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Identificación de especies del género Mytilus utilizando marcadores moleculares mitocondriales y nucleares

González Pérez, Pía Loreto January 2013 (has links)
Magíster en Alimentos, Mención Gestión Calidad e Inocuidad de los Alimentos / Los mitílidos son una de las especies de bivalvos más cultivadas y comercializadas. Existen variedad de mercados que exigen la veracidad de la información contenida en el etiquetado de estos productos, es por ello que independientemente del estatus taxonómico que puedan tener los mitílidos presentes en Chile, es importante para la industria establecer un etiquetado veraz y que evidencie de manera fiel la procedencia e identificación de la especie del producto que será consumido. Se realizó una evaluación de los marcadores moleculares usados internacionalmente para la identificación de especies de mitílidos en muestras provenientes de Chile, Canadá y Galicia para determinar la equivalencia y calidad de identificación de estos en relación al gen de la proteína adhesiva polifenólica (Me 15-16 AciI). Además, se evaluó la capacidad de identificar especies con los marcadores Me 15-16 AciI y COI XbaI en productos procesados. Al evaluar los marcadores moleculares se pudo concluir que el panel más informativo de marcadores para este propósito son Me 15-16 AciI y mac-1, utilizados en conjunto. El marcador nuclear mac-1 es equivalente a Me 15-16 AciI en la distinción de la especie M. galloprovincialis. Por su parte el marcador mitocondrial COI XbaI y mtDNA 16s rRNA resulta ser totalmente equivalente a Me 15 -16 AciI para distinguir a M. chilensis de las demás especies. Es posible utilizar los marcadores moleculares Me 15 16 AciI y COI XbaI empleados en productos procesados al natural, en ahumado en aceite y congelados. La amplificación de fragmentos grandes en productos procesados como los marcadores mac-1 y mtDNA 16s rRNA no resulta adecuada. Se recomienda el uso de Me 15-16 AciI en productos procesados / The mussels are one of the most cultivated and world wide commercialized species of bivalves. There are variety of countries of destination that require the accuracy of the information contained in the labeling of these products, which is why regardless of the taxonomic status that the mussel species have in Chile, it is important for the industry to establish a truthful labeling and that represent accurately the origin and identification of the species of the product to be consumed. An evaluation of the most internationally used molecular markers for species identification in mussels samples from Chile, Canada and Galicia was performed to determine the equivalence and quality of identifying these markers comparing them with the gene of the polyphenolic adhesive protein (Me 15-16 AciI). Ti was evaluated as well the ability to identify species with markers Me AciI 15-16 and COI XbaI in processed products . The most informative panel of markers evaluated were Me 15-16 AciI and mac- 1 combined. The nuclear marker mac-1 is equivalent to Me 15-16 AciI in identified M. galloprovincialis. Meanwhile mitochondrial marker COI XbaI and mtDNA 16s rRNA are fully equivalent to Me 15 -16 AciI to identified M. chilensis from other species. Me 15 16 AciI and COI XbaI can be used processed raw, smoked in oil and frozen. The amplification of large fragments from markers like mac -1 and mtDNA 16s rRNA in processed products is not applicable. The use of Me 15-16 AciI in processed products is recommended / Conicyt
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Análisis genético de la morera de papel, una planta de importancia cultural en Asia y la Polinesia, mediante el uso de marcadores moleculares anónimos ISSR

González Lorca, Josué 01 1900 (has links)
Memoria para optar al Título Profesional de Bioquímico / El último gran evento migratorio llevado a cabo por las poblaciones humanas fue la colonización de las islas de la Polinesia. Esta travesía, realizada a través de la mayor extensión de océano de la superficie terrestre, fue un hecho que necesitó de una gran planificación para sobrellevar las grandes distancias entre las islas. Para comprender cabalmente estos flujos migratorios se hace necesario establecer el contexto espacio-temporal en que este proceso fue llevado a cabo. En cada una de las áreas de investigación, el modelo de estudio se presenta como un factor determinante a la hora de obtener información útil y sin sesgos. En este trabajo se ha propuesto a Broussonetia papyrifera o la morera de papel, como un modelo de estudio apropiado para dilucidar las rutas migratorias del hombre en la Polinesia debido a su gran importancia cultural, económica y política en Asia y en Oceanía. B. papyrifera ha estado ligada al hombre desde el comienzo de sus viajes y ha sido propagada en Polinesia mediante reproducción vegetativa. Con el advenimiento de técnicas moleculares capaces de identificar cambios a nivel de la secuencia de DNA, surgieron una serie de herramientas biológicas de alta resolución. Los ISSR son un tipo de marcador molecular dominante, el cual utiliza las repeticiones de nucleótidos del genoma para informar los cambios que suceden. Entre sus ventajas están su alta reproducibilidad, bajo costo y la posibilidad de utilizarlos sin conocer la secuencia de DNA blanco. La propuesta de este trabajo es determinar la diversidad genética de B. papyrifera como modelo de estudio en Asia y Polinesia para establecer los posibles movimientos migratorios sucedidos en la Polinesia mediante métodos de agrupamiento y herramientas estadísticas basadas en distancia. Para este trabajo fue necesario montar y optimizar la técnica de ISSR, lo cual permitió contar con un perfil genético de datos para distintos individuos provenientes de 3 poblaciones de Asia y 6 islas de la Polinesia. Esta información fue organizada en una matriz binaria de presencia-ausencia de bandas para ser analizada mediante un dendrograma utilizando los algoritmos neighbor-joining y UPGMA. Se generó una matriz de distancia genética y geográfica la cual fue analizada utilizando la prueba de Mantel. Para explorar la similitud de poblaciones se realizó un análisis de coordenadas principales (PCoA). El montaje y la optimización de la técnica ISSR permitió obtener perfiles genéticos de alta resolución, intensidad y con un alto número de bandas para 83 muestras de distintas localidades de Asia y Polinesia. Los dendrogramas obtenidos agruparon en distintas ramas las 3 poblaciones de Asia y diferenciaron dos grupos de individuos de Hawái; sin embargo, no diferenciaron las poblaciones de individuos provenientes de Polinesia. La prueba de Mantel mostró una correlación entre las diferencias genéticas entre las poblaciones y su localización geográfica en el contexto global de Asia-Polinesia; sin embargo, dentro de la región asiática como en Polinesia no se encontró una correlación. El análisis de coordenadas principales (PCoA) confirmó la separación de los individuos de Asia y la subdivisión de Hawái en dos grupos, aunque no fue capaz de distinguir las poblaciones de Polinesia. La técnica molecular ISSR resultó útil para diferenciar las distintas poblaciones asiáticas y separar éstas de las localidades de Polinesia. Sin embargo, la capacidad de discriminación de bandas obtenida mediante esta técnica no permitió resolver totalmente las poblaciones polinésicas. A pesar de esto, los estudios realizados con el marcador molecular ISSR entregaron información valiosa acerca de las diferencias entre poblaciones de Asia y Polinesia y la subdivisión de Hawái, complementando la información entregada por marcadores SSR, de DNA de cloroplastos e ITS / The last major migration event conducted by human populations was the colonization of the islands of Polynesia. This trip, made through the largest area of surface ocean, was an event that required planning to overcome the great distances between islands. To fully understand these flows is necessary to establish the spatial and temporal context in which this process was conducted. In each of the areas of research, the study model is presented as a determining factor in obtaining useful and unbiased information. This paper has proposed Broussonetia papyrifera or paper mulberry, as a model to elucidate the migratory routes in Polynesia due to its cultural, economic and political importance in Asia and Oceania. B. papyrifera has been linked to man since the beginning of his trip and has been propagated in Polynesia by vegetative reproduction. With the advent of molecular techniques able to identify subtle changes in the DNA sequence, a series of high-resolution biological tools emerged. ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) are dominant markers, which uses nucleotide repeats in the genome to report changes that occur. Among its advantages are its high reproducibility, low cost and the possibility to use them prior knowledge the target DNA sequence. The purpose of this study is to determine the genetic diversity of B. papyrifera as a study model in Asia and Polynesia to establish potential migration occurred in Polynesia by clustering methods and statistical tools based on distance. For this work it was necessary to set up and optimize ISSR technique, which allowed us to have a genetic profile data for different individuals from 3 populations of Asia and 6 islands of Polynesia. This information was organized into a binary presence-absence matrix and analyzed using the neighbor-joining and UPGMA algorithms to build a dendrogram. An array of genetic and geographic distance was generated and analyzed by a Mantel Test. To explore the population similarity, a Principal Coordinates Analysis (PCoA) was performed. ISSR Installation and optimization allowed to obtain genetic profiles of high resolution, intensity and number of bands for 83 samples from different Asian and Polynesian locations. Three Asian populations were grouped into 3 different branches and two Hawaiian groups were differentiated, however Polynesian populations were not differentiated. The Mantel Test showed a correlation between genetic distance and geographic location for populations in the global context of Asia and Polynesia, nevertheless within the Asian and Polynesian region, no correlation was found. The Principal Coordinates Analysis (PCoA) confirmed the separation of Asian individuals and the Hawaiian subdivision into two groups, but was unable to distinguish the Polynesian populations. ISSR molecular marker proved usefulness to differentiate the different Asian populations and separate them from the Polynesian samples. Nevertheless, the discrimination of bands obtained by this technique did not resolve the Polynesian populations. Despite this, studies with ISSR molecular marker gave valuable information about the differences between populations of Asia and Polynesia, and allow to identify the Hawaiian subdivision, complementing the information provided by SSR markers, chloroplast DNA and ITS / FONDECYT
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Análise de marcadores moleculares em roedores sul americanos tuco-tucos (CTENOMYIDAE: RODENTIA) do centro-oeste e do norte do Brasil

Leipnitz, Leonardo Trindade January 2016 (has links)
A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.
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Estabelecimento de relações evolutivas do grupo willistoni de Drosophila (Diptera, Drosophilidae) por meio de morfologia e marcadores moleculares combinados

Zanini, Rebeca January 2015 (has links)
O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.
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Deleção GAG no gene DYT1: estudo de pacientes brasileiros com distonia de torção primária de início precoce / GAG deletion in DYT1: study of Brasilian patients with early-onset primary torsion dystonia

Aguiar, Patricia Maria de Carvalho [UNIFESP] January 2004 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-06T23:04:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Introdução: A distonia de torção primária (DTP) de início precoce é uma doença de herança autossômica dominante, com penetrância estimada entre 30 e 40 por cento, sendo que a maioria dos casos se inicia na primeira década de vida. Caracteristicamente, inicia-se em um dos membros e tende a generalizar-se. A deleção GAG no DYT1 é a única mutação até hoje identificada nestes casos. Estima-se que a mesma seja encontrada em cerca de dois terços dos casos de DTP com fenótipo clássico, mas existe um certo grau de heterogeneidade genética, onde mutações neste gene não são encontradas. Entre judeus asquenazitas, cerca de 90 por cento dos casos advêm de um único evento mutagênico ocorrido há cerca de 350 anos, uma mutação fundadora. A mesma mutação já foi descrita em pacientes das mais variadas etnias, mas na literatura não há dados suficientes que nos permitam afirmar se estas mutações são frutos de eventos independentes, o que seria um indício de que este sítio do DYT1 é particularmente propenso a mutações. No Brasil ainda não há relatos publicados que confirmem a presença desta mutação entre pacientes com DTP de início precoce. Objetivos: investigar a presença da deleção GAG no DM em pacientes brasileiros com DTP de início precoce e, através da análise de haplótipos ligados à mutação em pacientes de origens diferentes, verificar se este sítio no DM é propenso a mutações. Pacientes e métodos: 14 probandos brasileiros com DTP de início precoce foram investigados para a deleção GAG no DM através de cromatografia desnaturante de alta performance. Quando disponíveis, familiares destes pacientes também foram investigados. Para a pesquisa de haplótipos relacionados à mutação, fizemos genotipagem utilizando marcadores polimórficos próximos do gene. Foram avaliados vinte e oito indivíduos positivos para a mutação, de famílias diferentes e origens étnicas diversas. Resultados: dentre os 14 probandos brasileiros, 1 foi positivo para a mutação e a investigação de familiares revelou mais dois membros positivos para a mesma. A análise dos haplótipos de 28 pacientes revelou pelo menos 12 tipos diferentes. alguns compartilhados por indivíduos de mesma origem étnica, outros compartilhados por indivíduos de etnias diferentes. A análise dos haplótipos nos permitiu identificar uma mutação nova na família de brasileiros. Conclusões: a deleção GAG no DYT1 é encontrada entre brasileiros com DTP de início precoce. Em nosso meio também existe heterogeneidade genética, onde casos com fenótipo típico não apresentam esta mutação. A análise dos haplótipos identificou uma mutação nova e pelo menos 12 haplótipos diferentes num grupo de 28 pacientes, sugerindo que este sítio no DYT1 é particularmente propenso a mutações. / BV UNIFESP: Teses e dissertações
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Investigação de alterações no nível e na ativação de proteínas cinases no neocórtex e no hipocampo de camundongos submetidos ao modelo de kindling por pentilenotetrazol

Ben, Juliana January 2014 (has links)
Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Neurociências, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2014-08-06T18:07:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 326168.pdf: 2572167 bytes, checksum: 6637a7157532db924e4cd5aac6ec5978 (MD5) Previous issue date: 2014 / A epileptogênese é um processo que envolve a sinalização celular e a neuroplasticidade. As proteínas cinases ativadas por mitógenos, MAPKs (subfamílias ERK1/2, JNK1/2 e p38MAPK), a fosfatidil-inositol 3-cinase (PI3K)/Akt (PKB ou Akt) e a glicogênio sintase cinase-3? (GSK-3?) regulam uma variedade de eventos intracelulares envolvidos na diferenciação, sobrevivência e morte celular e na plasticidade sináptica. Nós quantificamos através de western blotting, os níveis de MAPKs (ERK1/2, JNK1/2 e p38MAPK), Akt e GSK-3? totais e fosforiladas no neocórtex e no hipocampo de camundongos Swiss machos, 48 h após a última injeção do modelo de kindling por pentilenotetrazol (PTZ, 35 mg/kg, i.p., em dias alternados, total de 8 injeções). Os níveis totais das proteínas cinases nas estruturas estudadas não foram afetados pelo kindling por PTZ. Os níveis de MAPKs fosforiladas permaneceram inalterados nos animais que não apresentaram crises convulsivas. Os níveis de JNK2 fosforilada, mas não de JNK1 fosforilada, aumentaram no hipocampo dos animais que apresentaram poucos dias com crise convulsiva (1 a 3 dias), e permaneceram semelhantes aos controles nos animais que apresentaram mais de três dias com crise convulsiva. Os níveis de ERK1/2 fosforiladas diminuíram no neocórtex e aumentaram no hipocampo de animais com 1 a 4 dias com crise convulsiva, e permaneceram inalterados nos animais que tiveram mais de 4 dias com crise convulsiva. Já a GSK-3? teve os seus níveis de fosforilação aumentados no neocórtex, mas não no hipocampo, nos animais que tiveram de 0 a 3 dias com crise convulsiva, caindo drasticamente para níveis inferiores ao controle nos animais que apresentaram 4 ou mais dias com crise convulsiva. Uma regressão linear múltipla mostrou que 85% da variação na progressão do kindling por PTZ foi explicada pela latência para a ocorrência da crise no primeiro e no último dia de estimulação e pelos níveis de GSK-3? fosforilada no neocórtex. A análise também mostrou que 87% da variação na latência para a ocorrência da última crise convulsiva é explicada pela latência para a ocorrência da primeira crise convulsiva, progressão do kindling, níveis de GSK-3? fosforilada no neocórtex e de Akt fosforilada no hipocampo. Utilizando apenas os animais que evoluíram para o kindling evidenciou-se que os níveis de ERK1 fosforilada, JNK2 fosforilada, JNK1 total e JNK1 fosforilada no hipocampo estiveram independentemente associados negativa ou positivamente ao número de dias com crise convulsiva. No mesmo grupo de animais, apenas o nível de p38MAPK fosforilada no neocórtex esteve associado, positivamente, à latência para a ocorrência da crise convulsiva na última estimulação com PTZ. Os resultados do presente estudo sugerem uma dissociação entre os níveis cerebrais regionais de MAPKs, GSK-3? e Akt associados à epileptogênese (progressão do kindling) e ao limiar (latência) para a ocorrência da crise convulsiva em animais sensibilizados pelo PTZ. Esta dissociação pode contribuir para o entendimento da ausência de efeito anti-epileptogênico clinicamente relevante dos fármacos utilizados para o controle das crises epilépticas.<br> / Abstract : Epileptogenesis is a process that involves neuroplasticity and cellular signaling. The mitogen-activated protein kinases, MAPKs (subfamilies ERK1/2, JNK1/2, and p38MAPK), phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)/Akt (PKB or Akt) and glycogen synthase kinase-3? (GSK-3?) regulate a variety of intracellular events involved in the cell differentiation, survival and death and synaptic plasticity. Herein we quantified by Western blotting the phosphorylation and total levels of MAPKs (ERK1/2, JNK1/2, and p38MAPK), Akt and GSK-3? in the neocortex and hippocampus from male Swiss mice, 48 hours after the last injection of the kindling pentylenetetrazol procedure (PTZ, 35 mg/kg, i.p., on alternate days, in a total of 8 injections). The total levels of such protein kinases in the investigated structures were not altered by PTZ kindling. The total levels of MAPKs were unchanged in animals that did not develop convulsive seizures. The levels of JNK2 phosphorylation, but not JNK1 phosphorylation, increased in the hippocampus of animals with fewer days with convulsive seizures (1-3 days), and remained similar to controls in animals that had more than three days with convulsive seizures. The levels of ERK1/2 phosphorylation decreased in the neocortex and increased in the hippocampus of animals with 1 to 4 days with convulsive seizures and remained unchanged in animals that had more than 4 days with convulsive seizures. The phosphorylation levels of GSK-3? was increased in the neocortex, but not in the hippocampus, in animals with 0-3 days with convulsive seizures, and reduced drastically in animals with 4 or more days with convulsive seizures. A multiple linear regression analysis showed that 85% of the kindling progression variance is explained by the latencies for the first and the last days with convulsive seizures and the neocortical levels of GSK-3? phosphorylation. This analysis also showed that 87% of the variance in the latency for the last day with convulsive seizure is explained by the latency for the first days with convulsive seizure, kindling progression, neocortical GSK-3? phosphorylation and hippocampal Akt phosphorylation. Analyzing only the animals that developed kindling, we showed that the levels of total ERK1, total JNK1, ERK1 phosphorylation and JNK1 phosphorylation in the hippocampus were independently associated with the number of days with convulsive seizures. In the same group of animals, only the level of p38MAPK phosphorylation in the neocortex was positvely or negatively associated with the latency to the occurrence of convulsive seizure in the last stimulation day with PTZ. These findings suggest dissociation between the MAPKs, GSK-3? and Akt regional brain levels and the seizure threshold and kindling progression in mice. These results may contribute to explain the absence of clinically relevant anti-epileptogenic effects of drugs currently used to treat seizures.
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Análise de marcadores moleculares em roedores sul americanos tuco-tucos (CTENOMYIDAE: RODENTIA) do centro-oeste e do norte do Brasil

Leipnitz, Leonardo Trindade January 2016 (has links)
A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.
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Estabelecimento de relações evolutivas do grupo willistoni de Drosophila (Diptera, Drosophilidae) por meio de morfologia e marcadores moleculares combinados

Zanini, Rebeca January 2015 (has links)
O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.
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Avaliação da remodelação óssea após a interrupção do tratamento com bifosfonato por um período prolongado e seu efeito sobre a osseointegração /

Borges Filho, Fausto Frizzera. January 2012 (has links)
Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar as alterações no processo de remodelação óssea após a suspensão do tratamento com alendronato e sua influência sobre a osseointegração de implantes. Para isso, setenta ratas Wistar foram divididas em 2 grupos que receberam no dia 0 placebo (grupo controle-CTLE, n = 10) ou alendronato, na dose de 1 mg/kg (grupo teste, n = 60), uma vez por semana, por 120 dias. No dia 120 o tratamento com alendronato foi interrompido em 50 animais. Um implante de titânio foi instalado na metáfise tibial esquerda nos dias 0, 7, 14, 28 e 45 dias após a interrupção do tratamento (n=10 em cada período). O grupo CTLE e um grupo que continuou a receber o alendronato até o fim do experimento (grupo ininterrupto - INT, n=10) foram submetidos à cirurgia para instalação do implante no dia 120. Todos animais foram sacrificados 28 dias após a instalação dos implantes. Foram avaliados a densidade mineral óssea do fêmur e das vértebras lombares, os marcadores bioquímicos de remodelação óssea osteocalcina (OCN), propeptídeo aminoterminal do colágeno tipo I (P1NP), telopeptídeo carboxiterminal do colágeno tipo I (CTX) no dia da instalação do implante e no dia do sacrifício. O tecido ósseo ao redor dos implantes foi analisado de forma descritiva, e por meio da avaliação da quantidade de tecido ósseo em contato com a superfície do implante (BIC) e da área de tecido ósseo presente entre as roscas do implante (BAFO). Todos os grupos submetidos ao tratamento com alendronato apresentaram valores de densidade óssea significativamente maiores quando comparados ao grupo CTLE. Os marcadores de remodelação óssea apresentaram concentrações séricas menores no grupo teste, sendo que após a suspensão do tratamento com alendronato observou-se discreto aumento nos períodos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate bone turnover alterations after alendronate withdrawal and its influence on dental implants osseointegration. Seventy female Wistar rats were divided in 2 groups that received on day 0 either placebo (control group - CTLE, n = 10) or alendronate 1mg/kg (test group, n = 60) once a week for 120 days. At day 120 alendronate treatment was suspended for 50 animals. A titanium implant was placed in rats' left tibiae on days 0, 7, 14, 28 and 45 after alendronate withdrawal (n=10 for each period). CTLE group and a group that received alendronate until the end of the experimental period (non interrupted group - INT, n = 10) underwent implant placement surgery on day 120. All animals were euthanized 28 days after implant surgery. Bone mineral density (BMD) of femur and lumbar vertebrae and biochemical markers of bone turnover of serum collected on implant placement surgery's and euthanization's days were analyzed. Bone tissue around implants was submitted to descriptive analysis, bone-to-implant contact (BIC) and bone area fraction occupancy between implant threads (BAFO). All groups receiving alendronate showed higher BMD values when compared to CTLE group. Bone turnover markers presented decreased concentrations in test group. After alendronate withdrawal these values were slightly increased in the initials periods followed by another decrease in biomarkers concentrations in the late periods. No difference was 17 observed between groups for the BIC ratio. However group 45 days BAFO were statically significant lower than group 0 day. Although there was not difference in the bone quantity around implants, its quality was apparently compromised in the groups that received alendronate. The findings of this study demonstrated that alendronate... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Silvana Regina Perez Orrico / Coorientador: Gabriela Giro / Banca: Jamil Awad Shibli / Banca: Paulo Sergio Cerri / Mestre
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Resposta biológica do gastrópode antártico Nacella concinna (Strebel 1908) ao óleo diesel como possível biomarcador de impacto ambiental na zona entre as marés

Oliveira, Mariana Feijó de 06 August 2013 (has links)
Resumo: A Antártica é considerada a região mais preservada do planeta, embora venha sofrendo os impactos da presença humana na região. A queima e o vazamento de combustível fóssil na Antártica têm impactado seus ecossistemas, o que tem suscitado preocupações e motivado pesquisas na área de monitoramento ambiental. O presente estudo teve como objetivo verificar o efeito do óleo diesel, em quatro diferentes condições termo-salinas (0 e 4oC, e 35 e 25psu), sobre as respostas metabólicas do gastrópode antártico Nacella concinna, e o potencial uso dessas respostas como biomarcadores de poluição por diesel na zona entre marés. As atividades das enzimas glutationa redutase (GR), superóxido dismutase (SOD), catalase (CAT), glicose-6-fosfato desidrogenase (G6PDH), hexoquinase (HK), fosfofrutoquinase (PFK), lactato desidrogenase (LDH), citrato sintase (CS), malato desidrogenase (MDH), e arginase (ARG), foram determinadas nas brânquias e pé muscular. Os níveis de GR, SOD, CAT e glutationa S-transferase (GST), bem como lipoperoxidação (LPO) e carbonilação proteica (PCO), como marcadores de lesão oxidativa, foram determinados na glândula digestiva. A exposição ao óleo diesel modulou: a) positivamente os níveis de GR, SOD e LPO viscerais, GR branquial, CAT e HK muscular; b) negativamente os níveis de CAT e G6PDH branquial, bem como SOD, G6PDH e ARG no pé muscular. Grande parte das enzimas analisadas na glândula digestiva, brânquias e pé muscular de N. concinna foram moduladas por aquecimento, baixa salinidade, bem como por interações entre esses fatores e o diesel. Comparando os níveis enzimáticos dos animais do controle experimental com os do referencial da natureza, constatamos que diversas enzimas foram moduladas de forma distinta nesses dois grupos. Dentre as enzimas da defesa antioxidante analisadas, somente a GR branquial apresentou potencial biomarcador de exposição ao diesel. Já em relação ao metabolismo energético, apenas a HK muscular despontou como potencial biomarcador de exposição ao diesel.

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