La technologie actuelle permet aux scientifiques de divers domaines d'obtenir des données de plus en plus précises et volumineuses, Afin de résoudre ces problèmes associés à l'obtention de ces données, les architectures de calcul évoluent, en fournissant toujours plus de ressources, notamment grâce à des machines plus puissantes et à leur mutualisation. Dans cette thèse, nous proposons d'étudier dans un premier temps le placement des tâches d'applications itératives asynchrones dans des environnements hétérogènes et volatils. Notre solution nous permet également de s'affranchir de l(hétérogénéité des machines hôtes tout en offrent une implantation facilitée de politiques de tolérance aux pannes, les expérimentations que nous avons menées sont encourageantes et montrent qu'il existe un réel potentiel quand à l'utilisation d'une telle plateforme pour l'exécution d'applications scientifiques.

Les travaux de thèse s'inscrivent dans le domaine des Environnements Informatiques pour l'Apprentissage Humain (EIAH). Ils portent sur la proposition de processus, méthodes et outils pour assister les enseignants et les formateurs dans la réutilisation et la capitalisation des scénarios d'apprentissage. L'approche proposée nommée CAPtuRe a pour objectif de modéliser, évaluer et exploiter les informations contextuelles relatives à un scénario en se basant sur des observations effectives de ce dernier pour améliorer la réutilisation.Les problématiques étudiées concernent : (1) l'expression et l'analyse du contexte d'usage, (2) l'évaluation de la pertinence du scénario dans un contexte précis, (3) l'indexation des contextes sur la base de critères de réussite et d'efficacité du scénario pour la définition de son périmètre de réutilisation et (4) la suggestion proactive de réutilisation.Nous avons commencé par la spécification d'un cadre global d'ingénierie et de réutilisation de scénarios d'apprentissage. Dans ce cadre, nous avons défini un processus qui spécifie le cycle de vie du scénario explicitant la dimension contextuelle et son utilisation dans un environnement de "conception par la réutilisation". Pour opérationnaliser ce processus, nous avons défini une approche générique de modélisation de l'information contextuelle enrichie par les indicateurs, une méthode d'indexation et un algorithme de calcul de similarités contextuelles pour la sélection et la recommandation de scénarios appropriés à une situation d'apprentissage cible. Ces contributions ont été implémentées sous la forme d'une plateforme logicielle et appliquées sur des cas d'usage de scénarios hybrides. / The work presented in this thesis is a part of the Technology Enhanced Learning domain. It focuses on the proposal of processes, methods and tools that assist teachers and trainers in the reuse and the capitalization of educational scenarios. The objective of the proposed approach named CAPtuRe is to model, evaluate and exploit the contextual information related to a scenario based on its effective observations with the aim to enhance reuse. The main concerns are: (1) the expression and the analysis of the usage context, (2) the evaluation of the relevance of the scenario in a specific context, (3) the indexing of the contexts based on criteria of success and effectiveness of the scenario to define its reuse scope and (4) the proactive suggestion of reuse. We started by specifying a global framework for the engineering and the reuse of educational scenarios. In this context, we have defined a process specifying the scenario lifecycle introducing the contextual dimension and its utilization in a "design by reuse" environment. In order to operationalize this process, we define a generic approach to model the contextual information of a scenario that is enriched by the indicators, an indexing method and an algorithm calculating contextual similarities for the selection and the recommendation of appropriated scenarios to a target learning situation. These contributions are implemented as a software platform and applied to hybrid scenarios usage cases.

Les méthodes optiques passives de mesures de température comme la thermographie ou la pyrométrie optique sont intéressantes car elles permettent une mesure non intrusive de l’objet cible à condition de connaître le facteur d’émission. La connaissance de ce facteur est critique pour déterminer la température de surface par le rayonnement thermique émis dans un domaine spectral. Le pyromètre bichromatique impulsionnel permet de surmonter la connaissance de ce paramètre à condition que le choix des valeurs de longueurs d’onde soit fait avec précautions. Lorsque l’objet à mesurer est situé dans un environnement industriel, de telles méthodes optiques sont fortement perturbées par la présence d’un milieu optiquement absorbant. C’est également le cas pour des objets situés dans des environnements très chauds qui émettent d’intenses radiations interférentes. Dans cette thèse, nous présentons une méthode radiométrique active bichromatique pour mesurer la température d’une surface en milieu industriel. Cette méthode est basée sur une excitation locale par une source laser modulée dans l’infrarouge. La détection de la température qui est corrélé avec l’excitation permet d’extraire par détection synchrone le signal modulé noyé dans un bruit jusqu’à un million de fois supérieur. Travailler à courtes longueurs d’onde (domaine visible et proche infrarouge) offre une grande dynamique et minimise l’erreur induite par les variations d’émissivité avec la longueur d’onde. Ce système collecte le rayonnement émis par l’objet à distance, de quelques mètres à plusieurs dizaines de mètres selon la configuration du système optique. Le principe de la méthode de mesure, le système optique et l’appareillage sont présentés dans ce rapport ainsi que les études théoriques et expérimentales sur la sensibilité, sa calibration et les résultats obtenus sur différents sites industriels. / Optical passive methods of temperature measurements such as thermography or optical pyrometry are very interesting because they allow a non-intrusive measurement with the target object provided to know the emission factor. The knowledge of this factor is critical for determining the actual temperature of a surface from the thermal radiation emitted in a wavelength band. The bichromatic pulsed pyrometer allows to overcome the knowledge of this parameter provided that precautions are taken in the choice of the values of wavelengths. When the object to be measured is placed in industrial environments, such passive optical methods are greatly disturbed by the presence of an optically absorbing medium. It is also distorted for objects located in very hot environments emitting intense interfering radiation. In this thesis, we present an active bichromatic radiometric method for measuring the temperature of a surface in harsh environments. The method is based on a localized excitation by a modulated laser source in the infrared range. Detecting the temperature range which is correlated with the excitation allows a synchronous detection to extract the signal embedded in a noise up to 106 times superior. Working at short wavelengths (visible range and near infrared range) offers a large dynamic range and minimizes the error due to variations in emissivity with the wavelength. This system collects the radiation emitted by the object at a distance from a few meters up to dozens of meters depending on the configuration of the optical system. The principle of the measurement method, the optical wavelength separation system and the telemetry apparatus are presented in this report as well as the theoretical and experimental study of the sensitivity of the device, its calibration and the results obtained in different industrial sites.

Avec l'émergence de nouvelles technologies telles que le NFC (Communication à champ proche) et l'accroissement du nombre de plates-formes mobiles, les téléphones mobiles vont devenir de plus en plus indispensables dans notre vie quotidienne. Ce contexte introduit de nouveaux défis en termes de sécurité et de respect de la vie privée. Dans cette thèse, nous nous focalisons sur les problématiques liées au respect de la vie privée dans les services NFC ainsi qu’à la protection des données privées et secrets des applications mobiles dans les environnements d'exécution de confiance (TEE). Nous fournissons deux solutions pour le transport public: une solution utilisant des cartes d'abonnement (m-pass) et une autre à base de tickets électroniques (m-ticketing). Nos solutions préservent la vie privée des utilisateurs tout en respectant les exigences fonctionnelles établies par les opérateurs de transport. À cette fin, nous proposons de nouvelles variantes de signatures de groupe ainsi que la première preuve pratique d’appartenance à un ensemble, à apport nul de connaissance, et qui ne nécessite pas de calculs de couplages du côté du prouveur. Ces améliorations permettent de réduire considérablement le temps d'exécution de ces schémas lorsqu’ils sont implémentés dans des environnements contraints par exemple sur carte à puce. Nous avons développé les protocoles de m-passe et de m-ticketing dans une carte SIM standard : la validation d'un ticket ou d'un m-pass s'effectue en moins de 300ms et ce tout en utilisant des tailles de clés adéquates. Nos solutions fonctionnent également lorsque le mobile est éteint ou lorsque sa batterie est déchargée. Si les applications s'exécutent dans un TEE, nous introduisons un nouveau protocole de migration de données privées, d'un TEE à un autre, qui assure la confidentialité et l'intégrité de ces données. Notre protocole est fondé sur l’utilisation d’un schéma de proxy de rechiffrement ainsi que sur un nouveau modèle d’architecture du TEE. Enfin, nous prouvons formellement la sécurité de nos protocoles soit dans le modèle calculatoire pour les protocoles de m-pass et de ticketing soit dans le modèle symbolique pour le protocole de migration de données entre TEE. / The increasing number of worldwide mobile platforms and the emergence of new technologies such as the NFC (Near Field Communication) lead to a growing tendency to build a user's life depending on mobile phones. This context brings also new security and privacy challenges. In this thesis, we pay further attention to privacy issues in NFC services as well as the security of the mobile applications private data and credentials namely in Trusted Execution Environments (TEE). We first provide two solutions for public transport use case: an m-pass (transport subscription card) and a m-ticketing validation protocols. Our solutions ensure users' privacy while respecting functional requirements of transport operators. To this end, we propose new variants of group signatures and the first practical set-membership proof that do not require pairing computations at the prover's side. These novelties significantly reduce the execution time of such schemes when implemented in resource constrained environments. We implemented the m-pass and m-ticketing protocols in a standard SIM card: the validation phase occurs in less than 300ms whilst using strong security parameters. Our solutions also work even when the mobile is switched off or the battery is flat. When these applications are implemented in TEE, we introduce a new TEE migration protocol that ensures the privacy and integrity of the TEE credentials and user's private data. We construct our protocol based on a proxy re-encryption scheme and a new TEE model. Finally, we formally prove the security of our protocols using either game-based experiments in the random oracle model or automated model checker of security protocols.

L'accroissement d'efficacite des réseaux d'interconnexion et la vulgarisation des machines multiprocesseurs permettent la réalisation de machines parallèles a mémoire distribuée de faible coût: les grappes de multiprocesseurs. Elles nécessitent l'exploitation à la fois du parallélismeà grain fin, interne à un multiprocesseur offert par la multiprogrammation légère, et du parallélisme à gros grain entre les différents multiprocesseurs. L'exploitation simultanée de ces deux types de parallélisme exige une méthode de communication entre les processus légers qui ne partagent pas le mêmme espace d'adressage. Le travail de cette thèse porte sur le problème de l'Intégration de la multiprogrammation légère et des communications sur grappes de multiprocesseurs symétriques (SMP). II porte plus précisément sur evaluation et le reglage du noyau exécutif ATHAPASCAN-0 sur ce type d'architecture. ATHAPASCAN-0 est un noyau exécutif, portable, développé au sein du projet APACHE (CNRS-INPG-INRIA-UJF), qui combine la multiprogrammation légère et la communication par échange de messages. La portabilité est assurée par une organisation en couches basée sur les standards POSIX threads et MPI largement répandus. ATHAPASCAN-0 étend le modèle de réseau statique de processus «lourds» communicants tel que MPI, PVM, etc,à celui d'un réseau dynamique de processus légers communicants. La technique de base est la multiprogrammation lègere des communications et des calculs. La progression des communications exige la scrutation de état du reseau et l'enchainement des opérations de transferts. L'efficacité repose sur la minimisation de ces opérations. De plus, l'emploi de multiprocesseurs ajoute des problèmes spécifiques dus à l'apparition d'un parallélisme réel entre calcul et communication. Ces problèmes sont présentés et des solutions sont proposées pour l'environnement ATHAPASCAN-0. Ces solutions sont évaluées sur des grappes de multiprocesseurs. / The continuous price reduction for commodity PC multiprocessors and the availability of fast network interfaces have made cluster of multiprocessors an attractive low-price alternative to build parallel systems. Multiprocessor clusters offer two levels of parallelism: a fine grain parallelism inside a single multiprocessor and a coarse grain among them. A mechanism must be provided to exploit both levels of parallelism simultaneously. This requires to provide communications between threads belonging to different addresses spaces. This dissertation addresses the problem of integrating threads and communications on ATHAPASCAN-0 run time system. ATHAPASCAN-0 is a portable run time for cluster of multiprocessors developed as part of the APACHE project (CNRS-INPG-INRIA-UJF). Portability is achieved by a layered organization based on standards like POSIX threads and MPI. The ATHAPASCAN-0 run time system extends the heavy-weight process communication model of message passing libraries such as MPI, PVM, etc, into a lighter dynamic network of communicating threads. Multiprogramming is the key concept used. Communication progress is based on a network polling basis to handle incoming messages and to deliver outgoing communications requests. Performance is strongly dependent on the way these operations are implemented. Additionally, multiprocessors introduce some programming problems like overhead of cache coherency mechanisms, method of managing concurrent accesses and efficient mutex locking to avoid unnecessary context switching. These problems are analyzed and solutions are implemented in the ATHAPASCAN-0 run time system. An evaluation of these solutions is performed on a cluster of multiprocessors.

L'accroissement d'efficacite des réseaux d'interconnexion et la vulgarisation des machines multiprocesseurs permettent la réalisation de machines parallèles a mémoire distribuée de faible coût: les grappes de multiprocesseurs. Elles nécessitent l'exploitation à la fois du parallélismeà grain fin, interne à un multiprocesseur offert par la multiprogrammation légère, et du parallélisme à gros grain entre les différents multiprocesseurs. L'exploitation simultanée de ces deux types de parallélisme exige une méthode de communication entre les processus légers qui ne partagent pas le mêmme espace d'adressage. Le travail de cette thèse porte sur le problème de l'Intégration de la multiprogrammation légère et des communications sur grappes de multiprocesseurs symétriques (SMP). II porte plus précisément sur evaluation et le reglage du noyau exécutif ATHAPASCAN-0 sur ce type d'architecture. ATHAPASCAN-0 est un noyau exécutif, portable, développé au sein du projet APACHE (CNRS-INPG-INRIA-UJF), qui combine la multiprogrammation légère et la communication par échange de messages. La portabilité est assurée par une organisation en couches basée sur les standards POSIX threads et MPI largement répandus. ATHAPASCAN-0 étend le modèle de réseau statique de processus «lourds» communicants tel que MPI, PVM, etc,à celui d'un réseau dynamique de processus légers communicants. La technique de base est la multiprogrammation lègere des communications et des calculs. La progression des communications exige la scrutation de état du reseau et l'enchainement des opérations de transferts. L'efficacité repose sur la minimisation de ces opérations. De plus, l'emploi de multiprocesseurs ajoute des problèmes spécifiques dus à l'apparition d'un parallélisme réel entre calcul et communication. Ces problèmes sont présentés et des solutions sont proposées pour l'environnement ATHAPASCAN-0. Ces solutions sont évaluées sur des grappes de multiprocesseurs. / The continuous price reduction for commodity PC multiprocessors and the availability of fast network interfaces have made cluster of multiprocessors an attractive low-price alternative to build parallel systems. Multiprocessor clusters offer two levels of parallelism: a fine grain parallelism inside a single multiprocessor and a coarse grain among them. A mechanism must be provided to exploit both levels of parallelism simultaneously. This requires to provide communications between threads belonging to different addresses spaces. This dissertation addresses the problem of integrating threads and communications on ATHAPASCAN-0 run time system. ATHAPASCAN-0 is a portable run time for cluster of multiprocessors developed as part of the APACHE project (CNRS-INPG-INRIA-UJF). Portability is achieved by a layered organization based on standards like POSIX threads and MPI. The ATHAPASCAN-0 run time system extends the heavy-weight process communication model of message passing libraries such as MPI, PVM, etc, into a lighter dynamic network of communicating threads. Multiprogramming is the key concept used. Communication progress is based on a network polling basis to handle incoming messages and to deliver outgoing communications requests. Performance is strongly dependent on the way these operations are implemented. Additionally, multiprocessors introduce some programming problems like overhead of cache coherency mechanisms, method of managing concurrent accesses and efficient mutex locking to avoid unnecessary context switching. These problems are analyzed and solutions are implemented in the ATHAPASCAN-0 run time system. An evaluation of these solutions is performed on a cluster of multiprocessors.

L'essor de l'Internet et l'évolution des dispositifs communicants ont permis l'intégration du monde informatique et du monde réel, ouvrant ainsi la voie à de nouveaux types d'applications, tels que les applications ubiquitaires et pervasives. Ces applications doivent s'exécuter dans des contextes hétérogènes, distribués et ouverts qui sont en constante évolution. Dans de tels contextes, la disponibilité des services et des dispositifs, les préférences et la localisation des utilisateurs peuvent varier à tout moment pendant l'exécution des applications. La variabilité des contextes d'exécution fait que l'exécution d'une application dépend, par exemple, des services disponibles ou des dispositifs accessibles à l'exécution. En conséquence, l'architecture d'une telle application ne peut pas être connue statiquement à la conception, au développement ou au déploiement, ce qui impose de redéfinir ce qu'est une application dynamique : comment la concevoir, la développer, l'exécuter et la gérer à l'exécution. Dans cette thèse, nous proposons une approche dirigée par les modèles pour la conception, le développement et l'exécution d'applications dynamiques. Pour cela, nous avons défini un modèle de composants à services permettant d'introduire des propriétés de dynamisme au sein d'un modèle de composants. Ce modèle permet de définir une application en intention, via un ensemble de propriétés, de contraintes et de préférences de composition. Une application est ainsi spécifiée de façon abstraite ce qui permet de contrôler la composition graduelle de l'application lors de son développement et de son exécution. Notre approche vise à effacer la frontière entre les activités effectuées avant et pendant l'exécution des applications. Pour ce faire, le même modèle et les mêmes mécanismes de composition sont utilisés de la conception jusqu'à l'exécution des applications. A l'exécution, le processus de composition considère, en plus, les services disponibles dans la plate-forme d'exécution permettant la composition opportuniste des applications ; ainsi que la variabilité du contexte d'exécution permettant l'adaptation dynamique des compositions. Nous avons mis en œuvre notre approche via un prototype nommé COMPASS, qui s'appuie sur les plates-formes CADSE pour la réalisation d'environnements logiciels de conception et de développement, et APAM pour la réalisation d'un environnement d'exécution d'applications à services dynamiques. / The growth of the Internet and the evolution of communicating devices have allow the integration of the computer world and the real world, paving the way for developing new types of applications such as pervasive and ubiquitous ones. These applications must run in heterogeneous, distributed and open environments that evolve constantly. In such environments, the availability of services and devices, the preferences and location of users may change at any time during the execution of applications. The variability of the execution context makes the execution of an application dependent on the available services and devices. Building applications capable of evolving dynamically to their execution context is a challenging task. In fact, the architecture of such an application cannot be fully known nor statically specified at design, development or deployment times. It is then needed to redefine the concept of dynamic application in order to cover the design, development, execution and management phases, and to enable thus the dynamic construction and evolution of applications. In this dissertation, we propose a model-driven approach for the design, development and execution of dynamic applications. We defined a component service model that considers dynamic properties within a component model. This model allows defining an application by its intention (its goal) through a set of composition properties, constraints and preferences. An application is thus specified in an abstract way, which allows controlling its gradual composition during development and execution times. Our approach aims to blur the boundary between development-time and runtime. Thus, the same model and the same composition mechanisms are used from design to runtime. At runtime, the composition process considers also the services available in the execution platform in order to compose applications opportunistically; and the variability of the execution context in order to adapt compositions dynamically. We implemented our approach through a prototype named COMPASS, which relies on the CADSE platform for building software design and development environments, and on the APAM platform for building an execution environment for dynamic service-based applications.

L'accroissement d'efficacite des réseaux d'interconnexion et la vulgarisation des machines multiprocesseurs permettent la réalisation de machines parallèles a mémoire distribuée de faible coût: les grappes de multiprocesseurs. Elles nécessitent l'exploitation à la fois du parallélismeà grain fin, interne à un multiprocesseur offert par la multiprogrammation légère, et du parallélisme à gros grain entre les différents multiprocesseurs. L'exploitation simultanée de ces deux types de parallélisme exige une méthode de communication entre les processus légers qui ne partagent pas le mêmme espace d'adressage. Le travail de cette thèse porte sur le problème de l'Intégration de la multiprogrammation légère et des communications sur grappes de multiprocesseurs symétriques (SMP). II porte plus précisément sur evaluation et le reglage du noyau exécutif ATHAPASCAN-0 sur ce type d'architecture. ATHAPASCAN-0 est un noyau exécutif, portable, développé au sein du projet APACHE (CNRS-INPG-INRIA-UJF), qui combine la multiprogrammation légère et la communication par échange de messages. La portabilité est assurée par une organisation en couches basée sur les standards POSIX threads et MPI largement répandus. ATHAPASCAN-0 étend le modèle de réseau statique de processus «lourds» communicants tel que MPI, PVM, etc,à celui d'un réseau dynamique de processus légers communicants. La technique de base est la multiprogrammation lègere des communications et des calculs. La progression des communications exige la scrutation de état du reseau et l'enchainement des opérations de transferts. L'efficacité repose sur la minimisation de ces opérations. De plus, l'emploi de multiprocesseurs ajoute des problèmes spécifiques dus à l'apparition d'un parallélisme réel entre calcul et communication. Ces problèmes sont présentés et des solutions sont proposées pour l'environnement ATHAPASCAN-0. Ces solutions sont évaluées sur des grappes de multiprocesseurs. / The continuous price reduction for commodity PC multiprocessors and the availability of fast network interfaces have made cluster of multiprocessors an attractive low-price alternative to build parallel systems. Multiprocessor clusters offer two levels of parallelism: a fine grain parallelism inside a single multiprocessor and a coarse grain among them. A mechanism must be provided to exploit both levels of parallelism simultaneously. This requires to provide communications between threads belonging to different addresses spaces. This dissertation addresses the problem of integrating threads and communications on ATHAPASCAN-0 run time system. ATHAPASCAN-0 is a portable run time for cluster of multiprocessors developed as part of the APACHE project (CNRS-INPG-INRIA-UJF). Portability is achieved by a layered organization based on standards like POSIX threads and MPI. The ATHAPASCAN-0 run time system extends the heavy-weight process communication model of message passing libraries such as MPI, PVM, etc, into a lighter dynamic network of communicating threads. Multiprogramming is the key concept used. Communication progress is based on a network polling basis to handle incoming messages and to deliver outgoing communications requests. Performance is strongly dependent on the way these operations are implemented. Additionally, multiprocessors introduce some programming problems like overhead of cache coherency mechanisms, method of managing concurrent accesses and efficient mutex locking to avoid unnecessary context switching. These problems are analyzed and solutions are implemented in the ATHAPASCAN-0 run time system. An evaluation of these solutions is performed on a cluster of multiprocessors.

Les connaissances perceptivo-gestuelles sont difficiles à saisir dans les Systèmes Tutoriels Intelligents. Ces connaissances sont multimodales : elles combinent des connaissances théoriques, ainsi que des connaissances perceptuelles et gestuelles. Leur enregistrement dans les Systèmes Tutoriels Intelligents implique l'utilisation de plusieurs périphériques ou capteurs couvrant les différentes modalités des interactions qui les sous-tendent. Les « traces » de ces interactions –aussi désignées sous le terme "traces d'activité"- constituent la matière première pour la production de services tutoriels couvrant leurs différentes facettes. Les analyses de l'apprentissage ou les services tutoriels privilégiant une facette de ces connaissances au détriment des autres, sont incomplets. Cependant, en raison de la diversité des périphériques, les traces d'activité enregistrées sont hétérogènes et, de ce fait, difficiles à modéliser et à traiter. Mon projet doctoral adresse la problématique de la production de services tutoriels adaptés à ce type de connaissances. Je m'y intéresse tout particulièrement dans le cadre des domaines dits mal-définis. Le cas d'étude de mes recherches est le Système Tutoriel Intelligent TELEOS, un simulateur dédié à la chirurgie orthopédique percutanée. Les propositions formulées se regroupent sous trois volets : (1) la formalisation des séquences d'interactions perceptivo-gestuelles ; (2) l'implémentation d'outils capables de réifier le modèle conceptuel de leur représentation ; (3) la conception et l'implémentation d'outils algorithmiques favorisant l'analyse de ces séquences d'un point de vue didactique. / Perceptual-gestural knowledge is multimodal : they combine theoretical and perceptual and gestural knowledge. It is difficult to capture in Intelligent Tutoring Systems. In fact, its capture in such systems involves the use of multiple devices or sensors covering all the modalities of underlying interactions. The "traces" of these interactions -also referred to as "activity traces"- are the raw material for the production of key tutoring services that consider their multimodal nature. Methods for "learning analytics" and production of "tutoring services" that favor one or another facet over others, are incomplete. However, the use of diverse devices generates heterogeneous activity traces. Those latter are hard to model and treat.My doctoral project addresses the challenge related to the production of tutoring services that are congruent to this type of knowledge. I am specifically interested to this type of knowledge in the context of "ill-defined domains". My research case study is the Intelligent Tutoring System TELEOS, a simulation platform dedicated to percutaneous orthopedic surgery.The contributions of this thesis are threefold : (1) the formalization of perceptual-gestural interactions sequences; (2) the implementation of tools capable of reifying the proposed conceptual model; (3) the conception and implementation of algorithmic tools fostering the analysis of these sequences from a didactic point of view.

L'objectif de cette thèse est d'étudier les réponses adaptatives des métazoaires à une diminution de la disponibilité en nutriments dans leur environnement. Ce travail, couplant des approches d'écologie isotopique et de transcriptomique, est basé sur l'analyse comparative d'isopodes de surface (épigés) et souterrains (hypogés) évoluant depuis plusieurs millions d'années dans des environnements présentant des disponibilités en nutriments très contrastées (absence de photosynthèse en milieu souterrain). Leur histoire évolutive (multiples colonisations indépendantes du milieu souterrain) a permis de définir 13 couples composés d'une espèce épigée et d'une espèce hypogée partageant un ancêtre commun épigé (i.e. 13 réplicats indépendants d'une transition vers un milieu plus pauvre en nutriments). Des adaptations en termes d'amélioration de l'acquisition des nutriments (diminution de la sélectivité trophique, stratégies spécialistes) et de diminution de la demande métabolique (diminution du taux de croissance) ont été mises en évidence chez les isopodes hypogés. En revanche, l'hypothèse d'une sélection _stoechiogénomique_ des nucléotides et acides aminés les plus économes en azote a été réfutée. Il est possible que la sélection naturelle soit inopérante sur la composition des ARN et protéines de par les faibles tailles efficaces de population (Ne) des métazoaires. La sélection pourrait aussi être inexistante à ce niveau, de par l'existence d'interactions entre les différentes réponses adaptatives. Ainsi, l'adoption de certaines réponses adaptatives plus efficaces et/ou rapides à mettre en place pourrait suffire à relâcher la pression de sélection sur les autres réponses / The aim of this PhD project was to investigate the adaptive responses of metazoan to a decrease of nutrient availabilities in their environment.We combined isotopic ecology and Next-Generation Sequencing in a comparative analysis of surface (epigean) and groundwater (hypogean) isopods living in highly contrasted environments in terms of nutrient availabilities (lack of photosynthetic production in groundwater). The original evolutionary history of these isopods (multiple independent colonizations of the subterranean habitat) enabled to define 13 species pairs composed of one epigean and one hypogean species sharing a common epigean ancestor. Using these pairs, we studied 13 independent replicates of an environmental transition towards very low nutrient availabilities. Hypogean isopods display adaptations improving the nutrient acquisition (specialist strategy, decrease of trophic selectivity) as well as adaptations reducing the metabolic needs of organisms (decrease of growth rate). However, hypogean isopods do not display adaptive changes in their macromolecules composition (no evidence for the ’stoichiogenomic’ selection of N-thrifty nucleotides and amino acids). Because of the small effective population size (Ne) of metazoa, natural selection may be inefficient to select N-sparing responses at the level of RNA and protein composition. Selection could also be inexistent at this level in case of interactions between the different adaptive responses. Indeed, some nutrientsaving mechanisms may have been selected more quickly or more efficiently, these adaptations being sufficient to relax the selective pressure on the other response levels