O presente estudo teve como objetivos comparar: (i) modelos de regressão aleatória ajustados por polinômios de Legendre considerando diferentes de registros de produção no dia do controle por lactação, (ii) qualidade do ajuste dos modelos de regressão aleatória e modelos de lactação aos 305 dias para produção de leite(iii) qualidade do ajuste dos modelos de regressão aleatória e modelos de lactação aos 305 dias para produção de gordura e proteína. Foram usados dados de produção de vacas de primeira lactação coletados pelos Serviços de Controle Leiteiro e Genealógico da Associação Brasileira de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa (ABCBRH) compreendidos entre 1990 e 2011. Foram formadas quatro estruturas de dados ao restringir vacas com pelo menos 4, 6, 8 e 10 e máximo de 11 registros de produção de leite no dia do controle por lactação. Nessas estruturas foram usados modelos de regressão aleatória com polinômios de Legendre de terceira a quinta ordem. Paralelamente, uma base ou estrutura com pelo menos 6 registros de produção de leite, de gordura e proteína por lactação e uma base com registro de produção de leite, gordura e proteína em até 305 dias da lactação foram formados, sendo usados modelos de regressão aleatória de quarta e quinta ordem e modelos de lactação aos 305 dias, respectivamente.Todas as análises foram realizadas por meio da máxima verossimilhança restrita pelo programa REMLF90 nos sistemas IBM, ICE e SGI do CENAPAD-SP. Os valores de AIC, BIC, -2LogL e variância residual foram menores para os modelos de quinta ordem, porém os primeiros três ou quatro autovalores explicaram mais de 99% da variação total nos modelos com quarta e quinta ordem, conforme a estrutura de dados. Correlações de Spearman dos valores genéticos para P305 entre modelos com diferentes ordens polinomiais variaramde 0,99 a 1,00. Confiabilidades médias de valores genéticos de touros foram de 0.82, 0.80, 0.80 e 0.64 para estruturas com 4, 6, 8 e 10 registros. O ganho médio na confiabilidade dos valores genéticos para touros foi de 4% a 17% (leite), de 3% a 16% (gordura), e de 6 a 26% (proteina) maiores do que aqueles estimados pelo modelo de lactação. A diferenciação nas estruturas de dados alterou a confiabilidade dos valores genéticos de touros, conforme aumentou a restrição nos dados. Modelos de regressão aleatória são mais acurados que modelos de lactação para ajustar registros de produção de leite, gordura e proteína de animais da raça Holandesa no Brasil. / This study aimed to compare: (i) random regression models adjusted for Legendre polynomials considering different test day records by lactation, (ii) goodness of fit of random regression and lactation models for estimating breeding values for 305day milk yield, (iii) goodness of fit of random regression models and lactation models for estimating breeding values for 305day fat and protein yield.Thus data consisted of milk yield collected by the technicians of the Milk Control and Genealogy of the Brazilian Association of Holstein Breeders (ABCBRH) between 1990 and 2011.Four structures of subsets were formed by restricting cows with at least 4, 6, 8 and 10 test day milk yield records in lactation.For these structures, random regression models with Legendre polynomials of third to fifth orders were used. At same time, a base with 6 test day milk yield records for fat and protein in lactation and a base with records of total lactation yield of milk, fat and protein yields at 305 days. For these bases, random regression models of fourth and fifth order Legendre polynomials and 305 day-lactation models were used, respectively. All analyzes were performed using restricted maximum likelihood by REMLF90 program in IBM, ICE and SGI CENAPAD-SP systems. The values of AIC, BIC, -2LogL and residual variance were lower for fifth order Legendre polynomials but three or four eigenvalues explained over 99% of total variation in models of fifth and fourth orders, according to the structures of data. Spearman correlations of beeding values for Y305 between models with different polynomial orders were 0.99 and 1.00. The average reliability of breeding values of bulls was 0.82, 0.82, 0.80 and 0.64 for structures 4, 6, 8 and 10 test-days, respectively. The average gain in reliability of breeding values of bulls was between 4% and 17% (milk), 3% and 16% (fat), 6 and 26% (protein) higher than that estimated for the 305-day lactation model. The differentiation in the structures of data influenced the reliability of breeding values of bulls, according to the increasing in the restriction of test days. Random regression models are more accurate than lactation models to adjust milk, fat and protein yield records of Holstein cattle in Brazil.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:54:06Z : No. of bitstreams: 1 bocchi_al_me_jabo.pdf: 314891 bytes, checksum: 98f0374bf6111dbbcb6521426442cc69 (MD5) / Os objetivos do presente trabalho foram o de verificar se existem diferenças da influência da idade da vaca ao parto (IDV) e data juliana de nascimento (DJN) sobre o peso à desmama de bezerros de corte da raça Nelore entre as diferentes regiões do Brasil e estudar estes efeitos em cada região determinando os fatores de correção para os mesmos. Foram analisados dados de peso à desmama ajustado para 205 dias de idade, de 333.259 animais da raça Nelore, nascidos entre 1976 e 2000, provenientes da Associação Brasileira de Criadores de Zebu (ABCZ). Somente registros de animais criados em pastagem foram mantidos. As análises foram realizadas usando-se a metodologia de quadrados mínimos, utilizando-se modelos fixos. As regiões estudadas foram: Sul, Nordeste, Centro-Oeste e Sudeste. No primeiro modelo foram considerados os efeitos de ano de nascimento, sexo, fazenda dentro de região e as interações do efeito da idade da vaca e mês de nascimento com região. Todos os efeitos incluídos no modelo afetaram significativamente (P<0,0001) o peso à desmama. O segundo modelo estatístico estudado foi utilizado para cada região separadamente e continha o efeito de IDV, modelada por um polinômio segmentado quadrático - quadrático e da DJN do bezerro, modelada por um polinômio segmentado com três segmentos quadráticos e dois nós e grupo contemporâneo (GC), definido pela fazenda, ano de nascimento e sexo. A determinação dos fatores de correção (FC) para IDV foi realizada para machos e fêmeas separadamente. A IDV e a DJN foram importantes fontes de variação sobre o peso à desmama em cada região e os FC devem ser calculados separadamente para cada uma delas, possibilitando uma melhor precisão nos programas de seleção. / The aim of this work was to verify if there are differences of dam age effect (DAE) and julian birth date effect (JBD) on weaning weight of Nelore breed in different Brazilian regions, to study these effects in each region and to determine adjustment factors for each one. Records of 333,259 Nelore animals born from 1976 to 2000 were analysed. Data were from Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ). Only animals from grazing management systems were considered. The analyses were carried out by least squares method. The regions were: South, Northwest, Centre-west e Southwest. In the first model effects of year of birth, sex, farm, and the interactions between DAE and region, and month of birth and region were considered. All effects included in the model of analysis significantly affected (P<0.0001) weaning weight. A second statistic model was applied to for each region separately and it included DAE modelled as a quadract - quadract segmented polynomial with one knot and JBD modelled as a segmented polynomial with three quadracts and two knots, and the contemporary group (CG) defined as farm, year of birth and sex. The ADE and JBD affected the weaning weight in all regions. The determination of adjustment factors (AF) for AD was done for male and female separately. The ADE and JBD were important variation sources about weaning weight in each region and AF must be calculated for each region separately.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T18:43:17Z : No. of bitstreams: 1 pinhal_d_dr_botib.pdf: 899231 bytes, checksum: 13c52ed23d9f3ece1bf640ab4d0e5703 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Muitas espécies marinhas estão em risco de extinção devido à exploração excessiva e carência de manejo de nossos oceanos. Reduzir a intensidade do impacto das atividades antrópicas sobre o ambiente marinho é uma tarefa complexa, uma vez que grande parte da população mundial reside próximo às áreas costeiras, e por isso, freqüentemente depende dos recursos marinhos para sua subsistência e lazer. Essa dependência dos seres humanos em relação aos oceanos torna crucial o conhecimento dos ecossistemas marinhos para adequado manejo de seus recursos. Hoje em dia, a pesquisa nessa área é ainda bastante limitada, principalmente, devido às dificuldades de se trabalhar nos oceanos. Entretanto as análises de DNA estão contribuindo significativamente para o nosso conhecimento acerca da distribuição e saúde das populações de espécies marinhas criticamente ameaçadas. Dentre as espécies ameaçadas destaca-se o tubarão-martelo Sphyrna lewini cujas populações naturais estão atualmente em acelerada depleção devido à excessiva exploração pela pesca, principalmente para a comercialização de suas valorizadas nadadeiras nos mercados asiáticos. Esta espécie apresenta características relacionadas à sua disribuição e ao seu ciclo de vida que podem conduzir à estruturação em finaescala de suas populações. No presente trabalho foi verificada a existência de estruturação genética de S. lewini no Atlantico entre as populações do Brasil, Golfo do México e Mar do Caribe. Também foi detectada estruturação em fina escala ao longo da costa do Brasil, possivelmente em função do comportamento filopátrico de fêmeas dessa espécie e à existência de áreas de berçários costeiras. Os dados obtidos no presente trabalho evidenciam que as populações de tubarões-martelo do Atlantico Ocidental são geneticamente distintas, mesmo considerando-se curtas... / The scalloped hammerhead shark Sphyrna lewini is a cosmopolitan species heavily exploited for fisheries and fin trade. Here we used mitochondrial DNA control region sequences to trace market-derived Sphyrna lewini fins back to their geographical region of origin. We showed that twenty-one percent of these fins were derived from the Western Atlantic, where this species is endangered. We also evaluated the population genetic structure and differentiation of S. lewini along Western Atlantic employing mtDNA and microsatellites. Our mtDNA results indicate strong population subdivision and four distinct genetic stocks along the studied area due to philopatric females with high fidelity to natal region. Contrarily, males facilitate gene flow dispersal and connection among areas as supported by low genetic differentiation verified in the 10 microsatellite loci analysis. We also report the occurrence of a rare cryptic scalloped hammerhead shark species lineage in the Southeastern Atlantic based on the analysis of nuclear (ITS2) and mitochondrial control region (CR) markers. Finally, we also developed a suite of species-specific primers sharks for global identification of sharpnose sharks (genus Rhizoprionodon). These species are morphologically very similar to one another and exhibit life-history characteristics (rapid growth, early maturity, annual reproduction) that suggests that they could be fished in a sustainable manner assuming an investment in monitoring, assessment and careful management. Here we successfully validated an approach that accurately distinguishes sharpnose sharks from a wide range of other sharks (52 species) and can therefore assist in the regulation of coastal shark fisheries around the world

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-14Bitstream added on 2014-06-13T20:43:01Z : No. of bitstreams: 1 antonangelo_atbf_me_botib.pdf: 947571 bytes, checksum: 2289cbcd7df8db2d703a841907574c99 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As doenças infecciosas e parasitárias causam perdas importantes em vários setores da produção da pecuária mundial. Estima-se que mais de 600 milhões de bovinos de países tropicais e subtropicais estejam expostos à infecção por Babesia spp., gerando um prejuízo econômico de mais de 1,3 bilhão de dólares por ano. Parte significativa dessa soma destina-se a defensivos e insumos veterinários, os quais poderiam ser substituídos por tecnologias mais eficazes e econômicas, como, por exemplo, animais geneticamente resistentes a parasitas. Os gêneros Babesia e Plasmodium são hemoparasitas pertencentes ao filo Apicomplexa e apresentam características comuns no processo de invasão eritrocitária. A babesiose bovina causada por Babesia bigemina e Babesia bovis apresenta sinais clínicos similares a malária humana causada por Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum. O antígeno Duffy é o único receptor para o P. vivax em humanos. A maioria dos indivíduos negros africanos é resistente a este parasita devido a uma mutação que provoca a ausência de expressão deste antígeno na superfície das hemácias.Tendo em vista esse fato, e que animais da subespécie Bos taurus taurus são mais susceptíveis à babesiose quando comparados à animais Bos taurus indicus, este projeto foi desenvolvido com o objetivo de averiguar se essa maior resistência dos animais zebuínos está associada ao fato do antígeno Duffy estar ausente ou expresso em menor quantidade nas hemácias desses animais. Para detecção e quantificação do antígeno Duffy, na superfície das hemácias de bovinos dessas subespécies, foi produzido um anticorpo policlonal anti-Duffy bovino, visto que sua detecção não é possível pelos anticorpos desenvolvidos para a proteína humana, em função dessa diferir da proteína bovina, principalmente na seqüência de aminoácidos da região N-terminal. Para... / Cattle business worldwide has been affected by all sorts of infections. It´s estimated that more than 600 million bovines from tropical and sub-tropical areas are exposed to Babesia spp. infection causing loss of more than US$ 1,3 billion a year. An important part of this amount is spent on veterinarian drugs and vaccines. However this scenario could be changed if cheaper and more efficient technologies such as animal breeding for resistance to parasites were used. The genera Babesia and Plasmodium are hemoparasites which belong to phylum Apicomplexa and share features such as the RBCs invasion process. Clinic signs presented by cattle infected with Babesia bigemina and Babesia bovis are very similar to those presented by human beings infected with Plasmodium vivax and Plasmodium falciparum. The glycoprotein Duffy is the only human erythrocyte receptor for P.vivax. The majority of black African people are resistant to this parasite due to a mutation which abolishes expression of the Duffy antigen on its erythrocytes surfaces. Detailed information on molecular interaction between Babesia parasite and its receptors on the bovine host cells surface is limited. Moreover, animals from subspecies Bos taurus taurus are more susceptible to babesiosis infection than those from Bos taurus indicus. This project investigated if this higher resistance of Bos taurus indicus animals is due to the fact that the Duffy antigen is absent or less expressed on its RBC surface. Aiming at detecting and quantifying Duffy antigen on erythrocyte surfaces of Bos taurus indicus and Bos taurus taurus, a polyclonal antibody against bovine Duffy was produced, because antibodies against human Duffy can not recognize this bovine protein which has different aminoacid sequence at N-terminal. Synthetic decapeptide (YNETDVEAAA) corresponding to aminoacid 34 to 43 of the N-terminal extracelullar domain of the bovine protein... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T19:42:36Z : No. of bitstreams: 1 souza_hv_dr_sjrp.pdf: 2893095 bytes, checksum: 3fbfb29a644c0168eb94cfc13b38ae77 (MD5) / Os Heteroptera apresentam particularidades, como a variação entre as espécies no número de lobos testiculares e colorações diferentes da bainha peritoneal. Além destas características, algumas espécies da família Pentatomidae possuem um dos lobos testiculares com características morfológicas e celulares diferentes dos demais lobos, levando à formação de espermatozoides com funções diversificadas. Embora apresentem inúmeras características peculiares, como as tratadas anteriormente, o modo como evoluem necessita de análises aprofundadas. Assim, o presente trabalho objetivou analisar a evolução dos caracteres números de lobos, pigmentação da bainha peritoneal, espermatozoides não fertilizantes e cariótipo, baseando-se nas reconstruções filogenéticas. Foram utilizados, como marcadores, moleculares os genes mitocondriais COI, 16S e o nuclear 18S. Foi feito o sequenciamento de parte desses genes de 25 espécies de Heteroptera, sendo 12 da Família Coreidae e 13 da família Pentatomidae. Verificou-se que sozinhos estes genes não forneceram uma inferência segura nas análises evolutivas. Com tais genes concatenados, as informações puderam se somar, porém devido à baixa consistência nos ramos, as inferências evolutivas devem ser vistas com cautela. Desse modo, esta pesquisa evidenciou a complexidade das distribuições das características testiculares e citogenéticas relatadas através da filogenia molecular. Tornando-se necessário ampliar estes estudos com novas abordagens, como a utilização de caracteres morfológicos ou outros marcadores moleculares para elucidar sua evolução / Heteroptera have peculiarities, including varying numbers of testicular lobes and different coloration of the peritoneal sheath between species. In addition to these features, some species in the Pentatomidae family have testicular lobes with morphologies and cells that are differentiated from the others, leading to the formation of spermatozoa with diversified functions. Although Heteroptera have many peculiar features, such as those previously reported, the study of their evolution requires detailed analysis. Thus, this study aimed to analyze the evolution of the characteristic number of lobes, peritoneal sheath pigmentation, production of non-fertilizing sperm and karyotype based on phylogenetic reconstructions using molecular markers, such as the COI, 16S and nuclear 18S mitochondrial genes. Thus, portions of genes from 25 Heteroptera species, including 12 from the Coreidae family and 13 from the Pentatomidae family, were sequenced. These genes alone did not provide reliable inference for evolutionary analyzes. With such concatenated genes, information could be added, but due to low consistency in the branches, the resulting evolutionary inferences must be viewed with caution. Thus, this research demonstrated the complexity of the distributions of the testicular and cytogenetic characteristics inferred by molecular phylogeny, and it is necessary to extend these studies with new approaches, such as the use of morphological or other molecular markers to elucidate evolution

Orientador : Prof. Dr. Rodrigo de Almeida Teixeira / Co-orientadora : Profª. Drª. Laila Talarico Dias / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia. Defesa: Curitiba, 29/03/2016 / Inclui referências : f. 96-102 / Área de concentração : Meio ambiente / Resumo: Após as mudanças introduzidas no sistema de classificação linear para tipo para vacas da raça Holandesa no Brasil, ocorridas a partir 01 de julho de 2010, é importante e necessária reavaliar a estimação dos parâmetros de herdabilidade para características de tipo (CT), produção de leite (PL), gordura (PG) e proteína (PP), bem como as correlações genéticas e fenotípicas. Foram analisados dados de 25.574 animais de primeiro parto, com lactações encerradas e ajustadas para 305 dias (kg). Todos os animais foram controlados oficialmente pelo Serviço de Controle Leiteiro da Associação Paranaense de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa. Destes, 11.641 animais foram classificados para tipo; avaliados por classificadores oficiais da Associação Brasileira de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa, entre julho de 2010 a dezembro de 2014. Para a estimativa dos componentes de variância e covariância foi empregado o método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML), adotando-se modelo animal unicaracterística para as estimativas dos coeficientes de herdabilidade e bicaracterística para as correlações genéticas de produção e tipo. As médias e os respectivos desvios-padrão para PL, PG e PP em kg, foram 9.105,89 ± 2.017,22; 302,99 ± 77,79 e 280,54 ± 59,51 e pontuação final (PF) de 81,47 ± 2,34. As características de produção tiveram herdabilidades moderadas, respectivamente, 0,30 ± 0,018 PL; 0,33 ± 0,019 para PG; 0,25 ± 0,017 PP. Para as 23 características lineares de tipo, estimativas de baixa a moderadas magnitudes foram observadas, variando de 0,04 ± 0,013 para ângulo de casco (AC); 0,31 ± 0,029 para comprimento de tetos (CT) e para pontuação final o valor foi moderado, de 0,21 ± 0,02. Essas estimativas demostram que quando inseridas em programas de melhoramento genético animal, pode-se esperar respostas à seleção. Para as correlações genéticas e fenotípicas entre características de produção e tipo a variação foi ampla e de baixas magnitudes variando de -0,26 a 0,32. Correlações genéticas negativas e baixas foram obtidas entre PL e inserção anterior de úbere (IUA) de -0,18 e de -0,13 para profundidade de úbere (PU), indicando que vacas com maiores volumes de produção têm leve tendência a apresentar úberes anteriores mais fracos e profundos. Entretanto correlações genéticas positivas entre PL e altura e largura de úbere posterior (0,24 e 0,14) foram observadas, indicando que vacas de maior PL, tendem a úberes mais altos e largos. As estimativas de parâmetros interferem direta ou indiretamente na avaliação de touros e na elaboração de índices de seleção de vacas. O estudo dos parâmetros genéticos para dados de produção e conformação funcional permite melhorar a seleção para características como a vida produtiva, saúde e rentabilidade, pois permitem estabelecer critérios com maior confiança a serem combinados em índices de seleção para os programas de melhoramento genético animal que estão sendo implementados no Brasil. / Abstract: After the changes, which started being introduced on July 1st 2010, in the classification system for linear type in Holstein cows in Brazil, it has been important and necessary to reassess the heritability estimates for linear type traits, milk yield (MY) fat yield (FY) and protein yield (PY) as well as genetic and phenotypic correlations. Data of 25,574 first calving animals, with completed adjusted 305-day lactation (kg), were analyzed period from 2010 to 2014. All animals were controlled by the Official Milk Recording Service of Associação Paranaense de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa (APCBRH). Of these, 11,641 animals were classified for type, evaluated by official classifiers of the Associação Brasileira de Criadores de Bovinos da Raça Holandesa (ABCBRH), between evaluated in this period. Restricted Maximum Likelihood (REML) was the method used for the estimation of variance and covariance components, using a univariate animal model for estimation of heritability coefficients and a bivariate model for estimation of genetic correlations between type and production traits. The means and standard deviations for MY, FY and PY in kg were 9,105.89 ± 2,017.22; 302.99 ± 77.79 and 280.54 ± 59.51, respectively and the final score (FS) was 81.47 ± 2.34. Production traits showed moderate heritability, 0.30 ± 0.018 MY, 0.33 ± 0.019 FY, and 0.25 ± 0.017 PY, respectively. The 23 linear type traits estimates ranged from low to moderate magnitudes, from 0.04 ± 0.013 for foot angle (FA) to 0.31 ± 0.029 for teat length (TL) and moderate value of 0.21 ± 0.02 was observed for final score. These estimates indicate for such characteristics and responses to selection can be expected when they are introduced in genetic improvement programs. The variation for genetic and phenotypic correlations between type and production traits was wide and of low magnitudes, ranging from -0.26 to 0.32. Negative and low genetic correlations were obtained between MY and fore udder attachment (FUA), -0.18 and -0.13 between MY and udder depth (UD), indicating that high yielding dairy cows have a slight tendency to present weaker anterior udders and deep udders. However, positive genetic correlations were observed between MY and height and width of rear udder (0.24 and 0.14), indicating that high yielding cows tend to have higher and wider udders. The estimates of parameters affect directly or indirectly the assessment of bulls and the development of selection index for cows. The study of genetic parameters for data on production and functional conformation of the animals allow better selection for traits such as productive life, health and profitability, as they allow establishing criteria with greater confidence to be combined in selection indexes for the genetic improvement programs that are being implemented in Brazil.

Orientador : Profª. Drª. Laila Talarico Dias / Co-orientadora : Profª. Drª. Joslaine N. S. G. Cyrillo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia. Defesa: Curitiba, 24/03/2016 / Inclui referências : f. 26-29;42-44;58-60;73-76;88-91 / Área de concentração : Meio ambiente / Resumo: Os programas de melhoramento de gado de corte no Brasil têm priorizado a seleção para características de crescimento por serem medidas de fácil obtenção e herdáveis porém, existem poucas informações após os dois anos de idade, o que dificulta a avaliação do tamanho adulto dos animais. O objetivo geral desta dissertação de mestrado foi estimar os parâmetros genéticos para características de crescimento do nascimento à idade adulta de vacas de corte. O Capítulo 1 apresentou a revisão bibliográfica sobre as diferentes metodologias para avaliação de características longitudinais, além de trabalhos já realizados com informações de crescimento de fêmeas bovinas. No Capítulo 2, intitulado "Estimativas de herdabilidade para pesos do nascimento aos 10 anos de idade em fêmeas bovinas", o objetivo foi estimar os coeficientes de herdabilidade do peso do nascimento aos 10 anos de idade de fêmeas das raças Caracu, Gir, Guzerá e Nelore. Para tanto, o modelo da análise contemplou os efeitos fixos do grupo de contemporâneos (rebanho e ano de nascimento), mês de nascimento e produto anterior (se a fêmea havia parido = 1 ou não = 0), as covariáveis linear e quadrática da idade da mãe e do animal, além dos efeitos aleatórios genético aditivo direto, materno e de ambiente permanente materno. As herdabilidades obtidas variaram entre 0,29 ± 0,06 e 0,49 ± 0,06 para o peso ao nascer, entre 0,12 ± 0,05 e 0,24 ± 0,09 para desmama, de 0,25 ± 0,07 a 0,37 ± 0,05 para o peso ao sobreano, e para pesos dos 2 aos 10 anos de idade variaram entre 0,25 ± 0,07 e 0,69 ± 0,11, para as diferentes raças. Concluiu-se que, devido às estimativas herdabilidade de moderada a alta, há possibilidade de progresso genético para as características de crescimento, podendo utilizá-las como critério de seleção para monitorar o peso desejado das vacas de corte. O Capítulo 3, "Estimativa de parâmetros genéticos para pesos de vacas Nelore por meio de modelos de regressão aleatória", teve como objetivo estimar funções de (co)variância utilizando modelos de regressões aleatórias para pesos de fêmeas Nelore de 1 a 8 anos de idade. Os modelos incluíram como fixos, o efeito de grupo de contemporâneos e estado fisiológico da vaca para prenhez (0 = vazia; 1= prenha) e lactação (0 = seca; 1 = lactante) e, a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático) e polinômio ortogonal de Legendre da classe de idade do animal (regressão cúbica), como covariáveis, além dos efeitos aleatórios genético aditivo direto e o efeito de ambiente permanente de animal e materno. Polinômios de sexta a terceira ordem foram considerados para modelar o efeito genético aditivo direto e de ambiente permanente de animal e materno. O resíduo foi modelado considerando homogeneidade e heterogeneidade de variâncias. Realizou-se a comparação dos modelos pelos critérios de informação Bayesiano de Schwarz (BIC) e de Akaike (AIC). O modelo que considerou polinômios k = 3 para o efeito genético aditivo direto, k = 6 para ambiente permanente de animal e k = 1 para o efeito de ambiente permanente materno foi indicado como o melhor pelo critério BIC. As estimativas de herdabilidade do efeito genético direto e as correlações genéticas entre as pesagens obtidas por modelos de regressão aleatória foram de moderada a alta magnitude, sugerindo a possibilidade de ganho através de seleção, com isso pode-se adotar a característica para manutenção do tamanho adulto dos animais. O Capitulo 4, intitulado "Estimativa de parâmetros genéticos para altura de vacas Nelore por meio de modelos de regressão aleatória", objetivou estimar funções de (co)variância por meio de modelos de regressões aleatórias para altura de garupa de fêmeas Nelore de 1 a 8 anos de idade. O modelo da análise utilizou os mesmos efeitos considerados para peso, conforme apresentado anteriormente, com exceção do efeito fixo do estado fisiológico da fêmea. O modelo que considerou polinômios k = 4 para o efeito genético aditivo direto e k = 3 para ambiente permanente de animal foi o mais adequado para estimar as variâncias da curva de crescimento. As estimativas de herdabilidade do efeito genético direto e as correlações genéticas entre as mensurações obtidas por modelos de regressão aleatória foram de alta magnitude, indicando que a utilização da altura como critério de seleção pode ser adequado para manutenção do tamanho adulto dos animais. Por fim, o Capítulo 5, intitulado: "Estimativas de parâmetros genéticos para características de crescimento em rebanhos Seleção e Controle de vacas Nelore", teve por objetivo estudar as diferenças existentes entre os rebanhos Seleção (NeS) e Controle (NeC) em relação aos parâmetros genéticos para peso e altura de fêmeas Nelore, de 1 a 8 anos de idade. Os modelos utilizados para as análises foram os obtidos nos Capítulos 3 e 4, diferenciando-se apenas na construção do grupo de contemporâneos que excluiu o efeito de rebanho, formando assim dois bancos de dados (Seleção - NeS; Controle - NeC) para cada característica estudada. Observou-se que após 30 anos de seleção para peso sobreano, ainda há variabilidade genética para peso corporal e também para a altura de garupa. As estimativas de herdabilidade para peso e altura variaram de moderada a alta magnitude e sugerem a possibilidade de ganhos genéticos por meio de seleção. Concluiu-se que mesmo após 30 anos de seleção para peso ao sobreano, ainda há variabilidade genética para peso e altura indicando, dessa forma, a possibilidade de monitorar o tamanho adulto das vacas por meio de seleção direta. Palavras-chave: altura de garupa, curva de crescimento, dados longitudinais, gado de corte, herdabilidade, peso adulto. / Abstract: The beef cattle breeding programs in Brazil have prioritized the selection for growth traits to be measured easily obtainable and inheritable, but there is little information after two years old, making it difficult to evaluate the mature size of the animal. The general objective of this master's thesis was to estimate genetic parameters for characteristics of growth birth to maturity of beef cows. Chapter 1 presented a review of the different methodologies for evaluation of longitudinal characteristics, in addition to work already carried out with growth of information of cows. In Chapter 2, entitled "Estimates of heritability for birth weights at 10 years old in cows," the goal was to estimate the heritability coefficients of birth weight to 10 years old females of Caracu, Gir, Guzerá and Nelore. Therefore, the analysis model included the fixed effects of contemporary group (herd and year of birth), month of birth and previous product (if the female had calving = 1 or no = 0), the linear and quadratic covariates for age of mother and animal, in addition to the random effects direct additive genetic, and permanent environment animal and maternal. The heritability obtained ranged from 0.29 ± 0.06 and 0.49 ± 0.06 for birth weight, between 0.12 ± 0.05 and 0.24 ± 0.09 for weaning, 0.25 ± 0.07 to 0.37 ± 0.05 for yearling weight, and weights from 2 to 10 years of age ranged from 0.25 ± 0.07 and 0.69 ± 0.11 for the different breeds. It was concluded that due to the heritability estimates of moderate to high, there is the possibility of genetic progress for the growth characteristics and can use them as selection criteria to monitor the desired weight of beef cows. Chapter 3, "Estimation of genetic parameters for Nelore weights by random regression models", aimed to estimate functions of (co)variance using random regressions models for Nelore weights from 1 to 8 years old. The models included as fixed, the contemporary group effect and physiological state of the cow for pregnancy (0 = empty, 1 = pregnant) and lactation (0 = dry, 1 = in lactation) and the age at calving (linear effect and quadratic) and Legendre polynomials of animal age class (cubic regression) as covariates in addition to the random effects direct additive genetic and permanent environment animal and maternal. Sixth to third order polynomials were considered to model the direct additive genetic effect and permanent environment animal and maternal. The residue was modeled considering homogeneity and heterogeneity of variances. Was performed by comparison of the models Bayesian information criteria Schwarz (BIC) and Akaike (AIC). The model considered the polynomials k = 3 for the direct genetic effect, k = 6 for permanent environmental animal and k = 1 for the permanent environmental maternal effect was indicated as the best by BIC criteria. Heritability estimates of genetic direct effect and genetic correlations between weight measurements obtained by random regression models were moderate to high magnitude, suggesting the possibility of gain through selection, it can adopt the feature for maintenance of the mature size of the animals. The Chapter 4, entitled "Estimation of genetic parameters for height Nelore by random regression models", aimed to estimate functions of (co)variance using random regression models for hip height Nellore 1-8 years old. The model of analysis used the same effects considered for weight, as shown above, with the exception of the fixed effect of the physiological state of the female. The model considered the polynomial k = 4 for the direct genetic effect and k = 3 for animal permanent environment was the most appropriate to estimate the variances of the growth curve. Heritability estimates of direct genetic effects and genetic correlations between measurements obtained by random regression models were of high magnitude, indicating that the use of the height as a selection criterion may be suitable for maintenance of the mature size of the animal. Finally, Chapter 5, entitled "Estimates of genetic parameters for growth traits in Selection and Control Nelore cattle ", aimed to study the differences between the herds Selection (NeS) and Control (NeC) in relation to genetic parameters for weight and height of Nelore, from 1 to 8 years old. The models used for the analysis were obtained in Chapters 3 and 4, differing only in the construction of contemporary group that excluded the herd effect, thus forming two databases (Selection - NeS; Control - NeC) for each feature studied. It observed that even after selection for yearling weight, there is genetic variability for body weight and also to the hip height. The heritability estimates for weight and height ranged from moderate to high magnitude and suggest the possibility of genetic gains by selection. It was concluded that even after 30 years of selection for yearling weight, there is genetic variation for height and weight indicating, thus, the ability to monitor the mature size of cows through direct selection. Keywords: beef cattle, growth curve, heritability, hip height, longitudinal data, mature weight.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-27Bitstream added on 2014-06-13T18:47:07Z : No. of bitstreams: 1 scudeler_pes_dr_botib.pdf: 3308271 bytes, checksum: e67620edd6e6af675f92b8452e36f2a2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os chamados cromossomos supranumerários ou B, também denominados de cromossomos extras ou acessórios, são elementos genômicos adicionais e não homólogos aos do complemento A. Alguns estudiosos consideram que os cromossomos B poderiam ter sido originados dos cromossomos do complemento cariotípico e posteriormente seguido sua própria evolução, mas existem também outras hipóteses a respeito disso. A presença desse tipo de cromossomo tem sido descrita em animais e plantas e estes elementos estruturais extras constituem material genético de origem e função geralmente desconhecidas. As mudanças no complemento cariotípico relacionadas à presença dos cromossomos B e a sua distribuição têm sido descritas como participantes dos mecanismos evolutivos em vertebrados. Entre os peixes, principalmente da fauna Neotropical, a presença de cromossomos B apresenta-se de forma expressiva entre as espécies, sendo de grande interesse para estudos sobre sua estrutura, origem e função no processo de diversificação biológica. Estes cromossomos têm um comportamento diferencial, quando submetidos à coloração por bandamento C, geralmente se apresentando total ou parcialmente heterocromáticos e às vezes eucromáticos. Essas características podem ser uma forte evidência da sua provável origem e evolução independente. Portanto, sabendo-se que o entendimento sobre os cromossomos B depende de intensivas análises citogenéticas e moleculares, e com o intuito de entender a natureza dos processos envolvidos na evolução desses cromossomos, no presente trabalho foram analisados cinco populações de Moenkhausia sanctaefilomenae e as espécies Moenkhausia cosmops e Moenkhausia oligolepis pertencentes a diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas em exemplares de M. sanctaefilomenae, população do ribeirão Araquá, técnicas citogenéticas básicas... / The so-called supernumerary or B chromosomes, also known as extra or accessory chromosomes, are additional genomic elements non-homologous to those from the standard or A complement. Some experts argue that B chromosome would have been derived from the standard karyotype that have undergone their own evolutionary history, bout other hypotheses have also been proposed. The occurrence of these chromosomes has been described in both animals and plants but the origin and function of such extra structural elements remains poorly understood. Karyotypical changes related to the presence of B chromosomes and their distribution have been reported as evolutionary mechanisms in vertebrates. Among fish, mainly neotropical ones, B chromosomes are expressively found in many species, justifying their great interest for studies about structure, origin and function during biological diversification processes. These chromosomes have a differential behavior when submitted to C-banding, being entirely or partially heterochromatic or else euchromatic. These features might be a reliable evidence of their probable independent origin and evolution. Therefore, the understanding about B chromosomes depends on intensive cytogenetic and molecular analyses, and in order to comprehend the nature of their evolutionary processes, five populations of Moenkhausia sanctaefilomenae and the species Moenkhausia cosmops and Moenkhausia oligolepis from different Brazilian hydrographic basins were analyzed in the present work. Basic cytogenetic (Giemsa staining, silver-stained NOR location and C-banding) and molecular (base-specific fluorochromes, 18S rDNA and 5S rDNA fluorescent in situ hybridization) techniques were applied on specimens of M. sanctaefilomenae from Araquá stream, to verify particularities related to heterochromatin distribution and B chromosomes, representing an interesting model for further molecular... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-23Bitstream added on 2015-03-03T12:07:39Z : No. of bitstreams: 1 000811094.pdf: 620444 bytes, checksum: 656aa996de25000536a3d6e5e8b7e218 (MD5) / O gênero Mazama (Mammalia: Cervidae) engloba as espécies de cervídeos neotropicais de pequeno porte e chifres simples. A alta taxa de convergência morfológica e diversificação rápida e recente dificultam a resolução das lacunas na sua história evolutiva. Estudos envolvendo análises moleculares indicaram que Mazama é um gênero polifilético, com uma subdivisão das suas espécies em dois clados (veados vermelhos e cinza). No presente estudo foram inferidas as relações filogenéticas e o tempo de divergência das espécies de veados cinza M. gouazoubira e M. nemorivaga, utilizando dois genes mitocondriais (Cytb e COI) e dois genes nucleares (IL16 e MGF). A análise de coalescência corroborou com os resultados anteriores, separando essas duas espécies do restante das espécies de Mazama. Além disso, as duas espécies são alocadas em clados separados e monofi léticos, representando diferentes gêneros. Os resultados obtidos indicaram que as duas espécies representam complexos de linhagens crípticas, com ambas as diversificações tendo iniciado no final do Pleistoceno (1,62-1,65 Myr). A espécie M. gouazoubira foi subdividida em cinco clados de distribuição simpátrica em grande parte da sua ocorrência. A espécie M. nemorivaga foi separada em três clados, com distribuições biogeográficas distintas e correspondentes às áreas de endemismo da Amazônia. O grande número de linhagens identificadas no presente estudo indica o caráter emergencial de uma delimitação e revisão sistemática acurada para as espécies desse gênero. Essas linhagens detectadas representam hipóteses taxonômicas a serem testadas utilizando outras metodologias de análise complementares como, citogenética, morfometria, ecologia, comportamento e reprodução / The genus Mazama includes neotropical deer species of small sizes and simple antlers. Morphological convergences, in addiction to rapid and recent diversification, make the resolution of gaps in their evolutionary history difficult. Initial molecular analyses indicated that Mazama is a polyphyletic genus with species subdivided into two clades (gray and red deer). In this study we inferred the phylogenetic relationships and divergence time of the gray brocket deer species M. gouazoubira and M. nemorivaga using two mitochondrial genes (Cytb and COI) and two nuclear genes (IL16 and MGF). The coalescence analysis corroborated the previous results, separating these two species from the remaining Mazama species. Moreover, the two species were allocated into separate monophyletic clades, representing different genera. These results indicate that the two species represent complexes of cryptic lineages, whose diversifications started in the Late Pleistocene (1.62 to 1.65 Myr). The M. gouazoubira species was subdivided into five clades with sympatric distribution. The M. nemorivaga species was separated into three distinct clades, corresponding to areas of Amazon biogeographical endemism. The large number of lineages identified in this study indicates need for an accurate delimitation and systematic review for the Mazama species. These findings may represent hypotheses of taxonomic lineages to be tested using other analysis methods, such as cytogenetics, morphology, ecology, behavior and reproduction strategies

O gênero Drosophila abrange pelo menos 1.149 espécies, subdivididas em oito subgêneros, muitas das quais vêm desempenhando um papel fundamental no desenvolvimento do conhecimento biológico, principalmente nos âmbitos genético e evolutivo. Toda esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo em que gera inúmeras oportunidades de pesquisa, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. Desta forma, apesar de Drosophila compor um dos organismos experimentais mais bem estudados, muitas questões acerca de sua evolução permanecem irresolvidos ao longo do tempo. A presente tese foi, portanto, desenvolvida com o objetivo de auxiliar na resolução de aspectos particulares relacionados à história evolutiva deste complexo grupo de espécies. Neste sentido, os Capítulos II e III foram designados com o intuito de elucidar as relações filogenéticas entre espécies e grupos tradicionalmente situados no subgênero Drosophila, com ênfase naqueles de distribuição primariamente Neotropical. A inclusão de outros gêneros pertencentes à família Drosophilidae levou, porém, a definições parafiléticas para o gênero e para o subgênero Drosophila. Mesmo assim, níveis adicionais de resolução foram acrescentados à filogenia do subgênero Drosophila, que se apresentou subdividido em duas (Capítulo II) ou três (Capítulo III) grandes radiações. Os Capítulos IV e V, por outro lado, buscaram a inferência de cenários evolutivos mais restritos. No Capítulo IV o foco foi um pequeno grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, o grupo mesophragmatica, para o qual se obteve descrições evolutivas confiáveis. No Capítulo V, por outro lado, o grupo willistoni, pertencente ao subgênero Sophophora teve sua complexidade evolutiva mais uma vez reiterada. Em cada um destes casos, entretanto, novos estudos são incentivados para que um dia realmente nos aproximemos da história evolutiva verdadeira do gênero Drosophila. / The genus Drosophila encompasses at least 1.149 species subdivided into eight subgenera, many of which presented a central role in the development of the biological knowledge, mainly in the genetical and evolutionary areas. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of research, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Thus, although Drosophila composes one of the best studied experimental organisms, many questions concerning its evolution remain unsolved through time. This thesis was developed with the aim of helping to solve particular questions related to the evolutionary history of this complex group of species. In this sense, Chapters II and III were designed with the aim of elucidating the phylogenetic relationships within and between species groups traditionally placed in the Drosophila subgenus, with an emphasis in those mainly Neotropical in distribution. The inclusion of other Drosophilidae genera, nevertheless, led the Drosophila genus and subgenus entirely paraphyletic. Even so, improved levels of resolution were provided to the subgenus Drosophila phylogeny, which was subdivided into two (Chapter II) or three (Chapter III) major radiations. Chapters IV and V, on the other hand, addressed more restricted evolutionary scenarios. In Chapter IV the focus was a small group of species included in the Drosophila subgenus, the mesophragmatica group, for which a confident evolutionary description was attained. In Chapter V, otherwise, the willistoni group, included in the Sophophora subgenus, had its evolutionary complexity once again reiterated. In each of these cases, nevertheless, new studies are encouraged in order to approach the genus Drosophila real evolutionary history.