The purpose of the following study was to advance the science of leadership emergence by taking a process-oriented approach to understand the dyadic micro-level interacts that underlie the emergence of leader-follower relationship. While most leadership emergence research focuses mainly on attributes, behaviors, or perceptions of individuals and neglects the multi-level, temporal and contextual of the emergence leaders, this study focuses on dyads' attributes, behaviors and perceptions and considers the teams, over time, and in situ. Individuals worked together in teams over the course of four weeks to accomplish a task, and their verbal interactions were recorded and coded. Attributes of dyads and dyadic perceptions of leader-follower relationship emergence were collected. Results showed dyads that were more similar in leadership self-efficacy were more likely to engage in symmetrical types of interactions. Furthermore, the more dyads engaged in such symmetrical exchanges, the more likely they were to both see each other as leaders, than to both not see each as leaders. Contrary to expectations, no significant results were found for the effect of dyadic dissimilarity on dyadic interactions, or for the effect of complementary interactions of leader-follower relationship emergence. Implications of these findings are discussed. / Ph. D.

Soybean (Glycine max (L.) Merr) cultivars with genetic reduction in seed phytate concentration will be a valuable resource to livestock producers both nutritionally and economically, as well as in the preservation of the environment. However, due to association with reduced seed germination and field emergence potential, low phytate (LP) soybean cultivars are not being advanced to commercialization. Soybean breeders of LP lines must adjust their techniques and resources in order to efficiently select LP germplasm. Reduced seed germination and field emergence potential associated with LP germplasm eliminates many individuals with the desired LP trait during early generation population development, making improvement of agronomic performance among LP lines difficult. Thus, development of resources for improved phenotyping, genotyping, and early generation population development will facilitate the commercialization of LP cultivars. Discovery of variation for field emergence potential among F2-derived LP families suggests the potential for using a pedigree method for early generation population development in LP germplasm, as it preserves diversity and allows selection for improved field emergence. Integration of markers into a pedigree method will be useful to breeder. An example is BARCSOYSSR_11_1495 with 90-93% selection efficiency in various V99-5089-derived populations. Another resource for improved LP selection is a time-efficient, high-throughput modified iron (Fe) colorimetric phytate assay that does not suffer from inorganic phosphorus (P) concentration interference. Together these tools will provide breeders more accurate selection of LP lines. / Master of Science

Shifting Surfaces is an MFA thesis exhibition comprised of screenprints and sculptures. The written thesis contains documentation of the exhibition and a selection of related works, focusing on the progression of research and artmaking which led to the development of a new visual language. Shifting Surfaces employs emergent phenomena and abstraction to evoke the enmeshed relationship between bodies, ecology, and technology. / Master of Fine Arts / Shifting Surfaces is an MFA thesis exhibition comprised of screenprints and sculptures. The written thesis contains documentation of the exhibition and a selection of related works, focusing on the progression of research and artmaking which led to the development of a new visual language. Shifting Surfaces employs emergent phenomena and abstraction to evoke the enmeshed relationship between bodies, ecology, and technology.

Les bactéries des microbiotes vivent avec l'homme une interaction mutualiste et tout facteur perturbant l'une ou l'autre des parties peut rompre l'équilibre établi engendrant diverses modifications des interactions. Les staphylocoques sont des bactéries opportunistes prévalentes et diverses au sein du microbiote des enfants. Deux modèles complémentaires et d'intérêt clinique majeur ont été utilisés dans le but de 1) décrire la dynamique d'implantation du microbiote digestif chez le très grand prématuré et la transmission de bactéries pathogènes dont les staphylocoques à coagulase négative par voie digestive via le lait maternel, 2) rechercher et caractériser des bactéries opportunistes présentant une résistance aux antibiotiques émergente dans une niche écologique complexe en prenant l'exemple de Staphylococcus aureus de sensibilité diminuée aux glycopeptides (GISA/hGISA) dans les voies respiratoires au cours de la mucoviscidose.Staphylococcus epidermidis est l'espèce prédominante dans les selles des nouveau-nés prématurés. Le lait maternel même pasteurisé est porteur de staphylocoques à coagulase négative. Au niveau des populations, un répertoire d'espèces similaire est retrouvé dans le lait cru, le lait pasteurisé, les selles et le sang. L'étude des cas montre une clonalité entre des souches du lait avant pasteurisation, des selles et du sang. La transmission du streptocoque du groupe B par le biais du lait maternel lors des infections tardives est un exemple de l'hypothèse physiopathologique proposée.Cinq cas de souches S. aureus GISA/hGISA dans le microbiote respiratoire des sujets atteints de mucoviscidose sont décrits. Ces résistances retrouvées chez 4,7% des patients atteints de mucoviscidose et colonisés/infectés par S. aureus ont des caractéristiques atypiques, 3 souches sur 8 étant méticillinosensibles. De plus, les facteurs de risque d'acquisition et de sélection classiquement décrits pour S. aureus GISA/hGISA ne sont pas systématiquement présents, suggérant un rôle particulier de la niche pathologique constituée par les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose dans l'émergence de ces souches.La dynamique de transmission et d'émergence de pathogènes opportunistes au sein des microbiotes est un élément de connaissance considérable pour améliorer la prévention des infections et anticiper de la prise en charge chez de patients de plus en plus fragiles. / Staphylococci are prevalent opportunistic bacteria in children' microbiota. Two models were used in order to 1) describe the dynamic of colonization of the digestive microbiota in premature neonate and the transmission of pathogenic bacteria as coagulase negative staphylococci from the gastrointestinal tract via breast milk, 2) search and characterize opportunistic bacteria with emerging antibiotic resistance in a complex microbiota with the example of Staphylococcus aureus with reduced susceptibility to glycopeptides in respiratory tract in cystic fibrosis.

Dans les années 1990, une modification majeure s’est opérée dans le secteur de la prestation logistique. Le Prestataire de Services Logistiques «traditionnel» (3PL) s’est orienté vers une version plus moderne, le Fourth Party Logistics (4PL™), qui se distingue de ses prédécesseurs par son expertise en matière de conception et de pilotage opérationnel de la chaîne logistique d’un Chargeur.En nous intéressant à leur apparition, nous avons cherché à apporter des éléments de compréhension à l’émergence de nouvelles configurations organisationnelles dans le champ de la logistique. A l’origine, nous avons supposé que la dynamique innovation - apprentissage se situait au cœur du processus d’émergence des 4PL™. Afin de valider ou de réfuter cette hypothèse, nous nous sommes intéressé aux courants théoriques majeurs traitant de l’innovation et de l’apprentissage. Nous nous sommes aperçu que nous manquions d’un cadre théorique global qui nous permette d’appréhender l’influence de la dynamique innovation -apprentissage dans l’émergence d’une nouvelle configuration organisationnelle.Une étude exploratoire puis l’étude d’un cas unique nous ont permis de découvrir que le 4PL™concerné émerge progressivement grâce à un processus de propagation de la combustion associant les connaissances et les interactions des parties prenantes de la chaîne logistique étudiée. / In the 1990s, a major change occurred in logistics services. The «traditional» Third Party Logistics(3PL) moved towards a new version, the Fourth Party Logistics (4PL™), which differs from its predecessors by its expertise in design and operational management of supply chains. By focusing on their appearance, we sought to understand the emergence of new organizational configurations in the field of logistics. Originally, we assumed that the innovation - learning dynamic was the main reason for the emergence of 4PL™.To validate or refute this hypothesis, we were interested in relevant theories dealing with innovationand learning. We realized that we lacked a comprehensive theoretical framework that allowed us to discern the influence of innovation - learning dynamic.We found, after an exploratory study and the study of a single case, that the 4PL™ emerged gradually (in the supply chain under consideration) through a process of propagation of combustion involving knowledge and interactions of stakeholders.

Ce travail de thèse, s'inscrit dans une vision où la mémoire est considérée comme un système unique conservant l'ensemble de nos expériences vécues sous forme de traces multidimensionnelles, c'est-à-dire reflétant les propriétés sensori-motrices de nos expériences passées. De plus, dans cette perspective, les connaissances ne sont pas récupérées en mémoire (i.e. mémoire de contenu) mais émergent de l'interaction entre la situation actuelle et les traces de situations passées (i.e. mémoire des processus). Cette émergence des connaissances est le produit de la dynamique de mécanismes d'activation et d'intégration (modèle Act-In, Versace et al, 2014). Notre objectif était d'étudier l'influence de cette dynamique sur l'efficacité d'une activité discriminante, c'est-à-dire sur notre capacité à distinguer une connaissance d'une autre connaissance (e.g. rappel, reconnaissance). Nous avons alors réalisé deux séries d'expériences, afin de montrer que cette efficacité dépend à la fois des caractéristiques de la trace (i.e. distinctivité de la trace) et de celles de la situation (i.e. similarité entre les indices de récupération et les traces). Dans un premier temps, nous avons choisi de manipuler la distinctivité de la trace par le biais d'un paradigme d'isolation. Dans un deuxième temps nous nous sommes centrés sur la similarité motrice entre la situation de récupération et les traces d'expériences passées. La difficulté à observer des différences significatives (1ère série d'expériences) et l'originalité de certains résultats (2ème série d'expériences) tendent à confirmer l'idée d'une mémoire permettant la construction d'un comportement en réponse à une situation donnée. / This thesis is part of a vision where memory is considered as a unique system maintaining all of our experiences in multidimensional memory traces, that is to say, reflecting sensorimotor properties from our past experiences. Moreover, from this perspective, knowledge is not retrieved in memory (i.e. memory content), but emerges from the interaction between the current situation and traces of past situations (i.e. memory processes). This emerging knowledge is the product of the dynamics of activation and integration mechanisms (Act-In Model, Versace et al, 2014). Our objective was to investigate the influence of these dynamics on the effectiveness of discriminant activity, that is to say, our ability to distinguish one specific knowledge from other ones (e.g. recall, recognition). We then conducted two sets of experiments to show that this efficiency depends on both the characteristics of the memory trace (i.e. trace distinctiveness) and those of the situation (i.e. similarity between the retrieval cues and memory traces). Primarily, we chose to manipulate the trace distinctiveness through an isolation paradigm. Secondly we focused on motor similarity between the retrieval situation and traces of past experiences. The difficulty to observe significant differences (first serie of experiments) and the originality of some results (second serie of experiments) tend to support the idea of a memory allowing the construction of behavior in response to a given situation.

De nombreux primates d'Afrique sont infectés par les SIV et SLTV en particulier par ceux reconnus comme les ancêtres du VIH et HTLV à l'origine de graves épidémies chez l'homme. Des humains en Afrique continuent d'être exposés à ces virus lors des activités liées à la chasse. Ainsi le risque de transmissions inter-espèces des rétrovirus des primates aux humains persiste toujours dans cette région. Nous avons montré que le mangabey agile est infecté par un SIVagi phylogénétiquement très proche du SIVrcm infectant le mangabey à collier blanc au Cameroun. Nous avons montré aussi que les SIVdeb infectant les cercopithèques de Brazza se regroupent phylogénétiquement selon leurs régions géographiques d'origine non seulement à travers l'Afrique Equatoriale mais aussi à l'intérieur même du Cameroun. Nous avons adapté et validé un outil sérologique (Luminex) qui permet de tester près de 34 antigènes SIV/HIV simultanément. Cet outil et d'autres nous ont permis ensuite de documenter une prévalence globale élevée d'infection SIV et STLV chez les singes chassés pour la viande de brousse en RDC, particulièrement chez les espèces les plus consommées. De nouvelles lignées de SIV et STLV ont aussi été décrites. Par ailleurs, nous avons montré pour la première fois que les fécès peuvent être utilisés pour la détection des STLV chez les bonobos qui sont naturellemnt infectés par les STLV-2 et 3. En revanche, aucune évidence d'infection SIV chez les bonobos n'a été observée. Les travaux de cette thèse contribuent à l'amélioration des connaissances sur les infections rétrovirales chez les primates non humains au Cameroun et en RDC, complètent les informations disponibles sur les réservoirs du VIH-1 et HTLV et enfin fournissent des éléments d'appréciation du risque de transmission de ces virus à l'homme en RDC et au Cameroun. / SIVs and SLTVs infecting apes and monkeys in Africa are the progenitors of HIV and HTLV. Numerous African non-human primates are infected with SIV and STLV and humans continue to be exposed to these viruses by hunting and handling of primate bushmeat. Therefore the risk of cross-species transmissions from primates to humans is still persistent. We showed that SIVagi infecting captive agile mangabey is most closely related to SIVrcm from a wild-caught red capped mangabey from Cameroon. We observed also phylogeographic clustering among SIVdeb strains from Cameroon, DRC and Uganda, but also among distinct areas in Cameroon. We adapted and evaluated a novel high troughput immune assay that included 34 different HIV and SIV antigens in a single well. Using this tool and others, we found a high SIV and STLV prevalence especially among the most hunted monkeys in DRC. We identified also new SIV and STLV lineages. On the other hand, we did not find any evidence of SIV infection in bonobos. However, we showed, for the first time, that fecal samples could be used to detect STLV infection in bonobos that are naturally infected with STLV-2 and 3. The results obtained during this thesis contribute to the improvement of our knowledge on retroviral infections in nonhuman primates from Central Africa, complete information on HIV and HTLV reservoirs and provide background information on human transmission risk of these infections in central Africa especially in DRC.

Le coworking est un phénomène émergent du 21e siècle. L’ouverture du premier espace de coworking à Paris remonte à 2008. Ce travail de recherche a été mené entre 2015 et 2018 à partir d’une autoethnographie. Le chercheur a pris les rôles de manager de communauté tout en cultivant des perspectives à la fois critiques et phénoménologiques. Il s’agissait de comprendre le phénomène « de l’intérieur ». A partir de deux terrains et d’une exploration plus large de l’écosystème parisien du coworking, la thèse identifie douze pratiques de légitimation du coworking qui ont peu à peu contribué à l’émergence d’un véritable champ du coworking. Parallèlement, ces pratiques de légitimation ont remis en question la place de l’individu dans la communauté et dans la société. En complément de la théorie institutionnelle et de la phénoménologie, nous analysons cette évolution à partir la tradition anarchiste humaniste. / Coworking is an emerging phenomenon of the 21st century. The first coworking space in Paris opened in 2008. This research work has been conducted between 2015 and 2018 through an autoethnographic research design. I used to work as a community manager while cultivating both critical and phenomenological perspectives. This work aims at understanding the phenomenon "from the inside". Based on two fieldworks and a broader exploration of the Parisian ecosystem of coworking, the thesis identifies twelve practices of legitimation of coworking that have gradually contributed to the emergence of the field of coworking. At the same time, these legitimizing practices have challenged the position of the individual in the community and in society. In addition to institutional theory and phenomenology, I analyze this phenomenon from the anarchist humanist tradition.

Les changements phénotypiques et génétiques consécutifs au processus de domestication et plus largement du passage d'un environnement sauvage aux agro-écosystèmes sont bien décrits chez les espèces végétales. Cependant, l’impact de ces changements de traits d'histoire de vie sur les populations de pathogènes infectant les hôtes domestiqués a jusqu’alors été très peu abordé. En particulier,quelles sont les conséquences sur les traits d’histoire de vie des pathogènes du passage d’un milieu sauvage caractérisé par une grande hétérogénéité d’hôtes à des agro-écosystèmes bien plus denses et homogènes génétiquement? Est-ce que le génome des pathogènes porte des signatures de changements démographiques ou de sélection en relation avec la domestication de leurs hôtes ? Ces questions traitées dans le cadre de la présente thèse ont porté sur le champignon Venturiainaequalis, agent pathogène de la tavelure du pommier, qui partage en Asie Centrale le même centre d’origine que son hôte endémique sauvage Malus sieversii. Les travaux reposent principalement sur 1)l'étude du passage de souches sauvages virulentes sur pommier résistant VF expliquant le contournement rapide de cette résistance et 2)l'étude de génomique des populations et de variations phénotypiques comparant une population de V. inaequalis échantillonnée sur M.sieversii au Kazakhstan, préalablement identifiée comme étant une relique de la population ancestrale, et d'une population Kazakhe de milieu anthropisé. Ces deux populations sont génétiquement différenciées et partiellement isolées reproductivement. L’utilisation des deux méthodes d’inférence l'une l'ABC et l'autre dadi basées sur l’alignement de 10 994 gènes échantillonnés au sein des deux populations révèlent une histoire complexe de contact secondaire, où le champignon aurait dans un premier temps « suivi » la plante hôte à travers le monde au cours de la domestication (modèle de l'hosttracking) puis échangerait à nouveau depuis peu des gènes avec la population ancestrale au Kazakhstan. Cette situation originale de remise en contact secondaire favorisant la mise en évidence d’incompatibilités génétiques, permet à la fois d’envisager de détecter des gènes impliqués dans l’adaptation à l’habitat (pommier cultivé versus Malus sieversii) et dans l’isolement reproductif post-zygotique. L’analyse des 36 génomes séquencés a ainsi permis d’identifier plus de 602 gènes présentant un indice de différentiation (Fst) supérieur à 0,7 autant de gènes verrous faisant potentiellement obstacle aux flux de gènes homogènes entre ces deux populations. Enfin, l’analyse phénotypique de ces deux populations montre que la domestication du pommier a profondément modifié les traits d’histoire de vie de V. inaequalis liés à sa dispersion. L’ensemble de ces analyses a donc permis d’identifier des locus candidats potentiellement impliqués dans des modifications des traits d’histoire de vie, et dans des barrières géniques, en lien avec la domestication du pommier. / Phenotypic and genetic changes occurring during the process of domestication are well described in plants. However, the impact of domestication in life history traits of their pathogens has been poorly studied. In particular, what are the consequences on the life history traits of pathogens that switch from the wild habitat characterized by a high host genetic and spatial heterogeneity to a much more dense and genetically homogeneous agroecosystems? Have pathogen’s genomes particular signatures of demographic changes or of selection related to the domestication of their host? Here we focused on the fungus Venturia inaequalis, causal agent of apple scab, that shares in Central Asia the same center of origin of its wild endemic host Malus sieversii. In the first part of this work we retrace evolutionary history of a population from the wild that was responsible for the rapid breakdown of the Vf resistance gene in apple orchards. We then highlight the threat of wild habitat to scab resistance apple cultivars and thus the necessity to take into account the wild in the management of resistance genes. In the second part, a comparative study based on phenotypic and genomic data was carried out between two populations sampled in Kazakhstan on M. sieversii, either in anthropized areas or in non anthropized area, the latter being identified as a relic of the ancestral population of V. inaequalis. These two populations were genetically differentiated and partially reproductively isolated. The use of two methods of inference (ABC and dadi) based on the alignment of 10 994 genes sampled in the two populations revealed a complex history of a secondary contact event. The fungus would have first followed its host worldwide by "Host-tracking" during the domestication process and then very recently it would re-exchange genes with its ancestral population in Kazakhstan. Secondary contact context is particularly favorable to detect genetic incompatibilities, this particular situation could then allow identification of genes involved in adaptation to habitat (cultivated apple versus M. sieversii) and in post-zygotic reproductive isolation. Analysis of 36 sequenced genomes has identified more than 602 genes with an index of differentiation (Fst) greater than 0.7, what represents numerous candidates genes of potential barriers to homogeneous gene flow between these two populations. Comparative phenotypic analysis between these two populations such spores size and capacity to sporulate showed that apple domestication would have also modified life history traits of V. inaequalis related to its dispersion. This study has allowed identification of candidate loci potentially involved in changes in life history traits, and genetic barriers in pathogen related to the domestication of apple.

Ma thèse développe deux parties. La première considère que la psychologie expérimentale doit clarifier son positionnement épistémologique pour clarifier la validation formelle de sa démarche, sans forcément devoir se référencer au cadre de la Science Physique. A partir d’une réflexion critique, je propose de décaler le cadre épistémologique en psychologie et de poser clairement un cadre pragmatique-réaliste. La thèse essentielle défendue dans ce travail est : 1/ les propriétés mentales doivent être comprises comme des phénomènes émergents, ce qui implique que leurs analyses ne peuvent se faire ni au niveau neuronal, ni au niveau de la dynamique interne de processus cognitifs, mais nécessairement au niveau de ces phénomènes émergents ; 2/ pour analyser les propriétés mentales comme formes émergentes, la psychométrie a besoin d’user de concepts qui sont en tension permanente entre une objectivité et une intersubjectivité ; en conséquence, la psychométrie doit affirmer une démarche pragmatiste-réaliste, en rupture avec l’empirisme-réaliste classique ; 3/ une approche pragmatiste-réaliste, basée entre autre sur l’abduction, permet de dépasser les contradictions pointées dans la littérature académique sur les propriétés mentales et leurs mesures ; 4/ un cadre de mesure de propriétés mentales par des variables latentes devient dès lors possible si ce cadre est compris lui aussi comme pragmatiste-réaliste ; 5/ mais ce recours au pragmatisme-réaliste renvoie en conséquence une critique à la fois des modèles avec variables latentes développés dans la littérature académique et les usages sociaux de ces modèles. La seconde partie de ma thèse porte sur un cadre particulier de formalisation des variables latentes : le cadre formatif. Je développe des simulations Monte Carlo pour vérifier le spectre des paramètres permettant une mesure formative efficiente dans le cadre d’un positionnement réaliste-empirique. / My thesis considers that experimental psychology must clarify its epistemological position to clarify the formal validation of its approach, without necessarily having to refer to the framework of Science Physics. From a critical reflection, I propose to shift the epistemological framework in psychology and clearly pose a pragmatic-realistic framework. The main thesis of this work is: 1 / mental properties must be understood as emerging phenomena, which implies that their analysis can not be done nor at the neuronal level, nor at the internal dynamics of cognitive processes, but necessarily at these emerging phenomena; 2 / to analyze the mental properties as emerging forms, psychometrics need to use concepts that are in permanent tension between objectivity and intersubjectivity; accordingly, psychometrics must assert a pragmatic-realist approach, breaking with classical empiricism-realistic; 3 / a pragmatist-realistic approach, based among other things on the abduction, can overcome the contradictions pointed in the academic literature on mental properties and their measurements; 4 / a framework for measuring mental properties by latent variables becomes possible if the framework is also understood as a pragmatic-realist; 5 / but use realistic-pragmatic returns accordingly critical of both models with latent variables developed in the academic literature and the social uses of these models. The second part of my thesis focuses on a specific part of formalization of latent variables: the formative model. I develop Monte Carlo simulations to check the range of parameters for efficient formative measure as part of a realistic-empirical positioning.