Made available in DSpace on 2017-07-10T17:40:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_Tese_Homero_Scalon_Filho.pdf: 7423772 bytes, checksum: da7fe41b8adc20ffaebc71dac1a85c5a (MD5) Previous issue date: 2014-04-04 / Limited information is available on the floristic composition of ecosystem and population surveys are time consuming and expensive, and sampling a considerable alternative. The objective of this work was the completion of the census of five native tree species in the forest area of savanah, and subsequent implementation and evaluation of sampling methods employed in phytosociological surveys. The characteristics of frequency, density and dominance absolutes were estimated and observed the dispersion of juveniles relative to the nearest matrix. An area of 75,000 m2 was previously selected in the Santa Madalena farm, district of Itahum, city of Dourados, MS, Brazil, located at coordinates 22o09'07.57" S and 54o59'55.43" O to 483 m high, and divided into 30 smaller areas of 50 x 50 meters to facilitate the identification, marking, counting, measuring and checking of tree evaluated. Species considered due to the high extraction for presenting therapeutic capabilities, were Anadenanthera falcata (Bth) Speg (angico-preto-do-cerrado), Bauhinia holophyla (Bong.) Stend (falsa-pata-de-vaca), Dimorfanda mollis Benth (faveiro-do-cerrado), Duguetia furfuraceae (St. Hil.) B. et H. (araticum-do-cerrado) and Tabebuia aurea (Manso) B. et H. (para-tudo). Were collected Circumference at Breast Height - CBH, canopy diameter and georeferenced position. The diameter of the canopy was estimated from the average of the largest diameter and the other transverse to it, allowing the estimation of the mean radius, which was then transformed into area pantries to estimate the coverage area CA of each species. The CBH was used for calculation of dominance parameter affect the basal area. The frequency was calculated as the number of individuals observed and the number of areas in which the species occurred, and the density was expressed as number of individuals per unit area (acres). Values of frequency, density and dominances relatives were used to calculate the Importance Value Index - IVI. The data georeferencing were launched in Software AutoCad generated six maps in scale 1:400, being a general map and five, one for each species evaluated. The maps were divided into quadrants for analysis of dispersion and sampling strategies from them were established with variation of the area sampled to evaluate the effectiveness of different sampling systems used in phytosociological surveys in forest savannah. 549 individuals were found with CBH above 0.02 m being the species with the highest number araticum (155 individuals), and falsa-pata-de-vaca the lowest occurrence (9 individuals). The CA was generated by five species of 922.959 m2 ha-1, this being 476.832 m2 ha-1 refers to angico and only 3.289 m2 ha-1 for the falsa-pata-de-vaca. The angico still showed higher dominance (1.212) and IVI (103.560), and falsa-pata-de-vaca only 0.003 of dominance and IVI of 5.22. CBH values were transformed in diameter at breast height - DBH and distributed into five classes in order to investigate their distribution according to age groups, and it was found that the class of younger subjects, there was suppression of the species, indicating strong impacting action and electing distribution in age classes as an important tool for understanding the phenological state of the forest. Treatments faced with the census sampling methods were composed of varying areas. Most methods differ significantly in phytosociological parameters of the sense performed. For the evaluation of the number of individuals para-tudo the method of sample plots was efficient. For estimates the phytosociological parameters any of sampling methods can be recommended for forest savannah, in the conditions that this study was conducted / Existe pouca informação sobre a composição florística dos ecossistemas e levantamentos populacionais são demorados e caros, sendo a amostragem uma alternativa considerável. O objetivo deste trabalho foi a realização do censo populacional de cinco espécies arbóreas em área nativa de mata de cerrado, e posterior aplicação e avaliação de métodos de amostragem empregados em levantamentos fitossociológicos. Foram estimadas as características frequência, densidade e dominância absolutas e observada a dispersão dos indivíduos jovens em relação à matriz mais próxima. Uma área útil de 75.000 m2 foi previamente selecionada na fazenda Santa Madalena, distrito de Itahum, município de Dourados, MS, situada nas coordenadas 22o09 07.57 S e 54o59 55.43 O a 483 metros de altitude, e dividida em 30 áreas menores de 50 x 50 metros para facilitar a identificação, marcação, contagem, medição e conferência dos indivíduos avaliados. As espécies consideradas em função do alto extrativismo, por apresentarem capacidades terapêuticas segundo mateiros locais, foram a Anadenanthera falcata (Bth) Speg (angico-preto-docerrado), Bauhinia holophyla (Bong.) Stend (falsa-pata-de-vaca), Dimorfanda mollis Benth (faveiro-do-cerrado), Duguetia furfuraceae (St. Hil.) B. et H. (araticum-do-cerrado) e Tabebuia aurea (Manso) B. et H. (para-tudo). Os dados coletados foram circunferência à altura do peito CAP, diâmetro de copas e posição georreferenciada. O diâmetro das copas foi estimado a partir da média entre o maior diâmetro e outro transversal a este, permitindo a estimativa do raio médio que em seguida foi transformado em área de copas para estimativa da área de cobertura AC de cada espécie. A CAP foi utilizada para os cálculos de dominância, parâmetro afeto à área basal. A frequência foi calculada em função do número de indivíduos observados e o número de áreas em que ocorreu a espécie, e a densidade foi expressa em número de indivíduos por unidade de área (hectares). Dos valores de frequências, densidades e dominâncias relativas foi calculado o Índice de Valor de Importância IVI. Os dados de georreferenciamento foram lançados no Software AutoCad que gerou seis mapas em escala de 1:400, sendo um mapa geral e outros cinco, um para cada espécie avaliada, que foram divididos em quadrantes para análises de dispersão e a partir deles foram estabelecidas estratégias amostrais, com variação da área amostrada visando avaliar a eficácia dos diferentes sistemas amostrais utilizados em levantamentos fitossociológicos em mata de cerrado. Foram encontrados 549 indivíduos com CAP acima de 0,02 m sendo a espécie com maior número o araticum (155 indivíduos), e a falsa-pata-de-vaca a de menor ocorrência (9 indivíduos). A AC gerada pelas cinco espécies foi de 922,959 m2 ha-1, sendo desta 476,832 m2 ha-1 referente ao angico e apenas 3,289 m2 ha-1 pela falsa-pata-de-vaca. O angico ainda apresentou maior dominância (1,212) e IVI (103,560), e a falsa-pata-de-vaca apenas 0,003 de dominância e IVI de 5,22. Os valores de CAP foram transformados em Diâmetro à Altura do Peito - DAP e distribuídos em cinco classes para averiguação de sua distribuição conforme grupos de idade, e foi verificado que na classe dos indivíduos mais jovens houve supressão das espécies, evidenciando forte ação impactante e elegendo a distribuição em classes de idades como ferramenta importante para o entendimento do estado fenológico da mata. Os tratamentos confrontados com o censo foram compostos por métodos amostrais com variação nas áreas. Para a avaliação do número de indivíduos do para-tudo os métodos foram eficientes exceção feita à parcela de 5 x 10 m e o transecto em duas direções. Os métodos diferiram significativamente, em todos os parâmetros fitossociológicos, do senso realizado. Para estimativas dos parâmetros fitossociológicos nenhum dos métodos amostrais avaliados pode ser recomendado para mata de cerrado, nas condições em que este estudo foi conduzido

Os grandes carnívoros necessitam de vastos territórios para sobreviver em longo prazo, sendo que sua coexistência com humanos é fundamental, porém gera conflitos. O objetivo geral dessa tese é integrar a conservação de grandes carnívoros ao processo de planejamento de uso e ocupação da terra do estado de São Paulo. Para isso os objetivos específicos são: (1) sistematizar, espacializar e analisar a ocorrência de grandes carnívoros, estabelecendo correlações com os padrões de uso e ocupação da terra, variáveis climáticas e topográficas; (2) estabelecer áreas prioritárias para conservação de grandes carnívoros no estado de São Paulo; e (3) caracterizar os padrões de uso e conservação da terra nos municípios indicando necessidades e oportunidades para conservação (ênfase em Brotas-SP). O delineamento desse estudo foi feito buscando a aplicação de Modelos de Distribuição de Espécies - MDEs (espécies estudadas: Chrysocyon brachyurus, Leopardus Pardalis e Puma concolor) em uma abordagem de Planejamento Sistemático da Conservação - PSC. Para isso, foi aplicado o algoritmo MAXENT para as análises de distribuição das espécies e o algoritmo ZONATION para análises de priorização espacial e identificação de áreas prioritárias para conservação. Os modelos gerados mostraram alto desempenho (AUCs ≥ 0.8) e foram significantes (p ≤ 0.05) para o limite de corte mais inclusivo considerado \"minimum training presence\". Apesar da plasticidade das espécies estudadas, a variável porcentagem de vegetação nativa foi uma das três mais importantes para os modelos gerados. A distribuição das espécies abrange tanto paisagens naturais quanto paisagens antropizadas, porém as áreas com alta adequabilidade ambiental (acima de 0.5) se concentram em regiões com vegetação nativa remanescente e em sua maior parte não estão protegidas em Unidades de Conservação de Proteção Integral. Os resultados das análises de priorização espacial mostraram prioridades altas para os carnívoros concentradas na região central do estado de São Paulo, onde existem conflitos entre a demanda por áreas para conservação e a demanda por áreas para desenvolvimento humano. Recomenda-se a ampliação das UCPIs nessa região e ações de manejo e conservação em propriedades privadas (ex. Reservas Legais e Áreas de Preservação Permanente). Tanto as prioridades para conservação como as prioridades para desenvolvimento são muito diferentes entre os municípios do estado de São Paulo. Sendo assim, as estratégias precisam ser elaboradas caso a caso em escala municipal. Brotas possui localização estratégica na conservação de grandes carnívoros com alta porcentagem de áreas núcleo e alto potencial ecoturístico, sendo recomendada a expansão de UCPIs e a restauração da vegetação nativa para ampliar a proteção de grandes carnívoros. Os resultados desse estudo devem informar o processo de tomada de decisão (Ex. Planos de Ação para Conservação de Espécies Ameaçadas; Zoneamentos; Avaliações de Impactos Ambientais) e a abordagem metodológica serve como um modelo para orientar processos semelhantes que visam à conservação de espécies em outras regiões. / Large carnivores need large territories to survive in long term, requiring the use of existing protected areas and private properties with many land uses types and human occupation levels for dispersion and as additional habitat. Thus, the coexistence between large carnivores and humans is essential. However, it leads to conflicts of interest. The overall objective of this thesis is to integrate the conservation of large mammals to land use planning process in São Paulo State, Brazil. For this, the specific objectives are: (1) to systematize, to spatialize and to analyze the occurrence of large mammals, establishing correlations between large mammals distribution and land use patterns, climatic and topographic variables; (2) to establish priority areas for conservation of large mammals in São Paulo State; and (3) to characterize the land use and conservation patterns in São Paulo\'s municipalities (emphasis in Brotas-SP). The design of this study aimed to apply Species Distribution Models tools (species studied: Chrysocyon brachyurus, Leopardus Pardalis and Puma concolor) in an approach of Systematic Conservation Planning. For this, MAXENT algorithm was applied for species distribution modelling and Zonation algorithm was applied for spatial prioritization analysis and conservation priority areas identification. All models were significant (p ≤ 0.05) considering the minimum training presence threshold showing high performance (AUC ≥ 0.8). Despite the plasticity of the species, the variable percentage of native vegetation was one of the top three most important for all models. The distribution of the species covers both natural and disturbed landscapes, but high environmental suitability areas (up to 0.5) concentrate in regions with native vegetation fragments. However the most part of these areas are not protected by law. Spatial prioritization results showed high priorities for carnivores concentrate in the central region of São Paulo, where there are conflicts there are both high demand for carnivore conservation and high demand for human development. Conservation strategies need to be developed case by case because both priorities for conservation and priorities for development were showed very different between the municipalities. For example, Brotas is strategic for carnivore\'s conservation, having high percentage of core areas in its territory and high ecotourism potential. However the percent of native vegetation cover is low. Therefore, it is recommended protected areas expansion and native vegetation restoration to increase the protection of large carnivores in Brotas. This study highlights the importance of a landscape planning approach to improve the conservation outlook for large mammals, including not only the establishment and management of protected areas, but also native habitat conservation and management on private lands. Importantly, the results may inform environmental policies and land use planning in São Paulo State, Brazil (e.g. Action Plan for Conservation of Endangered Species; Zoning; Reviews of Environmental Impacts), and it serves as a useful model to guide similar process for other large-carnivore species world-wide.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Knowing the distributional patterns and the mechanisms that lead to the actual levels of diversity and richness is a challenge given the ecosystems threats. Understanding how the threats coming from the human actions can affect this diversity is the key to protect ecosystems and species. This study toward (i) investigate the richness distribution patterns of the genus Aegla in four freshwater ecoregions in South America, as well as (ii) the mechanisms that lead to that distribution, and (iii) the human influences in these freshwater ecosystems. The study area comprised four freshwater ecoregions: Upper Uruguay, Low Uruguay, Laguna dos Patos, and Tramandaí-Mampituba. Through data from five scientific collections, UFRGS, UFSM, FZB-RS, PUC-RS, and URI-Erechim, we compiled 30 species of Aegla. We associated the species distribution in four ecoregions to the distributional patterns, conservation status, environmental and spatial variables, rugosity, and land cover. The protected area network not effectively protects the aquatic ecosystems. The species richness is associated to average values of rugosity. Finally, the species occurrence areas exhibit land cover categories of agriculture and urban areas. We consider the levels of endemism inside the protected area network are key factor to conservation of aquatic ecosystems. Historic process linked to the river network formation, in a spatial context, is an important approach to understand the distributional pattern of some freshwater groups. These patterns are associated to spatial questions, following the increasing of agriculture and urban lands, are committing the diversity in freshwater environments. / Conhecer os padrões de distribuição e os mecanismos que levam aos níveis de diversidade e riqueza atuais são desafios dado à ameaça dos ecossistemas. Entendermos como as ameaças oriundas das ações do homem podem impactar essa diversidade é a chave para conservarmos ecossistemas e espécies. Esse estudo teve como objetivo (i) investigar os padrões de distribuição da riqueza do gênero Aegla em quatro ecorregiões de água doce da América do Sul, bem como, (ii) quais os mecanismos que levaram a tal distribuição, e por fim, (iii) a influência das ações do homem nos ecossistemas de água doce. A área de estudo compreendeu quatro ecorregiões de água doce: Alto Uruguai, Baixo Uruguai, Laguna dos Patos e Tramandaí-Mampituba. Através de registros de cinco coleções científicas, UFRGS, UFSM, FZB-RS, PUC-RS e URI-Erechim, obtivemos dados de 30 espécies do gênero Aegla. Padrões de distribuição, status de conservação, variáveis ambientais e espaciais, rugosidade e cobertura do solo foram analisadas e associadas à distribuição das espécies nas ecorregiões. Ficou claro que a rede de unidades de conservação não protege efetivamente os ecossistemas aquáticos. Por sua vez, a riqueza de espécies está associada a valores médios de rugosidade do relevo. E, finalmente, as áreas de ocorrência das espécies apresentaram cobertura do solo com áreas agrícolas e urbanas. Considerarmos os níveis de endemismos dos grupos nas redes de unidades de conservação é um fator chave para proteção efetiva dos ecossistemas aquáticos. Processos históricos ligados à formação das redes de rios, no contexto espacial, é a chave para entendermos padrões de distribuição de alguns grupos de água doce. Esses padrões de distribuição associados às questões espaciais, ligados ao crescente aumento das áreas de agricultura e urbana, estão comprometendo a diversidade de ambientes dulcícolas.

O tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla) se distribui amplamente ao longo da região Neotropical, porém é provável que esteja extinto da maior parte de sua extensão original, notadamente na América Central e nos limites austrais de sua distribuição. O táxon está ameaçado de extinção globalmente (IUCN) e também em âmbito nacional. Embora historicamente a espécie ocorra em todos os biomas brasileiros, hoje é considerada extinta nos Pampas, quase extinta na Mata Atlântica, sendo que na Caatinga sua presença necessita de confirmação e no Cerrado suas populações vem sofrendo drásticas reduções. Atualmente não há estudos de revisão da distribuição da espécie nos biomas brasileiros, tão pouco foi avaliado se as áreas mais adequadas à espécie estão sendo protegidas e o conhecimento existente é insuficiente para adotar estratégias de conservação adequadas. Dessa maneira, o presente estudo teve como principal objetivo modelar a distribuição potencial e atual do tamanduá-bandeira no Brasil e nos biomas brasileiros, a fim de identificar quais variáveis preditoras melhor explicam a ocorrência da espécie em diferentes escalas. Além disso, a partir dos modelos de distribuição atual, os biomas foram avaliados quanto à adequabilidade ambiental (i.e. probabilidade de presença) e foram realizadas uma análise de lacunas e a identificação de áreas prioritárias para a conservação. A distribuição potencial do tamanduá-bandeira foi melhor explicada em escala continental, por variáveis bioclimáticas (sazonalidade de temperatura e precipitação) e topográficas (altitude), enquanto que a distribuição atual foi bem explicada nas duas escalas, por variáveis de uso e cobertura da terra (porcentagens de cobertura arbórea, de silvicultura e de cana-de-açúcar). O Cerrado foi o bioma de maior adequabilidade ambiental à espécie, seguido da Amazônia, Pantanal, Mata Atlântica e Caatinga, sendo que não foram obtidos registros recentes para os Pampas. Menos de 10% da distribuição atual do tamanduá-bandeira no Cerrado e Pantanal encontra-se protegida por Unidades de Conservação, existindo uma lacuna parcial de conservação. Áreas prioritárias para a espécie incluem um corredor central no Cerrado, grande parte do Pantanal e áreas de transição (ecótonos) com outros biomas. Os resultados obtidos neste estudo permitiram preencher lacunas de conhecimento acerca da distribuição do tamanduá-bandeira, bem como dar suporte para o planejamento de sua conservação. / The giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) is widely distributed throughout the Neotropical region, but is probably extinct from most of its range, notably in Central America and the southern limits of its distribution. The species is listed as Vulnerable on the IUCN and national Red Lists. Although historically present in all Brazilian biomes, there are no studies reviewing its distribution, nor has it been evaluated if the Brazilian federal conservation units are protecting the areas most suitable to the species. Thus, the aim of this study was to model the potential and current distribution of the giant anteater in Brazil and Brazilian biomes, to identify which predictor variables best explain the occurrence of the species at different scales. Current distribution models were used to evaluate the biomes environmental suitability (i.e. probability of presence) and a gap analyses were performed. Also, priority areas for conservation were identified. The potential distribution of the anteater was better explained on a continental scale by bioclimatic (seasonality of temperature and precipitation) and topographic (altitude) variables, while the current distribution was well predicted in both scales, by land cover variables (percentages of tree cover, silviculture, and sugarcane). The Cerrado was the biome of greater environmental suitability to the species, followed by the Amazon, the Pantanal, the Atlantic Forest and the Caatinga. No recent records were obtained for the Pampas. Conservation units protect less than 10% of the current distribution of the giant anteater in the Cerrado and Pantanal. Priority areas for the species include a central corridor in the Cerrado, much of the Pantanal and ecotones. The results obtained in this study helped to fill knowledge gaps on the distribution of the giant anteater in Brazil, supporting actions for its conservation.

Estudo da termitofauna (Insecta, Isoptera) da região do alto Rio Madeira, Rondônia. Na região conhecida como alto Rio Madeira, no município de Porto Velho, Rondônia, estão sendo criadas as Usinas Hidrelétricas (UHEs) de Santo Antônio e Jirau. As construções das represas das UHEs estão inundando grandes porções de floresta ao longo das duas margens do rio Madeira. Desta forma o conhecimento da biota local, especialmente de sua distribuição no espaço, é extremamente importante, ainda mais porque o alinhamento dos rios Amazonas-Madeira-Mamoré separa a região Neotropical em duas áreas de endemismo para diversos grupos de animais. Essa tese tem por objetivo apresentar os resultados gerais obtidos ao longo de três anos de monitoramento de cupins nas áreas de influência da UHE de Jirau e dois anos nas áreas de influência da UHE de Santo Antônio, assim como desenvolver um estudo de comunidades e análise da distribuição espacial dos cupins presentes nas áreas de influência da UHE de Jirau (Capítulo 1). Outro objetivo é o estudo da estrutura genética das populações de Heterotermes tenuis (Rhinotermitidae) ao longo das áreas de influência das duas UHEs, visando investigar a existência de fluxo gênico entre as populações de cada margem do Rio Madeira (Capítulo 2). Foram amostrados doze módulos, sete na margem esquerda do rio e cinco na margem direita. Cada um era compostos por transectos de 3 ou 4 km e parcelas perpendiculares a cada 1km, e as amostragens foram realizadas em subparcelas de 5x2m dentro das parcelas. Durante um total de 20 campanhas foram investigadas 1121 subparcelas, totalizando 7875 amostras de cupins e pelo menos 169 espécies. Esse é provavelmente o trabalho com maior esforço amostral já empregado e também o que registrou o maior número de espécies de cupins até hoje. Para o estudo de comunidades, foram aleatorizadas 20 subparcelas nos seis módulos da UHE de Jirau, sendo cinco subparcelas dentro das parcelas marcadas nas seguintes distâncias em relação à margem do rio: P1 - 50 m, P2 - 1 km, P3 - 2 km e P4 - 3 km. A composição de cupins não está relacionada com o lado do rio. O estimador que mais se aproximou do provável número real de espécies foi o Jackknife 2. Como resultado das análises de diversidade beta utilizando a composição de espécies de cupins houve um agrupamento dos módulos com o mesmo tipo de solo, sugerindo que algumas espécies de cupins estejam distribuídas de acordo com esta variável. Em relação à distância para o rio, a parcela mais próxima do rio foi a mais singular, tanto em relação à composição de espécies quanto à riqueza e abundância, sendo que existem espécies restritas à P1 e outras praticamente ausentes nessas parcelas. Das dez variáveis ambientais analisadas, a riqueza de cupins se mostrou correlacionada com a altitude, concentração de argila e silte no solo e estratificação vegetal entre 1 e 5 m. Para o estudo da estrutura genética das populações de H. tenuis foram utilizadas 84 sequências dessa espécie dos 12 módulos de monitoramento, seis de colônias do Cerrado e três do GenBank (de Manaus, Guiana Francesa, e Equador), além de uma de H. longiceps como grupo externo. Nas análises iniciais, foi encontrada uma forte estruturação genética entre as sequências: todas as análises filogenéticas (máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana), assim como a rede de haplótipos, formaram dois grupos consistentes, mas sem qualquer relação espacial. A partir disso, passou-se a trabalhar com a hipótese de que há duas espécies crípticas (chamadas Ht. A e Ht. B). Desta forma, todas as análises para testar se o Rio Madeira funcionava como barreira biogeográfica foram testadas separadamente para cada uma das supostas duas espécies crípticas, entretanto, não foi constatada qualquer influência do rio como barreira ao fluxo gênico entre as populações de cada margem. / The Santo Antônio and Jirau hydroelectrics plants (HP) are being built in the Madeira River region, in Porto Velho, RO, Brazil. The HPs will flood large portions of native forest, and thus knowledge of the local biota and its distribution in space is extremely important for the formulation of management plans for creation of protected areas. This region in particular is unique, since the alignment of Amazonas-Madeira-Mamoré Rivers divides the Neotropical region into two areas of endemism for a diversity of taxa. The main objective of this thesis was to monitor termites for three years in areas near the Jirau HP and two years in areas near the Santo Antônio HP. As well as conduct a community level study and analyze the spatial distributions of termites from the areas influenced by Jirau HP (Chapter 1); and investigate the population genetic structure of Heterotermes tenuis (Rhinotermitidae), for the two areas influenced by the HPs, to test whether there is genetic flow between the populations on either bank of the Madeira River (Chapter 2). Twelve modules were marked, seven on the left bank of the river and five on the right bank. Each module was composed of 3 or 4 km transects and perpendicular parcels every 1 km. The sampling was conducted in sub parcels of 5 x 2 m inside each main parcels. During 20 expeditions, 1121 subparcels were investigated and a total of 7875 samples were collected and identified to 169 species. This study incorporates greater sampling effort than already employed by other published studies to date and also registered the highest number of termites species of any similar study. For the community study, 20 subparcels were randomized in the six modules of the Jirau HP, with five subparcels marked in relation to distance from the river margin (P1 - 50 m, P2 - 1 km, P3 - 2 km, and P4 - 3 km). The termite species composition was not related to side of the river bank. The richness estimator Jackknife 2 was the best estimator of the real number of species diversity. The beta diversity analysis with termite species composition clustered for modules with the same soil type, suggesting that some termite species may be distributed according to the soil type. Parcels closest to the river were the most unique, both in terms of termite species composition and abundance patterns, with some species restricted to the P1 and others absent. Of the ten environmental variables measured, termite species richness was correlated with altitude, clay and silt concentration in the soil, and vegetation stratification between 1 and 5 m, among. For the study of the genetic structure of Heterotermes tenuis, 84 sequences of this species were used from the 12 monitoring modules, six from colonies from the Cerrado (Brazilian Savanna), three from GeneBank (from Manaus, French Guiana and Ecuador), and one of H. longiceps as outgroup. In the initial analysis, relatively strong genetic structure within the samples was found: all phylogenetic analysis (maximum parsimony and likelihood, and Bayesian inference), and haplotype networks, consistently clustered two groups of haplotypes, but without any spatial relationships. Thus was assumed that there were two cryptic species (here called Ht. A and Ht. B), and all the analysis to test whether the Madeira River was a biogeographic barrier were conducted separately for each putative species. However, it was not possible to detect any influence of the river to genetic flow between the populations from either side of the river.

Os grandes carnívoros necessitam de vastos territórios para sobreviver em longo prazo, sendo que sua coexistência com humanos é fundamental, porém gera conflitos. O objetivo geral dessa tese é integrar a conservação de grandes carnívoros ao processo de planejamento de uso e ocupação da terra do estado de São Paulo. Para isso os objetivos específicos são: (1) sistematizar, espacializar e analisar a ocorrência de grandes carnívoros, estabelecendo correlações com os padrões de uso e ocupação da terra, variáveis climáticas e topográficas; (2) estabelecer áreas prioritárias para conservação de grandes carnívoros no estado de São Paulo; e (3) caracterizar os padrões de uso e conservação da terra nos municípios indicando necessidades e oportunidades para conservação (ênfase em Brotas-SP). O delineamento desse estudo foi feito buscando a aplicação de Modelos de Distribuição de Espécies - MDEs (espécies estudadas: Chrysocyon brachyurus, Leopardus Pardalis e Puma concolor) em uma abordagem de Planejamento Sistemático da Conservação - PSC. Para isso, foi aplicado o algoritmo MAXENT para as análises de distribuição das espécies e o algoritmo ZONATION para análises de priorização espacial e identificação de áreas prioritárias para conservação. Os modelos gerados mostraram alto desempenho (AUCs ≥ 0.8) e foram significantes (p ≤ 0.05) para o limite de corte mais inclusivo considerado \"minimum training presence\". Apesar da plasticidade das espécies estudadas, a variável porcentagem de vegetação nativa foi uma das três mais importantes para os modelos gerados. A distribuição das espécies abrange tanto paisagens naturais quanto paisagens antropizadas, porém as áreas com alta adequabilidade ambiental (acima de 0.5) se concentram em regiões com vegetação nativa remanescente e em sua maior parte não estão protegidas em Unidades de Conservação de Proteção Integral. Os resultados das análises de priorização espacial mostraram prioridades altas para os carnívoros concentradas na região central do estado de São Paulo, onde existem conflitos entre a demanda por áreas para conservação e a demanda por áreas para desenvolvimento humano. Recomenda-se a ampliação das UCPIs nessa região e ações de manejo e conservação em propriedades privadas (ex. Reservas Legais e Áreas de Preservação Permanente). Tanto as prioridades para conservação como as prioridades para desenvolvimento são muito diferentes entre os municípios do estado de São Paulo. Sendo assim, as estratégias precisam ser elaboradas caso a caso em escala municipal. Brotas possui localização estratégica na conservação de grandes carnívoros com alta porcentagem de áreas núcleo e alto potencial ecoturístico, sendo recomendada a expansão de UCPIs e a restauração da vegetação nativa para ampliar a proteção de grandes carnívoros. Os resultados desse estudo devem informar o processo de tomada de decisão (Ex. Planos de Ação para Conservação de Espécies Ameaçadas; Zoneamentos; Avaliações de Impactos Ambientais) e a abordagem metodológica serve como um modelo para orientar processos semelhantes que visam à conservação de espécies em outras regiões. / Large carnivores need large territories to survive in long term, requiring the use of existing protected areas and private properties with many land uses types and human occupation levels for dispersion and as additional habitat. Thus, the coexistence between large carnivores and humans is essential. However, it leads to conflicts of interest. The overall objective of this thesis is to integrate the conservation of large mammals to land use planning process in São Paulo State, Brazil. For this, the specific objectives are: (1) to systematize, to spatialize and to analyze the occurrence of large mammals, establishing correlations between large mammals distribution and land use patterns, climatic and topographic variables; (2) to establish priority areas for conservation of large mammals in São Paulo State; and (3) to characterize the land use and conservation patterns in São Paulo\'s municipalities (emphasis in Brotas-SP). The design of this study aimed to apply Species Distribution Models tools (species studied: Chrysocyon brachyurus, Leopardus Pardalis and Puma concolor) in an approach of Systematic Conservation Planning. For this, MAXENT algorithm was applied for species distribution modelling and Zonation algorithm was applied for spatial prioritization analysis and conservation priority areas identification. All models were significant (p ≤ 0.05) considering the minimum training presence threshold showing high performance (AUC ≥ 0.8). Despite the plasticity of the species, the variable percentage of native vegetation was one of the top three most important for all models. The distribution of the species covers both natural and disturbed landscapes, but high environmental suitability areas (up to 0.5) concentrate in regions with native vegetation fragments. However the most part of these areas are not protected by law. Spatial prioritization results showed high priorities for carnivores concentrate in the central region of São Paulo, where there are conflicts there are both high demand for carnivore conservation and high demand for human development. Conservation strategies need to be developed case by case because both priorities for conservation and priorities for development were showed very different between the municipalities. For example, Brotas is strategic for carnivore\'s conservation, having high percentage of core areas in its territory and high ecotourism potential. However the percent of native vegetation cover is low. Therefore, it is recommended protected areas expansion and native vegetation restoration to increase the protection of large carnivores in Brotas. This study highlights the importance of a landscape planning approach to improve the conservation outlook for large mammals, including not only the establishment and management of protected areas, but also native habitat conservation and management on private lands. Importantly, the results may inform environmental policies and land use planning in São Paulo State, Brazil (e.g. Action Plan for Conservation of Endangered Species; Zoning; Reviews of Environmental Impacts), and it serves as a useful model to guide similar process for other large-carnivore species world-wide.

Atualmente estamos presenciando mudanças climáticas ao nível global sem precedentes, as quais se tornarão mais severas no decorrer dos anos, podendo causar danos irreversíveis à biodiversidade. Como as espécies irão reagir a essas mudanças e quais ações de conservações devem ser tomadas estão entre os tópicos mais significantes na ecologia atualmente. As mudanças climáticas têm sido apontadas como uma das principais causas de reduções (e alterações) na distribuição geográfica e abundância de muitas espécies, e até mesmo a extinção. Os modelos de nicho ecológico têm sido uma ferramenta muito utilizada a fim de compreender como a distribuição das espécies pode ser afetada pelas mudanças climáticas. Os modelos fornecem valiosas informações sobre o potencial efeito das mudanças climáticas na distribuição futura das espécies, podendo assim ser usado para a compreensão de como e quais espécies podem ser mais afetadas, além dos locais adequados para sua conservação. Uma vez que informações importantes sobre os organismos não são incorporadas nos modelos, é fundamental o conhecimento sobre a biologia e história natural das espécies para a interpretação dos resultados. No presente estudo é aprestada uma revisão sobre o atual estado de conhecimento das quatro espécies do gênero Eunectes em relação à distribuição geográfica, uso do habitat e microhabitat, atividade diária e sazonal, reprodução, tamanho corporal, dieta e status de conservação. Adicionalmente aspectos da história natural de uma população da sucuri verde, Eunectes murinus, foram estudados em locais florestados, na cidade de Bonito, MS, e aqui são apresentados dados sobre movimentação, uso do microhabitat, reprodução e dieta. Ainda, foram desenvolvidos modelos de nicho climático para cada uma das quatro espécies a fim de entender os possíveis impactos das mudanças climáticas nessas espécies em dois cenários futuros. Foram assumidas duas abordagens de dispersão, com livre dispersão e sem dispersão. A partir dos resultados foi possível reconhecer padrões na biologia das espécies de Eunectes, identificar as principais lacunas de conhecimento e sugerir onde esforços em pesquisa devem ser focados. Além disso, importantes dados sobre a história natural da sucuri verde (E. murinus) foram registrados. Foi observado que, em relação à movimentação, dieta e reprodução, aparentemente a espécie mantém o padrão já registrado em estudos anteriores. Entretanto, o uso do microhabitat diferiu substancialmente, tendo sido encontrado um número muito elevado de indivíduos utilizando árvores. As projeções futuras indicam que, para o intervalo entre os anos de 2061-2080, todas as espécies, menos E. notaeus, perderão grande quantidade de hábitat climaticamente adequado, sendo E. deschauenseei a mais afetada (100% de perda com e sem dispersão no pior cenário). Ainda, as análises apontam que haverá uma mudança de local adequado para a potencial ocorrência de três espécies. Sem dispersão, todas as espécies perderão área, sendo que E. beniensis perderá 100% de habitat adequado em ambos os cenários de alterações climáticas. As informações geradas por este estudo ajudam a melhorar a compreensão da ecologia, história natural e distribuição das espécies do gênero, bem como indica quais as espécies poderão ser mais prejudicadas pelas mudanças climáticas em curso. Finalmente, os resultados fornecem subsídios para a formulação de planos de conservação, indicando importantes áreas que poderão servir de refúgio climático para as espécies / We are currently witnessing unprecedented global climate change, which will become more severe over the years and can cause irreversible damage to biodiversity. How species will react to these changes and what conservation actions should be taken are among the most significant topics in ecology today. Climate change has been identified as a major cause of reductions (and changes) in geographic distribution and abundance of many species, and even extinction. Ecological niche models have been widely used in order to understand how the distribution of species can be affected by climate change. The models provide valuable information on the potential effect of climate change on the future distribution of species and can be used to assess how and which species may be most affected, as well as the appropriate sites for their conservation. Since important information about the species is not incorporated into the models, the knowledge about their biology and natural history is crucial for interpretating the results. In the present study a review is presented on the current state of knowledge about the four species of the genus Eunectes in relation to geographic distribution, habitat and microhabitat use, daily and seasonal activity, reproduction, body size, diet and conservation status. In addition, natural history aspects of a green anaconda (E. murinus) population were studied in forested sites in the Bonito municipality, Mato Grosso do Sul state, Brazil, where data on movement, microhabitat use, reproduction and diet are presented. Furthermore, climate niche models were developed for each of the four species in order to understand the possible impacts of climate change under two future scenarios.Two dispersion approaches were performed, with \"free dispersion\" and \"no dispersion\". It was possible to recognize patterns in the biology of Eunectes species, identify the main knowledge gaps and to suggest where research efforts should be focused. Moreover, important data on the natural history of the green anaconda (E. murinus) were recorded. It was observed that, in relation to movement, diet and reproduction, the species apparently maintains the pattern recorded in previous studies. However, the use of the microhabitat differed substantially, with a very high number of individuals being found on trees. Future projections indicate that, for the interval between the years 2061-2080, all species, but E. notaeus, will lose a large amount of climatically suitable habitat, with E. deschauenseei being the most affected (100% loss with and without dispersion in the worst scenario). Future projections also indicate that there will be a shift in the distribution of suitable habitat for the potential occurrence of three species. Without dispersion, all species will lose area, and E. beniensis will lose 100% of suitable habitat in both climate change scenarios. The information generated by this study helps to improve the knowledge about the ecology, natural history and distribution of the species of Eunectes, as well as indicates which species may be most affected by ongoing climate change. Finally, the results provide subsidies for the formulation of conservation plans, indicating important areas that could serve as a climate refuge for the species

A modelagem de distribuição de espécies é uma técnica cuja finalidade é estimar modelos baseados em nichos ecológicos. Esses modelos podem auxiliar nos processos de tomadas de decisões, no planejamento e na realização de ações que visem a conservação e a preservação ambiental. Existem diversas ferramentas projetadas para modelagem de distribuição de espécies, dentre elas o framework openModeller, na qual este trabalho está inserido. Várias técnicas de Inteligência Artificial já foram utilizadas para desenvolver algoritmos de modelagem de distribuição de espécies, como Entropia Máxima. No entanto, as ferramentas estatísticas tradicionais não disponibilizam pacotes com o algoritmo de Entropia Máxima, o que é comum para outras técnicas. Além disso, apesar de existir um software gratuito específico para modelagem de distribuição de espécies com o algoritmo de Entropia Máxima, esse software não possui código aberto. Assim, a base deste trabalho é a investigação acerca da modelagem de distribuição de espécies utilizando Entropia Máxima. Desta forma, o objetivo principal é definir diferentes estratégias para o algoritmo de Entropia Máxima no contexto da modelagem de distribuição de espécies. Para atingir esse objetivo, foram estabelecidos um conjunto de alternativas possíveis a serem exploradas e um conjunto de métricas de avaliação e comparação das diferentes estratégias. Os resultados mais importantes desta pesquisa foram: um algoritmo adaptativo de Entropia Máxima, um algoritmo paralelo de Entropia Máxima, uma análise do parâmetro de regularização e um método de seleção de variáveis baseado no princípio da Descrição com Comprimento Mínimo (MDL Minimum Description Length), que utiliza aprendizagem por compressão de dados. / Species distribution modeling is a technique the purpose of which is to estimate models based on ecological niche. These models can assist decision making processes, planning and carrying out actions aiming at environmental conservation and preservation. There are several tools designed for species distribution modeling, such as the open- Modeller framework, in which this work is inserted. Several Artificial Intelligence techniques have been used to develop algorithms for species distribution modeling, such as Maximum Entropy. However, traditional statistical tools do not offer packages with the Maximum Entropy algorithm, which is common to other techniques. Furthermore, although there is specific free software for species distribution modeling with the Maximum Entropy algorithm, this software is not open source. The basis of this work is the investigation of the species distribution modeling using Maximum Entropy. Thus, its aim is to define different strategies for the Maximum Entropy algorithm in the context of the species distribution modeling. For this, a set of possible alternatives to be explored and a set of metrics for evaluation and comparison of the different strategies were established. The most important results were: an adaptive Maximum Entropy algorithm, a parallel Maximum Entropy algorithm, an analysis of the regularization parameter and a variable selection method based on the Minimum Description Length principle, which uses learning by data compression.

A área de pesquisa científica, denominada computação e biodiversidade, tem por desafio suprir a demanda por tecnologias de apoio à conservação da biodiversidade, fornecendo ferramentas computacionais aplicadas ao estudo da biodiversidade. Os modelos de distribuição geográfica de espécies têm uma importante contribuição para o entendimento da biodiversidade e no apoio para a tomada de decisão em conservação dos recursos de biodiversidade. Os resultados da modelagem de distribuição de espécies, não apresentam com clareza os tratamentos aplicados aos dados na etapa de pré-análise e os critérios de seleção das variáveis preditoras, o que agrava a incerteza quanto aos resultados obtidos e prejudica a reprodutibilidade do experimento. Assim, o objetivo desta pesquisa é apresentar o processo de modelagem de distribuição de espécie com destaque para as atividades de pré-análise e atividades de seleção das variáveis preditoras. O processo de modelagem de distribuição de espécies proposto é avaliado por meio de estudo de caso de Modelagem de Distribuição de Espécies do polinizador Centris hyptidis e das plantas oleaginosas Angelonia campestris e Angelonia cornigera, que considera como fator biótico a especialização da interações entre essas plantas e o polinizador. Neste estudo de caso pode-se verificar que a aplicação de técnicas estatísticas exploratórias de dados na etapa de pré-análise do processo de modelagem distribuição de espécies permite a avaliação da qualidade dos pontos de ocorrência, essenciais para o desempenho preditivo do modelo final. / The area of research called biodiversity informatics, or bioinformatics, has to face the challenge of meeting the demand for technologies to support the conservation of biodiversity, providing computational tools applied to the study of biodiversity. The models of geographic distribution of species have a fundamental implication for understanding the biodiversity and conservation decision making. Researches on modeling species distributions generally do not present clearly the treatments applied to the data in the pre-analysis and criteria for selection of predictor variables, which increases the uncertainty regarding the results and affect the reproducibility of experiment. The objective of this research is to present the process of species distribution modeling with emphasis on the activities of pre-analysis and activities selection of the predictor variables, such as to favor its repeatability and reproducibility by other researchers. The process of modeling species distribution proposed is validated on a case study of modeling distribution of pollinator species Centris hyptidis and oilseed Angelonia campestris and Angelonia cornigera, a biotic factor that considers the specialization of these interactions between plants and pollinators. In this case study we can observe one of the main contributions of this work: the application of statistical techniques for data exploration in the pre-analysis of species distribution modeling process, with improved capacity for evaluation and selection of points of occurrence essential to the performance of the predictive model.

A modelagem de distribuição de espécies é uma técnica cuja finalidade é estimar modelos baseados em nichos ecológicos. Esses modelos podem auxiliar nos processos de tomadas de decisões, no planejamento e na realização de ações que visem a conservação e a preservação ambiental. Existem diversas ferramentas projetadas para modelagem de distribuição de espécies, dentre elas o framework openModeller, na qual este trabalho está inserido. Várias técnicas de Inteligência Artificial já foram utilizadas para desenvolver algoritmos de modelagem de distribuição de espécies, como Entropia Máxima. No entanto, as ferramentas estatísticas tradicionais não disponibilizam pacotes com o algoritmo de Entropia Máxima, o que é comum para outras técnicas. Além disso, apesar de existir um software gratuito específico para modelagem de distribuição de espécies com o algoritmo de Entropia Máxima, esse software não possui código aberto. Assim, a base deste trabalho é a investigação acerca da modelagem de distribuição de espécies utilizando Entropia Máxima. Desta forma, o objetivo principal é definir diferentes estratégias para o algoritmo de Entropia Máxima no contexto da modelagem de distribuição de espécies. Para atingir esse objetivo, foram estabelecidos um conjunto de alternativas possíveis a serem exploradas e um conjunto de métricas de avaliação e comparação das diferentes estratégias. Os resultados mais importantes desta pesquisa foram: um algoritmo adaptativo de Entropia Máxima, um algoritmo paralelo de Entropia Máxima, uma análise do parâmetro de regularização e um método de seleção de variáveis baseado no princípio da Descrição com Comprimento Mínimo (MDL Minimum Description Length), que utiliza aprendizagem por compressão de dados. / Species distribution modeling is a technique the purpose of which is to estimate models based on ecological niche. These models can assist decision making processes, planning and carrying out actions aiming at environmental conservation and preservation. There are several tools designed for species distribution modeling, such as the open- Modeller framework, in which this work is inserted. Several Artificial Intelligence techniques have been used to develop algorithms for species distribution modeling, such as Maximum Entropy. However, traditional statistical tools do not offer packages with the Maximum Entropy algorithm, which is common to other techniques. Furthermore, although there is specific free software for species distribution modeling with the Maximum Entropy algorithm, this software is not open source. The basis of this work is the investigation of the species distribution modeling using Maximum Entropy. Thus, its aim is to define different strategies for the Maximum Entropy algorithm in the context of the species distribution modeling. For this, a set of possible alternatives to be explored and a set of metrics for evaluation and comparison of the different strategies were established. The most important results were: an adaptive Maximum Entropy algorithm, a parallel Maximum Entropy algorithm, an analysis of the regularization parameter and a variable selection method based on the Minimum Description Length principle, which uses learning by data compression.