Submitted by PPG Zoologia (zoologia-pg@pucrs.br) on 2017-11-06T16:56:21Z No. of bitstreams: 1 Rhaysa_Trindade_mestrado.pdf: 2742098 bytes, checksum: 19939cbcdcc6b11f6b5b3f38d6a23609 (MD5) / Rejected by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br), reason: Devolvido devido ? falta da folha de rosto (p?gina com as principais informa??es) no arquivo PDF, passando direto da capa para o sum?rio. on 2017-11-17T11:11:23Z (GMT) / Submitted by PPG Zoologia (zoologia-pg@pucrs.br) on 2017-11-22T10:45:36Z No. of bitstreams: 1 RhaysaTrindade_mestrado.pdf: 1690881 bytes, checksum: b3cc134ae387722f8b629ef36bd49b9a (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-12-01T10:55:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RhaysaTrindade_mestrado.pdf: 1690881 bytes, checksum: b3cc134ae387722f8b629ef36bd49b9a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T11:03:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RhaysaTrindade_mestrado.pdf: 1690881 bytes, checksum: b3cc134ae387722f8b629ef36bd49b9a (MD5) Previous issue date: 2016-09-01 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Contact zones between Alouatta caraya and A. guariba clamitans with mixed groups has been recently documented and hybridization was inferred by the presence of individuals with mixed morphological patterns. Here we sequenced thousands of ultraconserved elements in noninvasive fecal samples within a hybrid zone and from adjacent populations from both species and characterize 3302 polymorphic sites. We found several F1 hybrids in a narrow contact zones, derived from both combinations of parents, but also found evidence of hybrids in the A. g. clamitans zone that likely originated from serial backcrosses of hybrid males with purebred A. g. clamitans females. There is no evidence of any maternal (mtDNA) introgression, and only two female F1 hybrids were found, therefore female F1 hybrids seem inviable or infertile. On the other hand, we found bidirectional introgression of the Y-chromosomes at least tens of kilometers away from both sides of the contact zone, in otherwise apparently purebred individuals, indicating a not recent introgression mediated by males. / Zonas de contato, com presen?a de bandos mistos, entre Alouatta caraya e Alouatta guariba clamitans, tem sido recentemente documentada e a hibrida??o foi inferida pela presen?a de indiv?duos com padr?es morfol?gicos mistos. Neste estudo n?s sequenciamos milhares de regi?es ultra conservadas em amostras n?o-invasivas de fezes dentro de uma zona hibrida e de popula??es adjacentes das duas esp?cies e caracterizamos 3302 s?tios polim?rficos. N?s encontramos h?bridos F1 limitados a zona de contato, derivados das duas combina??es de parentesco, mas tamb?m encontramos evid?ncia de h?bridos na zona de A. g. clamitans originados de retrocruzamentos por v?rias gera??es de h?bridos com indiv?duos provavelmente puros de A. g. clamitans. N?o existe evid?ncia de nenhum introgress?o maternal (mtDNA), e somente duas f?meas hibridas F1, ent?o f?meas hibridas F1 parecem ser invi?veis ou inf?rteis. Por outro lado, encontramos introgress?o bidirecional do cromossomo Y a pelo menos dezenas de quil?metros al?m da zona de contato em ambos os lados, em indiv?duos sem outro sinal de introgress?o, sinalizando uma introgress?o antiga mediada pelos machos.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5012.pdf: 1905383 bytes, checksum: a0998ff6fc2a6a32283393c52fcdd06f (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Landscape fragmentation and habitats loss caused by human activities have led to a decline cougar populations (Puma concolor). Delimiting populations and establish rates of migration between them is essential to understanding its dynamics and therefore planning conservation measures. The present study propose to use molecular techniques with noninvasive samples to evaluate the status of a population of P. concolor inhabiting in a patch of 32km2 of São Paulo State. The population size was of 6 individuals and its density ranged between 4.6 and 1.8/100km2. In addition, this population was analyzed together with other individuals of P. concolor collected in the northeast region of the state. Bayesian clustering methods were used to identify genetic populations, and Bayesian multilocus genotyping method to estimate migration rates, in order to determinate possible source-sink dynamics. Finally, two subpopulations separated by the highway SP-310 were identified. The results showed that the subpopulation located on the east of the highway behaved as source population and the another one found on west as a sink. Future researches of P. concolor populations must aim to determinate the populations structures and thereby facilitate the establishment of effective action plans for the conservation of the species. / A contínua fragmentação e perda de habitats ocasionados pela ação humana têm levado ao declínio de populações de onça-parda (Puma concolor). Delimitar as populações, e estabelecer as taxas de migração entre elas é essencial para entender a dinâmica populacional e, consequentemente, planejar medidas conservacionistas. No estudo foram utilizadas técnicas moleculares com amostras não invasivas para avaliar uma população de P. concolor em um fragmento de cerrado de 32km2 no estado de São Paulo, o qual apresentou um tamanho populacional de 6 indivíduos e uma densidade que variava entre 4,6 e 1,8/100km2. Adicionalmente, esta população foi analisada em conjunto com outros indivíduos de P. concolor coletados na região nordeste do estado. O método de cluster Bayesiano foi utilizado para o estabelecimento de populações genéticas, e o método Bayesiano de genótipos multiloci para estimar as taxas de migração a fim de determinar uma possível dinâmica fontesumidouro. Finalmente, foram identificadas duas subpopulações, que tinham com barreira a rodovia SP-310. A partir dos resultados constatou-se que a subpopulação localizada ao leste da rodovia se comportava como população fonte e a subpopulação ao oeste como sumidouro. Futuras pesquisas acerca populacionais de P. concolor deverão visar a determinação da estrutura populacional e desse modo favorecer o estabelecimento de planos de ação eficientes para a conservação da espécie

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-04Bitstream added on 2014-06-13T20:14:40Z : No. of bitstreams: 1 mantellatto_amb_me_jabo.pdf: 1226641 bytes, checksum: c169087a2c251650d718092c5eeab5ad (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O veado-campeiro (Ozotoceros bezoarticus) é uma das oito espécies de cervídeos reconhecidas no Brasil. Efeitos das atividades de caça, introdução de animais domésticos, destruição, fragmentação e alteração na qualidade do habitat são causas potenciais de ameaças às populações dessa espécie, sendo que a população existente no Pantanal é a mais significativa da espécie. Estudos a respeito da estrutura social do veado-campeiro são escassos e, além disso, a literatura apresenta questões controversas e outras em aberto. Dentro desse contexto, o presente projeto de pesquisa teve como objetivo analisar a estrutura social da população de veadoscampeiro na região central do Pantanal (MS, Brasil). Para tanto, 12 fêmeas foram marcadas com radiotransmissores, e utilizadas como animal focal para a observação da constituição de seus grupos. Amostras de fezes de integrantes do grupo dessas fêmeas foram coletadas mensalmente durante o período de 1 ano. O DNA das amostras de fezes foi extraído e amplificado por meio de iniciadores para seis regiões microssatélites. As análises permitiram acessar o nível de proximidade genética entre os animais que formavam cada grupo, sendo que o grau de parentesco foi significativo entre quatro fêmeas marcadas e seu respectivo grupo, devido, principalmente, a permanência de seus filhotes até o nascimento de um novo indivíduo em seu agrupamento. Para as demais fêmeas e análises realizadas, foi verificado que o grau de parentesco entre os animais não foi significativo. Esse fato contribui com a manutenção da diversidade genética da população, sendo que, a conservação do ambiente no qual estes animais estão inseridos é uma premissa para que o comportamento social dessa espécie se mantenha ao longo dos anos / The pampas deer (Ozotoceros bezoarticus) is onde of eight recognized species of deer in Brazil. Effects of hunting, introduction of livestock, destruction, fragmentation and change in habitat quality are potential causes of threats to populations of this species, and the existing population in the Pantanal is the most significant in our country. Studies on the structure social pampas deer are scarce and, moreover, the literature presents controversial issues and other open. Within this context, this research project aimed at analyzing the social structure of population of pampas deer in the central region of the Pantanal (MS, Brazil). To this end, 12 females were marked with radio tranmitters, and used as focal animal for observation of the groups. Stool samples from members of 11 groups were collected monthly during period of one yaer. The DNA from stool samples was extracted and amplified using primers for six microsatellite regions. The analysis allows to access the level of genetic proximity between the animals that made up each group, and the degree of kinship was significant in four marked females and their respective group, due to mainly stay in their young until the birth of a new individual in their group. For the other females and analyzes it was found that the degree of relatedness among the animals was not significant. This contributes to maintaining the genetic diversity of the population, and the conservation of the environment in which these animals are inserted is a premise for the social behavior of this species is maintained over the years

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3201.pdf: 3354953 bytes, checksum: bdc5334c7fcd85bffa2127f4aed40ef4 (MD5) Previous issue date: 2010-07-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / The northeast area of São Paulo state was originally covered by cerrado and semideciduous forest, but for the last two centuries, it has experienced distinct cycles of human exploitation of its fertile soils. Despite of intensive human activities, large habitat loss and fragmentation of the native vegetation cover, pumas (Puma concolor) still inhabit remnant habitat fragments in the northeastern area of the state. In this study, by using fecal DNA and molecular markers, we investigated demographic and genetic issues on pumas to aggregate basic information for conservation efforts to maintain long term viable subpopulations of this toppredator in the region. Between 2004-2008, we identified 17 animals (13 females and four males) inhabiting two of the last natural refuges in the area; five females represented resident adults indicating that both refuge areas may act as a source of individuals in the landscape. Only three animals did not exhibit any degree of relatedness, and we found evidence of philopatry, behaviour already described in North American populations. By using mark-recapture-DNA-based methods, we estimated a density of 9.36 ± 2.54 animals/100 km2 inside and surrounding these areas (~260 km2), the largest density estimate for this species reported in the literature. The high abundance may reflect an absence of direct competitors, as well as large prey availability and absence of similar high quality patches in the matrix; mainly females tend to tolerate higher home-range overlap when many resources are available. Considering that pumas may disperse throughout the matrix, we quantified aspects that will probably have influence on the species viability in the area, such as roadkills (11; 10 males and one female) and puma-human conflicts (six events). Especially male pumas tend to disperse long distances from their natal area to occupy new home-ranges, avoiding inbreeding and maintaining high levels of gene flow. Thus, to qualify the dispersers movement success, in a higher geographic scale, we sampled 37 pumas and tested the hypothesis of lack of genetic structure among the natural areas in the region. We observed that pumas in the northeast area of São Paulo state constitute a single population, have high levels of genetic diversity (HE=0.79; mean of 10 alleles per locus) and are related to each other. We also found evidence of a recent bottleneck event in this 10 population. In spite of the huge landscape transformation in consequence of human activities, we concluded that pumas still maintain some levels of gene flow among the protected areas of the study area larger than 2,000 ha and more than 70 km distant one from another, so conservation efforts should be concentrated on the maintenance of this flow. We recommend that puma management should be conducted at the landscape level by increasing habitat connectivity, such as, (1) creating new protected areas; (2) applying an alternate cutting approach in eucalyptus plantations; (3) maintaining habitat patches in private properties; (4) creating structures to allow highway crossing of pumas; (5) designing educational actions to change community perception of large carnivores. / A região nordeste do estado de São Paulo era originalmente coberta por savanas e floresta semi-decídua, mas durante dois séculos passou por diversos ciclos de exploração de seus solos férteis. Apesar da grande perda de hábitats naturais e da fragmentação da vegetação remanescente em conseqüência de atividades agrícolas, algumas espécies de grandes carnívoros, como a onça-parda (Puma concolor), ainda persistem na região. Nesse trabalho, utilizando como ferramentas o DNA fecal e marcadores moleculares, procuramos agregar informações demográficas e genéticas da população de onças-pardas presente na região nordeste do estado de São Paulo a fim de contribuir para a persistência em longo prazo dessa espécie na região. Durante os anos de 2004 e 2008, identificamos 17 animais (13 fêmeas e quatro machos) ocupando dois dos últimos refúgios naturais da região; dentre estes, reconhecemos cinco fêmeas residentes adultas sugerindo que esses refúgios atuam como uma área fonte de indivíduos na paisagem. Com exceção de três indivíduos, todos os animais amostrados eram em algum grau aparentados e observamos ainda, evidências de filopatria, comportamento já descrito em populações da América do Norte. Por meio da aplicação de modelos de marcação e recaptura, estimamos uma densidade de 9.36 ± 2.54 animais/100 km2 no interior dessas áreas e entorno próximo (~260 km2), a mais alta densidade já descrita na literatura para a espécie. O grande número de animais concentrados nessas áreas provavelmente está relacionado à ausência de competidores diretos, bem como à grande disponibilidade de presas e à ausência de hábitats de qualidade similar na região; especialmente fêmeas tendem a tolerar maior sobreposição de territórios quando há grande disponibilidade de recursos. Considerando que onças devem migrar ao longo da matriz a partir dessas áreas, quantificamos aspectos que poderão vir a ter grande influência na viabilidade da espécie na região nordeste do estado e que exigem ações mitigatórias, como atropelamentos em rodovias (11; 10 machos e uma fêmea) e conflitos entre esses animais e atividades humanas (seis eventos). Onças-pardas, principalmente os machos, são animais que dispersam longas distâncias a partir de sua área natal para ocupar novos territórios, evitando o endocruzamento e 8 mantendo altos níveis de fluxo gênico. Desse modo, a fim de qualificar o sucesso de movimentos de dispersão das onças entre diferentes manchas de hábitat, em uma escala geográfica maior, amostramos 37 animais e testamos a existência de estruturação genética na região. Observamos que as onças-pardas que ocupam a região nordeste do estado constituem uma única população, possuem altos níveis de diversidade genética (HE=0.79; média de 10 alelos por loco), são em sua grande maioria relacionadas entre si, e detectamos ainda, evidências de gargalo populacional. Apesar da intensa transformação da paisagem em decorrência das atividades humanas, concluímos que ainda é mantido um fluxo gênico entre as Unidades de Conservação com mais de 2,000 ha da região e mais de 70 km distantes umas das outras, e que ações conservacionistas devem ser baseadas na manutenção desse fluxo. Considerando os resultados obtidos, sugerimos que o manejo da espécie deve ser conduzido em uma escala de paisagem visando o aumento da conectividade entre hábitats a partir (1) da criação de novas áreas protegidas; (2) do manejo alternado de plantações de eucalipto da região; (3) da manutenção de fragmentos de vegetação em propriedades particulares (Reserva Legal); (4) da construção de estruturas de passagem de fauna em rodovias; e (5) de ações educacionais que mudem a percepção da comunidade em relação à presença de grandes carnívoros.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 972.pdf: 784590 bytes, checksum: bd3b6cf7e5feb50b5d709be904d4c669 (MD5) Previous issue date: 2006-03-24 / Onças-pardas (Puma concolor) são animais ameaçados devido à fragmentação, perda de habitats e ao crescente conflito com populações humanas em expansão. Utilizamos um método não invasivo de estudo, a análise genética de fezes, para determinar a presença e estimar o número populacional mínimo de onças-pardas (Puma concolor) em duas Unidades de Conservação ao nordeste do estado de São Paulo, Brasil: a Estação Ecológica do Jataí (EEJ) e o Parque Estadual do Vassununga (PEV). A partir da amplificação de uma porção do gene citocromo b do genoma mitocondrial e da comparação deste fragmento com seqüências de referência de outros carnívoros presentes na região, pudemos diagnosticar a espécie que originalmente depositou as fezes e, por meio de um painel de 4 loci de microssatélites, individualizar cada uma das amostras coletadas em campo. Dentre as 20 fezes coletadas, diagnosticamos 9 como realmente pertencentes à espécie e 2 como provenientes de jaguatiricas (L. pardalis), espécie simpátrica à P. concolor. Determinamos a presença de ao menos 9 indivíduos de P. concolor na região, e plotando os pontos de coleta das fezes sobre uma imagem de satélite, verificamos a ocorrência de 3 indivíduos na EEJ, 4 no PEV e dois nos entornos. A probabilidade de identidade (PID) foi de 0,0001 e a probabilidade de não detecção alélica (allelic dropout) de 10,6%. A determinação da presença, a estimativa do tamanho populacional mínimo e a distribuição de P. concolor nas áreas da EEJ e do PEV determinadas neste estudo podem fornecer subsídios para a implantação dos planos de manejo e conservação da espécie, assim como dessas áreas e de seus entornos.

O veado-mão-curta (Mazama nana) é uma espécie de cervídeo que ocupa a região Sul do Brasil, norte da Argentina e leste do Paraguai, tendo sido severamente afetada pela redução drástica das áreas florestadas. Trata-se, também, da espécie de cervídeo neotropical menos estudada pela ciência. Frente a essa situação, o presente projeto propôs-se a entender como essa espécie se distribui em sua área de ocorrência, propôs áreas prioritárias para sua conservação e estimou a densidade de duas populações. Dada a raridade e a alta elusividade da espécie, propôs-se o uso de metodologias indiretas para se atingir o objetivo proposto. Assim, foram usadas metodologias baseadas na coleta de amostras fecais, extração do DNA e posterior análises molecular e genética. Foram coletadas amostras fecais com o auxílio de um cão farejador em unidades de conservação distribuídas ao longo do Sul do Brasil. Após a identificação da espécie por meio da amplificação de um fragmento do citocromo B e corte com enzimas de restrição (PCR/RFLP) e com os dados de localização das amostras, foram feitas modelagens de distribuição com o software Maxent. Foram escolhidas duas unidades de conservação, onde foram realizadas coletas de amostras fecais, baseadas em faixas, para possibilitar a estimativa da densidade de animais nestas populações. Estabeleceu-se a distribuição geográfica potencial de M. nana no Brasil para os Estados do Paraná, Santa Catarina, norte e centro do Rio Grande do Sul, extremo sul de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Porção leste do Paraguai e, na Argentina para a província de Missiones. A densidade da espécie para a região norte do Parque Nacional do Iguaçu foi de 1,9 ind/km2 e para o Parque Estadual Vila Rica do Espírito Santo foi de 5,5 ind/km2. A população potencial da espécie foi de 152.991 indivíduos, sendo 15.524 indivíduos a população dentro das áreas protegidas. Sugere-se a manutenção do estado de conservação da espécie como Vulnerável, tanto na lista Brasileira como na lista Internacional de fauna ameaçada de extinção. / The Brazilian dwarf brocket (Mazama nana) is a deer species that occupies the forests of southern Brazil, north of Argentina and east of Paraguay. It has been greatly affected by the drastic reduction of forested areas. It is also the less studied neotropical deer. Considering this situation, this project aimed to shed light on the species distribution along its range, to indicate conservation priority areas and estimate the density of two populations. Given the rarity and high elusiveness of the species, it is proposed the use of indirect methods to achieve this goal. Fecal samples collection based methodologies were used, followed by DNA extraction and subsequent molecular and genetic analysis. Fecal samples were tracked and collected in protected areas spread over south Brazil, with the help of a scat detection dog. After species identification by PCR/RFLP and samples spatialization, species distribution modeling was carried out using Maxent software suit. Two protected areas were chosen for a faecal sampling based on transects, in order to estimate the population density. Potential geographical distribution of M. nana in Brazil was stablished at states of Paraná, Santa Catarina, northern and center Rio Grande do Sul, extreme South of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Also at Eastern Paraguay and Missiones province in Argentina. Species density at the northern area of Iguaçu National Park was 1.9 ind/km2 and at the State Park of Vila Rica do Espírito Santo was 5.5 ind/km2. The species potential population was 152,991 individuals, including 15,524 individuals inside protected areas. It is suggested to maintain species conservation status as vulnerable on the Brazilian and on the International red list of threatened species.

O veado-mão-curta (Mazama nana) é uma espécie de cervídeo que ocupa a região Sul do Brasil, norte da Argentina e leste do Paraguai, tendo sido severamente afetada pela redução drástica das áreas florestadas. Trata-se, também, da espécie de cervídeo neotropical menos estudada pela ciência. Frente a essa situação, o presente projeto propôs-se a entender como essa espécie se distribui em sua área de ocorrência, propôs áreas prioritárias para sua conservação e estimou a densidade de duas populações. Dada a raridade e a alta elusividade da espécie, propôs-se o uso de metodologias indiretas para se atingir o objetivo proposto. Assim, foram usadas metodologias baseadas na coleta de amostras fecais, extração do DNA e posterior análises molecular e genética. Foram coletadas amostras fecais com o auxílio de um cão farejador em unidades de conservação distribuídas ao longo do Sul do Brasil. Após a identificação da espécie por meio da amplificação de um fragmento do citocromo B e corte com enzimas de restrição (PCR/RFLP) e com os dados de localização das amostras, foram feitas modelagens de distribuição com o software Maxent. Foram escolhidas duas unidades de conservação, onde foram realizadas coletas de amostras fecais, baseadas em faixas, para possibilitar a estimativa da densidade de animais nestas populações. Estabeleceu-se a distribuição geográfica potencial de M. nana no Brasil para os Estados do Paraná, Santa Catarina, norte e centro do Rio Grande do Sul, extremo sul de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Porção leste do Paraguai e, na Argentina para a província de Missiones. A densidade da espécie para a região norte do Parque Nacional do Iguaçu foi de 1,9 ind/km2 e para o Parque Estadual Vila Rica do Espírito Santo foi de 5,5 ind/km2. A população potencial da espécie foi de 152.991 indivíduos, sendo 15.524 indivíduos a população dentro das áreas protegidas. Sugere-se a manutenção do estado de conservação da espécie como Vulnerável, tanto na lista Brasileira como na lista Internacional de fauna ameaçada de extinção. / The Brazilian dwarf brocket (Mazama nana) is a deer species that occupies the forests of southern Brazil, north of Argentina and east of Paraguay. It has been greatly affected by the drastic reduction of forested areas. It is also the less studied neotropical deer. Considering this situation, this project aimed to shed light on the species distribution along its range, to indicate conservation priority areas and estimate the density of two populations. Given the rarity and high elusiveness of the species, it is proposed the use of indirect methods to achieve this goal. Fecal samples collection based methodologies were used, followed by DNA extraction and subsequent molecular and genetic analysis. Fecal samples were tracked and collected in protected areas spread over south Brazil, with the help of a scat detection dog. After species identification by PCR/RFLP and samples spatialization, species distribution modeling was carried out using Maxent software suit. Two protected areas were chosen for a faecal sampling based on transects, in order to estimate the population density. Potential geographical distribution of M. nana in Brazil was stablished at states of Paraná, Santa Catarina, northern and center Rio Grande do Sul, extreme South of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Also at Eastern Paraguay and Missiones province in Argentina. Species density at the northern area of Iguaçu National Park was 1.9 ind/km2 and at the State Park of Vila Rica do Espírito Santo was 5.5 ind/km2. The species potential population was 152,991 individuals, including 15,524 individuals inside protected areas. It is suggested to maintain species conservation status as vulnerable on the Brazilian and on the International red list of threatened species.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3758.pdf: 2809059 bytes, checksum: b38018f70b56ac8d09c7f5cf7e865731 (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / ABSTRACT The cougar (Puma concolor) is the second largest feline species in Brazil. It has a wide distribution across the Americas, occurring from southwestern Canada to the Strait of Magellan, in the extreme south of Argentina and Chile, throughout the Brazilian territory. In this study we estimated the minimum number of individuals and genetic diversity of cougars in the Santa Virginia Unit, Serra do Mar State Park (PESM), São Paulo, based on fecal DNA analysis. Hair snares were also used to an attempt to obtain more samples. For the diagnosis of the species, we amplified a 146bp fragment of the cytochrome b gene of mitochondrial DNA. We used six microsatellite loci for the fecal samples individualization, to estimate the minimum number of individuals and genetic characterization of the population. No hair sample was obtained during the study. Among the 40 fecal samples obtained, 34 were successfully diagnosed, and we found 25 samples of P. concolor, eight of Leopardus tigrinus and one of Leopardus pardalis. The multiloci genotypes were obtained for only 15 samples belonging to 12 different puma individuals. The allelic dropout average rate was 10.43%. The mean observed heterozygosity was 0.6202, lower than that found for the species in fragmented areas of Cerrado, in the northeastern São Paulo. There were deviations in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) for one locus and a deficit of heterozygous for the set loci used. However, there was no evidence of recent population bottleneck. Therefore, the deviation in HWE could be caused by the presence of null alleles or the low number of samples. Little relationship was found between individuals (6.1% Half-Sibs), indicating a possible continuous stream of cougars in the region. Thus, the PESM deserves special attention for being the largest continuous remnant of Brazilian Atlantic Forest and, therefore, similar studies are needed in the others Units of this Park so that together they can provide a more comprehensive view of the P. concolor situation in this biome. / A onça-parda (Puma concolor) é a segunda maior espécie de felino do Brasil. Possui uma ampla distribuição pelo continente americano, ocorrendo desde o sudoeste do Canadá até o Estreito de Magalhães, no extremo sul da Argentina e do Chile, passando por todo o território brasileiro. Nesse estudo foi estimado o número mínimo de indivíduos e a diversidade genética da onça-parda a partir de DNA fecal, no Núcleo Santa Virgínia, Parque Estadual da Serra do Mar (PESM), São Paulo. Armadilhas de pelos também foram utilizadas para uma mais uma tentativa na obtenção de amostras. Para o diagnóstico da espécie foi amplificado um pequeno fragmento do gene citocromo b do DNA mitocondrial. Ao todo foram utilizados seis locos de microssatélites para a individualização das amostras de fezes, estimativa do número mínimo de indivíduos e caracterização genética da população. Nenhuma amostra de pelo foi obtida durante o estudo. Dentre as 40 amostras de fezes obtidas, 34 foram diagnosticadas com sucesso, sendo encontradas 25 amostras de P. concolor, oito de Leopardus tigrinus e uma de Leopardus pardalis. Os genótipos multilocos foram obtidos para apenas 15 amostras, pertencentes a 12 indivíduos diferentes de onça-parda. A taxa média de allelic dropout foi de 10,43%. A heterozigosidade média observada foi de 0,6202, inferior a encontrada para a espécie em áreas fragmentadas do Cerrado, na região nordeste do Estado de São Paulo. Houve desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) para um dos locos e déficit de heterozigotos para o conjunto de locos utilizados. Contudo, não houve evidência de gargalo populacional recente. Dessa forma, o desvio no HWE pode ter sido causado pela presença de alelos nulos ou pelo baixo número de amostras. Pouca relação foi encontrada entre os indivíduos (6,1% de HS), indicando um possível fluxo contínuo de onças-pardas na região. Sendo assim, o PESM merece especial atenção por ser o maior remanescente contínuo da Mata Atlântica brasileira e, por isso, estudos similares são necessários nos demais Núcleos desse Parque para que juntos possam fornecer uma visão mais abrangente da situação da espécie P. concolor nesse bioma.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5005.pdf: 2296978 bytes, checksum: 77a669d7d6cbf4916130d05c32dc1e39 (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / The loss and fragmentation of habitat due to intensive human intervention are the main threats to natural populations. Species with low density and large home range, like felids, are the most threatened species by these changes. In an attempt to minimize this impact, detection of population density and genetic characterization are necessary to propose conservation measures. Thus, the main objective of this study was to characterize the populations of two species of felines, cougars (Puma concolor) and ocelots (Leopardus pardalis) of Caetetus Ecological Station (EEC - SP, one of the last remnants of Atlantic Forest within the state of São Paulo), about their demographic and genetic characteristics from non-invasive samples (feces and hairs).We collected the samples on EEC tracks and identified the species, individualized each sample, sexed each individual and calculated the genetic diversity of the population using molecular markers. Abundance was estimated from the capture-recapture historic, with opened and closed population models. We identified 17 samples of feces cougar and 12 of ocelot. Of these samples, six individuals were individualized as cougar and five as ocelot, these numbers represent the minimum population sizes for the entire sample period (18 months). The values of abundance and density estimated using the model of closed population was more similar to that found in genetic individualization, five individuals for each species and densities of 4.92/100 km2 (P. concolor) and 19.51/100 km2 (L. pardalis). The genetic diversity of the two species was lower than that from other studies, probably due the landscape´s fragmentation, which reduces the gene flow with others populations. Also, the genetic diversity for L. pardalis was lower than P. concolor, which is possibly related to the ocelot behavior of avoid opened and disturbed areas, which can reduce the potential for gene flow. Furthermore, we also observed structure of P. concolor from EEC with populations from other locations, but we also identified gene flow, including relatedness. Thus, the results of genetic diversity and demographics demonstrate the importance of the Ecological Station Caetetus for these species and also underscores the importance of establishing measures to enable the viability of its populations over long term, as facilitating gene flow with individuals from others locations. / A perda e fragmentação do habitat, decorrentes da intensa intervenção antrópica, estão entre as principais ameaças às populações naturais. Espécies com baixa densidade e grandes áreas de vida, como os felinos, são ainda mais prejudicadas por essas mudanças. Na tentativa de minimizar esse impacto, a detecção da densidade populacional e a caracterização genética são necessárias para que medidas de conservação sejam propostas. Nesse sentido, o objetivo principal deste trabalho foi caracterizar populações de duas espécies de felinos, onça-parda (Puma concolor) e jaguatirica (Leopardus pardalis) da Estação Ecológica dos Caetetus (EEC SP, um dos últimos remanescentes de Mata Atlântica no interior do estado de São Paulo), quanto às suas características demográficas e genéticas, a partir de amostras não invasivas (fezes e pelos). Coletamos as amostras nas trilhas da EEC, das quais pudemos identificar as espécies, individualizar, sexar cada indivíduo e calcular a diversidade genética da população utilizando marcadores moleculares. A abundância foi estimada a partir do histórico de captura-recaptura com modelos de população aberta e fechada. Identificamos geneticamente 17 amostras de fezes de onça-parda e 12 de jaguatirica. Dessas amostras, individualizamos seis indivíduos de onça-parda e cinco de jaguatirica, sendo esses os tamanhos populacionais mínimos para todo o período de amostragem (18 meses, entre dezembro de 2010 a maio de 2013). Os valores de estimativa de abundância e densidade utilizando o modelo de população fechada foram mais próximos ao encontrado na individualização genética, sendo cinco indivíduos para cada espécie e densidades de 4,92/100 km2 (P. concolor) e 19,51/100 km2 (L. pardalis). A diversidade genética encontrada para as duas espécies foi menor quando comparada com outros trabalhos, provavelmente ao menor fluxo gênico com outras populações devido à fragmentação da paisagem. Além disso, a diversidade genética encontrada para L. pardalis foi menor quando comparada a P. concolor, possivelmente relacionado ao hábito da espécie em evitar áreas mais abertas e antropizadas, o que pode reduzir o potencial de fluxo gênico. Já para P. concolor foi encontrada estruturação com populações de outras localidades, mas também identificamos fluxo gênico, inclusive com relações de parentesco. Dessa forma, os resultados obtidos de demografia e diversidade genética demostram a importância da Estação Ecológica dos Caetetus para essas espécies e também ressalta a importância da criação de medidas que permitam a viabilidade de suas populações a longo prazo, como as que facilitem fluxo gênico com indivíduos de outras localidades.