Os hormônios tireoideanos têm importante papel na manutenção da homeostase metabólica, exercendo efeitos sobre o metabolismo glicêmico em diferentes níveis. Alterações nos níveis de hormônios tireoideanos, como ocorrem no hipertireoidismo e no hipotireoidismo, estão associados a aumento da resistência à insulina. A captação de glicose mediada pela insulina no músculo esquelético e no tecido adiposo, um dos fatores determinantes da homeostase glicêmica, é dependente da expressão do transportador de glicose tipo 4 (GLUT-4) na membrana celular destes tecidos. Visto que o gene do GLUT-4 é induzido pelos hormônios tireoideanos, alterações na concentração de triiodotironina (T3) tecidual podem explicar a associação entre alterações nos níveis de hormônios tireoideanos e resistência à insulina. No músculo esquelético a ativação do pro-hormônio tiroxina (T4) ao hormônio ativo T3 é regulada através da atividade da enzima desiodase tipo 2 (D2). Estudos em modelos animais nocaute para o gene da enzima D2 (D2K0) demonstraram resistência à insulina aumentada nestes animais. Em humanos, um polimorfismo da D2, no qual uma treonina (Thr) é trocada por uma alanina no codon 92 (D2 Thr92Ala), foi associado a redução da atividade da D2 em tecidos periféricos e maior resistência à insulina em pacientes com e sem diabetes mellitus tipo 2 (DM2). A associação entre o polimorfismo Thr92Ala da D2 e aumento de risco para DM2 não foi demonstrada nos estudos que avaliaram esta questão. Entretanto, visto que DM2 é uma doença poligênica e que os marcadores genéticos para esta doença tem tamanho de efeito pequeno, deve-se considerar falta de poder estatístico como uma possibilidade para explicar os resultados negativos. No primeiro artigo original que compõe esta Tese o objetivo foi avaliar se o polimorfismo Thr92Ala da D2 está associado com aumento de risco para DM2. Para tanto, planejou-se um estudo de caso-controle seguido de uma revisão sistemática e meta-análise da literatura. No estudo de caso-controle, foram incluídos 1057 pacientes com DM2 e 516 indivíduos controles saudáveis. A prevalência do genótipo Ala92Ala da D2 foi de 16,4% no grupo DM2 e 12,0% no grupo controle (p=0,03), resultando em uma razão de chances (RC) de 1,41 (IC95% 1,03-1,94, p=0,03). No mesmo trabalho realizou-se uma revisão sistemática com meta-análise de estudos observacionais que avaliaram a associação entre o genótipo Ala92Ala da D2 e DM2, sendo incluídos 4 estudos. A meta-análise dos 4 estudos, incluindo dados de um total de 11.033 pacientes, identificou uma RC 1,18 (IC95% 1,03-1,35, p=0,02) para a associação do genótipo Ala92Ala da D2 e DM2. Portanto, os resultados do estudo de caso-controle e da meta-análise demonstraram que o genótipo Ala92Ala da D2 está associado a aumento de risco para DM2 na população geral. A gestação caracteriza-se por uma série de alterações hormonais. Com respeito aos hormônios tireoideanos, há um aumento na produção e metabolização do T4. No metabolismo glicêmico, especialmente no terceiro trimestre, há um estado de resistência à insulina, induzido pela secreção de uma série de hormônios contra-reguladores da insulina pela placenta. A placenta também regula a transferência dos hormônios tireoideanos da mãe para o feto através da expressão das enzimas D2 e desiodase tipo 3 (D3). Portanto, em um contexto de resistência à insulina e de aumento de demanda pela produção de T4, um polimorfismo que está associado a redução da atividade da D2 em tecidos periféricos e maior resistência à insulina, pode associar-se a pior controle glicêmico durante a gestação. Portanto, o objetivo do segundo artigo original que compõe esta Tese foi de avaliar a associação entre o genótipo Ala92Ala da D2 e o controle glicêmico em gestantes. Neste estudo foram incluídas 110 gestantes (19 Ala92Ala e 91 Thr92Ala-Thr92Thr), que foram acompanhadas até o parto. Não foram identificadas diferenças no controle glicêmico ao longo da gestação, no peso neonatal ou em desfechos obstétricos entre os dois grupos. Em 30 amostras de placentas obtidas no momento do parto, realizou-se ensaios para avaliar a expressão da enzima D2. A atividade placentária da D2 das pacientes Ala92Ala foi 82% menor que nos demais genótipos (p<0,001). Pelas potenciais implicações terapêuticas no futuro, o entendimento dos mecanismos que explicam a associação entre redução na atividade da D2 e resistência à insulina e aumento do risco de DM2 são de especial interesse.

Fissura de lábio com ou sem fissura de palato não-sindrômica (FL/P NS) é uma malformação craniofacial frequente, com modelo de herança multifatorial, onde fatores de risco genéticos e ambientais atuam na manifestação da doença. Variações nos níveis de expressão gênica têm sido apontadas como um importante mecanismo de susceptibilidade a doenças complexas, e variantes no DNA que regulam esses níveis de expressão (eQTL) têm sido combinadas a estudos de associação para auxiliar no entendimento da etiologia de algumas doenças. No presente trabalho, integramos eQTLs e estudo de associação para 1) verificar se variantes já associadas com FL/P NS possuem um papel regulatório em células-tronco de músculo orbicular do lábio (OOMMSC, um tecido afetado em FL/P NS), e 2) verificar se eQTLs mapeados em OOMMSC teriam associação com a mesma. Para o primeiro objetivo, verificamos a correlação entre os genótipos das variantes rs642961 e rs590223 e os níveis de expressão de IRF6, e também entre rs987525 e os níveis de expressão de MYC. Não encontramos correlação para nenhuma das três variantes testadas. É possível que essas variantes possuam um papel funcional em algum momento específico da embriogênese, ou mesmo que não tenhamos detectado essa correlação devido ao número amostral analisado (N=46). Para o segundo objetivo, realizamos um estudo de associação do tipo caso-controle dos eQTLs rs5011163, rs1505443, rs4793213, rs4793229 e rs1242500. Não encontramos associação entre nenhuma das cinco variantes e FL/P NS. Uma possível explicação para a associação negativa seria a significância marginal dessas variantes como eQTLs em OOMMSC. Além disso, estudos com baixo poder, como o mapeamento de eQTLs em OOMMSC realizado em outro projeto pelo nosso grupo, geralmente detectam os eQTLs de maior efeito, sendo esses frequentemente compartilhados entre tecidos, e, assim, podem não ter relevância para a doença em si. Outros eQTLs de OOMMSC, selecionados por critérios diferentes do presente estudo, estão sendo testados para associação com FL/P NS, o que nos permitirá avaliar a relevância dessa abordagem para detectar variantes de susceptibilidade a FL/P NS / Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCL/P) is a frequent craniofacial malformation, with a multifactorial model of inheritance, in which genetic and environmental risk factors act in disease manifestation. Variation of gene expression has been pointed as an important susceptibility mechanism to complex diseases, and DNA variants that regulate expression levels (eQTLs) have been combined with association studies to help elucidate the etiology of some diseases. In the present work, we integrate eQTL and association studies to 1) verify if variants associated with NSCL/P have a regulatory role in orbicularis oris muscle mesenchymal stem cells (OOMMSC, a tissue affected by NSCL/P); and 2) verify if eQTLs mapped in OOMMSC are associated with the disease. For the first goal, we verified the correlation of the rs642961 and rs590223 genotype variants with IRF6 expression levels, and also between the rs987525 genotype and MYC expression levels. We did not find correlation for any of the three variants tested. Possibly, these variants have a functional role in specific moments of embryogenesis, or sample size (N=46) was insufficient to detect correlation. For the second goal, we did a case-control association study for eQTLs rs5011163, rs1505443, rs4793213, rs4793229 and rs1242500. We did not find association between these variants and NSCL/P. The negative association could be explained by the marginal significance of these variants as eQTLs in OOMMSC. Besides, low-power studies, as the OOMMSC eQTL mapping performed in another project by our group, usually detect eQTLs of larger effect, which are frequently shared among tissues; therefore, they may not be relevant for the disease itself. Other eQTLs, selected under different criteria, are currently being tested for association with NSCL/P, which will enable us to evaluate the relevance of this approach to detect susceptibility variants for NSCL/P

A hipertensão essencial, um problema de saúde pública mundial, é uma doença multifatorial, cujo componente genético varia entre 25 a 60%. A despeito da alta prevalência e incidência da hipertensão essencial em populações de ancestralidade africana, os estudos sobre o componente genético da hipertensão essencial têm sido primariamente realizados em populações de ancestralidade européia ou asiática. Dessa maneira, o objetivo geral deste trabalho foi investigar e quantificar potenciais fatores de risco genéticos associados à hipertensão essencial em populações dos remanescentes de quilombos do Vale do Ribeira SP, indivíduos afro-descendentes, oriundos de populações parcialmente isoladas, previamente bem caracterizadas do ponto de vista clínico, genealógico e genético-populacional. A amostra foi constituída de 759 indivíduos adultos com estudo clínico e antropométrico oriundos das seguintes populações quilombolas: Abobral, Galvão, São Pedro, Pedro Cubas, André Lopes, Nhunguara, Sapatu, Pilões, Ivaporunduva, Maria Rosa, Poça e Reginaldo, localizadas no Vale do Ribeira, no estado de São Paulo. Estimativas de ancestralidade (baseadas em 48 marcadores INDEL autossômicos) sugerem que a contribuição africana, européia e ameríndia na amostra estudada é de aproximadamente 39,7%, 39,0% e 21,3%, respectivamente (N=307), sendo igualmente distribuídas em normotensos e hipertensos (37,6%, 39,0% e 19,9% e 41,1%, 37,8% e 20,4%, P = 0,845). O estudo dos fatores de risco genéticos associados à hipertensão foi realizado por duas abordagens: (i) um estudo transversal com indivíduos não aparentados (N = 383) e (ii) um estudo de associação baseado em famílias (N total = 759, 79 famílias). Foram selecionados para estes estudos sete polimorfismos (I/D, Glu298Asp, C825T, G-350A, M235T, A/C, A486V) em seis genes candidatos com forte base funcional: ACE, NOS3, GNB3, AGT, ADD2 e GRK4. As análises do estudo transversal revelaram uma associação significativa entre o polimorfismo C825T do GNB3 e a hipertensão essencial (P=0,036), quando consideramos o fenótipo mais extremo (PAS maior igaul a 160mmHg e/ou PAD maior igual a 95mmHg, ou uso de medicamentos anti-hipertensivos). Análises haplotípicas do GNB3 (variantes G-350A e C825T) revelaram que cada cópia do haplótipo C825/G-350 aumenta em 1,73 a chance de hipertensão em relação ao haplótipo basal T825/G-350 (OR = 1,73; IC 95% = 1,05 2,84, P = 0,029). O haplótipo C825/G-350 estaria relacionado com um aumento na média esperada da PAS e da PAD (Delta = 6,07 mmHg; IC de 95%: 1,64 10,50 mmHg; P = 0,007 e Delta = 3.75 mmHg; IC de 95%: 1,16 6,35 mmHg; P = 0,005, respectivamente). Estudos de interação gene-gene também foram conduzidos pela técnica de redução de dimensionalidade de múltiplos fatores generalizada (GMDR). Os modelos de predição por GMDR revelaram interações de alta ordem entre as variantes avaliadas e o risco de hipertensão essencial. Os melhores modelos de interação foram: NOS3/GRK4, ACE/GNB3/AGT e ACE/GNB3/AGT/ADD2/GRK4, com uma acurácia média balanceada de teste de 60% (P=0,006), 59% (P =0,019), e 59% (P = 0,025), respectivamente. As análises de segregação em famílias indicaram uma associação significativa entre o polimorfismo G-350A do gene GNB3 e a hipertensão essencial, quando consideramos o fenótipo classificado de acordo com o critério da OMS (PAS maior igual a 140mmHg e/ou PAD maior igual a 90mmHg, ou uso de medicamentos anti-hipertensivos, P = 0,018), e também quando consideramos o fenótipo mais extremo (PAS maior igual a 160mmHg e/ou PAD maior igual a 95mmHg, ou uso de medicamentos anti-hipertensivos, P = 0,001). Finalmente, as estimativas da herdabilidade corroboram a noção de que o componente genético da pressão arterial é elevado nessas populações: herdabilidades (ajustadas para idade, gênero e IMC) de 36,1 e 42.9% para PAS e PAD, respectivamente. Apresentamos nesse trabalho uma investigação extensiva e original sobre o componente genético da hipertensão essencial em uma população brasileira de afrodescendentes (com características históricas, genéticas e ambientais peculiares), reforçando a hipótese de um mecanismo poligênico de regulação da pressão arterial nas populações remanescentes de quilombos do Vale do Ribeira - SP. / Essential hypertension is a worldwide public health problem. Although this pathology has a multi-factorial etiology, the heritability of blood pressure is high, ranging from 25 to 60%. Despite the high prevalence and incidence of essential hypertension among subjects of African ancestry, most genetic association studies has been carried out either in subjects with European descent or in Asian-derived individuals. Thus, the aim of this study was to investigate genetic risk factors putatively associated with essential hypertension in the quilombo populations, which are partially isolated African-derived populations, well characterized in terms of clinical, genealogical and population data, living in the Ribeira River Valley São Paulo, Brazil. A total of 759 adults with clinical and anthropometric data sampled from the 12 populations (Abobral, Galvão, São Pedro, Pedro Cubas, André Lopes, Nhunguara, Sapatu, Pilões, Ivaporunduva, Maria Rosa, Poça and Reginaldo) were studied. Ancestry estimates (based on 48 ancestry informative INDEL markers) suggested that the African, European and Amerindian contributions were 39.7%, 39.0% and 21.3% respectively (N = 307) to the studied sample. These proportions did not differ significantly between hypertensive and normotensive subjects(41.1%, 37.8% , 20.4% and 37.6%, 39.0% e 19.9%, respectively; P = 0.845). Two approaches were employed to investigate potential genetic risk factors for essential hypertension: (i) a cross-sectional study with unrelated individuals (N = 383) and (ii) a family-based association study (N = 759, 79 families). Seven polymorphisms (I/D, Glu298Asp, C825T, G-350A, M235T, A/C, A486V) in six candidate genes with strong functional basis (ACE, NOS3, GNB3, AGT, ADD2 and GRK4) were selected. The cross-sectional study revealed a significant association between the C825T GNB3 polymorphism and essential hypertension (P = 0.036) defined as a SBP > or = 160 mmHg and/or DBP > or = 95 mmHg, or use antihypertensive drugs). Haplotypic analyses of both G-350A and C825T GNB3 variants indicated that each copy of the haplotype C825/G-350 increases in 1.73 the odds of hypertension compared to the reference T825/G-350 haplotype (OR = 1.73, CI 95% = 1.05 - 2.84, P = 0.029). The haplotype C825/G-350 was also associated with augmented levels of both SBP and DBP (expected mean difference, Delta = 6.7, 95% CI: 1.64 10.50, P = 0.007 and Delta = 3.75, CI 95%: 1.16 6.35, P = 0.005, respectively) compared to the reference haplotype. Gene-gene interactions were also investigated by the use of the generalized multifactor dimensionality reduction (GMDR). GMDR prediction models revealed high-order interactions for hypertension between and among the studied variants. The best interaction models were NOS3/GRK4, ACE/GNB3/AGT, and ACE/GNB3/AGT/ADD2/GRK4, with an average testing balanced accuracy of 60% (P = 0.006) 59% (P = 0.019), and 59% (P = 0.025), respectively. The family-based association study showed a significant association of the GNB3 G-350 allele with essential hypertension (P = 0.018) when the diagnosis of essential hypertension was based on the WHO criteria (SBP > or = 140mmHg and / or DBP > or = 90 mmHg, or use of antihypertensive drugs, P = 0.018). Qualitatively analogous results were observed when a more extreme phenotype was considered (i.e. hypertension defined as a SBP > or = 160mmHg and / or DBP > or = 95 mmHg, or use of antihypertensive drugs, P = 0.001) Finally, heritability estimates corroborated the notion that the genetic component of blood pressure is high in these populations. Heritability (adjusted for age, gender and BMI) estimates of 36.1 and 42.9% for SBP and DBP, respectively, were obtained. We presented in this work an extensive and original investigation about the genetic component of essential hypertension in an African-Brazilian population (with peculiar historical, genetical and environmental characteristics). This study strengthens the hypothesis of a polygenic mechanism of regulation of blood pressure in the quilombos from Ribeira River Valley São Paulo.

A hipertensão essencial, um problema de saúde pública mundial, é uma doença multifatorial, cujo componente genético varia entre 25 a 60%. A despeito da alta prevalência e incidência da hipertensão essencial em populações de ancestralidade africana, os estudos sobre o componente genético da hipertensão essencial têm sido primariamente realizados em populações de ancestralidade européia ou asiática. Dessa maneira, o objetivo geral deste trabalho foi investigar e quantificar potenciais fatores de risco genéticos associados à hipertensão essencial em populações dos remanescentes de quilombos do Vale do Ribeira SP, indivíduos afro-descendentes, oriundos de populações parcialmente isoladas, previamente bem caracterizadas do ponto de vista clínico, genealógico e genético-populacional. A amostra foi constituída de 759 indivíduos adultos com estudo clínico e antropométrico oriundos das seguintes populações quilombolas: Abobral, Galvão, São Pedro, Pedro Cubas, André Lopes, Nhunguara, Sapatu, Pilões, Ivaporunduva, Maria Rosa, Poça e Reginaldo, localizadas no Vale do Ribeira, no estado de São Paulo. Estimativas de ancestralidade (baseadas em 48 marcadores INDEL autossômicos) sugerem que a contribuição africana, européia e ameríndia na amostra estudada é de aproximadamente 39,7%, 39,0% e 21,3%, respectivamente (N=307), sendo igualmente distribuídas em normotensos e hipertensos (37,6%, 39,0% e 19,9% e 41,1%, 37,8% e 20,4%, P = 0,845). O estudo dos fatores de risco genéticos associados à hipertensão foi realizado por duas abordagens: (i) um estudo transversal com indivíduos não aparentados (N = 383) e (ii) um estudo de associação baseado em famílias (N total = 759, 79 famílias). Foram selecionados para estes estudos sete polimorfismos (I/D, Glu298Asp, C825T, G-350A, M235T, A/C, A486V) em seis genes candidatos com forte base funcional: ACE, NOS3, GNB3, AGT, ADD2 e GRK4. As análises do estudo transversal revelaram uma associação significativa entre o polimorfismo C825T do GNB3 e a hipertensão essencial (P=0,036), quando consideramos o fenótipo mais extremo (PAS maior igaul a 160mmHg e/ou PAD maior igual a 95mmHg, ou uso de medicamentos anti-hipertensivos). Análises haplotípicas do GNB3 (variantes G-350A e C825T) revelaram que cada cópia do haplótipo C825/G-350 aumenta em 1,73 a chance de hipertensão em relação ao haplótipo basal T825/G-350 (OR = 1,73; IC 95% = 1,05 2,84, P = 0,029). O haplótipo C825/G-350 estaria relacionado com um aumento na média esperada da PAS e da PAD (Delta = 6,07 mmHg; IC de 95%: 1,64 10,50 mmHg; P = 0,007 e Delta = 3.75 mmHg; IC de 95%: 1,16 6,35 mmHg; P = 0,005, respectivamente). Estudos de interação gene-gene também foram conduzidos pela técnica de redução de dimensionalidade de múltiplos fatores generalizada (GMDR). Os modelos de predição por GMDR revelaram interações de alta ordem entre as variantes avaliadas e o risco de hipertensão essencial. Os melhores modelos de interação foram: NOS3/GRK4, ACE/GNB3/AGT e ACE/GNB3/AGT/ADD2/GRK4, com uma acurácia média balanceada de teste de 60% (P=0,006), 59% (P =0,019), e 59% (P = 0,025), respectivamente. As análises de segregação em famílias indicaram uma associação significativa entre o polimorfismo G-350A do gene GNB3 e a hipertensão essencial, quando consideramos o fenótipo classificado de acordo com o critério da OMS (PAS maior igual a 140mmHg e/ou PAD maior igual a 90mmHg, ou uso de medicamentos anti-hipertensivos, P = 0,018), e também quando consideramos o fenótipo mais extremo (PAS maior igual a 160mmHg e/ou PAD maior igual a 95mmHg, ou uso de medicamentos anti-hipertensivos, P = 0,001). Finalmente, as estimativas da herdabilidade corroboram a noção de que o componente genético da pressão arterial é elevado nessas populações: herdabilidades (ajustadas para idade, gênero e IMC) de 36,1 e 42.9% para PAS e PAD, respectivamente. Apresentamos nesse trabalho uma investigação extensiva e original sobre o componente genético da hipertensão essencial em uma população brasileira de afrodescendentes (com características históricas, genéticas e ambientais peculiares), reforçando a hipótese de um mecanismo poligênico de regulação da pressão arterial nas populações remanescentes de quilombos do Vale do Ribeira - SP. / Essential hypertension is a worldwide public health problem. Although this pathology has a multi-factorial etiology, the heritability of blood pressure is high, ranging from 25 to 60%. Despite the high prevalence and incidence of essential hypertension among subjects of African ancestry, most genetic association studies has been carried out either in subjects with European descent or in Asian-derived individuals. Thus, the aim of this study was to investigate genetic risk factors putatively associated with essential hypertension in the quilombo populations, which are partially isolated African-derived populations, well characterized in terms of clinical, genealogical and population data, living in the Ribeira River Valley São Paulo, Brazil. A total of 759 adults with clinical and anthropometric data sampled from the 12 populations (Abobral, Galvão, São Pedro, Pedro Cubas, André Lopes, Nhunguara, Sapatu, Pilões, Ivaporunduva, Maria Rosa, Poça and Reginaldo) were studied. Ancestry estimates (based on 48 ancestry informative INDEL markers) suggested that the African, European and Amerindian contributions were 39.7%, 39.0% and 21.3% respectively (N = 307) to the studied sample. These proportions did not differ significantly between hypertensive and normotensive subjects(41.1%, 37.8% , 20.4% and 37.6%, 39.0% e 19.9%, respectively; P = 0.845). Two approaches were employed to investigate potential genetic risk factors for essential hypertension: (i) a cross-sectional study with unrelated individuals (N = 383) and (ii) a family-based association study (N = 759, 79 families). Seven polymorphisms (I/D, Glu298Asp, C825T, G-350A, M235T, A/C, A486V) in six candidate genes with strong functional basis (ACE, NOS3, GNB3, AGT, ADD2 and GRK4) were selected. The cross-sectional study revealed a significant association between the C825T GNB3 polymorphism and essential hypertension (P = 0.036) defined as a SBP > or = 160 mmHg and/or DBP > or = 95 mmHg, or use antihypertensive drugs). Haplotypic analyses of both G-350A and C825T GNB3 variants indicated that each copy of the haplotype C825/G-350 increases in 1.73 the odds of hypertension compared to the reference T825/G-350 haplotype (OR = 1.73, CI 95% = 1.05 - 2.84, P = 0.029). The haplotype C825/G-350 was also associated with augmented levels of both SBP and DBP (expected mean difference, Delta = 6.7, 95% CI: 1.64 10.50, P = 0.007 and Delta = 3.75, CI 95%: 1.16 6.35, P = 0.005, respectively) compared to the reference haplotype. Gene-gene interactions were also investigated by the use of the generalized multifactor dimensionality reduction (GMDR). GMDR prediction models revealed high-order interactions for hypertension between and among the studied variants. The best interaction models were NOS3/GRK4, ACE/GNB3/AGT, and ACE/GNB3/AGT/ADD2/GRK4, with an average testing balanced accuracy of 60% (P = 0.006) 59% (P = 0.019), and 59% (P = 0.025), respectively. The family-based association study showed a significant association of the GNB3 G-350 allele with essential hypertension (P = 0.018) when the diagnosis of essential hypertension was based on the WHO criteria (SBP > or = 140mmHg and / or DBP > or = 90 mmHg, or use of antihypertensive drugs, P = 0.018). Qualitatively analogous results were observed when a more extreme phenotype was considered (i.e. hypertension defined as a SBP > or = 160mmHg and / or DBP > or = 95 mmHg, or use of antihypertensive drugs, P = 0.001) Finally, heritability estimates corroborated the notion that the genetic component of blood pressure is high in these populations. Heritability (adjusted for age, gender and BMI) estimates of 36.1 and 42.9% for SBP and DBP, respectively, were obtained. We presented in this work an extensive and original investigation about the genetic component of essential hypertension in an African-Brazilian population (with peculiar historical, genetical and environmental characteristics). This study strengthens the hypothesis of a polygenic mechanism of regulation of blood pressure in the quilombos from Ribeira River Valley São Paulo.

Os estudos de associação de genoma inteiro têm encontrado alguns marcadores associados a doenças notoriamente hereditárias com herança complexa, mas, muitas vezes, estes marcadores somente explicam uma pequena parte da herdabilidade. Este relativo insucesso é atribuído, entre outras causas, à epistasia, ou seja, interação entre diferentes locos genéticos. A busca por epistasia é complexa e exige intensos recursos computacionais. Diversos métodos têm sido propostos para abordar este problema, incluindo métodos estatísticos tradicionais, busca estocástica e métodos heurísticos. Poucos destes métodos são capazes de processar as grandes massas de dados produzidas nos estudos caso-controle de genoma inteiro, e ainda menos métodos buscam conjuntos de três ou mais marcadores. A busca exaustiva de conjuntos de marcadores epistáticos é inviável hoje em dia para estes conjuntos, mas o algoritmo BOOST (WAN et al., 2010) mostrou que ela é relativamente fácil para pares de locos, em especial com o uso de placas gráficas como processadores (GPGPU). Partindo deste recente sucesso, propomos um algoritmo em fases para a busca de trios de locos que interagem, utilizando a busca de pares como passo inicial, uma abordagem ainda não utilizada. Outra ideia fundamental do algoritmo proposto é a extensão da concepção de trio de marcadores para um trio de blocos haplotípicos, onde cada bloco é formado por marcadores próximos entre si. Usando os dados do WTCCC, o Troost (de TRio+bOOST) sugeriu trios potencialmente epistáticos em todas a sete doenças. Quando submetidos à confirmação em amostra independente, os trios não puderam ser confirmados, exceto os trios para diabetes tipo 1 (T1D). Duzentos e oito trios foram confirmados para T1D, com baixos valores-P e genótipos combinados de risco com altas razões de chances. Os SNPs que compõem estes trios estão todos na região MHC, sabidamente associada à doença, exceto por um deles que está no cromossomo cinco e não havia sido previamente relacionado à T1D. / Genome-wide association studies have found some markers associated with diseases with complex inheritance. However, these markers explain only a fraction of the previously estimated heritability of the trait. This relative failure has been credited, among other causes, to epistasis, i.e. the interaction among genotypes at different loci. The search for epistasis is complex and requires intense computational resources. Many methods have been proposed to approach this problem, including traditional statistics, stochastic search, and heuristic methods. Few of them are capable of extracting, from the large amount of data produced in genome-wide case-control studies, useful information about sets of markers associated with the trait in question. Exhaustive search of sets of interacting markers is unfeasible nowadays for sets of three or more markers, but the BOOST algorithm (WAN et al., 2010) showed that the search is relatively easy for pairs of SNPs, in particular with the use of graphic cards for general processing (GPGPU). Starting from this recent success, we propose an algorithm in phases for the search for trios of interacting loci, using the search for pairs as the initial step, an approach not tried yet, to our knowledge. Another important idea of our algorithm is the extension of the concept of trio of markers to a trio of haplotypic blocks, where each block is formed by neighbor markers. Using data from WTCCC, the Troost (from TRio+bOOST) algorithm suggested potentially epistatic trios in all seven diseases. When submitted to a confirmation in an independent sample, the results could not be confirmed, except for type-1 diabetes (T1D). Two hundred eight trios were confirmed for T1D, with low p-values and risk combined genotypes with high odds ratio. The SNPs that form those trios are all in the MHC region, which is known to be strongly associated to T1D, except by one SNP in chromosome five that has not been previously associated with T1D.

Os estudos de associação de genoma inteiro têm encontrado alguns marcadores associados a doenças notoriamente hereditárias com herança complexa, mas, muitas vezes, estes marcadores somente explicam uma pequena parte da herdabilidade. Este relativo insucesso é atribuído, entre outras causas, à epistasia, ou seja, interação entre diferentes locos genéticos. A busca por epistasia é complexa e exige intensos recursos computacionais. Diversos métodos têm sido propostos para abordar este problema, incluindo métodos estatísticos tradicionais, busca estocástica e métodos heurísticos. Poucos destes métodos são capazes de processar as grandes massas de dados produzidas nos estudos caso-controle de genoma inteiro, e ainda menos métodos buscam conjuntos de três ou mais marcadores. A busca exaustiva de conjuntos de marcadores epistáticos é inviável hoje em dia para estes conjuntos, mas o algoritmo BOOST (WAN et al., 2010) mostrou que ela é relativamente fácil para pares de locos, em especial com o uso de placas gráficas como processadores (GPGPU). Partindo deste recente sucesso, propomos um algoritmo em fases para a busca de trios de locos que interagem, utilizando a busca de pares como passo inicial, uma abordagem ainda não utilizada. Outra ideia fundamental do algoritmo proposto é a extensão da concepção de trio de marcadores para um trio de blocos haplotípicos, onde cada bloco é formado por marcadores próximos entre si. Usando os dados do WTCCC, o Troost (de TRio+bOOST) sugeriu trios potencialmente epistáticos em todas a sete doenças. Quando submetidos à confirmação em amostra independente, os trios não puderam ser confirmados, exceto os trios para diabetes tipo 1 (T1D). Duzentos e oito trios foram confirmados para T1D, com baixos valores-P e genótipos combinados de risco com altas razões de chances. Os SNPs que compõem estes trios estão todos na região MHC, sabidamente associada à doença, exceto por um deles que está no cromossomo cinco e não havia sido previamente relacionado à T1D. / Genome-wide association studies have found some markers associated with diseases with complex inheritance. However, these markers explain only a fraction of the previously estimated heritability of the trait. This relative failure has been credited, among other causes, to epistasis, i.e. the interaction among genotypes at different loci. The search for epistasis is complex and requires intense computational resources. Many methods have been proposed to approach this problem, including traditional statistics, stochastic search, and heuristic methods. Few of them are capable of extracting, from the large amount of data produced in genome-wide case-control studies, useful information about sets of markers associated with the trait in question. Exhaustive search of sets of interacting markers is unfeasible nowadays for sets of three or more markers, but the BOOST algorithm (WAN et al., 2010) showed that the search is relatively easy for pairs of SNPs, in particular with the use of graphic cards for general processing (GPGPU). Starting from this recent success, we propose an algorithm in phases for the search for trios of interacting loci, using the search for pairs as the initial step, an approach not tried yet, to our knowledge. Another important idea of our algorithm is the extension of the concept of trio of markers to a trio of haplotypic blocks, where each block is formed by neighbor markers. Using data from WTCCC, the Troost (from TRio+bOOST) algorithm suggested potentially epistatic trios in all seven diseases. When submitted to a confirmation in an independent sample, the results could not be confirmed, except for type-1 diabetes (T1D). Two hundred eight trios were confirmed for T1D, with low p-values and risk combined genotypes with high odds ratio. The SNPs that form those trios are all in the MHC region, which is known to be strongly associated to T1D, except by one SNP in chromosome five that has not been previously associated with T1D.

A pigmentação humana é uma característica variável e complexa determinada por fatores genéticos e hormonais, exposição à radiação ultravioleta, idade, doenças, entre outros. Alguns polimorfismos em genes de pigmentação têm sido associados com a diversidade fenotípica de cor da pele, cabelo e olhos e em populações homogêneas. A técnica denominada Fenotipagem Forense pelo DNA (FDP) vem beneficiando a ciência forense em vários países e auxiliando investigações criminais por ser capaz de sugerir, com boa precisão, os possíveis fenótipos para as características externamente visíveis (EVCs) em amostras de origem desconhecida. No presente trabalho foram avaliadas as associações entre os SNPs presentes nos genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) e ASIP (rs6058017) com cor de pele, cabelo e olhos em indivíduos da população brasileira para apontar o possível uso desses marcadores na prática forense em populações miscigenadas. Os voluntários responderam um questionário no qual fizeram a autodeclaração dessas características e estes dados foram usados para as comparações entre genótipos e fenótipos. Os resultados mostraram que para os SNPs rs2555364 e rs1426654 o alelo ancestral esteve associado com as características cor de pele negra, cabelos castanhos ou pretos e olhos castanhos. Além disso, o alelo ancestral do SNP rs6058017 foi significativamente associado com cor de pele negra e olhos castanhos. Inversamente, os alelos variantes destes SNPs são correlacionados com características de pigmentação clara para as EVCs avaliadas, corroborando os estudos prévios realizados em diferentes populações. Esses resultados mostram que a informação molecular pode ser útil para a inferência de EVCs, e a técnica de FDP é uma importante ferramenta para estudos forenses em amostra brasileira / Human pigmentation is a variable and complex trait determined by genetic and hormonal factors, exposure to ultraviolet radiation, age, diseases, among others. Some polymorphisms in pigmentation genes have been associated with the phenotypic diversity of skin, hair and eyes color in homogeneous populations. Forensic DNA Phenotyping (FDP) is benefiting forensic science in several countries, helping in criminal investigations due to its ability to suggest, with good accuracy, the possible phenotypes for externally visible characteristics (EVCs) in samples of unknown origin. Herein, we evaluated the associations between the SNPs present in the genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) and ASIP (rs6058017) with skin, hair and eyes color in individuals of the Brazilian population in order to point out the possible use of these markers in forensic practice in admixed populations. The volunteers answered a questionnaire in which they self reported these characteristics for comparison between genotypes and phenotypes. The results showed that for the SNPs rs2555364 and rs1426654 the ancestral allele was associated with characteristics of black skin color, brown or black hair and brown eyes. In addition, the ancestral allele of the SNP rs6058017 was significantly associated with black skin color and brown eyes. Inversely, the variant alleles of these SNPs are correlated with fair pigmentation characteristics for the evaluated EVCs, corroborating the previous studies performed in different populations. These results show that molecular information may be useful for the inference of EVCs, and the FDP technique is an important tool for forensic studies in a Brazilian sample

Submitted by CHERLYNN DANIELA DA SILVA ARCE null (cdprado@outlook.com) on 2018-04-03T20:24:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Cherlynn_Daniela_da_Silva_Arce.pdf: 1179630 bytes, checksum: c8a13228e501d97cb1dd118aca364265 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-04-04T13:21:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 arce_cds_me_jabo.pdf: 1179630 bytes, checksum: c8a13228e501d97cb1dd118aca364265 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-04T13:21:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arce_cds_me_jabo.pdf: 1179630 bytes, checksum: c8a13228e501d97cb1dd118aca364265 (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com o avanço dos estudos em genética e da tecnologia aplicada à genotipagem de marcadores moleculares, a identificação de polimorfismos associados às características de interesse econômico se tornou mais acessível, possibilitando a sua utilização aumentar a acurácia de modelos de predição do mérito genético dos animais. Esse avanço também possibilitou aumentar a acurácia dos estudos para identificação de QTLs para características de interesse econômico. Entretanto, os marcadores comumente utilizados para tal fim são os SNPs, que por serem bi-alélicos podem não ser muito eficientes na identificação dos QTLs. Os haplótipos, multi-alélicos, apresentam maior possibilidade de estarem em desequilíbrios de ligação (DL) com os QTLs. Dessa forma, objetivou-se no presente trabalho identificar o melhor método de construção de haplótipos para utilização em estudos de detecção de QTLs, a partir da comparação dos três métodos mais comumente utilizados para este fim. Foram utilizadas três populações simuladas representando características com três diferentes valores de herdabilidade, para as quais foram armazenados os dados fenotípicos, genotípicos e de pedigree dos 6.000 animais da população mais recente: Pop1 com herdabilidade baixa (0,10); Pop2 com herdabilidade moderada (0,25); e, Pop3 com herdabilidade alta (0,35). Os genomas simulados consistiram de 750.000 marcadores do tipo SNP, e 750 QTLs, com dois a quatro alelos, dispostos aleatoriamente em 29 cromossomos com tamanho total de 2.333 centimorgans (cM). A partir da simulação foram eliminados os SNPs cuja frequência do menor alelo foi menor que 0,1, restando 576.027, 577.189 e 576.675 marcadores para as populações Pop1, Pop2 e Pop3, respectivamente. A variação fenotípica foi de 1,0 e a variação dos QTLs foi de 50% das herdabilidades, para cada população. As médias dos DL para cada cromossomo, medidas pela estatística D', variaram de 0,20 até 0,30 para todas as populações, na última geração. Foram construídos haplótipos utilizando três métodos: Intervalo de Confiança (IC), Regra de Quatro Gametas (RQG) e Janelas Sobrepostas (JS). Para Pop1, no cromossomo 15, os métodos IC, RQG e JS identificaram cinco, oito e sete QTLs, respectivamente. Somente um QTL foi identificado nos cromossomos 19 e 29. Para a característica de herdabilidade alta, foi identificado um QTL no cromossomo 11. Em relação às análises de associação utilizando SNPs individuais, foram identificados quatro QTLs no cromossomo 15. Para a característica de herdabilidade moderada, não foram encontrados haplótipos ou SNPs isolados significativos. A metodologia de formação de haplótipos baseado na RQG foi considerada a mais eficiente para detecção de QTLs em relação aos métodos IC e JS, bem como ao uso dos SNPs isolados. / With the advancement of genetic studies and the technology applied to the genotyping of molecular markers, the identification of polymorphisms associated with the characteristics of economic interest became more accessible, allowing its use to increase the accuracy of prediction models of the genetic merit of the animals. This advance also made it possible to increase the accuracy of studies to identify QTLs for characteristics of economic interest. However, the commonly used markers for this purpose are SNPs, which because they are bi-allelic may not be very efficient in identifying QTLs. The haplotypes, multi-allelic, are more likely to be in linkage disequilibrium (LD) with QTLs. Thus, the objective of this work was to identify the best haplotype construction method for use in QTLs detection studies, by comparing the three methods most commonly used for this purpose. Three simulated populations representing characteristics with three different heritability values were used for which the phenotypic, genotypic and pedigree data of the 6,000 animals were stored: Pop1 with low heritability (0.10); Pop2 with moderate heritability (0.25); and, Pop3 with high heritability (0.35). The simulated genomes consisted of 750,000 SNP-type markers, and 750 QTLs, with two to four alleles, arranged randomly on 29 chromosomes with a total size of 2,333 centimorgans (cM). From the simulation the SNPs whose frequency of the lowest allele was less than 0.1 were eliminated, leaving 576,027, 577,189 and 576,675 markers for Pop1, Pop2 and Pop3 populations, respectively. The phenotypic variation was 1.0 and the variation of QTLs was 50% of the heritabilities, for each population. The mean LD for each chromosome, measured by the D' statistic, ranged from 0.20 to 0.30 for all populations in the last generation. Haplotypes were constructed using three methods: Confidence Interval (CI), Four Gametes Rule (FGR) and Sliding-Window (SW). For Pop1, on chromosome 15, CI, FGR and SW methods identified five, eight and seven QTLs, respectively. Only one QTL was identified on chromosomes 19 and 29. For the high heritability characteristic, a QTL was identified on chromosome 11. Regarding the association analyzes using individual SNPs, four QTLs were identified on chromosome 15. For the moderate heritability characteristic, no significant isolated haplotypes or SNPs were found. The methodology of haplotype formation based on the FGR was considered the most efficient for the detection of QTLs in relation to CI and SW methods, as well as to the use of isolated SNPs.

A pigmentação humana é uma característica variável e complexa determinada por fatores genéticos e hormonais, exposição à radiação ultravioleta, idade, doenças, entre outros. Alguns polimorfismos em genes de pigmentação têm sido associados com a diversidade fenotípica de cor da pele, cabelo e olhos e em populações homogêneas. A técnica denominada Fenotipagem Forense pelo DNA (FDP) vem beneficiando a ciência forense em vários países e auxiliando investigações criminais por ser capaz de sugerir, com boa precisão, os possíveis fenótipos para as características externamente visíveis (EVCs) em amostras de origem desconhecida. No presente trabalho foram avaliadas as associações entre os SNPs presentes nos genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) e ASIP (rs6058017) com cor de pele, cabelo e olhos em indivíduos da população brasileira para apontar o possível uso desses marcadores na prática forense em populações miscigenadas. Os voluntários responderam um questionário no qual fizeram a autodeclaração dessas características e estes dados foram usados para as comparações entre genótipos e fenótipos. Os resultados mostraram que para os SNPs rs2555364 e rs1426654 o alelo ancestral esteve associado com as características cor de pele negra, cabelos castanhos ou pretos e olhos castanhos. Além disso, o alelo ancestral do SNP rs6058017 foi significativamente associado com cor de pele negra e olhos castanhos. Inversamente, os alelos variantes destes SNPs são correlacionados com características de pigmentação clara para as EVCs avaliadas, corroborando os estudos prévios realizados em diferentes populações. Esses resultados mostram que a informação molecular pode ser útil para a inferência de EVCs, e a técnica de FDP é uma importante ferramenta para estudos forenses em amostra brasileira / Human pigmentation is a variable and complex trait determined by genetic and hormonal factors, exposure to ultraviolet radiation, age, diseases, among others. Some polymorphisms in pigmentation genes have been associated with the phenotypic diversity of skin, hair and eyes color in homogeneous populations. Forensic DNA Phenotyping (FDP) is benefiting forensic science in several countries, helping in criminal investigations due to its ability to suggest, with good accuracy, the possible phenotypes for externally visible characteristics (EVCs) in samples of unknown origin. Herein, we evaluated the associations between the SNPs present in the genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) and ASIP (rs6058017) with skin, hair and eyes color in individuals of the Brazilian population in order to point out the possible use of these markers in forensic practice in admixed populations. The volunteers answered a questionnaire in which they self reported these characteristics for comparison between genotypes and phenotypes. The results showed that for the SNPs rs2555364 and rs1426654 the ancestral allele was associated with characteristics of black skin color, brown or black hair and brown eyes. In addition, the ancestral allele of the SNP rs6058017 was significantly associated with black skin color and brown eyes. Inversely, the variant alleles of these SNPs are correlated with fair pigmentation characteristics for the evaluated EVCs, corroborating the previous studies performed in different populations. These results show that molecular information may be useful for the inference of EVCs, and the FDP technique is an important tool for forensic studies in a Brazilian sample

INTRODUÇÃO: A persistência de um microambiente cronicamente inflamado no estômago tem sido descrita como um componente crítico tanto para a iniciação, quanto para a progressão tumoral. Além disso, variações genéticas tem demonstrado influenciar na variabilidade interindividual da resposta inflamatória. Desta forma, esse estudo teve como objetivo investigar a associação de polimorfismos em genes relacionados à resposta inflamatória com o risco para o desenvolvimento do câncer gástrico, com suas variáveis anatomopatológicas e com a sobrevida global e livre de doença em uma amostra da população Brasileira. MÉTODOS: Dezesseis variantes genéticas selecionadas em onze genes (COX-2, OGG1, TNFB, TNFA, HSPA1L, HSPA1B, VEGFA, IL17F, LGALS3, PHB e TP53) foram genotipadas em 262 indivíduos controles e 178 pacientes diagnosticados com câncer gástrico. As análises de associações genéticas foram realizadas em diferentes modelos (Genótipos, Alelos, Dominante e Recessivo) considerando a amostra total de casos (N=178) e estratificada somente para os casos com o subtipo histológico difuso de Lauren (N=112). Também foi investigado o desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos e as análises de associação com os haplótipos formados foram realizadas por meio dos softwares Haploview e PLINK. RESULTADOS: No estudo caso-controle, indivíduos portadores do alelo Pro do polimorfismo rs1042522 (TP53) apresentaram risco cerca de duas vezes maior em desenvolver o câncer gástrico em análise multivariada, sendo esse risco ainda maior quando considerado somente os casos com o subtipo difuso. Por outro lado, a presença do alelo A do polimorfismo rs699947 (VEGFA) foi associada com uma proteção para o câncer gástrico. Em relação às variáveis anatomopatológicas, os polimorfismos rs689466 (COX-2); rs1052133 (OGG1); rs699947, rs833061 e rs2010963 (VEGFA); rs4644 (LGALS3) e rs1042522 (TP53) foram significativamente associados com características de pior progressão da doença, enquanto que rs5275 (COX-2); rs2227956 (HSPA1L) e rs3025039 (VEGFA) foram associados às variáveis de melhor progressão da doença, na amostra total de casos. Também foi observado que o polimorfismo rs909253 (TNFB) foi capaz de predizer uma melhor progressão da doença quando considerado somente os casos com subtipo difuso. Além disso, em relação ao impacto sobre a sobrevida, rs909253 (TNFB) foi associado a um melhor prognóstico quando analisadas ambas as curvas de sobrevida global e livre de doença, enquanto que portadores do alelo His do polimorfismo rs4644 (LGALS3) apresentaram um pior prognóstico com menor tempo de sobrevida livre de doença. Por fim, nas análises de associação com os haplótipos, identificamos que o haplótipo CTC (formado por rs699947, rs833061 e rs2010963 do gene VEGFA), demonstrou ser um fator de maior suscetibilidade ao câncer gástrico. Também foram observadas associações entre o haplótipo GG (TNFB/TNFA) e invasão perineural; haplótipo ACG (VEGFA) e invasão sanguínea; haplótipo CTC (VEGFA) e invasão para outros órgãos; haplótipo GT (rs689466 e rs5275 do gene COX-2) e subtipo histológico intestinal. CONCLUSÕES: Os resultados desse estudo nos ajudaram a esclarecer o potencial papel desses polimorfismos em genes envolvidos com a modulação da resposta inflamatória na patogênese do câncer gástrico, indicando que variantes genéticas do hospedeiro atuam conjuntamente com outros fatores, influenciando na suscetibilidade, progressão e prognóstico dessa doença / INTRODUCTION: The chronic inflammatory microenvironment in the stomach has been described as a critical component for both tumor initiation and progression. Furthermore, genetic variants have shown to influence the interindividual variations in the inflammatory response. Therefore, we aimed to investigate whether polymorphisms in inflammatory response related-genes were associated with risk for gastric tumor development, clinical outcomes, overall and disease free survival of this disease in a Brazilian population sample. METHODS: Sixteen selected genetic variants in eleven genes (COX-2, OGG1, TNFB, TNFA, HSPA1L, HSPA1B, VEGFA, IL17F, LGALS3, PHB and TP53) were genotyped in 262 control individuals and 178 gastric cancer patients. Genetic association analyses were investigated in different models (Genotype, Allele, Dominant and Recessive) in both total sample (N=178) and stratified for the diffuse histological subtype based on Lauren´s classification (N=112). We also calculated the linkage disequilibrium among the polymorphisms and the haplotype associations were carried out using Haploview and PLINK softwares. RESULTS: In the case-control study, rs1042522 (TP53) Pro allele carriers presented about 2-fold higher risk for developing gastric cancer in a multivariate analysis and this association was even stronger when analyzing only cases with the diffuse subtype. On the other hand, the presence of A allele of rs699947 (VEGFA) was associated with a protection for developing gastric cancer. About the significant associations detected with the clinicopathological features, we found that rs689466 (COX-2); rs1052133 (OGG1); rs699947, rs833061 and rs2010963 (VEGFA); rs4644 (LGALS3) and rs1042522 (TP53) were able to predict outcomes associated with a worse progression of the disease while rs5275 (COX-2); rs2227956 (HSPA1L) and rs3025039 (VEGFA) were associated with better outcomes in the total sample. We also observed that the polymorphism rs909253 (TNFB) was able to predict a better outcome only for the individuals diagnosed with the diffuse subtype. Additionally, regarding the impact on the survival curves, rs909253 (TNFB) was associated with a better prognosis when analyzing both the overall and disease-free survivals while rs4644 (LGALS3) His allele carriers presented a worse prognosis with shorter disease-free survival. Finally, concerning the haplotype associations, we found that CTC haplotype (composed by rs699947, rs833061 and rs2010963 of VEGFA) showed an association with gastric malignancy. We also observed associations between GG haplotype (TNFB/TNFA) and perineural invasion; ACG haplotype (VEGFA) and venous vascular invasion; CTC haplotype (VEGFA) and invasion to other organs and GT haplotype (rs689466 and rs5275 of COX-2 gene) and the intestinal histologic subtype. CONCLUSIONS: These results helped us to clarify the potential role of these polymorphisms in genes involved in the modulation of the inflammatory response in the pathogenesis of gastric malignancy, highlighting that the host genetic variants act together with other factors to influence in the susceptibility, progression and prognosis of gastric cancer