A Annona crassiflora Mart. é uma espécie frutífera nativa do cerrado que possui alto potencial de uso e ampla distribuição. O presente trabalho tem os seguintes objetivos: identificar e quantificar aminoácidos livres, carboidratos solúveis e ácidos graxos da polpa e das sementes, visando ampliar os conhecimentos sobre potencial econômico de A. crassiflora; avaliar qual o nível de variações quantitativas e qualitativas de alcalóides de A. crassiflora de amostras provenientes de diferentes regiões do cerrado; avaliar qual a magnitude da diversidade genética entre diferentes populações de A. crassiflora, utilizando marcadores isoenzimáticos. Com relação às propriedades nutricionais, as análises de aminoácidos livres, carboidratos e lipídeos foram feitas por CLAE/F, por CLAE/CTI - DPA e por CG/EM, respectivamente. O teor total de aminoácidos livres na polpa variou de 1101,99 g/g a 1975,7 g/g de massa seca, enquanto nas sementes variou de 636,3 μg/g a 17.445,83 μg/g de massa seca. A glutamina foi majoritária em todas as amostras. O teor total dos carboidratos solúveis da polpa variou de 11,5 g/100g a 17,03 g/100g e das sementes variou de 13,69 g/100g a 40,47 g/100g de matéria seca. Foram detectadas a frutose, a glicose e a sacarose em todas as amostras de polpa e de sementes. A quantidade de lipídeos totais da polpa variou de 7g/100g a 16,2 g/100g de massa seca e das sementes variou de 34,36 g/100g a 35,98 g/100g de massa seca. O ácido oléico e/ou petroselínico (18:1) foram majoritários em todas as amostras de polpa e de sementes de diferentes origens geográficas. Certamente os dados obtidos permitiram ampliar os conhecimentos sobre potencial de aproveitamento dessa espécie. Para avaliar a magnitude da variação dos alcalóides das folhas de A. crassiflora, a quantificação e identificação dos alcalóides foram feitas, respectivamente, por CG/FID e CG/EM. Foi verificado que o teor total de alcalóides variou de 221,1 ± 17,14 μg/g a 2986,89 ± 367,1 μg/g de massa seca. Foram identificados os alcalóides anonaína, anoretina, romucosina e xilopina que mostraram diferenças entre as regiões. Essa variação na concentração e no perfil alcaloídico das populações de A. crassiflora sugere ampla plasticidade fenotípica desses metabólitos em resposta a fatores bióticos e/ou abióticos, além de alta variabilidade genética relacionada à expressão dos genes envolvidos na biossíntese desses metabólitos. A avaliação da estrutura genética foi feita através da análise isoenzimática. Os dados isoenzimáticos mostraram baixa variabilidade genética. Duas hipóteses são apontadas para explicar o baixo nível de polimorfismos verificado em A. crassiflora, uma delas relacionada à técnica e outra relacionada ao próprio processo de degradação do ambiente. Diante do exposto, os dados obtidos no presente trabalho sugerem formas de agregar mais valor econômico e ecológico à A. crassiflora e podem proporcionar uma base para o uso mais eficiente e racional dos recursos dessa espécie, contribuindo para exploração sustentável do cerrado, o que permite também o desenvolvimento de comunidades locais. / Annona crassiflora Mart. is a native fruit tree species from the cerrado, possessing high use potential and a wide distribution. The proposed aims were to identify and quantify free amino acids, free sugars and fatty acids in the pulp and seeds of this plant, with a view to widening knowledge on economical potentiality, as well as to evaluate the level of alkaloid quantitative and qualitative variation in samples coming from different regions of the cerrado, and finally define the size of genetic diversity among these different populations by using isoenzymatic markers. As to nutritional properties, analyses of free amino acids, free sugars and fatty acids were undertaken with, respectively, CLAE/F, CLAE/CTI DPA and CG/MS. The total rate of free amino acids in the pulp varied from 1101,99 ug/g to 1975,7 ug/g of dry mass, whereas in the seeds this variation was from 636,3 μg/g to 17.445,83 μg/g. Glutamin was preponderant in all the samples. Total free sugar rate in pulp varied from 11,5 g/100g to 17,03 g/100g and in seeds from 13,69 g/100g to 40,47 g/100g of dry matter. Fructose, glucose and sacarose was detected in all samples. The amount of total lipids in pulp varied from 7 g/100g to 16,2 g/100g of dry weight and in seeds from 34,36 g/100g to 35,98 g/100g. Oleic and/or petroselinic acids (18:1) were the most abundant in all pulp and seed samples from the different geographic regions. The obtained results certainly permit widening knowledge on the potentiality for use of this plant species. In order to evaluate the size of alkaloid variation in A. crassiflora leaves, alkaloid quantification and identification was done with, respectively, CG/FID and and CG/EIMS. It was noted that the total alkaloid rate varied from 221,1 ± 17,14 ug/g to 2986,89 ± 367,1 μg/g of dry mass. The alkaloids anonain, anoretin, romucosin and xilopin were identified, these showing differences among regions. This variation in alkaloid concentration and profile in A. crassiflora populations suggests the wide phenotypic plasticity of these metabolites in response to biotic and/or abiotic factors, besides high genetic variability related to gene expression of those involved in their biosythesis. Genetic structure evaluation was done through isoenzymatic analysis. Isoenzymatic data revealed low genetic variability. Two hypotheses may be raised to explain this low polymorphism level. The first points to inefficient isoenzymatic techniques in reckoning species genetic diversity, whereas the second takes into consideration that excessive homozygosis (indicated by the low level of isoenzymatic variability) could be an indication of the process of species genetic erosion, possibly related to habitat (cerrado) degradation. In view of this, data obtained in the present study suggest forms of aggregating additional economical and ecological value to A. crassiflora, and could furnish a base for the more efficient and rational use of resources from this species, thus contributing to sustainable exploitation of the cerrado, and also allowing for local community development.

A batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos, é uma liana endêmica da Chapada Diamantina, Bahia, cuja raiz tuberosa e consumida por populações humanas ha muitos anos. Apesar da espécie, classificada como vulnerável pela IUCN (União Internacional para a Conservação da Natureza), estar submetida à pressão antrópica devido à exploração de raízes tuberosas, para uso na alimentação, são raros os estudos com a espécie, razão pela qual e de grande importância conhecer a diversidade e estrutura genética da espécie. Estudos sobre diversidade e estrutura genética a partir de marcadores moleculares são importantes por fornecerem dados sobre impactos da exploração antrópica sobre as populações, podendo oferecer subsídio para planos de manejo e conservação de espécie. Cinco populações da Chapada Diamantina, constituindo um total de 142 indivíduos, foram investigados com quatro iniciadores Inter Simple Sequence Repeats (ISSR), resultando em 34 bandas, das quais 25 foram polimórficas. A analise dos parâmetros genéticos mostrou que as populações apresentam variabilidade moderada, com 73,8% de bandas polimórficas, 0,264 de índice de diversidade de Nei e 0,389 de índice de Shannon (valores médios). A maior parte da variação ocorreu dentro das populações (77%), estimado pela analise de variância molecular (AMOVA), enquanto que a variação entre populações foi de 23%, o que corroborou os resultados de estruturação obtidos pelo programa Structure, analise de coordenadas principais (PCoA) e agrupamento estimado pelo método Neighbor-Joining, a partir do coeficiente de dissimilaridade de Jaccard. A analise Bayesiana separou os indivíduos em quatro grupos, sendo que as populações Andaraí e Capão foram alocadas em grupos distintos, enquanto as outras três populações compartilharam indivíduos distribuídos em outros dois grupos. Este estudo, por seu caráter pioneiro com relação aos marcadores moleculares, constituiu o primeiro passo para o conhecimento da diversidade genética da espécie. Estudos futuros poderão ampliar o conhecimento sobre a espécie podendo oferecer subsidio para a elaboração de um plano de manejo para esta espécie que tem sido explorada na região. / batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianchi. & L.V. Vasconcelos, is an endemic liana from the Chapada Diamantina, Bahia, whose tuberous roots have been consumed by human populations for many years. Although the species, classified as vulnerable by the IUCN (International Union for Conservation of Nature), is subject to anthropic pressure due to the exploration of tuberous roots for food consumption, few studies have been conducted on the species, which is why it is of great importance to know the diversity and genetic structure of the species. Studies on genetic diversity and structure with molecular markers are important for providing data on the impacts of anthropogenic exploitation and can be useful for the species management and conservation. Five populations of Chapada Diamantina, consisting a total of 142 individuals were studied with four ISSR primers, resulting in 34 bands, 25 of which were polymorphic. The genetic diversity analysis showed that populations have a moderate variability, with 73.8% of polymorphic bands, Nei\'s unbiased gene diversity (He) was 0.264; Shannon diversity index (I) was 0.389, average values. Most of the variation was within populations (77%), as estimated by the analysis of molecular variance (AMOVA), whereas the variation between populations was 23% of the total, which corroborated the results of program Structure, principal co-ordinate analysis (PcoA) and cluster analyses, using the Neighbor-Joining method, and the dissimilarity coefficient of Jaccard. The Bayesian analysis separated the individuals into four groups, with populations Andarai and Capao allocated into different groups, while the other three populations shared individuals in two other groups. Considering the pioneering characteristic of this study at the molecular level, it represents the first step towards the knowledge on the genetic diversity of the species. Future studies will increase the knowledge on the genetics of the species and may provide subsidy for the development of a management plan for a species that has been explored in the region.

O piquiazeiro (Caryocar villosum (Aubl.) Pers.) é uma arbórea presente no bioma Amazônico, sendo seus principais usos os alimentícios e madeireiros. O piquiazeiro encontra-se incipientemente domesticado, e a seleção e manejo feitos por populações tradicionais pode estar promovendo a continuidade desse processo, que se iniciou na Amazônia por volta do final do Pleistoceno e inicio do Holoceno, e hoje está sendo retomado por populações tradicionais que fazem cultivos em seus quintais, entre elas o piquiazeiro. Apesar de seu uso por populações tradicionais e do potencial comercial, a diversidade e distribuição do piquiazeiro ainda foram pouco estudadas. Os objetivos desse estudo foram analisar a diversidade genética e a estrutura genética de piquiazeiros em duas situações. A primeira foi examinando o processo de domesticação do C. villosum por populações tradicionais na Floresta Nacional (FLONA) do Tapajós e a segunda foi comparando a população da FLONA do Tapajós, no Pará, com outra localizada na Reserva Extrativista (RESEX) Rio Ouro Preto, em Rondônia. Na FLONA foram genotipados, com o uso de sete marcadores microssátelites, 67 indivíduos da mata e 26 cultivados nos quintais. Maior riqueza alélica, número de alelos, número de alelos efetivos, alelos privados e heterozigosidade observada foram encontrados na mata, assim como estruturação genética espacial nos indivíduos de quintal, o que indica a domesticação da espécie, apesar da baixa estruturação genética encontrada entre os grupos mata/quintal nos métodos aplicados. Na segunda parte foram genotipados 130 piquiazeiros, sendo 92 do Pará, os mesmos utilizados no estudo da domesticação, somados a 38 de Rondônia. O Pará apresentou valores superiores para número médio de alelos/loco, número efetivo de alelos, número de alelos privados, riqueza alélica e heterozigosidade esperada, indicando um possível centro de origem da espécie. A estrutura genética espacial foi significativa em ambas as localidades, o que sugere correlações de parentesco entre os indivíduos, provavelmente devido ao comportamento forrageiro de seus polinizadores e dispersores. A estruturação genética entre as duas localidades foi observada em todos os métodos, sendo que a maior parte da variação (89%) ocorre dentro das populações. A diferenciação entre as populações (11%) pode ser explicada por fatores históricos e pelo elevado fluxo gênico (Nm = 2,043). Foi também feita uma modelagem de nicho ecológico para determinar a distribuição da espécie. Foi observada a predominância de ocorrência da espécie no bioma Amazônico, com maior adaptação a climas quentes, com médias superiores a 18°C em todos os meses, e úmido, apresentando de 1 a 3 meses de seca. / Piquiá (Caryocar villosum (Aubl.) Pers.) is a tree species present in the Amazon biome, used mainly for food and timber. Piquiá is incipiently domesticated, and the selection and management by traditional populations may be promoting the continuity of this process. This process began in the Amazon around the end of the Pleistocene and the beginning of the Holocene, and today is being resumed by traditional populations, which cultivate different species in their backyards, among them is the piquiá. Despite its constant use by traditional populations and commercial potential, the diversity and distribution of piquiá have been little studied. The objectives of this study were to analyze the genetic diversity and the genetic structure of piquiás in two different cases. The first was to examine the process of domestication of C. villosum by traditional populations in the Floresta Nacional (FLONA) do Tapajós. The second one was to compare the piquiás populations from the FLONA do Tapajós, in Pará, with another one located in the Reserva Extrativista (RESEX) Rio Ouro Preto, in Rondônia. Sixtyseven individuals from the forest and 26 cultivated in the backyards were genotyped, with the use of seven microsatellite markers, in FLONA. Higher allelic richness, number of alleles, number of effective alleles, private alleles and observed heterozygosity were found in the forest, as well as spatial genetic structuring in backyard individuals, which indicates the domestication of the species, despite the low genetic structure found between the forest/backyards groups in the applied methods. In the second part, 130 piquiás were genotyped, being 92 of Pará, the same ones used in the study of domestication, and 38 of Rondônia. Pará presented higher values for average number of alleles/locus, effective number of alleles, number of private alleles, allelic richness and expected heterozygosity, indicating a possible center of origin of the species. The spatial genetic structure was significant in both localities, suggesting kinship correlations among the individuals, probably due to the forage behavior of their pollinators and dispersers. Genetic structuring between the two localities was observed in all methods, with most of the variation (89%) occurring within populations, according to AMOVA. The differentiation between populations (11%) can be explained by historical factors and high gene flow (Nm = 2,043). According to the Ecological Niche Modeling, used to verify the species distribution, the piquiá occurs predominantly in the Amazonian biome, with best suitability in hot climates, with temperature averages above 18°C, and humid, presenting between 1 and 3 months of drought.

Dioscorea trifida L. é uma espécie de inhame comestível originária da América do Sul, que em conjunto com outras espécies importantes economicamente do gênero Dioscorea é mantida por pequenos agricultores tradicionais. Assim, observa-se que as comunidades tradicionais exercem um papel fundamental na manutenção e geração da diversidade genética de inhame.O objetivo deste trabalho foi obter informações a respeito da distribuição, manejo e diversidade genética de D. trifida no Brasil. Para tanto, foram visitados e entrevistados agricultores dos Estados de São Paulo, Santa Catarina e Mato Grosso. Durante as visitas, foram coletados 51 acessos, os quais, juntamente com dois acessos adquiridos em feiras livres no Estado do Amazonas, foram caracterizados por meio de 16 descritores morfológicos, 16 ISSR e oito SSR.Observou-se que o cultivo de D. trifida ocorre na maioria das vezes em roças com menos de dois hectares (92%) mantidas por agricultores tradicionais, com a produção ocorrendo em baixa escala, visando principalmente a subsistência das pessoas envolvidas com o cultivo e manutenção da espécie. Dentre as denominações encontradas para a espécie, as mais citadas foram \"cará roxo\", em 43,4% das unidades amostrais, \"cará\" e \"cará branco\", ambos observados em 9,4%, e \"cará mimoso\", com 7,6%. Observou-se também uma regionalização dessas denominações, onde \"cará roxo\" e \"cará branco\" foram atribuídos à espécie pelos agricultores dos Estados de São Paulo e Mato Grosso, sendo que \"cará\" e \"cará mimoso\" foram atribuídos pelos agricultores de Santa Catarina. Os nomes \"cará roxo\" e \"cará\" foram também atribuídos aos dois acessos da Amazônia. Além dessas, várias outras denominações para a espécie foram encontradas, porém com baixa frequência. Na caracterização morfológica observou-se que as cores da casca e da polpa foram os caracteres morfológicos mais relevantes para a distinção dos acessos. O nível de polimorfismo entre os acessos foi elevado, 95% para SSR e 76% para ISSR. O coeficiente de similaridade de Jaccard, bem como os resultados obtidos com as análises de agrupamento, coordenadas principais e bayesiana para os marcadores SSR e ISSR, separaram os acessos em três grupos principais: I - acessos de Ubatuba-SP; II - acessos de Iguape-SP e SantaCatarina; III - acessos de Mato Grosso. Os dois acessos do Amazonas variaram de posição de acordo com a região genômica analisada. A maior parte da diversidade genética foi observada dentro dos grupos formados (66,5% e 60,6% para ISSR and SSR, respectivamente), embora a diversidade entre grupos tenha sido de considerável magnitude, mostrando a estruturação dos acessos de acordo com sua origem, o que foi comprovado pela correlação baixa, mas significativa entre as distâncias genéticas e geográficas dos acessos. Portanto, os resultados obtidos para os marcadores SSR e ISSR demonstraram que a diversidade genética dos acessos de D. trifida mantidos por pequenos agricultores tradicionais do Brasil está levemente estruturada no espaço geográfico amostrado. Estes resultados poderão auxiliar na elaboração de estratégias de conservação para a espécie, tanto ex situ como in situ, dentro da visão de conservação on farm. / Dioscorea trifida L. is a species of edible yams originated in South America, which together with other economically important species of the genus Dioscorea is cultivated by small traditional farmers. Thus, it is observed that traditional communities play a key role in the generation and maintenance of yams genetic diversity. The aim of this study was to obtain information about the distribution, management and genetic diversity of D. trifida in Brazil. So, were visited and interviewed farmers in the states of São Paulo, Santa Catarina and Mato Grosso. During the visits, we collected 51 accessions, which, together with two accessions purchased at fairs in the state of Amazonas, were characterized using 16 morphological descriptors, 16 ISSR and eight SSR markers.We observed that D. trifida occurs most often in swidden fields with less than two hectares (92%) maintained by traditional farmers, with production occurring on a small scale, mainly targeting the livelihood of the people involved with the cultivation and maintenance of the species. Among the names found for the species, the most cited were \"cará roxo\" in 43.4% of the sample units, \"cará\" and \"cará branco\", both observed in 9.4% and \"cará mimoso\" with 7.6%. There is also a regionalization of these denominations, where \"inhame roxo\" and \"inhame branco\" were assigned by farmers to the species in the states of São Paulo and Mato Grosso, where \"cará\" and \"cará mimoso\" were allocated to farmers of Santa Catarina. The names \"cará roxo\" and \"cará\" were also awarded to two accessions from the Amazon. Besides these, several other names for the species were found, but with low frequency. In the morphological characterization, the skin and flesh color were the most relevant traits for the distinction of accessions. The polymorphism level between the accessions was high, 95% for SSR and 76% for ISSR. The Jaccard similarity coefficient and the results obtained in the cluster analysis, principal coordinates and Bayesian analyses for ISSR and SSR markers, separated the accessions into three main groups: I - accessions from Ubatuba-SP; II - accessions from Iguape-SP and Santa Catarina; III - accessions from Mato Grosso. The accessions from Amazonas ranged their position according to the genomic region analyzed. The majority of genetic diversity was observed within groups (66.5% and 60.6% for ISSR and SSR, respectively), although differences between groups was of considerable magnitude, showing the structure of the accessions according to their origin, which was confirmed by correlation between genetic and geographic distances of accessions. Therefore, the results obtained for the SSR and ISSR markers showed that the genetic diversity of accessions of D. trifida maintained by small traditional farmers in Brazil is slightly structured in the geographic area sampled. These results may help in developing conservation strategies for the species, both ex situ and in situ, within the vision of on farm conservation.

A mandioca foi domesticada no sudoeste da bacia amazônica, e presentemente é o cultivo alimentício amazônico mais importante no mundo. Após a domesticação inicial pressões seletivas divergentes deram origem aos grupos de variedades de mandiocas mansas e bravas. A distribuição atual destes grupos é um tanto diferente ao longo da Amazônia, o que pode ser reflexo de padrões de dispersão distintos de variedades mansas e bravas ao longo da história da domesticação do cultivo. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade e estrutura genética, genômica e a filogeografia de mandiocas cultivadas por agricultores tradicionais ao longo dos principais rios da bacia amazônica brasileira. Análises filogenéticas de linhagens matrilineares foi realizada com base no polimorfismo de quatro marcadores microssatélites cloroplastidiais (cpSSR). A diversidade e estrutura genética foram avaliadas com 14 marcadores microssatélites nucleares (ncSSR), enquanto que a abordagem genômica foi realizada com base em 5.871 polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs). Foi observada considerável diferenciação [FST = 0,78 (cpSSR), 0,28 (ncSSR), e 0,37 (SNPs)] entre as variedades cultivadas e Manihot esculenta ssp. flabellifolia, o parente silvestre da mandioca. Não foram detectadas associações de haplótipos cpSSR com os grupos de variedades mansas e bravas ou com os rios. Apesar da ausência de padrões filogeográficos, as análises de agrupamento e estrutura genética com base nos três tipos de marcadores avaliados sugeriram que as variedades mansas e bravas são igualmente relacionadas à população silvestre. O segundo padrão mais importante de estruturação genética foi observado entre variedades mansas e bravas [FST = 0,08 (ncSSR) e 0,10 (SNPs)], no entanto houve um considerável grau de mistura entre variedades de ambos os grupos. Estes resultados, juntamente com a elevada variação genética observada dentro de variedades mansas e bravas são resultantes do manejo realizado por agricultores tradicionais ao longo da região amazônica. A ausência de padrões filogeográficos entre rios e regiões foi observada também com marcadores ncSSR e SNPs. Entretanto, quando a estrutura genética e genômica foi avaliada dentro das variedades mansas e bravas, alguns padrões contarstantes e tendências de estruturação entre rios foram observados. A ausência de padrões claros de estrutura genética e genômica entre diferentes rios não permitiu inferências sobre prováveis rotas de dispersão do cultivo a partir do seu centro de origem no sudoeste da Amazônia. No entanto, os padrões contrastantes de diferenciação genética e genômica dentro de variedades mansas e bravas podem estar associados a histórias de dispersão distintas para estes grupos de variedades de mandioca. Entre os locos genômicos, 658 SNPs estão possivelmente sob seleção positiva quando se considera a divergência entre variedades de mandioca cultivada e o parente silvestre. Destes, 202 SNPs podem estar especificamente associados com a seleção divergente entre variedades mansas e bravas. Estes locos podem estar em genes importantes para a domesticação inicial e seleção para características importantes do cultivo, e podem ser o ponto de partida para o melhor entendimento das bases genômicas da domesticação e diversificação da mandioca. / Manioc, or cassava, was domesticated in southwestern Amazonia, and is currently the most important staple crop in the world that originated there. After its initial domestication divergent selective pressures gave rise to the groups of sweet and bitter varieties. The current distribution of these groups is somewhat different across Amazonia, which may be due to distinct dispersal patterns of sweet and bitter varieties during the crop\'s domestication history. The aim of the present study was to evaluate genetic diversity and structure, genomics, and phylogeography of manioc cultivated by traditional farmers along the major rivers of Brazilian Amazonia. Phylogenetic analyses among matrilineages were performed based on the polymorphism of four chloroplastidial microsatellite markers (cpSSR). The evaluation of genetic diversity and structure were performed with 14 nuclear microsatellite markers (ncSSR), and a genomics approach was performed based on 5,871 single nucleotide polymorphism markers (SNPs). Considerable differentiation [FST = 0.78 (cpSSR), 0.28 (ncSSR), and 0.37 (SNPs)] was observed between cultivated varieties and Manihot esculenta ssp. flabellifolia, manioc\'s wild relative. No associations of cpSSR haplotypes with the groups of sweet and bitter varieties, nor with rivers were detected. Despite the lack of phylogeographic patterns, the analyses of genetic structure and relationships suggested that sweet and bitter varieties are equally related to wild populations. The second most important pattern of genetic structuring was observed between sweet and bitter varieties [FST = 0.08 (ncSSR) and 0.10 (SNPs)], although there was considerable overlap between groups. These results, combined with the high levels of genetic variability observed within sweet and bitter varieties, are due to the traditional management practices of smallholder farmers across Amazonia. The lack of phylogeographical patterns among rivers and regions were also observed with ncSSR and SNP markers. However, when the genetic and genomic structures were separately evaluated within sweet and bitter varieties, some contrasting patterns and tendencies of genetic structuring among the rivers was observed. The absence of clear patterns of genetic and genomic structure among different rivers did not permit inferences on probable routes of dispersal of the crop from its center of origin in southwestern Amazonia. Nevertheless, the contrasting patterns of genetic and genomic differentiation within sweet and bitter varieties may be associated with distinct dispersal histories for these groups of manioc varieties. Among the genomic loci, 658 SNPs are possibly under positive selection when considering the divergence between cultivated varieties of manioc and the wild relative. Of these, 202 SNPs may be specifically associated with divergent selection between sweet and bitter varieties. These loci may be located in genes important for initial domestication and selection for important characteristics of the crop, and may be a starting point for better comprehension of the genomic bases of manioc domestication and diversification.

Orientador: Rogério Caetano da Costa / Resumo: O camarão-rosa Farfantepenaeus paulensis é um dos mais importantes recursos pesqueiros da costa sul-sudeste do Brasil. Os fundos de pesca da espécie incluem dois estoques reprodutivos principais, localizados nas costas dos estados de Santa Catarina e São Paulo. A espécie apresenta ciclo de vida do tipo II, com uma fase reprodutiva no ambiente marinho e recrutamento juvenil em áreas estuarinas e baías. O conhecimento sobre o fluxo gênico entre estoques é a base de todo o ordenamento pesqueiro, uma vez que unidades genéticas podem apresentar características particulares e, normalmente, necessitam de estratégias específicas de manejo. Porém, há poucas informações que podem servir de subsídio para verificar se os diferentes estoques pesqueiros de F. paulensis também representam estoques genéticos distintos. O crescimento desordenado da frota industrial, o incremento da pesca artesanal nas áreas de criadouro, somado à pequena eficácia da legislação pesqueira, associados à ineficiência da fiscalização, levaram a um cenário de colapso da pescaria do camarão rosa no fim dos anos 90. Um melhor entendimento da estruturação genética das populações de F. paulensis é necessário, não somente pelo seu alto valor comercial e ecológico, mas também para permitir a implementação de medidas de manejo mais efetivas. Assim, o presente trabalho buscou avaliar a estruturação genética das populações do camarão rosa F. paulensis ao longo de sua distribuição no Atlântico Sul Ocidental, utilizando como ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The pink shrimp Farfantepenaeus paulensis is one of the most important fishing resources on the south-southeast coast of Brazil. The fishing zone of the species includes two main reproductive stocks, located on the coasts of Santa Catarina and São Paulo states. The species exhibits the type II life cycle, with an offshore reproductive stage and a juvenile recruitment in bays and estuarine areas. Knowledge on the amount of gene flow between stocks is the basis of all fisheries management, since genetic units may have particular characteristics and usually require specific management strategies. However, there is little information to verify whether F. paulensis's different fish stocks also represent different genetic stocks. The unrestricted growth of the industrial fleet, the increase in artisanal fishing in breeding areas, coupled with the low effectiveness of fisheries legislation and the inefficiency of inspection, led to a collapse of the pink shrimp fishery in the late 1990s. A better understanding of the genetic structuring of the populations of F. paulensis is necessary, not only for its high commercial and ecological value, but also to allow the implementation of more effective management measures. Thus, the present work aimed to assess the genetic structuring of the populations of the pink shrimp F. paulensis throughout its distribution in the Western South Atlantic, using as molecular marker the Control Region (D-loop) of the mitochondrial DNA (Chapter 1). In additi... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2705.pdf: 4158508 bytes, checksum: e7be7fc76294b9361bf22b40ad1ada06 (MD5) Previous issue date: 2009-06-25 / Financiadora de Estudos e Projetos / The dynamics of use of land in urban and agricultural areas has led to destruction and fragmentation of ecosystems. It has been related to the increase of susceptibility of natural populations to extinction due to increase of isolation between populations and reduction of population size. To evaluate the effect of the recent habitat fragmentation on the genetic diversity of natural populations, we will analyze the diversity and genetic structure of populations of the wooly mouse opossum Micoureus paraguayanus (Marsupialia: Didelphimorphia) in the Parque Estadual Morro do Diabo (SP) and in bush fragments in its surroundings. For this purpose, we used the control region (D-Loop) to examine population structure and dynamics in fragmented forest habitats. We found low values of haplotypic and nucleotidic diversity when compared to values from previous works with marsupials in fragmented areas. We found values of diversity of 0.28 and 0.0022% respectively. Besides that, there was a correlation between continuous cultivated lands distance and number of exclusives haplotypes. The AMOVA test showed no genetic structure between fragments, however, Fst values indicated significant genetic differentiation to Santa Tereza and Ponte Branca when compared with all the others fragments. These are between the smallest areas evaluated in this study and the differentiation indicates that the recent fragmentation suffered by these patches could be responsible for the changes in the genetic composition of these populations. / A dinâmica de uso da terra em áreas urbanas e rurais tem levado à fragmentação de ecossistemas e suas conseqüências têm sido relacionadas ao aumento da susceptibilidade de populações naturais à extinção devido à redução do tamanho populacional e ao aumento do isolamento por distância entre populações. Para avaliar os efeitos que a fragmentação recente de habitat possui sobre a diversidade genética das populações naturais, nós analisamos a diversidade e estrutura genética do marsupial Micoureus paraguayanus em fragmentos remanescentes de Floresta Estacional Semi-Decidual na região do Pontal do Paranapanema (SP) através da análise da região controle (D-Loop) do DNA mitocondrial. Foram encontrados valores baixos para as diversidades haplotípica e nucleotídica quando comparados à outros valores citados na literatura para populações de outras espécies de marsupiais em declínio. Nós encontramos valores de diversidades haplotípica e nucleotídica de 0.28 e 0.0022% respectivamente. Além disso, foi encontrada uma correlação entre a distancia agropastoril contínua e o numero de haplótipos exclusivos nos fragmentos amostrados para este estudo. O teste AMOVA não detectou estruturação genética entre fragmentos, todavia, os valores de Fst mostram diferenciação significativa dos fragmentos Santa Tereza e Ponte Branca em relação aos demais. Estes estão entre os menores e mais alterados fragmentos avaliados e a sua diferenciação indica que o processo recente de fragmentação (cerca de 60 anos) já pode ter sido o responsável por mudanças na composição genética da população.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-30Bitstream added on 2014-06-13T19:18:05Z : No. of bitstreams: 1 carvalho_acm_me_ilha.pdf: 707408 bytes, checksum: 2a8a38abcafc29447efd4b3102bde2d0 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e aumenta a distância entre coespecíficos. Também pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Em curto prazo, isso pode afetar processos como sistema de reprodução e dispersão de pólen e sementes e resultar no aumento da taxa de autofecundação e cruzamentos correlacionados, redução na taxa de imigração de pólen e sementes (isolamento reprodutivo do fragmento), redução na distância de dispersão de pólen e sementes e no aparecimento de estrutura genética espacial dentro das populações. Dentro desse contexto, os objetivos desta dissertação foram estudar por marcadores microssatélites a estrutura genética espacial, a taxa de imigração e a distância de fluxo de pólen e sementes em uma pequena população em fragmento de 4,8 ha de Copaifera langsdorffii Desf., localizada no município de São José do Rio Preto, no estado de São Paulo. Para tanto, foram mapeadas e genotipadas para oito locos microssatélites todas as 112 árvores adultas reprodutivas e 128 plântulas da regeneração existentes no referido fragmento. O teste de desequilíbrio de ligação não detectou indício de ligação física entre os locos avaliados, o que indica que estes podem ser usados em estudos genéticos de diversidade e fluxo gênico. Na amostra total das 240 plantas foram encontrados 186 alelos. Altos níveis de diversidade genética foram encontrados para a média dos locos na população (A =23,25; e A =8,67; o H =0,774; e H =0,878). Comparando árvores adultas com regenerantes, 54 alelos foram exclusivos aos adultos e nenhum nos regenerantes. Adultos apresentaram maior número médio de alelos por loco e número médio efetivo de alelos (A =23,25; e A =10,07, respectivamente) do que os regenerantes (A =16,5; e A =6,70). As heterozigosidades observada... / Forest fragmentation to decrease the size of the reproductive population, the population density, increase the distance among coespecifics and can isolate populations and individuals in pastures. This in short term, can affect process as mating system and pollen and seed dispersal and result in increase in selfing rate and correlated matings, decrease in the pollen and seed immigration rate (reproductive isolation of the fragment) and distance of pollen and seed dispersal and, result in intra-population spatial genetic structure. Thus, the aims of this master these were to study by microsatellite markers the spatial genetic structure, the seed and pollen immigration rate and dispersal in a small fragmented population of 4.8 ha of Copaifera langsdorffii Desf., located inside of the São José do Rio Preto municipality, in State of São Paulo. Thus, it were mapped and genotyped for eight microsatellite loci all 112 adult reproductive trees in the fragment and in a sampled of 128 individuals of the regeneration. The test of linkage disequilibrium not detected anyone indicative of physic linkage between the evaluated loci, indicating that these can be used for studies of genetic diversity and gene flow. In the total sample of 240 plants it was found 186 alleles. Consequently, high levels of genetic diversity were found for the average of loci in the population (A =23.25; e A =8.67; o H =0.774; e H =0.878). Comparing adult trees with regeneration, 54 alleles were exclusives in the adults and no one in the regeneration. Adult trees have higher average number of alleles per loci and effective number of alleles per loci (A =23.25; e A =10.07, respectively) than regeneration (A =16.5; e A =6.70). The observed and expected heterozygosities were similar among the adults ( o H =0.757; e H =0.893) and regeneration ( o H =0.788; e H =0.838)... (Complete abstract click electronic access below)

Dissertação(mestrado) - Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós–Graduação em Oceanografia Biológica, Instituto de Oceanografia, 2013. / Submitted by Cristiane Gomides (cristiane_gomides@hotmail.com) on 2013-10-09T18:20:31Z No. of bitstreams: 1 Guilherme.pdf: 821439 bytes, checksum: 3a414dc4e5f970b5be2493d535705751 (MD5) / Approved for entry into archive by Sabrina Andrade (sabrinabeatriz@ibest.com.br) on 2013-10-17T03:10:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Guilherme.pdf: 821439 bytes, checksum: 3a414dc4e5f970b5be2493d535705751 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-17T03:10:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Guilherme.pdf: 821439 bytes, checksum: 3a414dc4e5f970b5be2493d535705751 (MD5) Previous issue date: 2013 / A ordem Phaethontiformes é composta por três espécies de aves marinhas, todas agrupadas no gênero Phaethon, as quais não possuem dimorfismo sexual aparente. No Brasil, P. aethereus e P. lepturus nidificam nos arquipélagos dos Abrolhos (BA) e de Fernando de Noronha (PE), e encontram-se na lista brasileira de espécies ameaçadas de extinção. Este trabalho teve como objetivos testar a existência de dimorfismo sexual de tamanho nessas duas espécies, gerar equações discriminantes para a determinação sexual com base em morfometria, verificar a variabilidade genética das populações de ambas as espécies, testar a ocorrência do efeito de gargalo populacional, e a conectividade intraespecífica entre as populações que nidificam nos dois arquipélagos estudados. Para a análise de dimorfismo sexual foram utilizadas oito variáveis morfométricas e realizada a determinação sexual pelo método molecular, para verificar diferenças intersexuais univariadas. A partir desses dados, foram ajustados modelos lineares generalizados, com o maior poder discriminatório possível. As informações genéticas foram obtidas através da amplificação e genotipagem de 11 loci de microssatélites, acessando índices de diversidade genética, distribuição das frequências alélicas, e grau de relação entre as populações dos dois arquipélagos. Para P. aethereus foi identificado dimorfismo sexual significativo em quatro variáveis, com machos maiores que fêmeas, e ajustado um modelo com 73,4% de poder discriminatório. Para P. lepturus, apenas a corda da asa apresentou diferença intersexual significativa, com fêmeas maiores que machos, e o melhor modelo ajustado discriminou corretamente 70,4% dos indivíduos. Esses resultados representam as primeiras informações sobre dimorfismo sexual na ordem Phaethontiformes. A heterozigosidade média foi baixa para ambas as espécies, o que pode ser explicada pelos altos índices de endocruzamento. Não foram identificados indícios de eventos de gargalo de garrafa recentes. Não há relação intraespecífica entre os arquipélagos estudados, indicando estruturação populacional de ambas as espécies na costa brasileira. Os resultados ressaltam a necessidade de medidas de conservação que considerem a distinção genética entre as populações de cada arquipélago, de ambas as espécies, bem como a necessidade de estudos que abordem outras questões, como parâmetros reprodutivos e análise filogeográfica, visando a sua conservação. / The order Phaethontiformes comprises three seabird species, all grouped in the genus Phaethon, which have no apparent sexual dimorphism. In Brazil, P. aethereus and P. lepturus nest on Abrolhos (BA) and Fernando de Noronha (PE) archipelagos, and are listed as threatened by the Brazilian red list. This study aimed to test the existence of sexual size dimorphism in these two species, to generate discriminant functions for sex determination based on morphometry, to verify genetic diversity of populations for both species, to test the occurrence of recent bottleneck events, and to check intraspecific connectivity for both species between the two archipelagos. For the analysis of sexual dimorphism were used seven morphometric variables and performed sex determination by molecular analysis, in order to verify univariate intersexual differences. From these data, generalized linear models were fitted with the highest discriminatory power. Genetic data were obtained by amplification and genotyping of 11 microsatellite loci, accessing genetic diversity indices, distribution of allelic frequencies, and degree of relationship between populations of the two archipelagos. Males were larger in P. aethereus, significant for four variables, and fitted a model with 73.4% of discriminatory power. For P. lepturus only wing chord showed significant intersexual difference, with females larger than males, and the best fitted model correctly discriminated 70.4% of individuals. Such results represent the first information on sexual dimorphism in the order Phaethontiformes. Average heterozygosity was low for both species, which could to be explained by high levels of inbreeding. There was no evidence of recent bottleneck events in both species, as well as no intraspecific relationship between archipelagos studied, indicating genetic structuring for both species on the Brazilian coast. These findings highlight that conservation measures need to take into account the genetic distinctiveness of populations nesting in each island, for both species, as well as the need of studies that address other issues such as breeding parameters and phylogeographic analysis.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1766_1.pdf: 916614 bytes, checksum: d16125fdbdb2b99a4f6d33952c69a16b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / O bicudo do algodoeiro, Anthonomus grandis Boheman, é considerado a maior praga da cotonicultura mundial, ocasionando danos que repercutem principalmente na produtividade, qualidade do algodão colhido e gasto com medidas de controle. Neste estudo foi realizada pela primeira vez, uma análise da diversidade e estrutura genética das populações naturais de A. grandis do Brasil. Doze populações coletadas em seis estados brasileiros (Paraíba, Ceará, Bahia, Pará, Mato Grosso e Goiás) em áreas onde são praticadas a agricultura em escala empresarial e agricultura familiar, foram avaliadas pelas técnicas de Polimorfismo do DNA Amplificado Randomicamente (RAPD), Isoenzimas e Microssatélite. Os resultados obtidos em seis populações pela técnica de RAPD baseados em 25 loci, revelaram uma heterozigosidade média de 0,262, com polimorfismo (P) variando de 52 a 84%. A diferenciação genética entre as populações foi extremamente elevada e significativa (GST = 0,258; p < 0,05), refletindo a existência de baixo fluxo gênico entre as mesmas (Nm = 0,72). A análise de cinco populações com 6 loci alozímicos mostrou uma heterozigosidade média de 0,212 e polimorfismo (P) variando entre 25 e 100%. O índice de diferenciação genética FST obtido por este marcador entre as populações correspondeu a 0,544 (p < 0,05), sugerindo a ocorrência de baixo fluxo gênico (Nm = 0,210) entre as populações. A heterozigosidade e o polimorfismo (P) observados em onze populações pela análise de 8 loci de microssatélites variaram entre 0,038 e 0,224 e de 37,5 a 75%, respectivamente. O FST entre as populações correspondeu a 0,220, produzindo um Nm de 0,8. Os três marcadores moleculares utilizados revelaram que as populações de A. grandis dos estados brasileiros avaliados apresentam baixa diversidade genética, em comparação às populações dos Estados Unidos, México e demais países da América do Sul, sugerindo que a colonização deste inseto ocorreu em uma ou poucas áreas. Os resultados obtidos relativos à diversidade genética também permitiram distinguir populações oriundas de regiões onde é praticada a agricultura em escala empresarial das áreas de agricultura familiar, assim como mostrou que as populações do nordeste podem estar servindo de fonte para colonização de novas áreas e de áreas já tratadas