A presença de bactérias no cultivo in vitro de plantas é normalmente relacionada à contaminação, acarretando o descarte de microplantas de alto valor comercial. No entanto, essa presença pode ser caracterizada como \"manifestações\", decorrentes de possíveis estresses físicos ou nutricionais, da microbiota endofítica, que coloniza ativamente os tecidos vegetais, e que não necessariamente, afeta o desenvolvimento da planta. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi controlar a manifestação bacteriana, preservando as microcepas de Eucalyptus cloeziana em desenvolvimento in vitro, adicionando-se ao meio de cultura, os antibióticos gentamicina, ciprofloxacina, rifampicina, timentin (isolados ou combinados entre si) e o biocida clorometil-isotiazolinona + metil-isotiazolinona. O monitoramento do trabalho foi realizado por meio de avaliações semanais, visando verificar possíveis influências dos agentes antimicrobianos na morfofisiologia do vegetal e a eficiência no controle das manifestações bacterianas. Para tanto, foram avaliados parâmetros referentes ao incremento de massa seca, número de brotações, teor de acúmulo de nutrientes, análises histológicas e histoquímicas das microcepas. Para verificar possíveis flutuações das comunidades bacterianas endofíticas nas microcepas, utilizou-se a técnica de DGGE. Todas as análises foram realizadas aos 15 e 30 dias após a adição dos agentes antimicrobianos no meio de cultura, exceto a avaliação nutricional que foi feita apenas no final do experimento (30 dias). Os resultados obtidos permitiram inferir que ao longo dos 30 dias de cultivo, o antibiótico gentamicina, ocasionou queda no desenvolvimento das microcepas e não foi eficiente no controle das manifestações bacterianas. Os antibióticos rifampicina e ciprofloxacina apesar de não serem efetivos no controle da manifestação bacteriana, não afetaram o desenvolvimento das microcepas. Conclui-se que, o biocida clorometil-isotiazolinona + metil-isotiazolinona efetivamente controlou as manifestações bacterianas, sem alterar a morfofisiologia das microcepas, bem como o timentin, que além de controlar as manifestações, proporcionou maior vigor das microcepas em função da melhor assimilação dos nutrientes. / The in vitro bacterial presence in plant cultivation, usually is related to contamination, resulting in the elimination of the microplants with high commercial value. However, this presence can be characterized as \"manifestations\" arising from possible physical or nutritional stresses, from microbial endophytic that actively colonize plant tissues, and do not necessarily affect plant development. Therefore, the purpose of this study was to control the bacterial manifestation, preserving in vitro developing of Eucalyptus cloeziana microstumps, by adding to the culture medium, the antibiotics gentamicin, ciprofloxacin, rifampicin, timentin (alone or combined) and biocide + chloromethyl isothiazolinone methyl-isothiazolinone. The monitoring work was conducted through weekly evaluations, to verify the possible influence of antimicrobial agents in the plant morphophysiology and the efficient control of bacterial manifestations. Therefore, were evaluated parameters related to the increase in dry weight, number of buds, content of nutrient accumulation, histological and histochemical the microstumps. DGGE technique was used to check possible fluctuations of endophytic bacterial communities in microstumps. All analyzes were performed at 15 and 30 days after the addition of antimicrobial agents in the culture medium, except for the nutritional assessment that was made only at the end of the experiment (30 days). The results allow to infer that over the 30 days of culture, the antibiotic gentamicin, resulted in the microstumps development decrease and was not effective in controlling bacterial manifestations. The antibiotics rifampicin and ciprofloxacin although were not effective in controlling the bacterial manifestation, affected the development of microstumps. It was concluded that the biocide chloromethyl-methyl-Isothiazolinone + Isothiazolinone effectively controlled the bacterial manifestations without modifying the morphophysiology of the microstumps, well as the timentin, which besides controlling the manifestations, provided greater vigor of microstumps due to better assimilation of nutrients.

No presente estudo, a diversidade bacteriana endofítica fixadora de nitrogênio foi pesquisada utilizando métodos microbiológicos e moleculares. Isolaram-se microrganismos de raiz, caule e folha de cana-de-açúcar. Análises por seqüenciamento do 16S rDNA identificaram 150 endófitos. No total, foram identificados 18 gêneros. Destes, apenas 4 estavam presentes em cana-de-açúcar submetida aos 3 tratamentos. A maior diversidade de gêneros foi encontrada em cana sob adubação orgânica: 10 gêneros, em cana sob adubação inorgânica foram 11 gêneros e 8 em cana sem adubação. A maior parte dos gêneros pertence à família Enterobacteriaceae, como Klebsiella, Pantoea e Enterobacter. A enzima endoglicanase foi produzida por 82% dos isolados de cana sob adubação orgânica, (54%) inorgânica e (48%) sem adubação. Quanto à atividade de pectinase: 42%, 60% e 36% foram apresentadas por isolados de cana orgânica, inorgânica e sem adubação, respectivamente. A capacidade de solubilizar fosfatos inorgânicos foi detectada em 76,6% dos isolados, sendo a maior capacidade de solubilização de fosfatos encontrada em bactérias isoladas de cana-de-açúcar sob adubação orgânica (71%), de cana submetida a adubação convencional (78%) e sem adubação (88%). Foram realizados estudos de colonização em plântulas de cana-de-açúcar com 4 endofitos geneticamente modificados (EGMs) capazes de expressar os genes gfp e dsred. A avaliação da colonização na cana pela microscopia de fluorescência, mostrou que os (EGMs) gfp e dsred colonizaram as raízes e caules das plantas inoculadas, sem causar qualquer sintoma de doença. / In the present study, endophytic bacterial diversity has been searched using both microbiologic and molecular methods. Microorganisms were isolated from sugarcane root, shoot and leaf. 150 isolates were identified by 16S rDNA sequencing. 18 genera were found and only 4 were present in sugarcane submitted to the three treatments. The greatest genera diversity was found in sugarcane submited to organic fertlization: 10 genera in sugarcane submitted to inorganic fertilization were found 11 genera and 8 genera in sugarcane without fertilization. Great part of the found genera belongs to the Enterobacteriaceae family: Klebsiella, Pantoea and Enterobacter. Some physiological characteristics were determined in the isolates. Endoglucanase was produced by 82% of the isolates from sugarcane submitted to organic fertilization. Lower activities were found in bacteria isolated from inorganic fertilization and no fertilization, respectively 54% and 48%. As far as pectinase activity is concerned, a percentage of 42%, 60% and 36% was presented by the isolates from organic fertilization, inorganic fertilization and no fertilization, respectively. The hability of phosphate solubilization was detected in 76.6% of the isolates. In sugarcane under organic fertilization a percentage of 71% was found, in bacteria from inorganic fertilization, 78%, and without fertilization, 88%. Plant colonization was determined using sugarcane plantlets inoculated with four genetically modified bactéria (GMEs), able to express the genes gfp and dsred. The colonization was evaluated by fluorescence microscopy, which showed that the endophytic bacteria expressing gfp and dsred genes had invaded roots and shoots from inoculated plants, without causing any disease symptom.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliane_Mendes_Lemos.pdf: 814932 bytes, checksum: d5552cb87a1e9440a5ef0c02727bb9e4 (MD5) Previous issue date: 2011-03-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Wheat is an important crop for human consumption. With the intensification of agriculture and agribusiness in Brazil. Therefore, the demand for nitrogen fertilizers has increased substantially. The use of nitrogen fertilizers increases the production cost and the final price of this cereal. Diazotrophs can assist in various mechanisms of nitrogen nutrition in crops. Besides fixing nitrogen, they may promote growth of these plants. The aims of this study were to evaluate the agronomic efficiency of nitrogen fixing bacteria (Azospirillum brasiliense), compared and associated to nitrogen fertilization in wheat (Triticum aestivum), and set among commercial cultivars of wheat, which shows better performance in association with these bacteria. The experiment was conducted in greenhouses in the period from May to September 2010in the Station of Horticulture and Crop Protected "Prof. Dr. Mario Cesar Lopes" in Marechal Candido Rondon - PR. It was used a five wheat cultivars (CD 104, CD 108, CD 119, CD 120 and CD 150). The treatments were: inoculated with A. brasiliense (AbV5); application of nitrogen associated with inoculation of A. brasiliense (AbV5); application of nitrogen and a treatment without inoculation and nitrogen application. I was used a randomized design with four replications. It was made two assessments, the first assessment, made in the flowering stage, was evaluated the root dry weight and total nitrogen content. In the second assessment, made at the end of the cycle, was evaluated the following yield components: grain yield and protein content in grains. It was observed difference in response between wheat cultivars when inoculated with A. brasiliense (AbV5), and/or treatment associated with nitrogen. The CD 150 cultivar presented the highest content of nitrogen in shoots, mass of 1.000 grains and NH4+ in roots inoculated with bacteria in combination with nitrogen fertilization, the increase was about 22,4%, 10,5% and 116,8%, respectively, compared to nitrogen fertilization. These results showed a positive interaction of nitrogen fixing bacteria and nitrogen fertilization with the wheat cultivar CD 150 / O trigo é uma cultura de grande importância para a alimentação humana. Com a intensificação da agricultura e do agronegócio no Brasil, a demanda por fertilizantes nitrogenados tem aumentado substancialmente. A utilização de fertilizantes nitrogenados aumenta o custo de produção e, portanto, o preço final deste cereal. As bactérias diazotróficas podem auxiliar em diversos mecanismos de nutrição nitrogenada em culturas. Além de fixar nitrogênio, esses organismos podem promover o crescimento dessas plantas. Os objetivos desse trabalho foram avaliar a eficiência agronômica da bactéria fixadora de nitrogênio (Azospirillum brasilense), comparada e associada à adubação nitrogenada na cultura do trigo (Triticum aestivum) e definir, dentre cultivares comerciais, qual apresenta melhor desempenho em associação com as bactérias. O experimento foi conduzido sob cultivo protegido no período de maio a setembro de 2010 na Estação de Horticultura e Cultivo Protegido Prof. Dr. Mário César Lopes em Marechal Cândido Rondon PR. Foram utilizados cinco cultivares de trigo brasileiros e cultivados na região (CD 104, CD 108, CD 119, CD 120 e CD 150). Os tratamentos foram: inoculação com A. brasilense (AbV5); adubação nitrogenada em cobertura; inoculação com A. brasilense (AbV5) associado à aplicação de nitrogênio em cobertura e um tratamento sem inoculação e aplicação de nitrogênio, designado como testemunha. O experimento foi feito em delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições. As avaliações foram realizadas no estádio de início da antese. Foram avaliadas a massa seca de raízes, o teor de nitrogênio total na parte aérea e teor de amônio nas raízes. No final do ciclo da cultura avaliou-se os seguintes componentes da produção: rendimento de grãos e o teor de proteínas nos grãos. Foram observadas diferenças de resposta entre as cultivares de trigo quando inoculadas com A. brasilense (AbV5) e ou tratamento associado a adubação nitrogenada. A cultivar CD 150 apresentou os maiores teores de nitrogênio na parte aérea, massa de 1000 grãos e teor de amônio nas raízes, quando inoculadas com a bactéria em associação a adubação nitrogenada, cerca de 22,4%, 10,5% e 116,8% de incremento, respectivamente, em relação à adubação nitrogenada. Esses resultados mostram uma interação positiva da bactéria fixadora de nitrogênio e a adubação nitrogenada com a cultivar de trigo CD 150

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-06-29T13:49:53Z No. of bitstreams: 1 Andresa Priscila Souza Ramos.pdf: 3687585 bytes, checksum: 03a2a3149474293923ca08c0db68bc60 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T13:49:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andresa Priscila Souza Ramos.pdf: 3687585 bytes, checksum: 03a2a3149474293923ca08c0db68bc60 (MD5) Previous issue date: 2011-08-26 / The association between bacteria and plants is considered extremely important because it may promote the plant development by providing nutrients, protection, and production of plant growth promoting substances like indole acetic acid (IAA). The sugarcane production is under a great economic and agricultural importance, and increasing its production still depending on several chemical inputs that are expensive and environmentally damaging. A sustainable alternative is the use of beneficial bacteria that may diminish or abolish the use of these inputs and increase agricultural production. Therefore, the objectives of this study were: i) selecting and evaluating IAA producing bacteria, dependent and independent pathway of tryptophan, sugarcane roots plant association in crop fields in Pernambuco, ii) evaluate the influence of niche isolation, the place of cultivation, the cultivation time and host plant genotype on frequency and IAA-producing bacteria; iii) Analyze the genetic variability of IAA-producing bacteria by BOX-PCR, and iv) assess the noncultivable bacterial community sugarcane ratoon-associated v) Evaluate the production of IAA, two endophytic bacteria according to the time. Isolates were studied at four and ten months sugarcane plant cultivation, collected in EECAC Carpina-PE and Petribú factory,Lagoa de Itaenga-PE and isolates from three months on sugarcane plant-ratoon regrowth, collected in EECAC. The results showed that plants from sugarcane crop fields in Pernambuco have a high frequency of bacteria producing IAA in vitro by a tryptophan-dependent and independent pathways, the crop place, cultivation time of the host plant and niche colonization. Bacterial influence on the distribution of IAA-producing bacteria. In addition, the location, time of cultivation of the host plant genotype and bacterial niche colonization influenced the production levels. The strains showed high genetic variability. In sugarcane plant-ratoon, the bacterial population density was higher than in the rizhosphericsoil and root-endophytic bacteria also showed a high frequency capacity to produce IAA in vitro. Analysis of variability and genetic diversity revealed high genetic variability among bacteria producing IAA and the predominance of dominant bacterial groups not grown in soil and inside the roots of sugarcane plant-ratoon grown in Pernambuco. Some strains of root endophytic sugarcane plant, with capacity to produce IAA, were identified as belonging to the genus Enterobacter and Burkholderia / A associação entre bactérias benéficas e plantas é considerada extremamente importante, pois pode promover o desenvolvimento do vegetal através da disponibilização de nutrientes, proteção e produção de substâncias promotoras de crescimento vegetal, como o ácido indol acético (AIA). A canade- açúcar é uma cultura de grande importância agrícola e econômica, e sua produção crescente ainda depende de diversos insumos químicos que são onerosos e prejudicam o ambiente. Uma alternativa sustentável seria a utilização de bactérias benéficas que possam diminuir ou anular o uso desses insumos e incrementar a produção agrícola. Diante disso, os objetivos deste trabalho foram: i) selecionar e avaliar bactérias produtoras de AIA, via dependente e independente de triptofano, associadas a raízes de plantas de cana-de-açúcar cultivadas em Pernambuco; ii) avaliar a influência dos nichos de colonização, do local e tempo de cultivo e do genótipo da planta hospedeira sobre a frequência e produção de bactérias produtoras de AIA; iii) analisar a variabilidade genética de bactérias produtoras de AIA por BOX-PCR; iv) avaliar a comunidade bacteriana não cultivável associada a cana soca; v) e avaliar a produção de AIA, de duas bactérias endofíticas, em função do tempo. Foram estudadas bactérias isoladas aos quatro e dez meses de cultivo de cana planta, coletadas na EECAC- Carpina-PE e na Usina Petribú- Lagoa de Itaenga-PE e linhagens isoladas aos três meses de rebrota na cana soca, coletadas na EECAC. Os resultados demonstraram que as plantas de cana-deaçúcar cultivadas em Pernambuco apresentam alta frequência de bactérias com capacidade de produzir AIA in vitro, via dependente e independente de triptofano, e que o local, tempo de cultivo da planta hospedeira e o nicho de colonização bacteriana influenciaram na distribuição das bactérias produtoras de AIA. Além disso, o local, tempo de cultivo, genótipo da planta hospedeira e o nicho de colonização bacteriana influenciaram nos níveis de produção e as linhagens apresentaram alta variabilidade genética. Na cana soca, a densidade populacional bacteriana foi maior no solo rizosférico do que endofítica de raiz e também apresentaram alta frequência de bactérias com capacidade de produzir AIA in vitro. A análise da variabilidade e diversidade genética revelaram alta variabilidade genética entre as bactérias produtoras de AIA e a predominância de grupos bacterianos dominantes, não cultivados, no solo e no interior das raízes de cana soca, cultivadas em Pernambuco. Algumas linhagens endofíticas de raiz de cana planta, com capacidade de produzir AIA, foram identificadas como pertencentes aos gêneros Burkholderia e Enterobacter

No presente estudo, a diversidade bacteriana endofítica fixadora de nitrogênio foi pesquisada utilizando métodos microbiológicos e moleculares. Isolaram-se microrganismos de raiz, caule e folha de cana-de-açúcar. Análises por seqüenciamento do 16S rDNA identificaram 150 endófitos. No total, foram identificados 18 gêneros. Destes, apenas 4 estavam presentes em cana-de-açúcar submetida aos 3 tratamentos. A maior diversidade de gêneros foi encontrada em cana sob adubação orgânica: 10 gêneros, em cana sob adubação inorgânica foram 11 gêneros e 8 em cana sem adubação. A maior parte dos gêneros pertence à família Enterobacteriaceae, como Klebsiella, Pantoea e Enterobacter. A enzima endoglicanase foi produzida por 82% dos isolados de cana sob adubação orgânica, (54%) inorgânica e (48%) sem adubação. Quanto à atividade de pectinase: 42%, 60% e 36% foram apresentadas por isolados de cana orgânica, inorgânica e sem adubação, respectivamente. A capacidade de solubilizar fosfatos inorgânicos foi detectada em 76,6% dos isolados, sendo a maior capacidade de solubilização de fosfatos encontrada em bactérias isoladas de cana-de-açúcar sob adubação orgânica (71%), de cana submetida a adubação convencional (78%) e sem adubação (88%). Foram realizados estudos de colonização em plântulas de cana-de-açúcar com 4 endofitos geneticamente modificados (EGMs) capazes de expressar os genes gfp e dsred. A avaliação da colonização na cana pela microscopia de fluorescência, mostrou que os (EGMs) gfp e dsred colonizaram as raízes e caules das plantas inoculadas, sem causar qualquer sintoma de doença. / In the present study, endophytic bacterial diversity has been searched using both microbiologic and molecular methods. Microorganisms were isolated from sugarcane root, shoot and leaf. 150 isolates were identified by 16S rDNA sequencing. 18 genera were found and only 4 were present in sugarcane submitted to the three treatments. The greatest genera diversity was found in sugarcane submited to organic fertlization: 10 genera in sugarcane submitted to inorganic fertilization were found 11 genera and 8 genera in sugarcane without fertilization. Great part of the found genera belongs to the Enterobacteriaceae family: Klebsiella, Pantoea and Enterobacter. Some physiological characteristics were determined in the isolates. Endoglucanase was produced by 82% of the isolates from sugarcane submitted to organic fertilization. Lower activities were found in bacteria isolated from inorganic fertilization and no fertilization, respectively 54% and 48%. As far as pectinase activity is concerned, a percentage of 42%, 60% and 36% was presented by the isolates from organic fertilization, inorganic fertilization and no fertilization, respectively. The hability of phosphate solubilization was detected in 76.6% of the isolates. In sugarcane under organic fertilization a percentage of 71% was found, in bacteria from inorganic fertilization, 78%, and without fertilization, 88%. Plant colonization was determined using sugarcane plantlets inoculated with four genetically modified bactéria (GMEs), able to express the genes gfp and dsred. The colonization was evaluated by fluorescence microscopy, which showed that the endophytic bacteria expressing gfp and dsred genes had invaded roots and shoots from inoculated plants, without causing any disease symptom.

Masters of Science / Bacterial endophytes are able to improve the growth of their hosts through a number of different mechanisms such as nutrient uptake regulation, plant hormone production and regulation, siderophore production and phosphate solubilisation. They have also been shown to be able to provide protection to plants against various abiotic stressors, through various means such as oxidative stress protection. The purpose of this study was therefore to isolate endophytic bacteria from the stems of different weeds, to characterize their ability to use some of the most important growth promoting mechanisms including the ability to produce IAA, siderophores and ACC deaminase, what effect they had on the nutrient uptake in their hosts and to determine to what extent they could promote growth in the roots, stems and leaves of Brassica napus plants. In addition to this the endophytes were tested to see to what extent they could protect Brassica napus from the negative effects of vanadium stress and how this affected the plant physiologically in terms of morphology, overall biomass, the plants nutrient profile, lipid peroxidation and levels of cell death. The effect of vanadium stress on the oxidative state of Brassica napus was also monitored by determining the levels of stress induced reactive oxygen species (ROS) and the corresponding antioxidants that are responsible for regulating these reactive oxygen species. Six different endophytes (P1, P2, P3, P4, P5, P6) were isolated from different weed samples. Each endophyte was found to be able to significantly improve germination and growth in their host plant. Each isolate was able to improve the uptake of certain macronutrients and micronutrients in their respective hosts, while all of the isolates were shown to be capable of producing siderophores and ACC deaminase. One isolate had high levels of IAA production, with the remaining isolates producing small amounts of IAA. All isolates were also unable to solubilize phosphate. The five best performing endophytes (P1, P2, P3, P5, P6) in the preliminary growth trials were used in the follow up vanadium stressed growth trials, with endophyte P4 being left out of the remaining experiments. All of the endophytes showed improvements in growth promotion in comparison to the control, with endophyte treated plants showing both increased growth and biomass in both the non-stressed and vanadium stressed treatments of the vanadium stressed growth trial; however, the leaves of the vanadium stressed plants were significantly smaller than their non-stressed counterparts. When looking at the oxidative state it was found that vanadium stress caused a significant increase in the development of O2 -, H2O2 and •OH in the control and in addition to this it was shown that treatment with endophytes was able to cause a significant decrease in the levels of stress induced H2O2 and •OH in all of the treatments and O2 - for plants treated with endophyte P5. The noted change in the oxidative state of endophyte treated plants was attributed to an increase in the antioxidant activity of these plants, as it was found that endophyte treated plants showed a combination of increased activity for Superoxide dismutase, catalase and ascorbate peroxidase. This study has shown that endophytic bacteria from plant stems can be used to improve crop growth and yield, while simultaneously producing more nutrient dense crops from the same amount of land. It has also determined that endophytes P1, P2, P3, P5 and P6 are able to successfully provide protection to crop plants from the harmful effects of exposure to vanadium stress. This has great potential for improving food security locally and around the world, by allowing those who cannot gain access to large amounts of food to take in more nutrients from the same amount of food. Furthermore, it also presents the opportunity to use endophyte treatments to grow crops on land that has been previously contaminated with certain heavy metals. / 2023-12-01

Agarwood mainly formed by Aquilaria species is an economically and pharmaceutically important natural product used for the production of incense, perfumes and traditional medicines in Asia. Endophytic bacteria are potentially important in producing pharmaceutical compounds found in the plants. The aim of this research is to isolate, classify and identify major endophytic bacteria groups associated with agarwood of Aquilaria crassna species in Khanh Hoa province, Vietnam. Agarwood samples were collected and surface-sterilized, and total endophytic bacteria were isolated on Tryptic Soy Agar by the spread plate method. Major bacterial groups were classified according to the Bergey’s system. The 16S rRNA gene fragments were amplified using PCR method, and bacterial isolates were identified using this gene sequence similarity based method. The results showed that from 0.121 g of agarwood, total 26 bacterial isolates were purified and divided into 7 separated groups, in which the group II of Gram-positive spore-forming bacteria was the most dominant. Especially, two dominant strains, T14 of group II, and T15 of group VII, were identified as Bacillus pumilus and Alcaligenes faecalis, respectively.!To our knowledge, it is the first time that biodiversity of bacterial endophytes associated with agarwood from Aquilaria crassna in Vietnam has been reported, which requires of further study to understand the relationship of endophytic bacteria to agarwood-producing Aquilaria crassna species as well as explore their potential applications towards the development of valuable bioactive compounds. / Trầm hương, chủ yếu được tạo ra từ các loài cây Dó (Aquilaria), là một sản phẩm tự nhiên có giá trị kinh tế và y học đã được sử dụng để sản xuất hương, nước hoa và các dược phẩm truyền thống ở châu Á. Vi khuẩn nội cộng sinh thực vật được cho là một nguồn quan trọng cho các dược phẩm có nguồn gốc thực vật. Mục tiêu của nghiên cứu này là nhằm phân lập, phân loại và định danh các nhóm vi khuẩn chính trên Trầm hương Khánh Hòa, Việt Nam. Các mẫu Trầm hương được thu nhận và vô trùng bề mặt dùng để phân lập vi khuẩn tổng số trên môi trường TSA bằng phương pháp trải đĩa. Các nhóm vi khuẩn chính được phân loại dựa theo hệ thống chuẩn Bergey. Đoạn gen mã hóa 16S rRNA được khuếch đại bằng phương pháp PCR, và các chủng vi khuẩn được định danh bằng phép so sánh độ tương đồng trình tự của đoạn gen này. Kết quả cho thấy từ 0,121 g mẫu trầm hương, chúng tôi đã phân lập được 26 chủng vi khuẩn và phân chúng vào 7 nhóm chính, trong đó nhóm II bao gồm các vi khuẩn Gram dương sinh bào tử là nhóm chiếm ưu thế nhất. Đặc biệt, có 2 chủng ưu thế là chủng T14 thuộc nhóm II và chủng T15 thuộc nhóm VII đã được định danh tương ứng là Bacillus pumilus và Alcaligenes faecalis.!Đây là nghiên cứu đầu tiên về đa dạng sinh học của các nhóm vi khuẩn chính trên Trầm hương Khánh Hòa. Vì vậy, cần có những nghiên cứu tiếp theo nhằm tìm hiểu mối quan hệ giữa các vi khuẩn nội cộng sinh với cây Dó bầu (Aquilaria crassna) tạo trầm cũng như khai thác những ứng dụng tiềm năng của các vi khuẩn này theo hướng phát triển các hoạt chất sinh học có giá trị.

A cana-de-açúcar é um dos cultivos mais importantes no Brasil. Estima-se que uma parte do nitrogênio total de algumas variedades de cana-de-açúcar seja obtida pela interação com microrganismos endofíticos diazotróficos. Na maior parte de sua vida, os endofíticos habitam o interior de plantas sem causar nenhum sintoma aparente de doença. O estudo de interação microrganismos/plantas foi realizado utilizando-se co-culturas entre bactérias endofíticas diazotróficas e calos de cana-de-açúcar. Em presença do calo: Enterobacter sp. ICB113, ICB117 e ICB481 foram estimuladas e mantidas em elevadas populações; Klebsiella sp. ICB375 e Pseudomonas sp. ICB383 tiveram seu número reduzido e mantiveram-se em números estáveis; e Pantoea sp. ICB409 foi totalmente eliminada, demonstrando, assim, que a planta exerce um controle sobre os microrganismos. O modelo calo de cana-de-açúcar/bactéria endofítica diazotrófica foi capaz de evidenciar diferentes interações entre vegetal e bactéria, assim como, diferentes níveis de resposta de defesa da célula vegetal. / The sugarcane is one of the most important crops in Brazil. It is estimated that a portion of the total nitrogen of some varieties of sugarcane is obtained by interaction with diazotrophic endophytic microorganisms. In most of his life, the endophytes inhabit the interior of plants without causing any obvious signs of disease. The interaction study microorganisms/plants was performed using co-cultures among endophytic diazotrophic bacteria and sugarcane calluses. In the presence of callus : Enterobacter sp . ICB113 , ICB117 and ICB481 were stimulated and maintained in large populations ; Klebsiella sp . ICB375 and Pseudomonas sp. ICB383 had their numbers reduced and remained in stable numbers, and Pantoea sp. ICB409 was completely eliminated, thus demonstrating that the plant has a control over microorganisms. The model sugarcane callus/endophytic diazotrophic bacteria was able to show different interactions between plants and bacteria , as well as different levels of defense response of the plant cell.

Bacteriocinas são proteínas antimicrobianas produzidas por bactérias com importante papel na ecologia microbiana. Neste trabalho foram avaliados a produção e os efeitos destas proteínas numa fração da comunidade bacteriana de citros, pertencente aos gêneros Methylobacterium e Curtobacterium, isolada de Citrus sinensis (laranjeiras - plantas saudáveis, sintomáticas para CVC, assintomáticas para CVC) e Citrus reticulata (tangerina). Foi observada, para ambos os gêneros, uma alta freqüência de isolados produtores de bacteriocinas na comunidade endofíticas avaliada. Foi observado que esta freqüência foi maior em populações provenientes de plantas assintomáticas para CVC e em plantas de tangerina. Em Methylobacterium, as populações obtidas de plantas de tangerina e de plantas sintomáticas para CVC apresentaram uma maior freqüência de isolados produtores de bacteriocinas. Por outro lado, a população de Curtobacterium provenientes de plantas sintomáticas para CVC, apresentou a menor freqüência de isolados produtores bacteriocina. Proteínas de 3 isolados de C. flaccumfaciens foram parcialmente caracterizadas bioquimicamente, permitindo a sua classificação como bacteriocinas que foram denominadas de endoficinas. Uma destas bacteriocinas, a endoficina L foi escolhida para ser melhor caracterizada. A endoficina L parcialmente purificada apresentou um peso molecular estimado de 14 kDa e atividade in gel, e atingiu seu nível máximo de produção na fase estacionária e foi ativa contra bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, incluindo patógenos humanos e de plantas. Para a caracterização do gene envolvido na produção desta bacteriocina uma biblioteca, em cosmídeo, de fragmentos de DNA com 40 kb foi construída e um clone exibindo atividade bacteriocinogênica foi subclonado e parcialmente seqüenciado. Esta análise revelou um operon de 2,0 kb consistindo de pelo menos três genes preditos envolvidos na produção desta bacteriocina. Análises in silico sugeriram que a endoficina L deva ser uma bacteriocina do tipo toxina que pode ser uma candidata em potencial como agente no controle biológico de X. fastidiosa e outros fitopatógenos. Os resultados obtidos sugerem que, quando C. flaccumfaciens produtores de bacteriocinas estão presentes em plantas de citros podem inibir X. fastidiosa. Por outro lado, o crescimento de X. fastidiosa parece ser favorecido pela presença de Methylobacterium a qual produz bacteriocinas contra Curtobacterium. A primeira interação poderia ser mediada por bacteriocinas como a endoficina L. Sugere-se uma interação cíclica entre tais microrganismos. O conhecimento da interação entre tais bactérias endofíticas representa um avanço no entendimento dos aspectos ecológicos da interação planta-microrganismo. / Bacteriocins are antimicrobial proteins produced by bacteria, which play a role in microbial ecology. In this work we examined the bacteriocin production and it effects under a citrus bacterial communities belonged to Curtobacterium and Methylobacterium genera isolated from Citrus sinensis (sweet orangeuninfected, symptomatic, CVC-asymptomatic) and Citrus reticulata (tangerine) . We found a high levels of bacteriocin production for both genera, these frequencies were higher in asymptomatic and tangerine plants. The highest production frequencies for Methylobacterium strains were from tangerine and symptomatic plants. C. flaccumfaciens strains from symptomatic plants presented the lowest bacteriocin frequency. Proteins from three strains of C. flaccumfaciens were partially biochemically characterized and further classified as bacteriocins termed endophycins. One of them the endophycin L, was picked for deep investigation. The endophycin L partially purified had a molecular weight estimated of 14 kDa and exhibited in gel activity. Endophycin L production started at the exponential phase and reached its highest point during the stationary phase. It was capable of inhibiting the growth of Gram-positive and Gram-negative bacteria, incluiding several human and plant pathogens. In order to characterize the related to this bacteriocin production. One cosmid clone containing a 40-Kb fragment from a genomic library of C. flaccumfaciens was selected for its bacteriocinogenic ability The fragment was subcloned and DNA sequencing revealed a 2-kb operon consisting of at least three putative genes related to endophycin production. In silico analyses suggested that endophycin L is a toxin-like bacteriocin, this bacteriocin could be a potential candidate as biological control agent against X. fastidiosa and other plant pathogens. The data indicated that when C. flaccumfaciens producers are present it inhibits X. fastidiosa, conversely X. fastidiosa growth seems to be favored by Methylobacterium species and the first interaction could be mediated by endophycins, such as endophycin L. Thus, we suggest a cyclic interaction among these microorganisms. We demonstrated that knowledge of the interaction among those endophytic bacteria represent an advance about plantmicroorganism ecological aspects.

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No. of bitstreams: 1 PDF - Antônio Manoel da Silva Filho.pdf: 1626282 bytes, checksum: 35f4f3bebdefb1abb1e520955b76a0e8 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The utilization of Gluconacetobacter diazotrophicus in agriculture has shown promise in optimization morphophysiological aspects, biochemical and yield of plants. The culture of red rice (Oryza sativa L.) presents great socioeconomic and environmental importance in the semi- arid northeast. The production of this culture still suffers by the not full use of appropriate technologies, due to scarcity of studies and development of technologies. Given the above, the objective of this study was to evaluate the potential effect of G. diazotrophicus on germination and initial growth of red rice.The experiment was conducted in a completely randomized design, with six treatments (SNE-seeds not soaked in water, SE H2O-seeds soaked in water for 24 hours, SE H2O + GA3 seed soaked in gibberellic acid solution for 24 hours, SE H2O + GD-seeds soaked in water for 24 + G. diazotrophicus, SE H2O + GA3 + GD-seeds soaked in gibberellic acid solution for 24 hours + G. diazotrophicus and SNE + GD-seeds not soaked in water + G. diazotrophicus) with six replicates.The concentration of gibberellic acid (GA3) used was 50 mg -1 L . Evaluated were the aspects physiological, biochemical, molecular and initial growth of red rice seedlings. Data were submitted to analysis of variance, mean test and Pearson correlation. Treatments significant effect on the growth variables, physiological, biochemical and molecular.It was verified that treatment with non-imbibed seeds inoculated with G. diazotrophicus promote increase of 28.7; 41.7; 28.7; 49.5; 69.6; 48.5; 61.5; 38.5; 46; 97; 86 and 89% for the variables: germination, germination speed index, first count, root length, shoot length, total fresh mass, total dry mass of α-amylase activity, activ acid phosphatase, expression GAMYB transcription factor, α-amylase and S-adenosyl-L-methionine (SAM) synthase, respectively, in relation to the treatment of seeds not soaked in water and not inoculated.It was concluded that the inoculation with G. diazotrophicus red rice seeds enhances the speed of germination and seedling germination, root length, shoot length, and acid phosphatase activities of α-amylase, total fresh mass, total dry mass, GAMYB expression of the transcription factor, α- amylase expression and SAM. Therefore presents great potential agronomic and biotechnology for use as growth promoter in the red rice crop, increasing the germination and early growth independently of seed imbibition. / A utilização de Gluconacetobacter diazotrophicus na agricultura tem-se mostrado promissora na otimização de aspectos morfofisiológicos, bioquímicos e rendimento das plantas. Acultura do arroz vermelho(Oryza sativa L.) apresenta grande importância socioeconômica e ambiental no semiárido nordestino. Aprodução dessa cultura ainda padece pela não utilização plena de tecnologias apropriadas, devido a escassez de estudos e desenvolvimento de tecnologias. Diante do exposto, objetivou-se com este trabalho avaliar o efeito potencial da G. diazotrophicussobre a germinação e crescimento inicialde arroz vermelho. O experimento foi realizado emdelineamento inteiramente casualisado, constando de seis tratamentos (SNE-sementes não embebidas em água, SE H2O-sementes embebidas em água por 24h, SE H2O + GA3-sementes embebidas em solução de ácido giberélicopor 24h, SE H2O + GD-sementes embebidas em água por 24h + G. diazotrophicus, SE H2O + GA3 +GD-sementes embebidas em solução de ácido giberélicopor 24h + G. diazotrophicuse SNE + GD-sementes não embebidas em água + G. diazotrophicus), com seis repetições. A concentração da solução de ácido giberélico (GA3) usada -1 foi de 50 mg L . Avaliaram-se os aspectos fisiológicos, bioquímicos, moleculares e de crescimento inicial das plântulas de arroz vermelho. Os dados foram submetidos à análise de variância, teste de médias e correlação de Pearson. Os tratamentos exerceram efeito significativo sobre as variáveis de crescimento, fisiológicas,bioquímicas e moleculares. Registrou-se que o tratamento com sementes não embebidas e inoculadas com G. diazotrophicuspromoveram incrementos de 28,7; 41,7; 28,7; 49,5; 69,6; 48,5; 61,5; 38,5; 46; 97; 86 e 89% para as variáveis: germinação, índice de velocidade de germinação, primeira contagem de germinação, comprimento radicular, comprimento da parte aérea, massa fresca total, massa seca total, atividade da α-amilase, ativida da fosfatase ácida, expressão do fator de transcrição GAMYB, α- amilase e S-adenosil-L-metionina (SAM) sintetase, respectivamente, em relação ao tratamento das sementes não embebidas em água e não inoculadas. Concluiu-se que a inoculação de G. diazotrophicus em sementes de arroz vermelho aumenta a velocidade de germinação e germinação das plântulas, comprimento radicular, comprimento da parte aérea, atividade s da fosfatase ácida e α-amilase, massa fresca total, massa seca total, a expressão do fator de transcrição GAMYB, expressão de α-amilase e SAM.Portanto apresenta grande potencial agronômico e biotecnológico para aplicação como promotora de crescimento na cultura do arroz vermelho, incrementando a germinação e crescimento inicial de modo independente de embebição das sementes.