Orientador: Gustavo Vitti Môro / Banca: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Banca: Ivana Marino Barbaro / Resumo: Nos programas de melhoramento de milho, a avaliação das linhagens em cruzamentos é uma etapa de alto custo, sendo que o uso e a escolha dos testadores mais adequados podem reduzir a demanda de recursos. Assim, o objetivo desse trabalho foi utilizar a abordagem REML/BLUP de modelos mistos para predição de valores genotípicos de topcrosses, combinando testadores com estruturas genéticas diversificadas. Foram avaliados 234 topcrosses (39 linhagens x 6 testadores), no ano agrícola 2012/13, no delineamento experimental de blocos ao acaso para o caráter produtividade de grãos de milho (t ha-1), altura de plantas (cm) e acamamento e quebramento de plantas (%). Foram realizadas análises de variância e, com as médias fenotípicas dos topcrosses, obteve-se os valores dos BLUPs considerando diferentes níveis de eliminação de testadores. Para verificar a eficiência dos BLUPs foram estimadas as correlações entre as médias fenotípicas e os valores genotípicos preditos com diferentes números e combinação de testadores, bem como os coeficientes de determinação, a coincidência no ordenamento dos topcrosses para seleção e descarte, com 10 e 20% de intensidade, e classificações dos topcrosses quanto à média fenotípica. O método de REML/BLUP se mostra adequado na predição dos valores genotípicos dos topcrosses nas situações com todos os testadores e com diferentes níveis de eliminação de testadores, com resultados variados em função das diversas combinações obtidas, para todos os caracteres avali... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In maize breeding programs the evaluation of lines at crosses is a costly step, and the use and the choice of the most appropriate testers can reduce the demand for resources. The objective of this work was to use the REML/BLUP approach of mixed models to predict genotypic values of topcrosses using testers with diverse genetic structures. Were evaluated 234 topcrosses (39 lines x 6 testers) in the agricultural year of 2012/13, under the experimental design of randomized blocks for the traits as grain yield (t ha-1 ), plant height (cm) and lodging and breakage of plants (%). Analyses of variance were conducted, and with the phenotypic means of topcrosses were obtained BLUPs values considering different levels of elimination of the testers. In order to check the efficiency of BLUPs, the correlations were estimated between the average phenotypic and the genotypic predicted values with different numbers and combination of the testers, as well as the coefficients of determination, the coincidence in the ranking of topcrosses for selection and discard, with 10 and 20% of intensity, and the classification of the topcrosses as to the phenotypic average. The method of REML/BLUP shown adequate to predict the genotypic values of topcrosses in situations with all testers and with different levels of testers elimination, with varying results depending on the various combinations obtained for all traits. Is possible to set a standard as to the origin and genetic structure of the most reco... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: André Luís Ferreira Lima / Coorientador: Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: Renato Irgang / Banca: Ignácio Aguilar / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As corridas de homozigose, do inglês "Runs of homozygosity" (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal's genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retain... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O composto GN-04 foi utilizado no presente trabalho, tendo por objetivo: a) avaliar o efeito do processo dispersivo em subpopulações de milho com diferentes tamanhos efetivos, e submetidas previamente à seleção divergente para alta e baixa produção; b) avaliar a capacidade de combinação e o potencial heterótico dessas subpopulações e c) estimar componentes da variância genética no composto GN-04, usando o esquema de cruzamento em cadeia. Um lote do referido composto foi plantado visando à obtenção de três diferentes progênies: S1, por autofecundação; irmãos germanos, cruzamento planta a planta e cruzamentos em cadeia, seguindo o esquema 1 x 2, 2 x 3 e 3 x 1. Foram obtidas 77 progênies S1, 75 de irmãos germanos e 72 cadeias, contituidas de três cruzamentos. As progênies de cada tipo foram avaliadas em ensaios distintos, em dois locais, de acordo com o delineamento em blocos casualizados, com três repetições. Os caracteres avaliados foram: altura da planta (AP), altura da espiga (AE), comprimento da espiga (CE), diâmetro da espiga (DE), peso de espigas (PE) e prolificidade (PR). Com base nos valores médios do caráter PE, foram selecionadas 10 progênies de irmãos germanos,10 de S1 e 10 cadeias, sendo cada grupo de materiais constituído das cinco progênies ou cadeias mais produtivas, e das cinco menos produtivas. A recombinação das progênies selecionadas ou cadeias ensejou a obtenção de subpopulações com diferentes tamanhos efetivos: N1, N2 e N3, que correspondem a taxas de endogamia de 50%, 25% e 17%, para S1’s, irmãos germanos e cadeias, respectivamente. Essas subpopulações foram avaliadas posteriormente com base no seu desempenho per se e em cruzamentos ‘topcrosses’ e dialélicos. Os resultados desta avaliação mostraram que o tamanho reduzido das subpopulações provocou o surgimento de valores médios inferiores ou superiores à média estimada da população original, em conseqüência da deriva genética. Os valores médios de todos os caracteres foram afetados pela redução no tamanho efetivo das subpopulações, em conseqüência da depressão por endogamia, a qual se expressou com mais intensidade no caráter PE: em subpopulações com N3 e N1, no nível de seleção positiva, o efeito da depressão foi de 5,20% e 20,07%, respectivamente, e no nível de seleção negativa, 15,98% e 55,76%, respectivamente. A seleção divergente entre subpopulações resultou em diferenciação genética suficiente para expressar heterose em cruzamentos entre subpopulações com o mesmo tamanho efetivo. As estimativas da variância aditiva do composto GN-04, com base na análise da variância conjunta dos experimentos com progênies de cruzamentos em cadeia, para os caracteres PE, CE, DE, PR, AP e AE foram, respectivamente: 128,00 (g/pl)², 1,490 (cm/esp.)², 0,1704 (cm/esp.)², 0,0200 (esp./pl)², 256,55 (cm/pl)² e 136,80 (cm/pl)². Estimativas negativas da variância aditiva foram obtidas para os caracteres CE, DE, AP e AE; para os caracteres PE e PR as estimativas foram 185,00 (g/pl)² e 0,0188 (esp./pl)², respectivamente. O delineamento de cruzamentos em cadeia de tamanho 3, tendo em vista a facilidade de execução, pode ser uma alternativa a delineamentos de execução mais complexa para estimar componentes da variância. / The composite GN-04 was used in the present work with the objetives: a) evaluation of the effect of the dispersive process in subpopulations of maize with different effective sizes, and submitted to divergent selection for higth and low yield; b) evaluation of the combining ability and heterotic potential of the subpopulations; and c) to estimate components of the genetic variance in the composite GN-04, using chain crosses. A pollination block of the base population was planted for the development of three different progenies: S1 progenies obtained by selfing, full-sib progenies obtained by plant-to-plant crosses, and chain crosses following the scheme: 1 x 2, 2 x 3 e 3 x 1. The numbers of progenies were: 77 S1´s, 75 full-sibs and 72 chains represented by three crosses in each chain. The progenies from each type were evaluated in different experiments in two locations following the randomized complete block design with three replications. The following traits were analysed: plant height (AP), ear height (AE), ear length (CE), ear diameter (DE), ear weight (PE) and prolificacy (PR). Observed means of PE were used for selection of 10 full-sib progenies, 10 S1´s progenies and 10 complete chains, each group being represented by five high yielding and five low yielding progenies or chains. The recombination of the selected progenies or chains, individually, led to the development of subpopulations with different effective sizes: N1, N2 and N3, corresponding to inbreeding rates of 50%, 25% and 17% for S1´s, full-sibs and chain crosses, respectively. The subpopulations were later evaluated based on their performance per se, in the topcrosses and in diallel crosses. Results showed that the reduced size of the subpopulations led to changes in the means of the evaluated traits, which were smaller or higher than the original means as a consequence of genetic drift. On the average, all traits showed a decrease in the mean as a consequence of inbreeding depression. The most depressive trait was PE and the depression effects in subpopulations with N3 and N1 were 7.17% and 22.94% in the positive selection and 16.85% and 55.91% in the negative selection. The divergent selection among subpopulations led to a genetic differentiation sufficient for the expression of heterosis in crosses between subpopulations in the same level of effective size. The estimates of the additive genetic variance in the composite GN-04 were obtained from the analysis of chain crosses. The estimates for the traits PE, CE, DE, PR, AP and AE were, respectively: 128.00 (g/pl)², 1.490 (cm/esp.)², 0.1704 (cm/esp.)², 0.0200 (esp./pl)², 256.55 (cm/pl)² and 136.80 (cm/pl)². Negative estimates of the dominance variance were obtained for the traits CE, DE, AP and AE; for the traits PE and PR, the estimates were 185.00 (g/pl)² and 0.0188 (esp./pl)², respectively. The mating design based on chain crosses with size 3 was considered feasible and easy to be used and can be a reliable alternative as compared with other more complex designs.

O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (FROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (FGRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (FGRM05), excesso de homozigose (FHOM) e informação de pedigree (FPED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (> 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para FPED, FROH, FGRM e FGRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para FPED, FROH, FGRM, FGRM05 e FHOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica. / Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (FGRM), allele frequencies set to 0.5 (FGRM05), excess of homozygosity (FHOM), and pedigree information (FPED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (> 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for FPED, FROH, FGRM, and FGRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for FPED, FROH, FGRM, FGRM05 and FHOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.

Orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Resumo: Este estudo teve como finalidade conhecer a diversidade genética de duas populações de Hevea brasiliensis, conservadas ex situ em Selvíria-MS e Marabá-PA, bem como estimar os parâmetros genéticos e medidas de dissimilaridade de suas progênies. Foram utilizados15 locos microssatélites para investigar a diversidade e estrutura genética e o parentesco de 18 matrizes da POP SEL e 46 da POP MAB. No ano de 2016, foi instalado em Selvíria-MS um teste de progênies a partir de sementes das referidas matrizes. As progênies foram avaliadas por meio de cinco variáveis silviculturais e oito morfológicas. A população de Selvíria apresentou número total de alelos (100) menor do que a população Marabá (179), com a média por locos de 6,7 e 11,9, respectivamente. A heterozigosidade esperada (He ), heterozigosidade observada ( Ho) e o índice de fixação (F) foram semelhantes entre populações, mas a riqueza alélica (R ) foi maior em Selvíria. A diferenciação genética entre as populações ( = 0,28) revelou que 72% da diversidade genética está distribuída dentro das populações. O coeficiente médio de coancestria dentro de ambas as populações foi positivo, mas os valores foram próximos de zero (< 0,08) e considerando indivíduos de ambas as populações, a coancestria media foi zero (-0,001). A estimativa de parâmetros genéticos utilizando o modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP, demonstrou que a herdabilidade individual não foi significativa para a maioria das variáveis observadas nas progên... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study aimed to know the diversity, genetic structure and kinship of genotypes of two populations of Hevea brasiliensis, conserved ex situ in Selvíria-MS and Marabá-PA, as well as to evaluate the genetic parameters and measures of dissimilarity of their progenies. 15 microsatellite loci were used to investigate the diversity and genetic structure and kinship of 18 matrices from Selvíria-MS and 46 from Marabá-PA. In the year 2016, a progeny test was installed in Selvíria-MS from seeds of said matrices. The progenies were evaluated by means of five silvicultural variables and eight morphological variables. The population of Selvíria presented a total number of alleles (100) smaller than the Marabá population (179) with the average per locos of 6,7 and 11,9 respectively. The expected heterozygosity (eH), observed heterozygosity (oH) and fixation index (F) were similar among populations, but allelic richness (R) was higher in Selvíria. Genetic differentiation among populations (Gst = 0.28) revealed that 72% of genetic diversity is distributed within populations. The mean coefficient of coancestria within both populations was positive, but values were close to zero (<0.08) and considering individuals from both populations, mean covensis was zero (-0.001). The univariate mixed linear additive model methodology REML / BLUP showed that the individual heritability parameter was not significant for most of the variables observed in the progenies. However, they presented mean herita... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

O monitoramento da endogamia é fundamental para o estabelecimento de um programa de melhoramento animal. Os coeficientes de endogamia foram estimados a partir de segmentos de homozigose (FROH), matriz de parentesco genômico com frequências alélicas derivadas dos dados (FGRM), frequências alélicas ajustadas a 0,5 (FGRM05), excesso de homozigose (FHOM) e informação de pedigree (FPED) em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês. Os dados genotípicos para a população Nelore foram obtidos de 2.569 animais utilizando um painel de 725,293 polimorfismos de nucleotídeo único e um pedigree composto por 15.846 indivíduos. Para a população de ovinos Santa Inês, 576 animais foram genotipados para 47.033 polimorfismos de nucleotídeo único, juntamente com dados de pedigree de 32.266 indivíduos. Picos notáveis nos cromossomos 7, 12 e 21 dos bovinos e no cromossomo 16 das ovelhas, representavam ilhas de ROH (&gt; 47%), destacando regiões possivelmente afetadas pela pressão seletiva. Os valores médios para FPED, FROH, FGRM e FGRM05 foram 0,005, 0,058, -0,007 e 0,40, respectivamente no caso do Nelore, enquanto valores medias de 0,32, 0,049, 0,015, 0,287 e 0,015 para FPED, FROH, FGRM, FGRM05 e FHOM, respectivamente no caso das ovelhas. Esses coeficientes de endogamia foram associados negativamente com peso ao nascer, peso à desmama, ganho de peso pós-desmame, escore de muscularidade, precocidade, conformação e circunferência escrotal em bovinos Nelore e para todas as características analisadas em Santa Inês. Também foi encontrada uma correlação negativa entre depressão endogâmica e estimativas de variâncias genômicas de dominância variando de -0,35 a -0,98 para Nelore e -0,89 a -0,91 para ovinos Santa Inês. Nós afirmamos que as descobertas relatadas podem ser usadas para manter a diversidade genética em bovinos Nelore e ovelhas Santa Inês sob uma perspectiva genômica. / Monitoring inbreeding is critical for establishing a sustainable breeding program. Inbreeding coefficients were estimated from runs of homozygosity (FROH), genomic relationship matrices coupled with allele frequencies derived from data (FGRM), allele frequencies set to 0.5 (FGRM05), excess of homozygosity (FHOM), and pedigree information (FPED) from Nellore cattle and Santa Ines populations. Genotypic data for the Nellore population were obtained from 2,803 animals using a panel of 725, 293 single-nucleotide polymorphisms and a pedigree consisting of 15,846 individuals. For the Santa Ines sheep population 576 animals were genotyped for 47,033 single-nucleotide polymorphisms along with pedigree data of 32,266 individuals. In cattle noticeable peaks on chromosome 7, 12, and 21, and in sheep on chromosome 16, represented hotspots of autozygosity (&gt; 47%), highlighting putative regions affected by selective pressure. The mean values for FPED, FROH, FGRM, and FGRM05 were 0.005, 0.058, -0.007, and 0.40, respectively for Nellore, while for Santa Ines were 0.32, 0.049, 0.015, 0.287 and 0.015 for FPED, FROH, FGRM, FGRM05 and FHOM, respectively. These inbreeding coefficients were negatively associated with birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, muscularity score, finishing score, conformation score, and scrotal circumference on Nellore and for all traits analyzed on Santa Ines. Also, a negative correlation was found between inbreeding depression and estimates of dominance genomic variances ranging from -0.35 to -0.98 for Nellore and -0.89 to -0.91 for Santa Ines sheep. We contend that the findings reported here can be used to maintain genetic diversity in Nellore cattle and Santa Ines sheep from a genomic perspective.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-16T14:30:22Z No. of bitstreams: 1 Marilia Espindola de Souza.pdf: 397654 bytes, checksum: b4105af9769e13d8c7922e93537b6014 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marilia Espindola de Souza.pdf: 397654 bytes, checksum: b4105af9769e13d8c7922e93537b6014 (MD5) Previous issue date: 2007-06-04 / Tilapia native to Africa, are cultured worldwide. In the past 50 years, populations of Tilapia rendalli have been introduced in Brazil, afterwards Oreochromis niloticus and O. hornorum populations, originated from Ivory Coast, were also imported. In the last ten years, an O. niloticus strain named “Chitralada”, developed in Thailand, completely spread all over the country. One of the populations of O. niloticus named Nilotica that remained from the first imports is being cultured at the Aquaculture Station of Paulo Afonso, representing an unique genetic model. The objective of this study was to investigate the genetic variability and differentiation of two tilapia populations of O. niloticus and O. niloticus “Chitralada” reared in Paulo Afonso Station in order to verify the genetic potentiality of using niloticus population in the construction of a highly inbred strain for further QTL approach or in exploring hybrid vigor. Forty four individuals of each population were genotyped for three microsatellite markers and a total of 22 alleles were found. The mean heterozygosity detected was 0,471 for “Chitralada” population and 0 for the O. niloticus population. The coefficient of genetic differentiation (FST) was 0,627 and the mean inbreeding coefficient(FIS) was 0,309 for Chitralada population and was 1 for O. niloticus population. The absence of heterozygosity in the population of O. niloticus suggests that this population can be used in the development of a highly homozygous strain as well as in obtaining heterosis in crosses with “Chitralada” population. / As tilápias, originárias do continente africano, são cultivadas em todo o mundo. As populações cultivadas no Brasil são derivadas de importações da Tilapia rendalli ,realizadas nos últimos 50 anos, posteriormente da Oreochromis niloticus e da O.hornorum, vinda da Costa do Marfim. Nos últimos 10 anos, a linhagem da O. niloticus chamada de “chitralada”, oriunda da Tailândia, disseminou-se amplamente no país. Uma das raras populações de O. niloticus, remanescente das primeiras importações, é ainda cultivada na Estação de Piscicultura de Paulo Afonso – EPPA, representando um modelo único de isolamento genético. O presente trabalho objetivou avaliar a variabilidade e diferenciação genética de duas populações de tilápia, Oreochromis niloticus e Oreochromis niloticus “chitralada”, ambas cultivadas na Estação de Piscicultura de Paulo Afonso – EPPA, a fim de verificar a potencialidade genética para sua utilização emabordagens voltadas a análise de QTLs, bem como para a exploração de vigor híbrido. Foram genotipados 44 indivíduos de cada população para três marcadores de microssatélite e um total de 22 alelos foram encontrados. A heterozigosidade media observada foi de 0,471 para a população de chitralada, e de 0 para a população denilótica. O coeficiente de diferenciação genética (FST) obtido foi de 0,627, e o valor médio do coeficiente de endocruzamento (FIS) encontrado foi de 0,309 para a população de chitralada, e de 1 para a população de nilótica. A inexistência de heterozigotos na população de O. niloticus sugere que esta população pode ser utilizada na construção de uma linhagem altamente homozigota, como também pode ser explorada para heterose com cruzamentos com a linhagem chitralada.

Submitted by ELISA PERIPOLLI null (elisa_peripolli@hotmail.com) on 2017-03-13T10:53:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Elisa_Peripolli.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-20T13:45:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 peripolli_e_me_jabo.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T13:45:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 peripolli_e_me_jabo.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As corridas de homozigose, do inglês “Runs of homozygosity” (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos cromossomos sexuais foram removidos do conjunto de dados. Após a edição, 2908 animais e 735,236 SNPs foram mantidos para as análises. Os ROH foram identificados por meio do software PLINK v1.07 considerando os seguintes parâmetros: uma janela deslizante de 50 SNPs, o número mínimo de SNPs consecutivos incluídos em um ROH foi 100, o comprimento mínimo de um ROH foi ajustado para 1 Mb, o intervalo máximo entre SNPs homozigóticos consecutivos foi de 500 kb, uma densidade de 1 SNP por 50 kb, cinco SNPs com genótipos faltantes e um genótipo heterozigoto. O FPED foi estimado por meio do software INBUPGF90. Para cada animal foi calculado um FROH (FROH1-2 Mb, FROH2-4 Mb, FROH4-8 Mb, FROH8-16 Mb e FROH>16 Mb) com base na distribuição de ROH a partir de cinco comprimentos (ROHj): 1-2, 2-4, 4-8, 8-16 e > 16 Mb, respectivamente. O FGRM foi calculado a partir da diagonal da matriz de relação genômica (G). Os ROH foram identificados em todos os animais, apresentando um número médio de 55,12±10,37 segmentos por animal e um comprimento médio de 3,17 Mb. Segmentos curtos (ROH1-2 Mb) foram abundantes nos genomas, representando cerca de 60% de todos os segmentos identificados, no entanto, cobriram apenas uma pequena proporção do genoma. Nossos resultados demonstraram que em média 7,01% (175,28 Mb) do genoma dessa população é autozigótico. As estimativas de FPED variaram de 0,000 a 0,327 e as de FROH de 0,001 a 0,201. Correlações baixas a moderadas foram observadas entre as estimativas de FPED-FROH e FGRM-FROH, com valores entre -0,16 e 0,59. As correlações entre FROH de diferentes comprimentos e FPED aumentaram com comprimento dos ROH. ROH compartilhados por mais de 50% das amostras foram classificados como ilhas de ROH. Quatorze ilhas de ROH foram identificadas e diversos genes contidos nessas ilhas foram associados com o teor de gordura do leite (DGAT1, CYP11B, EEF1D, INSIG2 e STAT1), involução da glândula mamária (IGFBP7), lactação (CHR e TRAPPC9) e adaptação ao calor (HSF1). Nossos resultados sugerem que (i) as baixas correlações (r<0.44) entre FPED-FROH para segmentos pequenos indicam que o FPED não é adequado para capturar eventos remotos de endogamia. As correlações moderadas (r>0.44) entre segmentos grandes indica que os níveis de autozigosidade derivados dos ROH podem ser utilizados como uma estimativa acurada dos níveis de endogamia; e (ii) ROH podem ser utilizados para identificar regiões genômicas sob seleção, uma vez que várias regiões compartilhadas estavam associadas com características de leite e adaptação. / Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal’s genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retained for the analyses. ROH were identified using PLINK v1.07 considering the following parameters: a sliding window of 50 SNPs, the minimum number of consecutive SNPs included in a ROH was 100, the minimum length of a ROH was set to 1 Mb, the maximum gap between consecutive homozygous SNPs was 500 kb, a density of 1 SNP per 50 kb, and a maximum of five SNPs with missing genotypes and up to one heterozygous genotype were allowed in a ROH. FPED was estimated through the software INBUPGF90. For each animal FROH (FROH1-2 Mb, FROH2-4 Mb, FROH4-8 Mb, FROH8-16 Mb, and FROH>16 Mb) was calculated based on ROH distribution of five minimum different lengths (ROHj): 1-2, 2-4, 4-8, 8-16, and >16 Mb, respectively. FGRM was calculated from the diagonal of the genomic relationship matrix (G). ROH were identified in all animals, with an average number of 55.12±10.37 segments and a mean length of 3.17 Mb. Short segments (ROH1-2 Mb) were abundant through the genomes, accounting for 60% of all segments identified, however, they just covered a small proportion of the genome. Our results suggest that on average 7.01% (175.28Mb) of the genome of this population is autozygous. FPED estimates ranged from 0.000 to 0.327 and FROH from 0.001 to 0.201. Low to moderate correlations were observed between FPED-FROH and FGRM-FROH, with values ranging from -0.16 to 0.59. Correlations between FROH from different lengths and FPED increased with ROH length. ROH shared by more than 50% of the samples were chosen as an indication of a possible ROH islands throughout the genome, and 14 regions were identified. Several genes inside those ROH islands were associated with milk fat content (DGAT1, CYP11B, EEF1D, INSIG2, and STAT1), mammary gland involution (IGFBP7), lactation (CHR and TRAPPC9), and heat adaptation (HSF1). Our results suggest that (i) low correlations (r<0.44) between FPED-FROH for small segments indicate that FPED estimates are not the most suitable method to capture ancient inbreeding. Moderate correlations (r>0.44) between larger ROH indicate that the levels of autozygosity derived from ROH can be used as an accurate estimator of individual inbreeding levels, and (ii) ROH might be used to identify genomic regions under selection as several overlapping regions were associated with dairy and adaptive traits.

Submitted by ALEJANDRA MARIA TORO OSPINA null (alejita-t_92@hotmail.com) on 2017-03-18T16:50:07Z No. of bitstreams: 1 dissertação_Alejandra_Toro.pdf: 1073618 bytes, checksum: 4de34349c23cb909c3128081fe41cc42 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-03-22T12:59:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 toroospina_am_me_jabo.pdf: 1073618 bytes, checksum: 4de34349c23cb909c3128081fe41cc42 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T12:59:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 toroospina_am_me_jabo.pdf: 1073618 bytes, checksum: 4de34349c23cb909c3128081fe41cc42 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / O objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação (r2) nas distâncias de 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb, 0,5-1Mb e o tamanho efetivo (Ne) nas gerações 0, 5, 10, 15, 20 em população da raça Gir selecionada para crescimento pós-desmama. Os animais utilizados no presente estudo foram provenientes do rebanho fechado do Instituto de Zootecnia, Sertãozinho, SP. Foram obtidos os genótipos de 155 animais com o painel BovineDL 33kb e 18 com painel HD imputado onde realizou-se controle de qualidade (CQ) para alelo de menor frequência (MAF) < 0,02 e call rate < 0,1. Depois do CQ permaneceram 27.236 SNPs e 155 animais do painel de 33 kb e 732.962 SNPs e 173 animais do painel HD Imputado. As análises de r2 foram realizadas pelo programa Plink e programa estatístico R Studio e o Ne por meio do DL. Os resultados das distâncias 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb e 0,5-1Mb do r2 para o painel 33kb foram iguais a 0,29, 0,25, 0,16 e 0,032 respectivamente, e 0,35, 0,29, 0,18, 0,032 para o painel HD imputado demostrando que o DL permaneceu nas distâncias menores a 100kb, decaindo com o aumento das distâncias. Estes resultados foram maiores aos descritos na literatura para animais zebuínos, sugerindo como causa os segmentos longos de haplótipos que compartilham os animais aparentados. O Ne foi igual a 9, 17, 24, 30 e 30 animais nas gerações 0, 5, 10, 15, 20, observa-se que o Ne é maior na geração 20, com 30 animais, e decai drasticamente a partir da 5 geração com 17 animais, e sendo de 9 animais a última geração, um tamanho pequeno para uma população. Os valores encontrados neste estudo mostram alto DL e baixo Ne, provavelmente pelo sistema de seleção e a estrutura da população da raça Gir avaliada, que apresenta alto nível de endogamia, perda da variabilidade genética, uso intensivo de pequeno número de reprodutores, conduzindo a diminuição da deriva genética da população, ocasionando dificuldades na seleção dos animais. / The aim of this study was to estimate the linkage disequilibrium (r2) at distances of 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb, 0,5-1Mb and the effective population size (Ne) in generations 0, 5, 10, 15, 20 in population of the selected Gir for yearling growth. The animals used in this study were from the closed herd Animal Science Institute, Sertãozinho, SP. the genotypes of 155 animals were obtained with BovineDL 33kb and 18 animals of panel HD, where quality control was held (QC) for minor allele frequency (MAF) <0.02 and call rate <0.1. After QC remained 27,236 SNPs and 155 animals to panel 33 kb, 732.962 SNPs and 173 the panel HD imputation. The r2 analyzes were performed by Plink program and R Studio statistical program and Ne through the DL. The results of r2 for distances 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb and 0,5-1Mb were equal to 0.29, 0.25, 0.16 and 0.032, respectively, showing that the DL remained in smaller distances 100kb, decreasing with increasing distances. These results were higher than those reported in the literature for Zebu animals, suggesting a cause to long haplotype segments that share the related animals. Ne is equal to 9, 17, 24, 30 and 30 in the generations 0, 5, 10, 15, 20, it is observed that Ne is higher in generation 20 with 30 animals and decays sharply from 5 Generation 17 animals, and with 9 animals the latest generation, small size for a population. The values found in this study to DL and Ne, explain the selection system and the structure of the population of Gir evaluated, which has a high level of inbreeding, loss of genetic variability, intensive small number of players, leading to decreased drift population genetics, causing difficulties in the selection of the next generations.

Orientador: Norberto da Silva / Banca: Mauricio Dutra Zanotto / Banca: Maria Elisa Ayres Guidetti Zagatto Paterniani / Resumo: O objetivo neste trabalho é avaliar a capacidade geral de combinação de linhagens S2 obtidas de duas populações de milho shrunken-2 visando identificar linhagens que possam originar híbridos simples competitivos com o padrão de mercado. Foram produzidos híbridos top crosses de 22 linhagens parcialmente endogâmicas de geração S2 da população denominada "G" cruzadas com testadores de uma população contrastante denominada "M" nas seguintes gerações: S0M, S1M e S2M. Concomitantemente, fez-se o mesmo para população contrastante em que 22 linhagens parcialmente endogâmicas de geração S2 da população "M" foram cruzadas com os testadores de "G" nas seguintes gerações: S0G, S1G e S2G. Os top crosses foram semeados em março/2011 e repetidos em setembro/2011, sob delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, juntamente com as testemunhas comerciais Tropical Plus® e AF-428, o híbrido das populações originais S0M x S0G e as próprias populações originais S0G# e S0M#. Foram avaliados os caracteres agronômicos de campo dias para florescimento masculino, altura de planta e altura de espiga. Após a colheita foi avaliada a produção total de 1ª espiga com palha por parcela, porcentagem de palha, porcentagem de espigas comerciais, produtividade de 1ª espiga comercial sem palha por parcela, peso de espiga comercial sem palha e cobertura de palha. Nas espigas comerciais avaliou-se o comprimento da espiga sem palha, diâmetro da espiga sem palha, número de fileiras de grãos por espiga, enchimento de ponta e profundidade de grãos. Foi realizada análise conjunta e desdobramentos para os quadrados médios significativos. As médias dos caracteres foram comparadas pelo teste Scott & Knott (1974) a 5% de probabilidade e estimou-se o efeito da CGC e CEC. Nos híbridos da população "G" não houve interação por épocas para a maioria das características... / Abstract: The objective of this research is to evaluate the general combining ability (GCA) of partially inbred strains of two populations of maize shrunken-2 to identify strains that may lead to competitive hybrids with the industry standard. Were produced top crosses of 22 inbred strains partially generation S2 population called "G" crossed with a population contrasting testers called "M" in the following generations: S0M, S1M and S2M. Concomitantly, it was the same for opposite population in which 22 partially inbred strains generating S2 population "M" were crossed with testers "G" in the following generations: S0G, S1G and S2G. The top crosses were deployed in March 2011 and repeated in September/2011, in a randomized block design with three replications, along with commercial checks "Tropical Plus ®" and "AF-428", the hybrid of the original populations S0M x S0G and original populations S0M#, S0G#. Parameters were evaluated for agronomic field as days to male flowering, plant height and ear height. After harvest was evaluated total production of 1st ear with straw per plot, percentage of straw, percentage of commercial ear, productivity 1st commercial ear without straw per plot, ear weight commercial without straw and straw roofs. In the commercial ears evaluated the ear length without straw, ear diameter without straw, number of kernel rows per ear, filling tip and depth of grain. Analysis was performed for the joint developments and significant mean squares. The averages of the experiments were compared by Scott & Knott (1974) at 5% probability and estimated the effect of general combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA). The lines of the population "G" by the time there was no interaction for most traits. The interaction tester by strains were not significant for most of the characteristics of the lines "G" with lines 1 and 5 that showed the best GCA for most parameters ... / Mestre