Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This study examined young populations Cabralea canjerana in a Deciduous Forest fragment, seeking to know the spatial distribution of the species, as well as understand the process of seed dispersal and its resilience, in an area with a history of disturbance by cattle. Plots of 5 x 5 m were placed at three sampling areas, and the young individuals above 30 cm were recorded and had its total height measured with tape. In the areas I, II and III were allocated 77, 144 and 90 plots respectively, totaling 7.775 m² of analyzed area. Subjects were grouped into four size classes by height. The resilience of the species was analyzed using phytosociological parameters as density and absolute frequency. To determine the spatial pattern, Moritisa and Payandeh dispersal index were used for all areas as well as univariate Ripley's K function for the area II. Also in the area II was possible to calculate the distance between mother trees and regenerating individuals in order to know the maximum dispersal distance. A total of 731 individuals were found C. canjerana, being 285, 86 and 360 in the areas I, II and III , respectively. In all areas the highest number of individual were found in the smallest high class, and the frequency was decreasing as the high increased (negative exponential). This fact shows that the populations analyzed are capable of self regeneration, this is common in areas with a history of disturbance as is the case of the analyzed fragment. The high density values found, show that favorable factors has contributed that canjerana could be able to restore its place, conferring high resilience for species. Morisita and Payandeh index demonstrated that the species is dispersed in an aggregated manner in the study areas. The high density of individuals located in small patches contributed to this pattern. Ripley's K Function confirmed these results for the area II until a distance of 30 meters of analysis. The seeds are dispersed with greater effectiveness at an average distance of 30 meters from the mother tree located in the area II. These results demonstrate that canjerana has great potential for recovery of disturbed areas, with simple actions such as an isolation area, together with the presence of seed producing trees and seed dispersal agents, are capable of promoting the regeneration of species in the environment previously disturbed. / Este trabalho analisou populações jovens de Cabralea canjerana em fragmento de Floresta Estacional Decidual, buscando conhecer o padrão de distribuição espacial da espécie, assim como entender o processo de dispersão das sementes e a capacidade de resiliência da mesma, em uma área com histórico de perturbação por bovinocultura. Foram alocadas parcelas de 5 x 5 m em três pontos amostrais, sendo que os indivíduos jovens acima de 30 cm de altura foram contabilizados e tiveram sua altura total medida com fita métrica. Nas áreas I, II e III foram alocadas 77, 144 e 90 parcelas respectivamente, totalizando 7.775 m² de área analisada. Os indivíduos foram agrupados em quatro classes de tamanho conforme a altura total. A capacidade de resiliência da espécie foi analisada através dos parâmetros fitossociológicos densidade e frequência absolutas. Para determinação do padrão espacial foram utilizados os índices de dispersão de Moritisa e Payandeh para todas as áreas, assim como a função univariada de K de Ripley para a área II. Também na área II foi possível calcular a distância entre as árvores matrizes e os indivíduos regenerantes a fim de conhecer a distância máxima de dispersão das sementes. Ao total foram encontrados 731 indivíduos de C. canjerana, sendo 285, 86 e 360 nas áreas I, II e III, respectivamente. Em todas as áreas estes foram predominantes na menor classe de tamanho, sendo que a frequência foi decrescendo à medida que a classe aumentava (exponencial negativa). Este fato demonstra que as populações analisadas possuem capacidade de auto regeneração, sendo comuns em áreas com histórico de perturbação como é o caso do fragmento analisado. Os altos valores de densidade encontrados demonstram que fatores favoráveis tem contribuído ao longo do tempo, para que a canjerana esteja novamente se restabelecendo no local, conferindo alta resiliência para a espécie. Os índices de Morisita e Payandeh demonstraram que a espécie encontra-se dispersa de forma agrupada nas áreas de estudo. A alta densidade de indivíduos localizados em pequenas manchas contribuiu para este padrão. A função K de Ripley confirmou estes resultados para a área II a uma distância de até 30 metros de análise. As sementes são dispersas com maior efetividade a uma distância média de 30 metros das matrizes localizadas na área II. Estes resultados demonstram que a canjerana possui grande potencial para recuperação de áreas perturbadas, sendo que ações simples como o isolamento da área, juntamente com a presença de árvores produtoras de sementes e dispersores, são capazes promoverem a regeneração da espécie em um ambiente anteriormente perturbado.

O padrão espacial de espécies em florestas nativas pode fornecer evidências sobre a estrutura da comunidade vegetal. Fatores ambientais podem influenciar o padrão espacial das espécies, como as características edáficas e processos que dependem da densidade, como competição intra e interespecífica. Desse modo, a pesquisa da relação entre as características ambientais e o padrão espacial de espécies florestais pode ajudar a entender a dinâmica de florestas. O objetivo deste estudo foi empregar técnicas da análise de processos pontuais para verificar o efeito de fatores ambientais sobre a ocorrência de espécies florestais. A área de estudo foi a Estação Ecológica de Assis (EEA), da unidade de Conservação do Estado de São Paulo em parcelas permanentes, dentro do projeto \"Diversidade, dinâmica e conservação em florestas do Estado de São Paulo: 40 ha de parcelas permanentes\" do programa Biota da FAPESP. A descrição do padrão espacial das espécies mais abundantes na área de estudo foi avaliada pela função K proposta por Ripley e suas extensões para processo não homogêneos, por meio das coordenadas geográficas das espécies com circunferência na altura do peito igual ou superior a 15 cm. Modelos do Processo Poisson Homogêneo, Processo Poisson Não Homogêneos e do Processo Log Gaussiano de Cox foram ajustados para cada espécie. Foi utilizado o critério de AIC para selecionar o modelo que melhor se ajusta aos dados. Testes de diagnósticos dos modelos foram feitos utilizando a função K não homogênea sob a hipótese de Completa Aleatoriedade Espacial. Os resultados indicaram que as espécies mais abundantes na EEA apresentam um padrão de distribuição agregado, ou seja, o número esperado de indivíduos próximos de um evento qualquer é maior do que esperado para uma distribuição aleatória. Conforme esperado, os fatores ambientais desempenharam um importante papel para explicar a distribuição espacial das espécies, porém, os resultados indicaram que existe uma variação espacialmente estruturada que não foi incluída na análise que é imprescindível para um bom ajuste dos modelos. Portanto os resultados sugerem que outros fatores não incluídos nos modelos e dados disponíveis podem estar determinando os padrões espaciais além das (co)variáveis medidas. / The spatial pattern of species in native forests may provide evidence on the structure of the plant community. Environmental factors may influence the species\' spatial patterns, as well as soil characteristics and processes which depend on the density, as intraspecific and interspecific competition. Therefore, researching the relationship among the environmental features and the spatial pattern of the forest species may aid in understanding forest dynamics. The goal of this study was to apply point process techniques to verify the effect of environmental factors on the occurence of forest species. The study area was the \"Assis\'s Ecological Station\" (AES), of the \"Unit of conservation of the state of São Paulo in permanent plots\". The data was collected as part of the project entitled \"Diversity, dynamics and conservation in forests of São Paulo state: 40 ha of permanent plots\", from FAPESP\'s Biota program. The description of the spatial pattern of the most abundant species in the study area was assessed using Ripley\'s K function, using the species\' geographic coordinates with circumference at chest height equal or larger than 15 cm. Homogeneous and Non-Homogeneous Poisson Process models, as well as Cox Log Gaussian Process models were fitted to each species. Model selection was made using the Akaike information criterion. Diagnostics tests were made using the non-homogeneous K function under the hypothesis of complete spatial randomness. Results suggested that the most abundant species in the AES present an aggregate distribution pattern, i.e., the expected number of individuals next to any event is larger than the expected by a random distribution. As it was expected, environmental factors played a major role in explaining the spatial distribution of the species. However, results suggested that there is a spatially structured variation that was not included in the analysis and is needed to a good model fit. Therefore, further studies are needed to assess which environmental feature which was not considered in this study presents an effect on the occurence of these forest species

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The aim of this study was to evaluate the potential of the species P. rigida for the selection silvicultural system based on natural regeneration in a secondary Seasonal Deciduous Forest, and furthermore, to analyze its autoecological and synecological aspects. Studies were carried out on: vegetation structure, spatial point patterns, and furthermore, the association between mother-plant and regeneration, mother-plant and dispersed seed patches. Vegetation structure was evaluated through: importance value index - IVI% (horizontal structure) and natural regeneration by height class (vertical structure). Spatial pattern was evaluated through Ripley's K function (univariate and bivariate). The bivariate function is divided in two associations: 1) mother-plant and regeneration; 2) mother-plant and dispersion patches. In the floristic composition 766 trees were measured, in 18 botanical families, 31 genera and 34 species. The dominating species according to the vegetation analysis were, in decreasing order of the IVI% value: O. puberula, N. megapotamica, P. rigida, M. umbellata and C. vernalis. The univariate spatial point pattern for the species P. rigida was clustered. The spatial clusters showed attraction starting from 7.5 m of distance to the mother-plant for both regenerating and for the seedlings. The main factors influencing the development of the P. rigida species, limiting it to the clustered pattern are: 1) interspecific control; 2) wind action on terrain slopes; 3) light availability. The main interspecific controllers are: O. puberula, C. vernalis, M. umbellata and N. megapotamica. Even though, the seeds of P. rigida are wind-dispersed based on the wind strength to push, the wind action generates low pressure zones created by evergreen dense crowns from the higher and middle strata of the canopy which are obstacles to the seed dispersion of the species under study. When seeds reach the ground the other crowns do not let enough light through the canopy for the development of seedlings, thus the mortality rate was over 60% from the lower height class to the next. Therefore, the species P. rigida has all the essential conditions to be managed under the selection silvicultural system based on its natural regeneration and the stand to become a regular spatial pattern, once that interventions are carried out when under adequate silvicultural treatments, mainly, control thinning of the controller species and seedlings density of the population of P. rigida. / Este estudo teve como objetivo avaliar a potencialidade de Parapiptadenia rigida ser submetida ao sistema silvicultural de alto fuste jardinado por regeneração natural em uma área de 0,81 ha de Floresta Estacional Decidual em estágio secundário, além de inferir sobre seus aspectos autoecológicos e sinecológicos. Foram realizados estudos sobre: a estrutura da vegetação, o padrão espacial, além das associações entre porta-sementes com regenerantes; e porta-sementes com unidades de dispersão. Na estrutura da vegetação foram determinadas: índice de valor de importância - IVI% (estrutura horizontal) e regeneração natural por classe de altura (estrutura vertical). O padrão espacial foi avaliado por meio da função K de Ripley (univariada e bivariada). A função bivariada está dividida em duas associações: 1) porta-sementes e regenerantes; 2) porta-sementes e unidades de dispersão. No estudo da estrutura florística foram inventariados 766 indivíduos, 18 famílias, 31 gêneros e 34 espécies. As espécies que se destacaram na análise da vegetação, em ordem decrescente a partir do IVI% foram: Ocotea puberula, Nectandra megapotamica, Parapiptadenia rigida, Myrsine umbellata e Cupania vernalis. O padrão de distribuição espacial pela análise univariada para P. rigida foi agregado. Na análise bivariada as associações espaciais foram positivas a partir de 7,5 m de distância da árvore porta-sementes tanto para regenerantes quanto para os propágulos. Os principais fatores que interferem no desenvolvimento de P. rigida, limitando-o ao padrão agregado são: 1) controladoras interespecíficas; 2) ações do vento nas encostas do terreno; e 3) luminosidade. As principais controladoras interespecíficas são: Ocotea puberula, Cupania vernalis, Myrsine umbellata e Nectandra megapotamica. Apesar da dispersão de sementes de P. rigida ser anemocórica (tipo cliclocórica), as ações do vento quando entram em contato com as copas provocam zonas de baixa pressão e dificultam a dispersão de sementes da espécie de interesse. Quando as sementes conseguem chegar até o solo as outras copas impedem a entrada de luminosidade suficiente para o desenvolvimento dos regenerantes, fazendo com que o índice de mortalidade seja maior que 60% na classe de altura inicial (50 cm > 200 cm) para a subsequente. Portanto, P. rigida apresenta todas as condições essenciais para ser submetida ao manejo em sistema de alto fuste jardinado por regeneração natural e o povoamento ser conduzido para uma distribuição espacial uniforme desde que sejam realizadas intervenções silviculturais adequadas, principalmente, desbaste das controladoras interespecíficas e controle da densidade dos regenerantes da população de P. rigida.

Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2018-04-25T22:37:17Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alexandre Ebert.pdf: 1748514 bytes, checksum: d9c571963613083829534e6c841c99ff (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-05-16T14:25:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alexandre Ebert.pdf: 1748514 bytes, checksum: d9c571963613083829534e6c841c99ff (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-16T14:25:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alexandre Ebert.pdf: 1748514 bytes, checksum: d9c571963613083829534e6c841c99ff (MD5) Previous issue date: 2014-02-25 / CAPES / Os distúrbios causados pela antropização de áreas naturais causam fortes alterações na estrutura original da floresta, aumentam o grau de isolamento entre indivíduos afetando o sistema reprodutivo das populações. Diversos processos estão relacionados à distribuição espacial dos indivíduos de uma população, sendo que estes processos refletem na diversidade genética da população. Do ponto de vista genético qualquer alteração no ambiente poderá influenciar nos padrões da estrutura genética, sendo que a extinção de uma espécie é etapa final de um longo processo de declínio ecológico que passa pela perda da diversidade genética. No presente estudo avaliaram-se os padrões espaciais pontuais não homogêneos e a diversidade genética dentro de uma população natural fragmentada de Mezilaurus itauba, buscou-se estabelecer os objetivos de modo que se conclui com a afirmação da hipótese de que as alterações dos padrões de distribuição espacial de indivíduos exercem influência direta na estrutura genética da população. A avaliação dos padrões de distribuição espacial para a espécie foi testada através da função K proposta por Ripley e buscou-se associar a diversidade genética através de análise de agrupamentos estatísticos. Os resultados indicam que a população estudada apresenta padrões de distribuição aleatório com tendência a agregado para as árvores adultas, e de completa aleatoriedade espacial para as árvores jovens. Na análise genética verificou-se uma distribuição da diversidade entre os indivíduos jovens e adultos, porém alelos observados entre as árvores adultas não foram observados entre as árvores jovens, o que indica que na exploração das espécies adultas alelos importantes poderão ser perdidos. O trabalho conclui a afirmação de que estudos da diversidade genética de população são de suma importância para a definição de estratégias de conservação das espécies exploradas economicamente na Amazônia meridional brasileira. / The disturbances caused by human disturbance of natural areas cause strong changes in the original structure of a forest, increase the degree of isolation between individuals affecting the reproductive system of populations. Several processes are related to the spatial distribution of individuals in a population, and that these processes reflect the genetic diversity of the population. From a genetic perspective any changes in the environment may influence the patterns of genetic structure, and the extinction of a species is the final step in a long process of ecological decline that passes through the loss of genetic diversity. In the present study evaluated the inhomogeneous spatial point patterns and genetic diversity within a natural population of fragmented Mezilaurus itauba, we sought to establish the objectives so that concludes with the statement of the hypothesis that changes in the patterns of spatial distribution individuals exert direct influence on the genetic structure of the population . The evaluation of the spatial distribution of the species was tested by K function proposed by Ripley and sought to associate genetic diversity through analysis of statistical groupings. The results indicate that the studied population presents patterns of random distribution with a tendency to aggregate for adult trees, and complete spatial randomness for the young trees. In genetic analysis showed a distribution of diversity among young people and adults, but alleles observed among adult trees were not observed between the young trees, which indicate that the operation of adult species important alleles may be lost. The paper concludes the statement that studies the genetic diversity of the population is of paramount importance for the development of strategies for the conservation of species exploited economically in the southern Brazilian Amazon.

O padrão espacial de espécies em florestas nativas pode fornecer evidências sobre a estrutura da comunidade vegetal. Fatores ambientais podem influenciar o padrão espacial das espécies, como as características edáficas e processos que dependem da densidade, como competição intra e interespecífica. Desse modo, a pesquisa da relação entre as características ambientais e o padrão espacial de espécies florestais pode ajudar a entender a dinâmica de florestas. O objetivo deste estudo foi empregar técnicas da análise de processos pontuais para verificar o efeito de fatores ambientais sobre a ocorrência de espécies florestais. A área de estudo foi a Estação Ecológica de Assis (EEA), da unidade de Conservação do Estado de São Paulo em parcelas permanentes, dentro do projeto \"Diversidade, dinâmica e conservação em florestas do Estado de São Paulo: 40 ha de parcelas permanentes\" do programa Biota da FAPESP. A descrição do padrão espacial das espécies mais abundantes na área de estudo foi avaliada pela função K proposta por Ripley e suas extensões para processo não homogêneos, por meio das coordenadas geográficas das espécies com circunferência na altura do peito igual ou superior a 15 cm. Modelos do Processo Poisson Homogêneo, Processo Poisson Não Homogêneos e do Processo Log Gaussiano de Cox foram ajustados para cada espécie. Foi utilizado o critério de AIC para selecionar o modelo que melhor se ajusta aos dados. Testes de diagnósticos dos modelos foram feitos utilizando a função K não homogênea sob a hipótese de Completa Aleatoriedade Espacial. Os resultados indicaram que as espécies mais abundantes na EEA apresentam um padrão de distribuição agregado, ou seja, o número esperado de indivíduos próximos de um evento qualquer é maior do que esperado para uma distribuição aleatória. Conforme esperado, os fatores ambientais desempenharam um importante papel para explicar a distribuição espacial das espécies, porém, os resultados indicaram que existe uma variação espacialmente estruturada que não foi incluída na análise que é imprescindível para um bom ajuste dos modelos. Portanto os resultados sugerem que outros fatores não incluídos nos modelos e dados disponíveis podem estar determinando os padrões espaciais além das (co)variáveis medidas. / The spatial pattern of species in native forests may provide evidence on the structure of the plant community. Environmental factors may influence the species\' spatial patterns, as well as soil characteristics and processes which depend on the density, as intraspecific and interspecific competition. Therefore, researching the relationship among the environmental features and the spatial pattern of the forest species may aid in understanding forest dynamics. The goal of this study was to apply point process techniques to verify the effect of environmental factors on the occurence of forest species. The study area was the \"Assis\'s Ecological Station\" (AES), of the \"Unit of conservation of the state of São Paulo in permanent plots\". The data was collected as part of the project entitled \"Diversity, dynamics and conservation in forests of São Paulo state: 40 ha of permanent plots\", from FAPESP\'s Biota program. The description of the spatial pattern of the most abundant species in the study area was assessed using Ripley\'s K function, using the species\' geographic coordinates with circumference at chest height equal or larger than 15 cm. Homogeneous and Non-Homogeneous Poisson Process models, as well as Cox Log Gaussian Process models were fitted to each species. Model selection was made using the Akaike information criterion. Diagnostics tests were made using the non-homogeneous K function under the hypothesis of complete spatial randomness. Results suggested that the most abundant species in the AES present an aggregate distribution pattern, i.e., the expected number of individuals next to any event is larger than the expected by a random distribution. As it was expected, environmental factors played a major role in explaining the spatial distribution of the species. However, results suggested that there is a spatially structured variation that was not included in the analysis and is needed to a good model fit. Therefore, further studies are needed to assess which environmental feature which was not considered in this study presents an effect on the occurence of these forest species

Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leonardo Martins.pdf: 1400853 bytes, checksum: 3b6aa06e1c4b580a53150460124fdeaa (MD5) Previous issue date: 2007-12-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Breast cancer is a serious public health problem in several countries of the world. Computer-Aided Detection/Diagnosis systems (CAD/CADx) have been used with relative success in aid to health care professionals. The goal of such systems is not to replace the professional, but join forces in order to early detect the different types of cancer. The main contribution of this work is to present a methodology for detecting masses in digitized mammograms using the algorithm Growing Neural Gas for the segmentation of the image and Ripley’s K function to describe the texture of segmented objects. The classification of these objects is accomplished through a Support Vector Machine (SVM), which separates them into two groups: masses and non-masses. The methodology obtained 89,30% of accuracy and a rate of 0,93 false-positive per image. / O câncer de mama apresenta-se como um grave problema de saúde pública em vários países do mundo. Sistemas de Detecção e Diagnóstico baseados em computador (CAD/CADx) vêm sendo usados com relativo sucesso no auxílio aos profissionais de saúde. O objetivo de tais sistemas não é substituir o profissional, mas unir forças com o objetivo de detectar precocemente os diferentes tipos de câncer. A principal contribuição deste trabalho é apresentar uma metodologia para detecção de massas em imagens mamográficas digitais, utilizando para tanto o algoritmo Growing Neural Gas para a segmentação da imagem e a função K de Ripley para descrever a textura dos objetos segmentados. A classificação desses objetos é feita através de uma Máquina de Vetor de Suporte (Support Vector Machine - SVM), a qual separa os mesmos em dois grupos: massa e não-massa. A metodologia obteve 89,30% de acerto e uma taxa de 0,93 falso-positivos por imagem.

Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Werner Borges de Sampaio.pdf: 2991418 bytes, checksum: 1c3fd03c2e6ffea37ed00740d75d2ffd (MD5) Previous issue date: 2009-08-31 / Breast cancer presents high occurrence frequency among the world population and its psychological effects alter the perception of the patient s sexuality and the own personal image. Mammography is an x-ray of the mamma that allows the precocious detection of cancer, since it is capable to showing lesions in their initial stages, typically very small lesions in the order of millimeters. The processing of mammographic images has been contributing to the detection and the diagnosis of mammary nodules, being an important tool, because it reduces the degree of uncertainty of the diagnosis, providing a supplementary source of information to the specialist. This work presents a computational methodology that aids the specialist in the detection of breast masses. The first step of the methodology aims at improvement the mammographic image, which consists of removal of unwanted objects, reduction of noise and enhancement of the breast internal structures. Then, Cellular Neural Networks are used to segment areas suspected of containing masses. These regions have their shapes analyzed by geometry descriptors (eccentricity, circularity, compactness, circular disproportion and circular density) and their textures are analyzed using geostatistical functions (Ripley's K function, Moran's and Geary's indices). Support Vector Machine were trained and used to classify the candidate regions in one of the classes, masses or no-mass, with sensibility of 80.00%, specificity of 85.68%, acuracy of 84.62%, a rate of 0.84 false positive for image and 0.20 false negative for image and an area under the curve ROC of 0.827. / Câncer de mama apresenta alta freqüência de ocorrência entre a população mundial e seus efeitos psicológicos alteram a percepção da sexualidade do paciente e a própria imagem pessoal. A mamografia é uma radiografia da mama que permite a descoberta precoce de câncer, sendo capaz a mostrar lesões nas fases iniciais, tipicamente lesões muito pequenas na ordem de milímetros. O processamento de imagens mamográficas tem contribuído para a descoberta e o diagnóstico de nódulos mamários, sendo uma importante ferramenta, pois reduz o grau de incerteza do diagnóstico, provendo uma fonte adicional de informação ao especialista. Este trabalho apresenta uma metodologia computacional que ajuda o especialista na descoberta de massas mamárias. O primeiro passo da metodologia visa à melhoria da imagem da mamografia que consiste em remoção de objetos externos à mama, redução de ruídos e realce das estruturas internas da mama. Então, Redes Neurais Celulares são usadas para segmentar áreas suspeitadas de conter massas. Estas regiões têm as suas formas analisadas por descritores de geometria (excentricidade, circularidade, densidade, desproporção circular e densidade circular) e as suas texturas analisadas por funções geoestatísticas (função de K de Ripley, e os índices de Moran e Geary). Máquinas de Vetores de Suporte são treinadas para classificar as regiões candidatas em um das classes, massas ou não-massa, com sensibilidade de 80,00%, especificidade de 85,68%, acurácia de 84,62%, uma taxa de 0,84 falsos positivos por imagem e 0,20 falsos negativos por imagem e uma área sob da curva ROC de 0,870.