Submitted by UDENYS CABRAL MENDES (udenys-agro@hotmail.com) on 2018-07-26T20:09:50Z No. of bitstreams: 1 Tese_Udenys.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) / Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-07-27T14:04:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mendes_uc_dr_ilha.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T14:04:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mendes_uc_dr_ilha.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) Previous issue date: 2018-04-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O melhoramento genético de uma espécie alógama como o milho, pode ser dirigido essencialmente visando duas alternativas: a obtenção de populações melhoradas, ou a obtenção de uma geração F1 com vigor de híbrido. No caso de melhoramento de populações ocorre a oportunidade de incorporar novas fontes de germoplasma. de particular interesse por representar resultado de seleção específica para doenças foliares e outros caracteres.Germoplasma exótico (incluindo acessos do Brasil e de outros países) é aquele que não pertence à base genética comumente em uso no melhoramento, podendo assim contribuir com novos alelos que resultarão em aumento da variabilidade genética útil para o melhoramento. Os objetivos do trabalho foi verificar o valor genético-agronômico dos compostos recém sintetizados, o efeito depressivo da endogamia e inferir sobre a viabilidade de um programa de seleção recorrente visando o melhoramento intrapopulacional. Foram avaliadas as populações NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 e NAP-DB x HG-49, com dois níveis de endogamia (S0 e S1), no sistema de macroparcelas, e 100 progênies de irmãos germanos e 50 progênies endogâmicas S1 das populações NAP-FA x HG-71 e NAP-DB x HG-49. Nas duas situações os experimentos foram delineados em blocos casualizados com três repetições em três e dois locais respectivamente. Foram avaliados os caracteres florescimento masculino e feminino, altura da planta e da espiga, comprimento e diâmetro de espiga, resistência a doenças foliares, acamamento, quebramento, espigas gessadas e produtividade de grãos. Foram estimados os parâmetros herdabilidade no sentido amplo e restrito, ganho com a seleção e correlação genotípica e fenotípica entre os caracteres. As populações apresentam bom potencial de produtividade de grãos, valor para melhoramento visando a introgressão de diferentes fontes de germoplasma no sistema de melhoramento e possuem elevado valor genético, tanto para produtividade como para outros caracteres agronômicos de interesse. As progênies de irmãos germanos com produtividade de grãos de 67,4%, 61,7%, 51,3% e 84,65% em relação às testemunhas nas duas localidades respectivamente, indicam a viabilidade da introgressão de germoplasma no sistema de melhorameto. As progênies S1 apresentam variabilidade suficiente para serem exploradas em programas de seleção recorrente. Os resultados também indicaram a existência de progênies com menor depressão por endogamia, que podem ser exploradas em programas de seleção interpopulacional e para extração de linhagens. / Genetic improvement of an allogamous specie such as maize, can be directed essentially towards two alternatives: obtaining improved populations or obtaining an F1 generation with hybrid vigor. In the case of population improvement there is an opportunity to incorporate new sources of germplasm with particular interest because it represents a result of specific selection for foliar diseases and other characters. Exotic germplasm (including access from Brazil and other countries) is one that does not belong to the genetic base commonly used in breeding, thus contributing with new alleles that will result in increased genetic variability useful for breeding. The objectives of the study were to verify the genetic and agronomic value of the newly synthesized composites, the depressive effect of inbreeding and to infer about the viability of a recurrent selection program aiming at intrapopulation improvement. Were evaluated the populations NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 and [NAP-DB x HG-4], with two levels of inbreeding (S0 and S1) in macro plots system and 100 progenies of full-sibs and 50 endogamous progeny S1 from the NAP-FA x HG-71 and NAP-DB x HG-49 populations. In both situations, the experiments were in randomized blocks with three replicates in three and two locations respectively. The flowering characteristics of male and female, plant height, ear height, ear length, ear diameter, resistance to foliar diseases, lodging, breakage, ears bada granades and grain yield. Were estimates parameters heritability in the broad and restricted sense, gain with selection and genotypic and phenotypic correlation between the characters. The populations present good potential of grain yield, value for improvement aiming at the introgression of different sources of germplasm in breeding system and have high genetic value, both for productivity and for other agronomic traits of interest. The progenies of full-sibs with grain yield of 67,4%, 61,7%, 51,3% and 84,65% in relation to the check in two locations respectively, indicate the viability of the introgression of germplasm in the breeding system. The S1 progenies presented sufficient variability to be explored in recurrent selection programs. The results also indicated the existence of progenies with lower inbreeding depression, which can be explored in populations selection programs and and extraction of inbred lines.

Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Resumo: O melhoramento genético de uma espécie alógama como o milho, pode ser dirigido essencialmente visando duas alternativas: a obtenção de populações melhoradas, ou a obtenção de uma geração F1 com vigor de híbrido. No caso de melhoramento de populações ocorre a oportunidade de incorporar novas fontes de germoplasma. de particular interesse por representar resultado de seleção específica para doenças foliares e outros caracteres.Germoplasma exótico (incluindo acessos do Brasil e de outros países) é aquele que não pertence à base genética comumente em uso no melhoramento, podendo assim contribuir com novos alelos que resultarão em aumento da variabilidade genética útil para o melhoramento. Os objetivos do trabalho foi verificar o valor genético-agronômico dos compostos recém sintetizados, o efeito depressivo da endogamia e inferir sobre a viabilidade de um programa de seleção recorrente visando o melhoramento intrapopulacional. Foram avaliadas as populações NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 e NAP-DB x HG-49, com dois níveis de endogamia (S0 e S1), no sistema de macroparcelas, e 100 progênies de irmãos germanos e 50 progênies endogâmicas S1 das populações NAP-FA x HG-71 e NAP-DB x HG-49. Nas duas situações os experimentos foram delineados em blocos casualizados com três repetições em três e dois locais respectivamente. Foram avaliados os caracteres florescimento masculino e feminino, altura da planta e da espiga, comprimento e diâmetro de espiga, resistência a doenças ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic improvement of an allogamous specie such as maize, can be directed essentially towards two alternatives: obtaining improved populations or obtaining an F1 generation with hybrid vigor. In the case of population improvement there is an opportunity to incorporate new sources of germplasm with particular interest because it represents a result of specific selection for foliar diseases and other characters. Exotic germplasm (including access from Brazil and other countries) is one that does not belong to the genetic base commonly used in breeding, thus contributing with new alleles that will result in increased genetic variability useful for breeding. The objectives of the study were to verify the genetic and agronomic value of the newly synthesized composites, the depressive effect of inbreeding and to infer about the viability of a recurrent selection program aiming at intrapopulation improvement. Were evaluated the populations NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 and [NAP-DB x HG-4], with two levels of inbreeding (S0 and S1) in macro plots system and 100 progenies of full-sibs and 50 endogamous progeny S1 from the NAP-FA x HG-71 and NAP-DB x HG-49 populations. In both situations, the experiments were in randomized blocks with three replicates in three and two locations respectively. The flowering characteristics of male and female, plant height, ear height, ear length, ear diameter, resistance to foliar diseases, lodging, breakage, ears bada granades and grai... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1331628 bytes, checksum: d23d15fc5ae8b94e243a3f2ec1f29ed1 (MD5) Previous issue date: 2010-03-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Embrapa Dairy has been developing for 25 years the National Program for Improvement of Dairy Gir - PNMGIL - which aims to promote the breeding Gir through the selection of top bulls. The program uses information from progeny of bulls on test, it is important to have information on paternity, since misidentification of membership can affect the genetic gain. This work used molecular markers to verify the pedigree of animals belonging to PNMGIL, check the frequency of paternity errors by farms and bull tested, verify the frequency of alleles in the analyzed population and the efficiency of markers used. Blood samples from 303 daughters were collected of 55 bulls from 74 different farms, 15 farms Gir pure and 59 of Gir x Holstein. 11 markers belonging to Kit StockMarks for Cattle® Bovine Paternity PCR Typing and five additional markers recommended by ISAG (International Society of Animal Genetics) were used. PCR products were analyzed on DNA sequencer MegaBACE 1000. The analysis of the fragments was done in the Fragment Profiler software and the application software POPGENE 1.32 was used to calculate observed and expected heterozygosity, allelic frequency and number of alleles. PIC values were calculated in the program PowerStats v1.2 and SAS ® software was used to estimate errors frequencies per farms. Paternity exclusion was seen when two or more markers were not shared between father and daughter. We found a total of 18.15% of paternity errors in all cases analyzed. Errors of 19.28% and 17.73% were found on Gir cattle farms and Gir x Holstein, respectively. The 55 tested bulls, in 22 were not errors observed and 33 presented at least one error of paternity. The bulls with semen for insemination of more widespread cows had a greater number of errors when compared to bulls with semen less widespread. The markers with highest number of alleles were ETH3, 11-3 and 28-2 with 17 alleles each and a marker with the lowest was the BM1824 with 9 alleles. The mean expected and observed heterozygosity of the markers were 0.7682 and 0.7136, respectively. The average PIC for all markers was 0.78, ranging from 0.59 (ETH3) to 0.86 (28-2), values which show high polymorphisms rate to markers. Combined power of exclusion for the markers used in this study was higher than 99.99%, showing that they were efficient to perform the paternity test while not specific to the population studied. Using the most informative markers for the population tested can reduce the number of markers used, which could reduce the cost of paternity testing. For this, a specific panel for zebu must be prepared. / A Embrapa Gado de Leite e a ABCGIL vêm desenvolvendo há 25 anos o Programa Nacional de Melhoramento de Gir Leiteiro PNMGIL que tem como objetivo promover o melhoramento genético da raça Gir por meio da seleção de touros geneticamente superiores, por meio de informações de suas progênies. Para avaliação genética dos touros em teste de progênie utiliza-se as informações das suas filhas, sendo importante a precisa informação de paternidade, uma vez que erros de identificação de filiação podem afetar o ganho genético. O objetivo deste trabalho foi utilizar marcadores moleculares para verificar a genealogia de animais pertencentes ao PNMGIL, verificar a freqüência de erros de paternidade encontrada por fazenda e touro analisados, a freqüência dos alelos encontrados na população e a eficiência dos marcadores utilizados. Para isso foram coletadas amostras de sangue de 303 filhas de 55 touros diferentes em 74 fazendas, sendo 15 fazendas criadoras de Gir puro e 59 criadoras de Gir x Holandês. Foram analisados 11 marcadores pertencentes ao Kit StockMarks for Cattle® Bovine Paternity PCR Typing recomendados pela ISAG (International Society of Animal Genetics) e cinco marcadores adicionais. Os produtos de PCR foram analisados no seqüenciador de DNA Megabace 1000, a análise dos fragmentos foi feita no software Fragment Profiler e os valores de heterozigosidade esperada e observada, freqüência alélica e número de alelos foram calculados com o aplicativo POPGENE 1.32. Os valores de PIC (conteúdo polimórfico informativo) foram calculados no programa PowerStats v1.2 e os valores das freqüências de erros por fazendas foram calculados no software SAS®. A exclusão de paternidade foi considerada quando os alelos de dois ou mais marcadores não foram compartilhados entre pai e filha. Foi encontrado um total de 18,15% de erros de paternidade em todos os casos analisados. Erros de 19,28% e 17,73% foram encontrados nas fazendas de gado Gir e Gir x Holandês, respectivamente. Analisando o número de erros por touros foi encontrado que 22 touros não apresentaram erros e 33 touros tiveram pelo menos um erro de paternidade. Os touros com sêmen mais difundido para inseminação das vacas apresentaram maior número de erros, quando comparados aos touros com sêmen menos difundido. Os marcadores com maior número de alelos foram o ETH3, 11-3 e 28-2 com 17 alelos cada um e o marcador com menor número foi o BM1824 com 9 alelos. As médias da heterozigosidade esperada e observada dos marcadores foram de 0,7682 e de 0,7136, respectivamente. O valor médio de PIC para todos os marcadores foi de 0,78, variando de 0,59 (ETH3) a 0,86 (28-2), valores que demonstram o alto índice de polimorfismo dos marcadores. O poder de exclusão combinado para os marcadores utilizados no presente estudo foi maior que 99,99%, mostrando que estes foram eficientes para realização do teste de paternidade mesmo não sendo específicos para a população analisada. Utilizando-se marcadores mais informativos para a população analisada pode-se reduzir o número de marcadores utilizados, o que poderá diminuir o custo dos testes de paternidade. Para isso, um painel específico para zebuínos deve ser elaborado.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 284176 bytes, checksum: db85d780c7737cd4a4acbb868602d9d7 (MD5) Previous issue date: 2006-10-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This study aimed to evaluate the Inbreeding trends on Holstein breed and study it s effect on milk yield. The pedigree data contained 248.141 Holstein animals born between 1960 e 2002. Data set was edited to maintain cows with age of calving between 18 and 24 months, year of born between 1981 and 2002, year of calving between 1984 and 2004, breed composition with purebred and grade bred resulting in 98.524 observations of first lactation. Inbreeding coefficient was calculated by using MTDFREML software. In addition, effective size population (Ne) and generation interval were calculated. To study the Inbreeding trend, a superposition of generations is frequent on cattle being necessary infer to which generation the individual belongs by calculating the generation coefficient. A model was proposed considered fixed effects of herd-year, breed grade and season of calving; and Inbreeding and age of calving as covariables. Solutions of fixed effects were obtained by software BLUPf90. After verifying significance on Inbreeding effect, a regression analysis was made to milk yield on first lactation including linear and quadratic effects of the Inbreeding coefficients. Results indicate that out of 320.712 animals with 0,38% Inbreeding coefficient (F), 53.411 showed positive F values with 1,30% of average F varying from 0,01% to 31,20%. F has decreased considering just inbred animals when analyzed by year or generation. Only 16,65 % of the animals (53.411) in population were inbred. There was an increasing on inbred animals when evaluating the evolution on number of inbred animals in relation to total population by year or generation. By year of born, the higher percentage of inbred animals (43,50%) appeared in 1998 trending to reduce until 31% in 2002. Ne was higher than recommended (40 per generation) on first four generations. Sire son generation interval was higher than the others (Sire daughter, Dams son, Dams daughter). A higher average F was found (6,23%) when only animals with yield data were analyzed. Only quadratic effect on Inbreeding grades was not significant from all the sources of variation used on the proposed model. A linear coefficient of 22,60 kg was found for each 1% of increasing on Inbreeding. The average Inbreeding for Holstein animals in Brazil can be considered low for the total population and inbred animals. Although current levels of Inbreeding are considered low, milk yield on first lactation was significantly affected. / A realização deste trabalho teve como objetivo avaliar as tendências da endogamia na raça Holandesa e estudar os seus efeitos sobre a produção de leite. O arquivo de pedigree utilizado nas análises era composto por 248.141 animais da raça Holandesa nascidos entre 1960 e 2002. 98.524 observações de primeira lactação. O arquivo de lactações foi editado para manter animais com idade ao parto entre 18 e 24 meses, ano de nascimento entre 1981 e 2002, ano de parto entre 1984 e 2004, composição racial puras de origem e puras por cruza resultando em 98.524 observações de primeira lactação. O coeficiente de endogamia foi calculado para cada animal utilizando-se o programa MTDFREML. Adicionalmente foram calculados Tamanho Efetivo de População (Ne) e intervalo de geração. A sobreposição de gerações é freqüente em bovinos, tornando-se necessário inferir a que geração os indivíduos pertencem para estudar a tendência da endogamia. Para isso, utilizou-se o coeficiente de geração. O modelo utilizado na análise considerou os efeitos fixos rebanho-ano, grupo genético e estação de parto; e as covariáveis endogamia e idade ao parto. Para obter as soluções dos efeitos fixos foi utilizado o programa BLUPf90. Constatada a significância do efeito da endogamia, foi feita análise de regressão da característica produção de leite na primeira lactação incluindo efeitos linear e quadrático dos coeficientes de endogamia. Os resultados indicam que 320.712 animais com um coeficiente de endogamia (F) de 0,38%, dos quais 53.411 apresentaram valores positivos de F, e o F médio foi de 2,30% com variação de 0,01% a 31,20%. O F considerando apenas os animais endogâmicos decresceu tanto quando analisado por ano quanto por geração. Apenas 16,65% dos animais da população eram endogâmicos (53.411 animais). Quando analisado a evolução do número de animais endogâmicos em relação à população total, tanto por ano como por geração, houve uma tendência de aumento na quantidade de animais endogâmicos. Por ano de nascimento, a maior percentagem de animais endogâmicos foi 43,50% foi em 1998, depois houve uma tendência de redução até o ano de 2002, quando foram observados 31% de animais endogâmicos. Os valores do Ne foram acima do recomendado (40 por geração) nas quatro primeiras gerações. O intervalo de geração Touro Filho foi maior em relação aos demais (Touro Filha, Vacas Filho, Vacas Filha). Analisando somente os animais que possuíam dados de produção, foi encontrado valores de F acima da média da população (6,23%). De todas as fontes de variação utilizadas no modelo estatístico proposto, somente o efeito quadrático das classes de endogamia não foi significativo. O coeficiente de regressão linear encontrado foi - 22,60 kg para cada 1% de aumento no coeficiente de endogamia com coeficiente de determinação de 55,24%. As médias de endogamia para a população de animais da raça Holandesa no Brasil podem ser consideradas baixas, tanto para a população total quanto a de animais endogâmicos. Apesar dos níveis atuais serem baixos, a endogamia afetou de forma significativa a produção de leite na primeira lactação.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2017-11-27T12:08:46Z No. of bitstreams: 1 PDF - Karolline Souza Monteiro.pdf: 24348787 bytes, checksum: 89420de2cfe204c1a7769d54b4d7e350 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2017-12-06T18:43:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Karolline Souza Monteiro.pdf: 24348787 bytes, checksum: 89420de2cfe204c1a7769d54b4d7e350 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-06T18:43:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Karolline Souza Monteiro.pdf: 24348787 bytes, checksum: 89420de2cfe204c1a7769d54b4d7e350 (MD5) Previous issue date: 2015-07-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Introduction: The states of Northeastern Brazil have high frequency of consanguineous marriages, which contributes to the increased frequency of physical disabilities associated with genetic diseases of recessive inheritance. Objective: The aim of this study was to develop tools to investigate the etiologic factors associated with physical disability and perform the clinical, genetic, as necessary, and functional diagnosis of individuals with physical disabilities in two municipalities. Methodology: The first descriptive and quantitative study developed an information collection instrument on people with disabilities and compared data collected by 37 community health agents with those obtained by researchers to evaluate the reliability of information. Data were analyzed using the SPSS 22.0 software. Frequency distribution tables were constructed for categorical variables and means for numeric variables. The inter-observer simple agreement percentage for records groups and Kappa (κ) were used to calculate the inter-observer agreement of etiological approach groups. In the second population-based study, a sample of 139 people with physical disabilities was assessed from the clinical-genetic and functional point of view to assess the contribution of different etiological factors in its determination. Data were analyzed using the SPSS 22.0 software adopting significance level of 5%. Frequency, prevalence and prevalence ratio of data were calculated. Results: Health agents underestimated the prevalence of physical disability in relation to researchers, although the information agreement for the classification categories has been above 80%, with Kappa of 0.582 (p <0.001). Related couples are 3.26 more likely to have children with physical disability compared to unrelated couples. Environmental or acquired factors cause 47.40% of disabilit ies and external causes are the most prevalent; genetic etiology disabilit ies accounted for 16.50% of the sample, and genetic syndromes and congenital malformations are the most prevalent; 22.30% had multifactorial origin such as stroke and kyphoscoliosis, and 13.66% remained undiagnosed. Most individuals with disabilities were independent and could perform activities of daily living in a modified form. As for the demand for assistive technology and rehabilitation services, only 7.20% received physiotherapy care, 70.50% needed equipment; however, only 41.00% had it at the time of interview. Conclusion: The results show that it is possible to qualify the information collected about people with physical disabilities by improving current strategies and information systems in primary care. Due to consanguineous marriages, populations from northeastern Brazil have higher prevalence of this type of disability and need genetic counseling services and greater coverage by rehabilitation services and assistive technology. / Introdução: Os estados do Nordeste brasileiro possuem elevada frequência de casamentos consanguíneos, o que contribui para o aumento da frequência de deficiências físicas associadas às doenças genéticas de herança recessiva. Objetivo: O objetivo deste trabalho foi desenvolver instrumentos para investigar os fatores etiológicos associados à deficiência física e realizar o diagnóstico clínico, genético, quando necessário, e funcional de indivíduos com deficiência física em dois municípios da região. Metodologia: No primeiro estudo, descritivo e de abordagem quantitativa, foi desenvolvido um instrumento de coleta de informação sobre pessoas com deficiência física e foram comparados os dados colhidos por 37 Agentes Comunitários de Saúde em relação aos obtidos por pesquisadores para avaliação de confiabilidade dessa informação. Os dados foram analisados no software SPSS 22.0. Foram construídas tabelas de distribuição de frequência para as variáveis categóricas e médias para as numéricas. Utilizou-se o percentual simples de concordância inter observador para os grupos da ficha, e a estatística Kappa (κ) para cálculo da concordância inter observadores dos grupos de aproximação etiológica. No segundo estudo, de base populacional, uma amostra de 139 pessoas com deficiência física foi avaliada sob o ponto de vista clínico-genético e funcional para avaliar a contribuição de diferentes fatores etiológicos na sua determinação. Os dados foram analisados no software SPSS 22.0, adotando-se o nível de significância de 5%. Calculou-se a freqüência, prevalência e a razão de prevalência dos dados. Resultados: Os agentes subestimaram a prevalência de deficiência física em relação aos pesquisadores, embora a concordância da informação para as categorias de classificação tenha sido superior a 80%, com Kappa de 0,582 (p<0,001). Os casais aparentados possuem 3,26 vezes mais filhos com algum tipo de deficiência em comparação aos casais não consanguíneos. Os fatores ambientais ou adquiridos causam 47,40% das deficiências, sendo as causas externas as mais prevalentes; as deficiências de etiologia genética corresponderam a 16,50% da amostra, sendo as mais prevalentes as síndromes genéticas e as malformações congênitas; 22,30% tiveram origem multifatorial, como o acidente vascular encefálico e a cifoescoliose, e13,66% permaneceram sem diagnóstico. A maior parte das pessoas com deficiência avaliadas era independente e conseguiam realiza, ainda de forma modificada, as atividades da vida diária. Quanto às demandas por tecnologia assistiva e serviços de reabilitação, apenas 7,20% recebiam atendimento fisioterapeutico, 70,50% necessitavam de equipamentos, no entanto, só 41,00% possuíam no momento da entrevista. Conclusão: Os resultados desta pesquisa mostram que é possível qualificar a informação colhida sobre pessoas com deficiência física melhorando e aperfeiçoando as estratégias e sistemas de informação já existentes na Atenção Básica. As populações do nordeste brasileiro, devido à consanguinidade, possuem maior prevalência desse tipo de deficiência e necessitam de serviços de aconselhamento genético e maior número de serviços de reabilitação e de tecnologia assistiva.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:06:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4704_1.pdf: 1942514 bytes, checksum: e02175016755b79a0409d191c9163f7c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Este estudo contextualiza a questão da Endogamia baseada em Consamentos Consangüíneos como opção preferencial de uma determinada família do município de Conceição do Vale do Piancó, sertão do Estado da Paraíba, como um estudo de caso. Enfatiza a complexidade do estudo desse costume transcendendo das questões estruturais e do sistema de organização de parentesco, do estudo da estrutura da família em si mesma, fazendo uso da história, da demografia histórica e da genealogia, documentos e registros cartoriais e paroquiais, como método de pesquisa para compreensão da sua lógica e como entendimento e parâmetro do que se apresenta como real , contrapondo-se ao imaginário, na análise e interpretação das narrativas e das estórias, da oral e da escrita não oficial, tiradas a partir da perspectiva dos entrevistados. Em conclusão, tornou-se evidente a existência de vários tipos de preconceito, para alimentar a idéia central de uma possível pureza de sangue do grupo que, com identidade e representatividade social, vai se fortalecer politicamente

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-07-04T15:11:01Z No. of bitstreams: 1 Carlos Alberto dos Santos Deroide.pdf: 655903 bytes, checksum: 04b91e344e73d64a52b0ef2ea8e4d54e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-04T15:11:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos Alberto dos Santos Deroide.pdf: 655903 bytes, checksum: 04b91e344e73d64a52b0ef2ea8e4d54e (MD5) Previous issue date: 2014-02-07 / This study aimed to evaluate the effect of inbreeding, as well as environmental factors such order of parity, age of goat at calving and contemporary group (herd-year-season), on the total production of milk, fat, protein and dry extract of Murciano-Granadina goats in Spain. Genealogical trees of 11,926 females were traced to calculate the inbreeding coefficient for each animal. Then 22,832 lactations of these females were analyzed, standardized to 210 days of lactation, containing information of the total milk, fat, protein and dry extract production. It was used the least squares method, including the fixed effects of order of parity, age of goat at calving and contemporary group, and the rate of inbreeding as a continuous variable, considering linear and quadratic effects. Only 1.18% of the animals presented inbreeding, and the average population was of low magnitude (0.24%). However, among inbred animals, the average was considered high (20.31%). The total average of milk, fat, protein and dry extract production are within the range considered normal for the breed. The variables order of parity, age of goat at calving and contemporary group exerted great influence on the milk production and composition. Inbreeding had quadratic effect on total milk production with minimum point at 10.59% of inbreeding. For total production of fat and dry extract the influence was positive linear. There was no effect of inbreeding on total protein production. In general, the inbreeding does not present a problem over the milk traits in the evaluated period. / Este trabalho teve por objetivo avaliar o efeito da endogamia, além de fatores ambientais como ordem de parto, idade da cabra ao parto e grupo de contemporâneos (ano-rebanho-estação) sobre a produção total de leite, gordura, proteína e extrato seco de cabras da raça Murciano-Granadina da Espanha. Foram traçadas árvores genealógicas de 11.926 fêmeas para que fosse calculado o coeficiente de endogamia de cada animal. Em seguida foram analisadas 22.832 lactações das fêmeas, padronizadas aos 210 dias, contendo informações da produção total de leite, gordura, proteína e extrato seco. Foi utilizado o método dos quadrados mínimos, incluindo-se os efeitos fixos de ordem de parto, idade da cabra ao parto e grupo de contemporâneos, e a taxa de endogamia como variável contínua, considerando-se efeito linear e quadrático. Somente 1,18% dos animais estudados apresentaram endogamia, sendo a média populacional de baixa magnitude (0,24%). No entanto, dentre os animais endogâmicos, a média foi considerada alta (20,31%). A produção total média de leite, gordura, proteína e extrato seco estão dentro dos valores considerados normais para a raça. As variáveis ordem de parto, idade cabra ao parto e grupo de contemporâneos exerceram grande influência sobre a produção e composição do leite. A endogamia teve efeito quadrático sobre a produção total de leite com ponto de mínimo em 10,59% de endogamia. Para produção total de gordura e extrato seco a influência foi linear positiva. Não se observou efeito da endogamia sobre a produção total de proteína. Em geral, a endogamia não representa problema sobre as características de produção de leite no período estudado.

O composto GN-04 foi utilizado no presente trabalho, tendo por objetivo: a) avaliar o efeito do processo dispersivo em subpopulações de milho com diferentes tamanhos efetivos, e submetidas previamente à seleção divergente para alta e baixa produção; b) avaliar a capacidade de combinação e o potencial heterótico dessas subpopulações e c) estimar componentes da variância genética no composto GN-04, usando o esquema de cruzamento em cadeia. Um lote do referido composto foi plantado visando à obtenção de três diferentes progênies: S1, por autofecundação; irmãos germanos, cruzamento planta a planta e cruzamentos em cadeia, seguindo o esquema 1 x 2, 2 x 3 e 3 x 1. Foram obtidas 77 progênies S1, 75 de irmãos germanos e 72 cadeias, contituidas de três cruzamentos. As progênies de cada tipo foram avaliadas em ensaios distintos, em dois locais, de acordo com o delineamento em blocos casualizados, com três repetições. Os caracteres avaliados foram: altura da planta (AP), altura da espiga (AE), comprimento da espiga (CE), diâmetro da espiga (DE), peso de espigas (PE) e prolificidade (PR). Com base nos valores médios do caráter PE, foram selecionadas 10 progênies de irmãos germanos,10 de S1 e 10 cadeias, sendo cada grupo de materiais constituído das cinco progênies ou cadeias mais produtivas, e das cinco menos produtivas. A recombinação das progênies selecionadas ou cadeias ensejou a obtenção de subpopulações com diferentes tamanhos efetivos: N1, N2 e N3, que correspondem a taxas de endogamia de 50%, 25% e 17%, para S1’s, irmãos germanos e cadeias, respectivamente. Essas subpopulações foram avaliadas posteriormente com base no seu desempenho per se e em cruzamentos ‘topcrosses’ e dialélicos. Os resultados desta avaliação mostraram que o tamanho reduzido das subpopulações provocou o surgimento de valores médios inferiores ou superiores à média estimada da população original, em conseqüência da deriva genética. Os valores médios de todos os caracteres foram afetados pela redução no tamanho efetivo das subpopulações, em conseqüência da depressão por endogamia, a qual se expressou com mais intensidade no caráter PE: em subpopulações com N3 e N1, no nível de seleção positiva, o efeito da depressão foi de 5,20% e 20,07%, respectivamente, e no nível de seleção negativa, 15,98% e 55,76%, respectivamente. A seleção divergente entre subpopulações resultou em diferenciação genética suficiente para expressar heterose em cruzamentos entre subpopulações com o mesmo tamanho efetivo. As estimativas da variância aditiva do composto GN-04, com base na análise da variância conjunta dos experimentos com progênies de cruzamentos em cadeia, para os caracteres PE, CE, DE, PR, AP e AE foram, respectivamente: 128,00 (g/pl)², 1,490 (cm/esp.)², 0,1704 (cm/esp.)², 0,0200 (esp./pl)², 256,55 (cm/pl)² e 136,80 (cm/pl)². Estimativas negativas da variância aditiva foram obtidas para os caracteres CE, DE, AP e AE; para os caracteres PE e PR as estimativas foram 185,00 (g/pl)² e 0,0188 (esp./pl)², respectivamente. O delineamento de cruzamentos em cadeia de tamanho 3, tendo em vista a facilidade de execução, pode ser uma alternativa a delineamentos de execução mais complexa para estimar componentes da variância. / The composite GN-04 was used in the present work with the objetives: a) evaluation of the effect of the dispersive process in subpopulations of maize with different effective sizes, and submitted to divergent selection for higth and low yield; b) evaluation of the combining ability and heterotic potential of the subpopulations; and c) to estimate components of the genetic variance in the composite GN-04, using chain crosses. A pollination block of the base population was planted for the development of three different progenies: S1 progenies obtained by selfing, full-sib progenies obtained by plant-to-plant crosses, and chain crosses following the scheme: 1 x 2, 2 x 3 e 3 x 1. The numbers of progenies were: 77 S1´s, 75 full-sibs and 72 chains represented by three crosses in each chain. The progenies from each type were evaluated in different experiments in two locations following the randomized complete block design with three replications. The following traits were analysed: plant height (AP), ear height (AE), ear length (CE), ear diameter (DE), ear weight (PE) and prolificacy (PR). Observed means of PE were used for selection of 10 full-sib progenies, 10 S1´s progenies and 10 complete chains, each group being represented by five high yielding and five low yielding progenies or chains. The recombination of the selected progenies or chains, individually, led to the development of subpopulations with different effective sizes: N1, N2 and N3, corresponding to inbreeding rates of 50%, 25% and 17% for S1´s, full-sibs and chain crosses, respectively. The subpopulations were later evaluated based on their performance per se, in the topcrosses and in diallel crosses. Results showed that the reduced size of the subpopulations led to changes in the means of the evaluated traits, which were smaller or higher than the original means as a consequence of genetic drift. On the average, all traits showed a decrease in the mean as a consequence of inbreeding depression. The most depressive trait was PE and the depression effects in subpopulations with N3 and N1 were 7.17% and 22.94% in the positive selection and 16.85% and 55.91% in the negative selection. The divergent selection among subpopulations led to a genetic differentiation sufficient for the expression of heterosis in crosses between subpopulations in the same level of effective size. The estimates of the additive genetic variance in the composite GN-04 were obtained from the analysis of chain crosses. The estimates for the traits PE, CE, DE, PR, AP and AE were, respectively: 128.00 (g/pl)², 1.490 (cm/esp.)², 0.1704 (cm/esp.)², 0.0200 (esp./pl)², 256.55 (cm/pl)² and 136.80 (cm/pl)². Negative estimates of the dominance variance were obtained for the traits CE, DE, AP and AE; for the traits PE and PR, the estimates were 185.00 (g/pl)² and 0.0188 (esp./pl)², respectively. The mating design based on chain crosses with size 3 was considered feasible and easy to be used and can be a reliable alternative as compared with other more complex designs.

Orientadora: Profa. Dra. Cibele Biondo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Evolução e Diversidade, São Bernardo do Campo, 2018. / A queixada (Tayassu pecari) é uma espécie considerada vulnerável globalmente e criticamente ameaçada em áreas de Mata Atlântica, devido à pressão de caça e fragmentação de habitat. A fragmentação de habitat devido a atividades antrópicas pode acarretar em estruturação genética das populações, além perda de diversidade genética e aumento de endogamia, o que pode contribuir para o processo de extinção local. O presente estudo teve como objetivo estimar o status genético da população de queixadas da região do Pontal do Paranapanema, na Mata Atlântica de SP. Essa região foi altamente fragmentada por atividades antrópicas e, no momento da realização da amostragem para este trabalho, a espécie se encontrava em apenas três dos fragmentos remanescentes (Parque Estadual do Morro do Diabo ¿ PEMD, Fazenda Ponte Branca ¿ FPB e Fazenda Santa Mônica ¿ FSM). Atualmente, é considerada extinta na região. Foram analisadas 47 amostras de sangue, coletadas entre os anos de 1999 e 2005, que foram genotipadas para 11 locos de microssatélites. Observou-se uma estruturação genética das três localidades amostradas em duas subpopulações. Duas das três localidades foram agrupadas em uma única subpopulação (PEMD e FPB) e houve diferenciação genética significativa apenas entre duas delas (PEMD e FSM). Os índices de diversidade genética foram similares para as três localidades e não foram encontradas evidências significativas de endogamia. Esses resultados podem ser explicados de duas formas: 1) existência de fluxo gênico, mesmo que baixo, entre as localidades amostradas (principalmente entre PEMD e FPB); 2) diferenciação recente das subpopulações. Conforme esperado para populações fragmentadas, houve evidências de gargalo populacional recente nas três localidades. Os resultados aqui obtidos podem ser indicativos do papel da paisagem antropizada na estruturação de populações de queixadas mesmo em pequena escala, já que o mesmo não tem sido registrado para regiões mais conservadas. Desta forma, estas evidências podem servir de direcionamento para planos de manejos e ações conservacionistas para outras populações de queixadas que se encontram em condições semelhantes a esta, visando diminuir as chances de extinção local em outras regiões. / The white-lipped peccary (Tayassu pecari) is considered vulnerable throughout its distribution and it is critically endangered in the Atlantic Forest, due to hunting pressure and habitat fragmentation. Habitat fragmentation caused by anthropic activities usually lead to population genetic structure, loss of genetic diversity and higher levels of inbreeding, which contributes to local extinctions. In this study, we addressed the genetic status of a white-lipped peccary population from Pontal do Paranapanema region, located in the Atlantic Forest of São Paulo State in Brazil. This area was highly fragmented by anthropic activities and white-lipped peccaries were found only in three remnant fragments (Parque Estadual do Morro do Diabo ¿ PEMD, Fazenda Ponte Branca ¿ FPB e Fazenda Santa Mônica ¿ FSM) when they were sampled for this work. Currently, they are considered extinct in the region. A total of 47 blood samples were collected between 1999 and 2005 and were genotyped for 11 microsatellite loci. We found that the three fragments sampled were structured in two subpopulations, with two of them being grouped into a single subpopulation (PEMD and FPB). We observed significant genetic differentiation only between two fragments (PEMD and FSM). The genetic diversity indices were similar for the three fragments and no indicators of inbreeding were found. These results can be explained in two ways: 1) existence of gene flow, even if low, between fragments (mainly between PEMD and FPB); 2) recent differentiation of the subpopulations. As expected for fragmentated populations, we found evidence of a population bottleneck for all the fragments sampled. These results can be indicative of the role of anthropized landscape in the structuration of white-lipped peccary populations even on a small scale, since it has not been recorded for well conserved regions. These finds can serve to delineate management plans and conservation actions for other white-lipped peccary populations that are in similar conditions, aiming to reduce the chances of local extinction in other regions.

Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: A raça Gir (Bos indicus) é importante recurso genético para produção de carne e leite no Brasil e em países tropicais. Estudos genômicos entre populações são de interesse para identificar regiões genômicas importantes e aplicar na seleção de caraterísticas de produção. As corridas de homozigose (ROH) são regiões homozigotas contíguas do genoma, utilizadas na identificação de genes associados a características de interesse econômico, bem como na obtenção dos coeficientes de endogamia. A interação genótipo ambiente (IGA), também representa papel importante no estudo de populações de bovinos e na seleção dos melhores reprodutores para os diferentes ambientes. Com isto, os objetivos do presente estudo foram analisar o comprimento e a distribuição das ilhas ROH do genoma, com identificação dos gene presentes, além de avaliar a acurácia da imputação utilizando diferentes painéis comerciais e a interação genótipo ambiente da produção de leite em bovinos da raça Gir do Brasil e Colômbia. Na avaliação das ilhas ROH foram utilizados dados genotípicos de 173 animais selecionados para produção de carne e 291 animais selecionados para produção leiteira e obtidos os resultados via programa Plink. Análise da acurácia utilizando diferentes painéis de SNPs (GGP Bovine 30K, GGP indicus 35K e HD 777K) de 464 animais do Brasil e da Colômbia foram avaliados e os resultados comparados via correlação simples (CS) e taxa de concordância (CR). Na análise da IGA foi utilizado modelo de norma de reação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Gir breed (Bos indicus) is an important genetic resource for meat and milk production in Brazil and in tropical countries. Genomic studies between populations are of interest to identify important genomic regions and apply in the selection of production traits. Runs of Homozygosity (ROH) are contiguous homozygous regions of the genome, used to identify genes associated with characteristics of economic interest, as well as to obtain inbreeding coefficients. The environment genotype (IGA) interaction also plays an important role in the study of bovine populations and in the selection of the best breeders for different environments. Thus, the objectives of the present study were to analyze the length and distribution of the ROH islands of the genome, with identification of the present genes, in addition to assessing the accuracy of imputation using different commercial panels and the environment genotype interaction of milk production in cattle of the Gir breed from Brazil and Colombia. In the evaluation of the ROH islands, genotypic data from 173 animals selected for beef production and 291 animals selected for milk production were used and the results were obtained through the Plink program. Accuracy analysis using different SNP panels (GGP Bovine 30K, GGP indicus 35K and HD 777K) from 464 animals from Brazil and Colombia were evaluated and the results were compared using simple correlation (CS) and concordance rate (CR). The IGA analysis used a bi-traits reaction standard... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor