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Évolution génomique au sein d'une population naturelle de Streptomyces / Genomic evolution within a natural population of Streptomyces

Tidjani, Abdoul-Razak 03 December 2019 (has links)
Les Streptomyces sont des bactéries de la rhizosphère qui contribuent à la fertilité des sols (recyclage de la matière organique), et à la croissance et la santé des plantes. Elles possèdent parmi les plus grands génomes bactériens (12 Mb) et présentent une variabilité génétique importante. Cette variabilité connue au niveau interspécifique n’a jamais été abordée à l’échelle de la population, c’est-à-dire entre individus sympatriques appartenant à la même espèce (souches sœurs) au sein de la même niche écologique. L’objectif de ce travail est de rechercher cette diversité dans les populations de l’écosystème sol forestier, d’approcher sa dynamique et son rôle fonctionnel. Après séquençage et comparaison des génomes complets, nous avons observé une grande diversité génomique en termes de taille, de présence/absence d’éléments extrachromosomiques, mais également en terme de présence/absence de gènes le long du chromosome. Un grand nombre d’événements d’insertions et délétions (indels) comprenant de 1 à 241 gènes différencient les individus de la population. Au vu des liens phylogénétiques étroits entre les individus, l’ancêtre commun de la population est récent, aussi la diversité génomique résulterait d’un flux massif et rapide de gènes. La forte prévalence d’éléments conjugatifs intégrés dans la population suggère que la conjugaison est le moteur prépondérant de cette diversité génomique. La production différentielle de métabolites spécialisés (antibiotiques) a également été utilisée pour estimer l’impact de la diversité génétique sur le fonctionnement de la population. Nous avons pu montrer que cette production était liée à des gènes spécifiques de souches et qu’elle pouvait constituer un bien commun pour la population. Nous proposons que l’évolution rapide du génome participe au maintien des mécanismes de cohésion sociale chez ces bactéries du sol. / Streptomyces are rhizospheric bacteria that contribute to soil fertility (recycling of organic matter), plant growth and health. They have among the largest bacterial genomes (12 Mb) with a high genetic variability. The genome variability, observed at the interspecific level has never been addressed within a population, i.e. between sympatric individuals belonging to the same species (Conspecific strains) within the same ecological niche. The objective of this work was to investigate this diversity in the forest soil ecosystem, to estimate its dynamics and its potential functional roles. After sequencing and comparison of the complete genomes, we observed a wide genomic diversity in terms of size, presence/absence of extrachromosomal elements, but also in terms of presence/absence of genes along the chromosome. A large number of insertion and deletion events (indels) from 1 to 241 genes differentiate individuals in the population. Given the close phylogenetic relationship of these strains, the common ancestor of the population is recent, hence the genomic diversity would result from a massive and rapid gene flux. The high prevalence of integrative and conjugative elements in the population suggests that conjugation could act as a driving force of this diversity. Differential production of specialized metabolites (antibiotics) was also used to estimate the impact of genetic diversity on population’s ecology. We were able to show that this production was linked to strain specific genes and that it may constitute a « public good » for the population. We propose that the rapid evolution of the genome contributes to the maintenance of social cohesion mechanisms within these soil bacteria.
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Effets d’un réchauffement artificiel sur la respiration des sols d’une érablière des Laurentides

Laberge, Sharlène 05 1900 (has links)
La respiration du sol (Rs) en milieu forestier est influencée par les conditions hydroclimatiques du sol ainsi que par la composition en espèces et la qualité de la litière. La hausse des températures et les changements dans les patrons de précipitation, attendus en contexte de changements climatiques, ont donc un fort potentiel de modifier Rs et ainsi, la concentration de CO2 atmosphérique. En ce sens, ce projet de recherche visait tout d’abord à étudier l’effet d’un réchauffement et d’un assèchement artificiels des sols sur Rs, puis à évaluer si la réponse des sols au chauffage allait varier selon le type de couvert forestier. Nous avons échantillonné le flux gazeux des sols sur deux ans dans trois peuplements d'une forêt tempérée décidue à sa limite nordique. Les résultats ont démontré une faible accentuation de Rs en réponse au chauffage, mais seulement jusqu’à un seuil de température du sol d’environ 15°C à partir duquel l’effet positif du chauffage s’estompe, voire s’inverse. Cependant, cette tendance n’était pas systématique puisque les trois peuplements ont démontré une sensibilité différente au chauffage, l’érablière à hêtre étant beaucoup plus sensible que la forêt mixte et l’érablière à bouleau. Ce qui était toutefois commun aux trois peuplements, c’est l’affaiblissement de l’influence de la température sur Rs passé le seuil de 15°C. Outre la température du sol, l’intégration d’autres variables, comme la teneur en eau, l’activité ionique en N, P et Ca de la solution de sol et la présence de conifères au modèle cherchant à expliquer la variabilité de Rs, n’a pas augmenté la puissance explicative du modèle, et ce pour aucun des traitements ou des peuplements. Les résultats de cette étude suggèrent néanmoins un élément intéressant, soit le plafonnement potentiel de Rs malgré la hausse des températures. Ceci apporte un questionnement quant à la magnitude de la rétroaction positive entre le cycle du carbone terrestre et le système climatique. / Forest soil respiration (Rs) is driven by soil hydroclimatic conditions as well as species composition and litter quality. Rising temperatures and changes in precipitation patterns, expected in the context of climate change, therefore have a strong potential to modify Rs and thus the concentration of atmospheric CO2. This research aimed to study the effect of artificial heating and drying of soils on Rs, and to assess whether the response of soils to heating would vary according to the type of forest cover. We sampled soil gas flux over two years in three stands of a temperate deciduous forest at its northern edge. The results demonstrated a weak accentuation of Rs in response to heating, but only up to a soil temperature threshold of about 15°C, where the positive heating effect decreases or is even reversed. However, this trend was not systematic since the three stands demonstrated a different sensitivity to heating, the maple-beech forest being much more sensitive than the mixed forest and the maple-birch forest. Yet, what was common to the three stands was the decrease of the influence of temperature on Rs above the threshold of 15°C. In addition to soil temperature, the integration of other variables, such as water content, ionic activity in N, P and Ca of the soil solution and the presence of conifers in the model seeking to explain the variability of Rs, did not increase the explanatory power of the model for any of the treatments or stands. The results of this study highlight a potential capping of Rs despite the increase in temperatures. They bring questions regarding the magnitude of the positive feedback between the terrestrial carbon cycle and the climate system.
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Bilan des cortèges végétaux, de la croissance individuelle de l’épinette noire et du rendement forestier : en tourbières forestières boréales récoltées après 20 ans de drainage forestier

Préfontaine-Dastous, Gabrielle 20 April 2018 (has links)
Le drainage forestier en milieu boréal permet de rétablir des conditions hydrologiques propices à la croissance de l’épinette noire sur les pessières noires récoltées. Le but de cette étude était d’effectuer le suivi des plus vieux sites drainés de façon opérationnelle en Jamésie (Jutras et coll. 2002) plus de 20 ans après les travaux. L’efficacité du drainage a été mesurée par type écologique selon trois variables : la modification des communautés végétales, l’accroissement individuel de l’épinette noire ainsi que par le rendement forestier. Les comparaisons entre sites témoins et traités ont permis de cibler deux types écologiques où l’épinette noire réagit significativement au drainage dans le temps, soit RE37 et les RE39 riches. Pour les autres types écologiques étudiés, les conditions édaphiques étaient soit trop riches (RE26) ou trop pauvres (RE39 pauvre et très pauvre) pour que le drainage augmente significativement la croissance de l’épinette noire et le rendement forestier.
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Opportunités du REDD+ pour l'aménagement durable des forêts tropicales et obstacles à son implantation en République démocratique du Congo : perspective juridique

Fimpa Tuwizana, Twison 08 1900 (has links)
La situation de la forêt tropicale dans les pays en développement en général, et en République Démocratique du Congo (RDC) en particulier, est inquiétante. Les émissions de dioxyde de carbone dues au déboisement sont de l’ordre de 1,6 GtCO2e/an, soit 17% des émissions mondiales de « gaz à effet de serre ». Sous l’égide de la Convention-cadre des Nations Unies sur les changements climatiques, le REDD+ a été institué pour lutter contre cette déforestation et la dégradation des forêts. Cette étude examine les différentes opportunités qu’offre ce programme pour l’aménagement écosystémique du couvert forestier de la RDC et les obstacles contextuels à sa mise en oeuvre. Pour la RDC, le REDD+ présente un certain nombre d’opportunités : réduction des émissions liées au déboisement et à la dégradation des forêts; amorce des travaux d’afforestation et de reforestation par une gestion durable des ressources conduisant à la création des emplois et favorisant la croissance des PIB et des exports; accroissement du rendement et maintien d’une plus grande couverture des besoins alimentaires. Le REDD+ peut favoriser la croissance du Produit intérieur brut agricole. Il peut contribuer à l’électrification des ménages et réduire de moitié les dépenses des ménages dépendant de l’exploitation minière et des hydrocarbures et, ainsi, générer des milliers d’emplois en infrastructures. Pour les populations locales et autochtones, il peut contribuer aussi à protéger et à valoriser les cultures liées à la forêt. Mais, face aux pesanteurs d’ordre juridique, politique, social, économique, technologique et culturel caractéristiques de ce pays, ces opportunités risquent d’être amenuisées, sinon annihilées. Étant donné que l’essentiel du déploiement du dispositif du REDD+ se réalisera dans les zones rurales congolaises, l’obstacle majeur reste le droit coutumier. La solution serait d’harmoniser les exigences et finalités du REDD+ non seulement avec le Code forestier de 2002 et ses mesures d’exécution mais aussi avec le droit coutumier auquel les communautés locales et autochtones s’identifient. / The situation of the rainforest in developing countries in general and the Democratic Republic of Congo (DRC) in particular is worrying. Emissions of carbon dioxide from deforestation are about 1.6 GtCO2e/an, or 17% of global emissions of "greenhouse gases". Under the auspices of the UN Framework Convention on Climate Change, REDD+ has been established to fight against the deforestation and degradation of forests. This study examines the different opportunities offered by the program for ecosystem-based management of forest cover in the DRC and contextual barriers to its implementation. For the DRC, REDD+ has a number of opportunities: reducing emissions from deforestation and forest degradation; work begins afforestation and reforestation for sustainable management of resources leading to job creation and promoting the growth of GDP and exports, increased yield and maintaining greater food needs. The REDD+ can promote the growth of the agricultural gross domestic product. It can contribute to the electrification of households and halve spending dependent on mining and oil and thus generate thousands of jobs in infrastructure. For local and indigenous communities, it can also help to protect and promote the cultures associated with the forest. But, faced with the burdens of legal, political, social, economic, technological and cultural characteristics of the country, these opportunities may be diminished, if not annihilated. Given that most of the deployment of the REDD+ will happen in Congolese rural areas, the major obstacle is the customary law. The solution would be to harmonize the requirements and objectives of REDD+ not only with the Forest Code of 2002 and its implementing rules but also with the customary law which local and indigenous communities identify.
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La protection des écosystèmes forestiers d'Afrique centrale à l'épreuve des nécessités de développement socio-économique : cas du Cameroun / The protection of central Africain forest écosystèmes within the test of socioeconomic development needs : the case of Cameroon

Nkoue, Éléazar Michel 05 April 2019 (has links)
Les écosystèmes forestiers d’Afrique centrale en général, et ceux du Cameroun en particulier, sont très riches en ressources naturelles. Ils offrent de nombreuses opportunités aux populations pour leurs moyens de subsistance. Cependant, face à la mise en place du processus de développement socio-économique, ce milieu est confronté à de nombreuses menaces, notamment, la déforestation, la dégradation, le braconnage, la pollution, la surexploitation des ressources biotiques et abiotiques, etc. Le législateur camerounais, sous l’impulsion de l’action de la coopération internationale, a adopté plusieurs instruments juridiques internationaux et nationaux prévoyant des mesures de protection des écosystèmes forestiers durant la réalisation des projets de développement socio-économique. Toutefois, l'analyse minutieuse du dispositif normatif et institutionnel mis en place au Cameroun, montre que les mécanismes juridiques de protection des écosystèmes forestiers durant la réalisation des projets de développement socio-économique, quoique pluriels, restent ineffectifs et inefficaces. Beaucoup d’efforts restent encore à fournir sur certains aspects qualitatifs de la législation. L’application des mécanismes juridiques existants ne favorise pas l’atteinte des objectifs d’une protection efficace et efficiente des écosystèmes forestiers. Les problèmes liés aux ressources humaines et financières, de gouvernance forestière, d’incoordination institutionnelle, d’analphabétisme écologique, de la pauvreté généralisée des populations, de conflit entre la tradition et la modernité ont pour conséquence de relativiser l’effectivité et l’efficacité de la protection des espaces forestiers au Cameroun. Pour relever ce défi, il faut nécessairement mettre en œuvre de nombreuses actions, dont les plus pertinentes sont la reformulation du cadre législatif, l’amélioration du système de gouvernance et l’élaboration d’une convention internationale sur les forêts. / The forest ecosystems of Central Africa in general and those of Cameroon in particular, are very rich in natural resources. They offer many opportunities for people in terms of livelihoods. However, faced with the implementation of the process of socio-economic development, this environment is confronted with many threats including deforestation, degradation, poaching, pollution, overexploitation of biotic and abiotic resources, etc. The Cameroonian legislator, spurred by the action of international cooperation, has adopted several international legal instruments and has legislated on measures to protect forest ecosystems during the implementation of socio-economic development projects. However, a careful analysis of the normative and institutional framework put in place in Cameroon shows that the legal mechanisms for protecting forest ecosystems during the implementation of socio-economic development projects, although plural, remain ineffective and inefficient. There is still much work to be done on some aspects of legislation and enforcement of existing legal mechanisms to ensure that forest ecosystem protection objectives are effective and efficient. The problems of human and financial resources, forest governance, institutional incoordination, ecological illiteracy, widespread poverty of the people, conflict between tradition and modernity have the effect of putting into perspective the effectiveness and efficiency of the protection of forest ecosystems in Cameroon. Meeting this challenge requires the implementation of several actions, the most salient of which are the reformulation of the legislative framework, the improvement of governance and the elaboration of an international convention on forests.
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Cartographie et mesure de la biodiversité du Mont Ventoux. Approche par Système d'Information Géographique et Télédétection, préconisations méthodologiques et application pour l'aménagement forestier

Mafhoud, Ilène 16 July 2009 (has links) (PDF)
Les données issues de la télédétection couplées à des approches de type système d'information géographique sont d'un grand intérêt potentiel pour l'aménagement forestier. Le but de cette recherche est dans un premier temps de fournir une cartographie utilisable des espèces forestières dominantes à l'échelle du pixel, en utilisant des méthodes éprouvées de la télédétection. Le site d'étude choisi est le versant sud du Mont Ventoux, une montagne méditerranéenne présentant une forte biodiversité forestière. Les travaux relatés dans la première partie ont permis de réaliser des cartographies discriminantes des espèces forestières à partir des données satellitaires (Spot 5) par classification supervisée et non supervisée, en lien avec des relevés terrains. La pertinence de ces méthodes pour la cartographie de la couverture forestière est évaluée et discutée, l'objectif étant d'identifier les conditions optimales en fonction de la résolution spatiale et de la bande spectrale pour la discrimination des espèces forestières majeures du Mont Ventoux. Ce travail nous a ensuite amenés à proposer une méthode originale de mesure de la variabilité de la biodiversité à l'aide de 4 indices classiques : indices de Shannon, de Simpson, de Richesse et de Dominance. L'approche a été appliquée en utilisant deux descripteurs de la biodiversité : l'indice de végétation normalisé (NDVI) et la diversité en espèces forestières. Cette méthode inédite permet, grâce au recours à différentes images de résolutions spatiales imbriquées et à un processus systématique d'agrégation, d'extraire la part de biodiversité (alpha et bêta) due à la structure spatiale, en éliminant l'effet du support spatial, composante déterminante du Modifiable Areal Unit Problem (MAUP). Nous discutons également dans cette recherche de la capacité de notre méthode à extraire, une « échelle pertinente » de mesure de la diversité.
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Estimating the aboveground biomass of central African tropical forests at the tree, canopy and region level

Bastin, Jean-François 24 October 2014 (has links)
Human pressure on forest resources increased significantly during the past decades through land use and land use change, especially in the tropics where forest clearing is a major source of CO2 release in the atmosphere. Consequently, forests are the focus of international environmental policies and discussions aiming to reduce emissions from deforestation and forest degradation (i.e. REDD+). The capacity of participating countries to regularly provide accurate forests C stocks measurements at a national scale thus represents an important challenge to address. In dense forests, generally only the above ground biomass (AGB) is measured as it accounts for more than 50% of total C stocks. However, important gaps remain at each scale of measurement, i.e. from felled tree to regional mapping, with the resulting errors propagation through these different scales being probably the most concerning issue.<p><p>In the present work, we propose to address these issues by using a multi-scale approach in order to improve our global understanding of AGB variations in dense tropical forests of Central Africa. In particular, we studied (i) forest AGB prediction from remote-sensing textural analysis, (ii) the potential role of largest trees as predictor of the entire forest-stand AGB and (iii) intra- and inter-individual radial variation of wood specific gravity (WSG, i.e. oven-dry mass divided by its green volume) and its potential consequences on the estimation of the AGB of the tree. <p>First, we analyzed the potential use of textural analysis to predict AGB distribution based on very high spatial resolution satellite scenes. In particular, we used the Fast Fourier Transform Ordination (FOTO) method to predict AGB from heterogeneous forest stands of the Democratic Republic of the Congo (DRC). Here, based on 26 ground plots of 1-ha gathered from the field, plus a successful combination of Geoeye and Quickbird contrasted scenes, we were able to predict and to map AGB with a robust model (R² = 0.85; RMSE = 15%) based on textural gradients. <p>Secondly, the research of AGB indicators was focused on the dissection of the role played by largest trees. Here we found largest trees not only hold large share of forest carbon stock but they contain the print of most of forest-stand structure and diversity. Using a large dataset from western Cameroon to eastern DRC, we developed a non-linear model to predict forest carbon stock from the measurement of only a few large trees. We found the AGB of the 5 % largest stems allow to predict the AGB of the entire forest-stand yielding an R² of 0.87 at a regional scale. Focusing on largest trees species composition, we also showed only 5 % of species account for 50 % of total AGB.<p>In the end, we investigated inter- and intra-individual WSG variations. Despite recognized inter- and intra-specific variations along the radial axis, their ecological determinants and their consequences on trees aboveground biomass assessments remain understudied in tropical regions. To our knowledge, it has never been investigated in Africa. Using a 3-D X-Ray scanner, we studied the radial WSG variation of 14 canopy species of DRC tropical forests. Wood specific gravity variance along the radial profile was dominated by differences between species intercepts (~76%), followed by the differences between their slope (~11%) and between individual cores intercept (~10%). Residual variance was minimal (~3%). Interestingly, no differences were found in the comparison of mean WSG observed on the entire core and the mean WSG at 1-cm under the bark (intercept ~0; coefficient = 1.03). In addition, local values of WSG are strongly correlated with mean value in the global data base at species level. <p><p>I deeply believe these results favor the development of promising tools to map and to estimate accurately the AGB of tropical forest-stands. The information provided by largest trees on the entire forest-stand is particularly interesting both for developing new sampling strategies for carbon stocks monitoring and to characterize tropical forest-stand structure. In particular, our results should provide the opportunity to decrease current sampling cost while decreasing its main related uncertainties, and might also favor an increase of the current sampling coverage. <p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Productivité des forêts mélangées : effet de la diversité en essences dans un contexte climatique et édaphique variable / Productivity of mixed forests : effect of tree species diversity along climatic and edaphic gradients

Toïgo, Maude 11 March 2015 (has links)
Les changements environnementaux à l’échelle globale peuvent se traduire par une modification des conditions abiotiques et de la diversité biologique. La fonction de production des écosystèmes forestiers a la particularité d'être à la fois soumise à, et régulatrice de ces changements environnementaux. Il apparaît alors primordial de comprendre la manière dont la diversité en essences et les facteurs abiotiques exercent le contrôle de cette fonction. Au cours de mes travaux j’ai étudié la variation de l'effet du mélange d’essences sur leur productivité dans un contexte climatique et édaphique changeant. Grâce à une double approche, basée sur des données locales et des données de l'Inventaire forestier national, je me suis concentrée sur cinq espèces forestières européennes majeures en peuplements purs et bispécifiques : Quercus petraea, Pinus sylvestris, Fagus sylvatica, Abies alba et Picea abies. En plaine je montre que l'effet du mélange d’essences varie peu avec les facteurs abiotiques. De plus cet effet est déterminé par la tolérance à l'ombrage de l'espèce accompagnatrice. En montagne l’effet du mélange d’essences sur leur productivité est plus fort et positif lorsque les facteurs abiotiques sont les plus limitants pour la croissance. Ces résultats illustrent l’intérêt d'intégrer les facteurs abiotiques et les caractéristiques fonctionnelles des espèces comme déterminants de l'effet de la diversité biologique sur les fonctions de l'écosystème. / Global environmental changes may lead to a modification of abiotic factors and biological diversity. The production function in forest ecosystems has the particularity to be both subjected to, and a regulator of, these environmental changes. Understanding how forest productivity is driven by species diversity and environmental factors is therefore a critical issue. This PhD thesis studies how tree species mixture affects their productivity along edaphic and climatic gradients. Based on an approach using both an original dataset and the national forest inventory dataset, I focused on five major species of European forests in pure and two-species forests: Quercus petraea, Pinus sylvestris, Fagus sylvatica, Abies alba and Picea abies. In lowlands, abiotic factors had little impacts on the outcome of tree species mixture on productivity. In addition, the effect of tree species mixture was determined by the shade tolerance of companion species. In highlands, the positive effects of tree species mixture were strongest when the abiotic factors were the most limiting for growth. These results highlight the importance of considering abiotic factors and the functional characteristics of species as drivers of the effect of biological diversity on ecosystem functions.
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Contribution du 36Cl au fond radiologique de Meuse/Haute-Marne : Distribution des pools actuels et transfert entre les compartiments des écosystèmes terrestres / 36Cl contribution of the radiological background in Meuse/Haute-Marne : distribution of current pools and transferts into the several compartments of the terrestrial ecosystem

Pupier, Julie 24 June 2015 (has links)
Le 36Cl est utilisé dans les études hydrologiques en raison de son caractère conservatif. Il apparaît cependant que le Cl- participe à un cycle biogéochimique complexe associé au turnover de la matière organique. Le flux de 36Cl atmosphérique a été déterminé (suivi mensuel des eaux de pluie sur deux ans) et varie saisonnièrement avec des valeurs accrues au printemps - été. L'importance de la période d'échantillonnage a été mise en évidence indiquant qu'une période de 6 mois est recommandée afin de lisser les variations saisonnières et les pics sporadiques du flux de 36Cl. Le flux atmosphérique moyen du 36Cl à notre site, constituant le flux d'entrée majoritaire dans son cycle biogéochimique, est de (75±6) atoms.m-2.s-1.La distribution du Cl et du 36Cl a été étudiée dans l’écosystème forestier grâce au développement des protocoles adéquats. 72% du Cl et 80% du 36Cl sont présents sous forme organique dans le sol alors qu'ils sont principalement sous forme inorganique dans la végétation. Les rapports mesurés dans la végétation (~ 200 x 10-15 at.at-1) sont similaires à ceux provenant des apports atmosphériques (~ 180 x 10-15 at.at-1) et ceux mesurés dans le sol sont un ordre de grandeur supérieur. Ces derniers augmentent significativement à 5-15 cm dans la fraction organique du profil de sol alors que dans la fraction inorganique une faible augmentation apparaît à 15-30 cm. Nous attribuons ces observations au recyclage du 36Cl du pic nucléaire des années 1950-1960. Ces résultats indiquent que la distribution du 36Cl diffère de celle du Cl suggérant des processus dynamiques d’immobilisation et de remobilisation du 36Cl liés au renouvellement de la matière organique. / 36Cl is widely used in hydrological studies since it is considered as a conservative tracer. However it appears that Cl- participates in a complex biogeochemical cycle linked to the organic matter turnover. The 36Cl atmospheric fallout rate has been determined (monthly record of rainwater samples during two years) and varies seasonally with higher values during spring – summer. The sampling period should at least span 6 months to avoid any biais in the fallout rate determination due to the monthly variations or any sporadic bursts of 36Cl. The mean 36Cl fallout rate at our site, corresponding to the main input of its biogeochemical cycle, equals (75±6) atoms.m-2.s-1. The distribution of Cl and 36Cl has been studied into the ecosystem thanks to the development of appropriate protocols.72% of the Cl and 80% of the 36Cl are contained in the organic fraction in soil while they are mainly in inorganic form in the vegetation. 36Cl/Cl measured in vegetation (~200 x 10-15 at.at-1) are within the range of the ones measured in the rainwater samples (~180 x 10-15 at.at-1), while the 36Cl/Cl ratios are 10 times higher in soil. 36Cl/Cl in soil increase significantly at a depth of 5-15 cm in the organic fraction while a slight increase is observed in the inorganic fraction at 15-30 cm deep. This suggests that 36Cl originating from the massive input of 36Cl introduced in the atmosphere more than 50 years as a consequence of nuclear tests, might still be recycling.These results emphasize that the distribution of 36Cl and Cl are not similar suggesting a possible occurrence of dynamic processes of 36Cl accumulation and release associated with the turnover of the organic matter.
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Dynamique spatio-temporelle des forêts dans l’écotone boréal-tempéré en réponse aux changements globaux

Brice, Marie-Hélène 05 1900 (has links)
Le principal objectif de ma thèse était de comprendre et de quantifier l’effet combiné du changement climatique récent et des perturbations sur la dynamique des communautés forestières de l’écotone boréal-tempéré au cours des dernières décennies. Pour ce faire, j’ai analysé les changements au niveau de la composition en espèces, de la dynamique de transition et du recrutement dans les forêts du Québec de 1970 à 2018. Dans le premier chapitre, j’ai montré que les perturbations naturelles et anthropiques étaient les principaux moteurs des changements de composition, i.e. la diversité β temporelle. Malgré la prévalence des perturbations, l’analyse des traits écologiques de la communauté a révélé une thermophilisation des forêts à travers le Québec, i.e. une augmentation des espèces de climat chaud au détriment des espèces de climat froid. Ce phénomène de thermophilisation a même été amplifié par les perturbations modérées, soulevant une nouvelle question : si les perturbations peuvent favoriser une telle réorganisation des communautés, pourraient-elles catalyser un basculement des forêts vers des états alternatifs ? Le second chapitre a apporté des réponses à cette question en analysant la dynamique de transition des forêts du Québec avec un modèle à quatre états, soit boréal, mixte, tempéré et pionnier. La dynamique de transition était principalement influencée par les perturbations et secondairement par le climat et les conditions édaphiques. Les perturbations majeures ont entraîné surtout des transitions vers l’état pionnier, tandis que les perturbations modérées ont favorisé les transitions de mixte à tempéré. À long terme, les perturbations modérées pourraient catalyser un déplacement plus rapide de l’écotone boréal-tempéré vers le nord sous l’effet du changement climatique. Toutefois, le recrutement des espèces tempérées a joué un rôle négligeable dans cette dynamique comparativement aux processus de mortalité et de croissance. Les deux premiers chapitres s’appuient sur des analyses de l’évolution des communautés d’arbres matures. Cependant, pour comprendre la dynamique forestière, une analyse de la dynamique de régénération est nécessaire, étude que j’ai menée au troisième chapitre. J’ai d’abord mis en lumière des déplacements de plusieurs kilomètres vers le nord pour les gaulis de Acer rubrum, Acer saccharum et Betula alleghaniensis dans les forêts non perturbées. Toutefois, sous l’influence des perturbations modérées, seuls les Acer spp. ont migré ; aucune espèce ne s’est déplacée sous l’influence des perturbations majeures. En revanche, les gaulis de Fagus grandifolia n’ont pas du tout migré. Bien que les coupes partielles aient favorisé une augmentation du recrutement des quatre espèces, elles n’ont pas entraîné de migration plus au nord, possiblement parce que le recrutement était freiné par une faible capacité de dispersion, une forte compétition par les espèces boréales et des conditions édaphiques défavorables. Dans l’ensemble, mes résultats ont souligné que les communautés forestières de l’écotone boréal-tempéré répondent déjà au changement climatique récent et que les perturbations accélèrent cette réponse. En effet, le réchauffement érode la résilience des forêts mixtes tandis que les perturbations éliminent les espèces boréales en place, ce qui accélère le processus de succession et facilite l’établissement des espèces tempérées. / The main objective of my thesis was to understand and quantify the combined effect of recent climate change and disturbances on forest community dynamics in the boreal-temperate ecotone over the past decades. To do so, I analysed the evolution of forest composition, transition dynamics and recruitment dynamics in Quebec from 1970 to 2018. In the first chapter, I showed that natural and anthropogenic disturbances were the main drivers of forest compositional change, i.e. temporal β diversity. Despite the prevalence of disturbances, analysis of community ecological traits revealed a thermophilization of forests across Québec, i.e. an increase of warm-adapted species at the expense of cold-adapted species. This thermophilization was further amplified by moderate disturbances, leading to a new question: if disturbances can favour such a community reorganization, could they catalyse a permanent shift to alternative states? The second chapter provided answers to this question with an analysis of forest transition dynamics in Québec based on a four-state model, i.e. boreal, mixed, temperate and pioneer. Transition dynamics was primarily influenced by disturbances and secondarily by climate and edaphic conditions. Major disturbances mainly triggered transitions to the pioneer state, while moderate disturbances promoted transitions from mixed to temperate states. In the long run, moderate disturbances may catalyse a faster northward shift of the temperateboreal ecotone under climate change. However, contrary to my expectations, temperate species recruitment played a negligible role in this dynamic compared to mortality and growth processes. The first two chapters were focussing on the evolution of mature tree communities. However, to understand forest dynamics, a detailed analysis of regeneration dynamics is necessary. Such a study was conducted in the third chapter where I highlighted northward shifts of several kilometres for the saplings of Acer rubrum, Acer saccharum and Betula alleghaniensis in undisturbed forests. However, under the influence of moderate disturbances, only Acer spp. had migrated and there were no shifts under the influence of major disturbances. In contrast, I found no evidence of migration for the saplings of Fagus grandifolia. Although partial cutting increased recruitment success of all four species, it did not result in larger northward range shifts, presumably because recruitment was constrained by short-distance dispersal, strong competition by boreal species, and unfavourable edaphic conditions. Overall, my results highlighted that forest communities in the temperate-boreal ecotone are already changing in response to recent climate warming and that disturbances are accelerating this response. While climate warming erodes the resilience of mixed forests, disturbances remove resident boreal species, thereby accelerating the successional process and facilitating the establishment of temperate species.

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