Made available in DSpace on 2014-05-29T12:22:16Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 69454.pdf: 3220079 bytes, checksum: ad1e72dadcd293d4a32a15873a7c32bc (MD5) 69454.pdf.txt: 173452 bytes, checksum: 865484e8785a1ef6e4df76199b7a28d1 (MD5) 69454.pdf.jpg: 1493 bytes, checksum: f82ee0049dd9c66b2a3810a63085821e (MD5) Previous issue date: 2014-05-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os vírus influenza são a causa mais frequente de doença respiratória aguda com necessidade de intervenção médica afetando indivíduos de todas as faixas etárias. O subtipo A(H3N2) tem sido dominante em epidemias sazonais de influenza desde 1968. Estudos anteriores sugerem que a dinâmica evolutiva do influenza A(H3N2) é modelada pela interação complexa entre elevadas taxas de mutação viral, os rearranjos gênicos, a seleção exercida pelo sistema imune, e o fluxo de migração populacional dentro e entre distintas regiões do mundo. No Brasil, o conhecimento da epidemiologia e evolução dos vírus influenza ainda é incipiente. Nosso objetivo, portanto, foi estudar a evolução do vírus influenza A(H3N2) no Brasil a fim de verificar o papel do País no cenário global de dispersão do vírus, reconstruir o perfil de migração viral nas diferentes regiões e verificar a compatibilidade da vacina com as cepas virais circulantes no período compreendido neste estudo. Para isso, fizemos análises de distâncias genéticas assim como análises evolutivas e filogeográficas da porção HA1 do gene hemaglutinina (HA) de amostras de influenza A(H3N2) coletadas nas regiões Sudeste, Sul e Nordeste do Brasil entre 1999-2012, comparando-as com sequências de cepas vacinais e de sequências de outras regiões geográficas representativas de cada continente, para o mesmo período Observamos que a composição da vacina não foi a mais adequada para sete dos 14 anos avaliados e que poucas mutações em resíduos de aminoácidos localizados nos sítios antigênicos da HA podem dar origem a novas cepas antigenicamente distintas num relativo curto período de tempo. A taxa média de evolução da porção HA1 do gene HA influenza A(H3N2) foi estimada em 5,1x10-3 subst./sítio/ano. As análises filogenéticas e filogeográficas das sequências de influenza A(H3N2) indicaram uma forte estrutura temporal e uma menor, porém significativa, estrutura geográfica. Verificamos que o Brasil desempenha um papel marginal na emergência e disseminação de novas variantes no nível global. As principais fontes de disseminação do vírus influenza A(H3N2) para o Brasil são outros países das Américas sendo que a principal porta de entrada no País é a região Sudeste. Dentro do Brasil, o maior fluxo parece acontecer entre as regiões Sudeste e Sul, e em menor escala, entre as Regiões Sul e Nordeste / The influenza virus is the most frequent cause of acute respiratory illness requiring medical intervention, affecting individuals from all age groups. The viral subtype A(H3N2) has been dominant in most seasonal influenza epidemics since 1968. Previous research suggests that the evolutionary dynamics of influenza A(H3N2) is characterised by a complex interaction between the high viral mutation rate, gene rearrangements, selection exerted by the immune system and the migration flow of populations within and between different regions of the world. In Brazil, knowledge of influenza virus epidemiology and evolution is still incipient. Thus, our objective was to investigate the evolution of influenza A(H3N2) in Brazil in order to verify the role of the country in the global spread of the virus, to reconstruct the profile of viral migration in different regions of Brazil and check the compatibility between the vaccine and the virus strains circulating in the country during the period of this study. Sequences of the HA1 portion of the hemagglutinin (HA) gene from strains collected in the Northeast, Southeast and South of Brazil between 1999 to 2012, were compared with sequences of vaccine strains and sequences from other geographical regions and subjected to genetic distance, evolutionary and phylogeographic analyses. Our analysis showed that the vaccine composition was not the most suitable for seven of the 14 years evaluated and that a few mutations in amino acid residues located in the antigenic sites of HA are able to give rise to new variants in a relatively short period of time. The evolution rate of the HA1 portion of the HA gene of influenza A(H3N2) was estimated at 5.1 x10-3 subst./site/year. The phylogenetic and phylogeographic analysis of influenza A(H3N2) showed a strong temporal structure and a minor, however significant geographical structure. The reconstruction of the worldwide dissemination dynamic of influenza A(H3N2) allows us to verify that Brazil has a marginal role in the emergence and dissemination of new viral variants at a global scale. Brazil was tightly connected to other American countries and the major entrance of influenza A(H3N2) in Brazil seems to be by the Southeast region. Within Brazil, the major flux of transmission appears to be from the Southeast to the South and to a less extent from the South to the Northeast.

Os gêneros Athenaea e Aureliana (Solanaceae) são compostos por sete e oito espécies, respectivamente, e os mesmo são distintos pela presença do cálice acrescente, que envolve o fruto, nas espécies de Athenaea. Suas plantas são arbustos com flores brancas com máculas esverdeadas ou roxas. A espécie mais abundante do grupo é Aureliana fasciculata, que ocorre ao longo de toda a Mata Atlântica. As demais espécies são raras. Athenaea e Aureliana são considerados gêneros irmãos, de acordo com a mais recente análise filogenética da família Solanaceae, e pertencem à subtribo Withaninae. Esta subtribo apresenta uma distribuição intrigante, pois é composta por apenas sete gêneros que ocorrem na América do Sul, Eurásia, norte da África e Ásia, além do arquipélago do Havaí, da Ilha de Santa Helena e das Ilhas Canárias. O objetivo geral deste trabalho foi contribuir para o conhecimento das relações evolutivas entre as espécies dos gêneros Aureliana e Athenaea. Para isso, foram realizadas a análise filogenética e a datação a partir de dados moleculares dos gêneros Athenaea e Aureliana, incluindo os demais gêneros da subtribo Withaninae, além da análise filogeográfica de Aureliana fasciculata. Para as análises filogenéticas foram sequenciadas cinco regiões do genoma plastidial (gene ndhF, intron trnL e os espaçadores plastidiais trnL-trnF, psaI-accD e trnC-ycf6). Os resultados obtidos indicam que a diversificação das espécies dos gêneros Athenaea e Aureliana a partir de um ancestral comum ocorreu cerca de 3,9 milhões de anos atrás. Não foram detectados clados correspondentes a cada um dos gêneros. Para a análise filogeográfica de Aureliana fasciculata foram sequenciados os espaçadores plastidiais trnH-psbA e trnS-trnG. Foram detectados quatorze haplótipos em 112 indivíduos da espécie, que também apresentou sinais de estruturação geográfica, com moderado isolamento por distância. Uma putativa barreira Norte/Sul entre os haplótipos, localizada ao sul do rio Doce (Espírito Santo, Brasil) também foi inferida. Uma expansão populacional há cerca de 50–60 mil anos atrás foi detectada, o que coincide com registros palinológicos de expansão da área florestal na Mata Atlântica. Os eventos históricos que moldaram a distribuição e demografia atual de Aureliana fasiculata são anteriores ao último máximo glacial e parecem estar relacionados a eventos climáticos do Pleistoceno. Por último, foi construída e validada uma biblioteca enriquecida em microssatélites de Aureliana fasciculata. Foram descritos sete pares de ―primers‖ polimórficos, com três alelos por locus, em média, e 6 heterozigosidade observada entre 0,05 e 1,00. A ampliação da amostragem e a utilização de marcadores moleculares de evolução mais rápida poderão trazer informações ainda mais completas sobre a taxonomia e história evolutiva dos gêneros Athenaea e Aureliana. / Athenaea and Aureliana (Solanaceae) genera are composed by seven and eight species, respectively. The character that distinguishes both genera is the presence of acrescent calyx, which involves the fruit, in Athenaea species. The plants are shrubs with white flowers and green or purple stains. The most abundant species of the group is Aureliana fasciculata, which occurs along the Atlantic Rainforest. All remaining species are rare. Both genera are considered as sister groups, according to the most recent phylogenetic analysis of Solanaceae family, and they both belong to subtribe . This group presents a puzzling distribution. It is composed by seven genera that occur in South America, Eurasia, North of Africa and Asia, plus Hawaiian Archipelago and St. Helena and Canary Islands. The main goal of the present study is to contribute to the knowledge of the evolutive relationship among the species of Athenaea and Aureliana. In order to do this, a phylogenetic analysis and molecular dating based on molecular data was performed, including Athenaea and Aureliana species, plus subtribe Withaninae representatives. The phylogeography of Aureliana fasiculata was also investigated. Five plastidial genomic regions (ndhF gene, trnL intron, and trnL-trnF, psaI-accD and trnC-ycf6 intergenic spacers) were employed to the phylogenetic analysis. The obtained result indicates that the diversification of Athenaea and Aureliana species from their common ancestor occurred circa 3.9 million years ago. Clades corresponding to each genus were not detected. The trnH-psbA and trnS-trnG plastidial spacers were employed to perform phylogeographic analysis of Aureliana fasciculata. Fourteen haplotypes were detected among 112 individuals. The species displayed signs of geographic structure and moderate isolation by distance. A putative barrier among North/South haplotypes, located south of the Doce River (Espírito Santo, Brazil), was also inferred. A populational expansion circa 50 – 60 thousand years ago was detected, which agrees with palinological information regarding forest area expansion at the same period at the Atlantic Rainforest. The historical events that shaped the present geographic pattern and domography are older than the Last Glacial Maximum, and they seem to be related to Pleistocene climatic events. At last, a microsatellite-enriched library was constructed and validated to Aureliana fasciculata. Seven pairs of polymorphic microsatellite primers were described, which displayed three alleles per locus, on average, and observed heterozygosity that ranged from 0.05 to 1.00. A broader sampling and the use of rapdly evolving molecular markers may provide more 8 complete information about the taxonomy and evolutive history of Athenaea and Aureliana genera.

O felino Puma concolor, também conhecido por puma entre tantos outros nomes, é uma espécie de ampla distribuição no continente americano e está entre as 10 espécies de felídeos existentes na região Neotropical. Sua ampla distribuição e a história geológica das diferentes regiões ocupadas pela espécie ao longo de sua evolução agem diretamente na sua história evolutiva e demográfica. E muito do que aconteceu com a espécie, como expansões ou drásticas reduções demográficas, isolamento geográfico, intensidade de fluxo entre populações e outras informações como índices de variabilidade genética podem ser identificados pelo uso dos diferentes recursos disponibilizados pela genética molecular. A América do Sul possui uma grande diversidade de espécies e uma alta variabilidade genética intraespecífica para diversas espécies quando comparadas a populações das mesmas nas Américas do Norte e Central, como já identificado para a espécie em questão. Para conhecer um pouco mais sobre o puma, sua história evolutiva e sua dinâmica populacional no subcontinente sul-americano e identificar possíveis barreiras geográficas para a movimentação da espécie realizamos as análises em três fragmentos de DNA mitocondrial (ND5, ATP8 e Região Controladora) em 156 amostras de indivíduos distribuídos pela América do Sul adicionados de 30 amostras provenientes de indivíduos das Américas do Norte e Central. Constatamos que os pumas sul-americanos possuem uma grande variabilidade genética e uma complexa, mas recente história evolutiva. Os melhores resultados para análises de fluxo gênico foram encontrados quando amostras foram divididas em 7 grupos dentro de 3 grupos maiores, sendo 5 grupos num grupo maior sul-americano, um centro-americano sul e um centro norte e norte-americano, chegando a valores de st de 0,6729 (p= 0,000 + 0,000) para a amostragem total e de 0,3599 (p= 0,000 + 0,000) para os pumas sul-americanos. Entre os rios testados como barreiras, o rio Amazonas foi indicado como um importante limite para o fluxo gênico entre populações, já o rio Paraná não se mostrou uma barreira de alto impacto para os pumas. A variabilidade genética encontrada nos pumas da América do Sul nos indica um ancestral comum mais recente (MRCA) tendo existido entre 90 mil e 350 mil anos atrás. Já as análises demográficas nos mostram que houve uma expansão bastante recente, há aproximadamente 8.000 anos, após o término do último período glacial (110.000 – 10.000 anos atrás), que coincidiu também com o período posterior à extinção de diversos grupos de mamíferos (~12.000 anos atrás), entre eles alguns felídeos que habitavam as Américas, incluindo possivelmente os pumas que habitavam a América do Norte. / The felid Puma concolor, popularly known as puma, cougar and several other names, is a species with a broad geographical distribution within the American continent. It is one of the ten felid species that corrently occur in the Neotropical region. The broad distribution and the geological history of the different regions occupied by the species throughout its evolution have likely had a direct impact on its demographic history. Much of what has happened to the species, such as demographic expansions and reductions, geographic isolation, gene flow among populations, as well as other types of information about its populations, such as their current genetic variability, can be identified by the various approaches available in the field of molecular genetics. South America exhibits a remarkable diversity of living species, as well as high intraspecific genetic for several taxa, including the puma, To obtain more knowledge about the puma, its evolutionary history and its population dynamics in the South American subcontinent, and to identify possible geographical barriers affecting the species, we analyzed three mitochondrial DNA fragments (ND5, ATP8 and the control region) of 156 individuals sampled from throughout South America plus 30 individuals from North and Central America. It was found that South American pumas have high genetic variability and a complex, but recent, evolutionary history. The best results for the analysis of gene flow were found when the sample was divided into 7 groups contained in three major groups: 5 South American groups, one southern Central American group, and one northern Central American + North American group, reaching st values of 0.6729 (p=0.000 + 0.000) for the total sample and 0.3599 (p= 0.000 + 0.000) for South American pumas. Of the rivers tested as barriers, the Amazon was found to be an important historical barrier for the gene flow among populations. The genetic variability found in South American pumas indicates that their Most Recent Common Ancestor (MRCA) existed between 90 and 350 thousands years ago. Demographic analyses indicated that there was a recent demographic expansion approximately 8,000 years ago, after the end of the last glacial period (110,000 -10,000 years ago), a time which was immediately subsequent to the extinction of many mammalian groups (~12.000 years ago), such as additional felids that lived in the Americas, possibly including earlier populations of North American pumas.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Marianna Gomes (mariannasouza@bce.unb.br) on 2016-12-15T16:36:06Z No. of bitstreams: 1 2016_MarianaMartinsSeverodeAlmeida.pdf: 5032281 bytes, checksum: 753d5c2b37f354aec4c29431c366943a (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-31T16:54:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_MarianaMartinsSeverodeAlmeida.pdf: 5032281 bytes, checksum: 753d5c2b37f354aec4c29431c366943a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-31T16:54:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_MarianaMartinsSeverodeAlmeida.pdf: 5032281 bytes, checksum: 753d5c2b37f354aec4c29431c366943a (MD5) / Os vírus do gênero Tospovirus pertencem à família Bunyaviridae e possuem o material genético composto por três segmentos de RNA, denominados RNA L, RNA M e RNA S. O Groundnut ringspot virus (GRSV) e o Tomato spotted wilt virus (TSWV) são as espécies de tospovírus mais importantes no Brasil, causando prejuízos principalmente em cultivos de tomateiro e pimenteiras. Tomato chlorotic spot virus (TCSV) eventualmente é encontrado em ciclo de hospedeiras similar ao de GRSV e TSWV e tem ocorrência restrita a alguns estados no Brasil, onde foi descrito pela primeira vez. Vírus compostos por genoma segmentado podem sofrer frequentes recombinações ou rearranjos. Com a finalidade de buscar rearranjos naturais entre espécies de tospovírus, foi verificada a ocorrência de GRSV, TCSV e TSWV em amostras com sintomas de vírus coletadas no Brasil e na República Dominicana. Neste levantamento não foram detectados rearranjos genéticos e a incidência de infecção mista foi de apenas 7%. Contudo, mais de 50% das amostras coletadas estavam infectadas com tospovírus, reforçando a importância econômica desses vírus. No Brasil houve a prevalência de GRSV, mantendo o cenário observado no último estudo de detecção de tospovírus em amostras de campo, no qual também se verificou a prevalência de GRSV em regiões produtoras no Nordeste e no Distrito federal. Comparando-se os dados do levantamento anterior com aquele realizado nesse estudo, pode-se perceber que TSWV está perdendo espaço no campo, deixando de ser a espécie de maior relevância econômica. Na República Dominicana, região onde os tospovírus foram introduzidos recentemente, observou-se que o TCSV tem se disseminado de forma rápida e severa em importantes culturas como tomateiro, pimenteiras, fumo e feijoeiro, em contraste com o GRSV que ainda não foi detectado no país e o TSWV que foi encontrado em uma proporção maior do que a observada no Brasil. A crescente disseminação de TCSV não está restrita à República Dominicana e pode ser justificada pelo ‘fitness’ mais eficiente desta espécie. Relatos recentes têm ocorrido em outros países do Caribe e nos Estados Unidos, onde foi caracterizado o primeiro isolado proveniente de rearranjo intraespecífico de tospovírus composto por segmentos genômicos não cognatos. Este isolado heterogêneo possui os RNAs S e L de GRSV e o RNA M de TCSV (SGRSVMTCSVLGRSV). Pela diversidade biológica e devido aos critérios taxonômicos estabelecidos, foi pressuposto que a detecção de rearranjos nas condições brasileiras havia sido negligenciada ao longo dos anos. Contudo, após a análise de mais de cento e sessenta amostras, coletadas em dois países com históricos de infecções de tospovirus bem distintos (Brasil e República Dominicana), não foi possível detectar rearranjos genéticos. Neste trabalho foram sequenciados e comparados isolados de TCSV e de GRSV coletados no final dos anos 80, com isolados sequenciados recentemente e/ou armazenados em bancos de dados genômicos. As análises de filogenia do RNA M de TCSV e GRSV permitiram concluir que, provavelmente, essas duas espécies compartilham o mesmo segmento M, ou seja, caso tenha ocorrido algum evento definitivo de rearranjo entre as espécies de GRSV e TCSV, este foi em um passado distante, não sendo possível detectar o segmento parental por falta de dados suficientes para as análises. Neste trabalho, a distribuição mundial de TCSV, TSWV e de Iris yellow spot virus (IYSV) também foi verificada por meio de estudos de filogeografia, com a finalidade de compreender a dispersão de espécies de tospovirus e possibilitar a agregação de dados para implementação de medidas quarentenárias e o aperfeiçoamento de programas de melhoramento, para a obtenção de resistência genética a espécies de tospovírus. Nestas análises foi possível verificar que a distribuição dos isolados é local e não global e que a disseminação mundial dos tospovírus parece estar relacionada com as atividades econômicas e intercâmbios comerciais realizadas pelos países. / The viruses on the genus Tospovirus belong to the family Bunyaviridae and have their genome comprised by trisegmented RNA, named L RNA, M RNA and S RNAS. The Groundnut ringspot virus (GRSV) and Tomato spotted wilt virus (TSWV) are the most important tospovirus in Brazil, causing severe losses mainly in tomato and pepper crops. Tomato chlorotic spot virus (TCSV) is often found infecting similar hosts range as GRSV and TSWV. TCSV occurrence is restricted to some states in Brazil, where it was described for the first time. Viruses having segmented genomes can undertake frequent recombinations and/or reassortants. With the aim to seek for natural reassortants among GRSV, TCSV and TSWV an extensive survey was carried out in Brazil and Dominican Republic. In this survey, any genetic reassortant was detected and the incidence of mixed infection was significantly low. However, more than 50% of the samples collected were infected with tospoviruses, reinforcing the economic importance of these viruses. In Brazil there was a prevalence of GRSV, the same scenario observed in the last tospoviruses survey in the field, which has also verified the prevalence of the GRSV in horticultural producing areas located in the Northeast and in the Federal District. As we bring together the old and the new database, we can notice that the importance of TSWV is decreasing in agriculture, since this specie is not the most economically relevance. In Dominican Republic, the TCSV has been recently reported and have been spreading over important cultivated crops, such as tomato crops, pepper crops, tobacco and bean crops. The survey in Dominican Republic showed that GRSV was not detected yet in the country and TSWV has been found in higher percentages compared to those found in Brazil. The remarkably dissemination of the TCSV is not restricted to the Dominican Republic and may be due to an efficient fitness of this species. Recent reports showed occurrence of TCSV in others Caribbean countries and in the south of USA, where it was reported the first interspecific reassortant isolate among tospoviruses. This reassortant isolate has the S and L RNA genomic segments of the GRSV and the M RNA of the TCSV (denoted as SGRSVMTCSVLGRSV). Up to now, due to the biologic diversity, associate with the taxonomic criteria established, we assumed that the reassortant detection in the Brazilian conditions was neglected. However, after the analysis of more than one hundred and sixty samples, collected in two countries (Brazil and Dominican Republic), which have different tospoviruses history, genetic rearrangements were not detected. To understand the nature of the natural reassortant SGRSVMTCSVLGRSV between GRSV and TCSV, recently reported in USA, in this work, we sequenced and compared the first GRSV and TCSV isolates reported in the world, which were isolated in the 1980’s, with all GRSV and TCSV available in GenBank and/or sequenced in our Lab. After a stringent analysis of the M RNA of the TCSV and GRSV phylogeny, we were able to conclude that, probably, these two species share the same M segment. In this case, we hyptothesize that the reassortant event between GRSV and TCSV occurred in a distant past (at least 30 years ago), and not recently, as reported in USA. However, it is not possible to detect the parental segment due to the lack of sequence information in the database. The world distribution of TCSV, TSWV and Iris yellow spot virus (IYSV) were also studied in this work verified by phylogeography analysis. The results aimed to gather information in order to improve the effiency of breeding programs searching for resistant or tolerant genotypes to tospovirus infection and to implement quarantine procedures. In this analysis, we could verify that the distribution of the isolates seems to be local and not global and the world dissemination of the topoviruses was related to economic activities among the countries.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-23Bitstream added on 2014-06-13T19:39:31Z : No. of bitstreams: 1 siccharamirez_zrs_me_botib.pdf: 951028 bytes, checksum: 50d81e697da456ee6ef268f08e7d50e3 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A família Mugilidae inclui dezessete gêneros e mais de 60 espécies e apresenta distribuição mundial, exceto nas regiões polares. O status taxonômico de algumas espécies e gêneros dentro desta família ainda é confuso, devido a sua alta homogeneidade morfológica. Sete espécies são encontradas no Brasil, sendo M. liza e M. platanus encontradas em maior abundancia. M. liza está distribuída desde a Flórida até o Rio de Janeiro e M. platanus desde o Rio de Janeiro até a Argentina. Com o desenvolvimento desse trabalho, pretendeu-se testar a hipótese de que M. liza e M. platanus constituem uma única espécie e verificar se estas espécies são distintas de M. cephalus. Para tanto, empregamos as seqüências de seis genes mitocondriais: COI de 654 pb, 16S rRNA de 609pb, 12S rRNA de 423pb, ATPase 6 de 579pb, ATPase 8 de 117pb e Cytb de 975pb. Foram analisados 85 indivíduos de M. liza, M. curema, M. cephalus, M. trichodon, M. incilis , M. rubrioculus, M. hospes e M. sp. procedentes do Brasil, da Argentina, do Uruguai, da Venezuela e da Grécia (M. cephalus). Os resultados mostraram uma separação de todas as espécies, com um consistente índice de bootstrap (100%), os exemplares de M. liza e M. platanus formaram um só clado, com uma divergência genética de 0%, sugerindo que este clado constitui uma única espécie sem uma estruturação populacional evidente, indicando um alto grau de fluxo gênico mesmo com uma ampla distribuição no oceano Atlântico. Mugil cephalus e M. liza apresentaram uma distancia genética interespecífica de 19,5%, sugerindo que são espécies diferentes, mesmo apresentando muitas semelhanças morfológicas. Nossos dados evidenciaram a presença de três linhagens diferentes dentro de M. curema formando assim um complexo de espécies que precisa ser resolvido. Concluímos que M. liza é uma única espécie semelhante morfologicamente a M. cephalus mas diferente geneticamente / The family Mugilidae includes seventeen genera and more than 60 species worldwide distributed, except in the polar regions. The taxonomic status of some species and genera within this family is still confused, due to its high morphological uniformity. Seven species are found in Brazil being Mugil liza and M. platanus the most common species. M. liza is distributed from Florida to Rio de Janeiro and M. platanus from Rio de Janeiro to Argentina. With the development of this work, we sought to test the hypothesis that M. liza and M. platanus constitute a single species and to verify if these species are distinct from M. cephalus. For this, we used the sequences of six mitochondrial genes: COI of 654pb, 16S rRNA of 609pb, 12S rRNA of ATPase 8 of 579pb, ATPase 6 of 117pb and Cytb of 975pb. We analyzed 85 individuals of M. liza, M. curema, M. cephalus, M. trichodon, M. incilis, M. rubrioculus, M. hospes and M. sp. from Brazil, Argentina, Uruguay, Venezuela and Greece (M. cephalus). The results showed a separation of all species, with a consistent bootstrap index (100%), specimens of M. liza and M. platanus formed one clade, with a divergence of 0%, suggesting that this clade represents a single species without a clear population structure, showing high degree of gene flow even with a wide distribution in the Atlantic Ocean. Mugil cephalus and M. liza showed interspecific genetic distance of 19,5% suggesting that they are different species, even with many morphological similarities. Our data revealed the presence of three different lineages within of M. curema thus forming a complex of species that must be resolved. We conclude that M. liza is a single species morphologically similar to M. cephalus but genetically different of it

Os gêneros Athenaea e Aureliana (Solanaceae) são compostos por sete e oito espécies, respectivamente, e os mesmo são distintos pela presença do cálice acrescente, que envolve o fruto, nas espécies de Athenaea. Suas plantas são arbustos com flores brancas com máculas esverdeadas ou roxas. A espécie mais abundante do grupo é Aureliana fasciculata, que ocorre ao longo de toda a Mata Atlântica. As demais espécies são raras. Athenaea e Aureliana são considerados gêneros irmãos, de acordo com a mais recente análise filogenética da família Solanaceae, e pertencem à subtribo Withaninae. Esta subtribo apresenta uma distribuição intrigante, pois é composta por apenas sete gêneros que ocorrem na América do Sul, Eurásia, norte da África e Ásia, além do arquipélago do Havaí, da Ilha de Santa Helena e das Ilhas Canárias. O objetivo geral deste trabalho foi contribuir para o conhecimento das relações evolutivas entre as espécies dos gêneros Aureliana e Athenaea. Para isso, foram realizadas a análise filogenética e a datação a partir de dados moleculares dos gêneros Athenaea e Aureliana, incluindo os demais gêneros da subtribo Withaninae, além da análise filogeográfica de Aureliana fasciculata. Para as análises filogenéticas foram sequenciadas cinco regiões do genoma plastidial (gene ndhF, intron trnL e os espaçadores plastidiais trnL-trnF, psaI-accD e trnC-ycf6). Os resultados obtidos indicam que a diversificação das espécies dos gêneros Athenaea e Aureliana a partir de um ancestral comum ocorreu cerca de 3,9 milhões de anos atrás. Não foram detectados clados correspondentes a cada um dos gêneros. Para a análise filogeográfica de Aureliana fasciculata foram sequenciados os espaçadores plastidiais trnH-psbA e trnS-trnG. Foram detectados quatorze haplótipos em 112 indivíduos da espécie, que também apresentou sinais de estruturação geográfica, com moderado isolamento por distância. Uma putativa barreira Norte/Sul entre os haplótipos, localizada ao sul do rio Doce (Espírito Santo, Brasil) também foi inferida. Uma expansão populacional há cerca de 50–60 mil anos atrás foi detectada, o que coincide com registros palinológicos de expansão da área florestal na Mata Atlântica. Os eventos históricos que moldaram a distribuição e demografia atual de Aureliana fasiculata são anteriores ao último máximo glacial e parecem estar relacionados a eventos climáticos do Pleistoceno. Por último, foi construída e validada uma biblioteca enriquecida em microssatélites de Aureliana fasciculata. Foram descritos sete pares de ―primers‖ polimórficos, com três alelos por locus, em média, e 6 heterozigosidade observada entre 0,05 e 1,00. A ampliação da amostragem e a utilização de marcadores moleculares de evolução mais rápida poderão trazer informações ainda mais completas sobre a taxonomia e história evolutiva dos gêneros Athenaea e Aureliana. / Athenaea and Aureliana (Solanaceae) genera are composed by seven and eight species, respectively. The character that distinguishes both genera is the presence of acrescent calyx, which involves the fruit, in Athenaea species. The plants are shrubs with white flowers and green or purple stains. The most abundant species of the group is Aureliana fasciculata, which occurs along the Atlantic Rainforest. All remaining species are rare. Both genera are considered as sister groups, according to the most recent phylogenetic analysis of Solanaceae family, and they both belong to subtribe . This group presents a puzzling distribution. It is composed by seven genera that occur in South America, Eurasia, North of Africa and Asia, plus Hawaiian Archipelago and St. Helena and Canary Islands. The main goal of the present study is to contribute to the knowledge of the evolutive relationship among the species of Athenaea and Aureliana. In order to do this, a phylogenetic analysis and molecular dating based on molecular data was performed, including Athenaea and Aureliana species, plus subtribe Withaninae representatives. The phylogeography of Aureliana fasiculata was also investigated. Five plastidial genomic regions (ndhF gene, trnL intron, and trnL-trnF, psaI-accD and trnC-ycf6 intergenic spacers) were employed to the phylogenetic analysis. The obtained result indicates that the diversification of Athenaea and Aureliana species from their common ancestor occurred circa 3.9 million years ago. Clades corresponding to each genus were not detected. The trnH-psbA and trnS-trnG plastidial spacers were employed to perform phylogeographic analysis of Aureliana fasciculata. Fourteen haplotypes were detected among 112 individuals. The species displayed signs of geographic structure and moderate isolation by distance. A putative barrier among North/South haplotypes, located south of the Doce River (Espírito Santo, Brazil), was also inferred. A populational expansion circa 50 – 60 thousand years ago was detected, which agrees with palinological information regarding forest area expansion at the same period at the Atlantic Rainforest. The historical events that shaped the present geographic pattern and domography are older than the Last Glacial Maximum, and they seem to be related to Pleistocene climatic events. At last, a microsatellite-enriched library was constructed and validated to Aureliana fasciculata. Seven pairs of polymorphic microsatellite primers were described, which displayed three alleles per locus, on average, and observed heterozygosity that ranged from 0.05 to 1.00. A broader sampling and the use of rapdly evolving molecular markers may provide more 8 complete information about the taxonomy and evolutive history of Athenaea and Aureliana genera.

Hollandichthys é um gênero de caracídeos inseminadores cujas relações de parentesco e diversidade ainda estão por serem descobertas. Suas relações ainda são incertas, tendo sido considerado como incertae sedis dentro de Characidae. Algumas hipóteses recentes propuseram Hollandichthys como relacionado alternativamente a dois gêneros distintos, Pseudochalceus e Rachoviscus. É considerado como um gênero monotípico habitando pequenos riachos associado à Mata Atlântica (uma das regiões mais endêmicas do mundo), mas esconde uma grande diversidade por trás desta única espécie válida – H. multifasciatus. Para propor as relações filogenéticas de Hollandichthys dentro da família, nós analisamos genes mitocondriais e nucleares representando 41 espécies de Characidae. Para inferir a história evolutiva do gênero, nós sequenciamos 201 espécimes pertencentes a 20 populações de toda sua área de distribuição. Nós propomos aqui o gênero Rachoviscus como o grupo-irmão de Hollandichthys. Além disso, os resultados suportam a evidência de que a inseminação evoluiu independentemente pelo menos três vezes em Characidae. Nas análises filogeográficas, nós inferimos uma separação clara, datada de 1.9 milhões de anos, em dois grupos distintos (Norte e Sul) isolados pelo estuário de Paranaguá. As diversas populações agrupam-se consistentemente em cinco grupos que melhor representam a diversidade molecular e geográfica dos nossos dados. De modo geral, a história evolutiva inferida para esse gênero é estritamente correlacionada com as mudanças climáticas que causaram impacto na área da Floresta Atlântica. Um evento de bottleneck teria ocorrido durante o ultimo máximo glacial, seguido de um crescimento populacional que coincide com a expansão da floresta – de pequenas e isoladas áreas para uma distribuição contínua. / Hollandichthys is a genus of inseminating characid fishes whose relationships and diversity are still to be discovered. Its relationships are uncertain, having been considered as incertae sedis in Characidae. Some recent hypothesis set Hollandichthys alternatively related to two different genera, Pseudochalceus and Rachoviscus. It has been long considered a monotypic genus living in small creeks associated with the Atlantic Forest (one of the most endemic regions in the world), but it hides a great diversity behind a single valid species name - H. multifasciatus. To access the phylogenetic relationships of Hollandichthys we have analyzed mtDNA and nuclear genes representing 41 species of Characidae. To access the evolutionary history of the genus, we have sequenced 201 specimens from at least 20 populations from all distributional range. We found Rachoviscus as sister-group of Hollandichthys. Furthermore, the results support the evidence that insemination evolved at least three times inside this family. In the phylogeographic approach, we found a clear separation in two different groups (North and South) in the area of Paranaguá estuary in the Brazilian Coast, dating from 1.9 Mya, and the several populations consistently arranged into five groups that better fits to the diversity of our molecular and geographic dataset. In a general manner, the evolutionary history inferred for this genus is strictly correlated with the climatic changes that caused impact in the Atlantic Forest area. A bottleneck would have happened during the last maximum glacial, followed by a population growth that coincides with the expansion of the forest - from small isolated areas to a large continuum.

Hollandichthys é um gênero de caracídeos inseminadores cujas relações de parentesco e diversidade ainda estão por serem descobertas. Suas relações ainda são incertas, tendo sido considerado como incertae sedis dentro de Characidae. Algumas hipóteses recentes propuseram Hollandichthys como relacionado alternativamente a dois gêneros distintos, Pseudochalceus e Rachoviscus. É considerado como um gênero monotípico habitando pequenos riachos associado à Mata Atlântica (uma das regiões mais endêmicas do mundo), mas esconde uma grande diversidade por trás desta única espécie válida – H. multifasciatus. Para propor as relações filogenéticas de Hollandichthys dentro da família, nós analisamos genes mitocondriais e nucleares representando 41 espécies de Characidae. Para inferir a história evolutiva do gênero, nós sequenciamos 201 espécimes pertencentes a 20 populações de toda sua área de distribuição. Nós propomos aqui o gênero Rachoviscus como o grupo-irmão de Hollandichthys. Além disso, os resultados suportam a evidência de que a inseminação evoluiu independentemente pelo menos três vezes em Characidae. Nas análises filogeográficas, nós inferimos uma separação clara, datada de 1.9 milhões de anos, em dois grupos distintos (Norte e Sul) isolados pelo estuário de Paranaguá. As diversas populações agrupam-se consistentemente em cinco grupos que melhor representam a diversidade molecular e geográfica dos nossos dados. De modo geral, a história evolutiva inferida para esse gênero é estritamente correlacionada com as mudanças climáticas que causaram impacto na área da Floresta Atlântica. Um evento de bottleneck teria ocorrido durante o ultimo máximo glacial, seguido de um crescimento populacional que coincide com a expansão da floresta – de pequenas e isoladas áreas para uma distribuição contínua. / Hollandichthys is a genus of inseminating characid fishes whose relationships and diversity are still to be discovered. Its relationships are uncertain, having been considered as incertae sedis in Characidae. Some recent hypothesis set Hollandichthys alternatively related to two different genera, Pseudochalceus and Rachoviscus. It has been long considered a monotypic genus living in small creeks associated with the Atlantic Forest (one of the most endemic regions in the world), but it hides a great diversity behind a single valid species name - H. multifasciatus. To access the phylogenetic relationships of Hollandichthys we have analyzed mtDNA and nuclear genes representing 41 species of Characidae. To access the evolutionary history of the genus, we have sequenced 201 specimens from at least 20 populations from all distributional range. We found Rachoviscus as sister-group of Hollandichthys. Furthermore, the results support the evidence that insemination evolved at least three times inside this family. In the phylogeographic approach, we found a clear separation in two different groups (North and South) in the area of Paranaguá estuary in the Brazilian Coast, dating from 1.9 Mya, and the several populations consistently arranged into five groups that better fits to the diversity of our molecular and geographic dataset. In a general manner, the evolutionary history inferred for this genus is strictly correlated with the climatic changes that caused impact in the Atlantic Forest area. A bottleneck would have happened during the last maximum glacial, followed by a population growth that coincides with the expansion of the forest - from small isolated areas to a large continuum.

O felino Puma concolor, também conhecido por puma entre tantos outros nomes, é uma espécie de ampla distribuição no continente americano e está entre as 10 espécies de felídeos existentes na região Neotropical. Sua ampla distribuição e a história geológica das diferentes regiões ocupadas pela espécie ao longo de sua evolução agem diretamente na sua história evolutiva e demográfica. E muito do que aconteceu com a espécie, como expansões ou drásticas reduções demográficas, isolamento geográfico, intensidade de fluxo entre populações e outras informações como índices de variabilidade genética podem ser identificados pelo uso dos diferentes recursos disponibilizados pela genética molecular. A América do Sul possui uma grande diversidade de espécies e uma alta variabilidade genética intraespecífica para diversas espécies quando comparadas a populações das mesmas nas Américas do Norte e Central, como já identificado para a espécie em questão. Para conhecer um pouco mais sobre o puma, sua história evolutiva e sua dinâmica populacional no subcontinente sul-americano e identificar possíveis barreiras geográficas para a movimentação da espécie realizamos as análises em três fragmentos de DNA mitocondrial (ND5, ATP8 e Região Controladora) em 156 amostras de indivíduos distribuídos pela América do Sul adicionados de 30 amostras provenientes de indivíduos das Américas do Norte e Central. Constatamos que os pumas sul-americanos possuem uma grande variabilidade genética e uma complexa, mas recente história evolutiva. Os melhores resultados para análises de fluxo gênico foram encontrados quando amostras foram divididas em 7 grupos dentro de 3 grupos maiores, sendo 5 grupos num grupo maior sul-americano, um centro-americano sul e um centro norte e norte-americano, chegando a valores de st de 0,6729 (p= 0,000 + 0,000) para a amostragem total e de 0,3599 (p= 0,000 + 0,000) para os pumas sul-americanos. Entre os rios testados como barreiras, o rio Amazonas foi indicado como um importante limite para o fluxo gênico entre populações, já o rio Paraná não se mostrou uma barreira de alto impacto para os pumas. A variabilidade genética encontrada nos pumas da América do Sul nos indica um ancestral comum mais recente (MRCA) tendo existido entre 90 mil e 350 mil anos atrás. Já as análises demográficas nos mostram que houve uma expansão bastante recente, há aproximadamente 8.000 anos, após o término do último período glacial (110.000 – 10.000 anos atrás), que coincidiu também com o período posterior à extinção de diversos grupos de mamíferos (~12.000 anos atrás), entre eles alguns felídeos que habitavam as Américas, incluindo possivelmente os pumas que habitavam a América do Norte. / The felid Puma concolor, popularly known as puma, cougar and several other names, is a species with a broad geographical distribution within the American continent. It is one of the ten felid species that corrently occur in the Neotropical region. The broad distribution and the geological history of the different regions occupied by the species throughout its evolution have likely had a direct impact on its demographic history. Much of what has happened to the species, such as demographic expansions and reductions, geographic isolation, gene flow among populations, as well as other types of information about its populations, such as their current genetic variability, can be identified by the various approaches available in the field of molecular genetics. South America exhibits a remarkable diversity of living species, as well as high intraspecific genetic for several taxa, including the puma, To obtain more knowledge about the puma, its evolutionary history and its population dynamics in the South American subcontinent, and to identify possible geographical barriers affecting the species, we analyzed three mitochondrial DNA fragments (ND5, ATP8 and the control region) of 156 individuals sampled from throughout South America plus 30 individuals from North and Central America. It was found that South American pumas have high genetic variability and a complex, but recent, evolutionary history. The best results for the analysis of gene flow were found when the sample was divided into 7 groups contained in three major groups: 5 South American groups, one southern Central American group, and one northern Central American + North American group, reaching st values of 0.6729 (p=0.000 + 0.000) for the total sample and 0.3599 (p= 0.000 + 0.000) for South American pumas. Of the rivers tested as barriers, the Amazon was found to be an important historical barrier for the gene flow among populations. The genetic variability found in South American pumas indicates that their Most Recent Common Ancestor (MRCA) existed between 90 and 350 thousands years ago. Demographic analyses indicated that there was a recent demographic expansion approximately 8,000 years ago, after the end of the last glacial period (110,000 -10,000 years ago), a time which was immediately subsequent to the extinction of many mammalian groups (~12.000 years ago), such as additional felids that lived in the Americas, possibly including earlier populations of North American pumas.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-21T18:45:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Erik_Choueri_versFinal.pdf: 1694322 bytes, checksum: ac0f0c21f91cbd03c41643170d5ee15d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T18:45:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_Erik_Choueri_versFinal.pdf: 1694322 bytes, checksum: ac0f0c21f91cbd03c41643170d5ee15d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Amazon floodplains is a mosaic of environments who occupy more than 10% of basin and harbor countless species of animals and plants. In this context, the associeted avifauna exhibit different degrees of dependence related to use of microhabitats. Despite its ecological importance, the organisms’ population dynamics that use these environments are not well known, as well as the historical mechanisms that influenced the formation of these landscapes. Thus, this study evaluated the population dynamics of four forest birds species specialized in the Amazon floodplains use. Among these, were evaluated a generalist specie in the floodplain use (Hypocnemoides melanopogon) and three species that use preferably fluvial islands (Myrmotherula assimilis, Myrmoborus lugubris and Thamnophilus nigrocinereus), environments arranged discretely in landscape. When considering archipelagos situated in lower Negro River, despite evidences of gene flow between islands, subtle signals indicate that genetic diversity is heterogeneously distributed across the landscape. In a broader geographic scale, lineages of birds specialists of insular environments exhibited distinctions between Negro and other great rivers of Amazon. These results contrast with other studies that indicated no genetic structure in specialized birds in the amazon’s floodplains. It should be noted that such response was not observed in the generalist specie of flooded areas, suggesting that the organisms’ ecological characteristics can influence genetic diversity in these habitats. The temporal congruence of divergences between lineages of Negro and Solimões are evidences that paleoclimatic and geologic process related to the formation of landscape in recent past (Pleistocene) were possibly responsible by the current organization of these species. Finally, the species studied does not showed remarkable signals of population expansion, a similar result to that achieved for other floodplains’ birds, but are contrasting to those obtained in lowland (Terra Firme) organisms. This answer can be an idicative of constant avaliability of floodplains during the transition Pleistocene/Holocene. / As planícies alagáveis da Amazônia correspondem à um mosaico de ambientes que ocupam mais de 10% da bacia e abrigam inúmeras espécies de animais e plantas. Neste contexto, a avifauna associada apresenta graus distintos de dependência ao uso de determinados microhabitats. Apesar de sua relevância ecológica, pouco se conhece sobre a dinâmica populacional dos organismos que utilizam estes ambientes, assim como os mecanismos históricos que influenciaram a formação destas paisagens. Desta forma, o presente estudo avaliou a dinâmica populacional de quatro espécies de aves florestais de planícies alagáveis da Amazônia. Dentre estas, foi considerada uma espécie generalista no uso deste habitat (Hypocnemoides melanopogon) e outras três que utilizam preferencialmente ilhas fluviais (Myrmotherula assimilis, Myrmoborus lugubris e Thamnophilus nigrocinereus), ambientes dispostos de forma discreta na paisagem. Quando considerados os arquipélagos do baixo Rio Negro, apesar de evidências de fluxo gênico entre ilhas, foram encontrados sinais de distribuição heterogênea da diversidade genética na paisagem. Em escala geográfica mais ampla, linhagens das três espécies especializadas no uso de ambientes insulares apresentaram distinção entre o Negro outros grandes rios amazônicos. Estes resultados são contrastantes com outros estudos que indicaram ausência de estruturação genética em aves de planícies de fluviais amazônicas. Cabe salientar que tal reposta não foi observada para a espécie generalista de áreas alagadas, sugerindo que as características ecológicas dos organismos podem influenciar sua diversidade genética nestes habitats. A congruência temporal das divergências entre estas linhagens dos Negro e Solimões evidencia que processos paleoclimáticos e geológicos relacionados à formação da paisagem no passado recente (Pleistoceno) foram possivelmente responsáveis por reger a organização atual destes organismos. Por fim, as espécies estudadas não apresentaram sinais marcantes de expansão populacional recente, resultado concordante ao obtido para outras aves de planícies alagadas, mas que contrastam com aqueles obtidos para organismos de Terra Firme. Tal resposta pode ser um indicativo de disponibilidade constante dos habitats alagáveis amazônicos durante a transição entre Pleistoceno/Holoceno.