Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6311_1.pdf: 2366152 bytes, checksum: f5adb8c408d8ad59c55286f77bfa694a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A Paracoccidioidomicose é uma importante causa de morbidade, levando à morte em alguns casos. Essa doença é provocada pelo fungo dimórfico Paracoccidioides brasiliensis e seu diagnóstico clínico é inespecífico. Recentemente, no nosso laboratório foi isolado e sequenciado um fragmento de DNA de 850pb obtido pela técnica de RAPD, presente em cepas de P. brasiliensis com morfologia típica, e virulentas quando inoculadas em camundongos, que não estava presente em cepas de morfologias atípicas não virulentas. O objetivo desse trabalho foi caracterizar este fragmento através da subclonagem em vetor de expressão pGEX e a produção da proteína recombinante cognata em hospedeiro heterólogo. A proteína expressa reagiu com soro de camundongo infectado com P.brasiliensis e a análise do BLASTx revelou homologia com um domínio de uma flavina-monoxigenase (Flavin-binding monooxygenase-like ou FMO) hipotética do fungo Neurospora crassa. A seqüência completa do DNA de ceja1 ainda precisa ser obtida e sequenciada para que seja, de fato, atribuída a esta seqüência a atividade de uma monooxigenase. Contudo, os resultados sugerem que as cepas de P. brasiliensis estocadas por longos períodos (2-3 décadas) sob uma camada de óleo na coleção de culturas de fungos do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro tenham uma redução, se não abolição, na atividade das monooxigenases

O objetivo principal deste trabalho foi a caracterização e quantificação da variabilidade isoenzimática observada no germoplasma de mandioca (M. esculenta) na agricultura autóctone do sul do estado de São Paulo. A técnica utilizada foi a de eletroforese de isoenzimas em gel de penetrose 30 à 13%. Foram determinados e estudados 12 locos isoenzimáticos, sendo 9 polimórficos, pertencentes a cinco sistemas: malato desidrogenase (MDH - E.C. 1.1.1.37), leucina aminopeptidase (LAP - E.C. 3.4.11.1), xiquimato desidrogenase (SKDH - E.C. 1.1.1.25), alfa-esterase (Alfa-EST - E.C. 3.1.1.1) e aspartato aminotransferase (AAT - E.C. 2.6.1.1). O sistema da peroxidase (PER - E. C. 1. 1 1 .1.7) foi descartado por não apresentar polimorfismo de bandas. O polimorfismo isoenzimático observado nas populações estudadas é função da distribuição geográfica, uma vez que as populações do Litoral sul de São Paulo apresentam maior variabilidade que as populações do Vale do Ribeira. Nas análises dos dados foram estimados os parâmetros de variabilidade entre e dentro de populações, índice de similaridade genética pelos métodos de"Simple Matching"e"Jaccard", obtendo feno gramas pelo método de agrupamento U.P.G.M.A. (Unweighted pair-group method average), entre outros. O sistema de agricultura autóctone praticado pelos agricultores das comunidades negras e caiçaras matem e amplifica o nível de variabilidade intraespecífica, através de processos de hibridação introgressiva, troca de material entre agricultores, fluxo gênico, recombinação, introdução de variedades novas e mutação. Entre as principais conclusões destacam-se as seguintes: Os parâmetros de heterozigosidade média estimados demostraram altos níveis de variação genética para as roças de mandioca (Ho=O,242), sendo superiores à média de dados observados na literatura (Ho=O,225). Os resultados mostraram maior grau de variabilidade dentro das roças, sendo a roça 1 (roça Pedrinhas-1) a mais polimórfica (75,0% de variabilidade ). A diversidade intraespecífica está diretamente relacionada com a estrutura sócio-cultural do local. As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos, sendo que a de número 27 (Gema de ovo) formou um único grupo. As etnovariedades pertencentes às populações do litoral apresentaram maior variabilidade do que as populações do vale. Nas análises dos dados foram estimados os parâmetros de variabilidade entre e dentro de populações, índice de similaridade genética pelos métodos de"Simple Matching"e"Jaccard", obtendo fonogramas pelo método de agrupamento U.P.G.M.A., entre outros. As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos. O sistema AAT mostrou-se um bom marcador bioquímico para a identificação das etnovariedades. Parâmetros heterozigosidade média estimados demonstraram altos níveis de variação genética para as roças de mandioca (Ho=0,242), sendo superiores ao da literatura (Ho=0,225). A diversidade intraespecífica está diretamente relacionada com a estrutura sócio-cultural-local . As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos, sendo que a de número 27 (Gema de ovo) formou um único grupo. Dados de isoenzimas servem para auxiliar os melhoristas nas estratégias de melhoramento genético da mandioca nas roças de agricultura autóctone, no sentido de detectar a distribuição da variabilidade genética presente nas populações. / not available

Agricultores tradicionais autóctones são responsáveis por manter etnovariedades conservadas in situ, e são responsável por processos dinâmicos de amplificação de variabilidade genética. A variabilidade manipulada por estes agricultores pode ser maior do que a variabilidade reconhecida e nomeada sob a forma de etnovariedades. Através da avaliação da variabilidade de mandioca (Manihot esculenta Crantz) manejada por agricultores tradicionais autóctones do sul do litoral paulista e do Vale do Ribeira de Iguape, foram estudadas 10 roças, com os seguintes objetivos: a) Determinar a variabilidade intraespecífica de mandioca, ao nível das etnovariedades, presente num sistema agrícola de corte e queima, através do uso de marcadores bioquímicos (isoenzimas), e de caracteres morfológicos; b) Avaliar e comparar a variabilidade reconhecida e nomeada pelo agricultor e a variabilidade intra-roça presente e não necessariamente reconhecida; c) Interpretar os padrões de variabilidade sob um modelo de dinâmica evolutiva da mandioca. Foram utilizadas para estes fins, 3 técnicas de amostragem em 10 roças em locais diferentes, e em ciclos agrícolas diferentes: 1) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor com interferência dele na escolha de cada amostra; 2) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor sem interferência dele na escolha de cada amostra; 3) amostragem aleatória dentro da roça sem nomeação individualizada. Ao todo foram estudados 356 indivíduos, sendo avaliados 21 caracteres e sendo feitas posteriormente as seguintes análises: cálculo de distância euclidiana média entre amostras, análise de agrupamento, e análise de componentes principais (PCA). Os indivíduos foram submetidos à eletroforese de isoenzimas, sendo então utilizada presença e ausência de bandas isoenzimáticas, cálculo do índice de similaridade genética (coeficiente de semelhança simples,"Simple Matching'), análise de agrupamento e análise de coordenadas principais (PCO). As distâncias obtidas a partir de cada conjunto de dados foram comparadas através de correlação de Mantel. A partir dos resultados, foi possível concluir que os agricultores subestimam a variabilidade presente intra-roça, dando o mesmo nome a genótipos diferentes. Além disso, foi possível concluir que cada etnovariedade de mandioca é constituída por genótipos distintos, com grande semelhança na morfologia, compondo uma população heterogênea. Através da interpretação dos resultados sob o modelo de dinâmica evolutiva de mandioca é possível inferir sobre a origem destes genótipos via hibridação intraespecífica. Sendo assim, os processos sexuais existentes amplificam a variabilidade de mandioca dentro das roças, interagindo com as técnicas de manejo empregadas secularmente. / not available

Visando caracterizar e aglomerar variedades em grupos de diversidade, foram avaliadas as variações quantitativas nas proteínas de grão, separadas por SDS-PAGE entre 67 germoplasmas de arroz (Oryza sativa L.) (59 brasileiros e 8 japoneses). A avaliação quantitativa foi desenvolvida através de análise densitométrica dos padrões eletroforéticos. Os dados obtidos permitiram determinação de distância genética entre pares de variedades, utilizando-se a distância euclidiana média e a formação de 10 grupos de diversidade (método de Tocher) e um dendograma (método do vizinho mais próximo). Foi observado, que em termos gerais, o gradiente de diferenciação está relacionado com a procedência dos materiais e com o nível de melhoramento das variedades. A análise de função discriminante confirmou que é possível uma clara discriminação entre variedades brasileiras e japonesas. Entretanto, a diferenciação entre variedades melhoradas e não melhoradas não foi tão manifesta. As técnicas estatísticas aplicadas aos componentes proteicos mencionados indicam que o conhecimento das proteínas de semente permite a avaliação da afinidade genética entre variedades e facilita a formação de grupos de diversidade e a diferenciação entre variedades de backgrounds genéticos similares / Variation among 67 rice cultivars (Oryza sativa L.) was evaluted comparing their soluble grain proteins profiles on SDS-PAGE gels. The protein fractions were quantitatively analysed by densitometric scanning of the gels. Utilizations of this methodology allowed an evaluation of genetic distances among pairs of cultivars by estimation of the mean distances. Ten groups of diversity were formed by the Tocher's method of conglomeration analysis, which were confirmed by the dendrogram of afinity relations (single linkage method). In general, the results showed that differentiation grades were related to the origin of the materials and their level of improvement. Graphic analysis of discriminant function showed a clear discrimination between brazilian and japonese cultivars. However, differenciation between improved (M) and non improved (O) cultivars was not so clear, showing a transition range between them. Statistical techniques applied to protein components indicate that knowledge of seed proteins allows to evaluate the genetic affinity among varieties and enables to from diversity groups and to discriminate them with similar genetic backgroung

O tabaco (Nicotiana tabacum L.), originário dos Andes, pertence à família das Solanaceas e é cultivado em diversos países. A produção de tabaco contribui com a economia de 150 países e gera uma receita de mais de U$ 2 bilhões de dólares anuais. Porém, alguns fatores podem restringir os ganhos de produtividade. Dentre eles, as doenças se destacam como um dos fatores mais importantes e o mofo branco, causado por Sclerotinia sclerotiorum, atinge, principalmente, as lavouras localizadas na região litorânea de Santa Catariana, local que favorece o desenvolvimento do fungo devido às características climáticas. A partir dessa problemática este estudo buscou avaliar a agressividade de isolados de S. sclerotiorum frente a cultivares comerciais de tabaco, bem como e também conhecer o perfil genético dos isolados. Foram utilizadas cinco diferentes cultivares de tabaco e 33 isolados de S. sclerotiorum de diferentes municípios dos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo. Para o teste de agressividade, em casa de vegetação, somente dez isolados do fungo foram inoculados em hastes de plantas de tabaco mediante perfuração com palito de dente estéril Para avaliação do perfil genético utilizou-se a técnica de microssatélites com 33 isolados do fungo. Os resultados mostraram que os isolados apresentaram diferentes perfis de agressividade e diferentes taxas de mortalidade. Os níveis de agressividade observados neste estudo comprovaram que a suscetibilidade da cultivar foi dependente do isolado. Foram detectados 114 alelos com média de 11 alelos por Locus. Alguns marcadores apresentaram alelo nulo em alguns genótipos, em especial o marcador 99, o qual foi nulo em 14 isolados. A maioria dos isolados (61%) apresentaram alelos exclusivos e clones não foram observados. A análise da informação do conteúdo de polimorfismo (PIC) foi altamente informativa (PIC > 0.50) para todos os marcadores. / Tobacco (Nicotina tabacum L.), which is originated from South America, belongs to the Solanaceae family and it is grown in many countries. Tobacco production contributes to the economy of 150 countries, being responsible for U$ 2 bilions dollar of revenue. However, there are many factors affecting the productivity, for example, diseases. White mold, caused by Sclerotinia sclerotiorum, primarily affects crops located in the coastal region of the Santa Catarina state, where mold development is favored by the weather conditions. Because of that, this research aimed to evaluate the S. sclerotiorum aggressiveness in commercial tobacco cultivars and assess the genetic diversity of isolates. Five different tobacco cultivars and 33 S. sclerotiorum isolates were used. These isolates were collected in different areas of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and São Paulo states. For the aggressively tests in green house, ten isolates were inoculated in tobacco stem plants by the sterile toothpick perforation technique. For the genetic diversity assessment, 33 mold isolates were evaluate by the microsatellite technique. As a result, the tested isolates showed different aggressiveness profiles and mortality rates. The cultivar susceptibility was dependent on isolates. One hundred and fourteen alleles were detected, 11 alleles average per Locus. Some markers showed null alleles in some genotypes. Fourteen isolates did not amplify the marker 99. Most of isolates (61%) showed unique alleles, without clone presences. The analysis of polymorphism information content (PIC) was highly informative (PIC> 0:50) for all markers.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:27:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10881_81 - Mylla Carla Cescon Freire.pdf: 1313608 bytes, checksum: 57fa1668897624f985a8b3440fe12072 (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / O Stenella coeruleoalba é um pequeno cetáceo pelágico da família Delphininae que apresenta uma ampla distribuição e pode ser encontrado em águas tropicais e temperadas dos oceanos Atlântico, Pacífico e Índico, bem como em mares adjacentes, como o Mar Mediterrâneo. O presente estudo teve por objetivo analisar a região do citocromo b (Cit-b) e a região controle (D-loop) do DNA mitocondrial de indivíduos do Nordeste e do Sul do Brasil (Oceano Atlântico Sul), além de compará-las com sequências de golfinhos-listrados provenientes do Oceano Atlântico Norte, e com isso avaliar os índices de diversidade e a presença ou a ausência de estruturação genética entre as diferentes localidades. Os S. coeruleoalba do Brasil apresentaram uma alta diversidade genética para ambos os marcadores mitocondriais analisados (D-loop: h= 0,984; π= 0,294; Cit-b: h= 0,848; π= 0,249) e considerando o marcador Cit-b constituem duas populações (FST= 0,180; P= 0,045). Uma diferenciação significativa entre as unidades amostrais de S. coeruleoalba do Atlântico Norte e do Atlântico Sul foi verificada a partir dos dois marcadores mitocondriais avaliados (D-loop: FST= 0,034/ P= 0,009; Cit-b: FST= 0,130/ P= 0,026). Ademais, com a região D-loop, foi possível evidenciar estruturação genética entre dois grupos de golfinhos-listrados do Mar Mediterrâneo (FST= 0,0913/ P= 0,000). Não foi possível identificar estruturação entre os indivíduos do oeste do Oceano Atlântico Norte com as unidades amostrais do Brasil, mesmo estes não apresentando compartilhamento de haplótipos. Tal fato sugere que estas unidades possam ter surgido de linhagens próximas geneticamente e ainda fazem parte de uma mesma população. Até então, nenhum estudo genético populacional com a espécie S. coeruleoalba havia sido realizado no Oceano Atlântico Sul. Entender como os golfinhos-listrados encontram-se estruturados é de suma importância para compreender a genética destes indivíduos e assim definir estratégias de conservação adequadas para cada população identificada.

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-10-23T19:01:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Hermisia_Coelho_Pedrosa_Final.pdf: 2808087 bytes, checksum: d03b846d2454d9b5085cea02140bf669 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-23T19:01:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Hermisia_Coelho_Pedrosa_Final.pdf: 2808087 bytes, checksum: d03b846d2454d9b5085cea02140bf669 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The study of the different aspects, morphological, ecological and genetic that mark the changes generated with human selection, provides integrated and robust information about the plant domestication history. The objectives of this study were: i) identify the magnitude of the differences between the domesticated populations of Pourouma cecropiifolia and the wild populations located in adjacent forests; ii) evaluate whether human selection altered fruits and seeds allometric relationships in domesticated plants of Pourouma cecropiifolia; iii) investigateif there is a relation between the morphological characteristics of Pourouma cecropiifolia and variations in the environmental conditions and whether this relationship differs between domesticated and wild populations; iv) quantify the difference in genetic diversity between the wild and domesticated populations of Pourouma cecropiifolia and v) identify the Pourouma cecropiifolia domestication origin center based on chloroplastidial diversity. To answer the study questions, we compared the fruits and seeds morphological characteristics between wild and domesticated populations to quantify the direct effects of domestication. To understand the correlated effect between human selection and natural selection, we quantify the differences in the characteristics of the whole plant, evaluated the effects of artificial selection on the fruits and seeds allometry, and investigate the relation of the characteristics with the environmental conditions. To evaluate the domestication genetic effects, we quantified the diversity and genetic differentiation between the wild and domesticated groups of Pourouma cecropiifolia using chloroplast DNA sequences. In the domesticated plants, the fruits had double edible pulp and 20x greater mass than the wild plants fruits. The values of plant height: DBH ratio and wood density were, respectively, 42.15% and 21.74% higher in the wild populations. The domesticated populations showed greater morphological variability in characteristics under direct selection: size and mass of fruits, seeds and pulp. The combined action of natural selection and human selection modified the expected pattern in the allometry between seed mass and fruit mass, due to the contrasting effects between environmental filters, which promote seed reduction and human selection, which promotes the seed increase. Environmental variations did not have a significant effect when compared to the effects of human selection on the morphological changes associated with domestication. The domesticated populations were 32% less diverse than wild populations. The relation between the lineages suggests that the domestication of Pourouma cecropiifolia originated in Alto Solimões. / O estudo do conjunto dos diferentes aspectos, morfológicos, ecológicos e genéticos que marcam as mudanças geradas com seleção humana, nos fornece informações integradas e robustas sobre a história da domesticação de plantas. Os objetivos desse trabalho foram: i) identificar a magnitude das diferenças entre as populações domesticadas de Pourouma cecropiifolia e as populações silvestres encontradas em áreas de floresta adjacentes; ii) avaliar se a seleção humana alterou relações alométricas de frutos e sementes em plantas domesticadas de Pourouma cecropiifolia; iii) investigar se existe relação entre as características morfológicas de Pourouma cecropiifolia e variações nas condições ambientais e se essa relação difere entre populações domesticadas e silvestres; iv) quantificar a diferença na diversidade genética entre as populações silvestres e domesticadas de Pourouma cecropiifolia e v) identificar o centro de origem de domesticação de Pourouma cecropiifolia baseada na diversidade cloroplastidial. Para responder as questões do estudo, nós comparamos características morfológicas de frutos e sementes entre populações silvestres e domesticadas para quantificar os efeitos diretos da domesticação. Para entender o efeito correlacionado da seleção humana e da seleção natural, quantificamos as diferenças nas características da planta inteira, avaliamos os efeitos da seleção artificial sobre a alometria de frutos e sementes e investigamos a relação entre as características e as condições ambientais. Para avaliar os efeitos genéticos da domesticação, quantificamos a diversidade e a diferenciação genética entre os grupos silvestres e domesticados de Pourouma cecropiifolia usando sequências de DNA de cloroplasto. Nas plantas domesticadas, os frutos tiveram dobro de polpa comestível e massa 20x maior do que os frutos das plantas silvestres. Os valores de razão altura:diâmetro da planta e densidade da madeira foram 42.15% e 21.74% respectivamente maiores nas populações silvestres. As populações domesticadas apresentaram maior variabilidade morfológica em características sob seleção direta: tamanho e massa de frutos, sementes e polpa. A atuação conjunta entre a seleção natural e a seleção humana modificou o padrão esperado na alometria entre a massa da semente e a massa do fruto, devido aos efeitos contrastantes entre os filtros ambientais, que promovem a redução da semente e a seleção humana, que promove o aumento da semente. As variações ambientais não tiveram efeito significante quando comparadas aos efeitos da seleção humana sobre as mudanças morfológicas associadas a domesticação. As populações domesticadas foram geneticamente menos diversas que as populações silvestres. A relação entre as linhagens sugere que a domesticação de Pourouma cecropiifolia se originou no Alto Solimões.

As mutações de resistência aos anti-retrovirais e a diversidade genética do HIV-1 são os principais obstáculos na luta contra a AIDS. O objetivo deste estudo foi descrever a diversidade genética do gene pol do HIV-1 bem como determinar o perfil de mutação de resistência às drogas em indivíduos infectados e sob falha terapêutica no estado do Rio Grande do Sul. Foram colhidas 183 amostras de plasma de pacientes infectados com HIV-1 durante o período de outubro de 2004 a setembro de 2005 para a realização do teste de resistência genotípica no Laboratório da Rede Nacional de Genotipagem do Rio Grande do Sul (Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde). Para a genotipagem foi utilizado o sistema ViroseqTM (Celera Diagnostic-Abbott, EUA). A subtipagem e a avaliação das mutações de resistência para o HIV-1 foram baseadas no gene pol (região da protease e da transcriptase reversa). O subtipo B (53,2%) foi o mais prevalente nos pacientes HIV-1 acompanhados para avaliação de falha terapêutica no Rio Grande do Sul, seguido pelo subtipo C (31.6%) e subtipo F (6.5%). Dos genomas que formaram um grupo monofilético com o subtipo C, 32% tiveram um segmento curto do subtipo B na região da transcriptase reversa, formando um subgrupo com um padrão similar de recombinação e carreando uma nova assinatura de aminoácidos para a região da transcriptase reversa. Outros padrões de recombinação também foram observados (8.2%). Nenhum parâmetro laboratorial ou características sócio-demográficas foi associado a qualquer subtipo específico. Todos os pacientes infectados com vírus recombinantes foram provenientes da região metropolitana. O perfil genotípico das mutações de resistência associadas aos inibidores da transcriptase reversa mostrou uma alta freqüência da mutação M184V seguida das mutações associadas à timidina. A mutação K103N foi a mais prevalente para os inibidores da transcriptase reversa não nucleosídicos e o perfil de mutações associado aos inibidores da protease, mostrou as mutações L63P, M36I/V, e L10V/I como as mais prevalentes. Uma clara associação entre os subtipos e mutações de resistência e polimorfismos associados aos inibidores da protease e da transcriptase reversa foi observada. A manutenção do programa de genotipagem para pacientes infectados pelo HIV-1 é importante para o manejo da terapia anti-retroviral e para o monitoramento da peculiar epidemia molecular do HIV-1 nesta região do Brasil. / The anti-retroviral resistance mutations and viral genetic diversity are the main obstacles in the fight against AIDS. The objectives of the present study are to describe the genetic diversity of HIV-1 pol gene and to determine the drug resistance profile among infected individuals failing highly active antiretoviral therapy in the state of Rio Grande do Sul, Brasil. Plasma samples from 183 patients were collected during the years 2004 and 2005 to perform the viral resistance genotyping at RENAGENO Laboratory from Rio Grande do Sul (Fundação de Produção e Pesquisa em Saúde). Viral resistance genotyping was performed using ViroseqTM Genotyping System (Celera Diagnostic-Abbott, US). The subtyping and evaluation of the anti-retroviral resistance mutations were based on polymerase gene (pol) sequences (protease and reverse transcriptase- RT regions). The subtype B was the most prevalente (53.2%) in HIV-1 patients from Rio Grande do Sul failing HAART, followed by subtype C (31.6%) and subtype F (6.5%). Thirty-two percent of the genomes clustering in clade C have a small clade B segment at the reverse transcriptase, forming a sub-cluster within clade C with a similar CB recombinant structure and carrying new amino acid signatures. Other mosaic genomes were also observed (8,2%). No laboratory parameter or social-demographic issues was associated with any specific subtype. However the infected individuals whit pol recombinants viruses were founded only in metropolitan region. The genotyping profile associated to the reverse transcriptase inhibitors showed a high frequency of the M184V mutation followed by the timidine-associated mutations. The K103N mutation was the most prevalent for the non-nucleoside RT inhibitor and the resistance associated to protease inhibitor showed the minor L63P, M36I/V and L10V/I mutations as the most prevalent. A clear association between subtype and drug resistance mutations or molecular polymorphisms was observed in this study at protease and transcriptase genes. The maintenance of resistance genotyping programs for HIV-1 patients failing HAART is of great importance for the management of ARV therapies and to monitor the peculiar HIV-1 molecular epidemy in this region of Brazil.

Vriesea gigantea é uma espécie endêmica da Mata Atlântica, podendo ser encontrada desde o estado do Espírito Santo até o Rio Grande do Sul. A espécie é perene, diplóide e autocompatível. Suas populações naturais estão sendo rapidamente reduzidas por dois motivos principais: pela ação antrópica, que modifica seu habitat natural, e pela coleta predatória e ilegal de plantas da natureza. Os processos que formaram a extraordinária diversidade de espécies nas regiões Neotropicais ainda são pouco conhecidos. A Mata Atlântica tem sido considerada um dos maiores centros de biodiversidade, o que torna a sua conservação prioritária. A variabilidade intra-específica tem sido aceita como foco para a conservação. Além disto, a fertilidade das plantas tem grande importância conservacionista, sendo a viabilidade do pólen (qualidade do pólen) um importante componente do sucesso reprodutivo. Com o objetivo de estudar a diversidade genética em Vriesea gigantea, 11 marcadores de microssatélites foram desenvolvidos e os resultados publicados conjuntamente com aqueles obtidos para outros quatro loci caracterizados para uma espécie próxima, Alcantarea imperialis (Capítulo 2). Treze novos pares de primers de microssatélites nucleares foram testados em 22 espécies de bromélias, indicando que estes marcadores serão úteis em inúmeros estudos com outras espécies desta mesma família. Os marcadores nucleares de microssatélites foram utilizados para estudar os padrões de diversidade genética de Vriesea gigantea ao longo de toda a distribuição geográfica da espécie, em 429 indivíduos, amostrados em 13 populações (Capítulo 3). Os resultados indicaram uma tendência latitudinal de diminuição da diversidade genética do Norte para o Sul, consistente com o padrão histórico de expansão da Floresta Atlântica. A expansão da espécie parece ter sido impedida pela diminuição do fluxo gênico nas populações marginais. Além disso, a história evolutiva das populações marginais difere muito. O centro de diversidade genética para V. gigantea (São Paulo e Rio de Janeiro) coincidiu com o centro de diversidade e centro de endemismo de muitas espécies de animais e plantas da mata Atlântica. A correlação entre a diversidade genética de V. gigantea e a de espécies do gênero Vriesea indicou que ambas foram moldadas pelas mesmas forças históricas: alterações climáticas do Pleistoceno. As análises de distância genética revelaram três grupos geograficamente separados e as análises bayesianas revelaram a presença de outros dois grupos, referentes às populações marginais, os quais são de grande importância para estabelecer estratégias de conservação da espécie. Complementando as análises do genoma nuclear, foram seqüenciadas 21 regiões do genoma de cloroplasto, produzindo um total de cinco regiões plastidiais polimórficas (quatro microssatélites e um SNP – Single Nucleotide Polymorphism). As regiões de microssatélites de cloroplastos polimórficas foram isoladas pela primeira vez em Bromeliaceae. Os cinco marcadores plastidiais foram examinados em 192 indivíduos de 13 populações, com objetivo de inferir a história filogeográfica da espécie (Capítulo 4). Os principais resultados indicaram uma forte estrutura filogeográfica e um reduzido fluxo gênico entre as populações de V. gigantea. A razão de 3,3 indicou assimetria entre o fluxo de pólen e sementes, sendo o fluxo gênico via semente menos eficaz do que via pólen, resultando em uma maior estruturação do genoma do cloroplasto do que do genoma nuclear (microssatélites nucleares). A rede de haplótipos revelou dois grupos filogeográficos distintos: Norte e Centro-Sul. A análise da distribuição de mismatch mostrou que populações da região Norte são mais estáveis e devem ter tido um crescimento ancestral (antigas), enquanto que as populações da porção Centro-sul estão em expansão (jovens). No Capítulo 5, a fertilidade de plantas das populações do sul foi analisada através do número cromossômico, comportamento meiótico e viabilidade do pólen. A maioria das células-mãe-de-pólen apresentou comportamento meiótico regular, o que está de acordo com a alta viabilidade dos grãos de pólen (84 - 98%) registrada para todas as populações investigadas. Estes resultados indicaram que as plantas das populações analisadas são potencialmente férteis. Apesar da alta viabilidade dos grãos de pólen observada, foram constatadas diferenças significantes entre populações. / V. gigantea is a diploid, perennial and self-compatible bromeliad species endemic to Atlantic Rainforest of southeastern and southern Brazil. Its wild populations have been reduced by anthropogenic disturbance such as habitat destruction and illegal collection. The processes that have shaped the extraordinary species diversity in Neotropical rainforests are poorly understood, and knowledge about patterns of genetic diversity across species’ ranges is scarce. Brazilian Atlantic Rainforest has been considered one of the major biodiversity hotspots for conservation. Intraspecific variation has increasingly been accepted as a focus for conservation. Another issue also of conservation meaning is plant fertility. The quality of pollen produced by a plant is an important component of reproductive success. In order to start studying genetic diversity in Vriesea gigantea a set of 11 nuclear microsatellite markers were developed, and the results published together with four loci characterized for a closed-related species, Alcantharea imperialis (Chapter 2). These fifteen new nuclear microsatellite pair primers were tested in 22 bromeliads species indicating that these markers will be useful in numerous other taxa. Using nuclear microsatellite markers patterns of genetic diversity on V. gigantea were studied all across its geographic distribution in Atlantic Rainforest in a large sampling of 429 plants from 13 populations (Chapter 3). The main results indicated latitudinal trend of decreasing diversity from North to South away from the equator, consistent with historical range expansion from the Northern half of the present distribution range. Further species expansion appears to be impeded by lack of gene flow at the current range margins, and the nature of range limits differs greatly between North and South. The center of genetic diversity for V. gigantea (São Paulo and Rio de Janeiro) coincided with centers of species diversity and endemism for most animals and plants of the Atlantic Rainforest. Significant correlation between genetic diversity in V. gigantea and species diversity in the Vriesea genus suggested that both were shaped by the same historical forces: climatic changes of the Pleistocene. Distance-based genetic analysis revealed three geographically defined clusters, and a Bayesian analysis revealed two additional genetic clusters of conservation relevance. To obtain a more ancient scenario, 21 chloroplast regions were sequenced and screened producing a total of five polymorphic plastid regions (four microsatellites and one SNP - Single Nucleotide Polymorphism). Polymorphic chloroplast microsatellites markers were isolated for Bromeliaceae for the first time. The five cpDNA markers were examined in 192 individuals from 13 populations to infer the phylogeographical history of the species (Chapter 4). The key results indicated a strong phylogeographic structure and a reduced gene flow among populations of Vriesea gigantea. A ratio of 3.3 indicated an asymmetry between pollen and seed flow, being gene flow via seed less efficient than via pollen, resulting in a stronger genetic structure for chloroplast genome than nuclear genome (inferred by nuclear SSR). Haplotype network revealed two major phylogeographic groups: Northern and Central- Southern. Mismatch distribution analysis showed that populations from the Northern region are stable and should have an ancestral growth (“older”), while the populations from Central-Southern region are in expansion range (“younger”). In Chapter 5, the plant fertility of southern populations was analyzed by assessing: chromosome number, meiotic behavior, and pollen viability. Most of pollen mother cells showed a regular meiotic behavior. In accordance, high pollen viability (84-98%) was recorded for all investigated populations. These results indicated that plants from all populations analyzed are fertile. Despite the overall high pollen viability, significant differences were detected among populations.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-05-02T12:45:54Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294220 bytes, checksum: 4807ec02af7b7a20b2a40958f2187326 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T12:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294220 bytes, checksum: 4807ec02af7b7a20b2a40958f2187326 (MD5) Previous issue date: 2001-03-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A soja cultivada apresenta base genética bastante restrita, com baixo nível de polimorfismo fenotípico, o que dificulta sobremaneira a identificação inequívoca de cultivares por meio de descritores morfológicos. Entre os marcadores moleculares, os mais indicados para a caracterização genética da soja são os microssatélites, por sua natureza co-dominante e multi-alélica, além de serem extremamente conservados dentro da espécie. Este trabalho teve como objetivo estabelecer um protocolo, de fácil aplicação em análises de rotina, para a identificação molecular de genótipos de soja. Foram utilizados 32 genótipos de soja, sendo 30 cultivares elites e 2 acessos norte-americanos. Foram utilizados 22 pares de primers de microssatélites de soja, dos quais 19 evidenciaram polimorfismos. O uso desses primers permitiu a detecção de 61 alelos em diferentes locos nos 32 genótipos estudados. A diversidade genética nos 22 locos estudados variou de 0 a 0,73, com média de 0,41. O número de alelos por loco variou de 1 a 5, com média de 2,77. Com a combinação dos pares de primers SATT186, SATT094, SATT070 e SATT197 foi possível identificar 28 dos 32 genótipos. Mantendo-se os 4 primers acima, quatro diferentes combinações de 5 pares de primers identificaram todos os genótipos, bastando incluir um dos seguintes pares de primers: SATT115, SATT184, SATT309 ou SATT536. Com base nos dados relativos à freqüência de alelos comuns nos 32 genótipos estudados, foram determinadas as dissimilaridades entre eles. As medidas de dissimilaridade variaram de 9 a 67%, com média de 43%. Apenas dois pares apresentaram dissimilaridade inferior a 10%. A maioria apresentou índices de dissimilaridade superiores a 20%. Visando classificar os 32 cultivares de soja em grupos homogêneos, a matriz de dissimilaridade foi utilizada para a análise de agrupamento dos indivíduos pelo método aglomerativo. Foram utilizados 3 métodos: UPGMA, vizinho mais próximo e vizinho mais distante. O método UPGMA (“unweighted pair-group method using an aritmetic average” ) foi o que melhor representou o inter-relacionamento entre os genótipos, com correlação cofenética de 70,5%. O método do vizinho mais próximo e vizinho mais distante tiveram correlação cofenética com os dados de dissimilaridade de 58,6% e 56,9%, respectivamente. Para obter grupos mutuamente exclusivos, foi utilizado o método de otimização de Tocher, que produziu 6 grupos, sendo o grupo 1 formado por 25 indivíduos (divididos em 8 subgrupos), os grupos 2 e 3 formados por 2 individuos cada um, e os outros três grupos, formados por um único indivíduo cada um. / The cropped soybean presents a genetic base quite restricted with low level of phenotypic polymorphism, what excessively hinders the unequivocal identification of cultivars by morphologic describers. Among the molecular markers, the most indicated for soybean genetic characterization are the microsatellites due to their co-dominant and multi-allelic nature, besides being extremely preserved in the species. The objective of this study was to establish an protocol that could be easily applied on routine analyses for molecular identification of soybean genotypes. Thirty two soybean genotypes were used, being 30 elite cultivars and 2 North American accesses. Twenty two primers pairs of soybean microsatellite were used, from which 19 showed polymorphism. The use of those primers allowed for detection of 61 alleles at different loci in all studied genotypes. The genotype diversity in the 22 studied loci varied from 0 to 0.73, reaching an average of 0.41. The number of alleles per locus varied from 1 to 5 with an average of 2.77. By combining the primers pairs SATT186, SATT094, SATT070 and SATT197 it was possible to identify 28 from the 32 genotypes. By maintaining these 4 primers, four different combinations of 5 primers pairs identified all studied genotypes, being enough to include one of the following primers pairs: SATT115, SATT184, SATT309 or SATT536. Based on the data relative to the frequency of common alleles in the 32 studied genotypes, the dissimilarities among them were determined. The dissimilarity measures varied from 9 to 67% and reached an average of 43%. Only two pairs presented a dissimilarity below 10%. Most pairs presented dissimilarity indexes above 20%. In order to classify all 32 soybean cultivars into homogeneous groups, the dissimilarity matrix was used to analyze the individuals grouping by agglomerative method. Three methods were used: the UPGMA, the Single Linkage and the Complete Linkage methods. The UPGMA method (" unweighted pair-group method using an arithmetic average ") was the one representing better the inter-relationship among genotypes, with a cophenetic correlation of 70.5%. Both the Single Linkage and the Complete Linkage methods showed a cophenetic correlation with dissimilarity data of 58.6% and 56.9%, respectively. To obtain mutually exclusive groups the Tocher optimization method was used, that produced 6 groups, being group 1 formed by 25 individuals (divided into 8 subgroups) and groups 2 and 3 formed by 2 individuals each one, whereas the other three groups were formed by only an individual in each one.