Les processus de subduction sont une étape clé de la formation des orogènes et induisent un métamorphisme de haute pression, localisé dans les faciès des schistes bleus et éclogites. Caractériser la durée et l’intensité de ce métamorphisme est ainsi une étape cruciale puisque amenant des contraintes quantitatives sur la géodynamique d’un orogène. Par une étude pétrologique et géochronologique, cette thèse a ainsi pour objectif de préciser les conditions et durées du métamorphisme de haute pression dans le sud du Massif Central Français (chaîne Varisque), à travers l’étude des massifs de Najac, de la Montagne Noire et du Lévézou. Cette thèse associe ainsi une géochronologie multiméthodes (U-Pb sur zircon, rutile et apatite, Lu-Hf et Sm-Nd sur grenat, 40Ar-39Ar sur biotite et muscovite) à des analyses pétrologiques impliquant des modélisations numériques d’équilibres de phases (Theriak-Domino et THERMOCALC). L’étude d’une éclogite du massif de Najac a ainsi permis de déterminer des conditions de 15 à 20 kbar et 560 à 630°C pour le métamorphisme de haute pression. Le début du faciès éclogite y est daté à ~383 Ma, tandis que le pic du métamorphisme éclogitique est atteint à 375.7 ± 1.2 Ma. La datation des éclogites de la Montagne Noire n’a pas permis de préciser un âge solide de l’évènement de haute pression. Néanmoins, les conditions de pression et température du faciès éclogite y sont estimées à ~ 21 kbar et ~ 750°C. L’étude des massifs de Najac et de la Montagne Noire a mis en évidence de potentiels découplages entre les systèmes de terres rares et le système isotopique U-Pb. Les protolithes des terrains éclogitiques du massif du Lévézou, tant mafiques que felsiques, se sont mis en place à ca. 470 Ma. Le métamorphisme éclogitique affectant les roches mafiques est estimé à 21-23 kbar pour 680- 800°C et atteint à ~358 Ma. L’exhumation, bien caractérisée, y est rapide : les terrains éclogitiques atteignent 8-9.5 kbar et ~600°C à ~352 Ma, impliquant une exhumation très rapide, suivie d’un refroidissement de plus de 50°C/Ma. Les granites du massif du Lévézou présentent des pseudomorphoses de cordiérite à disthène-grenat-muscovite-quartz, développées lors du métamorphisme de haute pression et équilibrées à ca. 15-17 kbar et ~670°C. La déformation majeure observée dans ces granites peut s’accompagner de fusion localisée, et semble se produire en différentes étapes, depuis ~352 Ma à ~340 Ma. Replacées dans un contexte général, ces données s’inscrivent pleinement dans les gammes d’âges de la haute pression décrites pour la chaîne varisque et permettent de reconsidérer la tectonique du Massif Central. / Subduction is one of the key stages of the mountain building processes. It leads to the development of high-pressure (HP) metamorphism in the rocks that typically equilibrate in the blueschist or eclogite-facies conditions. Dating the HP metamorphism and estimating its intensity is therefore a major challenge when reconstructing geodynamics through time. Through a petrological and geochronological study, this PhD dissertation aims to better constrain conditions, durations and timings of HP metamorphism in the southern French Massif Central (European Variscan Belt). The massifs of Najac, Montagne Noire and Lévézou were investigated by a multi-method geochronological approach (zircon, rutile and apatite U-Pb dating, garnet Lu-Hf and Sm-Nd dating, biotite and muscovite 40Ar-39Ar dating) associated with a petrological analysis including numerical modelling of phase equilibria (Theriak-Domino and THERMOCALC). The Najac eclogites reached 560-630 °C at 15-20 kbar and the prograde part of the highpressure metamorphic event lasted for ~ 7 Myr starting at ~ 383 and peaking at ~ 376 Ma. Eclogites hosted in sillimanite-bearing migmatites in the Montagne Noire dome (French Massif Central) reached c. 750°C, 21 kbar before significant decompression at high temperatures. However, none of the obtained geochronological dates could be associated with the HP event. The study of the Najac massif and the Montagne Noire Dome highlight potential decoupling between the REE and the U-Pb isotopic systems. The emplacement of the protoliths of felsic and mafic HP rocks in the Lévézou Massif was estimated at ca. 470 Ma. HP metamorphism peaked at 21-23 kbar and 680-800°C at ~358 Ma. The subsequent fast exhumation reached 8-9.5 kbar and ~600°C at ~352 Ma, highlighting a very fast exhumation followed by a cooling rate of 50°C/Ma. Granites from the Lévézou massif display kyanite-garnet-muscovite-quartz pseudomorphs after cordierite that equilibrated at ca. 15-17 kbar and ~670°C. The major deformation in these granites is associated with the exhumation stage, locally accompanied by partial melting, and seems to occur in different episodes, from ~352 Ma to ~340 Ma. On a larger scale, these results are fully in line with the HP ages described in the Variscan Belt and allow to reconsider the tectonics in the French Massif Central.

Le fait d'avoir une généalogie datée des organismes vivants est l'un des principaux objectifs de la biologie évolutive. Cette entreprise est confrontée à deux défis majeurs. Le premier est la rareté et l'incomplétude des enregistrements fossiles, pratiquement inexistants pour les microbes et essentiels pour fournir une échelle temporelle de l'histoire de la vie. Le second est la difficulté intrinsèque d'obtenir des phylogénies d'organismes dont le génome a été largement façonné par transfert latéral de gène (TLG). L'acquisition par transfert de nouveaux gènes d'origine éloignée perturbe des arbres de gènes et rend beaucoup plus complexe la reconstruction de l'histoire des espèces. Dans ce travail de thèse, je montre comment nous pouvons utiliser ces différences entre arbres de gènes et arbres d'espèces à notre avantage pour inférer les événements anciens de TLG et comment ils peuvent fournir une nouvelle échelle de temps pour l'évolution des organismes vivants. Les transferts étant particulièrement fréquents chez les espèces dont les fossiles sont rares, ils peuvent servir de nouvelle source de datation indépendante du registre géologique pour reconstruire une phylogénie datée de la vie. Dans la première partie, je réalise une analyse à l'échelle génomique pour montrer comment les méthodes de réconciliations phylogénétiques peuvent être utilisées pour détecter les lignées correspondant aux donneurs et aux receveurs des événements de TLG. En outre, ces méthodes fournissent également une vue détaillée de la façon dont les familles de gènes évoluent le long des arbres de l'espèce. En utilisant ALE, un logiciel de réconciliation probabiliste qui prend en compte l'incertitude dans les arbres de gènes, nous sommes en mesure de cartographier les événements de duplication, de perte et de transfert dans les phylogénies des cyanobactéries et des champignons. Nous montrons également comment les méthodes qui ignorent l'information contenue dans les arbres de gènes sous-estiment la fréquence réelle des TLG. Dans la deuxième partie, je présente en détail comment le TLG porte un signal temporel et comment ce signal peut être utilisé pour inférer des arbres datés. J'introduis une nouvelle méthode appelée MaxTiC qui permet de trouver un ordonnancement des noeuds dans l'arbre des espèces qui maximise la cohérence temporelle entre les transferts. Par des simulations, nous montrons la robustesse de la méthode aux erreurs présentes dans l'arbre des espèces et le nombre de familles de gènes nécessaires pour obtenir des arbres datés fiables. Enfin, pour confirmer nos résultats, je présente différentes approches permettant de comparer les temps de divergence découlant des transferts avec ceux estimés en utilisant des horloges moléculaires. Nous effectuons une analyse phylogénomique pour détecter des milliers d'événements de TLG dans quatres groupes: les cyanobactéries, les Deltaproteobactéries, les Archées et les Champignons. Nous trouvons un large accord entre les deux méthodes de datation, ce résultat étant robuste à l'utilisation de différentes prior sur les temps de divergence et différents modèles d'horloges moléculaires relâchées. Nous montrons également que certaines des dates indiquées par l'utilisation de TLG sont en désaccord avec les horloges moléculaires tout en étant soutenues par un grand nombre de TLG. Ces résultats suggèrent que l'utilisation des TLG pourrait permettre d'améliorer les méthodes de datation, notamment pour les phylogénies anciennes et ainsi conduire à d'importants changements de notre point de vue sur l'histoire de la vie / Having a dated genealogy of living organisms is one of the major goals of evolutionary biology. This enterprise faces two major challenges. The first one is the scarcity and incompleteness of the fossil record, virtually nonexistent for microbes and essential to provide a time scale of life history. The second one is the intrinsic difficulty of obtaining phylogenies in organisms whose genome has been extensively shaped by Lateral Gene Transfer (LGT). The acquisition of new genes from distant organisms creates important differences among genes trees and complicates the reconstruction of the species history. In this thesis work I show how we can use those differences to our advantage to infer ancient events of LGT and how they provide a temporal scale of evolution. Transfers can supply an important amount of information on divergence times in organisms whose fossils are very scarce, acting as a new dating source independent of the geological record and taking us a step closer to building a whole dated phylogeny of Life. In the first part, I perform genomic-scale analyses to show how phylogenetic reconciliations can be used to detect donor and recipient lineages of LGT events. Moreover, they also provide a detailed view of how gene families evolve along species trees. Using ALE, a probabilistic reconciliation software that accounts for the uncertainty in gene trees, we are able to map events of duplication, loss and transfer in phylogenies of cyanobacteria and fungi. We also show how methods that ignore the information contained in gene trees underestimate the real frequency of LGT. In the second part, I present in detail how LGT carries a temporal signal and how this signal can be used to infer dated trees. I explain a new method called MaxTiC, that finds the best dated tree by maximizing the number of transfers that are time-compatible with a phylogeny. By simulations we show how robust the method is to errors in the species tree and how many gene families are required to obtain reliable dated trees. Finally, to confirm our results I present different metrics to compare the divergence times inferred by transfers with those inferred by molecular clocks. We perform a phylogenomic analysis to detect thousands of LGT events in cyanobacteria, Deltaproteobacteria, Archaea and fungi and obtain their dated phylogenies. We find a broad agreement between both dating methods, a result robust to the use of different priors on divergence times and different models of relaxed molecular clock. We also show that some of the dates inferred by using LGT are not recovered by molecular clocks. These results altogether suggest that the use of LGT in future dating studies may have a big impact on the inferred dates of major evolutionary events and can lead to an important change of our view of the History of Life

Ces travaux d'archéométrie concernent l’étude moléculaire par GC-MS de marqueurs lipidiques (biomarqueurs) préservés au sein de sols archéologiques et de substances végétales impliquées en tant qu'ingrédients dans la confection d’artefacts. Des analyses complémentaires en isotopie du carbone de composés individuels et des mesures de datation au 14C (AMS MICADAS) de la matière organique totale des sols, d'extraits lipidiques et d'un composé individuel (miliacine) ont également été effectuées. Cette approche a permis:- de montrer l’existence de la culture de millet dès l’âge du Bronze en Alsace, les sols associés à cette culture et leur contenu organique ayant été piégés et préservés dans des silos à grains enterrés datés de l’âge du Fer.- d'identifier la nature de structures archéologiques comme étant d'anciennes latrines et une aire de stabulation de bétail via l'identification de stéroïdes fécaux.- d'établir des critères chimiotaxonomiques fiables basés sur l'analyse des lipides pour l’authentification de résines de styrax et de liquidambars.- d'identifier la nature d'une résine issue de Styrax officinalis ayant été incorporée dans l’enduit organique ornant un crâne décoré (IXème millénaire av. J.-C., site de Nahal Hemar, Israël).- de mettre en évidence l’emploi de brai de bouleau comme agent collant lors de la confection d’un bijou daté du Premier âge du Fer. / In this archaeometric study, lipid biomarkers from archaeological soils and organic substances originating from plants found on artefacts were investigated by GC-MS. In addition, the stable carbon isotopic composition of individual lipids and the 14C age (AMS MICADAS) of soil organic matter, lipid extracts and one isolated compound (miliacin) were determined. Such an archaeometric approach allowed:- the existence of a millet cultivation during the Bronze Age in Alsace to be unveiled for the first time based on preserved molecular remains of this cereal in agricultural soils trapped within grain silos dated from the Iron Age.- the function of uncharacterized archaeological structures to be identified as ancient latrines and a stall area based on the identification of faecal steroidal markers.- reliable chemotaxonomic criteria for the authentication of styrax resins and liquidambar gums to be established using specific organic markers (triterpenoids, notably).- the vegetal component of an organic coating decorating a skull from the 9th millennium BC (Nahal Hemar site, Israel) to be identified as a resin from Styrax officinalis.- the use of birch bark tar as adhesive for the making of a jewellery dated from the Iron Age to be discovered.

Le Golfe de Californie (GOC) est un exemple de rift très oblique, au stade d'accrétion depuis 3,6 Ma au sud. La déformation continentale débute au Miocène dans un contexte arrière-arc, en relation avec la subduction de la plaque Pacifique sous la Plaque Nord-Américaine. L'objectif de cette thèse est de déterminer I'histoire de la déformation à I'origine de la rupture continentale ainsi que les phénomènes post-rupture. Cette étude utilise des données tectoniques, sismologiques et géomorphologiques sur la marge Ouest du GOC en Basse Californie du Sud. Elles sont calées temporellement par des datations d'isotopes radiogéniques et cosmogéniques. Une histoire polyphasée de la déformation, essentiellement post-magmatique, est proposée en termes d'évolution des directions des failles et de déformations relativement à la cinématique des plaques. Je démontre dans cette zone que la déformation qui conduit à l'amincissement et à l'étirement lithosphérique est d'abord fortement oblique et devient transtensive et moins oblique relativement à la cinématique à partir de 7-8 Ma. La marge étudiée est intégrée de manière cohérente à I'ensemble des domaines déformés associés à la formation du GOC. On montre notamment que les marges du GOC sont diachrones et qu'elles se forment par migration vers I'Ouest de la déformation vers la zone de subduction, qui devient inactive vers 12 Ma. La dynamique post-breakup du GOC est interprétée en termes de mobilisation par fluage de la croûte inférieure en relation avec un évènement thermique lié à la rupture du slab. En conclusion, l'évolution du GOC ne peut s'expliquer par les modèles simples de rifting oblique et de formation de marges passives. / The Gulf of California (GOC) is an example of highly-oblique rift. Oceanic accretion started 3.6 Ma ago at its southern end. The earliest continental extension started during the Miocene, in a back-arc setting, in connection with the subduction of the Pacific plate (PAC) beneath North America (NAM). ln this study, I reconstitute the strain evolution along the proximal Baja California margin. For this, I used original tectonic and seismological data which I collected in Baja California Sur (BCS). Those data were time-constrained with absolute dating (radiogenic and cosmogenic isotopes). I outline that the main stretching and thinning of the Late Miocene-Pliocene Baja California margin was highly oblique regarding NAM-PAC kinematic vector, turning less oblique. By integrating the studied margin in the evolution of the GOC, it is proposed that the final break-up mechanism occurred within a broad semi-ductile right-lateral central shear-zone. lt is shown that the two GOC passive margins didn't form at the same time, crustal strain migrating westward during the Miocene in response to a probable retreat of the dying slab. The active post-breakup deformation in the proximal BCS is best interpreted in connection with an outward flow of the lower crust in a trend compatible with the margin shaping inherited from the major GOC-normal to GOC-oblique Miocene crustal deformation. This ductile flow would be enhanced by the heat input from the slab rupture. To conclude, the GOC evolution as an oblique rift system adjusts with no existing analogical or numerical model of strain field evolution of oblique rifting, a probable consequence to the complex dynamics in back-arc settings.

Les méthodes paléodosimétriques permettent d’obtenir l’âge de certains matériaux de nature minérale qui se comportent comme des dosimètres naturels, l’âge étant alors donné par le rapport de la dose accumulée depuis l’événement à dater, au débit de dose naturel auquel l'échantillon a été soumis. La détermination du débit de dose repose le plus souvent sur des modèles simples, qui seuls permettent des calculs explicites, mais ces modèles ne reproduisent que très imparfaitement la diversité des situations rencontrées. La modélisation informatique permet d’envisager des modèles plus complexes et plus réalistes, qui conduisent à simuler numériquement le débit de dose. Dans ce travail, la boite à outils Geant4, qui permet de simuler les interactions particule-matière selon la méthode de Monte-Carlo, a été utilisée pour créer des modèles complexes, ainsi que des outils de modélisation accessibles et adaptables aux différents types d'échantillons et situations dosimétriques. Des simulations ont tout d'abord été faites à partir de modèles basiques afin d'étudier l’origine des variations du débit de dose dans des sédiments, mettant en évidence les limites des modèles simples utilisés couramment. Ces informations ont permis d'orienter le développement d'outils de modélisation basés sur les codes de Geant4, et aussi de préciser les protocoles d'analyse des échantillons permettant de réunir les données nécessaires aux simulations numériques. Le programme DosiVox permet de modéliser simplement une grande variété d'échantillons grâce à une représentation voxélisée de l’objet et de son environnement, et de simuler la radioactivité pour calculer la distribution spatiale du débit de dose. Il a été développé dans une optique d'accessibilité et d'usage courant. Des comparaisons avec des situations dosimétriques préalablement étudiées, ou mesurées, ont montré la pertinence des modélisations, et les possibilités de cet outil informatique sont exposées au travers d’une série d'exemples et d'applications. La caractérisation de la distribution des débits de dose bêta dans les sédiments hétérogènes constitue l'une des problématiques les plus complexes à traiter. En plus d'une étude destinée à évaluer le potentiel de DosiVox à considérer ces situations, le programme DosiSed a été développé pour modéliser spécifiquement des ensembles polyminéraux de grains. Cet outil a permis d'étudier l'hétérogénéité du débit de dose dans des échantillons réels, ainsi que d'inclure certains résultats dans une problématique de datation. / The paleodosimetric dating methods allow to obtain the age of some mineral materials which behave as natural dosimeters, the age being derived as the ratio of the dose accumulated from the dated event and the natural dose rate to which the sample was subjected.. The determination of the dose rate is usually based on simple models which only allow explicit calculations, but these models reproduce very imperfectly the diversity of situations encountered. Computer modeling allows to represent more complex and more realistic models, which lead to numerically simulate the dose rate. In this work, the toolbox Geant4, allowing to simulate particle-matter interactions by the Monte-Carlo method, was used to create complex models , as well as modeling tools accessible and adaptable to different types of samples and dosimetric situations. Simulations were first made with basic models in order to study the origin of dose rate variations in sediments, highlighting the limits of the simple models commonly used. This information was used to guide the development of modeling tools based on the Geant4 codes, and also to specify the protocols of samples analysis for gathering the data needed for numerical simulations. The DosiVox software allows to easily model a wide variety of samples through a voxelised representation of the object and its environment, and to simulate the radioactivity for calculating the spatial distribution of the dose rate. It was developed with a view of accessibility and current use. Comparisons with dosimetric situations previously studied or measured showed the relevance of the modelings, and the possibilities of this computer tool are exposed through a series of examples and applications. The characterization of the beta dose rate distribution in heterogeneous sediment is one of the most complex problems to be treated. In addition to a study aims at assessing the potential of DosiVox to consider these situations, the DosiSed software was developed specifically for modeling poly-mineral sets of grains. This tool was used to study the heterogeneity of the dose rate in real samples and allowed to include some of the results in a dating problematic.

Le craton ouest-africain héberge de nombreux gisements et occurrences aurifères encaissés dans des terrains paléoprotérozoïques. Ces terrains birimiens se sont formés et accrétés lors du cycle orogénique éburnéen qui s’est déroulé entre 2,25 et 1,98 Ga. Six gisements d’or situés au Burkina Faso et au Ghana ont été étudiés dans le but d’établir une corrélation entre les différentes phases de l’orogenèse et le (ou les) événement(s) minéralisateur(s). L’étude détaillée de la minéralisation de ces six gisements a confirmé leur nature orogénique, mais a également révélé la présence d’un porphyre à Cu (±Au) dans le district minier de Gaoua, Burkina Faso. Par ailleurs, nos observations ont mis en évidence le caractère polyphasé de la minéralisation au sein d’un même gisement. Les datations Re-Os menées sur des sulfures directement liés à la minéralisation en or permettent de distinguer deux grandes périodes métallogéniques au sein de l’orogenèse éburnéenne. La première période se déroule lors de la phase d’accrétion magmatique D1 et de la phase de transition D2, soit entre 2200 et 2120 Ma. Cette période est caractérisée par une minéralisation à faibles teneurs disséminée dans les roches encaissantes. La deuxième période métallogénique prend place lors des stades cassants tardifs de l’orogenèse, aux alentours de 2050-2040 Ma. Elle est représentée par une minéralisation à or visible à plus fortes teneurs, concentrée dans des veines, des brèches et des zones de cisaillement. La mise en évidence de l’existence de minéralisations aurifères précoces pourrait avoir des conséquences sur la compréhension des gisements de type paléoplacer observés notamment au Ghana. Ces minéralisations primaires pourraient en effet constituer la source de l’or des paléoplacers tarkwaïens, mis en place à partir de 2130 Ma, qui demeure inconnue / The West African craton is a region enriched in gold deposits and occurrences which are hosted in Paleoproterozoic terrains. These Birimian terrains formed during the Eburnean orogeny which took place between 2.25 and 1.98 Ga. Six gold deposits situated in Burkina Faso and Ghana were studied in order to define a correlation between the different orogenic phases and the mineralizing event(s). The detailed study of the mineralization of the six deposits confirmed the importance of the orogenic gold deposits in the West African craton. Moreover, the existence of a Cu (±Au) porphyry deposit was revealed in the mining district of Gaoua, southwestern Burkina Faso. Our observations highlighted the polyphased character of gold mineralization within nearly all of the studied deposits. Re-Os dating performed on sulfides directly linked to the gold mineralization permitted two main metallogenic periods to be distinguished. The first period was coincident with the D1 and D2 orogenic phases, occurring between 2200 and 2120 Ma, and representing respectively magmatic accretion and transition towards a collisional regime. This period was characterized by low grade disseminated gold mineralization. The second metallogenic period took place during the later brittle deformational phases of the orogeny, ca. 2050-2040 Ma. This secondary mineralization contains visible gold concentrated in veins, breccias and shear zones, and displays higher gold grades. Geochronological evidence for the existence of early gold mineralization could have consequences for the understanding of paleoplacer-type deposits, observed primarily in Ghana. Indeed, this primary mineralization could represent a potential source for gold found in Tarkwaian paleoplacers, which formed after 2130 Ma, and for which the provenance of the gold remains unidentified

Les Angiospermes sont le clade le plus diversifié des plantes actuelles et sont exceptionnellement riches en espèces dans les régions tropicales. Dans cette thèse, j’ai étudié l’évolution des systèmes sexuels et l’histoire biogéographique de la famille des Moraceae, clade modèle utilisé pour comprendre l’origine et l’évolution de la diversité chez les Angiospermes. Dans le Chapitre I, j’ai reconstruit et calibré un nouvel arbre phylogénétique daté pour les Moraceae. J’ai ensuite utilisé cet arbre pour reconstruire les états ancestraux des systèmes sexuels chez les Moraceae et Ficus. Les âges des groupes-couronne des Moraceae et du genre Ficus sont estimés au Crétacé et à l’Eocène, respectivement. La dioécie est inférée comme l’état ancestral des systèmes sexuels chez les Moraceae, avec plusieurs transitions ultérieures vers la monoécie, y compris chez Ficus. Ce résultat suggère que la dioécie ne représente pas nécessairement un cul-de-sac évolutif. Dans le Chapitre II, j’ai reconstruit un arbre phylogénétique daté pour la tribu des Dorstenieae, distribuée principalement dans les régions tropicales, à partir d’un nouveau jeu de données génomiques nucléaires produit avec une approche Hyb-Seq. L’histoire biogéographique du groupe a ensuite été reconstruite en utilisant les modèles de dispersion-extinction-cladogenèse. Les âges des groupes-couronne des Dorstenieae et du genre Dorstenia sont estimés au Crétacé et dans la période du Crétacé au Paléocène, respectivement. Deux évènements de dispersion à longue distance depuis l’Afrique continentale vers l’Amérique du Sud ont eu lieu au Cénozoïque (Dorstenia et Brosimum s.l.). Dans le Chapitre III, j’ai testé les différences de niche climatique (température et précipitation) entre les deux systèmes sexuels (monoécie et gynodioécie) chez Ficus avec un nouveau jeu de données fiables d’occurrences spatiales et de systèmes sexuels chez 183 espèces. À cette fin, j’ai utilisé deux approches comparatives : équations d’estimation généralisées (GEE) et modèles linéaires généralisés (GLM). Une relation positive entre précipitation et gynodioécie est soutenue par les analyses GLM, et aucune méthode ne soutient une relation entre température et système sexuel. Une meilleure capacité à se disperser et le potentiel d’autopollinisation sont deux explications possibles pour la colonisation et la survie des espèces monoïques dans des environnements plus secs. Cette thèse démontre le potentiel des méthodes phylogénétiques comparatives et des données phylogénomiques pour répondre aux questions d’évolution des systèmes sexuels et de biogéographie chez les Moraceae et ouvre plusieurs nouvelles perspectives importantes méritant d’être approfondies chez d’autres clades de plantes, telles que la relation entre système sexuel et niche climatique. / Angiosperms are the most diversified clade of extant plants and are exceptionally species-rich in tropical regions. In this thesis, I investigated breeding system evolution and biogeographic history in the family Moraceae, which I used as a model clade to understand the origin and evolution of diversity of angiosperms. In Chapter I, I reconstructed and calibrated a new dated phylogenetic tree for Moraceae as a whole. I then used this tree to reconstruct ancestral states of breeding systems in Moraceae and Ficus. The crown group ages of Moraceae and Ficus were estimated in the Cretaceous and in the Eocene, respectively. Dioecy was inferred as the ancestral breeding systems of Moraceae, with several subsequent transitions to monoecy, including in Ficus. This result suggests that dioecy is not necessarily an evolutionary dead end. In Chapter II, I reconstructed a dated phylogenetic tree for tribe Dorstenieae, mainly distributed in tropical regions, with a new data set of nuclear genomic data generated with a Hyb-Seq approach. Biogeographic history was then reconstructed using dispersal-extinction-cladogenesis models. The crown group ages of Dorstenieae and Dorstenia were estimated in the Cretaceous and in the Cretaceous/Paleocene period, respectively. Two long-distance dispersal events from continental Africa to South America occurred in the Cenozoic (Dorstenia and Brosimum s.l.). In Chapter III, I tested the climatic niche difference (temperature and precipitation) between the two breeding systems (monoecy and gynodioecy) in Ficus using a new dataset of cleaned spatial occurrence records and breeding systems for 183 species. I used two comparative approaches: generalized estimating equations (GEE) and generalized linear models (GLM). A positive relationship between precipitation and gynodioecy was supported by GLM, but not GEE analyses, and no relationship between temperature and breeding systems was supported by either method. Higher dispersal ability and the potential for self-fertilization may explain why monoecious species of Ficus have been able to colonize and survive in drier environments. This thesis highlights the potential of phylogenetic comparative methods and phylogenomic data to address questions of breeding system evolution and biogeography in Moraceae, and opens up several important new perspectives worth investigating in other plant clades, such as a relationship between breeding system and climatic niche.

Quand et comment le Plateau Tibétain s'est édifié demeure une question complexe, aux nombreuses implications pour la compréhension du comportement des lithosphères continentales en collision. Certains modèles mettent en avant l'importance du sous-plaquage de la lithosphère indienne et d'un épaississement localisé aux limites de micro-plaques asiatiques rigides ; tandis que d'autres considèrent au contraire que la lithosphère asiatique est peu résistante et se déforme de manière distribuée. La base croissante de données de haute qualité documentant les processus de surface et les processus profonds doit à présent être intégrée afin de contraindre les différents modèles d'évolution du Plateau. Ce travail de thèse se concentre sur le nord-est du bloc du Qiangtang, au Tibet Central : alors qu'elle constitue un élément clé pour les reconstructions et les modèles, cette région demeure l'une des moins étudiées de la zone de collision. Dans une première partie, l'acquisition de nouveaux âges 40Ar/39Ar de la déformation tardi-triasique (215-200 Ma) sur la suture de Jinsha, ainsi que la datation et l'étude métamorphique de xénolites crustales à corindon d'âge Trias Inférieur (249 Ma) échantillonnées dans des laves éocènes, mettent en évidence le rôle majeur et sous-estimé des subductions mésozoïques dans l'épaississement crustal total. Les résultats suggèrent que la région avait atteint, avant le début de l'Éocène, une épaisseur crustale de l'ordre de 45 à 55 km, soit près de 80% de son épaisseur actuelle de 66 km. Cet épaississement crustal mésozoique fut probablement en grande partie la conséquence du magmatisme d'arc du NE-Qiangtang, lié à 80 Ma de subductions océaniques à ses bordures. Ces nterprétations sont cohérentes avec les données régionales d'émersion et de paléoaltitude entre le Trias et l'Éocène. Dans une seconde partie, l'étude pétrologique et géochimique de roches magmatiques d'âge Éocène des bassins de Xialaxiu et de Nangqian suggère un intense métasomatisme du manteau lithosphérique source par des fluides ou magmas riches en H2O et en CO2. Ces résultats servent de point de départ à une série de modèles rhéologiques et thermomécaniques visant à caractériser le comportement d'une telle lithosphère dans un contexte de convergence continentale. Nous montrons que le manteau lithosphérique sous notre région d'étude à l'Éocène était à la fois très peu résistant (logmin~2.3), très peu dense (~3310 kg/m3 à 2 GPa), et possédait un solidus fortement défléchi vers les basses températures aux moyennes pressions mantelliques (~930°C à 3 GPa). À partir de ces caractéristiques, les modèles thermo-mécaniques laissent envisager un régime atypique de déformation et de fusion partielle, par l'injection de manteau lithosphérique métasomatisé dans l'asthénosphère sous-jacente. Celui-ci reproduit correctement l'intervalle de temps et la distance entre les épisodes magmatiques de Xialaxiu et de Nangqian, ainsi que la magnitude de l'épaississement crustal dans notre région d'étude, sans impliquer de délamination de la racine lithosphérique adoucie. Ces résultats nous amènent à proposer un réexamen des données géophysiques disponibles sur le manteau lithosphérique tibétain, dans lequel la zone de faibles vitesses sismiques imagée à l'aplomb du Tibet Central pourrait être interprétée en terme d'anomalie chimique et minéralogique, et non d'anomalie thermique. / How and when the Tibetan Plateau was built remains a complicated issue, with many implications for our understanding of the behaviour of colliding continental lithospheres. Some models highlight the importance of the underthrusting of the Indian lithosphere and of localized thickening at the edges of rigid Asian microplates ; while others consider that the Asian lithosphere is weak and deforms in a distributed manner. The growing, high-quality database documenting deep and surface processes has now to be integrated in order to constrain the different evolution models of the Plateau.This thesis work focuses on the north-eastern Qiangtang block in Central Tibet : although it is a keystone for reconstructions and models, this region remains one of the least studied of the collision zone.In a first part, new 40Ar/39Ar dating of the Late Triassic (215-200 Ma) deformation on the Jinsha suture, along with a metamorphic study of Early Triassic (249 Ma) corundum-bearing crustal xenoliths sampled in Eocene magmatic rocks, shed light on the the major, but underestimated role played by the Mesozoic subductions in bulk crustal thickening. Our results suggest that prior to the Eocene, our study area had reached a crustal thickness of 45-55 km, i.e 80% of its present-day crustal thickness of 66 km. This Mesozoic crustal thickening was likely achieved by continental arc magmatism related to the 80 Ma of continuous oceanic subductions on both edges of the NE-Qiangtang terrane.These interpretations are consistent with the regional emersion and paleo-altitude data.In a second part, a petrological and geochemical study of Eocene magmatic rocksfrom the Nangqian and Xialaxiu basins suggests an intense metasomatism of the source lithospheric mantle by H2O- and CO2-rich fluids or melts. These results are used as a starting point for a series of rheological and thermo-mechanical models, to characterize the behaviour of such lithosphere in a continental convergence context. We show that the lithospheric mantle underlying our study area in the Eocene was particularly weak (logmin~2.3) and buoyant (~3310 kg/m3 à 2 GPa), and its solidus was deflected to low temperatures at medium mantle pressures (~930°C à 3 GPa). From these characteristics, thermo-mechanical models forecast an atypical deformational and partial melting regime, through the injection of metasomatized lithospheric mantle into the asthenosphere, whichadequately reproduces the timing and location of Xialaxiu and Nangqian magmatic events, and the magnitude of crustal thickening observed in our study area, without any delamination of the weakened lithospheric root.This eventually leads us to reconsider the available geophysical data for the Tibetan lithospheric mantle : the low-velocity zone imaged beneath Central Tibet could indeed represent a geochemical, rather than thermal anomaly.

La chaîne de collision d'âge néoprotérozoïque de Jiangnan, orientée NE-SW, marque la limite entre les blocs duYangtze et de Cathaysia. Son évolution tectonique reste encore débattue. Une des questions les plus controversées est l'âge de la collision entre les deux blocs. Afin d'acquérir une meilleure compréhension de ce problème, nous avons collecté des échantillons dans les couches sédimentaires situées au-dessus et au-dessous de la discordance dans le but de comparer les spectres d'âge des zircons détritiques et aussi de les confronter à ceux décrits dans les séries néoprotérozoïques des régions du Yangtze, Jiangnan et Cathaysia. En outre, nous nous sommes intéressés aux plutons granitiques d'âge néoproterozoïque de Sanfang et Yuanbaoshan, de type-S, situés dans la partie occidentale de la chaîne de Jiangnan afin de tracer l'évolution tectonique de la région depuis 830 Ma par la mise en œuvre de méthodes pluridisciplinaires : géologie structurale, géochronologie U-Pb, AMS, modélisation gravimétrique et thermochronologie Argon.Notre étude montre les résultats suivants : (i) La chaîne de Jiangnan s'est formée par la collision des blocs de Yangtze et Cathaysia entre ca. 865 and 830 Ma ; (ii) Les intrusions granitiques de 830 Ma se sont mises en place dans des formations encaissantes du groupe Sibao plissées et faillées. Les plutons ont été construits par accumulation latérale E-W de filons N-S, avec un écoulement horizontal du magma du sud vers le nord ; (iii). Un cisaillement ductile du haut vers l'Ouest a été reconnu dans la partie supérieure des plutons. Des âges Ar/Ar vers 420 Ma obtenus sur plusieurs grains de muscovite et biotite déformés impliquent que le cisaillement ductile peut être : a) formé pendant l'orogenèse du Paléozoïque inférieur de Chine du Sud, ou b) pendant la mise en place des plutons au Néoprotérozoïque dans une croûte chaude, sous la température de fermeture du chronomètre argon, puis lors de l'orogenèse du Paléozoïque inférieur, ce domaine crustal de Chine du Sud est passé au-dessous de 350°C; (iv) Durant la période 420-240 Ma, la région de Sanfang-Yuanbaoshana connu un refroidissement lent qui pourrait correspondre au ré-équilibrage isostatique de la croûte. / The Jiangnan Orogenic Belt is a NE-SW trending Neoproterozoic collisional suture, marking the boundary between the Yangtze Block and the Cathaysia Block. Its tectonic evolution is still debated. One of the most controversial questions is the timing of the collision between the Yangtze and Cathaysia blocks. In order to have a better understanding of this problem, we have collected the sedimentary rocks from the strata both overlying and underlying the Neoproterozoic unconformities to compare the detrital zircon age spectra between them, as well as to compare the detrital zircon spectra of Neoproterozoic sequences among the Yangtze, Jiangnan and Cathaysia regions. Moreover, we paid attention to the Neoproterozoic S-type granite plutons located in the western Jiangnan region in order to trace the crustal evolution in the Sanfang-Yuanbaoshan area since 830 Ma by multidisciplinary methods, including structural geology, geochronology, AMS, gravity modelling and Argon isotopic dating.Our study shows that : (i) The Jiangnan Orogenic Belt was built up due to the assembly of the Yangtze and Cathaysia blocks between ca. 865 and 830 Ma ; (ii) The 830 Ma granitic magma intruded into the pre-existing folds and faults in the Sibao group, the tongue-and/orsill-shaped plutonswere constructed by anE-W lateral accumulation of N-S oriented dykeswith adominantly northward horizontal magma flow from south to north ; (iii)A top-to-the-W ductile shearband has been identified on the top of plutons, (iv) the coherent mica Ar-Ar age of ca. 420 Ma, obtained from the deformed muscovite, implies that this shearing may be formed either a)during the Early Paleozoicorogeny, or b) during the Neoproterozoic plutons emplacement, then the plutons were exhumed by the Paleozoic orogeny ; (iv) During the 420-240 Ma period, the Sanfang-Yuanbaoshan area has experienced a slow cool ingrate, which may correspond to the isostatic re-equilibration of the crust.

L'ethnologie doit autant s'occuper des champs traditionnels (religieux, économique, politique, symbolique, parenté, etc.) que de la production sociale des sciences ou des technologies. De même que l'exclusivité exotique n'est plus réservée aux ethnologues, l'étude de nos technologies et de notre modernité gagne à n'être plus seulement l'apanage de technocrates, de politiciens ou des décideurs économiques. La sociologie des sciences s'est montrée assez frileuse en se constituant tardivement autour des contenus scientifiques : les sociologues et anthropologues actuels l'indiquent tous. L'idée dominante a été à l'image des opinions courantes : on ne s'aventure pas dans les sciences dures, puisque les contenus scientifiques ne nous sont pas discutables ; ils sont la réalité rigide et la vérité irréfutable. Mais la vérité est-elle un point de vue ? Ce vaste terrain de prénotions n'interpelle t'il pas l'ethnologue ? La science est généralement tenue pour acquise ; les boîtes noires demeurent impénétrables et le métalangage des analystes de la science est le métalangage des producteurs de la science. B. Latour, D. Vinck, V. Scardigli, J-P. Warnier... : tous ont souligné la frilosité des sciences humaines à s'avancer dans ces « boites noires », dans les lieux sacrés de la production de la science. L'objectif principal de ce projet a été de réaliser l'enquête ethnographique d'un laboratoire de chimie. Par « enquête », j'entends suivre le processus de production d'un fait scientifique. Par « ethnographie », j'entends exclure une enquête rapide et superficielle, de type journalistique. Il s'agit de pouvoir rendre compte d'une activité scientifique en se donnant les moyens de dépasser les explications données par les acteurs eux-mêmes. Autrement dit, mon objectif se place dans une perspective anthropologique puisque je cherche à construire, à partir de l'étape ethnographique de collecte d'informations et de données, des modèles d'explication au-delà de l'informationnel et de la donnée brute, livrable telle quelle. Cette enquête vise à définir le contour de l'activité scientifique : dans quels contextes le « fait chimique » est-il produit ? Pour répondre à cette question, j'élargirai l'étude d'un groupe de scientifique aux institutions en son amont (ce qui rend l'activité possible) et aux « clients » en son aval (ce qui oriente l'activité). Cette prise en compte des conditions sociales, politiques et économiques de l'activité d'un laboratoire donne au projet sa dimension ethnographique et sa forme d'enquête