Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-09T10:09:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 508161 bytes, checksum: 61f6ccb490fa28cb496e741671cc1f50 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T10:09:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 508161 bytes, checksum: 61f6ccb490fa28cb496e741671cc1f50 (MD5) Previous issue date: 2016-07-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A macaúba é uma espécie promissora na obtenção de óleo para biodiesel. Entretanto, ocorre em pequenas populações acarretando em depressão endogâmica, que limita seu desenvolvimento, reduz o número de frutos e causa efeitos negativos nos demais caracteres. Portanto, o objetivo deste trabalho foi estimar a depressão endogâmica em caracteres vegetativos e produtivos, correlações, valores e parâmetros genéticos e populacionais (índice de fixação e Nem), bem como o efeito da estruturação em populações na acurácia da avaliação genética. Os dados foram coletados nos anos de 2013 a 2015 no Banco Ativo de Germoplasma de Macaúba (Araponga-MG) e são referentes à 293 indivíduos pertencentes à 44 famílias de meios irmãos, sendo que oito destas possuem pelo menos um indivíduo autofecundado. As famílias foram agrupadas em sete populações conforme a localização geográfica. A depressão foi evidente em caracteres produtivos e vegetativos, sendo maior nos primeiros e, principalmente, no número de frutos para algumas famílias. Para caracteres produtivos, poucas famílias apresentaram depressão exogâmica em relação aos vegetativos. O índice de fixação (FST) foi elevado para caracteres vegetativos e reduzido para os produtivos. O Nem foi inferior a um (<1) para os caracteres vegetativos, o que indica diferenciação por deriva. O modelo com os efeitos de população e genético mostrou-se adequado, obtendo altos valores de acurácia para caracteres com alto FST. As herdabilidades foram relativamente altas para alguns caracteres. A correlação genética foi alta entre os caracteres produtivos e com relação a um vegetativo (número de inflorescências). A depressão endogâmica pode ser considerada como uma das causas da redução do número de frutos, sendo menos acentuada em caracteres com alto F ST e baixo Nem. A seleção de 52 indivíduos com um tamanho efetivo populacional acima de 30 é adequada para formação de um pomar de sementes, pois diminui deriva e possibilita um alto ganho genético para produção de óleo (180%), o qual é elevado devido à variância existente no Banco de Germoplasma de Macaúba. / The Macaw palm is an outstanding specie to produce biofuels from its oil. Although, it occurs in small populations, leading to inbreeding depression which limits its development, reduces the number of fruits and others traits. Hence, the aim at this work was to estimate inbreeding depression in vegetative and productive traits, mainly the number of fruits that is related to fruit abortion, correlations, genetic breeding values and population parameters (fixation index and Nem), as well as estimating the effect of structured populations in the accuracy of genetic evaluations. The data were collected from 2013 up to 2015 in Macaw palm Germoplasm Bank (Araponga-MG) and they refer to 293 individuals from 44 half-sib families. Eight out of these families have at least one inbred individual. All families were clustered in seven populations according to its geographic coordinates. The inbreeding depression was evident in productive and vegetative traits, the former were higher than the later. The reduction of number of fruits due to inbreeding was extremely higher in some families. For productive traits, few families showed outbreeding depression in relation to vegetative traits. The fixation index (FST) was higher for vegetative traits and lower for productive traits. O Nem was lower than one (<1) for vegetative traits which indicates genetic drift for them. The model used for estimating the genetic and population effects was suitable and obtained high values of accuracy for the traits with high values of FST. The heritability were slightly higher for some traits. The genetic correlation was higher among productive traits and with relation to one vegetative trait (number of inflorescences). The inbreeding depression can be considered as one of the causes of the reduction of number of fruits and it is lower in traits that have high F ST values and low N em values. The selection of 52 individuals has the effective population size upper 30 that is suitable for establishing seed-orchards, because reduces genetic drift and can obtain high genetic gain for oil production (180%), which is high due to the variability in the Macaw palm Germoplasm Bank.

O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (FROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (FGRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (FGRM05), excesso de homozigose (FHOM) e informação de pedigree (FPED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (&gt; 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para FPED, FROH, FGRM e FGRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para FPED, FROH, FGRM, FGRM05 e FHOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica. / Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (FGRM), allele frequencies set to 0.5 (FGRM05), excess of homozygosity (FHOM), and pedigree information (FPED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (&gt; 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for FPED, FROH, FGRM, and FGRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for FPED, FROH, FGRM, FGRM05 and FHOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.

O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (FROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (FGRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (FGRM05), excesso de homozigose (FHOM) e informação de pedigree (FPED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (&gt; 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para FPED, FROH, FGRM e FGRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para FPED, FROH, FGRM, FGRM05 e FHOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica. / Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (FGRM), allele frequencies set to 0.5 (FGRM05), excess of homozygosity (FHOM), and pedigree information (FPED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (&gt; 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for FPED, FROH, FGRM, and FGRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for FPED, FROH, FGRM, FGRM05 and FHOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.

Submitted by Lara Oliveira (lara@ufersa.edu.br) on 2017-01-11T17:04:47Z No. of bitstreams: 1 RenatoDMP_DISSERT.pdf: 1230065 bytes, checksum: a02c74ca1b86b4bb142eac0340686bc7 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-01-24T14:43:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RenatoDMP_DISSERT.pdf: 1230065 bytes, checksum: a02c74ca1b86b4bb142eac0340686bc7 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-02-15T15:02:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RenatoDMP_DISSERT.pdf: 1230065 bytes, checksum: a02c74ca1b86b4bb142eac0340686bc7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T14:49:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RenatoDMP_DISSERT.pdf: 1230065 bytes, checksum: a02c74ca1b86b4bb142eac0340686bc7 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Saanen goat breed is present in all countries that have a fairly developed dairy goat and the predominant race in farms and with higher milk production average. The objective of this study was to evaluate the population structure and the effect of inbreeding on the production of milk up to 305 days of lactation and duration of lactation in Saanen goats belonging to participating flocks of Breeding Program of Dairy Goats (Capragene®). The evaluated population parameters were the effective number of founders (fe) and ancestors (fa), effective size (Ne), inbreeding coefficient (F), individual increase in inbreeding (ΔFi), average coefficient of relatedness (AR), the integrity of pedigrees and Wright's F statistics. The effect of inbreeding was verified by t test evaluating contrast through a subroutine MTDFREML application. We used pedigree data from 7,640 animals and 3,548 lactation information pertaining to 2,154 goats. The mean AR and F coefficients of the population were 1.48% and 0.78%, respectively. But the effective size was 39,69, from complete equivalent generation. The effective number of founder animals (fe) and ancestors (fa) was 123 and 101 respectively, and fiam all ancestors only 39 were responsible for explaining 50% of the genetic variability within the population, which indicates loss of source genes. As for the integrity of pedigrees were identified 80.13% animals as sires (breeders) and 79.02% as mothers. For subdivision of the population of the values obtained for FIS, FST and FIT were -0.017, 0.028 and 0.011 respectively, indicating the absence of the population structuring. There was no significant effect of inbreeding on the duration of lactation (P>0.05). The production of milk up to 305 days of lactation was significantly affected by inbreeding, with a reduction of 2.31 kg with the increase of 1% in the individual inbreeding / A raça de caprinos Saanen está presente em todos os países que têm uma caprinocultura leiteira razoavelmente desenvolvida, sendo a raça predominante nos criatórios e de maior média de produção de leite. Objetivou-se com este estudo avaliar a estrutura populacional e o efeito da endogamia sobre a produção de leite até os 305 dias de lactação e a duração da lactação em cabras da raça Saanen pertencentes a rebanhos participantes do Programa de Melhoramento Genético de Caprinos Leiteiros (Capragene®). Os parâmetros populacionais avaliados foram o número efetivo de fundadores (fe) e ancestrais (fa), tamanho efetivo (Ne), coeficiente de endogamia (F), incremento individual de endogamia (ΔFi), coeficiente médio de parentesco (AR), a integridade dos pedigrees e as estatísticas F de Wright. O efeito da endogamia foi verificado pelo teste t, avaliando-se contraste por meio de uma sub-rotina do aplicativo MTDFREML. Foram utilizados dados de pedigree de 7.640 animais e informações de 3.548 lactações pertencentes a 2.154 cabras. Os coeficientes de F e AR médios da população foram de 1,48% e 0,78%, respectivamente. Já o tamanho efetivo foi de 39,69, considerando a geração equivalente completa. O número efetivo de animais fundadores (fe) e de ancestrais (fa) foi de 123 e 101 respectivamente, o que indica perda de genes de origem. De todos os ancestrais, apenas 39 foram responsáveis por explicar 50% da variabilidade genética da população. Quanto à integridade dos pedigrees foram identificados 80,13% de animais como pais (reprodutores) e 79,02% como mães. As estatísticas F de Wright, FIS, FST e FIT, foram -0,017, 0,028 e 0,011 respectivamente, indicando a ausência de subestruturação da população. Não houve efeito significativo da endogamia sobre a duração da lactação (P>0,05). A produção de leite até os 305 dias de lactação foi afetada significativamente pela endogamia, havendo uma redução de 2,31 kg na produção de leite com o incremento de 1% na endogamia individual / 2017-01-11

O bioma Mata Atlântica tem sofrido com a fragmentação florestal e como forma de reestabelecer ambientes florestais são realizados plantios de restauração. Porém, por muito tempo houve preocupação somente com a composição florística das áreas e a diversidade genética foi negligenciada. Além disso, muitas áreas são implantadas a partir de sementes coletadas em áreas florestais geralmente pouco conservadas, pequenas e isoladas, o que pode comprometer a qualidade genética das mudas, produzindo indivíduos menos adaptados em decorrência da depressão endogâmica. Assim este trabalho teve como objetivo principal analisar o aspecto genético em áreas de restauração na região do Pontal do Paranapanema e área natural de referência, o Parque Estadual Morro do Diabo (PEMD), utilizando o jatobá (Hymenaea courbaril L.) como espécie modelo. No capítulo 1 com o objetivo de verificar a diversidade genética de H. courbaril em áreas de restauração florestal, foram selecionadas duas áreas de plantio com espécies nativas. Nestas áreas e no PEMD foram coletadas amostras foliares de indivíduos adultos que foram genotipadas para oito locos microssatélites. No PEMD ainda foram coletados frutos em 12 matrizes para caracterização do sistema reprodutivo. As três áreas estudadas apresentaram diversidade genética e níveis de endogamia similares. Nas três áreas de estudo foi identificada baixa estruturação genética espacial. Houve predomínio de fecundação cruzada para a produção de frutos na área natural, porém a taxa de cruzamentos entre indivíduos aparentados foi até dez vezes maior que a observada em outras populações da espécie. No capítulo 2 com o objetivo de verificar se há depressão endogâmica em progênies provenientes do PEMD foram selecionadas 320 sementes de 12 matrizes. Estas e seus frutos foram medidos. As plântulas a que deram origem também foram mensuradas, mensalmente, durante 15 meses. Todos os indivíduos foram genotipadas para oito locos microssatélites. A coancestria, foi estimada e os indivíduos separados em: não aparentados (tu), aparentados (tr) e autofecundação (s). Foi verificada diferença entre as métricas das plantas de acordo com o nível de coancestria entre indivíduos. Também foram estimados os valores de depressão endogâmica (ID). A quantidade de indivíduos irmãos de autofecundação foi muito pequena, sendo a maioria proveniente de cruzamento entre indivíduos não aparentados. A depressão endogâmica por autofecundação foi mais evidente no peso e tamanho dos frutos, e amena ou inexistente para os demais caracteres. Isto provavelmente por estas sementes terem sido coletadas em um fragmento grande e bem conservado e que ainda não sofre as consequências da depressão endogâmica. Assim, nosso trabalho mostrou que áreas de restauração florestal que seguiram as recomendações genéticas de implantação, apresentam diversidade genética suficiente para H. courbaril, podendo estas áreas serem fonte de coleta de sementes no futuro. E que os indivíduos provenientes de sementes do PEMD não apresentaram efeito de depressão endogâmica até 15 meses de desenvolvimento em viveiro. / The Brazilian Atlantic Forest was severely deforested and restoration initiatives are necessary to reestablish environments. However, for a long time there is only concern over floristic composition and the genetic diversity has been neglected. In addition, several restoration areas are planted from seeds collected in forest areas that are generally poorly preserved, small and isolated, which may compromise the genetic quality of the seedlings, producing less adapted individuals due to inbreeding depression. The aim of this work was to analyze the genetic aspects of Hymenaea courbaril L. in restoration areas in Pontal do Paranapanema region, and a natural reference forest, the Morro do Diabo State Park (PEMD), where seeds were also collected. In Chapter 1, to verify the genetic diversity of H. courbaril in areas of forest restoration, using eight microsatellites, two restoration areas were selected. In these areas and in the PEMD, leaf samples from adult individuals were collected. In the PEMD, fruits were collected in 12 seed trees for mating system characterization. The three areas presented similar genetic diversity and levels of inbreeding. Low spatial genetic structure was identified in the three studied areas. In the natural forest, fruits were mainly produced through outcrossings, but the rate of mating among relatives was up to ten times higher than the observed in other H. courbaril populations. In Chapter 2, to verify the inbreeding depression in the PEMD were selected 320 seeds from eight seed trees. The seeeds and their fruits were measured. The seedlings were also measured monthly, during 15 months. All seedlings were genotyped with eight microsatellite loci. From the pairwise coancestry the seedlings were separated into three categories: outcrossing among unrelated individuals (tu), outcrossing among related individuals (tr), and selfing (s). We verified differences among groups in the metrics of seedlings according to the level of coancestry among individuals. The values of inbreeding depression (ID) were also estimated. The number of selfed seedlings were very small, and the majority were from outcrossing among unrelated individuals. Inbreeding depression by selfing was more evident in weight and size fruit, and was insignificant or non-existent for other characters. This is probably because these seeds were collected in a large and preserved forest fragment, that does not suffer the consequences of inbreeding depression yet. Thus, our work showed that forest restoration areas that followed the genetic recommendations present enough genetic diversity for H. courbaril, and these areas may be a source of seeds for collection in the future. Besides that, seedlings from seed trees in PEMD did not present inbreeding depression effect up to 15 months of nursery development.

Submitted by HELSI MARIA ISIDRO CRISTOBAL null (helmar2009@live.com.mx) on 2017-10-25T12:25:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Helsi_final.pdf: 975344 bytes, checksum: bb2e31aa42ebcacbcd49b7790b75ac33 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-10-31T15:36:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cristobal_hmi_me_jabo.pdf: 975344 bytes, checksum: bb2e31aa42ebcacbcd49b7790b75ac33 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-31T15:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cristobal_hmi_me_jabo.pdf: 975344 bytes, checksum: bb2e31aa42ebcacbcd49b7790b75ac33 (MD5) Previous issue date: 2017-09-26 / Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) / Os programas de melhoramento em espécies aquícolas apresentam, no geral, um número restrito de famílias e um pequeno tamanho efetivo populacional, levando ao acasalamento de animais aparentados e, consequentemente, ao aumento da endogamia. Por sua vez, maiores níveis de endogamia tendem a ocasionar queda no desempenho dos animais causada pela depressão endogâmica. O objetivo deste estudo foi estimar os níveis de endogamia e depressão endogâmica sobre as características de peso à despesca, comprimento à despesca e resistência a Piscirickettsia salmonis em uma população de salmão coho. A resistência a Piscirickettsia salmonis foi definida como o dia da morte de cada peixe após desafio conduzido em dois anos, com média de 42 dias em 2012 e 14 dias no ano de 2014. Foi utilizado um banco de dados composto por 53.504 observações, provenientes de nove gerações e 930 famílias. A estimação dos componentes de variância e endogamia foram obtidas utilizando o programa computacional AIREMLF90 e os valores de depressão endogâmica foram estimados a partir de um modelo animal. Os valores observados para o coeficiente de endogamia foram crescentes ao longo das gerações, com uma taxa média máxima de 8,75% no ano de 2014. A depressão endogâmica afetou em maior nível as características de peso à despesca e dia de morte, com redução de 6,4 e 9,2% no desempenho dos animais, respectivamente, para o nível máximo de endogamia observado (30%). Os resultados indicam a necessidade de uso de estratégias mais efetivas de controle da endogamia para a manutenção do progresso genético do programa de melhoramento de salmão coho. / Aquaculture breeding programs present, in general, low number of families and reduced effective population size, resulting in mating of related animals and, consequently, increased level of inbreeding. High inbreeding coefficient may negatively impact the animals’ performance due to inbreeding depression. The objective of this study was to estimate inbreeding coefficient and inbreeding depression on growth traits and resistance against Piscirickettsia salmonis in a coho salmon population. Resistance against P. salmonis was defined as days to death of each fish after being challenged in two different years, with an average of 42 days in 2012 and 14 days in 2014. Data of 53,504 animals from 930 families was analyzed. Variance components were estimated using the software AIREMLF90, and inbreeding depression was estimated under an animal model. An increasing rate of inbreeding was observed, attaining an average of 8.75% in 2014. Inbreeding depression was more pronounced for harvest weight (PD) and days to death (DM), in comparison with harvest length. At the highest observed inbreeding level (30%), the estimated reduction caused by inbreeding depression was equal to 6,4% for PD and 9,2% for DM. The results indicate the necessity to control inbreeding more effectively for the studied coho salmon population, to guarantee genetic progress in the long term. / CONACYT: 579741/410470

Orientador: Ricardo da Fonseca / Resumo: As raças ovinas deslanadas são parte do patrimônio genético do Brasil, formado por animais adaptados ao semiárido nordestino e com potencial de produção de carne e pele. No entanto tratam-se de raças de recente formação, ainda com poucos programas de melhoramento genético, e consequentemente, carente de estudos da estrutura populacional, variabilidade genética, endogamia e grau de conservação. Diante disso este trabalho teve dois objetivos: 1) analisar a variabilidade genética da raça Santa Inês no Brasil com base em informações de pedigree utilizando registros de animais da raça Santa Inês, provenientes da Associação Sergipana de Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) criados na Região Nordeste do Brasil e 2) avaliar a estrutura genética e variabilidade genética do núcleo de conservação da Embrapa Caprinos e Ovinos, localizada na cidade de Sobral, região do norte do estado do Ceará, controlado pelo Sistema de Gerenciamento de rebanho (SGR) dentro do dentro do programa de melhoramento genético de caprinos e ovinos de corte – GENECOC®. O arquivo de pedigree da raça Santa Inês (ASCCO) continha 29080 animais e os arquivos de dados genealógicos pertencentes ao GENECOC 904 indivíduos da raça Santa Inês, 972 indivíduos da raça Somalis e 1372 indivíduos da raça Morada Nova. Para a primeira análise dos animais Santa Inês a média da integridade do pedigree nas últimas quatro gerações foi maior que 50% e o número de gerações completas equivalente foi igual a 4,89. O valor do coeficient... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The wooless sheep breeds are part of the genetic heritage of Brazil, formed by animals highly adapted to semi-arid Northeast and high capacity of production of meat and skin. However it is of recent formation breeds, still few breeding programs, and consequently lacking in studies of population structure, genetic variability, inbreeding and degree of conservation. Therefore this study had two objectives: 1) to analyze the genetic variability of Santa Ines in Brazil based on pedigree information using animal records Santa Ines, from the Goat Breeders of Sergipana Association and Sheep (ASCCO) created in Northeast of Brazil and 2) evaluate the genetic structure and genetic variability conservation nucleus of Embrapa goats and sheep, located in Sobral, northern region of the state of Ceará, compiled by Management System for Livestock, part of the within the Breeding Program of Goats and sheep - GENECOC® . Santa Inês breed pedigree file (ASCCO) contained 29080 animals and genealogical data files belonging to GENECOC 904 individuals Santa Ines, 972 individuals of Somalis breed and 1372 individuals of Morada Nova breed. For the first analysis of animal Santa Inês the average pedigree integrity in the last four generations was greater than 50% and the number of full generations equivalent was equal to 4.89. The value of endogamic coefficient (F) was 0.32% and the obtained relationship coefficient was 3.1%. The generation interval was 5.75 years. For the results of the parameters bas... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-02-22T14:30:07Z No. of bitstreams: 1 elizetedossantosealhadas.pdf: 845190 bytes, checksum: 27880d4df7dd569177866e95bbcf325b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-02-26T14:08:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 elizetedossantosealhadas.pdf: 845190 bytes, checksum: 27880d4df7dd569177866e95bbcf325b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-02-26T14:08:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 elizetedossantosealhadas.pdf: 845190 bytes, checksum: 27880d4df7dd569177866e95bbcf325b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-26T14:08:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 elizetedossantosealhadas.pdf: 845190 bytes, checksum: 27880d4df7dd569177866e95bbcf325b (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Leptinaria unilamellata, espécie de molusco pulmonado terrestre, é hermafrodita simultâneo, e se reproduz tanto por autofecundação quanto por fecundação cruzada. Os objetivos deste estudo foram: (1) investigar e comparar aspectos da história de vida de indivíduos da espécie L. unilamellata gerados por autofecundação e fecundação cruzada e mantidos isolados ou pareados, e, (2) comparar aspectos reprodutivos e desenvolvimento corporal de moluscos da espécie L. unilamellata mantidos isolados, pareados e pareados impedidos de fecundação cruzada, para se verificar o quanto a presença do coespecífico influencia aspectos da história de vida. Para o primeiro experimento, de criações matrizes, foram obtidos 30 moluscos recém-eclodidos que foram mantidos isolados até gerarem filhotes por autofecundação. Os filhotes recém-eclodidos foram separados em dois grupos experimentais: trinta indivíduos isolados e trinta pareados. Dois grupos-controle foram formados com indivíduos recém-eclodidos, gerados por fecundação cruzada, mantidos isolados e pareados. Para o segundo experimento, trinta moluscos foram criados aos pares, porém, com uma tela dividindo o terrário para impedir cruzamento. Como grupos-controle foram utilizados 30 moluscos isolados e 30 pareados. Foram observados os seguintes parâmetros em ambos os experimentos: crescimento, taxa reprodutiva, mortalidade, tempo para o alcance da maturidade sexual, fecundidade, número total de filhotes produzidos, número de eventos reprodutivos e intervalo entre eventos reprodutivos. No primeiro experimento, desde o alcance da maturidade sexual, até o final do experimento, os moluscos mantidos pareados oriundos de fecundação cruzada apresentaram menor comprimento e massa corporal do que os moluscos pareados oriundos de autofecundação, isolados oriundos de fecundação cruzada e isolados provenientes de autofecundação. Os moluscos mantidos pareados oriundos de fecundação cruzada também apresentaram menor taxa de crescimento antes da maturidade sexual quando comparados aos moluscos isolados oriundos de fecundação cruzada e os moluscos isolados e pareados gerados por autofecundação. Os moluscos isolados gerados por autofecundação, mantidos tanto isolados como pareados produziram, em média, mais filhotes que os moluscos provenientes de fecundação cruzada. No segundo experimento, foi observado que, em alguns aspectos, os moluscos pareados impedidos de encontro com o coespecífico, não foram significativamente diferentes dos moluscos mantidos pareados, como, por exemplo, o tempo para alcance da maturidade sexual e crescimento até essa idade. No entanto, eles se assemelharam aos moluscos mantidos isolados em relação ao número de eventos reprodutivos. / Leptinaria unilamellata is a species of hermaphroditic terrestrial pulmonate mollusc. This species reproduces both by selfing and by outcrossing. The aim of this study was to investigate and to compare aspects of the life history of L. unilamellata generated by selfing and outcrossing and keeping isolated or in pairs. For this, 30 newly hatched snails were kept isolated to generate offspring by selfing. The newly hatched snails were divided into two experimental groups: 30 individuals were kept in pairs and 30 individuals were kept isolated. Thirty newly hatched snails were kept in pairs to generate offspring by outcrossing. The newly hatched snails were divided into two experimental groups: 30 individuals were kept in pairs and 30 individuals were kept isolated. The following parameters were observed: growth, reproductive rate, mortality, time to reach sexual maturity, fecundity, total number of offspring produced, number of reproductive events and interval between reproductive events. Since the reach sexual maturity until the end of the experiment, the snails kept in pairs generated by outcrossing showed lower length and weight when compared to other treatments. This group also showed lower growth rate prior to sexual maturity when compared to the others. Isolated snails generated by selfing produced, on average, more offspring than those generated by outcrossing. It has been found that the presence of conspecific in this species can lead to an effort allocation for reproduction at the expense of growth, which could explain the reduced growth of individuals kept in pairs generated by outcrossing.

O bioma Mata Atlântica tem sofrido com a fragmentação florestal e como forma de reestabelecer ambientes florestais são realizados plantios de restauração. Porém, por muito tempo houve preocupação somente com a composição florística das áreas e a diversidade genética foi negligenciada. Além disso, muitas áreas são implantadas a partir de sementes coletadas em áreas florestais geralmente pouco conservadas, pequenas e isoladas, o que pode comprometer a qualidade genética das mudas, produzindo indivíduos menos adaptados em decorrência da depressão endogâmica. Assim este trabalho teve como objetivo principal analisar o aspecto genético em áreas de restauração na região do Pontal do Paranapanema e área natural de referência, o Parque Estadual Morro do Diabo (PEMD), utilizando o jatobá (Hymenaea courbaril L.) como espécie modelo. No capítulo 1 com o objetivo de verificar a diversidade genética de H. courbaril em áreas de restauração florestal, foram selecionadas duas áreas de plantio com espécies nativas. Nestas áreas e no PEMD foram coletadas amostras foliares de indivíduos adultos que foram genotipadas para oito locos microssatélites. No PEMD ainda foram coletados frutos em 12 matrizes para caracterização do sistema reprodutivo. As três áreas estudadas apresentaram diversidade genética e níveis de endogamia similares. Nas três áreas de estudo foi identificada baixa estruturação genética espacial. Houve predomínio de fecundação cruzada para a produção de frutos na área natural, porém a taxa de cruzamentos entre indivíduos aparentados foi até dez vezes maior que a observada em outras populações da espécie. No capítulo 2 com o objetivo de verificar se há depressão endogâmica em progênies provenientes do PEMD foram selecionadas 320 sementes de 12 matrizes. Estas e seus frutos foram medidos. As plântulas a que deram origem também foram mensuradas, mensalmente, durante 15 meses. Todos os indivíduos foram genotipadas para oito locos microssatélites. A coancestria, foi estimada e os indivíduos separados em: não aparentados (tu), aparentados (tr) e autofecundação (s). Foi verificada diferença entre as métricas das plantas de acordo com o nível de coancestria entre indivíduos. Também foram estimados os valores de depressão endogâmica (ID). A quantidade de indivíduos irmãos de autofecundação foi muito pequena, sendo a maioria proveniente de cruzamento entre indivíduos não aparentados. A depressão endogâmica por autofecundação foi mais evidente no peso e tamanho dos frutos, e amena ou inexistente para os demais caracteres. Isto provavelmente por estas sementes terem sido coletadas em um fragmento grande e bem conservado e que ainda não sofre as consequências da depressão endogâmica. Assim, nosso trabalho mostrou que áreas de restauração florestal que seguiram as recomendações genéticas de implantação, apresentam diversidade genética suficiente para H. courbaril, podendo estas áreas serem fonte de coleta de sementes no futuro. E que os indivíduos provenientes de sementes do PEMD não apresentaram efeito de depressão endogâmica até 15 meses de desenvolvimento em viveiro. / The Brazilian Atlantic Forest was severely deforested and restoration initiatives are necessary to reestablish environments. However, for a long time there is only concern over floristic composition and the genetic diversity has been neglected. In addition, several restoration areas are planted from seeds collected in forest areas that are generally poorly preserved, small and isolated, which may compromise the genetic quality of the seedlings, producing less adapted individuals due to inbreeding depression. The aim of this work was to analyze the genetic aspects of Hymenaea courbaril L. in restoration areas in Pontal do Paranapanema region, and a natural reference forest, the Morro do Diabo State Park (PEMD), where seeds were also collected. In Chapter 1, to verify the genetic diversity of H. courbaril in areas of forest restoration, using eight microsatellites, two restoration areas were selected. In these areas and in the PEMD, leaf samples from adult individuals were collected. In the PEMD, fruits were collected in 12 seed trees for mating system characterization. The three areas presented similar genetic diversity and levels of inbreeding. Low spatial genetic structure was identified in the three studied areas. In the natural forest, fruits were mainly produced through outcrossings, but the rate of mating among relatives was up to ten times higher than the observed in other H. courbaril populations. In Chapter 2, to verify the inbreeding depression in the PEMD were selected 320 seeds from eight seed trees. The seeeds and their fruits were measured. The seedlings were also measured monthly, during 15 months. All seedlings were genotyped with eight microsatellite loci. From the pairwise coancestry the seedlings were separated into three categories: outcrossing among unrelated individuals (tu), outcrossing among related individuals (tr), and selfing (s). We verified differences among groups in the metrics of seedlings according to the level of coancestry among individuals. The values of inbreeding depression (ID) were also estimated. The number of selfed seedlings were very small, and the majority were from outcrossing among unrelated individuals. Inbreeding depression by selfing was more evident in weight and size fruit, and was insignificant or non-existent for other characters. This is probably because these seeds were collected in a large and preserved forest fragment, that does not suffer the consequences of inbreeding depression yet. Thus, our work showed that forest restoration areas that followed the genetic recommendations present enough genetic diversity for H. courbaril, and these areas may be a source of seeds for collection in the future. Besides that, seedlings from seed trees in PEMD did not present inbreeding depression effect up to 15 months of nursery development.