Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: O uso intensivo de biotecnologias reprodutivas tem feito com que se eleve a taxa de nascimento de progênies com maior grau de parentesco (maior taxa de nascimento de meio-irmãos e irmãos completos). Assim, o conhecimento sobre o coeficiente da endogamia média do rebanho torna-se relevante para a eficiência do sistema de produção. Com o advento da genômica, o coeficiente de endogamia (F) pode ser estimado com base na informação de milhares de marcadores do tipo polimorfismos de base única (SNPs), espalhados por todo o genoma. No presente estudo, informações de 3.785 animais da raça Nelore (1,760 machos e 2,025 fêmeas) genotipados para 777.962 SNPs do BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) foram utilizadas com o objetivo de avaliar a taxa de endogamia em rebanhos comerciais da raça Nelore, bem como investigar o seu efeito (depressão endogâmica) sobre a expressão fenotípica de características reprodutivas (idade ao primeiro parto (IPP), ocorrência de prenhez precoce (OPP) e reconcepcão de novilhas (REC)). A estimativa do valor de F, bem como da depressão endogâmica, foi feita utilizando diferentes metodologias: (i) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas obtidas da população base (FG); (ii) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas fixadas em 0,5 (FGRM); (iii) com base no excesso de SNPs em homozigose (FSNP); e (iv) corrida de homosigose (FROH). Os resultados da corrida de homosigose também foram utilizados para identificar os padrões (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The intensive use of reproductive biotechnologies has increased the birth rate of progenies with high degree of relationships (higher birth rate of half- and full-sibs). Thus, the control of herd inbreeding becomes relevant for the efficiency of the production system. With genomics, the inbreeding coefficient can be estimated using thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs), spread throughout the genome. In the present study, information of 3,785 Nelore animals (1,760 males and 2,025 females) genotyped with 777,962 SNP markers of BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) was used with the objective of evaluating the inbreeding rates of Nelore commercial herds, as well as to investigate the effects of inbreeding (inbreeding depression) on the phenotypic expression of reproductive traits (age at first calving (AFC), heifer early pregnancy (EP), and heifer rebreeding (HR)). The inbreeding coefficient (F) and inbreeding depression were estimated based on (i) genomic relationship matrix considering allele frequencies estimated from the base population (FG); (ii) genomic relationship matrix considering allele frequencies fixed at 0.5 (FGRM); (iii) excess of homozygous SNPs (FSNP); and (iv) runs of homozygosity (FROH). The runs of homozygosity results were also used to identify the pattern (size and distribution) of ROH segments as well as to identify ROH islands (ROH segments shared by more than 50% of the population). In total, there were identified 210,636 RO... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Raysildo Barbosa Lôbo / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Ruy Alberto Caetano Correa Filho / Resumo: O monitoramento dos resultados de um programa de seleção de bovinos de corte serve para avaliar o progresso genético alcançado e para que os resultados obtidos sirvam de elementos orientadores de ações futuras. Neste trabalho, os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e tendências genéticas para características de importância econômica em bovinos da raça Guzerá, estimar parâmetros populacionais e os coeficientes de endogamia e relaciona-los com valores genéticos e com o índice de seleção recomendado para a raça (MGT). Para isto, dados de 18.491 animais, oriundos de 43 fazendas foram cedidos pelo Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). As características estudadas foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura entre a 12ª e a 13ª costela (EG), espessura de gordura na garupa (EGP8), idade ao primeiro parto (IPP), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), peso adulto da vaca (PAV), peso corporal ao nascimento (PN), aos 120 (P120), aos 210 (P210), aos 365 (P365), aos 450 (P450) dias de idade e produtividade acumulada em fêmeas (PAC). Os parâmetros populacionais estimados foram taxa de endogamia por geração, tamanho efetivo da população, intervalo de gerações e o número efetivo de fundadores e de ancestrais. Os parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni e bi-características. Tendências genéticas foram obtidas por regressão linear das médias dos valores genéticos anuais, em função do ano de nascimento. A estatística t foi usada e a hipótese nula considerava o coeficiente da regressão como sendo zero. As características apresentaram suficiente variação genética aditiva, sendo passíveis de seleção e estas se mostraram favoravelmente correlacionadas geneticamente, exceto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Monitoring the results of a breeding program for beef cattle is used to evaluate the genetic progress achieved and the results serve as guiding elements for future actions. In this work, the objectives were to estimate genetic parameters and genetic trends for traits of economic importance in Guzerat beef cattle, estimate population parameters and coefficients of inbreeding and its relationship with breeding values and the selection index recommended for the breed (MGT).For this, data from 18,491 animals from 43 farms were granted by the Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). The traits studied were rib eye area (REA), fat thickness between the 12th and 13th rib (FT), rump fat thickness (RF), age at first calving (AFC), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (GL), mature weight of the cow (MWC), body weight at birth (BWB), 120 (BW120), 210 (BW210), 365 (BW365) and 450 days of age (BW450) and cumulative productivity in females (AP). The population parameters estimated were rate of inbreeding per generation, effective population size, generation interval and the effective number of founders and ancestors. The genetic parameters, breeding values were estimated by restricted maximum likelihood, by one and two-trait analysis. Genetic trends were calculated from a linear regression of mean predicted breeding values (PBV) based on birth year. At-statistic was used to test the hypothesis that the regression coefficient for each equation is equal to zero. The traits showed sufficient additive genetic variation, being capable to respond to selection and proved to be genetically correlated among them, except AP, FT and RF, which showed low genetic correlations with other traits. The genetic trend indicated that the animal's mean breeding value has changed over time for the traits studied... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Roberto Carvalheiro / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Rúsbel Raúl Aspilcueta Borquis / Banca: Fernanda Brito / Banca: Fabyano Fonseca e Silva / Resumo: Esta tese compreende quatro diferentes estudos conduzidos a fim de avaliar estratégias alternativas para aumentar a eficiência de seleção genômica (GS) em programas de melhoramento animal. Um primeiro estudo foi desenvolvido com a finalidade de avaliar a performance preditiva de diferentes métodos estatísticos com base na informação de painéis de marcadores densamente distribuídos ao longo do genoma. Cinco diferentes características de uma população real de camundongos foram analisadas. Verificou-se que métodos com grandes diferenças conceituais apresentaram performance preditiva similar em algumas situações, também havendo variação na performance relativa dos métodos em função da característica analisada. O uso de diferentes variáveis resposta (pseudo-fenótipos) para estimação de efeitos de marcadores foi avaliado num segundo estudo, por meio da simulação de uma grande população de bovinos de corte, para a qual predições genômicas foram obtidas usando um procedimento de múltiplas etapas. Houve evidência de que provas desregredidas (dEBV) são mais apropriadas do que valores genéticos preditos (EBV) e médias ajustadas de desempenho da progênie (PYD), tanto para o treinamento de modelos quanto para a validação de predições genômicas. No terceiro estudo, procurou-se avaliar consequências em longo-prazo da aplicação de GS numa população de bovinos de corte sob seleção. Verificou-se grande benefício da aplicação de GS em cenários simulando seleção para características de qualidade de carne e reprodução de fêmeas. Houve evidência de que pode-se esperar maior benefício para GS, quando comparada à seleção por BLUP, no caso de características oligogênicas. Também foi possível inferir que em aplicações de GS, o uso de um critério de seleção em que se atribui maior peso a alelos favoráveis de menor frequência poderia proporcionar ... / Abstract: Improvements in production levels and product quality are needed in livestock systems to meet the growing world demand for animal-source foods. Besides this increasing demand, the productive sector must deal with constraints related to competition for land, greenhouse gas emissions and also due to hardening legislation in the fields of environment and animal welfare (FAO, 2011). In this context, animal breeding has played and will continue to play an important role to improve the efficiency of such production systems, especially in terms of competitiveness, safety, sustainability and biodiversity conservation (Harlizius et al., 2004). The main objective of animal breeding programs is to improve the performance of the next generations, through identification and reproduction of the animals with better genetic pool to efficiently produce in a specific environment (herein, superior animals). In the last decades, animal breeders succeeded in achieving this goal, mostly through the application of statistical tools grounded in quantitative genetics theory, what could be called as 'classical animal breeding'. In this case, the traditional prediction of the genetic merit of individuals (estimated breeding values, EBV) is obtained based on information of pedigree and phenotypes (own records and measures on relatives). With the advent of dense molecular marker panels, the implementation and design of breeding programs, especially in dairy cattle, had changed dramatically as a consequence of incorporating this new information to identify superior animals earlier and more precisely. Pioneer simulation studies drew attention of animal breeders to the possibility of making accurate predictions of the genetic merit of individuals by using genotypic information from dense marker panels, a process known as genomic selection (GS) (Nejati-Javaremi et al., 1997; Meuwissen et al., 2001). Other influential work ... / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Correa Ledur / Coorientador: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: Mauricio de Alvarenga Mudado Mudadu / Resumo: O objetivo do presente trabalho foi avaliar a acurácia de predição dos valores genéticos genômicos para características de diferentes herdabilidades, em populações simuladas de aves com diferentes níveis de endogamia. Os dados fenotípicos e genotípicos foram simulados com base na estrutura populacional de uma população experimental de aves poedeiras. Foram simulados os fenótipos e os genótipos de aves para características de taxa de postura total de ovos (PTO) e peso dos ovos as 32 semanas de idade (PO), com herdabilidades de 0,15 e 0,37 respectivamente. Foi simulada uma população histórica a fim de gerar desequilíbrio de ligação na população e esta deu origem as populações recentes em que foram simulados três cenários populacionais, visando maximizar (REC1), minimizar (REC2) e aleatorizar (REC3) os acasalamentos endogâmicos. Ao longo de 10 gerações recentes, os animais foram selecionados com base nos maiores valores genéticos preditos (VGP), utilizando o BLUP (best linear unbiased prediction) tradicional. O genoma das aves foi simulado ao longo dos 958 Mb do genoma Gallus gallus 4.0 com 3.747 QTL (loci de caracteres quantitativos) aleatoriamente distribuídos e 49.978 marcadores SNP uniformemente distribuídos. A fim de alterar as frequências alélicas e gerar variabilidade genética ao longo das gerações, foram simulados eventos de deriva genética, taxa de recombinação e mutação recorrente. Para avaliar os efeitos da endogamia nas populações recentes, foram calculados os desequilíbrios de ligação (DL), o tamanho efetivo da população (Ne) e as tendências genéticas em todos os cenários de populações recentes em ambas as características simuladas. Para predizer os valores genéticos genômicos preditos (VGGP), as populações recentes foram subdivididas em populações de treinamento e validação. Nas subpopulações de treinamento, os 960 animais ... / Abstract: The objective of this study was to evaluate the prediction accuracy of genomic breeding values for traits of different heritability in simulated populations with different inbreeding. Phenotypic and genotypic data were simulated based on the population structure of an experimental population of White Leghorn hens at Embrapa Suínos e Aves. The phenotypes and genotypes were simulated for the rate of total egg production (PTO) and egg weight to 32 weeks of age (PO) with heritability of 0.15 and 0.37, respectively. The historical population was simulated to generate linkage disequilibrium in the population. Three scenarios in recent populations were simulated for each trait: REC1, REC2 and REC3 to maximize inbreeding, minimize inbreeding and random mating, respectively. The animals were selected based on the largest breeding values along 10 generations. The genome of the birds was simulated with eight macro-chromosomes and 19 micro-chromosomes with 3.747 QTL randomly distributed and 49.978 SNPs markers evenly spaced along the 958 cM. Recombination, random drift and recurrent mutation were simulated in order to generate genetic variability. The linkage disequilibrium (LD), effective population (Ne) and genetic trends were calculated for all scenarios. Each recent population was divided in training and validation sets In order to predict the genomic breeding values. The training set included the genotypes and phenotypes of 960 animals, which had higher breeding values' accuracy. The validation set had 1120 animals of the last generation of the recent population. The average inbreeding ranged from 0.06 ± 0.30 to 0.22 ± 0.12 for PTO and 0.05 ± 0.03 to 0.20 ± 0.12 for PO. The REC1 populations had higher inbreeding along generations compared, both for PTO and PO, compared to REC2 and REC 3, and consequently higher level of LD. The highest accuracy for PTO and PO were ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Maurício de Alvarenga Mudadu / Banca: Nedênia Bonvino Stafuzza / Resumo: Os painéis de marcadores de alta densidade têm demonstrado a sua funcionalidade nos estudos de estrutura da população e conservação genética. Esses painéis permitem avaliar similaridades no padrão do desequilíbrio de ligação em toda população, assim como informações sobre parentesco da população. Segmentos de homozigose são utilizados como indicativo da estrutura da população e fornecem informações sobre o histórico demográfico e eventos de endogamia da mesma. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de uma linhagem sintética base Landrace por meio de (i) análises de desequilíbrio de ligação; (ii) estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos e de pedigree; (iii) análise do número e tamanho de segmentos de homozigose e (iv) determinação da estratificação da população. Foram utilizados registros de 300 fêmeas e 25 machos de uma linhagem fêmea sintética base Landrace genotipados com o painel Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. A edição dos dados foi realizada no programa PLINK v.1.9 para remoção de marcadores SNPs ("Single Nucleotide Polymorphism") que falharam em mais de 10% das amostras ("call rate") e amostras que falharam em mais de 10% dos marcadores. A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r2. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose fo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: High-density single nucleotide polymorphism (SNP) panels have been used in genomic studies, such as population structure and conservation genetic studies. These panels allow to assess similarities in the patterns of linkage disequilibrium across populations and to estimate relatedness between populations. Runs of homozygosity are used as indicative of population structure and it provides information about demographic history and recent inbreeding. The aim of this study was to describe the genomic structure of a synthetic Landrace line by (i) linkage disequilibrium (LD) analyses; (ii) inbreeding estimates through pedigree and genomic data; (iii) analysing the number and length of runs of homozygosity (ROH); and (iv) determination of population structure. A total of 300 females and 25 males from synthetic Landrace line were genotyped using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. Data editing was performed using PLINK v.1.9. The SNPs and samples with a call rate lower than 0.90 were excluded from the data set. Only the autosomal chromosomes were considered for LD an ROH analyses. The LD between all pairs of SNPs were measured by the means of the genotype correlation coefficient (r²) and it determined the decay of LD with physical distance. The coefficient of inbreeding was calculated using genomic and pedigree data. ROH were detected using PLINK v.1.9 considering the follow parameters: a minimum ROH of 50 SNPs with a minimum length of 1000 (Kb), one heterozygous SNP... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Josineudson Augusto II Vanconcelos Silva / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A raça Quarto de Milha (QM) teve seus primeiros exemplares criados no Brasil em 1956, cujos pais foram importados dos Estados Unidos, com fundação da associação dos criadores em 1969, totalizando mais de 415 mil animais registrados e destes 45% são puros. A raça apresenta-se como versátil para trabalho, conformação e corrida, atributos que a tornam como de escolha entre os criadores e de maior população equina nacional. Apesar disto, poucos estudos foram realizados na raça, particularmente acerca da variabilidade genética. Os objetivos do estudo foram obter informações da estrutura populacional da raça QM no Brasil e estimar os parâmetros genéticos da característica Classe de Tempo (CT), relacionada com a performance em corridas de equinos em diferentes distâncias. O escore aplicado a CT, classifica os animais baseado na comparação percentual de tempo do vencedor de cada páreo. Os dados avaliados foram provenientes da Associação Brasileira de Criadores do Cavalo Quarto de Milha e do hipódromo do Jockey Clube de Sorocaba em São Paulo. A preparação da base de dados e estatística inicial foi realizada no programa SAS, os parâmetros populacionais com o programa ENDOG e os componentes de (co) variâncias e parâmetros genéticos com o programa THRGIBBS1F90. A característica CT foi estabelecida nas corridas com distância de 301 (CT301), 320 (CT320), 365 (CT365) e 402 (CT420) metros e analisada por meio de modelo animal limiar. Os parâmetros populacionais obtidos for... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Quarter Horse (QH) had its first specimens bred in Brazil in 1956, whose parents were imported from the United States, with its breeder association founded in 1969, totaling more than 415,000 registered animals and of these 45% are purebred. The breed is versatile in what concerns performance, conformation and racing, attributes that make the QH the breed of choice among breeders and makes it the largest national equine population. In spite of that, few studies have been conducted about the breed, particularly on the genetic variability of strains. The aim of this study was to gather information about the population structure and estimate the genetic parameters of the trait class time (CT) related to performance in different QH racing distances, contributing with results that enable their use in the design of animal breeding programs aimed at maintaining the variability of the breed and decreasing race times. The score applied to CT, ranks animals based on comparing percentage winning time of each match. The analyzed data originates from the Brazilian Association of Breeders of Quarter Horse and Jockey Clube de Sorocaba's hippodrome, in Sao Paulo. The preparation of the initial data and statistical base was done using SAS software, the population parameters with the ENDOG software and the (co) variances and genetic parameters components with the THRGIBBS1F90 software. The CT characteristic was established in racing with 301 (CT301), 320 (CT320), 365 (CT3... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: João Ademir de Oliveira / Resumo: Dentre as informações fornecidas pelas metodologias que utilizam marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNPs), as de segmentos de homozigose (ROH) e de desequilíbrio de ligação têm colaborado para estudos de aplicação direta da informação genômica em populações de bovinos de corte, como em estudos de associação com cobertura ampla do genoma, de seleção genômica e de estrutura da população, dentre outros. Atualmente a imputação vem sendo utilizada principalmente para reduzir custos com a genotipagem dos animais e pode ser utilizada combinando informações genômicas de diferentes painéis. Para que dados imputados sejam utilizados de forma eficiente, é necessário que a imputação tenha sido implementada de forma que todos os animais tenham seus genótipos inferidos com elevada acurácia. No entanto, esta é verificada apenas se houver o genótipo real para avaliar a confiabilidade do genótipo imputado. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho foram: (1) estudar a imputação de painéis comercial e customizados de baixa densidade para painéis de alta densidade (Illumina e Affymetrix), assim como para um painel combinado (Illumina + Affymetrix) para bovinos da raça Nelore, e estudar o desequilíbrio de ligação e conformação de blocos de haplótipos antes e após a imputação; (2) estudar estratégias para predição da acurácia de imputação, utilizando redes neurais artificiais e regressão linear múltipla; (3) estudar os segmentos de homozigose e, com isso, a endogamia presente ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among all the information provided by methodologies that use single nucleotide polymorphism (SNPs), the runs of homozygosity (ROH) and linkage disequilibrium have been used for studies that explore genomic information in beef cattle population, as the genome-wide association, genomic selection, the structure of population and others. Nowadays, the imputation is used in these studies to reduce genomic costs and this also can be used combining genomic information from different panels. The animals used to be imputed should present genotypes inferred with high accuracy to allow the use imputed genotypes in other studies. However, the accuracy is verified only if there is a real genotype to evaluate the imputed genotype. Therefore, this study aimed: (1) Evaluate imputation of commercial and customized low density panels to high density panels (Illumina and Affymetrix), as well as to a combined panel (Illumina + Affymetrix) in Nelore beef cattle, and estimating linkage disequilibrium and haplotype blocks conformation to high density panels individually and after imputation; (2) Study a strategy to predict imputation accuracy using artificial neural network and linear regression; (3) Study runs of homozygosity and inbreeding in a populations from Nelore beef cattle, as well as identify genes present in ROH with high frequency in population. For ROH studies were used 34 bulls from different lines and the progeny, totalizing 809 Nelore animals genotyped with information of 509.107 SN... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Paulo Henrique Muller da Silva / Banca: Celso Luis Marino / Banca: Rinaldo Cesar de Paula / Banca: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: Testes de Progênies de polinização aberta ou controlada são técnicas que permitem ao melhorista orientar o seu programa de melhoramento com base no potencial genético do material de que dispõe. Na atualidade são empregados programas computacionais avançados com base em modelos matemáticos de genética quantitativa. A partir dos dados dos parâmetros genéticos quantitativos, parâmetros moleculares calculados com dados de DNA, avaliações aos 2, 5 e 7 anos de idade dos caracteres altura das plantas (ALT) (m), diâmetro à altura do peito (DAP) (cm), volume individual das árvores (VOL) (m), genotipagem de 33 genitores femininos e 41 masculinos, quando foram analisados 14 locos microssatélites SSR, pode-se traçar a linha de trabalho de melhoramento com segurança nos resultados almejados. O objetivo deste estudo foi (i) formar um pomar de recombinação, (ii) formar um pomar de hibridação com as melhores progênies das famílias, (iii) identificar as famílias excepcionais para propagação seminal e clonal, (iv) selecionar as 10 melhores progênies para clonagem e (v) formar um Pomar de Semente Testada com as populações genitoras feminina e masculina. O delineamento experimental do teste foi de blocos casualisados com 286 tratamentos (cruzamentos), em 8 repetições de parcelas lineares de 6 plantas. O teste da razão de verossimilhança (LTR) revelou diferenças de alta significância, ao nível de 1% de probabilidade (p<0,001), entre todos os caracteres avaliados e em todas as idades de avaliação.... / Abstract: Progeny tests of open or controlled pollination are techniques that allow the breeder to guide its improvement program based on the genetic material of the available material. At the present time advanced computer programs based on mathematical models of quantitative genetics are used. From data of the quantitative genetic parameters, molecular parameters calculated with DNA data, evaluations at 2, 5 and 7 years of age of characters, height of plants (HGT) (m), diameter at breast height (DBH) (cm), individual volume of trees (VOL) (m) and genotyping of 33 female and 41 male parents, when fourteen SSR microsatellite loci were analyzed, it is possible to draw the working line for safely improving the desired results. The objective of this study is (i) forming a recombination orchard, (ii) forming a hybridization orchard with the best progenies of the families, (iii) identifying exceptional families to seed and clonal propagation, (iv) selecting the 10 best progenies for cloning and (v) creating an Orchard of Tested Seeds with female progenitor population. The experimental design of the test was the one of randomized blocks with 286 treatments (crossings) in eight repetitions of linear parcels of 6 plants. The likelihood ratio test (LRT) revealed differences of high significance, at the level of 1% of probability (p<0.001), between all evaluated characters and in all evaluating ages. Individual heritability between sexes in the restricted sense (h2 a) was approximately the double or the heritability of dominance effects between males and females (h2 dom). Individual heritability between sexes in the broad sense, in other words, of total phenotypic effects (h2 g) was 0.4 at two years, 0.34 at five years and 0.21 at seven years of age. Those values indicate success of population selection. General accuracy of males (Gacm), general accuracy of females (Gafm) and general accuracy of plant breeding (Gacgcross ... / Doutor

Esta tesis se propone como objetivo general comprobar la utilidad de la variación microsatélite en el manejo de poblaciones de tres especies con gran interés económico: el salmón atlántico Salmo salar L, el rodaballo Scophthalmus maximus, y el camarón blanco Litopenaeus schmitti. Los resultados obtenidos demuestran que los loci microsatélites son útiles para el manejo de reproductores en las estaciones de cultivo a través del establecimiento de pedigríes si se tienen en cuenta: un análisis previo de variabilidad en los reproductores, la posibilidad de mutaciones y alelos nulos y las relaciones genéticas existentes entre los reproductores. No se encuentra una relación alelos-caracteres de interés comercial en el cultivo, aunque si asociación entre la heterocigosidad enzimática y estos últimos mientras parece no existir ninguna relación con la heterocigosidad microsatélite. Nuestros resultados apoyan la idea de que las enzimas, a través del control del metabolismo, juegan un papel fundamental en el incremento de la eficacia biológica de los individuos. Finalmente, los loci microsatélites muestran mayores niveles de variabilidad que la enzimas en poblaciones naturales, aunque el reparto de esa variabilidad genética es similar para ambos marcadores en camarón. No obstante, la mayor variabilidad de los microsatélites permite asignar los individuos a sus poblaciones de origen, lo cual sería de gran utilidad en el manejo de poblaciones naturales y cultivadas.

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Carlos Antonio Lopes de Oliveira / Banca: Humberto Tonhati / Resumo: Os programas de melhoramento em espécies aquícolas apresentam, no geral, um número restrito de famílias e um pequeno tamanho efetivo populacional, levando ao acasalamento de animais aparentados e, consequentemente, ao aumento da endogamia. Por sua vez, maiores níveis de endogamia tendem a ocasionar queda no desempenho dos animais causada pela depressão endogâmica. O objetivo deste estudo foi estimar os níveis de endogamia e depressão endogâmica sobre as características de peso à despesca, comprimento à despesca e resistência a Piscirickettsia salmonis em uma população de salmão coho. A resistência a Piscirickettsia salmonis foi definida como o dia da morte de cada peixe após desafio conduzido em dois anos, com média de 42 dias em 2012 e 14 dias no ano de 2014. Foi utilizado um banco de dados composto por 53.504 observações, provenientes de nove gerações e 930 famílias. A estimação dos componentes de variância e endogamia foram obtidas utilizando o programa computacional AIREMLF90 e os valores de depressão endogâmica foram estimados a partir de um modelo animal. Os valores observados para o coeficiente de endogamia foram crescentes ao longo das gerações, com uma taxa média máxima de 8,75% no ano de 2014. A depressão endogâmica afetou em maior nível as características de peso à despesca e dia de morte, com redução de 6,4 e 9,2% no desempenho dos animais, respectivamente, para o nível máximo de endogamia observado (30%). Os resultados indicam a necessidade de uso de estratégias ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Aquaculture breeding programs present, in general, low number of families and reduced effective population size, resulting in mating of related animals and, consequently, increased level of inbreeding. High inbreeding coefficient may negatively impact the animals' performance due to inbreeding depression. The objective of this study was to estimate inbreeding coefficient and inbreeding depression on growth traits and resistance against Piscirickettsia salmonis in a coho salmon population. Resistance against P. salmonis was defined as days to death of each fish after being challenged in two different years, with an average of 42 days in 2012 and 14 days in 2014. Data of 53,504 animals from 930 families was analyzed. Variance components were estimated using the software AIREMLF90, and inbreeding depression was estimated under an animal model. An increasing rate of inbreeding was observed, attaining an average of 8.75% in 2014. Inbreeding depression was more pronounced for harvest weight (PD) and days to death (DM), in comparison with harvest length. At the highest observed inbreeding level (30%), the estimated reduction caused by inbreeding depression was equal to 6,4% for PD and 9,2% for DM. The results indicate the necessity to control inbreeding more effectively for the studied coho salmon population, to guarantee genetic progress in the long term. / Mestre