Made available in DSpace on 2016-09-27T13:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-17. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:06Z : No. of bitstreams: 1 000864722.pdf: 2629115 bytes, checksum: 66c11f771d4567d46705749086273afb (MD5) / Os procedimentos durante a sexagem pelo citômetro de fluxo garantem a acuidade de 85%, mas causam danos na viabilidade espermática que levam a baixa taxa de prenhez após os 90 dias. Os objetivos dessa Dissertação foram: 1) caracterizar a expressão gênica diferencial em transcriptoma de espermatozoides congelados pelo método convencional, sexados por centrifugação em gradiente de densidade ou sexados por citometria de fluxo; 2) comparar as taxas de clivagem e de blastocistos produzidos in vitro de bovinos utilizando sêmen convencional, sexado por citometria de fluxo ou por centrifugação em gradiente de densidade. Os grupos experimentais para sêmen e embriões foram: 1) grupo controle: sêmen convencional submetido ao gradiente de PercollTM 45/90% e respectivos embriões produzidos com esse sêmen; 2) grupo gradiente: centrifugação em gradiente de densidade e respectivos embriões produzidos com esse sêmen; 3) grupo citometria: sêmen sexado pelo citometro de fluxo, submetido ao mini gradiente de PercollTM 45/90% e respectivos embriões produzidos com esse sêmen. O RNA total foi extraído dos espermatozoides (20 x 10 6 células) obtendo-se 400 ng RNA/ 20 x 10 6 células/ animal, ou seja, 20 fg RNA por espermatozoide. Entretanto, não foi posível a construção da biblioteca de cDNA, provavelmente, devido ao alto grau de degradação do RNA. Os Complexos cumulus oócito (COCs) classificados como graus 1, foram aspirados de folículos antrais de 3 a 8 mm de diâmetro a partir de ovários de abatedouros e maturados durante 18 horas em estufa a 38,5°C, 100% de umidade e atmosfera de 5% de CO2 em ar. Os oócitos maturados serão colocados em contato com os espermatozoides previamente preparados para fecundação e incubados por 20 horas em 5% de CO2, na temperatura de 38,5°C. Os prováveis zigotos serão lavados por três vezes em meio SOF (meio sintético de fluido de oviduto) sem SFB e sem glicose e cultivados e transferidos... / The procedures for sexing by flow cytometry guarantee the accuracy of 85%, but cause damage in sperm viability leading to lower pregnancy rate after 90 days of pregnancy. The objectives of this study were: 1) to characterize differential gene expression in transcriptome of spermatozoa frozen by conventional method, sexed by density gradient centrifugation, by flow cytometry. 2) Compare blastocyst and cleavageratesproduced in vitro by conventional semen sexed by flow cytometry and by density gradient centrifugation. The experimental groups for semen and embryos were: 1) control group: conventional semen subjected to PercollTM gradient of 45/90% and their embryos produced with this semen, 2) gradientgroup: centrifugation in density gradient and their embryos produced with this semen, 3) cytometry group: semen sexed by flow cytometer, subjected to PercollTMmini gradient 45/90% and their embryos produced with this semen. Total RNA was extracted from sperm (20 x 10 6 cells) and it was possible to extract 400 ngRNA/ 20x10 6 cells/animal or it means, 20 fg of RNA per spermatozoa. However cDNA libraries were not built, probably due a high RNA degradation. The cumulus oocyte complexes (COCs) were classified as grade 1, aspirated from antral follicles with 3-8 mm in diameter, ovariesfromslaughterhouse were used and matured for 18 hours in an incubator at 38.5°C, 100% humidity and atmosphere of 5% of CO2 in air. The matured oocytes are going to be placed in contact with the prepared spermatozoa for fertilization and incubated for 20 hours in 5% CO2 at a temperature of 38.5 °C. Presumptive zygotes are going to be washed three times in SOF (half synthetic oviduct fluid) without FBS and without glucose, cultivated and transferred to plates with four wells containing 500 ul of the same medium used for washing zygotes after fertilization. Embryonic development was evaluated 7-8 days after fertilization. The cleavage and blastocysts rates were ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:20Z : No. of bitstreams: 1 000866596_20170227.pdf: 233833 bytes, checksum: 2c738cd01d7640a577f6ea5e25f3fa56 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-03T11:01:26Z: 000866596_20170227.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-03T11:02:38Z : No. of bitstreams: 1 000866596.pdf: 2197624 bytes, checksum: b032f3601bdc8c34ac20dbc80393c8f5 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Este estudo é parte de uma proposta mais abrangente intitulada Cultivo do mapará e do camarão-da-amazônia em sistemas multiespaciais e multitróficos. Esta proposta é uma parceria entre o Centro de Aquicultura da Universidade Estadual Paulista (CAUNESP), a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo e Empresa Vale do Rio Doce (Parceria para Inovação Tecnológica - PITE). Na proposta inicial, mais abrangente e com diversos outros pesquisadores envolvidos, estavam previstas a execução de três subprojetos que tinham como objetivo final desenvolver conhecimento e tecnologia para desenvolver sistemas sustentáveis para a produção aquícola de mapará e do camarão-da-amazônia com uma abordagem ecossistêmica. Assim, a este estudo coube realizar, inicialmente, as primeiras tentativas de domesticar e transportar o mapará para viveiros de reprodutores localizados no CAUNESP. Por se tratar de uma proposta inédita de bioprospecção não era possível prever a resposta do mapará frente às tentativas de domesticá-lo, pois mesmo sendo intensamente explorado, não existia sequer uma única informação sobre seu cultivo. A espécie se mostrou extremamente sensível ao manejo, o que nos fez tentar substituir o transporte de reprodutores por tentativas de indução à desova de matrizes selvagens nos locais de desova (sendo este um dos temas desta tese desde o início). Assim, neste estudo, focamos em dois principais objetivos: o ciclo reprodutivo da espécie (manuscrito I) e a padronização de um protocolo para sua desova induzida (manuscrito II). Esta tese é então composta por dois manuscritos, sendo que o primeiro gerou informações para a execução do segundo. A escassez de informações e o problema com barragens na região do estudo nos levou a permear assuntos, necessários, mas não antes previstos, como a interrupção de rotas migratórias, o impacto da barragem sobre a população do mapará e sobre... / This study is part of a broader proposal entitled Culture of mapará and Amazon shrimp in multiespaciais and multitrophic systems. This proposal is a partnership between the Aquaculture Center of the São Paulo State University (CAUNESP), the Foundation for Research of the State of São Paulo and Company of Vale do Rio Doce (Partnership for Technological Innovation - PITE). In the original proposal, broader and with several other researchers involved it was planned to execute three subprojects, that had the main objective to develop knowledge and technology to develop sustainable systems for aquaculture production of mapará and amazon shrimp with an ecosystem approach. Thus, initially this study had to make, the first attempts to domesticate and transport mapará breeders to a pond located in CAUNESP. Since this is an unprecedented proposal for bioprospecting, it was not possible to predict the response of mapará on the attempts of domestication, because even being intensively explored, there was not even a single information about its cultivation. The specie proved to be extremely sensitive to handling, which made us try to replace the breeders transport by attempts to induce spawning of wild breeders in their natural spawning location (being this, one of the objetive of this thesis from the beginning). In this study we focus on two main objectives: the reproductive cycle of the species (manuscript I) and the standardization of a protocol for induced spawning (manuscript II). This study is than composed by two manuscripts, which the first generated information for the second. The lack of information and the problem with dams in the study region led us to approach others subjects, necessary but not predicted, such as the interruption of migratory routes, the dam impact on the population of mapará and about their reproductive biology. As a result, we found that the species presents reproductive peculiarities, because despite having ... / FAPESP: 010/51271-6 / FAPESP: 2011/18734-5 / CNPq: 140959/2011-4

Submitted by Aline Aparecida Silva Stella null (alineasstella@hotmail.com) on 2017-06-20T12:30:27Z No. of bitstreams: 1 DEFESA Aline Stella.pdf: 1152999 bytes, checksum: c574962c67c5ff1a6f1d0fe076226c04 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-21T13:44:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 stella_aas_me_jabo.pdf: 1152999 bytes, checksum: c574962c67c5ff1a6f1d0fe076226c04 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T13:44:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 stella_aas_me_jabo.pdf: 1152999 bytes, checksum: c574962c67c5ff1a6f1d0fe076226c04 (MD5) Previous issue date: 2017-05-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A mastite é a principal doença que acomete os rebanhos leiteiros e promove grandes perdas na produção devido a alterações na composição do leite e prejuízos na saúde do animal, aumentando assim os custos de produção. Caracteriza-se pela resposta inflamatória da glândula mamária a agentes infecciosos, alterando sua fisiologia e metabolismo. Estudo de expressão gênica vem sendo empregado em vários organismos com a finalidade de identificar genes relacionados com características economicamente importantes como resistência a doenças. Com o objetivo de compreender melhor os mecanismos de resposta imune envolvidos no fenótipo de resistência/susceptibilidade à mastite, foi realizada a quantificação da expressão relativa dos genes do Fator Estimulador de Colônias de Granulócitos 3 (CSF3) e Lactoperoxidase (LPO), em leite de búfalas mestiças saudáveis e com mastite, por meio da técnica de PCR quantitativa em tempo real (qRT-PCR). Para isso, foi realizada a extração de RNA total, com Trizol, de células somáticas do leite de doze animais diagnosticados com mastite e de doze animais livres da infecção. Foram realizadas análises de qualidade e quantificação do RNA total e das contaminações por DNA genômico para garantir a integridade das amostras. A quantificação da expressão gênica foi realizada por meio do método do Delta Delta Ct. Os genes GAPH, HPRT1, EEF1A1 e RPLP0, foram selecionados na literatura, e testados como genes de referência. As análises referentes às quantificações foram realizadas com os valores de Ct obtidos para cada gene. O gene CSF3 foi significativamente mais expresso em animais com mastite em comparação com animais sem mastite (P<0,001) e 5,14 vezes mais expresso na amostra alvo do que na amostra de referência. O CSF3 é uma citocina naturalmente produzidas e secretadas por uma grande variedade de células pertencentes ou não ao sistema imune. Desempenham importante papel na defesa do hospedeiro, já que regulam parte da atividade das células que participam da imunidade inata e específica, o que demonstra importância no seu uso no diagnóstico e prognóstico das mastites. O gene LPO expressa uma proteína sintetizada na glândula mamária por íons tiocianato (SCN-), originados por metabolismo hepático e peróxido de hidrogênio (H2O2), derivado da atividade dos leucócitos e outras células, para gerar produtos reativos com intensa atividade antimicrobiana. Esse foi 2,41 vezes mais expresso em animais com mastite em relação a animais sem mastite (p-valor = 0,097), não havendo diferença significativa, porém a mastite é uma doença multifatorial e afetada por muitos genes, sendo necessário mais estudos com animais em diferentes fases de infecção e incluindo outros genes para compreender o mecanismo de resposta imune relacionado a mastite.

Submitted by PAULA ANDRÉA SAMPAIO DE VASCONCELOS CARVALHO null (paulasvasconcelos@hotmail.com) on 2017-10-06T14:46:03Z No. of bitstreams: 1 tese pos defesa Paula Andréa Sampaio de Vasconcelos Carvalho.pdf1.pdf: 1988306 bytes, checksum: 46c0925bf8ca00155c63f2c83d48acac (MD5) / Rejected by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-10-09T17:38:04Z (GMT) / Submitted by PAULA ANDRÉA SAMPAIO DE VASCONCELOS CARVALHO null (paulasvasconcelos@hotmail.com) on 2017-10-18T21:09:07Z No. of bitstreams: 1 tese Paula Andréa Sampaio de Vasconcelos Carvalho.pdf com ficha.pdf: 2023210 bytes, checksum: 0f11f1ef3d125e88872b67188fcfff93 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-10-23T13:23:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carvalho_pasv_dr_bot.pdf: 2023210 bytes, checksum: 0f11f1ef3d125e88872b67188fcfff93 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-23T13:23:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carvalho_pasv_dr_bot.pdf: 2023210 bytes, checksum: 0f11f1ef3d125e88872b67188fcfff93 (MD5) Previous issue date: 2017-08-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O gênero Arachis possui 81, espécies distribuídas em nove seções taxonômicas, sendo o amendoim (A. hypogaea L.) a principal espécie, devido ao seu alto valor nutricional. O gênero possui também outras espécies de interesse econômico, que têm sido utilizadas em programas de melhoramento do amendoim (espécies da seção Arachis) e espécies forrageiras de outras seções do gênero. Com relação às demais espécies, o germoplasma da grande maioria está disponível para a caracterização e pode, sem dúvida, contribuir para seu uso futuro. O gênero Arachis é um dos poucos que produzem o resveratrol, uma fitoalexina que, além de ser uma resposta da planta contra estresses, também tem ação antioxidante, sendo indicado para prevenção de cânceres e cardiopatias. A avaliação do potencial de produção de resveratrol foi realizada somente em algumas espécies da seção Arachis, faltando avaliação em outras espécies do gênero e nos tetraploides sintéticos que estão sendo utilizados para facilitar a transferência de alelos de espécies silvestres para a cultivada. Assim, o objetivo desse trabalho foi ampliar o conhecimento sobre resveratrol no gênero Arachis. Para tanto foram analisados 21 acessos de espécies silvestres de cinco diferentes seções do gênero Arachis, oito poliploides sintéticos e três cultivares de amendoim. A produção de resveratrol em um conjunto menor de cinco espécies foi acompanhada também de avaliação da expressão do gene que codifica a enzima resveratrol sintase, RS, para entender a variação observada no teor de resveratrol entre as espécies. Tendo em vista que cada experimento foi realizado em uma época diferente do ano e de modo separado, não foi possível reunir todos os dados e fazer uma comparação entre eles. Em todos os experimentos foram avaliadas folhas submetidas a estresse abiótico por raios ultravioleta (UV), que foi o melhor indutor de síntese em dados de literatura. Os resultados mostraram que 21 acessos de 17 espécies das cinco seções são capazes de produzir resveratrol, sendo o maior teor detectado em A. lignosa, da seção Procumbentes. Em relação ao potencial de produção dos híbridos, foi verificado que a concentração de resveratrol na maioria dos anfidiploides sintéticos é significativamente maior em relação aos parentais silvestres diploides. Além disso, a concentração de resveratrol nos híbridos resultantes do cruzamento entre anfidiploides e A. hypogaea foi significativamente maior que nos anfidiploides, sugerindo que a combinação entre alelos de silvestres e do cultivado tem um efeito positivo no aumento do resveratrol. Em relação às análises moleculares, notou-se que a expressão do gene é imediata ao término da indução, seguindo de forma decrescente. Por outro lado, as concentrações de resveratrol são crescentes em relação ao passar do tempo de coleta após a indução por UV. Os resultados demonstram o potencial do gênero como fonte de resveratrol, seja via amendoim cultivado, por meio de introgressão de alelos silvestres utilizando-se anfidiploides, ou pelo uso per se dos acessos de espécies silvestres, incluindo de outras seções distantes do amendoim, como é a Procumbentes, da qual faz parte A. lignosa, que apresentou o maior teor de resveratrol no estudo. / The Arachis genus comprises 81 species divided into nine taxonomic sections, being peanut (A. hypogaea L.) the main species due to its high nutritional value. The genus also has other species of economic interest, which have been used in breeding programs for peanut (species of Arachis section) and to forage production. Regarding the other species of Arachis, germplasm of most of them is available and their characterization could undoubtedly contribute to their future use. Arachis genus is one of the few that produces resveratrol, a phytoalexin that is synthesized by the plant due to a stress and it is also a antioxidant that has been used to prevention of cancers and heart diseases. The resveratrol evaluation in Arachis was carried out mainly in Arachis hypogaea and in some species of the section Arachis, lacking the evaluation in other species of the genus and in the synthetic tetraploids that have been used to facilitate the transfer of alleles from wild species to the cultivated one. Therefore, the objective of this study was to increase the knowledge about resveratrol in the genus Arachis. Twenty one accessions of wild species from five different sections of the genus Arachis, eight synthetic polyploids and three peanut cultivars were analyzed. The production of resveratrol in a smaller set of five species was also accompanied of evaluation of resveratrol synthase to try to understand the variation observed in the resveratrol content among the species. Since each experiment was performed at a different time of year and separately, it was not possible to gather all the data and make a comparison between them. In all experiments, leaves treated with ultraviolet radiation (UV) were evaluated, which was the best inducer of synthesis in literature data. The results showed that 21 accessions of 17 species of the 5 sections are able to produce resveratrol, being the highest content detected in A. lignosa from Procumbentes section. It was verified that the concentration of resveratrol in the majority of the synthetic amphidiploids is significantly higher in relation to the diploid wild parents. In addition, the concentration of resveratrol in the hybrids resulting from the crossing between amphidiploids and A. hypogaea was significantly higher than in amphidiploids, suggesting that the combination of wild and cultivated alleles has a positive effect on the increase of resveratrol. It was noticed that the expression of the gene is immediate at the end of the induction, following in a decreasing way. On the other hand, the concentrations of resveratrol are increasing in relation to the time of collection after the induction of the material. The results demonstrate the potential of wild species of genus Arachis as a 10 source of resveratrol, either via cultivated peanuts, through introgression of wild alleles using amphidiploids, or through the use of wild species accesses, including from other sections distant from peanut, such as A. lignosa.

Orientador: Antonio Olavo Cardoso Jorge / Co-orientador: Márcia Sampaio Campos / Banca: Yasmin Rodarte Carvalho / Banca: Renata de Azevedo Canevari / Resumo: O entendimento da reabsorção do rebordo residual (RRR) pode fornecer uma base científica importante para melhorar tratamentos restauradores e terapêuticos de pacientes edêntulos. O presente estudo teve como objetivo principal buscar marcadores moleculares envolvidos com a remodelação óssea no tecido ósseo proveniente de mandíbulas que sofreram a extração dos dentes remanescentes em período inferior a dois meses (no qual a RRR é mais intensa). O grupo de amostras analisadas no estudo foi composto por cinco indivíduos que sofreram extração dentária na área operada há menos de dois meses e por um paciente que sofreu extração dentária na área operada há mais de cinco anos, que foi usado como calibrador. Todos os pacientes tiveram os seus dados clínicos anotados e a radiografia panorâmica dos pacientes foi utilizada para realização de traçados para avaliação de características anatômicas previamente relacionadas com RRR. O RNA das amostras foi extraído e apresentaram pureza entre 1,8 e 2,0. A síntese de cDNA foi realizada pela técnica do qRT-PCR. Para as análises quantitativas, todas as reações foram realizadas em placas customizadas de 96 poços específicas para PCR em tempo real, utilizando iniciadores de 40 genes envolvidos no metabolismo ósseo. Levando-se em consideração o nível de expressão e a menor variação entre os genes de referência, HPRT1 foi o gene escolhido como normalizador. A média da idade dos indivíduos foi de 53,8 ± 5,6 anos e apenas um dos sujeitos da pesquisa era do gênero feminino. Em todas as amostras analisadas, ocorreu maior presença de genes-alvo sub-expressos (em verde), seguidos dos super-expressos (em vermelho) e dos moderadamente expressos (em preto). Foi observada intensa atividade de remodelação óssea nos pacientes com remodelação óssea inicial, os quais apresentavam grande heterogeneidade individual na expressao de genesde formação e reabsorção óssea. No.... / Abstract: The understanding of residual ridge resorption (RRR) can provide an important scientific basis for improving restorative and therapeutic treatments of edentulous patients. The present study aimed to seek molecular markers involved in bone remodeling in bone tissue from jaws that suffered the extraction of remaining teeth in less than two months period (in which the RRR is more intense).The group of samples analyzed in this study was composed of five individuals who underwent tooth extraction operated in less than two months by area and one patient who underwent tooth extraction operated in the area for more than five years , which was used as calibrator. All patients had their recorded clinical data and panoramic radiographs of patients was used to perform set for evaluation of anatomical features previously related to RRR. The RNA samples were extracted and presented purity between 1.8 and 2.0. The preparation of cDNA was performed by qRT-PCR. For quantitative analysis, all reactions were performed at optical plates 96 wells for specific real-time PCR using primers of 40 genes involved in bone metabolism. Taking into account the level of expression and the lowest variation among the reference genes, HPRT1 was chosen as the normalizing gene. The mean age of subjects was 53.8 ± 5.6 years and only one of the subjects were female. In all samples, the greater presence of target genes underexpressed (green), followed by overexpressed (red) and moderately expressed (black) occurred. Intense activity of bone remodeling was observed in patients with initial bone remodeling, which had great individual heterogeneity in gene expression of bone formation and resorption. However, no significant correlations between clinical and laboratory findings for this group of patients / Mestre

Orientador: Gilberto Uemura / Coorientador: Angelo Gustavo Zucca Matheus / Banca: José Ricardo Paciência Rodrigues / Banca: Mariângela Esther Alencar Marques / Banca: daniel Guimarães Tiezzi / Banca: ivo Carelli Filho / Resumo: INTRODUÇÃO: Estudos moleculares do carcinoma de mama, baseados na identificação do perfil de expressão gênica por meio do cDNA microarray, permitiram definir subtipos distintos: luminal (A, B e híbrido), superexpressão de HER2 e triplo negativo. Painéis imunoistoquímicos têm sido propostos para a identificação destes subtipos, buscando reproduzir com certa aproximação os perfis de expressão gênica. A ultrassonografia é uma importante modalidade de imagem na caracterização dos tumores de mama e, consequentemente, na morfologia das lesões malignas. OBJETIVO: Diferenciar os subgrupos moleculares descritos quanto às suas características morfológicas ultrassonográficas. SUJEITOS E MÉTODOS: Este trabalho constitui-se em estudo clínico, de caráter analítico e prospectivo. Foram avaliadas 279 lesões mamárias com o diagnóstico de carcinoma ductal invasivo no Centro de Avaliação em Mastologia (CAM) do Departamento de Ginecologia, Obstetrícia e Mastologia da Faculdade de Medicina de Botucatu - UNESP no período de 2010 a 2013. RESULTADOS: As principais características ultrassonográficas associadas aos subtipos moleculares foram: a) luminal - pleomórficos, tecido ao redor do tumor espessado, margem não circunscrita, ausência de microcalcificações em seu interior, efeito acústico posterior ausente ou presença de sombra, presença de halo ecogênico e orientação não paralela a pele; b) triplo negativo - ovais e circunscritos, tecido ao redor do tumor normal, ausência de microcalcificações em seu interior, efeito acústico posterior ausente ou presença de reforço, limites abruptos e orientação mais paralela a pele; c) HER2 - pleomórficos, apresentarem tecido ao redor do tumor normal, margem não circunscrita, presença de microcalcificações em seu interior, serem heterogêneos, ausência de efeito acústico posterior, limites abruptos e orientação não paralela a pele; c) HER2 - pleomórficos, ... / Abstract: INTRODUCTION: Breast cancer molecular studies are usefull to define distinct subtypes based on the identification of gene expression by cDNA microarray profile: luminal (A, B and hybrid), HER2 overexpression and triple negative. Immunohistochemical panels have been reported for identification of these subtypes with similarity with profiles of gene expression. Ultrasonography is an important imaging procedure in the characterization of breast tumors by the morphology of malignant lesions. OBJECTIVE: Differentiate the molecular subgroups described through sonographic morphologic characteristics. SUBJECTS AND METHODS: The present study is clinical, analytical and prospective. It was performed in the period from 2010 to2013 - 279 breast lesions were diagnosed with invasive ductal carcinoma at Centro de Avaliação em Mastologia (CAM) of the Department of Obstetrics, Gynecology and Breast Unit, Faculty of Medicine of Botucatu. RESULTS: The main sonographic features associated with molecular subtypes were: a) luminal - pleomorphic, thickened tissue around the tumor, no circumscribed margins, absence of microcalcifications, absent posterior acoustic shadowing effect, presence of echogenic halo and no parallel orientation to the skin; b) triple negative - oval and circumscribed lesions, normal tissue around the tumor, absence of microcalcifications, absence of posterior acoustic enhancement effect, sharp boundaries and parallel orientation the skin; c) HER2 - pleomorphic, normal tissue around the tumor, no circumscribed margins, presence of microcalcifications, heterogeneous, absent posterior acoustic effect, sharp boundaries and no parallel orientation to the skin. CONCLUSION: Statistically significant differences were found between distinct sonographic features and immunohistochemical subtypes studied / Doutor

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: Eleni Gomes / Banca: Mariana Carina Frigieri / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Resumo: A análise de mineração de dados genômicos de Mesorhizobium sp. revelou a presença de uma ORF de 1257pb contendo o gene mesoamp, que codifica uma proteína de 418 aminoácidos. A sequência de aminoácidos deduzida apresenta 50% de identidade com uma amino-peptidase termoestável de Thermus thermophilus, membro da família de peptidase M29, e oito assinaturas caraterísticas das metalo-protease termofílicas foram encontrados. O gene mesoamp foi clonado e expresso em Escherichia coli. A massa molecular da proteína foi avaliada por SDS-PAGE e filtração em gel, o que indicou que a proteína apresenta 45,72kDa e 88,05kDa, respectivamente, sugerindo uma estrutura dimérica da enzima recombinante. A enzima foi nomeada como MesoAmp. Em seguida realizou-se a modelagem 3D estrutural, que mostrou uma região de dimerização e uma região de ligação ao substrato altamente conservada contendo os resíduos de ligação a metais e o resíduo catalítico. A enzima apresentou atividade ótima em pH 8,5 e temperatura de 45°C, foi fortemente ativada por Co2+ e Mn2+, nestas mesmas condições de reação, a enzima apresentou Km e Kcat de 0,2364±0,018mM e 712,1±88,12seg-1, respectivamente. Além disso, foi verificado uma notável estabilidade da enzima em solventes orgânicos e elevadas concentrações de NaCl, além de um alto grau de reutilização sem perda apreciável de atividade o que torna MesoAmp única, este trabalho estabelece as bases para potenciais aplicações biotecnológicas e/ou o desenvolvimento de tecnologias su... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genomic data mining analysis of a Mesorhizobium sp. revealed the presence of a 1257-bp open reading frame containing the Mesoamp gene, which encodes a protein of 418 amino acids. The deduced amino acid sequence was 50% identical to the thermostable amino-peptidase from Thermus thermophilus, a member of peptidase family M29, and eight fingerprints signatures for a thermophilic metalloprotease were found. The mesoamp gene was cloned and overexpressed in Escherichia coli. The molecular mass of the protein was assessed by SDS-PAGE and gel filtration, which indicated the protein weighs 45.72kDa and 88.05kDa, respectively, suggesting a dimeric structure of the recombinant enzyme. The enzyme was designated as MesoAmp. The 3D structural modeling showed a dimerization region with highly conserved catalytic and binding metal residues. The enzyme exhibited optimum activity at pH 8.5 and 45°C and was strongly activated by Co2+ and Mn2+ . Under these reaction conditions, the enzyme displayed Km and Kcat values of 0.2364±0.018mM and 712.1±88.12seg-1, respectively. Additionally, the remarkable stability of the enzyme in organic solvents, its activity at high concentrations of NaCl and the high degree of reuse without appreciable loss of activity makes MesoAmp unique. In summary, this work lays the foundation for potential biotechnological applications and/or the development of environmentally friendly technologies and describes the first solvent and halo-tolerant amino-peptidases ident... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernanda da Cruz Landim / Coorientador: João Pessoa Araujo Junior / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: Fabiana Ferreira Sousa / Banca: Felipe Perecin / Banca: Cláudia Barbosa Fernandes / Resumo: Este experimento objetivou analisar o padrão de expressão do mRNA de SOX2, STAT3 e GBX2 em embriões bovinos produzidos in vitro nos estádios de blastocisto (E7) e blastocisto eclodido (E10). O RNA foi extraído de embriões em cada fase do desenvolvimento embrionário (n=7) e da massa celular interna (MCI) e epiblasto isolados por imunocirurgia de 20 embriões (n=20). A expressão do mRNA foi obtida por transcriptase reversa seguida da reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR), quantificada pelo método da curva padrão e normalizada pela média geométrica de GAPDH, YWHAZ e SDHA. Os dados de cinco replicatas foram analisados por ANOVA seguido de comparações, aos pares, pelo teste de Tukey. A expressão relativa do mRNA de SOX2 foi significativamente maior em blastocistos (E7) do que em blastocistos eclodidos (E10) (P<0,05), sendo que a expressão na MCI foi 40X maior do que a obtida no blastocisto inteiro (P<0,05). A expressão relativa do mRNA de STAT3 3 não diferiu entre blastocistos (E7) e blastocistos eclodidos (E 10) (P>0,05). Não houve diferença entre blastocisto eclodido (E10) e epiblasto para SOX2 e STAT3 (P>0,05). Comparando-se o nível relativo de mRNA de GBX2 entre blastocistos (E7) e MCI e blastocisto eclodido (E10) e epiblasto não foi detectada diferença (P>0,05), sendo que MCI e epiblasto corresponderam a aproximadamente 90% da expressão observada nos embriões em suas respectivas fases de desenvolvimento. Portanto, com o desenvolvimento do blastocisto, há a tendência do aumento dos níveis de mRNA de STAT3 e SOX2 nas células pluripotentes do epiblasto; o nível de mRNA de GBX2 se mantém constante em blastocistos, com alta expressão em células pluripotentes / Abstract: This experiment aimed to analyze the pattern of expression of the mRNA of SOX2, STAT3 and GBX2 in in vitro produced bovine embryos at stages of blastocyst (E7) and hatched blastocyst (E10). The RNA was extracted from embryos at each stage of embryonic development (n= 7) and from the inner cell mass (ICM) and epiblasts isolated from 20 embryos by immunosurgery. The expression of mRNA was obtained by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (real-time qPCR), quantified by the standard curve method and normalized by geometric mean of genes YWHAZ, SDHA and GAPDH. The data from five replicates were analyzed by ANOVA followed by comparisons, in pairs by Tukey test. The relative expression levels of SOX2 mRNA was significantly higher in blastocysts (E7) than in hatched blastocysts (E10) (P<0.05), whereas that the expression in MCI was 40X greater than the expression obtained in blastocyst (P< 0.05). The relative expression of STAT3 mRNA did not differ between blastocysts (E7) and hatched blastocysts (E 10) (p>0.05). There was no difference between blastocyst hatched (E10) and epiblasts for SOX2 and STAT3. By Comparing the relative level of GBX2 mRNA between blastocysts (E7) and ICM and blastocyst hatched (E10) and epiblasts no difference was detected (P>0.05), ICM and epiblasts corresponded to approximately 90% of expression observed in embryos in their respective stages of development. Therefore, with the development of the blastocyst, there is a tendency for increased levels of STAT3 and SOX2 mRNA in the pluripotent cells of epiblasts; the level of GBX2 mRNA is constant in blastocysts with high expression in pluripotent cells / Doutor

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Batista / Coorientador: Andrea de faria FernandesBelone / Coorientador: Ana Paula Fávaro Trombone Garlet / Banca: Luciane Dias-Melicio / Resumo: A doença de Jorge Lobo é uma infecção crônica, que afeta a pele e tecidos subcutâneos, cujo agente etiológico é o fungo Lacazia loboi. Dependendo da localização das lesões, pode ser classificada como localizada, multifocal ou disseminada e no que diz respeito aos aspectos imunológicos, estudos relatam predominância do perfil Th2 nos pacientes, além de maior frequência de células positivas para TGF-β e IL-10 no infiltrado inflamatório presente nas lesões. Porém, com a descoberta de outros perfis como Treg e Th17, outras subpopulações podem estar envolvidas na imunopatogênese da doença. Diante disso, com o intuito de explicar a imunorregulação entre estas subpopulações, este estudo teve por objetivo avaliar o papel das células Treg, Th1, Th2 e Th17, por meio da expressão de mRNA. No total, 114 amostras [pacientes portadores de lesão única (55), pacientes portadores de lesões múltiplas (47) e controles saudáveis (12)] foram avaliadas quanto a expressão gênica de alvos relacionados aos perfis Th1 (T-bet, IFN-γ), Th2 (GATA3, IL-5, IL-4, IL-13, IL-33), Th17 (IL-17F) e T regulatório (TGF-β1, FoxP3, CTLA4, IL-10). Os resultados obtidos neste estudo demonstraram expressão significativamente maior de TGF-β1, IL-10, CTLA4, FoxP3, T-bet e IL-17F, e significativamente menor de GATA3 e IL-4 em todos os portadores da doença avaliados. Adicionalmente, ao avaliar a expressão entre os grupos de lesão única (forma localizada) e lesões múltiplas (formas multifocais e disseminadas), TGF-β1 e IL-5 apresentaram expressão significativamente maior nos pacientes com lesão única e múltiplas, respectivamente. Em resumo, constatamos que a ação desta população está relacionada à capacidade de inibir a resposta antifúngica modulando principalmente a expressão de citocinas envolvidas na proteção, tais como, IFN-γ e IL-17F / Abstract: Jorge Lobo's disease is a chronic disease that affect the skin and subcutaneous tissues, whose etiologic agent is the fungi Lacazia loboi. Depending on localization of lesions, it can be classified as localized, multifocal or disseminated. In respect to immunologic aspects, previous studies show the predominance of Th2 profile in patients, in addition to more frequent TGF-β and IL-10 positive cells in the inflammatory infiltrate present in lesions. However, the increased understanding about T regulatory (Treg) and Th17profiles suggest that other subpopulation of cells can be involved in the immunopathogenesis of Jorge Lobo's disease. Aiming at explaining the immunoregulation caused by these subpopulations, this study had as objective to evaluate the role of Treg, Th1, Th2 and Th17, through mRNA expression. A total of 114 samples [single lesion patients (55), multiple lesion patients (47) and healthy controls (12)] were evaluated by gene expression of targets associated to Th1 (T-bet, IFN-γ), Th2 (GATA3, IL-5, IL-4, IL-13, IL-33), Th17 (IL-17F) and T regulatory (TGF-β1, FoxP3, CTLA4, IKZF2, IL-10) profiles. The results obtained in this study demonstrated significant higher expression of TGF-β1, IL-10, CTLA4, FoxP3, T-bet and IL-17F, and significant lower expression of GATA3 and IL-4 in all patients. Additionally, the expression comparing single lesions (localized form) and multiple lesions (multifocal and disseminated forms) patients showed significant higher levels of TGF-β1 and IL-5, respectively, in single and multiple lesions patients. In summary, the role of the Treg population is associated with inhibition of the antifungal activity, thus modulating mainly the expression of cytokines associated protection against fungal infection, such as IFN-γ and IL-17F / Mestre

Orientador: Raquel Mantuanelli Scarel Caminaga / Banca: Silvana Regina Perez Orrico / Banca: Joni Augusto Cirelli / Banca: Raquel Alves dos Santos / Banca: Mario Taba Junior / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a expressão gênica de indivíduos portadores de diabetes mellitus tipo 2 (DM2, compensados e não compensados metabolicamente), dislipidemia e/ou periodontite crônica, e avaliar se tais alterações metabólicas apresentam efeito mutagênico. Cento e cinquenta pacientes, divididos em 5 grupos (grupo 1 - diabetes descompensado, com dislipidemia e com doença periodontal; grupo 2 - diabetes compensado, com dislipidemia e com doença periodontal; grupo 3 - sem diabetes, com dislipidemia e com doença periodontal; grupo 4 - sem diabetes, sem dislipidemia e com doença periodontal; e o grupo 5 - sem diabetes, sem dislipidemia e sem doença periodontal), foram avaliados quanto ao exame periodontal completo, exame físico e avaliação laboratorial da glicemia de jejum e perfil lipídico. De cada paciente foi coletado sangue para investigar a expressão gênica e as lesões no DNA. A avaliação da expressão gênica foi realizada por microarray e validada por RT-qPCR (Transcrição Reversa seguida de Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real, ou quantitativo). As lesões no DNA foram avaliadas por meio do teste do micronúcleo. Os dados foram submetidos à análise bioinformática e estatística. Para verificar os resultados obtidos pelo microarray, os Grupos 1, 2 e 3 foram submetidos a comparações por pares. As análises de RT-qPCR confirmaram a expressão diferencial dos genes HLA-QA1, PDCD6, TRDV3, PPAP2B, HLA-DQB1, RIN3, VCAN, PPIC e SLC6A13. As frequências de micronúcleos foram significativamente mais elevadas em pacientes afetados por pelo menos uma das doenças sistêmicas, em comparação com aqueles sistemicamente saudáveis. Concluímos que foram identificados genes diferencialmente expressos em indivíduos portadores de DM2 também afetados por dislipidemia e periodontite crônica. Os resultados do micronúcleo confirmaram ser este teste útil como biomarcador para lesões no DNA, e demonstraram... / Abstract: The aim of this study was to evaluate the gene expression in individuals with type 2 diabetes (T2D, poor and well-controlled diabetics), dyslipidemia, and/or chronic periodontitis, and to assess whether these metabolic changes have mutagenic effect. One hundred and fifty patients were divided into 5 groups (group 1 - poor controlled diabetes with dyslipidemia and periodontal disease; group 2 - well-controlled diabetes with dyslipidemia and periodontal disease; group 3 - without diabetes with dyslipidemia and periodontal disease; group 4 - without diabetes, without dyslipidemia and with periodontal disease; and group 5 - without diabetes, dyslipidemia and periodontal disease), and were assessed a complete periodontal and physical examination, and laboratory evaluation of fasting glucose and lipid profile. From each patient, blood was collected to investigate gene expression and DNA damage. The gene expression was evaluated by microarray analysis and validated by RTqPCR (Polymerase Chain Reaction Real-Time, or quantitative). The DNA damage was evaluated using the micronucleus test. Data were subjected to statistical and bioinformatics analyses. To verify the results obtained by microarray, the Groups 1, 2 and 3 were submitted to pair comparisons. The RT-qPCR analysis confirmed the differential expression of HLA-QA1, PDCD6, TRDV3, PPAP2B, HLA-DQB1, RIN3, VCAN, PPIC and SLC6A13 genes. Significantly higher micronuclei frequencies were found in patients affected by any of the systemic diseases in comparison with the ones systemically healthy. We concluded that differentially expressed genes were identified in individuals with type 2 diabetes, dyslipidemia and chronic periodontitis. The results of the micronucleus confirmed that this test is useful as biomarker for DNA damage, and demonstrated that the three pathologies occurring simultaneously promoted an additional role in the production of DNA damage. / Doutor