The first objective of this PhD was to determine the degree of ecological segregation between five sympatric species of toothed whales (i.e. common dolphin Delphinus delphis, harbour porpoise Phocoena phocoena, bottlenose dolphin Tursiops truncatus, striped dolphin Stenella coeruleoalba and long finned pilot whale Globicephala melas) inhabiting a restricted and highly productive area, the North West Iberian Peninsula (NWIP). To this end, chemical parameters analyses were used as an "alternative method" of assessing diet and habitat of these animals over different periods of integration, complementing the information given by traditional methods of investigation such as stomach contents, faeces analyses and field observations. The second objective was to evaluate the contamination status of these species in order to estimate the toxicological risk these populations face and to complete the existing database. In this context, trace elements, carbon and nitrogen stable isotopes, as well as persistent organic pollutants (POPs) were selected as chemical parameters for our investigations.Firstly, the chemical parameters were used as ecological tracers of populations (or parts of populations) by drawing an image of the diet and habitat of the species at different time scales. We estimated that the food web has five trophic levels, with toothed whales occupying the top positions, with no significant difference in trophic positions among them, ranging from 4.3 to 5.3. While the analysis of a single chemical parameter did not completely segregate between the five species, the information gained by combining the analyses of several long-term ecological tracers (i.e. nitrogen and carbon stable isotopes in teeth and renal cadmium concentrations) revealed ecological niche segregation in two dimensions of this niche (the trophic and the spatial dimensions). However, year-to-year or seasonal variations could not be investigated, except for in common dolphin, and thus temporary overlap cannot be excluded. Additionally, we showed that polychlorinated biphenyls (PCBs) profiles could be a relevant tracer of the foraging ecology of taxonomically close species, allowing a fine separation of the species as result of their different patterns. This was particularly clear for the harbour porpoise and striped dolphin.Secondly, the contamination status of the species in this area was evaluated, with concentrations interpreted in the light of biological and ecological factors. But the bioaccumulation of trace elements appeared to be less predictable than that of POPs. Bottlenose dolphins and harbour porpoises were found to have higher PCBs concentrations than the rest of the analysed NWIP toothed whales, as well as those of adjacent NE Atlantic waters.The main results of this PhD highlight the relevance of exploiting these chemical parameters as ecological tracers, as well as their usefulness in the comprehensive study of structure and function of ecosystems through the role of top predators. Combined with the information on anthropogenic activities, this work can also contribute to the development and implementation of management plans and mitigation measures for these five species of toothed whales in the NWIP.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissSR.pdf: 780701 bytes, checksum: 1fc24c68b23cd30e58fbecb7433b93e8 (MD5) Previous issue date: 2005-03-11 / Financiadora de Estudos e Projetos / This work was developed along with informal waste collectors of recyclable solid waste in the urban area of the city of São Carlos SP. An effort has been performed with the aim of combining ecological studies with the garbage problematic and social exclusion the informal waste collection brings. The adequacy of concepts of the ecological theory (ecological niche, foraging models) to the case of the waste collectors studied allowed placing the role of individuals in the ecosystem and inferring on the resource utilization forms and their implications for the environment. The methodological procedures used combined direct observations and free interviews with structured questionnaires (socioeconomic and informal collection production data). Most informal waste collectors (80%) present generalist collection strategy, also presenting, however, high dependence degree on some types of waste such as aluminum, paper and ferrous materials. The behavior of the informal waste collectors is similar to behavior predicted for foragers by the optimal foraging theory. The contribution of the informal collection for recycling market is of order of 97.3 kg/day/collector, being hidden by its stealth situation and the gains they profit are found at minimum levels as possible in order to allow they subsistence. One of the effects of this activity on the environment is its performance as negative feedback on one component the garbage which causes environmental deterioration. One believes that the recognition of the collection social and environmental importance and its removal from informality are the first step to change the stealth situation that informal waste collectors are submitted to. / O trabalho foi desenvolvido junto aos catadores autônomos de resíduos sólidos recicláveis da área urbana do município de São Carlos SP. Foi realizado um esforço no sentido de aliar estudos ecológicos com as problemáticas do lixo e da exclusão social presentes na coleta informal. A adequação de concepções teóricas da ecologia biológica (nicho ecológico, modelo de forrageamento) ao caso dos catadores de resíduo estudados permitiu situar os indivíduos no seu papel dentro do ecossistema e inferir sobre formas de utilização do recurso e suas implicações para o ambiente. Os procedimentos metodológicos utilizados combinaram observações diretas e entrevistas livres e estruturadas com questionários estruturados (dados sócioeconômicos e de produção da coleta informal). A maioria dos catadores (80%) possui estratégia de coleta generalista, apresentando, contudo, alto grau de dependência de alguns tipos de resíduo, tais como alumínio, papel e metais ferrosos. O comportamento dos catadores é semelhante ao previsto para forrageadores pela teoria do forrageamento ótimo. A contribuição da coleta informal para o mercado de reciclagem, da ordem de 97,3 kg/dia/catador, é mascarada por sua situação de clandestinidade, sendo que os ganhos auferidos pelos catadores estão nos níveis mínimos possíveis para permitir sua subsistência. Um dos efeitos da atividade para o ambiente é seu funcionamento como retroalimentação negativa sobre um componente o lixo - que causa a deterioração ambiental. Acredita-se que o reconhecimento da importância social e ambiental da coleta e sua retirada da informalidade sejam o início da reversão do quadro de marginalização a que os catadores estão submetidos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:49:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarceloS_DISSERT.pdf: 3344512 bytes, checksum: a6ed717c2f82cdbe0c9dda1fc27ed564 (MD5) Previous issue date: 2013-06-28 / Universidade Federal do Rio Grande do Norte / The genus Herpsilochmus is composed mainly of cryptic species, among them is Herpsilochmus rufimarginatus, which is currently represented by four subspecies: H. r. rufimarginatus, H. r. frater, H. r. scapularis and H. r. exiguus. Differences in plumage and vocalization suggest that there are more than one species involved in this complex. Thus this and other subspecific taxa need urgent revision, the disjunct distribution of this species also allows us to infer the relationship between birds that occur in this biome and / or different centers of endemism. This study aims to make a taxonomic revision of the taxa included in the complex time Herpsilochmus rufimarginatus based on morphological, morphometric, vocals and geographical distribution of this bird. Besides creating distribution models current potential and make the reconstruction of the distribution bygone using ecological niche modeling, and testing the niche conservatism and divergence between different subspecies. Consultations for examination of the skins of specimens of the museums: Museum of Zoology, University of S?o Paulo (MZUSP), National Museum of Rio de Janeiro (MN) and Emilio Goeldi Museum of Par? (MPEG), and the skins deposited at the collection of Ornithological Federal University of Rio Grande do Norte (COUFRN). We studied the following measures length of specimens: exposed culmen, culmen and total culmen nostril, tarsus, wing and tail flattened. The voice analysis was performed with vocalizations banks and / or digital banks people where 17 voice parameters were measured. This information and more available in the literature were used to assemble a bunch of data under the limit distribution of taxa and generate ecological niche models. This analyzes carried out in the program Maxent, having as model selection criterion the AUC, and the models were greater than 0.80 are considered good models. Environmental data for the realization of the modeling were downloaded on the website of Worldclim. The morphometric information, vocals and geographic distribution point for the separation of these taxa to be considering various uni and multivariate analyzes. The potential distribution models performed well (AUC> 0.80), and its distribution associated with environmental characteristics of the Amazon forest and Atlantic forest (forests of south and southeast, northeast and forest). The reconstruction of the distribution indicates a possible contact between the southern part of the Atlantic forest in the northern part of the Amazon. The analysis of niche overlap showed a low overlap between taxa and comparisons between the null model and the generated overlay link probably occurring niche conservatism. The data suggest that the taxa that occur in the Amazon and Atlantic forest represent three distinct species / O g?nero Herpsilochmus ? composto principalmente por esp?cies cr?pticas, entre elas est? Herpsilochmus rufimarginatus, que atualmente ? representado por quatro subesp?cies: H. r. rufimarginatus, H. r. frater, H. r. scapularis e H. r. exiguus. Diferen?as na plumagem e vocaliza??o sugerem que existam mais de uma esp?cie envolvida nesse complexo. Sendo assim esse e outros t?xons subespec?ficos precisa de revis?o urgente, a distribui??o disjunta dessa esp?cie tamb?m possibilita inferir a rela??o entre essas aves que ocorrem em biomas e/ou centros de endemismos diferentes. Esse estudo tem como objetivo fazer a revis?o taxon?mica dos t?xons hora inclu?dos no complexo Herpsilochmus rufimarginatus com base em caracteres morfol?gicos, morfom?tricos, vocais e distribui??o geogr?fica dessa ave. Al?m criar modelos de distribui??o potencial atual e fazer a reconstru??o da distribui??o pret?rita usando modelagem de nicho ecol?gico, e testar o conservadorismo e diverg?ncia de nicho entre as diferentes subesp?cies. Foram realizadas consultas para exame das peles dos esp?cimes presentes nos museus: Museu de Zoologia da Universidade de S?o Paulo (MZUSP), Museu Nacional (MN) e Museu Paraense Emilio Goeldi (MPEG), e as peles depositadas na Cole??o de Ornitol?gica da Universidade Federal do Rio Grande do Norte (COUFRN). Foram verificadas as seguintes medidas de comprimento dos esp?cimes: culmen exposto, culmen total e culmen narina, tarso, asa achatada e cauda. A an?lise vocal foi realizada com vocaliza??es de bancos digitais e/ou de bancos pessoas, onde foram mensurados 17 par?metros vocais. Essas informa??es e mais as dispon?veis em literatura serviram para montar um bando de dados sob o limite de distribui??o dos t?xons e gerar os modelos de nicho ecol?gico. As an?lises realizadas no programa Maxent, tendo como crit?rio de sele??o de modelo os valores de AUC, sendo os modelos que tiveram valores maiores que 0,80 s?o considerados bons modelos. Os dados ambientais para realiza??o da modelagem foram baixados no site do WorldClim. As informa??es morfom?tricas, vocais e distribui??o geogr?fica apontam para a para a separa??o desses t?xons seja levando em considera??o an?lises multivariadas e uni variadas. Os modelos de distribui??o potencial tiveram bom desempenho (AUC > 0,80), sendo a sua distribui??o associada a caracter?sticas ambientais da floresta Amaz?nica e Mata Atl?ntica (florestas do sul e sudeste, e floresta do nordeste). A reconstru??o da distribui??o aponta um poss?vel contato entre a parte sul da Mata Atl?ntica com a parte norte da Amaz?nica. A an?lise de sobreposi??o de nicho apontou uma baixa sobreposi??o entre os t?xons e as compara??es entre modelo nulo e os gerados de sobreposi??o apontam provavelmente que ocorre conservadorismo de nicho. As informa??es sugerem que os t?xons que ocorrem na Amaz?nia e Mata Atl?ntica representam tr?s esp?cies distintas, sendo uma delas uma esp?cie n?o descrita

Large marine vertebrate species can exhibit vast movements, both horizontally and vertically, which challenges our ability to observe their behaviours at extended time-scales. There is a growing need to understand the intra- and inter-annual movements of mobile marine species of conservation concern in order to develop effective management strategies. The basking shark (Cetorhinus maximus) is the world's second largest fish species, however, a comprehensive understanding of this species’ ecology, biology and spatial behaviour in the north-east Atlantic is currently lacking. This thesis seeks to investigate the movement ecology of basking sharks using a suite of technologies to integrate biologging, biotelemetry, remotely sensed data, and ecological modelling techniques. I use satellite telemetry data from basking sharks tracked in 2012, 2013 and 2014 to quantify movements in coastal waters off the west coast of Scotland within the Sea of the Hebrides proposed MPA. Sharks exhibited seasonal residency to the proposed MPA, with three long-term tracked basking sharks demonstrating inter-annual site fidelity, returning to the same coastal waters in the year following tag deployment (Chapter 2). I reveal that sharks tracked into winter months exhibit one of three migration strategies spanning nine geo-political zones and the High Seas, demonstrating the need for multi-national cooperation in the management of this species across its range (Chapter 3). I examine the vertical space-use of basking sharks to improve an understanding of the processes that influence movements in all dimensions. Basking sharks exhibit seasonality in depth-use, conduct deep dives to over 1000 m, and alter their depth-use behaviour in order to remain within thermal niche of between 8 and 16 oC (Chapter 4). Finally, I combine contemporaneous data recorded by deployed satellite tags with remotely sensed environmental data to employ novel ecological modelling techniques to predict suitable habitat for basking sharks throughout the Atlantic Ocean (Chapter 5).

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Distintos padrões de composição de espécies de plantas podem ser observados ao longo de metacomunidades, pois espécies variam de acordo com os diferentes tipos de ambiente e também com a distância geográfica, dado o processo de dispersão. Ainda, estes mecanismos podem causar variação temporal na composição ou abundância de espécies em um sítio devido a alterações que estes mecanismos podem sofrer. Compreender como as mudanças na composição de espécies no espaço, definida como beta diversidade, ou no tempo estão relacionadas ao clima passado, atual ou futuro podem ajudar no planejamento de conservação de uma região. Assim, esta tese esta dividida em quatro capítulos e aborda questões relacionadas com mudanças espaçotemporais na composição de espécies sob uma perspectiva de planejamento de conservação e mudanças climáticas na Mata Atlântica. O primeiro capítulo apresenta um banco de dados com a informação de ocorrência de 1917 espécies de plantas arbóreas distribuídas em 206 comunidades na Mata Atlântica, em diferentes formações florestais (Floresta Atlântica stricto sensu (s.s.), Floresta com Araucária e Floresta Estacional). O segundo capítulo relacionou padrões de beta diversidade com a efetividade da rede de áreas protegidas nas formações florestais do sul da Mata Atlântica (Floresta Atlântica, Floresta com Araucária e Floresta Estacional). Encontramos altos valores de turnover e baixo aninhamento para todas as formações florestais, por isso recomendamos que esforços adicionais precisam almejar o aumento no número de áreas protegidas, especialmente para a Floresta com Araucária e a Floresta Estacional. A maioria das áreas protegidas no sul da Mata Atlântica estão concentradas na região leste, priorizando a Floresta Atlântica s.s. O terceiro capítulo trouxe novas perspectivas sobre a dinâmica da Floresta com Araucária no tempo através da modelagem de nicho ecológica. Durante as flutuações climáticas do Quaternário, estudos palinológicos indicavam uma expansão da Floresta com Araucária, porém nossos resultados demonstraram uma retração da área de cobertura desta floresta, principalmente nas zonas de contato com outras formações florestais. Também observamos que futuramente, se a temperatura continuar aumentando como previsto, a Floresta com Araucária sofrerá uma drástica redução na sua distribuição. Por fim, o capítulo quatro investigou como as espécies de árvores estão respondendo aos efeitos de mudanças climáticas em parcelas permanentes localizadas em ecótonos de florestas Atlânticas. Os resultados mostram que espécies tropicais estão migrando em direção a áreas de maior altitude, ou seja mais frias. Espécies tropicais que já ocorrem em áreas vi de Floresta com Araucária estão apresentando maiores taxas de recrutamento e crescimento, e menor mortalidade do que espécies temperadas, características da Floresta com Araucária. / Distinct patterns of plant species composition can be observed along metacommunities, as species vary in relation to different types of environment and also to the geographic distance, given the dispersal process. These mechanisms may yet lead temporal variation in species composition or abundance in a given place due to fluctuations on these mechanisms. Understanding how changes in species composition across the space, defined as beta diversity, or in time are related with past, current and future climate changes can help conservation planning in a given region. Thus, this thesis is divided into four chapters and discusses shifts in species composition across space and time under the perspective of conservation planning and climate changes in the Atlantic Forest. The first chapter shows a database with 1917 tree species occurrence distributed in 206 sites across distinct forest formations in the Atlantic Forest biome (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). The second chapter related beta diversity patterns with the effectiveness of the current network of protected areas in southern Brazilian Atlantic forests (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). We found high values of turnover and low nestedness for all forest formations, thus additional conservation efforts must target an increase in the number of protected areas, especially for the Araucaria Forest and the Seasonal Forest. Most protected areas are currently limited to the eastern region and prioritize the Atlantic Rainforest. The third chapter brought new insights about the Araucaria Forest dynamics in time through ecological niche models. During the climatic fluctuations of the Quaternary, palynological studies indicated an expansion of the Araucaria Forest, however our results demonstrated an overall retraction of the cover area, mainly in boundary zones with other forest formations. Yet, we showed that in the future, if the temperature continues to increase as expected, the Araucaria Forest would suffer a drastic reduction in its distribution. Finally, the fourth chapter investigated how tree species are responding to climatic changes in permanent plots located in Atlantic forests ecotones. Our results showed that tropical species are migrating towards to colder areas in higher altitudes. Tropical species that already occur in Araucaria Forest areas are even presenting higher rates of recruitment and growth, and lower mortality than temperate species characteristics from the Araucaria Forest.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os fatores que explicam a distribuição observada em plantas e animais é uma pergunta que intriga naturalistas, biogeógrafos e ecólogos há mais de um século. Ainda nos primórdios da disciplina de ecologia, as tolerâncias ambientais já haviam sido apontadas como as grandes responsáveis pelo padrão observado da distribuição dos seres vivos, o que mais tarde levou à concepção de nicho ecológico das espécies. Nos últimos anos, o estudo das distribuições dos organismos ganhou grande impulso e destaque na literatura. O motivo foi a maior disponibilidade de catálogos de presença de espécies, o desenvolvimento de bancos de variáveis ambientais de todo o planeta e de ferramentas computacionais capazes de projetar mapas de distribuição potencial de um dado organismo. Estes instrumentos, coletivamente chamados de Modelos de Distribuição de Espécies (MDEs) têm sido desde então amplamente utilizados em estudos de diferentes escopos. Um deles é a avaliação de potenciais áreas suscetíveis à invasão de organismos exóticos. Este estudo tem, portanto, o objetivo de compreender, através de MDEs, os fatores subjacentes à distribuição de duas espécies de corais escleractíneos invasores nativos do Oceano Pacífico e ambas invasoras bem sucedidas de diversas partes do Oceano Atlântico, destacadamente o litoral fluminense. Os resultados mostraram que os modelos preditivos da espécie Tubastraea coccinea (LESSON, 1829), cosmopolita amplamente difundida na sua região nativa pelo Indo- Pacífico demonstraram de maneira satisfatória suas áreas de distribuição nas áreas invadidas do Atlântico. Sua distribuição está basicamente associada a regiões com alta disponibilidade de calcita e baixa produtividade fitoplanctônica. Por outro lado, a aplicação de MDEs foi incapaz de predizer a distribuição de T. tagusensis (WELLS,1982) no Atlântico. Essta espécie, ao contrário de sua congênere, tem distribuição bastante restrita em sua região nativa, o arquipélago de Galápagos. Através de análises posteriores foi possível constatar a mudança no nicho observado durante o processo de invasão. Finalmente, o sucesso preditivo para T. coccinea e o fracasso dos modelos para T. tagusensis levantam importantes questões sobre quais os aspectos ecológicos das espécies são mais favoráveis à aplicação de MDEs. Adicionalmente, lança importantes ressalvas na utilização recentemente tão difundida destas ferramentas como forma de previsão de invasões biológicas e em estudos de efeitos de alterações climáticas sobre a distribuição das espécies. / The factors underpinning the observed distribution of plants and animals across time and space are a central question in ecology and has intrigued scientists for over a century. But even back on those early times, the role of climatic tolerances of the species were recognized as one of the main explanations for such distributional patterns. Later, these assumptions gave rise to the concept of niche which triggered several advances in the study of natural history. Recently, these studies were addressed in the light of novel computational techniques capable of providing potential distributional maps for a given species, generically called Species Distribution Models (SDMs). This coupled with the broader availability of species occurrence records and of environmental data from international databases made studies with SDMs very popular and ubiquitous in the literature. One of the main uses of the SDMs approach is the assessment of potentially susceptible areas of invasion by non- indigenous species. Therefore, here we used SDMs to better understand the major factors related to the current distribution of two well established invasive scleractinian coral species in the Atlantic, both from the Pacific Ocean. The results showed that the models were successful in predicting the potentially invaded sites by the cosmopolitan Tubastraea coccinea (LESSON, 1829), broadly distributed throughout the Pacific. This species distribution was basically associated with increasing concentrations of calcite and lower levels of phytoplankton activity. However, the models were incapable of predicting the survival and establishment of T. tagusensis (WELLS, 1982) in the Atlantic. This species, unlike its congener, has a very restricted distribution in its native regions, the Galapagos Islands. A posterior analyzes indeed showed a niche shift during the invasion event of T. tagusensis in the Atlantic. Finally, the good modelling results for T. coccinea contrasted with the failure of modelling T. tagusensis invasion highlight important explanations on methodological procedures in SDMs. It also helps to better understand which ecological aspects of the species are favourable toward good modelling performance. In addition to that, these results calls for precaution when analyzing SDMs results, particularly in invasion and climate change scenarios studies.

abstract: This work investigates the effects of non-random sampling on our understanding of species distributions and their niches. In its most general form, bias is systematic error that can obscure interpretation of analytical results by skewing samples away from the average condition of the system they represent. Here I use species distribution modelling (SDM), virtual species, and multiscale geographically weighted regression (MGWR) to explore how sampling bias can alter our perception of broad patterns of biodiversity by distorting spatial predictions of habitat, a key characteristic in biogeographic studies. I use three separate case studies to explore: 1) How methods to account for sampling bias in species distribution modeling may alter estimates of species distributions and species-environment relationships, 2) How accounting for sampling bias in fossil data may change our understanding of paleo-distributions and interpretation of niche stability through time (i.e. niche conservation), and 3) How a novel use of MGWR can account for environmental sampling bias to reveal landscape patterns of local niche differences among proximal, but non-overlapping sister taxa. Broadly, my work shows that sampling bias present in commonly used federated global biodiversity observations is more than enough to degrade model performance of spatial predictions and niche characteristics. Measures commonly used to account for this bias can negate much loss, but only in certain conditions, and did not improve the ability to correctly identify explanatory variables or recreate species-environment relationships. Paleo-distributions calibrated on biased fossil records were improved with the use of a novel method to directly estimate the biased sampling distribution, which can be generalized to finer time slices for further paleontological studies. Finally, I show how a novel coupling of SDM and MGWR can illuminate local differences in niche separation that more closely match landscape genotypic variability in the two North American desert tortoise species than does their current taxonomic delineation. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Geography 2018

Os Flavivírus são vírus de 40 50 nm de diâmetro, com formas esféricas e RNA de fita simples, com sentido positivo e aproximadamente 11 kb de comprimento. O Vírus da Febre Amarela, protótipo do grupo, é o agente causador da Febre Amarela, uma antiga doença que causou epidemias generalizadas na África, Américas do Norte e do Sul e Europa do século XVII ao início do século XX, e depois ressurgiu nas últimas décadas na África sub- saariana e América do Sul tropical. O presente trabalho busca a reconstrução da transmissão da Febre Amarela na América do Sul, no tempo e espaço, em especial, considerando a provável influência das populações humanas, primatas não humanos e mosquitos, na evolução e distribuição das linhagens genéticas de Febre Amarela, aplicando modelos de inferência Bayesiana para análises filogenéticas e filogeográficas e testando hipóteses de distribuição geográfica com modelagem de nicho ecológico. Os dados dão poucas evidências de que as estratégias de vacinação vigentes tenham efetivamente colaborado para a diminuição da ocorrência de Febre Amarela, indicando possíveis erros na estratégia de vacinação. A partir da análise Coalescente da população viral de Febre Amarela, a população viral apresentou um decréscimo importante iniciado em meados dos anos 90. A análise filogeográfica sugere um padrão geral de transmissibilidade Source-Sink destacando a região amazônica como fonte de diversidade para as outras áreas estudadas, com uma estrutura filogeográfica secundária em ondas. Assim, as introduções do vírus em áreas fora da amazônia tem ocorrência aleatória e podem ser ligadas temporalmente e geograficamente ao norte da America do Sul. Os modelos de distribuição geográfica corroboram esse padrão e indicam uma área possível para circulação da Febre Amarela ampla, englobando diversos ecótonos. Os resultados indicam um possível efeito em longo prazo da vacinação atuando diretamente sobre a evolução e dinâmica filogenética da Febre Amarela e sugere que monitorar a evolução do vírus da Febre Amarela é uma estratégia válida para compreender sua distribuição geográfica e evidenciar mecanismos complexos de transmissão e introdução. Por sua vez, os modelos de Nicho Ecológico mostraram ser ferramentas adequadas para calcular o risco da doença em determinadas áreas, sem sua ocorrência prévia, contribuindo como um modelo preditivos para orgãos de Vigilância prepararem suas estratégias de prevenção e controle no caso de possível introdução de patógenos / The flaviviruses are viruses of 40-50 nm in diameter, with spherical shaped and single-strand RNA with positive sense and approximately 11 kb in length. The Yellow Fever virus is the prototype of the group and the causative agent of Yellow Fever, a disease which caused widespread epidemics in Africa, North America, South America and Europe of the seventeenth century to the early twentieth century. The disease reemerged in recent decades in sub-Saharan Africa and tropical South America. This manuscript aims to reconstruct, in time and space, the transmission of yellow fever in South America, through the applying of a Bayesian inference model, considering the probable influence of human populations, nonhuman primates and mosquitoes on the evolution and distribution of Yellow Fever genetic lineages. Distributional pattern hypothesis will be tested by computational modeling of ecological niche. The data provide little evidence that current vaccination strategies have effectively contributed to reducing the occurrence of Yellow Fever, indicating possible errors in the vaccination strategy. From the analysis of the Yellow Fever population Coalescence, the viral population showed a significant decrease started in the mid-90s. The phylogeographic analysis suggests a general pattern of transmissibility \"Source-Sink\" highlighting the Amazon region as a source of diversity for the other areas studied, with a secondary phylogeographic wave like structure. Thus, the introductions of the virus into areas outside the Amazon has random occurrence and can be linked temporally and geographically to the north of South America The geographical distribution models corroborate this pattern and indicate a broad possible area for Yellow Fever circulation, encompassing many ecotones. The results indicate a possible long-term effect of vaccination acting directly on the evolution and phylogenetic dynamics of Yellow Fever and suggests that monitoring the evolution of the Yellow Fever virus is a valid strategy to understand the geographical distribution and highlight complex transmission mechanisms and spatial movements. In turn Ecological Niche models showed as an appropriate tool to calculate disease risk in certain areas without previous occurrence of the disease, working as a predictive model for Surveillance institutions prepare their strategies for prevention and control in the case of possible pathogen introduction

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-29Bitstream added on 2014-06-13T19:08:31Z : No. of bitstreams: 1 provete_db_me_sjrp.pdf: 1175451 bytes, checksum: 67537c8f0f07b7c8a68bfe408c754c71 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Girinos são um importante componente de ecossistemas de água doce e, ao longo dos últimos trinta anos, vêm sendo utilizados como modelos para testar hipóteses em ecologia de comunidades. O conjunto de informações disponível atualmente sugere que a presença de predadores influencia a abundância e o uso de hábitat por girinos e, conseqüentemente, a estrutura da comunidade. O objetivo deste estudo foi determinar o uso de recursos e investigar a influência de predadores na distribuição espacial de espécies e na estrutura de comunidades de girinos. As principais questões deste estudo foram: 1) qual o papel dos fatores abióticos na estruturação de comunidades de girinos?; 2) qual o grau de sobreposição de nicho entre as espécies nos três principais eixos de recursos: tempo (ocorrência sazonal), alimento e espaço (hábitat)?; 3) os girinos apresentam um padrão de distribuição não-aleatório em relação aos predadores? As amostragens tiveram freqüência mensal com coletas simultâneas de girinos e insetos predadores. Na caracterização dos corpos d’água foram utilizados dez descritores ambientais. Para determinar as guildas de espécies com relação ao uso de hábitat e ocorrência mensal foi implementada, respectivamente, uma análise de agrupamento e de ordenação por escalonamentro multidimensional não métrico. Para investigar a associação entre a abundância de girinos e os gradientes ambientais foi usada uma análise de correspondência canônica. A partilha de recursos entre girinos foi analisada utilizando-se uma análise de sobreposição de nicho em conjunto com um modelo nulo, considerando como eixos de recursos a ocorrência mensal, ocorrência nas poças e os itens alimentares. A análise da co-ocorrência pareada de girinos e predadores foi efetuada utilizando-se... / Tadpoles are an important component of freshwater ecossystems and in the last thirty years has been used as model organisms to test hypothesis in community ecology. The data currently available suggest that the presence of predators influences the abundance and habitat use by tadpoles and, consequently the community structure. The aims of this study were to establish how tadpoles divide resources and to investigate the influence of predators on species distribution and on community structure of tadpoles. The main questions were: 1) What is the role of abiotic factors in the community structure?; 2) What is the extent of niche overlap among species, considering the three main resource axes: time (seasonal occurrence), diet items and space (macrohabitat)?; 3) Tadpoles exhibit a non-random distribution pattern in relation to predaceous insects? We conducted monthly samplings to collect tadpoles and predaceous insects. We also used 10 environmental descriptors to characterize the water bodies. To recognize species guilds in relation to habitat use and monthly occurrence, we employed respectively a cluster analysis and a n-MDS, respectively. To investigate the association between species abundance and environmental gradients we used a canonical correspondence analysis. The resource partitioning among tadpoles was analyzed using a null model, considering as recource axes monthly occurrence, pond occupancy and diet items. The pair-wise co-occurrence analysis between tadpoles and predaceous insects was carried out using a null model. Our main findings demonstrate that forest canopy cover and pond hydroperiod were the main factors influencing species abundance along water bodies sampled. There was a species sorting along these two environmental gradients, with species restricted to both ends of these continuums. There was a high overlap in seasonal occurence... (Complete abstract click electronic access below)