Le genre Flavivirus regroupe plus de 70 espèces dont plusieurs sont des pathogènes humains de première importance responsables dans les formes les plus graves de manifestations hémorragiques ou d’encéphalites parfois mortelles. L’absence de traitements antiviraux spécifiques et l’augmentation croissante des flaviviroses, surtout dans les régions tropicales, justifient un effort de recherche et développement pour lutter contre ces maladies.Ce travail a abordé deux aspects de l’infection à flavivirus : un aspect épidémiologique et un aspect plus fondamental sur l’immunité innée et les contremesures flavivirales. L’étude épidémiologique a été menée en collaboration avec le CENETROP (Centro national de enfermedades tropicales) de Bolivie grâce à la contribution de l’IRD. De par l’analyse des différentes souches circulantes dans ce pays, elle a permis une meilleure compréhension de l’épidémiologie de la dengue et de la fièvre jaune et nous a fait prendre conscience de la variabilité génétique de ces virus. Devant le peu de données répertoriées en Bolivie, nos travaux serviront de référence pour comprendre les épidémies futures, peut-être améliorer les techniques de diagnostic et permettre le développement de stratégies de prévention adaptées et l’amélioration des politiques de lutte contre la fièvre jaune en Amérique du Sud. La cohabitation entre le virus et l’hôte immunocompétent est le résultat d’un équilibre subtil entre le taux de réplication virale et la clairance du système immunitaire pour garantir la survie des deux espèces. Chacun a évolué en développant des mécanismes de défenses contre l’autre. Notre second travail visait à analyser l’influence de la protéine flavivirale non structurale NS1 sur la réponse interféron de l’hôte. L’identification de stratégies virales d’évasion face à l’immunité de l’hôte et l’analyse de leurs fonctions dans l’infection virale permettrait de mieux comprendre le système immunitaire ainsi que l’interaction virus–hôte. Ceci aiderait au développement de nouvelles stratégies antivirales afin de traiter les pathologies associées à ces arbovirus. / The Flavivirus genus consists of sevevral human pathogens responsible for hemorragic syndrome or encephalitis. The absence of specific antiviral treatment and an increase in Flavivirus incidence has led to a greater research effort in fighting these diseases. The study takes an epidemiological and a fundamental approach in its analysis of the innate immune response to flavivirus infection as well as flaviviral adaptation to evade this response. The analysis of circulating strains in Bolivia has led to a better understanding of dengue and yellow fever and also an awareness of their genetic variability. Given the limited information available in Bolivia, our studies could be used as a reference to understand future epidemics, improve diagnostic methods and allow the development of prevention strategies to fight against yellow fever in south Africa. The relationship between virus and host results from a subtle balance between viral replication and immunity clearance allowing the survival of both species. Each one as developed defence mechanisms against the other. We also examined the role of the non structural protein NS1 in the interferon respons to Flaviviral infection. Knowledge on viral escape strategies from host immunity could help to develop antiviral treatment for these arbovirus diseases

Avec plus de 20% de morts annuels dus aux maladies infectieuses, celles-ci restent un sujet majeur de santé publique. Des maladies d’origine virale (ré)émergent suite aux changements environnementaux, climatiques et sociétaux : le virus Ebola, la Dengue ou, plus récemment, le virus Zika. Dans ce contexte, il est donc aujourd’hui crucial de développer des vaccins efficaces et sûrs contre les infections virales émergentes. Ce projet de thèse vise à mettre en place une nouvelle stratégie de production de vaccins vivants atténués ciblant les virus à ARN en travaillant sur le virus de la fièvre jaune (genre Flavivirus). Après une analyse génomique qui a permis d’approfondir une technique de modification des virus appelée « ré-encodage », des mutants de la fièvre jaune ont été produits puis caractérisés in vitro et in vivo. En parallèle, un modèle rongeur de la fièvre jaune a été développé et a permis de tester in vivo à la fois l’innocuité et l’efficacité vaccinale des virus ré-encodés. / Despite recent considerable improvements, infectious diseases remain a major issue for public health, with an estimated 20% of annual deaths caused by infections. Among them, viral diseases (re)emerge following environmental, climatic and societal changes: Ebola, Dengue and Zika viruses have recently been the object of special attention. The development of safe and efficient vaccines against emerging viruses is a major challenge for global public health. This thesis work is in line with this issue. Using the yellow fever virus (YFV, genus Flavivirus) as a model, we tried to define new strategies for the design of live-attenuated vaccines for viral infections prevention. After a genomic analysis that allowed to go further into a procedure for virus modification named “re-encoding”, we generated and characterised both in vitro and in vivo mutant strains of YFV. In parallel, a rodent model was set up to test in vivo both the safety and the protective efficiency of the re-encoded viruses.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

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Les formes sévères de l’infection par les virus de la fièvre jaune (YFV) et de la dengue (DENV) sont caractérisées par une atteinte du foie, plus sévère lors d’une infection YFV. L’objectif de cette thèse est de comparer les infections de YFV et DENV dans un modèle d’hépatocytes humains dérivés de cellules souches (iHeps) afin d’identifier des facteurs à l’origine de cette différence de pathogenèse. Dans un premier temps, nous avons comparé le tropisme de YFV aux 4 sérotypes de DENV dans notre modèle hépatique établi en monocouche cellulaire. Nous avons observé une faible propagation de DENV dans les iHeps par rapport YFV. Les mêmes observations ont été faites dans des hépatocytes primaires. L’utilisation de souches chimériques 17D/DENV a permis de mettre en évidence que cette faible propagation serait liée à une faible efficacité d’entrée de DENV dans les hépatocytes. Nous avons également étudié l’infection dans des sphéroïdes iHeps, métaboliquement plus actifs que les iHeps 2D. Une infection productive a été observée uniquement avec YFV. Ce résultat pourrait s’expliquer par la faible accessibilité des cellules à l’intérieur des sphéroïdes. Dans un 2ème temps, nous avons étudié les réponses cellulaires induites dans les iHeps 2D après infection par les différents virus en utilisant une approche RNAseq. Les résultats préliminaires suggèrent un lien entre le taux de réplication et le nombre de gènes activés. La réponse interféron est plus précocement détectée dans le cas de YFV, mais l’infection par DENV induit un plus grand nombre de gènes. De plus, DENV-1 et DENV-4 induisent une augmentation d’expression de certains gènes impliqués dans la présentation d’antigène comme HLA-E et TAP-2, alors que YFV diminue l’expression de certains gènes de chimiokines et molécules d’adhésion. L’analyse préliminaire des voies liées au métabolisme hépatique révèle une inhibition de la voie de la coagulation dans le cas de l’infection par YFV, qui n’est pas observée lors de l’infection par DENV. Des observations similaires ont été décrites in vivo, au niveau protéique, confirmant la pertinence du modèle iHeps / Severe forms of infection with yellow fever virus (YFV) and dengue virus (DENV) are characterized by liver damage, with more severe symptoms observed during YFV infection. The aim of this thesis is to compare YFV and DENV infections in a model of human hepatocytes derived from stem cells (iHeps) in order to identify factors that could explain their difference in pathogenesis.First, we compared YFV tropism to the four DENV serotypes in 2D iHeps. We observed a low spread of DENV compared to YFV in both iHeps and primary hepatocytes. By using chimeric 17D/DENV strains, we demonstrate that this low propagation is linked to a low DENV entry efficiency in hepatocytes. We also studied infection in iHeps spheroids, metabolically closer to primary cells than 2D iHeps. A productive infection was observed with YFV only. The low accessibility of cells inside the spheroids could explained this result. Second, we studied cellular responses induced following infection by different viruses in 2D iHeps using an RNAseq approach. Preliminary results suggest a link between replication rate and the number of activated genes. The interferon response is detected earlier following YFV infection, but DENV induces a greater number of genes implicated in this pathway. Moreover, DENV-1 and DENV-4 up-regulate some genes involved in antigen presentation such as HLA-E and TAP-2, while YFV down-regulates genes encoding chemokines and adhesion molecules. Preliminary analysis of hepatic metabolism pathways reveals inhibition of the coagulation pathway induced by YFV infection, which is not observed during DENV infection. Similar observations have been described in vivo, at the protein level, confirming the relevance of the iHeps model

Dans ce mémoire, nous nous intéressons aux réactions que peut avoir une société confrontée à une épidémie. Le cas de l'épidémie de typhus de 1847 à Montréal a été choisi pour son importance historique et le fait qu'il a été très peu étudié par les historiens. Bien qu'étant l'une des épidémies les plus meurtrières en sol montréalais au XIXe siècle, elle est davantage considérée comme un épisode de l'histoire irlando-canadienne. Un des buts de ce travail est donc de permettre à la ville de Montréal de se réapproprier cette histoire. Pour ce faire, nous étudions plus précisément l'impact que l'épidémie a eu sur la société montréalaise et les réactions qu'elle a entraînées chez les citoyens, les autorités municipales de même que chez les organismes de charité catholiques et laïques. D'une part, nous nous demandons s'il est possible de voir dans la réaction officielle des autorités civiles, médicales et religieuses montréalaises une réponse cohérente menant à un plan d'urgence efficace. Et, d'autre part, nous nous questionnons sur l'existence, dans la réaction populaire et collective, de réflexes comme la peur, la fuite et la recherche d'un bouc émissaire. Un large corpus de sources a été constitué pour répondre à ces interrogations. Tout d'abord, les journaux constituent la plus large base de données de cette étude. Ensuite, les archives des différentes communautés religieuses ayant œuvré auprès des malades ont été étudiées, ainsi que les archives de la Ville, quelques journaux intimes et des documents recueillis par des historiens de Parcs Canada. L'hypothèse retenue soutient que les autorités politiques et médicales n'ont pas été en mesure de gérer l'épidémie de manière proactive et coordonnée. Il nous apparaît que l'absence de responsabilités des gouvernements colonial et municipal en santé publique a certainement nui à la mise en place de structures d'urgence. Concrètement, le sort des malades s'est alors retrouvé entre les mains des congrégations religieuses et des organismes charitables laïques. Par ailleurs, plusieurs historiens ont relevé des réactions plutôt violentes et xénophobes lors d'épidémies diverses. Cependant, selon des sources tirées majoritairement des journaux, il semble que les réactions des Montréalais en 1847 aient été assez réfléchies et nous n'avons pas trouvé de traces de violence, même si une certaine insécurité régnait dans la ville. L'épidémie aurait même mené à une réponse modérée et structurée de la part des citoyens. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Immigration, Épidémies, Histoire, XIXe siècle, Santé, Irlandais, Montréal, Québec, Typhus

La fièvre jaune est une pathologie virale humaine causée par un flavivirus, le virus de la fièvre jaune et transmise par des vecteurs arthropodes. Les formes sévères, parfois mortelles, sont caractérisées par une atteinte systémique aigüe qui affecte le foie. Bien que la vaccination existe depuis près de 80 ans, des recensements réguliers d'épidémies sont encore faits. Les vaccins à base d'une souche vivante atténuée YF 17D présentent d'excellents taux de séroconversion et sont notamment caractérisés par une forte diminution de l'hépatotropisme. Néanmoins les mécanismes associés à la pathogénèse hépatique sont encore mal compris et pourraient être une aide aux développements vaccinaux contre d'autres flavivirus ou virus hépatiques. L'étude développée ici s'est inscrite dans la problématique de la représentativité des modèles cellulaires hépatiques utilisés. Afin de répondre aux pertes métaboliques et immunitaires reportées dans plusieurs modèles, nous nous sommes orientés vers des modèles organotypiques associant plusieurs populations cellulaires hépatiques et un microenvironnement caractéristique. Les modulations induites par les souches vaccinales ou sauvages du virus de la fièvre jaune ont été évaluées par une approche transcriptomique globale utilisant la technologie RNASeq et des méthodes d'analyse définies. Nos résultats montrent une plus forte permissivité des modèles cellulaires à la souche atténuée YF 17D par rapport à la souche sauvage YF Asibi. Cette observation est associée pour la souche atténuée à l'établissement précoce d'une réponse antivirale complète impliquant une détection rapide des formes réplicatives du virus, la mise en place des réponses aux IFNs de type I et de type III, la clairance virale et un contrôle des métabolismes cellulaires et hépatiques. De son côté la souche sauvage présente un délai important dans l'établissement de ces réponses amenant à de potentiels mécanismes alternatifs de la clairance virale et de dérégulations métaboliques. Ces données mettent en exergue les interactions étroites qui existent entre les systèmes immunitaires et métaboliques au niveau du foie. Nous suggérons que la forte réponse antivirale induite par la souche atténuée pourrait contribuer à la rupture de la tolérance hépatique et à l'efficacité in vivo de la souche vaccinale. En outre, la cinétique des réponses immunitaires, en combinaison avec la charge virale, peuvent déterminer l'équilibre entre la récupération et l'immunopathologie après l'infection par le virus sauvage / Yellow fever is a human disease caused by a flavivirus, the yellow fever virus, transmitted by arthropod vectors. Severe forms, sometimes fatal, are characterized by acute systemic disease that affects the liver. Despite an effective vaccine being available for nearly 80 years, epizootic circulation occurs and results in periodic outbreaks in endemic regions and among travelers. Vaccines based on a live attenuated strain YF 17D exhibit excellent seroconversion rate and are characterized by a strong decrease in hepatotropism. However the mechanisms involved in liver pathogenesis are poorly understood and could be helpful for future vaccine development against other flaviviruses or hepatitis viruses.There is a need to develop liver cellular model better reflecting the in vivo liver microenvironment. In this work, we used new 3D models combining several liver cell populations to evaluate immune and metabolic responses induced by yellow fever viruses. Modulations induced by both vaccine and wild-type strains were evaluated by a global transcriptomic approach using RNA-Seq technology and well-defined analysis methods. Our results show a greater permissivity of cellular models to YF 17D strain compared to the wild type YF Asibi. In addition, YF 17D infection leads to an early establishment of a complete antiviral response involving rapid detection of replicating forms of the virus, development of a strong type I and type III IFN responses, initiation of viral clearance and modulation of cellular and liver metabolism. Wild-type strain presents a significant delay in the establishment of these responses leading to potential alternative mechanisms for viral clearance and metabolic dysregulation. These data highlight the close interactions between the immune and metabolic systems in the liver.We suggest that the strong antiviral response induced by attenuated strain could contribute to the breakdown of liver tolerance and in vivo efficacy of the vaccine strain. In addition, the kinetics of immune responses, in combination with viral load, can determine the balance between the recovery and immunopathology after infection with wild type virus

Facteur clé du développement des nations, la médecine et son organisation se trouvèrent au centre des préoccupations des autorités politiques qui se sont succédées en Argentine et en Uruguay dès que ces territoires ont été conquis par l’Espagne. Pourtant, une fois l'indépendance acquise, des crises économiques répétées et une situation politique chaotique ont fait que, dans les deux rives de la Plata, la médecine a peiné à s’éveiller et à se consolider. Tandis qu’en Uruguay l’érection de la faculté de médecine ne fût possible qu’en 1875, celle de Buenos Aires, érigée en 1821, fonctionna de manière chancelante jusqu’en 1852, à cause de la situation politique troublée que connut le pays avec la dictature de Juan Manuel de Rosas. De ce fait, bon nombre d'Uruguayens et Argentins sont partis entamer ou parfaire leur formation médicale à la Faculté de Paris. En même temps, et en dépit des agitations politiques et de l’instabilité économique de la région, de nombreux médecins français ont, dès la première moitié du 19ème siècle, décidé de s’établir dans les rives de la Plata. Ce travail se penche sur les liens que les médecins séjournant de part et d’autre de l’Atlantique entre 1828 et 1886 ont noués, entretenus et renforcés au fil du siècle. Cette dynamique circulatoire des savoirs, des pratiques et des techniques médicaux, énergique et permanente, bénéficia à la médecine de part et d’autre de l’Atlantique. Cette circulation est abordée, en particulier, par l’analyse de la gestion effectuée, par le corps médical de Montevideo et Buenos Aires, des épidémies de choléra et de fièvre jaune lorsqu’elles firent irruption dans ces villes et des connaissances qui, à leur sujet, ont circulé dans la région avant et après leur apparition. Nous étudions également l’accueil accordé par les membres des sphères médicales française et rioplatense aux discours liés à la crémation des cadavres - système qui provoqua l’engouement du corps médical européen au tournant des années 1860 - et à sa mise en place. Nous montrons que la médecine de part et d’autre de l’Atlantique s’est vue enrichie par le contact et les échanges réciproques que ces médecins ont entretenus. En effet, si la médecine de la Plata a connu dans une grande mesure son éveil par la contribution des acteurs médicaux français qui ont amené dans la région leurs connaissances et leur savoir-faire, la médecine française a été, à son tour, alimentée par le séjour des médecins de l’Hexagone dans les rives de la Plata. Indépendamment de la durée de leurs séjours dans la région, les diverses explorations qu’ils ont effectuées et leur confrontation directe à la pathologie locale ont permis aux médecins français d'accroître leurs connaissances et d’acquérir une expérience singulière. Cette expérience a eu un impact significatif, non seulement dans leur pratique quotidienne, mais aussi dans l’adoption de pratiques innovantes indispensables au progrès médical français dans le dernier quart du 19ème siècle. / As a key factor in the development of nations, medicine and its organization were at the center of the preoccupations of the political authorities who succeeded one another in Argentina and Uruguay as soon as these territories were conquered by Spain. Yet, once independence has been achieved, repeated economic crises and a chaotic political situation have meant that medicine on both sides of the Plata has struggled to awaken and consolidate. While in Uruguay the erection of a faculty of medicine was not possible until 1875, that of Buenos Aires, erected in 1821, functioned in an intermittent manner until 1852, because of the troubled political situation in the country with the Juan Manuel de Rosas's dictatorship. As a result, many Uruguayans and Argentines have gone to begin or perfect their medical training at the Faculty of Paris. At the same time, in spite of the political unrest and the economic instability of the region, many French doctors decided to establish themselves on the banks of the Plata in the first half of the 19th century.This work examines the links that physicians living on both sides of the Atlantic between 1828 and 1886 developed, maintained and strengthened over the course of the century. This dynamic circulation of knowledge and medical techniques, energetic and permanent, benefited the medicine on both sides of the Atlantic. More specifically, we approach these exchanges by an analysis of the management carried out by the medical corps of Montevideo and Buenos Aires of the epidemics of cholera and yellow fever when they broke out in these towns and of the knowledge that circulated in the area before and after their appearance. We also study the reception given by the members of the French and Rioplatense medical spheres to the speeches related to the crematist system and its establishment, a system that excited the European medical profession at the turn of the 1860s. We show that medicine on both sides of the Atlantic has been enriched by the contact and reciprocal exchanges that these doctors have maintained. Indeed, while Plata's medicine has to a large extent been awakened by the contribution of the French medical actors who brought their knowledge and know-how to the region, French medicine was in turn fueled by the stay of doctors of the Hexagon in the banks of the Plata. Regardless of the length of their stay in the region, the various explorations they have carried out and their direct confrontation with the local pathology have allowed French physicians to increase their knowledge and acquire a singular experience. This experience had a significant impact, not only in their daily practice, but also in the adoption of innovative practices essential to French medical progress in the last quarter of the 19th century. / Factor esencial para el desarrollo de las naciones, la medicina y su organización se encontraron en el centro de las preocupaciones de las autoridades políticas del Río de la Plata (Argentina y Uruguay) desde el momento mismo de la conquista española. Sin embargo, una vez adquirida la Independencia, las crisis éconómicas y la inestabilidad política fueron permanentes en los dos países, En consecuencia, el despliegue y la consolidación de la medicina de parte y parte de la Plata se vieron fuertemente comprometidos. Mientras que en Uruguay la facultad de medicina fue creada apenas en 1875, la facultad de Buenos Aires, instalada desde 1821, funcionó de manera irregular hasta 1852, puesto que el régimen dictatorial de Juan Manuel de Rosas entorpeció la enseñanza y puso freno al movimiento científico establecido desde principios de siglo 19. Fue por eso que, con el objetivo de formarse o especializarse en la facultad de medicina de París, numerosos uruguayos y argentinos viajaron a Francia. Paralelamente, y a pesar de las múltiples agitaciones políticas y de la economía vacilante de la Plata, varios médicos franceses decidieron establecerse en la región desde la primera mitad del siglo. Este trabajo explora las relaciones establecidas y consolidadas con el paso del tiempo entre los médicos y estudiantes en medicina rioplatenses y franceses que viajaban entre el viejo continente y la Plata, y que dieron paso a la instauración de una circulación énergica y permanente de saberes, de prácticas y de técnicas médicas, que benefició tanto a la medicina rioplatense como a la medicina francesa. Dicha circulación es ejemplificada a través de la actuación concreta de los cuerpos médicos de Buenos Aires y Montevideo en los momentos en que el cólera y la fiebre amarilla irrumpieron en estas ciudades de forma epidémica, asi como también de la circulación de saberes que, sobre estas enfermedades exóticas, tuvo lugar en la región antes y después de su aparición en la Plata. Asimismo, se analiza la recepción de los discursos y la puesta en práctica de la cremación de cadáveres – sistema que provocó el entusiasmo del cuerpo médico europeo desde finales de los años 1860 – en las esferas médicas francesa y rioplatense. Se espera así recalcar que la medicina de parte y parte del Atlántico se vió enriquecida por el contacto y los intercambios científicos enfectuados entre los médicos franceses y rioplatenses. En efecto, si los médicos franceses, llevando sus conocimientos y su experiencia a la Plata, jugaron un rol clave y estimularon el desarrollo de la medicina rioplatense, la medicina francesa fue, a su turno, alimentada por la estadía de los médicos franceses en la región. En efecto, sin importar el tiempo pasado en la Plata, las múltiples exploraciones geográficas y la confrontación directa avec la patología local enriquecieron los conocimentos de esos médicos y les aportaron una experiencia singular cuyo impacto, altamente significativo en el ejercicio cotidiano de su profesión, repercutió igualmente en el desarrollo de la médicina nacional, estimulando la adopción de prácticas innovantes indispensables al progreso médico francés en el último cuarto del siglo 19.

Les Flavivirus neuropathogènes, tels que le virus de l’encéphalite japonaise (JEV), le virus West Nile (WNV), le virus de la fièvre jaune (YFV) et le virus Zika (ZIKV) causent des maladies neurologiques. Ces maladies sont dues à une infection des cellules du système nerveux central (CNS) par ces virus. Le CNS est un organe privilégié, isolé des agents pathogènes par une barrière entre le sang et le cerveau, appelée barrière hémato-encéphalique (BBB). Les Flavivirus neuropathogènes capables de traverser cette BBB afin d’atteindre leurs cellules cibles, localisées dans le CNS, sont neuroinvasifs. Le but de cette étude est de comprendre les mécanismes cellulaires permettant aux Flavivirus de traverser la BBB et les effets de l’infection par les virus ZIKV et WNV des cellules du CNS sur le développement de celles-ci.Le YFV est un virus hépatotrope, infectant majoritairement le foie et les reins. Deux vaccins vivants atténués dirigés contre le YFV, le vaccin FNV (pour French Neurotropic Virus) et le vaccin 17D, ont été obtenus empiriquement par passages successifs de souches virulentes de YFV sur cerveaux de souriceaux. Ces vaccins ne causent plus de maladies touchant les reins et le foie, mais peuvent parfois causer des encéphalites post-vaccinales. Ces cas d’encéphalites démontrent que ces souches vaccinales sont devenues neurovirulentes mais aussi neuroinvasives car les virus ont pu franchir la BBB. A cause d’une incidence trop élevée d’encéphalites post-vaccinales par rapport au vaccin 17D, le vaccin FNV a été retiré du marché dans les années 1980.Le JEV est un virus neurotrope, causant des encéphalites graves en Asie du Sud-Est. A ce jour, il existe un vaccin vivant atténué, le JEV SA14-14-2, obtenu empiriquement par passages successifs d’une souche virulente sur cellules de hamster. Ce vaccin est moins neurovirulent et moins neuroinvasif que les souches virulentes de JEV en modèle de souris, et protège contre des infections humaines par le JEV. Cependant, des cas d’encéphalites ont été rapportés après injection de ce vaccin. Il apparait donc que, dans certains cas, la souche vaccinale JEV SA14-14-2 est capable de traverser la BBB et d’infecter les cellules neuronales. Les dernières épidémies à virus ZIKV en Polynésie Française et en Amérique du Sud ont induit une augmentation de cas de malformations congénitales dans les zones touchées. Cela a soulevé de nouvelles questions quant à la capacité d’un Flavivirus à provoquer des malformations congénitales du CNS. Dans cette étude, nous avons identifié les mécanismes cellulaires permettant aux Flavivirus de traverser la BBB et les effets de l’infection par les virus ZIKV et WNV des cellules du CNS sur le développement de celles-ci.Nous avons utilisé deux systèmes in vitro permettant d’étudier le développement du CNS et la neuroinvasion des Flavivirus. Un premier système consiste en l’infection de coupes de cerveaux d’embryon de souris. En utilisant ce système, nous avons montré que le ZIKV a un tropisme préférentiel pour les cellules progénitrices de neurones, alors que le WNV a un tropisme préférentiel pour les neurones. Nous avons également montré que l’infection des progéniteurs neuronaux par le ZIKV induit un arrêt de la mitose cellulaire, alors que l’infection par le WNV n’a aucun effet sur la mitose. L’étude sur l’effet apoptotique de l’infection par les deux virus WNV et ZIKV n’a montré aucune différence entre les deux virus à des temps précoces d’infection.Un deuxième système a été mis au point pour l’étude de la neuroinvasion par les Flavivirus neuropathogènes. Ce système est composé de cellules endothéliales hCMEC/D3 pouvant former des jonctions serrées. Ces cellules ont été cultivées sur filtres d’insert de puits de culture cellulaire Transwell, placés au-dessus de cellules neuronales humaines. A l’aide de ce système, nous avons comparé la capacité à traverser la BBB de plusieurs Flavivirus. / Neuropathogenic Flaviviruses, such as Japanese encephalitis virus (JEV), West Nile virus (WNV), yellow fever virus (YFV) and Zika virus (ZIKV), cause neurological diseases. These diseases are due to viral infection of central nervous system (CNS) cells. The CNS is a privileged organ, isolated from pathogenic agents by a barrier between the blood and the barrier, called the blood-brain barrier (BBB). Neuropathogenic Flaviviruses which can cross this BBB in order to reach their target cells in the CNS, are neuroinvasive. This study aims at understanding the cellular mechanisms by which YFV and JEV Flaviviruses cross the BBB and the effects of viral infection by WNV and ZIKV of the CNS cells during neocortex development.YFV is a hepatrotopic virus, which mostly infects the liver and the kidneys. The two live-attenuated vaccines against YFV, the FNV (for French Neurotropic Virus) vaccine and the 17D vaccine, were obtained empirically by several passages in suckling mouse brain of YFV virulent strains. These vaccines do not cause any disease targeting the liver or the kidneys, but can sometimes cause post-vaccine encephalitis. These encephalitis cases suggest that the vaccine strains have become neurovirulent and neuroinvasive. Due to high risks of post-vaccine encephalitis, the FNV vaccine use was discontinued in the 1980s.JEV is a neurotropic virus, causing acute encephalitis in South East Asia. To date, there is a live-attenuated vaccine against JEV, the JEV SA14-14-2 vaccine, which was obtained empirically by several passages in primary hamster kidney cells. This vaccine is less neurovirulent and less neuroinvasive than JEV virulent strains in mouse model, and it protects against JEV infections. However, some cases of post-vaccine encephalitis were reported. It thus seems that, in some cases, the vaccine strain JEV SA14-14-2 is able to cross the BBB and infect neuronal cells.The recent ZIKV epidemics in French Polynesia and South America were linked to an increase in the number of congenital malformations, rising questions regarding the capacity of a Flavivirus to induce CNS congenital malformations.In this study, we have identified cellular mechanisms involved in Flavivirus neuroinvasion and studied the effect of ZIKV and WNV infection of neuronal cells under development.To study CNS development, we have infected mouse embryos brain slices. We were able to show that ZIKV has a preferential tropism for neuronal progenitors, whereas WNV has a preferential tropism for neuronal cells. We also show that infection of neuronal progenitors by ZIKV impairs the cell life cycle, whereas no effect on the cell life cycle was observed for WNV-infected cells. Studies on apoptosis induction did not show any difference between both viruses at early time points of infection.To study Flavivirus neuroinvasion, we have used an in vitro model of BBB composed of human endothelial hCMEC/D3 cells that can form tight junctions. These cells were cultivated on Transwell inserts and placed above human neuronal cells. Using this system, we show that YFV FNV cross the BBB more efficiently than YFV 17D, suggesting that YFV FNV is more neuroinvasive than YFV 17D. This observation can explain the higher post-vaccine encephalitis risks associated with YFV FNV vaccine compared to YFV 17D vaccine. We also confirmed that JEV SA14-14-2 vaccine strain is less neuroinvasive than JEV RP9.We also examined how JEV crosses the BBB and the endothelial cell response following JEV treatment. We show that both JEV RP9 and SA14-14-2 are able to cross the BBB without infecting its endothelial cells and without disrupting the BBB. Preliminary results suggest that JEV RP9, but not JEV SA14-14-2, crosses the BBB by dynamin-dependant transcytosis. Transcriptomic analysis of endothelial cells treated by either virus show slight, but significant, differences in regulation of genes implicated in several pathways associated with CNS diseases.

Les Filles de la Charité de Saint Vincent de Paul sont arrivées au Panama en 1875 comme des exilées politiques, après avoir été expulsées du Mexique par son gouvernement, dont le Congrès avait voté contre la présence de toutes les congrégations religieuses dans le pays l'année précédente. Cinq ans après leur installation dans l'isthme, la Compagnie Universelle du Canal Français - sous la direction de Ferdinand de Lesseps - a commencé les travaux de construction d'un canal qui permettrait la navigation entre les océans Atlantique et Pacifique. L'entreprise serait un échec irrémédiable pour une variété de raisons, parmi lesquelles la condition désastreuse de la santé publique, et le gouvernement des États-Unis reprendra le projet d'ingénierie colossale et l'assainissement du pays. Les Filles de la Charité, qui ont été engagées par la Compagnie Universelle du Canal comme infirmières pour soigner les patients dans leurs hôpitaux, resteraient dans l'isthme au long des années épidémiques et élargiraient leur mission dans la mesure où l'ordre religieux continue d'avoir une forte présence au sein de la société panaméenne à ce jour. Le but principal de ce travail est de analyser un épisode précédemment inconnu de l'histoire autrement bien documentée de la construction du Canal de Panama: la contribution que cette congrégation a fait à la profession naissante d’infirmière pendant les pires années de la propagation des maladies infectieuses dans l'isthme, provoquée par la surpopulation des ouvriers du canal et l'ignorance de la cause et le remède de maladies épidémiques. C’est bien connu que la construction du canal a été possible grâce à la lutte contre le paludisme et l'éradication de la fièvre jaune, les maladies qui ont décimé la population au cours des 25 premières années du projet ; que des changements radicaux dans les conditions de santé publique ont été accomplies par les mesures mises en œuvre par le médecin de l'armée américaine le colonel William Crawford Gorgas ; mais la présence des Filles de la Charité dans les hôpitaux publics et privés dans la ville de Panama et de Colón pendant ce temps, tendant aux patients et exécutant les ordres du Dr Gorgas, est resté caché pour la plupart des publications sur le sujet. Peut-être que la découverte la plus importante qui a surgi des sources recherchées pour ce travail, est que la troisième grande maladie infectieuse que les médecins et leurs assistants ont combattu au cours de ces années a été la syphilis, qui a atteint des proportions épidémiques et était incurable durant cette période aussi. Le conflit créé par les patients syphilitiques et le traitement dont ils avaient besoin et le fait qu'ils ont reçu efficacement ce traitement des sœurs, qui ont été interdites par les règles de leur propre congrégation d'avoir contact avec eux, a culminé par le retrait des religieuses des hôpitaux, et la sécularisation et la professionnalisation des soins infirmiers au Panama. Les raisons pour lesquelles les sœurs dispensaient des soins aux patients syphilitiques durant les trente-trois ans qu’ils ont servi dans les hôpitaux de la nation, malgré et contre leur propre règle, résident dans leur piété et leur spiritualité, dont les détails seront examinés tout au long de cette thèse. Les contradictions qui, apparemment, résident dans l'aide des sœurs, qui peuvent être perçues à tort comme l'ambiguïté morale, fournissent un sujet précieux d'étude pour l'histoire de la religion de la région. Il faut souligner qu'un facteur déterminant dans cet épisode était le manque de règles juridiques qui caractérisent la pratique de la médecine jusqu'à la deuxième décennie du 20e siècle dans le Nord et l'Amérique latine. Ainsi, cette étude peut également contribuer au débat contemporain très opportun sur l'éthique des professionnels de la santé, et sur l'effet que peut avoir leur empathie dans le traitement de la maladie d'un patient..... / The Daughters of Charity of Saint Vincent de Paul arrived in Panama in 1875 as political exiles, after being expelled from Mexico by its Government, whose Congress had voted against the presence of all religious congregations in the country the previous year. Five years after their settling in the Isthmus, the Compagnie Universelle du Canal Français - under the direction of Ferdinand de Lesseps – began construction work for a canal that would allow navigation between the Atlantic and Pacific Oceans. The enterprise would fail irretrievably for a variety of reasons, among them the disastrous condition of public health, and the United States Government would take over the colossal engineering project and the country’s sanitation. The Daughters of Charity, who were hired by the Compagnie Universelle to nurse patients in their hospitals, would remain in the Isthmus throughout the epidemic years and would expand their mission to the extent that the religious order continues to have a strong presence within Panamanian society to this day.The main purpose of this work is to disclose a previously unknown episode of the otherwise well documented history of the construction of the Panama Canal: the contribution that this congregation made to the incipient nursing profession during the worst years of the spread of infectious diseases in the Isthmus, provoked by the overcrowding of the canal workers, the backwardness of the region and the ignorance of the cause and cure of epidemic diseases. It is public knowledge that the construction of the canal was possible due to the control of malaria and the eradication of yellow fever, the illnesses that decimated the population during the first 25 years of the project; that radical changes in public health conditions were accomplished by the measures implemented by US Army doctor Colonel William Crawford Gorgas; but the presence of the Daughters of Charity in public and private hospitals in Panama City and Colón during this time, tending to patients and carrying out Dr Gorgas’ orders, has remained hidden for the most part from publications on the subject.Perhaps the most significant discovery surging from the sources researched for this work, is that the third great infectious disease that the doctors and their assistants fought during these years was syphilis, which reached epidemic proportions and was incurable during this period too. The conflict created by the syphilitic patients and the treatment they required and the fact that they effectively received this treatment from the sisters, who were forbidden by the rules of their own congregation to have contact with them, culminated by the withdrawal of the nuns from the hospitals, and the secularization and professionalization of nursing in Panama. The reasons why the sisters provided care to syphilitic patients during the thirty-three years they served in the nation’s hospitals, despite and against their own Rule, reside in their piety and their spirituality, details of which will be examined throughout this dissertation. The contradictions that seemingly dwelled in the sisters’ aid, which may be wrongly perceived as moral ambiguity, provide a valuable subject of study for the history of religion of the region.It must be stressed that a determining factor in this episode was the lack of legal regulations that characterized the practice of Medicine until the second decade of the 20th Century in North and Latin America. Thus, this study may also contribute to the very timely, contemporary debate on the ethics of health professionals, and on the effect that their empathy may have in the cure of a patient’s illness...