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Extended Scope and Understanding of Zinc-Dependent Alcohol Dehydrogenases for Reduction of Cyclic α-DiketonesStark, Frances, Hoffmann, Aaron, Ihle, Nadine, Loderer, Christoph, Ansorge-Schumacher, Marion B. 19 August 2024 (has links)
Alcohol dehydrogenases (ADH) are important tools for generating chiral α-hydroxyketones. Previously, only the ADH of Thauera aromatica was known to convert cyclic α-diketones with appropriate preference. Here, we extend the spectrum of suitable enzymes by three alcohol dehydrogenases from Citrifermentans bemidjiense (CibADH), Deferrisoma camini (DecADH), and Thauera phenylacetica (ThpADH). Of these, DecADH is characterized by very high thermostability; CibADH and ThpADH convert α-halogenated cyclohexanones with increased activity. Otherwise, however, the substrate spectrum of all four ADHs is highly conserved. Structural considerations led to the conclusion that conversion of diketones requires not only the expansion of the active site into a large binding pocket, but also the circumferential modification of almost all amino acid residues that form the first shell of the binding pocket. The constellation appears to be overall highly specific for the relative positioning of the carbonyl functions and the size of the C-ring.
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Variation de l’expression et de l’activité des 11β-hydroxystéroïde déshydrogénases rénales, cardiaques et placentaires au cours de la gestation de la rateBarrette, Mathieu 08 1900 (has links)
L’activation du système rénine-angiotensine-aldostérone peut entraîner le développement d’une hypertension artérielle et de la fibrose cardiaque. Toutefois, au cours de la grossesse, malgré une hausse substantielle des niveaux d’aldostérone, ces effets délétères ne sont pas observés. L’aldostérone exerce ses effets via les récepteurs des minéralocorticoïdes, les MR, qui peuvent également lier le cortisol avec une affinité similaire. La régulation des niveaux locaux de ce glucocorticoïde par les 11β-hydroxystéroïde déshydrogénases (11β-HSD) est donc essentielle pour éviter une stimulation inappropriée des MR. Nous suggérons que, durant la grossesse, ces enzymes sont impliquées dans la protection de la mère et du foetus contre les niveaux élevés d’aldostérone et de cortisol. Notre hypothèse de travail est que les mécanismes d’adaptation qui prennent place au cours de la grossesse nécessitent des changements d’expression (ARNm et protéine) et d’activité des 11β-HSD spécifiques selon le tissu. Des rates Sprague-Dawley ont été sacrifiées aux jours 14, 17, 19 et 22 de gestation (terme = jour 23) et leurs organes ont été collectés. Dans le rein, les niveaux protéiques des 11β-HSD sont diminués en fin de gestation. Dans le placenta, on observe une importante chute de l’expression génique et protéique de la 11β-HSD1 au jour 17 tandis que la 11β-HSD2 y est augmentée. L’expression et l’activité de la 11β-HSD2 sont par la suite diminuées jusqu’à terme. Aucune différence significative n’est retrouvée dans le ventricule gauche cardiaque. En conclusion, nos résultats démontrent que la gestation est accompagnée d’importants changements dans le placenta, possiblement pour assurer un développement foetal adéquat, tandis que le rein et le coeur sont peu ou pas affectés. Des études plus approfondies sur l’expression des MR dans ces tissus nous aideront à mieux comprendre l’implication des 11β-HSD au fil de la gestation. / The activation of the renin-angiotensin-aldosterone system can lead to hypertension and cardiac fibrosis. However, despite a substantial elevation of aldosterone during pregnancy, those adverse effects are not observed. Aldosterone acts via the mineralocorticoid receptors (MR) which can also bind cortisol with a similar affinity. Regulation of the local levels of this glucocorticoid by the 11β-hydroxysteroid dehydrogenases (11β-HSD) is thus crucial to avoid overstimulation of MRs. We believe that these enzymes are involved in the maternal and fetal protections against the high levels of aldosterone and cortisol observed during pregnancy. We propose that the adaptative mechanisms occurring during normal pregnancy involve tissue-specific changes in the expression (mRNA and protein) and activity of both 11β-HSDs. Pregnant Sprague-Dawley rats were sacrified on day 14, 17, 19 or 22 of gestation (term = day 23) and their organs were collected. In the kidney, our results have shown that 11β-HSDs protein levels decrease in late gestation. In the placenta, a dramatic decrease of 11β-HSD1 mRNA and protein expressions is observed on day 17 while 11β-HSD2 levels are increased. Expression and activity of the 11β-HSD2 are then decreased up to day 22. No significant differences were detected in the left cardiac ventricle. In conclusion, our results demonstrate that gestation is associated with important modifications in the placenta, possibly to ensure a normal fetal growth, while expression in the kidney and the heart is barely changed. More studies on MR expression in those tissues will be required to better characterise the function of the 11β-HSDs throughout pregnancy.
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Identifizierung und Charakterisierung von Genen und korrespondierenden Genprodukten aus Metagenombanken, die Butanol-Dehydrogenase-Aktivität oder proteolytische Aktivität vermitteln / Identification and characterization of genes and encoding gene products of metagenomic libraries conferring butanol dehydrogenase activity or proteolytic activityWaschkowitz, Tanja 03 May 2006 (has links)
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Ilgalaikio tręšimo poveikis skirtingos kilmės dirvožemių biologiniam aktyvumui / The long-term fertilization effect on biological activity of different genesis soilsGrigaliūnienė, Kristina 17 January 2006 (has links)
The effect of organic and mineral fertilizers on biological activity of different genesis soils in long-term crop rotation trials was determined. Biological activity was diverse in the soils of different genesis and it activity correlated with some soil chemical properties. Organic and mineral fertilizers and their combinations more increased biological activity in the soil than only mineral fertilizers. Mineral fertilizers suppressed dehydrogenase and alkaline phosphatase activity (180 kg ha-1) with phosphorus and potassium fertilizers. The relationship between the crops grown, their yield and enzyme activity and respiration intensity in the soil was investigated.
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Variation de l’expression et de l’activité des 11β-hydroxystéroïde déshydrogénases rénales, cardiaques et placentaires au cours de la gestation de la rateBarrette, Mathieu 08 1900 (has links)
L’activation du système rénine-angiotensine-aldostérone peut entraîner le développement d’une hypertension artérielle et de la fibrose cardiaque. Toutefois, au cours de la grossesse, malgré une hausse substantielle des niveaux d’aldostérone, ces effets délétères ne sont pas observés. L’aldostérone exerce ses effets via les récepteurs des minéralocorticoïdes, les MR, qui peuvent également lier le cortisol avec une affinité similaire. La régulation des niveaux locaux de ce glucocorticoïde par les 11β-hydroxystéroïde déshydrogénases (11β-HSD) est donc essentielle pour éviter une stimulation inappropriée des MR. Nous suggérons que, durant la grossesse, ces enzymes sont impliquées dans la protection de la mère et du foetus contre les niveaux élevés d’aldostérone et de cortisol. Notre hypothèse de travail est que les mécanismes d’adaptation qui prennent place au cours de la grossesse nécessitent des changements d’expression (ARNm et protéine) et d’activité des 11β-HSD spécifiques selon le tissu. Des rates Sprague-Dawley ont été sacrifiées aux jours 14, 17, 19 et 22 de gestation (terme = jour 23) et leurs organes ont été collectés. Dans le rein, les niveaux protéiques des 11β-HSD sont diminués en fin de gestation. Dans le placenta, on observe une importante chute de l’expression génique et protéique de la 11β-HSD1 au jour 17 tandis que la 11β-HSD2 y est augmentée. L’expression et l’activité de la 11β-HSD2 sont par la suite diminuées jusqu’à terme. Aucune différence significative n’est retrouvée dans le ventricule gauche cardiaque. En conclusion, nos résultats démontrent que la gestation est accompagnée d’importants changements dans le placenta, possiblement pour assurer un développement foetal adéquat, tandis que le rein et le coeur sont peu ou pas affectés. Des études plus approfondies sur l’expression des MR dans ces tissus nous aideront à mieux comprendre l’implication des 11β-HSD au fil de la gestation. / The activation of the renin-angiotensin-aldosterone system can lead to hypertension and cardiac fibrosis. However, despite a substantial elevation of aldosterone during pregnancy, those adverse effects are not observed. Aldosterone acts via the mineralocorticoid receptors (MR) which can also bind cortisol with a similar affinity. Regulation of the local levels of this glucocorticoid by the 11β-hydroxysteroid dehydrogenases (11β-HSD) is thus crucial to avoid overstimulation of MRs. We believe that these enzymes are involved in the maternal and fetal protections against the high levels of aldosterone and cortisol observed during pregnancy. We propose that the adaptative mechanisms occurring during normal pregnancy involve tissue-specific changes in the expression (mRNA and protein) and activity of both 11β-HSDs. Pregnant Sprague-Dawley rats were sacrified on day 14, 17, 19 or 22 of gestation (term = day 23) and their organs were collected. In the kidney, our results have shown that 11β-HSDs protein levels decrease in late gestation. In the placenta, a dramatic decrease of 11β-HSD1 mRNA and protein expressions is observed on day 17 while 11β-HSD2 levels are increased. Expression and activity of the 11β-HSD2 are then decreased up to day 22. No significant differences were detected in the left cardiac ventricle. In conclusion, our results demonstrate that gestation is associated with important modifications in the placenta, possibly to ensure a normal fetal growth, while expression in the kidney and the heart is barely changed. More studies on MR expression in those tissues will be required to better characterise the function of the 11β-HSDs throughout pregnancy.
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Bio-encapsulation d'oxydases et de déshydrogénases par électrogénération sol-gel sur réseau de nano-objets / Bioencapsulation of oxidases and dehydrogenases using electrochemically-assisted sol-gel deposition on the nanoobjects networkMazurenko, Ievgen 03 June 2013 (has links)
Dans cette thèse, des travaux de recherche ont été menés pour immobiliser différentes enzymes (oxydases et déshydrogénases) au sein d'une matrice de silice dans le but de construire un biocapteur ampérométrique. Des matériaux nanostructurés ont ensuite été introduit dans ce système afin d'améliorer les caractéristiques analytiques de ces biocapteurs. La méthode de dépôt sol-gel par assistance électrochimique a été choisie pour l'immobilisation des enzymes à la surface des électrodes et des nanomatériaux car elle donne la possibilité de contrôler finement l'épaisseur du film déposé afin de couvrir individuellement ces objets. La faisabilité de cette approche a été montrée par la modification de nanofibres de platine présentant une grande surface active pour l'oxydation de H2O2 produit en présence de biocomposite silice-glucose oxidase. Le dépôt sol-gel électrochimiquement assisté permet également la modification d'électrodes imprimées en or par un biocomposite silice-choline oxidase, ce qui donne la possibilité de construire rapidement un biocapteur à choline présentant de très bonnes caractéristiques analytiques. Les nanotubes de carbone ont également été choisis comme matrice pour l'immobilisation de déshydrogénases car ils permettent d'obtenir une grande aire spécifique et des propriétés catalytiques intéressantes pour l'oxydation du co-facteur enzymatique NADH. La méthode de dépôt électrophorétique a été utilisée pour créer des couches de nanotubes poreuses ayant une épaisseur contrôlée à la surface d'un support de carbone vitreux. Les électrodes ainsi préparées présentent de bonne performances électrochimiques, permettant notamment de déplacer le potentiel d'oxydation de NADH et d'augmenter la sensibilité de détection. Un biocomposite silice-sorbitol déshydrogénase a ensuite été déposé à la surface de la couche de nanotubes de carbone en utilisant la méthode de dépôt sol-gel assisté par électrochimie pour construire un biocapteur à sorbitol. La méthode de dépôt électrophorétique a enfin été appliquée pour la première fois à l'élaboration d'assemblages de nanotubes de carbone macroporeux. De tells assemblages ont été utilisés comme support pour co-immobiliser la sorbitol déshydrogénase et le co-facteur enzymatique au sein des macropores, ce qui a permis d'augmenter la sensibilité de la détection du sorbitol par comparaison avec un assemblage de nanotubes de carbone non macroporeux / In this thesis, the research work was focused on the immobilization of different enzymes (oxidases and dehydrogenases) into biocomposite silica matrix with the aim of amperometric biosensors construction. Then, the structured nanomaterials were introduced in the system in order to improve the characteristics of biosensors. The method of electrochemically-assisted deposition was chosen for the immobilization of enzymes on the surface of nanomaterials as it provides possibility of fine tuning of film thickness allowing covering each individual nanoobject. The feasibility of this was shown while modifying the platinum nanofibers, which demonstrate high electroactive surface and H2O2 oxidation rate, with silica-glucose oxidase biocomposite. The electrochemically-assisted deposition also allows the express modification of gold screen-printed electrodes with silica-choline oxidase biocomposite making possible the quick fabrication of cheap choline biosensors with high analytical characteristics. The carbon nanotubes was chosen as matrix for the immobilization of dehydrogenases as they have high surface area and electrocatalytic properties towards the oxidation of enzymatic co-factor NADH. The method of electrophoretic deposition was used for the creation of porous CNT-layer with controllable thickness on the surface of glassy carbon electrode. Created thereby matrix demonstrated good electrochemical performance significantly shifting the potential and increasing sensitivity of NADH oxidation. Then the biocomposite silica-sorbitol dehydrogenase film was deposited on the CNT-layer by means of electrochemically-assisted deposition for the construction of high-performance sorbitol biosensor. The method of electrophoretic deposition was also applied for the first time for the construction of thick macroporous CNT-assemblies with uniform pore size using template approach. Such macroporous CNT-electrode was used for the co-immobilization of sorbitol dehydrogenase and enzymatic co-factor inside the pores demonstrating higher sensitivity of sorbitol detection in comparison with nonporous CNT-electrode
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Použití bakteriálních složek v prevenci a léčbě experimentálního střevního zánětu / Bacterial components in experimental intestinal inflammation prevention and therapyKverka, Miloslav January 2011 (has links)
Although strong protective immune response is essential for preventing invasion by pathogens, equivalent responses against antigens originating from commensal bacteria can lead to chronic inflammatory diseases, such as inflammatory bowel disease (IBD). Manipulating the mucosal immune responses with microbial antigens might be an excellent tool to IBD therapy or prevention. Our aim was to gain some insight into the regulation of the intestinal inflammation and to isolate bacterial immunomodulatory components that could be used in intestinal inflammation therapy and prevention. One particular mechanism of how healthy colon tissue regulates the inflammation during acute experimental colitis is through modulation of bioavailability of glucocorticoids (GCs) in gut mucosa. Here, we show that intestinal inflammation changes the local GC metabolism, which ultimately leads to decrease in inflammatory readiness of cells in the gut mucosa and in mesenteric lymph nodes. This pre-receptor regulation of GC function could represent an important homeostatic function of the gut mucosa. The actual triggers of intestinal inflammation in IBD seem to be either microbial dysbiosis or microbes with special "pathogenic" abilities, which both could be rectified by feeding with probiotics. Here, we report that oral feeding with live...
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Použití bakteriálních složek v prevenci a léčbě experimentálního střevního zánětu / Bacterial components in experimental intestinal inflammation prevention and therapyKverka, Miloslav January 2011 (has links)
Although strong protective immune response is essential for preventing invasion by pathogens, equivalent responses against antigens originating from commensal bacteria can lead to chronic inflammatory diseases, such as inflammatory bowel disease (IBD). Manipulating the mucosal immune responses with microbial antigens might be an excellent tool to IBD therapy or prevention. Our aim was to gain some insight into the regulation of the intestinal inflammation and to isolate bacterial immunomodulatory components that could be used in intestinal inflammation therapy and prevention. One particular mechanism of how healthy colon tissue regulates the inflammation during acute experimental colitis is through modulation of bioavailability of glucocorticoids (GCs) in gut mucosa. Here, we show that intestinal inflammation changes the local GC metabolism, which ultimately leads to decrease in inflammatory readiness of cells in the gut mucosa and in mesenteric lymph nodes. This pre-receptor regulation of GC function could represent an important homeostatic function of the gut mucosa. The actual triggers of intestinal inflammation in IBD seem to be either microbial dysbiosis or microbes with special "pathogenic" abilities, which both could be rectified by feeding with probiotics. Here, we report that oral feeding with live...
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Untersuchung der Stressantwort von <i>Picrophilus torridus</i> mittels 2D-Gelelektrophorese und Charakterisierung ausgewählter Dehydrogenase / Stress response in <i>Picrophilus torridus</i> and characterization of different dehydrogenasesThürmer, Andrea 23 January 2008 (has links)
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