Doctor of Philosophy / Department of Mathematics / Marianne Korten / Charles N. Moore / We start with linear single variable conservation laws and examine the conditions under which a local extrapolation method (LEM) with upwinding underlying scheme is total variation diminishing TVD. The results are then extended to non-linear conservation laws. For this later case, we restrict ourselves to convex flux functions f, whose derivatives are positive, that is, fœ A0 and fœ A0. We next show that the Goodman-LeVeque flux satisfies the conditions for the LEM to be applied to it. We make heavy use of the CFL conditions, the geometric properties of convex functions apart from the martingle type properties of functions which are increasing, continuous, and differentiable.

Cette thèse contribue à un ensemble de travaux consacrés à l’étude d’un schéma ENO centré-sommet (CENO) d’ordre élevé ainsi qu’à l’adaptation de maillage anisotrope pour des calculs de Mécaniques des Fluides précis à l’ordre 3. La première partie des travaux de cette thèse est consacré à une analyse approfondie de la précision du schéma CENO et à la création de termes correcteurs pour améliorer ses propriétés dispersives et dissipatives en une et deux dimensions. On propose un schéma CENO quadratique précis à l’ordre 3, puis cubique précis à l’ordre 4, pour les équations d’Euler des gaz compressibles, ainsi qu’ une première version du schéma avec capture de choc monotone. La deuxième partie des travaux est consacrée à la mise au point d’une plateforme numérique d’adaptation de maillage anisotrope multi-échelle et basée fonctionnelle intégrant le schéma CENO. Nous proposons un nouvel estimateur d’ordre 3 du schéma quadratique basé sur une reconstruction de hessien équivalent et son application à des simulations d’acoustiques instationnaire et de Scramjet stationnaire utilisant nos limiteurs. / This thesis presents to an assembly of work dedicated to the study of high order vertex-centred ENO scheme (CENO) and to anisotropic mesh adaptation for third-order accurate Fluid Mecanics problems. The thesis is structured in two parts. The first part is devoted to a thorough analysis of the CENO scheme accuracy and to the constuction of some corrector terms meant for improving the dissipative and dispersive properties for 1D and 2D numerical problems. We proposed a quadratique third-order accurate CENO scheme, then a cubic fourth-order accurate one, applied to Euler equations for compressible flows. A first monotone, shock capturing version of these scheme is also introduced in the first part. The second part of the thesis focuses on the implementation of a numerical platform for anisotropic multi-scale and goal-oriented mesh adaptivity involving the CENO scheme. A new third-order error estimator for the quadratic scheme is proposed, here based on a reconstuction of the Hessian. Numerical exemples for unsteady acoustic problems and a steady Scramjet problem computed with monotony preserving limiters are presented for validation of the theoretical results.

No description available.

[ES] La presente tesis "Vías de inmovilización de biomoléculas sobre SU-8 y otras superficies poliméricas para su utilización en biosensado óptico sin marcaje" tiene como objetivo el diseño, desarrollo y evaluación de diferentes métodos de anclaje de biorreceptores en distintos materiales, en formato de micromatriz, con aplicación en biosensado. En la actualidad sigue siendo un área de creciente interés desarrollar nuevos sistemas de análisis para la detección de analitos, más sensibles y selectivos, con tiempos de análisis reducidos, miniaturizables y automatizables. Estos desarrollos pueden aplicarse en dispositivos biosensores que encuentran su aplicación en campos tan diversos como diagnóstico clínico, medicina forense y medio ambiente. Con el objetivo de desarrollar biosensores con prestaciones mejoradas se estudiaron estrategias de inmovilización de sondas sobre el soporte de ensayo basadas en el empleo de hidrogeles. En una primera fase, los desarrollos se realizaron usando tecnología de micromatrices de fluorescencia, que permite utilizar una menor cantidad de muestra y analizar múltiples analitos y muestras a la vez, reduciendo el tiempo de análisis y el coste Posteriormente, los desarrollos ya optimizados se emplearon para la puesta a punto de un biosensor óptico sin marcaje de tipo BICELL (Biophotonic Sensing Cells) en colaboración con la UPM (Universidad Politecnica de Madrid), que se aplicaron a sistemas modelo y a problemas reales. Asimismo, y en colaboración con el Centro de Tecnología Nanofotónica de la UPV, se implementó la estrategia de inmovilización a través del uso de hidrogeles, en biosensores ópticos sin marcaje constituidos por guías de ondas corrugadas. En este caso, además de la inmovilización a través de hidrogeles, se estudió un método de inmovilización covalente de fragmentos de anticuerpos que permitió su fijación orientada y muy próxima a la superficie del sensor. La tesis se estructura en seis capítulos. En el Capítulo 1 se da una visión general del concepto de biosensado, atendiendo a las distintas clasificaciones y los diferentes aspectos que hay que considerar en su diseño. En el Capítulo 2 se plantean los objetivos generales y particulares de la tesis. El Capítulo 3 plantea la aplicación de dos hidrogeles fotoinducidos derivados de fosforicolina y dextrano para mejorar la inmovilización de biomoléculas en formato micromatriz, sobre superficies planas y usando el formato de micromatriz de fluorescencia para realizar ensayos de detección con proteínas y oligonucleótidos. La polimerización del gel y el anclaje de las sondas se lleva a cabo simultáneamente mediante la utilización de reacciones fotoinducidas empleando la química click de acoplamiento tiol-eno. En el Capítulo 4 se implementa el método desarrollado en micromatriz con uno de los hidrogeles en dos tipos de biosensores interferométricos sin marcaje fabricados en SU-8. Con ambos sensores se detecta CRP en suero con muy buena sensibilidad (, LOD de 21 pg/mL). Por otro lado, esta estrategia se ensaya también en sensores nanofotónicos basados en guías de ondas corrugadas con resultados prometedores. En este capítulo también se pone a punto y se evalúa en tiempo real la inmovilización de fragmentos de anticuerpo sobre la superficie del sensor nanofotónico, mediante la reacción de acoplamiento tiol-eno inducida por luz UV. La monitorización en tiempo real permite demostrar el papel indispensable de la luz en el proceso de inmovilización. Utilizando esta aproximación se ensaya la detección sin marcaje de tres biomarcadores cardíacos de interés (CRP, cTnI/T y Mioglobina). El quinto capítulo se dedica a la descripción detallada de todos los procedimientos experimentales que se llevan a cabo en los Capítulos 3 y 4. Finalmente, el Capítulo 6 recoge las conclusiones alcanzadas a partir de los resultados obtenidos en el desarrollo de la tesis doctoral. / [EN] This thesis "Biomolecule immobilization approaches on SU-8 and other polymer surfaces for label-free optical biosensing" aims to design, develop and evaluate different methods for anchoring bioreceptors in different materials, in a microarray format, with application in biosensing. Currently, it is still an area of growing interest to develop new analysis systems for the detection of biomolecules, being more sensitive and selective, with reduced analysis time, miniaturizable and automatable. These developments can be applied in biosensing devices that find utility in fields as diverse as clinical diagnosis, forensic medicine and environmental monitoring. To develop biosensors with improved performance, here strategies for immobilization of probes on the test support based on the use of hydrogels were studied. In a first phase, the developments were carried out using microarray technology, which uses lower amount of sample and can analyze multiple targets and samples at the same time, reducing tests time and cost. Subsequently, the optimized developments were used to develop, in collaboration with UPM (Polytechnic University of Madrid), a label-free optical biosensor based onBICELLs (Biophotonic Sensing Cells), which were applied to model systems and real samples. Likewise, and in collaboration with the Nanophotonic Technology Center at UPV, the hydrogel-based immobilization strategy was implemented in other label-free nanophotonic biosensors consisting of corrugated waveguides. In this case, in addition to immobilization through hydrogels, we studied a method of covalent immobilization of antibody fragments that allowed them to be oriented and very close to the sensor surface. Thus the thesis is organized into six chapters. Chapter 1 gives an overview of the concept of biosensing, and takes into account the different classifications and different items that must be considered in its design. Chapter 2 sets out the general and particular objectives of the thesis. Chapter 3 discusses the application of two photoinduced hydrogels, derived from phosphoricoline and dextran, respectively, to improve the immobilization of biomolecules in microarray format, on planar surfaces and using the fluorescence microarray format to perform detection assays with proteins and oligonucleotides. The polymerization of the gel and the anchoring of the probes are carried out using photoinduced reactions using the thiol-ene coupling click chemistry, and derivatives, performing both steps simultaneously. In Chapter 4 the method developed with one of the hydrogels in microarray format is transferred to two types of SU-8 based interferometric label-free biosensors. Both biosensors detected CRP in blood serum with very good sensitivity (LOD de 21 pg/mL). Besides, this strategy is also tested on nanophotonic sensors based on corrugated waveguides with promising results. In this chapter, immobilization of antibody fragments on the surface of the nanophotonic sensor is also performed and assessed in real time by the UV light-induced thiol-ene coupling reaction. Real-time monitoring shows the essential role of light in the immobilization process. Using this approach, the label-free detection of three cardiac biomarkers of interest (CRP, cTnI / T and Myoglobin) is tested. The fifth chapter is devoted to the detailed description of all the experimental procedures that are carried out in chapters 3 and 4. Finally, Chapter 6 collects the conclusions reached from the results obtained in the development of the doctoral thesis. / [CA] La present tesi "Vies d'immobilització de biomolècules sobre SU-8 i altres superfícies polimèriques per a la seva utilització en biosensado òptic sense marcatge" té com a objectiu el disseny, desenvolupament i avaluació de diferents mètodes d'ancoratge de bioreceptors en diferents materials, en format de micromatriu , amb aplicació en biosensat. En l'actualitat segueix sent una àrea de creixent interès desenvolupar nous sistemes d'anàlisi per a la detecció de biomolècules, que siguen més sensibles i selectius, amb temps d'anàlisi reduïts, miniaturizables i automatitzables. Aquests desenvolupaments poden aplicar-se en dispositius biosensors que troben la seva utilitat en camps tan diversos com diagnòstic clínic, medicina forense i medi ambient. Amb l'objectiu de desenvolupar biosensors amb prestacions millorades es van estudiar estratègies d'immobilització de sondes sobre el suport d'assaig basades en l'ús de hidrogels. En una primera fase, els desenvolupaments es van realitzar usant tecnologia de micromatrius, que permet utilitzar una menor quantitat de mostra i analitzar múltiples dianes i mostres alhora, reduint el temps d'anàlisi i el cost Posteriorment, els desenvolupaments ja optimitzats es van emprar per a la posada a punt d'un biosensor òptic sense marcatge de tipus BICELL (Biophotonic Sensing Cells) en col·laboració amb la UPM (Universitat Politècnica de Madrid), que es van aplicar a sistemes model i als problemes reals. Així mateix, i en col·laboració amb el Centre de Tecnologia Nanofotònica de la UPV, es va implementar l'estratègia d'immobilització a través de l'ús de hidrogels, en biosensors òptics sense marcatge constituïts per guies d'ones corrugades. En aquest cas, a més de la immobilització mitjançant hidrogels es va estudiar un mètode d'immobilització covalent de fragments d'anticossos que va permetre la seva unió orientada i molt propera a la superfície del sensor. Així donç, la tesi s'estructura en sis capítols. En el capítol 1 es dóna una visió general delconcepte de biosensat, atenent les diferents classificacions i els diferents aspectes que cal considerar en el seu disseny. En el capítol 2 es plantegen els objectius generals i particulars de la tesi. El Capítol 3 planteja l'aplicació de dos hidrogels fotoinduïts derivats de fosforicolina i dextrà respectivament per millorar la immobilització de biomolècules en format micromatriu, sobre superfícies planes i usant el format de micromatriu de fluorescència per a realitzar assajos de detecció amb proteïnes i oligonucleòtids. La polimerització dell gel i l'ancoratge de les sondes es porta a terme simultàniament mitjançant la utilització de reaccions fotoinducides emprant la química click d'acoblament tiol-eno, i derivades. En el capítol 4 s'implementa el mètode desenvolupat en micromatriu amb un dels hidrogels en dos tipus de biosensors interferométricos sense marcatge basats en SU-8. Amb tots dos sensors es detecta CRP en sèrum sanguini amb molt bona sensibilitat (LOD de 21 pg/mL). D'altra banda, aquesta estratègia s'assaja també en sensors nanofotònics basats en guies d'ones corrugades amb resultats prometedors. En aquest capítol també es posa a punt i s'avalua en temps real la immobilització de fragments d'anticòs sobre la superfície del sensor nanofotònic, mitjançant la reacció d'acoblament tiol-eno induïda per llum UV. El monitoratge en temps real permet demostrar el paper indispensable de la llum en el procés d'immobilització. Utilitzant aquesta aproximació s'assaja la detecció sense marcatge de tres biomarcadors cardíacs d'interès (CRP, cTnI / T i Mioglobina). El cinquè capítol es dedica a la descripció detallada de tots els procediments experimentals que es duen a terme en els capítols 3 i 4. Finalment, el Capítol 6 recull les conclusions assolides a partir dels resultats obtinguts en el desenvolupament de la tesi doctoral. / Agradecer a la financiación de esta investigación por Garantía Juvenil, FEDER y los proyectos del MINECO CTQ / 2016/75749‐R y TEC / 2017/84846‐R. Además, fue apoyado por el Programa Horizonte 2020 de la Unión Europea en el marco del proyecto H2020‐PHC‐634013 (PHOCNOSIS). / Díaz Betancor, Z. (2020). Vías de inmovilización de biomoléculas sobre SU-8 y otras superficies poliméricas para su utilización en biosensado óptico sin marcaje [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/149576

In the present work we study the numerical solution of shallow water equations. We introduce a vectorial notation of equations laws of conservation from which we derive the shallow water equations (SWE). There is the simplify its derivation, notation and the most important features. The original contribution is to derive equations for shallow water without the using of Leibniz's formula. There we report the finite volume method with the numerical flow of Vijayasundaram type for SWE. We present a description of the linear reconstruction, quadratic reconstruction and ENO reconstruction and their using for increasing of order accuracy. We demonstrate using of linear reconstruction in finite volume method of second order accuracy. This method is programmed in Octave language and used for solving of two problems. We apply the method of the ADER type for the shallow water equations. This method was originally designed for the Euler's equation.

Master of Science in Medicine / Rationale: Asthma management aims to achieve optimal control on the minimal effective dose of medication. We assessed the effectiveness of two algorithms to guide ICS dose in well-controlled patients on ICS+LABA in a double-blind study, comparing dose adjustment guided by exhaled nitric oxide (eNO) to clinical care algorithm(CCA) based on symptoms and lung function. Methods: We randomised non-smoking adult asthmatics on minimum FP dose 100μgs daily +LABA to ICS adjustment using eNO or CCA, assessed over 5 visits during 8 months treatment. Primary endpoints were asthma-free days and asthma related quality of life (QOL). Analysis was by mixed model regression and generalised estimating equations with log link. Results: 69 subjects were randomised (eNO:34, CCA:35) and 58 completed the study. At baseline mean FEV1 was 94% pred., mean eNO (200ml/sec) 7.1 ppb, median ACQ6 score 0.33. Median ICS dose was 500 μg (IQR 100-500) at baseline and 100 μg on both eNO (IQR 100-200) and CCA arms (IQR 100–100) at end of study. There were no significant differences between eNO and CCA groups in asthma-free days (RR=0.92, 95% CI 0.8–1.01), AQL (RRAQL<median = 0.95, 95% CI 0.8–1.1) or exacerbation-free days (HR = 1.03, 95%CI 0.6–1.7). Neither clinic FEV1 (overall mean difference FEV1 % pred. -0.24%, 95% CI -2.2–1.7) nor a.m. PEF (mean difference 1.94 L/min (95% CI -2.9–6.8) were significantly different. Similar proportions of subjects were treated for ≥1 exacerbation (eNO: 50%, 95% CI 32.1–67.9; CCA: 60%, 95% CI 43.9–76.2). Conclusion: Substantial reductions in ICS doses were achieved in well controlled asthmatics on ICS+LABA, with no significant differences in outcomes between eNO or clinically based algorithms.

CETTE THÈSE INTRODUIT UNE CLASSE DES TRANSFORMÉS MULTI­ ÉCHELLES BIDIMENSIONNELLES ADAPTÉES AUX CONTOURS. CELLES-CI SONT DIFFÉ­RENTES DES TRANSFORMÉES EN ONDELETTES BIDIMENSIONNELLES, CAR ELLES SONT BASÉES SUR DES OPÉRATEURS NONLINÉAIRES DEPENDENTS DES DONNÉES. CES OPÉRATEURS SONT INSPIRÉS DES OPÉRATEURS D'INTERPOLATION ENO INTRODUITS PAR HARTEN ET OSHER DANS LE CONTEXTE DE LA SIMULATION NUMÉRIQUES DES ONDES DE CHOC. LE BUT EST D'INCLURE DANS LA TRANSFORMÉE UN TRAITEMENT SPECIFIC DES CONTOURS QUI, EN TENANT COMPTE DE LEURS RÉGULARITÉ GEOMETRIQUE, PERMETTRAS D'OBTENIR DES REPRÉSENTATIONS PLUS CREUSES ET DONC DES MEILLEU­RES PROPRIÉTÉS D'APPROXIMATIONS. D'UN POINT DE VUE THÉORIQUE ON S'INTERESSE À LA CONSERVATION DES MÊME PROPRIÉTÉS DE CONCENTRATION POUR LES ESPACES FONCTIONNELS CLASSIQUES (BESOV ET $BV$), ET ON S'INTERROGE AUSSI SUR LA STABILITÉ DE CES DÉ­COMPOSITIONS. CE PROBLÈME EST LOIN D'ÊTRE AUSSI SIMPLE QUE DANS LE CAS DES REPRÉ­SENTATIONS LINÉAIRES. NOUS ABORDONS DANS CETTE THÈSE CHACUNE DE CES DIFFICULTÉS, ET NOUS Y APPORTONS DES ÉLÉMENTS DE RÉPONSE, AINSI QUE DES TESTS NUMÉRIQUES VISANT À ÉVALUER CONCRÈTEMENT LES PERFORMANCES DES MÉTHODES PROPOSÉES.

No description available.

Cette thèse contribue à un ensemble de travaux consacrés à l'étude d'un schéma ENO centré-sommet (CENO) d'ordre élevé ainsi qu'à l'adaptation de maillage anisotrope pour des calculs de Mécaniques des Fluides précis à l'ordre 3. La première partie des travaux de cette thèse est consacré à une analyse approfondie de la précision du schéma CENO et à la création de termes correcteurs pour améliorer ses propriétés dispersives et dissipatives en une et deux dimensions. On propose un schéma CENO quadratique précis à l'ordre 3, puis cubique précis à l'ordre 4, pour les équations d'Euler des gaz compressibles, ainsi qu' une première version du schéma avec capture de choc monotone. La deuxième partie des travaux est consacrée à la mise au point d'une plateforme numérique d'adaptation de maillage anisotrope multi-échelle et basée fonctionnelle intégrant le schéma CENO. Nous proposons un nouvel estimateur d'ordre 3 du schéma quadratique basé sur une reconstruction de hessien équivalent et son application à des simulations d'acoustiques instationnaire et de Scramjet stationnaire utilisant nos limiteurs.

Master of Science in Medicine / Rationale: Asthma management aims to achieve optimal control on the minimal effective dose of medication. We assessed the effectiveness of two algorithms to guide ICS dose in well-controlled patients on ICS+LABA in a double-blind study, comparing dose adjustment guided by exhaled nitric oxide (eNO) to clinical care algorithm(CCA) based on symptoms and lung function. Methods: We randomised non-smoking adult asthmatics on minimum FP dose 100μgs daily +LABA to ICS adjustment using eNO or CCA, assessed over 5 visits during 8 months treatment. Primary endpoints were asthma-free days and asthma related quality of life (QOL). Analysis was by mixed model regression and generalised estimating equations with log link. Results: 69 subjects were randomised (eNO:34, CCA:35) and 58 completed the study. At baseline mean FEV1 was 94% pred., mean eNO (200ml/sec) 7.1 ppb, median ACQ6 score 0.33. Median ICS dose was 500 μg (IQR 100-500) at baseline and 100 μg on both eNO (IQR 100-200) and CCA arms (IQR 100–100) at end of study. There were no significant differences between eNO and CCA groups in asthma-free days (RR=0.92, 95% CI 0.8–1.01), AQL (RRAQL<median = 0.95, 95% CI 0.8–1.1) or exacerbation-free days (HR = 1.03, 95%CI 0.6–1.7). Neither clinic FEV1 (overall mean difference FEV1 % pred. -0.24%, 95% CI -2.2–1.7) nor a.m. PEF (mean difference 1.94 L/min (95% CI -2.9–6.8) were significantly different. Similar proportions of subjects were treated for ≥1 exacerbation (eNO: 50%, 95% CI 32.1–67.9; CCA: 60%, 95% CI 43.9–76.2). Conclusion: Substantial reductions in ICS doses were achieved in well controlled asthmatics on ICS+LABA, with no significant differences in outcomes between eNO or clinically based algorithms.