar possíveis acessos duplicados dentro da coleção. Na caracterização morfológica foram avaliados oito caracteres da morfologia floral em 200 flores de 41 acessos de tomateiro. Para a análise molecular, os mesmos acessos foram caracterizados com 30 primers RAPD e 24 combinações de primers AFLP. A divergência genética foi estudada por meio dos métodos de agrupamento hierárquico do vizinho mais próximo e de otimização de Tocher, e através do método de variáveis canônicas. Foi também determinada a contribuição relativa de cada característica para a divergência entre os acessos. Os acessos apresentaram considerável variabilidade, tanto para os caracteres morfológicos como para os moleculares. No entanto, não houve concordância entre os resultados obtidos pelas duas análises. Pelo método hierárquico do vizinho mais próximo, o acesso 17 foi o mais divergente pela análise morfológica, enquanto que o acesso 16 foi o que mais divergiu dos outros acessos, pela análise molecular. Considerando um limite de distância genética relativa de 35%, os acessos se agruparam em 13 grupos pela análise morfológica e em 26 grupos pela análise molecular. A divergência genética observada entre os acessos de tomateiro foi quantificada pelas quatro primeiras variáveis canônicas, que explicaram 84,88% da variação total. Os caracteres morfológicos, em ordem decrescente de importância para a determinação da divergência genética foram: comprimento de sépalas, comprimento de filete, comprimento de estilete, diâmetro de estigma, comprimento de antera, número de lóculos, comprimento de pétalas e diâmetro de ovário. Não houve relação entre a origem geográfica dos acessos e a sua diversidade genética, considerando a caracterização morfológica e molecular. Os dados indicam que não existe material duplicado entre os acessos caracterizados. / The Universidade Federal de Viçosa Vegetable Germoplasm Bank (VGB) maintains about 870 accesses of the genus Lycopersicon. Many of them have not been characterized yet. This work aimed to analyze at the morphological and molecular levels tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) accesses of the VGB, seeking to better characterize them and to identify possible duplicated accesses in the collection. For the morphological characterization eight characters related to the floral morphology in 200 flowers of 41 accesses were determined. For the molecular analysis, the same accesses were characterized with 30 RAPD primers and 24 AFLP primer-combinations. The genetic distances among the accesses were determined and used to group the accesses through various clustering methods. The accesses presented considerable variability, both morphologically and at the molecular level. However, there was no agreement between the results obtained by the two types of analysis. Access number 17 was the most divergent based on the morphological data, while access number 16 was what most divergent by the molecular analysis. Considering a limit of relative genetic distance of 35%, the accesses grouped in 13 groups by the morphological analysis and in 26 groups by the molecular analysis. The genetic divergence observed among the tomato accesses was quantified by the first four cannonical variables, which explained 84.88% of the total variation. The morphological characters, in decreasing order of importance for the determination of the genetic divergence were: length of sepals, filament length, style length, stigma diameter, anther length, locule number, length of petals and ovary diameter. There was no relationship between the geographical origin of the accesses and their genetic diversity, considering both morphological and molecular characterization. The data indicate that material there are no duplicated access among the material analyzed. / Dissertação importada do Alexandria

O trevo branco (Trifolium repens L.) é uma das mais importantes leguminosas forrageiras de regiões temperadas do mundo, sendo uma das espécies mais utilizadas em pastagens durante o inverno e primavera no Rio Grande do Sul, mas que apresenta problemas de persistência, principalmente no verão, devido às altas temperaturas e à baixa disponibilidade de água nesse período. O objetivo desse trabalho foi analisar a diversidade genética entre os acessos da coleção nuclear de trevo branco proveniente do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA) através de marcadores isoenzimáticos e microssatélites, além de avaliar o efeito da disponibilidade hídrica (90 e 50% da umidade de capacidade de campo do solo) sobre características morfofisiológicas de uma subamostra da coleção. Os acessos foram analisados através de 18 bandas isoenzimáticas (esterase) e nove locos microssatélites (SSR), os quais foram eficientes para detectar a alta diversidade genética existente entre os acessos. Um total de 70 fragmentos de microssatélites foram analisados, obtendo-se uma média de 7,8 alelos por loco e um conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) variando de 0,26 a 0,86, com média de 0,67. A distância genética média através do coeficiente de Nei para os dados de esterase foi 0,73, variando de 0 a 1,79, evidenciando cinco grupos formados para os 47 acessos analisados, enquanto que para os SSR a distância média foi de 0,68, variando de 0,18 a 2,25, classificando os 81 acessos em sete grupos. Em relação à tolerância à seca, verificou-se interação genótipo x nível de água para 12 das 23 variáveis medidas na primeira avaliação e 19 das 32 variáveis analisadas na segunda. Os acessos que se destacaram sob déficit hídrico foram o 75 e o 74, os quais triplicaram e dobraram, respectivamente, a eficiência do uso da água, apresentando maior média de comprimento de entrenós e conseqüentemente, maiores produções de matéria seca de parte aérea. Portanto, esse trabalho representa uma contribuição no estudo da variabilidade genética e na caracterização dos acessos que compõem a coleção nuclear da espécie, tanto através de marcadores bioquímicos e moleculares, como através de marcadores morfofisiológicos sob condições de estresse hídrico. / White clover (Trifolium repens L.) it is one of the most important forage legumes in temperate regions of the world, being one of the most used species in pastures during the winter and spring in Rio Grande do Sul, which has persistence problems, mainly in the summer, due to the high temperatures and the low water availability in that period. The work was aimed to analyze the genetic diversity among the accessions from the white clover core collection obtained from the United States Department of Agriculture (USDA) through isozymes and microsatellite markers, besides evaluating the effect of water availability (90 and 50% of the soil moisture field capacity) on morphophysiological traits of a sample of the collection. The accessions were analyzed through 18 isozyme bands (esterase) and nine microsatellites loci (SSR), which were efficient to detect the high existent genetic diversity among the accessions. A total of 70 SSR fragments was analyzed, obtaining an average of 7,8 alleles per locus and, a PIC varying from 0,26 to 0,86, with average of 0,67. The medium genetic distance through Nei's coefficient for the esterase data was 0,73, varying from 0 to 1,79, evidencing five groups formed for the 47 analyzed accessions, while for SSR the medium distance was 0,68, varying from 0,18 to 2,25, classifying the 81 accessions in seven groups. In relation to drought tolerance, there was interaction genotype x level of water for 12 of the 23 measured variables in the first evaluation, and 19 of the 32 variables analyzed in the second. The best accessions under water deficit were 75 and 74, which triplicate and double, respectively, the water use efficiency, showing larger internodes length and consequently larger productions of MSPA. Therefore this work represents a contribution to the study of the genetic variability and to the characterization of the accessions of the core collection of the specie, through biochemical and molecular markers, as well as through morphophysiological markers under water stress conditions.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O HIV-1 possui uma importante diversidade genética. Essa diversidade decorre das limitações de fidelidade da transcriptase reversa durante a replicação, acentuada pela alta capacidade de geração e pelo rápido turnover viral. A transcrição reversa é um evento crucial do ciclo de vida viral e pode sofrer a influência de diversos fatores, como, por exemplo, o estado de ativação celular e a concentração de deoxrribonucleotídeos. A redução da variabilidade e tamanho das populações quasispecies, como as que acontecem durante a transmissão do HIV-1, coloca em risco a sua sobrevivência. A proposta deste estudo foi analisar a geração da diversidade genética após um ciclo único de replicação usando partículas virais pseudotipadas com envelopes R5 e X4 do HIV-1 em cultivo celular. Para tanto, PBMCs de indivíduos saudáveis foram estimuladas com fitohemaglutinina antes e durante infecção. Células em repouso também foram infectadas. Quarenta e oito clones provirais foram obtidos por End Point-PCR para cada condição. Em seguida, um fragmento de 1050pb do gene pol foi seqüenciado para todos os clones. As mutações acumuladas em um evento único de transcrição viral foram analisadas e comparadas com a seqüência do HIV-1 presente no inóculo original (tempo zero). Os resultados mostraram uma alta taxa de substituições em todas as condições de cultura e a existência de contextos comuns entre as seqüências onde ocorrem as substituições, destacando-se as regiões 200 a 350pb, 400 a 650pb, 750 a 800pb e 950 a 1025pb no grupo R5 e as regiões 375 a 525pb, 600 a 650pb e 775 a 975pb no grupo X4. Nestas regiões, o processo mutacional é intenso, os eventos que mais ocorrem são as transições e as substituições mais freqüentes são as de G para A e de T para C. A taxa mutacional encontrada foi de 2,0 x 10-3 /nt/ciclo no grupo R5 e 1,07 x 10-3 /nt/ciclo no grupo X4, valores muito acima dos comumente encontrados. A distribuição dos sítios onde ocorrem as mutações é influenciada pelo estágio de ativação em que as células alvo se encontram no momento da infecção, com regiões mais sujeitas a variação em segmentos de sequência quando as células estão ativadas. A maior diversidade encontrada no grupo R5 indica um papel importante desta variante viral no estabelecimento da infecção. Esse aumento brusco na diversidade genética viral pode fazer parte de uma estratégia do vírus em recuperar parte diversidade genética perdida na população durante os eventos de transmissão. / HIV-1 has an important genetic diversity that results from the rapid viral turnover rate and from reverse transcritase errors during viral DNA synthesis. Reverse transcription is a crucial step during HIV-1 replication cycle and its accuracy depends on balanced cellular dNTP pools. HIV-1 populations correspond to an organized swarm of mutants named quasispecies. If a quasispecies population goes throught transmission genetic bottlenecks and looses its best adapted variants, the fitness of the entire population is reduced. In the present work we studied the HIV-1 genetic diversity generated after a single replication cycle using CCR5 and CXCR4 pseudotyped particles in cell culture. Resting PBMCs from healthy donors were stimulated with PHA before and during HIV-1 infection. Resting PBMCs were also infected. 48 proviral DNA clones were obtained by End Point-PCR from each infected culture. A 1050pb fragment from pol was sequenced from all clones. All sequences were compared to the original sequence at time 0 and mutations introduced after a single replicartion cycle were tabulated. Observed mutations were not uniformly distributed occurring more frequently between the nucleotide 200 and 350, 400 and 650pb, 750 and 800pb and 950 and 1025pb in R5 pseudotypes and between the nucleotide 375 and 525pb, 600 and 650pb and 775 and 975pb in X4 pseudotypes. G to A and T to C transitions were the most frequent substituition type. The calculated mutational tax was 2,0 x 10-3 /nt/cycle for R5 virus and 1,07 x 10-3 /nt/cycle for X4. Both mutational taxes were higher than the ones currently described for HIV-1. The distribution of sites where mutations occur is influenced by the cellular activation status with mutations clustering in sequence segments in activated cells. R5 pseudotypes accumulated more variation than X4 virus, suggesting that R5 virus host colonization soon after transmission may be a part of a HIV-1 strategy to recuperate the genetic diversity reduction during the transmission bottleneck / FAPESP: 06/51495-6 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-05-05T20:04:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Khétrin Silva Maciel.pdf: 1332177 bytes, checksum: 3bfa6da182643aaf82937438c1ae4e48 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-08-17T19:11:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Khétrin Silva Maciel.pdf: 1332177 bytes, checksum: 3bfa6da182643aaf82937438c1ae4e48 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-17T19:11:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Khétrin Silva Maciel.pdf: 1332177 bytes, checksum: 3bfa6da182643aaf82937438c1ae4e48 (MD5) Previous issue date: 2015-02 / O maracujazeiro pertence à família Passifloraceae e ao gênero Passiflora que é o mais importante economicamente. Altitudes entre 100 a 900 m são indicadas para o plantio do maracujazeiro e estudos sobre localizações geográficas distintas possibilitam expressões do genótipo, influenciadas pelas condições ambientais. O gradiente altitudinal influencia a distribuição da variação genética dentro e entre populações de plantas e a diversidade genética muda com a altitude. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade fisiológica de sementes e a diversidade genética de maracujazeiros cultivados em diferentes altitudes do Espírito Santo. Para avaliação da qualidade fisiológica das sementes, os frutos de Passiflora spp. maduros foram colhidos em pomares localizados em altitudes baixa (0-100 m), média (>100 até 600 m) e alta (>600 m) de diferentes municípios do Espírito Santo. Os tratamentos pré-germinativos nas sementes foram: T1- escarificação física, feita manualmente com lixa d´água nº 120; T2- tratamento com ácido giberélico (GA3) na concentração de 500 mg L-1 com embebição por 24 horas e T3- sementes sem escarificação realizados nas sementes em laboratório e em casa de vegetação. Foi avaliado o envelhecimento acelerado tradicional, envelhecimento acelerado com saturação salina e deterioração controlada em sementes de maracujá amarelo sem escarificação localizado em alta altitude e as condições que apresentaram menor deterioração das sementes para aplicação às demais espécies e altitudes com os respectivos tratamentos pré-germinativos que apresentaram maiores valores de germinação e vigor em laboratório e em casa de vegetação. Assim, para as sementes do maracujá amarelo utilizou-se o tratamento sem escarificação, para sementes de maracujá roxo, a escarificação física e para as sementes de maracujá doce, o tratamento com ácido giberélico. O teste de envelhecimento acelerado com saturação salina a 43 ºC por 72 horas e deterioração controlada a 25% de umidade expostas por 24 horas diferencia as espécies nas diferentes altitudes. Sementes de maracujá amarelo e sementes localizadas em alta altitude apresentam qualidade fisiológica superior. Para a avaliação da diversidade genética foram utilizadas folhas jovens de cinco plantas matrizes de Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Degener, P. edulis Sims e P. alata Curtis cultivadas em três altitudes (baixa, média e alta) do Espírito Santo. Para SSR foi encontrado baixo número de alelos, alta heterozigosidade esperada e altos valores de PIC e para a análise ISSR detectou um elevado número de bandas por primer e alto polimorfismo. Há maior similaridade genética entre P. edulis f. flavicarpa Deg. e P. edulis. Passiflora alata apresenta maior distância genética em relação às espécies. As populações de baixa altitude se diferenciam das demais independente da espécie e do marcador utilizado. / The passion fruit belongs to the Passifloraceae family and genus Passiflora that is the most important economically. Altitudes between 100-900 m are recommended for planting the passion and studies on different geographical locations allow expressions of genotype influenced by environmental conditions. The altitudinal gradient influences the distribution of genetic variation within and between populations of plants and genetic diversity changes with altitude. This study aimed to evaluate the physiological quality of seeds and genetic diversity of passion fruit grown at different altitudes of the Espírito Santo. To evaluate the physiological quality of seeds, Passiflora spp fruit mature were harvested from orchards located in low altitudes (0-100 m), medium (> 100 to 600 m) and high (> 600 m) of different municipalities of the Espírito Santo. The pre-germination treatments were: T1-physical scarification done manually with water sandpaper nº 120; T2- treatment with gibberellic acid (GA3) at a concentration of 500 mg L-1 with soaking for 24 hours and T3- seeds without scarification performed in seeds in the laboratory and greenhouse. We evaluated the traditional accelerated aging, accelerated aging with salt saturation and controlled deterioration in yellow passion fruit seeds without scarification located at high altitude and conditions showed less deterioration of seed for application to other species and altitudes with their pre-germination treatments had higher germination and vigor values in laboratory and greenhouse. Thus, to the seeds of passion fruit was used treatment without scarifying to purple passion fruit seeds, physical scraping and the fresh passion fruit seed treatment with gibberellic acid. The accelerated aging test with saline saturation at 43 °C for 72 hours and controlled deterioration to 25% humidity for 24 hours exposed different species at different altitudes. Passion fruit seeds and high altitude located seeds have higher physiological quality. For the assessment of genetic diversity young leaves were used five mother plants of Passiflora edulis Sims f. flavicarpa, P. edulis Sims and P. alata grown in three heights (low, medium and high) of the Espírito Santo. SSR was found low number of alleles, heterozygosity was high and high PIC values and the ISSR analysis revealed a large number of bands per primer and high polymorphism. There is greater genetic similarity between P. edulis f. flavicarpa and P. edulis. Passiflora alata has greater genetic distance for the species. The lowland populations differ from other independent of the species and the marker used.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:13Z : No. of bitstreams: 1 000858208.pdf: 1878847 bytes, checksum: 8f6fdef99db08464121bfbaeb6e2b589 (MD5) / A espécie Baccharis dracunculifolia pode ser utilizada na recuperação de áreas degradadas e antropizadas por atividades agrícolas além de proporcionar diversos benefícios à saúde, todavia não existem bancos de germoplasma de sementes e mudas para atender a esta demanda, o que poderá acarretar na exploração inadequada da espécie como aconteceu à Baccharis trimera. Dentro desse contexto, a finalidade deste trabalho é a de fornecer subsídios para a exploração sustentada da espécie, bem como, o desenvolvimento do melhoramento genético para produção de óleo essencial e para a formação de um banco de germoplasma de sementes com ampla variabilidade genética. Os materiais vegetais utilizados para este estudo foram divididos em dois grupos, foram coletadas, num gradiente altitudinal, plantas de populações naturais em Campos do Jordão, Ubatuba, e Campinas. Encontrou-se 56 constituintes na composição do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, das populações naturais estudadas nos anos de 2012 e 2013, sendo, somente, oito constituintes comuns a todas as populações, o composto transnerolidol foi a substância majoritária para todas as populações (variando de 21,6 a 40,8%), Essas populações estão bem estruturadas quimicamente sugerindo que há a influência da altitude, em especial para os compostos químicos das populações de Campos do Jordão. No outro grupo, foi um teste de procedências e progênies instalado no CPQBA/UNICAMP, no qual se avaliou a produtividade de óleo essencial extraído por destilação por arraste a vapor d'água e massa fresca de da parte aérea para as estimativas de parâmetros genéticos, o rendimento variou de 0,1% a 0,3% e, não foram observadas diferenças significativas entre as médias. A produtividade do óleo essencial em ... / The Baccharis dracunculifolia species can be used in the recovery of deforested areas and disturbed by agricultural activities in addition to providing many health benefits, but there are no germplasm collections of seeds and seedlings to meet this demand, which may result in inadequate exploitation of the species as it happened to Baccharis trimera. In this context, the purpose of this work is to provide subsidies for the sustainable exploitation of the species, as well as the development of genetic improvement for essential oil production and the formation of a germplasm bank of seeds with wide genetic variability. The plant materials used for this study were divided into two groups, were collected in an altitudinal gradient, plant natural populations in Campos do Jordão, Ubatuba, and Campinas. 56 constituents were found in the essential oil composition, extracted by hydrodistillation, natural populations studied in the years 2012 and 2013, with only eight constituents common to all populations, the trans-nerolidol compound was the major substance for all populations (ranging from 21.6 to 40.8%), These populations are well structured chemically suggesting that there is the influence of altitude, especially for the chemical compounds of the population of Campos do Jordão. In the other group, it was a test provenances and progenies installed in CPQBA/UNICAMP, in which it evaluated the essential oil yield extracted by distillation by steam distillation of water and fresh mass of shoots for the estimation of genetic parameters, the yield ranged from 0.1% to 0.3%, and no significant differences were observed between the averages. The yield of essential oil kg/1000 m2 on average, ranged from 13 to the population of Campinas 15 for the population of Ubatuba. The characteristic of weight, on average, the progeny was higher for the population of Campinas (1.6 kg), followed by Ubatuba ...

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:14Z : No. of bitstreams: 1 000858227.pdf: 2229250 bytes, checksum: 18f759cccd6aa5b7d7f729d06fcc14ec (MD5) / A espécie Baccharis dracunculifolia, popularmente conhecida como vassoura ou alecrim-do-campo, é amplamente utilizada na medicina caseira. A infusão de suas folhas é empregada para problemas hepáticos, disfunções estomacais e como anti-inflamatória. Estudos de literatura relatam o uso medicinal e religioso do alecrim-do-campo comercializado em mercados e feiras livres no Rio de Janeiro, assim como a utilização das folhas para feridas e o uso dos ramos, em decocto, como antifebril. Este trabalho objetivou a caracterização da composição química do óleo essencial e diversidade genética da Baccharis dracunculifolia D.C. (Asteraceae) nativa do bioma Cerrado. Foram coletados, em media, 30 indivíduos em quatro populações naturais, sendo uma em Botucatu, estado de São Paulo, uma em Delfinópolis, no estado de Minas Gerais e duas em Dourados e Itahum, estado de Mato Grosso do Sul. A composição química do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, foi analisada por meio de cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas. As substâncias majoritárias dos acessos coletados foram trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacreno-D, trans-cariofileno, limoneno, α-pineno, β-mirceno, delta-cadineno, β-pineno e espatulenol. Esses componentes perfizeram uma média geral de 80,97% da composição química dos óleos essenciais nas quatro localidades. De acordo com a análise dos resultados a substância trans-nerolidol foi a que mais se destacou dentre os compostos presentes no óleo essencial da B. dracunculifolia em todas as populações. Entretanto, os acessos coletados em Itahum tiveram como componente principal o espatulenol seguido do trans-nerolidol. O estudo da diversidade ... / The species Baccharis dracunculifolia, popularly known as rosemary-of-field, is widely used in folk medicine. The form of infusion of its leaves is used for liver problems, stomach disorders and as anti-inflammatory. Studies have reported the use of medical and religious rosemary-of-field sold in markets and fairs in Rio de Janeiro, as well as the use of leaves for wounds and the use of branches as decoction as antipyretic. This study aimed to characterize the chemical composition of essential oils and genetic diversity of native species B. dracunculifolia DC (Asteraceae) in the Cerrado biome. Were collected, on average, 30 individuals from four natural populations, one in Botucatu, in the state of São Paulo, a city of Delfinópolis in the state of Minas Gerais and two in Dourados and Itahum, state of Mato Grosso do Sul. The chemical composition of essential oil extracted by hydrodistillation, was analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometer. The majority of accessions collected substances were trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacrene-D, trans-caryophyllene, limonene, α-pinene, β-myrcene, delta-cadinene, β-pinene and spathulenol. These components amounted to an overall average of 80.97% of the chemical composition of essential oils in four locations. According to the analysis results of the substance trans-nerolidol was the most outstanding among which the present compounds in the essential oil of the species B. dracunculifolia in all populations. However, the accessions were collected in Itahum spathulenol as major components followed by the trans-nerolidol. The study of genetic diversity was performed by analyzing the DNA polymorphism using microsatellite markers. Five microsatellite loci were tested for the species revealed 48 alleles for the four populations ...