Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-08T16:44:15Z No. of bitstreams: 1 2016_PatriciaMariaFritsch_Parcial.pdf: 434999 bytes, checksum: d804f99dc14943754f9ab44bbad28e70 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-20T21:45:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_PatriciaMariaFritsch_Parcial.pdf: 434999 bytes, checksum: d804f99dc14943754f9ab44bbad28e70 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T21:45:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_PatriciaMariaFritsch_Parcial.pdf: 434999 bytes, checksum: d804f99dc14943754f9ab44bbad28e70 (MD5) / A Doença Celíaca (DC) é uma desordem sistêmica, imunomediada, desencadeada pelo consumo do glúten e suas prolaminas relacionadas (gliadina e glutenina) em indivíduos geneticamente predispostos. A doença combina fatores genéticos e ambientais para promover inflamação, dano na mucosa intestinal e o quadro clínico observado no doente celíaco. Uma vez presente na dieta do doente celíaco, a gliadina e seus fragmentos peptídicos entram em contato com as células da barreira epitelial intestinal e desencadeiam a resposta inflamatória antes mesmo que esses peptídeos atinjam a lâmina própria para iniciarem a resposta mediada pelo reconhecimento via MHC de classe II e seus alelos predisponentes HLA-DQ2 e DQ8. O tratamento baseado na dieta livre de glúten e o diagnóstico da DC estão bem estabelecidos. Entretanto o evento inicial da resposta inflamatória, a patogênese iniciada na barreira epitelial imediatamente após a interação com a gliadina e seus peptídeos ainda precisam ser elucidadas. Na tentativa de contribuir para a entendimento dos mecanismos de disparo da patogênese da DC, o presente trabalho propõe analisar a interação inicial da gliadina e seus peptídeos em células epiteliais Caco-2 e observar a modulação gênica, a produção de citocinas pró-inflamatórias e o estresse oxidativo mediados por essa interação. Nesse sentido, células Caco-2 foram cultivadas e estimuladas com LPS, gliadina e peptídeos imunogênicos e tóxicos da gliadina p56-88, p57-68, p69-82, p31-49, p57-68E65 e p69-82E72 por 6, 24 e 48 horas. O produto dessa interação e a modulação gênica produzida foram avaliados por qPCR e por dosagens do óxido nítrico e das citocinas pró-inflamatórias produzidas em cada tempo analisado. A gliadina e seus peptídeos imunogênicos foram tão eficientes quanto LPS em produzir inflamação nas células Caco-2, modulando a expressão de transcritos gênicos das citocinas pró-inflamatórias, principalmente de IL-1, IL-6, IL-8 e IL-15 especialmente nos tempos de 24 e 48 horas de interação, além de modularem a expressão do gene TLR-4. Para confirmar estes dados, a dosagem elevada de óxido nítrico e das citocinas IL-6, IL-21, IL-2, IL-8 e TNF-α evidenciou a presença de uma resposta inflamatória induzida pelas interações estudadas. Após análise dos dados, podemos inferir que a gliadina intacta ou seus peptídeos modularam a resposta inflamatória em células Caco-2, tal como observado in vivo no doente celíaco. Observamos que o receptor TLR-4 pode apresentar um papel importante na patogênese da DC, principalmente no reconhecimento da gliadina e seus peptídeos no evento inicial da resposta imunológica desencadeada pela célula epitelial intestinal. Os resultados sugerem que TLR-4 poderá representar uma nova rota de entrada da gliadina e seus derivados para a lâmina própria intestinal, contribuindo para o entendimento desta lacuna na patogênese da doença. / Celiac disease is a systemic, immunomomediated disorder, triggered by the ingestion of gluten and its related prolamins (gliadin and glutenin) in genetically predisposed individuals. In celiac disease, genetic and environmental factors are combined to promote inflammation, damage of the intestinal mucosa and the characteristic clinical manifestations of celiac patients. Once present in the celiac patient´s dietary gliadin and its fragments interact with cells from the epithelial intestinal barrier, and initiate an inflammatory response even before reaching the lamina propria. This process is mediated by specific MHC-II molecules’ recognition, HLADQ2/ DQ8. Both the treatment, based on a gluten free diet, and the diagnosis of celiac disease are well established. However, the initial inflammatory response which takes place in the epithelial intestinal barrier immediately after the interaction between the intestinal cells, gliadin, and its peptides, still need to be elucidated. To contribute to the understanding of this mechanisms, this work intends to analyse the initial interaction between gliadin, its immunogenic peptides, and Caco-2 cells, by studying the differences in gene expression, inflammatory cytokines production and the oxidant stress. Caco-2 cells were cultured and exposed to LPS, gliadin and its immunogenic peptides P56-88, P57-68, P69-82, P31-49, P57- 68E65 and P69-82E72 for 6, 24 and 48 hours. The products of these interactions were evaluated using qPCR, to analyze the differential expression of target mRNAs, and by dosing the production of Nitric oxide and pro-inflammatory cytokines at the stipulated times. Our results showed that gliadin and its immunogenic peptides were as efficient as LPS in activating an immune response in Caco-2 cells. They all promoted oxidative stress, transcription of IL-1, IL-6, IL-8 e IL-15 and production of the cytokines IL-6, IL-21, IL-2 e IL-8, mainly after 24 and 48 hours of challenge. We could also observe high levels of TNF- α cytokine and TLR4 transcripts. After analyzing our data, we could infer that both gliadin and its peptides could modulate the inflammatory response in Caco-2 cells, which is consistent with what is observed in vivo in celiac patients. We noticed that TLR-4 receptor can have an important role in the pathogenesis of celiac disease, mainly during the initial phase of the inflammatory response when gliadin and its peptides are recognized after the interaction with epithelial intestinal cells. This receptor could also be involved in the interiorization of gliadin and its peptides, contributing to the understanding of this gap in the pathogenesis of celiac disease.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-11-25T14:47:40Z No. of bitstreams: 1 2015_FlaviaZattarPiazera.pdf: 5140389 bytes, checksum: 90224636e1ced48a74926f8c49f65060 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-05-27T14:32:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_FlaviaZattarPiazera.pdf: 5140389 bytes, checksum: 90224636e1ced48a74926f8c49f65060 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T14:32:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_FlaviaZattarPiazera.pdf: 5140389 bytes, checksum: 90224636e1ced48a74926f8c49f65060 (MD5) / A Leucemia Linfocítica Crônica (LLC) é a neoplasia linfoide crônica mais comum na população ocidental. Assim, várias pesquisas têm sido desenvolvidas para elucidação dos fatores genéticos envolvidos na biologia e progressão da LLC. Alterações epigenéticas têm se mostrado cada vez mais relevantes na gênese de vários tumores e em especial nas neoplasias linfóides agudas e crônicas, e tem como características básicas não causar modificações na sequência do DNA. A metilação de histonas é um dos principais e mais estudados eventos epigenéticos. A família SETD é composta por 10 genes que codificam proteínas com domínio SET. Este domínio está envolvido na metilação de resíduos de lisina em histonas e proteínas não histonas. Até o momento, desconhece-se a relação de genes da família SETD com a leucemogênese da LLC. No presente estudo, foi realizada a avaliação de expressão relativa dos genes da família SETD em 59 amostras de sangue periférico de pacientes portadores de LLC e 10 controles normais através da técnica de PCR em tempo real. O perfil de expressão comparativa dessa família de genes foi correlacionado com as informações clínicas, citogenéticas, imunofenotípicas e hematológicas de maior relevância prognóstica dos pacientes. Notamos que a hipoexpressão do geneSETD1Aapresenta-se correlacionado com instabilidade cromossômica. O gene SETD2 apresentou elevada contagem de leucócitos no grupo de alta expressão, inferindo elevada massa tumoral. A superexpressão do gene SETD5 define um marcador de progressão da doença devido a elevada contagem de leucócitos nos pacientes do grupo de baixa expressão associado a anormalidades citogenéticas. O gene SETD6 apresentou hipoexpressão nos portadores de LLC em relação aos controles. O gene SETMAR apresentou-se hiperexpresso nos portadores de LLC em relação aos controles. Entretanto, no grupo de pacientes com baixa expressão a contagem leucocitária mostrou-se elevada estando associado a predominância de anormalidades citogenéticas e baixa contagem plaquetária. Sugerimos que nos portadores de LLC, a hipoexpressão do gene SETMAR esteja associada com instabilidade cromossômica e progressão da massa tumoral (aumento da leucocitose). Concluímos que os genes da família SETD possam futuramente ser considerados marcadores evolutivos da LLC. / The Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common chronic lymphoid malignancy in the western population. Thus, several studies have been developed to elucidate the genetic factors involved in biology and progression of CLL. Epigenetic changes have been shown to be increasingly important in the genesis of various tumors and especially in acute and chronic lymphoid malignancies, and its basic features do not cause changes in the DNA sequence. The histone methylation is one of the leading and most studied epigenetic events. The SETD family consists of 10 genes encoding proteins with SET domain. This domain is involved in methylation of lysine residues on histones and non-histone proteins. So far, unknown whether the genes ratio SETD family with the leukemogenesis LLC. In the present study, we evaluatedthe expression of all SETD family genes in peripheral blood from 59 CLL patients and 10 healthy donors by real time PCR. The expression profile of this gene family was correlated with the most relevant clinical, cytogenetic, immunophenotypic and hematologic prognostic factors of CLL patients. We note that hipoexpressionofSETD1A gene correlated with chromosomal instability.SETD2 gene expression was associated with a high white blood cell count in a dicotomized group of patients with high expression this gene, implying high tumor mass formation when SETD2 is over-expressed. In addition, overexpression of the gene SETD5 sets a marker of disease progression due to higher leukocyte count in patients in the low expression group associated with cytogenetic abnormalities. In the other hand, gene SETD6 was significantely downregulated in patients with CLL compared to controls. Finally, SETMAR gene was found to be upregulated in patients with CLL compared to controls. However, in patients with low expression of SETMAR, we found an increase in leukocyte count as well as in the predominance of cytogenetic abnormalities and low platelet count. We suggest that in patients with CLL, the low expression of SETMAR is associated with chromosomal instability and progression of the tumor mass (increased leukocytosis). We conclude that SETD family genes can be considered future evolutionary markers for CLL.

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-07-03T15:32:36Z No. of bitstreams: 1 ThaisDeAlmeidaRatisRamos_DISSERT.pdf: 5907109 bytes, checksum: 89a190289f7aa32aedb29f2dff662907 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-07-11T13:58:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ThaisDeAlmeidaRatisRamos_DISSERT.pdf: 5907109 bytes, checksum: 89a190289f7aa32aedb29f2dff662907 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-11T13:58:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ThaisDeAlmeidaRatisRamos_DISSERT.pdf: 5907109 bytes, checksum: 89a190289f7aa32aedb29f2dff662907 (MD5) Previous issue date: 2018-05-11 / A criação de enciclopédias de expressão gênica possibilita a compreensão de grupos de genes que são co-expressos em diferentes tecidos e o entendimento de grupos gênicos conforme suas funções e origem. Devido à enorme quantidade de dados em larga escala, gerados em projetos de transcriptômica, houve uma demanda intensa em usar técnicas fornecidas pela inteligência artificial, que tornou-se amplamente utilizada na bioinformática. A aprendizagem não supervisionada é a tarefa de aprendizagem de máquina que analisa os dados fornecidos e determina os objetos que podem ser agrupados. Foi construída uma ferramenta amigável chamada CORAZON (Correlation Analyses Zipper Online), que implementa 3 algoritmos de aprendizagem de máquina não supervisionada (mean shift, k-means e hierárquico), 6 metodologias de normalização (Fragments Per Kilobase Million (FPKM), Transcripts Per Million (TPM), Counts Per Million (CPM), log base-2, normalização pela soma dos valores da instância e normalização pelo maior valor de atributo para cada instância) e uma estratégia para observar a influência dos atributos, para agrupamento de dados de expressão gênica. Os desempenhos dos algoritmos foram avaliados através de 5 modelos comumente usados para validar metodologias de agrupamento, cada um composto por 50 conjuntos de dados gerados aleatoriamente. Os algoritmos apresentaram acurácia variando entre 92-100%. Em seguida, a ferramenta foi aplicada para agrupar tecidos, obter conhecimentos evolutivos e funcionais dos genes, com base no enriquecimento de processos biológicos, e associar com fatores de transcrição. Para selecionar o melhor número de clusters para o k-means e o hierárquico, foram utilizados o critério de informação bayesiana (BIC), seguido da derivada da função discreta e a Silhueta. No hierárquico foi adotado o método do Ward. No total, 3 bases de dados (Uhlen, Encode e Fantom) foram analisadas e, em relação aos tecidos, foram observados grupos relacionados a glândulas, tecidos cardíacos, musculares, relacionados ao sistema reprodutivo e grupos com um único tecido, como testículo, cérebro e medula óssea. Em relação aos grupos de genes, foram obtidos vários grupos com especificidades em suas funções: detecção de estímulos envolvidos na percepção sensorial, reprodução, sinalização sináptica, sistema nervoso, sistema imunológico, desenvolvimento de sistemas e metabólicos. Também foi observado que geralmente grupos com mais de 80% de genes não codificantes, mais de 40% dos seus genes codificantes são recentes, originados em Mammalia e a minoria é do clado Eukaryota. Por outro lado, grupos com mais de 90% de genes codificantes, mais de 40% deles apareceram em Eukaryota e a minoria em Mammalia. Estes resultados mostram o potencial dos métodos do CORAZON, que podem ajudar na análise de grande quantidade de dados genômicos, possibilitando associações dos processos biológicos com RNAs não codificantes e codificantes agrupados juntos, bem como a possibilidade do estudo da história evolutiva. CORAZON está disponível gratuitamente em http://biodados.icb.ufmg.br/corazon ou http://corazon.integrativebioinformatics.me. / The creation of gene expression encyclopedias possibilities the understanding of gene groups that are co-expressed in different tissues and comprehend gene clusters according to their functions and origin. Due to the huge amount of data generated in large-scale transcriptomics projects, an intense demand to use techniques provided by artificial intelligence became widely used in bioinformatics. Unsupervised learning is the machine learning task that analyzes the data provided and tries to determine if some objects can be grouped in some way, forming clusters. We developed an online tool called CORAZON (Correlation Analyses Zipper Online), which implements three unsupervised machine learning algorithms (mean shift, k-means and hierarchical) to cluster gene expression datasets, six normalization methodologies (Fragments Per Kilobase Million (FPKM), Transcripts Per Million (TPM), Counts per million (CPM), base-2 log, normalization by the sum of the instance's values and normalization by the highest attribute value for each instance), and a strategy to observe the attributes influence, all in a friendly environment. The algorithms performances were evaluated through five models commonly used to validate clustering methodologies, each one composed by fifty randomly generated datasets. The algorithms presented accuracies ranging between 92-100%. Next, we applied our tool to cluster tissues, obtain gene’s evolutionarily knowledgement and functional insights, based on the Gene Ontology enrichment, and connect with transcription factors. To select the best number of clusters for k-means and hierarchical algorithms we used Bayesian information criterion (BIC), followed by the derivative of the discrete function and Silhouette. In the hierarchical, we adopted the Ward’s method. In total, we analyzed three databases (Uhlen, Encode and Fantom) and in relation to tissues we can observe groups related to glands, cardiac tissues, muscular tissues, tissues related to the reproductive system and in all three groups are observed with a single tissue, such as testis, brain and bone-narrow. In relation to the genes clusters, we obtained several clusters that have specificities in their functions: detection of stimulus involved in sensory perception, reproduction, synaptic signaling, nervous system, immunological system, system development, and metabolics. We also observed that clusters with more than 80% of noncodings, more than 40% of their coding genes are recents appearing in mammalian class and the minority are from eukaryota class. Otherwise, clusters with more than 90% of coding genes, have more than 40% of them appeared in eukaryota and the minority from mammalian. These results illustrate the potential of the methods in CORAZON tool, which can help in the large quantities analysis of genomic data, possibiliting the potential associations analyzes between non-coding RNAs and the biological processes of clustered together coding genes, as well as the possibility of evolutionary history study. CORAZON is freely available at http://biodados.icb.ufmg.br/corazon or http://corazon.integrativebioinformatics.me.

Made available in DSpace on 2018-07-27T18:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-09-30. Added 1 bitstream(s) on 2018-07-27T18:30:18Z : No. of bitstreams: 1 000866601.pdf: 1192960 bytes, checksum: b230a294adc85fc16f62c1b42c3673a6 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi verificar o efeito de diferentes meios e tempos de refrigeração sobre o desenvolvimento e expressão gênica de embriões bovinos produzidos in vitro. Para tanto, blastocistos D7 foram divididos em três grupos: controle, embriões mantidos em meio SOFaa, em incubadora de CO2, por 6 e 48h; refrigerados, embriões mantidos a 5 °C, em Meio 199, por 24 (M199-24h) e 48h (M199-48h) ou em meio BotuEmbryo®, por 24 (BE-24h) e 48h (BE-48h). Após a refrigeração, os embriões foram cultivados sob as mesmas condições do grupo controle para avaliação da viabilidade embrionária às 6 e 48h, e das taxas de reexpansão e eclosão, às 24 e 48h, respectivamente. Às 6h de cultivo parte dos embriões foi retirada e armazenada para posterior análise de qPCR e TUNEL. Menor porcentagem (P<0,05) de blastocistos viáveis, às 6 e 48h, foi observada no grupo M199-48 em relação ao grupo controle. A taxa de reexpansão não diferiu entre os embriões refrigerados e o grupo controle, porém, menor (P<0,05) taxa de eclosão foi observada nos grupos M199-48h e BE-48h do que no grupo controle. Maior (P<0,05) porcentagem de células apoptóticas foi observada no grupo BE-48h do que nos grupos controle e BE-24h. Os meios e tempos utilizados não alteraram a expressão dos genes HSPA1A, PRDX1, SOD1 e SLC2A1. Portanto, de modo geral, o meio e o tempo de refrigeração não promoveram efeito potencial adverso sobre a viabilidade embrionária, taxa de reexpansão e eclosão, número de células apoptóticas e expressão gênica, sugerindo o emprego do meio BotuEmbryo®, o qual é disponível comercialmente / This study was carried out to investigate the effects of different media and cooling times on the development and gene expression of in vitro-derived bovine embryos. Therefore, blastocysts D7 were divided into three groups: control, embryos kept in SOFaa medium, under CO2 incubation, for 6, 24 and 48 hours; cooled embryos, kept in Medium 199, for 24 (M199-24h) and 48 hours (M199-48h) or in BotuEmbryo® medium, for 24 (BE-24h) and 48 hours (M199-48h). After cooling, the embryos were cultured under the same conditions used for the control group for evaluation of embryo viability at 6 and 48 hours, and of re-expansion and hatching rates, at 24 and 48 hours, respectively. At 6h of culture part of the embryos was removed and stored for later analysis of qPCR and TUNEL. Low percentage (P<0.05) of viable blastocysts, at 6 and 48 hours, was observed in group M199-48h than for control group. Re-expansion rate did not differ between cooled embryos and control group, however, lower (P<0.05) hatching rate was observed in M199-48h and BE-48h groups than for control group. Higher (P<0.05) percentage of apoptotic cells was found in BE-48h compared with control and BE-24h groups. Media and cooling times used did not alter the expression of genes HSPA1A, PRDX1, SOD1 and SLC2A1. Thus, overall, medium and cooling time did not promoted potential adverse effect on the embryonic viability, re-expansion and hatching rate, number of apoptotic cells and gene expression, suggesting the use of BotuEmbryo® medium, which is commercially available / FAPESP: 13/15905-9

Orientador: Marilia de Freitas Calmon / Coorientador: Paula Rahal / Banca: Carolina Colombelli Pacca / Banca: Sebastião Roberto Taboga / Resumo: O Papilomavirus humano (HPV) é um dos vírus mais prevalentes entre as infecções sexualmente transmissíveis e está associado com doenças malignas. Os HPVs de alto risco possuem proteínas, denominadas de E6 e E7, caracterizadas como oncoproteínas devido aos seus papéis na transformação celular e na inativação de supressores de tumor. Um dos mecanismos usados na transformação celular pela proteína E6 do HPV de alto risco é a interação do seu domínio carboxi-terminal, PDZ, com domínios PDZs presentes em algumas proteínas celulares, destinando-as à degradação. Uma proteína que está associada com várias condições patológicas e tem domínio PDZ é a protease HtrA1. Esta proteína é pouco expressa em alguns cânceres, sugerindo um papel supressor de tumor. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito da superexpressão de HTRA1 em linhagem celular HPV16 positiva (HF698) e HPV negativa (C33). As linhagens celulares foram transfectadas com vetor contendo a ORF de HTRA1 ou vetor vazio. A superexpressão do mRNA e proteína foi confirmada por qPCR e imuno-histoquímica, respectivamente. As linhagens celulares transfectadas foram submetidas a ensaio de formação de colônia, de viabilidade celular, de apoptose e ciclo celular. As células C33 superexpressando HtrA1 formaram significantemente menos colônias e apresentaram redução de viabilidade celular comparadas as células sem expressão de HtrA1. Diferentemente, na linhagem HPV positiva ocorreu aumento no número de colônias nas células superexpressando HtrA1 e não houve diferença no ensaio de viabilidade celular. Esses resultados sugerem que os diferentes padrões observados nas duas linhagens celulares são decorrentes da presença do HPV na HF698 e da ausência na C33. A fim de confirmar se o aumento do número de colônias nas células HF698 superexpressando HtrA1 é decorrente da interação dessa proteína com E6, foi produzida linhagem estável de C33 com ... / Abstract: The Human Papillomavirus (HPV) is one of the most prevalent virus among sexually transmitted infections and it is associated with some malignancies. High risk HPVs contain proteins, E6 and E7, characterized by oncoproteins due to their roles in cellular transformation and suppressor tumor inactivation. One of the mechanisms used in cell transformation by E6 protein from high-risk HPVs is the interaction of its carboxy-terminal domain, known as PDZ, with PDZs domains present in some cellular proteins, triggering them to degradation. A protein that is associated with various pathological conditions and has PDZ domain is the protease HtrA1. This protein is poorly expressed in some cancers, suggesting its tumor suppressor role. The aim of this study was to evaluate the effect of the HtrA1 overexpression in HPV 16 positive (HF698) and HPV negative (C33) cell lines. The cell lines were transfected with vector containing the HTRA1 ORF or empty vector. The mRNA and protein overexpression were confirmed by qPCR and immunohistochemical, respectively. The cell lines transfected were subjected to cell proliferation, viability, apoptosis and cell cycle assays. C33 cells expressing HtrA1 presented significantly fewer colonies and showed reduced viability than cells without HtrA1 expression. On the other hand, in HPV-positive cell line there was an increase in the number of colonies in cells expressing HtrA1 and there was no difference in the cell viability assay. These results suggest that the different patterns observed between the two cell lines studied may be due to the HPV presence in HF698 and its absence in C33 cells. To confirm if the increase in the number of colonies in HPV positive cells (HF698) overexpressing HtrA1 arises from the interaction of this protein with E6, stable lines of C33 containing gene E6 were produced and subsequently performed cell proliferation assay. C33 cells overexpressing E6 and HTRA1 showed an increased number of ... / Mestre

Orientador: Fernanda da Cruz Landim / Resumo: As células-tronco mesenquimais (CTM) representam uma atrativa ferramentapara a medicina regenerativa, a engenharia de tecidos e a terapia celular. Naespécie bovina, as pesquisas sobre a caracterização de CTM ainda são raras,principalmente utilizando-se o tecido adiposo como fonte de obtenção. Com oobjetivo de isolar e caracterizar CTM derivadas do tecido adiposo de bovinos,foram utilizadas amostras de seis vacas e isoladas CTM por meio de digestãoenzimática e cultivo celular em monocamada. As células em primeira (P0) eterceira passagem (P3) foram, então, submetidas a caracterizaçãoimunofenotípica por citometria de fluxo. A diferenciação osteogênica eadipogênica foi avaliada microscopicamente após 10 dias de indução e porqPCR em tempo real após 3 e 15 dias de indução. Foram obtidas célulasfibroblastóides e aderentes ao plástico. Estas apresentaram, na citometria defluxo, marcação positiva para CD44 (86,6 % em P0 e 76,6 % em P2) e vimentina(82,48 % em P2), baixa marcação de CD34 (8,7 % em P0 e 1,8 % em P2) emarcação negativa para MHC II (2,1 % em P0 e 2,3 % em P2). Na avaliaçãomicroscópica, todas as amostras responderam positivamente às diferenciaçõesnas linhagens osteogênica e adipogênica, além de apresentarem expressão deosteopontina e colágeno tipo I e PPAR-γ, respectivamente, pelo qPCR em temporeal. Não foi observada a expressão de osteocalcina em nenhuma amostrasubmetida a indução osteogênica. Os resultados obtidos indicam o tecidoad... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T20:49:46Z : No. of bitstreams: 1 bovolenta_la_me_botib.pdf: 1243263 bytes, checksum: ae0c358db6c21782ceadf7284345fd8a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fatores de transcrição são proteínas que interagem com sequências nucleotídicas específicas situadas nas regiões promotoras de genes e, através dessa interação, regulam a transcrição dos genes. Devido a essa função reguladora, a identificação e a caracterização da rede de interações entre fatores de transcrição e seus genes alvos são importantes por que essa rede representa o arcabouço molecular através do qual os estímulos ambientais são convertidos em expressão diferencial dos genes. Como essa expressão diferencial, por sua vez, determina o comportamento da célula em resposta a um certo estímulo, a rede de interações de regulação transcricional pode, portanto, fornecer uma compreensão sistêmica de como os comportamentos celulares emergem a partir dos estímulos ambientais. A primeira etapa para a construção de uma rede de regulação transcricional consiste na coleta de dados relacionados às interações entre os fatores de transcrição e seus genes alvos. Porém, como esses dados são encontrados de forma dispersa na literatura ou em bancos de dados pagos, essa etapa demanda muito tempo. Com o objetivo de centralizar esses dados de forma a facilitar sua coleta e, consequentemente, a construção da rede de interações de regulação transcricional, desenvolvemos um banco de dados relacional chamado Human Transcriptional Regulation Interaction Database (HTRIdb). Desenvolvido em PostgreSQL e Java, o HTRIdb contém uma coleção de milhares de interações de regulação transcricional experimentalmente verificadas em seres humanos que podem ser acessadas e obtidas gratuitamente por toda a comunidade científica. Além do acesso gratuito e livre permissão para a obtenção dos dados, o HTRIdb oferece... / Transcription factors are proteins that interact with specific nucleotide sequences located in promoter regions of genes and, through this interaction, regulate gene transcription. Due of this regulatory function, the identification and characterization of the network of interactions between transcription factors and their target genes are important since this network represents the molecular framework that explains how environmental stimuli are converted into differential expression of genes. This network provides a systemic understanding of how cellular behaviors emerge from the environmental stimuli. The first step for the transcriptional regulatory network construction is the collection of data about interactions between transcription factors and their target genes. This step is very time-consuming as these data are found dispersed on the literature or in commercial databases. In an effort to provide researchers with a repository of transcriptional regulatory interactions from which such interactions can be directly and easily extracted, we developed a relational database called the Human Interaction Database Transcriptional Regulation (HTRIdb). HTRIdb was implemented using PostgreSQL and Java and contains a collection of thousands of experimentally verified human transcriptional regulation interactions. HTRIdb can be freely accessed by the scientific community and offers a visualization tool for the regulatory network and provides a communication interface between users and developers to enhance... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-01-30Bitstream added on 2014-06-13T18:09:18Z : No. of bitstreams: 1 avaca_js_me_araiq.pdf: 1586941 bytes, checksum: 07a6c5702a63cebb17218e18a8aa2449 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste trabalho foi realizado o isolamento do cDNA e do gene que codifica a proteína semelhante à Pho85p de Saccharomyces cerevisiae, em Neurospora crassa. Um fragmento de 1,1 kb correspondendo à seqüência nucleotídica do gene em N. crassa foi amplificado e confirmado por sequenciamento, o qual foi utilizado no rastreamento de uma biblioteca de cDNA de N. crassa, resultando em um plasmídeo contendo a ORF que codifica a Ncpho85 e as seqüências upstream e downstream à ORF. Este inserto foi seqüenciado, a ORF isolada apresentou 1014 bp, a região upstream contém 304 bp e a downstream 561 nucleotídeos. Após sequenciamento do cDNA, a seqüência polipeptídica da proteína foi comparada com outras proteínas semelhantes à Pho85p de fungos miceliares, leveduriformes além de S. cerevisiae. Esta ORF isolada foi utilizada no rastreamento de uma biblioteca genômica de N. crassa, possibilitando o isolamento de um plasmídeo contendo a seqüência genômica, o qual foi submetido a sequenciamento. No inserto foi possível confirmar a presença do intron (de 89 bp) no nucleotídeo 69, confirmando os dados existentes no banco de dados de N. crassa. A expressão do gene foi analisada ao longo do crescimento do fungo, em diferentes meios de cultivo, através de experimentos de Northern blot. A presença de duas bandas de hibridização, uma de 2,2 kb e uma 2,7 kb foi observada em todos os experimentos realizados. Um pico de expressão dos dois transcritos ocorreu no tempo de 12 horas, sendo mais evidente para o transcrito de menor tamanho, o qual seria o transcrito do cDNA isolado anteriormente. Resultados preliminares da expressão da proteína ao longo do crescimento do fungo foram obtidos por Western blot. Apenas uma banda da proteína foi observada, a qual apresentou o tamanho aproximado de 40 kDa, próximo ao tamanho da proteína NcPHO85, deduzida a partir da seqüência do cDNA. / In this study we performed the isolation of the cDNA and the gene that codes for the Pho85p-like protein from Saccharomyces cerevisiae in Neurospora crassa. A fragment of 1.1 kb corresponding to the nucleotide sequence of the gene from N. crassa was amplified by PCR and confirmed by DNA sequencing. This fragment was used to screen a N. crassa cDNA library resulting in a plasmid containing the ORF plus and the upstream and downstream regions. The insert from the plasmid was sequenced and the ORF showed to have 1014 bp, whereas the upstream and downstream regions had 304 bp and 561 bp, respectively. After sequencing the cDNA, the polypeptide sequence was compared to the same protein from mycelial fungi and yeasts. The isolated ORF was used to screen a N. crassa genomic library leading to the isolation of a plasmid containing the genomic sequence. After DNA sequencing the insert showed the presence of an intron (89 bp) starting at nucleotide 69. This result was in agreement with the information from the N. crassa database. Gene expression analysis during the vegetative growth in different media was performed by Northern blot. Two hybridization bands were observed in the experiments, one of 2.2 kb and another one of 2.7 kb. The maximum expression of both transcripts happened at 12 h of growth, this was more pronounced for the smaller transcript, which probably is the transcript of the isolated cDNA. Preliminary results of protein expression during vegetative growth were obtained by Western blot analysis. Only one band with approximately 40 kDa was observed, the expected size for the NcPHO85 protein sequence deduced from the cDNA sequence. In order to evaluate the role of this protein in glycogen metabolism and in other cellular functions in N. crassa we started the gene inactivation.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-10-16T15:05:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 939004 bytes, checksum: 91690f8ed614b34a151ed34ced32bb7e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-16T15:05:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 939004 bytes, checksum: 91690f8ed614b34a151ed34ced32bb7e (MD5) Previous issue date: 2011-03-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O presente trabalho teve por objetivo estudar as respostas fisiológicas e morfológicas de células de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 aos estresses ácido e por sais biliares, alem de identificar e realizar análises filogenética e de expressão de genes possivelmente relacionados a esses estresses. Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 não cresce em caldo MRS pH 3,5 entretanto, células mantidas neste meio por quatro horas toleram o estresse ácido, como demonstrado por curvas de sobrevivência. A maior tolerância da bactéria aos sais biliares mistos e a menor ao ácido glicodeoxicólico são características de L. delbrueckii UFV H2b20 submetida a estes estresses, em estudo in vitro. A análise da morfologia das células por Microscopia de Força Atômica (MFA) mostrou que os estresses ácido e por sais biliares provocaram alterações na morfologia da célula - a superficie da parede se apresentou rugosa com acentuada redução na dimensão correspondente à altura, em todas as condições de estresse testadas. Em conjunto, os resultados demonstram caracteristicas de respostas fisiológicas de L. delbrueckii UFV H2b20 aos estresses ácido e por sais biliares desejáveis e necessárias em bactéria probiótica, ou seja, resistir e sobreviver em condições similares às prevalecentes no trato gastrointestinal (TGI) de humanos. Os genes clpP, clpE, clpL e cle de L. delbrueckii UFV H2b20, cujos produtos pertencem ao complexo proteolítico Clp apresentaram alta identidade de sequência, variando de 96 a 97 % com as de Lactobacillus delbreuckii subsp. bulgaricus ATCC 11842. As árvores filogenéticas reconstruídas por Inferência Bayesiana mostraram os genes clpP, clpL e clpE agrupados com os de L. delbreuckii subsp. bulgaricus ATCC 11842. As exposições das células aos meios MRS pH 3,5, MRS contendo O,l % de sais biliares mistos e a MRS contendo O,l % de ácido glicodeoxicólico por 30 e 60 minutos aumentaram a expressão dos quatro genes, enquanto a exposição a ácido taurodeoxicólico aumentou apenas a do gene clpL. Considerando o envolvimento dos genes clpP, clpL, clpE e cle nas respostas aos estresses ácido e por sais biliares infere-se que a atividade do complexo proteolítico Clp pode representar mecanismo de reparo e/ou degradação de proteínas danificadas pelas condições de estresse analisadas neste estudo. Os genes codificadores de ornitina descarboxilase e de permease de aminoácido identificados em L. delbrueckii UFV H2b20 agruparam na reconstrução filogenética com os de L. delbreuckii subsp. bulgaricus ATCC 11842, sendo de 96 a 98 % a identidade das sequências. O aumento da expressão do gene que codifica a ornitina descarboxilase após a exposição das células por 30 e 60 minutos em MRS pH 3,5, meio rico, mostra o envolvimento deste gene na resposta ao estresse ácidoem L. delbrueckii UFV H2b20 e evidencia que a proteína codificada por esse gene é a envolvida na regulação do pH intracelular. Sugere- se a descarboxilação de aminoácidos como mecanismo de adaptação à condição de acidez do meio. Com o estudo da expressão dos genes spx, dps e pax, todos envolvidos no estresse oxidativo em L. delbrueckii H2b20, caracterizou-se base molecular envolvida no fenômeno de proteção cruzada in vitro ao constatar-se a sobreposição e a inespecificidade de genes aos estresses investigados. Particularmente, o aumento da expressão do gene dps após exposição das células aos meios MRS pH 3,5 e MRS contendo 0,1 % de ácido glicodeoxicólico foi interpretado como mecanismo de proteção do DNA a acidez interna das células. No presente estudo, bases fisiológicas e moleculares que possibilitam a probiose por L. delbrueckii UFV H2b20 ficam esclarecidas no que tange à existência de mecanismos para sobrevivência e persistência em condições presentes no TGI de humanos. / The objective of this work was to study the physiological and morphological responses of Lactobacillus delbrueckiz' UFV H2b20 to acid and bile salts stress and to identify and accomplish phylogenetic and expression analysis of genes related to these stress. Lactobacz'llus delbrueckiz' UFV H2b20 does not grown MRS broth pH 3.5, however, cells treated in this medium for four hours tolerate acid stress, as demonstrated bysurvivalcurves. This bacterium is more tolerant to mixed bile salts and less tolerant to glycodeoxycolic. Analysis of cell morphology by atomic force microscopy (AFM) showed that acid stress and bile salts caused changes in cell morphology - the wall surface became rough and reducted in height, in all stress conditions tested. The results demonstrate that L. delbrueckz'z' UFV H2b20 may resist similar conditions prevailing in the gastrointestinal tract of humans. The genes clpP, clpE, clpL and cle of L. delbrueckz'z' UFV H2b20, whose products belong to the Clpproteolytic complex showed high sequence identity, ranging from 96 to 97% with those of Lactobacillus delbreuckiz' subsp.bulgaricus ATCC 11842. Phylogenetic treesreconstructedbyBayesian inferenceshowedthegenes clpP, clpE and clpL grouped with the genes of L.delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842. The expression increase of the clpP, clpE, clpL and clegenesin L. delbrueckz'z' UFV H2b20 in response to acid and bile salts stress was observed after 30 and 60 minutes. The exposure of cells to MRS pH 3,5, MRS containing 0,1 % mixed mixed bile salts and MRS containing 0,1 % glycodeoxycolic acid for 30 and 60 minutes increased the expression of four genes, while exposure to taurodexycolic acid increased the expression of clpL alone. The involvement of clpP, clpE, clpL and cle in the responses to acid stress and bile salts showed that the activity of the Clp proteolytic complex may represent the mechanism of repair and/or degradation of proteins damaged by the stress conditions analyzed in this study. The genes encoding ornithine decarboxylase and amino acid permease identified in L. delbrueckz'z' UFV H2b20 grouped in phylogenetic reconstruction with those of L. delbreuckiz' subsp. bulgarz'cus ATCC 11842, with 96 to 98% identity of sequences. The expression of the gene encoding omithine decarboxylase increased after exposing the cells for 30 and 60 minutes in MRS pH 3.5, a rich medium, an evidence of the involvement of this gene in acid stress response in L. delbrueckiz' UFV H2b20 and also that the protein encoded by this gene is involved in the regulation of intracellular pH. It is suggested that the decarboxylation of amino acids as a mechanism for adaptation to acid stress. The molecular basis of the cross protection phenomenon was characterized by the expression of pr, dps and pox, all involved in oxidative stress response. There are overlaps and inespecifity in the expression of those genes to stress investigated. The increased in dps expression following exposure to pH 3.5 to 0,1 % glycodexycolic acid was interpreted as a DNA protective mechanism to low internal cell acidity. In this study, physiological and molecular basis that enable probiose in L. delbrueckz'z' UFV H2b20 are clarified with regard to the existence of mechanisms for survival and persistence under conditions present in the human gut.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-25. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:17:00Z : No. of bitstreams: 1 000864285.pdf: 2759439 bytes, checksum: 7135a8f61ee29b84b93a0f8f1e4fb0b9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Linfoma de Hodgkin clássico (LHc) é uma neoplasia maligna que apresenta um padrão aberrante de expressão de citocinas, incluindo IL-10 e TNF-a. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes codificadores de IL-10 e TNF-a ou de suas proteínas regulatórias, como NFkB, podem interferir na patobiologia do LHc. No presente estudo, SNPs nas regiões promotoras dos genes de IL-10 (SNP/pIL-10 -592, rs1800872; e SNP/pIL-10 -1082, rs1800896) e TNF-a (SNP/pTNF-a -238, rs361525; e SNP/pTNF-a -862, rs1800630), assim como na região intrônica do gene NFkB1 (SNP/iNFkB1, rs1585215) foram genotipados em 73 pacientes com LHc e avaliados em relação à sua associação com parâmetros prognósticos clínicos e laboratoriais da doença. SNPs/pIL-10 AA foram significativamente associados a maiores contagens de leucócitos e menores valores de linfócitos ao diagnóstico. No caso de TNF-a, SNP/pTNF-a -238 AG foi associado à presença de infecção pelo EBV enquanto SNP/pTNF-a -862 CC apresentou-se mais frequentemente com leucocitose. SNP/iNFkB1 AA associaramse à doença em estádio IV e padrão extranodal de apresentação. Entretanto, nenhum dos SNPs avaliados teve efeito no desfecho do tratamento. Esse estudo mostrou que alguns genótipos de SNPs nos genes de IL-10 e TNF-a estão associados a parâmetros prognósticos no LHc. Adicionalmente, pela primeira vez foram descritas associações entre SNP/iNFkB1 (rs1585215) e aspectos clínicos da doença / Classic Hodgkin lymphoma (cHL) is a malignant lymphoid neoplasia that shows aberrant expression of cytokines, including IL-10 and TNF-a. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes encoding IL-10 and TNF-a or their regulatory proteins, such as NFkB, may impact cHL pathobiology. In this study, SNPs in the promoter regions of genes encoding for IL-10 (SNP/pIL-10 -592, rs1800872; and SNP/pIL-10 -1082, rs1800896), and TNF-a (SNP/pTNF-a -238, rs361525; and SNP/pTNF-a -862, rs1800630), as well as in the intronic region of the NFkB1 gene (SNP/iNFkB1, rs1585215) were genotyped in 73 patients with cHL and evaluated against clinical and laboratory prognostic parameters for the disease. SNPs/pIL-10 AA were significantly associated with higher leukocyte and lower lymphocyte counts at diagnosis. In case of TNF-a, SNP/pTNF-a -238 AG was associated with EBV infection while SNP/pTNF-a -862 CC presented more frequently with leukocytosis. SNP/iNFkB1AA generally had stage IV and extranodal disease at diagnosis. Nonetheless, none of the studied SNPs had effect on on treatment outcome. This study shows that some SNPs genotypes for IL-10 and TNF-a genes are associated with prognostic parameters in cHL; furthermore, this is the first time that the SNP/iNFkB1 (rs1585215) was implicated in clinical features of the disease