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Caracterização agronômica de acessos de café Conilon irrigado no Cerrado do Planalto Central / Agronomic description of Conilon cofee (Coffea canephora Pierre ex Froehner) accesses grown irrigated in Cerrado of Central Highlands

Santin, Mateus Rollemberg 31 May 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-12-23T11:51:17Z No. of bitstreams: 1 2016_MateusRollembergSantin.pdf: 3875145 bytes, checksum: 0f60fc8291922717afdaa77c2e2b0415 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-10T18:34:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_MateusRollembergSantin.pdf: 3875145 bytes, checksum: 0f60fc8291922717afdaa77c2e2b0415 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T18:34:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_MateusRollembergSantin.pdf: 3875145 bytes, checksum: 0f60fc8291922717afdaa77c2e2b0415 (MD5) / O Cerrado brasileiro despontou nos últimos anos como uma região bastante propícia à cultura do café, com grandes áreas e alto investimento em tecnologia. O café Conilon, tradicionalmente limitado às regiões de baixa altitude, apresenta rusticidade e elevada produtividade, com grande potencial para produção e m maior escala nesse bioma. Para tanto, são necessários estudos que avaliem a possibilidade de adaptação desta espécie às condições edafoclimáticas e ao sistema de manejo utilizado na região. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho agronômico de genótipos de café Conilon, oriundos de cruzamentos em campo isolado da cultivar Robusta Tropical, no Cerrado do Distrito Federal, avaliando sua produtividade, a força de desprendimento de seus frutos ao longo do ciclo de maturação e sua resistência a duas das principais doenças que afetam o cafeeiro (ferrugem e cercosporiose), num experimento sem repetição no campo, com um representante de cada genótipo, com espaçamento de 3,5 m entre linhas, 1,0 m entre plantas e irrigação por aspersão convencional, realizada por pivô central, e com o uso da tecnologia do estresse hídrico para a uniformização da florada. Para a produtividade, foram usados os dados de produção de três safras consecutivas, e foram classificados os materiais com produção mínima de sete litros por pl anta nos três anos, com coeficiente de variação de produção menor que 25%. Foi realizad a a análise de repetibilidade para estimativa de parâmetros genéticos destes materiais, com o uso do software Selegen. Os resultados obtidos demonstram que existe variabilidade na população estudada para produtividade, e os valores de repetibilidade obtidos favorecem a seleção de genótipos superiores para plantio na região, com base nos fenótipos avaliados. A avaliação da força de desprendimento dos frutos foi realizada ao longo de cinco estádios do ciclo de maturação, a saber: verde, verde cana, cereja, passa e coco. Seis frutos de cada lado da linha de cultivo eram coletados, e a força de seu d esprendimento foi medida com o auxílio de um dinamômetro da marca Instrutherm®, mo delo DD 300. Com os valores médios para cada estádio foi projetada a curva de egressão não linear da força de desprendimento dos frutos para cada grupo de maturação (superprecoce, precoce, médio e semitardio), com o uso do software estatístico R. Os resultados demonstram que existe variação, para esta característica, entre genótipos e ao longo do ciclo de maturação. O estádio de passa mostrou uma tendência a ser o mais adequado para a colheita mecanizada do café Conilon, por exigir menor força para se desprender dos ramos. A avaliação da reação dos genótipos às doenças foi realizada em seis épocas, com intervalos médios de 37 dias, com base em escalas diagramáticas desenvolvidas para cada doença, por meio de notas, cujas médias em cada época foram usadas, no software SISVAR, para a análise de variância, e pelo software Genes, para estimativa de parâmetros genéticos. Os resultados obtidos demonstram que existe variabilidade dentro da população para reação a estas doenças, com boa quantidade de materiais resistentes, alguns materiais moderadamente resistentes e um material tolerante às duas doenças. A estimativa de parâmetros genéticos para a resistência a essas doenças resultou em uma situação mais favorável à seleção fenotípica para ferrugem, e pouco menos favorável para cercosporiose do cafeeiro. / The Brazilian Cerrado emerged in recent years as a very favorable region to the coffee culture, with large areas and high investment in technology. Conilon coffee, traditionally limited to low-lying regions, presents hardiness and high productivity, with great potential for larger scale production in this biome. Therefore, studies are needed to assess the possibility of adaptation of this species to environmental conditions and the management system used in the region. The aim of this study was to evaluate the agronomic performance of Conilon coffee genotypes derived from crosses in isolated field of the cultivar Robusta Tropical, in the Cerrado of Distrito Federal, evaluating their productivity, the detachment force of its fruit throughout the ripening cycle and its resistance to two of the major diseases that affect coffee (coffee rust and cercospora leaf spot) in an experiment without repetition in the field, with one individual of each genotype, with spacing of 3.5 m between rows, 1.0 m between plants and sprinkler irrigation held by central pivot, and the use of water stress technology to standardize the flowering. For productivity, were used the production data of three consecutive harvests, and were classified materials with minimum production of seven liters per plant in three years with production coefficient of variation lower then 25%. repeatability analysis was performed to estimate genetic parameters of these materials with the use of the software Selegen.The results show that there is variability in the population studied for productivity, and repeatability obtained values favor the selection of superior genotypes for cultivation in the region, based on their phenotypes. The evaluation of the fruit detachment strength was performed over five stages of maturation cycle, namely, green, greencane, cherry, pass and dry. Were collectec six fruits of each side of the crop row, and the force of its detachment was measured with the aid of dynamometer Instrutherm® DD 300. With the average values for each stage were designed the non-linear regression curve of fruit detachment force for each maturity group (super-precoucious, precoucious, medium and medium late), using the statistical software R. The results demonstrate that there is variation for this trait among genotypes and over maturation cycle. The pass stage showed a tendency to be the most appropriate for Conilon coffee mechanized harvesting by requiring less force to break off the branches. The evaluation of the genotypes reaction to disease was performed six times with intervals of 37 days, by notes based on diagrammatic scales developed for each disease, which means of each epoch were used in SISVAR software, for analysis of variance, and in Genes software to estimate genetic parameters. The results obtained show that there is variability within the population for reaction to these diseases, with good amount of resistant materials, some moderately resistant materials and one tolerant genotype to the bouth diseases. The of genetic parameters' estimation for resistance to these diseases resulted in a more favorable situation for the phenotypic selection for coffee rust, and slightly less favorable for the coffee cercospora leaf spot.
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Conectividade genética, filogeografia e conservação de tubarões pelágicos no Oceano Atlântico ocidental / Genetic connectivity, phylogeography and conservation of pelagic sharks in the western Atlantic Ocean

Domingues, Rodrigo Rodrigues [UNESP] 12 December 2016 (has links)
Submitted by RODRIGO RODRIGUES DOMINGUES null (domingues.pesca@gmail.com) on 2017-08-28T17:49:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_oficial_RRD.pdf: 3652152 bytes, checksum: 7829d2bf7f40c3cd6cea708b1393c8b6 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Inserir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da tese/dissertação. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-08-29T17:54:16Z (GMT) / Submitted by RODRIGO RODRIGUES DOMINGUES null (domingues.pesca@gmail.com) on 2017-08-29T18:18:52Z No. of bitstreams: 1 Tese_oficial_RRD11.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T18:52:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 domingues_rr_dr_rcla.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T18:52:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 domingues_rr_dr_rcla.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) Previous issue date: 2016-12-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies Carcharhinus falciformis e Carcharhinus signatus, são tubarões oceânicopelágicos, caracterizados por habitarem o ambiente epipelágico de águas quentes e temperados de todo o mundo. Devido ao alto valor da suas nadadeiras, estas espécies são demasiadamente capturadas pela pesca de espinhel pelágico, direcionado para a captura de atuns e espadarte. Em decorrência dessa severa pressão pesqueira, estima-se que estas espécies tiveram reduções populacionais em torno de 75%, e estão atualmente listadas como próximo de ameaçada (C. falciformis) e vulnerável (C. signatus) na lista vermelha da Internation union for Conservation of Nature (IUCN). Por serem espécies migratórias e por habitarem águas internacionais, as ações de conservação exigem esforços conjuntos de vários países, tarefa que no Oceano Atlântico compete à International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. A presente tese avaliou os aspectos genéticos populacionais e filogeográficos de ambas espécies, utilizando marcadores moleculares mitocondriais (C. falciformis e C. signatus) e microssatélites (C. signatus). Especificamente, foram avaliados os níveis de diversidade genética, testada a hipótese nula de panmixia e inferidos os cenários filogeográficos responsáveis pelas relações filogenéticas intraespecíficas, e aspectos demográficos populacionais. Além disso, a diversidade genética da subclasse elasmobrânquios foi avaliada e discutida a sua utilização nas avaliações do estado de conservação de espécies e políticas afins. A diversidade genética total para ambas as espécies, utilizando a região controle do DNA mitocondrial foi alta (h = 0,88±0,012 e π = 0,005±0,003 – C. falciformis; h = 0,74±0,027 e π = 0,0034±0,0019 – C. signatus), No entanto, C. signatus apresentou baixos valores para o Atlântico Sul Ocidental (h = 0,545±0,077 e π = 0,0013±0,0009) e para 9 loci microssatélites (Ho = 0,40). A hipótese nula de panmixia foi rejeitada para C. falciformis (ΦST 0.058, P < 0.0001) e C. signatus, ambas espécies apresentando estrutura genética populacional entre localidades do Hemisfério norte e Hemisfério sul. Carcharhinus signatus apresentou uma dispersão baseada em sexo, com machos panmíticos e fêmeas estruturadas (ΦST = 0,443; P < 0,01), um típico padrão de filopatria reprodutiva, corroborado pelo isolamento-por-distância (r = 0,65, p = 0,03). Duas linhagens matrilineais foram verificadas para ambas espécies, formadas há 485, 571 Kya (C. falciformis) e 166, 598 Kya (C. signatus), correspondendo ao Pleistoceno. A hipótese de expansão populacional não pode ser rejeitada para ambas espécies, iniciando durante o último máximo glacial – UMG para C. falciformis, enquanto que C. signatus passou por um efeito gargalo no UMG, seguido de uma expansão populacional no Holoceno. Uma exaustiva revisão bibliográfica, revelou um aumento considerável nos últimos anos dos estudos genéticos populacionais que descrevem a diversidade genética de tubarões e raias. Além disso, as métricas de diversidade genética revelaram que, em geral, os elasmobrânquios possuem baixa variabilidade genética, sobretudo para os marcadores mitocondriais. Por fim, foi discutida a inclusão dessas métricas nas avaliações do estado de conservação de espécies e políticas afins. / The shark species, Carcharhinus falciformis and Carcharhinus signatus, are oceanic-pelagic species that inhabit tropical, subtropical and temperate waters worldwide. The high value of their fins associated with the by-catch these species by longline fisheries, which targeting tuna and swordfish, has led to a population reduction around 75%. Currently, these species are listed on the IUCN Red list as Near Threatened (C. falciformis) and Vulnerable (C. signatus). Due to their high vagility and migratory behavior, inhabiting internation waters, management and conservation plans require joint efforts from the many country, a task that in the Atlantic Ocean is entrusted to the International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. This Thesis assessed the main aspects of population genetics and phylogeography in both species. Using mitochondrial marker (C. falciformis and C. signatus) and nine loci microsatellites (C. signatus). Especifically, the levels of genetic diversity were assessed, panmixia null hypothesis was tested and the phylogeography scenarios responsible for intraspecific phylogenetic relationships and populations demography were inferred. Furthermore, the genetic diversity of subclass Elamosbranchii and its usefullness to assess conservation policies were discussed. The overall genetic diversity at CR mtDNA in both species was high (h = 0.88±0.012 and π = 0.005±0.003 – C. falciformis; h = 0.74±0.027 and π = 0.0034±0.0019 – C. signatus). However, C. signatus showed low genetic diversity values in the Southwestern Atlantic (h = 0.545±0.077 and π = 0.0013±0.0009) and at 9 loci microsatellites (Ho = 0.40). The null hypothesis of panmixia was rejected for C. falciformis (ΦST 0.058, P < 0.0001) and C. signatus, with both species showing population structured along the western Atlantic Ocean. Carcharhinus signatus showed sex-based dispersion, with male roving and female no roving (ΦST = 0.443; P < 0.01), indicating reproductive phylopatry, supported by isolation-by-distance (r = 0.65, P = 0,03). The Maximum likelihood and Bayesian tree presented two matrilineal lineages to both species, with split started 485, 571 Kya (C. falciformis) and 166, 598 Kya (C. signatus), corresponding to Pleistocene. The hypothesis of population expansion cannot be rejected to both species, starting during the last glacial maximum – LGM for C. falciformis, whereas C. signatus passed through a bottleneck effect, followed of population expansion in the Holecene. An exhaustive bibliography revision revelead a considerable increase of genetic population studies of sharks and rays. Moreover, metanalysis of genetic diversity metrics revealed that shark and rays, in general, have low genetic diversity, mainly for mitochondrial markers. Finally, the inclusion of genetic diversity metrics in species assessent and conservation policies was discussed. / FAPESP: 2013/08675-7
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A variabilidade em genes de resposta imune em populações nativas americanas

Lindenau, Juliana Dal-Ri January 2012 (has links)
As populações nativas americanas apresentam uma maior prevalência de doenças infecciosas do que as populações não nativas que habitam o mesmo ambiente. Evidências sugerem que essa maior prevalência seja o resultado de uma maior suscetibilidade às doenças infecciosas. Há uma gama de fatores que são responsáveis por essa maior suscetibilidade, sendo a habilidade de desenvolver uma resposta imune adequada aos patógenos intracelulares o principal deles. Essa habilidade é influenciada, em parte, por fatores genéticos. Vários são os genes relacionados com a diferenciação das células Th0 em Th1 ou Th2. Esses subconjuntos celulares desencadeiam padrões de resposta imune bastante diferenciados que são responsáveis pelo combate aos diferentes antígenos. Estudos que analisaram a suscetibilidade das populações nativas às doenças infecciosas demonstraram uma predominância de um padrão Th2 de resposta imune nesses grupos. Com o objetivo de investigar a variabilidade em genes de resposta imune em ameríndios, neste estudo foram analisados 32 polimorfismos em 18 genes envolvidos com a resposta imune identificados com resistência/suscetibilidade às doenças infecciosas (VDR, SP110, P2X7, PTPN22, IL1β, IL12α, IL12β, IL12Rβ1, IFNγ, IFNγR1, TNFα, TNFR1, IL2, IL4R, IL4, IL8, IL10 e IL6). A amostra foi composta por 98 indivíduos da etnia Aché, 72 indivíduos Guarani-Ñandeva, 72 indivíduos Guarani-Kaiowá e 72 indivíduos Kaingang. A população Kaingang foi polimórfica para todas as variantes analisadas, enquanto que as demais populações apresentaram uma freqüência do alelo menos freqüente (MAF) abaixo de 0,1 em diversos SNPs. As variantes com essa baixa variabilidade foram nos genes SP110, PTPN22, TNF-α, IL-6, IL12Rβ1, IL-10, IFN-γ, TNF-αR1 e IL-12α, associados com um padrão Th1 de resposta imune. O grau de variabilidade dessas populações parece se correlacionar com miscigenação, a população Kaingang é a mais miscigenada e a mais variável, enquanto que a população Aché é não miscigenada e a menos variável. A relação entre baixa diversidade genética em Th1 e predominância de um padrão Th2 poderia explicar, ao menos parcialmente, a alta suscetibilidade das populações ameríndias às doenças infecciosas. A baixa variabilidade observada nesses grupos pode ser o resultado de um efeito fundador, de uma alta taxa de endocruzamento associado com o isolamento durante o processo de formação das tribos ou de seleção natural. Estudos com outras populações ameríndias são necessários para um completo entendimento dos processos evolutivos que moldaram o sistema imune nessa etnia. / The Native Americans have a higher prevalence of infectious diseases than non-native populations living in the same environment. This highest prevalence is the result of a higher susceptibility to infectious diseases. There are several factors that are responsible for this higher susceptibility and the ability to develop adequate immunity to intracellular bacterial pathogens is the main factor. This ability is partly influenced by genetics. There are many genes associated with the Th0 differentiation in Th1 or Th2. These cells subsets trigger differentiated immune response patterns, which are responsible to combat different antigens. Studies that investigated native populations’ susceptibility to infectious diseases showed that they have a predominance of Th2 immune response pattern. The aim of this study was to investigate the variability in response immune genes in Amerindians, considering 32 polymorphisms in 18 genes involves in the immune response, previously identified with resistance/ susceptibility to infectious diseases (VDR, SP110, P2X7, PTPN22, IL1β, IL12α, IL12β, IL12Rβ1, IFNγ, IFNγR1, TNFα, TNFR1, IL2, IL4R, IL4, IL8, IL10 and IL6). The sample was composed by 98 individuals from the Aché population, 72 individuals from Guarani-Ñandeva, 72 individuals from Guarani-Kaiowá and 72 individuals from Kaingang populations. The Kaingang population was polymorphic for all variants investigated. The variants in SP110, PTPN22, TNF-α, IL-6, IL12Rβ1, IL-10, IFN-γ, TNF-αR1 and IL-12α genes showed minor allele frequencies lower than 0.1, which demonstrates that they are not polymorphic in these populations. Overall reduced variability was observed in these genes mainly in those associated with a Th1 immune pattern. degree of variation was associated with admixture; the Kaingang the most admixed population showed more variability than the Aché where no admixture was detected. The relationship between low genetic diversity and Th2 predominance could explain at least partially the high susceptibility of these populations to infectious diseases. The low genetic variability in these genes could be explained through a founder effect or by high inbreeding associated with isolation during the tribalization process. The possibility also exists that these differences might be due to a restricted immune system shaped by natural selection. More Amerindian populations should be investigated to disclose the full spectrum of variation of these immune response genes in Amerindians before a conclusion could be reached.
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Análise da diversidade genética de genes responsáveis pela infecção per os (pif) e de fatores associados à virulência de Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus

Ferreira, Briana Cardoso 16 December 2013 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2013. / Submitted by Gomes Neide (neide@bce.unb.br) on 2014-06-13T16:17:18Z No. of bitstreams: 1 2013_BrianaCardosoFerreira.pdf: 3823657 bytes, checksum: 0dba96a4e2bbdef76dfc900053cfd1ba (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-06-18T11:52:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_BrianaCardosoFerreira.pdf: 3823657 bytes, checksum: 0dba96a4e2bbdef76dfc900053cfd1ba (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-18T11:52:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_BrianaCardosoFerreira.pdf: 3823657 bytes, checksum: 0dba96a4e2bbdef76dfc900053cfd1ba (MD5) / Os baculovírus são patogênicos a insetos e têm sido efetivos no controle de pragas em áreas agrícolas e florestais. No Brasil, o baculovírus anticarsia (AgMNPV) tem sido empregado como inseticida biológico desde o início da década de oitenta para o controle da lagarta da soja, Anticarsia gemmatalis, uma das principais pragas dessa cultura. A principal rota de infecção do vírus se dá através da ingestão dos corpos de oclusão (OB) que, uma vez no intestino médio altamente alcalino, libera as partículas ODV (Occluded Derived Virus). A ligação, fusão e entrada dessas partículas nas células intestinais são mediadas por proteínas virais localizadas na membrana do ODV. Essas proteínas são codificadas por genes denominados pif (per os infectivity factors) os quais são fatores essenciais para infectividade oral, com consequente desenvolvimento da doença no corpo do inseto. Esse trabalho teve como objetivos: avaliar a estabilidade dos genes pif de isolados temporais e geográficos de AgMNPV; construir antissoros policlonais das proteínas PIF; construir vírus recombinantes com deleção de genes pif e analisar as sequências genômicas de dois clones de AgMNPV com grande diferença na virulência. Entre os genes pif dos isolados analisados, o gene pif2 apresentou ser o mais variável, possuindo maior número de sítios polimórficos entre os genes pif analisados. No entanto, a quantidade de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) encontrada não indica alta variabilidade deste gene quando comparado a estudos semelhantes realizados com outros baculovírus. Este estudo revelou que apesar do vírus AgMNPV ter sido submetido a passagens subsequentes no inseto ao longo de 20 anos e da distância geográfica, os genes essenciais para a infectividade oral permaneceram estáveis. No estudo das proteínas PIF, somente a proteína PIF2 foi expressa, porém o anticorpo obtido não foi específico. Embora plasmídeos para deleção de genes pif tenham sido construídos, não foi possível a obtenção de vírus recombinantes. Os genomas dos clones virais analisados mostraram, entre outras características, a presença de uma única cópia dos genes pe38 e he65, que estão em duplicata no genoma do vírus AgMNPV-2D. Foi observado também que um dos clones virais (AgMNPV-16), com baixa virulência, possui muitas variações na região codificante do gene ie-2 e do gene pe-38. Esses genes são responsáveis pela transativação dos genes early que iniciam a replicação viral. Além disso, outros genes apresentaram alterações como odv-e56, que tem um papel essencial na maturação e envelopamento dos ODV, e os genes bro-a e bro-b que se encontram fundidos em uma única ORF. O número regiões hr também foi diferente entre os clones (Ag2D com nove, Ag-01 com oito e Ag-16 com sete hr). Os estudos de genes de infectividade oral e de fatores associados à virulência no hospedeiro são importantes para compreensão da dinâmica populacional do vírus em condições naturais e poder ser uteis no desenvolvimento de programas de controle biológico. / Baculoviruses are pathogenic to insects and have been effective in controlling pests in agricultural and forestry areas. In Brazil, the baculovirus anticarsia (AgMNPV) has been used as a biological insecticide since the early eighties to control the soybean caterpillar, Anticarsia gemmatalis, a major pest of this crop. The main route of virus infection occurs through ingestion of occlusion bodies (OB) which once in the highly alkaline midgut, release ODV (Occluded Derived Virus) particles. The binding, fusion and entry of such particles into the intestinal cells are mediated by viral proteins located in the membrane of the ODV. These proteins are encoded by genes called pif (per os infectivity factors) which are essential for oral infectivity, with consequent development of the disease in the body of the insect. This study aimed to evaluate the stability of the pif genes of seasonal and geographic field isolates of AgMNPV; to express PIF proteins for construction of polyclonal antibodies; to construct recombinant viruses with deleted pif genes, and to analyze the genomic sequence of two AgMNPV clones with high difference on their virulence. Among the pif genes of the analyzed isolates the pif2 gene was the most variable among the genes studied, showing a higher number of polymorphic sites. However, the amount of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) found does not indicate a high variability of this gene when compared to similar studies performed with other baculovirus. This study revealed that although the AgMNPV virus has been subjected to subsequent passages in insect for over 20 years and the geographic distance, the essential genes for oral infectivity remained stable. In the study of PIF proteins, only the PIF2 protein was expressed, but the obtained antibody was not specific. Although plasmids for pif gene deletion were constructed, the recombinant viruses with pif genes deletion have not been completed. The genomes of the viral clones analyzed showed the presence of a single copy of the pe38 and he65 genes which are in duplicate in the genome of the Ag-2D clone. Was observed that one of the viral clones (Ag-16), with lower virulence, has many variations in the ie-2 and pe-38 gene regions, which are responsible to transactivate early genes to start viral replication. Furthermore, other genes presented alterations like the odv-e56, and which have a essential role in the maturation and envelopment of the OD, and bro-a and bro-b genes that are in fused in only one ORF. The hr region number was also different among clones (Ag-2D with nine, Ag-01 with eight and Ag-16 with seven hrs). Studies on the per os infectivity factors genes and factors associated with virulence of the host are important to the understanding of the viral population dynamics in natural conditions and can be valuable in the development of biological control programs.
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Caracterização físico-química e molecular de genótipos de maracujá azedo cultivados no Distrito Federal

Greco, Sther Maria Lenza 25 February 2014 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-02-10T14:23:23Z No. of bitstreams: 1 2014_StherMariaLenzaGreco_Parcial.pdf: 1223290 bytes, checksum: 8acd565ae71be5e9a9ba53abc42f3b8c (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2015-02-11T12:59:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_StherMariaLenzaGreco_Parcial.pdf: 1223290 bytes, checksum: 8acd565ae71be5e9a9ba53abc42f3b8c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-11T12:59:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_StherMariaLenzaGreco_Parcial.pdf: 1223290 bytes, checksum: 8acd565ae71be5e9a9ba53abc42f3b8c (MD5) / Na fruticultura nacional, algumas frutas lançam o Brasil à posição de grande produtor mundial, destacando-se o maracujá. Entretanto, essa cultura ainda enfrenta problemas como carência de materiais genéticos com alta produtividade, qualidade dos frutos, resistência a fitopatógenos e pequena longevidade da lavoura, em razão, principalmente, da falta de trabalhos de pesquisa nas diversas áreas do conhecimento e especialmente com melhoramento genético. Verifica-se, que a cultura do maracujazeiro necessita de trabalho contínuo de melhoramento genético, uma vez que, existe poucas cultivares disponíveis aos produtores brasileiros e a produtividade das mesmas ainda é considerada baixa. Neste trabalho, objetivou-se gerar informações moleculares, morfoagronômicas e de qualidade dos frutos de maracujá azedo. Para isso utilizou-se a caracterização molecular, físico-química e estimativa de parâmetros genéticos visando explorar mais eficientemente a variabilidade genética existente e assim auxiliar na escolha de progenitores para cruzamentos controlados. O experimento foi realizado na Fazenda Água Limpa (FAL) da Universidade de Brasília (UnB). Os ensaios de avaliação físico-química foram conduzidos segundo as normas analíticas do Instituto Adolfo Lutz, a caracterização molecular foi realizada com base em marcadores moleculares RAPD (Random Amplified Polimorphic DNA) e para a quantificação dos carotenoides utilizou-se o método proposto por RODRIGUES-AMAYA (2001), com modificações. Foram utilizados genótipos desenvolvidos a partir de trabalhos de pesquisa da Universidade de Brasília-UnB e Embrapa Cerrados, num delineamento de blocos casualizados, com oito plantas por parcela e quatro repetições. As características físico-químicas avaliadas foram: massa do fruto (g), comprimento (mm), diâmetro (mm), relação comprimento/diâmetro, espessura da casca (mm), massa da casca (g), massa da polpa (g), rendimento de polpa (%), número de sementes, sólidos solúveis totais, acidez total titulável, pH, relação SST/ATT e cinzas (%). Os dados foram submetidos à análise de variância pelo teste de F e as médias comparadas pelo teste de Scott Knott a 5% de probabilidade, usando o software sisvar. Os resultados da análise de variância evidenciaram a existência de diferenças significativas entre os genótipos (P <0,05) revelando a existência de variabilidade quanto às características avaliadas o que já era esperado, já que se trata de uma espécie alógama. Nas avaliações com 32 e 26 genótipos os que mais se destacaram foram: MAR 20#49, MSC, planta 7, MAR 20#40, MAR20#39, AR2 pl.4, MAR 20#10 pl. 1, FB 100 pl. 1, MAR 20#34 pl. 1, Roxo Australiano pl. 1, MAR 20#11 e MAR 20#19 por apresentarem frutos maiores, menores espessuras de casca, elevados rendimentos de polpa e sólidos solúveis totais. O rendimento de polpa médio verificado neste estudo foi de 38,72% sendo que todos os genótipos avaliados tendem a um formato ovalado de fruto. A amplitude dos dados de carotenoides totais variou de 13,6p,g g-1 a 49,8pg g-1 de polpa fresca com média de 35,5p,g g-1. Correlações fortes e positivas foram verificadas entre as características comprimento e diâmetro, massa e diâmetro dos frutos, comprimento e massa do fruto, massa de casca e comprimento, sólidos solúveis totais e SST/AT. Altos valores de herdabilidade foram observados para as características rendimento de polpa (58,6%), número de sementes (63,7%), massa de casca (84,4%), massa de polpa (71,7%) e carotenoides totais (99,8%). Da caracterização molecular, obteve-se um total de 130 marcadores RAPD sendo que 81% foram polimórficos, e as distâncias genéticas variaram de 0,089 a 0,385. Não foram identificados genótipos de maracujazeiro-azedo que combinem todas as características favoráveis ao melhoramento, o que indica a necessidade de recombinação dos melhores genótipos para características individuais e seleção dos melhores acessos. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In the national fruit production, we found some fruit that Brazil to launch a major world producer position, highlighting the passion. However, this culture still faces problems such as lack of genetic materials with high yield, fruit quality, resistance to pathogens and low longevity of the crop, due mainly to the lack of research in the various areas of knowledge and especially breeding. It appears that the culture of passion requires continuous genetic improvement work, since there is little passion fruit cultivars available to Brazilian producers and productivity are still considered low. In this study, we aimed to generate molecular, agronomic and fruit quality of sour passion fruit information. For this we used the molecular characterization, physic-chemical and genetic parameter estimates of genotypes of sour passion fruit to more efficiently exploit the genetic variability and thus assist in the choice of parents for controlled crosses. The experiment was conducted at Água Limpa Farm, University of Brasília (UNB). Tests of physical-chemical evaluation were conducted in the laboratory of horticulture at the University of Brasilia , according to the norms of the Adolfo Lutz Institute (IAL, 2008), the molecular characterization was performed at the Laboratory of Genetics and Molecular Biology of Embrapa Cerrados, based on RAPD markers and quantification of carotenoids was performed in the laboratory of post-harvest crop systems using the method proposed by Rodrigues - Amaya (2001 ), with modifications method. Lines developed from the research were used UNB and Embrapa Cerrados, a randomized complete block design with eight plants per plot and four replications - genotypes developed from research work at the University of Brasilia were used . The physicochemical characteristics evaluated were: fruit weight (g), length (mm) diameter (mm), length/diameter , shell thickness (mm), weight of shell (g), mass of pulp (g) , pulp yield (%), number of seeds, total soluble solids, titratable acidity, pH , TSS/TA and ash (%). Data were subjected to analysis of variance by F test and means were compared by the Scott Knott test at 5% probability using the SISVAR software. With respect to the physicochemical characteristics genotypes that stood out were: MAR 20 # 49, MSC, plant 7, MAR 20#40 , MAR 20#39, AR2 pl.4, MAR 20#10 pl. 1, FB 100 pl. 1, MAR 20#34 pl. 1, Roxo Australiano pl. 1, MAR 20#11 e MAR 20#19 because they have higher fruit, lower shell thicknesses, high yields of pulp and total soluble solids . The average yield of pulp verified in this study was 38.72 %, while all genotypes tend to an oval-shaped fruit. The total carotenoid content ranged from 13.6 mg g - 1 to 49.8 mg g - 1 of fresh pulp and had a mean of 35.5 mg g - 1. The results of the analysis of variance showed significant differences among genotypes (P < 0.01) revealing the existence of variability as the character in this group of genotypes. Strong positive correlations were found between Length and diameter, mass and diameter, length and fruit weight, mass and shell length, total soluble solids and TSS/TA. Pulp yield was negatively correlated with the C/D ratio and shell thickness. It was evident the presence of genetic variability for most genotypes, which was expected since it is a alogamous species. High heritability values were observed for the characteristics pulp yield (58.6%), number of seeds (63.7 %), shell mass (84.4 %), pulp weight (71.7%) and total carotenoids (99.8%). Molecular characterization, we obtained a total of 130 RAPD making an average of 12 bands perprimer. It was observed that 81% of the markers were polymorphic, and genetic distances ranging from 0.089 to 0.385.
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Diversidade genética de acessos de cevada sob sistema de produção irrigado no Cerrado do Planalto Central brasileiro

Monteiro, Vitor Antunes 19 March 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-06-26T18:41:45Z No. of bitstreams: 1 2012_VitorAntunesMonteiro.pdf: 1190256 bytes, checksum: f05e14ab2fa765ca1a26a3dbf36cceb7 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-27T12:56:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_VitorAntunesMonteiro.pdf: 1190256 bytes, checksum: f05e14ab2fa765ca1a26a3dbf36cceb7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-27T12:56:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_VitorAntunesMonteiro.pdf: 1190256 bytes, checksum: f05e14ab2fa765ca1a26a3dbf36cceb7 (MD5) / O início da produção comercial de cevada (Hordeum vulgare L.) no Brasil data da década de 1930, nos estados do Sul. Sua inserção no Cerrado do planalto central brasileiro ocorreu em 1976 graças à sua adaptabilidade às condições edafoclimáticas deste bioma e aos apoios governamentais, da EMBRAPA e de iniciativas privadas. O sucesso do cultivo, entretanto, depende do conhecimento e utilização da variabilidade genética existente em bancos de germoplasma. No Brasil, ainda que se disponha de ampla coleção de acessos, não se tem uma caracterização sistemática e nem informações sobre o valor dos mesmos em programas de melhoramento. O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais de componentes de produção e caracteres morfoagronômicos por análise da diversidade entre acessos de cevada pré-selecionados, para formar coleção de trabalho, identificando genótipos a serem utilizados no melhoramento genético da cevada irrigada no Cerrado. Conduziu-se o experimento na Embrapa Cerrados, Planaltina, DF, situada a 15º35’30’’ de latitude Sul e 47º42’30’’ de longitude Oeste, numa altitude de 1.007 m, sob irrigação, entre 18 de junho e 17 de outubro de 2010, composto por 433 acessos, além de BRS 180 e BRS 195 (testemunhas), em delineamento de testemunhas intercalares. Para estimar os parâmetros genéticos foram utilizados 13 descritores morfoagronômicos quantitativos e, para a comparação entre acessos, onze quantitativos e quatro categóricos. Foram encontradas altas magnitudes de herdabilidade e coeficiente de variação genético para as características agronômicas avaliadas, além de forte correlação negativa para interação rendimento x dias para espigamento e teor de proteína. A dissimilaridade genética entre os pares de acessos foi estimada utilizando o coeficiente de Gower e, a partir disso, foram aplicados o método de otimização de Tocher e a dispersão gráfica das distâncias no plano. As distâncias genéticas variaram de 0,025 a 0,572, com média de 0,256. Os acessos foram distribuídos em 18 grupos pelo método de Tocher, de forma coerente ao observado na dispersão gráfica. A divergência genética existente na coleção pesquisada, aliada às altas herdabilidades e coeficientes de variação genética, permitem definir acessos para compor blocos de cruzamentos em programas de melhoramento genético de cevada em ambiente de Cerrado irrigado. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The commercial production of barley (Hordeum vulgare L.) in Brazil began in the 1930s, at first in the southern states. Its insertion into the Brazilian Savannah Highland occurred in 1976 thanks to its adaptability to the edafoclimatic conditions of this biome and to the government subsidies, EMBRAPA and private initiatives. The success of this crop relies, however, on the knowledge and use of genetic variability present in germplasm banks. In Brazil, even though large access collections are available, a systematic characterization of them, with information on genetic parameters estimates and statistics does not exist. The aim of this work was to estimate genetic, phenotypic and environmental parameters of yield components and morfoagronomic characters, by analyzing diversity among pre-selected accessions, to integrate a core collection for barley breeding at irrigated savannah conditon. The experiment was conducted in Embrapa Cerrados, Planaltina, DF, Brazil, located at 15º35'30'' south latitude and 47º42'30'' west longitude at an altitude of 1007 m, under irrigation, between 18 June and 17 October 2010, composed of 433 accesses, plus BRS180 and BRS 195 (checks), in an interpolated control design. To estimate the genetic parameters 13 quantitative morphological descriptors were used while the comparison between accesses were made by eleven quantitative and four discrete. High magnitudes of heritability and genetic variation coefficient were found for the agronomic traits evaluated, besides of strong negative correlation between yield x days to earing and protein content. The genetic dissimilarity between access pairs was estimated using Gower’s coefficient and, from this, the optimizing Tocher method and the graphic dispersion distance were applied. The genetic distances varied between 0.025 and 0.572, with mean of 0.256. The accessions were distributed in 18 groups by the Tocher method, which were directly related to the graphic dispersion. The existing genetic divergence in the collection under study, ally to high heritabilities and genetic variation coefficients, allows the identification of accessions to be used in crossing blocs from a breeding programme directed to savannah environment.
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Análise da diversidade genética de isolados brasileiros de Plasmodium malariae / Analysis of the genetic diversity of Brazilian isolates of Plasmodium malariae

Lilian de Oliveira Guimarães 29 June 2012 (has links)
Plasmodium malariae é um parasita protozoário que causa malária em humanos e é geneticamente indistinguível de P. brasilianum, um parasita que infecta macacos do Novo Mundo nas Américas do Sul e Central. P. malariae possui uma ampla distribuição mundial em regiões tropicais e subtropicais, porém de forma pontual, sendo encontrado na América do Sul, Ásia e África. Entretanto, pouco se sabe sobre a genética destes parasitas e a similaridade entre eles pode devido ao pequeno número de sequências genômicas disponíveis para essas espécies de Plasmodium. Recentemente, seis marcadores microssatélites e a sequencia completa do gene que codifica a proteína de superfície do merozoíta 1 (MSP1) foram descritos para estes parasitas. Neste estudo, o polimorfismo genético de 24 isolados brasileiros de P. malariae e P. brasilianum obtidos de diferentes hospedeiros foi analisado através da utilização desses marcadores microssatélites e da região correspondente ao oitavo bloco da MSP1. Os dados epidemiológicos moleculares foram explorados em relação à origem geográfica e hospedeiros. Para todos os marcadores estudados, as amostras de símios apresentaram um polimorfismo mais elevado que as amostras humanas. Na análise de microssatélites, as amostras humanas foram polimórficas em apenas dois alelos, enquanto as amostras de símios foram polimórficas em cinco alelos. O alelo Pm42- 331 foi monomórfico em todas as amostras analisadas. Na análise do bloco 8 da MSP1, as amostras símias foram altamente polimórficas e as amostras humanas apresentaram quatro tipos alélicos, sendo que dois tipos alélicos (A5 e A7) foram encontrados em alta frequência (90%). Em ambas as análises, a amostra de mosquito foi mais similar a amostras simianas. Nossos dados também mostram que há uma possível ausência de dimorfismo alélico na MSP1 de P. malariae e P. brasilianum, ao contrário de outras espécies de Plasmodium. Pela primeira vez, amostras de humanos, símios e mosquito foram analisadas em conjunto e utilizadas para o primeiro estudo de polimorfismos genéticos de isolados de P. malariae e P. brasilianum do Brasil. / Plasmodium malariae is a protozoan parasite that causes malaria in humans and is genetically indistinguishable from P. brasilianum, a parasite infecting New World monkeys in Central and South America. P. malariae has a wide and patchy global distribution in tropical and subtropical regions, being found in South America, Asia, and Africa. However, little is known regarding the genetics of these parasites and the similarity between them could be because until now there are only a very few genomic sequences available from these Plasmodium species. Recently, six microsatellite markers and the complete sequence of the merozoite surface protein 1 (MSP1) gene have been described for these parasites. In this study, the genetic polymorphism of 24 P. malariae and P. brasilianum isolates obtained from different hosts was analyzed using these microsatellite markers and the corresponding region on the block 8 of MSP1. The molecular epidemiological data were explored in relation to geographical origin and hosts. For all markers studied, the simian samples showed a higher polymorphism than human samples. In microsatellite analysis, the human samples were polymorphic only in two alleles, while simian samples were polymorphic in five alleles. The allele Pm42-331 was monomorphic in all samples analyzed. In the analysis of Block 8 of MSP1, the simian samples were highly polymorphic and human samples showed four allele types with two allelic types (A5 and A7) frequently found (90%). In both analyzes, the mosquito sample was more similar to simian samples. Our data also show that there is a likely absence of allelic dimorphism of MSP1 from P. malariae and P. brasilianum, as opposed to other Plasmodium species. For the first time, samples of humans, monkeys and mosquito were analyzed together and used for the first study of genetic polymorphisms in P. malariae and P. brasilianum isolates from Brazil.
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A variabilidade em genes de resposta imune em populações nativas americanas

Lindenau, Juliana Dal-Ri January 2012 (has links)
As populações nativas americanas apresentam uma maior prevalência de doenças infecciosas do que as populações não nativas que habitam o mesmo ambiente. Evidências sugerem que essa maior prevalência seja o resultado de uma maior suscetibilidade às doenças infecciosas. Há uma gama de fatores que são responsáveis por essa maior suscetibilidade, sendo a habilidade de desenvolver uma resposta imune adequada aos patógenos intracelulares o principal deles. Essa habilidade é influenciada, em parte, por fatores genéticos. Vários são os genes relacionados com a diferenciação das células Th0 em Th1 ou Th2. Esses subconjuntos celulares desencadeiam padrões de resposta imune bastante diferenciados que são responsáveis pelo combate aos diferentes antígenos. Estudos que analisaram a suscetibilidade das populações nativas às doenças infecciosas demonstraram uma predominância de um padrão Th2 de resposta imune nesses grupos. Com o objetivo de investigar a variabilidade em genes de resposta imune em ameríndios, neste estudo foram analisados 32 polimorfismos em 18 genes envolvidos com a resposta imune identificados com resistência/suscetibilidade às doenças infecciosas (VDR, SP110, P2X7, PTPN22, IL1β, IL12α, IL12β, IL12Rβ1, IFNγ, IFNγR1, TNFα, TNFR1, IL2, IL4R, IL4, IL8, IL10 e IL6). A amostra foi composta por 98 indivíduos da etnia Aché, 72 indivíduos Guarani-Ñandeva, 72 indivíduos Guarani-Kaiowá e 72 indivíduos Kaingang. A população Kaingang foi polimórfica para todas as variantes analisadas, enquanto que as demais populações apresentaram uma freqüência do alelo menos freqüente (MAF) abaixo de 0,1 em diversos SNPs. As variantes com essa baixa variabilidade foram nos genes SP110, PTPN22, TNF-α, IL-6, IL12Rβ1, IL-10, IFN-γ, TNF-αR1 e IL-12α, associados com um padrão Th1 de resposta imune. O grau de variabilidade dessas populações parece se correlacionar com miscigenação, a população Kaingang é a mais miscigenada e a mais variável, enquanto que a população Aché é não miscigenada e a menos variável. A relação entre baixa diversidade genética em Th1 e predominância de um padrão Th2 poderia explicar, ao menos parcialmente, a alta suscetibilidade das populações ameríndias às doenças infecciosas. A baixa variabilidade observada nesses grupos pode ser o resultado de um efeito fundador, de uma alta taxa de endocruzamento associado com o isolamento durante o processo de formação das tribos ou de seleção natural. Estudos com outras populações ameríndias são necessários para um completo entendimento dos processos evolutivos que moldaram o sistema imune nessa etnia. / The Native Americans have a higher prevalence of infectious diseases than non-native populations living in the same environment. This highest prevalence is the result of a higher susceptibility to infectious diseases. There are several factors that are responsible for this higher susceptibility and the ability to develop adequate immunity to intracellular bacterial pathogens is the main factor. This ability is partly influenced by genetics. There are many genes associated with the Th0 differentiation in Th1 or Th2. These cells subsets trigger differentiated immune response patterns, which are responsible to combat different antigens. Studies that investigated native populations’ susceptibility to infectious diseases showed that they have a predominance of Th2 immune response pattern. The aim of this study was to investigate the variability in response immune genes in Amerindians, considering 32 polymorphisms in 18 genes involves in the immune response, previously identified with resistance/ susceptibility to infectious diseases (VDR, SP110, P2X7, PTPN22, IL1β, IL12α, IL12β, IL12Rβ1, IFNγ, IFNγR1, TNFα, TNFR1, IL2, IL4R, IL4, IL8, IL10 and IL6). The sample was composed by 98 individuals from the Aché population, 72 individuals from Guarani-Ñandeva, 72 individuals from Guarani-Kaiowá and 72 individuals from Kaingang populations. The Kaingang population was polymorphic for all variants investigated. The variants in SP110, PTPN22, TNF-α, IL-6, IL12Rβ1, IL-10, IFN-γ, TNF-αR1 and IL-12α genes showed minor allele frequencies lower than 0.1, which demonstrates that they are not polymorphic in these populations. Overall reduced variability was observed in these genes mainly in those associated with a Th1 immune pattern. degree of variation was associated with admixture; the Kaingang the most admixed population showed more variability than the Aché where no admixture was detected. The relationship between low genetic diversity and Th2 predominance could explain at least partially the high susceptibility of these populations to infectious diseases. The low genetic variability in these genes could be explained through a founder effect or by high inbreeding associated with isolation during the tribalization process. The possibility also exists that these differences might be due to a restricted immune system shaped by natural selection. More Amerindian populations should be investigated to disclose the full spectrum of variation of these immune response genes in Amerindians before a conclusion could be reached.
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Diversidade de Bradyrhizobium elkanii e B. japonicum que nodulam soja em solos do Rio Grande do Sul

Giongo, Adriana January 2007 (has links)
Rizóbios são bactérias aeróbias, Gram-negativas, que fixam nitrogênio atmosférico quando associadas a leguminosas. O gênero Bradyrhizobium é de grande importância na agricultura, pois essas bactérias fixam nitrogênio em simbiose com soja [Glycine max (L.) Merrill]. A caracterização dos rizóbios é fundamental para estudos relacionados à diversidade e à distribuição ecológica desses microrganismos. Três estudos foram conduzidos nesse trabalho: i) uma estratégia baseada em amplificação por PCR para diferenciar Bradyrhizobium japonicum de B. elkanii, utilizando-se seqüências 16S rDNA; ii) a caracterização da variabilidade genética de uma população de bradirrizóbios isolada de um campo experimental, trinta anos após a inoculação de estirpes padrão; iii) a avaliação da variabilidade genética de bradirrizóbios isolados de cinco regiões produtoras de soja no Estado do Rio Grande do Sul (RS) e dos possíveis fatores ambientais que poderiam ser os responsáveis por tal diversidade. Técnicas de biologia molecular foram utilizadas na identificação, ocorrência, distribuição e estudo populacional dos rizóbios, especialmente a amplificação do gene 16S rRNA por PCR, rep-PCR e AFLP.Essas duas últimas técnicas quando combinadas permitiram uma análise mais precisa da variabilidade genética das populações estudadas. O índice de diversidade de Shannon foi utilizado para comparar o grau de diversidade observado nas diferentes populações. Também foi observada uma correlação direta entre o grau de diversidade e o pH do solo. Os resultados obtidos permitiram concluir que as populações de bradirrizóbios que nodulam as lavouras de soja do RS são altamente variáveis, podem persistir nos solos, mesmo na ausência da planta hospedeira, e sofrem influência de fatores bióticos e abióticos. / Rhizobia are Gram-negative aerobic bacteria that fix atmospheric nitrogen in symbiosis with leguminous plants. Bacteria belonging to the Bradyrhizobium genus are very important because they are able to nodulate and fix nitrogen in symbiosis with soybean [Glycine max (L.) Merrill]. Characterization of rhizobia is fundamental in studies concerning the diversity and ecological distribution of these microorganisms. Three studies have been conducted in this work: i) a strategy based on amplification by PCR to differentiate Bradyrhizobium japonicum and B. elkanii using 16S rDNA sequences; ii) the genetic variability assessment of a bradyrhizobial population isolated from an experimental field thirty years after the inoculation with reference strains; iii) the genetic variability characterization of bradyrhizobia isolated from five soybean fields in different regions in Rio Grande do Sul (RS) State and the environmental factors that can influence such diversity. Molecular biology techniques were used for the identification, occurrence, distribution, and studies of rhizobia population, specially the 16S rRNA gene amplification by PCR, rep-PCR and AFLP. When combined, these last two techniques provided an accurate analysis of the genetic diversity of the analyzed populations. Shannon diversity index was used to compare the diversity among different populations.A direct correlation was observed between diversity degree and soil pH. The results obtained have shown that bradyrhizobia nodulating soybean in RS are highly variable and were able to persist in soil even when the host legume was lacking. Besides they have shown to be influenced by abiotic and biotic parameters.
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Análise da diversidade genética e avaliação de características morfofisiológicas associadas à tolerância à seca em diferentes genótipos de trevo branco (Trifolium repens L.) / Genetic diversity analysis and evaluation of morphophysiological traits associated with drought tolerance in different genotypes of white clover (Trifolium repens L.)

Bortolini, Fernanda January 2008 (has links)
O trevo branco (Trifolium repens L.) é uma das mais importantes leguminosas forrageiras de regiões temperadas do mundo, sendo uma das espécies mais utilizadas em pastagens durante o inverno e primavera no Rio Grande do Sul, mas que apresenta problemas de persistência, principalmente no verão, devido às altas temperaturas e à baixa disponibilidade de água nesse período. O objetivo desse trabalho foi analisar a diversidade genética entre os acessos da coleção nuclear de trevo branco proveniente do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA) através de marcadores isoenzimáticos e microssatélites, além de avaliar o efeito da disponibilidade hídrica (90 e 50% da umidade de capacidade de campo do solo) sobre características morfofisiológicas de uma subamostra da coleção. Os acessos foram analisados através de 18 bandas isoenzimáticas (esterase) e nove locos microssatélites (SSR), os quais foram eficientes para detectar a alta diversidade genética existente entre os acessos. Um total de 70 fragmentos de microssatélites foram analisados, obtendo-se uma média de 7,8 alelos por loco e um conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) variando de 0,26 a 0,86, com média de 0,67. A distância genética média através do coeficiente de Nei para os dados de esterase foi 0,73, variando de 0 a 1,79, evidenciando cinco grupos formados para os 47 acessos analisados, enquanto que para os SSR a distância média foi de 0,68, variando de 0,18 a 2,25, classificando os 81 acessos em sete grupos. Em relação à tolerância à seca, verificou-se interação genótipo x nível de água para 12 das 23 variáveis medidas na primeira avaliação e 19 das 32 variáveis analisadas na segunda. Os acessos que se destacaram sob déficit hídrico foram o 75 e o 74, os quais triplicaram e dobraram, respectivamente, a eficiência do uso da água, apresentando maior média de comprimento de entrenós e conseqüentemente, maiores produções de matéria seca de parte aérea. Portanto, esse trabalho representa uma contribuição no estudo da variabilidade genética e na caracterização dos acessos que compõem a coleção nuclear da espécie, tanto através de marcadores bioquímicos e moleculares, como através de marcadores morfofisiológicos sob condições de estresse hídrico. / White clover (Trifolium repens L.) it is one of the most important forage legumes in temperate regions of the world, being one of the most used species in pastures during the winter and spring in Rio Grande do Sul, which has persistence problems, mainly in the summer, due to the high temperatures and the low water availability in that period. The work was aimed to analyze the genetic diversity among the accessions from the white clover core collection obtained from the United States Department of Agriculture (USDA) through isozymes and microsatellite markers, besides evaluating the effect of water availability (90 and 50% of the soil moisture field capacity) on morphophysiological traits of a sample of the collection. The accessions were analyzed through 18 isozyme bands (esterase) and nine microsatellites loci (SSR), which were efficient to detect the high existent genetic diversity among the accessions. A total of 70 SSR fragments was analyzed, obtaining an average of 7,8 alleles per locus and, a PIC varying from 0,26 to 0,86, with average of 0,67. The medium genetic distance through Nei's coefficient for the esterase data was 0,73, varying from 0 to 1,79, evidencing five groups formed for the 47 analyzed accessions, while for SSR the medium distance was 0,68, varying from 0,18 to 2,25, classifying the 81 accessions in seven groups. In relation to drought tolerance, there was interaction genotype x level of water for 12 of the 23 measured variables in the first evaluation, and 19 of the 32 variables analyzed in the second. The best accessions under water deficit were 75 and 74, which triplicate and double, respectively, the water use efficiency, showing larger internodes length and consequently larger productions of MSPA. Therefore this work represents a contribution to the study of the genetic variability and to the characterization of the accessions of the core collection of the specie, through biochemical and molecular markers, as well as through morphophysiological markers under water stress conditions.

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