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Caracterização da dinâmica da complexação do receptor tipo Toll 4 humano a MD-2

Aguiar, Carla Carvalho de January 2013 (has links)
Os receptores tipo Toll desempenham um importante papel na resposta imune inata, reconhecendo tanto padrões moleculares associados a patógenos (PAMPs), quanto padrões moleculares associados a danos (DAMPs), liberados sob condições de injúria ou estresse celular. O receptor tipo Toll 4 humano (hTLR4), associado ao seu co-receptor, o fator de diferenciação mielóide 2 (MD-2), forma um heterodímero caracterizado como responsável pelo reconhecimento de lipopolissacarídeos bacterianos (LPS), derivados de bactérias Gram-negativas. Nestes casos, sabe-se que o MD-2 reconhece LPS e promove a dimerização do complexo hTLR4 - MD-2 - LPS, promovendo a sinalização intracelular. Já foi reportada a ausência da associação hTLR4 a MD-2, no reconhecimento de outros ligantes por hTLR4, e, nesses casos, pouco é conhecido a respeito das mudanças estruturais e conformacionais sofridas por este receptor. No presente estudo, empregando a técnica de simulação por dinâmica molecular, foram exploradas as propriedades dinâmicas do complexo de reconhecimento de LPS, hTLR4 - MD-2, bem como investigou-se as implicações da presença do co-receptor para a biologia estrutural do hTLR4. Os resultados mostram que o receptor apresenta um movimento do tipo pinça, o qual leva a um estado final mais aberto da estrutura em forma de ferradura. Ademais, a estabilidade desta estrutura parece ser influenciada pela presença do co-receptor, MD-2. / Toll-like receptors (TLRs) play an important role in innate immunity recognizing pathogen-associated molecular patterns (PAMPs), as also damageassociated molecular patterns (DAMPs), released after cellular injury or stress. Human Toll-Like Receptor 4 (hTLR4) and its co-receptor, myeloid differentiation factor 2 (MD-2), as a heterodimer, is a well-known complex of Gram-negative bacteria lipopolysaccharide (LPS) recognition. In this process, MD-2 recognizes LPS and promotes the dimerization of the complex hTLR4 - MD-2 - LPS, initiating an intracellular immune signaling. Moreover, it has been reported that hTLR4 can also act in the absence of MD-2, in the case of other ligands recognition, and, in these cases, little is known about the structural and conformational changes that hTLR4 structure underwent. In the current study, employing molecular dynamics simulations, we had explored the dynamical properties of the hTLR4 - MD-2 complex and investigated the implications of the co-receptor complexation to the structural biology of hTR4. We observed that the receptor showed a tweezers-like movement, leading to a more oppened final state of its horseshoe-shaped structure. Additionally, the stability of this structure seems to be influenced by the presence of the co-receptor, MD-2.
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Matriz não-modal em integração e inicialização num modelo barotrópico e um estudo numérico da dispersão vertical turbulenta / Integration and initialization by non-modal matrix in a barotropic model and a numerical study of the turbulent vertical dispersion

Campos Velho, Haroldo Fraga de January 1992 (has links)
A técnica da matriz não-moda! é útil num contexto em que não se tem acesso aos modos normais de um sistema, caso freqüente em muitos modelos meteorológicos de área limitada. O método é investigado no contexto de um modelo unidimensional, tanto para integração temporal, como para filtrar componentes de altas freqü ências dos dados iniciais do modelo (procedimento conhecido como inicialização). Determinam-se os campos de velocidade com o uso da inversa generalizada de Moore-Penrose, como solução de uma equação de Poisson associada a cada componente da velocidade horizontal. Mostra-se também um estudo da dispersão vertical de contaminantes em camadas estáveis, cujo coeficiente de difusão turbulenta é obtido ela teoria ele similaridade local , num esquema de fechamento de primeira ordem. / The non-modal matrix technique is valuable if it does not have knowledgc of thc normal medes of the system. It is very usual in many limited area metercological models. The method is investigated in the one-dimensional model context, for temporal integration, anel for filtering high frequcncies in the initial data of the model (this procedure is known as initialization) . The velocity fields are obtained by using thc Moore-Pcnrosc gcncralizcd invcrsc. This inverse is a solution of the Poisson equa.t ions assotiatcd to cach horizontal velocity component. It is also shown a study of the vertical dispersion of containants in stable la.ycrs, whose turbulent coefficient is taken from Lhe local similarity theory (first closc ordcr).
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Análise paramétrica de vibrações em laje nervurada devido às ações humanas / Parametric analysis of vibrations in ribbed slab due to human action

Costa, Yuri Cláudio Vieira da 23 May 2012 (has links)
COSTA, Y. C. V. da. Análise paramétrica de vibrações em laje nervurada devido às ações humanas. 2012. 121 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Civil: Estruturas e Construção Civil) - Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2013-06-24T11:53:10Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_ycvcosta.pdf: 5638091 bytes, checksum: b095ce7d43bac7e8beb4ebe0dd4211ef (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2013-06-28T17:22:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_ycvcosta.pdf: 5638091 bytes, checksum: b095ce7d43bac7e8beb4ebe0dd4211ef (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-28T17:22:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_ycvcosta.pdf: 5638091 bytes, checksum: b095ce7d43bac7e8beb4ebe0dd4211ef (MD5) Previous issue date: 2012-05-23 / Em Fortaleza, a utilização de lajes nervuradas de concreto armado em edifícios de múltiplos pavimentos é bem difundida, sendo essas edificações destinadas as mais diversas finalidades, como academias, supermercados, estacionamentos e unidades residenciais. Esse tipo de laje surgiu como uma alternativa para se vencer grandes vãos e reduzir o peso próprio das estruturas. Assim como as estruturas evoluíram, o comportamento das pessoas também foi se adaptando às modernidades. Hoje em dia é muito comum equipamentos de ginástica portáteis residenciais, como bicicletas ergométricas, pequenas camas elásticas, entre outros. É notório que também ocorreu uma disseminação de academias de ginástica em Shopping Centers, em pequenos centros comerciais e até em edifícios residenciais. Além do mais, não é só a atividade aeróbica que pode gerar vibrações em lajes. Outras atividades também podem, tais como uma simples reunião entre amigos para assistir a uma partida de futebol, crianças brincando, entre outros. O problema é que essas vibrações podem causar incômodo nas pessoas, dúvidas a respeito da segurança da estrutura, desplacamento de pisos e até, dependendo da intensidade das vibrações, risco de colapso. Portanto, o objetivo deste trabalho é analisar o comportamento dinâmico de lajes nervuradas de concreto armado quando submetidas a ações humanas rítmicas. Para tal, são realizados estudos paramétricos, utilizando o programa computacional SAP 2000 – v.14 (CSI, 2008). As lajes são modeladas por elementos finitos sólidos tridimensionais, a fim de obter naturalmente a excentricidade entre os elementos estruturais (mesa, nervura e viga de bordo). Os resultados são comparados entre si e com a análise estática destas lajes utilizando as cargas propostas por norma. Além disso, as respostas dinâmicas são comparadas a padrões normativos fornecidos pela NBR 6118 (ABNT, 2003) no que se refere às frequências naturais e a padrões internacionais no tocante ao conforto humano. As análises revelam que as lajes estão sujeitas a elevados picos de aceleração e velocidade.
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Estudo de propriedades mecânicas de novas nanoestruturas de carbono através de simulação molecular

Silveira, Julian Francisco Rama Vieira January 2016 (has links)
Nas últimas décadas, foram descobertas e estudadas diversas nanoestruturas baseadas em carbono, como os fulerenos, os nanotubos de carbono e o grafeno. Estas apresentam um conjunto de propriedades físicas excepcional, com vasto potencial de aplicação no desenvolvimento de novas tecnologias. Estes materiais também têm servido como blocos fundamentais para a criação de novas nanoestruturas, com propriedades físicas diferenciadas, que podem ser modificadas e controladas visando aplicações específicas. Estudos experimentais recentes nesta área são promissores, porém falta um maior entendimento fundamental destas novas estruturas e suas propriedades. O objetivo deste trabalho é propor novas nanoestruturas alternativas baseadas em carbono, buscar um melhor entendimento da estrutura de nanomateriais recentemente sintetizados e reportados na literatura e avaliar suas propriedades mecânicas através de simulações de dinâmica molecular, de modo a verificar se apresentam potencial para serem aplicados em dispositivos práticos no qual alta resistência mecânica e leveza sejam necessárias. Foram estudadas três classes de estruturas: superestruturas à base de anéis feitos com nanotubos de carbono (nanocorrentes e nanogrades) propostas neste trabalho, estruturas híbridas combinando grafeno e nanotubos, de forma a buscar uma estrutura mais resistente, reportadas recentemente na literatura (chamada de grafeno rebar), e superestruturas ramificadas utilizando nanofilamentos de diamante (diamond nanothreads) também sintetizados em estudos recentes. As superestruturas à base de anéis apresentaram excelentes propriedades mecânicas, apresentando resistência mecânica superior a materiais convencionais, porém com grande elasticidade, o que deve motivar mais estudos sobre essa emergente classe de nanomateriais. Os testes com o grafeno rebar permitiram demonstrar o conceito caraterístico da estrutura híbrida, onde os nanotubos agem como reforço estrutural para o grafeno. Finalmente, com base nos testes realizados, as superestruturas feitas a partir de nanofilamentos de diamante se mostraram instáveis para possível aplicação, tal que novas configurações devem ser buscadas. Estes resultados trazem um maior entendimento sobre a relação entre estrutura e propriedades destes nanomateriais, motivando futuros estudos teóricos e experimentais envolvendo a aplicação destas no desenvolvimento de novas tecnologias. / Several carbon-based nanostructures have been discovered and studied in the last decades, such as fullerenes, carbon nanotubes and graphene. These materials exhibit an outstanding set of physical properties, which can be applied in the development of new technologies. The same materials have also been used as building blocks for creating new nanostructures with different physical properties, which can be modified and controlled towards specific applications. Recent experimental studies in this area are promising, but a greater fundamental understanding of these new structures and their properties are still elusive. The objective of this dissertation is to propose novel carbon-based nanostructures, to obtain a better understanding of the structure of newly synthesized nanomaterials reported in the literature, and evaluate their mechanical properties using molecular dynamics simulations, in order to evaluate their suitability for the development of practical devices where strong and light-weight materials are required. Three types of carbon nanostructures were studied: superstructures based on rings made out of carbon nanotubes (nanochains and nanofences) proposed in this work, hybrid structures combining graphene and nanotubes, recently reported in the literature (called graphene rebar), and branched superstructures using diamond nanothreads (also synthesized in recent studies). Ring-based CNT superstructures exhibited excellent mechanical properties under tensile strain, with superior mechanical resistance compared to conventional materials, but with great elasticity. Tests with rebar graphene demonstrated that the nanotubes act as structural reinforcement for graphene. Finally, the branched superstructures based on diamond nanothreads proposed in this study were not stable, and alternatives should be investigated in the future. These results provide a better understanding of the relationship between structure and properties of the investigated nanomaterials, motivating future theoretical and experimental studies regarding their application in the development of new technologies.
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Glicobiologia estrutural e evolução molecular da PglB de Campylobacter lari

Pedebos, Conrado January 2013 (has links)
A N-glicosilação é um processo pós-traducional que se caracteriza pela adição de um oligossacarídeo a cadeia lateral de um resíduo de asparagina, contida na assinatura D/E-X-N-X-S/T em bactérias. Na última década, a partir do organismo modelo Campylobacter jejuni identificaram-se diversas enzimas participantes da rota da N-glicosilação. Dentre estas, a proteína responsável pela transferência em bloco da cadeia oligossacarídica para a proteína aceptora é a oligossacariltransferase PglB, cuja estrutura foi obtida por cristalografia em 2011. A partir destes avanços, o presente trabalho visa contribuir no entendimento do processo de N-glicosilação ao acrescentar à PglB cristalografada a presença de explícita de solvente, flexiblidade e substratos. Ainda, busca caracterizar filogeneticamente a proteína compreendendo os três domínios da vida, descrevendo a sua história evolutiva. Os resultados obtidos indicam que a PglB pode possuir diferentes conformações para o sítio catalítico, algo não observado na estrutura cristalográfica, alternando entre esses estados durante o tempo. Além disso, a proteína demonstrou realizar movimentos que sugerem a existência de uma espécie de alosteria no sítio catalítico, onde a proteína aceptora glicosilada tem sua saída facilitada a partir de alterações conformacionais comunicadas entre as cavidades da enzima. O motivo conservado WWDYGY manteve-se fortemente interagindo com o substrato, enquanto o motivo MIV pouco interagiu com a treonina da posição +2. Dessa maneira, os dados desse trabalho auxiliam no entendimento da glicobiologia estrutural da PglB e trazem novas informações relativas a catálise. Adicionalmente, dados preliminares sobre a ancestralidade dessa enzima formam a primeira amostragem de uma árvore compondo os três domínios, assim como uma segunda árvore descreve a transição do motivo MIV no domínio Bacteria. / N-glycosylation is a post-translational feature which is characterized by the addition of an oligosaccharide to the side-chain of an asparagine residue presented in the motif D/E-X-N-X-S/T in Bacteria. In the last decade, studies in the C. jejuni species identified many enzymes participating in the N-glycosylation pathway. Among these, the protein responsible for the en bloc transference of the oligosaccharide chain to the protein acceptor is the oligosaccharyltransferase PglB, whose structure was obtained in 2011 by x-ray crystallography. Departing from these findings, the present work aims to contribute for the comprehension of the N-glycosylation process by adding explicit solvent, flexibility and substrates to the PglB crystallographic structure. Still, we attempt to infer the phylogeny of the protein comprising the three domains of life, describing the evolutionary history of the enzyme. The obtained results indicate that PglB may possess different conformations for the catalytic site, a characteristic not observed in the crystal structure, alternating between states. Besides, the protein demonstrated movements that suggest the existence of an allosteric mechanism in the catalytic site, where the exit of the glycosylated protein is facilitated by conformational transitions communicated between cavities. The conserved motif WWDYGY performed strong interactions with the proteic substrate, while the MIV motif did not. Thus, these data may contribute to understand the structural glycobiology of PglB and bring new insights regarding the catalysis mechanism. Additionally, preliminary data involving the ancestrality of this enzyme demonstrated the first phylogenetic tree comprising the three domains, as well as a second tree which describes the transition of the MIV motif in the Bacteria domain.
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Predição in silico do efeito de grampos olefínicos em peptídeos como estratégia ao planejamento racional de compostos bioativos

Villavicencio, Bianca January 2016 (has links)
O estudo de peptídeos grampeados, que estabilizam voltas de hélices-α com a ligação de uma cadeia química, desenvolveu-se na última década, uma vez que a adição de um elemento não peptídico (grampo) mostrou aumentar o conteúdo de hélice e a estabilidade conformacional destas moléculas. A consequente manutenção de um arcabouço estrutural definido possibilita, em princípio, simular regiões específicas da superfície de proteínas e, assim, modular terapeuticamente potenciais vias de sinalização associadas. Neste sentido, a capacidade de antecipar a eficácia de grampos sobre peptídeos específicos através de simulações computacionais pode contribuir na aceleração e na redução de custos no processo de planejamento racional de novos fármacos. O presente trabalho buscou avaliar a capacidade de simulações por dinâmica molecular em reproduzir o efeito conformacional de grampos olefínicos em um peptídeo derivado da RNAse A. Foram utilizados três diferentes campos de força: AMBER99SB-ILDN, CHARMM36 e GROMOS54a7, e os resultados foram comparados a dados de dicroismo circular obtidos experimentalmente, além de análises de RMSD, RMSF, estrutura secundária e conteúdo de hélice. Os parâmetros utilizados com o campo de força átomo unido GROMOS54a7 foram os que mais se aproximaram dos dados experimentais, embora não tendo sucesso na descrição de dois dos três grampos nos parâmetros simulados, mas tendo um desempenho melhor do que campos de força que descrevem todos os átomos do sistema. Tais resultados indicam que, com melhorias na parametrização, a dinâmica molecular pode ser utilizada para antecipar efeitos conformacionais de grampos olefínicos em peptídeos. / The study of stapled peptides, which stabilize turns of an alpha-helix through the addition of a linker, has developed in the last decade since it was shown that the addition of the staple enhanced helical content and conformational stability of peptides. The maintenance of a structural scaffold allows the simulation of specific regions of protein surfaces, and thus allows the therapeutical modulation of signaling pathways of interest. The ability to anticipate the efficacy of the addition of a staple in a peptide through computational simulations may contribute to enhance the speed and lower the costs associated with rational drug design. This work evaluated the capability of molecular dynamics simulations to reproduce the effect of all-hydrocarbon staples in an RNAse A-derived peptide. We used three different force fields: AMBER99SB-ILDN, CHARMM36 and GROMOS54a7, and the results were compared to experimentally obtained circular dichroism data. The parameters used with the GROMOS54a7 united-atom force field revealed themselves to be more closely related to experimental data, even though it does not reproduce the effect of the addition of a staple in two of three stapled peptides, but it also shows an enhanced performance when compared to all-atom force fields. These results indicate that, with further enhancement of parametrization, molecular dynamics simulations may be used to anticipate conformational effects of all-hydrocarbon staples in peptides.
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Estudo do espectro vibracional de nanotubos de carbono por simulação de dinâmica molecular.

Pereira, Jessiara Garcia January 2014 (has links)
Programa de Pós-Graduação em Ciências – Física de Materiais. Departamento de Física, Instituto de Ciências Exatas e Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2014-08-14T20:35:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 21267 bytes, checksum: 73e23c2acaaf13389e092bd813e3223d (MD5) DISSERTAÇÃO_EstudoEspectroVibracional.pdf: 1575033 bytes, checksum: 50d997fda2a8a7c6cca9b508fff621ab (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2014-08-25T16:18:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 21267 bytes, checksum: 73e23c2acaaf13389e092bd813e3223d (MD5) DISSERTAÇÃO_EstudoEspectroVibracional.pdf: 1575033 bytes, checksum: 50d997fda2a8a7c6cca9b508fff621ab (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-25T16:18:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 21267 bytes, checksum: 73e23c2acaaf13389e092bd813e3223d (MD5) DISSERTAÇÃO_EstudoEspectroVibracional.pdf: 1575033 bytes, checksum: 50d997fda2a8a7c6cca9b508fff621ab (MD5) Previous issue date: 2014 / Neste trabalho realizamos simulações de Dinâmica Molecular para estudar o espectro vibracional dos nanotubos de carbono de parede simples. Foram utilizados dois potenciais empíricos: AIREBO e ReaxFF. Revisamos a literatura sobre as propriedades espectrais e vibracionais de nanotubos de carbono, bem como aplicações de espectroscopia Raman. Além disso, apresentamos as principais características da técnica de simulação computacional e dos potenciais empíricos utilizados. Finalmente, mostramos os resultados obtidos nas simulações empregando diferentes condições de adsorção de átomos de hidrogênio aos nanotubos. Através das simulações verificamos que se mais de 104 átomos de hidrogênio forem absorvidos nos nanotubos, essas estruturas tornam-se mecanicamente instáveis à temperatura de 300 K. No entanto, a 100 K, os tubos são estáveis, mesmo que totalmente cobertos com átomos de hidrogênio. Os espectros vibracionais dos nanotubos foram estudados por meio da investigação da banda-G. Os resultados obtidos com AIREBO, em comparação com ReaxFF, são significativamente diferentes. Embora os resultados obtidos com AIREBO não mostrem nenhuma separação dos modos de vibração óptica transversais horizontais e verticais, o método utilizando ReaxFF foi capaz de detectar tal efeito. Além disso, as simulações indicaram que a absorção de hidrogênios nas laterais dos nanotubos de carbono causa deformações estruturais. ________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: In this work we performed Molecular Dynamics simulations to study the vibrational spectra of single-wall carbon nanotubes. Two empirical models were used, namely, AIREBO and ReaxFF. We have reviewed the literature about spectral and vibrational properties of carbon nanotubes as well as Raman spectroscopy applications. Also, we present the main characteristics of the computational simulation technique and the empirical potentials used. Finally, we show the results obtained in the simulations employing different conditions of adsorption of hydrogen atoms in the nanotubes. We find that if more than 104 hydrogen atoms are adsorbed in the tube these structures become mechanically unstable at temperature of 300 K. However, at 100 K, the tubes are stable even if completely covered with hydrogen. The vibrational spectra of the nanotubes was studied by investigating the G-band. The results obtained with AIREBO compared to ReaxFF are significantly different. While the results obtained with AIREBO show no separation of the horizontal and vertical transverse optical vibrational modes, the method using ReaxFF was able to detect such an effect. In addition, the simulations indicate that the absorption of hydrogen on the sides of the carbon nanotubes cause some structural deformations.
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Propriedades dinâmica, termodinâmica e estrutural da água e do metanol por simulações de dinâmica molecular.

Chaves, Frederico Mota January 2015 (has links)
Programa de Pós-Graduação em Ciências com Ênfase em Física dos Materiais. Departamento de Física. Instituto de Ciências Exatas e Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Filipe Nepomuceno (filipearn@yahoo.com.br) on 2015-11-12T13:41:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTAÇÃO_PropriedadesDinamicaTermodinamica.pdf: 2910622 bytes, checksum: d6f8716df0092cac77414ff946d06b99 (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2015-11-12T18:39:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTAÇÃO_PropriedadesDinamicaTermodinamica.pdf: 2910622 bytes, checksum: d6f8716df0092cac77414ff946d06b99 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-12T18:39:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTAÇÃO_PropriedadesDinamicaTermodinamica.pdf: 2910622 bytes, checksum: d6f8716df0092cac77414ff946d06b99 (MD5) Previous issue date: 2015 / Nos últimos anos, a água tem sido um objeto de estudo incansável devido as suas propriedades anômalas. Parte da explicação para este comportamento se deve a capacidade de cada molécula de água poder formar quatro ligações de hidrogênio, o que leva essa substância a assumir uma forma tetraédrica a baixas temperaturas. Contudo, existem líquidos, como por exemplo o metanol, que s˜ao capazes de fazer ligações de hidrogênio e cuja estrutura é dominada por cadeias longas, curtas e cíclicas, entretanto não apresentam anomalias como a água. Isto é um indício de que apenas as ligações de hidrogênio não são suficientes para explicar tais anomalias. Então, a questão é o porque da água possuir comportamentos anômalos e o metanol não. Neste trabalho, exploramos a quebra de simetria de carga da água, ou seja, mudamos a orientação e o módulo do momento de dipolo, e acompanhamos o comportamento das suas anomalias por meio de simulações de Dinâmica Molecular, tendo como base o modelo SPC/E para a água. Nossos resultados mostraram que as anomalias presentes na água tendem a sumir por um efeito cascata a medida em que o momento de dipolo da água se aproxima ao do metanol. Finalmente, usamos equações integrais de Ornstein-Zernike para calcular o potencial efetivo entre as moléculas e mostramos que a presença de anomalias está relacionada ao surgimento de duas escalas no potencial efetivo, no caso da água, e a ausência desta característica no caso em que o momento de dipolo do modelo para a água é alterado para que se assemelhe ao do metanol. (neste, apenas uma escala está presente, tal como num potencial do tipo Lennard-Jones). ____________________________________________________________________________________________________________ / Abstract: In recent years, water has been a tireless study object due to its anomalous properties. Part of the explanation for this behavior is due to the capacity of each water molecule to form four hydrogen bonds, which leads a tetrahedral structure at low temperatures. However, there are liquids, such as methanol, which are capable of making hydrogen bonds and the structure is dominated by long, short or cyclic chains. However, no anomalies are present such as seen in water. This is an indication that the presence of ydrogen bonds are not enough to explain such anomalies. In this sense, the question is why the water has anomalous behavior and the methanol doesn't. In this work, we explored the break of symmetry of the charge in water molecules, that is, we have changed the direction and the magnitude of the dipole moment of the SPC/E model of water and monitor its anomalies using molecular dynamics simulations. Our results showed that the anomalies present in water tend to disappear in a cascading e ect, to the extent that the dipole moment of water tend approach that one of methanol. Finally, we have used Ornstein- Zernike integral equations to evaluate the e ective potential between molecules and we have showed that the presence of anomalies is related to the presence of two scales in the e ective potential. As the dipole moment of the SPC/E water model approaches that one of the metanol, the two scales feature tend to disappear (remaining only one scale, as in the Lennard-Jones potential) and so the anomalies.
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Dinâmica ab initio de líquidos polares : acetonitrila e metanol.

Costa, Cleidinéia Cavalcante da January 2014 (has links)
Programa de Pós-Graduação em Ciências – Física de Materiais. Departamento de Física, Instituto de Ciências Exatas e Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto / Submitted by Marise Leite (marise_mg@yahoo.com.br) on 2016-05-05T13:52:05Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_DinâmicaInitioLíquidos.pdf: 1363157 bytes, checksum: 58029137c10736e2e0907ffbe43da905 (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2016-05-05T18:46:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_DinâmicaInitioLíquidos.pdf: 1363157 bytes, checksum: 58029137c10736e2e0907ffbe43da905 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-05T18:46:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_DinâmicaInitioLíquidos.pdf: 1363157 bytes, checksum: 58029137c10736e2e0907ffbe43da905 (MD5) Previous issue date: 2014
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Programação dinamica difusa

Conceição, Samuel Vieira January 1989 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro Tecnologico / Made available in DSpace on 2016-01-08T16:14:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 83701.pdf: 1884301 bytes, checksum: e03d547fdf2f74be3aa8266c4d26f22f (MD5) Previous issue date: 1989 / A programação dinâmica é uma técnica de pesquisa operacional muito utilizada para resolver problemas de economia, engenharia, planejamento e controle da produção, entre outros, que sejam modelados de forma precisa. Com o surgimento da teoria dos conjuntos difusos, foi possível proporcionar ferramentas matemáticas mais adequadas ao tratamento dos problemas que envolvessem incertezas e/ou conceitos imprecisos. O presente trabalho apresenta uma técnica que concatena a teoria dos conjuntos difusos e programação dinâmica, com o objetivo de resolver problemas de programação dinâmica definidos a partir de parâmetros imprecisos e/ou subjetivos. após o desenvolvimento da técnica, faz-se uma aplicação da mesma, para um problema de expansão de linhas de produção, e para um problema de marketing, caracterizando os casos de programação dinâmica determinística difusa e programação dinâmica estocástica difusa, respectivamente.

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