Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-05-07T20:08:46Z No. of bitstreams: 2 Tese - Andreia Juliana Leite Rodrigues - 2009.pdf: 4133776 bytes, checksum: 2dcea8498672423efda1a3650814faad (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-08T11:29:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Andreia Juliana Leite Rodrigues - 2009.pdf: 4133776 bytes, checksum: 2dcea8498672423efda1a3650814faad (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-08T11:29:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Andreia Juliana Leite Rodrigues - 2009.pdf: 4133776 bytes, checksum: 2dcea8498672423efda1a3650814faad (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2009-04-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The objective of this work was to construct primers from the development of libraries enriched with microsatellite loci and to evaluate the magnitude and spatial distribution of genetic variability in natural populations of H. speciosa do Cerrado. Locals containing microsatellite regions were isolated and sequenced, which resulted in the design of 74 primer pairs. Of these, 35 were selected for synthesis and optimization of PCR amplification. All the synthesized primers amplified, with annealing temperature ranging from 48° C to 64° C. The primers were tested on 35 genotypes of mangabeira originating from different geographic areas. The 35 individuals were also grouped into four populations according to the botanical variety they belong to (H. s. Var. Speciosa, H. s.var. cuyabensis, H. s.var. gardneri, H. s.var. pubescens). Six pairs of primers were selected for analysis of 162 progenies belonging to the EA / UFG germplasm collection. The developed markers were considered highly informative, with high index of polymorphism and represent a suitable tool to be used in genetic structure studies of natural populations. A high number of alleles per locus were observed. The progenies evaluated had a high polymorphism index. The value obtained for ‘He’ was high, which is indicative of high genetic diversity. The value obtained for the fixation index (f) was positive and high and suggests a relatively high rate of inbreeding in the studied populations. The estimated value of FST, considering each geographical area as a subpopulation, was 0.19. This parameter is indicative of the genetic divergence among the subpopulations, which suggests a high level of differentiation and corroborates the hypothesis of restriction to the gene flow. The NST parameter, similar to the FST, but considering the size of the alleles, provided a considerably higher value, which reinforces the great diversity among the subpopulations of the Cerrado mangrove. Nei was also observed to group the populations in a random manner, regardless of the geographic distance, which indicates that there is no structuring in the geographic space of the genetic variability among the populations. An absence of correlation between genetic distances and geographic distances was observed, which confirms the random distribution of genotypes for this study, reinforcing the hypothesis of restriction to gene flow, even at short distances. When considering the botanical varieties as different populations, an estimate of 0.0583 was observed for the FST statistic and the estimated NST was 0.11738, which again indicates the greater sensitivity of this parameter to detect divergence between populations. A genetic structure analysis was carried out in pairs between the botanical varieties and from the genetic distances obtained, measured by the parameter NST, it was possible to observe a greater similarity between H. s. var. gardneri and H. s. var. pubescens which was expected to be sympatric in its occurrence. The H. s. var. cuyabensis was the most divergent in relation to the others. The fact that the population of Japonvar-MG did not cluster with H. s. var. speciosa, corroborates the hypothesis that this belongs to another botanical variety, which should be further investigated. / O objetivo deste trabalho foi construir iniciadores a partir do desenvolvimento de bibliotecas enriquecidas com locos microssatélites e avaliar a magnitude e a distribuição espacial da variabilidade genética em populações naturais de H. speciosa do Cerrado. Foram isolados e sequenciados locos que continham regiões microssatélites, o que resultou no desenho de 74 pares de iniciadores. Destes, 35 foram selecionados para síntese e otimização da amplificação via PCR. Todos os iniciadores sintetizados amplificaram, com temperatura de anelamento que variou de 48 ̊C a 64 ̊C. Os iniciadores foram testados em 35 genótipos de mangabeira originários de diferentes áreas geográficas. Os 35 indivíduos também foram agrupados em quatro populações de acordo com a variedade botânica que pertencem (H. s. var. speciosa, H. s. var. cuyabensis, H. s. var. gardneri, H. s. var. pubescens). Foram selecionados seis pares de iniciadores para análise de 162 progênies pertencentes à coleção de germoplasma da EA/UFG. Os marcadores desenvolvidos foram considerados altamente informativos, com alto índice de polimorfismo e representam uma ferramenta adequada para ser utilizada em estudos de estrutura genética de populações naturais. Foi observado um elevado número de alelos por loco. As progênies avaliadas apresentaram alto índice de polimorfismo. O valor obtido para He foi alto, o que é um indicativo de diversidade genética elevada. O valor obtido para o índice de fixação (f) foi positivo e elevado e sugere uma taxa relativamente alta de endogamia nas populações estudadas. O valor estimado de FST, considerando-se cada área geográfica como uma subpopulação, foi de 0,19. Este parâmetro é um indicativo da divergência genética entre as subpopulações, o que sugere um alto nível de diferenciação e corrobora a hipótese de restrição ao fluxo gênico. A estimativa do parâmetro NST, análogo ao FST, porém considerando o tamanho dos alelos, forneceu um valor consideravelmente maior, o que reforça a grande diversidade existente entre as subpopulações de mangabeira do Cerrado. Foi observado também o Nei o agrupamento das populações de maneira aleatória, independente da distância geográfica, o que indica que não há estruturação no espaço geográfico da variabilidade genética entre as populações. Foi observada uma ausência de correlação entre as distâncias genéticas e as distâncias geográficas o que confirma, para esse estudo, a distribuição aleatória dos genótipos, reforçando a hipótese de restrição ao fluxo gênico, mesmo a curtas distâncias. Ao considerar as variedades botânicas como diferentes populações, observou-se uma estimativa de 0,0583 para a estatística FST e o valor estimado de NST foi de 0,1738 o que mais uma vez indica, a maior sensibilidade deste parâmetro para detectar divergência entre populações. Foi realizada uma análise de estrutura genética par a par entre as variedades botânicas e a partir das distâncias genéticas obtidas, medidas pelo parâmetro NST, foi possível observar uma maior semelhança entre H. s. var. gardneri e H. s. var. pubescens o que era esperado pelo fato de apresentarem uma simpatria em sua ocorrência. A variedade H. s. var. cuyabensis mostrou-se a mais divergente em relação às demais. O fato de a população de Japonvar-MG não ter se agrupado com H. s. var. speciosa, corrobora a hipótese de esta pertencer a outra variedade botânica, o que deve ser melhor investigado.

A espécie Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart. é uma palmeira nativa, popularmente conhecida como macaúba, que possui ampla utilização desde a indústria alimentícia até na produção de biodiesel. Para estudos genéticos, foram coletados e extraído DNA de 50 indivíduos da espécie em três assentamentos no Pontal do Paranapanema-SP (FU, PJ e GB) e em Amparo-SP (AM) toatalizando 200 amostras. Os objetivos do trabalho foram caracterizar a diversidade genética, a estrutura genética espacial (EGE) e o sistema reprodutivo da espécie no Pontal do Paranapanema. A diversidade genética foi caracterizada pelos parâmetros: número de alelos por loco (Â ), heterozigosidades observada (Ĥo) e esperada (Ĥe) e índice de fixação (F^ ). As estatísticas F foram utilizadas como parâmetro de diferenciação genética entre ( F^ ST) e dentro das subpopulações ( F^IS). A EGE foi realizada pela estimativa do coeficiente de coancestria (θ^xy ) entre pares de árvores em relação a posição espacial destas. As populações de macaúba estudadas apresentaram níveis relativamente altos de polimorfismo, pois dos nove locos utilizados obteve-se um total de 103 alelos, sendo que 34 alelos são privados. O Ĥo médio variou de 0,410 a 0,531; O Ĥe médio variou de 0,547 a 0,615. O F apresentou valores positivos e significativos (0,119, 0,173 e 0,276) nas médias de PJ, GB e AM, respectivamente. As estatísticas F mostraram 16,8% de diferenciação entre as populações, ou seja, a maior parte da diversidade genética se encontra dentro das populações. Apenas para a população FU a EGE não foi significativa, na população PJ foi significativa na distância de 810 m (θ^xy =0,0211), porém foi considerado sem significado biológico. Nas outras o θ^xy foi significativo nas distâncias de 38 m (θ^xy = 0,0182 a θ^xy = 0,0418) e 71 (θ^xy =0,0213 a θ^xy =0,0934) para GB e AM, respectivamente, indicando que indivíduos dentro destas distâncias possuem algum grau de parentesco. Os parâmetros para estudar o sistema de reprodução foram calculados pelo MLTR e foram utilizadas 246 progênies (20 mães) da população FU, obtendo os parâmetros t^m =0,97, t^s =0,928, t^m - t^s=0,042, r^s =0,1 e r^p(m) =0,015. O número efetivo de doadores de pólen foi 66,66, a porcentagem de meio-irmãos, irmãos de autofecundação e cruzamento, irmãos completos e irmãos de autofecundação foram 92,7%, 5,8%, 1,4% e 0,09%, respectivamente. O tamanho efetivo foi 3,10, a coancestria foi θ^ =0,134 e o número de matrizes foi m^ =48,29. A macaúba é uma palmeira alógama, não houve correlação significativa de paternidade e o número de matrizes para coleta de sementes deve ser pelo menos 15 sementes de 49 árvores. / Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart. is a native palm, also known as Macaw, which has widespread utilization in the food industry as well as for biodiesel oil production. Samples were collected and DNA was extracted from 50 adult individuals in each of the three rural settlements at Pontal do Paranapanema (FU, PJ and GB) and at Amparo-SP (AM), totaling 200 samples. The study aimed to characterize the genetic diversity, spatial genetic structure (SGS) and the mating system in the Pontal do Parapanema. Genetic diversity was estimated by number of aleles per locus (Â), observed (Ĥo) and expected heterozygozity (Ĥe), fixation index (F^). The F^ statistics were used as genetic differentiation parameter among and within subpopulations. The SGS was studied by coancestry coeficiente (θ^xy ) between pair of trees. The studied populations showed relatively high levels of polymorphism using nine microsatellites loci with a total of 103 alleles, where 34 of these are private. The average of Ĥo and Ĥe ranged from 0.410 to 0.531 and 0.547 to 0.615, respectively. The fixation index (F^) presented positive and significant values in average for PJ (0.119), GB (0.173) and AM (0.276), respectively. The genetic differentiation ( F^ ST) was 16,8%, so most of the diversity is within populations. Only in the FU population the SGS was not significant, was significant up to 810 m (θ^xy=0.0211) for PJ with no ecological meaning. This parameter (θ^xy) was significant at up to 38 m (θ^xy = 0.0182 a θ^xy = 0.0418) and 71 m (θ^xy =0.0213 a θ^xy =0.0934) for GB and AM, respectively, indicating that individuals within these distances are related. The parameters to study the mating system were calculated using MLTR with 246 siblings of open pollination of 20 maternal families trees of the FU population, showing values of t^m=0,97, t^s =0,928, t^m - t^s=0,042, r^s =0,1 e r^p(m) =0,015. The number of effective pollen donors was 66,66, the percentage of the pairwise half sibs self-half-sibs, full sibs and sef sibs were 92,7%, 5,8%, 1,4% and 0,09%, respectively. The effective size was 3,10, the coancestry was θ^ =0,134 and the number of matrices m^ =48,29. The macaw palm is an outcrossing palm, there was no significant correlation of paternity and the collection of seeds should be in at least 15 seeds from more than 49 trees to keep a high genetic diversity.

Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), espécie de siri nativa do Indo-Oeste Pacífico, dispersou-se para o mar Mediterrâneo com a abertura do canal de Suez. Em 1987, foi registrada pela primeira vez no Atlântico Ocidental, onde populações estabelecidas são reconhecidas dos EUA ao sul do Brasil. Acredita-se que sua introdução no continente americano teria ocorrido por meio de água de lastro de navios provenientes do mar Mediterrâneo. Por meio de análises moleculares utilizando-se três marcadores genéticos (um nuclear, H3, e dois mitocondriais, COI e 16S rDNA), de forma integrada à morfologia comparativa, realizou-se uma investigação do status taxonômico de C. hellerii e dos aspectos relacionados ao seu histórico de introdução. Para este último fim, objetivou-se: (1) o reconhecimento de regiões de origem e rotas de introdução; (2) a detecção ou não de gargalo genético e (3) de introduções múltiplas. A validade de C. hellerii como uma única entidade foi corroborada por alguns resultados: 100% de similaridade no marcador nuclear; monofilia de C. hellerii nos filogramas construídos com diversas espécies de Thalamitinae; divergência genética intraespecífica (COI - 0 a 4,2% e 16S rDNA - 0 a 0,9%) inferior à interespecífica esperada (COI - 6,2 a 21,5% e 16S rDNA - 3,9 a 15,2%) e total similaridade genética entre indivíduos com características morfológicas distintas. Estruturação genética e morfométrica foi detectada nas localidades nativas (+ mar Mediterrâneo), evidenciando dois grupos: Índico oeste + mar Mediterrâneo e Índico leste + Pacífico. A AMOVA para COI mostrou que 38,739% da diversidade encontrada está entre esses dois grupos (ct = 0,38, p = 0,00). A diferenciação genética entre o Índico e o Pacifico é recorrentemente associada a baixas do nível no mar na conexão entre estes oceanos no Pleistoceno. Essa estruturação nas áreas de origem foi fundamental para a detecção de introduções múltiplas na costa americana. A maior parte dos indivíduos da América se agrupou com o Índico oeste + mar Mediterrâneo, suportando o mar Mediterrâneo como a principal origem das populações americanas. No entanto, o agrupamento de espécimes do sul do Brasil com o grupo Índico leste + Pacífico também revelou introduções provenientes dessa região. Um grupo geneticamente distinto detectado na costa americana e geneticamente mais próximo do Índico leste + Pacífico sugere introdução proveniente de uma localidade não amostrada nas áreas de origem. Para ambos os marcadores mitocondriais, os valores de diversidade haplotípica nas áreas exóticas foram comparáveis aos das de origem e a diversidade nucleotídica foi predominantemente superior nas primeiras em relação às segundas. Estes resultados estão possivelmente relacionados à ocorrência de introduções múltiplas de áreas geneticamente distintas. Dos haplótipos de COI detectados no agrupamento Índico oeste + mar Mediterrâneo, apenas dois não foram encontrados nas populações americanas, sugerindo a não ocorrência de um gargalo genético expressivo. Para a introdução proveniente do Índico oeste + Pacífico, gargalo genético significativo possivelmente ocorreu, uma vez que dos 22 haplótipos encontrados nos 40 espécimes do agrupamento Índico leste + Pacífico, apenas três foram encontrados em quatro dos 87 indivíduos amostrados na América. Por fim, análises moleculares e morfológicas demonstraram que Charybdis variegata, espécies congênere recentemente registrada como uma nova espécie exótica na América, consiste na realidade em mais um exemplar de C. hellerii. / Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), an invasive swimming crab species native to the Indo-West Pacific, dispersed to the Mediterranean Sea via Suez Canal. In 1987, it was first reported to the western Atlantic, where self-maintaining populations are currently found from the USA to southern Brazil. It is suggested that animals were transported to America in their larval stages through ballast water from ships probably loaded at Mediterranean ports. An integrative approach of morphological and molecular analyses using three molecular markers (one nuclear, H3 and two mitochondrial, COI and 16S rDNA) was performed in order to check the taxonomic status of C. hellerii and investigate its introduction history. For the latter purpose, this study aimed: (1) to track potential sources, routes of introduction, (2) assess the occurrence or not of multiple introductions and (3) of genetic bottlenecks. C. hellerii was confirmed as a single entity according to the following results: 100% of similarity for the nuclear marker; monophyly of C. hellerii clade in the phylograms including several species of the subfamily Thalamitinae; intraspecific genetic diversity (COI - 0 to 4.2% and 16S rDNA - 0 to 0.9%) inferior to interspecific value expected for the studied loci (COI - 6.2 to 21.5% and 16S rDNA - 3.9 a 15.2%) and total genetic similarity of individuals with different morphological traits. Genetic and morphometric structure was detected in C. hellerii native range (and the Mediterranean Sea), showing two groups: Western Indian Ocean + Mediterranean Sea and Eastern Indian + Pacific Oceans. The AMOVA results for COI revealed that 38.739% of variation was between both groups (ct = 0.38, p = 0.00). This genetic break between the Pacific and Indian Oceans is constantly associated with sea level fluctuations in the connection between both Oceans during the Pleistocene glaciation events. This genetic structure allowed the detection of independent introduction events along the American coast. As most animals from this exotic range were clustered with the Western Indian Ocean + Mediterranean Sea group, the Mediterranean populations were supported as the main source of the American ones. However, the cluster of animals from the southern Brazil with the Eastern Indian + Pacific Oceans group indicated that introductions from these native regions might also have occurred. A third group found solely in the American range and genetically related to Eastern Indian + Pacific also suggested introductions from an unsampled locality of native range. The haplotype diversities of American localities were comparable to those of source ones, whereas the nucleotide diversities were predominantly higher in the non-native localities. These diversity indexes results might be related to the occurrence of multiple introductions from genetic distinct areas. Among all haplotypes of the Indian Ocean + Mediterranean Sea cluster, only two were not found in America, what suggests no expressive bottleneck in the introduction from this source. However, a genetic bottleneck might explain the low number of equal haplotypes between the Eastern Indian + Pacific Ocean cluster and the Atlantic range. Only three haplotypes were detected in four specimens out of 87 collected in American localities in comparison to 22 found in the native group. In addition, the molecular and morphological analyses confirmed that a congeneric species, Charybdis variegata, recently recorded on the American coast, is actually another C. hellerii specimen.

The genetic diversity within and among natural populations is critical to developing strategies for conservation in situ and ex situ, due to forest fragmentation alters ecological processes that are essential to maintaining this diversity. This study was conducted to evaluate the genetic variability within and between populations of Zizyphus joazeiro Mart. and Cassia grandis L.f. by molecular markers, to define strategies for collect of the seed to produce seedlings for the rehabilitation of degraded areas. The study was realized in different municipalities in the Baixo São Francisco sergipano. Populations of Z. joazeiro were sampled in Santana do São Francisco, Canhoba e Canindé do São Francisco, while populations of C. grandis were sampled in Santana do São Franciso, Canhoba e Nossa Senhora de Lourdes. To evaluate the genetic structure of populations were used isozymes and RAPD-DNA marker. From the observed results can be inferred that due to forest fragmentation, mainly caused by human occupation in the Baixo São Francisco, the populations are structured. However, the species showed high genetic diversity within populations, inbreeding and lack of rare alleles and unique. These results should be linked, in addition to forest fragmentation, pollination characteristics of the studied species (insects), for as short distances, gene flow is not large, which can lead to the genetic structure of populations. Thus, strategies for conservation of variability, such as the collection of genetic material in all populations studied, should be adopted. / O conhecimento da diversidade genética entre e dentro de populações naturais é de suma importância para a elaboração de estratégias de conservação in situ e ex situ, devido a fragmentação florestal que altera processos ecológicos essenciais à manutenção desta diversidade. Assim, este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar a variabilidade genética dentro e entre populações de Zizyphus joazeiro Mart. e Cassia grandis L.f., por meio de marcadores moleculares, visando definir estratégias de coleta de sementes para a produção de mudas destinadas à recuperação de áreas degradadas. O estudo foi realizado em diferentes municípios localizados na região do Baixo São Francisco sergipano. As populações de Z. joazeiro foram amostradas em Santana do São Francisco, Canhoba e Canindé do São Francisco, enquanto as populações de C. grandis foram amostradas em Santana do São Francisco, Canhoba e Nossa Senhora de Lourdes. Para a avaliação da estrutura genética das populações foram utilizados os marcadores isoenzimáticos e o marcador de DNA-RAPD. A partir dos resultados observados pode-se inferir que devido ao processo de fragmentação florestal, causada principalmente pela ocupação humana na região do Baixo São Francisco, as populações estão estruturadas. No entanto, as espécies apresentam elevada diversidade genética intrapopulacional, ausência de endogamia e alelos raros e exclusivos. Estes resultados devem estar ligados, além do processo de fragmentação florestal, às características do agente polinizador das espécies estudadas (insetos), pois, como percorre pequenas distâncias, o fluxo gênico não é amplo, o que pode ocasionar a estruturação genética das populações. Assim, estratégias para a conservação da variabilidade existente, como coleta de material genético em todas as populações estudadas, devem ser adotadas.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Advaldo Ecologia.pdf: 1653523 bytes, checksum: f1b37fbab550f36d115f06121fc017e2 (MD5) Previous issue date: 2012-03-12 / The genus Caryocar is formed by tree species and is distributed in the neotropical region. Many species of the genus are found in forested biomes, but three species are found in the dry diagonal that cuts the two Brazilian biomes of tropical forests: C. brasiliense, C. coriaceum and C. cuneatum. Understand the phylogeographic pattern of these species may help to comprehend the historic events responsible for the actual biogeographic patterns of the region. In this context, the aim of our study was evaluate the genetic variability of the species that are found in the Brazilian dry diagonal, observe how it s distributed in the sampled populations and, from the data, try to construct a phylogeographic hypothesis for the origin of these species. We sequenced two chloroplastic regions, trnH-psbA and trnC-ycf6, from nine species of the genus Caryocar, for a better understanding of the dry diagonal group origin relative to the species that are found in the tropical forests biomes. We inferred the genetic diversity indices; the relationship between the species, using a network and a Bayesian phylogenetic tree; and we inferred the Time to the Most Recent Common Ancestor of the groups of interest using coalescence based methods. We analyzed 785 base pairs and found 23 haplotypes, some of them are shared between species, demonstrating the possibility of incomplete lineage sorting or hybridization between species of the genus. The species presented low genetic diversity indices, and we found genetic structure in the Caryocar brasiliense populations. The populations from the northern and western threshold of the C. brasiliense distribution presented evidences that they may have functioned as a source of migrants to the other populations. The date of the divergence time reveals that the dry diagonal group has originated around 2,48 millions years before present, and the ancestor of the C. coriaceum e C. cuneatum appeared around 1,21 million years before present, at the beginning of the glacial periods, at Pleistocene. It suggests that these glacial periods had influenced the actual distribution of the species. / O gênero Caryocar é composto por espécies arbóreas, distribuído na região neotropical. A maioria das espécies do gênero ocupa biomas florestais, porém três espécies se distribuem na diagonal seca que corta os dois biomas de floresta tropical brasileira sendo elas C. brasiliense, C. coriaceum e C. cuneatum. Entender o padrão filogeográfico dessas espécies pode ajudar na compreensão de eventos históricos responsáveis pelos padrões biogeográficos atuais da região. Nesse contexto, o objetivo de nosso estudo foi avaliar a variabilidade genética existente nas espécies que ocupam a diagonal seca brasileira, observar como ela se encontra distribuída nas populações amostradas e a partir dos dados tentar construir uma hipótese filogeográfica para a origem dessas espécies. Foram sequenciadas duas regiões do genoma cloroplastidial, trnH-psbA e trnC-ycf6, de nove espécies do gênero Caryocar, para a melhor compreensão da origem do grupo da diagonal seca em relação às espécies que ocupam biomas de florestas tropicais. Foram inferidos os índices de diversidade genética; a relação de parentesco entre as espécies por meio de uma rede de haplótipos e de uma árvore filogenética Bayesiana; a estrutura genética das populações; mudanças demográficas históricas; e por fim, o cálculo dos tempos de divergência do grupo em interesse foi realizado por meio da metodologia baseada na teoria de coalescência. Foram analisados 785 pares de base e foram encontrados 23 haplótipos, alguns deles compartilhados entre espécies, demonstrando a possibilidade de retenção de polimorfismo ancestral ou hibridização entre as espécies do gênero. As espécies apresentaram baixos índices de diversidade genética, e foi encontrada estruturação dessa variabilidade na espécie C. brasiliense (ΦST = 0,363). No geral, não houve evidências de grandes mudanças demográficas históricas nas espécies em estudo. As populações do limite norte e oeste da distribuição de C. brasiliense apresentaram evidências de que podem ter funcionado como fonte de migrantes para as demais populações. A datação dos períodos de divergência revelou que o grupo da diagonal seca se originou por volta de 2,48 milhões de anos (Ma) atrás, e o ancestral das espécies C. cuneatum e C. coriaceum surgiu por volta de 1,21 Ma, sugerindo um possível efeito das glaciações pleistocênicas na distribuição atual das espécies.

Anadenanthera é um gênero botânico pertencente à família Mimosaceae e endêmico da América Latina e Caribe. Compreende duas espécies arbóreas tropicais: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (angico, angico vermelho, angico branco, curupay) e Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo ou cohoba). As duas espécies são de ocorrência frequente na paisagem da região de Ribeirão Preto, apresentando-se em aglomerados quase monoespecíficos popularmente conhecidos como angicais. Visando contribuir para futuras medidas conservacionistas, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, o sistema de reprodução, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico contemporâneo de A. colubrina e A. peregrina em angicais da Região de Ribeirão Preto SP usando como ferramenta de análise um conjunto de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Para isso, foram construídas duas bibliotecas enriquecidas para microssatélites usando a espécie A. colubrina que resultaram em 20 marcadores SSR testados para a espécie e subsequentemente transferidos para A. peregrina. Desses 20 marcadores, 14 foram polimórficos em cada uma das espécies. Através dessa ferramenta molecular, foi possível realizar os estudos de diversidade genética, endogamia e distribuição genética espacial em A. colubrina e A. peregrina na região de Ribeirão Preto, que acusaram de uma maneira geral, muitas semelhanças entre as duas espécies, bem como entre os angicais de uma mesma espécie. A diferença mais marcante encontrada entre elas foi com relação a estrutura genética espacial, pois todos os angicais de A. colubrina apresentaram forte estruturação, enquanto que os de A. peregrina demonstraram ter uma dispersão aleatória dos indivíduos. O sistema reprodutivo e o fluxo de pólen nas duas espécies foi acessado usando sete marcadores moleculares microssatélites. Para essas análises foram genotipados indivíduos juvenis e adultos (totalizando 352 de A. colubrina e 355 de A. peregrina) presentes nos angicais Acol/PB, Aper/SP255 e Aper/Faz. Através das análises constatou-se que ambas as espécies tem sistema de acasalamento misto, embora A. colubrina tenha apresentado uma proporção maior de autofecundação (tm Acol = 0,619; tm Aper= 0,905). Também foram encontrados elevados índices de cruzamento entre parentes (tm-ts Acol = 0,159; tm-ts Aper = 0,216) e parentesco (coancestria), o que resultou num baixo tamanho efetivo populacional para ambas as espécies. As estimativas das taxas de cruzamentos multilocos individuais apresentaram grande variação nas duas espécies, mostrando a flexibilidade do sistema reprodutivo no gênero Anadenanthera. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,10 em A. colubrina e 1,24 em A. peregrina) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (2,61 em A. colubrina e 3,35 em A. peregrina), usando a estimativa indireta de correlação de paternidade. Análises de paternidade revelaram distâncias de dispersão de pólen em duas escalas para ambas as espécies. Dessa forma, ocorreram muitos cruzamentos locais, entre árvores próximas no mesmo angical, mas também foram encontradas grandes distâncias de dispersão de pólen. A média da distância de dispersão em A. colubrina foi de 299,88 m e de 214,369 m em A. peregrina. Alto fluxo de pólen oriundo de árvores externas aos angicais de ambas as espécies foi detectado, indicando que os grupos não são isolados reprodutivamente. Por outro lado, o fluxo gênico crítico foi também muito elevado nas estimativas, provavelmente devido ao baixo poder de exclusão que os locos apresentaram dentro dos angicias de ambas as espécies. / Anadenanthera is a genus of Mimosaceae that is endemic to Latin America and the West Indies and comprises two tropical tree species: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (popularly known as angico, angico vermelho, angico branco or curupay) and Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo or cohoba). Both species are commonly found in the Ribeirão Preto region, usually as nearly monospecific agglomerates known as angicais. To aid future conservationist measures, this work investigated the genetic diversity, gene flow, spatial genetic structure and contemporary mating system of A. colubrina and A. peregrina in the angicais of Ribeirão Preto Region SP by analyzing a sample of simple sequence repeat markers (SSR). Two microsatellites libraries were created from A. colubrina, providing 20 SSR markers that were tested for that species and later applied to A. peregrina. Fourteen out of the 20 markers were polymorphic between the species, allowing an examination of the genetic diversity, endogamy and spatial genetic structure in A. colubrina and A. peregrina in the Ribeirão Preto region, which revealed several similarities between the two species, as well as among the angicais of a single species. The most remarkable difference between the species was related to the spatial genetic structure, as all angicais of A. colubrina presented strong structuration, whereas those of A. peregrina exhibited an aleatory dispersion of individuals. The mating system and pollen flow in both species were analyzed through seven SSR. Adults and juveniles from the angicais Acol/PB, Aper/SP255 and Aper/Faz were genotyped for those analyses (352 specimens of A. colubrina and 355 of A. peregrina), revealing that both species undergo a mixed mating system, although A. colubrina presented a higher percentage of self-mating (tm Acol = 0.619; tm Aper= 0.905). High indices of mating among relatives (tm-ts Acol = 0.159; tm-ts Aper = 0.216) and coancestry were also found, resulting in a low effective population size for both species. A wide range in the estimate of the mutilocus breeding rate was found for both species, reflecting the plasticity of the mating system in the genus Anadenanthera. The effective number of pollen donors was very low for a single fruit (1.10 in A. colubrina and 1.24 in A. peregrina) and higher between fruits from the same tree (2.61 in A. colubrina and 3.35 in A. peregrina), using an indirect estimate of the paternity correlation. Paternity analyses revealed the distance of pollen dispersion on two different scales: many local outcrossings (between close trees from the same angical) in addition to long-distance pollen dispersion. The average dispersion distance was 299.88 m in A. colubrina and 214.369 m in A. peregrina. A high pollen flux from trees outside the angicais of both species was observed, indicating a lack of reproductive isolation. However, the gene flow was also very high, likely due to the low power of exclusion presented by loci from both species inside the angicais.

As tartarugas marinhas são répteis de vida longa que realizam extensas migrações entre áreas de alimentação e desova, resultando em estágios sucessivos de mistura e isolamento de estoques genéticos, espacial e temporalmente. A tartaruga-verde (Chelonia mydas) está ameaçada de extinção, e é fundamental entender sua dinâmica populacional e distribuição para o manejo e conservação da espécie. O objetivo deste estudo foi analisar a diversidade genética, estrutura populacional, origens dos indivíduos e história demográfica de C. mydas em três locais do Oceano Atlântico (estado do Rio de Janeiro, Brasil - área de alimentação; Guadalupe e Guiana Francesa - áreas de desova), com base em sequências da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e 10 loci de microssatélites. As análises de mtDNA demonstraram que a área amostrada no Brasil tem perfil genético semelhante às outras áreas de alimentação da costa brasileira. De maneira semelhante, o perfil genético das duas áreas de desova é bastante similar ao de outros sítios reprodutivos na região do Caribe. As análises de estoque misto revelaram que os indivíduos juvenis no Brasil são provenientes principalmente da Ilha Ascensão, Guiana Francesa e Guiné Bissau. Os microssatélites detectaram estrutura genética entre as três populações, apesar de haver um fluxo de migrantes entre elas, especialmente de indivíduos da Guiana Francesa em direção ao Brasil e Guadalupe. Guiana Francesa, Guadalupe e Brasil apresentaram declínio populacional severo, detectado pelos microssatélites. Apesar da distribuição global, as populações de tartarugas-verdes estão sujeitas a diferentes pressões nos habitats que ocupam, e é importante entender quais populações estão ameaçadas. Este estudo enfatiza a importância da conectividade entre áreas de alimentação e desova que podem estar amplamente distribuídas de acordo com oportunidades ou restrições ecológicas, adicionando informações a respeito da dispersão e a dinâmica de tartarugas-verdes que frequentam o Oceano Atlântico / Sea turtles are reptiles with a long lifespan that undertake wide-ranging migrations through feeding and nesting sites, resulting in successive stages of mixing and isolating genetic stocks, both spatially and temporally. The green sea turtle (Chelonia mydas) is threatened with extinction, and it is essential to understand its population dynamics and distribution in order to manage and preserve the species. The aim of this study was to analyze the genetic diversity, population structure, natal origins and demographic history of C. mydas in three sites in the Atlantic Ocean (Rio de Janeiro state, Brazil - feeding ground; Guadeloupe and French Guiana - nesting sites), based on sequences of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region and 10 microsatellites loci. The mtDNA analyses demonstrated that Brazilian samples have the same genetic profile of others collected in feeding grounds in the Brazilian coast. Similarly, the genetic profile of the nesting sites has resemblances to others in the Caribbean region. The mixed stock analyses revealed that most of the juveniles in Rio de Janeiro state come from Ascension Island, French Guiana and Guinea Bissau. Microsatellites detected genetic structure among the three populations, even with migration flows, especially in individuals from French Guiana to Brazil and Guadeloupe. French Guiana, Guadeloupe and Brazil presented a severe population decline, detected by the microsatellites analyses. Despite the worldwide distribution, green sea turtle populations undergo different pressures at the habitats they occupy, and it is important to understand which populations are threatened. This study emphasizes the importance of connecting nesting and feeding areas that can be widely distributed according to ecological opportunities or constraints, adding information on dispersion and population dynamics of green sea turtles on Atlantic Ocean

O tucumã-do-Amazonas (Astrocaryum aculeatum), da família Arecaceae, é uma espécie com ocorrência na Amazônia Ocidental e Central brasileira. Seu fruto é muito apreciado na região amazônica que consome a polpa na forma fresca. Sua produção é feita pelos agricultores extrativistas. Não existem informações dos parâmetros de diversidade e estrutura genética das populações naturais desta espécie, fundamental para o estabelecimento de estratégias adequadas no uso deste recurso genético, e para aumentar a eficiência da domesticação e seleção para um programa de melhoramento genético. Não é conhecido também como este extrativismo pode estar influenciando a diversidade entre estas populações ao nível dos genitores e progênies, o fluxo gênico e a estrutura genética espacial. Assim, o objetivo desta pesquisa foi caracterizar a estrutura e a diversidade genética de populações de A. aculeatum no Estado do Amazonas, utilizando marcadores microssatélites. Como objetivos específicos o estudo visou desenvolver iniciadores de microssatélites para A. aculeatum; avaliar a diversidade e a estrutura genética; determinar o fluxo gênico, bem como o grau de parentesco, a estrutura genética espacial (EGE) e o coeficiente de coancestria numa população. Os iniciadores de microssatélites foram isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida e caracterizados usando 40 amostras provenientes de duas populações selvagens. Foram identificados 14 iniciadores de microssatélites, mostrando um alto polimorfismo nas populações avaliadas. Para estimar a diversidade e estrutura genética foram utilizadas amostras de material vegetal de 218 plantas distribuídas em 15 populações, localizadas em 14 municípios do estado de Amazonas. Foram identificados 101 alelos nos iniciadores, com média de 10,1 alelos. As médias das heterozigosidades observadas (HO) foram superiores às esperadas (HE) ao nível de população (HO=0,639, HE=0,557) e locos (HO=0,639; HE=0,594). Os baixos valores de FST (0,07) mostraram uma moderada estrutura populacional e a análise Bayesiana indicou um agrupamento mais adequado de k=4, o que foi confirmado pelas análises de PCoA. Para realizar o fluxo gênico, EGE e coeficiente de coancestria foram utilizadas 244 amostras de material vegetal, distribuídas entre 112 possíveis genitores, 12 matrizes e 120 progênies numa população. Foi detectada EGE significativa para os adultos até a distância de 50 m, indicando dispersão de sementes a curtas distâncias. A análise de paternidade detectou 9,2% de imigração de pólen. Não foram detectadas autofecundações e a distância média de polinização dentro da população foi de 81 m. Os índices de diversidade genética confirmaram a estratégia reprodutiva por alogamia da espécie, com níveis elevados de heterozigotos nas populações, e a estrutura genética sugere que a espécie teria iniciado o processo de formação das subpopulações há pouco tempo, tendo sido influenciada antes e após o início do desmatamento. O fluxo gênico detectado indica que a entrada de alelos na população através da imigração de pólen está contribuindo para manutenção da diversidade genética da população. Com relação à conservação da espécie, esta deve ser realizada ao nível das bacias hidrográficas, direcionando políticas de manejo para as bacias hidrográficas da Amazônia. Entretanto, dentro da população é importante a renovação com novas progênies selecionadas a partir de um espaçamento mínimo de 50 m entre plantas matrizes para diminuir as probabilidades de coletar sementes de plantas parentes. / The tucum palm (Astrocaryum aculeatum), family Arecaceae, is a species occurring in Western and Central Brazilian Amazon. Its fruit is widely appreciated in the Amazon region that consumes the pulp in fresh form. Its production is made by extractive farmers. There is no information on the genetic diversity and structure of natural populations of this species, fundamental to establishing adequate strategies in the use of this genetic resource, increase the efficiency of domestication and selection for a breeding program. It is also unknown the way this extrativism may be influencing to diversity of these populations at the level of the parents and offspring, as well as gene flow and spatial genetic structure. Therefore, the objective of this research was to characterize the structure and genetic diversity of populations of A. aculeatum in Amazonas State, using microsatellite markers. As specific objectives, the study aimed to develop microsatellite primers for A. aculeatum; evaluate the genetic diversity and structure; determine the gene flow, the degree of relationship or kinship, the spatial genetic structure (SGS) and the coefficient of coancestry in one population. The loci were isolated from a microsatellite-enriched genomic library and were characterized using 40 samples coming from two wild populations. Fourteen microsatellite primers were identified, showing a high polymorphism in the populations evaluated. To estimate the genetic diversity and structure we used samples of plant material from 218 plants distributed in 15 populations located in 14 municipalities of the state of Amazonas. A total of 101 alleles were identified in the primers, with an average of 10.1 alleles. The averages of the observed heterozygosities (HO) were higher than the expected heterozygosities (HE) at the population (HO=0.639; HE=0.557) and loci (HO=0.639; HE=0.594) levels. The low values of FST (0.07) showed a moderate population structure and the Bayesian analysis indicated as the most suitable a cluster of k=4, confirmed by the groups formed in the PCoA. To conduct gene flow, SGS and the coefficient of coancestry, 244 samples of plant material were used, distributed among 112 possible progenitors, 12 matrices and 120 progenies in a population. A significant SGS was detected for adult trees up to the distance of 50 m, indicating seed dispersal over short distances. Paternity analysis indicated 9.2% of pollen immigration. Selfing was not detected and the average distance of pollination within the population was 81 m. The genetic diversity indices confirmed the outcrossing reproductive strategy of the species with high levels of heterozygotes in the populations, and the genetic structure suggests that the species would have started the process of formation of subpopulations a short time ago, being influenced before and after the start of deforestation. The gene flow detected indicates that the entry of alleles in the population through pollen immigration is contributing to the maintenance of genetic diversity of the population. With respect to the conservation of the species, it should be performed at the level of the river basins, directing management policies for the river basins of the Amazon. However, within the population it is important to renew with new progenies selected from a minimum spacing of 50 m between plant matrices to decrease the probability of collecting seeds from plant relatives.

O tucumã-do-Amazonas (Astrocaryum aculeatum), da família Arecaceae, é uma espécie com ocorrência na Amazônia Ocidental e Central brasileira. Seu fruto é muito apreciado na região amazônica que consome a polpa na forma fresca. Sua produção é feita pelos agricultores extrativistas. Não existem informações dos parâmetros de diversidade e estrutura genética das populações naturais desta espécie, fundamental para o estabelecimento de estratégias adequadas no uso deste recurso genético, e para aumentar a eficiência da domesticação e seleção para um programa de melhoramento genético. Não é conhecido também como este extrativismo pode estar influenciando a diversidade entre estas populações ao nível dos genitores e progênies, o fluxo gênico e a estrutura genética espacial. Assim, o objetivo desta pesquisa foi caracterizar a estrutura e a diversidade genética de populações de A. aculeatum no Estado do Amazonas, utilizando marcadores microssatélites. Como objetivos específicos o estudo visou desenvolver iniciadores de microssatélites para A. aculeatum; avaliar a diversidade e a estrutura genética; determinar o fluxo gênico, bem como o grau de parentesco, a estrutura genética espacial (EGE) e o coeficiente de coancestria numa população. Os iniciadores de microssatélites foram isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida e caracterizados usando 40 amostras provenientes de duas populações selvagens. Foram identificados 14 iniciadores de microssatélites, mostrando um alto polimorfismo nas populações avaliadas. Para estimar a diversidade e estrutura genética foram utilizadas amostras de material vegetal de 218 plantas distribuídas em 15 populações, localizadas em 14 municípios do estado de Amazonas. Foram identificados 101 alelos nos iniciadores, com média de 10,1 alelos. As médias das heterozigosidades observadas (HO) foram superiores às esperadas (HE) ao nível de população (HO=0,639, HE=0,557) e locos (HO=0,639; HE=0,594). Os baixos valores de FST (0,07) mostraram uma moderada estrutura populacional e a análise Bayesiana indicou um agrupamento mais adequado de k=4, o que foi confirmado pelas análises de PCoA. Para realizar o fluxo gênico, EGE e coeficiente de coancestria foram utilizadas 244 amostras de material vegetal, distribuídas entre 112 possíveis genitores, 12 matrizes e 120 progênies numa população. Foi detectada EGE significativa para os adultos até a distância de 50 m, indicando dispersão de sementes a curtas distâncias. A análise de paternidade detectou 9,2% de imigração de pólen. Não foram detectadas autofecundações e a distância média de polinização dentro da população foi de 81 m. Os índices de diversidade genética confirmaram a estratégia reprodutiva por alogamia da espécie, com níveis elevados de heterozigotos nas populações, e a estrutura genética sugere que a espécie teria iniciado o processo de formação das subpopulações há pouco tempo, tendo sido influenciada antes e após o início do desmatamento. O fluxo gênico detectado indica que a entrada de alelos na população através da imigração de pólen está contribuindo para manutenção da diversidade genética da população. Com relação à conservação da espécie, esta deve ser realizada ao nível das bacias hidrográficas, direcionando políticas de manejo para as bacias hidrográficas da Amazônia. Entretanto, dentro da população é importante a renovação com novas progênies selecionadas a partir de um espaçamento mínimo de 50 m entre plantas matrizes para diminuir as probabilidades de coletar sementes de plantas parentes. / The tucum palm (Astrocaryum aculeatum), family Arecaceae, is a species occurring in Western and Central Brazilian Amazon. Its fruit is widely appreciated in the Amazon region that consumes the pulp in fresh form. Its production is made by extractive farmers. There is no information on the genetic diversity and structure of natural populations of this species, fundamental to establishing adequate strategies in the use of this genetic resource, increase the efficiency of domestication and selection for a breeding program. It is also unknown the way this extrativism may be influencing to diversity of these populations at the level of the parents and offspring, as well as gene flow and spatial genetic structure. Therefore, the objective of this research was to characterize the structure and genetic diversity of populations of A. aculeatum in Amazonas State, using microsatellite markers. As specific objectives, the study aimed to develop microsatellite primers for A. aculeatum; evaluate the genetic diversity and structure; determine the gene flow, the degree of relationship or kinship, the spatial genetic structure (SGS) and the coefficient of coancestry in one population. The loci were isolated from a microsatellite-enriched genomic library and were characterized using 40 samples coming from two wild populations. Fourteen microsatellite primers were identified, showing a high polymorphism in the populations evaluated. To estimate the genetic diversity and structure we used samples of plant material from 218 plants distributed in 15 populations located in 14 municipalities of the state of Amazonas. A total of 101 alleles were identified in the primers, with an average of 10.1 alleles. The averages of the observed heterozygosities (HO) were higher than the expected heterozygosities (HE) at the population (HO=0.639; HE=0.557) and loci (HO=0.639; HE=0.594) levels. The low values of FST (0.07) showed a moderate population structure and the Bayesian analysis indicated as the most suitable a cluster of k=4, confirmed by the groups formed in the PCoA. To conduct gene flow, SGS and the coefficient of coancestry, 244 samples of plant material were used, distributed among 112 possible progenitors, 12 matrices and 120 progenies in a population. A significant SGS was detected for adult trees up to the distance of 50 m, indicating seed dispersal over short distances. Paternity analysis indicated 9.2% of pollen immigration. Selfing was not detected and the average distance of pollination within the population was 81 m. The genetic diversity indices confirmed the outcrossing reproductive strategy of the species with high levels of heterozygotes in the populations, and the genetic structure suggests that the species would have started the process of formation of subpopulations a short time ago, being influenced before and after the start of deforestation. The gene flow detected indicates that the entry of alleles in the population through pollen immigration is contributing to the maintenance of genetic diversity of the population. With respect to the conservation of the species, it should be performed at the level of the river basins, directing management policies for the river basins of the Amazon. However, within the population it is important to renew with new progenies selected from a minimum spacing of 50 m between plant matrices to decrease the probability of collecting seeds from plant relatives.

Plant domestication is an evolutionary process that leads to several modifications in plants to increase adaptation to cultivation and utilization by humans. These modifications may decrease the fitness of plants in the wild habitat but increase it for human exploitation. Annatto (Bixa orellana L.) is a shrubby plant domesticated in Amazonia from wild annatto (Bixa orellana var. urucurana) populations. This thesis presents a more in-depth understanding of the domestication, mating system and genetic diversity and structure of annatto and its wild ancestor in Brazil. In the first study, a new set of 32 microsatellite loci isolated from a microsatellite-enriched genomic library was developed, of which 12 were polymorphic in populations of both cultivated and wild annatto. In the second study, the genetic diversity and structure of wild annatto populations in Brazilian Amazonia were characterized with 16 microsatellite markers. High population structure and positive correlation between genetic and geographic distances were found, suggesting that genetic differentiation might be caused by geographic isolation. Additionally, Ecological Niche Modeling was used to characterize the potential geographical range of this variety in northern South America and detected that South Rondônia, Madre di Dios River basin, Llanos de Mojos, Llanos de Orinoco and eastern Ecuador are highly suitable areas for wild annatto to occur, providing additional targets for future exploration and conservation. In the third study, 16 microsatellite loci and four phytochemical compounds were used to evaluate the genetic diversity of 63 accessions from the annatto germplasm bank at the Agronomic Institute (IAC). In both molecular and phytochemical analysis the results tended to separate the accessions from Rondônia, northern Brazil, from the Southwestern accessions. Rondônia accessions showed higher values for all the phytochemical compounds and higher levels of genetic diversity. Some accessions presented bixin levels well above the average and are promising materials to be used in genetic improvement programs. In the fourth study, 12 microsatellite loci were used to determine the mating system of a cultivated population of annatto from Rondon do Pará, PA. Multilocus outcrossing rate indicated a mixed mating system for this population. Biparental inbreeding also contributed to the selfing rate in this population. Crossings among related individuals were also observed. Due to this mixed breeding system, the collection of open-pollinated seeds for plant breeding or conservation purposes should include at least 60 plants to ensure a representative sample. In the fifth study, the amount and distribution of genetic diversity among samples of cultivated annatto from homegardens of riverside communities along the major rivers in Brazilian Amazonia, and from farmer´s fields along highways, in the States of Rondônia and Pará, and Southeastern Brazil was characterized. The samples collected presented moderate levels of genetic diversity, and moderate to high levels of admixture between geographic groups, occurring mainly due to exchange of seeds among farmers. However, cluster and Bayesian analyses showed a tendency to group samples based on their geographic origin. Isolation by distance was observed, according to Mantel\'s test. In the last study, wild and cultivated annatto samples from Brazilian Amazonia were compared using 16 microsatellite loci and two cpDNA regions. A clear separation between wild and cultivated annatto, supported by high values of FST in both analyses was observed. Wild samples presented higher rates of diversity in relation to cultivated, partly because these populations did not suffer anthropic selection, as in the cultivated varieties. The data suggest the existence of genetic relationship between wild and cultivated annatto, indicated by moderate levels of gene flow. The results also showed the proximity between groups of cultivated and wild accessions from Rondônia and the Madeira River basin. This proximity provides indications that annatto started its domestication in this area from B. orellana var. urucurana. / Domesticação de plantas é um processo evolutivo que pode gerar uma série de modificações nas plantas para aumentar a adaptação para o cultivo e utilização pelos humanos. Estas modificações podem diminuir a aptidão das plantas no habitat selvagem, porém, aumentando sua aptidão para exploração humana. Urucum (Bixa orellana L.) é uma planta arbustiva domesticada na Amazônia a partir de populações de Bixa orellana var. urucurana. Esta tese apresenta um entendimento mais aprofundado sobre a domesticação, sistema reprodutivo e diversidade genética e estrutura de urucum e seu ancestral selvagem no Brasil. No primeiro estudo, um novo conjunto de 32 locos microssatélites foram isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com microssatélites, dos quais 12 foram polimórficos em populações de urucum selvagem e cultivado. No segundo estudo, a diversidade e estrutura genética de populações selvagens de urucum na Amazônia brasileira foram caracterizadas usando 16 marcadores microssatélites. Elevada estrutura populacional, e correlações positivas entre distancias genéticas e geográficas foram observadas, sugerindo que a diferenciação genética é resultante de isolamento geográfico. Adicionalmente, Modelagem de Nicho Ecológico foi utilizada para caracterizar a distribuição potencial desta variedade no norte da América do Sul e observamos que o Sul de Rondônia, a bacia do rio Madre de Dios, os Llanos de Mojos e de Orinoco e oeste do Equador são áreas de alta probabilidade de ocorrência de urucum selvagem, fornecendo informações importantes para novas amostragens e conservação. No terceiro estudo, 16 locos de microssatélites e quatro compostos fitoquímicos foram utilizados para avaliar a diversidade genética de 63 acessos do banco de germoplasma de urucum do Instituto Agronômico (IAC). Em ambas as análises, houve uma tendência de separação dos acessos de Rondônia, norte do Brasil, dos acessos do Sudeste. Os acessos de Rondônia apresentaram elevados valores para todos os compostos fitoquímicos e também apresentaram altos níveis de diversidade genética. Alguns acessos apresentaram níveis de bixina acima da média e são considerados materiais promissores para uso em programas de melhoramento genético de urucum. No quarto estudo, 12 locos microssatélites foram utilizados para determinar o sistema de cruzamento de uma população de urucum de Rondon do Pará, PA. A taxa de cruzamento multilocos indicou um sistema misto de cruzamento para esta população. A endogamia biparental também contribuiu para a taxa de autofecundação. Cruzamentos entre indivíduos aparentados também foram observados. Devido ao sistema misto, a coleta de sementes de polinização aberta para fins de conservação e melhoramento genético deve incluir pelo menos 60 plantas para assegurar uma amostragem representativa. No quinto estudo, a distribuição da diversidade genética entre amostras de urucum cultivado de quintais de comunidades ribeirinhas dos principais rios da Amazônia Brasileira, além de plantações ao longo das rodovias dos estados do Rondônia e Pará, além do Sudeste do Brasil foi caracterizada. As amostras coletadas apresentaram moderados níveis de diversidade genética e moderados a altos níveis de fluxo gênico entre os grupos geográficos, principalmente devido ao intercambio de semente entre agricultores. Contudo, análises Bayesianas e de agrupamento indicaram uma tendência de agrupamento baseado na origem geográfica das amostras. Isolamento por distância também foi observado de acordo com o teste de Mantel. No último estudo, amostras de urucum selvagem e cultivado da Amazônia brasileira foram comparados utilizando 16 locos microssatélites e duas regiões de DNA cloroplastidial. Uma clara separação entre cultivados e selvagens, suportada por altos valores de FST em ambas as análises foi observado. Amostras selvagens apresentaram altas taxas de diversidade em relação aos cultivados, parcialmente por não sofrem seleção antrópica como acontece nas variedades cultivadas. Os dados sugerem a existência de relações genéticas entre urucum selvagem e cultivado, indicado por moderados níveis de fluxo gênico. Os resultados também demonstraram a proximidade entre grupos de urucum selvagem e cultivados de Rondônia e da bacia do Rio Madeira. Esta proximidade fornece indícios que a domesticação de urucum iniciou nesta região a partir de B. orellana var. urucurana.