Xylella fastidiosa Wells et al. (1987) é agente causal de doenças em diversas culturas de importância econômica, entre elas a clorose variegada dos citros (CVC). Em recente levantamento da incidência da CVC no Estado de São Paulo, foi observado que a doença está presente em toda a região citrícola e é mais severa na região Norte que na Sul. Este estudo teve por objetivo averiguar o grau de diversidade genética existente entre 138 isolados de X. fastidiosa coletados nas regiões citrícolas Sul, Centro e Noroeste do Estado de São Paulo. Isolados de videira, ameixeira e cafeeiro também foram incluídos para servirem como referências nos estudos moleculares. A identidade dos isolados foi confirmada com a amplificação de DNA por reação de polimerase em cadeia (PCR) com os iniciadores RST 31/33. A sequencia nucleotídica do fragmento genômico amplificado por estes iniciadores foi determinada para isolados de X. Fastidiosa. Não foram observados polimorfismos de seqüência nucleotídica entre isolados de citros. Já os isolados obtidos de videira, cafeeiro e ameixeira apresentaram polimorfismos de seqüência quando comparados a X. fastidiosa de citros. Esta seqüência apresenta alto grau de homologia com gens rpoD que codificam a subunidade sigma de RNA polimerase em diversos gêneros bacterianos. Comparações dessa seqüência com a de 12 espécies de Proteobactérias agrupou X. fastidiosa com Xanthomonas campestres pv. campestris, concordando com o seu posicionamento taxonômico dentro do grupo das Xanthomonadaceas. A diversidade genética entre os isolados também foi averiguada por amplificação de seqüências conservadas e repetitivas no DNA genômico de X. fastidiosa com os indicadores ERIC, REP e BOX (rep-PCR). Os perfis obtidos com os três iniciadores foram analisados em conjunto e um total de dezenove haplótipos combinados foi obtido. Maior diversidade de haplótipos combinados foi encontrada em Neves Paulista, representante da região Noroeste do Estado de São Paulo. Alguns haplótipos só foram detectados nessa área. Os isolados de Santa Rita do Passa Quatro apresentaram maior freqüência do haplótipo onze e os isolados de Gavião Peixoto, do haplótipo quartoze. Foi possível identificar a existência de isolados de X. fastidiosa geneticamente distintos dentro de uma mesma planta de citros. Estimativas de similaridade genética entre haplótipos combinados variaram acima de 60%. Isolados de videira apresentaram perfis bem distintos entre si e diferiram dos demais isolados de outros hospedeiros. Os isolados de cafeeiro e ameixeira apresentaram perfis similares aos dos isolados de citros. A ocorrência do plasmídio pXF51, seqüenciado recentemente pelo Projeto Genoma de X. fastidiosa, foi determinada por PCR. Iniciadores específicos foram sintetizados e a amplificação do fragmento de 750 pb foi positiva em 73 dos 90 isolados incluídos neste estudo / not available

Plasmodium malariae é um parasita protozoário que causa malária em humanos e é geneticamente indistinguível de P. brasilianum, um parasita que infecta macacos do Novo Mundo nas Américas do Sul e Central. P. malariae possui uma ampla distribuição mundial em regiões tropicais e subtropicais, porém de forma pontual, sendo encontrado na América do Sul, Ásia e África. Entretanto, pouco se sabe sobre a genética destes parasitas e a similaridade entre eles pode devido ao pequeno número de sequências genômicas disponíveis para essas espécies de Plasmodium. Recentemente, seis marcadores microssatélites e a sequencia completa do gene que codifica a proteína de superfície do merozoíta 1 (MSP1) foram descritos para estes parasitas. Neste estudo, o polimorfismo genético de 24 isolados brasileiros de P. malariae e P. brasilianum obtidos de diferentes hospedeiros foi analisado através da utilização desses marcadores microssatélites e da região correspondente ao oitavo bloco da MSP1. Os dados epidemiológicos moleculares foram explorados em relação à origem geográfica e hospedeiros. Para todos os marcadores estudados, as amostras de símios apresentaram um polimorfismo mais elevado que as amostras humanas. Na análise de microssatélites, as amostras humanas foram polimórficas em apenas dois alelos, enquanto as amostras de símios foram polimórficas em cinco alelos. O alelo Pm42- 331 foi monomórfico em todas as amostras analisadas. Na análise do bloco 8 da MSP1, as amostras símias foram altamente polimórficas e as amostras humanas apresentaram quatro tipos alélicos, sendo que dois tipos alélicos (A5 e A7) foram encontrados em alta frequência (90%). Em ambas as análises, a amostra de mosquito foi mais similar a amostras simianas. Nossos dados também mostram que há uma possível ausência de dimorfismo alélico na MSP1 de P. malariae e P. brasilianum, ao contrário de outras espécies de Plasmodium. Pela primeira vez, amostras de humanos, símios e mosquito foram analisadas em conjunto e utilizadas para o primeiro estudo de polimorfismos genéticos de isolados de P. malariae e P. brasilianum do Brasil. / Plasmodium malariae is a protozoan parasite that causes malaria in humans and is genetically indistinguishable from P. brasilianum, a parasite infecting New World monkeys in Central and South America. P. malariae has a wide and patchy global distribution in tropical and subtropical regions, being found in South America, Asia, and Africa. However, little is known regarding the genetics of these parasites and the similarity between them could be because until now there are only a very few genomic sequences available from these Plasmodium species. Recently, six microsatellite markers and the complete sequence of the merozoite surface protein 1 (MSP1) gene have been described for these parasites. In this study, the genetic polymorphism of 24 P. malariae and P. brasilianum isolates obtained from different hosts was analyzed using these microsatellite markers and the corresponding region on the block 8 of MSP1. The molecular epidemiological data were explored in relation to geographical origin and hosts. For all markers studied, the simian samples showed a higher polymorphism than human samples. In microsatellite analysis, the human samples were polymorphic only in two alleles, while simian samples were polymorphic in five alleles. The allele Pm42-331 was monomorphic in all samples analyzed. In the analysis of Block 8 of MSP1, the simian samples were highly polymorphic and human samples showed four allele types with two allelic types (A5 and A7) frequently found (90%). In both analyzes, the mosquito sample was more similar to simian samples. Our data also show that there is a likely absence of allelic dimorphism of MSP1 from P. malariae and P. brasilianum, as opposed to other Plasmodium species. For the first time, samples of humans, monkeys and mosquito were analyzed together and used for the first study of genetic polymorphisms in P. malariae and P. brasilianum isolates from Brazil.

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2016-08-29T15:32:02Z No. of bitstreams: 2 Diego Armando Ortiz Yépez.pdf: 19833664 bytes, checksum: 980ab522bd39c3c2a7172f0bdf3013b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2016-08-31T12:53:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Diego Armando Ortiz Yépez.pdf: 19833664 bytes, checksum: 980ab522bd39c3c2a7172f0bdf3013b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2016-08-31T12:56:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Diego Armando Ortiz Yépez.pdf: 19833664 bytes, checksum: 980ab522bd39c3c2a7172f0bdf3013b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-31T12:58:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Diego Armando Ortiz Yépez.pdf: 19833664 bytes, checksum: 980ab522bd39c3c2a7172f0bdf3013b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / The Amazon rainforest is the most biodiverse biome in the world, where amphibians are one of the biological groups with the highest levels of cryptic diversity reported across taxa. Despite noticeable efforts, processes driving differentiation among populations and speciation remains largely unknown in this biome, especially based on dense sampling over refined scales. We studied the population structure and genetic diversity of the Manaus slender ledged tree frog, Osteocephalus taurinus, along a geographic gradient of approximately 900 km. Using molecular markers including mitochondrial and nuclear genes, and microsatellites, we estimate the phylogenetic relationships, population structure, and patterns of intraspecific genetic variation and geographic differentiation through the study area. Our data recovered six genetic groups: two corresponding to O. taurinus and O. oophagus from its type locality, Reserva Ducke, at northern of Amazonas River. The third group corresponds to an O. taurinus population isolated at right bank of upper Madeira River. However, evidence for restricted gene flow was detected along the upper Madeira River. Within Purus-Madeira interfluve, the remaining three O. taurinus populations replace each other latitudinally along geographical and environmental gradients, with two contact zones identified. One contact zone is concordant between mitochondrial and nuclear DNA and corresponds to an ecotone region between closed- open rainforests. Following the riverine barrier hypothesis, natural selection by means of genetic drift is expected to cause differentiation among populations by large Amazonian rivers as vicariant barriers. Within continuous forested regions, abrupt transitions on gene frequencies are suggestive of narrow contact or tension zones. In those areas, selection is expected to be favored by local adaptation to different environmental conditions, given selection against dispersing migrants from immediate but environmentally distinct regions and against hybrids. / A Amazônia é o bioma mais biodiverso da terra, e os anfíbios são um dos grupos com as maiores taxas de diversidade críptica registradas nessa região. No entanto, os mecanismos causantes de diferenciação entre populações e especiação mantem-se pouco conhecidos nesse bioma, especialmente com base em amostragens densas em escalas refinadas. Estudei a estrutura populacional e diversidade genética da rã hylídea Osteocephalus taurinus, ao longo de um gradiente geográfico de aproximadamente 900 km na Amazônia central, Brasil. Usando marcadores moleculares que incluíram DNA mitocondrial, nuclear e microssatélites, estudei as relações filogenéticas, estrutura populacional, e padrões de variação genética intraespecífica e diferenciação geográfica na área de estudo. Seis grupos genéticos foram recuperados pelas análises: dois correspondem ao O. taurinus e O. oophagus de sua localidade tipo, Reserva Ducke, ao norte do Rio Amazonas. O terceiro grupo corresponde a uma população de O. taurinus isolada na margem direita do Rio Madeira superior. No entanto, evidência de fluxo gênico restrito foi detectada no Rio Madeira superior. Dentro do interflúvio Purus-Madeira, as três populações de O. taurinus substituíram-se ao longo de gradientes geográficos e ambientais, com duas zonas de contato identificadas. Uma zona de contato é concordante entre o DNA mitocondrial e nuclear, e corresponde a uma região no ecótono entre as florestas fechadas e abertas. Segundo a hipótese de barreiras riverinas, espera-se que seleção natural causada por deriva gênica cause diferenciação entre populações separadas por grandes rios Amazônicos como barreiras vicariantes. Dentro de regiões contínuas de floresta, transições abruptas nas frequências gênicas sugerem zonas estreitas de contato ou tensão ecológica. Nessas áreas, espera-se que seleção seja favorecida por adaptação local às diferentes condições ambientais, por meio de seleção contra migrantes de outras regiões imediatas, mas ambientalmente distintas, e contra híbridos.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-20T13:53:01Z No. of bitstreams: 1 Denise de Santana Silva.pdf: 550225 bytes, checksum: ad8bfba40464a81bb730c91685eba898 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T13:53:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Denise de Santana Silva.pdf: 550225 bytes, checksum: ad8bfba40464a81bb730c91685eba898 (MD5) Previous issue date: 2009-01-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Heliconias are the most cultivated flowers in tropical floriculture of the Brazil northeast, due to its characteristics like beauty, exotic, exuberant colors and rusticity, but its yield has being affected by Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. cubense. The present study had how objective to determine the genetic diversity existing between the isolates of F. oxysporum f. sp. cubense collected in heliconia and banana through the ITS region of rDNA using ARDRA (Amplified Ribossomal DNA Restriction Analysis), markers like RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). In the ARDRA analysis products amplified by ITS1 and ITS4 primers were digested by restriction enzymes Hae III, Xho I, Hind III and Eco IV by 37ºC. But only enzyme Hae III showed to be efficient a molecular marker, to analysis genetic diversity of F. oxysporum f. sp. cubense to RAPD marker was realized the Polymerase Chain Reaction (PCR) using tenoligonucleotides follow arbitrary up, only seven oligonucleotides generated a total 44 bands polymorphic with fragments varying from 100 pb to 700 pb. The two techniques used in the study genetic diversity showed high genetic variability of fungal, don’t related to with geographical region where were colleted the isolates. / As helicônias são as flores mais cultivadas dentro da floricultura tropical no Nordeste brasileiro, devido a características como beleza, exoticidade, cores exuberantes e rusticidade, porém a produção de várias espécies vem sendo afetada pela murcha de fusário, causada pelo fungo de Fusarium oxysporum f. sp. cubense. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar a diversidade genética existente entre os isolados de F.oxysporum f. sp. cubense, coletados em helicônias e bananeiras através da análise da região ITS do rDNA utilizando ARDRA (Amplified Ribossomal DNA Restriction Analysis) e marcadores do tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Para a amplificação da região do rDNA, foram utilizados os primers ITS1 e ITS4 que foram digeridos pelas enzimas de restrição Hae III, Xho I, Hind III e Eco IV a 37ºC. Porém apenas a enzima Hae III, neste trabalho mostrou ser um marcador molecular eficiente,utilizada na técnica de ARDRA para estudos de diversidade genética dos isolados. Para o marcador RAPD realizou-se a Polymerase Chain Reaction (PCR) utilizando-se dez oligonucleotídeos de seqüência arbitrária, onde apenas sete oligonucleotídeos geraram um total de 44 bandas polimórficas com fragmentos que variaram de 100pb a 700pb. As duas técnicas utilizadas no estudo de diversidade genética evidenciaram alta variabilidade genética do fungo, não relacionada com as regiões geográficas onde foram coletados os isolados.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2016-05-04T12:47:04Z No. of bitstreams: 1 PDF - Eveline de Sousa Araújo.pdf: 2139245 bytes, checksum: 30639640cb86820302351287ae964c9f (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-07-21T21:07:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Eveline de Sousa Araújo.pdf: 2139245 bytes, checksum: 30639640cb86820302351287ae964c9f (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-07-21T21:07:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Eveline de Sousa Araújo.pdf: 2139245 bytes, checksum: 30639640cb86820302351287ae964c9f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T21:07:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Eveline de Sousa Araújo.pdf: 2139245 bytes, checksum: 30639640cb86820302351287ae964c9f (MD5) Previous issue date: 2016-03-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Knowledge of the genetic variability of sesame is primordial to forward of improvement programs. To advance in this segment is crucial to have as much information on the main characteristics belonging to the sesame crop. Morphological, agronomic and molecular particulars are ways to study the genetic diversity, in order to identify sources of promising germplasm. The objective of this study was to evaluate the genetic variability among sesame genotypes using morphological and molecular markers. Data were subjected to methods of statistical analysis, which was chosen by cluster analysis, where the measure is effective and enables grouping of genotypes in classes, measured by the similarity. Were analyzed 36 genotypes of Sesamum indicum L. belonging to germplasm bank of EMBRAPA ALGODÃO. The experimental design was a randomized block, with experimental plots consist of three rows of three meters in length, with spacing of 1m x 0.20m. Ten oligonucleotides used was specific to sesame. ANOVA was adopted to evaluate quantitative variables, and the multicategorical method for qualitative data. Tocher and UPGMA methods for evaluation of materials were used. It was observed that UPGMA analysis showed better results for the cluster analysis. The agronomic and molecular markers were main contributors to the study of diversity among the accessions, enabling identifying characteristic of interest as precocity, and degree of similarity. It was observed the results to identify genetic variability of accesses investigated the germplasm bank sesame which can be applied in the breeding program. / O conhecimento da variabilidade genética do gergelim é primordial para o direcionamento dos programas de melhoramento. Para avançar nesse segmento, é indispensável que se tenha o máximo de informações sobre as principais características pertencentes à cultura. Os parâmetros morfológicos, agronômicos e moleculares são meios de estudar a diversidade genética, com intuito de identificar fontes de germoplasmas promissores. Objetivou-se com este trabalho avaliar a variabilidade genética entre genótipos de gergelim por meio de marcadores morfoagronômicos e moleculares. Os dados obtidos foram submetidos a métodos de análises estatísticas, optando-se pela análise de agrupamento, na qual a mensuração é efetiva e possibilita o agrupamento dos genótipos em classes, de acordo com a semelhança. Foram analisados 36 genótipos de gergelim da espécie Sesamum indicum L., pertencentes ao BAG da Embrapa Algodão. O delineamento experimental adotado foi de blocos casualizados, com parcelas experimentais constituídas de três fileiras de 3 metros de comprimento, com espaçamento de 1 m x 0,20 m. Dez oligonucleotídeos específicos para gergelim foram usados para as análises moleculares. A ANAVA foi adotada para avaliar as variáveis quantitativas e o método multicategórico para avaliar os dados qualitativos. Os métodos de agrupamento Tocher e UPGMA foram utilizados para avaliação dos acessos. Os marcadores agronômicos e moleculares foram os mais contributivos para estudo da diversidade genética e permitiu identificar características de interesse como precocidade nos genótipos BAG 591 e BAG 649 e grau de similaridade, reunindo os mais similares nos grupos 2, 3 e 4. O método UPGMA apresentou melhor resultado para a análise de agrupamento. Os resultados gerados darão suporte para o programa de melhoramento genético gerar novas cultivares de gergelim com características de interesse agronômico para atender os diversos segmentos.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Alexsander A da Silveira.pdf: 1353788 bytes, checksum: cc5086322eeed096d004e0a95e5ae244 (MD5) Previous issue date: 2011-03-15 / Introdução: Estudos locais sobre prevalência de mutações de resistência transmitida, secundária e diversidade genética do HIV-1 em diferentes populações, especialmente em um país continental como o Brasil que oferece tratamento gratuito com os antirretrovirais (ARVs), pode contribuir para uma melhor prevenção contra a infecção pelo HIV-1. Objetivos: Investigar as mutações de resistência transmitida e secundária associadas aos ARVs e a diversidade genética do HIV-1 no Centro Oeste Brasileiro. Métodos: Pacientes sem tratamento ARV foram recrutados em Campo Grande/MS em 2008 e 2010 (n=49) e 27 presidiários infectados com HIV-1 em terapia ARV foram envolvidos no estudo de Campo Grande/MS e Goiânia/Goiás recrutados nos anos de 2008/2009. Fragmentos dos genes da protease (PR), transcripatase reversa (TR) e env gp41 foram retrotranscritos a partir do RNA HIV-1 do plasma, sequenciados e genotipados após a reação de cadeia da polimerase (PCR). As mutações de resistência transmitida e secundária foram identificadas empregando a ferramenta de Calibração de Resistência Populacional (CPR) disponibilizada no site da Universidade de Stanford e pelo banco de dados do IAS-USA (The International AIDS Society). Os subtipos do vírus HIV-1 foram determinados e identificados empregando análises no banco de dados do REGA, pelo software jpHMM-HIV e por inferência filogenética. Resultados: As análises filogenéticas dos fragmentos da PR e TR apresentaram que dois homens que fazem sexo com homens (4,1%; 2/49) apresentaram isolado do HIV-1 com a mutação de resistência V75M, um paciente apresentou um isolado com a mutação de reversão T215S e 4 apresentaram a mutação V179D/E. A maioria dos isolados de HIV-1 (65.3%, 32/49) foram identificados como subtipo BPRBRT, 10.2% subtipo CPRCRT e 8.2% subtipo F1PRF1RT. A recombinação intersubtipo foi de 16.3%. Sequências de isolados de HIV-1 na região env gp41 de 32/49 pacientes indicaram resistência transmitida para o T-20 em 3 pacientes: mutação L44M (n=2), mutação V38A (n=1). A prevalência do HIV-1 B foi de 84%, F1 foi de 12.5% (4/32) e do subtipo C foi de 3%. As mutações de resistência secundárias tiveram uma prevalência de 37% (10/27) entre os pacientes prisioneiros: 5/10 apresentaram mutações para os ITRNs+ITRNNs, 3/10 tinham mutações para os ITRNs, 2/10 eram multiresistentes aos ARVs. A prevalência do HIV-1 foi de 48% para o subtipo B e 11% de subtipo C. Padrões de recombinação complexos foram observados em 41% dos pacientes. Análises filogenéticas utilizando sequências locais indicaram isolados com altos valores sugestivos de transmissão intra-presídio no MS: duas mulheres usuárias de drogas injetáveis com subtipo C, 2 grupos de homens que fazem sexo com homens presidiários: um representado pelo subtipo B do HIV-1, outro pelo recombinante BF1. Conclusão: Este estudo apresentou uma baixa prevalência de resistência transmitida associada com a mutação V75M para os ITRNs e uma moderada prevalência (9%) de resistência transmitida associada ao T-20. Investigações do monitoramento das taxas de transmissão de resistência transmitida nos genes pol são necessárias no Centro Oeste e estudos subseqüentes podem indicar o impacto das mutações para o T-20 no risco da falha terapêutica. A alta prevalência de resistência secundária associada aos ARVs (37%) nos pacientes presidiários dos estados do MS e GO, as complexas formas recombinantes do HIV-1 e a possível transmissão intra-presídio observadas sugerem uma falta de boa adesão ao tratamento com os ARVs e acentuam a necessidade de estratégias de aconselhamento, prevenção e tratamento para a população presidiária por parte das instituições de saúde pública.

Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-03-03T12:52:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Breseghelo do Nascimento - 2010.pdf: 1202324 bytes, checksum: 56c8aee88b007b5162aa73419f965d0d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-04T11:34:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Breseghelo do Nascimento - 2010.pdf: 1202324 bytes, checksum: 56c8aee88b007b5162aa73419f965d0d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-04T11:34:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Breseghelo do Nascimento - 2010.pdf: 1202324 bytes, checksum: 56c8aee88b007b5162aa73419f965d0d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2010-08-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The fungus Sclerotinia sclerotiorum is among the most successful pathogens, omnivores, and without specific hosts, is considered one of the most important fungal pathogens in the world. Is distributed in all producing regions, temperate, subtropical or tropical. The fungus produces resistant structures called sclerotia on the surface and within tissues colonized, they returned to the soil with crop residues and are responsible for the survival of the fungus in the same area for up to eight years. The objectives of this study were to quantify the variability within and between populations of the fungus S. sclerotiorum in bean and soybean crops in different producing places of those varieties. 46 isolates were collected of S. sclerotiorum in six locals of grain production in different regions of Brazil. The sites chosen were Monte Carmelo-MG, Formosa-GO, Lucas do Rio Verde-MT, Montividiu-GO, Londrina, PR and Santo Antonio de Goiás-GO. All areas of the original host of the gathering was the bean with the exception of Londrina-PR in which the host was soybeans. A population study of the fungus through RAPD markers using 13 primers was carried out for the analysis of genetic variability of the fungus. In parallel, tests were also made for the the Mycelial compatibility groups among isolates and test production of hydrolytic enzymes. The statistical analysis was performed using the Arlequin software, which indicated variability among populations of 16.94% and 83.06% within populations. Were found 10 mycelial compatibility groups without specific populations .Enzyme activities performed indicated significant differences within the populations of all enzymes, a comparison between populations also showed significant differences among populations in polygalacturonases, 1,3-β-glucanase and xylanase. The results indicate a high level of variability within populations and low variability among populations. / O fungo Sclerotinia sclerotiorum está entre os fitopatógenos mais bem sucedidos, onívoros e sem hospedeiros definido, é considerado um dos patógenos fúngicos mais importantes no mundo. Está distribuído em todas as regiões produtoras, sejam elas temperadas, subtropicais ou tropicais. O fungo produz estruturas de resistência denominadas escleródios, na superfície e no interior dos tecidos colonizados. Estes retornam ao solo com os resíduos da cultura e são responsáveis pela sobrevivência do fungo na mesma área por até 8 anos. Os objetivos desse trabalho foram quantificar a variabilidade intra e inter populacional do fungo S. sclerotiorum em culturas de feijão e soja de diferentes localidades produtoras dessas espécies. Para isso foram coletados 46 isolados de S. sclerotiorum de seis locais de produção de grãos em diferentes regiões do Brasil. Os locais escolhidos foram Monte Carmelo-MG, Formosa-GO, Lucas do Rio Verde-MT, Montividiu-GO, Londrina-PR e Santo Antonio de Goiás-GO em todas as áreas o hospedeiro de origem da coleta foi o feijoeiro, com exceção de Londrina-PR, na qual o hospedeiro foi soja. Foi feito um estudo populacional do fungo através de marcadores do tipo RAPD com a utilização de 13 primers para a análise da variabilidade genética do fungo. Paralelamente também foram feitos testes para a formação de grupo de compatibilidade micelial entre os isolados e testes de produção de enzimas hidrolíticas. A análise estatística dos dados se deu através do programa Arlequin, o qual indicou variabilidade de 16,94% entre populações e 83,06% dentro de populações. Foram formados 10 grupos de compatibilidade micelial sem especificidade de populações. As atividades enzimáticas realizadas indicaram diferenças significativas dentro de populações de todas as enzimas. A comparação entre populações também indicou diferenças significativas entre populações nas enzimas poligalacturonases, 1,3-β-glucanase e xilanase. Os resultados indicaram baixo nível de variabilidade entre populações e alta variabilidade dentre as populações.

O trevo vermelho é uma das leguminosas forrageiras mais utilizadas na agricultura mundial sendo adaptada a um grande número de condições edafo-climáticas. O objetivo deste trabalho foi de avaliar a diversidade genética presente na coleção nuclear de trevo vermelho usando marcadores morfológicos, moleculares e bioquímicos. Os acessos de trevo vermelho da coleção nuclear do NPGS-USDA foram analisados com 21 marcadores morfológicos, 14 loci microsatélites (SSR), 114 marcadores RAPD e 15 loci isoenzimáticos (esterase). Os marcadores moleculares, utilizados pela primeira vez na coleção nuclear, juntamente com os marcadores morfológicos e bioquímicos evidenciaram a alta diversidade genética presente na espécie, principalmente ao nível intrapopulacional. A análise de agrupamentos realizada com os dados morfológicos revelou cinco grupos distintos em relação ao florescimento precoce, médio e tardio, bem como grupos que mostraram maior persistência e produção nas condições do sul do Brasil. Um total de 78 fragmentos (SSR) foi analisado e um PIC variando de 0,70 a 0,91 com média de 0,86 foi obtido. A distância média de Rogers, baseada nos 78 fragmentos SSR, foi de 0,49. A similaridade média de Jaccard baseada nos 114 fragmentos RAPD foi de 0,21 e permitiu a identificação de todos os acessos. A heterozigosidade média (He) baseada nos dados isoenzimáticos foi de He = 0,238 e a distância média de Rogers foi de 0,14. Os dados isoenzimáticos classificaram os acessos em quatro grupos. Os grupos encontrados não separam os acessos conforme a origem geográfica ou tipo de população (cultivar, selvagem e variedade local). No entanto, algumas concordâncias foram encontradas entre as análises, uma vez que as cultivares do norte da Europa foram agrupadas em ambos os tipos de análise. Os resultados encontrados aqui evidenciaram uma grande e complexa diversidade genética na coleção nuclear de trevo vermelho. Além disso, mostraram algumas populações promissoras que podem ser usadas em programas de melhoramento de trevo vermelho no Brasil. / Red clover is one of the most utilized leguminous forage species in the world agriculture being adapted to a great number of edaphic-climatic conditions. The objective of this work was to evaluate the genetic diversity in the core collection of red clover using morphologic, molecular and biochemical traits. The accessions of red clover from the core collection of NPGS-USDA were analyzed with 21 morphological characters, 14 microsatellite loci (SSR), with 114 RAPD markers and with 15 loci of isozyme (esterase) markers. The molecular markers, used for the first time in the core collection, together with the morphological and biochemical markers pointed out for the high genetic diversity present in the species, mostly at the intrapopulational level. The cluster analysis of the morphological data revealed five distinct clusters that separated early, medium and wild blooming types as well as groups with more persistence and high dry matter production in the Southern Brazilian conditions. A total of 78 fragments (SSR) were scored and the PIC ranged from 0.70 to 0.91 with 0.86 as mean value. The mean Rogers’ genetic distance based on the 78 SSR markers was 0.49. The Jaccard’s similarity based on 114 RAPD markers was 0.21 and allowed the identification of all accessions. The mean expected heterozygosity (He), based on isozyme data, was He = 0.238 and the mean Rogers’ genetic distance was 0.14. Isozyme data clustered the accessions of red clover in four groups. The clusters found with morphological and biochemical markers were not separated according to their geographic origin or type of populations (cultivar, wild or landrace). However, some coincidences between analyses were found once cultivars from north Europe were clustered in both types of analyze. The results found here evidenced the high and complex diversity in red clover core collection. Indeed, they highlighted some promising populations that could be used in the Brazilian breeding programs of red clover.

No presente trabalho nós investigamos a história filogeográfica de dois passeriformes: Dendrocincla turdina (Dendrocolaptidae) e Drymophila squamata (Thamnophilidae). As duas espécies são endêmicas de baixadas da Mata Atlântica e boa parte de suas distribuições é coincidente, mas D. turdina chega a altitudes maiores e D. squamata ocorre em uma região disjunta no nordeste onde D. turdina não ocorre. Foram analisadas a estrutura genética das duas espécies e suas histórias demográficas, também foram feitas inferências sobre os processos históricos que poderiam ter contribuído para a diversidade genética que observamos hoje. Para D. turdina foram utilizados sete microssatélites, um marcador mitocondrial e um íntron. Enquanto para D. squamata foram utilizados um marcador mitocondrial e dois íntrons. O primeiro capítulo da Tese aborda os dados de D. turdina, que mostraram ausência de estrutura geográfica e evidências de expansão populacional. A utilização de microssatélites reforçou a possibilidade de ser uma população única, uma vez que, dada a alta taxa de mutação desses marcadores, em geral é possível detectar divergências recentes. A expansão demográfica foi evidenciada e datada a partir do último máximo glacial (UMG) baseado no marcador mitocondrial e no íntron. A computação Bayesiana aproximada (ABC) foi utilizada para testar esse cenário de população única com expansão populacional baseado nos nove marcadores. Os parâmetros estimados foram congruentes com os resultados das outras análises. Parece ter ocorrido um gargalo genético seguido por aumento do tamanho populacional, sendo que no UMG o tamanho efetivo populacional era duas ordens de grandeza menor do que o atual. No segundo capítulo da Tese analisamos a espécie D. squamata, para a qual foram encontradas quatro linhagens mitocondriais separadas geograficamente. Sendo que as linhagens Sul, Centro e Norte parecem ter se divergido durante o Pleistoceno médio, enquanto o grupo Nordeste, composto pela população disjunta, parece ter se diversificado há mais tempo, cerca de 1,1 milhão de anos atrás. Para os clados Sul e Norte foram identificadas expansões demográficas no UMG. Tanto eventos geotectônicos quanto oscilações climáticas do Quaternário podem ter atuado no processo de diversificação; enquanto os rios podem ter contribuído para a manutenção dessas divergências, ao menos entre os clados Norte e Centro. Os grupos genéticos encontrados no presente estudo não condizem com a distribuição geográfica descrita para as subespécies descritas de D. squamata, isso indica a necessidade de uma revisão taxonômica. A divergência do clado Nordeste parece ser bastante antiga e essa linhagem ocorre em uma área reduzida e impactada da mata Atlântica, além de geograficamente isolada das maior área de distribuição do táxon. Isso indica que o clado Nordeste merece atenção quanto à sua conservação. A presente Tese contribuiu com o melhor entendimento da distribuição da diversidade genética das espécies aqui estudadas e da história da biodiversidade da mata Atlântica, trazendo informações sobre dois táxons com histórias filogeográficas diferentes, embora possivelmente moldadas por processos semelhantes. / Here we present the phylogeographic history of two Passerine birds: Dendrocincla turdina (Dendrocolaptidae) and Drymophila squamata (Thamnophilidae). Both are endemic species of the Atlantic Forest lowlands and their occurrence overlaps along most of their geographic distribution, but D. turdina reaches higher altitudes and D. squamata has in a disjunct population in the northeast, where D. turdina does not occur. The genetic structure and the demographic history of both species was studied, and inferences about potential historical processes that could have influenced their genetic diversity pattern were made. For D. turdina we used seven microsatellites and sequences of one mitochondrial (mtDNA) gene and one intron. For D. squamata sequences of one mtDNA gene and two introns were obtained. The first chapter shows that D. turdina does not present population genetic structure but has evidences of population expansion. Microsatellite analyses also show absence of structure and given their high mutation rates, this indicates that there is no evidence of any recent divergences. Results based on mtDNA and intron sequences showed that the demographic expansion started during the last glacial maximum (LGM). Approximate bayesian computation (ABC) was used to test this scenario of a unique population with expansion based on nine molecular markers. The results were congruent with those from other analyses. It seems that a bottleneck was followed by an increase of population size, and at the LGM the population effective size was two orders of magnitude lower than nowadays. The second chapter presents data on D. squamata. Four mitochondrial lineages that are geographically separated were observed. Lineages South, Center, and North seem to have diverged in the middle of the Pleistocene and the Northeast lineage, that grouped the disjunct population, seems to have diverged around 1.1 million years ago. Clades South and North presented evidences of demographic expansions during the LGM. Both geotectonic and climatic oscillations from the Quaternay could have beeen involved in the diversification process; while rivers may helped to maintain the lineages differentiated, at least clades North and Center. The geographic distribution of these lineages did not match the one described for D. squamata subspecies. Thus, indicating that a taxonomic revision is needed. The divergence of the Northeast lineage seems to be old and it occurs in a reduced and deforested area, besides it is geographically isolated from the main distribution of the species. This highlights that the conservation of the Northeast lineage should be granted major attention. This thesis contributed with data on two avian species with distinct phylogeographic histories that could have been shaped by similar processes that occurred in the Atlantic forest.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-19Bitstream added on 2014-06-13T21:01:03Z : No. of bitstreams: 1 silva_cj_dr_botfca.pdf: 328967 bytes, checksum: fca502def94a5472cddb34317c93bd04 (MD5) / Em decorrência da grande demanda mundial por espécies bioenergéticas, a cultura cártamo, surge como uma importante alternativa. No Brasil, porém, esta espécie ainda não é explorada comercialmente, por isso foram introduzidos 926 acessos provenientes dos Estados Unidos. Estes materiais foram avaliados preliminarmente em 2010 na fazenda experimental do Lageado e São Manuel, ambos pertencentes à UNESP – Campus Botucatu-SP. As características avaliadas foram: altura de plantas, número de capítulos por planta e massa de sementes por planta. Na etapa seguinte, os 19 acessos potencialmente mais promissores e uma cultivar comercial foram avaliados entre abril e setembro de 2011 em Botucatu-SP. Na ocasião, foram avaliadas: produtividade de grãos (kg ha-1), massa de mil grãos (g), número de capítulos por planta, número de ramos primários por planta, altura de plantas (m), diâmetro de capítulos (cm), índice de colheita (g g-1), produtividade de matéria seca (kg ha-1 ), teor de óleo (%) e produtividade de óleo (kg ha-1). As médias de cada característica foram agrupadas através do teste Scott-Knott a 5% de probabilidade. As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas baseadas nas esperanças de quadrados médios da análise de variância. Considerando-se todos os caracteres simultaneamente, foi estimada a divergência genética pela distância generalizada de Mahalanobis e os acessos mais similares foram agrupados pelo método de Tocher. A diversidade genética existente entre os acessos estudados e aliada ao grande potencial produtivo sugere boas expectativa para obtenção de genótipos promissores / Currently there is a huge demand for bioenergetics species. Safflower is as an important alternative. In Brazil, however, this species is not commercially exploited. Were introduced 926 accesses from the United States. These materials were preliminarily evaluated in 2010 at the experimental farms of the Lageado in Botucatu and São Manuel, both in São Paulo State. Characteristics evaluated were: plant height (m), number of capitulum and seed weight per plant (g) . In the next stage, 19 of the most promising accesses and a commercial cultivar were evaluated between April and September 2011 in Botucatu-SP. The characteristics evaluated were: grain yield (kg ha-1), thousand grain weight (g), Capitulum number , branches number , plant height (m), capitulum diameter, harvest index (gg-1), dry matter yield (kg ha-1), Oil yield (kg ha-1) and oil content (%). Mean were grouped by the test Scott-Knott at 5% probability. Considering all the characters simultaneously, the genetic divergence was estimated by the Mahalanobis distance and the accesses more similar, were grouped with the Tocher method. The genetic diversity among accesses in all characteristics associated with the yield potential suggests a high potential to obtain promising genotype