Tesis entregada a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al grado de Doctora en Ciencias con Mención en Ecología y Biología Evolutiva. / Durante el proceso continuo de la especiación se genera la divergencia genética y el establecimiento del aislamiento reproductivo. La descripción de los patrones genéticos de diferenciación entre pares de taxa cercanamente relacionados en diferentes etapas de este continuo podría ayudar a determinar la proporción del genoma que contribuye a la divergencia y la naturaleza de los genes involucrados. En el contexto de especiación alopátrica, se espera que la magnitud del primer aspecto sea proporcional al tiempo de divergencia, mientras que la deriva génica debería hacer aparecer mutaciones al azar en el genoma, afectando a diferentes regiones génicas e intergénicas en diferentes etapas del continuo de especiación. En esta tesis se describen los patrones de divergencia genómica entre dos pares de especies chilenas del género Orestias, pupfishes que habitan el Altiplano de Chile, Perú y Bolivia, que se encuentran en etapas diferentes del continuo de especiación. En una etapa inicial de este proceso se encuentran O. chungarensis y O. laucaensis, ambas presentes en ambientes aislados (Lago Chungará y Río Lauca, respectivamente). Por otra parte, en una etapa tardía se encuentran O. ascotanensis y O. gloriae, quienes habitan en vertientes de salares cercanos, pero desconectados (salar Ascotán y salar Carcote, respectivamente). Por una parte, debiera existir mayor diferenciación genómica entre las especies de la etapa más avanzada que entre las especies de la etapa más reciente. Por otra parte, y dado que estas especies se originaron en un contexto de especiación alopátrica que se ha mantenido hasta el presente, los patrones de divergencia genómica en cada par de especies debieran haber seguido rutas independientes. Se aplicó la técnica RAD-Seq, un tipo de secuenciación genómica de representación reducida, a los individuos muestreados de las cuatro especies. Los análisis de estructuración genética detectaron una 17 fuerte divergencia entre las especies de los salares y entre éstas y O. chungarensis y O. laucaensis, y una divergencia mucho menor entre éstas últimas. Los niveles de diferenciación global, medidos con el índice FST, indicaron que las especies recientes se han diferenciado tres veces menos que las especies más divergentes. Además se observó que ~20% de los loci totales se diferencia entre las especies recientes, mientras que esa cantidad aumenta a ~50% entre especies divergentes. Estos loci no estarían concentrados en ninguna región en particular, sino que se encontrarían distribuidos a lo largo de todo el genoma. Los análisis del número total de SNPs y de SNPs que más diferencian a las especies indicaron que estos polimorfismos son particulares de cada especie al igual que las funciones biológicas en las que están involucrados. Estos resultados permitieron observar empíricamente cómo el grado de divergencia a nivel genómico aumenta a medida que se avanza en el continuo de especiación, tanto a nivel de diferenciación global, como de la diferenciación de cada locus, y que el proceso de diferenciación ha seguido un camino independiente en cada una de las especies y pares de especies, lo cual es concordantes con un modelo de especiación alopátrica. / During the continuum process of speciation the genetic diversity is generated and the reproductive isolation is stablished. The description of genomic patterns of differentiation from pairs of closely related taxa at different stages of this continuum would help identify the proportion of the genome that contributes to the divergence and the nature of the genes involved. In an allopatric speciation context, it is expected that the magnitude of the first aspect is proportional to divergence time, while the genetic drift would give rise mutations randomly in the genome affecting therefore different genic and intergenic regions at different stages of the speciation continuum. This study described the genomic patterns of divergence between two pairs of Chilean species of the genus Orestias at different stages of the speciation continuum. An initial stage involves O. chungarensis and O. laucaensis, both inhabiting isolated environments (Lake Chungara and Lauca River, respectively). On the other hand, O. ascotanensis and O. gloriae represent a late stage of this continuum. They both inhabit close, unconnected salt pans (Ascotan and Carcote salt pan, respectively). On one hand, there should be a higher genomic differentiation between species of the late stage than species of the recent stage. On the other hand, and given these species were originated in an allopatric speciation context that persist until today, then the patterns of genomic divergence of each species pair should have follow different and independent paths. We obtained RAD-Seq data, a reduced representation sequencing technique, from individuals of each of these species. Genetic structure analyses found a deep divergence between salt pans samples and between these and O. chungarensis and O. laucaensis samples, and much less divergence between these last two. 19 Overall FST values, as a measure of genetic differentiation, are three times higher between the distant species than the close related pair of species. Moreover, ~20% of the loci are differentiated between O. chungarensis and O. laucaensis, while ~50% of the total loci are differentiated between the distant species, and these loci are not concentrated in any specific region, but distributed along the whole genome. Analyses of the total number of SNPs and the SNPs that more differentiate the species indicate that the polymorphisms are particular of each species, as well as the biological functions they are associated with. These results allowed to empirically observing how the genomic divergence increase as the speciation continuum advance, at both overall differentiation and differentiation of locus-by-locus, and that the differentiation process has followed an independent path in each of species and species pairs, in concordance with an allopatric speciation model. / FONDECYT 1140540 y FONDECYT 1140543, Dr. Miguel Allende y al Centro de Regulación del Genoma FONDAP- CRG-1509007, Beca de Doctorado Nacional otorgada por CONICYT, CONICYT-PCHA/doctorado Nacional/2012-21120972.

Este Seminario busca aportar en la construcción de una reflexión crítica, a partir de la inquietud que provocan los efectos de las falencias que muestran los modelos de desarrollo que comúnmente se discuten en los círculos económicos, los cuales son creados por y para los países desarrollados y que se intentan traducir a nuestras realidades locales muchas veces con innumerables deficiencias, sin detenernos a pensar si esas adaptaciones son o no provechosas para el desarrollo económico sustentable orientado hacia la equidad en nuestra región.

La mayoría de personas, incluido un grupo de operadores jurídicos, no perciben la uniformidad en las necesidades sociales subyacentes a los instrumentos jurídicos; aunque tal uniformidad existe, no necesariamente importa una convergencia en las reglas y definiciones. El contrato es uno de tales instrumentos. Si bien el vocablo para calificarlo puede traducirse sin problemas en diferentes idiomas, su real contenido permanece oculto. En el presente ensayo el autor intentará reseñar las divergencias entre la noción peruana de contrato frente a sus pares de otros sistemas de la tradición jurídica occidental. Most people, including a group of legal operators, do not perceived the uniformity of social needs underlying legal instruments, although such uniformity exist, not necessarily leads to a convergence in rules and definitions. The contract is one of those instruments. While the word used to describe it can be translated smoothly in several different languages, their actual content remains hidden. In this essay I will try to review the divergences between the Peruvian notion of contract and their peers in other systems of the Western legal tradition.

Ingeniero Civil Eléctrico / El propósito del presente trabajo es estudiar y proponer un método de aprendizaje para los Ensambles de Redes Neuronales basados en la maximización de la Información Mutua Cuadrática entre las salidas de los modelos que componen el Ensamble. En esencia el método propuesto es una función de costo que incluye un término de regularización basado en Información Mutua que se estima a partir del Potencial de Información Cruzado o CIP (Cross Information Potential), además el término de regularización busca favorecer la diversidad entre los modelos del Ensamble. Al método propuesto se le identifica en este trabajo como CIPL (Cross Information Potential Learning). La hipótesis de trabajo es que la utilización de herramientas de Teoría de la Información en la definición de la función de costo de CIPL pueden ayudar a mejorar la precisión y la diversidad del Ensamble comparado con el método basado en correlación negativa propuesto por el método NCL (Negative Correlation Learning) además de ayudar a favorecer más aun la diversidad. La metodología de trabajo incluye primeramente la implementación de una librería desarrollada en el lenguaje de programación Python para poder entrenar modelos de redes neuronales en forma paralela con el fin de poder probar el método de entrenamiento NCL y CIPL. Para evaluar el método de entrenamiento CIPL se realizan pruebas sobre problemas de regresión y clasificación típicos, parte de estas pruebas intentan determinar su comportamiento bajo condiciones de ruido y valores atípicos. Para el caso de CIPL se agregan pruebas sobre los diferentes hiperparámetros que tiene. Los resultados obtenidos muestran que CIPL tiene un desempeño similar que NCL en problemas de clasificación, no así en regresión donde NCL es mucho mejor. En cuanto a los hiperparámetros de CIPL se destaca que la sinergia y la redundancia influyen directamente en la diversidad del Ensamble, incluso permiten obtener mejores niveles de diversidad que NCL. La implementación de CIPL tiene problemas con los tiempos de entrenamiento que aumentan de forma exponencial con la cantidad de muestras y de modelos del Ensamble, por lo que requiere una optimización del código. Por otro lado, aunque la diversidad en el caso de CIPL mejora los resultados, no es posible cuantificar este efecto, por tanto se deja propuesto para trabajos futuros. Además, falta resolver problemas que tiene la implementación de CIPL cuando se trabaja con más de 2 clases.

Canthon (Canthon) cyanellus LeConte, 1859 es un escarabajo rodador necrófago con amplia distribución en los bosques tropicales del nuevo mundo. Su historia taxonómica es compleja y agrupa a especies que fueron designadas anteriormente y que fueron agrupadas en una sola especie por Halffter en 1961. Las poblaciones de esta especie son morfológicamente muy similares. La gran variación de coloración cuticular a nivel geográfico de esta especie ha sido empleada para definir a diferentes subespecies i.e., Canthon cyanellus cyanellus, C. cyanellus violetae Halffter, 1961 y C. cyanellus sallei Harold, 1853 sensu Halffter, 1961, por lo que a esta especie se le puede designar como el complejo Canthon cyanellus. Para entender los procesos evolutivos que han conducido a la diversificación y actual distribución del complejo “cyanellus” en el Neotrópico, se planteó estudiar su estructura filogeográfica en la Zona de Transición Mexicana (ZTM) empleando dos marcadores moleculares mitocondriales (16S y COI) y uno nuclear (ITS2). Las características de la genitalia del macho en escarabajos de este género han tenido valor taxonómico para separar subespecies o especies próximas; sin embargo, en C. cyanellus no han sido analizadas considerando la variación geográfica. Por esta razón, posteriormente se analizó la variabilidad de la morfología de la genitalia masculina (i.e. edeago: falobase y parameros) a nivel geográfico considerando su distribución en el Neotrópico. Ambos enfoques, el genético y morfológico, se compararon con la taxonomía del grupo. La longitud de los tres loci (i.e. ITS2 + 16S + COI) analizados fue de 2,196 pb con un total de 76 haplotipos. La diversidad genética fue más baja para ITS2, que para los loci mitocondriales. Los análisis de SAMOVA, ANOVAs y las redes de haplotipos indicaron alta estructura genética asociada con la distribución geográfica de las poblaciones. El cronograma inferido con los tres marcadores moleculares combinados indicó que los eventos de cladogénesis en la ZTM ocurrieron durante el Pleistoceno (1.63 a 0.91 Ma). Los eventos de cladogénesis pueden estar relacionados con eventos geológicos y con los ciclos de expansión y contracción de los bosques asociados a las oscilaciones climáticas ocurridas durante el Pleistoceno en esta región. El análisis de la demografía histórica sugiere que las poblaciones permanecieron en estasis durante gran parte de esta época geológica, seguido de una expansión demográfica hacia finales de la misma. El análisis de la genitalia del macho mostró que hay una gran variación inter e intra poblacional en los 11 atributos morfológicos de esta estructura a nivel geográfico. El ACP indicó que un 87,98% de la variación se asocia con las longitudes del edeago y de los parameros; así como con la distancia desde la falobase al ancho entre parameros. El gráfico de ACP mostró que esta variación no se estructuró geográficamente ni por población ni por región geográfica. El SAMOVA indicó una estructura genética y geográfica de los grupos poblacionales (K = 8) que fue más consistente con el análisis genealógico. Los ANOVAs indicaron diferencias estadísticamente significativas para algunas variables de longitud del edeago entre los grupos de poblaciones inferidos por el SAMOVA y por la genealogía. El resultado de la genealogía en forma global soporta ocho clados históricamente separados (i.e., GF, Ixt, ChaCal, Col, SEM, NGM, Hua, and SGM + SPS). Sin embargo, estos clados no se corresponden con las subespecies del complejo sensu Halffter (1961). Por otro lado, la morfología del edeago per se no permite separar los clados aquí encontrados. Los resultados de esta tesis sugieren que las poblaciones que conforman la especie C. cyanellus están en un proceso de especiación incipiente. El presente estudio abre nuevas líneas de investigación acerca de la evolución de la genitalia masculina; así como sobre el efecto de las barreras reproductivas pre y postcigoticas, que puedan contribuir al aislamiento reproductivo en este complejo de especies.

O complexo Drosophila buzzatii (grupo repleta) compreende 13 espécies, divididas em três clusters, de acordo com o bandeamento observado nos cromossomos politênicos: cluster D. stalkeri, incluindo D. richardsoni e D. stalkeri, restrito às ilhas do Caribe e Flórida; cluster D. martensis, incluindo D. martensis, D. uniseta, D. venezolana e D. starmeri, encontrado em áreas desérticas da Colômbia e Venezuela; e cluster D. buzzatii, incluindo D. buzzatii, D. koepferae, D. antonietae, D. serido, D. gouveai, D. borborema e D. seriema, habitando regiões sazonalmente secas ao longo da diagonal de vegetação aberta da América do Sul. O presente estudo teve como objetivo inferir as relações filogenéticas entre as espécies do complexo D. buzzatii, dando ênfase ao cluster D. buzzatii, por meio de análises multilocus de genes mitocondriais (COI e COII) e nucleares (EF-1F1, transformer e period). Nas hipóteses filogenéticas estabelecidas, as espécies do complexo D. buzzatii constituíram um grupo monofilético, composto por dois subgrupos monofiléticos, os clusters D. martensis e D. buzzatii, e um parafilético, o cluster D. stalkeri. As relações de parentesco entre as espécies do cluster D. buzzatii foram estabelecidas. Drosophila buzzatii ocupou a posição mais basal dentro do cluster D. buzzatii, estando proximamente relacionada à espécie D. koepferae. Drosophila antonietae ocupou uma posição intermediária em relação às espécies D. koepferae e D. serido, que representa o táxon irmão do ramo formado por D. gouveai, D. borborema e D. seriema, com D. gouveai ocupando uma posição mais basal em relação às espécies irmãs D. borborema e D. seriema. Foi detectada seleção purificadora como a principal força dirigindo a evolução dos genes nucleares transformer e period, para as espécies do complexo D. buzzatii. O gene mitocondrial COI, por sua vez, foi utilizado para estimar os tempos de divergência para as espécies do cluster D. buzzatii, revelando que o processo de diversificação do grupo iniciou-se no período Plioceno, provavelmente em decorrência de eventos de vicariância associados à elevação dos Andes, sendo também influenciado pelo avanço e retração da vegetação xerófita, nas flutuações climáticas do Pleistoceno. / Drosophila buzzatii complex (repleta group) consists of 13 species, divided into three clusters according to the banding seen in polytene chromosomes: D. stalkeri cluster, including D. richardsoni and D. stalkeri, restricted to the Caribbean Islands and Florida; D. martensis cluster, including D. martensis, D. uniseta, D. venezuelana and D. starmeri, found in desert areas of Colombia and Venezuela, and D. buzzatii cluster, including D. buzzatii, D. koepferae, D. antonietae, D.gouveai, D. borborema and D. seriema, that inhabit seasonally dry regions along the open vegetation diagonal in South America. This study aimed to infer the phylogenetic relationships among the D. buzzatii species complex, emphasizing the D. buzzatii cluster, by multilocus analysis of mitochondrial (COI and COII) and nuclear (EF-1F1, transformer and period) genes. In established phylogenetic hypotheises, the species of the D. buzzatii complex formed a monophyletic group, composed of two monophyletic subgroups, the D. martensis and D. buzzatii clusters, and a paraphyletic one, the D. stalkeri cluster. The relationships among the D. buzzatii species cluster were established. Drosophila buzzatii occupied the most basal position within the D. buzzatii cluster and is closely related to D. koepferae. D. antonietae occupied an intermediate position in relation to the D. koepferae and D. serido species. D. serido represents the sister taxon of the branch formed by the D. gouveai, D. borborema and D. seriema species, with D. gouveai occupying a basal position in relation to the sister species D. borborema and D. seriema. It was detected that purifying selection is the main force driving the evolution of transformer and period nuclear genes for the species of the D. buzzatii complex. The divergence time of the D. buzzatii species cluster was estimated by the COI gene analysis, revealing that the process of diversification of the group began in the Pliocene period, probably due to vicariant events associated with the uplift phase of the Andes, and it was also influenced by the advance and retraction of xerophytic vegetation in Pleistocene climatic fluctuations.

Questions of the relationships between archaeology and language have long focused on problems of the Indo-European language family. This chapter considers general processes of archaeological and linguistic change with a special focus on language replacement. Here the model of agriculture/language dispersal is particularly significant. The potential contributions of archaeogenetics are also considered. / Por mucho tiempo, las preguntas acerca de las relaciones entre la arqueología y las lenguas se han centrado en los problemas de la familia indoeuropea. En el presente trabajo se tratan procesos generales de cambio de carácter arqueológico y lingüístico, con un énfasis especial en el reemplazo de lenguas. Particularmente significativo es el modelo de la difusión de la agricultura y las lenguas. Asimismo, se debate acerca de las potenciales contribuciones de la arqueogenética.

En esta publicación presentamos una propuesta para el uso del software Mathematica en el desarrollo de dos de los teoremas fundamentales del Cálculo Vectorial: Teorema de Stokes y divergencia de Gauss. La experiencia se desarrolló en cuatro horarios del curso Cálculo 4 en la Facultad de EE.GG.CC. de la PUCP. Destacando la representación gráfica de los objetos matemáticos que intervienen en estos resultados. Obviamente, sin perder de vista el aspecto algebraico. Para conjugar estos dos aspectos se ha escrito secuencias de funciones del software Mathematica para: graficar las superficies y sus vectores normales como también los campos vectoriales, calcular integrales triples, integrales de superficie e integrales de línea. Estas secuencias nos han permitido mostrar las aplicaciones de los teoremas de Stokes y divergencia mediante representaciones textual, algebraica y gráfica; lo cual despierta el interés de los alumnos por los teoremas tratados y se logra, además, un manejo más adecuado de dichos teoremas.

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The objective of this study was to identify the diversity across the accessions of common bean that were collected in Goiás State (Brazil), available in Embrapa Rice and Beans’ germplasm bank, through morphological descriptors and agronomic information. The experimental material was composed by 156 common bean accessions. Two experiments were performed, one of them in a greenhouse (morphologic characterization) and the other one in the field (yield evaluation). The experiment in the greenhouse was conducted using two vases with three seeds each one per accessio), without experimental design. The experiment conducted in the field was done under Federer’s Augmented Blocks design, with four blocks of 43 plots (39 accessions + 4 checks). The accessions were characterized by 39 morpho-agronomic qualitative descriptors and ten quantitative descriptors. The quantitative variables were converted in multicategorical variables. The 39 morpho-agronomic qualitative and the ten quantitative descriptors were transformed in binary variables by creating 236 fictitious variables. Though, the similarity matrix was built, using the model proposed by Harrison, which was converted in a dissimilarity matrix. Then the cluster analysis was performed by UPGMA method. The accessions 101 (Rosinha) x 145 (Pintado)) and 120 (Dobra morro) x 152 (Doidão ou bonitão), were the most divergent, because they showed the lowest similarities value, 0,11. The biggest divergences were observed in accession 152, with the similarity coefficients between 0,11 and 0,52. No redundant accessions were found. The pair 86 (Paraná) x 103 (Amarelinho). showed the biggest similarity (0,84). The accessions were clustered in 17 groups, with cophenetic correlation coefficient equal to 0,75, that was significat by Mantel’s test (P < 0,001).The number of accession per group varied from 43 to one. Four groups with only one accessions were formed, which showed the lowest similarities coefficients. No significance was observed for grain yield a mong the accessions, nor between the accession and the commercial checks. / O feijão (Phaseolus vulgaris L.) é uma cultura amplamente difundida no Brasil, que é o maior produtor e consumidor mundial. O conhecimento da diversidade genética entre as cultivares tradicionais é útil aos melhoristas, por permitir melhor organização dos recursos genéticos e maior aproveitamento da diversidade genética disponível. A análise de divergência genética pode se dar por métodos preditivos, quantificada por medidas de similaridade ou dissimilaridade estimadas com base em diferenças morfológicas. O objetivo deste trabalho foi identificar a existência de diversidade entre os acessos de feijoeiro comum coletados no Estado de Goiás, pertencentes ao Banco de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão, por meio de descritores morfológicos e informações agronômicas. O material experimental foi formado por 156 acesso de feijoeiro comum coletados no Estado de Goiás. Foram montados dois experimentos um e casa de vegetação (caracterização morfológica) e um em campo (avaliação de produção). No ensaio em casa de vegetação foram utilizados dois vasos com três sementes por acesso, sem delineamento experimental. O experimento em campo foi conduzido em delineamento experimental em blocos aumentados de Federer com 4 blocos, cada um contendo 43 parcelas (39 acessos + 4 testemunhas). Os acessos foram caracterizados com base em 39 descritores morfoagronômicos qualitativos e dez quantitativos. As variáveis quantitativas foram convertidas em variáveis multicategóricas. Tanto os 39 descritores morfoagronômicos qualitativos, quanto os dez quantitativos foram transformados em variáveis binárias resultando em 236 variáveis fictícias. Então foi obtida uma matriz de similaridade, utilizando o modelo de Harrison, que foi convertida em matriz de dissimilaridade; em seguida aplicou-se a análise de agrupamento pelo método UPGMA. Os acessos mais divergentes foram os 101 (Rosinha) x 145 (Pintado) e 120 (Dobra morro) x 152 (Doidão ou bonitão), que apresentaram o menor valor de similaridades 0,11. As maiores divergências foram observadas no acesso 152, com similaridades variando de 0,11 a 0,52. Não foram encontrados acessos redundantes. A maior similaridade foi de 0,84 entre o par de acessos 86 (Paraná) x 103 (Amarelinho). Pela análise de agrupamento os acessos foram agrupados em dezessete grupos, com coeficiente de correlação cofenética (CCC) de 0,75, significativo pelo teste de Mantel (P < 0,001). O número de acessos por grupo variou de 43 a um. Verificou-se a formação de quatro agrupamentos constituídos por apenas um acesso, que apresentaram os menores coeficientes de similaridade. Para produtividade não foi detectada diferença significativa entre acessos e nem entre estes e as testemunhas comerciais.

O complexo Drosophila buzzatii (grupo repleta) compreende 13 espécies, divididas em três clusters, de acordo com o bandeamento observado nos cromossomos politênicos: cluster D. stalkeri, incluindo D. richardsoni e D. stalkeri, restrito às ilhas do Caribe e Flórida; cluster D. martensis, incluindo D. martensis, D. uniseta, D. venezolana e D. starmeri, encontrado em áreas desérticas da Colômbia e Venezuela; e cluster D. buzzatii, incluindo D. buzzatii, D. koepferae, D. antonietae, D. serido, D. gouveai, D. borborema e D. seriema, habitando regiões sazonalmente secas ao longo da diagonal de vegetação aberta da América do Sul. O presente estudo teve como objetivo inferir as relações filogenéticas entre as espécies do complexo D. buzzatii, dando ênfase ao cluster D. buzzatii, por meio de análises multilocus de genes mitocondriais (COI e COII) e nucleares (EF-1F1, transformer e period). Nas hipóteses filogenéticas estabelecidas, as espécies do complexo D. buzzatii constituíram um grupo monofilético, composto por dois subgrupos monofiléticos, os clusters D. martensis e D. buzzatii, e um parafilético, o cluster D. stalkeri. As relações de parentesco entre as espécies do cluster D. buzzatii foram estabelecidas. Drosophila buzzatii ocupou a posição mais basal dentro do cluster D. buzzatii, estando proximamente relacionada à espécie D. koepferae. Drosophila antonietae ocupou uma posição intermediária em relação às espécies D. koepferae e D. serido, que representa o táxon irmão do ramo formado por D. gouveai, D. borborema e D. seriema, com D. gouveai ocupando uma posição mais basal em relação às espécies irmãs D. borborema e D. seriema. Foi detectada seleção purificadora como a principal força dirigindo a evolução dos genes nucleares transformer e period, para as espécies do complexo D. buzzatii. O gene mitocondrial COI, por sua vez, foi utilizado para estimar os tempos de divergência para as espécies do cluster D. buzzatii, revelando que o processo de diversificação do grupo iniciou-se no período Plioceno, provavelmente em decorrência de eventos de vicariância associados à elevação dos Andes, sendo também influenciado pelo avanço e retração da vegetação xerófita, nas flutuações climáticas do Pleistoceno. / Drosophila buzzatii complex (repleta group) consists of 13 species, divided into three clusters according to the banding seen in polytene chromosomes: D. stalkeri cluster, including D. richardsoni and D. stalkeri, restricted to the Caribbean Islands and Florida; D. martensis cluster, including D. martensis, D. uniseta, D. venezuelana and D. starmeri, found in desert areas of Colombia and Venezuela, and D. buzzatii cluster, including D. buzzatii, D. koepferae, D. antonietae, D.gouveai, D. borborema and D. seriema, that inhabit seasonally dry regions along the open vegetation diagonal in South America. This study aimed to infer the phylogenetic relationships among the D. buzzatii species complex, emphasizing the D. buzzatii cluster, by multilocus analysis of mitochondrial (COI and COII) and nuclear (EF-1F1, transformer and period) genes. In established phylogenetic hypotheises, the species of the D. buzzatii complex formed a monophyletic group, composed of two monophyletic subgroups, the D. martensis and D. buzzatii clusters, and a paraphyletic one, the D. stalkeri cluster. The relationships among the D. buzzatii species cluster were established. Drosophila buzzatii occupied the most basal position within the D. buzzatii cluster and is closely related to D. koepferae. D. antonietae occupied an intermediate position in relation to the D. koepferae and D. serido species. D. serido represents the sister taxon of the branch formed by the D. gouveai, D. borborema and D. seriema species, with D. gouveai occupying a basal position in relation to the sister species D. borborema and D. seriema. It was detected that purifying selection is the main force driving the evolution of transformer and period nuclear genes for the species of the D. buzzatii complex. The divergence time of the D. buzzatii species cluster was estimated by the COI gene analysis, revealing that the process of diversification of the group began in the Pliocene period, probably due to vicariant events associated with the uplift phase of the Andes, and it was also influenced by the advance and retraction of xerophytic vegetation in Pleistocene climatic fluctuations.